[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.52, Fri Feb 15 22:52:19 2008 UTC revision 1.60, Fri Jun 20 16:08:32 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3  use lib '/vol/ontologies';  #use lib '/vol/ontologies';
4  use DBMaster;  use DBMaster;
5  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
6    
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9    
10  use WebColors;  use WebColors;
11  use WebConfig;  use WebConfig;
# Line 14  Line 14 
14  #use strict;  #use strict;
15  #use warnings;  #use warnings;
16  use HTML;  use HTML;
17    use FFs;
18    
19  1;  1;
20    
 # $Id$  
   
21  =head1 NAME  =head1 NAME
22    
23  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
# Line 375  Line 374 
374    
375  }  }
376    
377    =head3 get_sims_objects()
378    
379    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
380    
381    =cut
382    
383    sub get_sims_objects {
384        my ($self,$fid,$fig,$parameters) = @_;
385    
386        my $objects = [];
387        my @matched_datasets=();
388    
389        # call function that fetches attribute based observations
390        # returns an array of arrays of hashes
391        get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
392    
393        foreach my $dataset (@matched_datasets) {
394            my $object;
395            if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
396                $object = Observation::Sims->new($dataset);
397            }
398            push (@$objects, $object);
399        }
400        return $objects;
401    }
402    
403    
404  =head3 display_housekeeping  =head3 display_housekeeping
405  This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format  This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
406    
# Line 415  Line 441 
441  =cut  =cut
442    
443  sub get_sims_summary {  sub get_sims_summary {
444      my ($observation, $fid, $taxes, $dataset, $fig) = @_;      my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
445      my %families;      my %families;
446      #my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");      my $taxes = $fig->taxonomy_list();
447    
448      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
449            my ($id, $evalue);
450            if ($thing =~ /fig\|/){
451                $id = $thing;
452                $evalue = -1;
453            }
454            else{
455          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
456                $id      = $thing->acc;
457          my $id      = $thing->acc;              $evalue  = $thing->evalue;
458          my $evalue  = $thing->evalue;          }
   
459          next if ($id !~ /fig\|/);          next if ($id !~ /fig\|/);
460          next if ($fig->is_deleted_fid($id));          next if ($fig->is_deleted_fid($id));
461    
462          my $genome = $fig->genome_of($id);          my $genome = $fig->genome_of($id);
463          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
464          #my $taxonomy = $taxes->{$genome1};          my $taxonomy = $taxes->{$genome};
         my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($genome); # use this if the taxonomies have been updated  
465          my $parent_tax = "Root";          my $parent_tax = "Root";
466          my @currLineage = ($parent_tax);          my @currLineage = ($parent_tax);
467            push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
468            my $level = 2;
469          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
470              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
471                push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
472                $families{level}{$tax} = $level;
473              push (@currLineage, $tax);              push (@currLineage, $tax);
474              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
475              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
476              if (defined ($families{evalue}{$tax})){              if (defined ($families{evalue}{$tax})){
477                  if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){                  if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
478                      $families{evalue}{$tax} = $evalue;                      $families{evalue}{$tax} = $evalue;
479                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
480                  }                  }
# Line 450  Line 485 
485              }              }
486    
487              $parent_tax = $tax;              $parent_tax = $tax;
488                $level++;
489          }          }
490      }      }
491    
# Line 460  Line 496 
496          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
497          $families{children}{$key} = \@out;          $families{children}{$key} = \@out;
498      }      }
499      return (\%families);  
500        return \%families;
501  }  }
502    
503  =head1 Internal Methods  =head1 Internal Methods
# Line 474  Line 511 
511  sub get_taxcolor{  sub get_taxcolor{
512      my ($evalue) = @_;      my ($evalue) = @_;
513      my $color;      my $color;
514      if ($evalue <= 1e-170){        $color = "#FF2000";    }      if ($evalue == -1){            $color = "black";      }
515        elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){        $color = "#FF2000";    }
516      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }
517      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }
518      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }
# Line 498  Line 536 
536          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
537          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
538          my $name = $parts[1];          my $name = $parts[1];
539          next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));          #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
540    
541          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
542              my $val = @$attr_ref[2];              my $val = @$attr_ref[2];
# Line 655  Line 693 
693  =cut  =cut
694    
695  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
696        my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
697    
698      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter);
699      #my $fig = new FIG;      if ($parameters->{flag}){
700      my @sims= $fig->sims($fid,500,10,"fig");        $max_sims = $parameters->{max_sims};
701          $max_expand = $parameters->{max_expand};
702          $max_eval = $parameters->{max_eval};
703          $db_filter = $parameters->{db_filter};
704          $sim_order = $parameters->{sim_order};
705          $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
706        }
707        else{
708          $max_sims = 50;
709          $max_expand = 5;
710          $max_eval = 1e-5;
711          $db_filter = "figx";
712          $sim_order = "id";
713        }
714    
715        my($id, $genome, @genomes, %sims);
716        my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand);
717        @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
718      my ($dataset);      my ($dataset);
719    
720      foreach my $sim (@sims){      if ($group_by_genome){
721          next if ($fig->is_deleted_fid($sim->[1]));        #  Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
722          foreach $sim ( @tmp ){
723            $id = $sim->id2;
724            $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
725            if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
726            push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
727          }
728          @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
729        }
730    
731        foreach my $sim (@tmp){
