[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.36, Thu Aug 30 02:42:29 2007 UTC revision 1.37, Tue Sep 4 18:34:13 2007 UTC
# Line 2239  Line 2239 
2239              $coup_count++;              $coup_count++;
2240          }          }
2241      }      }
2242        elsif ($compare_or_coupling eq "sims"){
2243            # get the selected boxes
2244            my @selected_taxonomoy = ("Deltaproteobacteria", "Vibrionales", "Viridiplantae");
2245    
2246            # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2247            my @selected_sims;
2248            my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"all");
2249    
2250            foreach my $sim (@sims){
2251                next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);
2252                my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2253                my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
2254                foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2255                    if ($lineage =~ /$taxon/){
2256                        push (@selected_sims, $sim->[1]);
2257                    }
2258                }
2259                my %saw;
2260                @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2261            }
2262    
2263            # get the gene context for the sorted matches
2264            foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2265                #get the organism genome
2266                my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2267    
2268                # get location of the gene
2269                my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2270                my ($contig, $beg, $end);
2271                my %reverse_flag;
2272    
2273                if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2274                    $contig = $1;
2275                    $beg = $2;
2276                    $end = $3;
2277                }
2278    
2279                my $offset;
2280                my ($region_start, $region_end);
2281                if ($beg < $end)
2282                {
2283                    $region_start = $beg - 4000;
2284                    $region_end = $end+4000;
2285                    $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2286                }
2287                else
2288                {
2289                    $region_start = $end-4000;
2290                    $region_end = $beg+4000;
2291                    $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2292                    $reverse_flag{$target_genome} = $sim_fid;
2293                }
2294    
2295                # call genes in region
2296                my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2297                push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2298                my (@start_array_region);
2299                push (@start_array_region, $offset);
2300    
2301                my %all_genes;
2302                my %all_genomes;
2303                foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;}
2304            }
2305        }
2306    
2307      elsif ($compare_or_coupling eq "close")      elsif ($compare_or_coupling eq "close")
2308      {      {

Legend:
Removed from v.1.36  
changed lines
  Added in v.1.37

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3