[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.8, Tue Jun 19 22:11:25 2007 UTC revision 1.32, Tue Aug 21 22:45:54 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3    use lib '/vol/ontologies';
4    use DBMaster;
5    
6  require Exporter;  require Exporter;
7  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects);
8    
9  use strict;  use FIG_Config;
10  use warnings;  #use strict;
11  use Table;  #use warnings;
12    use HTML;
13    
14  1;  1;
15    
# Line 22  Line 26 
26    
27  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
28    
 Example:  
   
 use FIG;  
 use Observation;  
   
 my $fig = new FIG;  
 my $fid = "fig|83333.1.peg.3";  
   
 my $observations = Observation::get_objects($fid);  
 foreach my $observation (@$observations) {  
     print "ID: " . $fid . "\n";  
     print "Start: " . $observation->start() . "\n";  
     ...  
 }  
   
 B<return an array of objects>  
   
   
 print "$Observation->acc\n" prints the Accession number if present for the Observation  
   
29  =cut  =cut
30    
31  =head1 BACKGROUND  =head1 BACKGROUND
# Line 65  Line 49 
49    
50  The public methods this package provides are listed below:  The public methods this package provides are listed below:
51    
 =head3 acc()  
52    
53  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.  =head3 context()
54    
55    Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
56    
57  =cut  =cut
58    
59  sub acc {  sub context {
60    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
61    
62    return $self->{acc};    return $self->{context};
63  }  }
64    
65  =head3 description()  =head3 rows()
   
 The description of the hit. Taken from the data or from the our Ontology database for some cases e.g. IPR or PFAM.  
66    
67  B<Please note:>  each row in a displayed table
 Either remoteid or description is required.  
68    
69  =cut  =cut
70    
71  sub description {  sub rows {
72    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
73    
74    return $self->{description};    return $self->{rows};
75    }
76    
77    =head3 acc()
78    
79    A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
80    
81    =cut
82    
83    sub acc {
84      my ($self) = @_;
85      return $self->{acc};
86  }  }
87    
88  =head3 class()  =head3 class()
# Line 101  Line 94 
94    
95  =over 9  =over 9
96    
97    =item IDENTICAL (seq)
98    
99  =item SIM (seq)  =item SIM (seq)
100    
101  =item BBH (seq)  =item BBH (seq)
# Line 115  Line 110 
110    
111  =item PFAM (dom)  =item PFAM (dom)
112    
113  =item SIGNALP (dom)  =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
114    
115  =item  CELLO(loc)  =item PDB (seq)
116    
117  =item TMHMM (loc)  =item TMHMM (loc)
118    
# Line 156  Line 151 
151  sub type {  sub type {
152    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
153    
154    return $self->{acc};    return $self->{type};
155  }  }
156    
157  =head3 start()  =head3 start()
# Line 183  Line 178 
178    return $self->{stop};    return $self->{stop};
179  }  }
180    
181  =head3 evalue()  =head3 start()
182    
183  E-value or P-Value if present.  Start of hit in query sequence.
184    
185  =cut  =cut
186    
187  sub evalue {  sub qstart {
188    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
189    
190    return $self->{evalue};      return $self->{qstart};
191  }  }
192    
193  =head3 score()  =head3 qstop()
   
 Score if present.  
194    
195  B<Please note: >  End of the hit in query sequence.
 Either score or eval are required.  
196    
197  =cut  =cut
198    
199  sub score {  sub qstop {
200    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
201    return $self->{score};  
202        return $self->{qstop};
203  }  }
204    
205    =head3 hstart()
206    
207  =head3 display_method()  Start of hit in hit sequence.
208    
209  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  =cut
 In the case of a BLAST alignment of fid1 and fid2 a cgi script  
 will be called to display the results of running the command "bl2seq fid1 fid2".  
210    
211  B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.  sub hstart {
212        my ($self) = @_;
213    
214  =cut      return $self->{hstart};
215    }
216    
217  sub display {  =head3 end()
218    
219    die "Abstract Method Called\n";  End of the hit in hit sequence.
220    
221  }  =cut
222    
223    sub hstop {
224        my ($self) = @_;
225    
226  =head3 rank()      return $self->{hstop};
227    }
228    
229  Returns an integer from 1 - 10 indicating the importance of this observations.  =head3 qlength()
230    
231  Currently always returns 1.  length of the query sequence in similarities
232    
233  =cut  =cut
234    
235  sub rank {  sub qlength {
236    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
237    
238  #  return $self->{rank};      return $self->{qlength};
   
   return 1;  
239  }  }
240    
241  =head3 supports_annotation()  =head3 hlength()
242    
243  Does a this observation support the annotation of its feature?  length of the hit sequence in similarities
244    
245  Returns  =cut
   
 =over 3  
246    
247  =item 10, if feature annotation is identical to $self->description  sub hlength {
248        my ($self) = @_;
249    
250  =item 1, Feature annotation is similar to $self->annotation; this is computed using FIG::SameFunc()      return $self->{hlength};
251    }
252    
253  =item undef  =head3 evalue()
254    
255  =back  E-value or P-Value if present.
256    
257  =cut  =cut
258    
259  sub supports_annotation {  sub evalue {
260    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
261    
262    # no code here so far    return $self->{evalue};
   
   return $self->{supports_annotation};  
263  }  }
264    
265  =head3 url()  =head3 score()
266    
267  URL describing the subject. In case of a BLAST hit against a sequence, this URL will lead to a page displaying the sequence record for the sequence. In case of an HMM hit, the URL will be to the URL description.  Score if present.
268    
269  =cut  =cut
270    
271  sub url {  sub score {
272    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
273      return $self->{score};
274    }
275    
276    =head3 display()
277    
278    my $url = get_url($self->type, $self->acc);  will be different for each type
279    
280    =cut
281    
282    sub display {
283    
284      die "Abstract Method Called\n";
285    
   return $url;  
286  }  }
287    
288  =head3 get_objects()  =head3 display_table()
289    
290  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  will be different for each type
291    
292  It will probably have to:  =cut
293    
294    sub display_table {
295    
296      die "Abstract Table Method Called\n";
297    
 - get all sims for the feature  
 - get all bbhs for the feature  
 - copy information from sim to bbh (bbh have no match location etc)  
 - get pchs (difficult)  
 - get attributes (there is code for this that in get_attribute_based_observations  
 - get_attributes_based_observations returns an array of arrays of hashes like this"  
   
   my $dataset  
      [  
        [ { name => 'acc', value => '1234' },  
         { name => 'from', value => '4' },  
         { name => 'to', value => '400' },  
         ....  
        ],  
        [ { name => 'acc', value => '456' },  
         { name => 'from', value => '1' },  
         { name => 'to', value => '100' },  
         ....  
        ],  
        ...  
      ];  
    return $datasets;  
298   }   }
299    
300  It will invoke the required calls to the SEED API to retrieve the information required.  =head3 get_objects()
301    
302    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
303    
304  =cut  =cut
305    
306  sub get_objects {  sub get_objects {
307      my ($self,$fid,$classes) = @_;      my ($self,$fid,$scope) = @_;
   
308    
309      my $objects = [];      my $objects = [];
310      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
311        my $fig = new FIG;
312    
313      # call function that fetches attribute based observations      # call function that fetches attribute based observations
314      # returns an array of arrays of hashes      # returns an array of arrays of hashes
315    
316      if(scalar(@$classes) < 1){      if($scope){
317          get_attribute_based_observations($fid,\@matched_datasets);          get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
         get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);  
         get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);  
         get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);  
318      }      }
319      else{      else{
         #IPR,CDD,CELLO,PFAM,SIGNALP - attribute based  
320          my %domain_classes;          my %domain_classes;
321          foreach my $class (@$classes){          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
322              if($class =~/(IPR|CDD|PFAM)/){          $domain_classes{'CDD'} = 1;
323                  $domain_classes{$class} = 1;          #get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
324            get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes);
325              }          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
326          }          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
327          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets);          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
328            get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
         #add CELLO and SignalP later  
329      }      }
330    
331      foreach my $dataset (@matched_datasets) {      foreach my $dataset (@matched_datasets) {
# Line 352  Line 333 
333          if($dataset->{'type'} eq "dom"){          if($dataset->{'type'} eq "dom"){
334              $object = Observation::Domain->new($dataset);              $object = Observation::Domain->new($dataset);
335          }          }
336            if($dataset->{'class'} eq "PCH"){
337                $object = Observation::FC->new($dataset);
338            }
339            if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
340                $object = Observation::Identical->new($dataset);
341            }
342            if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
343                $object = Observation::Location->new($dataset);
344            }
345            if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
346                $object = Observation::Sims->new($dataset);
347            }
348            if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
349                $object = Observation::Cluster->new($dataset);
350            }
351            if ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
352                $object = Observation::PDB->new($dataset);
353            }
354    
355          push (@$objects, $object);          push (@$objects, $object);
356      }      }
357    
# Line 359  Line 359 
359    
360  }  }
361    
362  =head1 Internal Methods  =head3 display_housekeeping
363    This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
 These methods are not meant to be used outside of this package.  
   
