[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.46, Thu Nov 29 19:33:33 2007 UTC revision 1.61, Wed Jul 2 15:53:50 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3  use lib '/vol/ontologies';  #use lib '/vol/ontologies';
4  use DBMaster;  use DBMaster;
5  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
6    
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9    
10  use WebColors;  use WebColors;
11    use WebConfig;
12    
13  use FIG_Config;  use FIG_Config;
14  #use strict;  #use strict;
15  #use warnings;  #use warnings;
16  use HTML;  use HTML;
17    use FFs;
18    
19  1;  1;
20    
 # $Id$  
   
21  =head1 NAME  =head1 NAME
22    
23  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
# Line 374  Line 374 
374    
375  }  }
376    
377    =head
378        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
379    =cut
380    
381    sub get_attributes{
382        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
383        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
384        return @attributes;
385    }
386    
387    =head3 get_sims_objects()
388    
389    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
390    
391    =cut
392    
393    sub get_sims_objects {
394        my ($self,$fid,$fig,$parameters) = @_;
395    
396        my $objects = [];
397        my @matched_datasets=();
398    
399        # call function that fetches attribute based observations
400        # returns an array of arrays of hashes
401        get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
402    
403        foreach my $dataset (@matched_datasets) {
404            my $object;
405            if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
406                $object = Observation::Sims->new($dataset);
407            }
408            push (@$objects, $object);
409        }
410        return $objects;
411    }
412    
413    
414  =head3 display_housekeeping  =head3 display_housekeeping
415  This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format  This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
416    
# Line 414  Line 451 
451  =cut  =cut
452    
453  sub get_sims_summary {  sub get_sims_summary {
454      my ($observation, $fid, $taxes, $dataset, $fig) = @_;      my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
455      my %families;      my %families;
456      #my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");      my $taxes = $fig->taxonomy_list();
457    
458      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
459            my ($id, $evalue);
460            if ($thing =~ /fig\|/){
461                $id = $thing;
462                $evalue = -1;
463            }
464            else{
465          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
466                $id      = $thing->acc;
467          my $id      = $thing->acc;              $evalue  = $thing->evalue;
468          my $evalue  = $thing->evalue;          }
   
469          next if ($id !~ /fig\|/);          next if ($id !~ /fig\|/);
470          next if ($fig->is_deleted_fid($id));          next if ($fig->is_deleted_fid($id));
471    
472          my $genome = $fig->genome_of($id);          my $genome = $fig->genome_of($id);
473          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
474          #my $taxonomy = $taxes->{$genome1};          my $taxonomy = $taxes->{$genome};
         my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($genome); # use this if the taxonomies have been updated  
475          my $parent_tax = "Root";          my $parent_tax = "Root";
476          my @currLineage = ($parent_tax);          my @currLineage = ($parent_tax);
477            push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
478            my $level = 2;
479          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
480              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
481                push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
482                $families{level}{$tax} = $level;
483              push (@currLineage, $tax);              push (@currLineage, $tax);
484              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
485              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
486              if (defined ($families{evalue}{$tax})){              if (defined ($families{evalue}{$tax})){
487                  if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){                  if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
488                      $families{evalue}{$tax} = $evalue;                      $families{evalue}{$tax} = $evalue;
489                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
490                  }                  }
# Line 449  Line 495 
495              }              }
496    
497              $parent_tax = $tax;              $parent_tax = $tax;
498                $level++;
499          }          }
500      }      }
501    
# Line 459  Line 506 
506          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
507          $families{children}{$key} = \@out;          $families{children}{$key} = \@out;
508      }      }
509      return (\%families);  
510        return \%families;
511  }  }
512    
513  =head1 Internal Methods  =head1 Internal Methods
# Line 473  Line 521 
521  sub get_taxcolor{  sub get_taxcolor{
522      my ($evalue) = @_;      my ($evalue) = @_;
523      my $color;      my $color;
524      if ($evalue <= 1e-170){        $color = "#FF2000";    }      if ($evalue == -1){            $color = "black";      }
525        elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){        $color = "#FF2000";    }
526      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }
527      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }
528      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }
# Line 496  Line 545 
545          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
546          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
547          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
548            my $name = $parts[1];
549            #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
550    
551          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
552              my $val = @$attr_ref[2];              my $val = @$attr_ref[2];
# Line 504  Line 555 
555                  my $from = $2;                  my $from = $2;
556                  my $to = $3;                  my $to = $3;
557                  my $evalue;                  my $evalue;
558                  if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){                  if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
559                      my $part2 = 1000 - $1;                      my $part2 = 1000 - $1;
560                      my $part1 = $2/100;                      my $part1 = $2/100;
561                      $evalue = $part1."e-".$part2;                      $evalue = $part1."e-".$part2;
562                  }                  }
563                    elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
564                        $evalue=$raw_evalue;
565                    }
566                  else{                  else{
567                      $evalue = "0.0";                      $evalue = "0.0";
568                  }                  }
# Line 649  Line 703 
703  =cut  =cut
704    
705  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
706        my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
707    
708      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter);
709      #my $fig = new FIG;      if ($parameters->{flag}){
710      my @sims= $fig->sims($fid,500,10,"fig");        $max_sims = $parameters->{max_sims};
711          $max_expand = $parameters->{max_expand};
712          $max_eval = $parameters->{max_eval};
713          $db_filter = $parameters->{db_filter};
714          $sim_order = $parameters->{sim_order};
715          $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
716        }
717        else{
718          $max_sims = 50;
719          $max_expand = 5;
720          $max_eval = 1e-5;
721          $db_filter = "figx";
722          $sim_order = "id";
723        }
724    
725        my($id, $genome, @genomes, %sims);
726        my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand);
727        @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
728      my ($dataset);      my ($dataset);
729    
730      foreach my $sim (@sims){      if ($group_by_genome){
731          next if ($fig->is_deleted_fid($sim->[1]));        #  Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
732          foreach $sim ( @tmp ){
733            $id = $sim->id2;
734            $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
735            if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
736            push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
737          }
738          @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
739        }
740    
741        foreach my $sim (@tmp){
742          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
743          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
