[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.8, Tue Jun 19 22:11:25 2007 UTC revision 1.64, Tue Jul 15 20:06:55 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3    #use lib '/vol/ontologies';
4    use DBMaster;
5    use Data::Dumper;
6    
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9    
10  use strict;  use WebColors;
11  use warnings;  use WebConfig;
 use Table;  
12    
13  1;  use FIG_Config;
14    #use strict;
15    #use warnings;
16    use HTML;
17    use FFs;
18    
19  # $Id$  1;
20    
21  =head1 NAME  =head1 NAME
22    
# Line 22  Line 29 
29    
30  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
31    
 Example:  
   
 use FIG;  
 use Observation;  
   
 my $fig = new FIG;  
 my $fid = "fig|83333.1.peg.3";  
   
 my $observations = Observation::get_objects($fid);  
 foreach my $observation (@$observations) {  
     print "ID: " . $fid . "\n";  
     print "Start: " . $observation->start() . "\n";  
     ...  
 }  
   
 B<return an array of objects>  
   
   
 print "$Observation->acc\n" prints the Accession number if present for the Observation  
   
32  =cut  =cut
33    
34  =head1 BACKGROUND  =head1 BACKGROUND
# Line 65  Line 52 
52    
53  The public methods this package provides are listed below:  The public methods this package provides are listed below:
54    
55    
56    =head3 context()
57    
58    Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
59    
60    =cut
61    
62    sub context {
63      my ($self) = @_;
64    
65      return $self->{context};
66    }
67    
68    =head3 rows()
69    
70    each row in a displayed table
71    
72    =cut
73    
74    sub rows {
75      my ($self) = @_;
76    
77      return $self->{rows};
78    }
79    
80  =head3 acc()  =head3 acc()
81    
82  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
# Line 73  Line 85 
85    
86  sub acc {  sub acc {
87    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
   
88    return $self->{acc};    return $self->{acc};
89  }  }
90    
91  =head3 description()  =head3 query()
   
 The description of the hit. Taken from the data or from the our Ontology database for some cases e.g. IPR or PFAM.  
92    
93  B<Please note:>  The query id
 Either remoteid or description is required.  
94    
95  =cut  =cut
96    
97  sub description {  sub query {
98    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
99        return $self->{query};
   return $self->{description};  
100  }  }
101    
102    
103  =head3 class()  =head3 class()
104    
105  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
# Line 101  Line 109 
109    
110  =over 9  =over 9
111    
112    =item IDENTICAL (seq)
113    
114  =item SIM (seq)  =item SIM (seq)
115    
116  =item BBH (seq)  =item BBH (seq)
# Line 115  Line 125 
125    
126  =item PFAM (dom)  =item PFAM (dom)
127    
128  =item SIGNALP (dom)  =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
129    
130  =item  CELLO(loc)  =item PDB (seq)
131    
132  =item TMHMM (loc)  =item TMHMM (loc)
133    
# Line 156  Line 166 
166  sub type {  sub type {
167    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
168    
169    return $self->{acc};    return $self->{type};
170  }  }
171    
172  =head3 start()  =head3 start()
# Line 183  Line 193 
193    return $self->{stop};    return $self->{stop};
194  }  }
195    
196  =head3 evalue()  =head3 start()
197    
198  E-value or P-Value if present.  Start of hit in query sequence.
199    
200  =cut  =cut
201    
202  sub evalue {  sub qstart {
203    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
204    
205    return $self->{evalue};      return $self->{qstart};
206  }  }
207    
208  =head3 score()  =head3 qstop()
   
 Score if present.  
209    
210  B<Please note: >  End of the hit in query sequence.
 Either score or eval are required.  
211    
212  =cut  =cut
213    
214  sub score {  sub qstop {
215    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
216    return $self->{score};  
217        return $self->{qstop};
218  }  }
219    
220    =head3 hstart()
221    
222  =head3 display_method()  Start of hit in hit sequence.
223    
224  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  =cut
 In the case of a BLAST alignment of fid1 and fid2 a cgi script  
 will be called to display the results of running the command "bl2seq fid1 fid2".  
225    
226  B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.  sub hstart {
227        my ($self) = @_;
228    
229  =cut      return $self->{hstart};
230    }
231    
232  sub display {  =head3 end()
233    
234    die "Abstract Method Called\n";  End of the hit in hit sequence.
235    
236  }  =cut
237    
238    sub hstop {
239        my ($self) = @_;
240    
241  =head3 rank()      return $self->{hstop};
242    }
243    
244  Returns an integer from 1 - 10 indicating the importance of this observations.  =head3 qlength()
245    
246  Currently always returns 1.  length of the query sequence in similarities
247    
248  =cut  =cut
249    
250  sub rank {  sub qlength {
251    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
252    
253  #  return $self->{rank};      return $self->{qlength};
   
   return 1;  
254  }  }
255    
256  =head3 supports_annotation()  =head3 hlength()
   
 Does a this observation support the annotation of its feature?  
257    
258  Returns  length of the hit sequence in similarities
259    
260  =over 3  =cut
261    
262  =item 10, if feature annotation is identical to $self->description  sub hlength {
263        my ($self) = @_;
264    
265  =item 1, Feature annotation is similar to $self->annotation; this is computed using FIG::SameFunc()      return $self->{hlength};
266    }
267    
268  =item undef  =head3 evalue()
269    
270  =back  E-value or P-Value if present.
271    
272  =cut  =cut
273    
274  sub supports_annotation {  sub evalue {
275    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
276    
277    # no code here so far    return $self->{evalue};
   
   return $self->{supports_annotation};  
278  }  }
279    
280  =head3 url()  =head3 score()
281    
282  URL describing the subject. In case of a BLAST hit against a sequence, this URL will lead to a page displaying the sequence record for the sequence. In case of an HMM hit, the URL will be to the URL description.  Score if present.
283    
284  =cut  =cut
285    
286  sub url {  sub score {
287    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
288      return $self->{score};
289    }
290    
291    =head3 display()
292    
293    will be different for each type
294    
295    =cut
296    
297    my $url = get_url($self->type, $self->acc);  sub display {
298    
299      die "Abstract Method Called\n";
300    
   return $url;  
301  }  }
302    
303  =head3 get_objects()  =head3 display_table()
304    
305  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  will be different for each type
306    
307    =cut
308    
309    sub display_table {
310    
311  It will probably have to:    die "Abstract Table Method Called\n";
312    
 - get all sims for the feature  
 - get all bbhs for the feature  
 - copy information from sim to bbh (bbh have no match location etc)  
 - get pchs (difficult)  
 - get attributes (there is code for this that in get_attribute_based_observations  
 - get_attributes_based_observations returns an array of arrays of hashes like this"  
   
   my $dataset  
      [  
        [ { name => 'acc', value => '1234' },  
         { name => 'from', value => '4' },  
         { name => 'to', value => '400' },  
         ....  
        ],  
        [ { name => 'acc', value => '456' },  
         { name => 'from', value => '1' },  
         { name => 'to', value => '100' },  
         ....  
        ],  
        ...  
      ];  
    return $datasets;  
313   }   }
314    
315  It will invoke the required calls to the SEED API to retrieve the information required.  =head3 get_objects()
316    
317    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
318    
319  =cut  =cut
320    
321  sub get_objects {  sub get_objects {
322      my ($self,$fid,$classes) = @_;      my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;
   
323    
324      my $objects = [];      my $objects = [];
325      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
# Line 327  Line 327 
327      # call function that fetches attribute based observations      # call function that fetches attribute based observations
328      # returns an array of arrays of hashes      # returns an array of arrays of hashes
329    
330      if(scalar(@$classes) < 1){      if($scope){
331          get_attribute_based_observations($fid,\@matched_datasets);          get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
         get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);  
         get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);  
         get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);  
332      }      }
333      else{      else{
         #IPR,CDD,CELLO,PFAM,SIGNALP - attribute based  
334          my %domain_classes;          my %domain_classes;
335          foreach my $class (@$classes){          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
336              if($class =~/(IPR|CDD|PFAM)/){          $domain_classes{'CDD'} = 1;
337                  $domain_classes{$class} = 1;          $domain_classes{'PFAM'} = 1;
338            get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
339              }          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
340          }          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);
341          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets);          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
342            get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343          #add CELLO and SignalP later          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344      }      }
345    
346      foreach my $dataset (@matched_datasets) {      foreach my $dataset (@matched_datasets) {
# Line 352  Line 348 
348          if($dataset->{'type'} eq "dom"){          if($dataset->{'type'} eq "dom"){
349              $object = Observation::Domain->new($dataset);              $object = Observation::Domain->new($dataset);
350          }          }
351            elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
352                $object = Observation::FC->new($dataset);
353            }
354            elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
355                $object = Observation::Identical->new($dataset);
356            }
357            elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
358                $object = Observation::Location->new($dataset);
359            }
360            elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
361                $object = Observation::Sims->new($dataset);
362            }
363            elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
364                $object = Observation::Cluster->new($dataset);
365            }
366            elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
367                $object = Observation::PDB->new($dataset);
368            }
369    
370          push (@$objects, $object);          push (@$objects, $object);
371      }      }
372    
# Line 359  Line 374 
374    
375  }  }
376    
377  =head1 Internal Methods  =head
378        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
379    =cut
380    
381  These methods are not meant to be used outside of this package.  sub get_attributes{
382        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
383        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
384        return @attributes;
385    }
386    
387  B<Please do not use them outside of this package!>  =head3 get_sims_objects()
388    
389    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
390    
391  =cut  =cut
392    
393    sub get_sims_objects {
394        my ($self,$fid,$fig,$parameters) = @_;
395    
396        my $objects = [];
397        my @matched_datasets=();
398    
399  =head3 get_url (internal)      # call function that fetches attribute based observations
400        # returns an array of arrays of hashes
401        get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
402    
403  get_url() return a valid URL or undef for any observation.      foreach my $dataset (@matched_datasets) {
404            my $object;
405            if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
406                $object = Observation::Sims->new($dataset);
407            }
408            push (@$objects, $object);
409        }
410        return $objects;
411    }
412    
 URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()  
413    
414  Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.  =head3 display_housekeeping
415    This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
416    
417  =cut  =cut
418    sub display_housekeeping {
419        my ($self,$fid,$fig) = @_;
420        my $content = [];
421        my $row = [];
422    
423        my $org_name = $fig->org_of($fid);
424        my $org_id = $fig->genome_of($fid);
425        my $function = $fig->function_of($fid);
426        #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
427        my $length = $fig->translation_length($fid);
428    
429        push (@$row, $org_name);
430        push (@$row, $fid);
431        push (@$row, $length);
432        push (@$row, $function);
433    
434        # initialize the table for commentary and annotations
435        #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
436        #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
437        #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
438        #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
439        #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
440        #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
441        #$content .= qq(</table><p>\n);
442    
443  sub get_url {      push(@$content, $row);
444    
445   my ($self) = @_;      return ($content);
446   my $url='';  }
447    
448  # a hash with a URL for each observation; identified by name()  =head3 get_sims_summary
449  #my $URL             => { 'PFAM' => "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?" ,\  This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
 #                       'IPR'    => "http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=" ,\  
 #                          'CDD' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'PIR'    => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'FIGFAM' => '',\  
 #                          'sim'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id=",\  
 #                          'bbh'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id="  
 #};  
450    
451  # if (defined $URL{$self->name}) {  =cut
452  #     $url = $URL{$self->name}.$self->acc;  
453  #     return $url;  sub get_sims_summary {
454  # }      my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
455  # else      my %families;
456       return undef;      my $taxes = $fig->taxonomy_list();
457    
458        foreach my $thing (@$dataset) {
459            my ($id, $evalue);
460            if ($thing =~ /fig\|/){
461                $id = $thing;
462                $evalue = -1;
463            }
464            else{
465                next if ($thing->class ne "SIM");
466                $id      = $thing->acc;
467                $evalue  = $thing->evalue;
468            }
469            next if ($id !~ /fig\|/);
470            next if ($fig->is_deleted_fid($id));
471    
472            my $genome = $fig->genome_of($id);
473            #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
474            my $taxonomy = $taxes->{$genome};
475            my $parent_tax = "Root";
476            my @currLineage = ($parent_tax);
477            push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
478            my $level = 2;
479            foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
480                push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
481                push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
482                $families{level}{$tax} = $level;
483                push (@currLineage, $tax);
484                $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
485                $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
486                if (defined ($families{evalue}{$tax})){
487                    if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
488                        $families{evalue}{$tax} = $evalue;
489                        $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
490                    }
491                }
492                else{
493                    $families{evalue}{$tax} = $evalue;
494                    $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
495  }  }
496    
497  =head3 get_display_method (internal)              $parent_tax = $tax;
498                $level++;
499            }
500        }
501    
502  get_display_method() return a valid URL or undef for any observation.      foreach my $key (keys %{$families{children}}){
503            $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
504    
505  URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()          my %saw;
506  and Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
507            $families{children}{$key} = \@out;
508        }
509    
510  =cut      return \%families;
511    }
512    
513  sub get_display_method {  =head1 Internal Methods
514    
515   my ($self) = @_;  These methods are not meant to be used outside of this package.
516    
517  # a hash with a URL for each observation; identified by name()  B<Please do not use them outside of this package!>
 #my $URL             => { 'sim'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1=",\  
 #                        'bbh'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1="  
 # };  
518    
519  #if (defined $URL{$self->name}) {  =cut
520  #     $url = $URL{$self->name}.$self->feature_id."&id2=".$self->acc;  
521  #     return $url;  sub get_taxcolor{
522  # }      my ($evalue) = @_;
523  # else      my $color;
524       return undef;      if ($evalue == -1){            $color = "black";      }
525        elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){        $color = "#FF2000";    }
526        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }
527        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }
528        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }
529        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = "#FFCC00";    }
530        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = "#FFFF00";    }
531        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = "#CCFF00";    }
532        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = "#66FF00";    }
533        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = "#00FF00";    }
534        else{        $color = "#6666FF";    }
535        return ($color);
536  }  }
537    
538    
539  sub get_attribute_based_domain_observations{  sub get_attribute_based_domain_observations{
540    
541      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
542      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
543    
544      my $fig = new FIG;      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
   
