[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.50, Thu Dec 6 18:47:35 2007 UTC revision 1.67, Wed Aug 20 17:06:47 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3  use lib '/vol/ontologies';  #use lib '/vol/ontologies';
4  use DBMaster;  use DBMaster;
5  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
6    
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9    
10  use WebColors;  use WebColors;
11    use WebConfig;
12    
13  use FIG_Config;  use FIG_Config;
14  #use strict;  #use strict;
15  #use warnings;  #use warnings;
16  use HTML;  use HTML;
17    use FFs;
18    
19  1;  1;
20    
 # $Id$  
   
21  =head1 NAME  =head1 NAME
22    
23  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
# Line 319  Line 319 
319  =cut  =cut
320    
321  sub get_objects {  sub get_objects {
322      my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;      my ($self,$fid,$fig,$parameters,$scope) = @_;
323    
324      my $objects = [];      my $objects = [];
325      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
# Line 337  Line 337 
337          $domain_classes{'PFAM'} = 1;          $domain_classes{'PFAM'} = 1;
338          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
339          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
340          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
341          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
342          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
# Line 374  Line 374 
374    
375  }  }
376    
377    =head
378        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
379    =cut
380    
381    sub get_attributes{
382        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
383        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
384        return @attributes;
385    }
386    
387    =head3 get_sims_objects()
388    
389    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
390    
391    =cut
392    
393    sub get_sims_objects {
394        my ($self,$fid,$fig,$parameters) = @_;
395    
396        my $objects = [];
397        my @matched_datasets=();
398    
399        # call function that fetches attribute based observations
400        # returns an array of arrays of hashes
401        get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
402    
403        foreach my $dataset (@matched_datasets) {
404            my $object;
405            if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
406                $object = Observation::Sims->new($dataset);
407            }
408            push (@$objects, $object);
409        }
410        return $objects;
411    }
412    
413    
414  =head3 display_housekeeping  =head3 display_housekeeping
415  This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format  This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
416    
# Line 383  Line 420 
420      my $content = [];      my $content = [];
421      my $row = [];      my $row = [];
422    
423      my $org_name = $fig->org_of($fid);      my $org_name = "Data not available";
424        if ( $fig->org_of($fid)){
425            $org_name = $fig->org_of($fid);
426        }
427      my $org_id = $fig->genome_of($fid);      my $org_id = $fig->genome_of($fid);
428      my $function = $fig->function_of($fid);      my $function = $fig->function_of($fid);
429      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
# Line 414  Line 454 
454  =cut  =cut
455    
456  sub get_sims_summary {  sub get_sims_summary {
457      my ($observation, $fid, $taxes, $dataset, $fig) = @_;      my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
458      my %families;      my %families;
459      #my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");      my $taxes = $fig->taxonomy_list();
460    
461      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
462            my ($id, $evalue);
463            if ($thing =~ /fig\|/){
464                $id = $thing;
465                $evalue = -1;
466            }
467            else{
468          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
469                $id      = $thing->acc;
470          my $id      = $thing->acc;              $evalue  = $thing->evalue;
471          my $evalue  = $thing->evalue;          }
   
472          next if ($id !~ /fig\|/);          next if ($id !~ /fig\|/);
473          next if ($fig->is_deleted_fid($id));          next if ($fig->is_deleted_fid($id));
474    
475          my $genome = $fig->genome_of($id);          my $genome = $fig->genome_of($id);
476          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
477          #my $taxonomy = $taxes->{$genome1};          my $taxonomy = $taxes->{$genome};
         my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($genome); # use this if the taxonomies have been updated  
478          my $parent_tax = "Root";          my $parent_tax = "Root";
479          my @currLineage = ($parent_tax);          my @currLineage = ($parent_tax);
480            push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
481            my $level = 2;
482          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
483              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
484                push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
485                $families{level}{$tax} = $level;
486              push (@currLineage, $tax);              push (@currLineage, $tax);
487              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
488              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
489              if (defined ($families{evalue}{$tax})){              if (defined ($families{evalue}{$tax})){
490                  if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){                  if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
491                      $families{evalue}{$tax} = $evalue;                      $families{evalue}{$tax} = $evalue;
492                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
493                  }                  }
# Line 449  Line 498 
498              }              }
499    
500              $parent_tax = $tax;              $parent_tax = $tax;
501                $level++;
502          }          }
503      }      }
504    
# Line 459  Line 509 
509          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
510          $families{children}{$key} = \@out;          $families{children}{$key} = \@out;
511      }      }
512      return (\%families);  
513        return \%families;
514  }  }
515    
516  =head1 Internal Methods  =head1 Internal Methods
# Line 473  Line 524 
524  sub get_taxcolor{  sub get_taxcolor{
525      my ($evalue) = @_;      my ($evalue) = @_;
526      my $color;      my $color;
527      if ($evalue <= 1e-170){        $color = "#FF2000";    }      if ($evalue == -1){            $color = "black";      }
528        elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){        $color = "#FF2000";    }
529      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }
530      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }
531      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }
# Line 491  Line 543 
543    
544      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
545      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
546        my $seen = {};
547      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
548          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
549          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
550          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
551          my $name = $parts[1];          my $name = $parts[1];
552          next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));          next if ($seen->{$name});
553            $seen->{$name}++;
554            #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
555    
556          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
557              my $val = @$attr_ref[2];              my $val = @$attr_ref[2];
# Line 654  Line 708 
708  =cut  =cut
709    
710  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
711        my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
712    
713      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter, $sim_filters);
714      #my $fig = new FIG;      if ( (defined $parameters->{flag}) && ($parameters->{flag})){
715      my @sims= $fig->sims($fid,500,10,"fig");        $max_sims = $parameters->{max_sims};
716          $max_expand = $parameters->{max_expand};
717          $max_eval = $parameters->{max_eval};
718          $db_filter = $parameters->{db_filter};
719          $sim_filters->{ sort_by } = $parameters->{sim_order};
720          #$sim_order = $parameters->{sim_order};
721          $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
722        }
723        elsif ( (defined $parameters->{sims_db}) && ($parameters->{sims_db} eq 'all')){
724          $max_sims = 50;
725          $max_expand = 5;
726          $max_eval = 1e-5;
727          $db_filter = "all";
728          $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