 B<Please do not use them outside of this package!>  
364    
365  =cut  =cut
366    sub display_housekeeping {
367        my ($self,$fid) = @_;
368        my $fig = new FIG;
369        my $content;
370    
371        my $org_name = $fig->org_of($fid);
372        my $org_id   = $fig->orgid_of_orgname($org_name);
373        my $loc      = $fig->feature_location($fid);
374        my($contig, $beg, $end) = $fig->boundaries_of($loc);
375        my $strand   = ($beg <= $end)? '+' : '-';
376        my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($fid);
377        my $function = $fig->function_of($fid);
378        my @aliases  = $fig->feature_aliases($fid);
379        my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
380        my @ecs = ($function =~ /\(EC\s(\d+\.[-\d+]+\.[-\d+]+\.[-\d+]+)\)/g);
381    
382  =head3 get_url (internal)      $content .= qq(<b>General Protein Data</b><br><br><br><table border="0">);
383        $content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
384  get_url() return a valid URL or undef for any observation.      $content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name,&nbsp;&nbsp;$org_id</td></tr>\n);
385        $content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
386  URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()      $content .= qq(<tr width=15%><td>FIG Organism ID</td><td>$org_id</td></tr>\n);
387        $content .= qq(<tr width=15%><td>Gene Location</td><td>Contig $contig [$beg,$end], Strand $strand</td></tr>\n);;
388  Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.      $content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
389        if ( @ecs ) {
390            $content .= qq(<tr><td>EC:</td><td>);
391            foreach my $ec ( @ecs ) {
392                my $ec_name = $fig->ec_name($ec);
393                $content .= join(" -- ", $ec, $ec_name) . "<br>\n";
394            }
395            $content .= qq(</td></tr>\n);
396        }
397    
398  =cut      if ( @subsystems ) {
399            $content .= qq(<tr><td>Subsystems</td><td>);
400            foreach my $subsystem ( @subsystems ) {
401                $content .= join(" -- ", @$subsystem) . "<br>\n";
402            }
403        }
404    
405  sub get_url {      my %groups;
406        if ( @aliases ) {
407            # get the db for each alias
408            foreach my $alias (@aliases){
409                $groups{$alias} = &get_database($alias);
410            }
411    
412   my ($self) = @_;          # group ids by aliases
413   my $url='';          my %db_aliases;
414            foreach my $key (sort {$groups{$a} cmp $groups{$b}} keys %groups){
415                push (@{$db_aliases{$groups{$key}}}, $key);
416            }
417    
 # a hash with a URL for each observation; identified by name()  
 #my $URL             => { 'PFAM' => "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?" ,\  
 #                       'IPR'    => "http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=" ,\  
 #                          'CDD' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'PIR'    => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'FIGFAM' => '',\  
 #                          'sim'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id=",\  
 #                          'bbh'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id="  
 #};  
418    
419  # if (defined $URL{$self->name}) {          $content .= qq(<tr><td>Aliases</td><td><table border="0">);
420  #     $url = $URL{$self->name}.$self->acc;          foreach my $key (sort keys %db_aliases){
421  #     return $url;              $content .= qq(<tr><td>$key:</td><td>) . join(", ", @{$db_aliases{$key}}) . qq(</td></tr\n);
422  # }          }
423  # else          $content .= qq(</td></tr></table>\n);
      return undef;  
424  }  }
425    
426  =head3 get_display_method (internal)      $content .= qq(</table><p>\n);
427    
428  get_display_method() return a valid URL or undef for any observation.      return ($content);
429    }
430    
431  URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()  =head3 get_sims_summary
432  and Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.  This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
433    
434  =cut  =cut
435    
436  sub get_display_method {  sub get_sims_summary {
437        my ($observation, $fid) = @_;
438        my $fig = new FIG;
439        my %families;
440        my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"all");
441    
442   my ($self) = @_;      foreach my $sim (@sims){
443            next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);
444            my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
445            my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
446            my $parent_tax = "Root";
447            foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
448                push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
449                $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
450                $parent_tax = $tax;
451            }
452        }
453    
454  # a hash with a URL for each observation; identified by name()      foreach my $key (keys %{$families{children}}){
455  #my $URL             => { 'sim'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1=",\          $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
 #                        'bbh'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1="  
 # };  
456    
457  #if (defined $URL{$self->name}) {          my %saw;
458  #     $url = $URL{$self->name}.$self->feature_id."&id2=".$self->acc;          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
459  #     return $url;          $families{children}{$key} = \@out;
460  # }      }
461  # else      return (\%families);
      return undef;  
462  }  }
463    
464    =head1 Internal Methods
465    
466    These methods are not meant to be used outside of this package.
467    
468    B<Please do not use them outside of this package!>
469    
470    =cut
471    
472  sub get_attribute_based_domain_observations{  sub get_attribute_based_domain_observations{
473    
474      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
475      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref) = (@_);
476    
477      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
478    
479      foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
480    #    foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {
481          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
482          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
483          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
# Line 461  Line 503 
503                                 'type' => "dom" ,                                 'type' => "dom" ,
504                                 'evalue' => $evalue,                                 'evalue' => $evalue,
505                                 'start' => $from,                                 'start' => $from,
506                                 'stop' => $to                                 'stop' => $to,
507                                   'fig_id' => $fid,
508                                   'score' => $raw_evalue
509                                 };                                 };
510    
511                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
# Line 470  Line 514 
514      }      }
515  }  }
516    
517  =head3 get_attribute_based_evidence (internal)  sub get_attribute_based_location_observations{
   
