[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.59, Mon Jun 2 05:05:35 2008 UTC revision 1.70, Wed Sep 3 20:30:22 2008 UTC
# Line 319  Line 319 
319  =cut  =cut
320    
321  sub get_objects {  sub get_objects {
322      my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;      my ($self,$fid,$fig,$parameters,$scope) = @_;
323    
324      my $objects = [];      my $objects = [];
325      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
# Line 337  Line 337 
337          $domain_classes{'PFAM'} = 1;          $domain_classes{'PFAM'} = 1;
338          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
339          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
340          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
341          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
342          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
# Line 374  Line 374 
374    
375  }  }
376    
377    =head3 get_attributes
378        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
379    =cut
380    
381    sub get_attributes{
382        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
383        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
384        return @attributes;
385    }
386    
387  =head3 get_sims_objects()  =head3 get_sims_objects()
388    
389  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
# Line 410  Line 420 
420      my $content = [];      my $content = [];
421      my $row = [];      my $row = [];
422    
423      my $org_name = $fig->org_of($fid);      my $org_name = "Data not available";
424        if ( $fig->org_of($fid)){
425            $org_name = $fig->org_of($fid);
426        }
427      my $org_id = $fig->genome_of($fid);      my $org_id = $fig->genome_of($fid);
428      my $function = $fig->function_of($fid);      my $function = $fig->function_of($fid);
429      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
# Line 466  Line 479 
479          my @currLineage = ($parent_tax);          my @currLineage = ($parent_tax);
480          push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);          push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
481          my $level = 2;          my $level = 2;
482          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){  
483            foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy),$id){
484              next if ($tax eq $parent_tax);
485              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
486              push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);              push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
487              $families{level}{$tax} = $level;              $families{level}{$tax} = $level;
# Line 530  Line 545 
545    
546      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
547      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
548        my $seen = {};
549      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
550          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
551          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
552          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
553          my $name = $parts[1];          my $name = $parts[1];
554            next if ($seen->{$name});
555            $seen->{$name}++;
556          #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));          #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
557    
558          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
# Line 695  Line 712 
712  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
713      my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
714    
715      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter);      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter, $sim_filters);
716      if ($parameters->{flag}){      if ( (defined $parameters->{flag}) && ($parameters->{flag})){
717        $max_sims = $parameters->{max_sims};        $max_sims = $parameters->{max_sims};
718        $max_expand = $parameters->{max_expand};        $max_expand = $parameters->{max_expand};
719        $max_eval = $parameters->{max_eval};        $max_eval = $parameters->{max_eval};
720        $db_filter = $parameters->{db_filter};        $db_filter = $parameters->{db_filter};
721        $sim_order = $parameters->{sim_order};        $sim_filters->{ sort_by } = $parameters->{sim_order};
722          #$sim_order = $parameters->{sim_order};
723        $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));        $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
724      }      }
725        elsif ( (defined $parameters->{sims_db}) && ($parameters->{sims_db} eq 'all')){
726          $max_sims = 50;
727          $max_expand = 5;
728          $max_eval = 1e-5;
729          $db_filter = "all";
730          $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
731        }
732      else{      else{
733        $max_sims = 50;        $max_sims = 50;
734        $max_expand = 5;        $max_expand = 5;
735        $max_eval = 1e-5;        $max_eval = 1e-5;
736        $db_filter = "figx";        $db_filter = "figx";
737        $sim_order = "id";        $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
738          #$sim_order = "id";
739      }      }
740    
741      my($id, $genome, @genomes, %sims);      my($id, $genome, @genomes, %sims);
742      my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand);      my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
743      @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;      @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
744      my ($dataset);      my ($dataset);
745    
# Line 728  Line 754 
754        @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;        @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
755      }      }
756    
757        my $seen_sims={};
758      foreach my $sim (@tmp){      foreach my $sim (@tmp){
759          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
760            next if ($seen_sims->{$hit});
761            $seen_sims->{$hit}++;
762          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
763          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
764          my $qfrom = $sim->[6];          my $qfrom = $sim->[6];
# Line 740  Line 769 
769          my $hlength = $sim->[13];          my $hlength = $sim->[13];
770          my $db = get_database($hit);          my $db = get_database($hit);
771          my $func = $fig->function_of($hit);          my $func = $fig->function_of($hit);
772          my $organism = $fig->org_of($hit);          my $organism;
773            if ($fig->org_of($hit)){
774                $organism = $fig->org_of($hit);
775            }
776            else{
777                $organism = "Data not available";
778            }
779    
780          $dataset = {'class' => 'SIM',          $dataset = {'class' => 'SIM',
781                      'query' => $sim->[0],                      'query' => $sim->[0],
# Line 1134  Line 1169 
1169          my $id = $row->[0];          my $id = $row->[0];
1170          my $who = $row->[1];          my $who = $row->[1];
1171          my $assignment = $row->[2];          my $assignment = $row->[2];
1172          my $organism = $fig->org_of($id);          my $organism = "Data not available";
1173            if ($fig->org_of($id)){
1174                $organism = $fig->org_of($id);
1175            }
1176          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1177          push(@$single_domain,$who);          push(@$single_domain,$who);