     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {  
545          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
546          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
547          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
548            my $name = $parts[1];
549            #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
550    
551          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
552              my $val = @$attr_ref[2];              my $val = @$attr_ref[2];
# Line 447  Line 555 
555                  my $from = $2;                  my $from = $2;
556                  my $to = $3;                  my $to = $3;
557                  my $evalue;                  my $evalue;
558                  if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){                  if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
559                      my $part2 = 1000 - $1;                      my $part2 = 1000 - $1;
560                      my $part1 = $2/100;                      my $part1 = $2/100;
561                      $evalue = $part1."e-".$part2;                      $evalue = $part1."e-".$part2;
562                  }                  }
563                    elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
564                        $evalue=$raw_evalue;
565                    }
566                  else{                  else{
567                      $evalue = "0.0";                      $evalue = "0.0";
568                  }                  }
# Line 461  Line 572 
572                                 'type' => "dom" ,                                 'type' => "dom" ,
573                                 'evalue' => $evalue,                                 'evalue' => $evalue,
574                                 'start' => $from,                                 'start' => $from,
575                                 'stop' => $to                                 'stop' => $to,
576                                   'fig_id' => $fid,
577                                   'score' => $raw_evalue
578                                 };                                 };
579    
580                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
# Line 470  Line 583 
583      }      }
584  }  }
585    
586  =head3 get_attribute_based_evidence (internal)  sub get_attribute_based_location_observations{
587    
588  This method retrieves evidence from the attribute server      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
589        #my $fig = new FIG;
590    
591  =cut      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
592    
593  sub get_attribute_based_observations{      my $dataset = {'type' => "loc",
594                       'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
595                       'fig_id' => $fid
596                       };
597    
598      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
599      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);          my $key = @$attr_ref[1];
600            next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/)  && ($key !~/Phobius/) );
601            my @parts = split("::",$key);
602            my $sub_class = $parts[0];
603            my $sub_key = $parts[1];
604            my $value = @$attr_ref[2];
605            if($sub_class eq "SignalP"){
606                if($sub_key eq "cleavage_site"){
607                    my @value_parts = split(";",$value);
608                    $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
609                    $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
610                }
611                elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
612                    $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
613                }
614            }
615    
616            elsif($sub_class eq "CELLO"){
617                $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
618                $dataset->{'cello_score'} = $value;
619            }
620    
621      my $_myfig = new FIG;          elsif($sub_class eq "Phobius"){
622                if($sub_key eq "transmembrane"){
623                    $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
624                }
625                elsif($sub_key eq "signal"){
626                    $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
627                }
628            }
629    
630      foreach my $attr_ref ($_myfig->get_attributes($fid)) {          elsif($sub_class eq "TMPRED"){
631                my @value_parts = split(/\;/,$value);
632                $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
633                $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
634            }
635        }
636    
637          # convert the ref into a string for easier handling      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
         my ($string) = "@$attr_ref";  
638    
639  #       print "S:$string\n";  }
         my ($key,$val) = ( $string =~ /\S+\s(\S+)\s(\S+)/);  
640    
641          # THIS SHOULD BE DONE ANOTHER WAY FM->TD  =head3 get_pdb_observations() (internal)
         # we need to do the right thing for each type, ie no evalue for CELLO and no coordinates, but a score, etc  
         # as fas as possible this should be configured so that the type of observation and the regexp are  
         # stored somewhere for easy expansion  
         #  
642    
643          if (($key =~ /PFAM::/) || ( $key =~ /IPR::/) || ( $key =~ /CDD::/) ) {  This methods sets the type and class for pdb observations
644    
645              # some keys are composite CDD::1233244 or PFAM:PF1233  =cut
646    
647              if ( $key =~ /::/ ) {  sub get_pdb_observations{
648                  my ($firstkey,$restkey) = ( $key =~ /([a-zA-Z0-9]+)::(.*)/);      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
                 $val=$restkey.";".$val;  
                 $key=$firstkey;  
             }  
649    
650              my ($acc,$raw_evalue, $from,$to) = ($val =~ /(\S+);(\S+);(\d+)-(\d+)/ );      #my $fig = new FIG;
651    
652              my $evalue= 255;      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
653              if (defined $raw_evalue) { # some of the tool do not give us an evalue          my $key = @$attr_ref[1];
654            next if ( ($key !~ /PDB/));
655            my($key1,$key2) =split("::",$key);
656            my $value = @$attr_ref[2];
657            my ($evalue,$location) = split(";",$value);
658    
659                  my ($k,$expo) = ( $raw_evalue =~ /(\d+).(\d+)/);          if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
660                  my ($new_k, $new_exp);              my $part2 = 1000 - $1;
661                my $part1 = $2/100;
662                $evalue = $part1."e-".$part2;
663            }
664    
665                  #          my($start,$stop) =split("-",$location);
                 #  THIS DOES NOT WORK PROPERLY  
                 #  
                 if($raw_evalue =~/(\d+).(\d+)/){  
666    
667  #                   $new_exp = (1000+$expo);          my $url = @$attr_ref[3];
668          #           $new_k = $k / 100;          my $dataset = {'class' => 'PDB',
669                           'type' => 'seq' ,
670                           'acc' => $key2,
671                           'evalue' => $evalue,
672                           'start' => $start,
673                           'stop' => $stop,
674                           'fig_id' => $fid
675                           };
676    
677            push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
678                  }                  }
                 $evalue = "0.01"#new_k."e-".$new_exp;  
679              }              }
680    
681              # unroll it all into an array of hashes  =head3 get_cluster_observations() (internal)
             # this needs to be done differently for different types of observations  
             my $dataset = [ { name => 'class', value => $key },  
                             { name => 'acc' , value => $acc},  
                             { name => 'type', value => "dom"} , # this clearly needs to be done properly FM->TD  
                             { name => 'evalue', value => $evalue },  
                             { name => 'start', value => $from},  
                             { name => 'stop' , value => $to}  
                             ];  
682    
683    This methods sets the type and class for cluster observations
684    
685    =cut
686    
687    sub get_cluster_observations{
688        my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
689    
690        my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
691                       'type' => 'fc',
692                       'context' => $scope,
693                       'fig_id' => $fid
694                       };
695              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
696          }          }
697      }  
 }  
698    
699  =head3 get_sims_observations() (internal)  =head3 get_sims_observations() (internal)
700    
# Line 549  Line 703 
703  =cut  =cut
704    
705  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
706        my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
707    
708      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter, $sim_filters);
709      my $fig = new FIG;      if ($parameters->{flag}){
710      my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"fig");        $max_sims = $parameters->{max_sims};
711          $max_expand = $parameters->{max_expand};
712          $max_eval = $parameters->{max_eval};
713          $db_filter = $parameters->{db_filter};
714          $sim_filters->{ sort_by } = $parameters->{sim_order};
715          #$sim_order = $parameters->{sim_order};
716          $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
717        }
718        else{
719          $max_sims = 50;
720          $max_expand = 5;
721          $max_eval = 1e-5;
722          $db_filter = "figx";
723          $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
724          #$sim_order = "id";
725        }
726    
727        my($id, $genome, @genomes, %sims);
728        my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
729        @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
730      my ($dataset);      my ($dataset);
731      foreach my $sim (@sims){  
732        if ($group_by_genome){
733          #  Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
734          foreach $sim ( @tmp ){
735            $id = $sim->id2;
736            $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
737            if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
738            push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
739          }
740          @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
741        }
742    
743        foreach my $sim (@tmp){
744          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
745            my $percent = $sim->[2];
746          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
747          my $from = $sim->[8];          my $qfrom = $sim->[6];
748          my $to = $sim->[9];          my $qto = $sim->[7];
749          $dataset = [ { name => 'class', value => "SIM" },          my $hfrom = $sim->[8];
750                          { name => 'acc' , value => $hit},          my $hto = $sim->[9];
751                          { name => 'type', value => "seq"} ,          my $qlength = $sim->[12];
752                          { name => 'evalue', value => $evalue },          my $hlength = $sim->[13];
753                          { name => 'start', value => $from},          my $db = get_database($hit);
754                          { name => 'stop' , value => $to}          my $func = $fig->function_of($hit);
755                          ];          my $organism = $fig->org_of($hit);
756    
757            $dataset = {'class' => 'SIM',
758                        'query' => $sim->[0],
759                        'acc' => $hit,
760                        'identity' => $percent,
761                        'type' => 'seq',
762                        'evalue' => $evalue,
763                        'qstart' => $qfrom,
764                        'qstop' => $qto,
765                        'hstart' => $hfrom,
766                        'hstop' => $hto,
767                        'database' => $db,
768                        'organism' => $organism,
769                        'function' => $func,
770                        'qlength' => $qlength,
771                        'hlength' => $hlength,
772                        'fig_id' => $fid
773                        };
774    
775      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
776      }      }
777  }  }
778    
779    =head3 get_database (internal)
780    This method gets the database association from the sequence id
781    
782    =cut
783    
784    sub get_database{
785        my ($id) = (@_);
786    
787        my ($db);
788        if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "SEED" }
789        elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }
790        elsif ($id =~ /^gb\|/)            { $db = "GenBank" }
791        elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }
792        elsif ($id =~ /^ref\|/)           { $db = "RefSeq" }
793        elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }
794        elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
795        elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
796        elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }
797        elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/))    { $db = "KEGG" }
798        elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }
799        elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
800        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
801        elsif ($id =~ /^pdb\|/)           { $db = "PDB" }
802        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "IMG" }
803        elsif ($id =~ /^cmr\|/)           { $db = "CMR" }
804        elsif ($id =~ /^dbj\|/)           { $db = "DBJ" }
805    
806        return ($db);
807    
808    }
809    
810    
811  =head3 get_identical_proteins() (internal)  =head3 get_identical_proteins() (internal)
812    
813  This methods retrieves sims fills the internal data structures.  This methods retrieves sims fills the internal data structures.
# Line 578  Line 816 
816    
817  sub get_identical_proteins{  sub get_identical_proteins{
818    
819      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
820      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
821      my @funcs = ();      my $funcs_ref;
822    
823      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
   