 This method retrieves evidence from the attribute server  
518    
519  =cut      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
520        my $fig = new FIG;
521    
522  sub get_attribute_based_observations{      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
523    
524      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      my $dataset = {'type' => "loc",
525      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);                     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
526                       'fig_id' => $fid
527                       };
528    
529      my $_myfig = new FIG;      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
530    #    foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {
531            my $key = @$attr_ref[1];
532            next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/)  && ($key !~/Phobius/) );
533            my @parts = split("::",$key);
534            my $sub_class = $parts[0];
535            my $sub_key = $parts[1];
536            my $value = @$attr_ref[2];
537            if($sub_class eq "SignalP"){
538                if($sub_key eq "cleavage_site"){
539                    my @value_parts = split(";",$value);
540                    $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
541                    $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
542    #               print STDERR "LOC: $value_parts[1]";
543                }
544                elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
545                    $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
546                }
547            }
548    
549      foreach my $attr_ref ($_myfig->get_attributes($fid)) {          elsif($sub_class eq "CELLO"){
550                $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
551                $dataset->{'cello_score'} = $value;
552            }
553    
554          # convert the ref into a string for easier handling          elsif($sub_class eq "Phobius"){
555          my ($string) = "@$attr_ref";              if($sub_key eq "transmembrane"){
556                    $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
557                }
558                elsif($sub_key eq "signal"){
559                    $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
560                }
561            }
562    
563  #       print "S:$string\n";          elsif($sub_class eq "TMPRED"){
564          my ($key,$val) = ( $string =~ /\S+\s(\S+)\s(\S+)/);              my @value_parts = split(/\;/,$value);
565                $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
566                $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
567            }
568        }
569    
570          # THIS SHOULD BE DONE ANOTHER WAY FM->TD      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
         # we need to do the right thing for each type, ie no evalue for CELLO and no coordinates, but a score, etc  
         # as fas as possible this should be configured so that the type of observation and the regexp are  
         # stored somewhere for easy expansion  
         #  
571    
572          if (($key =~ /PFAM::/) || ( $key =~ /IPR::/) || ( $key =~ /CDD::/) ) {  }
573    
574              # some keys are composite CDD::1233244 or PFAM:PF1233  =head3 get_pdb_observations() (internal)
575    
576              if ( $key =~ /::/ ) {  This methods sets the type and class for pdb observations
                 my ($firstkey,$restkey) = ( $key =~ /([a-zA-Z0-9]+)::(.*)/);  
                 $val=$restkey.";".$val;  
                 $key=$firstkey;  
             }  
577    
578              my ($acc,$raw_evalue, $from,$to) = ($val =~ /(\S+);(\S+);(\d+)-(\d+)/ );  =cut
579    
580              my $evalue= 255;  sub get_pdb_observations{
581              if (defined $raw_evalue) { # some of the tool do not give us an evalue      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
582    
583                  my ($k,$expo) = ( $raw_evalue =~ /(\d+).(\d+)/);      my $fig = new FIG;
                 my ($new_k, $new_exp);  
584    
585                  #      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
586                  #  THIS DOES NOT WORK PROPERLY      #foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,'PDB')) {
                 #  
                 if($raw_evalue =~/(\d+).(\d+)/){  
587    
588  #                   $new_exp = (1000+$expo);          my $key = @$attr_ref[1];
589          #           $new_k = $k / 100;          next if ( ($key !~ /PDB/));
590            my($key1,$key2) =split("::",$key);
591            my $value = @$attr_ref[2];
592            my ($evalue,$location) = split(";",$value);
593    
594            if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
595                my $part2 = 1000 - $1;
596                my $part1 = $2/100;
597                $evalue = $part1."e-".$part2;
598                  }                  }
                 $evalue = "0.01"#new_k."e-".$new_exp;  
             }  
599    
600              # unroll it all into an array of hashes          my($start,$stop) =split("-",$location);
601              # this needs to be done differently for different types of observations  
602              my $dataset = [ { name => 'class', value => $key },          my $url = @$attr_ref[3];
603                              { name => 'acc' , value => $acc},          my $dataset = {'class' => 'PDB',
604                              { name => 'type', value => "dom"} , # this clearly needs to be done properly FM->TD                         'type' => 'seq' ,
605                              { name => 'evalue', value => $evalue },                         'acc' => $key2,
606                              { name => 'start', value => $from},                         'evalue' => $evalue,
607                              { name => 'stop' , value => $to}                         'start' => $start,
608                              ];                         'stop' => $stop,
609                           'fig_id' => $fid
610                           };
611    
612              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
613          }          }
614      }      }
615    
616    =head3 get_cluster_observations() (internal)
617    
618    This methods sets the type and class for cluster observations
619    
620    =cut
621    
622    sub get_cluster_observations{
623        my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
624    
625        my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
626                       'type' => 'fc',
627                       'context' => $scope,
628                       'fig_id' => $fid
629                       };
630        push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
631  }  }
632    
633    
634  =head3 get_sims_observations() (internal)  =head3 get_sims_observations() (internal)
635    
636  This methods retrieves sims fills the internal data structures.  This methods retrieves sims fills the internal data structures.
# Line 552  Line 641 
641    
642      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
643      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
644      my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"fig");      my @sims= $fig->nsims($fid,500,1e-20,"all");
645      my ($dataset);      my ($dataset);
646    
647        my %id_list;
648      foreach my $sim (@sims){      foreach my $sim (@sims){
649          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
650    
651            next if ($hit !~ /^fig\|/);
652            my @aliases = $fig->feature_aliases($hit);
653            foreach my $alias (@aliases){
654                $id_list{$alias} = 1;
655            }
656        }
657    
658        my %already;
659        my (@new_sims, @uniprot);
660        foreach my $sim (@sims){
661            my $hit = $sim->[1];
662            my ($id) = ($hit) =~ /\|(.*)/;
663            next if (defined($already{$id}));
664            next if (defined($id_list{$hit}));
665            push (@new_sims, $sim);
666            $already{$id} = 1;
667        }
668    
669        foreach my $sim (@new_sims){
670            my $hit = $sim->[1];
671            my $percent = $sim->[2];
672          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
673          my $from = $sim->[8];          my $qfrom = $sim->[6];
674          my $to = $sim->[9];          my $qto = $sim->[7];
675          $dataset = [ { name => 'class', value => "SIM" },          my $hfrom = $sim->[8];
676                          { name => 'acc' , value => $hit},          my $hto = $sim->[9];
677                          { name => 'type', value => "seq"} ,          my $qlength = $sim->[12];
678                          { name => 'evalue', value => $evalue },          my $hlength = $sim->[13];
679                          { name => 'start', value => $from},          my $db = get_database($hit);
680                          { name => 'stop' , value => $to}          my $func = $fig->function_of($hit);
681                          ];          my $organism = $fig->org_of($hit);
682    
683            $dataset = {'class' => 'SIM',
684                        'acc' => $hit,
685                        'identity' => $percent,
686                        'type' => 'seq',
687                        'evalue' => $evalue,
688                        'qstart' => $qfrom,
689                        'qstop' => $qto,
690                        'hstart' => $hfrom,
691                        'hstop' => $hto,
692                        'database' => $db,
693                        'organism' => $organism,
694                        'function' => $func,
695                        'qlength' => $qlength,
696                        'hlength' => $hlength,
697                        'fig_id' => $fid
698                        };
699    
700      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
701      }      }
702  }  }
703    
704    =head3 get_database (internal)
705    This method gets the database association from the sequence id
706    
707    =cut
708    
709    sub get_database{
710        my ($id) = (@_);
711    
712        my ($db);
713        if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "FIG" }
714        elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }
715        elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }
716        elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }
717        elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
718        elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
719        elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }
720        elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/))    { $db = "KEGG" }
721        elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }
722        elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
723        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
724    
725        return ($db);
726    
727    }
728    
729    
730  =head3 get_identical_proteins() (internal)  =head3 get_identical_proteins() (internal)
731    
732  This methods retrieves sims fills the internal data structures.  This methods retrieves sims fills the internal data structures.
# Line 580  Line 737 
737    
738      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
739      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
740      my @funcs = ();      my $funcs_ref;
741    
742        my %id_list;
743      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
744        my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
745        foreach my $alias (@aliases){
746            $id_list{$alias} = 1;
747        }
748    
749      foreach my $id (@maps_to) {      foreach my $id (@maps_to) {
750          my ($tmp, $who);          my ($tmp, $who);
751          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id)) && (! defined ($id_list{$id}))) {
752              if ($id =~ /^fig\|/)           { $who = "FIG" }              $who = &get_database($id);
753              elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $who = "NCBI" }              push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
             elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $who = "RefSeq" }  
             elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $who = "SwissProt" }  
             elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $who = "UniProt" }  
             elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $who = "TIGR" }  
             elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $who = "PIR" }  
             elsif ($id =~ /^kegg\|/)          { $who = "KEGG" }  
             elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $who = "TrEMBL" }  
             elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $who = "ASAP" }  
   
             push(@funcs, [$id,$who,$tmp]);  
754          }          }
755      }      }
756    
757      my ($dataset);      my ($dataset);
758      foreach my $row (@funcs){      my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
759          my $id = $row->[0];                     'type' => 'seq',
760          my $organism = $fig->org_of($fid);                     'fig_id' => $fid,
761          my $who = $row->[1];                     'rows' => $funcs_ref
762          my $assignment = $row->[2];                     };
763          $dataset = [ { name => 'class', value => "IDENTICAL" },  
                      { name => 'id' , value => $id},  
                      { name => 'organism', value => "$organism"} ,  
                      { name => 'database', value => $who },  
                      { name => 'description' , value => $assignment}  
                      ];  
764          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
765      }  
766    
767  }  }
768    
# Line 646  Line 793 
793                    } @fc_data;                    } @fc_data;
794    
795      my ($dataset);      my ($dataset);
796      foreach my $row (@rows){      my $dataset = {'class' => 'PCH',
797          my $id = $row->[1];                     'type' => 'fc',
798          my $score = $row->[0];                     'fig_id' => $fid,
799          my $description = $row->[2];                     'rows' => \@rows
800          $dataset = [ { name => 'class', value => "FC" },                     };
801                       { name => 'score' , value => $score},  
                      { name => 'id', value => "$id"} ,  
                      { name => 'description' , value => $description}  
                      ];  
802          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
803      }  
804  }  }
805    
806  =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)  =head3 new (internal)
807    
808  This methods retrieves sims and also BBHs and fills the internal data structures.  Instantiate a new object.
809    
810  =cut  =cut
811    
812  #     sub get_sims_and_bbhs{  sub new {
813      my ($class,$dataset) = @_;
 #       # blast m8 output format  
 #       # id1, id2, %ident, align len, mismatches, gaps, q.start, q.stop, s. start, s.stop, eval, bit  
   
