[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.18, Tue Jun 26 19:52:09 2007 UTC revision 1.46, Thu Nov 29 19:33:33 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3    use lib '/vol/ontologies';
4    use DBMaster;
5    use Data::Dumper;
6    
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9    
10    use WebColors;
11    
12  use FIG_Config;  use FIG_Config;
13  use strict;  #use strict;
14  #use warnings;  #use warnings;
15  use HTML;  use HTML;
16    
# Line 23  Line 29 
29    
30  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
31    
 Example:  
   
   
 use FIG;  
 use Observation;  
   
 my $fig = new FIG;  
 my $fid = "fig|83333.1.peg.3";  
   
 my $observations = Observation::get_objects($fid);  
 foreach my $observation (@$observations) {  
     print "ID: " . $fid . "\n";  
     print "Start: " . $observation->start() . "\n";  
     ...  
 }  
   
 B<return an array of objects>  
   
   
 print "$Observation->acc\n" prints the Accession number if present for the Observation  
   
32  =cut  =cut
33    
34  =head1 BACKGROUND  =head1 BACKGROUND
# Line 67  Line 52 
52    
53  The public methods this package provides are listed below:  The public methods this package provides are listed below:
54    
55    
56    =head3 context()
57    
58    Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
59    
60    =cut
61    
62    sub context {
63      my ($self) = @_;
64    
65      return $self->{context};
66    }
67    
68    =head3 rows()
69    
70    each row in a displayed table
71    
72    =cut
73    
74    sub rows {
75      my ($self) = @_;
76    
77      return $self->{rows};
78    }
79    
80  =head3 acc()  =head3 acc()
81    
82  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
# Line 75  Line 85 
85    
86  sub acc {  sub acc {
87    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
   
88    return $self->{acc};    return $self->{acc};
89  }  }
90    
91  =head3 description()  =head3 query()
   
 The description of the hit. Taken from the data or from the our Ontology database for some cases e.g. IPR or PFAM.  
92    
93  B<Please note:>  The query id
 Either remoteid or description is required.  
94    
95  =cut  =cut
96    
97  sub description {  sub query {
98    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
99        return $self->{query};
   return $self->{description};  
100  }  }
101    
102    
103  =head3 class()  =head3 class()
104    
105  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
# Line 121  Line 127 
127    
128  =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)  =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
129    
130    =item PDB (seq)
131    
132  =item TMHMM (loc)  =item TMHMM (loc)
133    
134  =item HMMTOP (loc)  =item HMMTOP (loc)
# Line 158  Line 166 
166  sub type {  sub type {
167    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
168    
169    return $self->{acc};    return $self->{type};
170  }  }
171    
172  =head3 start()  =head3 start()
# Line 257  Line 265 
265      return $self->{hlength};      return $self->{hlength};
266  }  }
267    
   
   
268  =head3 evalue()  =head3 evalue()
269    
270  E-value or P-Value if present.  E-value or P-Value if present.
# Line 275  Line 281 
281    
282  Score if present.  Score if present.
283    
 B<Please note: >  
 Either score or eval are required.  
   
284  =cut  =cut
285    
286  sub score {  sub score {
# Line 285  Line 288 
288    return $self->{score};    return $self->{score};
289  }  }
290    
   
291  =head3 display()  =head3 display()
292    
293  will be different for each type  will be different for each type
# Line 298  Line 300 
300    
301  }  }
302    
303    =head3 display_table()
304    
305  =head3 rank()  will be different for each type
   
 Returns an integer from 1 - 10 indicating the importance of this observations.  
   
 Currently always returns 1.  
   
 =cut  
   
 sub rank {  
   my ($self) = @_;  
   
 #  return $self->{rank};  
   
   return 1;  
 }  
   
 =head3 supports_annotation()  
   
 Does a this observation support the annotation of its feature?  
   
 Returns  
   
 =over 3  
   
 =item 10, if feature annotation is identical to $self->description  
   
 =item 1, Feature annotation is similar to $self->annotation; this is computed using FIG::SameFunc()  
   
 =item undef  
   
 =back  
   
 =cut  
   
 sub supports_annotation {  
   my ($self) = @_;  
   
   # no code here so far  
   
   return $self->{supports_annotation};  
 }  
   
 =head3 url()  
   
 URL describing the subject. In case of a BLAST hit against a sequence, this URL will lead to a page displaying the sequence record for the sequence. In case of an HMM hit, the URL will be to the URL description.  
306    
307  =cut  =cut
308    
309  sub url {  sub display_table {
   my ($self) = @_;  
310    
311    my $url = get_url($self->type, $self->acc);    die "Abstract Table Method Called\n";
312    
   return $url;  
313  }  }
314    
315  =head3 get_objects()  =head3 get_objects()
316    
317  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
318    
 It will probably have to:  
   
 - get all sims for the feature  
 - get all bbhs for the feature  
 - copy information from sim to bbh (bbh have no match location etc)  
 - get pchs (difficult)  
 - get attributes (there is code for this that in get_attribute_based_observations  
 - get_attributes_based_observations returns an array of arrays of hashes like this"  
   
   my $dataset  
      [  
        [ { name => 'acc', value => '1234' },  
         { name => 'from', value => '4' },  
         { name => 'to', value => '400' },  
         ....  
        ],  
        [ { name => 'acc', value => '456' },  
         { name => 'from', value => '1' },  
         { name => 'to', value => '100' },  
         ....  
        ],  
        ...  
      ];  
    return $datasets;  
  }  
   
 It will invoke the required calls to the SEED API to retrieve the information required.  
   
319  =cut  =cut
320    
321  sub get_objects {  sub get_objects {
322      my ($self,$fid,$classes) = @_;      my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;
   
323    
324      my $objects = [];      my $objects = [];
325      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
# Line 399  Line 327 
327      # call function that fetches attribute based observations      # call function that fetches attribute based observations
328      # returns an array of arrays of hashes      # returns an array of arrays of hashes
329    
330      if(scalar(@$classes) < 1){      if($scope){
331          get_attribute_based_observations($fid,\@matched_datasets);          get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
         get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);  
         get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);  
         get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);  
332      }      }
333      else{      else{
334          my %domain_classes;          my %domain_classes;
335          my $identical_flag=0;          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
336          my $pch_flag=0;          $domain_classes{'CDD'} = 1;
337          my $location_flag = 0;          $domain_classes{'PFAM'} = 1;
338          my $sims_flag=0;          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
339          my $cluster_flag = 0;          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
340          foreach my $class (@$classes){          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);
341              if($class =~ /(IPR|CDD|PFAM)/){          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
342                  $domain_classes{$class} = 1;          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343              }          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
             elsif ($class eq "IDENTICAL")  
             {  
                 $identical_flag = 1;  
             }  
             elsif ($class eq "PCH")  
             {  
                 $pch_flag = 1;  
             }  
             elsif ($class =~/(SIGNALP_CELLO_TMPRED)/)  
             {  
                 $location_flag = 1;  
             }  
             elsif ($class eq "SIM")  
             {  
                 $sims_flag = 1;  
             }  
             elsif ($class eq "CLUSTER")  
             {  
                 $cluster_flag = 1;  
             }  
         }  
   
         if ($identical_flag ==1)  
         {  
             get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);  
         }  
         if ( (defined($domain_classes{IPR})) || (defined($domain_classes{CDD})) || (defined($domain_classes{PFAM})) ) {  
             get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets);  
         }  
         if ($pch_flag == 1)  
         {  
             get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);  
         }  
         if ($sims_flag == 1)  
         {  
             get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);  
         }  
   
         if ($location_flag == 1)  
         {  
             get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets);  
         }  
         if ($cluster_flag == 1)  
         {  
             get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets);  
         }  
   
344      }      }
345    
346      foreach my $dataset (@matched_datasets) {      foreach my $dataset (@matched_datasets) {
# Line 470  Line 348 
348          if($dataset->{'type'} eq "dom"){          if($dataset->{'type'} eq "dom"){
349              $object = Observation::Domain->new($dataset);              $object = Observation::Domain->new($dataset);
350          }          }
351          if($dataset->{'class'} eq "PCH"){          elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
352              $object = Observation::FC->new($dataset);              $object = Observation::FC->new($dataset);
353          }          }
354          if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
355              $object = Observation::Identical->new($dataset);              $object = Observation::Identical->new($dataset);
356          }          }
357          if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
358              $object = Observation::Location->new($dataset);              $object = Observation::Location->new($dataset);
359          }          }
360          if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
361              $object = Observation::Sims->new($dataset);              $object = Observation::Sims->new($dataset);
362          }          }
363          if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
364              $object = Observation::Cluster->new($dataset);              $object = Observation::Cluster->new($dataset);
365          }          }
366            elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
367                $object = Observation::PDB->new($dataset);
368            }
369    
370          push (@$objects, $object);          push (@$objects, $object);
371      }      }
372    
# Line 492  Line 374 
374    
375  }  }
376    
377  =head1 Internal Methods  =head3 display_housekeeping
378    This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
 These methods are not meant to be used outside of this package.  
   
 B<Please do not use them outside of this package!>  
379    
380  =cut  =cut
381    sub display_housekeeping {
382        my ($self,$fid,$fig) = @_;
383        my $content = [];
384        my $row = [];
385    
386        my $org_name = $fig->org_of($fid);
387        my $org_id = $fig->genome_of($fid);
388        my $function = $fig->function_of($fid);
389        #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
390        my $length = $fig->translation_length($fid);
391    
392        push (@$row, $org_name);
393        push (@$row, $fid);
394        push (@$row, $length);
395        push (@$row, $function);
396    
397        # initialize the table for commentary and annotations
398        #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
399        #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
400        #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
401        #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
402        #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
403        #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
404        #$content .= qq(</table><p>\n);
405    
406        push(@$content, $row);
407    
408  =head3 get_url (internal)      return ($content);
409    }
 get_url() return a valid URL or undef for any observation.  
   
 URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()  
410    
411  Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.  =head3 get_sims_summary
412    This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
413    
414  =cut  =cut
415    
416  sub get_url {  sub get_sims_summary {
417        my ($observation, $fid, $taxes, $dataset, $fig) = @_;
418        my %families;
419        #my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");
420    
421   my ($self) = @_;      foreach my $thing (@$dataset) {
422   my $url='';          next if ($thing->class ne "SIM");
423    
424  # a hash with a URL for each observation; identified by name()          my $id      = $thing->acc;
425  #my $URL             => { 'PFAM' => "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?" ,\          my $evalue  = $thing->evalue;
 #                       'IPR'    => "http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=" ,\  
 #                          'CDD' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'PIR'    => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'FIGFAM' => '',\  
 #                          'sim'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id=",\  
 #                          'bbh'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id="  
 #};  
426    
427  # if (defined $URL{$self->name}) {          next if ($id !~ /fig\|/);
428  #     $url = $URL{$self->name}.$self->acc;          next if ($fig->is_deleted_fid($id));
429  #     return $url;          my $genome = $fig->genome_of($id);
430  # }          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
431  # else          #my $taxonomy = $taxes->{$genome1};
432       return undef;          my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($genome); # use this if the taxonomies have been updated
433            my $parent_tax = "Root";
434            my @currLineage = ($parent_tax);
435            foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
436                push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
437                push (@currLineage, $tax);
438                $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
439                $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
440                if (defined ($families{evalue}{$tax})){
441                    if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){
442                        $families{evalue}{$tax} = $evalue;
443                        $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
444                    }
445                }
446                else{
447                    $families{evalue}{$tax} = $evalue;
448                    $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
449  }  }
450    
451  =head3 get_display_method (internal)              $parent_tax = $tax;
452            }
453        }
454    
455  get_display_method() return a valid URL or undef for any observation.      foreach my $key (keys %{$families{children}}){
456            $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
457    
458  URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()          my %saw;
459  and Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
460            $families{children}{$key} = \@out;
461        }
462        return (\%families);
463    }
464    
465  =cut  =head1 Internal Methods
466    
467  sub get_display_method {  These methods are not meant to be used outside of this package.
468    
469   my ($self) = @_;  B<Please do not use them outside of this package!>
470    
471  # a hash with a URL for each observation; identified by name()  =cut
 #my $URL             => { 'sim'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1=",\  
 #                        'bbh'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1="  
 # };  
472    
473  #if (defined $URL{$self->name}) {  sub get_taxcolor{
474  #     $url = $URL{$self->name}.$self->feature_id."&id2=".$self->acc;      my ($evalue) = @_;
475  #     return $url;      my $color;
476  # }      if ($evalue <= 1e-170){        $color = "#FF2000";    }
477  # else      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }
478       return undef;      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }
479        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }
480        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = "#FFCC00";    }
481        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = "#FFFF00";    }
482        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = "#CCFF00";    }
483        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = "#66FF00";    }
484        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = "#00FF00";    }
485        else{        $color = "#6666FF";    }
486        return ($color);
487  }  }
488    
489    
490  sub get_attribute_based_domain_observations{  sub get_attribute_based_domain_observations{
491    
492      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
493      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
494    
495      my $fig = new FIG;      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
   
     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {  
496          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
497          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
498          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
# Line 594  Line 518 
518                                 'type' => "dom" ,                                 'type' => "dom" ,
519                                 'evalue' => $evalue,                                 'evalue' => $evalue,
520                                 'start' => $from,                                 'start' => $from,
521                                 'stop' => $to                                 'stop' => $to,
522                                   'fig_id' => $fid,
523                                   'score' => $raw_evalue
524                                 };                                 };
525    
526                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
# Line 605  Line 531 
531    
532  sub get_attribute_based_location_observations{  sub get_attribute_based_location_observations{
533    
534      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
535      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
536    
537        my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
538    
539      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED'];      my $dataset = {'type' => "loc",
540                       'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
541                       'fig_id' => $fid
542                       };
543    
544      my $dataset = {'type' => "loc", 'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED'};      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {  
545          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
546            next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/)  && ($key !~/Phobius/) );
547          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
548          my $sub_class = $parts[0];          my $sub_class = $parts[0];
549          my $sub_key = $parts[1];          my $sub_key = $parts[1];
# Line 627  Line 558 
558                  $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;                  $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
559              }              }
560          }          }
561    
562          elsif($sub_class eq "CELLO"){          elsif($sub_class eq "CELLO"){
563              $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;              $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
564              $dataset->{'cello_score'} = $value;              $dataset->{'cello_score'} = $value;
565          }          }
566    
567            elsif($sub_class eq "Phobius"){
568                if($sub_key eq "transmembrane"){
569                    $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
570                }
571                elsif($sub_key eq "signal"){
572                    $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
573                }
574            }
575    
576          elsif($sub_class eq "TMPRED"){          elsif($sub_class eq "TMPRED"){
577              my @value_parts = split(";",$value);              my @value_parts = split(/\;/,$value);
578              $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];              $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
579              $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];              $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
580          }          }
# Line 642  Line 584 
584    
585  }  }
586    
587    =head3 get_pdb_observations() (internal)
588    
589  =head3 get_attribute_based_evidence (internal)  This methods sets the type and class for pdb observations
   
 This method retrieves evidence from the attribute server  
590    
591  =cut  =cut
592    
593  sub get_attribute_based_observations{  sub get_pdb_observations{
594        my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)  
     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);  
   
     my $_myfig = new FIG;  
   
     foreach my $attr_ref ($_myfig->get_attributes($fid)) {  
   
         # convert the ref into a string for easier handling  
         my ($string) = "@$attr_ref";  
595    
596  #       print "S:$string\n";      #my $fig = new FIG;
         my ($key,$val) = ( $string =~ /\S+\s(\S+)\s(\S+)/);  
597    
598          # THIS SHOULD BE DONE ANOTHER WAY FM->TD      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
599          # we need to do the right thing for each type, ie no evalue for CELLO and no coordinates, but a score, etc          my $key = @$attr_ref[1];
600          # as fas as possible this should be configured so that the type of observation and the regexp are          next if ( ($key !~ /PDB/));
601          # stored somewhere for easy expansion          my($key1,$key2) =split("::",$key);
602          #          my $value = @$attr_ref[2];
603            my ($evalue,$location) = split(";",$value);
         if (($key =~ /PFAM::/) || ( $key =~ /IPR::/) || ( $key =~ /CDD::/) ) {  
   
             # some keys are composite CDD::1233244 or PFAM:PF1233  
604    
605              if ( $key =~ /::/ ) {          if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
606                  my ($firstkey,$restkey) = ( $key =~ /([a-zA-Z0-9]+)::(.*)/);              my $part2 = 1000 - $1;
607                  $val=$restkey.";".$val;              my $part1 = $2/100;
608                  $key=$firstkey;              $evalue = $part1."e-".$part2;
609              }              }
610    
611              my ($acc,$raw_evalue, $from,$to) = ($val =~ /(\S+);(\S+);(\d+)-(\d+)/ );          my($start,$stop) =split("-",$location);
   
             my $evalue= 255;  
             if (defined $raw_evalue) { # some of the tool do not give us an evalue  
612    
613                  my ($k,$expo) = ( $raw_evalue =~ /(\d+).(\d+)/);          my $url = @$attr_ref[3];
614                  my ($new_k, $new_exp);          my $dataset = {'class' => 'PDB',
615                           'type' => 'seq' ,
616                  #                         'acc' => $key2,
617                  #  THIS DOES NOT WORK PROPERLY                         'evalue' => $evalue,
618                  #                         'start' => $start,
619                  if($raw_evalue =~/(\d+).(\d+)/){                         'stop' => $stop,
620                           'fig_id' => $fid
621  #                   $new_exp = (1000+$expo);                         };
         #           $new_k = $k / 100;  
   
                 }  
                 $evalue = "0.01"#new_k."e-".$new_exp;  
             }  
   
             # unroll it all into an array of hashes  
             # this needs to be done differently for different types of observations  
             my $dataset = [ { name => 'class', value => $key },  
                             { name => 'acc' , value => $acc},  
                             { name => 'type', value => "dom"} , # this clearly needs to be done properly FM->TD  
                             { name => 'evalue', value => $evalue },  
                             { name => 'start', value => $from},  
                             { name => 'stop' , value => $to}  
                             ];  
622    
623              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
624          }          }
625      }      }
 }  
626    
627  =head3 get_cluster_observations() (internal)  =head3 get_cluster_observations() (internal)
628    
# Line 722  Line 631 
631  =cut  =cut
632    
633  sub get_cluster_observations{  sub get_cluster_observations{
634      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
635    
636      my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',      my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
637                     'type' => 'fc'                     'type' => 'fc',
638                       'context' => $scope,
639                       'fig_id' => $fid
640                     };                     };
641      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
642  }  }
# Line 739  Line 650 
650    
651  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
652    
653      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
654      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
655  #    my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"fig");      my @sims= $fig->sims($fid,500,10,"fig");
     my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"all");  
656      my ($dataset);      my ($dataset);
657    
658      foreach my $sim (@sims){      foreach my $sim (@sims){
659            next if ($fig->is_deleted_fid($sim->[1]));
660          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
661          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
662          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
# Line 759  Line 671 
671          my $organism = $fig->org_of($hit);          my $organism = $fig->org_of($hit);
672    
673          $dataset = {'class' => 'SIM',          $dataset = {'class' => 'SIM',
674                        'query' => $sim->[0],
675                      'acc' => $hit,                      'acc' => $hit,
676                      'identity' => $percent,                      'identity' => $percent,
677                      'type' => 'seq',                      'type' => 'seq',
# Line 771  Line 684 
684                      'organism' => $organism,                      'organism' => $organism,
685                      'function' => $func,                      'function' => $func,
686                      'qlength' => $qlength,                      'qlength' => $qlength,
687                      'hlength' => $hlength                      'hlength' => $hlength,
688                        'fig_id' => $fid
689                      };                      };
690    
691          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
# Line 794  Line 708 
708      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
709      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
710      elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }      elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }
711      elsif ($id =~ /^kegg\|/)          { $db = "KEGG" }      elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/))    { $db = "KEGG" }
712      elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $db = "TrEMBL" }      elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $db = "TrEMBL" }
713      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
714      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
# Line 803  Line 717 
717    
718  }  }
719    
720    
721  =head3 get_identical_proteins() (internal)  =head3 get_identical_proteins() (internal)
722    
723  This methods retrieves sims fills the internal data structures.  This methods retrieves sims fills the internal data structures.
# Line 811  Line 726 
726    
727  sub get_identical_proteins{  sub get_identical_proteins{
728    
729      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
730      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
731      my @funcs = ();      my $funcs_ref;
732    
733      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
   