729        }
730        else{
731          $max_sims = 50;
732          $max_expand = 5;
733          $max_eval = 1e-5;
734          $db_filter = "figx";
735          $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
736          #$sim_order = "id";
737        }
738    
739        my($id, $genome, @genomes, %sims);
740        my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
741        @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
742      my ($dataset);      my ($dataset);
743    
744      foreach my $sim (@sims){      if ($group_by_genome){
745          next if ($fig->is_deleted_fid($sim->[1]));        #  Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
746          foreach $sim ( @tmp ){
747            $id = $sim->id2;
748            $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
749            if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
750            push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
751          }
752          @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
753        }
754    
755        my $seen_sims={};
756        foreach my $sim (@tmp){
757          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
758            next if ($seen_sims->{$hit});
759            $seen_sims->{$hit}++;
760          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
761          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
762          my $qfrom = $sim->[6];          my $qfrom = $sim->[6];
# Line 673  Line 767 
767          my $hlength = $sim->[13];          my $hlength = $sim->[13];
768          my $db = get_database($hit);          my $db = get_database($hit);
769          my $func = $fig->function_of($hit);          my $func = $fig->function_of($hit);
770          my $organism = $fig->org_of($hit);          my $organism;
771            if ($fig->org_of($hit)){
772                $organism = $fig->org_of($hit);
773            }
774            else{
775                $organism = "Data not available";
776            }
777    
778          $dataset = {'class' => 'SIM',          $dataset = {'class' => 'SIM',
779                      'query' => $sim->[0],                      'query' => $sim->[0],
# Line 706  Line 806 
806      my ($id) = (@_);      my ($id) = (@_);
807    
808      my ($db);      my ($db);
809      if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "FIG" }      if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "SEED" }
810      elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }      elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }
811        elsif ($id =~ /^gb\|/)            { $db = "GenBank" }
812      elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }      elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }
813        elsif ($id =~ /^ref\|/)           { $db = "RefSeq" }
814      elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }      elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }
815      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
816      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
# Line 717  Line 819 
819      elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }      elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }
820      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
821      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
822        elsif ($id =~ /^pdb\|/)           { $db = "PDB" }
823        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "IMG" }
824        elsif ($id =~ /^cmr\|/)           { $db = "CMR" }
825        elsif ($id =~ /^dbj\|/)           { $db = "DBJ" }
826    
827      return ($db);      return ($db);
828    
# Line 919  Line 1025 
1025      my ($self,$gd,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$fig) = @_;
1026    
1027      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
1028      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1029                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1030                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1031                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1032    
1033      my $acc = $self->acc;      my $acc = $self->acc;
1034    
# Line 1058  Line 1167 
1167          my $id = $row->[0];          my $id = $row->[0];
1168          my $who = $row->[1];          my $who = $row->[1];
1169          my $assignment = $row->[2];          my $assignment = $row->[2];
1170          my $organism = $fig->org_of($id);          my $organism = "Data not available";
1171            if ($fig->org_of($id)){
1172                $organism = $fig->org_of($id);
1173            }
1174          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1175          push(@$single_domain,$who);          push(@$single_domain,$who);
1176          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));          push(@$single_domain,"<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>");
1177          push(@$single_domain,$organism);          push(@$single_domain,$organism);
1178          push(@$single_domain,$assignment);          push(@$single_domain,$assignment);
1179          push(@$all_domains,$single_domain);          push(@$all_domains,$single_domain);
# Line 1178  Line 1290 
1290      my $db_and_id = $thing->acc;      my $db_and_id = $thing->acc;
1291      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1292    
1293      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1294                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1295                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1296                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1297    
1298      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1299      if($db eq "CDD"){      if($db eq "CDD"){
# Line 1255  Line 1370 
1370      my $link;      my $link;
1371      my $link_url;      my $link_url;
1372      if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}      if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1373      elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}      elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1374      else{$link_url = "NO_URL"}      else{$link_url = "NO_URL"}
1375    
1376      $link = {"link_title" => $thing->acc,      $link = {"link_title" => $thing->acc,
# Line 1293  Line 1408 
1408          my $db_and_id = $thing->acc;          my $db_and_id = $thing->acc;
1409          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1410    
1411          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1412                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1413                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1414                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1415    
1416          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1417          if($db eq "CDD"){          if($db eq "CDD"){
# Line 1312  Line 1430 
1430                  $description_value = $cdd_obj->description;                  $description_value = $cdd_obj->description;
1431              }              }
1432          }          }
1433            elsif($db =~ /PFAM/){
1434                my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1435                my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1436                if(!scalar(@$pfam_objs)){
1437                    $name_title = "name";
1438                    $name_value = "not available";
1439                    $description_title = "description";
1440                    $description_value = "not available";
1441                }
1442                else{
1443                    my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1444                    $name_title = "name";
1445                    $name_value = $pfam_obj->term;
1446                    #$description_title = "description";
1447                    #$description_value = $pfam_obj->description;
1448                }
1449            }
1450    
1451          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1452    
# Line 1394  Line 1529 
1529      #color is      #color is
1530      my $color = "6";      my $color = "6";
1531    
1532  =pod=  =head3
1533    
1534      if($cello_location){      if($cello_location){
1535          my $cello_descriptions = [];          my $cello_descriptions = [];
# Line 1637  Line 1772 
1772  =cut  =cut
1773    
1774  sub display {  sub display {
1775      my ($self,$gd,$array,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$thing,$fig,$base_start,$in_subs,$cgi) = @_;
     #my $fig = new FIG;  
   
     my @ids;  
     foreach my $thing(@$array){  
         next if ($thing->class ne "SIM");  
         push (@ids, $thing->acc);  
     }  
   
     my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);  
   
     foreach my $thing (@$array){  
         if ($thing->class eq "SIM"){  
1776    
1777        # declare variables
1778        my $window_size = $gd->window_size;
1779              my $peg = $thing->acc;              my $peg = $thing->acc;