 #       my $Sims=();  
 #       @sims_src = $fig->sims($fid,80,500,"fig",0);  
 #       print "found $#sims_src SIMs\n";  
 #       foreach $sims (@sims_src) {  
 #           my ($sims_string) = "@$sims";  
 # #       print "$sims_string\n";  
 #           my ($rfid,$start,$stop,$eval) = ( $sims_string =~ /\S+\s+(\S+)\s+\S+\s\S+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+  
 #                                             \S+\s+\S+\s+\S+\s+\S+\s+(\S+)+.*/);  
 # #       print "ID: $rfid, E:$eval, Start:$start stop:$stop\n";  
 #           $Sims{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $Sims{$rfid}{'start'}=$start;  
 #           $Sims{$rfid}{'stop'}=$stop;  
 #           print "$rfid $Sims{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
   
 #       # BBHs  
 #       my $BBHs=();  
   
 #       @bbhs_src = $fig->bbhs($fid,1.0e-10);  
 #       print "found $#bbhs_src BBHs\n";  
 #       foreach $bbh (@bbhs_src) {  
 #           #print "@$bbh\n";  
 #           my ($bbh_string) = "@$bbh";  
 #           my ($rfid,$eval,$score) = ( $bbh_string =~ /(\S+)\s(\S+)\s(\S+)/);  
 #           #print "ID: $rfid, E:$eval, S:$score\n";  
 #           $BBHs{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $BBHs{$rfid}{'score'}=$score;  
 # #print "$rfid $BBHs{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
814    
815  #     }    my $self = { class => $dataset->{'class'},
816                   type => $dataset->{'type'},
817                   fig_id => $dataset->{'fig_id'},
818                   score => $dataset->{'score'},
819               };
820    
821      bless($self,$class);
822    
823      return $self;
824    }
825    
826  =head3 new (internal)  =head3 identity (internal)
827    
828  Instantiate a new object.  Returns the % identity of the similar sequence
829    
830  =cut  =cut
831    
832  sub new {  sub identity {
833    my ($class,$dataset) = @_;      my ($self) = @_;
   
834    
835    #$self = { acc => '',      return $self->{identity};
836  #           description => '',  }
 #           class => '',  
 #           type => '',  
 #           start => '',  
 #           stop => '',  
 #           evalue => '',  
 #           score => '',  
 #           display_method => '',  
 #           feature_id => '',  
 #           rank => '',  
 #           supports_annotation => '',  
 #           id => '',  
 #            organism => '',  
 #            who => ''  
 #         };  
837    
838    my $self = { class => $dataset->{'class'},  =head3 fig_id (internal)
                type => $dataset->{'type'}  
             };  
839    
840    bless($self,$class);  =cut
841    
842    return $self;  sub fig_id {
843      my ($self) = @_;
844      return $self->{fig_id};
845  }  }
846    
847  =head3 feature_id (internal)  =head3 feature_id (internal)
# Line 775  Line 879 
879      return $self->{organism};      return $self->{organism};
880  }  }
881    
882    =head3 function (internal)
883    
884    Returns the function of the identical sequence
885    
886    =cut
887    
888    sub function {
889        my ($self) = @_;
890    
891        return $self->{function};
892    }
893    
894  =head3 database (internal)  =head3 database (internal)
895    
896  Returns the database of the identical sequence  Returns the database of the identical sequence
# Line 787  Line 903 
903      return $self->{database};      return $self->{database};
904  }  }
905    
906  #package Observation::Identical;  sub score {
907  #1;    my ($self) = @_;
 #  
 #our @ISA = qw(Observation);  # inherits all the methods from Observation  
908    
909  =head3 display_identical()    return $self->{score};
910    }
911    
912    ############################################################
913    ############################################################
914    package Observation::PDB;
915    
916    use base qw(Observation);
917    
918    sub new {
919    
920        my ($class,$dataset) = @_;
921        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
922        $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
923        $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
924        $self->{start} = $dataset->{'start'};
925        $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
926        bless($self,$class);
927        return $self;
928    }
929    
930    =head3 display()
931    
932    displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
933    
934    =cut
935    
936    sub display{
937        my ($self,$gd) = @_;
938    
939        my $fid = $self->fig_id;
940        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
941    
942        my $acc = $self->acc;
943    
944        my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
945        my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
946        if(!scalar(@$pdb_objs)){
947            $pdb_description = "not available";
948            $pdb_source = "not available";
949            $pdb_ligand = "not available";
950        }
951        else{
952            my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
953            $pdb_description = $pdb_obj->description;
954            $pdb_source = $pdb_obj->source;
955            $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
956        }
957    
958        my $lines = [];
959        my $line_data = [];
960        my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
961                            'short_title' => "best PDB",
962                            'basepair_offset' => '1' };
963    
964        my $fig = new FIG;
965        my $seq = $fig->get_translation($fid);
966        my $fid_stop = length($seq);
967    
968        my $fid_element_hash = {
969            "title" => $fid,
970            "start" => '1',
971            "end" =>  $fid_stop,
972            "color"=> '1',
973            "zlayer" => '1'
974            };
975    
976        push(@$line_data,$fid_element_hash);
977    
978        my $links_list = [];
979        my $descriptions = [];
980    
981        my $name;
982        $name = {"title" => 'id',
983                 "value" => $acc};
984        push(@$descriptions,$name);
985    
986        my $description;
987        $description = {"title" => 'pdb description',
988                        "value" => $pdb_description};
989        push(@$descriptions,$description);
990    
991        my $score;
992        $score = {"title" => "score",
993                  "value" => $self->evalue};
994        push(@$descriptions,$score);
995    
996        my $start_stop;
997        my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
998        $start_stop = {"title" => "start-stop",
999                       "value" => $start_stop_value};
1000        push(@$descriptions,$start_stop);
1001    
1002        my $source;
1003        $source = {"title" => "source",
1004                  "value" => $pdb_source};
1005        push(@$descriptions,$source);
1006    
1007        my $ligand;
1008        $ligand = {"title" => "pdb ligand",
1009                   "value" => $pdb_ligand};
1010        push(@$descriptions,$ligand);
1011    
1012        my $link;
1013        my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1014    
1015        $link = {"link_title" => $acc,
1016                 "link" => $link_url};
1017        push(@$links_list,$link);
1018    
1019        my $pdb_element_hash = {
1020            "title" => "PDB homology",
1021            "start" => $self->start,
1022            "end" =>  $self->stop,
1023            "color"=> '6',
1024            "zlayer" => '3',
1025            "links_list" => $links_list,
1026            "description" => $descriptions};
1027    
1028        push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1029        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1030    
1031        return $gd;
1032    }
1033    
1034    1;
1035    
1036    ############################################################
1037    ############################################################
1038    package Observation::Identical;
1039    
1040    use base qw(Observation);
1041    
1042    sub new {
1043    
1044        my ($class,$dataset) = @_;
1045        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1046        $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1047    
1048        bless($self,$class);
1049        return $self;
1050    }
1051    
1052    =head3 display_table()
1053    
1054  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1055  This code will display a table for the identical protein  This code will display a table for the identical protein
1056    
1057    
1058  B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.  B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1059    dence.
1060    
1061  =cut  =cut
1062    
 sub display_identical {  
     my ($self, $fid, $cgi) = @_;  
1063    
1064      my $content;  sub display_table{
1065      my $array=Observation->get_objects($fid);      my ($self) = @_;
1066    
1067        my $fig = new FIG;
1068        my $fid = $self->fig_id;
1069        my $rows = $self->rows;
1070        my $cgi = new CGI;
1071      my $all_domains = [];      my $all_domains = [];
1072      my $count_identical = 0;      my $count_identical = 0;
1073      foreach my $thing (@$array) {      my $content;
1074          next if ($thing->class ne "IDENTICAL");      foreach my $row (@$rows) {
1075            my $id = $row->[0];
1076            my $who = $row->[1];
1077            my $assignment = $row->[2];
1078            my $organism = $fig->org_of($id);
1079          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1080          push(@$single_domain,$thing->class);          push(@$single_domain,$who);
         my $id = $thing->id;  
         $count_identical++;  
1081          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1082          push(@$single_domain,$thing->organism);          push(@$single_domain,$organism);
1083          push(@$single_domain,$thing->database);          push(@$single_domain,$assignment);
         push(@$single_domain,$thing->description);  
1084          push(@$all_domains,$single_domain);          push(@$all_domains,$single_domain);
1085            $count_identical++;
1086      }      }
1087    
1088      if ($count_identical >0){      if ($count_identical >0){
1089          my $table_component = $self->application->component('DomainTable');          $content = $all_domains;
   
