[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.58, Wed Apr 23 15:50:16 2008 UTC revision 1.74, Thu Feb 5 18:44:35 2009 UTC
# Line 5  Line 5 
5  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
6    
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects, get_sims_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9    
10  use WebColors;  use WebColors;
11  use WebConfig;  use WebConfig;
12    
13  use FIG_Config;  use FIG_Config;
14    use LWP::Simple;
15  #use strict;  #use strict;
16  #use warnings;  #use warnings;
17  use HTML;  use HTML;
# Line 319  Line 320 
320  =cut  =cut
321    
322  sub get_objects {  sub get_objects {
323      my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;      my ($self,$fid,$fig,$parameters,$scope) = @_;
324    
325      my $objects = [];      my $objects = [];
326      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
# Line 333  Line 334 
334      else{      else{
335          my %domain_classes;          my %domain_classes;
336          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
337          $domain_classes{'CDD'} = 1;          #$domain_classes{'CDD'} = 1;
338          $domain_classes{'PFAM'} = 1;          $domain_classes{'PFAM'} = 1;
339          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
340          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
341          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
342          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
343          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
# Line 374  Line 375 
375    
376  }  }
377    
378    =head3 get_attributes
379        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
380    =cut
381    
382    sub get_attributes{
383        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
384        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
385        return @attributes;
386    }
387    
388  =head3 get_sims_objects()  =head3 get_sims_objects()
389    
390  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
# Line 410  Line 421 
421      my $content = [];      my $content = [];
422      my $row = [];      my $row = [];
423    
424      my $org_name = $fig->org_of($fid);      my $org_name = "Data not available";
425        if ( $fig->org_of($fid)){
426            $org_name = $fig->org_of($fid);
427        }
428      my $org_id = $fig->genome_of($fid);      my $org_id = $fig->genome_of($fid);
429      my $function = $fig->function_of($fid);      my $function = $fig->function_of($fid);
430      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
# Line 466  Line 480 
480          my @currLineage = ($parent_tax);          my @currLineage = ($parent_tax);
481          push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);          push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
482          my $level = 2;          my $level = 2;
483          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){  
484            foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy),$id){
485              next if ($tax eq $parent_tax);
486              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
487              push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);              push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
488              $families{level}{$tax} = $level;              $families{level}{$tax} = $level;
# Line 530  Line 546 
546    
547      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
548      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
549        my $seen = {};
550      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
551          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
552          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
553          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
554          my $name = $parts[1];          my $name = $parts[1];
555            next if ($seen->{$name});
556            $seen->{$name}++;
557          #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));          #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
558    
559          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
# Line 695  Line 713 
713  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
714      my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
715    
716      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter);      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter, $sim_filters);
717      if ($parameters->{flag}){      if ( (defined $parameters->{flag}) && ($parameters->{flag})){
718        $max_sims = $parameters->{max_sims};        $max_sims = $parameters->{max_sims};
719        $max_expand = $parameters->{max_expand};        $max_expand = $parameters->{max_expand};
720        $max_eval = $parameters->{max_eval};        $max_eval = $parameters->{max_eval};
721        $db_filter = $parameters->{db_filter};        $db_filter = $parameters->{db_filter};
722        $sim_order = $parameters->{sim_order};        $sim_filters->{ sort_by } = $parameters->{sim_order};
723          #$sim_order = $parameters->{sim_order};
724        $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));        $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
725      }      }
726        elsif ( (defined $parameters->{sims_db}) && ($parameters->{sims_db} eq 'all')){
727          $max_sims = 50;
728          $max_expand = 5;
729          $max_eval = 1e-5;
730          $db_filter = "all";
731          $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
732        }
733      else{      else{
734        $max_sims = 50;        $max_sims = 50;
735        $max_expand = 5;        $max_expand = 5;
736        $max_eval = 1e-5;        $max_eval = 1e-5;
737        $db_filter = "figx";        $db_filter = "figx";
738        $sim_order = "id";        $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
739          #$sim_order = "id";
740      }      }
741    
742      my(@tmp, $id, $genome, @genomes, %sims);      my($id, $genome, @genomes, %sims);
743      my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand);      my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
744      @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;      @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
745      my ($dataset);      my ($dataset);
746    
# Line 728  Line 755 
755        @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;        @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
756      }      }
757    
758        my $seen_sims={};
759      foreach my $sim (@tmp){      foreach my $sim (@tmp){
760          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
761            next if ($seen_sims->{$hit});
762            $seen_sims->{$hit}++;
763          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
764          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
765          my $qfrom = $sim->[6];          my $qfrom = $sim->[6];
# Line 740  Line 770 
770          my $hlength = $sim->[13];          my $hlength = $sim->[13];
771          my $db = get_database($hit);          my $db = get_database($hit);
772          my $func = $fig->function_of($hit);          my $func = $fig->function_of($hit);
773          my $organism = $fig->org_of($hit);          my $organism;
774            if ($fig->org_of($hit)){
775                $organism = $fig->org_of($hit);
776            }
777            else{
778                $organism = "Data not available";
779            }
780    
781          $dataset = {'class' => 'SIM',          $dataset = {'class' => 'SIM',
782                      'query' => $sim->[0],                      'query' => $sim->[0],
# Line 847  Line 883 
883      my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);      my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
884    
885      # get the fc data      # get the fc data
886      my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);      my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff);
887    
888      # retrieve data      # retrieve data
889      my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;      my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
# Line 1134  Line 1170 
1170          my $id = $row->[0];          my $id = $row->[0];
1171          my $who = $row->[1];          my $who = $row->[1];
1172          my $assignment = $row->[2];          my $assignment = $row->[2];
1173          my $organism = $fig->org_of($id);          my $organism = "Data not available";
1174            if ($fig->org_of($id)){
1175                $organism = $fig->org_of($id);
1176            }
1177          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1178          push(@$single_domain,$who);          push(@$single_domain,$who);