1780              my $query = $thing->query;      my $query_id = $thing->query;
   
1781              my $organism = $thing->organism;              my $organism = $thing->organism;
1782        my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1783        if (!$organism){
1784          $organism = $peg;
1785          $abbrev_name = $peg;
1786        }
1787              my $genome = $fig->genome_of($peg);              my $genome = $fig->genome_of($peg);
1788              my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;              my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1789              my $function = $thing->function;              my $function = $thing->function;
1790              my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);      my $query_start = $thing->qstart;
1791              my $align_start = $thing->qstart;      my $query_stop = $thing->qstop;
             my $align_stop = $thing->qstop;  
1792              my $hit_start = $thing->hstart;              my $hit_start = $thing->hstart;
1793              my $hit_stop = $thing->hstop;              my $hit_stop = $thing->hstop;
1794        my $ln_query = $thing->qlength;
1795        my $ln_hit = $thing->hlength;
1796    #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1797    #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1798        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1799        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1800    
1801              my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;              my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1802    
1803        # hit sequence title
1804              my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",              my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1805                                  'short_title' => "$abbrev_name",                                  'short_title' => "$abbrev_name",
1806                                  'title_link' => '$tax_link',                                  'title_link' => '$tax_link',
1807                                  'basepair_offset' => '0'                          'basepair_offset' => '0',
1808                            'no_middle_line' => '1'
1809                                  };                                  };
1810    
1811        # query sequence title
1812        my $replace_id = $peg;
1813        $replace_id =~ s/\|/_/ig;
1814        my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
1815        my $query_config = { 'title' => "Query",
1816                             'short_title' => "Query",
1817                             'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1818                             'basepair_offset' => '0',
1819                             'no_middle_line' => '1'
1820                             };
1821              my $line_data = [];              my $line_data = [];
1822        my $query_data = [];
1823    
1824              my $element_hash;              my $element_hash;
1825              my $links_list = [];      my $hit_links_list = [];
1826              my $descriptions = [];      my $hit_descriptions = [];
1827        my $query_descriptions = [];
1828              # get subsystem information  
1829              my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;      # get sequence information
1830              my $link;      # evidence link
1831              $link = {"link_title" => $peg,      my $evidence_link;
1832                       "link" => $url_link};      if ($peg =~ /^fig\|/){
1833              push(@$links_list,$link);        $evidence_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1834        }
1835        else{
1836          my $db = &Observation::get_database($peg);
1837          my ($link_id) = ($peg) =~ /\|(.*)/;
1838          $evidence_link = &HTML::alias_url($link_id, $db);
1839          #print STDERR "LINK: $db    $evidence_link";
1840        }
1841        my $link = {"link_title" => $peg,
1842                    "link" => $evidence_link};
1843        push(@$hit_links_list,$link) if ($evidence_link);
1844    
1845              #my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);      # subsystem link
1846              my @subs = @{$in_subs{$peg}} if (defined $in_subs{$peg});      my $subs = $in_subs->{$peg} if (defined $in_subs->{$peg});
1847              my @subsystems;              my @subsystems;
1848        foreach my $array (@$subs){
             foreach my $array (@subs){  
1849                  my $subsystem = $$array[0];                  my $subsystem = $$array[0];
1850                  push(@subsystems,$subsystem);                  push(@subsystems,$subsystem);
1851                  my $link;          my $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
                 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",  
1852                           "link_title" => $subsystem};                           "link_title" => $subsystem};
1853                  push(@$links_list,$link);          push(@$hit_links_list,$link);
1854              }              }
1855    
1856        # blast alignment
1857              $link = {"link_title" => "view blast alignment",              $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1858                       "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query&peg2=$peg"};               "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query_id&peg2=$peg"};
1859              push (@$links_list,$link);      push (@$hit_links_list,$link) if ($peg =~ /^fig\|/);
1860    
1861        # description data
1862              my $description_function;              my $description_function;
1863              $description_function = {"title" => "function",              $description_function = {"title" => "function",
1864                                       "value" => $function};                                       "value" => $function};
1865              push(@$descriptions,$description_function);      push(@$hit_descriptions,$description_function);
1866    
1867              my ($description_ss, $ss_string);      # subsystem description
1868              $ss_string = join (",", @subsystems);      my $ss_string = join (",", @subsystems);
1869              $description_ss = {"title" => "subsystems",      $ss_string =~ s/_/ /ig;
1870        my $description_ss = {"title" => "subsystems",
1871                                 "value" => $ss_string};                                 "value" => $ss_string};
1872              push(@$descriptions,$description_ss);      push(@$hit_descriptions,$description_ss);
1873    
1874        # location description
1875        # hit
1876              my $description_loc;              my $description_loc;
1877              $description_loc = {"title" => "location start",      $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1878                                  "value" => $hit_start};                          "value" => $hit_start . " - " . $hit_stop};
1879              push(@$descriptions, $description_loc);      push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1880    
1881              $description_loc = {"title" => "location stop",      $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1882                                  "value" => $hit_stop};                          "value" => $ln_hit};
1883              push(@$descriptions, $description_loc);      push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1884    
1885        # query
1886        $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1887                            "value" => $query_start . " - " . $query_stop};
1888        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1889    
1890        $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1891                            "value" => $ln_query};
1892        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1893    
1894    
1895    
1896        # evalue score description
1897              my $evalue = $thing->evalue;              my $evalue = $thing->evalue;
1898              while ($evalue =~ /-0/)              while ($evalue =~ /-0/)
1899              {              {
# Line 1731  Line 1903 
1903              }              }
1904    
1905              my $color = &color($evalue);              my $color = &color($evalue);
   
1906              my $description_eval = {"title" => "E-Value",              my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1907                                      "value" => $evalue};                                      "value" => $evalue};
1908              push(@$descriptions, $description_eval);      push(@$hit_descriptions, $description_eval);
1909        push(@$query_descriptions, $description_eval);
1910    
1911              my $identity = $self->identity;              my $identity = $self->identity;
1912              my $description_identity = {"title" => "Identity",              my $description_identity = {"title" => "Identity",
1913                                          "value" => $identity};                                          "value" => $identity};