734      foreach my $id (@maps_to) {      foreach my $id (@maps_to) {
735          my ($tmp, $who);          my ($tmp, $who);
736          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
737              $who = &get_database($id);              $who = &get_database($id);
738              push(@funcs, [$id,$who,$tmp]);              push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
739          }          }
740      }      }
741    
     my ($dataset);  
     foreach my $row (@funcs){  
         my $id = $row->[0];  
         my $organism = $fig->org_of($fid);  
         my $who = $row->[1];  
         my $assignment = $row->[2];  
   
742          my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',          my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
                        'id' => $id,  
                        'organism' => $organism,  
743                         'type' => 'seq',                         'type' => 'seq',
744                         'database' => $who,                     'fig_id' => $fid,
745                         'function' => $assignment                     'rows' => $funcs_ref
746                         };                         };
747    
748          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
749      }  
750    
751  }  }
752    
# Line 853  Line 758 
758    
759  sub get_functional_coupling{  sub get_functional_coupling{
760    
761      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
762      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
763      my @funcs = ();      my @funcs = ();
764    
765      # initialize some variables      # initialize some variables
# Line 872  Line 777 
777                    } @fc_data;                    } @fc_data;
778    
779      my ($dataset);      my ($dataset);
     foreach my $row (@rows){  
         my $id = $row->[1];  
         my $score = $row->[0];  
         my $description = $row->[2];  
780          my $dataset = {'class' => 'PCH',          my $dataset = {'class' => 'PCH',
                        'score' => $score,  
                        'id' => $id,  
781                         'type' => 'fc',                         'type' => 'fc',
782                         'function' => $description                     'fig_id' => $fid,
783                       'rows' => \@rows
784                         };                         };
785    
786          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
     }  
 }  
   
 =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)  
   
 This methods retrieves sims and also BBHs and fills the internal data structures.  
   
 =cut  
   
 #     sub get_sims_and_bbhs{  
   
 #       # blast m8 output format  
 #       # id1, id2, %ident, align len, mismatches, gaps, q.start, q.stop, s. start, s.stop, eval, bit  
   
 #       my $Sims=();  
 #       @sims_src = $fig->sims($fid,80,500,"fig",0);  
 #       print "found $#sims_src SIMs\n";  
 #       foreach $sims (@sims_src) {  
 #           my ($sims_string) = "@$sims";  
 # #       print "$sims_string\n";  
 #           my ($rfid,$start,$stop,$eval) = ( $sims_string =~ /\S+\s+(\S+)\s+\S+\s\S+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+  
 #                                             \S+\s+\S+\s+\S+\s+\S+\s+(\S+)+.*/);  
 # #       print "ID: $rfid, E:$eval, Start:$start stop:$stop\n";  
 #           $Sims{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $Sims{$rfid}{'start'}=$start;  
 #           $Sims{$rfid}{'stop'}=$stop;  
 #           print "$rfid $Sims{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
   
 #       # BBHs  
 #       my $BBHs=();  
   
 #       @bbhs_src = $fig->bbhs($fid,1.0e-10);  
 #       print "found $#bbhs_src BBHs\n";  
 #       foreach $bbh (@bbhs_src) {  
 #           #print "@$bbh\n";  
 #           my ($bbh_string) = "@$bbh";  
 #           my ($rfid,$eval,$score) = ( $bbh_string =~ /(\S+)\s(\S+)\s(\S+)/);  
 #           #print "ID: $rfid, E:$eval, S:$score\n";  
 #           $BBHs{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $BBHs{$rfid}{'score'}=$score;  
 # #print "$rfid $BBHs{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
   
 #     }  
   
787    
788    }
789    
790  =head3 new (internal)  =head3 new (internal)
791    
# Line 941  Line 796 
796  sub new {  sub new {
797    my ($class,$dataset) = @_;    my ($class,$dataset) = @_;
798    
   
   #$self = { acc => '',  
 #           description => '',  
 #           class => '',  
 #           type => '',  
 #           start => '',  
 #           stop => '',  
 #           evalue => '',  
 #           score => '',  
 #           display_method => '',  
 #           feature_id => '',  
 #           rank => '',  
 #           supports_annotation => '',  
 #           id => '',  
 #            organism => '',  
 #            who => ''  
 #         };  
   
799    my $self = { class => $dataset->{'class'},    my $self = { class => $dataset->{'class'},
800                 type => $dataset->{'type'}                 type => $dataset->{'type'},
801                   fig_id => $dataset->{'fig_id'},
802                   score => $dataset->{'score'},
803             };             };
804    
805    bless($self,$class);    bless($self,$class);
# Line 980  Line 819 
819      return $self->{identity};      return $self->{identity};
820  }  }
821    
822    =head3 fig_id (internal)
823    
824    =cut
825    
826    sub fig_id {
827      my ($self) = @_;
828      return $self->{fig_id};
829    }
830    
831  =head3 feature_id (internal)  =head3 feature_id (internal)
832    
833    
# Line 1039  Line 887 
887      return $self->{database};      return $self->{database};
888  }  }
889    
890    sub score {
891      my ($self) = @_;
892    
893      return $self->{score};
894    }
895    
896  ############################################################  ############################################################
897  ############################################################  ############################################################
898  package Observation::Identical;  package Observation::PDB;
899    
900  use base qw(Observation);  use base qw(Observation);
901    
# Line 1051  Line 903 
903    
904      my ($class,$dataset) = @_;      my ($class,$dataset) = @_;
905      my $self = $class->SUPER::new($dataset);      my $self = $class->SUPER::new($dataset);
906      $self->{id} = $dataset->{'id'};      $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
907      $self->{organism} = $dataset->{'organism'};      $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
908      $self->{function} = $dataset->{'function'};      $self->{start} = $dataset->{'start'};
909      $self->{database} = $dataset->{'database'};      $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
   
910      bless($self,$class);      bless($self,$class);
911      return $self;      return $self;
912  }  }
913    
914  =head3 display()  =head3 display()
915    
916  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
 This code will display a table for the identical protein  
   
