[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.59, Mon Jun 2 05:05:35 2008 UTC revision 1.66, Mon Aug 18 20:25:42 2008 UTC
# Line 374  Line 374 
374    
375  }  }
376    
377    =head
378        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
379    =cut
380    
381    sub get_attributes{
382        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
383        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
384        return @attributes;
385    }
386    
387  =head3 get_sims_objects()  =head3 get_sims_objects()
388    
389  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
# Line 410  Line 420 
420      my $content = [];      my $content = [];
421      my $row = [];      my $row = [];
422    
423      my $org_name = $fig->org_of($fid);      my $org_name = "Data not available";
424        if ( $fig->org_of($fid)){
425            $org_name = $fig->org_of($fid);
426        }
427      my $org_id = $fig->genome_of($fid);      my $org_id = $fig->genome_of($fid);
428      my $function = $fig->function_of($fid);      my $function = $fig->function_of($fid);
429      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
# Line 530  Line 543 
543    
544      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
545      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
546        my $seen = {};
547      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
548          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
549          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
550          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
551          my $name = $parts[1];          my $name = $parts[1];
552            next if ($seen->{$name});
553            $seen->{$name}++;
554          #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));          #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
555    
556          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
# Line 695  Line 710 
710  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
711      my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
712    
713      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter);      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter, $sim_filters);
714      if ($parameters->{flag}){      if ($parameters->{flag}){
715        $max_sims = $parameters->{max_sims};        $max_sims = $parameters->{max_sims};
716        $max_expand = $parameters->{max_expand};        $max_expand = $parameters->{max_expand};
717        $max_eval = $parameters->{max_eval};        $max_eval = $parameters->{max_eval};
718        $db_filter = $parameters->{db_filter};        $db_filter = $parameters->{db_filter};
719        $sim_order = $parameters->{sim_order};        $sim_filters->{ sort_by } = $parameters->{sim_order};
720          #$sim_order = $parameters->{sim_order};
721        $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));        $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
722      }      }
723      else{      else{
# Line 709  Line 725 
725        $max_expand = 5;        $max_expand = 5;
726        $max_eval = 1e-5;        $max_eval = 1e-5;
727        $db_filter = "figx";        $db_filter = "figx";
728        $sim_order = "id";        $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
729          #$sim_order = "id";
730      }      }
731    
732      my($id, $genome, @genomes, %sims);      my($id, $genome, @genomes, %sims);
733      my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand);      my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
734      @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;      @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
735      my ($dataset);      my ($dataset);
736    
# Line 728  Line 745 
745        @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;        @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
746      }      }
747    
748        my $seen_sims={};
749      foreach my $sim (@tmp){      foreach my $sim (@tmp){
750          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
751            next if ($seen_sims->{$hit});
752            $seen_sims->{$hit}++;
753          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
754          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
755          my $qfrom = $sim->[6];          my $qfrom = $sim->[6];
# Line 740  Line 760 
760          my $hlength = $sim->[13];          my $hlength = $sim->[13];
761          my $db = get_database($hit);          my $db = get_database($hit);
762          my $func = $fig->function_of($hit);          my $func = $fig->function_of($hit);
763          my $organism = $fig->org_of($hit);          my $organism;
764            if ($fig->org_of($hit)){
765                $organism = $fig->org_of($hit);
766            }
767            else{
768                $organism = "Data not available";
769            }
770    
771          $dataset = {'class' => 'SIM',          $dataset = {'class' => 'SIM',
772                      'query' => $sim->[0],                      'query' => $sim->[0],
# Line 1134  Line 1160 
1160          my $id = $row->[0];          my $id = $row->[0];
1161          my $who = $row->[1];          my $who = $row->[1];
1162          my $assignment = $row->[2];          my $assignment = $row->[2];
1163          my $organism = $fig->org_of($id);          my $organism = "Data not available";
1164            if ($fig->org_of($id)){
1165                $organism = $fig->org_of($id);
1166            }
1167          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1168          push(@$single_domain,$who);          push(@$single_domain,$who);
1169          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));          push(@$single_domain,"<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>");
1170          push(@$single_domain,$organism);          push(@$single_domain,$organism);
1171          push(@$single_domain,$assignment);          push(@$single_domain,$assignment);
1172          push(@$all_domains,$single_domain);          push(@$all_domains,$single_domain);
# Line 1757  Line 1786 
1786      my $hit_stop = $thing->hstop;      my $hit_stop = $thing->hstop;
1787      my $ln_query = $thing->qlength;      my $ln_query = $thing->qlength;
1788      my $ln_hit = $thing->hlength;      my $ln_hit = $thing->hlength;
1789      my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);  #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1790      my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);  #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1791        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1792        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1793    
1794      my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;      my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1795    
# Line 1766  Line 1797 
1797      my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",      my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1798                          'short_title' => "$abbrev_name",                          'short_title' => "$abbrev_name",