744          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
# Line 701  Line 783 
783      my ($id) = (@_);      my ($id) = (@_);
784    
785      my ($db);      my ($db);
786      if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "FIG" }      if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "SEED" }
787      elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }      elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }
788        elsif ($id =~ /^gb\|/)            { $db = "GenBank" }
789      elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }      elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }
790        elsif ($id =~ /^ref\|/)           { $db = "RefSeq" }
791      elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }      elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }
792      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
793      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
# Line 712  Line 796 
796      elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }      elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }
797      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
798      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
799        elsif ($id =~ /^pdb\|/)           { $db = "PDB" }
800        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "IMG" }
801        elsif ($id =~ /^cmr\|/)           { $db = "CMR" }
802        elsif ($id =~ /^dbj\|/)           { $db = "DBJ" }
803    
804      return ($db);      return ($db);
805    
# Line 776  Line 864 
864                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
865                    } @fc_data;                    } @fc_data;
866    
     my ($dataset);  
867      my $dataset = {'class' => 'PCH',      my $dataset = {'class' => 'PCH',
868                     'type' => 'fc',                     'type' => 'fc',
869                     'fig_id' => $fid,                     'fig_id' => $fid,
# Line 887  Line 974 
974      return $self->{database};      return $self->{database};
975  }  }
976    
 sub score {  
   my ($self) = @_;  
   
   return $self->{score};  
 }  
   
977  ############################################################  ############################################################
978  ############################################################  ############################################################
979  package Observation::PDB;  package Observation::PDB;
# Line 921  Line 1002 
1002      my ($self,$gd,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$fig) = @_;
1003    
1004      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
1005      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1006                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1007                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1008                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1009    
1010      my $acc = $self->acc;      my $acc = $self->acc;
1011    
# Line 942  Line 1026 
1026      my $lines = [];      my $lines = [];
1027      my $line_data = [];      my $line_data = [];
1028      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
1029                            'hover_title' => 'PDB',
1030                          'short_title' => "best PDB",                          'short_title' => "best PDB",
1031                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1032    
# Line 1179  Line 1264 
1264      my $db_and_id = $thing->acc;      my $db_and_id = $thing->acc;
1265      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1266    
1267      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1268                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1269                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1270                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1271    
1272      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1273      if($db eq "CDD"){      if($db eq "CDD"){
# Line 1199  Line 1287 
1287          }          }
1288      }      }
1289      elsif($db =~ /PFAM/){      elsif($db =~ /PFAM/){
1290          my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $id } );          my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1291            my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1292          if(!scalar(@$pfam_objs)){          if(!scalar(@$pfam_objs)){
1293              $name_title = "name";              $name_title = "name";
1294              $name_value = "not available";              $name_value = "not available";
# Line 1217  Line 1306 
1306    
1307      my $short_title = $thing->acc;      my $short_title = $thing->acc;
1308      $short_title =~ s/::/ - /ig;      $short_title =~ s/::/ - /ig;
1309        my $new_short_title=$short_title;
1310        if ($short_title =~ /interpro/){
1311            ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1312        }
1313      my $line_config = { 'title' => $name_value,      my $line_config = { 'title' => $name_value,
1314                          'short_title' => $short_title,                          'hover_title', => 'Domain',
1315                            'short_title' => $new_short_title,
1316                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1317    
1318      my $name;      my $name;
1319        my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1320      $name = {"title" => $db,      $name = {"title" => $db,
1321               "value" => $id};               "value" => $new_id};
1322      push(@$descriptions,$name);      push(@$descriptions,$name);
1323    
1324  #    my $description;  #    my $description;
# Line 1249  Line 1344 
1344      my $link;      my $link;
1345      my $link_url;      my $link_url;
1346      if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}      if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1347      elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}      elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1348      else{$link_url = "NO_URL"}      else{$link_url = "NO_URL"}
1349    
1350      $link = {"link_title" => $thing->acc,      $link = {"link_title" => $thing->acc,
# Line 1287  Line 1382 
1382          my $db_and_id = $thing->acc;          my $db_and_id = $thing->acc;
1383          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1384    
1385          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1386                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1387                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1388                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1389    
1390          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1391          if($db eq "CDD"){          if($db eq "CDD"){
# Line 1306  Line 1404 
1404                  $description_value = $cdd_obj->description;                  $description_value = $cdd_obj->description;
1405              }              }
1406          }          }
1407            elsif($db =~ /PFAM/){
1408                my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1409                my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1410                if(!scalar(@$pfam_objs)){
1411                    $name_title = "name";
1412                    $name_value = "not available";
1413                    $description_title = "description";
1414                    $description_value = "not available";
1415                }
1416                else{
1417                    my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1418                    $name_title = "name";
1419                    $name_value = $pfam_obj->term;
1420                    #$description_title = "description";
1421                    #$description_value = $pfam_obj->description;
1422                }
1423            }
1424    
1425          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1426    
# Line 1388  Line 1503 
1503      #color is      #color is
1504      my $color = "6";      my $color = "6";
1505    
1506  =pod=  =head3
1507    
1508      if($cello_location){      if($cello_location){
1509          my $cello_descriptions = [];          my $cello_descriptions = [];
# Line 1396  Line 1511 
1511    
1512          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1513                              'short_title' => 'CELLO',                              'short_title' => 'CELLO',
1514                                'hover_title' => 'Localization',
1515                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1516    
1517          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
# Line 1455  Line 1571 
1571          my $line_data =[];          my $line_data =[];
1572          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1573                              'short_title' => 'TM and SP',                              'short_title' => 'TM and SP',
1574                                'hover_title' => 'Localization',
1575                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1576    
1577          foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){          foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
