[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.50, Thu Dec 6 18:47:35 2007 UTC revision 1.76, Fri Mar 20 18:35:46 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3  use lib '/vol/ontologies';  #use lib '/vol/ontologies';
4  use DBMaster;  use DBMaster;
5  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
6    
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9    
10  use WebColors;  use WebColors;
11    use WebConfig;
12    
13  use FIG_Config;  use FIG_Config;
14    use LWP::Simple;
15  #use strict;  #use strict;
16  #use warnings;  #use warnings;
17  use HTML;  use HTML;
18    use FFs;
19    
20  1;  1;
21    
 # $Id$  
   
22  =head1 NAME  =head1 NAME
23    
24  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
# Line 319  Line 320 
320  =cut  =cut
321    
322  sub get_objects {  sub get_objects {
323      my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;      my ($self,$fid,$fig,$parameters,$scope) = @_;
324    
325      my $objects = [];      my $objects = [];
326      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
# Line 333  Line 334 
334      else{      else{
335          my %domain_classes;          my %domain_classes;
336          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
337          $domain_classes{'CDD'} = 1;          #$domain_classes{'CDD'} = 1;
338          $domain_classes{'PFAM'} = 1;          $domain_classes{'PFAM'} = 1;
339          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
340          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
341          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
342          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
343          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
# Line 374  Line 375 
375    
376  }  }
377    
378    =head3 get_attributes
379        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
380    =cut
381    
382    sub get_attributes{
383        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
384        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
385        return @attributes;
386    }
387    
388    =head3 get_sims_objects()
389    
390    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
391    
392    =cut
393    
394    sub get_sims_objects {
395        my ($self,$fid,$fig,$parameters) = @_;
396    
397        my $objects = [];
398        my @matched_datasets=();
399    
400        # call function that fetches attribute based observations
401        # returns an array of arrays of hashes
402        get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
403    
404        foreach my $dataset (@matched_datasets) {
405            my $object;
406            if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
407                $object = Observation::Sims->new($dataset);
408            }
409            push (@$objects, $object);
410        }
411        return $objects;
412    }
413    
414    
415  =head3 display_housekeeping  =head3 display_housekeeping
416  This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format  This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
417    
# Line 383  Line 421 
421      my $content = [];      my $content = [];
422      my $row = [];      my $row = [];
423    
424      my $org_name = $fig->org_of($fid);      my $org_name = "Data not available";
425        if ( $fig->org_of($fid)){
426            $org_name = $fig->org_of($fid);
427        }
428      my $org_id = $fig->genome_of($fid);      my $org_id = $fig->genome_of($fid);
429      my $function = $fig->function_of($fid);      my $function = $fig->function_of($fid);
430      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
# Line 414  Line 455 
455  =cut  =cut
456    
457  sub get_sims_summary {  sub get_sims_summary {
458      my ($observation, $fid, $taxes, $dataset, $fig) = @_;      my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
459      my %families;      my %families;
460      #my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");      my $taxes = $fig->taxonomy_list();
461    
462      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
463            my ($id, $evalue);
464            if ($thing =~ /fig\|/){
465                $id = $thing;
466                $evalue = -1;
467            }
468            else{
469          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
470                $id      = $thing->acc;
471          my $id      = $thing->acc;              $evalue  = $thing->evalue;
472          my $evalue  = $thing->evalue;          }
   
