[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.59, Mon Jun 2 05:05:35 2008 UTC revision 1.63, Tue Jul 15 16:28:06 2008 UTC
# Line 374  Line 374 
374    
375  }  }
376    
377    =head
378        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
379    =cut
380    
381    sub get_attributes{
382        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
383        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
384        return @attributes;
385    }
386    
387  =head3 get_sims_objects()  =head3 get_sims_objects()
388    
389  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
# Line 695  Line 705 
705  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
706      my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
707    
708      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter);      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter, $sim_filters);
709      if ($parameters->{flag}){      if ($parameters->{flag}){
710        $max_sims = $parameters->{max_sims};        $max_sims = $parameters->{max_sims};
711        $max_expand = $parameters->{max_expand};        $max_expand = $parameters->{max_expand};
712        $max_eval = $parameters->{max_eval};        $max_eval = $parameters->{max_eval};
713        $db_filter = $parameters->{db_filter};        $db_filter = $parameters->{db_filter};
714        $sim_order = $parameters->{sim_order};        $sim_filters->{ sort_by } = $parameters->{sim_order};
715          #$sim_order = $parameters->{sim_order};
716        $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));        $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
717      }      }
718      else{      else{
# Line 709  Line 720 
720        $max_expand = 5;        $max_expand = 5;
721        $max_eval = 1e-5;        $max_eval = 1e-5;
722        $db_filter = "figx";        $db_filter = "figx";
723        $sim_order = "id";        $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
724          #$sim_order = "id";
725      }      }
726    
727      my($id, $genome, @genomes, %sims);      my($id, $genome, @genomes, %sims);
728      my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand);      my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
729      @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;      @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
730      my ($dataset);      my ($dataset);
731    
# Line 1757  Line 1769 
1769      my $hit_stop = $thing->hstop;      my $hit_stop = $thing->hstop;
1770      my $ln_query = $thing->qlength;      my $ln_query = $thing->qlength;
1771      my $ln_hit = $thing->hlength;      my $ln_hit = $thing->hlength;
1772      my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);  #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1773      my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);  #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1774        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1775        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1776    
1777      my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;      my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1778    
# Line 1766  Line 1780 
1780      my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",      my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1781                          'short_title' => "$abbrev_name",                          'short_title' => "$abbrev_name",
1782                          'title_link' => '$tax_link',                          'title_link' => '$tax_link',
1783                          'basepair_offset' => '0'                          'basepair_offset' => '0',
1784                            'no_middle_line' => '1'
1785                          };                          };
1786    
1787      # query sequence title      # query sequence title
# Line 1776  Line 1791 
1791      my $query_config = { 'title' => "Query",      my $query_config = { 'title' => "Query",
1792                           'short_title' => "Query",                           'short_title' => "Query",
1793                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1794                           'basepair_offset' => '0'                           'basepair_offset' => '0',
1795                             'no_middle_line' => '1'
1796                           };                           };
1797      my $line_data = [];      my $line_data = [];
1798      my $query_data = [];      my $query_data = [];
# Line 2066  Line 2082 
2082  =cut  =cut
2083    
2084  sub display_table {  sub display_table {
2085      my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;      my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2086        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2087    
2088      my $data = [];      my $scroll_list;
2089      my $count = 0;      foreach my $col (@$show_columns){
2090      my $content;          push (@$scroll_list, $col->{key});
2091      my $cgi = new CGI;      }
     my @ids;  
     $lineages = $fig->taxonomy_list();  
2092    
2093        push (@ids, $query_fid);
2094      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
2095          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2096          push (@ids, $thing->acc);          push (@ids, $thing->acc);
2097      }      }
2098    
2099      my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical, $function_color);      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2100      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2101    
2102      # get the column for the subsystems      # get the column for the subsystems
2103      %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);      $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash') if (grep /subsystem/, @$scroll_list);
2104    
2105      # get the column for the evidence codes      # get the column for the evidence codes
2106      %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2107    
2108      # get the column for pfam_domain      # get the column for pfam_domain
2109      %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2110    
2111        # get the column for molecular weight
2112        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2113    
2114        # get the column for organism's habitat
2115        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2116    
2117        # get the column for organism's temperature optimum
2118        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2119    
2120        # get the column for organism's temperature range
2121        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2122    
2123        # get the column for organism's oxygen requirement
2124        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2125    
2126        # get the column for organism's pathogenicity
2127        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2128    
2129        # get the column for organism's pathogenicity host
2130        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2131    
2132        # get the column for organism's salinity
2133        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2134    
2135        # get the column for organism's motility
2136        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2137    
2138        # get the column for organism's gram stain
2139        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2140    
2141        # get the column for organism's endospores
2142        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2143    
2144        # get the column for organism's shape
2145        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2146    
2147        # get the column for organism's disease
2148        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2149    
2150        # get the column for organism's disease
2151        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2152    
2153        # get the column for transmembrane domains
2154        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2155    
2156        # get the column for similar to human
2157        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2158    
2159        # get the column for signal peptide
2160        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2161    
2162        # get the column for transmembrane domains
2163        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2164    
2165        # get the column for conserved neighborhood
2166        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2167    
2168        # get the column for cellular location
2169        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2170    
2171        # get the aliases
2172        my $alias_col;