1179          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));          push(@$single_domain,"<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>");
1180          push(@$single_domain,$organism);          push(@$single_domain,$organism);
1181          push(@$single_domain,$assignment);          push(@$single_domain,$assignment);
1182          push(@$all_domains,$single_domain);          push(@$all_domains,$single_domain);
# Line 1260  Line 1299 
1299                                  -password => $WebConfig::DBPWD);                                  -password => $WebConfig::DBPWD);
1300    
1301      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1302      if($db eq "CDD"){  
1303          my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );      if($db =~ /PFAM/){
1304          if(!scalar(@$cdd_objs)){          my $new_id;
1305              $name_title = "name";          if ($id =~ /_/){
1306              $name_value = "not available";              ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
             $description_title = "description";  
             $description_value = "not available";  
1307          }          }
1308          else{          else{
1309              my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];              $new_id = $id;
             $name_title = "name";  
             $name_value = $cdd_obj->term;  
             $description_title = "description";  
             $description_value = $cdd_obj->description;  
         }  
1310      }      }
1311      elsif($db =~ /PFAM/){  
         my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;  
1312          my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );          my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1313          if(!scalar(@$pfam_objs)){          if(!scalar(@$pfam_objs)){
1314              $name_title = "name";              $name_title = "name";
# Line 1333  Line 1364 
1364    
1365      my $link;      my $link;
1366      my $link_url;      my $link_url;
1367      if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}  #    if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1368      elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}      if($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1369      else{$link_url = "NO_URL"}      else{$link_url = "NO_URL"}
1370    
1371      $link = {"link_title" => $thing->acc,      $link = {"link_title" => $thing->acc,
# Line 1363  Line 1394 
1394      my $data = [];      my $data = [];
1395      my $count = 0;      my $count = 0;
1396      my $content;      my $content;
1397        my $seen = {};
1398    
1399      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
1400          next if ($thing->type !~ /dom/);          next if ($thing->type !~ /dom/);
# Line 1378  Line 1410 
1410                                  -password => $WebConfig::DBPWD);                                  -password => $WebConfig::DBPWD);
1411    
1412          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1413          if($db eq "CDD"){  
1414              my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );          my $new_id;
1415              if(!scalar(@$cdd_objs)){          if($db =~ /PFAM/){
1416                  $name_title = "name";              if ($id =~ /_/){
1417                  $name_value = "not available";                  ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
                 $description_title = "description";  
                 $description_value = "not available";  
1418              }              }
1419              else{              else{
1420                  my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];                  $new_id = $id;
                 $name_title = "name";  
                 $name_value = $cdd_obj->term;  
                 $description_title = "description";  
                 $description_value = $cdd_obj->description;  
1421              }              }
1422          }  
1423          elsif($db =~ /PFAM/){              next if ($seen->{$new_id});
1424              my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;              $seen->{$new_id}=1;
1425    
1426              my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );              my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1427    #           print STDERR "VALUES: " . $pfam_objs . "\n";
1428              if(!scalar(@$pfam_objs)){              if(!scalar(@$pfam_objs)){
1429                  $name_title = "name";                  $name_title = "name";
1430                  $name_value = "not available";                  $name_value = "not available";
# Line 1415  Line 1443 
1443          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1444    
1445          push(@$single_domain,$db);          push(@$single_domain,$db);
1446          push(@$single_domain,$thing->acc);          push(@$single_domain,$new_id);
1447          push(@$single_domain,$name_value);          push(@$single_domain,$name_value);
1448          push(@$single_domain,$location);          push(@$single_domain,$location);
1449          push(@$single_domain,$thing->evalue);          push(@$single_domain,$thing->evalue);
# Line 1493  Line 1521 
1521      #color is      #color is
1522      my $color = "6";      my $color = "6";
1523    
 =head3  
   
     if($cello_location){  
         my $cello_descriptions = [];  
         my $line_data =[];  
   
         my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                             'short_title' => 'CELLO',  
                             'hover_title' => 'Localization',  
                             'basepair_offset' => '1' };  
   
         my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',  
                                           "value" => $cello_location};  
1524    
         push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);  
1525    
1526          my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',  #    if($cello_location){
1527                                         "value" => $cello_score};  #       my $cello_descriptions = [];
1528    #       my $line_data =[];
1529          push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);  #
1530    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1531          my $element_hash = {  #                           'short_title' => 'CELLO',
1532              "title" => "CELLO",  #                            'hover_title' => 'Localization',
1533              "color"=> $color,  #                           'basepair_offset' => '1' };
1534              "start" => "1",  #
1535              "end" =>  $length + 1,  #       my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1536              "zlayer" => '1',  #                                         "value" => $cello_location};
1537              "description" => $cello_descriptions};  #
1538    #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1539          push(@$line_data,$element_hash);  #
1540          $gd->add_line($line_data, $line_config);  #       my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1541      }  #                                      "value" => $cello_score};
1542    #
1543      $color = "2";  #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1544      if($tmpred_score){  #
1545          my $line_data =[];  #       my $element_hash = {
1546          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  #           "title" => "CELLO",
1547                              'short_title' => 'Transmembrane',  #           "color"=> $color,
1548                              'basepair_offset' => '1' };  #           "start" => "1",
1549    #           "end" =>  $length + 1,
1550          foreach my $tmpred (@tmpred_locations){  #           "zlayer" => '1',
1551              my $descriptions = [];  #           "description" => $cello_descriptions};
1552              my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);  #
1553              my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',  #       push(@$line_data,$element_hash);
1554                               "value" => $tmpred_score};  #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1555    #    }
1556              push(@$descriptions,$description_tmpred_score);  #
1557    #    $color = "2";
1558              my $element_hash = {  #    if($tmpred_score){
1559              "title" => "transmembrane location",  #       my $line_data =[];
1560              "start" => $begin + 1,  #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1561              "end" =>  $end + 1,  #                           'short_title' => 'Transmembrane',
1562              "color"=> $color,  #                           'basepair_offset' => '1' };