824      foreach my $id (@maps_to) {      foreach my $id (@maps_to) {
825          my ($tmp, $who);          my ($tmp, $who);
826          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
827              if ($id =~ /^fig\|/)           { $who = "FIG" }              $who = &get_database($id);
828              elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $who = "NCBI" }              push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
             elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $who = "RefSeq" }  
             elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $who = "SwissProt" }  
             elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $who = "UniProt" }  
             elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $who = "TIGR" }  
             elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $who = "PIR" }  
             elsif ($id =~ /^kegg\|/)          { $who = "KEGG" }  
             elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $who = "TrEMBL" }  
             elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $who = "ASAP" }  
   
             push(@funcs, [$id,$who,$tmp]);  
829          }          }
830      }      }
831    
832      my ($dataset);      my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
833      foreach my $row (@funcs){                     'type' => 'seq',
834          my $id = $row->[0];                     'fig_id' => $fid,
835          my $organism = $fig->org_of($fid);                     'rows' => $funcs_ref
836          my $who = $row->[1];                     };
837          my $assignment = $row->[2];  
         $dataset = [ { name => 'class', value => "IDENTICAL" },  
                      { name => 'id' , value => $id},  
                      { name => 'organism', value => "$organism"} ,  
                      { name => 'database', value => $who },  
                      { name => 'description' , value => $assignment}  
                      ];  
838          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
839      }  
840    
841  }  }
842    
# Line 627  Line 848 
848    
849  sub get_functional_coupling{  sub get_functional_coupling{
850    
851      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
852      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
853      my @funcs = ();      my @funcs = ();
854    
855      # initialize some variables      # initialize some variables
# Line 645  Line 866 
866                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
867                    } @fc_data;                    } @fc_data;
868    
869      my ($dataset);      my $dataset = {'class' => 'PCH',
870      foreach my $row (@rows){                     'type' => 'fc',
871          my $id = $row->[1];                     'fig_id' => $fid,
872          my $score = $row->[0];                     'rows' => \@rows
873          my $description = $row->[2];                     };
874          $dataset = [ { name => 'class', value => "FC" },  
                      { name => 'score' , value => $score},  
                      { name => 'id', value => "$id"} ,  
                      { name => 'description' , value => $description}  
                      ];  
875          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
876      }  
877  }  }
878    
879  =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)  =head3 new (internal)
880    
881  This methods retrieves sims and also BBHs and fills the internal data structures.  Instantiate a new object.
882    
883  =cut  =cut
884    
885  #     sub get_sims_and_bbhs{  sub new {
886      my ($class,$dataset) = @_;
 #       # blast m8 output format  
 #       # id1, id2, %ident, align len, mismatches, gaps, q.start, q.stop, s. start, s.stop, eval, bit  
   
 #       my $Sims=();  
 #       @sims_src = $fig->sims($fid,80,500,"fig",0);  
 #       print "found $#sims_src SIMs\n";  
 #       foreach $sims (@sims_src) {  
 #           my ($sims_string) = "@$sims";  
 # #       print "$sims_string\n";  
 #           my ($rfid,$start,$stop,$eval) = ( $sims_string =~ /\S+\s+(\S+)\s+\S+\s\S+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+  
 #                                             \S+\s+\S+\s+\S+\s+\S+\s+(\S+)+.*/);  
 # #       print "ID: $rfid, E:$eval, Start:$start stop:$stop\n";  
 #           $Sims{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $Sims{$rfid}{'start'}=$start;  
 #           $Sims{$rfid}{'stop'}=$stop;  
 #           print "$rfid $Sims{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
   
 #       # BBHs  
 #       my $BBHs=();  
   
 #       @bbhs_src = $fig->bbhs($fid,1.0e-10);  
 #       print "found $#bbhs_src BBHs\n";  
 #       foreach $bbh (@bbhs_src) {  
 #           #print "@$bbh\n";  
 #           my ($bbh_string) = "@$bbh";  
 #           my ($rfid,$eval,$score) = ( $bbh_string =~ /(\S+)\s(\S+)\s(\S+)/);  
 #           #print "ID: $rfid, E:$eval, S:$score\n";  
 #           $BBHs{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $BBHs{$rfid}{'score'}=$score;  
 # #print "$rfid $BBHs{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
887    
888  #     }    my $self = { class => $dataset->{'class'},
889                   type => $dataset->{'type'},
890                   fig_id => $dataset->{'fig_id'},
891                   score => $dataset->{'score'},
892               };
893    
894      bless($self,$class);
895    
896      return $self;
897    }
898    
899  =head3 new (internal)  =head3 identity (internal)
900    
901  Instantiate a new object.  Returns the % identity of the similar sequence
902    
903  =cut  =cut
904    
905  sub new {  sub identity {
906    my ($class,$dataset) = @_;      my ($self) = @_;
   
907    
908    #$self = { acc => '',      return $self->{identity};
909  #           description => '',  }
 #           class => '',  
 #           type => '',  
 #           start => '',  
 #           stop => '',  
 #           evalue => '',  
 #           score => '',  
 #           display_method => '',  
 #           feature_id => '',  
 #           rank => '',  
 #           supports_annotation => '',  
 #           id => '',  
 #            organism => '',  
 #            who => ''  
 #         };  
910    
911    my $self = { class => $dataset->{'class'},  =head3 fig_id (internal)
                type => $dataset->{'type'}  
             };  
912    
913    bless($self,$class);  =cut
914    
915    return $self;  sub fig_id {
916      my ($self) = @_;
917      return $self->{fig_id};
918  }  }
919    
920  =head3 feature_id (internal)  =head3 feature_id (internal)
# Line 775  Line 952 
952      return $self->{organism};      return $self->{organism};
953  }  }
954    
955  =head3 database (internal)  =head3 function (internal)
956    
957  Returns the database of the identical sequence  Returns the function of the identical sequence
958    
959  =cut  =cut
960    
961  sub database {  sub function {
962      my ($self) = @_;      my ($self) = @_;
963    
964      return $self->{database};      return $self->{function};
965  }  }
966    
967  #package Observation::Identical;  =head3 database (internal)
 #1;  
 #  
 #our @ISA = qw(Observation);  # inherits all the methods from Observation  
968    
969  =head3 display_identical()  Returns the database of the identical sequence
970    
971  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  =cut
972    
973    sub database {
974        my ($self) = @_;
975    
976        return $self->{database};
977    }
978    
979    ############################################################
980    ############################################################
981    package Observation::PDB;
982    
983    use base qw(Observation);
984    
985    sub new {
986    
987        my ($class,$dataset) = @_;
988        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
989        $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
990        $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
991        $self->{start} = $dataset->{'start'};
992        $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
993        bless($self,$class);
994        return $self;
995    }
996    
997    =head3 display()
998    
999    displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
1000    
1001    =cut
1002    
1003    sub display{
1004        my ($self,$gd,$fig) = @_;
1005    
1006        my $fid = $self->fig_id;
1007        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1008                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1009                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1010                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1011    
1012        my $acc = $self->acc;
1013    
1014        my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
1015        my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
1016        if(!scalar(@$pdb_objs)){
1017            $pdb_description = "not available";
1018            $pdb_source = "not available";
1019            $pdb_ligand = "not available";
1020        }
1021        else{
1022            my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
1023            $pdb_description = $pdb_obj->description;
1024            $pdb_source = $pdb_obj->source;
1025            $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
1026        }
1027    
1028        my $lines = [];
1029        my $line_data = [];
1030        my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
1031                            'hover_title' => 'PDB',
1032                            'short_title' => "best PDB",
1033                            'basepair_offset' => '1' };
1034    
1035        #my $fig = new FIG;
1036        my $seq = $fig->get_translation($fid);
1037        my $fid_stop = length($seq);
1038    
1039        my $fid_element_hash = {
1040            "title" => $fid,
1041            "start" => '1',
1042            "end" =>  $fid_stop,
1043            "color"=> '1',
1044            "zlayer" => '1'
1045            };
1046    
1047        push(@$line_data,$fid_element_hash);
1048    
1049        my $links_list = [];
1050        my $descriptions = [];
1051    
1052        my $name;
1053        $name = {"title" => 'id',
1054                 "value" => $acc};
1055        push(@$descriptions,$name);
1056    
1057        my $description;
1058        $description = {"title" => 'pdb description',
1059                        "value" => $pdb_description};
1060        push(@$descriptions,$description);
1061    
1062        my $score;
1063        $score = {"title" => "score",
1064                  "value" => $self->evalue};
1065        push(@$descriptions,$score);
1066    
1067        my $start_stop;
1068        my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
1069        $start_stop = {"title" => "start-stop",
1070                       "value" => $start_stop_value};
1071        push(@$descriptions,$start_stop);
1072    
1073        my $source;
1074        $source = {"title" => "source",
1075                  "value" => $pdb_source};
1076        push(@$descriptions,$source);
1077    
1078        my $ligand;
1079        $ligand = {"title" => "pdb ligand",
1080                   "value" => $pdb_ligand};
1081        push(@$descriptions,$ligand);
1082    
1083        my $link;
1084        my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1085    
1086        $link = {"link_title" => $acc,
1087                 "link" => $link_url};
1088        push(@$links_list,$link);
1089    
1090        my $pdb_element_hash = {
1091            "title" => "PDB homology",
1092            "start" => $self->start,
1093            "end" =>  $self->stop,
1094            "color"=> '6',
1095            "zlayer" => '3',
1096            "links_list" => $links_list,
1097            "description" => $descriptions};
1098    
1099        push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1100        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1101    
1102        return $gd;
1103    }
1104    
1105    1;
1106    
1107    ############################################################
1108    ############################################################
1109    package Observation::Identical;
1110    
1111    use base qw(Observation);
1112    
1113    sub new {
1114    
1115        my ($class,$dataset) = @_;
1116        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1117        $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1118    
1119        bless($self,$class);
1120        return $self;
1121    }
1122    
1123    =head3 display_table()
1124    
1125    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1126  This code will display a table for the identical protein  This code will display a table for the identical protein
1127    
1128    
1129  B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.  B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1130    dence.
1131    
1132  =cut  =cut
1133    
 sub display_identical {  
     my ($self, $fid, $cgi) = @_;  
1134    
1135      my $content;  sub display_table{
1136      my $array=Observation->get_objects($fid);      my ($self,$fig) = @_;
1137    
1138        #my $fig = new FIG;
1139        my $fid = $self->fig_id;
1140        my $rows = $self->rows;
1141        my $cgi = new CGI;
1142      my $all_domains = [];      my $all_domains = [];
1143      my $count_identical = 0;      my $count_identical = 0;
1144      foreach my $thing (@$array) {      my $content;
1145          next if ($thing->class ne "IDENTICAL");      foreach my $row (@$rows) {
1146            my $id = $row->[0];
1147            my $who = $row->[1];
1148            my $assignment = $row->[2];
1149            my $organism = $fig->org_of($id);
1150          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1151          push(@$single_domain,$thing->class);          push(@$single_domain,$who);
1152          my $id = $thing->id;          push(@$single_domain,"<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>");
1153          $count_identical++;          push(@$single_domain,$organism);
1154          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));          push(@$single_domain,$assignment);
         push(@$single_domain,$thing->organism);  
         push(@$single_domain,$thing->database);  
         push(@$single_domain,$thing->description);  
1155          push(@$all_domains,$single_domain);          push(@$all_domains,$single_domain);
1156            $count_identical++;
1157      }      }
1158    
1159      if ($count_identical >0){      if ($count_identical >0){
1160          my $table_component = $self->application->component('DomainTable');          $content = $all_domains;
   
