[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.44, Tue Nov 27 20:13:21 2007 UTC revision 1.45, Wed Nov 28 21:02:41 2007 UTC
# Line 384  Line 384 
384      my $row = [];      my $row = [];
385    
386      my $org_name = $fig->org_of($fid);      my $org_name = $fig->org_of($fid);
387        my $org_id = $fig->genome_of($fid);
388      my $function = $fig->function_of($fid);      my $function = $fig->function_of($fid);
389      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);      #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
390      my $length = $fig->translation_length($fid);      my $length = $fig->translation_length($fid);
# Line 426  Line 427 
427          next if ($id !~ /fig\|/);          next if ($id !~ /fig\|/);
428          next if ($fig->is_deleted_fid($id));          next if ($fig->is_deleted_fid($id));
429          my $genome = $fig->genome_of($id);          my $genome = $fig->genome_of($id);
430          my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;          #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
431          my $taxonomy = $taxes->{$genome1};          #my $taxonomy = $taxes->{$genome1};
432          #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($id)); # use this if the taxonomies have been updated          my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($genome); # use this if the taxonomies have been updated
433          my $parent_tax = "Root";          my $parent_tax = "Root";
434          my @currLineage = ($parent_tax);          my @currLineage = ($parent_tax);
435          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){          foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
# Line 491  Line 492 
492      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
493      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
494    
     #my $fig = new FIG;  
   
495      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
496          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
497          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
# Line 1354  Line 1353 
1353  }  }
1354    
1355  sub display_cello {  sub display_cello {
1356      my ($thing,$fig) = @_;      my ($thing) = @_;
1357      my $html;      my $html;
1358      my $cello_location = $thing->cello_location;      my $cello_location = $thing->cello_location;
1359      my $cello_score = $thing->cello_score;      my $cello_score = $thing->cello_score;
# Line 1759  Line 1758 
1758  sub display_domain_composition {  sub display_domain_composition {
1759      my ($self,$gd,$fig) = @_;      my ($self,$gd,$fig) = @_;
1760    
1761      #my $fig = new FIG;      #$fig = new FIG;
1762      my $peg = $self->acc;      my $peg = $self->acc;
1763    
1764      my $line_data = [];      my $line_data = [];
# Line 1767  Line 1766 
1766      my $descriptions = [];      my $descriptions = [];
1767    
1768      my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");      my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1769      my @domain_query_results = ();      #my @domain_query_results = ();
1770      foreach $dqr (@domain_query_results){      foreach $dqr (@domain_query_results){
1771          my $key = @$dqr[1];          my $key = @$dqr[1];
1772          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
# Line 1907  Line 1906 
1906          $count++;          $count++;
1907    
1908          my $id      = $thing->acc;          my $id      = $thing->acc;
1909            my $taxid   = $fig->genome_of($id);
1910          my $iden    = $thing->identity;          my $iden    = $thing->identity;
1911          my $ln1     = $thing->qlength;          my $ln1     = $thing->qlength;
1912          my $ln2     = $thing->hlength;          my $ln2     = $thing->hlength;
# Line 1951  Line 1951 
1951              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}              #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}
1952              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}              elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}
1953              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}              elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}
1954              elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}              #elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}
1955                elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid);}
1956          }          }
1957          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
1958      }      }
# Line 2256  Line 2257 
2257    
2258                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);                  #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2259                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);                  my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2260                  my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;                  #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2261                  my $lineage = $taxes->{$genome1};                  #my $lineage = $taxes->{$genome1};
2262                  #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));                  my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2263                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){                  foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2264                      if ($lineage =~ /$taxon/){                      if ($lineage =~ /$taxon/){
2265                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);                          #push (@selected_sims, $sim->[1]);
# Line 2339  Line 2340 
2340          my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);          my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2341          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2342          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2343          my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;          #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2344          my $lineage = $taxes->{$genome1};          #my $lineage = $taxes->{$genome1};
2345            my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2346          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";          #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2347          my $line_config = { 'title' => $region_gs,          my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2348                              'short_title' => $abbrev_name,                              'short_title' => $abbrev_name,

Legend:
Removed from v.1.44  
changed lines
  Added in v.1.45

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3