1563              "zlayer" => '5',  #
1564              "type" => 'box',  #       foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1565              "description" => $descriptions};  #           my $descriptions = [];
1566    #           my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1567    #           my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1568    #                            "value" => $tmpred_score};
1569    #
1570    #           push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1571    #
1572    #           my $element_hash = {
1573    #           "title" => "transmembrane location",
1574    #           "start" => $begin + 1,
1575    #           "end" =>  $end + 1,
1576    #           "color"=> $color,
1577    #           "zlayer" => '5',
1578    #           "type" => 'box',
1579    #           "description" => $descriptions};
1580    #
1581    #           push(@$line_data,$element_hash);
1582    #
1583    #       }
1584    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1585    #    }
1586    
             push(@$line_data,$element_hash);  
   
         }  
         $gd->add_line($line_data, $line_config);  
     }  
 =cut  
1587    
1588      if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){      if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1589          my $line_data =[];          my $line_data =[];
# Line 1607  Line 1635 
1635          $gd->add_line($line_data, $line_config);          $gd->add_line($line_data, $line_config);
1636      }      }
1637    
 =head3  
     $color = "1";  
     if($signal_peptide_score){  
         my $line_data = [];  
         my $descriptions = [];  
   
         my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                             'short_title' => 'SignalP',  
                             'hover_title' => 'Localization',  
                             'basepair_offset' => '1' };  
   
         my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',  
                                                 "value" => $signal_peptide_score};  
   
         push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);  
1638    
1639          my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',  #    $color = "1";
1640                                           "value" => $cleavage_prob};  #    if($signal_peptide_score){
1641    #       my $line_data = [];
1642    #       my $descriptions = [];
1643    #
1644    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1645    #                           'short_title' => 'SignalP',
1646    #                            'hover_title' => 'Localization',
1647    #                           'basepair_offset' => '1' };
1648    #
1649    #       my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1650    #                                               "value" => $signal_peptide_score};
1651    #
1652    #       push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1653    #
1654    #       my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1655    #                                        "value" => $cleavage_prob};
1656    #
1657    #       push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1658    #
1659    #       my $element_hash = {
1660    #           "title" => "SignalP",
1661    #           "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1662    #           "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1663    #           "type" => 'bigbox',
1664    #           "color"=> $color,
1665    #           "zlayer" => '10',
1666    #           "description" => $descriptions};
1667    #
1668    #       push(@$line_data,$element_hash);
1669    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1670    #    }
1671    
         push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);  
   
         my $element_hash = {  
             "title" => "SignalP",  
             "start" => $cleavage_loc_begin - 2,  
             "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,  
             "type" => 'bigbox',  
             "color"=> $color,  
             "zlayer" => '10',  
             "description" => $descriptions};  
   
         push(@$line_data,$element_hash);  
         $gd->add_line($line_data, $line_config);  
     }  
 =cut  
1672    
1673      return ($gd);      return ($gd);
1674    
# Line 1757  Line 1785 
1785      my $hit_stop = $thing->hstop;      my $hit_stop = $thing->hstop;
1786      my $ln_query = $thing->qlength;      my $ln_query = $thing->qlength;
1787      my $ln_hit = $thing->hlength;      my $ln_hit = $thing->hlength;
1788      my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);  #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1789      my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);  #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1790        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1791        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1792    
1793      my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;      my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1794    
# Line 1766  Line 1796 
1796      my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",      my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1797                          'short_title' => "$abbrev_name",                          'short_title' => "$abbrev_name",
1798                          'title_link' => '$tax_link',                          'title_link' => '$tax_link',
1799                          'basepair_offset' => '0'                          'basepair_offset' => '0',
1800                            'no_middle_line' => '1'
1801                          };                          };
1802    
1803      # query sequence title      # query sequence title
# Line 1776  Line 1807 
1807      my $query_config = { 'title' => "Query",      my $query_config = { 'title' => "Query",
1808                           'short_title' => "Query",                           'short_title' => "Query",
1809                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1810                           'basepair_offset' => '0'                           'basepair_offset' => '0',
1811                             'no_middle_line' => '1'
1812                           };                           };
1813      my $line_data = [];      my $line_data = [];
1814      my $query_data = [];      my $query_data = [];
# Line 1790  Line 1822 
1822      # evidence link      # evidence link
1823      my $evidence_link;      my $evidence_link;
1824      if ($peg =~ /^fig\|/){      if ($peg =~ /^fig\|/){
1825        $evidence_link = "?page=Evidence&feature=".$peg;        $evidence_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1826      }      }
1827      else{      else{
1828        my $db = &Observation::get_database($peg);        my $db = &Observation::get_database($peg);
# Line 2066  Line 2098 
2098  =cut  =cut
2099    
2100  sub display_table {  sub display_table {
2101      my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;      my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2102        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2103    
2104      my $data = [];      my $scroll_list;
2105      my $count = 0;      foreach my $col (@$show_columns){
2106      my $content;          push (@$scroll_list, $col->{key});
2107      my $cgi = new CGI;      }
     my @ids;  
     $lineages = $fig->taxonomy_list();  
2108    
2109        push (@ids, $query_fid);
2110      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
2111          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2112          push (@ids, $thing->acc);          push (@ids, $thing->acc);
2113      }      }
2114    
2115      my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical, $function_color);      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2116      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2117    
2118      # get the column for the subsystems      # get the column for the subsystems
2119      %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);      $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash');
2120    
2121      # get the column for the evidence codes      # get the column for the evidence codes
2122      %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash');
2123    
2124      # get the column for pfam_domain      # get the column for pfam_domain
2125      %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2126    
2127        # get the column for molecular weight
2128        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2129    
2130        # get the column for organism's habitat
2131        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2132    