         $table_component->columns ([ { 'name' => 'Name', 'filter' => 1 },  
                                      { 'name' => 'ID' },  
                                      { 'name' => 'Organism' },  
                                      { 'name' => 'Database' },  
                                      { 'name' => 'Assignment' }  
                                      ]);  
         $table_component->data($all_domains);  
         $table_component->show_top_browse(1);  
         $table_component->show_bottom_browse(1);  
         $table_component->items_per_page(50);  
         $table_component->show_select_items_per_page(1);  
         $content .= $table_component->output();  
1161      }      }
1162      else{      else{
1163          $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
# Line 845  Line 1165 
1165      return ($content);      return ($content);
1166  }  }
1167    
1168    1;
1169    
1170    #########################################
1171    #########################################
1172    package Observation::FC;
1173    1;
1174    
1175    use base qw(Observation);
1176    
1177    sub new {
1178    
1179        my ($class,$dataset) = @_;
1180        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1181        $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1182    
1183        bless($self,$class);
1184        return $self;
1185    }
1186    
1187    =head3 display_table()
1188    
1189    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1190    This code will display a table for the identical protein
1191    
1192    
1193    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1194    dence.
1195    
1196    =cut
1197    
1198    sub display_table {
1199    
1200        my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1201        my $fid = $self->fig_id;
1202        my $rows = $self->rows;
1203        my $cgi = new CGI;
1204        my $functional_data = [];
1205        my $count = 0;
1206        my $content;
1207    
1208        foreach my $row (@$rows) {
1209            my $single_domain = [];
1210            $count++;
1211    
1212            # construct the score link
1213            my $score = $row->[0];
1214            my $toid = $row->[1];
1215            my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1216            my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1217    
1218            push(@$single_domain,$sc_link);
1219            push(@$single_domain,$row->[1]);
1220            push(@$single_domain,$row->[2]);
1221            push(@$functional_data,$single_domain);
1222        }
1223    
1224        if ($count >0){
1225            $content = $functional_data;
1226        }
1227        else
1228        {
1229            $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1230        }
1231        return ($content);
1232    }
1233    
1234    
1235    #########################################
1236    #########################################
1237  package Observation::Domain;  package Observation::Domain;
1238    
1239  use base qw(Observation);  use base qw(Observation);
# Line 865  Line 1254 
1254  sub display {  sub display {
1255      my ($thing,$gd) = @_;      my ($thing,$gd) = @_;
1256      my $lines = [];      my $lines = [];
1257      my $line_config = { 'title' => $thing->acc,  #    my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1258                          'short_title' => $thing->type,  #                       'short_title' => $thing->type,
1259                          'basepair_offset' => '1' };  #                       'basepair_offset' => '1' };
1260      my $color = "4";      my $color = "4";
1261    
1262      my $line_data = [];      my $line_data = [];
1263      my $links_list = [];      my $links_list = [];
1264      my $descriptions = [];      my $descriptions = [];
1265    
1266      my $description_function;      my $db_and_id = $thing->acc;
1267      $description_function = {"title" => $thing->class,      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
                              "value" => $thing->acc};  
1268    
1269      push(@$descriptions,$description_function);      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1270                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1271                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1272                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1273    
1274        my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1275        if($db eq "CDD"){
1276            my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1277            if(!scalar(@$cdd_objs)){
1278                $name_title = "name";
1279                $name_value = "not available";
1280                $description_title = "description";
1281                $description_value = "not available";
1282            }
1283            else{
1284                my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1285                $name_title = "name";
1286                $name_value = $cdd_obj->term;
1287                $description_title = "description";
1288                $description_value = $cdd_obj->description;
1289            }
1290        }
1291        elsif($db =~ /PFAM/){
1292            my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1293            my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1294            if(!scalar(@$pfam_objs)){
1295                $name_title = "name";
1296                $name_value = "not available";
1297                $description_title = "description";
1298                $description_value = "not available";
1299            }
1300            else{
1301                my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1302                $name_title = "name";
1303                $name_value = $pfam_obj->term;
1304                #$description_title = "description";
1305                #$description_value = $pfam_obj->description;
1306            }
1307        }
1308    
1309        my $short_title = $thing->acc;
1310        $short_title =~ s/::/ - /ig;
1311        my $new_short_title=$short_title;
1312        if ($short_title =~ /interpro/){
1313            ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1314        }
1315        my $line_config = { 'title' => $name_value,
1316                            'hover_title', => 'Domain',
1317                            'short_title' => $new_short_title,
1318                            'basepair_offset' => '1' };
1319    
1320        my $name;
1321        my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1322        $name = {"title" => $db,
1323                 "value" => $new_id};
1324        push(@$descriptions,$name);
1325    
1326    #    my $description;
1327    #    $description = {"title" => $description_title,
1328    #                   "value" => $description_value};
1329    #    push(@$descriptions,$description);
1330    
1331      my $score;      my $score;
1332      $score = {"title" => "score",      $score = {"title" => "score",
1333                "value" => $thing->evalue};                "value" => $thing->evalue};
1334      push(@$descriptions,$score);      push(@$descriptions,$score);
1335    
1336        my $location;
1337        $location = {"title" => "location",
1338                     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1339        push(@$descriptions,$location);
1340    
1341      my $link_id;      my $link_id;
1342      if ($thing->acc =~/CDD::(\d+)/){      if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1343          $link_id = $1;          $link_id = $1;
1344      }      }
1345    
1346      my $link;      my $link;
1347        my $link_url;
1348        if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1349        elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1350        else{$link_url = "NO_URL"}
1351    
1352      $link = {"link_title" => $thing->acc,      $link = {"link_title" => $thing->acc,
1353               "link" => "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"};               "link" => $link_url};
1354      push(@$links_list,$link);      push(@$links_list,$link);
1355    
1356      my $element_hash = {      my $element_hash = {
1357          "title" => $thing->type,          "title" => $name_value,
1358          "start" => $thing->start,          "start" => $thing->start,
1359          "end" =>  $thing->stop,          "end" =>  $thing->stop,
1360          "color"=> $color,          "color"=> $color,
# Line 911  Line 1369 
1369    
1370  }  }
1371    
1372    sub display_table {
1373        my ($self,$dataset) = @_;
1374        my $cgi = new CGI;
1375        my $data = [];
1376        my $count = 0;
1377        my $content;
1378    
1379        foreach my $thing (@$dataset) {
1380            next if ($thing->type !~ /dom/);
1381            my $single_domain = [];
1382            $count++;
1383    
1384            my $db_and_id = $thing->acc;
1385            my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1386    
1387            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1388                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1389                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1390                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1391    
1392            my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1393            if($db eq "CDD"){
1394                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1395                if(!scalar(@$cdd_objs)){
1396                    $name_title = "name";
1397                    $name_value = "not available";
1398                    $description_title = "description";
1399                    $description_value = "not available";
1400                }
1401                else{
1402                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1403                    $name_title = "name";
1404                    $name_value = $cdd_obj->term;
1405                    $description_title = "description";
1406                    $description_value = $cdd_obj->description;
1407                }
1408            }
1409            elsif($db =~ /PFAM/){
1410                my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1411                my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1412                if(!scalar(@$pfam_objs)){
1413                    $name_title = "name";
1414                    $name_value = "not available";
1415                    $description_title = "description";
1416                    $description_value = "not available";
1417                }
1418                else{
1419                    my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1420                    $name_title = "name";
1421                    $name_value = $pfam_obj->term;
1422                    #$description_title = "description";
1423                    #$description_value = $pfam_obj->description;
1424                }
1425            }
1426    
1427            my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1428    
1429            push(@$single_domain,$db);
1430            push(@$single_domain,$thing->acc);
1431            push(@$single_domain,$name_value);
1432            push(@$single_domain,$location);
1433            push(@$single_domain,$thing->evalue);
1434            push(@$single_domain,$description_value);
1435            push(@$data,$single_domain);
1436        }
1437    
1438        if ($count >0){
1439            $content = $data;
1440        }
1441        else
1442        {
1443            $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1444        }
1445    }
1446    
1447    
1448    #########################################
1449    #########################################
1450    package Observation::Location;
1451    
1452    use base qw(Observation);
1453    
1454    sub new {
1455    
1456        my ($class,$dataset) = @_;
1457        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1458        $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1459        $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1460        $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1461        $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1462        $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1463        $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1464        $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1465        $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1466        $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1467    
1468        bless($self,$class);
1469        return $self;
1470    }
1471    
1472    sub display_cello {
1473        my ($thing) = @_;
1474        my $html;
1475        my $cello_location = $thing->cello_location;
1476        my $cello_score = $thing->cello_score;
1477        if($cello_location){
1478            $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location  prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1479            #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1480        }
1481        return ($html);
1482    }
1483    
1484    sub display {
1485        my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1486    
1487        my $fid = $thing->fig_id;
1488        #my $fig= new FIG;
1489        my $length = length($fig->get_translation($fid));
1490    
1491        my $cleavage_prob;
1492        if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1493        my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1494        my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1495        my $cello_location = $thing->cello_location;
1496        my $cello_score = $thing->cello_score;
1497        my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1498        my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1499    
1500        my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1501        my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1502    
1503        my $lines = [];
1504    
1505        #color is
1506        my $color = "6";
1507    
1508    =head3
1509    
1510        if($cello_location){
1511            my $cello_descriptions = [];
1512            my $line_data =[];
1513    
1514            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1515                                'short_title' => 'CELLO',
1516                                'hover_title' => 'Localization',
1517                                'basepair_offset' => '1' };
1518    
1519            my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1520                                              "value" => $cello_location};
1521    
1522            push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1523    
1524            my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1525                                           "value" => $cello_score};
1526    
1527            push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1528    
1529            my $element_hash = {
1530                "title" => "CELLO",
1531                "color"=> $color,
1532                "start" => "1",
1533                "end" =>  $length + 1,
1534                "zlayer" => '1',
1535                "description" => $cello_descriptions};
1536    
1537            push(@$line_data,$element_hash);
1538            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1539        }
1540    
1541        $color = "2";
1542        if($tmpred_score){
1543            my $line_data =[];
1544            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1545                                'short_title' => 'Transmembrane',
1546                                'basepair_offset' => '1' };
1547    
1548            foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1549                my $descriptions = [];
1550                my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1551                my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1552                                 "value" => $tmpred_score};
1553    
1554                push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1555    
1556                my $element_hash = {
1557                "title" => "transmembrane location",
1558                "start" => $begin + 1,
1559                "end" =>  $end + 1,
1560                "color"=> $color,
1561                "zlayer" => '5',
1562                "type" => 'box',
1563                "description" => $descriptions};
1564    
1565                push(@$line_data,$element_hash);
1566    
1567            }
1568            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1569        }
1570    =cut
1571    
1572        if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1573            my $line_data =[];
1574            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1575                                'short_title' => 'TM and SP',
1576                                'hover_title' => 'Localization',
1577                                'basepair_offset' => '1' };
1578    
1579            foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1580                my $descriptions = [];
1581                my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1582                                 "value" => $tm_loc};
1583                push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1584    
1585                my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1586    
1587                my $element_hash = {
1588                "title" => "Phobius",
1589                "start" => $begin + 1,
1590                "end" =>  $end + 1,
1591                "color"=> '6',
1592                "zlayer" => '4',
1593                "type" => 'bigbox',
1594                "description" => $descriptions};
1595    
1596                push(@$line_data,$element_hash);
1597    
1598            }
1599    
1600            if($phobius_signal_location){
1601                my $descriptions = [];