732          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
733          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
734          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
# Line 707  Line 773 
773      my ($id) = (@_);      my ($id) = (@_);
774    
775      my ($db);      my ($db);
776      if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "FIG" }      if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "SEED" }
777      elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }      elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }
778        elsif ($id =~ /^gb\|/)            { $db = "GenBank" }
779      elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }      elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }
780        elsif ($id =~ /^ref\|/)           { $db = "RefSeq" }
781      elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }      elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }
782      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
783      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
# Line 718  Line 786 
786      elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }      elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }
787      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
788      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
789        elsif ($id =~ /^pdb\|/)           { $db = "PDB" }
790        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "IMG" }
791        elsif ($id =~ /^cmr\|/)           { $db = "CMR" }
792        elsif ($id =~ /^dbj\|/)           { $db = "DBJ" }
793    
794      return ($db);      return ($db);
795    
# Line 1262  Line 1334 
1334      my $link;      my $link;
1335      my $link_url;      my $link_url;
1336      if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}      if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1337      elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}      elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1338      else{$link_url = "NO_URL"}      else{$link_url = "NO_URL"}
1339    
1340      $link = {"link_title" => $thing->acc,      $link = {"link_title" => $thing->acc,
# Line 1421  Line 1493 
1493      #color is      #color is
1494      my $color = "6";      my $color = "6";
1495    
1496  =pod=  =head3
1497    
1498      if($cello_location){      if($cello_location){
1499          my $cello_descriptions = [];          my $cello_descriptions = [];
# Line 1664  Line 1736 
1736  =cut  =cut
1737    
1738  sub display {  sub display {
1739      my ($self,$gd,$array,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$thing,$fig,$base_start,$in_subs,$cgi) = @_;
     #my $fig = new FIG;  
   
     my @ids;  
     foreach my $thing(@$array){  
         next if ($thing->class ne "SIM");  
         push (@ids, $thing->acc);  
     }  
   
     my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);  
   
     foreach my $thing (@$array){  
         if ($thing->class eq "SIM"){  
1740    
1741        # declare variables
1742        my $window_size = $gd->window_size;
1743              my $peg = $thing->acc;              my $peg = $thing->acc;
1744              my $query = $thing->query;      my $query_id = $thing->query;
   
1745              my $organism = $thing->organism;              my $organism = $thing->organism;
1746        my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1747        if (!$organism){
1748          $organism = $peg;
1749          $abbrev_name = $peg;
1750        }
1751              my $genome = $fig->genome_of($peg);              my $genome = $fig->genome_of($peg);
1752              my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;              my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1753              my $function = $thing->function;              my $function = $thing->function;
1754              my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);      my $query_start = $thing->qstart;
1755              my $align_start = $thing->qstart;      my $query_stop = $thing->qstop;
             my $align_stop = $thing->qstop;  
1756              my $hit_start = $thing->hstart;              my $hit_start = $thing->hstart;
1757              my $hit_stop = $thing->hstop;              my $hit_stop = $thing->hstop;
1758        my $ln_query = $thing->qlength;
1759        my $ln_hit = $thing->hlength;
1760    #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1761    #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1762        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1763        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1764    
1765              my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;              my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1766    
1767        # hit sequence title
1768              my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",              my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1769                                  'short_title' => "$abbrev_name",                                  'short_title' => "$abbrev_name",
1770                                  'title_link' => '$tax_link',                                  'title_link' => '$tax_link',
1771                                  'basepair_offset' => '0'                          'basepair_offset' => '0',
1772                            'no_middle_line' => '1'
1773                                  };                                  };
1774    
1775        # query sequence title
1776        my $replace_id = $peg;
1777        $replace_id =~ s/\|/_/ig;
1778        my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
1779        my $query_config = { 'title' => "Query",
1780                             'short_title' => "Query",
1781                             'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1782                             'basepair_offset' => '0',
1783                             'no_middle_line' => '1'
1784                             };
1785              my $line_data = [];              my $line_data = [];
1786        my $query_data = [];
1787    
1788              my $element_hash;              my $element_hash;
1789              my $links_list = [];      my $hit_links_list = [];
1790              my $descriptions = [];      my $hit_descriptions = [];
1791        my $query_descriptions = [];
1792              # get subsystem information  
1793              my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;      # get sequence information
1794              my $link;      # evidence link
1795              $link = {"link_title" => $peg,      my $evidence_link;
1796                       "link" => $url_link};      if ($peg =~ /^fig\|/){
1797              push(@$links_list,$link);        $evidence_link = "?page=Evidence&feature=".$peg;
1798        }
1799        else{
1800          my $db = &Observation::get_database($peg);
1801          my ($link_id) = ($peg) =~ /\|(.*)/;
1802          $evidence_link = &HTML::alias_url($link_id, $db);
1803          #print STDERR "LINK: $db    $evidence_link";
1804        }
1805        my $link = {"link_title" => $peg,
1806                    "link" => $evidence_link};
1807        push(@$hit_links_list,$link) if ($evidence_link);
1808    
1809              #my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);      # subsystem link
1810              my @subs = @{$in_subs{$peg}} if (defined $in_subs{$peg});      my $subs = $in_subs->{$peg} if (defined $in_subs->{$peg});
1811              my @subsystems;              my @subsystems;
1812        foreach my $array (@$subs){
             foreach my $array (@subs){  
1813                  my $subsystem = $$array[0];                  my $subsystem = $$array[0];
