[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.59, Mon Jun 2 05:05:35 2008 UTC revision 1.61, Wed Jul 2 15:53:50 2008 UTC
# Line 374  Line 374 
374    
375  }  }
376    
377    =head
378        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
379    =cut
380    
381    sub get_attributes{
382        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
383        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
384        return @attributes;
385    }
386    
387  =head3 get_sims_objects()  =head3 get_sims_objects()
388    
389  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
# Line 1757  Line 1767 
1767      my $hit_stop = $thing->hstop;      my $hit_stop = $thing->hstop;
1768      my $ln_query = $thing->qlength;      my $ln_query = $thing->qlength;
1769      my $ln_hit = $thing->hlength;      my $ln_hit = $thing->hlength;
1770      my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);  #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1771      my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);  #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1772        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1773        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1774    
1775      my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;      my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1776    
# Line 1766  Line 1778 
1778      my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",      my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1779                          'short_title' => "$abbrev_name",                          'short_title' => "$abbrev_name",
1780                          'title_link' => '$tax_link',                          'title_link' => '$tax_link',
1781                          'basepair_offset' => '0'                          'basepair_offset' => '0',
1782                            'no_middle_line' => '1'
1783                          };                          };
1784    
1785      # query sequence title      # query sequence title
# Line 1776  Line 1789 
1789      my $query_config = { 'title' => "Query",      my $query_config = { 'title' => "Query",
1790                           'short_title' => "Query",                           'short_title' => "Query",
1791                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1792                           'basepair_offset' => '0'                           'basepair_offset' => '0',
1793                             'no_middle_line' => '1'
1794                           };                           };
1795      my $line_data = [];      my $line_data = [];
1796      my $query_data = [];      my $query_data = [];
# Line 2066  Line 2080 
2080  =cut  =cut
2081    
2082  sub display_table {  sub display_table {
2083      my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;      my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2084        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2085    
2086      my $data = [];      my $scroll_list;
2087      my $count = 0;      foreach my $col (@$show_columns){
2088      my $content;          push (@$scroll_list, $col->{key});
2089      my $cgi = new CGI;      }
     my @ids;  
     $lineages = $fig->taxonomy_list();  
2090    
2091        push (@ids, $query_fid);
2092      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
2093          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2094          push (@ids, $thing->acc);          push (@ids, $thing->acc);
2095      }      }
2096    
2097      my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical, $function_color);      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2098      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2099    
2100      # get the column for the subsystems      # get the column for the subsystems
2101      %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);      $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash') if (grep /subsystem/, @$scroll_list);
2102    
2103      # get the column for the evidence codes      # get the column for the evidence codes
2104      %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2105    
2106      # get the column for pfam_domain      # get the column for pfam_domain
2107      %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2108    
2109        # get the column for molecular weight
2110        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2111    
2112        # get the column for organism's habitat
2113        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2114    
2115        # get the column for organism's temperature optimum
2116        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2117    
2118        # get the column for organism's temperature range
2119        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2120    
2121        # get the column for organism's oxygen requirement
2122        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2123    
2124        # get the column for organism's pathogenicity
2125        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2126    
2127        # get the column for organism's pathogenicity host
2128        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2129    
2130        # get the column for organism's salinity
2131        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2132    
2133        # get the column for organism's motility
2134        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2135    
2136        # get the column for organism's gram stain
2137        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2138    
2139        # get the column for organism's endospores
2140        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2141    
2142        # get the column for organism's shape
2143        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2144    
2145        # get the column for organism's disease
2146        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2147    
2148        # get the column for organism's disease
2149        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2150    
2151        # get the column for transmembrane domains
2152        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2153    
2154        # get the column for similar to human
2155        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2156    
2157        # get the column for signal peptide
2158        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2159    
2160        # get the column for transmembrane domains
2161        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2162    
2163        # get the column for conserved neighborhood
2164        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2165    
2166        # get the column for cellular location
2167        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2168    
2169        # get the aliases
2170        my $alias_col;
2171        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2172             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2173             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2174             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2175             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2176            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2177        }
2178    
2179      # get the colors for the function cell      # get the colors for the function cell
2180      my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);      my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2181      $function_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);      $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2182      my $query_function = $fig->function_of($query_fid);      my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2183    
2184      %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);  
     #my $alias_col = {};  
2185    
2186      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2187      my $figfams = new FFs($figfam_data);      my $figfams = new FFs($figfam_data);
2188    
2189      my $func_color_offset=0;      my $func_color_offset=0;
2190        unshift(@$dataset, $query_fid);
2191      foreach my $thing ( @$dataset){      foreach my $thing ( @$dataset){
2192            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2);
2193            if ($thing eq $query_fid){
2194                $id = $thing;