2133        # get the column for organism's temperature optimum
2134        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2135    
2136        # get the column for organism's temperature range
2137        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2138    
2139        # get the column for organism's oxygen requirement
2140        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2141    
2142        # get the column for organism's pathogenicity
2143        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2144    
2145        # get the column for organism's pathogenicity host
2146        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2147    
2148        # get the column for organism's salinity
2149        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2150    
2151        # get the column for organism's motility
2152        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2153    
2154        # get the column for organism's gram stain
2155        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2156    
2157        # get the column for organism's endospores
2158        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2159    
2160        # get the column for organism's shape
2161        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2162    
2163        # get the column for organism's disease
2164        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2165    
2166        # get the column for organism's disease
2167        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2168    
2169        # get the column for transmembrane domains
2170        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2171    
2172        # get the column for similar to human
2173        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2174    
2175        # get the column for signal peptide
2176        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2177    
2178        # get the column for transmembrane domains
2179        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2180    
2181        # get the column for conserved neighborhood
2182        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2183    
2184        # get the column for cellular location
2185        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2186    
2187        # get the aliases
2188        my $alias_col;
2189        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2190             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2191             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2192             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2193             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2194            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2195        }
2196    
2197      # get the colors for the function cell      # get the colors for the function cell
2198      my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);      my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2199      $function_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);      $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2200      my $query_function = $fig->function_of($query_fid);      my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2201    
2202      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);  
     #my $alias_col = {};  
2203    
2204      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2205      my $figfams = new FFs($figfam_data);      my $figfams = new FFs($figfam_data);
2206        my $same_genome_flag = 0;
2207    
2208      my $func_color_offset=0;      my $func_color_offset=0;
2209      foreach my $thing ( @$dataset){      unshift(@$dataset, $query_fid);
2210        for (my $thing_count=0;$thing_count<scalar @$dataset;$thing_count++){
2211    #    foreach my $thing ( @$dataset){
2212            my $thing = $dataset->[$thing_count];
2213            my $next_thing = $dataset->[$thing_count+1] if (defined $dataset->[$thing_count+1]);
2214            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2, $next_org);
2215            if ($thing eq $query_fid){
2216                $id = $thing;
2217                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2218                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2219                $current_function = $fig->function_of($id);
2220            }
2221            else{
2222          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2223    
2224                $id      = $thing->acc;
2225                $evalue  = $thing->evalue;
2226                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2227                $iden    = $thing->identity;
2228                $organism= $thing->organism;
2229                $ln1     = $thing->qlength;
2230                $ln2     = $thing->hlength;
2231                $b1      = $thing->qstart;
2232                $e1      = $thing->qstop;
2233                $b2      = $thing->hstart;
2234                $e2      = $thing->hstop;
2235                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2236                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2237                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2238                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2239                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2240                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2241                $current_function = $thing->function;
2242                $next_org = $next_thing->organism if (defined $next_thing);
2243            }
2244    
2245          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
2246          $count++;          $count++;
2247    
         my $id      = $thing->acc;  
         my $taxid   = $fig->genome_of($id);  
         my $iden    = $thing->identity;  
         my $ln1     = $thing->qlength;  
         my $ln2     = $thing->hlength;  
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );  
         my $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );  
         my $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};  
         my $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};  
   
2248          # organisms cell          # organisms cell
2249          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2250          my $org_cell = { 'data' =>  $thing->organism, 'highlight' => $org_color};  
2251            my $org_cell;
2252            if ( ($next_org ne $organism) && ($same_genome_flag == 0) ){
2253                $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2254            }
2255            elsif ($next_org eq $organism){
2256                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2257                $same_genome_flag = 1;
2258            }
2259            elsif ($same_genome_flag == 1){
2260                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2261                $same_genome_flag = 0;
2262            }
2263    
2264          # checkbox cell          # checkbox cell
2265          my ($box_cell,$tax);          my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2266          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2267          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2268          my $cell_name = "cell_". $id;          my $cell_name = "cell_". $id;
2269          my $replace_id = $id;          my $replace_id = $id;
2270          $replace_id =~ s/\|/_/ig;          $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2271            my $white = '#ffffff';
2272            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2273            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2274          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2275            my $checked = "";
2276            #$checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2277          if ($id =~ /^fig\|/){          if ($id =~ /^fig\|/){
2278            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');">);            my $box = qq~<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>~;
2279            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2280            ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;            $tax = $fig->genome_of($id);
2281          }          }
2282          else{          else{
2283            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2284            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2285          }          }
2286    
2287            # create the radio cell for any sequence, not just fig ids
2288            my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$current_function" id="$field_name" onClick="clearText('new_text_function')">);
