[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.51, Thu Dec 6 18:55:37 2007 UTC revision 1.52, Fri Feb 15 22:52:19 2008 UTC
# Line 8  Line 8 
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9    
10  use WebColors;  use WebColors;
11    use WebConfig;
12    
13  use FIG_Config;  use FIG_Config;
14  #use strict;  #use strict;
# Line 919  Line 920 
920      my ($self,$gd,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$fig) = @_;
921    
922      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
923      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
924                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
925                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
926                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
927    
928      my $acc = $self->acc;      my $acc = $self->acc;
929    
# Line 1178  Line 1182 
1182      my $db_and_id = $thing->acc;      my $db_and_id = $thing->acc;
1183      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1184    
1185      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1186                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1187                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1188                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1189    
1190      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1191      if($db eq "CDD"){      if($db eq "CDD"){
# Line 1293  Line 1300 
1300          my $db_and_id = $thing->acc;          my $db_and_id = $thing->acc;
1301          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1302    
1303          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1304                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1305                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1306                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1307    
1308          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1309          if($db eq "CDD"){          if($db eq "CDD"){
# Line 1817  Line 1827 
1827              }              }
1828          }          }
1829    
1830          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1831                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1832                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1833                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1834          my ($name_value,$description_value);          my ($name_value,$description_value);
1835    
1836          if($db eq "CDD"){          if($db eq "CDD"){
# Line 2101  Line 2114 
2114      #my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
2115      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
2116      my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);      my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);
2117      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2118                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
2119                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
2120                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
2121    
2122      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;
2123      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){

Legend:
Removed from v.1.51  
changed lines
  Added in v.1.52

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3