1914              push(@$descriptions, $description_identity);      push(@$hit_descriptions, $description_identity);
1915        push(@$query_descriptions, $description_identity);
1916    
1917    
1918        my $number = $base_start + ($query_start-$hit_start);
1919        #print STDERR "START: $number";
1920        $element_hash = {
1921            "title" => $query_id,
1922            "start" => $base_start,
1923            "end" => $base_start+$ln_query,
1924            "type"=> 'box',
1925            "color"=> $color,
1926            "zlayer" => "2",
1927            "links_list" => $query_links_list,
1928            "description" => $query_descriptions
1929            };
1930        push(@$query_data,$element_hash);
1931    
1932        $element_hash = {
1933            "title" => $query_id . ': HIT AREA',
1934            "start" => $base_start + $query_start,
1935            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1936            "type"=> 'smallbox',
1937            "color"=> $query_color,
1938            "zlayer" => "3",
1939            "links_list" => $query_links_list,
1940            "description" => $query_descriptions
1941            };
1942        push(@$query_data,$element_hash);
1943    
1944        $gd->add_line($query_data, $query_config);
1945    
1946    
1947              $element_hash = {              $element_hash = {
1948                  "title" => $peg,                  "title" => $peg,
1949                  "start" => $align_start,                  "start" => $base_start + ($query_start-$hit_start),
1950                  "end" =>  $align_stop,                  "end" => $base_start + (($query_start-$hit_start)+$ln_hit),
1951                  "type"=> 'box',                  "type"=> 'box',
1952                  "color"=> $color,                  "color"=> $color,
1953                  "zlayer" => "2",                  "zlayer" => "2",
1954                  "links_list" => $links_list,                  "links_list" => $hit_links_list,
1955                  "description" => $descriptions                  "description" => $hit_descriptions
1956                    };
1957        push(@$line_data,$element_hash);
1958    
1959        $element_hash = {
1960            "title" => $peg . ': HIT AREA',
1961            "start" => $base_start + $query_start,
1962            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1963            "type"=> 'smallbox',
1964            "color"=> $hit_color,
1965            "zlayer" => "3",
1966            "links_list" => $hit_links_list,
1967            "description" => $hit_descriptions
1968                  };                  };
1969              push(@$line_data,$element_hash);              push(@$line_data,$element_hash);
1970    
1971              $gd->add_line($line_data, $line_config);              $gd->add_line($line_data, $line_config);
1972          }  
1973      }      my $breaker = [];
1974        my $breaker_hash = {};
1975        my $breaker_config = { 'no_middle_line' => "1" };
1976    
1977        push (@$breaker, $breaker_hash);
1978        $gd->add_line($breaker, $breaker_config);
1979    
1980      return ($gd);      return ($gd);
1981  }  }
1982    
# Line 1800  Line 2022 
2022              }              }
2023          }          }
2024    
2025          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2026                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
2027                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
2028                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
2029          my ($name_value,$description_value);          my ($name_value,$description_value);
2030    
2031          if($db eq "CDD"){          if($db eq "CDD"){
# Line 1837  Line 2062 
2062          my $link;          my $link;
2063          my $link_url;          my $link_url;
2064          if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}          if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
2065          elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}          elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
2066          else{$link_url = "NO_URL"}          else{$link_url = "NO_URL"}
2067    
2068          $link = {"link_title" => $name_value,          $link = {"link_title" => $name_value,
# Line 1881  Line 2106 
2106  =cut  =cut
2107    
2108  sub display_table {  sub display_table {
2109      my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;      my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2110        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2111    
2112      my $data = [];      my $scroll_list;
2113      my $count = 0;      foreach my $col (@$show_columns){
2114      my $content;          push (@$scroll_list, $col->{key});
2115      #my $fig = new FIG;      }
2116      my $cgi = new CGI;  
2117      my @ids;      push (@ids, $query_fid);
2118      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
2119          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2120          push (@ids, $thing->acc);          push (@ids, $thing->acc);
2121      }      }
2122    
2123      my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2124      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2125    
2126      # get the column for the subsystems      # get the column for the subsystems
2127      %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);      $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash') if (grep /subsystem/, @$scroll_list);
2128    
2129      # get the column for the evidence codes      # get the column for the evidence codes
2130      %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2131    
2132      # get the column for pfam_domain      # get the column for pfam_domain
2133      %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2134    
2135        # get the column for molecular weight
2136        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2137    
2138        # get the column for organism's habitat
2139        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2140    
2141        # get the column for organism's temperature optimum
2142        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2143    
2144        # get the column for organism's temperature range
2145        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2146    
2147        # get the column for organism's oxygen requirement
2148        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2149    
2150        # get the column for organism's pathogenicity
2151        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2152    
2153        # get the column for organism's pathogenicity host
2154        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2155    
2156        # get the column for organism's salinity
2157        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2158    
2159        # get the column for organism's motility
2160        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2161    
2162        # get the column for organism's gram stain
2163        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2164    
2165        # get the column for organism's endospores
2166        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2167    
2168        # get the column for organism's shape
2169        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2170    
2171        # get the column for organism's disease
2172        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2173    
2174        # get the column for organism's disease
2175        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2176    
2177        # get the column for transmembrane domains
2178        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2179    
2180        # get the column for similar to human
2181        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2182    
2183        # get the column for signal peptide
2184        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2185    
2186        # get the column for transmembrane domains
2187        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2188    
2189        # get the column for conserved neighborhood
2190        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2191    
2192        # get the column for cellular location
2193        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2194    
2195        # get the aliases
2196        my $alias_col;
2197        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2198             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2199             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2200             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2201             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2202            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2203        }
2204    
2205        # get the colors for the function cell
2206        my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2207        $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2208        my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2209    