473          next if ($id !~ /fig\|/);          next if ($id !~ /fig\|/);
474          next if ($fig->is_deleted_fid($id));          next if ($fig->is_deleted_fid($id));
475    
476          my $genome = $fig->genome_of($id);          my $genome = $fig->genome_of($id);
477          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
478          #my $taxonomy = $taxes->{$genome1};          my $taxonomy = $taxes->{$genome};
         my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($genome); # use this if the taxonomies have been updated  
479          my $parent_tax = "Root";          my $parent_tax = "Root";
480          my @currLineage = ($parent_tax);          my @currLineage = ($parent_tax);
481          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){          push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
482              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);          my $level = 2;
483    
484            foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy),$id){
485              next if ($tax eq $parent_tax);
486              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
487              push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
488              $families{level}{$tax} = $level;
489              push (@currLineage, $tax);              push (@currLineage, $tax);
490              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
491              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
492              if (defined ($families{evalue}{$tax})){              if (defined ($families{evalue}{$tax})){
493                  if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){              if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
494                      $families{evalue}{$tax} = $evalue;                      $families{evalue}{$tax} = $evalue;
495                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
496                  }                  }
# Line 449  Line 501 
501              }              }
502    
503              $parent_tax = $tax;              $parent_tax = $tax;
504              $level++;
505          }          }
506      }      }
507    
# Line 459  Line 512 
512          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
513          $families{children}{$key} = \@out;          $families{children}{$key} = \@out;
514      }      }
515      return (\%families);  
516        return \%families;
517  }  }
518    
519  =head1 Internal Methods  =head1 Internal Methods
# Line 473  Line 527 
527  sub get_taxcolor{  sub get_taxcolor{
528      my ($evalue) = @_;      my ($evalue) = @_;
529      my $color;      my $color;
530      if ($evalue <= 1e-170){        $color = "#FF2000";    }      if ($evalue == -1){            $color = "black";      }
531        elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){        $color = "#FF2000";    }
532      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }
533      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }
534      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }
# Line 491  Line 546 
546    
547      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
548      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
549        my $seen = {};
550      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
551          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
552          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
553          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
554          my $name = $parts[1];          my $name = $parts[1];
555          next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));          next if ($seen->{$name});
556            $seen->{$name}++;
557            #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
558    
559          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
560              my $val = @$attr_ref[2];              my $val = @$attr_ref[2];
# Line 512  Line 569 
569                      $evalue = $part1."e-".$part2;                      $evalue = $part1."e-".$part2;
570                  }                  }
571                  elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){                  elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
572                      $evalue=$raw_evalue;                      #$evalue=$raw_evalue;
573                        my $part2 = 1000 - $1;
574                        my $part1 = $2/100;
575                        $evalue = $part1."e-".$part2;
576    
577                  }                  }
578                  else{                  else{
579                      $evalue = "0.0";                      $evalue = "0.0";
# Line 654  Line 715 
715  =cut  =cut
716    
717  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
718        my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
719    
720      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter, $sim_filters);
721      #my $fig = new FIG;      if ( (defined $parameters->{flag}) && ($parameters->{flag})){
722      my @sims= $fig->sims($fid,500,10,"fig");        $max_sims = $parameters->{max_sims};
723          $max_expand = $parameters->{max_expand};
724          $max_eval = $parameters->{max_eval};
725          $db_filter = $parameters->{db_filter};
726          $sim_filters->{ sort_by } = $parameters->{sim_order};
727          #$sim_order = $parameters->{sim_order};
728          $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
729        }
730        elsif ( (defined $parameters->{sims_db}) && ($parameters->{sims_db} eq 'all')){
731          $max_sims = 50;
732          $max_expand = 5;
733          $max_eval = 1e-5;
734          $db_filter = "all";
735          $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
736        }
737        else{
738          $max_sims = 50;
739          $max_expand = 5;
740          $max_eval = 1e-5;
741          $db_filter = "figx";
742          $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
743          #$sim_order = "id";
744        }
745    
746        my($id, $genome, @genomes, %sims);
747        my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
748        @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
749      my ($dataset);      my ($dataset);
750    
751      foreach my $sim (@sims){      if ($group_by_genome){
752          next if ($fig->is_deleted_fid($sim->[1]));        #  Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
753          foreach $sim ( @tmp ){
754            $id = $sim->id2;
755            $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
756            if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
757            push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
758          }
759          @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
760        }
761    
762        my $seen_sims={};
763        foreach my $sim (@tmp){
764          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
765            next if ($seen_sims->{$hit});
766            $seen_sims->{$hit}++;
767          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
768          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
769          my $qfrom = $sim->[6];          my $qfrom = $sim->[6];
# Line 673  Line 774 
774          my $hlength = $sim->[13];          my $hlength = $sim->[13];
775          my $db = get_database($hit);          my $db = get_database($hit);
776          my $func = $fig->function_of($hit);          my $func = $fig->function_of($hit);
777          my $organism = $fig->org_of($hit);          my $organism;
778            if ($fig->org_of($hit)){
779                $organism = $fig->org_of($hit);
780            }
781            else{
782                $organism = "Data not available";
783            }
784    
785          $dataset = {'class' => 'SIM',          $dataset = {'class' => 'SIM',
786                      'query' => $sim->[0],                      'query' => $sim->[0],
# Line 706  Line 813 
813      my ($id) = (@_);      my ($id) = (@_);
814    
815      my ($db);      my ($db);
816      if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "FIG" }      if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "SEED" }
817      elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }      elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }
818        elsif ($id =~ /^gb\|/)            { $db = "GenBank" }
819      elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }      elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }
820        elsif ($id =~ /^ref\|/)           { $db = "RefSeq" }
821      elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }      elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }
822      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
823      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
# Line 717  Line 826 
826      elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }      elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }
827      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
828      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
829        elsif ($id =~ /^pdb\|/)           { $db = "PDB" }
830        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "IMG" }
831        elsif ($id =~ /^cmr\|/)           { $db = "CMR" }
832        elsif ($id =~ /^dbj\|/)           { $db = "DBJ" }
833    
834      return ($db);      return ($db);
835    
# Line 774  Line 887 
887      my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);      my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
888    
889      # get the fc data      # get the fc data
890      my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);      my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff);
891    
892      # retrieve data      # retrieve data
893      my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;      my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
# Line 919  Line 1032 
1032      my ($self,$gd,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$fig) = @_;
1033    
1034      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
1035      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1036                                     -host     => $WebConfig::DBHOST,
1037                                     -user     => $WebConfig::DBUSER,
1038                                     -password => $WebConfig::DBPWD);
1039    
1040      my $acc = $self->acc;      my $acc = $self->acc;
1041    
# Line 1058  Line 1174 
1174          my $id = $row->[0];          my $id = $row->[0];
1175          my $who = $row->[1];          my $who = $row->[1];
1176          my $assignment = $row->[2];          my $assignment = $row->[2];
1177          my $organism = $fig->org_of($id);          my $organism = "Data not available";
1178            if ($fig->org_of($id)){
1179                $organism = $fig->org_of($id);
1180            }
1181          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1182          push(@$single_domain,$who);          push(@$single_domain,$who);
1183          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));          push(@$single_domain,"<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>");
1184          push(@$single_domain,$organism);          push(@$single_domain,$organism);
1185          push(@$single_domain,$assignment);          push(@$single_domain,$assignment);
1186          push(@$all_domains,$single_domain);          push(@$all_domains,$single_domain);
# Line 1178  Line 1297 
1297      my $db_and_id = $thing->acc;      my $db_and_id = $thing->acc;
1298      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1299    
1300      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1301                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1302                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1303                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1304    
1305      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1306      if($db eq "CDD"){  
1307          my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );      if($db =~ /PFAM/){
1308          if(!scalar(@$cdd_objs)){          my $new_id;
1309              $name_title = "name";          if ($id =~ /_/){
1310              $name_value = "not available";              ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
             $description_title = "description";  
             $description_value = "not available";  
1311          }          }
1312          else{          else{
1313              my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];              $new_id = $id;
             $name_title = "name";  
             $name_value = $cdd_obj->term;  
             $description_title = "description";  
             $description_value = $cdd_obj->description;  
1314          }          }
1315      }  
     elsif($db =~ /PFAM/){  
         my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;  
1316          my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );          my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1317          if(!scalar(@$pfam_objs)){          if(!scalar(@$pfam_objs)){
1318              $name_title = "name";              $name_title = "name";
# Line 1254  Line 1368 
1368    
1369      my $link;      my $link;
1370      my $link_url;      my $link_url;
1371      if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}  #    if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1372      elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}      if($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1373      else{$link_url = "NO_URL"}      else{$link_url = "NO_URL"}
1374    
1375      $link = {"link_title" => $thing->acc,      $link = {"link_title" => $thing->acc,
# Line 1284  Line 1398 
1398      my $data = [];      my $data = [];
1399      my $count = 0;      my $count = 0;
1400      my $content;      my $content;
1401        my $seen = {};
1402    
1403      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
1404          next if ($thing->type !~ /dom/);          next if ($thing->type !~ /dom/);
# Line 1293  Line 1408 
1408          my $db_and_id = $thing->acc;          my $db_and_id = $thing->acc;
1409          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1410    
1411          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1412                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1413                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1414                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1415    
1416          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1417          if($db eq "CDD"){  
1418              my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );          my $new_id;
1419              if(!scalar(@$cdd_objs)){          if($db =~ /PFAM/){
1420                if ($id =~ /_/){
1421                    ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1422                }
1423                else{
1424                    $new_id = $id;
1425                }
1426    
1427                next if ($seen->{$new_id});
1428                $seen->{$new_id}=1;
1429    
1430                my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1431    #           print STDERR "VALUES: " . $pfam_objs . "\n";
1432                if(!scalar(@$pfam_objs)){
1433                  $name_title = "name";                  $name_title = "name";
1434                  $name_value = "not available";                  $name_value = "not available";
1435                  $description_title = "description";                  $description_title = "description";
1436                  $description_value = "not available";                  $description_value = "not available";
1437              }              }
1438              else{              else{
1439                  my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];                  my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1440                  $name_title = "name";                  $name_title = "name";
1441                  $name_value = $cdd_obj->term;                  $name_value = $pfam_obj->term;
1442                  $description_title = "description";                  #$description_title = "description";
1443                  $description_value = $cdd_obj->description;                  #$description_value = $pfam_obj->description;
1444              }              }
1445          }          }
1446    
1447          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1448    
1449          push(@$single_domain,$db);          push(@$single_domain,$db);
1450          push(@$single_domain,$thing->acc);          push(@$single_domain,$new_id);
1451          push(@$single_domain,$name_value);          push(@$single_domain,$name_value);
1452          push(@$single_domain,$location);          push(@$single_domain,$location);
1453          push(@$single_domain,$thing->evalue);          push(@$single_domain,$thing->evalue);
# Line 1394  Line 1525 
1525      #color is      #color is
1526      my $color = "6";      my $color = "6";
1527    
 =pod=  
1528    
     if($cello_location){  
         my $cello_descriptions = [];  
         my $line_data =[];  
   
         my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                             'short_title' => 'CELLO',  
                             'hover_title' => 'Localization',  
                             'basepair_offset' => '1' };  
   
         my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',  
                                           "value" => $cello_location};  
   
         push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);  
   
         my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',  
                                        "value" => $cello_score};  
   
         push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);  
   
         my $element_hash = {  
             "title" => "CELLO",  
             "color"=> $color,  
             "start" => "1",  
             "end" =>  $length + 1,  
             "zlayer" => '1',  
             "description" => $cello_descriptions};  
   
         push(@$line_data,$element_hash);  
         $gd->add_line($line_data, $line_config);  
     }  
   