# Line 1508  Line 1625 
1625    
1626          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1627                              'short_title' => 'SignalP',                              'short_title' => 'SignalP',
1628                                'hover_title' => 'Localization',
1629                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1630    
1631          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
# Line 1628  Line 1746 
1746  =cut  =cut
1747    
1748  sub display {  sub display {
1749      my ($self,$gd,$array,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$thing,$fig,$base_start,$in_subs,$cgi) = @_;
     #my $fig = new FIG;  
   
     my @ids;  
     foreach my $thing(@$array){  
         next if ($thing->class ne "SIM");  
         push (@ids, $thing->acc);  
     }  
   
     my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);  
   
     foreach my $thing (@$array){  
         if ($thing->class eq "SIM"){  
1750    
1751        # declare variables
1752        my $window_size = $gd->window_size;
1753              my $peg = $thing->acc;              my $peg = $thing->acc;
1754              my $query = $thing->query;      my $query_id = $thing->query;
   
1755              my $organism = $thing->organism;              my $organism = $thing->organism;
1756        my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1757        if (!$organism){
1758          $organism = $peg;
1759          $abbrev_name = $peg;
1760        }
1761              my $genome = $fig->genome_of($peg);              my $genome = $fig->genome_of($peg);
1762              my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;              my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1763              my $function = $thing->function;              my $function = $thing->function;
1764              my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);      my $query_start = $thing->qstart;
1765              my $align_start = $thing->qstart;      my $query_stop = $thing->qstop;
             my $align_stop = $thing->qstop;  
1766              my $hit_start = $thing->hstart;              my $hit_start = $thing->hstart;
1767              my $hit_stop = $thing->hstop;              my $hit_stop = $thing->hstop;
1768        my $ln_query = $thing->qlength;
1769        my $ln_hit = $thing->hlength;
1770    #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1771    #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1772        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1773        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1774    
1775              my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;              my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1776    
1777        # hit sequence title
1778              my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",              my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1779                                  'short_title' => "$abbrev_name",                                  'short_title' => "$abbrev_name",
1780                                  'title_link' => '$tax_link',                                  'title_link' => '$tax_link',
1781                                  'basepair_offset' => '0'                          'basepair_offset' => '0',
1782                            'no_middle_line' => '1'
1783                                  };                                  };
1784    
1785        # query sequence title
1786        my $replace_id = $peg;
1787        $replace_id =~ s/\|/_/ig;
1788        my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
1789        my $query_config = { 'title' => "Query",
1790                             'short_title' => "Query",
1791                             'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1792                             'basepair_offset' => '0',
1793                             'no_middle_line' => '1'
1794                             };
1795              my $line_data = [];              my $line_data = [];
1796        my $query_data = [];
1797    
1798              my $element_hash;              my $element_hash;
1799              my $links_list = [];      my $hit_links_list = [];
1800              my $descriptions = [];      my $hit_descriptions = [];
1801        my $query_descriptions = [];
1802              # get subsystem information  
1803              my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;      # get sequence information
1804              my $link;      # evidence link
1805              $link = {"link_title" => $peg,      my $evidence_link;
1806                       "link" => $url_link};      if ($peg =~ /^fig\|/){
1807              push(@$links_list,$link);        $evidence_link = "?page=Evidence&feature=".$peg;
1808        }
1809        else{
1810          my $db = &Observation::get_database($peg);
1811          my ($link_id) = ($peg) =~ /\|(.*)/;
1812          $evidence_link = &HTML::alias_url($link_id, $db);
1813          #print STDERR "LINK: $db    $evidence_link";
1814        }
1815        my $link = {"link_title" => $peg,
1816                    "link" => $evidence_link};
1817        push(@$hit_links_list,$link) if ($evidence_link);
1818    
1819              #my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);      # subsystem link
1820              my @subs = @{$in_subs{$peg}} if (defined $in_subs{$peg});      my $subs = $in_subs->{$peg} if (defined $in_subs->{$peg});
1821              my @subsystems;              my @subsystems;
1822        foreach my $array (@$subs){
             foreach my $array (@subs){  
1823                  my $subsystem = $$array[0];                  my $subsystem = $$array[0];
1824                  push(@subsystems,$subsystem);                  push(@subsystems,$subsystem);
1825                  my $link;          my $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
                 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",  
1826                           "link_title" => $subsystem};                           "link_title" => $subsystem};
1827                  push(@$links_list,$link);          push(@$hit_links_list,$link);
1828              }              }
1829    
1830        # blast alignment
1831              $link = {"link_title" => "view blast alignment",              $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1832                       "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query&peg2=$peg"};               "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query_id&peg2=$peg"};
1833              push (@$links_list,$link);      push (@$hit_links_list,$link) if ($peg =~ /^fig\|/);
1834    
1835        # description data
1836              my $description_function;              my $description_function;
1837              $description_function = {"title" => "function",              $description_function = {"title" => "function",
1838                                       "value" => $function};                                       "value" => $function};
1839              push(@$descriptions,$description_function);      push(@$hit_descriptions,$description_function);
1840    
1841              my ($description_ss, $ss_string);      # subsystem description
1842              $ss_string = join (",", @subsystems);      my $ss_string = join (",", @subsystems);
1843              $description_ss = {"title" => "subsystems",      $ss_string =~ s/_/ /ig;
1844        my $description_ss = {"title" => "subsystems",
1845                                 "value" => $ss_string};                                 "value" => $ss_string};
1846              push(@$descriptions,$description_ss);      push(@$hit_descriptions,$description_ss);
1847    
1848        # location description
1849        # hit
1850              my $description_loc;              my $description_loc;
1851              $description_loc = {"title" => "location start",      $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1852                                  "value" => $hit_start};                          "value" => $hit_start . " - " . $hit_stop};
1853              push(@$descriptions, $description_loc);      push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1854    
1855              $description_loc = {"title" => "location stop",      $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1856                                  "value" => $hit_stop};                          "value" => $ln_hit};
1857              push(@$descriptions, $description_loc);      push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1858    
1859        # query
1860        $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1861                            "value" => $query_start . " - " . $query_stop};
1862        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1863    
1864        $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1865                            "value" => $ln_query};
1866        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1867    
1868    
1869    
1870        # evalue score description
1871              my $evalue = $thing->evalue;              my $evalue = $thing->evalue;