2289            $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2290    
2291          # get the linked fig id          # get the linked fig id
2292          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2293          my $fig_data =  "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;          my $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;
2294          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='$FIG_Config::cgi_url/Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2295          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2296                         'highlight'=>"#ffffff"};                         'highlight'=>$white};
2297    
2298      my $replace_id = $peg;          $replace_id = $peg;
2299      $replace_id =~ s/\|/_/ig;      $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2300      my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;          $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2301      my $query_config = { 'title' => "Query",      my $query_config = { 'title' => "Query",
2302                           'short_title' => "Query",                           'short_title' => "Query",
2303                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2304                           'basepair_offset' => '0'                           'basepair_offset' => '0'
2305                           };                           };
2306    
2307          # function cell          # function cell
2308          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2309                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2310                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2311          my $current_function =  $thing->function;  
2312          my $function_color = $function_cell_colors->{ $function_color->{$current_function} - $func_color_offset};          my $function_color;
2313            if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2314                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2315            }
2316            else{
2317                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2318            }
2319          my $function_cell;          my $function_cell;
2320          if ($current_function){          if ($current_function){
2321            if ($current_function eq $query_function){            if ($current_function eq $query_function){
# Line 2183  Line 2330 
2330            $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};            $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2331          }          }
2332    
2333          push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $thing->evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},          if ($id eq $query_fid){
2334                 {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);   # permanent columns              push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2335                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2336                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white},
2337                      {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$white},
2338                      {'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$white});  # permanent columns
2339            }
2340            else{
2341                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2342                      {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell,
2343                      {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"},
2344                      {'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"});  # permanent columns
2345    
2346            }
2347    
2348            if ( ( $application->session->user) ){
2349                my $user = $application->session->user;
2350                if ($user && $user->has_right(undef, 'annotate', 'genome', $fig->genome_of($id))) {
2351                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2352                }
2353            }
2354    
2355          my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);          my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2356    
2357          foreach my $col (sort keys %$scroll_list){          foreach my $col (@$scroll_list){
2358              if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}              if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2359              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}              else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2360              elsif ($col =~ /pfam_domains/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}  
2361              elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>"#ffffff"});}              if ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2362              elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2363              elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2364              elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2365              elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2366              elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2367              elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2368              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2369              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2370              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2371              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2372              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}              elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2373              #elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff_hash->{$id} . "' target='_new'>" . $ff_hash->{$id} . "</a>");}              elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2374              elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2375                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2376                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2377                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2378                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2379                elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2380                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2381                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2382                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2383                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2384                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2385                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2386                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2387                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2388                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2389                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2390                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2391                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2392                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2393          }          }
2394          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
2395      }      }
# Line 2215  Line 2399 
2399      else{      else{
2400          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2401      }      }
2402        shift(@$dataset);
2403        return ($content);
2404    }
2405    
2406    
2407    =head3 display_figfam_table()
2408    
2409    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2410    This code will display a table for the similarities protein
2411    
2412    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2413    
2414    =cut
2415    
2416    sub display_figfam_table {
2417      my ($self,$ids, $show_columns, $fig, $application, $cgi) = @_;
2418      my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2419    
2420      my $scroll_list;
2421      foreach my $col (@$show_columns){
2422        push (@$scroll_list, $col->{key});
2423      }
2424    
2425      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2426      my @attributes = $fig->get_attributes($ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2427    
2428      # get the column for the subsystems
2429      $subsystems_column = &get_subsystems_column($ids,$fig,$cgi,'hash');
2430    
2431      # get the column for the evidence codes
2432      $evidence_column = &get_evidence_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2433    