1814                  push(@subsystems,$subsystem);                  push(@subsystems,$subsystem);
1815                  my $link;          my $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
                 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",  
1816                           "link_title" => $subsystem};                           "link_title" => $subsystem};
1817                  push(@$links_list,$link);          push(@$hit_links_list,$link);
1818              }              }
1819    
1820        # blast alignment
1821              $link = {"link_title" => "view blast alignment",              $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1822                       "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query&peg2=$peg"};               "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query_id&peg2=$peg"};
1823              push (@$links_list,$link);      push (@$hit_links_list,$link) if ($peg =~ /^fig\|/);
1824    
1825        # description data
1826              my $description_function;              my $description_function;
1827              $description_function = {"title" => "function",              $description_function = {"title" => "function",
1828                                       "value" => $function};                                       "value" => $function};
1829              push(@$descriptions,$description_function);      push(@$hit_descriptions,$description_function);
1830    
1831              my ($description_ss, $ss_string);      # subsystem description
1832              $ss_string = join (",", @subsystems);      my $ss_string = join (",", @subsystems);
1833              $description_ss = {"title" => "subsystems",      $ss_string =~ s/_/ /ig;
1834        my $description_ss = {"title" => "subsystems",
1835                                 "value" => $ss_string};                                 "value" => $ss_string};
1836              push(@$descriptions,$description_ss);      push(@$hit_descriptions,$description_ss);
1837    
1838        # location description
1839        # hit
1840              my $description_loc;              my $description_loc;
1841              $description_loc = {"title" => "location start",      $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1842                                  "value" => $hit_start};                          "value" => $hit_start . " - " . $hit_stop};
1843              push(@$descriptions, $description_loc);      push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1844    
1845              $description_loc = {"title" => "location stop",      $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1846                                  "value" => $hit_stop};                          "value" => $ln_hit};
1847              push(@$descriptions, $description_loc);      push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1848    
1849        # query
1850        $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1851                            "value" => $query_start . " - " . $query_stop};
1852        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1853    
1854        $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1855                            "value" => $ln_query};
1856        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1857    
1858    
1859    
1860        # evalue score description
1861              my $evalue = $thing->evalue;              my $evalue = $thing->evalue;
1862              while ($evalue =~ /-0/)              while ($evalue =~ /-0/)
1863              {              {
# Line 1758  Line 1867 
1867              }              }
1868    
1869              my $color = &color($evalue);              my $color = &color($evalue);
   
1870              my $description_eval = {"title" => "E-Value",              my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1871                                      "value" => $evalue};                                      "value" => $evalue};
1872              push(@$descriptions, $description_eval);      push(@$hit_descriptions, $description_eval);
1873        push(@$query_descriptions, $description_eval);
1874    
1875              my $identity = $self->identity;              my $identity = $self->identity;
1876              my $description_identity = {"title" => "Identity",              my $description_identity = {"title" => "Identity",
1877                                          "value" => $identity};                                          "value" => $identity};
1878              push(@$descriptions, $description_identity);      push(@$hit_descriptions, $description_identity);
1879        push(@$query_descriptions, $description_identity);
1880    
1881    
1882        my $number = $base_start + ($query_start-$hit_start);
1883        #print STDERR "START: $number";
1884        $element_hash = {
1885            "title" => $query_id,
1886            "start" => $base_start,
1887            "end" => $base_start+$ln_query,
1888            "type"=> 'box',
1889            "color"=> $color,
1890            "zlayer" => "2",
1891            "links_list" => $query_links_list,
1892            "description" => $query_descriptions
1893            };
1894        push(@$query_data,$element_hash);
1895    
1896        $element_hash = {
1897            "title" => $query_id . ': HIT AREA',
1898            "start" => $base_start + $query_start,
1899            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1900            "type"=> 'smallbox',
1901            "color"=> $query_color,
1902            "zlayer" => "3",
1903            "links_list" => $query_links_list,
1904            "description" => $query_descriptions
1905            };
1906        push(@$query_data,$element_hash);
1907    
1908        $gd->add_line($query_data, $query_config);
1909    
1910    
1911              $element_hash = {              $element_hash = {
1912                  "title" => $peg,                  "title" => $peg,
1913                  "start" => $align_start,                  "start" => $base_start + ($query_start-$hit_start),
1914                  "end" =>  $align_stop,                  "end" => $base_start + (($query_start-$hit_start)+$ln_hit),
1915                  "type"=> 'box',                  "type"=> 'box',
1916                  "color"=> $color,                  "color"=> $color,
1917                  "zlayer" => "2",                  "zlayer" => "2",
1918                  "links_list" => $links_list,                  "links_list" => $hit_links_list,
1919                  "description" => $descriptions                  "description" => $hit_descriptions
1920                    };
1921        push(@$line_data,$element_hash);
1922    
1923        $element_hash = {
1924            "title" => $peg . ': HIT AREA',
1925            "start" => $base_start + $query_start,
1926            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1927            "type"=> 'smallbox',
1928            "color"=> $hit_color,
1929            "zlayer" => "3",
1930            "links_list" => $hit_links_list,
1931            "description" => $hit_descriptions
1932                  };                  };
1933              push(@$line_data,$element_hash);              push(@$line_data,$element_hash);
1934    
1935              $gd->add_line($line_data, $line_config);              $gd->add_line($line_data, $line_config);
1936          }  
1937      }      my $breaker = [];
1938        my $breaker_hash = {};
1939        my $breaker_config = { 'no_middle_line' => "1" };
1940    
1941        push (@$breaker, $breaker_hash);
1942        $gd->add_line($breaker, $breaker_config);
1943    
1944      return ($gd);      return ($gd);
1945  }  }
1946    
# Line 1867  Line 2026 
2026          my $link;          my $link;