1872              while ($evalue =~ /-0/)              while ($evalue =~ /-0/)
1873              {              {
# Line 1722  Line 1877 
1877              }              }
1878    
1879              my $color = &color($evalue);              my $color = &color($evalue);
   
1880              my $description_eval = {"title" => "E-Value",              my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1881                                      "value" => $evalue};                                      "value" => $evalue};
1882              push(@$descriptions, $description_eval);      push(@$hit_descriptions, $description_eval);
1883        push(@$query_descriptions, $description_eval);
1884    
1885              my $identity = $self->identity;              my $identity = $self->identity;
1886              my $description_identity = {"title" => "Identity",              my $description_identity = {"title" => "Identity",
1887                                          "value" => $identity};                                          "value" => $identity};
1888              push(@$descriptions, $description_identity);      push(@$hit_descriptions, $description_identity);
1889        push(@$query_descriptions, $description_identity);
1890    
1891    
1892        my $number = $base_start + ($query_start-$hit_start);
1893        #print STDERR "START: $number";
1894        $element_hash = {
1895            "title" => $query_id,
1896            "start" => $base_start,
1897            "end" => $base_start+$ln_query,
1898            "type"=> 'box',
1899            "color"=> $color,
1900            "zlayer" => "2",
1901            "links_list" => $query_links_list,
1902            "description" => $query_descriptions
1903            };
1904        push(@$query_data,$element_hash);
1905    
1906        $element_hash = {
1907            "title" => $query_id . ': HIT AREA',
1908            "start" => $base_start + $query_start,
1909            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1910            "type"=> 'smallbox',
1911            "color"=> $query_color,
1912            "zlayer" => "3",
1913            "links_list" => $query_links_list,
1914            "description" => $query_descriptions
1915            };
1916        push(@$query_data,$element_hash);
1917    
1918        $gd->add_line($query_data, $query_config);
1919    
1920    
1921              $element_hash = {              $element_hash = {
1922                  "title" => $peg,                  "title" => $peg,
1923                  "start" => $align_start,                  "start" => $base_start + ($query_start-$hit_start),
1924                  "end" =>  $align_stop,                  "end" => $base_start + (($query_start-$hit_start)+$ln_hit),
1925                  "type"=> 'box',                  "type"=> 'box',
1926                  "color"=> $color,                  "color"=> $color,
1927                  "zlayer" => "2",                  "zlayer" => "2",
1928                  "links_list" => $links_list,                  "links_list" => $hit_links_list,
1929                  "description" => $descriptions                  "description" => $hit_descriptions
1930                  };                  };
1931              push(@$line_data,$element_hash);              push(@$line_data,$element_hash);
1932    
1933        $element_hash = {
1934            "title" => $peg . ': HIT AREA',
1935            "start" => $base_start + $query_start,
1936            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1937            "type"=> 'smallbox',
1938            "color"=> $hit_color,
1939            "zlayer" => "3",
1940            "links_list" => $hit_links_list,
1941            "description" => $hit_descriptions
1942            };
1943        push(@$line_data,$element_hash);
1944    
1945              $gd->add_line($line_data, $line_config);              $gd->add_line($line_data, $line_config);
1946          }  
1947      }      my $breaker = [];
1948        my $breaker_hash = {};
1949        my $breaker_config = { 'no_middle_line' => "1" };
1950    
1951        push (@$breaker, $breaker_hash);
1952        $gd->add_line($breaker, $breaker_config);
1953    
1954      return ($gd);      return ($gd);
1955  }  }
1956    
# Line 1791  Line 1996 
1996              }              }
1997          }          }
1998    
1999          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2000                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
2001                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
2002                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
2003          my ($name_value,$description_value);          my ($name_value,$description_value);
2004    
2005          if($db eq "CDD"){          if($db eq "CDD"){
# Line 1828  Line 2036 
2036          my $link;          my $link;
2037          my $link_url;          my $link_url;
2038          if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}          if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
2039          elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}          elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
2040          else{$link_url = "NO_URL"}          else{$link_url = "NO_URL"}
2041    
2042          $link = {"link_title" => $name_value,          $link = {"link_title" => $name_value,
# Line 1852  Line 2060 
2060      }      }
2061    
2062      my $line_config = { 'title' => $peg,      my $line_config = { 'title' => $peg,
2063                            'hover_title' => 'Domain',
2064                          'short_title' => $peg,                          'short_title' => $peg,
2065                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
2066    
# Line 1871  Line 2080 
2080  =cut  =cut
2081    
2082  sub display_table {  sub display_table {
2083      my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;      my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2084        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2085    
2086      my $data = [];      my $scroll_list;
2087      my $count = 0;      foreach my $col (@$show_columns){
2088      my $content;          push (@$scroll_list, $col->{key});
2089      #my $fig = new FIG;      }
2090      my $cgi = new CGI;  
2091      my @ids;      push (@ids, $query_fid);
2092      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
2093          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2094          push (@ids, $thing->acc);          push (@ids, $thing->acc);
2095      }      }
2096    
2097      my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);      $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2098      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);      my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2099    
2100      # get the column for the subsystems      # get the column for the subsystems
2101      %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);      $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash') if (grep /subsystem/, @$scroll_list);
2102    
2103      # get the column for the evidence codes      # get the column for the evidence codes
2104      %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2105    
2106      # get the column for pfam_domain      # get the column for pfam_domain
2107      %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);      $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2108    
2109        # get the column for molecular weight
2110        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2111    
2112        # get the column for organism's habitat
2113        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2114    
2115        # get the column for organism's temperature optimum
2116        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2117    
2118        # get the column for organism's temperature range
2119        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2120    
2121        # get the column for organism's oxygen requirement
2122        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2123    
2124        # get the column for organism's pathogenicity
2125        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2126    
2127        # get the column for organism's pathogenicity host
2128        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2129    
2130        # get the column for organism's salinity
2131        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2132    
2133        # get the column for organism's motility
2134        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2135    
2136        # get the column for organism's gram stain
2137        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2138    
2139        # get the column for organism's endospores
2140        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2141    
2142        # get the column for organism's shape
2143        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2144    
2145        # get the column for organism's disease
2146        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2147    
2148        # get the column for organism's disease