         $table_component->columns ([ { 'name' => 'Name', 'filter' => 1 },  
                                      { 'name' => 'ID' },  
                                      { 'name' => 'Organism' },  
                                      { 'name' => 'Database' },  
                                      { 'name' => 'Assignment' }  
                                      ]);  
         $table_component->data($all_domains);  
         $table_component->show_top_browse(1);  
         $table_component->show_bottom_browse(1);  
         $table_component->items_per_page(50);  
         $table_component->show_select_items_per_page(1);  
         $content .= $table_component->output();  
1090      }      }
1091      else{      else{
1092          $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
# Line 845  Line 1094 
1094      return ($content);      return ($content);
1095  }  }
1096    
1097    1;
1098    
1099    #########################################
1100    #########################################
1101    package Observation::FC;
1102    1;
1103    
1104    use base qw(Observation);
1105    
1106    sub new {
1107    
1108        my ($class,$dataset) = @_;
1109        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1110        $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1111    
1112        bless($self,$class);
1113        return $self;
1114    }
1115    
1116    =head3 display_table()
1117    
1118    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1119    This code will display a table for the identical protein
1120    
1121    
1122    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1123    dence.
1124    
1125    =cut
1126    
1127    sub display_table {
1128    
1129        my ($self,$dataset) = @_;
1130        my $fid = $self->fig_id;
1131        my $rows = $self->rows;
1132        my $cgi = new CGI;
1133        my $functional_data = [];
1134        my $count = 0;
1135        my $content;
1136    
1137        foreach my $row (@$rows) {
1138            my $single_domain = [];
1139            $count++;
1140    
1141            # construct the score link
1142            my $score = $row->[0];
1143            my $toid = $row->[1];
1144            my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
1145            my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
1146    
1147            push(@$single_domain,$sc_link);
1148            push(@$single_domain,$row->[1]);
1149            push(@$single_domain,$row->[2]);
1150            push(@$functional_data,$single_domain);
1151        }
1152    
1153        if ($count >0){
1154            $content = $functional_data;
1155        }
1156        else
1157        {
1158            $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1159        }
1160        return ($content);
1161    }
1162    
1163    
1164    #########################################
1165    #########################################
1166  package Observation::Domain;  package Observation::Domain;
1167    
1168  use base qw(Observation);  use base qw(Observation);
# Line 865  Line 1183 
1183  sub display {  sub display {
1184      my ($thing,$gd) = @_;      my ($thing,$gd) = @_;
1185      my $lines = [];      my $lines = [];
1186      my $line_config = { 'title' => $thing->acc,  #    my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1187                          'short_title' => $thing->type,  #                       'short_title' => $thing->type,
1188                          'basepair_offset' => '1' };  #                       'basepair_offset' => '1' };
1189      my $color = "4";      my $color = "4";
1190    
1191      my $line_data = [];      my $line_data = [];
1192      my $links_list = [];      my $links_list = [];
1193      my $descriptions = [];      my $descriptions = [];
1194    
1195      my $description_function;      my $db_and_id = $thing->acc;
1196      $description_function = {"title" => $thing->class,      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
                              "value" => $thing->acc};  
1197    
1198      push(@$descriptions,$description_function);      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1199    
1200        my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1201        if($db eq "CDD"){
1202            my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1203            if(!scalar(@$cdd_objs)){
1204                $name_title = "name";
1205                $name_value = "not available";
1206                $description_title = "description";
1207                $description_value = "not available";
1208            }
1209            else{
1210                my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1211                $name_title = "name";
1212                $name_value = $cdd_obj->term;
1213                $description_title = "description";
1214                $description_value = $cdd_obj->description;
1215            }
1216        }
1217    
1218        my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1219                            'short_title' => $name_value,
1220                            'basepair_offset' => '1' };
1221    
1222        my $name;
1223        $name = {"title" => $name_title,
1224                 "value" => $name_value};
1225        push(@$descriptions,$name);
1226    
1227        my $description;
1228        $description = {"title" => $description_title,
1229                                 "value" => $description_value};
1230        push(@$descriptions,$description);
1231    
1232      my $score;      my $score;
1233      $score = {"title" => "score",      $score = {"title" => "score",
# Line 886  Line 1235 
1235      push(@$descriptions,$score);      push(@$descriptions,$score);
1236    
1237      my $link_id;      my $link_id;
1238      if ($thing->acc =~/CDD::(\d+)/){      if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){
1239          $link_id = $1;          $link_id = $1;
1240      }      }
1241    
1242      my $link;      my $link;
1243        my $link_url;
1244        if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1245        elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1246        else{$link_url = "NO_URL"}
1247    
1248      $link = {"link_title" => $thing->acc,      $link = {"link_title" => $thing->acc,
1249               "link" => "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"};               "link" => $link_url};
1250      push(@$links_list,$link);      push(@$links_list,$link);
1251    
1252      my $element_hash = {      my $element_hash = {
# Line 911  Line 1265 
1265    
1266  }  }
1267    
1268    sub display_table {
1269        my ($self,$dataset) = @_;
1270        my $cgi = new CGI;
1271        my $data = [];
1272        my $count = 0;
1273        my $content;
1274    
1275        foreach my $thing (@$dataset) {
1276            next if ($thing->type !~ /dom/);
1277            my $single_domain = [];
1278            $count++;
1279    
1280            my $db_and_id = $thing->acc;
1281            my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1282    
1283            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1284    
1285            my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1286            if($db eq "CDD"){
1287                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1288                if(!scalar(@$cdd_objs)){
1289                    $name_title = "name";
1290                    $name_value = "not available";
1291                    $description_title = "description";
1292                    $description_value = "not available";
1293                }
1294                else{
1295                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1296                    $name_title = "name";
1297                    $name_value = $cdd_obj->term;
1298                    $description_title = "description";
1299                    $description_value = $cdd_obj->description;
1300                }
1301            }
1302    
1303            my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1304    
1305            push(@$single_domain,$db);
1306            push(@$single_domain,$thing->acc);
1307            push(@$single_domain,$name_value);
1308            push(@$single_domain,$location);
1309            push(@$single_domain,$thing->evalue);
1310            push(@$single_domain,$description_value);
1311            push(@$data,$single_domain);
1312        }
1313    
1314        if ($count >0){
1315            $content = $data;
1316        }
1317        else
1318        {
1319            $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1320        }
1321    }
1322    
1323    
1324    #########################################
1325    #########################################
1326    package Observation::Location;
1327    
1328    use base qw(Observation);
1329    
1330    sub new {
1331    
1332        my ($class,$dataset) = @_;
1333        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1334        $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1335        $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1336        $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1337        $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1338        $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1339        $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1340        $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1341        $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1342        $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1343    
1344        bless($self,$class);
1345        return $self;
1346    }
1347    
1348    sub display {
1349        my ($thing,$gd) = @_;
1350    
1351        my $fid = $thing->fig_id;
1352        my $fig= new FIG;
1353        my $length = length($fig->get_translation($fid));
1354    
1355        my $cleavage_prob;
1356        if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1357        my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1358        my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1359        my $cello_location = $thing->cello_location;
1360        my $cello_score = $thing->cello_score;
1361        my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1362        my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1363    
1364        my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1365        my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1366    
1367        my $lines = [];
1368    
1369        #color is
1370        my $color = "6";
1371    
1372        if($cello_location){
1373            my $cello_descriptions = [];
1374            my $line_data =[];
1375    
1376            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1377                                'short_title' => 'CELLO',
1378                                'basepair_offset' => '1' };
1379    
1380            my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1381                                              "value" => $cello_location};
1382    
1383            push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1384    
1385            my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1386                                           "value" => $cello_score};
1387    
1388            push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1389    
1390            my $element_hash = {
1391                "title" => "CELLO",
1392                "start" => "1",
1393                "end" =>  $length + 1,
1394                "color"=> $color,
1395                "type" => 'box',
1396                "zlayer" => '1',
1397                "description" => $cello_descriptions};
1398    
1399            push(@$line_data,$element_hash);
1400            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1401        }
1402    
1403    
1404        $color = "2";
1405        if($tmpred_score){
1406            my $line_data =[];
1407            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1408                                'short_title' => 'Transmembrane',
1409                                'basepair_offset' => '1' };
1410    
1411    
1412            foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1413                my $descriptions = [];