1178          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));          push(@$single_domain,"<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>");
1179          push(@$single_domain,$organism);          push(@$single_domain,$organism);
1180          push(@$single_domain,$assignment);          push(@$single_domain,$assignment);
1181          push(@$all_domains,$single_domain);          push(@$all_domains,$single_domain);
# Line 1493  Line 1531 
1531      #color is      #color is
1532      my $color = "6";      my $color = "6";
1533    
 =head3  
1534    
     if($cello_location){  
         my $cello_descriptions = [];  
         my $line_data =[];  
1535    
1536          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  #    if($cello_location){
1537                              'short_title' => 'CELLO',  #       my $cello_descriptions = [];
1538                              'hover_title' => 'Localization',  #       my $line_data =[];
1539                              'basepair_offset' => '1' };  #
1540    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1541          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',  #                           'short_title' => 'CELLO',
1542                                            "value" => $cello_location};  #                            'hover_title' => 'Localization',
1543    #                           'basepair_offset' => '1' };
1544          push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);  #
1545    #       my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1546          my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',  #                                         "value" => $cello_location};
1547                                         "value" => $cello_score};  #
1548    #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1549          push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);  #
1550    #       my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1551          my $element_hash = {  #                                      "value" => $cello_score};
1552              "title" => "CELLO",  #
1553              "color"=> $color,  #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1554              "start" => "1",  #
1555              "end" =>  $length + 1,  #       my $element_hash = {
1556              "zlayer" => '1',  #           "title" => "CELLO",
1557              "description" => $cello_descriptions};  #           "color"=> $color,
1558    #           "start" => "1",
1559          push(@$line_data,$element_hash);  #           "end" =>  $length + 1,
1560          $gd->add_line($line_data, $line_config);  #           "zlayer" => '1',
1561      }  #           "description" => $cello_descriptions};
1562    #
1563      $color = "2";  #       push(@$line_data,$element_hash);
1564      if($tmpred_score){  #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1565          my $line_data =[];  #    }
1566          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  #
1567                              'short_title' => 'Transmembrane',  #    $color = "2";
1568                              'basepair_offset' => '1' };  #    if($tmpred_score){
1569    #       my $line_data =[];
1570          foreach my $tmpred (@tmpred_locations){  #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1571              my $descriptions = [];  #                           'short_title' => 'Transmembrane',
1572              my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);  #                           'basepair_offset' => '1' };
1573              my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',  #
1574                               "value" => $tmpred_score};  #       foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1575    #           my $descriptions = [];
1576              push(@$descriptions,$description_tmpred_score);  #           my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1577    #           my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1578              my $element_hash = {  #                            "value" => $tmpred_score};
1579              "title" => "transmembrane location",  #
1580              "start" => $begin + 1,  #           push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1581              "end" =>  $end + 1,  #
1582              "color"=> $color,  #           my $element_hash = {
1583              "zlayer" => '5',  #           "title" => "transmembrane location",
1584              "type" => 'box',  #           "start" => $begin + 1,
1585              "description" => $descriptions};  #           "end" =>  $end + 1,
1586    #           "color"=> $color,
1587              push(@$line_data,$element_hash);  #           "zlayer" => '5',
1588    #           "type" => 'box',
1589    #           "description" => $descriptions};
1590    #
1591    #           push(@$line_data,$element_hash);
1592    #
1593    #       }
1594    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1595    #    }
1596    
         }  
         $gd->add_line($line_data, $line_config);  
     }  
 =cut  
1597    
1598      if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){      if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1599          my $line_data =[];          my $line_data =[];
# Line 1607  Line 1645 
1645          $gd->add_line($line_data, $line_config);          $gd->add_line($line_data, $line_config);
1646      }      }
1647    
 =head3  
     $color = "1";  
     if($signal_peptide_score){  
         my $line_data = [];  
         my $descriptions = [];  
   
         my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                             'short_title' => 'SignalP',  
                             'hover_title' => 'Localization',  
                             'basepair_offset' => '1' };  
   
         my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',  
                                                 "value" => $signal_peptide_score};  
   
         push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);  
1648    
1649          my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',  #    $color = "1";
1650                                           "value" => $cleavage_prob};  #    if($signal_peptide_score){
1651    #       my $line_data = [];
1652          push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);  #       my $descriptions = [];
1653    #
1654          my $element_hash = {  #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1655              "title" => "SignalP",  #                           'short_title' => 'SignalP',
1656              "start" => $cleavage_loc_begin - 2,  #                            'hover_title' => 'Localization',
1657              "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,  #                           'basepair_offset' => '1' };
1658              "type" => 'bigbox',  #
1659              "color"=> $color,  #       my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1660              "zlayer" => '10',  #                                               "value" => $signal_peptide_score};
1661              "description" => $descriptions};  #
1662    #       push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1663    #
1664    #       my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1665    #                                        "value" => $cleavage_prob};
1666    #
1667    #       push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1668    #