2434      # get the column for pfam_domain
2435      $pfam_column = &get_attrb_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2436    
2437      # get the column for molecular weight
2438      $mw_column = &get_attrb_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2439    
2440      # get the column for organism's habitat
2441      my $habitat_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2442    
2443      # get the column for organism's temperature optimum
2444      my $temperature_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2445    
2446      # get the column for organism's temperature range
2447      my $temperature_range_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2448    
2449      # get the column for organism's oxygen requirement
2450      my $oxygen_req_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2451    
2452      # get the column for organism's pathogenicity
2453      my $pathogenic_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2454    
2455      # get the column for organism's pathogenicity host
2456      my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2457    
2458      # get the column for organism's salinity
2459      my $salinity_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2460    
2461      # get the column for organism's motility
2462      my $motility_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2463    
2464      # get the column for organism's gram stain
2465      my $gram_stain_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2466    
2467      # get the column for organism's endospores
2468      my $endospores_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2469    
2470      # get the column for organism's shape
2471      my $shape_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2472    
2473      # get the column for organism's disease
2474      my $disease_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2475    
2476      # get the column for organism's disease
2477      my $gc_content_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2478    
2479      # get the column for transmembrane domains
2480      my $transmembrane_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2481    
2482      # get the column for similar to human
2483      my $similar_to_human_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2484    
2485      # get the column for signal peptide
2486      my $signal_peptide_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2487    
2488      # get the column for transmembrane domains
2489      my $isoelectric_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2490    
2491      # get the column for conserved neighborhood
2492      my $cons_neigh_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2493    
2494      # get the column for cellular location
2495      my $cell_location_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2496    
2497      # get the aliases
2498      my $alias_col;
2499      if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2500           (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2501           (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2502           (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2503           (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2504        $alias_col = &get_db_aliases($ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2505      }
2506    
2507      foreach my $id ( @$ids){
2508        my $current_function = $fig->function_of($id);
2509        my $organism = $fig->org_of($id);
2510        my $single_domain = [];
2511    
2512        # organisms cell
2513        my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2514        my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2515    
2516        # get the linked fig id
2517        my $fig_data =  "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";
2518        my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2519                       'highlight'=>"#ffffff"};
2520    
2521        # function cell
2522        $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=> "#ffffff"};
2523    
2524        # insert data
2525        push (@$single_domain, $fig_col, $org_cell, {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"}, $function_cell);
2526    
2527        foreach my $col (@$scroll_list){
2528          my $highlight_color = "#ffffff";
2529    
2530          if ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2531          elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2532          elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2533          elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2534          elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2535          elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2536          elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2537          elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2538          elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2539          elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2540          elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2541          elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2542          elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2543          elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2544          elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2545          elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2546          elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2547          elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2548          elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2549          elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2550          elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2551          elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2552          elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2553          elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2554          elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2555          elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2556          elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2557          elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2558          elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2559          elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2560          elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2561          elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2562          elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2563        }
2564        push(@$data,$single_domain);
2565      }
2566    
2567      $content = $data;
2568      return ($content);      return ($content);
2569  }  }
2570    
# Line 2230  Line 2580 
2580      return (%column);      return (%column);
2581  }  }
2582    
2583    sub get_figfam_column{
2584        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2585        my $column;
2586    
2587        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2588        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2589    
2590        foreach my $id (@$ids){
2591            my ($ff);
2592            if ($id =~ /\.peg\./){
2593                ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2594            }
2595            if ($ff){
2596                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2597            }
2598            else{
2599                push (@$column, " ");
2600            }
2601        }
2602    
2603        return $column;
2604    }
2605    
2606  sub get_subsystems_column{  sub get_subsystems_column{
2607      my ($ids,$fig) = @_;      my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2608    
     #my $fig = new FIG;  
     my $cgi = new CGI;  
2609      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2610      my %column;      my ($column, $ss);
2611      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2612          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2613          my @subsystems;          my @subsystems;
2614    
2615          if (@in_sub > 0) {          if (@in_sub > 0) {
2616              foreach my $array(@in_sub){              foreach my $array(@in_sub){
2617                  my $ss = $$array[0];                  my $ss = $array->[0];
2618                  $ss =~ s/_/ /ig;                  $ss =~ s/_/ /ig;
2619                  push (@subsystems, "-" . $ss);                  push (@subsystems, "-" . $ss);
2620              }              }
2621              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2622              $column{$id} = $in_sub_line;              $ss->{$id} = $in_sub_line;
