[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.46, Thu Nov 29 19:33:33 2007 UTC revision 1.52, Fri Feb 15 22:52:19 2008 UTC
# Line 8  Line 8 
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9    
10  use WebColors;  use WebColors;
11    use WebConfig;
12    
13  use FIG_Config;  use FIG_Config;
14  #use strict;  #use strict;
# Line 496  Line 497 
497          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
498          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
499          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
500            my $name = $parts[1];
501            next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
502    
503          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
504              my $val = @$attr_ref[2];              my $val = @$attr_ref[2];
# Line 504  Line 507 
507                  my $from = $2;                  my $from = $2;
508                  my $to = $3;                  my $to = $3;
509                  my $evalue;                  my $evalue;
510                  if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){                  if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
511                      my $part2 = 1000 - $1;                      my $part2 = 1000 - $1;
512                      my $part1 = $2/100;                      my $part1 = $2/100;
513                      $evalue = $part1."e-".$part2;                      $evalue = $part1."e-".$part2;
514                  }                  }
515                    elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
516                        $evalue=$raw_evalue;
517                    }
518                  else{                  else{
519                      $evalue = "0.0";                      $evalue = "0.0";
520                  }                  }
# Line 776  Line 782 
782                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
783                    } @fc_data;                    } @fc_data;
784    
     my ($dataset);  
785      my $dataset = {'class' => 'PCH',      my $dataset = {'class' => 'PCH',
786                     'type' => 'fc',                     'type' => 'fc',
787                     'fig_id' => $fid,                     'fig_id' => $fid,
# Line 887  Line 892 
892      return $self->{database};      return $self->{database};
893  }  }
894    
 sub score {  
   my ($self) = @_;  
   
   return $self->{score};  
 }  
   
895  ############################################################  ############################################################
896  ############################################################  ############################################################
897  package Observation::PDB;  package Observation::PDB;
# Line 921  Line 920 
920      my ($self,$gd,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$fig) = @_;
921    
922      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
923      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
924                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
925                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
926                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
927    
928      my $acc = $self->acc;      my $acc = $self->acc;
929    
# Line 942  Line 944 
944      my $lines = [];      my $lines = [];
945      my $line_data = [];      my $line_data = [];
946      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
947                            'hover_title' => 'PDB',
948                          'short_title' => "best PDB",                          'short_title' => "best PDB",
949                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
950    
# Line 1179  Line 1182 
1182      my $db_and_id = $thing->acc;      my $db_and_id = $thing->acc;
1183      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1184    
1185      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1186                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1187                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1188                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1189    
1190      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);      my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1191      if($db eq "CDD"){      if($db eq "CDD"){
# Line 1199  Line 1205 
1205          }          }
1206      }      }
1207      elsif($db =~ /PFAM/){      elsif($db =~ /PFAM/){
1208          my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $id } );          my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1209            my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1210          if(!scalar(@$pfam_objs)){          if(!scalar(@$pfam_objs)){
1211              $name_title = "name";              $name_title = "name";
1212              $name_value = "not available";              $name_value = "not available";
# Line 1217  Line 1224 
1224    
1225      my $short_title = $thing->acc;      my $short_title = $thing->acc;
1226      $short_title =~ s/::/ - /ig;      $short_title =~ s/::/ - /ig;
1227        my $new_short_title=$short_title;
1228        if ($short_title =~ /interpro/){
1229            ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1230        }
1231      my $line_config = { 'title' => $name_value,      my $line_config = { 'title' => $name_value,
1232                          'short_title' => $short_title,                          'hover_title', => 'Domain',
1233                            'short_title' => $new_short_title,
1234                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1235    
1236      my $name;      my $name;
1237        my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1238      $name = {"title" => $db,      $name = {"title" => $db,
1239               "value" => $id};               "value" => $new_id};
1240      push(@$descriptions,$name);      push(@$descriptions,$name);
1241    
1242  #    my $description;  #    my $description;
# Line 1287  Line 1300 
1300          my $db_and_id = $thing->acc;          my $db_and_id = $thing->acc;
1301          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);          my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1302    
1303          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1304                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1305                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1306                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1307    
1308          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);          my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1309          if($db eq "CDD"){          if($db eq "CDD"){
# Line 1306  Line 1322 
1322                  $description_value = $cdd_obj->description;                  $description_value = $cdd_obj->description;
1323              }              }
1324          }          }
1325            elsif($db =~ /PFAM/){
1326                my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1327                my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1328                if(!scalar(@$pfam_objs)){
1329                    $name_title = "name";
1330                    $name_value = "not available";
1331                    $description_title = "description";
1332                    $description_value = "not available";
1333                }
1334                else{
1335                    my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1336                    $name_title = "name";
1337                    $name_value = $pfam_obj->term;
1338                    #$description_title = "description";
1339                    #$description_value = $pfam_obj->description;
1340                }
1341            }
1342    
1343          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1344    
# Line 1396  Line 1429 
1429    
1430          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1431                              'short_title' => 'CELLO',                              'short_title' => 'CELLO',
1432                                'hover_title' => 'Localization',
1433                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1434    
1435          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
# Line 1455  Line 1489 
1489          my $line_data =[];          my $line_data =[];
1490          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1491                              'short_title' => 'TM and SP',                              'short_title' => 'TM and SP',
1492                                'hover_title' => 'Localization',
1493                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1494    
1495          foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){          foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
# Line 1508  Line 1543 
1543    
1544          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1545                              'short_title' => 'SignalP',                              'short_title' => 'SignalP',
1546                                'hover_title' => 'Localization',
1547                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1548    
1549          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
# Line 1791  Line 1827 
1827              }              }
1828          }          }
1829    
1830          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');          my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1831                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1832                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1833                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1834          my ($name_value,$description_value);          my ($name_value,$description_value);
1835    
1836          if($db eq "CDD"){          if($db eq "CDD"){
# Line 1852  Line 1891 
1891      }      }
1892    
1893      my $line_config = { 'title' => $peg,      my $line_config = { 'title' => $peg,
1894                            'hover_title' => 'Domain',
1895                          'short_title' => $peg,                          'short_title' => $peg,
1896                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1897    
# Line 2074  Line 2114 
2114      #my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
2115      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
2116      my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);      my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);
2117      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2118                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
2119                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
2120                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
2121    
2122      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;      my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;
2123      foreach my $key (@codes){      foreach my $key (@codes){
# Line 2613  Line 2656 
2656          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
2657          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
2658          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
2659              $function_cell = "<input type=\"radio\" name=\"function\" id=\"$id\" value=\"$function\" onClick=\"clearText('newAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
2660              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2661              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2662          }          }
2663          else{          else{
2664              $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
2665              $id_cell = "<input type=checkbox name=peg id=peg$count value=$id checked=true>";              $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
2666              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2667          }          }
2668    
2669          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);

Legend:
Removed from v.1.46  
changed lines
  Added in v.1.52

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3