2027          my $link_url;          my $link_url;
2028          if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}          if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
2029          elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}          elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
2030          else{$link_url = "NO_URL"}          else{$link_url = "NO_URL"}
2031    
2032          $link = {"link_title" => $name_value,          $link = {"link_title" => $name_value,
# Line 1911  Line 2070 
2070  =cut  =cut
2071    
2072  sub display_table {  sub display_table {
2073      my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;      my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2074        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2075    
2076      my $data = [];      my $scroll_list;
2077      my $count = 0;      foreach my $col (@$show_columns){
2078      my $content;          push (@$scroll_list, $col->{key});
2079      #my $fig = new FIG;      }
2080      my $cgi = new CGI;  
2081      my @ids;      push (@ids, $query_fid);
2082      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
2083          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2084          push (@ids, $thing->acc);          push (@ids, $thing->acc);
2085      }      }
2086    
2087      my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2088      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2089    
2090      # get the column for the subsystems      # get the column for the subsystems
2091      %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);      $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash') if (grep /subsystem/, @$scroll_list);
2092    
2093      # get the column for the evidence codes      # get the column for the evidence codes
2094      %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2095    
2096      # get the column for pfam_domain      # get the column for pfam_domain
2097      %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2098    
2099        # get the column for molecular weight
2100        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2101    
2102        # get the column for organism's habitat
2103        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2104    
2105        # get the column for organism's temperature optimum
2106        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2107    
2108        # get the column for organism's temperature range
2109        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2110    
2111        # get the column for organism's oxygen requirement
2112        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2113    
2114        # get the column for organism's pathogenicity
2115        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2116    
2117        # get the column for organism's pathogenicity host
2118        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2119    
2120        # get the column for organism's salinity
2121        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2122    
2123        # get the column for organism's motility
2124        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2125    
2126        # get the column for organism's gram stain
2127        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2128    
2129        # get the column for organism's endospores
2130        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2131    
2132        # get the column for organism's shape
2133        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2134    
2135        # get the column for organism's disease
2136        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2137    
2138        # get the column for organism's disease
2139        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2140    
2141        # get the column for transmembrane domains
2142        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2143    
2144        # get the column for similar to human
2145        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2146    
2147        # get the column for signal peptide
2148        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2149    
2150        # get the column for transmembrane domains
2151        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2152    
2153        # get the column for conserved neighborhood
2154        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2155    
2156        # get the column for cellular location
2157        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2158    
2159        # get the aliases
2160        my $alias_col;
2161        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2162             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2163             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2164             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2165             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2166            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2167        }
2168    
2169        # get the colors for the function cell
2170        my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2171        $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2172        my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2173    
2174      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);  
     #my $alias_col = {};  
2175    
2176        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2177        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2178    
2179        my $func_color_offset=0;
2180        unshift(@$dataset, $query_fid);
2181      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
2182            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2);
2183            if ($thing eq $query_fid){
2184                $id = $thing;
2185                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2186                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2187                $current_function = $fig->function_of($id);
2188            }
2189            else{
2190          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2191    
2192                $id      = $thing->acc;
2193                $evalue  = $thing->evalue;
2194                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2195                $iden    = $thing->identity;
2196                $organism= $thing->organism;
2197                $ln1     = $thing->qlength;
2198                $ln2     = $thing->hlength;
2199                $b1      = $thing->qstart;
2200                $e1      = $thing->qstop;
2201                $b2      = $thing->hstart;
2202                $e2      = $thing->hstop;
2203                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2204                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2205                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2206                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2207                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2208                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2209                $current_function = $thing->function;
2210            }
2211    
2212          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
2213          $count++;          $count++;
2214    
2215          my $id      = $thing->acc;          # organisms cell
2216          my $taxid   = $fig->genome_of($id);          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2217          my $iden    = $thing->identity;          my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
         my $ln1     = $thing->qlength;  