   
 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi  
 dence.  
917    
918  =cut  =cut
919    
920  sub display{  sub display{
921      my ($self, $cgi, $dataset) = @_;      my ($self,$gd,$fig) = @_;
922    
923      my $all_domains = [];      my $fid = $self->fig_id;
924      my $count_identical = 0;      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
     my $content;  
     foreach my $thing (@$dataset) {  
         next if ($thing->class ne "IDENTICAL");  
         my $single_domain = [];  
         push(@$single_domain,$thing->database);  
         my $id = $thing->id;  
         $count_identical++;  
         push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));  
         push(@$single_domain,$thing->organism);  
         #push(@$single_domain,$thing->type);  
         push(@$single_domain,$thing->function);  
         push(@$all_domains,$single_domain);  
     }  
925    
926      if ($count_identical >0){      my $acc = $self->acc;
927          $content = $all_domains;  
928        my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
929        my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
930        if(!scalar(@$pdb_objs)){
931            $pdb_description = "not available";
932            $pdb_source = "not available";
933            $pdb_ligand = "not available";
934      }      }
935      else{      else{
936          $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";          my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
937      }          $pdb_description = $pdb_obj->description;
938      return ($content);          $pdb_source = $pdb_obj->source;
939            $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
940  }  }
941    
942  1;      my $lines = [];
943        my $line_data = [];
944        my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
945                            'short_title' => "best PDB",
946                            'basepair_offset' => '1' };
947    
948        #my $fig = new FIG;
949        my $seq = $fig->get_translation($fid);
950        my $fid_stop = length($seq);
951    
952        my $fid_element_hash = {
953            "title" => $fid,
954            "start" => '1',
955            "end" =>  $fid_stop,
956            "color"=> '1',
957            "zlayer" => '1'
958            };
959    
960  #########################################      push(@$line_data,$fid_element_hash);
 #########################################  
 package Observation::FC;  
 1;  
961    
962  use base qw(Observation);      my $links_list = [];
963        my $descriptions = [];
964    
965  sub new {      my $name;
966        $name = {"title" => 'id',
967                 "value" => $acc};
968        push(@$descriptions,$name);
969    
970        my $description;
971        $description = {"title" => 'pdb description',
972                        "value" => $pdb_description};
973        push(@$descriptions,$description);
974    
975      my ($class,$dataset) = @_;      my $score;
976      my $self = $class->SUPER::new($dataset);      $score = {"title" => "score",
977      $self->{score} = $dataset->{'score'};                "value" => $self->evalue};
978      $self->{id} = $dataset->{'id'};      push(@$descriptions,$score);
     $self->{function} = $dataset->{'function'};  
979    
980      bless($self,$class);      my $start_stop;
981      return $self;      my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
982  }      $start_stop = {"title" => "start-stop",
983                       "value" => $start_stop_value};
984        push(@$descriptions,$start_stop);
985    
986        my $source;
987        $source = {"title" => "source",
988                  "value" => $pdb_source};
989        push(@$descriptions,$source);
990    
991        my $ligand;
992        $ligand = {"title" => "pdb ligand",
993                   "value" => $pdb_ligand};
994        push(@$descriptions,$ligand);
995    
996  =head3 display()      my $link;
997        my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
998    
999        $link = {"link_title" => $acc,
1000                 "link" => $link_url};
1001        push(@$links_list,$link);
1002    
1003        my $pdb_element_hash = {
1004            "title" => "PDB homology",
1005            "start" => $self->start,
1006            "end" =>  $self->stop,
1007            "color"=> '6',
1008            "zlayer" => '3',
1009            "links_list" => $links_list,
1010            "description" => $descriptions};
1011    
1012        push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1013        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1014    
1015        return $gd;
1016    }
1017    
1018    1;
1019    
1020    ############################################################
1021    ############################################################
1022    package Observation::Identical;
1023    
1024    use base qw(Observation);
1025    
1026    sub new {
1027    
1028        my ($class,$dataset) = @_;
1029        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1030        $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1031    
1032        bless($self,$class);
1033        return $self;
1034    }
1035    
1036    =head3 display_table()
1037    
1038  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1039  This code will display a table for the identical protein  This code will display a table for the identical protein
# Line 1132  Line 1044 
1044    
1045  =cut  =cut
1046    
 sub display {  
     my ($self,$cgi,$dataset, $fid) = @_;  
1047    
1048    sub display_table{
1049        my ($self,$fig) = @_;
1050    
1051        #my $fig = new FIG;
1052        my $fid = $self->fig_id;
1053        my $rows = $self->rows;
1054        my $cgi = new CGI;
1055        my $all_domains = [];
1056        my $count_identical = 0;
1057        my $content;
1058        foreach my $row (@$rows) {
1059            my $id = $row->[0];
1060            my $who = $row->[1];
1061            my $assignment = $row->[2];
1062            my $organism = $fig->org_of($id);
1063            my $single_domain = [];
1064            push(@$single_domain,$who);
1065            push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1066            push(@$single_domain,$organism);
1067            push(@$single_domain,$assignment);
1068            push(@$all_domains,$single_domain);
1069            $count_identical++;
1070        }
1071    
1072        if ($count_identical >0){
1073            $content = $all_domains;
1074        }
1075        else{
1076            $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1077        }
1078        return ($content);
1079    }
1080    
1081    1;
1082    
1083    #########################################
1084    #########################################
1085    package Observation::FC;
1086    1;
1087    
1088    use base qw(Observation);
1089    
1090    sub new {
1091    
1092        my ($class,$dataset) = @_;
1093        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1094        $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1095    
1096        bless($self,$class);
1097        return $self;
1098    }
1099    
1100    =head3 display_table()
1101    
1102    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1103    This code will display a table for the identical protein
1104    
1105    
1106    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1107    dence.
1108    
1109    =cut
1110    
1111    sub display_table {
1112    
1113        my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1114        my $fid = $self->fig_id;
1115        my $rows = $self->rows;
1116        my $cgi = new CGI;
1117      my $functional_data = [];      my $functional_data = [];
1118      my $count = 0;      my $count = 0;
1119      my $content;      my $content;
1120    
1121      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $row (@$rows) {
1122          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
         next if ($thing->class ne "PCH");  
1123          $count++;          $count++;
1124    
1125          # construct the score link          # construct the score link
1126          my $score = $thing->score;          my $score = $row->[0];
1127          my $toid = $thing->id;          my $toid = $row->[1];
1128          my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";          my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1129          my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";          my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1130    
1131          push(@$single_domain,$sc_link);          push(@$single_domain,$sc_link);
1132          push(@$single_domain,$thing->id);          push(@$single_domain,$row->[1]);
1133          push(@$single_domain,$thing->function);          push(@$single_domain,$row->[2]);
1134          push(@$functional_data,$single_domain);          push(@$functional_data,$single_domain);
1135      }      }
1136    
# Line 1189  Line 1167 
1167  sub display {  sub display {
1168      my ($thing,$gd) = @_;      my ($thing,$gd) = @_;
1169      my $lines = [];      my $lines = [];
1170      my $line_config = { 'title' => $thing->acc,  #    my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1171                          'short_title' => $thing->type,  #                       'short_title' => $thing->type,
1172                          'basepair_offset' => '1' };  #                       'basepair_offset' => '1' };
1173      my $color = "4";      my $color = "4";
1174    
1175      my $line_data = [];      my $line_data = [];
1176      my $links_list = [];      my $links_list = [];
1177      my $descriptions = [];      my $descriptions = [];
1178    
1179      my $description_function;      my $db_and_id = $thing->acc;
1180      $description_function = {"title" => $thing->class,      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
                              "value" => $thing->acc};  
1181    
1182      push(@$descriptions,$description_function);      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1183    
1184        my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1185        if($db eq "CDD"){
1186            my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1187            if(!scalar(@$cdd_objs)){
1188                $name_title = "name";
1189                $name_value = "not available";
1190                $description_title = "description";
1191                $description_value = "not available";
1192            }
1193            else{
1194                my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1195                $name_title = "name";
1196                $name_value = $cdd_obj->term;
1197                $description_title = "description";
1198                $description_value = $cdd_obj->description;
1199            }
1200        }
1201        elsif($db =~ /PFAM/){
1202            my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $id } );
1203            if(!scalar(@$pfam_objs)){
1204                $name_title = "name";
1205                $name_value = "not available";
1206                $description_title = "description";
1207                $description_value = "not available";
1208            }
1209            else{
1210                my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1211                $name_title = "name";
1212                $name_value = $pfam_obj->term;
1213                #$description_title = "description";
1214                #$description_value = $pfam_obj->description;
1215            }
1216        }
1217    
1218        my $short_title = $thing->acc;
1219        $short_title =~ s/::/ - /ig;
1220        my $line_config = { 'title' => $name_value,
1221                            'short_title' => $short_title,
1222                            'basepair_offset' => '1' };
1223    
1224        my $name;
1225        $name = {"title" => $db,
1226                 "value" => $id};
1227        push(@$descriptions,$name);
1228    
1229    #    my $description;
1230    #    $description = {"title" => $description_title,
1231    #                   "value" => $description_value};
1232    #    push(@$descriptions,$description);
