[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.46, Thu Nov 29 19:33:33 2007 UTC revision 1.49, Thu Dec 6 13:59:34 2007 UTC
# Line 776  Line 776 
776                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]                       [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
777                    } @fc_data;                    } @fc_data;
778    
     my ($dataset);  
779      my $dataset = {'class' => 'PCH',      my $dataset = {'class' => 'PCH',
780                     'type' => 'fc',                     'type' => 'fc',
781                     'fig_id' => $fid,                     'fig_id' => $fid,
# Line 887  Line 886 
886      return $self->{database};      return $self->{database};
887  }  }
888    
 sub score {  
   my ($self) = @_;  
   
   return $self->{score};  
 }  
   
889  ############################################################  ############################################################
890  ############################################################  ############################################################
891  package Observation::PDB;  package Observation::PDB;
# Line 942  Line 935 
935      my $lines = [];      my $lines = [];
936      my $line_data = [];      my $line_data = [];
937      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",      my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
938                            'hover_title' => 'PDB',
939                          'short_title' => "best PDB",                          'short_title' => "best PDB",
940                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
941    
# Line 1218  Line 1212 
1212      my $short_title = $thing->acc;      my $short_title = $thing->acc;
1213      $short_title =~ s/::/ - /ig;      $short_title =~ s/::/ - /ig;
1214      my $line_config = { 'title' => $name_value,      my $line_config = { 'title' => $name_value,
1215                            'hover_title', => 'Domain',
1216                          'short_title' => $short_title,                          'short_title' => $short_title,
1217                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1218    
# Line 1396  Line 1391 
1391    
1392          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1393                              'short_title' => 'CELLO',                              'short_title' => 'CELLO',
1394                                'hover_title' => 'Localization',
1395                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1396    
1397          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
# Line 1455  Line 1451 
1451          my $line_data =[];          my $line_data =[];
1452          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1453                              'short_title' => 'TM and SP',                              'short_title' => 'TM and SP',
1454                                'hover_title' => 'Localization',
1455                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1456    
1457          foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){          foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
# Line 1508  Line 1505 
1505    
1506          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',          my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1507                              'short_title' => 'SignalP',                              'short_title' => 'SignalP',
1508                                'hover_title' => 'Localization',
1509                              'basepair_offset' => '1' };                              'basepair_offset' => '1' };
1510    
1511          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
# Line 1852  Line 1850 
1850      }      }
1851    
1852      my $line_config = { 'title' => $peg,      my $line_config = { 'title' => $peg,
1853                            'hover_title' => 'Domain',
1854                          'short_title' => $peg,                          'short_title' => $peg,
1855                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
1856    
# Line 2613  Line 2612 
2612          $org = $fig->org_of($id);          $org = $fig->org_of($id);
2613          $function = $fig->function_of($id);          $function = $fig->function_of($id);
2614          if ($mypeg ne $id){          if ($mypeg ne $id){
2615              $function_cell = "<input type=\"radio\" name=\"function\" id=\"$id\" value=\"$function\" onClick=\"clearText('newAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
2616              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2617              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}              if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2618          }          }
2619          else{          else{
2620              $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";              $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
2621              $id_cell = "<input type=checkbox name=peg id=peg$count value=$id checked=true>";              $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
2622              $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);              $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2623          }          }
2624    
2625          push(@$row_data,$id_cell);          push(@$row_data,$id_cell);

Legend:
Removed from v.1.46  
changed lines
  Added in v.1.49

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3