1602                my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1603                                 "value" => $phobius_signal_location};
1604                push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1605    
1606    
1607                my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1608                my $element_hash = {
1609                "title" => "phobius signal locations",
1610                "start" => $begin + 1,
1611                "end" =>  $end + 1,
1612                "color"=> '1',
1613                "zlayer" => '5',
1614                "type" => 'box',
1615                "description" => $descriptions};
1616                push(@$line_data,$element_hash);
1617            }
1618    
1619            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1620        }
1621    
1622    =head3
1623        $color = "1";
1624        if($signal_peptide_score){
1625            my $line_data = [];
1626            my $descriptions = [];
1627    
1628            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1629                                'short_title' => 'SignalP',
1630                                'hover_title' => 'Localization',
1631                                'basepair_offset' => '1' };
1632    
1633            my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1634                                                    "value" => $signal_peptide_score};
1635    
1636            push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1637    
1638            my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1639                                             "value" => $cleavage_prob};
1640    
1641            push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1642    
1643            my $element_hash = {
1644                "title" => "SignalP",
1645                "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1646                "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1647                "type" => 'bigbox',
1648                "color"=> $color,
1649                "zlayer" => '10',
1650                "description" => $descriptions};
1651    
1652            push(@$line_data,$element_hash);
1653            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1654        }
1655    =cut
1656    
1657        return ($gd);
1658    
1659    }
1660    
1661    sub cleavage_loc {
1662      my ($self) = @_;
1663    
1664      return $self->{cleavage_loc};
1665    }
1666    
1667    sub cleavage_prob {
1668      my ($self) = @_;
1669    
1670      return $self->{cleavage_prob};
1671    }
1672    
1673    sub signal_peptide_score {
1674      my ($self) = @_;
1675    
1676      return $self->{signal_peptide_score};
1677    }
1678    
1679    sub tmpred_score {
1680      my ($self) = @_;
1681    
1682      return $self->{tmpred_score};
1683    }
1684    
1685    sub tmpred_locations {
1686      my ($self) = @_;
1687    
1688      return $self->{tmpred_locations};
1689    }
1690    
1691    sub cello_location {
1692      my ($self) = @_;
1693    
1694      return $self->{cello_location};
1695    }
1696    
1697    sub cello_score {
1698      my ($self) = @_;
1699    
1700      return $self->{cello_score};
1701    }
1702    
1703    sub phobius_signal_location {
1704      my ($self) = @_;
1705      return $self->{phobius_signal_location};
1706    }
1707    
1708    sub phobius_tm_locations {
1709      my ($self) = @_;
1710      return $self->{phobius_tm_locations};
1711    }
1712    
1713    
1714    
1715    #########################################
1716    #########################################
1717    package Observation::Sims;
1718    
1719    use base qw(Observation);
1720    
1721    sub new {
1722    
1723        my ($class,$dataset) = @_;
1724        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1725        $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1726        $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1727        $self->{query} = $dataset->{'query'};
1728        $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1729        $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1730        $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1731        $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1732        $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1733        $self->{database} = $dataset->{'database'};
1734        $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1735        $self->{function} = $dataset->{'function'};
1736        $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1737        $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1738    
1739        bless($self,$class);
1740        return $self;
1741    }
1742    
1743    =head3 display()
1744    
1745    If available use the function specified here to display a graphical observation.
1746    This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1747    
1748    =cut
1749    
1750    sub display {
1751        my ($self,$gd,$thing,$fig,$base_start,$in_subs,$cgi) = @_;
1752    
1753        # declare variables
1754        my $window_size = $gd->window_size;
1755        my $peg = $thing->acc;
1756        my $query_id = $thing->query;
1757        my $organism = $thing->organism;
1758        my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1759        if (!$organism){
1760          $organism = $peg;
1761          $abbrev_name = $peg;
1762        }
1763        my $genome = $fig->genome_of($peg);
1764        my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1765        my $function = $thing->function;
1766        my $query_start = $thing->qstart;
1767        my $query_stop = $thing->qstop;
1768        my $hit_start = $thing->hstart;
1769        my $hit_stop = $thing->hstop;
1770        my $ln_query = $thing->qlength;
1771        my $ln_hit = $thing->hlength;
1772    #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1773    #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1774        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1775        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1776    
1777        my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1778    
1779        # hit sequence title
1780        my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1781                            'short_title' => "$abbrev_name",
1782                            'title_link' => '$tax_link',
1783                            'basepair_offset' => '0',
1784                            'no_middle_line' => '1'
1785                            };
1786    
1787        # query sequence title
1788        my $replace_id = $peg;
1789        $replace_id =~ s/\|/_/ig;
1790        my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
1791        my $query_config = { 'title' => "Query",
1792                             'short_title' => "Query",
1793                             'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1794                             'basepair_offset' => '0',
1795                             'no_middle_line' => '1'
1796                             };
1797        my $line_data = [];
1798        my $query_data = [];
1799    
1800        my $element_hash;
1801        my $hit_links_list = [];
1802        my $hit_descriptions = [];
1803        my $query_descriptions = [];
1804    
1805        # get sequence information
1806        # evidence link
1807        my $evidence_link;
1808        if ($peg =~ /^fig\|/){
1809          $evidence_link = "?page=Evidence&feature=".$peg;
1810        }
1811        else{
1812          my $db = &Observation::get_database($peg);
1813          my ($link_id) = ($peg) =~ /\|(.*)/;
1814          $evidence_link = &HTML::alias_url($link_id, $db);
1815          #print STDERR "LINK: $db    $evidence_link";
1816        }
1817        my $link = {"link_title" => $peg,
1818                    "link" => $evidence_link};
1819        push(@$hit_links_list,$link) if ($evidence_link);
1820    
1821        # subsystem link
1822        my $subs = $in_subs->{$peg} if (defined $in_subs->{$peg});
1823        my @subsystems;
1824        foreach my $array (@$subs){
1825            my $subsystem = $$array[0];
1826            push(@subsystems,$subsystem);
1827            my $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1828                        "link_title" => $subsystem};
1829            push(@$hit_links_list,$link);
1830        }
1831    
1832        # blast alignment
1833        $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1834                 "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query_id&peg2=$peg"};
1835        push (@$hit_links_list,$link) if ($peg =~ /^fig\|/);
1836    
1837        # description data
1838        my $description_function;
1839        $description_function = {"title" => "function",
1840                                 "value" => $function};
1841        push(@$hit_descriptions,$description_function);
1842    
1843        # subsystem description
1844        my $ss_string = join (",", @subsystems);
1845        $ss_string =~ s/_/ /ig;
1846        my $description_ss = {"title" => "subsystems",
1847                              "value" => $ss_string};
1848        push(@$hit_descriptions,$description_ss);
1849    
1850        # location description
1851        # hit
1852        my $description_loc;
1853        $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1854                            "value" => $hit_start . " - " . $hit_stop};
1855        push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1856    
1857        $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1858                            "value" => $ln_hit};
1859        push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1860    
1861        # query
1862        $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1863                            "value" => $query_start . " - " . $query_stop};
1864        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1865    
1866        $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1867                            "value" => $ln_query};
1868        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1869    
1870    
1871    
1872        # evalue score description
1873        my $evalue = $thing->evalue;
1874        while ($evalue =~ /-0/)
1875        {
1876            my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1877            $chunk2 = substr($chunk2,1);
1878            $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1879        }
1880    
1881        my $color = &color($evalue);
1882        my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1883                                "value" => $evalue};
1884        push(@$hit_descriptions, $description_eval);
1885        push(@$query_descriptions, $description_eval);
1886    
1887        my $identity = $self->identity;
1888        my $description_identity = {"title" => "Identity",
1889                                    "value" => $identity};
1890        push(@$hit_descriptions, $description_identity);
1891        push(@$query_descriptions, $description_identity);
1892    
1893    
1894        my $number = $base_start + ($query_start-$hit_start);
1895        #print STDERR "START: $number";
1896        $element_hash = {
1897            "title" => $query_id,
1898            "start" => $base_start,
1899            "end" => $base_start+$ln_query,
1900            "type"=> 'box',
1901            "color"=> $color,
1902            "zlayer" => "2",
1903            "links_list" => $query_links_list,
1904            "description" => $query_descriptions
1905            };
1906        push(@$query_data,$element_hash);
1907    
1908        $element_hash = {
1909            "title" => $query_id . ': HIT AREA',
1910            "start" => $base_start + $query_start,
1911            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1912            "type"=> 'smallbox',
1913            "color"=> $query_color,
1914            "zlayer" => "3",
1915            "links_list" => $query_links_list,
1916            "description" => $query_descriptions
1917            };
1918        push(@$query_data,$element_hash);
1919    
1920        $gd->add_line($query_data, $query_config);
1921    
1922    
1923        $element_hash = {
1924                    "title" => $peg,
1925                    "start" => $base_start + ($query_start-$hit_start),
1926                    "end" => $base_start + (($query_start-$hit_start)+$ln_hit),
1927                    "type"=> 'box',
1928                    "color"=> $color,
1929                    "zlayer" => "2",
1930                    "links_list" => $hit_links_list,
1931                    "description" => $hit_descriptions
1932                    };
1933        push(@$line_data,$element_hash);
1934    
1935        $element_hash = {
1936            "title" => $peg . ': HIT AREA',
1937            "start" => $base_start + $query_start,
1938            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1939            "type"=> 'smallbox',
1940            "color"=> $hit_color,
1941            "zlayer" => "3",
1942            "links_list" => $hit_links_list,
1943            "description" => $hit_descriptions
1944            };
1945        push(@$line_data,$element_hash);
1946    
1947        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1948    
1949        my $breaker = [];
1950        my $breaker_hash = {};
1951        my $breaker_config = { 'no_middle_line' => "1" };
1952    
1953        push (@$breaker, $breaker_hash);
1954        $gd->add_line($breaker, $breaker_config);
1955    
1956        return ($gd);
1957    }
1958    
1959    =head3 display_domain_composition()
1960    
1961    If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1962    
1963    =cut
1964    
1965    sub display_domain_composition {
1966        my ($self,$gd,$fig) = @_;
1967    
1968        #$fig = new FIG;
1969        my $peg = $self->acc;
1970    
1971        my $line_data = [];
1972        my $links_list = [];
1973        my $descriptions = [];
1974    
1975        my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1976        #my @domain_query_results = ();
1977        foreach $dqr (@domain_query_results){
1978            my $key = @$dqr[1];
1979            my @parts = split("::",$key);
1980            my $db = $parts[0];
1981            my $id = $parts[1];
1982            my $val = @$dqr[2];
1983            my $from;
1984            my $to;
1985            my $evalue;
1986    
1987            if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1988                my $raw_evalue = $1;
1989                $from = $2;
1990                $to = $3;
1991                if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1992                    my $part2 = 1000 - $1;
1993                    my $part1 = $2/100;
1994                    $evalue = $part1."e-".$part2;
1995                }
1996                else{
1997                    $evalue = "0.0";
1998                }
1999            }
2000    
2001            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2002                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
2003                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
2004                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
2005            my ($name_value,$description_value);
2006    
2007            if($db eq "CDD"){
2008                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
2009                if(!scalar(@$cdd_objs)){
2010                    $name_title = "name";
2011                    $name_value = "not available";
2012                    $description_title = "description";
2013                    $description_value = "not available";
2014                }
2015                else{
2016                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
2017                    $name_value = $cdd_obj->term;
2018                    $description_value = $cdd_obj->description;
2019                }
2020            }
2021    
2022            my $domain_name;
2023            $domain_name = {"title" => "name",
2024                            "value" => $name_value};
2025            push(@$descriptions,$domain_name);
2026    
2027            my $description;
2028            $description = {"title" => "description",
2029                            "value" => $description_value};
2030            push(@$descriptions,$description);
2031    
2032            my $score;
2033            $score = {"title" => "score",
2034                      "value" => $evalue};
2035            push(@$descriptions,$score);
2036    
2037            my $link_id = $id;
2038            my $link;
2039            my $link_url;
2040            if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
2041            elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
2042            else{$link_url = "NO_URL"}
2043    
2044            $link = {"link_title" => $name_value,
2045                     "link" => $link_url};
2046            push(@$links_list,$link);
2047    
2048            my $domain_element_hash = {
2049                "title" => $peg,
2050                "start" => $from,
2051                "end" =>  $to,
2052                "type"=> 'box',
2053                "zlayer" => '4',
2054                "links_list" => $links_list,
2055                "description" => $descriptions
2056                };
2057    
2058            push(@$line_data,$domain_element_hash);
2059    
2060            #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
2061            last;
2062        }
2063    
2064        my $line_config = { 'title' => $peg,
2065                            'hover_title' => 'Domain',
2066                            'short_title' => $peg,
2067                            'basepair_offset' => '1' };
2068    
2069        $gd->add_line($line_data, $line_config);
2070    
2071        return ($gd);
2072    
2073    }
2074    
2075    =head3 display_table()
2076    