2173        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2174             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2175             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2176             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2177             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2178            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2179        }
2180    
2181      # get the colors for the function cell      # get the colors for the function cell
2182      my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);      my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2183      $function_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);      $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2184      my $query_function = $fig->function_of($query_fid);      my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2185    
2186      %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);  
     #my $alias_col = {};  
2187    
2188      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2189      my $figfams = new FFs($figfam_data);      my $figfams = new FFs($figfam_data);
2190    
2191      my $func_color_offset=0;      my $func_color_offset=0;
2192        unshift(@$dataset, $query_fid);
2193      foreach my $thing ( @$dataset){      foreach my $thing ( @$dataset){
2194            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2);
2195            if ($thing eq $query_fid){
2196                $id = $thing;
2197                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2198                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2199                $current_function = $fig->function_of($id);
2200            }
2201            else{
2202          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2203    
2204                $id      = $thing->acc;
2205                $evalue  = $thing->evalue;
2206                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2207                $iden    = $thing->identity;
2208                $organism= $thing->organism;
2209                $ln1     = $thing->qlength;
2210                $ln2     = $thing->hlength;
2211                $b1      = $thing->qstart;
2212                $e1      = $thing->qstop;
2213                $b2      = $thing->hstart;
2214                $e2      = $thing->hstop;
2215                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2216                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2217                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2218                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2219                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2220                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2221                $current_function = $thing->function;
2222            }
2223    
2224          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
2225          $count++;          $count++;
2226    
         my $id      = $thing->acc;  
         my $taxid   = $fig->genome_of($id);  
         my $iden    = $thing->identity;  
         my $ln1     = $thing->qlength;  
         my $ln2     = $thing->hlength;  
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );  
         my $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );  
         my $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};  
         my $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};  
   
2227          # organisms cell          # organisms cell
2228          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2229          my $org_cell = { 'data' =>  $thing->organism, 'highlight' => $org_color};          my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2230    
2231          # checkbox cell          # checkbox cell
2232          my ($box_cell,$tax);          my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2233          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2234          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2235          my $cell_name = "cell_". $id;          my $cell_name = "cell_". $id;
2236          my $replace_id = $id;          my $replace_id = $id;
2237          $replace_id =~ s/\|/_/ig;          $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2238            my $white = '#ffffff';
2239            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2240            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2241          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2242            my $checked = ""; $checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2243          if ($id =~ /^fig\|/){          if ($id =~ /^fig\|/){
2244            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');">);            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>);
2245              my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" >);
2246            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2247            ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;            $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2248              $tax = $fig->genome_of($id);
2249          }          }
2250          else{          else{
2251            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
# Line 2153  Line 2257 
2257          my $fig_data =  "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;          my $fig_data =  "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;
2258          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2259          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2260                         'highlight'=>"#ffffff"};                         'highlight'=>$white};
2261    
2262      $replace_id = $peg;      $replace_id = $peg;
2263      $replace_id =~ s/\|/_/ig;      $replace_id =~ s/\|/_/ig;
# Line 2163  Line 2267 
2267                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2268                           'basepair_offset' => '0'                           'basepair_offset' => '0'
2269                           };                           };
2270    
2271          # function cell          # function cell
2272          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2273                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2274                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2275          my $current_function =  $thing->function;  
2276          my $function_color = $function_cell_colors->{ $function_color->{$current_function} - $func_color_offset};          my $function_color;
2277            if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2278                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2279            }
2280            else{
2281                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2282            }
2283          my $function_cell;          my $function_cell;
2284          if ($current_function){          if ($current_function){
2285            if ($current_function eq $query_function){            if ($current_function eq $query_function){
# Line 2183  Line 2294 
2294            $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};            $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2295          }          }
2296    
2297          push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $thing->evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},          if ($id eq $query_fid){
2298                push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2299                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2300                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white});  # permanent columns
2301            }
2302            else{
2303                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2304                 {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);   # permanent columns                 {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);   # permanent columns
2305            }
2306    
2307            if ( ( $application->session->user) ){
2308                #my $user = $application->session->user;
2309                #if ($user && $user->has_right($application, 'annotate', 'genome', $fig->genome_of($id))) {
2310                #if ( ($application->session->user->login) && ($application->session->user->login eq "arodri")){
2311                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2312                #}
2313            }
2314    
2315          my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);          my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2316    
2317          foreach my $col (sort keys %$scroll_list){          foreach my $col (@$scroll_list){
2318              if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}              if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2319              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}              else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2320              elsif ($col =~ /pfam_domains/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}  