1669    #       my $element_hash = {
1670    #           "title" => "SignalP",
1671    #           "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1672    #           "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1673    #           "type" => 'bigbox',
1674    #           "color"=> $color,
1675    #           "zlayer" => '10',
1676    #           "description" => $descriptions};
1677    #
1678    #       push(@$line_data,$element_hash);
1679    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1680    #    }
1681    
         push(@$line_data,$element_hash);  
         $gd->add_line($line_data, $line_config);  
     }  
 =cut  
1682    
1683      return ($gd);      return ($gd);
1684    
# Line 1757  Line 1795 
1795      my $hit_stop = $thing->hstop;      my $hit_stop = $thing->hstop;
1796      my $ln_query = $thing->qlength;      my $ln_query = $thing->qlength;
1797      my $ln_hit = $thing->hlength;      my $ln_hit = $thing->hlength;
1798      my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);  #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1799      my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);  #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1800        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1801        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1802    
1803      my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;      my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1804    
# Line 1766  Line 1806 
1806      my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",      my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1807                          'short_title' => "$abbrev_name",                          'short_title' => "$abbrev_name",
1808                          'title_link' => '$tax_link',                          'title_link' => '$tax_link',
1809                          'basepair_offset' => '0'                          'basepair_offset' => '0',
1810                            'no_middle_line' => '1'
1811                          };                          };
1812    
1813      # query sequence title      # query sequence title
# Line 1776  Line 1817 
1817      my $query_config = { 'title' => "Query",      my $query_config = { 'title' => "Query",
1818                           'short_title' => "Query",                           'short_title' => "Query",
1819                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1820                           'basepair_offset' => '0'                           'basepair_offset' => '0',
1821                             'no_middle_line' => '1'
1822                           };                           };
1823      my $line_data = [];      my $line_data = [];
1824      my $query_data = [];      my $query_data = [];
# Line 1790  Line 1832 
1832      # evidence link      # evidence link
1833      my $evidence_link;      my $evidence_link;
1834      if ($peg =~ /^fig\|/){      if ($peg =~ /^fig\|/){
1835        $evidence_link = "?page=Evidence&feature=".$peg;        $evidence_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1836      }      }
1837      else{      else{
1838        my $db = &Observation::get_database($peg);        my $db = &Observation::get_database($peg);
# Line 2066  Line 2108 
2108  =cut  =cut
2109    
2110  sub display_table {  sub display_table {
2111      my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;      my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2112        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2113    
2114      my $data = [];      my $scroll_list;
2115      my $count = 0;      foreach my $col (@$show_columns){
2116      my $content;          push (@$scroll_list, $col->{key});
2117      my $cgi = new CGI;      }
     my @ids;  
     $lineages = $fig->taxonomy_list();  
2118    
2119        push (@ids, $query_fid);
2120      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
2121          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2122          push (@ids, $thing->acc);          push (@ids, $thing->acc);
2123      }      }
2124    
2125      my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical, $function_color);      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2126      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2127    
2128      # get the column for the subsystems      # get the column for the subsystems
2129      %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);      $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash');
2130    
2131      # get the column for the evidence codes      # get the column for the evidence codes
2132      %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash');
2133    
2134      # get the column for pfam_domain      # get the column for pfam_domain
2135      %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2136    
2137        # get the column for molecular weight
2138        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2139    
2140        # get the column for organism's habitat
2141        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2142    
2143        # get the column for organism's temperature optimum
2144        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2145    
2146        # get the column for organism's temperature range
2147        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2148    
2149        # get the column for organism's oxygen requirement
2150        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2151    
2152        # get the column for organism's pathogenicity
2153        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2154    
2155        # get the column for organism's pathogenicity host
2156        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2157    
2158        # get the column for organism's salinity
2159        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2160    
2161        # get the column for organism's motility
2162        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2163    
2164        # get the column for organism's gram stain
2165        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2166    
2167        # get the column for organism's endospores
2168        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2169    
2170        # get the column for organism's shape
2171        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2172    
2173        # get the column for organism's disease
2174        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2175    
2176        # get the column for organism's disease
2177        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2178    
2179        # get the column for transmembrane domains
2180        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2181    
2182        # get the column for similar to human
2183        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2184    
2185        # get the column for signal peptide
2186        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2187    
2188        # get the column for transmembrane domains
2189        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2190    
2191        # get the column for conserved neighborhood
2192        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2193    
2194        # get the column for cellular location
2195        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2196    
2197        # get the aliases
2198        my $alias_col;
