[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.25, Wed Jul 11 15:17:49 2007 UTC revision 1.26, Wed Jul 25 16:52:04 2007 UTC
# Line 151  Line 151 
151  sub type {  sub type {
152    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
153    
154    return $self->{acc};    return $self->{type};
155  }  }
156    
157  =head3 start()  =head3 start()
# Line 416  Line 416 
416    
417      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED'];      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED'];
418    
419      my $dataset = {'type' => "loc", 'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED','fig_id' => $fid};      my $dataset = {'type' => "loc",
420                       'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
421                       'fig_id' => $fid
422                       };
423    
424      foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {      foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {
425          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
426          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
# Line 438  Line 442 
442              $dataset->{'cello_score'} = $value;              $dataset->{'cello_score'} = $value;
443          }          }
444          elsif($sub_class eq "TMPRED"){          elsif($sub_class eq "TMPRED"){
445              my @value_parts = split(";",$value);              my @value_parts = split(/\;/,$value);
446              $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];              $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
447              $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];              $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
448          }          }
# Line 516  Line 520 
520    
521      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
522      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
523      my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"all");      my @sims= $fig->nsims($fid,500,1e-20,"all");
524      my ($dataset);      my ($dataset);
525    
526        my %id_list;
527        foreach my $sim (@sims){
528            my $hit = $sim->[1];
529    
530            next if ($hit !~ /^fig\|/);
531            my @aliases = $fig->feature_aliases($hit);
532            foreach my $alias (@aliases){
533                $id_list{$alias} = 1;
534            }
535        }
536    
537        my %already;
538        my (@new_sims, @uniprot);
539      foreach my $sim (@sims){      foreach my $sim (@sims){
540          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
541            my ($id) = ($hit) =~ /\|(.*)/;
542            next if (defined($already{$id}));
543            next if (defined($id_list{$hit}));
544            push (@new_sims, $sim);
545            $already{$id} = 1;
546        }
547    
548        foreach my $sim (@new_sims){
549            my $hit = $sim->[1];
550          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
551          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
552          my $qfrom = $sim->[6];          my $qfrom = $sim->[6];
# Line 591  Line 618 
618      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
619      my $funcs_ref;      my $funcs_ref;
620    
621        my %id_list;
622      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
623        my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
624        foreach my $alias (@aliases){
625            $id_list{$alias} = 1;
626        }
627    
628      foreach my $id (@maps_to) {      foreach my $id (@maps_to) {
629          my ($tmp, $who);          my ($tmp, $who);
630          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id)) && (! defined ($id_list{$id}))) {
631              $who = &get_database($id);              $who = &get_database($id);
632              push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);              push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
633          }          }
# Line 788  Line 820 
820    
821      my $acc = $self->acc;      my $acc = $self->acc;
822    
     print STDERR "acc:$acc\n";  
823      my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);      my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
824      my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );      my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
825      if(!scalar(@$pdb_objs)){      if(!scalar(@$pdb_objs)){
# Line 923  Line 954 
954          my $id = $row->[0];          my $id = $row->[0];
955          my $who = $row->[1];          my $who = $row->[1];
956          my $assignment = $row->[2];          my $assignment = $row->[2];
957          my $organism = $fig->org_of($fid);          my $organism = $fig->org_of($id);
958          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
959          push(@$single_domain,$who);          push(@$single_domain,$who);
960          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
# Line 1358  Line 1389 
1389                               "value" => $function};                               "value" => $function};
1390      push(@$descriptions,$description_function);      push(@$descriptions,$description_function);
1391    
1392      my $description_ss;      my ($description_ss, $ss_string);
1393      my $ss_string = join (",", @subsystems);      $ss_string = join (",", @subsystems);
1394      $description_ss = {"title" => "subsystems",      $description_ss = {"title" => "subsystems",
1395                         "value" => $ss_string};                         "value" => $ss_string};
1396      push(@$descriptions,$description_ss);      push(@$descriptions,$description_ss);
# Line 1373  Line 1404 
1404                          "value" => $hit_stop};                          "value" => $hit_stop};
1405      push(@$descriptions, $description_loc);      push(@$descriptions, $description_loc);
1406    
     my $color;  
1407      my $evalue = $self->evalue;      my $evalue = $self->evalue;
1408      while ($evalue =~ /-0/)      while ($evalue =~ /-0/)
1409      {      {
# Line 1382  Line 1412 
1412          $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;          $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1413      }      }
1414    
1415      $color = 1;      my $color = &color($evalue);
1416    
1417      my $description_eval = {"title" => "E-Value",      my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1418                              "value" => $evalue};                              "value" => $evalue};
# Line 1472  Line 1502 
1502                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
1503          }          }
1504    
         # add the aliases  
         my $aliases = undef;  
         $aliases = &html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id) ) );  
         $aliases = &HTML::set_prot_links( $cgi, $aliases );  
         $aliases ||= "&nbsp;";  
   