1799                          'title_link' => '$tax_link',                          'title_link' => '$tax_link',
1800                          'basepair_offset' => '0'                          'basepair_offset' => '0',
1801                            'no_middle_line' => '1'
1802                          };                          };
1803    
1804      # query sequence title      # query sequence title
# Line 1776  Line 1808 
1808      my $query_config = { 'title' => "Query",      my $query_config = { 'title' => "Query",
1809                           'short_title' => "Query",                           'short_title' => "Query",
1810                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1811                           'basepair_offset' => '0'                           'basepair_offset' => '0',
1812                             'no_middle_line' => '1'
1813                           };                           };
1814      my $line_data = [];      my $line_data = [];
1815      my $query_data = [];      my $query_data = [];
# Line 1790  Line 1823 
1823      # evidence link      # evidence link
1824      my $evidence_link;      my $evidence_link;
1825      if ($peg =~ /^fig\|/){      if ($peg =~ /^fig\|/){
1826        $evidence_link = "?page=Evidence&feature=".$peg;        $evidence_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1827      }      }
1828      else{      else{
1829        my $db = &Observation::get_database($peg);        my $db = &Observation::get_database($peg);
# Line 2066  Line 2099 
2099  =cut  =cut
2100    
2101  sub display_table {  sub display_table {
2102      my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;      my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2103        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2104    
2105      my $data = [];      my $scroll_list;
2106      my $count = 0;      foreach my $col (@$show_columns){
2107      my $content;          push (@$scroll_list, $col->{key});
2108      my $cgi = new CGI;      }
     my @ids;  
     $lineages = $fig->taxonomy_list();  
2109    
2110        push (@ids, $query_fid);
2111      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
2112          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2113          push (@ids, $thing->acc);          push (@ids, $thing->acc);
2114      }      }
2115    
2116      my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical, $function_color);      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2117      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2118    
2119      # get the column for the subsystems      # get the column for the subsystems
2120      %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);      $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash') if (grep /subsystem/, @$scroll_list);
2121    
2122      # get the column for the evidence codes      # get the column for the evidence codes
2123      %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2124    
2125      # get the column for pfam_domain      # get the column for pfam_domain
2126      %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2127    
2128        # get the column for molecular weight
2129        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2130    
2131        # get the column for organism's habitat
2132        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2133    
2134        # get the column for organism's temperature optimum
2135        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2136    
2137        # get the column for organism's temperature range
2138        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2139    
2140        # get the column for organism's oxygen requirement
2141        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2142    
2143        # get the column for organism's pathogenicity
2144        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2145    
2146        # get the column for organism's pathogenicity host
2147        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2148    
2149        # get the column for organism's salinity
2150        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2151    
2152        # get the column for organism's motility
2153        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2154    
2155        # get the column for organism's gram stain
2156        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2157    
2158        # get the column for organism's endospores
2159        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2160    
2161        # get the column for organism's shape
2162        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2163    
2164        # get the column for organism's disease
2165        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2166    
2167        # get the column for organism's disease
2168        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2169    
2170        # get the column for transmembrane domains
2171        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2172    
2173        # get the column for similar to human
2174        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2175    
2176        # get the column for signal peptide
2177        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2178    
2179        # get the column for transmembrane domains
2180        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2181    
2182        # get the column for conserved neighborhood
2183        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2184    
2185        # get the column for cellular location
2186        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2187    
2188        # get the aliases
2189        my $alias_col;
2190        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2191             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2192             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2193             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2194             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2195            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2196        }
2197    
2198      # get the colors for the function cell      # get the colors for the function cell
2199      my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);      my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2200      $function_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);      $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2201      my $query_function = $fig->function_of($query_fid);      my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2202    
2203      %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);  
     #my $alias_col = {};  
2204    
2205      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2206      my $figfams = new FFs($figfam_data);      my $figfams = new FFs($figfam_data);