         my $ln2     = $thing->hlength;  
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";  
         my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";  
2218    
2219          # checkbox column          # checkbox cell
2220            my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2221          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2222          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2223          my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);          my $cell_name = "cell_". $id;
2224          my ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;          my $replace_id = $id;
2225            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2226            my $white = '#ffffff';
2227            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2228            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2229            my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2230            if ($id =~ /^fig\|/){
2231              my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');">);
2232              my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" >);
2233              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2234              $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2235              $tax = $fig->genome_of($id);
2236            }
2237            else{
2238              my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2239              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2240            }
2241    
2242          # get the linked fig id          # get the linked fig id
2243          my $fig_col;          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2244          if (defined ($e_identical{$id})){          my $fig_data =  "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;
2245              $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2246          }          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2247          else{                         'highlight'=>$white};
2248              $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id);  
2249          }          $replace_id = $peg;
2250            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2251          push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,          $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2252                "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function);   # permanent columns          my $query_config = { 'title' => "Query",
2253                                 'short_title' => "Query",
2254          foreach my $col (sort keys %$scroll_list){                               'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2255              if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}                               'basepair_offset' => '0'
2256              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}                               };
2257              elsif ($col =~ /pfam_domains/)               {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}  
2258              elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"NCBI"});}          # function cell
2259              elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"RefSeq"});}          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2260              elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"SwissProt"});}                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2261              elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"UniProt"});}                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2262              elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}  
2263              elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}          my $function_color;
2264              elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}          if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2265              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}              $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2266              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}          }
2267              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}          else{
2268              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}              $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2269              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}          }
2270            my $function_cell;
2271            if ($current_function){
2272              if ($current_function eq $query_function){
2273                $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$function_cell_colors->{0}};
2274                $func_color_offset=1;
2275              }
2276              else{
2277                  $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => $function_color};
2278              }
2279            }
2280            else{
2281              $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2282            }
2283    
2284            if ($id eq $query_fid){
2285                push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2286                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2287                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white});  # permanent columns
2288            }
2289            else{
2290                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2291                      {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);  # permanent columns
2292            }
2293    
2294            if ( ( $application->session->user) ){
2295                if ( ($application->session->user->login) && ($application->session->user->login eq "arodri")){
2296                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2297                }
2298            }
2299    
2300            my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2301    
2302            foreach my $col (@$scroll_list){
2303                if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2304                else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2305    
2306                if ($col =~ /subsystem/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2307                elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2308                elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2309                elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2310                elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2311                elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2312                elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2313                elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2314                elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2315                elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2316                elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2317                elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2318                elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2319                elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2320                elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2321                elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2322                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2323                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2324                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2325                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2326                elsif ($col =~ /conserved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2327                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2328                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2329                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2330                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2331                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2332                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2333                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2334                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2335                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2336                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2337                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2338                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2339                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2340          }          }