1233    
1234      my $score;      my $score;
1235      $score = {"title" => "score",      $score = {"title" => "score",
1236                "value" => $thing->evalue};                "value" => $thing->evalue};
1237      push(@$descriptions,$score);      push(@$descriptions,$score);
1238    
1239        my $location;
1240        $location = {"title" => "location",
1241                     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1242        push(@$descriptions,$location);
1243    
1244      my $link_id;      my $link_id;
1245      if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){      if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1246          $link_id = $1;          $link_id = $1;
1247      }      }
1248    
# Line 1225  Line 1257 
1257      push(@$links_list,$link);      push(@$links_list,$link);
1258    
1259      my $element_hash = {      my $element_hash = {
1260          "title" => $thing->type,          "title" => $name_value,
1261          "start" => $thing->start,          "start" => $thing->start,
1262          "end" =>  $thing->stop,          "end" =>  $thing->stop,
1263          "color"=> $color,          "color"=> $color,
# Line 1240  Line 1272 
1272    
1273  }  }
1274    
1275    sub display_table {
1276        my ($self,$dataset) = @_;
1277        my $cgi = new CGI;
1278        my $data = [];
1279        my $count = 0;
1280        my $content;
1281    
1282        foreach my $thing (@$dataset) {
1283            next if ($thing->type !~ /dom/);
1284            my $single_domain = [];
1285            $count++;
1286    
1287            my $db_and_id = $thing->acc;
1288            my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1289    
1290            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1291    
1292            my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1293            if($db eq "CDD"){
1294                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1295                if(!scalar(@$cdd_objs)){
1296                    $name_title = "name";
1297                    $name_value = "not available";
1298                    $description_title = "description";
1299                    $description_value = "not available";
1300                }
1301                else{
1302                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1303                    $name_title = "name";
1304                    $name_value = $cdd_obj->term;
1305                    $description_title = "description";
1306                    $description_value = $cdd_obj->description;
1307                }
1308            }
1309    
1310            my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1311    
1312            push(@$single_domain,$db);
1313            push(@$single_domain,$thing->acc);
1314            push(@$single_domain,$name_value);
1315            push(@$single_domain,$location);
1316            push(@$single_domain,$thing->evalue);
1317            push(@$single_domain,$description_value);
1318            push(@$data,$single_domain);
1319        }
1320    
1321        if ($count >0){
1322            $content = $data;
1323        }
1324        else
1325        {
1326            $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1327        }
1328    }
1329    
1330    
1331  #########################################  #########################################
1332  #########################################  #########################################
1333  package Observation::Location;  package Observation::Location;
# Line 1257  Line 1345 
1345      $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};      $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1346      $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};      $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1347      $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};      $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1348        $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1349        $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1350    
1351      bless($self,$class);      bless($self,$class);
1352      return $self;      return $self;
1353  }  }
1354    
1355    sub display_cello {
1356        my ($thing) = @_;
1357        my $html;
1358        my $cello_location = $thing->cello_location;
1359        my $cello_score = $thing->cello_score;
1360        if($cello_location){
1361            $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location  prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1362            #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1363        }
1364        return ($html);
1365    }
1366    
1367  sub display {  sub display {
1368      my ($thing,$gd,$fid) = @_;      my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1369    
1370      my $fig= new FIG;      my $fid = $thing->fig_id;
1371        #my $fig= new FIG;
1372      my $length = length($fig->get_translation($fid));      my $length = length($fig->get_translation($fid));
1373    
1374      my $cleavage_prob;      my $cleavage_prob;
# Line 1277  Line 1380 
1380      my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;      my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1381      my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);      my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1382    
1383        my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1384        my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1385    
1386      my $lines = [];      my $lines = [];
     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                         'short_title' => 'Local',  
                         'basepair_offset' => '1' };  
1387    
1388      #color is      #color is
1389      my $color = "5";      my $color = "6";
1390    
1391      my $line_data = [];  =pod=
1392    
1393      if($cello_location){      if($cello_location){
1394          my $cello_descriptions = [];          my $cello_descriptions = [];
1395            my $line_data =[];
1396    
1397            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1398                                'short_title' => 'CELLO',
1399                                'basepair_offset' => '1' };
1400    
1401          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1402                                            "value" => $cello_location};                                            "value" => $cello_location};
1403    
# Line 1301  Line 1410 
1410    
1411          my $element_hash = {          my $element_hash = {
1412              "title" => "CELLO",              "title" => "CELLO",
1413                "color"=> $color,
1414              "start" => "1",              "start" => "1",
1415              "end" =>  $length + 1,              "end" =>  $length + 1,
1416              "color"=> $color,              "zlayer" => '1',
             "type" => 'box',  
             "zlayer" => '2',  
1417              "description" => $cello_descriptions};              "description" => $cello_descriptions};
1418    
1419          push(@$line_data,$element_hash);          push(@$line_data,$element_hash);
1420            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1421      }      }
1422    
1423      my $color = "6";      $color = "2";
     #if(0){  
1424      if($tmpred_score){      if($tmpred_score){
1425            my $line_data =[];
1426            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1427                                'short_title' => 'Transmembrane',
1428                                'basepair_offset' => '1' };
1429    
1430          foreach my $tmpred (@tmpred_locations){          foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1431              my $descriptions = [];              my $descriptions = [];
1432              my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);              my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
# Line 1328  Line 1441 
1441              "end" =>  $end + 1,              "end" =>  $end + 1,
1442              "color"=> $color,              "color"=> $color,
1443              "zlayer" => '5',              "zlayer" => '5',
1444              "type" => 'smallbox',              "type" => 'box',
1445                "description" => $descriptions};
1446    
1447                push(@$line_data,$element_hash);
1448    
1449            }
1450            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1451        }
1452    =cut
1453    
1454        if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1455            my $line_data =[];
1456            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1457                                'short_title' => 'TM and SP',
1458                                'basepair_offset' => '1' };
1459    
1460            foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1461                my $descriptions = [];
1462                my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1463                                 "value" => $tm_loc};
1464                push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1465    
1466                my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1467    
1468                my $element_hash = {
1469                "title" => "Phobius",
1470                "start" => $begin + 1,
1471                "end" =>  $end + 1,
1472                "color"=> '6',
1473                "zlayer" => '4',
1474                "type" => 'bigbox',
1475              "description" => $descriptions};              "description" => $descriptions};
1476    
1477              push(@$line_data,$element_hash);              push(@$line_data,$element_hash);
1478    
1479            }
1480    
1481            if($phobius_signal_location){
1482                my $descriptions = [];
1483                my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1484                                 "value" => $phobius_signal_location};
1485                push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1486    
1487    
1488                my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1489                my $element_hash = {
1490                "title" => "phobius signal locations",
1491                "start" => $begin + 1,
1492                "end" =>  $end + 1,
1493                "color"=> '1',
1494                "zlayer" => '5',
1495                "type" => 'box',
1496                "description" => $descriptions};
1497                push(@$line_data,$element_hash);
1498          }          }
1499    
1500            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1501      }      }
1502    
1503      my $color = "1";  =head3
1504        $color = "1";
1505      if($signal_peptide_score){      if($signal_peptide_score){
1506            my $line_data = [];
1507          my $descriptions = [];          my $descriptions = [];
1508    
1509            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1510                                'short_title' => 'SignalP',
1511                                'basepair_offset' => '1' };
1512    
1513          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1514                                                  "value" => $signal_peptide_score};                                                  "value" => $signal_peptide_score};
1515    
# Line 1351  Line 1523 
1523          my $element_hash = {          my $element_hash = {
1524              "title" => "SignalP",              "title" => "SignalP",
1525              "start" => $cleavage_loc_begin - 2,              "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1526              "end" =>  $cleavage_loc_end + 3,              "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1527              "type" => 'bigbox',              "type" => 'bigbox',
1528              "color"=> $color,              "color"=> $color,
1529              "zlayer" => '10',              "zlayer" => '10',
1530              "description" => $descriptions};              "description" => $descriptions};
1531    
1532          push(@$line_data,$element_hash);          push(@$line_data,$element_hash);
     }  
   