1414                my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1415                my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1416                                 "value" => $tmpred_score};
1417    
1418                push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1419    
1420                my $element_hash = {
1421                "title" => "transmembrane location",
1422                "start" => $begin + 1,
1423                "end" =>  $end + 1,
1424                "color"=> $color,
1425                "zlayer" => '5',
1426                "type" => 'smallbox',
1427                "description" => $descriptions};
1428    
1429                push(@$line_data,$element_hash);
1430    
1431            }
1432            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1433        }
1434    
1435        if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1436            my $line_data =[];
1437            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1438                                'short_title' => 'Phobius',
1439                                'basepair_offset' => '1' };
1440    
1441            foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1442                my $descriptions = [];
1443                my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'Phobius TM Location',
1444                                 "value" => $tm_loc};
1445                push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1446    
1447                my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1448    
1449                my $element_hash = {
1450                "title" => "phobius transmembrane location",
1451                "start" => $begin + 1,
1452                "end" =>  $end + 1,
1453                "color"=> '6',
1454                "zlayer" => '4',
1455                "type" => 'bigbox',
1456                "description" => $descriptions};
1457    
1458                push(@$line_data,$element_hash);
1459    
1460            }
1461    
1462            if($phobius_signal_location){
1463                my $descriptions = [];
1464                my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1465                                 "value" => $phobius_signal_location};
1466                push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1467    
1468    
1469                my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1470                my $element_hash = {
1471                "title" => "phobius signal locations",
1472                "start" => $begin + 1,
1473                "end" =>  $end + 1,
1474                "color"=> '1',
1475                "zlayer" => '5',
1476                "type" => 'box',
1477                "description" => $descriptions};
1478                push(@$line_data,$element_hash);
1479            }
1480    
1481            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1482        }
1483    
1484    
1485        $color = "1";
1486        if($signal_peptide_score){
1487            my $line_data = [];
1488            my $descriptions = [];
1489    
1490            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1491                                'short_title' => 'SignalP',
1492                                'basepair_offset' => '1' };
1493    
1494            my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1495                                                    "value" => $signal_peptide_score};
1496    
1497            push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1498    
1499            my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1500                                             "value" => $cleavage_prob};
1501    
1502            push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1503    
1504            my $element_hash = {
1505                "title" => "SignalP",
1506                "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1507                "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1508                "type" => 'bigbox',
1509                "color"=> $color,
1510                "zlayer" => '10',
1511                "description" => $descriptions};
1512    
1513            push(@$line_data,$element_hash);
1514            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1515        }
1516    
1517        return ($gd);
1518    
1519    }
1520    
1521    sub cleavage_loc {
1522      my ($self) = @_;
1523    
1524      return $self->{cleavage_loc};
1525    }
1526    
1527    sub cleavage_prob {
1528      my ($self) = @_;
1529    
1530      return $self->{cleavage_prob};
1531    }
1532    
1533    sub signal_peptide_score {
1534      my ($self) = @_;
1535    
1536      return $self->{signal_peptide_score};
1537    }
1538    
1539    sub tmpred_score {
1540      my ($self) = @_;
1541    
1542      return $self->{tmpred_score};
1543    }
1544    
1545    sub tmpred_locations {
1546      my ($self) = @_;
1547    
1548      return $self->{tmpred_locations};
1549    }
1550    
1551    sub cello_location {
1552      my ($self) = @_;
1553    
1554      return $self->{cello_location};
1555    }
1556    
1557    sub cello_score {
1558      my ($self) = @_;
1559    
1560      return $self->{cello_score};
1561    }
1562    
1563    sub phobius_signal_location {
1564      my ($self) = @_;
1565      return $self->{phobius_signal_location};
1566    }
1567    
1568    sub phobius_tm_locations {
1569      my ($self) = @_;
1570      return $self->{phobius_tm_locations};
1571    }
1572    
1573    
1574    
1575    #########################################
1576    #########################################
1577    package Observation::Sims;
1578    
1579    use base qw(Observation);
1580    
1581    sub new {
1582    
1583        my ($class,$dataset) = @_;
1584        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1585        $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1586        $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1587        $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1588        $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1589        $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1590        $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1591        $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1592        $self->{database} = $dataset->{'database'};
1593        $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1594        $self->{function} = $dataset->{'function'};
1595        $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1596        $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1597    
1598        bless($self,$class);
1599        return $self;
1600    }
1601    
1602    =head3 display()
1603    
1604    If available use the function specified here to display a graphical observation.
1605    This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1606    
1607    =cut
1608    
1609    sub display {
1610        my ($self,$gd) = @_;
1611    
1612        my $fig = new FIG;
1613        my $peg = $self->acc;
1614    
1615        my $organism = $self->organism;
1616        my $genome = $fig->genome_of($peg);
1617        my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1618        my $function = $self->function;
1619        my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1620        my $align_start = $self->qstart;
1621        my $align_stop = $self->qstop;
1622        my $hit_start = $self->hstart;
1623        my $hit_stop = $self->hstop;
1624    
1625        my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1626    
1627        my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1628                            'short_title' => "$abbrev_name",
1629                            'title_link' => '$tax_link',
1630                            'basepair_offset' => '0'
1631                            };
1632    
1633        my $line_data = [];
1634    
1635        my $element_hash;
1636        my $links_list = [];
1637        my $descriptions = [];
1638    
1639        # get subsystem information
1640        my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$peg;
1641    
1642        my $link;
1643        $link = {"link_title" => $peg,
1644                 "link" => $url_link};
1645        push(@$links_list,$link);
1646    
1647        my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1648        foreach my $subsystem (@subsystems){
1649            my $link;
1650            $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1651                     "link_title" => $subsystem};
1652            push(@$links_list,$link);
1653        }
1654    
1655        my $description_function;
1656        $description_function = {"title" => "function",
1657                                 "value" => $function};
1658        push(@$descriptions,$description_function);
1659    
1660        my ($description_ss, $ss_string);
1661        $ss_string = join (",", @subsystems);
1662        $description_ss = {"title" => "subsystems",
1663                           "value" => $ss_string};
1664        push(@$descriptions,$description_ss);
1665    
1666        my $description_loc;
1667        $description_loc = {"title" => "location start",
1668                            "value" => $hit_start};
1669        push(@$descriptions, $description_loc);
1670    
1671        $description_loc = {"title" => "location stop",
1672                            "value" => $hit_stop};
1673        push(@$descriptions, $description_loc);
1674    
1675        my $evalue = $self->evalue;
1676        while ($evalue =~ /-0/)
1677        {
1678            my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1679            $chunk2 = substr($chunk2,1);
1680            $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1681        }
1682    
1683        my $color = &color($evalue);
1684    
1685        my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1686                                "value" => $evalue};
1687        push(@$descriptions, $description_eval);
1688    
1689        my $identity = $self->identity;
1690        my $description_identity = {"title" => "Identity",
1691                                    "value" => $identity};
1692        push(@$descriptions, $description_identity);
1693    
1694        $element_hash = {
1695            "title" => $peg,
1696            "start" => $align_start,
1697            "end" =>  $align_stop,
1698            "type"=> 'box',
1699            "color"=> $color,
1700            "zlayer" => "2",
1701            "links_list" => $links_list,
1702            "description" => $descriptions
1703            };
1704        push(@$line_data,$element_hash);
1705        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1706    
1707        return ($gd);
1708    
1709    }
1710    
1711    =head3 display_table()
1712    
1713    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1714    This code will display a table for the similarities protein
1715    
1716    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1717    
1718    =cut
1719    
1720    sub display_table {
1721        my ($self,$dataset, $columns, $query_fid) = @_;
1722    
1723        my $data = [];
1724        my $count = 0;
1725        my $content;
1726        my $fig = new FIG;
1727        my $cgi = new CGI;
1728        my @ids;
1729        foreach my $thing (@$dataset) {
1730            next if ($thing->class ne "SIM");
1731            push (@ids, $thing->acc);
1732        }
1733    
1734        my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1735        foreach my $col (@$columns){
1736            # get the column for the subsystems
1737            if ($col eq "subsystem"){
1738                %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids);
1739            }
1740            # get the column for the evidence codes
1741            elsif ($col eq "evidence"){
1742                %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids);
1743            }
1744        }
1745    
1746        my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid);
1747    
1748        foreach my $thing (@$dataset) {
1749            next if ($thing->class ne "SIM");
1750            my $single_domain = [];
1751            $count++;
1752    
1753            my $id = $thing->acc;
1754    