2341          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
2342      }      }
# Line 2002  Line 2346 
2346      else{      else{
2347          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2348      }      }
2349        shift(@$dataset);
2350      return ($content);      return ($content);
2351  }  }
2352    
# Line 2011  Line 2356 
2356      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2357          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2358          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2359          $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);          my $cell_name = "cell_" . $id;
2360            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name', '$cell_name');">);
2361      }      }
2362      return (%column);      return (%column);
2363  }  }
2364    
2365    sub get_figfam_column{
2366        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2367        my $column;
2368    
2369        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2370        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2371    
2372        foreach my $id (@$ids){
2373            my ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2374            if ($ff){
2375                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2376            }
2377            else{
2378                push (@$column, " ");
2379            }
2380        }
2381    
2382        return $column;
2383    }
2384    
2385  sub get_subsystems_column{  sub get_subsystems_column{
2386      my ($ids,$fig) = @_;      my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2387    
     #my $fig = new FIG;  
     my $cgi = new CGI;  
2388      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2389      my %column;      my ($column, $ss);
2390      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2391          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2392          my @subsystems;          my @subsystems;
2393    
2394          if (@in_sub > 0) {          if (@in_sub > 0) {
2395              foreach my $array(@in_sub){              foreach my $array(@in_sub){
2396                  my $ss = $$array[0];                  my $ss = $array->[0];
2397                  $ss =~ s/_/ /ig;                  $ss =~ s/_/ /ig;
2398                  push (@subsystems, "-" . $ss);                  push (@subsystems, "-" . $ss);
2399              }              }
2400              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2401              $column{$id} = $in_sub_line;              $ss->{$id} = $in_sub_line;
2402          } else {          } else {
2403              $column{$id} = "&nbsp;";              $ss->{$id} = "None added";
2404          }          }
2405            push (@$column, $ss->{$id});
2406      }      }
2407      return (%column);  
2408        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2409        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2410    }
2411    
2412    sub get_lineage_column{
2413        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2414    
2415        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2416    
2417        foreach my $id (@$ids){
2418            my $genome = $fig->genome_of($id);
2419            if ($lineages->{$genome}){
2420    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2421                push (@$column, $lineages->{$genome});
2422            }
2423            else{
2424                push (@$column, " ");
2425            }
2426        }
2427        return $column;
2428    }
2429    
2430    sub match_color {
2431        my ( $b, $e, $n , $rgb) = @_;
2432        my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
2433        my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
2434        my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
2435        my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
2436        my $br  = 1;
2437        if ($rgb){
2438            return html2rgb( rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) ) );
2439        }
2440        else{
2441            rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
2442        }
2443    }
2444    
2445    sub hsb2rgb {
2446        my ( $h, $s, $br ) = @_;
2447        $h = 6 * ($h - floor($h));
2448        if ( $s  > 1 ) { $s  = 1 } elsif ( $s  < 0 ) { $s  = 0 }
2449        if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
2450        my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1,      $h,     0      )
2451                                          : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1,      0      )
2452                                          :               ( 0,      1,      $h - 2 )
2453                                          )
2454                                        : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0,      4 - $h, 1      )
2455                                          : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0,      1      )
2456                                          :               ( 1,      0,      6 - $h )
2457                                          );
2458        ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
2459          ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
2460          ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
2461        )
2462    }
2463    
2464    sub html2rgb {
2465        my ($hex) = @_;
2466        my ($r,$g,$b) = ($hex) =~ /^\#(\w\w)(\w\w)(\w\w)/;
2467        my $code = { 'A'=>10, 'B'=>11, 'C'=>12, 'D'=>13, 'E'=>14, 'F'=>15,
2468                     1=>1, 2=>2, 3=>3, 4=>4, 5=>5, 6=>6, 7=>7, 8=>8, 9=>9};
2469    
2470        my @R = split(//, $r);
2471        my @G = split(//, $g);
2472        my @B = split(//, $b);
2473    
2474        my $red = ($code->{uc($R[0])}*16)+$code->{uc($R[1])};
2475        my $green = ($code->{uc($G[0])}*16)+$code->{uc($G[1])};
2476        my $blue = ($code->{uc($B[0])}*16)+$code->{uc($B[1])};
2477    
2478        my $rgb = [$red, $green, $blue];
2479        return $rgb;
2480    
2481    }
2482    
2483    sub rgb2html {
2484        my ( $r, $g, $b ) = @_;
2485        if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
2486        if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
2487        if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
2488        sprintf("#%02x%02x%02x", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
2489    }
2490    
2491    sub floor {
2492        my $x = $_[0];
2493        defined( $x ) || return undef;
2494        ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
2495    }
2496    
2497    sub get_function_color_cell{
2498      my ($functions, $fig) = @_;
2499    
2500      # figure out the quantity of each function