1533      $gd->add_line($line_data, $line_config);      $gd->add_line($line_data, $line_config);
1534        }
1535    =cut
1536    
1537      return ($gd);      return ($gd);
1538    
# Line 1408  Line 1580 
1580    return $self->{cello_score};    return $self->{cello_score};
1581  }  }
1582    
1583    sub phobius_signal_location {
1584      my ($self) = @_;
1585      return $self->{phobius_signal_location};
1586    }
1587    
1588    sub phobius_tm_locations {
1589      my ($self) = @_;
1590      return $self->{phobius_tm_locations};
1591    }
1592    
1593    
1594    
1595  #########################################  #########################################
1596  #########################################  #########################################
# Line 1421  Line 1604 
1604      my $self = $class->SUPER::new($dataset);      my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1605      $self->{identity} = $dataset->{'identity'};      $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1606      $self->{acc} = $dataset->{'acc'};      $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1607        $self->{query} = $dataset->{'query'};
1608      $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};      $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1609      $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};      $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1610      $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};      $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
# Line 1438  Line 1622 
1622    
1623  =head3 display()  =head3 display()
1624    
1625  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  If available use the function specified here to display a graphical observation.
1626  This code will display a table for the similarities protein  This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
   
 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.  
1627    
1628  =cut  =cut
1629    
1630  sub display {  sub display {
1631      my ($self,$cgi,$dataset) = @_;      my ($self,$gd,$array,$fig) = @_;
1632        #my $fig = new FIG;
     my $data = [];  
     my $count = 0;  
     my $content;  
     my $fig = new FIG;  
1633    
1634      foreach my $thing (@$dataset) {      my @ids;
1635          my $single_domain = [];      foreach my $thing(@$array){
1636          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
1637          $count++;          push (@ids, $thing->acc);
1638        }
1639    
1640          my $id = $thing->acc;      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);
1641    
1642          # add the subsystem information      foreach my $thing (@$array){
1643          my @in_sub  = $fig->peg_to_subsystems($id);          if ($thing->class eq "SIM"){
         my $in_sub;  
1644    
1645          if (@in_sub > 0) {              my $peg = $thing->acc;
1646              $in_sub = @in_sub;              my $query = $thing->query;
1647    
1648              # RAE: add a javascript popup with all the subsystems              my $organism = $thing->organism;
1649              my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;              my $genome = $fig->genome_of($peg);
1650              $in_sub = $cgi->a( {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);              my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1651          } else {              my $function = $thing->function;
1652              $in_sub = "&nbsp;";              my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1653          }              my $align_start = $thing->qstart;
1654                my $align_stop = $thing->qstop;
1655                my $hit_start = $thing->hstart;
1656                my $hit_stop = $thing->hstop;
1657    
1658          # add evidence code with tool tip              my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
         my $ev_codes=" &nbsp; ";  
         my @ev_codes = "";  
         if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {  
             my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($id);  
             @ev_codes = ();  
             foreach my $code (@codes) {  
                 my $pretty_code = $code->[2];  
                 if ($pretty_code =~ /;/) {  
                     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);  
                     $ss =~ s/_/ /g;  
                     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;  
                 }  
                 push(@ev_codes, $pretty_code);  
             }  
         }  
1659    
1660          if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {              my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1661              my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);                                  'short_title' => "$abbrev_name",
1662              $ev_codes = $cgi->a(                                  'title_link' => '$tax_link',
1663                                  {                                  'basepair_offset' => '0'
1664                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                  };
         }  
1665    
1666          # add the aliases              my $line_data = [];
         my $aliases = undef;  
         $aliases = &html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id) ) );  
         $aliases = &HTML::set_prot_links( $cgi, $aliases );  
         $aliases ||= "&nbsp;";  
1667    
1668          my $iden    = $thing->identity;              my $element_hash;
1669          my $ln1     = $thing->qlength;              my $links_list = [];
1670          my $ln2     = $thing->hlength;              my $descriptions = [];
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";  
         my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";  
1671    
1672                # get subsystem information
1673                my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1674                my $link;
1675                $link = {"link_title" => $peg,
1676                         "link" => $url_link};
1677                push(@$links_list,$link);
1678    
1679          push(@$single_domain,$thing->database);              #my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1680          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$thing->acc));              my @subs = @{$in_subs{$peg}} if (defined $in_subs{$peg});
1681          push(@$single_domain,$thing->evalue);              my @subsystems;
1682          push(@$single_domain,"$iden\%");  
1683          push(@$single_domain,$reg1);              foreach my $array (@subs){
1684          push(@$single_domain,$reg2);                  my $subsystem = $$array[0];
1685          push(@$single_domain,$in_sub);                  push(@subsystems,$subsystem);
1686          push(@$single_domain,$ev_codes);                  my $link;
1687          push(@$single_domain,$thing->organism);                  $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1688          push(@$single_domain,$thing->function);                           "link_title" => $subsystem};
1689          push(@$single_domain,$aliases);                  push(@$links_list,$link);
1690          push(@$data,$single_domain);              }
1691    
1692                $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1693                         "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query&peg2=$peg"};
1694                push (@$links_list,$link);
1695    
1696                my $description_function;
1697                $description_function = {"title" => "function",
1698                                         "value" => $function};
1699                push(@$descriptions,$description_function);
1700    
1701                my ($description_ss, $ss_string);
1702                $ss_string = join (",", @subsystems);
1703                $description_ss = {"title" => "subsystems",
1704                                   "value" => $ss_string};
1705                push(@$descriptions,$description_ss);
1706    
1707                my $description_loc;
1708                $description_loc = {"title" => "location start",
1709                                    "value" => $hit_start};
1710                push(@$descriptions, $description_loc);
1711    
1712                $description_loc = {"title" => "location stop",
1713                                    "value" => $hit_stop};
1714                push(@$descriptions, $description_loc);
1715    
1716                my $evalue = $thing->evalue;
1717                while ($evalue =~ /-0/)
1718                {
1719                    my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1720                    $chunk2 = substr($chunk2,1);
1721                    $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1722      }      }
1723    
1724                my $color = &color($evalue);
1725    
1726                my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1727                                        "value" => $evalue};
1728                push(@$descriptions, $description_eval);
1729    
1730                my $identity = $self->identity;
1731                my $description_identity = {"title" => "Identity",
1732                                            "value" => $identity};
1733                push(@$descriptions, $description_identity);
1734    
1735                $element_hash = {
1736                    "title" => $peg,
1737                    "start" => $align_start,
1738                    "end" =>  $align_stop,
1739                    "type"=> 'box',
1740                    "color"=> $color,
1741                    "zlayer" => "2",
1742                    "links_list" => $links_list,
1743                    "description" => $descriptions
1744                    };
1745                push(@$line_data,$element_hash);
1746                $gd->add_line($line_data, $line_config);
1747            }
1748        }
1749        return ($gd);
1750    }
1751    
1752    =head3 display_domain_composition()
1753    
1754    If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1755    
1756    =cut
1757    
1758    sub display_domain_composition {
1759        my ($self,$gd,$fig) = @_;
1760    
1761        #$fig = new FIG;
1762        my $peg = $self->acc;
1763    
1764        my $line_data = [];
1765        my $links_list = [];
1766        my $descriptions = [];
1767    
1768        my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1769        #my @domain_query_results = ();
1770        foreach $dqr (@domain_query_results){
1771            my $key = @$dqr[1];
1772            my @parts = split("::",$key);
1773            my $db = $parts[0];
1774            my $id = $parts[1];
1775            my $val = @$dqr[2];
1776            my $from;
1777            my $to;
1778            my $evalue;
1779    
1780            if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1781                my $raw_evalue = $1;
1782                $from = $2;
1783                $to = $3;
1784                if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1785                    my $part2 = 1000 - $1;
1786                    my $part1 = $2/100;
1787                    $evalue = $part1."e-".$part2;
1788                }
1789                else{
1790                    $evalue = "0.0";
1791                }
1792            }
1793    
1794            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1795            my ($name_value,$description_value);
1796    
1797            if($db eq "CDD"){
1798                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1799                if(!scalar(@$cdd_objs)){
1800                    $name_title = "name";
1801                    $name_value = "not available";
1802                    $description_title = "description";
1803                    $description_value = "not available";
1804                }
1805                else{
1806                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1807                    $name_value = $cdd_obj->term;
1808                    $description_value = $cdd_obj->description;
1809                }
1810            }
1811    
1812            my $domain_name;
1813            $domain_name = {"title" => "name",
1814                            "value" => $name_value};
1815            push(@$descriptions,$domain_name);
1816    
1817            my $description;
1818            $description = {"title" => "description",
1819                            "value" => $description_value};
1820            push(@$descriptions,$description);
1821    
1822            my $score;
1823            $score = {"title" => "score",
1824                      "value" => $evalue};
1825            push(@$descriptions,$score);
1826    
1827            my $link_id = $id;
1828            my $link;
1829            my $link_url;
1830            if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1831            elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1832            else{$link_url = "NO_URL"}
1833    
1834            $link = {"link_title" => $name_value,
1835                     "link" => $link_url};
1836            push(@$links_list,$link);
1837    
1838            my $domain_element_hash = {
1839                "title" => $peg,
1840                "start" => $from,
1841                "end" =>  $to,
1842                "type"=> 'box',
1843                "zlayer" => '4',
1844                "links_list" => $links_list,
1845                "description" => $descriptions
1846                };
1847    
1848            push(@$line_data,$domain_element_hash);
1849    
1850            #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
1851            last;
1852        }
1853    
1854        my $line_config = { 'title' => $peg,
1855                            'short_title' => $peg,
1856                            'basepair_offset' => '1' };
1857    
1858        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1859    
1860        return ($gd);
1861    
1862    }
1863    
1864    =head3 display_table()
1865    
1866    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1867    This code will display a table for the similarities protein
1868    
1869    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1870    
1871    =cut
1872    
1873    sub display_table {
1874        my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;
1875    
1876        my $data = [];
1877        my $count = 0;
1878        my $content;
1879        #my $fig = new FIG;
1880        my $cgi = new CGI;
1881        my @ids;
1882        foreach my $thing (@$dataset) {
1883            next if ($thing->class ne "SIM");
1884            push (@ids, $thing->acc);
1885        }
1886    
1887        my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1888        my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);
1889    
1890        # get the column for the subsystems
1891        %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);
1892    
1893        # get the column for the evidence codes
1894        %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1895    
1896        # get the column for pfam_domain
1897        %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1898    
1899        my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
1900        my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);
1901        #my $alias_col = {};
1902    
1903        foreach my $thing (@$dataset) {
1904            next if ($thing->class ne "SIM");
1905            my $single_domain = [];
1906            $count++;
1907    
1908            my $id      = $thing->acc;
1909            my $taxid   = $fig->genome_of($id);
1910            my $iden    = $thing->identity;
1911            my $ln1     = $thing->qlength;
1912            my $ln2     = $thing->hlength;
1913            my $b1      = $thing->qstart;
1914            my $e1      = $thing->qstop;
1915            my $b2      = $thing->hstart;
1916            my $e2      = $thing->hstop;
1917            my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
1918            my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
1919            my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1920            my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1921    
1922            # checkbox column