2199        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2200             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2201             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2202             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2203             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2204            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2205        }
2206    
2207      # get the colors for the function cell      # get the colors for the function cell
2208      my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);      my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2209      $function_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);      $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2210      my $query_function = $fig->function_of($query_fid);      my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2211    
2212      %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);  
     #my $alias_col = {};  
2213    
2214      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2215      my $figfams = new FFs($figfam_data);      my $figfams = new FFs($figfam_data);
2216        my $same_genome_flag = 0;
2217    
2218      my $func_color_offset=0;      my $func_color_offset=0;
2219      foreach my $thing ( @$dataset){      unshift(@$dataset, $query_fid);
2220        for (my $thing_count=0;$thing_count<scalar @$dataset;$thing_count++){
2221    #    foreach my $thing ( @$dataset){
2222            my $thing = $dataset->[$thing_count];
2223            my $next_thing = $dataset->[$thing_count+1] if (defined $dataset->[$thing_count+1]);
2224            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2, $next_org);
2225            if ($thing eq $query_fid){
2226                $id = $thing;
2227                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2228                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2229                $current_function = $fig->function_of($id);
2230            }
2231            else{
2232          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2233    
2234                $id      = $thing->acc;
2235                $evalue  = $thing->evalue;
2236                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2237                $iden    = $thing->identity;
2238                $organism= $thing->organism;
2239                $ln1     = $thing->qlength;
2240                $ln2     = $thing->hlength;
2241                $b1      = $thing->qstart;
2242                $e1      = $thing->qstop;
2243                $b2      = $thing->hstart;
2244                $e2      = $thing->hstop;
2245                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2246                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2247                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2248                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2249                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2250                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2251                $current_function = $thing->function;
2252                $next_org = $next_thing->organism if (defined $next_thing);
2253            }
2254    
2255          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
2256          $count++;          $count++;
2257    
         my $id      = $thing->acc;  
         my $taxid   = $fig->genome_of($id);  
         my $iden    = $thing->identity;  
         my $ln1     = $thing->qlength;  
         my $ln2     = $thing->hlength;  
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );  
         my $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );  
         my $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};  
         my $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};  
   
2258          # organisms cell          # organisms cell
2259          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2260          my $org_cell = { 'data' =>  $thing->organism, 'highlight' => $org_color};  
2261            my $org_cell;
2262            if ( ($next_org ne $organism) && ($same_genome_flag == 0) ){
2263                $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2264            }
2265            elsif ($next_org eq $organism){
2266                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2267                $same_genome_flag = 1;
2268            }
2269            elsif ($same_genome_flag == 1){
2270                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2271                $same_genome_flag = 0;
2272            }
2273    
2274          # checkbox cell          # checkbox cell
2275          my ($box_cell,$tax);          my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2276          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2277          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2278          my $cell_name = "cell_". $id;          my $cell_name = "cell_". $id;
2279          my $replace_id = $id;          my $replace_id = $id;
2280          $replace_id =~ s/\|/_/ig;          $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2281            my $white = '#ffffff';
2282            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2283            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2284          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2285            my $checked = "";
2286            #$checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2287          if ($id =~ /^fig\|/){          if ($id =~ /^fig\|/){
2288            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');">);            my $box = qq~<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>~;
2289            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2290            ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;            $tax = $fig->genome_of($id);
2291          }          }
2292          else{          else{
2293            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2294            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2295          }          }
2296    
2297            # create the radio cell for any sequence, not just fig ids
2298            my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" onClick="clearText('new_text_function')">);
2299            $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2300    
2301          # get the linked fig id          # get the linked fig id
2302          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2303          my $fig_data =  "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;          my $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;
2304          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='$FIG_Config::cgi_url/Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2305          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2306                         'highlight'=>"#ffffff"};                         'highlight'=>$white};
2307    
2308      $replace_id = $peg;      $replace_id = $peg;
2309      $replace_id =~ s/\|/_/ig;      $replace_id =~ s/\|/_/ig;
# Line 2163  Line 2313 
2313                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2314                           'basepair_offset' => '0'                           'basepair_offset' => '0'
2315                           };                           };
2316    
2317          # function cell          # function cell