2077    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2078    This code will display a table for the similarities protein
2079    
2080    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2081    
2082    =cut
2083    
2084    sub display_table {
2085        my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2086        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2087    
2088        my $scroll_list;
2089        foreach my $col (@$show_columns){
2090            push (@$scroll_list, $col->{key});
2091        }
2092    
2093        push (@ids, $query_fid);
2094        foreach my $thing (@$dataset) {
2095            next if ($thing->class ne "SIM");
2096            push (@ids, $thing->acc);
2097        }
2098    
2099        $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2100        my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2101    
2102        # get the column for the subsystems
2103        $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash') if (grep /subsystem/, @$scroll_list);
2104    
2105        # get the column for the evidence codes
2106        $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2107    
2108        # get the column for pfam_domain
2109        $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2110    
2111        # get the column for molecular weight
2112        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2113    
2114        # get the column for organism's habitat
2115        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2116    
2117        # get the column for organism's temperature optimum
2118        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2119    
2120        # get the column for organism's temperature range
2121        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2122    
2123        # get the column for organism's oxygen requirement
2124        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2125    
2126        # get the column for organism's pathogenicity
2127        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2128    
2129        # get the column for organism's pathogenicity host
2130        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2131    
2132        # get the column for organism's salinity
2133        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2134    
2135        # get the column for organism's motility
2136        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2137    
2138        # get the column for organism's gram stain
2139        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2140    
2141        # get the column for organism's endospores
2142        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2143    
2144        # get the column for organism's shape
2145        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2146    
2147        # get the column for organism's disease
2148        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2149    
2150        # get the column for organism's disease
2151        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2152    
2153        # get the column for transmembrane domains
2154        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2155    
2156        # get the column for similar to human
2157        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2158    
2159        # get the column for signal peptide
2160        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2161    
2162        # get the column for transmembrane domains
2163        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2164    
2165        # get the column for conserved neighborhood
2166        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2167    
2168        # get the column for cellular location
2169        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2170    
2171        # get the aliases
2172        my $alias_col;
2173        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2174             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2175             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2176             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2177             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2178            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2179        }
2180    
2181        # get the colors for the function cell
2182        my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2183        $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2184        my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2185    
2186        my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
2187    
2188        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2189        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2190    
2191        my $func_color_offset=0;
2192        unshift(@$dataset, $query_fid);
2193        foreach my $thing ( @$dataset){
2194            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2);
2195            if ($thing eq $query_fid){
2196                $id = $thing;
2197                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2198                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2199                $current_function = $fig->function_of($id);
2200            }
2201            else{
2202                next if ($thing->class ne "SIM");
2203    
2204                $id      = $thing->acc;
2205                $evalue  = $thing->evalue;
2206                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2207                $iden    = $thing->identity;
2208                $organism= $thing->organism;
2209                $ln1     = $thing->qlength;
2210                $ln2     = $thing->hlength;
2211                $b1      = $thing->qstart;
2212                $e1      = $thing->qstop;
2213                $b2      = $thing->hstart;
2214                $e2      = $thing->hstop;
2215                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2216                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2217                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2218                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2219                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2220                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2221                $current_function = $thing->function;
2222            }
2223    
2224            my $single_domain = [];
2225            $count++;
2226    
2227            # organisms cell
2228            my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2229            my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2230    
2231            # checkbox cell
2232            my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2233            my $field_name = "tables_" . $id;
2234            my $pair_name = "visual_" . $id;
2235            my $cell_name = "cell_". $id;
2236            my $replace_id = $id;
2237            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2238            my $white = '#ffffff';
2239            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2240            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2241            my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2242            my $checked = ""; $checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2243            if ($id =~ /^fig\|/){
2244              my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>);
2245              my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" >);
2246              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2247              $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2248              $tax = $fig->genome_of($id);
2249            }
2250            else{
2251              my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2252              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2253            }
2254    
2255            # get the linked fig id
2256            my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2257            my $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;
2258            $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2259            my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2260                           'highlight'=>$white};
2261    
2262            $replace_id = $peg;
2263            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2264            $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2265            my $query_config = { 'title' => "Query",
2266                                 'short_title' => "Query",
2267                                 'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2268                                 'basepair_offset' => '0'
2269                                 };
2270    
2271            # function cell
2272            my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2273                                        3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2274                                        6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2275    
2276            my $function_color;
2277            if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2278                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2279            }
2280            else{
2281                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2282            }
2283            my $function_cell;
2284            if ($current_function){
2285              if ($current_function eq $query_function){
2286                $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$function_cell_colors->{0}};
2287                $func_color_offset=1;
2288              }
2289              else{
2290                  $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => $function_color};
2291              }
2292            }
2293            else{
2294              $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2295            }
2296    
2297            if ($id eq $query_fid){
2298                push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2299                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2300                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white});  # permanent columns
2301            }
2302            else{
2303                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2304                      {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);  # permanent columns
2305            }
2306    
2307            if ( ( $application->session->user) ){
2308                my $user = $application->session->user;
2309                if ($user && $user->has_right(undef, 'annotate', 'genome', $fig->genome_of($id))) {
2310                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2311                }
2312            }
2313    
2314            my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2315    
2316            foreach my $col (@$scroll_list){
2317                if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2318                else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2319    
2320                if ($col =~ /subsystem/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2321                elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2322                elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2323                elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2324                elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2325                elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2326                elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2327                elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2328                elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2329                elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2330                elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2331                elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2332                elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2333                elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2334                elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2335                elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2336                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2337                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2338                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2339                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2340                elsif ($col =~ /conserved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2341                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2342                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2343                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2344                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2345                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2346                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2347                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2348                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2349                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2350                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2351                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2352                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2353                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2354            }
2355            push(@$data,$single_domain);
2356        }
2357        if ($count >0 ){
2358            $content = $data;
2359        }
2360        else{
2361            $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2362        }
2363        shift(@$dataset);
2364        return ($content);
2365    }
2366    
2367    sub get_box_column{
2368        my ($ids) = @_;
2369        my %column;
2370        foreach my $id (@$ids){
2371            my $field_name = "tables_" . $id;
2372            my $pair_name = "visual_" . $id;
2373            my $cell_name = "cell_" . $id;
2374            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name', '$cell_name');">);
2375        }
2376        return (%column);
2377    }
2378    
2379    sub get_figfam_column{
2380        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2381        my $column;
2382    
2383        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2384        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2385    
2386        foreach my $id (@$ids){
2387            my ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2388            if ($ff){
2389                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2390            }
2391            else{
2392                push (@$column, " ");
2393            }
2394        }
2395    
2396        return $column;
2397    }
2398    
2399    sub get_subsystems_column{
2400        my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2401    
2402        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2403        my ($column, $ss);
2404        foreach my $id (@$ids){
2405            my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2406            my @subsystems;
2407    
2408            if (@in_sub > 0) {
2409                foreach my $array(@in_sub){
2410                    my $ss = $array->[0];
2411                    $ss =~ s/_/ /ig;
2412                    push (@subsystems, "-" . $ss);
2413                }
2414                my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2415                $ss->{$id} = $in_sub_line;
2416            } else {
2417                $ss->{$id} = "None added";
2418            }
2419            push (@$column, $ss->{$id});
2420        }
2421    
2422        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2423        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2424    }
2425    
2426    sub get_lineage_column{
2427        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2428    
2429        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2430    
2431        foreach my $id (@$ids){
2432            my $genome = $fig->genome_of($id);
2433            if ($lineages->{$genome}){
2434    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2435                push (@$column, $lineages->{$genome});
2436            }
2437            else{
2438                push (@$column, " ");
2439            }
2440        }
2441        return $column;
2442    }
2443    
2444    sub match_color {
2445        my ( $b, $e, $n , $rgb) = @_;
2446        my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
2447        my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
2448        my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
2449        my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
2450        my $br  = 1;
2451        if ($rgb){
2452            return html2rgb( rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) ) );
2453        }
2454        else{
2455            rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
2456        }
2457    }
2458    
2459    sub hsb2rgb {
2460        my ( $h, $s, $br ) = @_;
2461        $h = 6 * ($h - floor($h));
2462        if ( $s  > 1 ) { $s  = 1 } elsif ( $s  < 0 ) { $s  = 0 }
2463        if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
2464        my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1,      $h,     0      )
2465                                          : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1,      0      )
2466                                          :               ( 0,      1,      $h - 2 )
2467                                          )
2468                                        : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0,      4 - $h, 1      )