     $color = "2";  
     if($tmpred_score){  
         my $line_data =[];  
         my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                             'short_title' => 'Transmembrane',  
                             'basepair_offset' => '1' };  
   
         foreach my $tmpred (@tmpred_locations){  
             my $descriptions = [];  
             my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);  
             my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',  
                              "value" => $tmpred_score};  
   
             push(@$descriptions,$description_tmpred_score);  
   
             my $element_hash = {  
             "title" => "transmembrane location",  
             "start" => $begin + 1,  
             "end" =>  $end + 1,  
             "color"=> $color,  
             "zlayer" => '5',  
             "type" => 'box',  
             "description" => $descriptions};  
1529    
1530              push(@$line_data,$element_hash);  #    if($cello_location){
1531    #       my $cello_descriptions = [];
1532    #       my $line_data =[];
1533    #
1534    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1535    #                           'short_title' => 'CELLO',
1536    #                            'hover_title' => 'Localization',
1537    #                           'basepair_offset' => '1' };
1538    #
1539    #       my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1540    #                                         "value" => $cello_location};
1541    #
1542    #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1543    #
1544    #       my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1545    #                                      "value" => $cello_score};
1546    #
1547    #       push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1548    #
1549    #       my $element_hash = {
1550    #           "title" => "CELLO",
1551    #           "color"=> $color,
1552    #           "start" => "1",
1553    #           "end" =>  $length + 1,
1554    #           "zlayer" => '1',
1555    #           "description" => $cello_descriptions};
1556    #
1557    #       push(@$line_data,$element_hash);
1558    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1559    #    }
1560    #
1561    #    $color = "2";
1562    #    if($tmpred_score){
1563    #       my $line_data =[];
1564    #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1565    #                           'short_title' => 'Transmembrane',
1566    #                           'basepair_offset' => '1' };
1567    #
1568    #       foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1569    #           my $descriptions = [];
1570    #           my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1571    #           my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1572    #                            "value" => $tmpred_score};
1573    #
1574    #           push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1575    #
1576    #           my $element_hash = {
1577    #           "title" => "transmembrane location",
1578    #           "start" => $begin + 1,
1579    #           "end" =>  $end + 1,
1580    #           "color"=> $color,
1581    #           "zlayer" => '5',
1582    #           "type" => 'box',
1583    #           "description" => $descriptions};
1584    #
1585    #           push(@$line_data,$element_hash);
1586    #
1587    #       }
1588    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1589    #    }
1590    
         }  
         $gd->add_line($line_data, $line_config);  
     }  
 =cut  
1591    
1592      if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){      if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1593          my $line_data =[];          my $line_data =[];
# Line 1508  Line 1639 
1639          $gd->add_line($line_data, $line_config);          $gd->add_line($line_data, $line_config);
1640      }      }
1641    
 =head3  
     $color = "1";  
     if($signal_peptide_score){  
         my $line_data = [];  
         my $descriptions = [];  
   
         my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                             'short_title' => 'SignalP',  
                             'hover_title' => 'Localization',  
                             'basepair_offset' => '1' };  
   
         my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',  
                                                 "value" => $signal_peptide_score};  
1642    
1643          push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);  #    $color = "1";
1644    #    if($signal_peptide_score){
1645          my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',  #       my $line_data = [];
1646                                           "value" => $cleavage_prob};  #       my $descriptions = [];
1647    #
1648          push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);  #       my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1649    #                           'short_title' => 'SignalP',
1650          my $element_hash = {  #                            'hover_title' => 'Localization',
1651              "title" => "SignalP",  #                           'basepair_offset' => '1' };
1652              "start" => $cleavage_loc_begin - 2,  #
1653              "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,  #       my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1654              "type" => 'bigbox',  #                                               "value" => $signal_peptide_score};
1655              "color"=> $color,  #
1656              "zlayer" => '10',  #       push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1657              "description" => $descriptions};  #
1658    #       my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1659    #                                        "value" => $cleavage_prob};
1660    #
1661    #       push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1662    #
1663    #       my $element_hash = {
1664    #           "title" => "SignalP",
1665    #           "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1666    #           "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1667    #           "type" => 'bigbox',
1668    #           "color"=> $color,
1669    #           "zlayer" => '10',
1670    #           "description" => $descriptions};
1671    #
1672    #       push(@$line_data,$element_hash);
1673    #       $gd->add_line($line_data, $line_config);
1674    #    }
1675    
         push(@$line_data,$element_hash);  
         $gd->add_line($line_data, $line_config);  
     }  
 =cut  
1676    
1677      return ($gd);      return ($gd);
1678    
# Line 1637  Line 1768 
1768  =cut  =cut
1769    
1770  sub display {  sub display {
1771      my ($self,$gd,$array,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$thing,$fig,$base_start,$in_subs,$cgi) = @_;
     #my $fig = new FIG;  
   
     my @ids;  
     foreach my $thing(@$array){  
         next if ($thing->class ne "SIM");  
         push (@ids, $thing->acc);  
     }  
   
     my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);  
   
     foreach my $thing (@$array){  
         if ($thing->class eq "SIM"){  
1772    
1773        # declare variables
1774        my $window_size = $gd->window_size;
1775              my $peg = $thing->acc;              my $peg = $thing->acc;
1776              my $query = $thing->query;      my $query_id = $thing->query;
   