2318          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2319                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2320                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2321          my $current_function =  $thing->function;  
2322          my $function_color = $function_cell_colors->{ $function_color->{$current_function} - $func_color_offset};          my $function_color;
2323            if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2324                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2325            }
2326            else{
2327                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2328            }
2329          my $function_cell;          my $function_cell;
2330          if ($current_function){          if ($current_function){
2331            if ($current_function eq $query_function){            if ($current_function eq $query_function){
# Line 2183  Line 2340 
2340            $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};            $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2341          }          }
2342    
2343          push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $thing->evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},          if ($id eq $query_fid){
2344                 {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);   # permanent columns              push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2345                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2346                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white},
2347                      {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$white},
2348                      {'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$white});  # permanent columns
2349            }
2350            else{
2351                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2352                      {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell,
2353                      {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"},
2354                      {'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"});  # permanent columns
2355    
2356            }
2357    
2358            if ( ( $application->session->user) ){
2359                my $user = $application->session->user;
2360                if ($user && $user->has_right(undef, 'annotate', 'genome', $fig->genome_of($id))) {
2361                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2362                }
2363            }
2364    
2365          my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);          my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2366    
2367          foreach my $col (sort keys %$scroll_list){          foreach my $col (@$scroll_list){
2368              if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}              if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2369              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}              else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2370              elsif ($col =~ /pfam_domains/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}  
2371              elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>"#ffffff"});}              if ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2372              elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2373              elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2374              elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2375              elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2376              elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2377              elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2378              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2379              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2380              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2381              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2382              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}              elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2383              #elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff_hash->{$id} . "' target='_new'>" . $ff_hash->{$id} . "</a>");}              elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2384              elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2385                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2386                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2387                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2388                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2389                elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2390                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2391                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2392                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2393                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2394                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2395                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2396                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2397                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2398                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2399                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2400                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2401                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2402                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2403          }          }
2404          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
2405      }      }
# Line 2215  Line 2409 
2409      else{      else{
2410          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2411      }      }
2412        shift(@$dataset);
2413        return ($content);
2414    }
2415    
2416    
2417    =head3 display_figfam_table()
2418    
2419    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2420    This code will display a table for the similarities protein
2421    
2422    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2423    
2424    =cut
2425    
2426    sub display_figfam_table {
2427      my ($self,$ids, $show_columns, $fig, $application, $cgi) = @_;
2428      my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2429    
2430      my $scroll_list;
2431      foreach my $col (@$show_columns){
2432        push (@$scroll_list, $col->{key});
2433      }
2434    
2435      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2436      my @attributes = $fig->get_attributes($ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2437    
2438      # get the column for the subsystems
2439      $subsystems_column = &get_subsystems_column($ids,$fig,$cgi,'hash');
2440    
2441      # get the column for the evidence codes
2442      $evidence_column = &get_evidence_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2443    
2444      # get the column for pfam_domain
2445      $pfam_column = &get_attrb_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2446    
2447      # get the column for molecular weight
2448      $mw_column = &get_attrb_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2449    
2450      # get the column for organism's habitat