2501      my %hash;
2502      foreach my $key (keys %$functions){
2503        my $func = $functions->{$key};
2504        $hash{$func}++;
2505      }
2506    
2507      my %func_colors;
2508      my $count = 1;
2509      foreach my $key (sort {$hash{$b}<=>$hash{$a}} keys %hash){
2510        $func_colors{$key}=$count;
2511        $count++;
2512      }
2513    
2514      return \%func_colors;
2515  }  }
2516    
2517  sub get_essentially_identical{  sub get_essentially_identical{
# Line 2072  Line 2544 
2544    
2545    
2546  sub get_evidence_column{  sub get_evidence_column{
2547      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2548      #my $fig = new FIG;      my ($column, $code_attributes);
2549      my $cgi = new CGI;  
2550      my (%column, %code_attributes);      if (! defined $attributes) {
2551            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2552            $attributes = \@attributes_array;
2553        }
2554    
2555      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2556      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2557          push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);          push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2558      }      }
2559    
2560      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2561          # add evidence code with tool tip          # add evidence code with tool tip
2562          my $ev_codes=" &nbsp; ";          my $ev_codes=" &nbsp; ";
2563    
2564          my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});          my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2565          my @ev_codes = ();          my @ev_codes = ();
2566          foreach my $code (@codes) {          foreach my $code (@codes) {
2567              my $pretty_code = $code->[2];              my $pretty_code = $code->[2];
# Line 2104  Line 2579 
2579                                  {                                  {
2580                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2581          }          }
2582          $column{$id}=$ev_codes;  
2583            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2584            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2585      }      }
2586      return (%column);      return $column;
2587  }  }
2588    
2589  sub get_pfam_column{  sub get_attrb_column{
2590      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2591      #my $fig = new FIG;  
2592      my $cgi = new CGI;      my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
     my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);  
2593      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2594                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,
2595                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,
2596                                  -password => $WebConfig::DBPWD);                                  -password => $WebConfig::DBPWD);
2597    
2598      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;      if ($colName eq "pfam"){
2599            if (! defined $attributes) {
2600                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2601                $attributes = \@attributes_array;
2602            }
2603    
2604            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2605      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2606          my $name = $key->[1];          my $name = $key->[1];
2607          if ($name =~ /_/){          if ($name =~ /_/){
# Line 2130  Line 2612 
2612      }      }
2613    
2614      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2615          # add evidence code              # add pfam code
2616          my $pfam_codes=" &nbsp; ";          my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2617          my @pfam_codes = "";          my @pfam_codes = "";
2618          my %description_codes;          my %description_codes;
# Line 2146  Line 2628 
2628    
2629              foreach my $code (@ncodes) {              foreach my $code (@ncodes) {
2630                  my @parts = split("::",$code);                  my @parts = split("::",$code);
2631                  my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";                      my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2632    
2633                  # get the locations for the domain                  # get the locations for the domain
2634                  my @locs;                  my @locs;
# Line 2165  Line 2647 
2647                  }                  }
2648                  else {                  else {
2649                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2650                      $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};                          $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2651                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2652                  }                  }
2653              }              }
2654    
2655                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2656                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2657                }
2658            }
2659        }
2660        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2661            if (! defined $attributes) {
2662                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2663                $attributes = \@attributes_array;
2664          }          }
2665    
2666          $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2667            foreach my $key (@codes){
2668                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2669                my ($new_loc, @all);
2670                @all = split (//, $loc);
2671                my $count = 0;
2672                foreach my $i (@all){
2673                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2674                        $new_loc .= " " . $i;
2675                    }
2676                    else{
2677                        $new_loc .= $i;
2678                    }
2679                    $count++;
2680                }
2681                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2682            }
2683    
2684            foreach my $id (@$ids){
2685                my (@values, $entry);
2686                #@values = (" ");
2687                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2688                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2689                    foreach my $code (@ncodes){
2690                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2691                    }
2692                }
2693                else{
2694                    @values = ("Not available");
2695                }
2696    
2697                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2698                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2699            }
2700        }
2701        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2702                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2703            if (! defined $attributes) {
2704                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2705                $attributes = \@attributes_array;
2706            }
2707    
2708            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2709            foreach my $key (@codes){
2710                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2711      }      }
     return (%column);  
2712    
2713            foreach my $id (@$ids){
2714                my (@values, $entry);
2715                #@values = (" ");
2716                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2717                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2718                    foreach my $code (@ncodes){