1777              my $organism = $thing->organism;              my $organism = $thing->organism;
1778        my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1779        if (!$organism){
1780          $organism = $peg;
1781          $abbrev_name = $peg;
1782        }
1783              my $genome = $fig->genome_of($peg);              my $genome = $fig->genome_of($peg);
1784              my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;              my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1785              my $function = $thing->function;              my $function = $thing->function;
1786              my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);      my $query_start = $thing->qstart;
1787              my $align_start = $thing->qstart;      my $query_stop = $thing->qstop;
             my $align_stop = $thing->qstop;  
1788              my $hit_start = $thing->hstart;              my $hit_start = $thing->hstart;
1789              my $hit_stop = $thing->hstop;              my $hit_stop = $thing->hstop;
1790        my $ln_query = $thing->qlength;
1791        my $ln_hit = $thing->hlength;
1792    #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1793    #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1794        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1795        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1796    
1797              my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;              my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1798    
1799        # hit sequence title
1800              my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",              my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1801                                  'short_title' => "$abbrev_name",                                  'short_title' => "$abbrev_name",
1802                                  'title_link' => '$tax_link',                                  'title_link' => '$tax_link',
1803                                  'basepair_offset' => '0'                          'basepair_offset' => '0',
1804                            'no_middle_line' => '1'
1805                                  };                                  };
1806    
1807        # query sequence title
1808        my $replace_id = $peg;
1809        $replace_id =~ s/\|/_/ig;
1810        my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
1811        my $query_config = { 'title' => "Query",
1812                             'short_title' => "Query",
1813                             'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1814                             'basepair_offset' => '0',
1815                             'no_middle_line' => '1'
1816                             };
1817              my $line_data = [];              my $line_data = [];
1818        my $query_data = [];
1819    
1820              my $element_hash;              my $element_hash;
1821              my $links_list = [];      my $hit_links_list = [];
1822              my $descriptions = [];      my $hit_descriptions = [];
1823        my $query_descriptions = [];
1824              # get subsystem information  
1825              my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;      # get sequence information
1826              my $link;      # evidence link
1827              $link = {"link_title" => $peg,      my $evidence_link;
1828                       "link" => $url_link};      if ($peg =~ /^fig\|/){
1829              push(@$links_list,$link);        $evidence_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1830        }
1831        else{
1832          my $db = &Observation::get_database($peg);
1833          my ($link_id) = ($peg) =~ /\|(.*)/;
1834          $evidence_link = &HTML::alias_url($link_id, $db);
1835          #print STDERR "LINK: $db    $evidence_link";
1836        }
1837        my $link = {"link_title" => $peg,
1838                    "link" => $evidence_link};
1839        push(@$hit_links_list,$link) if ($evidence_link);
1840    
1841              #my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);      # subsystem link
1842              my @subs = @{$in_subs{$peg}} if (defined $in_subs{$peg});      my $subs = $in_subs->{$peg} if (defined $in_subs->{$peg});
1843              my @subsystems;              my @subsystems;
1844        foreach my $array (@$subs){
             foreach my $array (@subs){  
1845                  my $subsystem = $$array[0];                  my $subsystem = $$array[0];
1846                  push(@subsystems,$subsystem);                  push(@subsystems,$subsystem);
1847                  my $link;          my $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
                 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",  
1848                           "link_title" => $subsystem};                           "link_title" => $subsystem};
1849                  push(@$links_list,$link);          push(@$hit_links_list,$link);
1850              }              }
1851    
1852        # blast alignment
1853              $link = {"link_title" => "view blast alignment",              $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1854                       "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query&peg2=$peg"};               "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query_id&peg2=$peg"};
1855              push (@$links_list,$link);      push (@$hit_links_list,$link) if ($peg =~ /^fig\|/);
1856    
1857        # description data
1858              my $description_function;              my $description_function;
1859              $description_function = {"title" => "function",              $description_function = {"title" => "function",
1860                                       "value" => $function};                                       "value" => $function};
1861              push(@$descriptions,$description_function);      push(@$hit_descriptions,$description_function);
1862    
1863              my ($description_ss, $ss_string);      # subsystem description
1864              $ss_string = join (",", @subsystems);      my $ss_string = join (",", @subsystems);
1865              $description_ss = {"title" => "subsystems",      $ss_string =~ s/_/ /ig;
1866        my $description_ss = {"title" => "subsystems",
1867                                 "value" => $ss_string};                                 "value" => $ss_string};
1868              push(@$descriptions,$description_ss);      push(@$hit_descriptions,$description_ss);
1869    
1870        # location description
1871        # hit
1872              my $description_loc;              my $description_loc;
1873              $description_loc = {"title" => "location start",      $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1874                                  "value" => $hit_start};                          "value" => $hit_start . " - " . $hit_stop};
1875              push(@$descriptions, $description_loc);      push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1876    
1877              $description_loc = {"title" => "location stop",      $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1878                                  "value" => $hit_stop};                          "value" => $ln_hit};
1879              push(@$descriptions, $description_loc);      push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1880    
1881        # query
1882        $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1883                            "value" => $query_start . " - " . $query_stop};
1884        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1885    
1886        $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1887                            "value" => $ln_query};
1888        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1889    
1890    
1891    
1892        # evalue score description
1893              my $evalue = $thing->evalue;              my $evalue = $thing->evalue;
1894              while ($evalue =~ /-0/)              while ($evalue =~ /-0/)
1895              {              {
# Line 1731  Line 1899 
1899              }              }
1900    
1901              my $color = &color($evalue);              my $color = &color($evalue);
   