2210      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);  
     #my $alias_col = {};  
2211    
2212      foreach my $thing (@$dataset) {      my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2213        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2214        my $same_genome_flag = 0;
2215    
2216        my $func_color_offset=0;
2217        unshift(@$dataset, $query_fid);
2218        for (my $thing_count=0;$thing_count<scalar @$dataset;$thing_count++){
2219    #    foreach my $thing ( @$dataset){
2220            my $thing = $dataset->[$thing_count];
2221            my $next_thing = $dataset->[$thing_count+1] if (defined $dataset->[$thing_count+1]);
2222            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2, $next_org);
2223            if ($thing eq $query_fid){
2224                $id = $thing;
2225                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2226                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2227                $current_function = $fig->function_of($id);
2228            }
2229            else{
2230          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2231    
2232                $id      = $thing->acc;
2233                $evalue  = $thing->evalue;
2234                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2235                $iden    = $thing->identity;
2236                $organism= $thing->organism;
2237                $ln1     = $thing->qlength;
2238                $ln2     = $thing->hlength;
2239                $b1      = $thing->qstart;
2240                $e1      = $thing->qstop;
2241                $b2      = $thing->hstart;
2242                $e2      = $thing->hstop;
2243                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2244                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2245                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2246                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2247                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2248                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2249                $current_function = $thing->function;
2250                $next_org = $next_thing->organism if (defined $next_thing);
2251            }
2252    
2253          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
2254          $count++;          $count++;
2255    
2256          my $id      = $thing->acc;          # organisms cell
2257          my $taxid   = $fig->genome_of($id);          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2258          my $iden    = $thing->identity;  
2259          my $ln1     = $thing->qlength;          my $org_cell;
2260          my $ln2     = $thing->hlength;          if ( ($next_org ne $organism) && ($same_genome_flag == 0) ){
2261          my $b1      = $thing->qstart;              $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2262          my $e1      = $thing->qstop;          }
2263          my $b2      = $thing->hstart;          elsif ($next_org eq $organism){
2264          my $e2      = $thing->hstop;              $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2265          my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;              $same_genome_flag = 1;
2266          my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;          }
2267          my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";          elsif ($same_genome_flag == 1){
2268          my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";              $org_cell = { 'data' =>  "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2269                $same_genome_flag = 0;
2270            }
2271    
2272          # checkbox column          # checkbox cell
2273            my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2274          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2275          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2276          my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);          my $cell_name = "cell_". $id;
2277          my ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;          my $replace_id = $id;
2278            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2279            my $white = '#ffffff';
2280            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2281            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2282            my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2283            my $checked = "";
2284            #$checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2285            if ($id =~ /^fig\|/){
2286              my $box = qq~<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>~;
2287              my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" onClick="clearText('new_text_function')">);
2288              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2289              $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2290              $tax = $fig->genome_of($id);
2291            }
2292            else{
2293              my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2294              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2295            }
2296    
2297          # get the linked fig id          # get the linked fig id
2298          my $fig_col;          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2299          if (defined ($e_identical{$id})){          my $fig_data =  "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;
2300              $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2301          }          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2302          else{                         'highlight'=>$white};
2303              $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id);  
2304          }          $replace_id = $peg;
2305            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2306          push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,          $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2307                "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function);   # permanent columns          my $query_config = { 'title' => "Query",
2308                                 'short_title' => "Query",
2309          foreach my $col (sort keys %$scroll_list){                               'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2310              if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}                               'basepair_offset' => '0'
2311              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}                               };
2312              elsif ($col =~ /pfam_domains/)               {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}  
2313              elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"NCBI"});}          # function cell
2314              elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"RefSeq"});}          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2315              elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"SwissProt"});}                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2316              elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"UniProt"});}                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2317              elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}  
2318              elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}          my $function_color;
2319              elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}          if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2320              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}              $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2321              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}          }
2322              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}          else{
2323              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}              $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2324              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}          }
2325            my $function_cell;
2326            if ($current_function){
2327              if ($current_function eq $query_function){
2328                $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$function_cell_colors->{0}};
2329                $func_color_offset=1;
2330              }
2331              else{
2332                  $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => $function_color};
2333              }
2334            }
2335            else{
2336              $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2337            }
2338    
2339            if ($id eq $query_fid){
2340                push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2341                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2342                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white});  # permanent columns