2207        my $same_genome_flag = 0;
2208    
2209      my $func_color_offset=0;      my $func_color_offset=0;
2210      foreach my $thing ( @$dataset){      unshift(@$dataset, $query_fid);
2211        for (my $thing_count=0;$thing_count<scalar @$dataset;$thing_count++){
2212    #    foreach my $thing ( @$dataset){
2213            my $thing = $dataset->[$thing_count];
2214            my $next_thing = $dataset->[$thing_count+1] if (defined $dataset->[$thing_count+1]);
2215            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2, $next_org);
2216            if ($thing eq $query_fid){
2217                $id = $thing;
2218                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2219                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2220                $current_function = $fig->function_of($id);
2221            }
2222            else{
2223          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2224    
2225                $id      = $thing->acc;
2226                $evalue  = $thing->evalue;
2227                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2228                $iden    = $thing->identity;
2229                $organism= $thing->organism;
2230                $ln1     = $thing->qlength;
2231                $ln2     = $thing->hlength;
2232                $b1      = $thing->qstart;
2233                $e1      = $thing->qstop;
2234                $b2      = $thing->hstart;
2235                $e2      = $thing->hstop;
2236                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2237                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2238                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2239                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2240                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2241                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2242                $current_function = $thing->function;
2243                $next_org = $next_thing->organism if (defined $next_thing);
2244            }
2245    
2246          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
2247          $count++;          $count++;
2248    
         my $id      = $thing->acc;  
         my $taxid   = $fig->genome_of($id);  
         my $iden    = $thing->identity;  
         my $ln1     = $thing->qlength;  
         my $ln2     = $thing->hlength;  
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );  
         my $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );  
         my $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};  
         my $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};  
   
2249          # organisms cell          # organisms cell
2250          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2251          my $org_cell = { 'data' =>  $thing->organism, 'highlight' => $org_color};  
2252            my $org_cell;
2253            if ( ($next_org ne $organism) && ($same_genome_flag == 0) ){
2254                $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2255            }
2256            elsif ($next_org eq $organism){
2257                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2258                $same_genome_flag = 1;
2259            }
2260            elsif ($same_genome_flag == 1){
2261                $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2262                $same_genome_flag = 0;
2263            }
2264    
2265          # checkbox cell          # checkbox cell
2266          my ($box_cell,$tax);          my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2267          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2268          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2269          my $cell_name = "cell_". $id;          my $cell_name = "cell_". $id;
2270          my $replace_id = $id;          my $replace_id = $id;
2271          $replace_id =~ s/\|/_/ig;          $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2272            my $white = '#ffffff';
2273            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2274            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2275          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2276            my $checked = "";
2277            #$checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2278          if ($id =~ /^fig\|/){          if ($id =~ /^fig\|/){
2279            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');">);            my $box = qq~<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>~;
2280              my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" onClick="clearText('new_text_function')">);
2281            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2282            ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;            $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2283              $tax = $fig->genome_of($id);
2284          }          }
2285          else{          else{
2286            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
# Line 2150  Line 2289 
2289    
2290          # get the linked fig id          # get the linked fig id
2291          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2292          my $fig_data =  "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;          my $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;
2293          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2294          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2295                         'highlight'=>"#ffffff"};                         'highlight'=>$white};
2296    
2297      $replace_id = $peg;      $replace_id = $peg;
2298      $replace_id =~ s/\|/_/ig;      $replace_id =~ s/\|/_/ig;
# Line 2163  Line 2302 
2302                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2303                           'basepair_offset' => '0'                           'basepair_offset' => '0'
2304                           };                           };
2305    
2306          # function cell          # function cell
2307          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2308                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2309                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2310          my $current_function =  $thing->function;  
2311          my $function_color = $function_cell_colors->{ $function_color->{$current_function} - $func_color_offset};          my $function_color;
2312            if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2313                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2314            }
2315            else{
2316                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2317            }
2318          my $function_cell;          my $function_cell;
2319          if ($current_function){          if ($current_function){
2320            if ($current_function eq $query_function){            if ($current_function eq $query_function){