1902              my $description_eval = {"title" => "E-Value",              my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1903                                      "value" => $evalue};                                      "value" => $evalue};
1904              push(@$descriptions, $description_eval);      push(@$hit_descriptions, $description_eval);
1905        push(@$query_descriptions, $description_eval);
1906    
1907              my $identity = $self->identity;              my $identity = $self->identity;
1908              my $description_identity = {"title" => "Identity",              my $description_identity = {"title" => "Identity",
1909                                          "value" => $identity};                                          "value" => $identity};
1910              push(@$descriptions, $description_identity);      push(@$hit_descriptions, $description_identity);
1911        push(@$query_descriptions, $description_identity);
1912    
1913    
1914        my $number = $base_start + ($query_start-$hit_start);
1915        #print STDERR "START: $number";
1916        $element_hash = {
1917            "title" => $query_id,
1918            "start" => $base_start,
1919            "end" => $base_start+$ln_query,
1920            "type"=> 'box',
1921            "color"=> $color,
1922            "zlayer" => "2",
1923            "links_list" => $query_links_list,
1924            "description" => $query_descriptions
1925            };
1926        push(@$query_data,$element_hash);
1927    
1928        $element_hash = {
1929            "title" => $query_id . ': HIT AREA',
1930            "start" => $base_start + $query_start,
1931            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1932            "type"=> 'smallbox',
1933            "color"=> $query_color,
1934            "zlayer" => "3",
1935            "links_list" => $query_links_list,
1936            "description" => $query_descriptions
1937            };
1938        push(@$query_data,$element_hash);
1939    
1940        $gd->add_line($query_data, $query_config);
1941    
1942    
1943              $element_hash = {              $element_hash = {
1944                  "title" => $peg,                  "title" => $peg,
1945                  "start" => $align_start,                  "start" => $base_start + ($query_start-$hit_start),
1946                  "end" =>  $align_stop,                  "end" => $base_start + (($query_start-$hit_start)+$ln_hit),
1947                  "type"=> 'box',                  "type"=> 'box',
1948                  "color"=> $color,                  "color"=> $color,
1949                  "zlayer" => "2",                  "zlayer" => "2",
1950                  "links_list" => $links_list,                  "links_list" => $hit_links_list,
1951                  "description" => $descriptions                  "description" => $hit_descriptions
1952                  };                  };
1953              push(@$line_data,$element_hash);              push(@$line_data,$element_hash);
1954    
1955        $element_hash = {
1956            "title" => $peg . ': HIT AREA',
1957            "start" => $base_start + $query_start,
1958            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1959            "type"=> 'smallbox',
1960            "color"=> $hit_color,
1961            "zlayer" => "3",
1962            "links_list" => $hit_links_list,
1963            "description" => $hit_descriptions
1964            };
1965        push(@$line_data,$element_hash);
1966    
1967              $gd->add_line($line_data, $line_config);              $gd->add_line($line_data, $line_config);
1968          }  
1969      }      my $breaker = [];
1970        my $breaker_hash = {};
1971        my $breaker_config = { 'no_middle_line' => "1" };
1972    
1973        push (@$breaker, $breaker_hash);
1974        $gd->add_line($breaker, $breaker_config);
1975    
1976      return ($gd);      return ($gd);
1977  }  }
1978    
# Line 1800  Line 2018 
2018              }              }
2019          }          }
2020    
2021          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2022                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
2023                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
2024                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
2025          my ($name_value,$description_value);          my ($name_value,$description_value);
2026    
2027          if($db eq "CDD"){          if($db eq "CDD"){
# Line 1837  Line 2058 
2058          my $link;          my $link;
2059          my $link_url;          my $link_url;
2060          if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}          if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
2061          elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}          elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
2062          else{$link_url = "NO_URL"}          else{$link_url = "NO_URL"}
2063    
2064          $link = {"link_title" => $name_value,          $link = {"link_title" => $name_value,
# Line 1881  Line 2102 
2102  =cut  =cut
2103    
2104  sub display_table {  sub display_table {
2105      my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;      my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2106        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2107    
2108      my $data = [];      my $scroll_list;
2109      my $count = 0;      foreach my $col (@$show_columns){
2110      my $content;          push (@$scroll_list, $col->{key});
2111      #my $fig = new FIG;      }
2112      my $cgi = new CGI;  
2113      my @ids;      push (@ids, $query_fid);
2114      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
2115          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2116          push (@ids, $thing->acc);          push (@ids, $thing->acc);
2117      }      }
2118    
2119      my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2120      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2121    
2122      # get the column for the subsystems      # get the column for the subsystems
2123      %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);      $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash');
2124    
2125      # get the column for the evidence codes      # get the column for the evidence codes
2126      %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash');
2127    
2128      # get the column for pfam_domain      # get the column for pfam_domain
2129      %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2130    
2131        # get the column for molecular weight
2132        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2133    
2134        # get the column for organism's habitat
2135        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2136    
2137        # get the column for organism's temperature optimum
2138        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2139    
2140        # get the column for organism's temperature range
2141        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2142    
2143        # get the column for organism's oxygen requirement
2144        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2145    
2146        # get the column for organism's pathogenicity
2147        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2148    
2149        # get the column for organism's pathogenicity host
2150        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2151    
2152        # get the column for organism's salinity
2153        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2154    
2155        # get the column for organism's motility
2156        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2157    
2158        # get the column for organism's gram stain
2159        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2160    
2161        # get the column for organism's endospores
2162        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2163    
2164        # get the column for organism's shape
2165        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2166    
2167        # get the column for organism's disease
2168        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2169    
2170        # get the column for organism's disease
2171        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2172    
2173        # get the column for transmembrane domains
2174        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2175    
2176        # get the column for similar to human
2177        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2178    
2179        # get the column for signal peptide
2180        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2181    
2182        # get the column for transmembrane domains
2183        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2184    
2185        # get the column for conserved neighborhood
2186        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2187    
2188        # get the column for cellular location
2189        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2190    
2191        # get the aliases
2192        my $alias_col;
2193        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2194             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2195             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2196             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2197             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2198            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2199        }
2200    
2201        # get the colors for the function cell
2202        my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2203        $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2204        my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2205    
2206      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);  
     #my $alias_col = {};  
2207    
2208      foreach my $thing (@$dataset) {      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2209        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2210        my $same_genome_flag = 0;
2211    
2212        my $func_color_offset=0;
2213        unshift(@$dataset, $query_fid);
2214        for (my $thing_count=0;$thing_count<scalar @$dataset;$thing_count++){
2215    #    foreach my $thing ( @$dataset){
2216            my $thing = $dataset->[$thing_count];
2217            my $next_thing = $dataset->[$thing_count+1] if (defined $dataset->[$thing_count+1]);
2218            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2, $next_org);
2219            if ($thing eq $query_fid){
2220                $id = $thing;
2221                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2222                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2223                $current_function = $fig->function_of($id);
2224            }
2225            else{
2226          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2227    
2228                $id      = $thing->acc;
2229                $evalue  = $thing->evalue;
2230                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2231                $iden    = $thing->identity;
2232                $organism= $thing->organism;
2233                $ln1     = $thing->qlength;
2234                $ln2     = $thing->hlength;
2235                $b1      = $thing->qstart;
2236                $e1      = $thing->qstop;
2237                $b2      = $thing->hstart;
2238                $e2      = $thing->hstop;
2239                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2240                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2241                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2242                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2243                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2244                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2245                $current_function = $thing->function;
2246                $next_org = $next_thing->organism if (defined $next_thing);
2247            }
2248    
2249          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
2250          $count++;          $count++;
2251    
2252          my $id      = $thing->acc;          # organisms cell
2253          my $taxid   = $fig->genome_of($id);          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2254          my $iden    = $thing->identity;  
2255          my $ln1     = $thing->qlength;          my $org_cell;
2256          my $ln2     = $thing->hlength;          if ( ($next_org ne $organism) && ($same_genome_flag == 0) ){
2257          my $b1      = $thing->qstart;              $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2258          my $e1      = $thing->qstop;          }
2259          my $b2      = $thing->hstart;          elsif ($next_org eq $organism){
2260          my $e2      = $thing->hstop;              $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2261          my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;              $same_genome_flag = 1;
2262          my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;          }
2263          my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";          elsif ($same_genome_flag == 1){
2264          my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";              $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2265                $same_genome_flag = 0;
2266            }
2267    
2268          # checkbox column          # checkbox cell
2269            my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2270          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2271          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2272          my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);          my $cell_name = "cell_". $id;
2273          my ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;          my $replace_id = $id;
2274            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2275            my $white = '#ffffff';
2276            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2277            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2278            my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2279            my $checked = "";