2195                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2196                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2197                $current_function = $fig->function_of($id);
2198            }
2199            else{
2200          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2201    
2202                $id      = $thing->acc;
2203                $evalue  = $thing->evalue;
2204                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2205                $iden    = $thing->identity;
2206                $organism= $thing->organism;
2207                $ln1     = $thing->qlength;
2208                $ln2     = $thing->hlength;
2209                $b1      = $thing->qstart;
2210                $e1      = $thing->qstop;
2211                $b2      = $thing->hstart;
2212                $e2      = $thing->hstop;
2213                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2214                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2215                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2216                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2217                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2218                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2219                $current_function = $thing->function;
2220            }
2221    
2222          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
2223          $count++;          $count++;
2224    
         my $id      = $thing->acc;  
         my $taxid   = $fig->genome_of($id);  
         my $iden    = $thing->identity;  
         my $ln1     = $thing->qlength;  
         my $ln2     = $thing->hlength;  
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );  
         my $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );  
         my $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};  
         my $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};  
   
2225          # organisms cell          # organisms cell
2226          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2227          my $org_cell = { 'data' =>  $thing->organism, 'highlight' => $org_color};          my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2228    
2229          # checkbox cell          # checkbox cell
2230          my ($box_cell,$tax);          my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2231          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2232          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2233          my $cell_name = "cell_". $id;          my $cell_name = "cell_". $id;
2234          my $replace_id = $id;          my $replace_id = $id;
2235          $replace_id =~ s/\|/_/ig;          $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2236            my $white = '#ffffff';
2237            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2238            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2239          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;          my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2240          if ($id =~ /^fig\|/){          if ($id =~ /^fig\|/){
2241            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');">);            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');">);
2242              my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" >);
2243            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};            $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2244            ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;            $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2245              $tax = $fig->genome_of($id);
2246          }          }
2247          else{          else{
2248            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);            my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
# Line 2153  Line 2254 
2254          my $fig_data =  "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;          my $fig_data =  "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;
2255          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2256          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2257                         'highlight'=>"#ffffff"};                         'highlight'=>$white};
2258    
2259      $replace_id = $peg;      $replace_id = $peg;
2260      $replace_id =~ s/\|/_/ig;      $replace_id =~ s/\|/_/ig;
# Line 2163  Line 2264 
2264                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",                           'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2265                           'basepair_offset' => '0'                           'basepair_offset' => '0'
2266                           };                           };
2267    
2268          # function cell          # function cell
2269          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2270                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2271                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2272          my $current_function =  $thing->function;  
2273          my $function_color = $function_cell_colors->{ $function_color->{$current_function} - $func_color_offset};          my $function_color;
2274            if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2275                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2276            }
2277            else{
2278                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2279            }
2280          my $function_cell;          my $function_cell;
2281          if ($current_function){          if ($current_function){
2282            if ($current_function eq $query_function){            if ($current_function eq $query_function){
# Line 2183  Line 2291 
2291            $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};            $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2292          }          }
2293    
2294          push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $thing->evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},          if ($id eq $query_fid){
2295                push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2296                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2297                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white});  # permanent columns
2298            }
2299            else{
2300                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2301                 {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);   # permanent columns                 {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);   # permanent columns
2302            }
2303    
2304            if ( ( $application->session->user) ){
2305                if ( ($application->session->user->login) && ($application->session->user->login eq "arodri")){
2306                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2307                }
2308            }
2309    
2310          my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);          my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2311    
2312          foreach my $col (sort keys %$scroll_list){          foreach my $col (@$scroll_list){
2313              if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}              if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2314              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}              else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2315              elsif ($col =~ /pfam_domains/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column{$id},'highlight'=>"#ffffff"});}  