# Line 2183  Line 2329 
2329            $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};            $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2330          }          }
2331    
2332          push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $thing->evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},          if ($id eq $query_fid){
2333                push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2334                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2335                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white});  # permanent columns
2336            }
2337            else{
2338                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2339                 {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);   # permanent columns                 {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);   # permanent columns
2340            }
2341    
2342            if ( ( $application->session->user) ){
2343                my $user = $application->session->user;
2344                if ($user && $user->has_right(undef, 'annotate', 'genome', $fig->genome_of($id))) {
2345                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2346                }
2347            }
2348    
2349          my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);          my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2350    
2351          foreach my $col (sort keys %$scroll_list){          foreach my $col (@$scroll_list){
2352              if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}              if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2353              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}              else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2354              elsif ($col =~ /pfam_domains/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}  
2355              elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>"#ffffff"});}              if ($col =~ /subsystem/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2356              elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2357              elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2358              elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2359              elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2360              elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2361              elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2362              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2363              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2364              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2365              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2366              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}              elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2367              #elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff_hash->{$id} . "' target='_new'>" . $ff_hash->{$id} . "</a>");}              elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2368              elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2369                elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2370                elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2371                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2372                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2373                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2374                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2375                elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2376                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2377                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2378                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2379                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2380                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2381                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2382                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2383                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2384                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2385                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2386                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2387                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2388                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2389          }          }
2390          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
2391      }      }
# Line 2215  Line 2395 
2395      else{      else{
2396          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2397      }      }
2398        shift(@$dataset);
2399      return ($content);      return ($content);
2400  }  }
2401    
# Line 2230  Line 2411 
2411      return (%column);      return (%column);
2412  }  }
2413    
2414    sub get_figfam_column{
2415        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2416        my $column;
2417    
2418        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2419        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2420    
2421        foreach my $id (@$ids){
2422            my ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2423            if ($ff){
2424                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2425            }
2426            else{
2427                push (@$column, " ");
2428            }
2429        }
2430    
2431        return $column;
2432    }
2433    
2434  sub get_subsystems_column{  sub get_subsystems_column{
2435      my ($ids,$fig) = @_;      my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2436    
     #my $fig = new FIG;  
     my $cgi = new CGI;  
2437      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2438      my %column;      my ($column, $ss);
2439      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2440          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2441          my @subsystems;          my @subsystems;
2442    
2443          if (@in_sub > 0) {          if (@in_sub > 0) {
2444              foreach my $array(@in_sub){              foreach my $array(@in_sub){
2445                  my $ss = $$array[0];                  my $ss = $array->[0];
2446                  $ss =~ s/_/ /ig;                  $ss =~ s/_/ /ig;
2447                  push (@subsystems, "-" . $ss);                  push (@subsystems, "-" . $ss);
2448              }              }
2449              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2450              $column{$id} = $in_sub_line;              $ss->{$id} = $in_sub_line;
2451          } else {          } else {
2452              $column{$id} = "&nbsp;";              $ss->{$id} = "None added";
2453          }          }
