[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.46, Thu Nov 29 19:33:33 2007 UTC revision 1.57, Thu Apr 17 20:45:23 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3  use lib '/vol/ontologies';  #use lib '/vol/ontologies';
4  use DBMaster;  use DBMaster;
5  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
6    
# Line 8  Line 8 
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9    
10  use WebColors;  use WebColors;
11    use WebConfig;
12    
13  use FIG_Config;  use FIG_Config;
14  #use strict;  #use strict;
15  #use warnings;  #use warnings;
16  use HTML;  use HTML;
17    use FFs;
18    
19  1;  1;
20    
 # $Id$  
   
21  =head1 NAME  =head1 NAME
22    
23  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.  Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
# Line 414  Line 414 
414  =cut  =cut
415    
416  sub get_sims_summary {  sub get_sims_summary {
417      my ($observation, $fid, $taxes, $dataset, $fig) = @_;      my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
418      my %families;      my %families;
419      #my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");      my $taxes = $fig->taxonomy_list();
420    
421      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
422            my ($id, $evalue);
423            if ($thing =~ /fig\|/){
424                $id = $thing;
425                $evalue = -1;
426            }
427            else{
428          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
429                $id      = $thing->acc;
430          my $id      = $thing->acc;              $evalue  = $thing->evalue;
431          my $evalue  = $thing->evalue;          }
   
432          next if ($id !~ /fig\|/);          next if ($id !~ /fig\|/);
433          next if ($fig->is_deleted_fid($id));          next if ($fig->is_deleted_fid($id));
434    
435          my $genome = $fig->genome_of($id);          my $genome = $fig->genome_of($id);
436          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
437          #my $taxonomy = $taxes->{$genome1};          my $taxonomy = $taxes->{$genome};
         my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($genome); # use this if the taxonomies have been updated  
438          my $parent_tax = "Root";          my $parent_tax = "Root";
439          my @currLineage = ($parent_tax);          my @currLineage = ($parent_tax);
440            push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
441            my $level = 2;
442          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
443              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);              push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
444                push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
445                $families{level}{$tax} = $level;
446              push (@currLineage, $tax);              push (@currLineage, $tax);
447              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;              $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
448              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);              $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
449              if (defined ($families{evalue}{$tax})){              if (defined ($families{evalue}{$tax})){
450                  if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){                  if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
451                      $families{evalue}{$tax} = $evalue;                      $families{evalue}{$tax} = $evalue;
452                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);                      $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
453                  }                  }
# Line 449  Line 458 
458              }              }
459    
460              $parent_tax = $tax;              $parent_tax = $tax;
461                $level++;
462          }          }
463      }      }
464    
# Line 459  Line 469 
469          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
470          $families{children}{$key} = \@out;          $families{children}{$key} = \@out;
471      }      }
472      return (\%families);  
473        return \%families;
474  }  }
475    
476  =head1 Internal Methods  =head1 Internal Methods
# Line 473  Line 484 
484  sub get_taxcolor{  sub get_taxcolor{
485      my ($evalue) = @_;      my ($evalue) = @_;
486      my $color;      my $color;
487      if ($evalue <= 1e-170){        $color = "#FF2000";    }      if ($evalue == -1){            $color = "black";      }
488        elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){        $color = "#FF2000";    }
489      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }
490      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }
491      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }      elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }
# Line 496  Line 508 
508          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
509          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
510          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
511            my $name = $parts[1];
512            #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
513    
514          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
515              my $val = @$attr_ref[2];              my $val = @$attr_ref[2];
# Line 504  Line 518 
518                  my $from = $2;                  my $from = $2;
519                  my $to = $3;                  my $to = $3;
520                  my $evalue;                  my $evalue;
521                  if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){                  if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
522                      my $part2 = 1000 - $1;                      my $part2 = 1000 - $1;
523                      my $part1 = $2/100;                      my $part1 = $2/100;
524                      $evalue = $part1."e-".$part2;                      $evalue = $part1."e-".$part2;
525                  }                  }
526                    elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
527                        $evalue=$raw_evalue;
528                    }
529                  else{                  else{
530                      $evalue = "0.0";                      $evalue = "0.0";
531                  }                  }
# Line 776  Line 793 
793                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
794                    } @fc_data;                    } @fc_data;
795    
     my ($dataset);  
796      my $dataset = {'class' => 'PCH',      my $dataset = {'class' => 'PCH',
797                     'type' => 'fc',                     'type' => 'fc',
798                     'fig_id' => $fid,                     'fig_id' => $fid,
# Line 887  Line 903 
903      return $self->{database};      return $self->{database};
904  }  }
905    
 sub score {  
   my ($self) = @_;  
   