2719                        push (@values, $code);
2720                    }
2721                }
2722                else{
2723                    @values = ("Not available");
2724  }  }
2725    
2726  sub get_aliases {              if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2727      my ($ids,$fig) = @_;              elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2728            }
2729        }
2730        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2731                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2732                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2733                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2734                ($colName eq 'gc_content') ) {
2735            if (! defined $attributes) {
2736                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2737                $attributes = \@attributes_array;
2738            }
2739    
2740            my $genomes_with_phenotype;
2741            foreach my $attribute (@$attributes){
2742                my $genome = $attribute->[0];
2743                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2744            }
2745    
2746            foreach my $id (@$ids){
2747                my $genome = $fig->genome_of($id);
2748                my @values = (' ');
2749                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2750                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2751                }
2752                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2753                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2754            }
2755        }
2756    
2757        return $column;
2758    }
2759    
2760    
2761    sub get_db_aliases {
2762        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2763    
2764        my $db_array;
2765      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2766      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2767          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2768              my $id_db = &Observation::get_database($alias);              my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2769              next if ($aliases->{$id}->{$id_db});              next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
2770                next if ($aliases->{$id}->{$db});
2771              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2772          }          }
2773            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
2774                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
2775      }      }
2776      return ($aliases);          #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
2777            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
2778        }
2779    
2780        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
2781        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
2782  }  }
2783    
2784    
2785    
2786  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2787    
2788  sub color {  sub color {
# Line 2228  Line 2820 
2820  sub display {  sub display {
2821      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2822    
2823        $taxes = $fig->taxonomy_list();
2824    
2825      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
2826      my $compare_or_coupling = $self->context;      my $compare_or_coupling = $self->context;
2827      my $gd_window_size = $gd->window_size;      my $gd_window_size = $gd->window_size;
# Line 2301  Line 2895 
2895                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2896                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2897                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2898                  #my $lineage = $taxes->{$genome1};                  my $lineage = $taxes->{$genome};
2899                  my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));                  #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2900                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2901                      if ($lineage =~ /$taxon/){                      if ($lineage =~ /$taxon/){
2902                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);
# Line 2384  Line 2978 
2978          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2979          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2980          #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;          #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2981          #my $lineage = $taxes->{$genome1};          my $lineage = $taxes->{$region_genome};
2982          my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);          #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2983          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2984          my $line_config = { 'title' => $region_gs,          my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2985                              'short_title' => $abbrev_name,                              'short_title' => $abbrev_name,
# Line 2475  Line 3069 
3069                  $prev_stop = $stop;                  $prev_stop = $stop;
3070                  $prev_fig = $fid1;                  $prev_fig = $fid1;
3071    
3072                  if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){                  if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_gnes{$fid1})){
3073                      $start = $gd_window_size - $start;                      $start = $gd_window_size - $start;
3074                      $stop = $gd_window_size - $stop;                      $stop = $gd_window_size - $stop;
3075                  }                  }
# Line 2627  Line 3221 
3221      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
3222      my $count = 0;      my $count = 0;
3223      my $peg_array = [];      my $peg_array = [];
3224      my (%evidence_column, %subsystems_column,  %e_identical);      my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3225    
3226      if (@$dataset != 1){      if (@$dataset != 1){
3227          foreach my $thing (@$dataset){          foreach my $thing (@$dataset){
# Line 2636  Line 3230 
3230              }              }
3231          }          }
3232          # get the column for the evidence codes          # get the column for the evidence codes
3233          %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);          $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3234    
3235          # get the column for the subsystems          # get the column for the subsystems
3236          %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);          $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3237    
3238          # get essentially identical seqs          # get essentially identical seqs
3239          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
# Line 2668  Line 3262 
3262    
3263          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);
3264          push(@$row_data,$org);          push(@$row_data,$org);
3265          push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3266          push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3267          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3268          push(@$row_data,$function_cell);          push(@$row_data,$function_cell);
3269          push(@$all_rows,$row_data);          push(@$all_rows,$row_data);
# Line 2715  Line 3309 
3309    
3310      return($content);      return($content);
3311  }  }
3312    

Legend:
Removed from v.1.52  
changed lines
  Added in v.1.60

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3