2316              elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>"#ffffff"});}              if ($col =~ /subsystem/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2317              elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2318              elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2319              elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2320              elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2321              elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2322              elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2323              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2324              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2325              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2326              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2327              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}              elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2328              #elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff_hash->{$id} . "' target='_new'>" . $ff_hash->{$id} . "</a>");}              elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2329              elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>"#ffffff"});}              elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2330                elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2331                elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2332                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2333                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2334                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2335                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2336                elsif ($col =~ /conserved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2337                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2338                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2339                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2340                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2341                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2342                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2343                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2344                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2345                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2346                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2347                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2348                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2349                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2350          }          }
2351          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
2352      }      }
# Line 2215  Line 2356 
2356      else{      else{
2357          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2358      }      }
2359        shift(@$dataset);
2360      return ($content);      return ($content);
2361  }  }
2362    
# Line 2230  Line 2372 
2372      return (%column);      return (%column);
2373  }  }
2374    
2375    sub get_figfam_column{
2376        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2377        my $column;
2378    
2379        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2380        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2381    
2382        foreach my $id (@$ids){
2383            my ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2384            if ($ff){
2385                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2386            }
2387            else{
2388                push (@$column, " ");
2389            }
2390        }
2391    
2392        return $column;
2393    }
2394    
2395  sub get_subsystems_column{  sub get_subsystems_column{
2396      my ($ids,$fig) = @_;      my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2397    
     #my $fig = new FIG;  
     my $cgi = new CGI;  
2398      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2399      my %column;      my ($column, $ss);
2400      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2401          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2402          my @subsystems;          my @subsystems;
2403    
2404          if (@in_sub > 0) {          if (@in_sub > 0) {
2405              foreach my $array(@in_sub){              foreach my $array(@in_sub){
2406                  my $ss = $$array[0];                  my $ss = $array->[0];
2407                  $ss =~ s/_/ /ig;                  $ss =~ s/_/ /ig;
2408                  push (@subsystems, "-" . $ss);                  push (@subsystems, "-" . $ss);
2409              }              }
2410              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2411              $column{$id} = $in_sub_line;              $ss->{$id} = $in_sub_line;
2412          } else {          } else {
2413              $column{$id} = "&nbsp;";              $ss->{$id} = "None added";
2414          }          }
2415            push (@$column, $ss->{$id});
2416      }      }
2417      return (%column);  
2418        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2419        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2420    }
2421    
2422    sub get_lineage_column{
2423        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2424    
2425        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2426    
2427        foreach my $id (@$ids){
2428            my $genome = $fig->genome_of($id);
2429            if ($lineages->{$genome}){
2430    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2431                push (@$column, $lineages->{$genome});
2432            }
2433            else{
2434                push (@$column, " ");
2435            }
2436        }
2437        return $column;
2438  }  }
2439    
2440  sub match_color {  sub match_color {
# Line 2373  Line 2554 
2554    
2555    
2556  sub get_evidence_column{  sub get_evidence_column{
2557      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2558      #my $fig = new FIG;      my ($column, $code_attributes);
2559      my $cgi = new CGI;  
2560      my (%column, %code_attributes);      if (! defined $attributes) {
2561            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2562            $attributes = \@attributes_array;
2563        }
2564    
2565      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2566      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2567          push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);          push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2568      }      }
2569    
2570      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2571          # add evidence code with tool tip          # add evidence code with tool tip
2572          my $ev_codes=" &nbsp; ";          my $ev_codes=" &nbsp; ";
2573    
2574          my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});          my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2575          my @ev_codes = ();          my @ev_codes = ();
2576          foreach my $code (@codes) {          foreach my $code (@codes) {
2577              my $pretty_code = $code->[2];              my $pretty_code = $code->[2];
# Line 2405  Line 2589 
2589                                  {                                  {
2590                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2591          }          }
2592          $column{$id}=$ev_codes;  
2593            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2594            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2595      }      }
2596      return (%column);      return $column;
2597  }  }
2598    
2599  sub get_pfam_column{  sub get_attrb_column{
2600      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2601      #my $fig = new FIG;  
2602      my $cgi = new CGI;      my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
     my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);  
2603      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2604                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,                                  -host     => $WebConfig::DBHOST,
2605                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,                                  -user     => $WebConfig::DBUSER,
2606                                  -password => $WebConfig::DBPWD);                                  -password => $WebConfig::DBPWD);
2607    
2608      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;      if ($colName eq "pfam"){
2609            if (! defined $attributes) {
2610                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2611                $attributes = \@attributes_array;
2612            }
2613    
2614            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2615      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2616          my $name = $key->[1];          my $name = $key->[1];
2617          if ($name =~ /_/){          if ($name =~ /_/){
# Line 2431  Line 2622 
2622      }      }
2623    
2624      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2625          # add evidence code              # add pfam code
