[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.3, Tue Jun 12 20:17:44 2007 UTC revision 1.4, Wed Jun 13 16:40:25 2007 UTC
# Line 499  Line 499 
499  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
500    
501      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
502      my $fig =      my $fig = new FIG;
503      my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-5);      my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"fig");
504        my ($dataset);
505      foreach my $sim (@sims){      foreach my $sim (@sims){
506          $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
507          $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
508          $from = $sim->[8];          my $from = $sim->[8];
509          $to = $sim->[9];          my $to = $sim->[9];
510          my $dataset = [ { name => 'class', value => "SIM" },          $dataset = [ { name => 'class', value => "SIM" },
511                          { name => 'acc' , value => $hit},                          { name => 'acc' , value => $hit},
512                          { name => 'type', value => "seq"} ,                          { name => 'type', value => "seq"} ,
513                          { name => 'evalue', value => $evalue },                          { name => 'evalue', value => $evalue },
514                          { name => 'start', value => $from},                          { name => 'start', value => $from},
515                          { name => 'stop' , value => $to}                          { name => 'stop' , value => $to}
516                          ];                          ];
     }  
517      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
518        }
519  }  }
520    
521  =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)  =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)

Legend:
Removed from v.1.3  
changed lines
  Added in v.1.4

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3