[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.46, Thu Nov 29 19:33:33 2007 UTC revision 1.51, Thu Dec 6 18:55:37 2007 UTC
# Line 496  Line 496 
496          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
497          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
498          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
499            my $name = $parts[1];
500            next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
501    
502          if($domain_classes->{$parts[0]}){          if($domain_classes->{$parts[0]}){
503              my $val = @$attr_ref[2];              my $val = @$attr_ref[2];
# Line 504  Line 506 
506                  my $from = $2;                  my $from = $2;
507                  my $to = $3;                  my $to = $3;
508                  my $evalue;                  my $evalue;
509                  if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){                  if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
510                      my $part2 = 1000 - $1;                      my $part2 = 1000 - $1;
511                      my $part1 = $2/100;                      my $part1 = $2/100;
512                      $evalue = $part1."e-".$part2;                      $evalue = $part1."e-".$part2;
513                  }                  }
514                    elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
515                        $evalue=$raw_evalue;
516                    }
517                  else{                  else{
518                      $evalue = "0.0";                      $evalue = "0.0";
519                  }                  }
# Line 776  Line 781 
781                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
782                    } @fc_data;                    } @fc_data;
783    
     my ($dataset);  
784      my $dataset = {'class' => 'PCH',      my $dataset = {'class' => 'PCH',
785                     'type' => 'fc',                     'type' => 'fc',
786                     'fig_id' => $fid,                     'fig_id' => $fid,
# Line 887  Line 891 
891      return $self->{database};      return $self->{database};
892  }  }
893    
 sub score {  
   my ($self) = @_;  
   
   return $self->{score};  
 }  
   
894  ############################################################  ############################################################
895  ############################################################  ############################################################
896  package Observation::PDB;  package Observation::PDB;
# Line 942  Line 940 
940      my $lines = [];      my $lines = [];
941      my $line_data = [];      my $line_data = [];
942      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
943                            'hover_title' => 'PDB',
944                          'short_title' => "best PDB",                          'short_title' => "best PDB",
945                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
946    
# Line 1199  Line 1198 
1198          }          }
1199      }      }
1200      elsif($db =~ /PFAM/){      elsif($db =~ /PFAM/){
1201          my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $id } );          my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1202            my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1203          if(!scalar(@$pfam_objs)){          if(!scalar(@$pfam_objs)){
1204              $name_title = "name";              $name_title = "name";
1205              $name_value = "not available";              $name_value = "not available";
# Line 1217  Line 1217 
1217    
1218      my $short_title = $thing->acc;      my $short_title = $thing->acc;
1219      $short_title =~ s/::/ - /ig;      $short_title =~ s/::/ - /ig;
1220        my $new_short_title=$short_title;
1221        if ($short_title =~ /interpro/){
1222            ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1223        }
1224      my $line_config = { 'title' => $name_value,      my $line_config = { 'title' => $name_value,
1225                          'short_title' => $short_title,                          'hover_title', => 'Domain',
1226                            'short_title' => $new_short_title,
1227                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1228    
1229      my $name;      my $name;
1230        my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1231      $name = {"title" => $db,      $name = {"title" => $db,
1232               "value" => $id};               "value" => $new_id};
1233      push(@$descriptions,$name);      push(@$descriptions,$name);
1234    
1235  #    my $description;  #    my $description;
# Line 1306  Line 1312 
1312                  $description_value = $cdd_obj->description;                  $description_value = $cdd_obj->description;
1313              }              }
1314          }          }
1315            elsif($db =~ /PFAM/){
1316                my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1317                my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1318                if(!scalar(@$pfam_objs)){
1319                    $name_title = "name";
1320                    $name_value = "not available";
1321                    $description_title = "description";
1322                    $description_value = "not available";
1323                }
1324                else{
1325                    my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1326                    $name_title = "name";
1327                    $name_value = $pfam_obj->term;
1328                    #$description_title = "description";
1329                    #$description_value = $pfam_obj->description;
1330                }
1331            }
1332    
1333          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;          my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1334    
# Line 1396  Line 1419 
1419    
1420          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1421                              'short_title' => 'CELLO',                              'short_title' => 'CELLO',
1422                                'hover_title' => 'Localization',
1423                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1424    
1425          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
# Line 1455  Line 1479 
1479          my $line_data =[];          my $line_data =[];
1480          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1481                              'short_title' => 'TM and SP',                              'short_title' => 'TM and SP',
1482                                'hover_title' => 'Localization',
1483                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1484    
1485          foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){          foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
# Line 1508  Line 1533 
1533    
1534          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1535                              'short_title' => 'SignalP',                              'short_title' => 'SignalP',
1536                                'hover_title' => 'Localization',
1537                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1538    
1539          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
# Line 1852  Line 1878 
1878      }      }
1879    
1880      my $line_config = { 'title' => $peg,      my $line_config = { 'title' => $peg,
1881                            'hover_title' => 'Domain',
1882                          'short_title' => $peg,                          'short_title' => $peg,
1883                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1884    
# Line 2613  Line 2640 
2640          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
2641          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
2642          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
2643              $function_cell = "<input type=\"radio\" name=\"function\" id=\"$id\" value=\"$function\" onClick=\"clearText('newAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
2644              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2645              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2646          }          }
2647          else{          else{
2648              $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
2649              $id_cell = "<input type=checkbox name=peg id=peg$count value=$id checked=true>";              $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
2650              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2651          }          }
2652    
2653          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);

Legend:
Removed from v.1.46  
changed lines
  Added in v.1.51

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3