2280            #$checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2281            if ($id =~ /^fig\|/){
2282              my $box = qq~<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>~;
2283              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2284              $tax = $fig->genome_of($id);
2285            }
2286            else{
2287              my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2288              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2289            }
2290    
2291            # create the radio cell for any sequence, not just fig ids
2292            my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$current_function" id="$field_name" onClick="clearText('new_text_function')">);
2293            $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2294    
2295          # get the linked fig id          # get the linked fig id
2296          my $fig_col;          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2297          if (defined ($e_identical{$id})){  
2298              $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";          my $fig_data;
2299          }          if ($id =~ /^fig\|/)
2300          else{          {
2301              $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;
2302          }          }
2303            else
2304          push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,          {
2305                "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function);   # permanent columns              my $url_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2306                $fig_data = "<table><tr><td>$url_link</td>". "&nbsp;" x 2;
2307          foreach my $col (sort keys %$scroll_list){          }
2308              if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='$FIG_Config::cgi_url/Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2309              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2310              elsif ($col =~ /pfam_domains/)               {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}                         'highlight'=>$white};
2311              elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"NCBI"});}  
2312              elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"RefSeq"});}          $replace_id = $peg;
2313              elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"SwissProt"});}          $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2314              elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"UniProt"});}          $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2315              elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}          my $query_config = { 'title' => "Query",
2316              elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}                               'short_title' => "Query",
2317              elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}                               'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2318              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}                               'basepair_offset' => '0'
2319              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}                               };
2320              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}  
2321              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}          # function cell
2322              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2323                                        3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2324                                        6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2325    
2326            my $function_color;
2327            if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2328                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2329            }
2330            else{
2331                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2332            }
2333            my $function_cell;
2334            if ($current_function){
2335              if ($current_function eq $query_function){
2336                $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$function_cell_colors->{0}};
2337                $func_color_offset=1;
2338              }
2339              else{
2340                  $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => $function_color};
2341              }
2342            }
2343            else{
2344              $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2345            }
2346    
2347            if ($id eq $query_fid){
2348                push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2349                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2350                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white},
2351                      {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$white},
2352                      {'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$white});  # permanent columns
2353            }
2354            else{
2355                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2356                      {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell,
2357                      {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"},
2358                      {'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"});  # permanent columns
2359    
2360            }
2361    
2362            if ( ( $application->session->user) ){
2363                my $user = $application->session->user;
2364                if ($user && $user->has_right(undef, 'annotate', 'genome', $fig->genome_of($id))) {
2365                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2366                }
2367            }
2368    
2369            my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2370    
2371            foreach my $col (@$scroll_list){
2372                if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2373                else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2374    
2375                if ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2376                elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2377                elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2378                elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2379                elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2380                elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2381                elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2382                elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2383                elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2384                elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2385                elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2386                elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2387                elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2388                elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2389                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2390                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2391                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2392                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2393                elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2394                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2395                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2396                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2397                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2398                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2399                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2400                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2401                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2402                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2403                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2404                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2405                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2406                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2407          }          }
2408          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
2409      }      }
# Line 1972  Line 2413 
2413      else{      else{
2414          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2415      }      }
2416        shift(@$dataset);
2417        return ($content);
2418    }
2419    
2420    
2421    =head3 display_figfam_table()
2422    
2423    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2424    This code will display a table for the similarities protein
2425    
2426    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2427    
2428    =cut
2429    
2430    sub display_figfam_table {
2431      my ($self,$ids, $show_columns, $fig, $application, $cgi) = @_;
2432      my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2433    
2434      my $scroll_list;
2435      foreach my $col (@$show_columns){
2436        push (@$scroll_list, $col->{key});
2437      }
2438    
2439      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2440      my @attributes = $fig->get_attributes($ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2441    
2442      # get the column for the subsystems
2443      $subsystems_column = &get_subsystems_column($ids,$fig,$cgi,'hash');
2444    
2445      # get the column for the evidence codes
2446      $evidence_column = &get_evidence_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2447    
2448      # get the column for pfam_domain
2449      $pfam_column = &get_attrb_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2450    
2451      # get the column for molecular weight
2452      $mw_column = &get_attrb_column($ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2453    
2454      # get the column for organism's habitat
2455      my $habitat_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2456    
2457      # get the column for organism's temperature optimum
2458      my $temperature_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2459    
2460      # get the column for organism's temperature range
2461      my $temperature_range_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2462    
2463      # get the column for organism's oxygen requirement
2464      my $oxygen_req_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2465    
2466      # get the column for organism's pathogenicity
2467      my $pathogenic_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2468    
2469      # get the column for organism's pathogenicity host
2470      my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2471    
2472      # get the column for organism's salinity
2473      my $salinity_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2474    
2475      # get the column for organism's motility
2476      my $motility_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2477    
2478      # get the column for organism's gram stain
2479      my $gram_stain_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2480    
2481      # get the column for organism's endospores
2482      my $endospores_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2483    
2484      # get the column for organism's shape
2485      my $shape_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2486    
2487      # get the column for organism's disease
2488      my $disease_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2489    
2490      # get the column for organism's disease
2491      my $gc_content_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2492    
2493      # get the column for transmembrane domains
2494      my $transmembrane_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2495    
2496      # get the column for similar to human
2497      my $similar_to_human_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2498    
2499      # get the column for signal peptide
2500      my $signal_peptide_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2501    
2502      # get the column for transmembrane domains
2503      my $isoelectric_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2504    
2505      # get the column for conserved neighborhood
2506      my $cons_neigh_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2507    
2508      # get the column for cellular location
2509      my $cell_location_column = &get_attrb_column($ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2510    
2511      # get the aliases
2512      my $alias_col;
2513      if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2514           (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2515           (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2516           (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2517           (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2518        $alias_col = &get_db_aliases($ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2519      }
2520    
2521      foreach my $id ( @$ids){
2522        my $current_function = $fig->function_of($id);
2523        my $organism = $fig->org_of($id);
2524        my $single_domain = [];
2525    
2526        # organisms cell comehere2
2527        my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2528        my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2529    
2530        # get the linked fig id
2531        my $fig_data;
2532        if ($id =~ /^fig\|/)
2533        {
2534            $fig_data =  "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";
2535        }
2536        else
2537        {
2538            my $url_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2539            $fig_data = "<table><tr><td>$url_link</td>". "&nbsp;" x 2;
2540        }
2541    
2542        my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2543                       'highlight'=>"#ffffff"};
2544    