1923            my $field_name = "tables_" . $id;
1924            my $pair_name = "visual_" . $id;
1925            my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1926            my ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;
1927    
1928            # get the linked fig id
1929            my $fig_col;
1930            if (defined ($e_identical{$id})){
1931                $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1932            }
1933            else{
1934                $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1935            }
1936    
1937            push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,
1938                  "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function);   # permanent columns
1939    
1940            foreach my $col (sort keys %$scroll_list){
1941                if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}
1942                elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}
1943                elsif ($col =~ /pfam_domains/)               {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}
1944                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"NCBI"});}
1945                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"RefSeq"});}
1946                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"SwissProt"});}
1947                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"UniProt"});}
1948                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}
1949                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}
1950                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}
1951                #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}
1952                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}
1953                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}
1954                #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}
1955                elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}
1956            }
1957            push(@$data,$single_domain);
1958        }
1959      if ($count >0){      if ($count >0){
1960          $content = $data;          $content = $data;
1961      }      }
1962      else      else{
     {  
1963          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1964      }      }
1965      return ($content);      return ($content);
1966  }  }
1967    
1968    sub get_box_column{
1969        my ($ids) = @_;
1970        my %column;
1971        foreach my $id (@$ids){
1972            my $field_name = "tables_" . $id;
1973            my $pair_name = "visual_" . $id;
1974            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1975        }
1976        return (%column);
1977    }
1978    
1979    sub get_subsystems_column{
1980        my ($ids,$fig) = @_;
1981    
1982        #my $fig = new FIG;
1983        my $cgi = new CGI;
1984        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
1985        my %column;
1986        foreach my $id (@$ids){
1987            my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
1988            my @subsystems;
1989    
1990            if (@in_sub > 0) {
1991                foreach my $array(@in_sub){
1992                    my $ss = $$array[0];
1993                    $ss =~ s/_/ /ig;
1994                    push (@subsystems, "-" . $ss);
1995                }
1996                my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
1997                $column{$id} = $in_sub_line;
1998            } else {
1999                $column{$id} = "&nbsp;";
2000            }
2001        }
2002        return (%column);
2003    }
2004    
2005    sub get_essentially_identical{
2006        my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2007        #my $fig = new FIG;
2008    
2009        my %id_list;
2010        #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2011    
2012        foreach my $thing (@$dataset){
2013            if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2014                my $rows = $thing->rows;
2015                my $count_identical = 0;
2016                foreach my $row (@$rows) {
2017                    my $id = $row->[0];
2018                    if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2019                        $id_list{$id} = 1;
2020                    }
2021                }
2022            }
2023        }
2024    
2025    #    foreach my $id (@maps_to) {
2026    #        if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2027    #           $id_list{$id} = 1;
2028    #        }
2029    #    }
2030        return(%id_list);
2031    }
2032    
2033    
2034    sub get_evidence_column{
2035        my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2036        #my $fig = new FIG;
2037        my $cgi = new CGI;
2038        my (%column, %code_attributes);
2039    
2040        my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2041        foreach my $key (@codes){
2042            push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
2043        }
2044    
2045        foreach my $id (@$ids){
2046            # add evidence code with tool tip
2047            my $ev_codes=" &nbsp; ";
2048    
2049            my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2050            my @ev_codes = ();
2051            foreach my $code (@codes) {
2052                my $pretty_code = $code->[2];
2053                if ($pretty_code =~ /;/) {
2054                    my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2055                    $ss =~ s/_/ /g;
2056                    $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2057                }
2058                push(@ev_codes, $pretty_code);
2059            }
2060    
2061            if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2062                my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2063                $ev_codes = $cgi->a(
2064                                    {
2065                                        id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2066            }
2067            $column{$id}=$ev_codes;
2068        }
2069        return (%column);
2070    }
2071    
2072    sub get_pfam_column{
2073        my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2074        #my $fig = new FIG;
2075        my $cgi = new CGI;
2076        my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);
2077        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
2078    
2079        my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;
2080        foreach my $key (@codes){
2081            my $name = $key->[1];
2082            if ($name =~ /_/){
2083                ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2084            }
2085            push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2086            push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2087        }
2088    
2089        foreach my $id (@$ids){
2090            # add evidence code
2091            my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2092            my @pfam_codes = "";
2093            my %description_codes;
2094    
2095            if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2096                my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2097                @pfam_codes = ();
2098    
2099                # get only unique values
2100                my %saw;
2101                foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2102                @ncodes = keys %saw;
2103    
2104                foreach my $code (@ncodes) {
2105                    my @parts = split("::",$code);
2106                    my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2107    
2108                    # get the locations for the domain
2109                    my @locs;
2110                    foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2111                        my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2112                        push (@locs,$loc);
2113                    }
2114                    my %locsaw;
2115                    foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2116                    @locs = keys %locsaw;
2117    
2118                    my $locations = join (", ", @locs);
2119    
2120                    if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2121                        push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2122                    }
2123                    else {
2124                        my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2125                        $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};
2126                        push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2127                    }
2128                }
2129            }
2130    
2131            $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);
2132        }
2133        return (%column);
2134    
2135    }
2136    
2137    sub get_aliases {
2138        my ($ids,$fig) = @_;
2139    
2140        my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2141        foreach my $id (@$ids){
2142            foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2143                my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2144                next if ($aliases->{$id}->{$id_db});
2145                $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2146            }
2147        }
2148        return ($aliases);
2149    }
2150    
2151  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2152    
2153    sub color {
2154        my ($evalue) = @_;
2155        my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
2156        my $color;
2157        if ($evalue <= 1e-170){        $color = $palette->[0];    }
2158        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = $palette->[1];    }
2159        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = $palette->[2];    }
2160        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = $palette->[3];    }
2161        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = $palette->[4];    }
2162        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = $palette->[5];    }
2163        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = $palette->[6];    }
2164        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = $palette->[7];    }
2165        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = $palette->[8];    }
2166        else{        $color = $palette->[9];    }
2167        return ($color);
2168    }
2169    
2170    
2171  ############################  ############################
# Line 1554  Line 2177 
2177    
2178      my ($class,$dataset) = @_;      my ($class,$dataset) = @_;
2179      my $self = $class->SUPER::new($dataset);      my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2180        $self->{context} = $dataset->{'context'};
2181      bless($self,$class);      bless($self,$class);
2182      return $self;      return $self;
2183  }  }
2184    
2185  sub display {  sub display {
2186      my ($self,$gd, $fid) = @_;      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2187    
2188      my $fig = new FIG;      my $fid = $self->fig_id;
2189        my $compare_or_coupling = $self->context;
2190        my $gd_window_size = $gd->window_size;
2191        my $range = $gd_window_size;
2192      my $all_regions = [];      my $all_regions = [];
2193        my $gene_associations={};
2194    
2195      #get the organism genome      #get the organism genome
2196      my $target_genome = $fig->genome_of($fid);      my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2197        $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2198        $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2199        $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2200    
2201      # get location of the gene      # get location of the gene
2202      my $data = $fig->feature_location($fid);      my $data = $fig->feature_location($fid);
2203      my ($contig, $beg, $end);      my ($contig, $beg, $end);
2204        my %reverse_flag;
2205    
2206      if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){      if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2207          $contig = $1;          $contig = $1;
# Line 1578  Line 2209 
2209          $end = $3;          $end = $3;
2210      }      }
2211    
2212        my $offset;
2213      my ($region_start, $region_end);      my ($region_start, $region_end);
2214      if ($beg < $end)      if ($beg < $end)
2215      {      {
2216          $region_start = $beg - 4000;          $region_start = $beg - ($range);
2217          $region_end = $end+4000;          $region_end = $end+ ($range);
2218            $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2219      }      }
2220      else      else
2221      {      {
2222          $region_end = $end+4000;          $region_start = $end-($range);
2223          $region_start = $beg-4000;          $region_end = $beg+($range);
2224            $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2225            $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2226            $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2227      }      }
2228    
2229      # call genes in region      # call genes in region
2230      my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);      my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2231        #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2232        #   push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2233        #}
2234      push(@$all_regions,$target_gene_features);      push(@$all_regions,$target_gene_features);
2235      my (@start_array_region);      my (@start_array_region);
2236      push (@start_array_region, $region_start);      push (@start_array_region, $offset);
2237    
2238      my %all_genes;      my %all_genes;
2239      my %all_genomes;      my %all_genomes;
2240      foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = 1;}      foreach my $feature (@$target_gene_features){
2241            #if ($feature =~ /peg/){
2242      my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);              $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2243            #}
2244        }
2245    
2246      my $coup_count = 0;      my @selected_sims;
2247    
2248      foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {      if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2249          last if ($coup_count > 10);          # get the selected boxes
2250          my ($peg1,$peg2) = @$pair;          my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2251    
2252          my $location = $fig->feature_location($peg1);          # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2253          my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);          if (@selected_taxonomy > 0){
2254          if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){              foreach my $sim (@$sims_array){
2255              $pair_contig = $1;                  next if ($sim->class ne "SIM");
2256              $pair_beg = $2;                  next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2257              $pair_end = $3;  
2258              if ($pair_beg < $pair_end)                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2259              {                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2260                  $pair_region_start = $pair_beg - 4000;                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2261                  $pair_region_stop = $pair_end+4000;                  #my $lineage = $taxes->{$genome1};
2262                    my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2263                    foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2264                        if ($lineage =~ /$taxon/){
2265                            #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2266                            push (@selected_sims, $sim->acc);
2267              }              }
             else  
             {  
                 $pair_region_stop = $pair_end+4000;  
                 $pair_region_start = $pair_beg-4000;  
2268              }              }
   