   return $self->{score};  
 }  
   
906  ############################################################  ############################################################
907  ############################################################  ############################################################
908  package Observation::PDB;  package Observation::PDB;
# Line 921  Line 931 
931      my ($self,$gd,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$fig) = @_;
932    
933      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
934      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
935                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
936                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
937                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
938    
939      my $acc = $self->acc;      my $acc = $self->acc;
940    
# Line 942  Line 955 
955      my $lines = [];      my $lines = [];
956      my $line_data = [];      my $line_data = [];
957      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
958                            'hover_title' => 'PDB',
959                          'short_title' => "best PDB",                          'short_title' => "best PDB",
960                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
961    
# Line 1179  Line 1193 
1193      my $db_and_id = $thing->acc;      my $db_and_id = $thing->acc;
1194      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1195    
1196      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1197                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1198                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1199                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1200    
1201      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1202      if($db eq "CDD"){      if($db eq "CDD"){
# Line 1199  Line 1216 
1216          }          }
1217      }      }
1218      elsif($db =~ /PFAM/){      elsif($db =~ /PFAM/){
1219          my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $id } );          my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1220            my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1221          if(!scalar(@$pfam_objs)){          if(!scalar(@$pfam_objs)){
1222              $name_title = "name";              $name_title = "name";
1223              $name_value = "not available";              $name_value = "not available";
# Line 1217  Line 1235 
1235    
1236      my $short_title = $thing->acc;      my $short_title = $thing->acc;
1237      $short_title =~ s/::/ - /ig;      $short_title =~ s/::/ - /ig;
1238        my $new_short_title=$short_title;
1239        if ($short_title =~ /interpro/){
1240            ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1241        }
1242      my $line_config = { 'title' => $name_value,      my $line_config = { 'title' => $name_value,
1243                          'short_title' => $short_title,                          'hover_title', => 'Domain',
1244                            'short_title' => $new_short_title,
1245                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1246    
1247      my $name;      my $name;
1248        my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1249      $name = {"title" => $db,      $name = {"title" => $db,
1250               "value" => $id};               "value" => $new_id};
1251      push(@$descriptions,$name);      push(@$descriptions,$name);
1252    
1253  #    my $description;  #    my $description;
# Line 1249  Line 1273 
1273      my $link;      my $link;
1274      my $link_url;      my $link_url;
1275      if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}      if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1276      elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}      elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1277      else{$link_url = "NO_URL"}      else{$link_url = "NO_URL"}
1278    
1279      $link = {"link_title" => $thing->acc,      $link = {"link_title" => $thing->acc,
# Line 1287  Line 1311 
1311          my $db_and_id = $thing->acc;          my $db_and_id = $thing->acc;
1312          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1313    
1314          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1315                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1316                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1317                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1318    
1319          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1320          if($db eq "CDD"){          if($db eq "CDD"){
# Line 1306  Line 1333 
1333                  $description_value = $cdd_obj->description;                  $description_value = $cdd_obj->description;
1334              }              }
1335          }          }
1336            elsif($db =~ /PFAM/){
1337                my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1338                my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1339                if(!scalar(@$pfam_objs)){
1340                    $name_title = "name";
1341                    $name_value = "not available";
1342                    $description_title = "description";
1343                    $description_value = "not available";
1344                }
1345                else{
1346                    my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1347                    $name_title = "name";
1348                    $name_value = $pfam_obj->term;
1349                    #$description_title = "description";
1350                    #$description_value = $pfam_obj->description;
1351                }
1352            }
1353    
1354          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1355    
# Line 1396  Line 1440 
1440    
1441          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1442                              'short_title' => 'CELLO',                              'short_title' => 'CELLO',
1443                                'hover_title' => 'Localization',
1444                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1445    
1446          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
# Line 1455  Line 1500 
1500          my $line_data =[];          my $line_data =[];
1501          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1502                              'short_title' => 'TM and SP',                              'short_title' => 'TM and SP',
1503                                'hover_title' => 'Localization',
1504                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1505    
1506          foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){          foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
# Line 1508  Line 1554 
1554    
1555          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1556                              'short_title' => 'SignalP',                              'short_title' => 'SignalP',
1557                                'hover_title' => 'Localization',
1558                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1559    
1560          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
# Line 1639  Line 1686 
1686    
1687      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);
1688    
1689        my %sims_objects_evalue;
1690        my $count = 0;
1691      foreach my $thing (@$array){      foreach my $thing (@$array){
1692          if ($thing->class eq "SIM"){          if ($thing->class eq "SIM"){
1693                $sims_objects_evalue{$count} = $thing->evalue;
1694            }
1695            $count++;
1696        }
1697    
1698        foreach my $index (sort {$sims_objects_evalue{$a}<=>$sims_objects_evalue{$b}} keys %sims_objects_evalue){
1699    #    foreach my $thing ( @$array){
1700            my $thing = $array->[$index];
1701            if ($thing->class eq "SIM"){
1702              my $peg = $thing->acc;              my $peg = $thing->acc;
1703              my $query = $thing->query;              my $query = $thing->query;
1704    
# Line 1791  Line 1848 
1848              }              }
1849          }          }
1850    
1851          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1852                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1853                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1854                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1855          my ($name_value,$description_value);          my ($name_value,$description_value);