2545        # function cell
2546        $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=> "#ffffff"};
2547    
2548        # insert data
2549        push (@$single_domain, $fig_col, $org_cell, {'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>"#ffffff"}, $function_cell);
2550    
2551        foreach my $col (@$scroll_list){
2552          my $highlight_color = "#ffffff";
2553    
2554          if ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2555          elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2556          elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2557          elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2558          elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2559          elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2560          elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2561          elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2562          elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2563          elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2564          elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2565          elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2566          elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2567          elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2568          elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2569          elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2570          elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2571          elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2572          elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2573          elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2574          elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2575          elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2576          elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2577          elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2578          elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2579          elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2580          elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2581          elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2582          elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2583          elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2584          elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2585          elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2586          elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2587        }
2588        push(@$data,$single_domain);
2589      }
2590    
2591      $content = $data;
2592      return ($content);      return ($content);
2593  }  }
2594    
# Line 1981  Line 2598 
2598      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2599          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2600          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2601          $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);          my $cell_name = "cell_" . $id;
2602            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name', '$cell_name');">);
2603      }      }
2604      return (%column);      return (%column);
2605  }  }
2606    
2607    sub get_figfam_column{
2608        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2609        my $column;
2610    
2611        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2612        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2613    
2614        foreach my $id (@$ids){
2615            my ($ff);
2616            if ($id =~ /\.peg\./){
2617                ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2618            }
2619            if ($ff){
2620                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2621            }
2622            else{
2623                push (@$column, " ");
2624            }
2625        }
2626    
2627        return $column;
2628    }
2629    
2630  sub get_subsystems_column{  sub get_subsystems_column{
2631      my ($ids,$fig) = @_;      my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2632    
     #my $fig = new FIG;  
     my $cgi = new CGI;  
2633      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2634      my %column;      my ($column, $ss);
2635      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2636          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2637          my @subsystems;          my @subsystems;
2638    
2639          if (@in_sub > 0) {          if (@in_sub > 0) {
2640              foreach my $array(@in_sub){              foreach my $array(@in_sub){
2641                  my $ss = $$array[0];                  my $ss = $array->[0];
2642                  $ss =~ s/_/ /ig;                  $ss =~ s/_/ /ig;
2643                  push (@subsystems, "-" . $ss);                  push (@subsystems, "-" . $ss);
2644              }              }
2645              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2646              $column{$id} = $in_sub_line;              $ss->{$id} = $in_sub_line;
2647          } else {          } else {
2648              $column{$id} = "&nbsp;";              $ss->{$id} = "None added";
2649          }          }
2650            push (@$column, $ss->{$id});
2651      }      }
2652      return (%column);  
2653        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2654        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2655    }
2656    
2657    sub get_lineage_column{
2658        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2659    
2660        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2661    
2662        foreach my $id (@$ids){
2663            my $genome = $fig->genome_of($id);
2664            if ($lineages->{$genome}){
2665    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2666                push (@$column, $lineages->{$genome});
2667            }
2668            else{
2669                push (@$column, " ");
2670            }
2671        }
2672        return $column;
2673    }
2674    
2675    sub match_color {
2676        my ( $b, $e, $n , $rgb) = @_;
2677        my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
2678        my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
2679        my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
2680        my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
2681        my $br  = 1;
2682        if ($rgb){
2683            return html2rgb( rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) ) );
2684        }
2685        else{
2686            rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
2687        }
2688    }
2689    
2690    sub hsb2rgb {
2691        my ( $h, $s, $br ) = @_;
2692        $h = 6 * ($h - floor($h));
2693        if ( $s  > 1 ) { $s  = 1 } elsif ( $s  < 0 ) { $s  = 0 }
2694        if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
2695        my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1,      $h,     0      )
2696                                          : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1,      0      )
2697                                          :               ( 0,      1,      $h - 2 )
2698                                          )
2699                                        : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0,      4 - $h, 1      )
2700                                          : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0,      1      )
2701                                          :               ( 1,      0,      6 - $h )
2702                                          );
2703        ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
2704          ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
2705          ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
2706        )
2707    }
2708    
2709    sub html2rgb {
2710        my ($hex) = @_;
2711        my ($r,$g,$b) = ($hex) =~ /^\#(\w\w)(\w\w)(\w\w)/;
2712        my $code = { 'A'=>10, 'B'=>11, 'C'=>12, 'D'=>13, 'E'=>14, 'F'=>15,
2713                     1=>1, 2=>2, 3=>3, 4=>4, 5=>5, 6=>6, 7=>7, 8=>8, 9=>9};
2714    
2715        my @R = split(//, $r);
2716        my @G = split(//, $g);
2717        my @B = split(//, $b);
2718    
2719        my $red = ($code->{uc($R[0])}*16)+$code->{uc($R[1])};
2720        my $green = ($code->{uc($G[0])}*16)+$code->{uc($G[1])};
2721        my $blue = ($code->{uc($B[0])}*16)+$code->{uc($B[1])};
2722    
2723        my $rgb = [$red, $green, $blue];
2724        return $rgb;
2725    
2726    }
2727    
2728    sub rgb2html {
2729        my ( $r, $g, $b ) = @_;
2730        if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
2731        if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
2732        if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
2733        sprintf("#%02x%02x%02x", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
2734    }
2735    
2736    sub floor {
2737        my $x = $_[0];
2738        defined( $x ) || return undef;
2739        ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
2740    }
2741    
2742    sub get_function_color_cell{
2743      my ($functions, $fig) = @_;
2744    
2745      # figure out the quantity of each function
2746      my %hash;
2747      foreach my $key (keys %$functions){
2748        my $func = $functions->{$key};
2749        $hash{$func}++;
2750      }
2751    
2752      my %func_colors;
2753      my $count = 1;
2754      foreach my $key (sort {$hash{$b}<=>$hash{$a}} keys %hash){
2755        $func_colors{$key}=$count;
2756        $count++;
2757      }
2758    
2759      return \%func_colors;
2760  }  }
2761    
2762  sub get_essentially_identical{  sub get_essentially_identical{
# Line 2042  Line 2789 
2789    
2790    
2791  sub get_evidence_column{  sub get_evidence_column{
2792      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2793      #my $fig = new FIG;      my ($column, $code_attributes);
2794      my $cgi = new CGI;  
2795      my (%column, %code_attributes);      if (! defined $attributes) {
2796            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2797            $attributes = \@attributes_array;
2798        }
2799    
2800      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2801      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2802          push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);          push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2803      }      }
2804    
2805      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2806          # add evidence code with tool tip          # add evidence code with tool tip
2807          my $ev_codes=" &nbsp; ";          my $ev_codes=" &nbsp; ";
2808    
2809          my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});          my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2810          my @ev_codes = ();          my @ev_codes = ();
2811          foreach my $code (@codes) {          foreach my $code (@codes) {
2812              my $pretty_code = $code->[2];              my $pretty_code = $code->[2];
2813              if ($pretty_code =~ /;/) {              if ($pretty_code =~ /;/) {
2814                  my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);                  my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2815                    if ($cd =~ /ilit|dlit/){
2816                        my ($type,$pubmed_id) = ($cd) =~ /(.*?)\((.*)\)/;
2817                        my $publink = &HTML::alias_url($pubmed_id,'PMID');
2818                        $cd = $type . "(<a href='" . $publink . "'>" . $pubmed_id . "</a>)";
2819                    }
2820                  $ss =~ s/_/ /g;                  $ss =~ s/_/ /g;
2821                  $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;                  $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2822              }              }
# Line 2074  Line 2829 
2829                                  {                                  {
2830                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2831          }          }
2832          $column{$id}=$ev_codes;  
2833            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2834            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2835      }      }
2836      return (%column);      return $column;
2837  }  }
2838    
2839  sub get_pfam_column{  sub get_attrb_column{
2840      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2841      #my $fig = new FIG;  
2842      my $cgi = new CGI;      my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
2843      my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2844      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');                                   -host     => $WebConfig::DBHOST,
2845                                     -user     => $WebConfig::DBUSER,
2846                                     -password => $WebConfig::DBPWD);
2847    
2848        if ($colName eq "pfam"){
2849            if (! defined $attributes) {
2850                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2851                $attributes = \@attributes_array;
2852            }
2853    
2854      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2855      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2856          my $name = $key->[1];          my $name = $key->[1];
2857          if ($name =~ /_/){          if ($name =~ /_/){
# Line 2097  Line 2862 
2862      }      }
2863    
2864      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2865          # add evidence code              # add pfam code
2866          my $pfam_codes=" &nbsp; ";          my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2867          my @pfam_codes = "";          my @pfam_codes = "";
2868          my %description_codes;          my %description_codes;
# Line 2113  Line 2878 
2878    
2879              foreach my $code (@ncodes) {              foreach my $code (@ncodes) {
2880                  my @parts = split("::",$code);                  my @parts = split("::",$code);
2881                  my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";                      my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
   