2626          my $pfam_codes=" &nbsp; ";          my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2627          my @pfam_codes = "";          my @pfam_codes = "";
2628          my %description_codes;          my %description_codes;
# Line 2466  Line 2657 
2657                  }                  }
2658                  else {                  else {
2659                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2660                      $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};                          $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2661                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2662                  }                  }
2663              }              }
2664    
2665                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2666                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2667                }
2668            }
2669        }
2670        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2671            if (! defined $attributes) {
2672                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2673                $attributes = \@attributes_array;
2674          }          }
2675    
2676          $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2677            foreach my $key (@codes){
2678                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2679                my ($new_loc, @all);
2680                @all = split (//, $loc);
2681                my $count = 0;
2682                foreach my $i (@all){
2683                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2684                        $new_loc .= " " . $i;
2685                    }
2686                    else{
2687                        $new_loc .= $i;
2688                    }
2689                    $count++;
2690                }
2691                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2692      }      }
     return (%column);  
2693    
2694            foreach my $id (@$ids){
2695                my (@values, $entry);
2696                #@values = (" ");
2697                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2698                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2699                    foreach my $code (@ncodes){
2700                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2701  }  }
2702                }
2703                else{
2704                    @values = ("Not available");
2705                }
2706    
2707                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2708                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2709            }
2710        }
2711        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2712                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2713            if (! defined $attributes) {
2714                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2715                $attributes = \@attributes_array;
2716            }
2717    
2718            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2719            foreach my $key (@codes){
2720                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2721            }
2722    
2723            foreach my $id (@$ids){
2724                my (@values, $entry);
2725                #@values = (" ");
2726                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2727                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2728                    foreach my $code (@ncodes){
2729                        push (@values, $code);
2730                    }
2731                }
2732                else{
2733                    @values = ("Not available");
2734                }
2735    
2736                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2737                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2738            }
2739        }
2740        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2741                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2742                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2743                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2744                ($colName eq 'gc_content') ) {
2745            if (! defined $attributes) {
2746                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2747                $attributes = \@attributes_array;
2748            }
2749    
2750            my $genomes_with_phenotype;
2751            foreach my $attribute (@$attributes){
2752                my $genome = $attribute->[0];
2753                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2754            }
2755    
2756            foreach my $id (@$ids){
2757                my $genome = $fig->genome_of($id);
2758                my @values = (' ');
2759                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2760                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2761                }
2762                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2763                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2764            }
2765        }
2766    
2767        return $column;
2768    }
2769    
2770    
2771  sub get_aliases {  sub get_db_aliases {
2772      my ($ids,$fig) = @_;      my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2773    
2774        my $db_array;
2775      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2776      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2777          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2778              my $id_db = &Observation::get_database($alias);              my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2779              next if ($aliases->{$id}->{$id_db});              next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
2780                next if ($aliases->{$id}->{$db});
2781              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2782          }          }
2783            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
2784                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
2785      }      }
2786      return ($aliases);          #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
2787            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
2788  }  }
2789    
2790        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
2791        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
2792    }
2793    
2794    
2795    
2796  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2797    
2798  sub color {  sub color {
# Line 2930  Line 3231 
3231      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
3232      my $count = 0;      my $count = 0;
3233      my $peg_array = [];      my $peg_array = [];
3234      my (%evidence_column, %subsystems_column,  %e_identical);      my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3235    
3236      if (@$dataset != 1){      if (@$dataset != 1){
3237          foreach my $thing (@$dataset){          foreach my $thing (@$dataset){
# Line 2939  Line 3240 
3240              }              }
3241          }          }
3242          # get the column for the evidence codes          # get the column for the evidence codes
3243          %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);          $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3244    
3245          # get the column for the subsystems          # get the column for the subsystems
3246          %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);          $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3247    
3248          # get essentially identical seqs          # get essentially identical seqs
3249          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
# Line 2971  Line 3272 
3272    
3273          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);
3274          push(@$row_data,$org);          push(@$row_data,$org);
3275          push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3276          push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3277          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3278          push(@$row_data,$function_cell);          push(@$row_data,$function_cell);
3279          push(@$all_rows,$row_data);          push(@$all_rows,$row_data);

Legend:
Removed from v.1.59  
changed lines
  Added in v.1.61

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3