2149        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2150    
2151        # get the column for transmembrane domains
2152        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2153    
2154        # get the column for similar to human
2155        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2156    
2157        # get the column for signal peptide
2158        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2159    
2160        # get the column for transmembrane domains
2161        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2162    
2163        # get the column for conserved neighborhood
2164        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2165    
2166        # get the column for cellular location
2167        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2168    
2169        # get the aliases
2170        my $alias_col;
2171        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2172             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2173             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2174             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2175             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2176            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2177        }
2178    
2179        # get the colors for the function cell
2180        my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2181        $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2182        my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2183    
2184      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);      my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);  
     #my $alias_col = {};  
2185    
2186        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2187        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2188    
2189        my $func_color_offset=0;
2190        unshift(@$dataset, $query_fid);
2191      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
2192            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2);
2193            if ($thing eq $query_fid){
2194                $id = $thing;
2195                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2196                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2197                $current_function = $fig->function_of($id);
2198            }
2199            else{
2200          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
2201    
2202                $id      = $thing->acc;
2203                $evalue  = $thing->evalue;
2204                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2205                $iden    = $thing->identity;
2206                $organism= $thing->organism;
2207                $ln1     = $thing->qlength;
2208                $ln2     = $thing->hlength;
2209                $b1      = $thing->qstart;
2210                $e1      = $thing->qstop;
2211                $b2      = $thing->hstart;
2212                $e2      = $thing->hstop;
2213                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2214                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2215                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2216                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2217                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2218                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2219                $current_function = $thing->function;
2220            }
2221    
2222          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
2223          $count++;          $count++;
2224    
2225          my $id      = $thing->acc;          # organisms cell
2226          my $taxid   = $fig->genome_of($id);          my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2227          my $iden    = $thing->identity;          my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
         my $ln1     = $thing->qlength;  
         my $ln2     = $thing->hlength;  
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";  
         my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";  
2228    
2229          # checkbox column          # checkbox cell
2230            my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2231          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2232          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2233          my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);          my $cell_name = "cell_". $id;
2234          my ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;          my $replace_id = $id;
2235            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2236            my $white = '#ffffff';
2237            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2238            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2239            my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2240            if ($id =~ /^fig\|/){
2241              my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');">);
2242              my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" >);
2243              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2244              $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2245              $tax = $fig->genome_of($id);
2246            }
2247            else{
2248              my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2249              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2250            }
2251    
2252          # get the linked fig id          # get the linked fig id
2253          my $fig_col;          my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2254          if (defined ($e_identical{$id})){          my $fig_data =  "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;
2255              $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";          $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2256          }          my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2257          else{                         'highlight'=>$white};
2258              $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id);  
2259          }          $replace_id = $peg;
2260            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2261          push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,          $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2262                "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function);   # permanent columns          my $query_config = { 'title' => "Query",
2263                                 'short_title' => "Query",
2264          foreach my $col (sort keys %$scroll_list){                               'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2265              if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}                               'basepair_offset' => '0'
2266              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}                               };
2267              elsif ($col =~ /pfam_domains/)               {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}  
2268              elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"NCBI"});}          # function cell
2269              elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"RefSeq"});}          my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2270              elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"SwissProt"});}                                      3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2271              elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"UniProt"});}                                      6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2272              elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}  
2273              elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}          my $function_color;
2274              elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}          if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2275              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}              $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2276              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}          }
2277              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}          else{
2278              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}              $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2279              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}          }
2280            my $function_cell;
2281            if ($current_function){
2282              if ($current_function eq $query_function){
2283                $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$function_cell_colors->{0}};
2284                $func_color_offset=1;
2285              }
2286              else{
2287                  $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => $function_color};
2288              }
2289            }
2290            else{
2291              $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2292            }