2623          } else {          } else {
2624              $column{$id} = "&nbsp;";              $ss->{$id} = "None added";
2625          }          }
2626            push (@$column, $ss->{$id});
2627      }      }
2628      return (%column);  
2629        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2630        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2631    }
2632    
2633    sub get_lineage_column{
2634        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2635    
2636        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2637    
2638        foreach my $id (@$ids){
2639            my $genome = $fig->genome_of($id);
2640            if ($lineages->{$genome}){
2641    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2642                push (@$column, $lineages->{$genome});
2643            }
2644            else{
2645                push (@$column, " ");
2646            }
2647        }
2648        return $column;
2649  }  }
2650    
2651  sub match_color {  sub match_color {
# Line 2373  Line 2765 
2765    
2766    
2767  sub get_evidence_column{  sub get_evidence_column{
2768      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2769      #my $fig = new FIG;      my ($column, $code_attributes);
2770      my $cgi = new CGI;  
2771      my (%column, %code_attributes);      if (! defined $attributes) {
2772            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2773            $attributes = \@attributes_array;
2774        }
2775    
2776      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2777      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2778          push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);          push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2779      }      }
2780    
2781      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2782          # add evidence code with tool tip          # add evidence code with tool tip
2783          my $ev_codes=" &nbsp; ";          my $ev_codes=" &nbsp; ";
2784    
2785          my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});          my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2786          my @ev_codes = ();          my @ev_codes = ();
2787          foreach my $code (@codes) {          foreach my $code (@codes) {
2788              my $pretty_code = $code->[2];              my $pretty_code = $code->[2];
2789              if ($pretty_code =~ /;/) {              if ($pretty_code =~ /;/) {
2790                  my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);                  my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2791                    if ($cd =~ /ilit|dlit/){
2792                        my ($type,$pubmed_id) = ($cd) =~ /(.*?)\((.*)\)/;
2793                        my $publink = &HTML::alias_url($pubmed_id,'PMID');
2794                        $cd = $type . "(<a href='" . $publink . "'>" . $pubmed_id . "</a>)";
2795                    }
2796                  $ss =~ s/_/ /g;                  $ss =~ s/_/ /g;
2797                  $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;                  $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2798              }              }
# Line 2405  Line 2805 
2805                                  {                                  {
2806                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2807          }          }
2808          $column{$id}=$ev_codes;  
2809            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2810            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2811      }      }
2812      return (%column);      return $column;
2813  }  }
2814    
2815  sub get_pfam_column{  sub get_attrb_column{
2816      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2817      #my $fig = new FIG;  
2818      my $cgi = new CGI;      my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
     my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);  
2819      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2820                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,
2821                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,
2822                                  -password => $WebConfig::DBPWD);                                  -password => $WebConfig::DBPWD);
2823    
2824      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;      if ($colName eq "pfam"){
2825            if (! defined $attributes) {
2826                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2827                $attributes = \@attributes_array;
2828            }
2829    
2830            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2831      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2832          my $name = $key->[1];          my $name = $key->[1];
2833          if ($name =~ /_/){          if ($name =~ /_/){
# Line 2431  Line 2838 
2838      }      }
2839    
2840      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2841          # add evidence code              # add pfam code
2842          my $pfam_codes=" &nbsp; ";          my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2843          my @pfam_codes = "";          my @pfam_codes = "";
2844          my %description_codes;          my %description_codes;
# Line 2449  Line 2856 
2856                  my @parts = split("::",$code);                  my @parts = split("::",$code);
2857                  my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";                  my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2858    
2859                  # get the locations for the domain  #                   # get the locations for the domain
2860                  my @locs;  #                   my @locs;
2861                  foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){  #                   foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2862                      my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;  #                       my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2863                      push (@locs,$loc);  #                       push (@locs,$loc);
2864                  }  #                   }
2865                  my %locsaw;  #                   my %locsaw;
2866                  foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}  #                   foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2867                  @locs = keys %locsaw;  #                   @locs = keys %locsaw;
2868    #
2869                  my $locations = join (", ", @locs);  #                   my $locations = join (", ", @locs);
2870    #
2871                  if (defined ($description_codes{$parts[1]})){                  if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2872                      push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");                          push(@pfam_codes, "$parts[1]");
2873                  }                  }
2874                  else {                  else {
2875                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2876                      $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};                          $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2877                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");                          push(@pfam_codes, "$pfam_link");
2878                  }                  }
2879              }              }
2880    
2881                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2882                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2883                }
2884            }
2885        }
2886        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2887            if (! defined $attributes) {
2888                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2889                $attributes = \@attributes_array;
2890          }          }
2891    
2892          $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2893            foreach my $key (@codes){
2894                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2895                my ($new_loc, @all);
2896                @all = split (//, $loc);
2897                my $count = 0;
2898                foreach my $i (@all){
2899                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2900                        $new_loc .= " " . $i;
2901                    }
2902                    else{
2903                        $new_loc .= $i;
2904                    }
2905                    $count++;
2906                }
2907                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2908      }      }
     return (%column);  