1505          my $iden    = $thing->identity;          my $iden    = $thing->identity;
1506          my $ln1     = $thing->qlength;          my $ln1     = $thing->qlength;
1507          my $ln2     = $thing->hlength;          my $ln2     = $thing->hlength;
# Line 1490  Line 1514 
1514          my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";          my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1515          my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";          my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1516    
1517            my $name = $thing->acc;
1518            my $field_name = "tables_" . $name;
1519            my $pair_name = "visual_" . $name;
1520    
1521            my $checkbox_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$name" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1522            my $acc_col .= &HTML::set_prot_links($cgi,$thing->acc);
1523    
1524            push(@$single_domain,$checkbox_col);
1525          push(@$single_domain,$thing->database);          push(@$single_domain,$thing->database);
1526          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$thing->acc));          push(@$single_domain,$acc_col);
1527          push(@$single_domain,$thing->evalue);          push(@$single_domain,$thing->evalue);
1528          push(@$single_domain,"$iden\%");          push(@$single_domain,"$iden\%");
1529          push(@$single_domain,$reg1);          push(@$single_domain,$reg1);
# Line 1501  Line 1532 
1532          push(@$single_domain,$ev_codes);          push(@$single_domain,$ev_codes);
1533          push(@$single_domain,$thing->organism);          push(@$single_domain,$thing->organism);
1534          push(@$single_domain,$thing->function);          push(@$single_domain,$thing->function);
         push(@$single_domain,$aliases);  
1535          push(@$data,$single_domain);          push(@$data,$single_domain);
1536    
1537      }      }
1538    
1539      if ($count >0){      if ($count >0){
1540          $content = $data;          $content = $data;
1541      }      }
1542      else      else{
     {  
1543          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1544      }      }
1545      return ($content);      return ($content);
# Line 1517  Line 1547 
1547    
1548  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
1549    
1550    sub color {
1551        my ($evalue) = @_;
1552    
1553        my $color;
1554        if ($evalue <= 1e-100){
1555            $color = 1;
1556        }
1557        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-100)){
1558            $color = 2;
1559        }
1560        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-70)){
1561            $color = 3;
1562        }
1563        elsif (($evalue <= 1e-10) && ($evalue > 1e-20)){
1564            $color = 4;
1565        }
1566        elsif (($evalue <= 1e-4) && ($evalue > 1e-1)){
1567            $color = 5;
1568        }
1569        else{
1570            $color = 6;
1571        }
1572        return ($color);
1573    }
1574    
1575    
1576  ############################  ############################
# Line 1730  Line 1784 
1784          else          else
1785          {          {
1786              foreach my $peg (@$good_set){              foreach my $peg (@$good_set){
1787                  $peg_rank{$peg} = 100;                  $peg_rank{$peg} = "20";
1788              }              }
1789          }          }
1790      }      }
# Line 1783  Line 1837 
1837  #       else  #       else
1838  #       {  #       {
1839  #           foreach my $peg (@$good_set){  #           foreach my $peg (@$good_set){
1840  #               $peg_rank{$peg} = 100;  #               $peg_rank{$peg} = "20";
1841  #           }  #           }
1842  #       }  #       }
1843  #    }  #    }
# Line 1869  Line 1923 
1923                  $prev_fig = $fid1;                  $prev_fig = $fid1;
1924    
1925                  if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){                  if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
                     print STDERR "$region_genome - $fid1";  
1926                      $start = $gd_window_size - $start;                      $start = $gd_window_size - $start;
1927                      $stop = $gd_window_size - $stop;                      $stop = $gd_window_size - $stop;
1928                  }                  }

Legend:
Removed from v.1.25  
changed lines
  Added in v.1.26

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3