2293    
2294            if ($id eq $query_fid){
2295                push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2296                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2297                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white});  # permanent columns
2298            }
2299            else{
2300                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2301                      {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);  # permanent columns
2302            }
2303    
2304            if ( ( $application->session->user) ){
2305                if ( ($application->session->user->login) && ($application->session->user->login eq "arodri")){
2306                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2307                }
2308            }
2309    
2310            my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2311    
2312            foreach my $col (@$scroll_list){
2313                if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2314                else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2315    
2316                if ($col =~ /subsystem/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2317                elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2318                elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2319                elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2320                elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2321                elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2322                elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2323                elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2324                elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2325                elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2326                elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2327                elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2328                elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2329                elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2330                elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2331                elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2332                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2333                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2334                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2335                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2336                elsif ($col =~ /conserved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2337                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2338                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2339                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2340                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2341                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2342                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2343                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2344                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2345                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2346                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2347                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2348                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2349                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2350          }          }
2351          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
2352      }      }
# Line 1962  Line 2356 
2356      else{      else{
2357          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2358      }      }
2359        shift(@$dataset);
2360      return ($content);      return ($content);
2361  }  }
2362    
# Line 1971  Line 2366 
2366      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2367          my $field_name = "tables_" . $id;          my $field_name = "tables_" . $id;
2368          my $pair_name = "visual_" . $id;          my $pair_name = "visual_" . $id;
2369          $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);          my $cell_name = "cell_" . $id;
2370            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name', '$cell_name');">);
2371      }      }
2372      return (%column);      return (%column);
2373  }  }
2374    
2375    sub get_figfam_column{
2376        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2377        my $column;
2378    
2379        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2380        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2381    
2382        foreach my $id (@$ids){
2383            my ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2384            if ($ff){
2385                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2386            }
2387            else{
2388                push (@$column, " ");
2389            }
2390        }
2391    
2392        return $column;
2393    }
2394    
2395  sub get_subsystems_column{  sub get_subsystems_column{
2396      my ($ids,$fig) = @_;      my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2397    
     #my $fig = new FIG;  
     my $cgi = new CGI;  
2398      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2399      my %column;      my ($column, $ss);
2400      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2401          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});          my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2402          my @subsystems;          my @subsystems;
2403    
2404          if (@in_sub > 0) {          if (@in_sub > 0) {
2405              foreach my $array(@in_sub){              foreach my $array(@in_sub){
2406                  my $ss = $$array[0];                  my $ss = $array->[0];
2407                  $ss =~ s/_/ /ig;                  $ss =~ s/_/ /ig;
2408                  push (@subsystems, "-" . $ss);                  push (@subsystems, "-" . $ss);
2409              }              }
2410              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);              my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2411              $column{$id} = $in_sub_line;              $ss->{$id} = $in_sub_line;
2412          } else {          } else {
2413              $column{$id} = "&nbsp;";              $ss->{$id} = "None added";
2414          }          }
2415            push (@$column, $ss->{$id});
2416      }      }
2417      return (%column);  
2418        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2419        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2420    }
2421    
2422    sub get_lineage_column{
2423        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2424    
2425        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2426    
2427        foreach my $id (@$ids){
2428            my $genome = $fig->genome_of($id);
2429            if ($lineages->{$genome}){
2430    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2431                push (@$column, $lineages->{$genome});
2432            }
2433            else{
2434                push (@$column, " ");
2435            }
2436        }
2437        return $column;
2438    }
2439    
2440    sub match_color {
2441        my ( $b, $e, $n , $rgb) = @_;
2442        my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
2443        my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
2444        my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
2445        my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
2446        my $br  = 1;
2447        if ($rgb){
2448            return html2rgb( rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) ) );
2449        }
2450        else{
2451            rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
2452        }
2453    }
2454    
2455    sub hsb2rgb {
2456        my ( $h, $s, $br ) = @_;
2457        $h = 6 * ($h - floor($h));
2458        if ( $s  > 1 ) { $s  = 1 } elsif ( $s  < 0 ) { $s  = 0 }
2459        if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
2460        my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1,      $h,     0      )
2461                                          : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1,      0      )
2462                                          :               ( 0,      1,      $h - 2 )
2463                                          )
2464                                        : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0,      4 - $h, 1      )
2465                                          : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0,      1      )
2466                                          :               ( 1,      0,      6 - $h )
2467                                          );
2468        ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
2469          ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
2470          ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