2321              elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>"#ffffff"});}              if ($col =~ /subsystem/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2322              elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2323              elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2324              elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2325              elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2326              elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2327              elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2328              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2329              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2330              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2331              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2332              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}              elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2333              #elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff_hash->{$id} . "' target='_new'>" . $ff_hash->{$id} . "</a>");}              elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2334              elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2335                elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2336                elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2337                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2338                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2339                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2340                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2341                elsif ($col =~ /conserved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2342                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2343                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2344                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2345                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2346                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2347                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2348                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2349                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2350                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2351                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2352                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2353                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2354                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2355          }          }
2356          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
2357      }      }
# Line 2215  Line 2361 
2361      else{      else{
2362          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2363      }      }
2364        shift(@$dataset);
2365      return ($content);      return ($content);
2366  }  }
2367    
# Line 2230  Line 2377 
2377      return (%column);      return (%column);
2378  }  }
2379    
2380    sub get_figfam_column{
2381        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2382        my $column;
2383    
2384        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2385        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2386    
2387        foreach my $id (@$ids){
2388            my ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2389            if ($ff){
2390                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2391            }
2392            else{
2393                push (@$column, " ");
2394            }
2395        }
2396    
2397        return $column;
2398    }
2399    
2400  sub get_subsystems_column{  sub get_subsystems_column{
2401      my ($ids,$fig) = @_;      my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2402    
     #my $fig = new FIG;  
     my $cgi = new CGI;  
2403      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2404      my %column;      my ($column, $ss);
2405      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2406          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2407          my @subsystems;          my @subsystems;
2408    
2409          if (@in_sub > 0) {          if (@in_sub > 0) {
2410              foreach my $array(@in_sub){              foreach my $array(@in_sub){
2411                  my $ss = $$array[0];                  my $ss = $array->[0];
2412                  $ss =~ s/_/ /ig;                  $ss =~ s/_/ /ig;
2413                  push (@subsystems, "-" . $ss);                  push (@subsystems, "-" . $ss);
2414              }              }
2415              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2416              $column{$id} = $in_sub_line;              $ss->{$id} = $in_sub_line;
2417          } else {          } else {
2418              $column{$id} = "&nbsp;";              $ss->{$id} = "None added";
2419          }          }
2420            push (@$column, $ss->{$id});
2421      }      }
2422      return (%column);  
2423        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2424        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2425    }
2426    
2427    sub get_lineage_column{
2428        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2429    
2430        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2431    
2432        foreach my $id (@$ids){
2433            my $genome = $fig->genome_of($id);
2434            if ($lineages->{$genome}){
2435    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2436                push (@$column, $lineages->{$genome});
2437            }
2438            else{
2439                push (@$column, " ");
2440            }
2441        }
2442        return $column;
2443  }  }
2444    
2445  sub match_color {  sub match_color {
# Line 2373  Line 2559 
2559    
2560    
2561  sub get_evidence_column{  sub get_evidence_column{
2562      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2563      #my $fig = new FIG;      my ($column, $code_attributes);
2564      my $cgi = new CGI;  
2565      my (%column, %code_attributes);      if (! defined $attributes) {
2566            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2567            $attributes = \@attributes_array;
2568        }
2569    
2570      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2571      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2572          push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);          push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2573      }      }
2574    
2575      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2576          # add evidence code with tool tip          # add evidence code with tool tip
2577          my $ev_codes=" &nbsp; ";          my $ev_codes=" &nbsp; ";
2578    
2579          my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});          my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2580          my @ev_codes = ();          my @ev_codes = ();
2581          foreach my $code (@codes) {          foreach my $code (@codes) {
2582              my $pretty_code = $code->[2];              my $pretty_code = $code->[2];
# Line 2405  Line 2594 
2594                                  {                                  {
2595                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2596          }          }
2597          $column{$id}=$ev_codes;  
2598            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2599            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2600      }      }
2601      return (%column);      return $column;
2602  }  }
2603    
2604  sub get_pfam_column{  sub get_attrb_column{
2605      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2606      #my $fig = new FIG;  
2607      my $cgi = new CGI;      my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
     my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);  
2608      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2609                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,
2610                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,
2611                                  -password => $WebConfig::DBPWD);                                  -password => $WebConfig::DBPWD);
2612    
2613      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;      if ($colName eq "pfam"){
2614            if (! defined $attributes) {
2615                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2616                $attributes = \@attributes_array;
2617            }
2618    