1856    
1857          if($db eq "CDD"){          if($db eq "CDD"){
# Line 1828  Line 1888 
1888          my $link;          my $link;
1889          my $link_url;          my $link_url;
1890          if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}          if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1891          elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}          elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1892          else{$link_url = "NO_URL"}          else{$link_url = "NO_URL"}
1893    
1894          $link = {"link_title" => $name_value,          $link = {"link_title" => $name_value,
# Line 1852  Line 1912 
1912      }      }
1913    
1914      my $line_config = { 'title' => $peg,      my $line_config = { 'title' => $peg,
1915                            'hover_title' => 'Domain',
1916                          'short_title' => $peg,                          'short_title' => $peg,
1917                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1918    
# Line 1879  Line 1940 
1940      #my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
1941      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
1942      my @ids;      my @ids;
1943        $lineages = $fig->taxonomy_list();
1944    
1945      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
1946          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
1947          push (@ids, $thing->acc);          push (@ids, $thing->acc);
# Line 1900  Line 1963 
1963      my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);      my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);
1964      #my $alias_col = {};      #my $alias_col = {};
1965    
1966        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
1967        my $figfams = new FFs($figfam_data);
1968    #    my $ff_hash = $figfams->families_containing_peg_bulk(\@ids);
1969    
1970        my %sims_objects_evalue;
1971        my $simcount = 0;
1972      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
1973            if ($thing->class eq "SIM"){
1974                $sims_objects_evalue{$simcount} = $thing->evalue;
1975            }
1976            $simcount++;
1977        }
1978    
1979        foreach my $index (sort {$sims_objects_evalue{$a}<=>$sims_objects_evalue{$b}} keys %sims_objects_evalue){
1980    #    foreach my $thing ( @$dataset){
1981            my $thing = $dataset->[$index];
1982    
1983          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
1984          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1985          $count++;          $count++;
# Line 1937  Line 2016 
2016          push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,          push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,
2017                "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function);   # permanent columns                "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function);   # permanent columns
2018    
2019            my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2020    
2021          foreach my $col (sort keys %$scroll_list){          foreach my $col (sort keys %$scroll_list){
2022              if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}              if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}
2023              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}              elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}
# Line 1951  Line 2032 
2032              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}
2033              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}
2034              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}
2035              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}
2036              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}
2037                #elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff_hash->{$id} . "' target='_new'>" . $ff_hash->{$id} . "</a>");}
2038                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");}
2039          }          }
2040          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
2041      }      }
# Line 2074  Line 2157 
2157      #my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
2158      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
2159      my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);      my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);
2160      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2161                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
2162                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
2163                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
2164    
2165      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;
2166      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
# Line 2103  Line 2189 
2189    
2190              foreach my $code (@ncodes) {              foreach my $code (@ncodes) {
2191                  my @parts = split("::",$code);                  my @parts = split("::",$code);
2192                  my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";                  my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2193    
2194                  # get the locations for the domain                  # get the locations for the domain
2195                  my @locs;                  my @locs;
# Line 2185  Line 2271 
2271  sub display {  sub display {
2272      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2273    
2274        $taxes = $fig->taxonomy_list();
2275    
2276      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
2277      my $compare_or_coupling = $self->context;      my $compare_or_coupling = $self->context;
2278      my $gd_window_size = $gd->window_size;      my $gd_window_size = $gd->window_size;
# Line 2258  Line 2346 
2346                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2347                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2348                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2349                  #my $lineage = $taxes->{$genome1};                  my $lineage = $taxes->{$genome};
2350                  my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));                  #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2351                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2352                      if ($lineage =~ /$taxon/){                      if ($lineage =~ /$taxon/){
2353                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);
# Line 2341  Line 2429 
2429          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2430          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2431          #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;          #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2432          #my $lineage = $taxes->{$genome1};          my $lineage = $taxes->{$region_genome};
2433          my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);          #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2434          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2435          my $line_config = { 'title' => $region_gs,          my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2436                              'short_title' => $abbrev_name,                              'short_title' => $abbrev_name,
# Line 2613  Line 2701 
2701          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
2702          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
2703          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
2704              $function_cell = "<input type=\"radio\" name=\"function\" id=\"$id\" value=\"$function\" onClick=\"clearText('newAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
2705              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2706              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2707          }          }
2708          else{          else{
2709              $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
2710              $id_cell = "<input type=checkbox name=peg id=peg$count value=$id checked=true>";              $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
2711              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2712          }          }
2713    
2714          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);

Legend:
Removed from v.1.46  
changed lines
  Added in v.1.57

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3