1755            my $iden    = $thing->identity;
1756            my $ln1     = $thing->qlength;
1757            my $ln2     = $thing->hlength;
1758            my $b1      = $thing->qstart;
1759            my $e1      = $thing->qstop;
1760            my $b2      = $thing->hstart;
1761            my $e2      = $thing->hstop;
1762            my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
1763            my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
1764            my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1765            my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1766    
1767            # checkbox column
1768            my $field_name = "tables_" . $id;
1769            my $pair_name = "visual_" . $id;
1770            my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1771    
1772            # get the linked fig id
1773            my $fig_col;
1774            if (defined ($e_identical{$id})){
1775                $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1776            }
1777            else{
1778                $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1779            }
1780    
1781            push(@$single_domain,$box_col);                        # permanent column
1782            push(@$single_domain,$fig_col);                        # permanent column
1783            push(@$single_domain,$thing->evalue);                  # permanent column
1784            push(@$single_domain,"$iden\%");                       # permanent column
1785            push(@$single_domain,$reg1);                           # permanent column
1786            push(@$single_domain,$reg2);                           # permanent column
1787            push(@$single_domain,$thing->organism);                # permanent column
1788            push(@$single_domain,$thing->function);                # permanent column
1789            foreach my $col (@$columns){
1790                (push(@$single_domain,$subsystems_column{$id}) && (next)) if ($col eq "subsystem");
1791                (push(@$single_domain,$evidence_column{$id}) && (next)) if ($col eq "evidence");
1792                (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'NCBI')) && (next)) if ($col eq "ncbi_id");
1793                (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'RefSeq')) && (next)) if ($col eq "refseq_id");
1794                (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'SwissProt')) && (next)) if ($col eq "swissprot_id");
1795                (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'UniProt')) && (next)) if ($col eq "uniprot_id");
1796                (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'TIGR')) && (next)) if ($col eq "tigr_id");
1797                (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'PIR')) && (next)) if ($col eq "pir_id");
1798                (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'KEGG')) && (next)) if ($col eq "kegg_id");
1799                (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'TrEMBL')) && (next)) if ($col eq "trembl_id");
1800                (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'ASAP')) && (next)) if ($col eq "asap_id");
1801                (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'JGI')) && (next)) if ($col eq "jgi_id");
1802            }
1803            push(@$data,$single_domain);
1804        }
1805    
1806        if ($count >0 ){
1807            $content = $data;
1808        }
1809        else{
1810            $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1811        }
1812        return ($content);
1813    }
1814    
1815    sub get_box_column{
1816        my ($ids) = @_;
1817        my %column;
1818        foreach my $id (@$ids){
1819            my $field_name = "tables_" . $id;
1820            my $pair_name = "visual_" . $id;
1821            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1822        }
1823        return (%column);
1824    }
1825    
1826    sub get_subsystems_column{
1827        my ($ids) = @_;
1828    
1829        my $fig = new FIG;
1830        my $cgi = new CGI;
1831        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
1832        my %column;
1833        foreach my $id (@$ids){
1834            my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
1835            my @subsystems;
1836    
1837            if (@in_sub > 0) {
1838                my $count = 1;
1839                foreach my $array(@in_sub){
1840                    push (@subsystems, $count . ". " . $$array[0]);
1841                    $count++;
1842                }
1843                my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
1844                $column{$id} = $in_sub_line;
1845            } else {
1846                $column{$id} = "&nbsp;";
1847            }
1848        }
1849        return (%column);
1850    }
1851    
1852    sub get_essentially_identical{
1853        my ($fid) = @_;
1854        my $fig = new FIG;
1855    
1856        my %id_list;
1857        my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
1858    
1859        foreach my $id (@maps_to) {
1860            if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
1861                $id_list{$id} = 1;
1862            }
1863        }
1864        return(%id_list);
1865    }
1866    
1867    
1868    sub get_evidence_column{
1869        my ($ids) = @_;
1870        my $fig = new FIG;
1871        my $cgi = new CGI;
1872        my (%column, %code_attributes);
1873    
1874        my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($ids);
1875        foreach my $key (@codes){
1876            push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
1877        }
1878    
1879        foreach my $id (@$ids){
1880            # add evidence code with tool tip
1881            my $ev_codes=" &nbsp; ";
1882            my @ev_codes = "";
1883    
1884            if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
1885                my @codes;
1886                @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
1887                @ev_codes = ();
1888                foreach my $code (@codes) {
1889                    my $pretty_code = $code->[2];
1890                    if ($pretty_code =~ /;/) {
1891                        my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
1892                        $ss =~ s/_/ /g;
1893                        $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
1894                    }
1895                    push(@ev_codes, $pretty_code);
1896                }
1897            }
1898    
1899            if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
1900                my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
1901                $ev_codes = $cgi->a(
1902                                    {
1903                                        id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
1904            }
1905            $column{$id}=$ev_codes;
1906        }
1907        return (%column);
1908    }
1909    
1910    sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
1911    
1912    sub get_prefer {
1913        my ($fid, $db) = @_;
1914        my $fig = new FIG;
1915        my $cgi = new CGI;
1916    
1917        my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
1918    
1919        foreach my $alias (@aliases){
1920            my $id_db = &Observation::get_database($alias);
1921            if ($id_db eq $db){
1922                my $acc_col .= &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
1923                return ($acc_col);
1924            }
1925        }
1926        return (" ");
1927    }
1928    
1929    sub color {
1930        my ($evalue) = @_;
1931    
1932        my $color;
1933        if ($evalue <= 1e-170){
1934            $color = 51;
1935        }
1936        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){
1937            $color = 52;
1938        }
1939        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){
1940            $color = 53;
1941        }
1942        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){
1943            $color = 54;
1944        }
1945        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){
1946            $color = 55;
1947        }
1948        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){
1949            $color = 56;
1950        }
1951        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){
1952            $color = 57;
1953        }
1954        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){
1955            $color = 58;
1956        }
1957        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){
1958            $color = 59;
1959        }
1960        else{
1961            $color = 60;
1962        }
1963    
1964    
1965        return ($color);
1966    }
1967    
1968    
1969    ############################
1970    package Observation::Cluster;
1971    
1972    use base qw(Observation);
1973    
1974    sub new {
1975    
1976        my ($class,$dataset) = @_;
1977        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1978        $self->{context} = $dataset->{'context'};
1979        bless($self,$class);
1980        return $self;
1981    }
1982    
1983    sub display {
1984        my ($self,$gd) = @_;
1985    
1986        my $fid = $self->fig_id;
1987        my $compare_or_coupling = $self->context;
1988        my $gd_window_size = $gd->window_size;
1989        my $fig = new FIG;
1990        my $all_regions = [];
1991    
1992        #get the organism genome
1993        my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
1994    
1995        # get location of the gene
1996        my $data = $fig->feature_location($fid);
1997        my ($contig, $beg, $end);
1998        my %reverse_flag;
1999    
2000        if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2001            $contig = $1;
2002            $beg = $2;
2003            $end = $3;
2004        }
2005    
2006        my $offset;
2007        my ($region_start, $region_end);
2008        if ($beg < $end)
2009        {
2010            $region_start = $beg - 4000;
2011            $region_end = $end+4000;
2012            $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2013        }
2014        else
2015        {
2016            $region_start = $end-4000;
2017            $region_end = $beg+4000;
2018            $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2019            $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2020        }
2021    
2022        # call genes in region
2023        my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2024        push(@$all_regions,$target_gene_features);
2025        my (@start_array_region);
2026        push (@start_array_region, $offset);
2027    
2028        my %all_genes;
2029        my %all_genomes;
2030        foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = $fid;}
2031    
2032        if ($compare_or_coupling eq "diverse")
2033        {
2034            my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);
2035    
2036            my $coup_count = 0;
2037    
2038            foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
2039                #   last if ($coup_count > 10);
2040                my ($peg1,$peg2) = @$pair;
2041    
2042                my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
2043                $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
2044    
2045                my $location = $fig->feature_location($peg1);
2046                if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2047                    $pair_contig = $1;
2048                    $pair_beg = $2;
2049                    $pair_end = $3;
2050                    if ($pair_beg < $pair_end)
2051                    {
2052                        $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
2053                        $pair_region_stop = $pair_end+4000;
2054                        $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2055                    }
2056                    else
2057                    {
2058                        $pair_region_start = $pair_end-4000;
2059                        $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
2060                        $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2061                        $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