2469                                          : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0,      1      )
2470                                          :               ( 1,      0,      6 - $h )
2471                                          );
2472        ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
2473          ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
2474          ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
2475        )
2476    }
2477    
2478    sub html2rgb {
2479        my ($hex) = @_;
2480        my ($r,$g,$b) = ($hex) =~ /^\#(\w\w)(\w\w)(\w\w)/;
2481        my $code = { 'A'=>10, 'B'=>11, 'C'=>12, 'D'=>13, 'E'=>14, 'F'=>15,
2482                     1=>1, 2=>2, 3=>3, 4=>4, 5=>5, 6=>6, 7=>7, 8=>8, 9=>9};
2483    
2484        my @R = split(//, $r);
2485        my @G = split(//, $g);
2486        my @B = split(//, $b);
2487    
2488        my $red = ($code->{uc($R[0])}*16)+$code->{uc($R[1])};
2489        my $green = ($code->{uc($G[0])}*16)+$code->{uc($G[1])};
2490        my $blue = ($code->{uc($B[0])}*16)+$code->{uc($B[1])};
2491    
2492        my $rgb = [$red, $green, $blue];
2493        return $rgb;
2494    
2495    }
2496    
2497    sub rgb2html {
2498        my ( $r, $g, $b ) = @_;
2499        if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
2500        if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
2501        if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
2502        sprintf("#%02x%02x%02x", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
2503    }
2504    
2505    sub floor {
2506        my $x = $_[0];
2507        defined( $x ) || return undef;
2508        ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
2509    }
2510    
2511    sub get_function_color_cell{
2512      my ($functions, $fig) = @_;
2513    
2514      # figure out the quantity of each function
2515      my %hash;
2516      foreach my $key (keys %$functions){
2517        my $func = $functions->{$key};
2518        $hash{$func}++;
2519      }
2520    
2521      my %func_colors;
2522      my $count = 1;
2523      foreach my $key (sort {$hash{$b}<=>$hash{$a}} keys %hash){
2524        $func_colors{$key}=$count;
2525        $count++;
2526      }
2527    
2528      return \%func_colors;
2529    }
2530    
2531    sub get_essentially_identical{
2532        my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2533        #my $fig = new FIG;
2534    
2535        my %id_list;
2536        #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2537    
2538        foreach my $thing (@$dataset){
2539            if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2540                my $rows = $thing->rows;
2541                my $count_identical = 0;
2542                foreach my $row (@$rows) {
2543                    my $id = $row->[0];
2544                    if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2545                        $id_list{$id} = 1;
2546                    }
2547                }
2548            }
2549        }
2550    
2551    #    foreach my $id (@maps_to) {
2552    #        if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2553    #           $id_list{$id} = 1;
2554    #        }
2555    #    }
2556        return(%id_list);
2557    }
2558    
2559    
2560    sub get_evidence_column{
2561        my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2562        my ($column, $code_attributes);
2563    
2564        if (! defined $attributes) {
2565            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2566            $attributes = \@attributes_array;
2567        }
2568    
2569        my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2570        foreach my $key (@codes){
2571            push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2572        }
2573    
2574        foreach my $id (@$ids){
2575            # add evidence code with tool tip
2576            my $ev_codes=" &nbsp; ";
2577    
2578            my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2579            my @ev_codes = ();
2580            foreach my $code (@codes) {
2581                my $pretty_code = $code->[2];
2582                if ($pretty_code =~ /;/) {
2583                    my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2584                    $ss =~ s/_/ /g;
2585                    $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2586                }
2587                push(@ev_codes, $pretty_code);
2588            }
2589    
2590            if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2591                my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2592                $ev_codes = $cgi->a(
2593                                    {
2594                                        id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2595            }
2596    
2597            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2598            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2599        }
2600        return $column;
2601    }
2602    
2603    sub get_attrb_column{
2604        my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2605    
2606        my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
2607        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2608                                     -host     => $WebConfig::DBHOST,
2609                                     -user     => $WebConfig::DBUSER,
2610                                     -password => $WebConfig::DBPWD);
2611    
2612        if ($colName eq "pfam"){
2613            if (! defined $attributes) {
2614                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2615                $attributes = \@attributes_array;
2616            }
2617    
2618            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2619            foreach my $key (@codes){
2620                my $name = $key->[1];
2621                if ($name =~ /_/){
2622                    ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2623                }
2624                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2625                push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2626            }
2627    
2628            foreach my $id (@$ids){
2629                # add pfam code
2630                my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2631                my @pfam_codes = "";
2632                my %description_codes;
2633    
2634                if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2635                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2636                    @pfam_codes = ();
2637    
2638                    # get only unique values
2639                    my %saw;
2640                    foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2641                    @ncodes = keys %saw;
2642    
2643                    foreach my $code (@ncodes) {
2644                        my @parts = split("::",$code);
2645                        my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2646    
2647                        # get the locations for the domain
2648                        my @locs;
2649                        foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2650                            my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2651                            push (@locs,$loc);
2652                        }
2653                        my %locsaw;
2654                        foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2655                        @locs = keys %locsaw;
2656    
2657                        my $locations = join (", ", @locs);
2658    
2659                        if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2660                            push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2661                        }
2662                        else {
2663                            my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2664                            $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2665                            push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2666                        }
2667                    }
2668    
2669                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2670                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2671                }
2672            }
2673        }
2674        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2675            if (! defined $attributes) {
2676                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2677                $attributes = \@attributes_array;
2678            }
2679    
2680            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2681            foreach my $key (@codes){
2682                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2683                my ($new_loc, @all);
2684                @all = split (//, $loc);
2685                my $count = 0;
2686                foreach my $i (@all){
2687                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2688                        $new_loc .= " " . $i;
2689                    }
2690                    else{
2691                        $new_loc .= $i;
2692                    }
2693                    $count++;
2694                }
2695                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2696            }
2697    
2698            foreach my $id (@$ids){
2699                my (@values, $entry);
2700                #@values = (" ");
2701                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2702                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2703                    foreach my $code (@ncodes){
2704                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2705                    }
2706                }
2707                else{
2708                    @values = ("Not available");
2709                }
2710    
2711                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2712                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2713            }
2714        }
2715        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2716                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2717            if (! defined $attributes) {
2718                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2719                $attributes = \@attributes_array;
2720            }
2721    
2722            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2723            foreach my $key (@codes){
2724                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2725            }
2726    
2727            foreach my $id (@$ids){
2728                my (@values, $entry);
2729                #@values = (" ");
2730                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2731                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2732                    foreach my $code (@ncodes){
2733                        push (@values, $code);
2734                    }
2735                }
2736                else{
2737                    @values = ("Not available");
2738                }
2739    
2740                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2741                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2742            }
2743        }
2744        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2745                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2746                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2747                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2748                ($colName eq 'gc_content') ) {
2749            if (! defined $attributes) {
2750                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2751                $attributes = \@attributes_array;
2752            }
2753    
2754            my $genomes_with_phenotype;
2755            foreach my $attribute (@$attributes){
2756                my $genome = $attribute->[0];
2757                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2758            }
2759    
2760            foreach my $id (@$ids){
2761                my $genome = $fig->genome_of($id);
2762                my @values = (' ');
2763                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2764                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2765                }
2766                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2767                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2768            }
2769        }
2770    
2771        return $column;
2772    }
2773    
2774    
2775    sub get_db_aliases {
2776        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2777    
2778        my $db_array;
2779        my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2780        foreach my $id (@$ids){
2781            foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2782                my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2783                next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
2784                next if ($aliases->{$id}->{$db});
2785                $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2786            }
2787            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
2788                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
2789            }
2790            #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
2791            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
2792        }
2793    
2794        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
2795        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
2796    }
2797    
2798    
2799    
2800    sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2801    
2802    sub color {
2803        my ($evalue) = @_;
2804        my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
2805        my $color;
2806        if ($evalue <= 1e-170){        $color = $palette->[0];    }
2807        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = $palette->[1];    }
2808        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = $palette->[2];    }
2809        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = $palette->[3];    }
2810        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = $palette->[4];    }
2811        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = $palette->[5];    }
2812        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = $palette->[6];    }
2813        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = $palette->[7];    }
2814        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = $palette->[8];    }
2815        else{        $color = $palette->[9];    }
2816        return ($color);
2817    }
2818    
2819    
2820    ############################
2821    package Observation::Cluster;
2822    
2823    use base qw(Observation);
2824    
2825    sub new {
2826    
2827        my ($class,$dataset) = @_;
2828        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2829        $self->{context} = $dataset->{'context'};
2830        bless($self,$class);
2831        return $self;
2832    }
2833    
2834    sub display {
2835        my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2836    
2837        $taxes = $fig->taxonomy_list();
2838    
2839        my $fid = $self->fig_id;
2840        my $compare_or_coupling = $self->context;
2841        my $gd_window_size = $gd->window_size;
2842        my $range = $gd_window_size;
2843        my $all_regions = [];
2844        my $gene_associations={};
2845    
2846        #get the organism genome
2847        my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2848        $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2849        $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2850        $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2851    
2852        # get location of the gene
2853        my $data = $fig->feature_location($fid);
2854        my ($contig, $beg, $end);
2855        my %reverse_flag;
2856    
2857        if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2858            $contig = $1;
2859            $beg = $2;
2860            $end = $3;
2861        }
2862    
2863        my $offset;
2864        my ($region_start, $region_end);
2865        if ($beg < $end)
2866        {
2867            $region_start = $beg - ($range);
2868            $region_end = $end+ ($range);
2869            $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2870        }
2871        else
2872        {
2873            $region_start = $end-($range);
2874            $region_end = $beg+($range);
2875            $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2876            $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2877            $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2878        }
2879    
2880        # call genes in region
2881        my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2882        #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2883        #   push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2884        #}
2885        push(@$all_regions,$target_gene_features);
2886        my (@start_array_region);
2887        push (@start_array_region, $offset);
2888    
2889        my %all_genes;
2890        my %all_genomes;
2891        foreach my $feature (@$target_gene_features){
2892            #if ($feature =~ /peg/){
2893                $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2894            #}
2895        }
2896    
2897        my @selected_sims;
2898    
2899        if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2900            # get the selected boxes
2901            my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2902    
2903            # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2904            if (@selected_taxonomy > 0){