2454            push (@$column, $ss->{$id});
2455      }      }
2456      return (%column);  
2457        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2458        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2459    }
2460    
2461    sub get_lineage_column{
2462        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2463    
2464        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2465    
2466        foreach my $id (@$ids){
2467            my $genome = $fig->genome_of($id);
2468            if ($lineages->{$genome}){
2469    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2470                push (@$column, $lineages->{$genome});
2471            }
2472            else{
2473                push (@$column, " ");
2474            }
2475        }
2476        return $column;
2477  }  }
2478    
2479  sub match_color {  sub match_color {
# Line 2373  Line 2593 
2593    
2594    
2595  sub get_evidence_column{  sub get_evidence_column{
2596      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2597      #my $fig = new FIG;      my ($column, $code_attributes);
2598      my $cgi = new CGI;  
2599      my (%column, %code_attributes);      if (! defined $attributes) {
2600            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2601            $attributes = \@attributes_array;
2602        }
2603    
2604      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2605      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2606          push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);          push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2607      }      }
2608    
2609      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2610          # add evidence code with tool tip          # add evidence code with tool tip
2611          my $ev_codes=" &nbsp; ";          my $ev_codes=" &nbsp; ";
2612    
2613          my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});          my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2614          my @ev_codes = ();          my @ev_codes = ();
2615          foreach my $code (@codes) {          foreach my $code (@codes) {
2616              my $pretty_code = $code->[2];              my $pretty_code = $code->[2];
2617              if ($pretty_code =~ /;/) {              if ($pretty_code =~ /;/) {
2618                  my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);                  my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2619                    print STDERR "$id: $cd, $ss\n";
2620                    if ($cd =~ /ilit|dlit/){
2621                        my ($type,$pubmed_id) = ($cd) =~ /(.*?)\((.*)\)/;
2622                        my $publink = &HTML::alias_url($pubmed_id,'PMID');
2623                        $cd = $type . "(<a href='" . $publink . "'>" . $pubmed_id . "</a>)";
2624                    }
2625                  $ss =~ s/_/ /g;                  $ss =~ s/_/ /g;
2626                  $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;                  $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2627              }              }
# Line 2405  Line 2634 
2634                                  {                                  {
2635                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2636          }          }
2637          $column{$id}=$ev_codes;  
2638            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2639            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2640      }      }
2641      return (%column);      return $column;
2642  }  }
2643    
2644  sub get_pfam_column{  sub get_attrb_column{
2645      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2646      #my $fig = new FIG;  
2647      my $cgi = new CGI;      my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
     my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);  
2648      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2649                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,
2650                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,
2651                                  -password => $WebConfig::DBPWD);                                  -password => $WebConfig::DBPWD);
2652    
2653      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;      if ($colName eq "pfam"){
2654            if (! defined $attributes) {
2655                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2656                $attributes = \@attributes_array;
2657            }
2658    
2659            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2660      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2661          my $name = $key->[1];          my $name = $key->[1];
2662          if ($name =~ /_/){          if ($name =~ /_/){
# Line 2431  Line 2667 
2667      }      }
2668    
2669      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2670          # add evidence code              # add pfam code
2671          my $pfam_codes=" &nbsp; ";          my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2672          my @pfam_codes = "";          my @pfam_codes = "";
2673          my %description_codes;          my %description_codes;
# Line 2466  Line 2702 
2702                  }                  }
2703                  else {                  else {
2704                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2705                      $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};                          $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2706                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2707                  }                  }
2708              }              }
2709    
2710                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2711                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2712                }
2713            }
2714        }
2715        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2716            if (! defined $attributes) {
2717                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2718                $attributes = \@attributes_array;
2719          }          }
2720    
2721          $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2722            foreach my $key (@codes){
2723                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2724                my ($new_loc, @all);
2725                @all = split (//, $loc);
2726                my $count = 0;
2727                foreach my $i (@all){
2728                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2729                        $new_loc .= " " . $i;
2730                    }
2731                    else{
2732                        $new_loc .= $i;
2733                    }
2734                    $count++;
2735                }
2736                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2737      }      }
     return (%column);  
2738    
2739            foreach my $id (@$ids){
2740                my (@values, $entry);
2741                #@values = (" ");