             push (@start_array_region, $pair_region_start);  
   
             $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);  
             $all_genomes{$pair_genome} = 1;  
             my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);  
             push(@$all_regions,$pair_features);  
             foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = 1;}  
2269          }          }
         $coup_count++;  
2270      }      }
2271            else{
2272                my $simcount = 0;
2273                foreach my $sim (@$sims_array){
2274                    next if ($sim->class ne "SIM");
2275                    next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2276    
2277      my $bbh_sets = [];                  push (@selected_sims, $sim->acc);
2278      my %already;                  $simcount++;
2279      foreach my $gene_key (keys(%all_genes)){                  last if ($simcount > 4);
2280          if($already{$gene_key}){next;}              }
2281          my $gene_set = [$gene_key];          }
2282    
2283          my $gene_key_genome = $fig->genome_of($gene_key);          my %saw;
2284            @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2285    
2286          foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){          # get the gene context for the sorted matches
2287              #next if ($gene_key_genome eq $genome_key);          foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2288              my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);              #get the organism genome
2289                my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2290                $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2291                $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2292                $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2293    
2294              my $feature_list = $return->{$gene_key};              # get location of the gene
2295              foreach my $fl (@$feature_list){              my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2296                  push(@$gene_set,$fl);              my ($contig, $beg, $end);
             }  
         }  
         $already{$gene_key} = 1;  
         push(@$bbh_sets,$gene_set);  
     }  
2297    
2298      my %bbh_set_rank;              if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2299      my $order = 0;                  $contig = $1;
2300      foreach my $set (@$bbh_sets){                  $beg = $2;
2301          my $count = scalar(@$set);                  $end = $3;
         $bbh_set_rank{$order} = $count;  
         $order++;  
2302      }      }
2303    
2304      my %peg_rank;              my $offset;
2305      my $counter =  1;              my ($region_start, $region_end);
2306      foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){              if ($beg < $end)
         my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];  
         my $flag_set = 0;  
         if (scalar (@$good_set) > 1)  
2307          {          {
2308              foreach my $peg (@$good_set){                  $region_start = $beg - ($range/2);
2309                  if ((!$peg_rank{$peg})){                  $region_end = $end+($range/2);
2310                      $peg_rank{$peg} = $counter;                  $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
                     $flag_set = 1;  
                 }  
             }  
             $counter++ if ($flag_set == 1);  
2311          }          }
2312          else          else
2313          {          {
2314              foreach my $peg (@$good_set){                  $region_start = $end-($range/2);
2315                  $peg_rank{$peg} = 100;                  $region_end = $beg+($range/2);
2316                    $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2317                    $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2318                    $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2319              }              }
2320    
2321                # call genes in region
2322                my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2323                push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2324                push (@start_array_region, $offset);
2325                foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2326                $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2327          }          }
2328    
2329      }      }
2330    
2331      open (FH, ">$FIG_Config::temp/good_sets.txt");      #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2332      foreach my $pr (sort {$peg_rank{$a} <=> $peg_rank{$b}} keys(%peg_rank)){ print FH "rank:$peg_rank{$pr}\tpr:$pr\n";}      # cluster the genes
2333      close (FH);      my @all_pegs = keys %all_genes;
2334        my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2335        #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2336        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
2337    
2338      foreach my $region (@$all_regions){      foreach my $region (@$all_regions){
2339          my $sample_peg = @$region[0];          my $sample_peg = @$region[0];
2340          my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);          my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2341          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2342          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2343            #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2344            #my $lineage = $taxes->{$genome1};
2345            my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2346            #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2347          my $line_config = { 'title' => $region_gs,          my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2348                              'short_title' => $abbrev_name,                              'short_title' => $abbrev_name,
2349                              'basepair_offset' => '0'                              'basepair_offset' => '0'
2350                              };                              };
2351    
2352          my $offset = shift @start_array_region;          my $offsetting = shift @start_array_region;
2353    
2354            my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
2355                                       'short_title' => "",
2356                                       'basepair_offset' => '0',
2357                                       'no_middle_line' => '1'
2358                                       };
2359    
2360          my $line_data = [];          my $line_data = [];
2361            my $second_line_data = [];
2362    
2363            # initialize variables to check for overlap in genes
2364            my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2365            my $major_line_flag = 0;
2366            my $prev_second_flag = 0;
2367    
2368          foreach my $fid1 (@$region){          foreach my $fid1 (@$region){
2369                $second_line_flag = 0;
2370              my $element_hash;              my $element_hash;
2371              my $links_list = [];              my $links_list = [];
2372              my $descriptions = [];              my $descriptions = [];
2373    
2374              my $color = $peg_rank{$fid1};              my $color = $color_sets->{$fid1};
             if ($color == 1) {  
                 print STDERR "PEG: $fid1, RANK: $color";  
             }  
2375    
2376              # get subsystem information              # get subsystem information
2377              my $function = $fig->function_of($fid1);              my $function = $fig->function_of($fid1);
2378              my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;              my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
2379    
2380              my $link;              my $link;
2381              $link = {"link_title" => $fid1,              $link = {"link_title" => $fid1,
2382                       "link" => $url_link};                       "link" => $url_link};
2383              push(@$links_list,$link);              push(@$links_list,$link);
2384    
2385              my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);              my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
2386              foreach my $subsystem (@subsystems){              my @subsystems;
2387                foreach my $array (@subs){
2388                    my $subsystem = $$array[0];
2389                    my $ss = $subsystem;
2390                    $ss =~ s/_/ /ig;
2391                    push (@subsystems, $ss);
2392                  my $link;                  my $link;
2393                  $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",                  $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
2394                           "link_title" => $subsystem};                           "link_title" => $ss};
2395                    push(@$links_list,$link);
2396                }
2397    
2398                if ($fid1 eq $fid){
2399                    my $link;
2400                    $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
2401                             "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
2402                  push(@$links_list,$link);                  push(@$links_list,$link);
2403              }              }
2404    
# Line 1747  Line 2417 
2417              my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);              my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2418              if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){              if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2419                  my($start,$stop);                  my($start,$stop);
2420                  if ($2 < $3){$start = $2; $stop = $3;}                  $start = $2 - $offsetting;
2421                  else{$stop = $2; $start = $3;}                  $stop = $3 - $offsetting;
2422                  $start = $start - $offset;  
2423                  $stop = $stop - $offset;                  if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2424                         ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2425                           ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2426                        if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2427                            $second_line_flag = 1;
2428                            $major_line_flag = 1;
2429                        }
2430                    }
2431                    $prev_start = $start;
2432                    $prev_stop = $stop;
2433                    $prev_fig = $fid1;
2434    
2435                    if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2436                        $start = $gd_window_size - $start;
2437                        $stop = $gd_window_size - $stop;
2438                    }
2439    
2440                    my $title = $fid1;
2441                    if ($fid1 eq $fid){
2442                        $title = "My query gene: $fid1";
2443                    }
2444    
2445                  $element_hash = {                  $element_hash = {
2446                      "title" => $fid1,                      "title" => $title,
2447                      "start" => $start,                      "start" => $start,
2448                      "end" =>  $stop,                      "end" =>  $stop,
2449                      "type"=> 'arrow',                      "type"=> 'arrow',
# Line 1761  Line 2452 
2452                      "links_list" => $links_list,                      "links_list" => $links_list,
2453                      "description" => $descriptions                      "description" => $descriptions
2454                  };                  };
2455                  push(@$line_data,$element_hash);  
2456                    # if there is an overlap, put into second line
2457                    if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2458                    else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2459    
2460                    if ($fid1 eq $fid){
2461                        $element_hash = {
2462                            "title" => 'Query',
2463                            "start" => $start,
2464                            "end" =>  $stop,
2465                            "type"=> 'bigbox',
2466                            "color"=> $color,
2467                            "zlayer" => "1"
2468                            };
2469    
2470                        # if there is an overlap, put into second line
2471                        if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2472                        else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2473                    }
2474              }              }
2475          }          }
2476          $gd->add_line($line_data, $line_config);          $gd->add_line($line_data, $line_config);
2477            $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
2478      }      }
2479      return $gd;      return ($gd, \@selected_sims);
2480    }
2481    
2482    sub cluster_genes {
2483        my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
2484        my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
2485    
2486        my @color_sets = ();
2487    
2488        $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
2489    
2490        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2491            if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
2492            if (! $seen{$i}) {
2493                $cluster = [$i];
2494                $seen{$i} = 1;
2495                for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
2496                    $x = $conn->{$cluster->[$j]};
2497                    foreach $k (@$x) {
2498                        if (! $seen{$k}) {
2499                            push(@$cluster,$k);
2500                            $seen{$k} = 1;
2501                        }
2502                    }
2503                }
2504    
2505                if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
2506                    push(@color_sets,$cluster);
2507                }
2508            }
2509        }
2510        for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
2511        $red_set = $color_sets[$i];
2512        splice(@color_sets,$i,1);
2513        @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
2514        unshift(@color_sets,$red_set);
2515    
2516        my $color_sets = {};
2517        for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
2518            foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
2519                $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
2520            }
2521        }
2522        return $color_sets;
2523    }
2524    
2525    sub get_connections_by_similarity {
2526        my($fig,$all_pegs) = @_;
2527        my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2528        my($sim,%conn,$x,$y);
2529    
2530        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2531            $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
2532            push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
2533            if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2534                push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2535            }
2536        }
2537    
2538        foreach $y (keys(%pos_of)) {
2539            $x = $pos_of{$y};
2540            for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2541                for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2542                    push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2543                    push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2544                }
2545            }
2546        }
2547    
2548        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2549            foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
2550                if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2551                    foreach $y (@$x) {
2552                        push(@{$conn{$i}},$y);
2553                    }
2554                }
2555            }
2556        }
2557        return \%conn;
2558    }
2559    
2560    sub in {
2561        my($x,$xL) = @_;
2562        my($i);
2563    
2564        for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
2565        return ($i < @$xL);
2566  }  }
2567    
2568    #############################################
2569    #############################################
2570    package Observation::Commentary;
2571    
2572    use base qw(Observation);
2573    
2574    =head3 display_protein_commentary()
2575    
2576    =cut
2577    
2578    sub display_protein_commentary {
2579        my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
2580    
2581        my $all_rows = [];
2582        my $content;
2583        #my $fig = new FIG;
2584        my $cgi = new CGI;
2585        my $count = 0;
2586        my $peg_array = [];
2587        my (%evidence_column, %subsystems_column,  %e_identical);
2588    
2589        if (@$dataset != 1){
2590            foreach my $thing (@$dataset){
2591                if ($thing->class eq "SIM"){
2592                    push (@$peg_array, $thing->acc);
2593                }
2594            }
2595            # get the column for the evidence codes
2596            %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);
2597    
2598            # get the column for the subsystems
2599            %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);
2600    
2601            # get essentially identical seqs
2602            %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
2603        }
2604        else{
2605            push (@$peg_array, @$dataset);
2606        }
2607    
2608        my $selected_sims = [];
2609        foreach my $id (@$peg_array){
2610            last if ($count > 10);
2611            my $row_data = [];
2612            my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
2613            $org = $fig->org_of($id);
2614            $function = $fig->function_of($id);
2615            if ($mypeg ne $id){
2616                $function_cell = "<input type=\"radio\" name=\"function\" id=\"$id\" value=\"$function\" onClick=\"clearText('newAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
2617                $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2618                if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2619            }
2620            else{
2621                $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
2622                $id_cell = "<input type=checkbox name=peg id=peg$count value=$id checked=true>";
2623                $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2624            }
2625    
2626            push(@$row_data,$id_cell);
2627            push(@$row_data,$org);
2628            push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2629            push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2630            push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
2631            push(@$row_data,$function_cell);
2632            push(@$all_rows,$row_data);
2633            push (@$selected_sims, $id);
2634            $count++;
2635        }
2636    
2637        if ($count >0){
2638            $content = $all_rows;
2639        }
2640        else{
2641            $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
2642        }
2643        return ($content,$selected_sims);
2644    }
2645    
2646    sub display_protein_history {
2647        my ($self, $id,$fig) = @_;
2648        my $all_rows = [];
2649        my $content;
2650    
2651        my $cgi = new CGI;
2652        my $count = 0;
2653        foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
2654            my $row = [];
2655            my $col1 = $feat->[2];
2656            my $col2 = $feat->[1];
2657            #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
2658            my $text = $feat->[3];
2659    
2660            push (@$row, $col1);
2661            push (@$row, $col2);
2662            push (@$row, $text);
2663            push (@$all_rows, $row);
2664            $count++;
2665        }
2666        if ($count > 0){
2667            $content = $all_rows;
2668        }
2669        else {
2670            $content = "There is no history for this PEG";
2671        }
2672    
2673        return($content);
2674    }

Legend:
Removed from v.1.18  
changed lines
  Added in v.1.46

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3