[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.49, Thu Dec 6 13:59:34 2007 UTC revision 1.50, Thu Dec 6 18:47:35 2007 UTC
# Line 496  Line 496 
496          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
497          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
498          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
499            my $name = $parts[1];
500            next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
501    
502          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
503              my $val = @$attr_ref[2];              my $val = @$attr_ref[2];
# Line 504  Line 506 
506                  my $from = $2;                  my $from = $2;
507                  my $to = $3;                  my $to = $3;
508                  my $evalue;                  my $evalue;
509                  if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){                  if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
510                      my $part2 = 1000 - $1;                      my $part2 = 1000 - $1;
511                      my $part1 = $2/100;                      my $part1 = $2/100;
512                      $evalue = $part1."e-".$part2;                      $evalue = $part1."e-".$part2;
513                  }                  }
514                    elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
515                        $evalue=$raw_evalue;
516                    }
517                  else{                  else{
518                      $evalue = "0.0";                      $evalue = "0.0";
519                  }                  }
# Line 1193  Line 1198 
1198          }          }
1199      }      }
1200      elsif($db =~ /PFAM/){      elsif($db =~ /PFAM/){
1201          my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $id } );          my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1202            my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1203          if(!scalar(@$pfam_objs)){          if(!scalar(@$pfam_objs)){
1204              $name_title = "name";              $name_title = "name";
1205              $name_value = "not available";              $name_value = "not available";
# Line 1211  Line 1217 
1217    
1218      my $short_title = $thing->acc;      my $short_title = $thing->acc;
1219      $short_title =~ s/::/ - /ig;      $short_title =~ s/::/ - /ig;
1220        my $new_short_title=$short_title;
1221        if ($short_title =~ /interpro/){
1222            ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1223        }
1224      my $line_config = { 'title' => $name_value,      my $line_config = { 'title' => $name_value,
1225                          'hover_title', => 'Domain',                          'hover_title', => 'Domain',
1226                          'short_title' => $short_title,                          'short_title' => $new_short_title,
1227                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1228    
1229      my $name;      my $name;
1230        my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1231      $name = {"title" => $db,      $name = {"title" => $db,
1232               "value" => $id};               "value" => $new_id};
1233      push(@$descriptions,$name);      push(@$descriptions,$name);
1234    
1235  #    my $description;  #    my $description;

Legend:
Removed from v.1.49  
changed lines
  Added in v.1.50

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3