                 # get the locations for the domain  
                 my @locs;  
                 foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){  
                     my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;  
                     push (@locs,$loc);  
                 }  
                 my %locsaw;  
                 foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}  
                 @locs = keys %locsaw;  
   
                 my $locations = join (", ", @locs);  
2882    
2883    #                   # get the locations for the domain
2884    #                   my @locs;
2885    #                   foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2886    #                       my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2887    #                       push (@locs,$loc);
2888    #                   }
2889    #                   my %locsaw;
2890    #                   foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2891    #                   @locs = keys %locsaw;
2892    #
2893    #                   my $locations = join (", ", @locs);
2894    #
2895                  if (defined ($description_codes{$parts[1]})){                  if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2896                      push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");                          push(@pfam_codes, "$parts[1]");
2897                  }                  }
2898                  else {                  else {
2899                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2900                      $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};                          $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2901                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");                          push(@pfam_codes, "$pfam_link");
2902                  }                  }
2903              }              }
2904    
2905                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2906                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2907                }
2908            }
2909        }
2910        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2911            if (! defined $attributes) {
2912                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2913                $attributes = \@attributes_array;
2914          }          }
2915    
2916          $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2917            foreach my $key (@codes){
2918                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2919                my ($new_loc, @all);
2920                @all = split (//, $loc);
2921                my $count = 0;
2922                foreach my $i (@all){
2923                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2924                        $new_loc .= " " . $i;
2925                    }
2926                    else{
2927                        $new_loc .= $i;
2928                    }
2929                    $count++;
2930                }
2931                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2932            }
2933    
2934            foreach my $id (@$ids){
2935                my (@values, $entry);
2936                #@values = (" ");
2937                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2938                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2939                    foreach my $code (@ncodes){
2940                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2941                    }
2942                }
2943                else{
2944                    @values = ("Not available");
2945                }
2946    
2947                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2948                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2949            }
2950        }
2951        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2952                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2953            if (! defined $attributes) {
2954                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2955                $attributes = \@attributes_array;
2956            }
2957    
2958            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2959            foreach my $key (@codes){
2960                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2961            }
2962    
2963            foreach my $id (@$ids){
2964                my (@values, $entry);
2965                #@values = (" ");
2966                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2967                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2968                    foreach my $code (@ncodes){
2969                        push (@values, $code);
2970                    }
2971                }
2972                else{
2973                    @values = ("Not available");
2974                }
2975    
2976                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2977                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2978            }
2979        }
2980        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2981                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2982                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2983                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2984                ($colName eq 'gc_content') ) {
2985            if (! defined $attributes) {
2986                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2987                $attributes = \@attributes_array;
2988      }      }
     return (%column);  
2989    
2990            my $genomes_with_phenotype;
2991            foreach my $attribute (@$attributes){
2992                my $genome = $attribute->[0];
2993                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2994  }  }
2995    
2996  sub get_aliases {          foreach my $id (@$ids){
2997      my ($ids,$fig) = @_;              my $genome = $fig->genome_of($id);
2998                my @values = (' ');
2999                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
3000                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
3001                }
3002                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
3003                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
3004            }
3005        }
3006    
3007        return $column;
3008    }
3009    
3010    sub get_aclh_aliases {
3011        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
3012        my $db_array;
3013    
3014        my $id_line = join (",", @$ids);
3015        my $aclh_url = "http://clearinghouse.nmpdr.org/aclh.cgi?page=SearchResults&raw_dump=1&query=" . $id_line;
3016    
3017    
3018    }
3019    
3020    sub get_id_aliases {
3021        my ($id, $fig) = @_;
3022        my $aliases = {};
3023    
3024        my $org = $fig->org_of($id);
3025        my $url = "http://clearinghouse.nmpdr.org/aclh.cgi?page=SearchResults&raw_dump=1&query=$id";
3026        if ( my $form = &LWP::Simple::get($url) ) {
3027            my ($block) = ($form) =~ /<pre>(.*)<\/pre>/s;
3028            foreach my $line (split /\n/, $block){
3029                my @values = split /\t/, $line;
3030                next if ($values[3] eq "Expert");
3031                if (($values[1] =~ /$org/) || ($org =~ /$values[1]/) && (! defined $aliases->{$values[4]}) ){
3032                    $aliases->{$values[4]} = $values[0];
3033                }
3034            }
3035        }
3036    
3037        return $aliases;
3038    }
3039    
3040    sub get_db_aliases {
3041        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
3042        my $db_array;
3043      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
3044      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
3045    #       my @all_aliases = grep { $_ ne $id and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($id);
3046            my $id_org = $fig->org_of($id);
3047    
3048          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
3049    #       foreach my $alias (@all_aliases){
3050              my $id_db = &Observation::get_database($alias);              my $id_db = &Observation::get_database($alias);
3051              next if ($aliases->{$id}->{$id_db});              next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
3052                next if ($aliases->{$id}->{$db});
3053                my $alias_org = $fig->org_of($alias);
3054    #           if (($id ne $peg) && ( ($alias_org =~ /$id_org/) || ($id_org =~ /$alias_org/)) ) {
3055                    #push(@funcs, [$id,$id_db,$tmp]);
3056              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
3057    #           }
3058          }          }
3059            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
3060                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
3061      }      }
3062      return ($aliases);          #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
3063            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
3064        }
3065    
3066        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
3067        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
3068  }  }
3069    
3070    
3071    
3072  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
3073    
3074  sub color {  sub color {
# Line 2195  Line 3106 
3106  sub display {  sub display {
3107      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
3108    
3109        $taxes = $fig->taxonomy_list();
3110    
3111      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
3112      my $compare_or_coupling = $self->context;      my $compare_or_coupling = $self->context;
3113      my $gd_window_size = $gd->window_size;      my $gd_window_size = $gd->window_size;
# Line 2268  Line 3181 
3181                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
3182                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
3183                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
3184                  #my $lineage = $taxes->{$genome1};                  my $lineage = $taxes->{$genome};
3185                  my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));                  #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
3186                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
3187                      if ($lineage =~ /$taxon/){                      if ($lineage =~ /$taxon/){
3188                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);
# Line 2351  Line 3264 
3264          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
3265          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
3266          #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;          #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
3267          #my $lineage = $taxes->{$genome1};          my $lineage = $taxes->{$region_genome};
3268          my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);          #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
3269          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
3270          my $line_config = { 'title' => $region_gs,          my $line_config = { 'title' => $region_gs,
3271                              'short_title' => $abbrev_name,                              'short_title' => $abbrev_name,
# Line 2442  Line 3355 
3355                  $prev_stop = $stop;                  $prev_stop = $stop;
3356                  $prev_fig = $fid1;                  $prev_fig = $fid1;
3357    
3358                  if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){                  if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_gnes{$fid1})){
3359                      $start = $gd_window_size - $start;                      $start = $gd_window_size - $start;
3360                      $stop = $gd_window_size - $stop;                      $stop = $gd_window_size - $stop;
3361                  }                  }
# Line 2594  Line 3507 
3507      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
3508      my $count = 0;      my $count = 0;
3509      my $peg_array = [];      my $peg_array = [];
3510      my (%evidence_column, %subsystems_column,  %e_identical);      my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3511    
3512      if (@$dataset != 1){      if (@$dataset != 1){
3513          foreach my $thing (@$dataset){          foreach my $thing (@$dataset){
# Line 2603  Line 3516 
3516              }              }
3517          }          }
3518          # get the column for the evidence codes          # get the column for the evidence codes
3519          %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);          $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3520    
3521          # get the column for the subsystems          # get the column for the subsystems
3522          %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);          $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3523    
3524          # get essentially identical seqs          # get essentially identical seqs
3525          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
# Line 2620  Line 3533 
3533          last if ($count > 10);          last if ($count > 10);
3534          my $row_data = [];          my $row_data = [];
3535          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3536            if ($fig->org_of($id)){
3537          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
3538            }
3539            else{
3540                $org = "Data not available";
3541            }
3542          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
3543          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
3544              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
# Line 2635  Line 3553 
3553    
3554          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);
3555          push(@$row_data,$org);          push(@$row_data,$org);
3556          push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3557          push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3558          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3559          push(@$row_data,$function_cell);          push(@$row_data,$function_cell);
3560          push(@$all_rows,$row_data);          push(@$all_rows,$row_data);
# Line 2682  Line 3600 
3600    
3601      return($content);      return($content);
3602  }  }
3603    

Legend:
Removed from v.1.50  
changed lines
  Added in v.1.76

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3