2742                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2743                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2744                    foreach my $code (@ncodes){
2745                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2746                    }
2747                }
2748                else{
2749                    @values = ("Not available");
2750                }
2751    
2752                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2753                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2754            }
2755        }
2756        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2757                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2758            if (! defined $attributes) {
2759                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2760                $attributes = \@attributes_array;
2761            }
2762    
2763            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2764            foreach my $key (@codes){
2765                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2766  }  }
2767    
2768  sub get_aliases {          foreach my $id (@$ids){
2769      my ($ids,$fig) = @_;              my (@values, $entry);
2770                #@values = (" ");
2771                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2772                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2773                    foreach my $code (@ncodes){
2774                        push (@values, $code);
2775                    }
2776                }
2777                else{
2778                    @values = ("Not available");
2779                }
2780    
2781                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2782                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2783            }
2784        }
2785        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2786                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2787                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2788                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2789                ($colName eq 'gc_content') ) {
2790            if (! defined $attributes) {
2791                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2792                $attributes = \@attributes_array;
2793            }
2794    
2795            my $genomes_with_phenotype;
2796            foreach my $attribute (@$attributes){
2797                my $genome = $attribute->[0];
2798                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2799            }
2800    
2801            foreach my $id (@$ids){
2802                my $genome = $fig->genome_of($id);
2803                my @values = (' ');
2804                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2805                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2806                }
2807                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2808                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2809            }
2810        }
2811    
2812        return $column;
2813    }
2814    
2815    
2816    sub get_db_aliases {
2817        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2818    
2819        my $db_array;
2820      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2821      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2822          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2823              my $id_db = &Observation::get_database($alias);              my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2824              next if ($aliases->{$id}->{$id_db});              next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
2825                next if ($aliases->{$id}->{$db});
2826              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2827          }          }
2828            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
2829                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
2830      }      }
2831      return ($aliases);          #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
2832            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
2833  }  }
2834    
2835        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
2836        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
2837    }
2838    
2839    
2840    
2841  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2842    
2843  sub color {  sub color {
# Line 2930  Line 3276 
3276      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
3277      my $count = 0;      my $count = 0;
3278      my $peg_array = [];      my $peg_array = [];
3279      my (%evidence_column, %subsystems_column,  %e_identical);      my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3280    
3281      if (@$dataset != 1){      if (@$dataset != 1){
3282          foreach my $thing (@$dataset){          foreach my $thing (@$dataset){
# Line 2939  Line 3285 
3285              }              }
3286          }          }
3287          # get the column for the evidence codes          # get the column for the evidence codes
3288          %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);          $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3289    
3290          # get the column for the subsystems          # get the column for the subsystems
3291          %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);          $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3292    
3293          # get essentially identical seqs          # get essentially identical seqs
3294          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
# Line 2956  Line 3302 
3302          last if ($count > 10);          last if ($count > 10);
3303          my $row_data = [];          my $row_data = [];
3304          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3305            if ($fig->org_of($id)){
3306          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
3307            }
3308            else{
3309                $org = "Data not available";
3310            }
3311          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
3312          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
3313              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
# Line 2971  Line 3322 
3322    
3323          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);
3324          push(@$row_data,$org);          push(@$row_data,$org);
3325          push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3326          push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3327          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3328          push(@$row_data,$function_cell);          push(@$row_data,$function_cell);
3329          push(@$all_rows,$row_data);          push(@$all_rows,$row_data);

Legend:
Removed from v.1.59  
changed lines
  Added in v.1.66

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3