2471        )
2472    }
2473    
2474    sub html2rgb {
2475        my ($hex) = @_;
2476        my ($r,$g,$b) = ($hex) =~ /^\#(\w\w)(\w\w)(\w\w)/;
2477        my $code = { 'A'=>10, 'B'=>11, 'C'=>12, 'D'=>13, 'E'=>14, 'F'=>15,
2478                     1=>1, 2=>2, 3=>3, 4=>4, 5=>5, 6=>6, 7=>7, 8=>8, 9=>9};
2479    
2480        my @R = split(//, $r);
2481        my @G = split(//, $g);
2482        my @B = split(//, $b);
2483    
2484        my $red = ($code->{uc($R[0])}*16)+$code->{uc($R[1])};
2485        my $green = ($code->{uc($G[0])}*16)+$code->{uc($G[1])};
2486        my $blue = ($code->{uc($B[0])}*16)+$code->{uc($B[1])};
2487    
2488        my $rgb = [$red, $green, $blue];
2489        return $rgb;
2490    
2491    }
2492    
2493    sub rgb2html {
2494        my ( $r, $g, $b ) = @_;
2495        if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
2496        if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
2497        if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
2498        sprintf("#%02x%02x%02x", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
2499    }
2500    
2501    sub floor {
2502        my $x = $_[0];
2503        defined( $x ) || return undef;
2504        ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
2505    }
2506    
2507    sub get_function_color_cell{
2508      my ($functions, $fig) = @_;
2509    
2510      # figure out the quantity of each function
2511      my %hash;
2512      foreach my $key (keys %$functions){
2513        my $func = $functions->{$key};
2514        $hash{$func}++;
2515      }
2516    
2517      my %func_colors;
2518      my $count = 1;
2519      foreach my $key (sort {$hash{$b}<=>$hash{$a}} keys %hash){
2520        $func_colors{$key}=$count;
2521        $count++;
2522      }
2523    
2524      return \%func_colors;
2525  }  }
2526    
2527  sub get_essentially_identical{  sub get_essentially_identical{
# Line 2032  Line 2554 
2554    
2555    
2556  sub get_evidence_column{  sub get_evidence_column{
2557      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2558      #my $fig = new FIG;      my ($column, $code_attributes);
2559      my $cgi = new CGI;  
2560      my (%column, %code_attributes);      if (! defined $attributes) {
2561            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2562            $attributes = \@attributes_array;
2563        }
2564    
2565      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2566      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2567          push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);          push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2568      }      }
2569    
2570      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2571          # add evidence code with tool tip          # add evidence code with tool tip
2572          my $ev_codes=" &nbsp; ";          my $ev_codes=" &nbsp; ";
2573    
2574          my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});          my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2575          my @ev_codes = ();          my @ev_codes = ();
2576          foreach my $code (@codes) {          foreach my $code (@codes) {
2577              my $pretty_code = $code->[2];              my $pretty_code = $code->[2];
# Line 2064  Line 2589 
2589                                  {                                  {
2590                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2591          }          }
2592          $column{$id}=$ev_codes;  
2593            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2594            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2595      }      }
2596      return (%column);      return $column;
2597  }  }
2598    
2599  sub get_pfam_column{  sub get_attrb_column{
2600      my ($ids, $attributes,$fig) = @_;      my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2601      #my $fig = new FIG;  
2602      my $cgi = new CGI;      my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
2603      my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2604      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');                                   -host     => $WebConfig::DBHOST,
2605                                     -user     => $WebConfig::DBUSER,
2606                                     -password => $WebConfig::DBPWD);
2607    
2608        if ($colName eq "pfam"){
2609            if (! defined $attributes) {
2610                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2611                $attributes = \@attributes_array;
2612            }
2613    
2614      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2615      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
2616          my $name = $key->[1];          my $name = $key->[1];
2617          if ($name =~ /_/){          if ($name =~ /_/){
# Line 2087  Line 2622 
2622      }      }
2623    
2624      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2625          # add evidence code              # add pfam code
2626          my $pfam_codes=" &nbsp; ";          my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2627          my @pfam_codes = "";          my @pfam_codes = "";
2628          my %description_codes;          my %description_codes;
# Line 2103  Line 2638 
2638    
2639              foreach my $code (@ncodes) {              foreach my $code (@ncodes) {
2640                  my @parts = split("::",$code);                  my @parts = split("::",$code);
2641                  my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";                      my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2642    
2643                  # get the locations for the domain                  # get the locations for the domain
2644                  my @locs;                  my @locs;
# Line 2122  Line 2657 
2657                  }                  }
2658                  else {                  else {
2659                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );                      my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2660                      $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};                          $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2661                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");                      push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2662                  }                  }
2663              }              }
2664    
2665                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2666                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2667                }
2668            }
2669        }
2670        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2671            if (! defined $attributes) {
2672                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2673                $attributes = \@attributes_array;
2674          }          }
2675    
2676          $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);          my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2677            foreach my $key (@codes){
2678                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2679                my ($new_loc, @all);
2680                @all = split (//, $loc);
2681                my $count = 0;
2682                foreach my $i (@all){
2683                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2684                        $new_loc .= " " . $i;
2685                    }
2686                    else{
2687                        $new_loc .= $i;
2688                    }
2689                    $count++;
2690                }
2691                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2692      }      }
     return (%column);  
2693    
2694            foreach my $id (@$ids){
2695                my (@values, $entry);
2696                #@values = (" ");
2697                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2698                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2699                    foreach my $code (@ncodes){
2700                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2701                    }
2702                }
2703                else{
2704                    @values = ("Not available");
2705                }
2706    
2707                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2708                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2709            }
2710        }
2711        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2712                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2713            if (! defined $attributes) {
2714                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2715                $attributes = \@attributes_array;
2716            }
2717    
2718            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2719            foreach my $key (@codes){
2720                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2721            }
2722    
2723            foreach my $id (@$ids){
2724                my (@values, $entry);
2725                #@values = (" ");