2343            }
2344            else{
2345                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2346                      {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);  # permanent columns
2347            }
2348    
2349            if ( ( $application->session->user) ){
2350                my $user = $application->session->user;
2351                if ($user && $user->has_right(undef, 'annotate', 'genome', $fig->genome_of($id))) {
2352                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2353                }
2354            }
2355    
2356            my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2357    
2358            foreach my $col (@$scroll_list){
2359                if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2360                else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2361    
2362                if ($col =~ /subsystem/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2363                elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2364                elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2365                elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2366                elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2367                elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2368                elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2369                elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2370                elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2371                elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2372                elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2373                elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2374                elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2375                elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2376                elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2377                elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2378                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2379                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2380                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2381                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2382                elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2383                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2384                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2385                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2386                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2387                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2388                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2389                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2390                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2391                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2392                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2393                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2394                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2395                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2396          }          }
2397          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
2398      }      }
# Line 1972  Line 2402 
2402      else{      else{
2403          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2404      }      }
2405        shift(@$dataset);
2406      return ($content);      return ($content);
2407  }  }
2408    
# Line 1981  Line 2412 
2412      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2413          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2414          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2415          $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);          my $cell_name = "cell_" . $id;
2416            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name', '$cell_name');">);
2417      }      }
2418      return (%column);      return (%column);
2419  }  }
2420    
2421    sub get_figfam_column{
2422        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2423        my $column;
2424    
2425        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2426        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2427    
2428        foreach my $id (@$ids){
2429            my ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2430            if ($ff){
2431                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2432            }
2433            else{
2434                push (@$column, " ");
2435            }
2436        }
2437    
2438        return $column;
2439    }
2440    
2441  sub get_subsystems_column{  sub get_subsystems_column{
2442      my ($ids,$fig) = @_;      my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2443    
     #my $fig = new FIG;  
     my $cgi = new CGI;  
2444      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2445      my %column;      my ($column, $ss);
2446      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2447          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2448          my @subsystems;          my @subsystems;
2449    
2450          if (@in_sub > 0) {          if (@in_sub > 0) {
2451              foreach my $array(@in_sub){              foreach my $array(@in_sub){
2452                  my $ss = $$array[0];                  my $ss = $array->[0];
2453                  $ss =~ s/_/ /ig;                  $ss =~ s/_/ /ig;
2454                  push (@subsystems, "-" . $ss);                  push (@subsystems, "-" . $ss);
2455              }              }
2456              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2457              $column{$id} = $in_sub_line;              $ss->{$id} = $in_sub_line;
2458          } else {          } else {
2459              $column{$id} = "&nbsp;";              $ss->{$id} = "None added";
2460          }          }
2461            push (@$column, $ss->{$id});
2462      }      }
2463      return (%column);  
2464        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2465        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2466    }
2467    
2468    sub get_lineage_column{
2469        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2470    
2471        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2472    
2473        foreach my $id (@$ids){
2474            my $genome = $fig->genome_of($id);
2475            if ($lineages->{$genome}){
2476    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2477                push (@$column, $lineages->{$genome});
2478            }
2479            else{
2480                push (@$column, " ");
2481            }
2482        }
2483        return $column;
2484    }
2485    
2486    sub match_color {
2487        my ( $b, $e, $n , $rgb) = @_;
2488        my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
2489        my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
2490        my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
2491        my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
2492        my $br  = 1;
2493        if ($rgb){
2494            return html2rgb( rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) ) );
2495        }
2496        else{
2497            rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
2498        }
2499    }
2500    
2501    sub hsb2rgb {
2502        my ( $h, $s, $br ) = @_;
2503        $h = 6 * ($h - floor($h));
2504        if ( $s  > 1 ) { $s  = 1 } elsif ( $s  < 0 ) { $s  = 0 }
2505        if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
2506        my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1,      $h,     0      )
2507                                          : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1,      0      )
2508                                          :               ( 0,      1,      $h - 2 )
2509                                          )
2510                                        : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0,      4 - $h, 1      )
2511                                          : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0,      1      )
2512                                          :               ( 1,      0,      6 - $h )
2513                                          );
2514        ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
2515          ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
2516          ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
2517        )
2518    }
2519    
2520    sub html2rgb {
2521        my ($hex) = @_;
2522        my ($r,$g,$b) = ($hex) =~ /^\#(\w\w)(\w\w)(\w\w)/;
2523        my $code = { 'A'=>10, 'B'=>11, 'C'=>12, 'D'=>13, 'E'=>14, 'F'=>15,
2524                     1=>1, 2=>2, 3=>3, 4=>4, 5=>5, 6=>6, 7=>7, 8=>8, 9=>9};