2905                foreach my $sim (@$sims_array){
2906                    next if ($sim->class ne "SIM");
2907                    next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2908    
2909                    #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2910                    my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2911                    #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2912                    my $lineage = $taxes->{$genome};
2913                    #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2914                    foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2915                        if ($lineage =~ /$taxon/){
2916                            #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2917                            push (@selected_sims, $sim->acc);
2918                        }
2919                    }
2920                }
2921            }
2922            else{
2923                my $simcount = 0;
2924                foreach my $sim (@$sims_array){
2925                    next if ($sim->class ne "SIM");
2926                    next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2927    
2928                    push (@selected_sims, $sim->acc);
2929                    $simcount++;
2930                    last if ($simcount > 4);
2931                }
2932            }
2933    
2934            my %saw;
2935            @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2936    
2937            # get the gene context for the sorted matches
2938            foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2939                #get the organism genome
2940                my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2941                $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2942                $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2943                $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2944    
2945                # get location of the gene
2946                my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2947                my ($contig, $beg, $end);
2948    
2949                if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2950                    $contig = $1;
2951                    $beg = $2;
2952                    $end = $3;
2953                }
2954    
2955                my $offset;
2956                my ($region_start, $region_end);
2957                if ($beg < $end)
2958                {
2959                    $region_start = $beg - ($range/2);
2960                    $region_end = $end+($range/2);
2961                    $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
2962                }
2963                else
2964                {
2965                    $region_start = $end-($range/2);
2966                    $region_end = $beg+($range/2);
2967                    $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2968                    $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2969                    $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2970                }
2971    
2972                # call genes in region
2973                my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2974                push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2975                push (@start_array_region, $offset);
2976                foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2977                $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2978            }
2979    
2980        }
2981    
2982        #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2983        # cluster the genes
2984        my @all_pegs = keys %all_genes;
2985        my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2986        #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2987        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
2988    
2989        foreach my $region (@$all_regions){
2990            my $sample_peg = @$region[0];
2991            my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2992            my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2993            my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2994            #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2995            my $lineage = $taxes->{$region_genome};
2996            #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2997            #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2998            my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2999                                'short_title' => $abbrev_name,
3000                                'basepair_offset' => '0'
3001                                };
3002    
3003            my $offsetting = shift @start_array_region;
3004    
3005            my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
3006                                       'short_title' => "",
3007                                       'basepair_offset' => '0',
3008                                       'no_middle_line' => '1'
3009                                       };
3010    
3011            my $line_data = [];
3012            my $second_line_data = [];
3013    
3014            # initialize variables to check for overlap in genes
3015            my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
3016            my $major_line_flag = 0;
3017            my $prev_second_flag = 0;
3018    
3019            foreach my $fid1 (@$region){
3020                $second_line_flag = 0;
3021                my $element_hash;
3022                my $links_list = [];
3023                my $descriptions = [];
3024    
3025                my $color = $color_sets->{$fid1};
3026    
3027                # get subsystem information
3028                my $function = $fig->function_of($fid1);
3029                my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
3030    
3031                my $link;
3032                $link = {"link_title" => $fid1,
3033                         "link" => $url_link};
3034                push(@$links_list,$link);
3035    
3036                my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
3037                my @subsystems;
3038                foreach my $array (@subs){
3039                    my $subsystem = $$array[0];
3040                    my $ss = $subsystem;
3041                    $ss =~ s/_/ /ig;
3042                    push (@subsystems, $ss);
3043                    my $link;
3044                    $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
3045                             "link_title" => $ss};
3046                    push(@$links_list,$link);
3047                }
3048    
3049                if ($fid1 eq $fid){
3050                    my $link;
3051                    $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
3052                             "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
3053                    push (@$links_list,$link);
3054                }
3055    
3056                my $description_function;
3057                $description_function = {"title" => "function",
3058                                         "value" => $function};
3059                push(@$descriptions,$description_function);
3060    
3061                my $description_ss;
3062                my $ss_string = join (", ", @subsystems);
3063                $description_ss = {"title" => "subsystems",
3064                                   "value" => $ss_string};
3065                push(@$descriptions,$description_ss);
3066    
3067    
3068                my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
3069                if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
3070                    my($start,$stop);
3071                    $start = $2 - $offsetting;
3072                    $stop = $3 - $offsetting;
3073    
3074                    if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
3075                         ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
3076                           ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
3077                        if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
3078                            $second_line_flag = 1;
3079                            $major_line_flag = 1;
3080                        }
3081                    }
3082                    $prev_start = $start;
3083                    $prev_stop = $stop;
3084                    $prev_fig = $fid1;
3085    
3086                    if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_gnes{$fid1})){
3087                        $start = $gd_window_size - $start;
3088                        $stop = $gd_window_size - $stop;
3089                    }
3090    
3091                    my $title = $fid1;
3092                    if ($fid1 eq $fid){
3093                        $title = "My query gene: $fid1";
3094                    }
3095    
3096                    $element_hash = {
3097                        "title" => $title,
3098                        "start" => $start,
3099                        "end" =>  $stop,
3100                        "type"=> 'arrow',
3101                        "color"=> $color,
3102                        "zlayer" => "2",
3103                        "links_list" => $links_list,
3104                        "description" => $descriptions
3105                    };
3106    
3107                    # if there is an overlap, put into second line
3108                    if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3109                    else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3110    
3111                    if ($fid1 eq $fid){
3112                        $element_hash = {
3113                            "title" => 'Query',
3114                            "start" => $start,
3115                            "end" =>  $stop,
3116                            "type"=> 'bigbox',
3117                            "color"=> $color,
3118                            "zlayer" => "1"
3119                            };
3120    
3121                        # if there is an overlap, put into second line
3122                        if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3123                        else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3124                    }
3125                }
3126            }
3127            $gd->add_line($line_data, $line_config);
3128            $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
3129        }
3130        return ($gd, \@selected_sims);
3131    }
3132    
3133    sub cluster_genes {
3134        my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
3135        my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
3136    
3137        my @color_sets = ();
3138    
3139        $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
3140    
3141        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3142            if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
3143            if (! $seen{$i}) {
3144                $cluster = [$i];
3145                $seen{$i} = 1;
3146                for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
3147                    $x = $conn->{$cluster->[$j]};
3148                    foreach $k (@$x) {
3149                        if (! $seen{$k}) {
3150                            push(@$cluster,$k);
3151                            $seen{$k} = 1;
3152                        }
3153                    }
3154                }
3155    
3156                if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
3157                    push(@color_sets,$cluster);
3158                }
3159            }
3160        }
3161        for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
3162        $red_set = $color_sets[$i];
3163        splice(@color_sets,$i,1);
3164        @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
3165        unshift(@color_sets,$red_set);
3166    
3167        my $color_sets = {};
3168        for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
3169            foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
3170                $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
3171            }
3172        }
3173        return $color_sets;
3174    }
3175    
3176    sub get_connections_by_similarity {
3177        my($fig,$all_pegs) = @_;
3178        my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
3179        my($sim,%conn,$x,$y);
3180    
3181        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3182            $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
3183            push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
3184            if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
3185                push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
3186            }
3187        }
3188    
3189        foreach $y (keys(%pos_of)) {
3190            $x = $pos_of{$y};
3191            for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
3192                for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
3193                    push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
3194                    push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
3195                }
3196            }
3197        }
3198    
3199        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3200            foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
3201                if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
3202                    foreach $y (@$x) {
3203                        push(@{$conn{$i}},$y);
3204                    }
3205                }
3206            }
3207        }
3208        return \%conn;
3209    }
3210    
3211    sub in {
3212        my($x,$xL) = @_;
3213        my($i);
3214    
3215        for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
3216        return ($i < @$xL);
3217    }
3218    
3219    #############################################
3220    #############################################
3221    package Observation::Commentary;
3222    
3223    use base qw(Observation);
3224    
3225    =head3 display_protein_commentary()
3226    
3227    =cut
3228    
3229    sub display_protein_commentary {
3230        my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
3231    
3232        my $all_rows = [];
3233        my $content;
3234        #my $fig = new FIG;
3235        my $cgi = new CGI;
3236        my $count = 0;
3237        my $peg_array = [];
3238        my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3239    
3240        if (@$dataset != 1){
3241            foreach my $thing (@$dataset){
3242                if ($thing->class eq "SIM"){
3243                    push (@$peg_array, $thing->acc);
3244                }
3245            }
3246            # get the column for the evidence codes
3247            $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3248    
3249            # get the column for the subsystems
3250            $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3251    
3252            # get essentially identical seqs
3253            %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
3254        }
3255        else{
3256            push (@$peg_array, @$dataset);
3257        }
3258    
3259        my $selected_sims = [];
3260        foreach my $id (@$peg_array){
3261            last if ($count > 10);
3262            my $row_data = [];
3263            my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3264            $org = $fig->org_of($id);
3265            $function = $fig->function_of($id);
3266            if ($mypeg ne $id){
3267                $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
3268                $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3269                if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
3270            }
3271            else{
3272                $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
3273                $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
3274                $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3275            }
3276    
3277            push(@$row_data,$id_cell);
3278            push(@$row_data,$org);
3279            push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3280            push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3281            push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3282            push(@$row_data,$function_cell);
3283            push(@$all_rows,$row_data);
3284            push (@$selected_sims, $id);
3285            $count++;
3286        }
3287    
3288        if ($count >0){
3289            $content = $all_rows;
3290        }
3291        else{
3292            $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
3293        }
3294        return ($content,$selected_sims);
3295    }
3296    
3297    sub display_protein_history {
3298        my ($self, $id,$fig) = @_;
3299        my $all_rows = [];
3300        my $content;
3301    
3302        my $cgi = new CGI;
3303        my $count = 0;
3304        foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
3305            my $row = [];
3306            my $col1 = $feat->[2];
3307            my $col2 = $feat->[1];
3308            #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
3309            my $text = $feat->[3];
3310    
3311            push (@$row, $col1);
3312            push (@$row, $col2);
3313            push (@$row, $text);
3314            push (@$all_rows, $row);
3315            $count++;
3316        }
3317        if ($count > 0){
3318            $content = $all_rows;
3319        }
3320        else {
3321            $content = "There is no history for this PEG";
3322        }
3323    
3324        return($content);
3325    }
3326    

Legend:
Removed from v.1.8  
changed lines
  Added in v.1.64

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3