2726                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2727                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2728                    foreach my $code (@ncodes){
2729                        push (@values, $code);
2730                    }
2731                }
2732                else{
2733                    @values = ("Not available");
2734                }
2735    
2736                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2737                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2738            }
2739        }
2740        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2741                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2742                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2743                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2744                ($colName eq 'gc_content') ) {
2745            if (! defined $attributes) {
2746                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2747                $attributes = \@attributes_array;
2748  }  }
2749    
2750  sub get_aliases {          my $genomes_with_phenotype;
2751      my ($ids,$fig) = @_;          foreach my $attribute (@$attributes){
2752                my $genome = $attribute->[0];
2753                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2754            }
2755    
2756            foreach my $id (@$ids){
2757                my $genome = $fig->genome_of($id);
2758                my @values = (' ');
2759                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2760                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2761                }
2762                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2763                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2764            }
2765        }
2766    
2767        return $column;
2768    }
2769    
2770    
2771    sub get_db_aliases {
2772        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2773    
2774        my $db_array;
2775      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);      my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2776      foreach my $id (@$ids){      foreach my $id (@$ids){
2777          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){          foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2778              my $id_db = &Observation::get_database($alias);              my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2779              next if ($aliases->{$id}->{$id_db});              next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
2780                next if ($aliases->{$id}->{$db});
2781              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);              $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2782          }          }
2783            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
2784                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
2785      }      }
2786      return ($aliases);          #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
2787            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
2788        }
2789    
2790        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
2791        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
2792  }  }
2793    
2794    
2795    
2796  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2797    
2798  sub color {  sub color {
# Line 2185  Line 2830 
2830  sub display {  sub display {
2831      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2832    
2833        $taxes = $fig->taxonomy_list();
2834    
2835      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
2836      my $compare_or_coupling = $self->context;      my $compare_or_coupling = $self->context;
2837      my $gd_window_size = $gd->window_size;      my $gd_window_size = $gd->window_size;
# Line 2258  Line 2905 
2905                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2906                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2907                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2908                  #my $lineage = $taxes->{$genome1};                  my $lineage = $taxes->{$genome};
2909                  my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));                  #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2910                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2911                      if ($lineage =~ /$taxon/){                      if ($lineage =~ /$taxon/){
2912                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);
# Line 2341  Line 2988 
2988          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2989          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2990          #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;          #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2991          #my $lineage = $taxes->{$genome1};          my $lineage = $taxes->{$region_genome};
2992          my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);          #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2993          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2994          my $line_config = { 'title' => $region_gs,          my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2995                              'short_title' => $abbrev_name,                              'short_title' => $abbrev_name,
# Line 2432  Line 3079 
3079                  $prev_stop = $stop;                  $prev_stop = $stop;
3080                  $prev_fig = $fid1;                  $prev_fig = $fid1;
3081    
3082                  if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){                  if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_gnes{$fid1})){
3083                      $start = $gd_window_size - $start;                      $start = $gd_window_size - $start;
3084                      $stop = $gd_window_size - $stop;                      $stop = $gd_window_size - $stop;
3085                  }                  }
# Line 2584  Line 3231 
3231      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
3232      my $count = 0;      my $count = 0;
3233      my $peg_array = [];      my $peg_array = [];
3234      my (%evidence_column, %subsystems_column,  %e_identical);      my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3235    
3236      if (@$dataset != 1){      if (@$dataset != 1){
3237          foreach my $thing (@$dataset){          foreach my $thing (@$dataset){
# Line 2593  Line 3240 
3240              }              }
3241          }          }
3242          # get the column for the evidence codes          # get the column for the evidence codes
3243          %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);          $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3244    
3245          # get the column for the subsystems          # get the column for the subsystems
3246          %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);          $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3247    
3248          # get essentially identical seqs          # get essentially identical seqs
3249          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);          %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
# Line 2613  Line 3260 
3260          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
3261          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
3262          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
3263              $function_cell = "<input type=\"radio\" name=\"function\" id=\"$id\" value=\"$function\" onClick=\"clearText('newAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
3264              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3265              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
3266          }          }
3267          else{          else{
3268              $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
3269              $id_cell = "<input type=checkbox name=peg id=peg$count value=$id checked=true>";              $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
3270              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3271          }          }
3272    
3273          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);
3274          push(@$row_data,$org);          push(@$row_data,$org);
3275          push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3276          push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);          push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3277          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));          push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3278          push(@$row_data,$function_cell);          push(@$row_data,$function_cell);
3279          push(@$all_rows,$row_data);          push(@$all_rows,$row_data);
# Line 2672  Line 3319 
3319    
3320      return($content);      return($content);
3321  }  }
3322    

Legend:
Removed from v.1.46  
changed lines
  Added in v.1.61

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3