2062                    }
2063    
2064                    push (@start_array_region, $offset);
2065    
2066                    $all_genomes{$pair_genome} = 1;
2067                    my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
2068                    push(@$all_regions,$pair_features);
2069                    foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
2070                }
2071                $coup_count++;
2072            }
2073        }
2074    
2075        elsif ($compare_or_coupling eq "close")
2076        {
2077            # make a hash of genomes that are phylogenetically close
2078            #my $close_threshold = ".26";
2079            #my @genomes = $fig->genomes('complete');
2080            #my %close_genomes = ();
2081            #foreach my $compared_genome (@genomes)
2082            #{
2083            #    my $dist = $fig->crude_estimate_of_distance($target_genome,$compared_genome);
2084            #    #$close_genomes{$compared_genome} = $dist;
2085            #    if ($dist <= $close_threshold)
2086            #    {
2087            #       $all_genomes{$compared_genome} = 1;
2088            #    }
2089            #}
2090            $all_genomes{"216592.1"} = 1;
2091            $all_genomes{"79967.1"} = 1;
2092            $all_genomes{"199310.1"} = 1;
2093            $all_genomes{"216593.1"} = 1;
2094            $all_genomes{"155864.1"} = 1;
2095            $all_genomes{"83334.1"} = 1;
2096            $all_genomes{"316407.3"} = 1;
2097    
2098            foreach my $comp_genome (keys %all_genomes){
2099                my $return = $fig->bbh_list($comp_genome,[$fid]);
2100                my $feature_list = $return->{$fid};
2101                foreach my $peg1 (@$feature_list){
2102                    my $location = $fig->feature_location($peg1);
2103                    my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
2104                    $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
2105    
2106                    if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2107                        $pair_contig = $1;
2108                        $pair_beg = $2;
2109                        $pair_end = $3;
2110                        if ($pair_beg < $pair_end)
2111                        {
2112                            $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
2113                            $pair_region_stop = $pair_end + 4000;
2114                            $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2115                        }
2116                        else
2117                        {
2118                            $pair_region_start = $pair_end-4000;
2119                            $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
2120                            $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2121                            $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
2122                        }
2123    
2124                        push (@start_array_region, $offset);
2125                        $all_genomes{$pair_genome} = 1;
2126                        my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
2127                        push(@$all_regions,$pair_features);
2128                        foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
2129                    }
2130                }
2131            }
2132        }
2133    
2134        # get the PCH to each of the genes
2135        my $pch_sets = [];
2136        my %pch_already;
2137        foreach my $gene_peg (keys %all_genes)
2138        {
2139            if ($pch_already{$gene_peg}){(next);};
2140            my $gene_set = [$gene_peg];
2141            foreach my $pch_peg ($fig->in_pch_pin_with($gene_peg)) {
2142                $pch_peg =~ s/,.*$//;
2143                my $pch_genome = $fig->genome_of($pch_peg);
2144                if ( ($gene_peg ne $pch_peg) && ($all_genomes{$pch_genome})) {
2145                    push(@$gene_set,$pch_peg);
2146                    $pch_already{$pch_peg}=1;
2147                }
2148                $pch_already{$gene_peg}=1;
2149            }
2150            push(@$pch_sets,$gene_set);
2151        }
2152    
2153        #create a rank of the pch's
2154        my %pch_set_rank;
2155        my $order = 0;
2156        foreach my $set (@$pch_sets){
2157            my $count = scalar(@$set);
2158            $pch_set_rank{$order} = $count;
2159            $order++;
2160        }
2161    
2162        my %peg_rank;
2163        my $counter =  1;
2164        foreach my $pch_order (sort {$pch_set_rank{$b} <=> $pch_set_rank{$a}} keys %pch_set_rank){
2165            my $good_set = @$pch_sets[$pch_order];
2166            my $flag_set = 0;
2167            if (scalar (@$good_set) > 1)
2168            {
2169                foreach my $peg (@$good_set){
2170                    if ((!$peg_rank{$peg})){
2171                        $peg_rank{$peg} = $counter;
2172                        $flag_set = 1;
2173                    }
2174                }
2175                $counter++ if ($flag_set == 1);
2176            }
2177            else
2178            {
2179                foreach my $peg (@$good_set){
2180                    $peg_rank{$peg} = "20";
2181                }
2182            }
2183        }
2184    
2185    
2186    #    my $bbh_sets = [];
2187    #    my %already;
2188    #    foreach my $gene_key (keys(%all_genes)){
2189    #       if($already{$gene_key}){(next);}
2190    #       my $gene_set = [$gene_key];
2191    #
2192    #       my $gene_key_genome = $fig->genome_of($gene_key);
2193    #
2194    #       foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){
2195    #           #(next) if ($gene_key_genome eq $genome_key);
2196    #           my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);
2197    #
2198    #           my $feature_list = $return->{$gene_key};
2199    #           foreach my $fl (@$feature_list){
2200    #               push(@$gene_set,$fl);
2201    #           }
2202    #       }
2203    #       $already{$gene_key} = 1;
2204    #       push(@$bbh_sets,$gene_set);
2205    #    }
2206    #
2207    #    my %bbh_set_rank;
2208    #    my $order = 0;
2209    #    foreach my $set (@$bbh_sets){
2210    #       my $count = scalar(@$set);
2211    #       $bbh_set_rank{$order} = $count;
2212    #       $order++;
2213    #    }
2214    #
2215    #    my %peg_rank;
2216    #    my $counter =  1;
2217    #    foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){
2218    #       my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];
2219    #       my $flag_set = 0;
2220    #       if (scalar (@$good_set) > 1)
2221    #       {
2222    #           foreach my $peg (@$good_set){
2223    #               if ((!$peg_rank{$peg})){
2224    #                   $peg_rank{$peg} = $counter;
2225    #                   $flag_set = 1;
2226    #               }
2227    #           }
2228    #           $counter++ if ($flag_set == 1);
2229    #       }
2230    #       else
2231    #       {
2232    #           foreach my $peg (@$good_set){
2233    #               $peg_rank{$peg} = "20";
2234    #           }
2235    #       }
2236    #    }
2237    
2238        foreach my $region (@$all_regions){
2239            my $sample_peg = @$region[0];
2240            my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2241            my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2242            my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2243            my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2244                                'short_title' => $abbrev_name,
2245                                'basepair_offset' => '0'
2246                                };
2247    
2248            my $offsetting = shift @start_array_region;
2249    
2250            my $second_line_config = { 'title' => "$region_gs",
2251                                       'short_title' => "",
2252                                       'basepair_offset' => '0'
2253                                       };
2254    
2255            my $line_data = [];
2256            my $second_line_data = [];
2257    
2258            # initialize variables to check for overlap in genes
2259            my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2260            my $major_line_flag = 0;
2261            my $prev_second_flag = 0;
2262    
2263            foreach my $fid1 (@$region){
2264                $second_line_flag = 0;
2265                my $element_hash;
2266                my $links_list = [];
2267                my $descriptions = [];
2268    
2269                my $color = $peg_rank{$fid1};
2270    
2271                # get subsystem information
2272                my $function = $fig->function_of($fid1);
2273                my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;
2274    
2275                my $link;
2276                $link = {"link_title" => $fid1,
2277                         "link" => $url_link};
2278                push(@$links_list,$link);
2279    
2280                my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);
2281                foreach my $subsystem (@subsystems){
2282                    my $link;
2283                    $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
2284                             "link_title" => $subsystem};
2285                    push(@$links_list,$link);
2286                }
2287    
2288                my $description_function;
2289                $description_function = {"title" => "function",
2290                                         "value" => $function};
2291                push(@$descriptions,$description_function);
2292    
2293                my $description_ss;
2294                my $ss_string = join (",", @subsystems);
2295                $description_ss = {"title" => "subsystems",
2296                                   "value" => $ss_string};
2297                push(@$descriptions,$description_ss);
2298    
2299    
2300                my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2301                if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2302                    my($start,$stop);
2303                    $start = $2 - $offsetting;
2304                    $stop = $3 - $offsetting;
2305    
2306                    if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2307                         ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2308                           ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2309                        if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2310                            $second_line_flag = 1;
2311                            $major_line_flag = 1;
2312                        }
2313                    }
2314                    $prev_start = $start;
2315                    $prev_stop = $stop;
2316                    $prev_fig = $fid1;
2317    
2318                    if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2319                        $start = $gd_window_size - $start;
2320                        $stop = $gd_window_size - $stop;
2321                    }
2322    
2323                    $element_hash = {
2324                        "title" => $fid1,
2325                        "start" => $start,
2326                        "end" =>  $stop,
2327                        "type"=> 'arrow',
2328                        "color"=> $color,
2329                        "zlayer" => "2",
2330                        "links_list" => $links_list,
2331                        "description" => $descriptions
2332                    };
2333    
2334                    # if there is an overlap, put into second line
2335                    if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2336                    else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2337    
2338                }
2339            }
2340            $gd->add_line($line_data, $line_config);
2341            $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config) if ($major_line_flag == 1);
2342        }
2343        return $gd;
2344    }
2345    
2346    

Legend:
Removed from v.1.8  
changed lines
  Added in v.1.32

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3