2619            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2620      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2621          my $name = $key->[1];          my $name = $key->[1];
2622          if ($name =~ /_/){          if ($name =~ /_/){
# Line 2431  Line 2627 
2627      }      }
2628    
2629      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2630          # add evidence code              # add pfam code
2631          my $pfam_codes=" &nbsp; ";          my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2632          my @pfam_codes = "";          my @pfam_codes = "";
2633          my %description_codes;          my %description_codes;
# Line 2466  Line 2662 
2662                  }                  }
2663                  else {                  else {
2664                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2665                      $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};                          $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2666                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2667                  }                  }
2668              }              }
2669    
2670                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2671                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2672                }
2673            }
2674        }
2675        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2676            if (! defined $attributes) {
2677                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2678                $attributes = \@attributes_array;
2679          }          }
2680    
2681          $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2682            foreach my $key (@codes){
2683                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2684                my ($new_loc, @all);
2685                @all = split (//, $loc);
2686                my $count = 0;
2687                foreach my $i (@all){
2688                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2689                        $new_loc .= " " . $i;
2690                    }
2691                    else{
2692                        $new_loc .= $i;
2693                    }
2694                    $count++;
2695                }
2696                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2697      }      }
     return (%column);  
2698    
2699            foreach my $id (@$ids){
2700                my (@values, $entry);
2701                #@values = (" ");
2702                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2703                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2704                    foreach my $code (@ncodes){
2705                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2706  }  }
2707                }
2708                else{
2709                    @values = ("Not available");
2710                }
2711    
2712                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2713                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2714            }
2715        }
2716        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2717                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2718            if (! defined $attributes) {
2719                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2720                $attributes = \@attributes_array;
2721            }
2722    
2723            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2724            foreach my $key (@codes){
2725                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2726            }
2727    
2728            foreach my $id (@$ids){
2729                my (@values, $entry);
2730                #@values = (" ");
2731                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2732                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2733                    foreach my $code (@ncodes){
2734                        push (@values, $code);
2735                    }
2736                }
2737                else{
2738                    @values = ("Not available");
2739                }
2740    
2741                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2742                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2743            }
2744        }
2745        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2746                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2747                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2748                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2749                ($colName eq 'gc_content') ) {
2750            if (! defined $attributes) {
2751                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2752                $attributes = \@attributes_array;
2753            }
2754    
2755            my $genomes_with_phenotype;
2756            foreach my $attribute (@$attributes){
2757                my $genome = $attribute->[0];
2758                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2759            }
2760    
2761            foreach my $id (@$ids){
2762                my $genome = $fig->genome_of($id);
2763                my @values = (' ');
2764                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2765                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2766                }
2767                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2768                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2769            }
2770        }
2771    
2772        return $column;
2773    }
2774    
2775    
2776  sub get_aliases {  sub get_db_aliases {
2777      my ($ids,$fig) = @_;      my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2778    
2779        my $db_array;
2780      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2781      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2782          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2783              my $id_db = &Observation::get_database($alias);              my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2784              next if ($aliases->{$id}->{$id_db});              next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
2785                next if ($aliases->{$id}->{$db});
2786              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2787          }          }
2788            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
2789                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
2790      }      }
2791      return ($aliases);          #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
2792            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
2793  }  }
2794    
2795        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
2796        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
2797    }
2798    
2799    
2800    
2801  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2802    
2803  sub color {  sub color {
# Line 2930  Line 3236 
3236      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
3237      my $count = 0;      my $count = 0;
3238      my $peg_array = [];      my $peg_array = [];
3239      my (%evidence_column, %subsystems_column,  %e_identical);      my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3240    
3241      if (@$dataset != 1){      if (@$dataset != 1){
3242          foreach my $thing (@$dataset){          foreach my $thing (@$dataset){
# Line 2939  Line 3245 
3245              }              }
3246          }          }
3247          # get the column for the evidence codes          # get the column for the evidence codes
3248          %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);          $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3249    
3250          # get the column for the subsystems          # get the column for the subsystems
3251          %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);          $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3252    
3253          # get essentially identical seqs          # get essentially identical seqs
3254          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
# Line 2971  Line 3277 
3277    
3278          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);
3279          push(@$row_data,$org);          push(@$row_data,$org);
3280          push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3281          push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3282          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3283          push(@$row_data,$function_cell);          push(@$row_data,$function_cell);
3284          push(@$all_rows,$row_data);          push(@$all_rows,$row_data);

Legend:
Removed from v.1.59  
changed lines
  Added in v.1.63

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3