2451      my $habitat_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2452    
2453      # get the column for organism's temperature optimum
2454      my $temperature_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2455    
2456      # get the column for organism's temperature range
2457      my $temperature_range_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2458    
2459      # get the column for organism's oxygen requirement
2460      my $oxygen_req_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2461    
2462      # get the column for organism's pathogenicity
2463      my $pathogenic_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2464    
2465      # get the column for organism's pathogenicity host
2466      my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2467    
2468      # get the column for organism's salinity
2469      my $salinity_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2470    
2471      # get the column for organism's motility
2472      my $motility_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2473    
2474      # get the column for organism's gram stain
2475      my $gram_stain_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2476    
2477      # get the column for organism's endospores
2478      my $endospores_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2479    
2480      # get the column for organism's shape
2481      my $shape_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2482    
2483      # get the column for organism's disease
2484      my $disease_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2485    
2486      # get the column for organism's disease
2487      my $gc_content_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2488    
2489      # get the column for transmembrane domains
2490      my $transmembrane_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2491    
2492      # get the column for similar to human
2493      my $similar_to_human_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2494    
2495      # get the column for signal peptide
2496      my $signal_peptide_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2497    
2498      # get the column for transmembrane domains
2499      my $isoelectric_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2500    
2501      # get the column for conserved neighborhood
2502      my $cons_neigh_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2503    
2504      # get the column for cellular location
2505      my $cell_location_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2506    
2507      # get the aliases
2508      my $alias_col;
2509      if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2510           (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2511           (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2512           (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2513           (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2514        $alias_col = &get_db_aliases($ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2515      }
2516    
2517      foreach my $id ( @$ids){
2518        my $current_function = $fig->function_of($id);
2519        my $organism = $fig->org_of($id);
2520        my $single_domain = [];
2521    
2522        # organisms cell
2523        my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2524        my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2525    
2526        # get the linked fig id
2527        my $fig_data =  "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";
2528        my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2529                       'highlight'=>"#ffffff"};
2530    
2531        # function cell
2532        $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=> "#ffffff"};
2533    
2534        # insert data
2535        push (@$single_domain, $fig_col, $org_cell, {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"}, $function_cell);
2536    
2537        foreach my $col (@$scroll_list){
2538          my $highlight_color = "#ffffff";
2539    
2540          if ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2541          elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2542          elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2543          elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2544          elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2545          elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2546          elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2547          elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2548          elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2549          elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2550          elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2551          elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2552          elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2553          elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2554          elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2555          elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2556          elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2557          elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2558          elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2559          elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2560          elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2561          elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2562          elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2563          elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2564          elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2565          elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2566          elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2567          elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2568          elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2569          elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2570          elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2571          elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2572          elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2573        }
2574        push(@$data,$single_domain);
2575      }
2576    
2577      $content = $data;
2578      return ($content);      return ($content);
2579  }  }
2580    
# Line 2230  Line 2590 
2590      return (%column);      return (%column);
2591  }  }
2592    
2593    sub get_figfam_column{
2594        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2595        my $column;
2596    
2597        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2598        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2599    
2600        foreach my $id (@$ids){
2601            my ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2602            if ($ff){
2603                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2604            }
2605            else{
2606                push (@$column, " ");
2607            }
2608        }
2609    
2610        return $column;
2611    }
2612    
2613  sub get_subsystems_column{  sub get_subsystems_column{
2614      my ($ids,$fig) = @_;      my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2615    
     #my $fig = new FIG;  
     my $cgi = new CGI;  
2616      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2617      my %column;      my ($column, $ss);