2525    
2526        my @R = split(//, $r);
2527        my @G = split(//, $g);
2528        my @B = split(//, $b);
2529    
2530        my $red = ($code->{uc($R[0])}*16)+$code->{uc($R[1])};
2531        my $green = ($code->{uc($G[0])}*16)+$code->{uc($G[1])};
2532        my $blue = ($code->{uc($B[0])}*16)+$code->{uc($B[1])};
2533    
2534        my $rgb = [$red, $green, $blue];
2535        return $rgb;
2536    
2537    }
2538    
2539    sub rgb2html {
2540        my ( $r, $g, $b ) = @_;
2541        if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
2542        if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
2543        if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
2544        sprintf("#%02x%02x%02x", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
2545    }
2546    
2547    sub floor {
2548        my $x = $_[0];
2549        defined( $x ) || return undef;
2550        ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
2551    }
2552    
2553    sub get_function_color_cell{
2554      my ($functions, $fig) = @_;
2555    
2556      # figure out the quantity of each function
2557      my %hash;
2558      foreach my $key (keys %$functions){
2559        my $func = $functions->{$key};
2560        $hash{$func}++;
2561      }
2562    
2563      my %func_colors;
2564      my $count = 1;
2565      foreach my $key (sort {$hash{$b}<=>$hash{$a}} keys %hash){
2566        $func_colors{$key}=$count;
2567        $count++;
2568      }
2569    
2570      return \%func_colors;
2571  }  }
2572    
2573  sub get_essentially_identical{  sub get_essentially_identical{
# Line 2042  Line 2600 
2600    
2601    
2602  sub get_evidence_column{  sub get_evidence_column{
2603      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2604      #my $fig = new FIG;      my ($column, $code_attributes);
2605      my $cgi = new CGI;  
2606      my (%column, %code_attributes);      if (! defined $attributes) {
2607            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2608            $attributes = \@attributes_array;
2609        }
2610    
2611      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2612      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2613          push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);          push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2614      }      }
2615    
2616      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2617          # add evidence code with tool tip          # add evidence code with tool tip
2618          my $ev_codes=" &nbsp; ";          my $ev_codes=" &nbsp; ";
2619    
2620          my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});          my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2621          my @ev_codes = ();          my @ev_codes = ();
2622          foreach my $code (@codes) {          foreach my $code (@codes) {
2623              my $pretty_code = $code->[2];              my $pretty_code = $code->[2];
2624              if ($pretty_code =~ /;/) {              if ($pretty_code =~ /;/) {
2625                  my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);                  my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2626                    print STDERR "$id: $cd, $ss\n";
2627                    if ($cd =~ /ilit|dlit/){
2628                        my ($type,$pubmed_id) = ($cd) =~ /(.*?)\((.*)\)/;
2629                        my $publink = &HTML::alias_url($pubmed_id,'PMID');
2630                        $cd = $type . "(<a href='" . $publink . "'>" . $pubmed_id . "</a>)";
2631                    }
2632                  $ss =~ s/_/ /g;                  $ss =~ s/_/ /g;
2633                  $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;                  $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2634              }              }
# Line 2074  Line 2641 
2641                                  {                                  {
2642                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2643          }          }
2644          $column{$id}=$ev_codes;  
2645            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2646            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2647      }      }
2648      return (%column);      return $column;
2649  }  }
2650    
2651  sub get_pfam_column{  sub get_attrb_column{
2652      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
     #my $fig = new FIG;  
     my $cgi = new CGI;  
     my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);  
     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');  
2653    
2654      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;      my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
2655        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2656                                     -host     => $WebConfig::DBHOST,
2657                                     -user     => $WebConfig::DBUSER,
2658                                     -password => $WebConfig::DBPWD);
2659    
2660        if ($colName eq "pfam"){
2661            if (! defined $attributes) {
2662                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2663                $attributes = \@attributes_array;
2664            }
2665    
2666            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2667      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2668          my $name = $key->[1];          my $name = $key->[1];
2669          if ($name =~ /_/){          if ($name =~ /_/){
# Line 2097  Line 2674 
2674      }      }
2675    
2676      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2677          # add evidence code              # add pfam code
2678          my $pfam_codes=" &nbsp; ";          my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2679          my @pfam_codes = "";          my @pfam_codes = "";
2680          my %description_codes;          my %description_codes;
# Line 2113  Line 2690 
2690    
2691              foreach my $code (@ncodes) {              foreach my $code (@ncodes) {
2692                  my @parts = split("::",$code);                  my @parts = split("::",$code);
2693                  my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";                      my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2694    
2695                  # get the locations for the domain                  # get the locations for the domain
2696                  my @locs;                  my @locs;
# Line 2132  Line 2709 
2709                  }                  }
2710                  else {                  else {
2711                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2712                      $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};                          $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2713                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2714                  }                  }
2715              }              }
2716    
2717                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2718                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2719                }
2720            }
2721        }
2722        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2723            if (! defined $attributes) {
2724                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2725                $attributes = \@attributes_array;
2726          }          }
2727    
2728          $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2729            foreach my $key (@codes){
2730                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2731                my ($new_loc, @all);
2732                @all = split (//, $loc);
2733                my $count = 0;
2734                foreach my $i (@all){
2735                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2736                        $new_loc .= " " . $i;
2737                    }
2738                    else{
2739                        $new_loc .= $i;
2740                    }
2741                    $count++;
2742                }
2743                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2744            }
2745    
2746            foreach my $id (@$ids){
2747                my (@values, $entry);
2748                #@values = (" ");
2749                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2750                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2751                    foreach my $code (@ncodes){
2752                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2753                    }
2754                }
2755                else{
2756                    @values = ("Not available");
2757                }
2758    
2759                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2760                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2761            }
2762        }
2763        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2764                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2765            if (! defined $attributes) {