2909    
2910            foreach my $id (@$ids){
2911                my (@values, $entry);
2912                #@values = (" ");
2913                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2914                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2915                    foreach my $code (@ncodes){
2916                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2917                    }
2918                }
2919                else{
2920                    @values = ("Not available");
2921                }
2922    
2923                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2924                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2925            }
2926        }
2927        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2928                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2929            if (! defined $attributes) {
2930                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2931                $attributes = \@attributes_array;
2932  }  }
2933    
2934  sub get_aliases {          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2935      my ($ids,$fig) = @_;          foreach my $key (@codes){
2936                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2937            }
2938    
2939            foreach my $id (@$ids){
2940                my (@values, $entry);
2941                #@values = (" ");
2942                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2943                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2944                    foreach my $code (@ncodes){
2945                        push (@values, $code);
2946                    }
2947                }
2948                else{
2949                    @values = ("Not available");
2950                }
2951    
2952                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2953                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2954            }
2955        }
2956        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2957                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2958                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2959                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2960                ($colName eq 'gc_content') ) {
2961            if (! defined $attributes) {
2962                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2963                $attributes = \@attributes_array;
2964            }
2965    
2966            my $genomes_with_phenotype;
2967            foreach my $attribute (@$attributes){
2968                my $genome = $attribute->[0];
2969                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2970            }
2971    
2972            foreach my $id (@$ids){
2973                my $genome = $fig->genome_of($id);
2974                my @values = (' ');
2975                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2976                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2977                }
2978                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2979                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2980            }
2981        }
2982    
2983        return $column;
2984    }
2985    
2986    sub get_aclh_aliases {
2987        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2988        my $db_array;
2989    
2990        my $id_line = join (",", @$ids);
2991        my $aclh_url = "http://clearinghouse.nmpdr.org/aclh.cgi?page=SearchResults&raw_dump=1&query=" . $id_line;
2992    
2993    
2994    }
2995    
2996    sub get_id_aliases {
2997        my ($id, $fig) = @_;
2998        my $aliases = {};
2999    
3000        my $org = $fig->org_of($id);
3001        my $url = "http://clearinghouse.nmpdr.org/aclh.cgi?page=SearchResults&raw_dump=1&query=$id";
3002        if ( my $form = &LWP::Simple::get($url) ) {
3003            my ($block) = ($form) =~ /<pre>(.*)<\/pre>/s;
3004            foreach my $line (split /\n/, $block){
3005                my @values = split /\t/, $line;
3006                next if ($values[3] eq "Expert");
3007                if (($values[1] =~ /$org/) || ($org =~ /$values[1]/) && (! defined $aliases->{$values[4]}) ){
3008                    $aliases->{$values[4]} = $values[0];
3009                }
3010            }
3011        }
3012    
3013        return $aliases;
3014    }
3015    
3016    sub get_db_aliases {
3017        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
3018        my $db_array;
3019      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
3020      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
3021    #       my @all_aliases = grep { $_ ne $id and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($id);
3022            my $id_org = $fig->org_of($id);
3023    
3024          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
3025    #       foreach my $alias (@all_aliases){
3026              my $id_db = &Observation::get_database($alias);              my $id_db = &Observation::get_database($alias);
3027              next if ($aliases->{$id}->{$id_db});              next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
3028                next if ($aliases->{$id}->{$db});
3029                my $alias_org = $fig->org_of($alias);
3030    #           if (($id ne $peg) && ( ($alias_org =~ /$id_org/) || ($id_org =~ /$alias_org/)) ) {
3031                    #push(@funcs, [$id,$id_db,$tmp]);
3032              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
3033    #           }
3034          }          }
3035            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
3036                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
3037      }      }
3038      return ($aliases);          #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
3039            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
3040        }
3041    
3042        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
3043        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
3044  }  }
3045    
3046    
3047    
3048  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
3049    
3050  sub color {  sub color {
# Line 2930  Line 3483 
3483      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
3484      my $count = 0;      my $count = 0;
3485      my $peg_array = [];      my $peg_array = [];
3486      my (%evidence_column, %subsystems_column,  %e_identical);      my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3487    
3488      if (@$dataset != 1){      if (@$dataset != 1){
3489          foreach my $thing (@$dataset){          foreach my $thing (@$dataset){
# Line 2939  Line 3492 
3492              }              }
3493          }          }
3494          # get the column for the evidence codes          # get the column for the evidence codes
3495          %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);          $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3496    
3497          # get the column for the subsystems          # get the column for the subsystems
3498          %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);          $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3499    
3500          # get essentially identical seqs          # get essentially identical seqs
3501          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
# Line 2956  Line 3509 
3509          last if ($count > 10);          last if ($count > 10);
3510          my $row_data = [];          my $row_data = [];
3511          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3512            if ($fig->org_of($id)){
3513          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
3514            }
3515            else{
3516                $org = "Data not available";
3517            }
3518          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
3519          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
3520              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
# Line 2971  Line 3529 
3529    
3530          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);
3531          push(@$row_data,$org);          push(@$row_data,$org);
3532          push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3533          push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3534          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3535          push(@$row_data,$function_cell);          push(@$row_data,$function_cell);
3536          push(@$all_rows,$row_data);          push(@$all_rows,$row_data);

Legend:
Removed from v.1.58  
changed lines
  Added in v.1.74

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3