2618      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2619          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2620          my @subsystems;          my @subsystems;
2621    
2622          if (@in_sub > 0) {          if (@in_sub > 0) {
2623              foreach my $array(@in_sub){              foreach my $array(@in_sub){
2624                  my $ss = $$array[0];                  my $ss = $array->[0];
2625                  $ss =~ s/_/ /ig;                  $ss =~ s/_/ /ig;
2626                  push (@subsystems, "-" . $ss);                  push (@subsystems, "-" . $ss);
2627              }              }
2628              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2629              $column{$id} = $in_sub_line;              $ss->{$id} = $in_sub_line;
2630          } else {          } else {
2631              $column{$id} = "&nbsp;";              $ss->{$id} = "None added";
2632          }          }
2633            push (@$column, $ss->{$id});
2634      }      }
2635      return (%column);  
2636        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2637        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2638    }
2639    
2640    sub get_lineage_column{
2641        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2642    
2643        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2644    
2645        foreach my $id (@$ids){
2646            my $genome = $fig->genome_of($id);
2647            if ($lineages->{$genome}){
2648    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2649                push (@$column, $lineages->{$genome});
2650            }
2651            else{
2652                push (@$column, " ");
2653            }
2654        }
2655        return $column;
2656  }  }
2657    
2658  sub match_color {  sub match_color {
# Line 2373  Line 2772 
2772    
2773    
2774  sub get_evidence_column{  sub get_evidence_column{
2775      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2776      #my $fig = new FIG;      my ($column, $code_attributes);
2777      my $cgi = new CGI;  
2778      my (%column, %code_attributes);      if (! defined $attributes) {
2779            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2780            $attributes = \@attributes_array;
2781        }
2782    
2783      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2784      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2785          push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);          push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2786      }      }
2787    
2788      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2789          # add evidence code with tool tip          # add evidence code with tool tip
2790          my $ev_codes=" &nbsp; ";          my $ev_codes=" &nbsp; ";
2791    
2792          my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});          my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2793          my @ev_codes = ();          my @ev_codes = ();
2794          foreach my $code (@codes) {          foreach my $code (@codes) {
2795              my $pretty_code = $code->[2];              my $pretty_code = $code->[2];
2796              if ($pretty_code =~ /;/) {              if ($pretty_code =~ /;/) {
2797                  my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);                  my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2798                    print STDERR "$id: $cd, $ss\n";
2799                    if ($cd =~ /ilit|dlit/){
2800                        my ($type,$pubmed_id) = ($cd) =~ /(.*?)\((.*)\)/;
2801                        my $publink = &HTML::alias_url($pubmed_id,'PMID');
2802                        $cd = $type . "(<a href='" . $publink . "'>" . $pubmed_id . "</a>)";
2803                    }
2804                  $ss =~ s/_/ /g;                  $ss =~ s/_/ /g;
2805                  $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;                  $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2806              }              }
# Line 2405  Line 2813 
2813                                  {                                  {
2814                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2815          }          }
2816          $column{$id}=$ev_codes;  
2817            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2818            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2819      }      }
2820      return (%column);      return $column;
2821  }  }
2822    
2823  sub get_pfam_column{  sub get_attrb_column{
2824      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2825      #my $fig = new FIG;  
2826      my $cgi = new CGI;      my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
     my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);  
2827      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2828                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,
2829                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,
2830                                  -password => $WebConfig::DBPWD);                                  -password => $WebConfig::DBPWD);
2831    
2832      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;      if ($colName eq "pfam"){
2833            if (! defined $attributes) {
2834                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2835                $attributes = \@attributes_array;
2836            }
2837    
2838            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2839      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2840          my $name = $key->[1];          my $name = $key->[1];
2841          if ($name =~ /_/){          if ($name =~ /_/){
# Line 2431  Line 2846 
2846      }      }
2847    
2848      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2849          # add evidence code              # add pfam code
2850          my $pfam_codes=" &nbsp; ";          my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2851          my @pfam_codes = "";          my @pfam_codes = "";
2852          my %description_codes;          my %description_codes;
# Line 2466  Line 2881 
2881                  }                  }
2882                  else {                  else {
2883                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2884                      $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};                          $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2885                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2886                  }                  }
2887              }              }
2888    
2889                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2890                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2891                }
2892            }
2893        }
2894        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2895            if (! defined $attributes) {
2896                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2897                $attributes = \@attributes_array;
2898          }          }
2899    
2900          $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2901            foreach my $key (@codes){
2902                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2903                my ($new_loc, @all);
2904                @all = split (//, $loc);
2905                my $count = 0;
2906                foreach my $i (@all){