2766                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2767                $attributes = \@attributes_array;
2768            }
2769    
2770            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2771            foreach my $key (@codes){
2772                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2773      }      }
     return (%column);  
2774    
2775            foreach my $id (@$ids){
2776                my (@values, $entry);
2777                #@values = (" ");
2778                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2779                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2780                    foreach my $code (@ncodes){
2781                        push (@values, $code);
2782                    }
2783                }
2784                else{
2785                    @values = ("Not available");
2786  }  }
2787    
2788  sub get_aliases {              if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2789      my ($ids,$fig) = @_;              elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2790            }
2791        }
2792        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2793                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2794                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2795                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2796                ($colName eq 'gc_content') ) {
2797            if (! defined $attributes) {
2798                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2799                $attributes = \@attributes_array;
2800            }
2801    
2802            my $genomes_with_phenotype;
2803            foreach my $attribute (@$attributes){
2804                my $genome = $attribute->[0];
2805                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2806            }
2807    
2808            foreach my $id (@$ids){
2809                my $genome = $fig->genome_of($id);
2810                my @values = (' ');
2811                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2812                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2813                }
2814                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2815                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2816            }
2817        }
2818    
2819        return $column;
2820    }
2821    
2822    
2823    sub get_db_aliases {
2824        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2825    
2826        my $db_array;
2827      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2828      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2829          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2830              my $id_db = &Observation::get_database($alias);              my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2831              next if ($aliases->{$id}->{$id_db});              next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
2832                next if ($aliases->{$id}->{$db});
2833              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2834          }          }
2835            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
2836                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
2837      }      }
2838      return ($aliases);          #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
2839            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
2840  }  }
2841    
2842        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
2843        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
2844    }
2845    
2846    
2847    
2848  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2849    
2850  sub color {  sub color {
# Line 2195  Line 2882 
2882  sub display {  sub display {
2883      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2884    
2885        $taxes = $fig->taxonomy_list();
2886    
2887      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
2888      my $compare_or_coupling = $self->context;      my $compare_or_coupling = $self->context;
2889      my $gd_window_size = $gd->window_size;      my $gd_window_size = $gd->window_size;
# Line 2268  Line 2957 
2957                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2958                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2959                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2960                  #my $lineage = $taxes->{$genome1};                  my $lineage = $taxes->{$genome};
2961                  my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));                  #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2962                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2963                      if ($lineage =~ /$taxon/){                      if ($lineage =~ /$taxon/){
2964                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);
# Line 2351  Line 3040 
3040          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
3041          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
3042          #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;          #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
3043          #my $lineage = $taxes->{$genome1};          my $lineage = $taxes->{$region_genome};
3044          my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);          #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
3045          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
3046          my $line_config = { 'title' => $region_gs,          my $line_config = { 'title' => $region_gs,
3047                              'short_title' => $abbrev_name,                              'short_title' => $abbrev_name,
# Line 2442  Line 3131 
3131                  $prev_stop = $stop;                  $prev_stop = $stop;
3132                  $prev_fig = $fid1;                  $prev_fig = $fid1;
3133    
3134                  if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){                  if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_gnes{$fid1})){
3135                      $start = $gd_window_size - $start;                      $start = $gd_window_size - $start;
3136                      $stop = $gd_window_size - $stop;                      $stop = $gd_window_size - $stop;
3137                  }                  }
# Line 2594  Line 3283 
3283      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
3284      my $count = 0;      my $count = 0;
3285      my $peg_array = [];      my $peg_array = [];
3286      my (%evidence_column, %subsystems_column,  %e_identical);      my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3287    
3288      if (@$dataset != 1){      if (@$dataset != 1){
3289          foreach my $thing (@$dataset){          foreach my $thing (@$dataset){
# Line 2603  Line 3292 
3292              }              }
3293          }          }
3294          # get the column for the evidence codes          # get the column for the evidence codes
3295          %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);          $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3296    
3297          # get the column for the subsystems          # get the column for the subsystems
3298          %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);          $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3299    
3300          # get essentially identical seqs          # get essentially identical seqs
3301          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
# Line 2620  Line 3309 
3309          last if ($count > 10);          last if ($count > 10);
3310          my $row_data = [];          my $row_data = [];
3311          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);          my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3312            if ($fig->org_of($id)){
3313          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
3314            }
3315            else{
3316                $org = "Data not available";
3317            }
3318          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
3319          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
3320              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
# Line 2635  Line 3329 
3329    
3330          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);
3331          push(@$row_data,$org);          push(@$row_data,$org);
3332          push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3333          push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3334          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3335          push(@$row_data,$function_cell);          push(@$row_data,$function_cell);
3336          push(@$all_rows,$row_data);          push(@$all_rows,$row_data);
# Line 2682  Line 3376 
3376    
3377      return($content);      return($content);
3378  }  }
3379    

Legend:
Removed from v.1.50  
changed lines
  Added in v.1.67

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3