2907                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2908                        $new_loc .= " " . $i;
2909                    }
2910                    else{
2911                        $new_loc .= $i;
2912                    }
2913                    $count++;
2914                }
2915                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2916      }      }
     return (%column);  
2917    
2918            foreach my $id (@$ids){
2919                my (@values, $entry);
2920                #@values = (" ");
2921                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2922                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2923                    foreach my $code (@ncodes){
2924                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2925                    }
2926                }
2927                else{
2928                    @values = ("Not available");
2929  }  }
2930    
2931  sub get_aliases {              if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2932      my ($ids,$fig) = @_;              elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2933            }
2934        }
2935        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2936                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2937            if (! defined $attributes) {
2938                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2939                $attributes = \@attributes_array;
2940            }
2941    
2942            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2943            foreach my $key (@codes){
2944                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2945            }
2946    
2947            foreach my $id (@$ids){
2948                my (@values, $entry);
2949                #@values = (" ");
2950                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2951                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2952                    foreach my $code (@ncodes){
2953                        push (@values, $code);
2954                    }
2955                }
2956                else{
2957                    @values = ("Not available");
2958                }
2959    
2960                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2961                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2962            }
2963        }
2964        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2965                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2966                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2967                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2968                ($colName eq 'gc_content') ) {
2969            if (! defined $attributes) {
2970                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2971                $attributes = \@attributes_array;
2972            }
2973    
2974            my $genomes_with_phenotype;
2975            foreach my $attribute (@$attributes){
2976                my $genome = $attribute->[0];
2977                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2978            }
2979    
2980            foreach my $id (@$ids){
2981                my $genome = $fig->genome_of($id);
2982                my @values = (' ');
2983                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2984                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2985                }
2986                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2987                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2988            }
2989        }
2990    
2991        return $column;
2992    }
2993    
2994    
2995    sub get_db_aliases {
2996        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2997    
2998        my $db_array;
2999      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
3000      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
3001          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
3002              my $id_db = &Observation::get_database($alias);              my $id_db = &Observation::get_database($alias);
3003              next if ($aliases->{$id}->{$id_db});              next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
3004                next if ($aliases->{$id}->{$db});
3005              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
3006          }          }
3007            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
3008                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
3009      }      }
3010      return ($aliases);          #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
3011            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
3012  }  }
3013    
3014        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
3015        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
3016    }
3017    
3018    
3019    
3020  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
3021    
3022  sub color {  sub color {
# Line 2930  Line 3455 
3455      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
3456      my $count = 0;      my $count = 0;
3457      my $peg_array = [];      my $peg_array = [];
3458      my (%evidence_column, %subsystems_column,  %e_identical);      my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3459    
3460      if (@$dataset != 1){      if (@$dataset != 1){
3461          foreach my $thing (@$dataset){          foreach my $thing (@$dataset){
# Line 2939  Line 3464 
3464              }              }
3465          }          }
3466          # get the column for the evidence codes          # get the column for the evidence codes
3467          %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);          $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3468    
3469          # get the column for the subsystems          # get the column for the subsystems
3470          %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);          $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3471    
3472          # get essentially identical seqs          # get essentially identical seqs
3473          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
# Line 2956  Line 3481 
3481          last if ($count > 10);          last if ($count > 10);
3482          my $row_data = [];          my $row_data = [];
3483          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3484            if ($fig->org_of($id)){
3485          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
3486            }
3487            else{
3488                $org = "Data not available";
3489            }
3490          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
3491          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
3492              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
# Line 2971  Line 3501 
3501    
3502          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);
3503          push(@$row_data,$org);          push(@$row_data,$org);
3504          push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3505          push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3506          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3507          push(@$row_data,$function_cell);          push(@$row_data,$function_cell);
3508          push(@$all_rows,$row_data);          push(@$all_rows,$row_data);

Legend:
Removed from v.1.59  
changed lines
  Added in v.1.70

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3