[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.24, Tue Jul 10 20:11:38 2007 UTC revision 1.44, Tue Nov 27 20:13:21 2007 UTC
# Line 2  Line 2 
2    
3  use lib '/vol/ontologies';  use lib '/vol/ontologies';
4  use DBMaster;  use DBMaster;
5    use Data::Dumper;
6    
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9    
10    use WebColors;
11    
12  use FIG_Config;  use FIG_Config;
13  use strict;  #use strict;
14  #use warnings;  #use warnings;
15  use HTML;  use HTML;
16    
# Line 85  Line 88 
88    return $self->{acc};    return $self->{acc};
89  }  }
90    
91    =head3 query()
92    
93    The query id
94    
95    =cut
96    
97    sub query {
98        my ($self) = @_;
99        return $self->{query};
100    }
101    
102    
103  =head3 class()  =head3 class()
104    
105  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
# Line 151  Line 166 
166  sub type {  sub type {
167    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
168    
169    return $self->{acc};    return $self->{type};
170  }  }
171    
172  =head3 start()  =head3 start()
# Line 304  Line 319 
319  =cut  =cut
320    
321  sub get_objects {  sub get_objects {
322      my ($self,$fid,$scope) = @_;      my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;
323    
324      my $objects = [];      my $objects = [];
325      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
# Line 317  Line 332 
332      }      }
333      else{      else{
334          my %domain_classes;          my %domain_classes;
335            my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
336          $domain_classes{'CDD'} = 1;          $domain_classes{'CDD'} = 1;
337          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);          $domain_classes{'PFAM'} = 1;
338          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets);          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
339          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
340          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);
341          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets);          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
342          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets);          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343            get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344      }      }
345    
346      foreach my $dataset (@matched_datasets) {      foreach my $dataset (@matched_datasets) {
# Line 331  Line 348 
348          if($dataset->{'type'} eq "dom"){          if($dataset->{'type'} eq "dom"){
349              $object = Observation::Domain->new($dataset);              $object = Observation::Domain->new($dataset);
350          }          }
351          if($dataset->{'class'} eq "PCH"){          elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
352              $object = Observation::FC->new($dataset);              $object = Observation::FC->new($dataset);
353          }          }
354          if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
355              $object = Observation::Identical->new($dataset);              $object = Observation::Identical->new($dataset);
356          }          }
357          if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
358              $object = Observation::Location->new($dataset);              $object = Observation::Location->new($dataset);
359          }          }
360          if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
361              $object = Observation::Sims->new($dataset);              $object = Observation::Sims->new($dataset);
362          }          }
363          if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
364              $object = Observation::Cluster->new($dataset);              $object = Observation::Cluster->new($dataset);
365          }          }
366          if ($dataset->{'class'} eq "PDB"){          elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
367              $object = Observation::PDB->new($dataset);              $object = Observation::PDB->new($dataset);
368          }          }
369    
# Line 357  Line 374 
374    
375  }  }
376    
377    =head3 display_housekeeping
378    This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
379    
380    =cut
381    sub display_housekeeping {
382        my ($self,$fid,$fig) = @_;
383        my $content = [];
384        my $row = [];
385    
386        my $org_name = $fig->org_of($fid);
387        my $function = $fig->function_of($fid);
388        #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
389        my $length = $fig->translation_length($fid);
390    
391        push (@$row, $org_name);
392        push (@$row, $fid);
393        push (@$row, $length);
394        push (@$row, $function);
395    
396        # initialize the table for commentary and annotations
397        #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
398        #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
399        #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
400        #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
401        #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
402        #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
403        #$content .= qq(</table><p>\n);
404    
405        push(@$content, $row);
406    
407        return ($content);
408    }
409    
410    =head3 get_sims_summary
411    This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
412    
413    =cut
414    
415    sub get_sims_summary {
416        my ($observation, $fid, $taxes, $dataset, $fig) = @_;
417        my %families;
418        #my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");
419    
420        foreach my $thing (@$dataset) {
421            next if ($thing->class ne "SIM");
422    
423            my $id      = $thing->acc;
424            my $evalue  = $thing->evalue;
425    
426            next if ($id !~ /fig\|/);
427            next if ($fig->is_deleted_fid($id));
428            my $genome = $fig->genome_of($id);
429            my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
430            my $taxonomy = $taxes->{$genome1};
431            #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($id)); # use this if the taxonomies have been updated
432            my $parent_tax = "Root";
433            my @currLineage = ($parent_tax);
434            foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
435                push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
436                push (@currLineage, $tax);
437                $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
438                $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
439                if (defined ($families{evalue}{$tax})){
440                    if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){
441                        $families{evalue}{$tax} = $evalue;
442                        $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
443                    }
444                }
445                else{
446                    $families{evalue}{$tax} = $evalue;
447                    $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
448                }
449    
450                $parent_tax = $tax;
451            }
452        }
453    
454        foreach my $key (keys %{$families{children}}){
455            $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
456    
457            my %saw;
458            my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
459            $families{children}{$key} = \@out;
460        }
461        return (\%families);
462    }
463    
464  =head1 Internal Methods  =head1 Internal Methods
465    
466  These methods are not meant to be used outside of this package.  These methods are not meant to be used outside of this package.
# Line 365  Line 469 
469    
470  =cut  =cut
471    
472    sub get_taxcolor{
473        my ($evalue) = @_;
474        my $color;
475        if ($evalue <= 1e-170){        $color = "#FF2000";    }
476        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }
477        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }
478        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }
479        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = "#FFCC00";    }
480        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = "#FFFF00";    }
481        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = "#CCFF00";    }
482        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = "#66FF00";    }
483        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = "#00FF00";    }
484        else{        $color = "#6666FF";    }
485        return ($color);
486    }
487    
488    
489  sub get_attribute_based_domain_observations{  sub get_attribute_based_domain_observations{
490    
491      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
492      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
493    
494      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
495    
496      foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
497          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
498          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
499          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
# Line 411  Line 532 
532    
533  sub get_attribute_based_location_observations{  sub get_attribute_based_location_observations{
534    
535      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
536      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
537    
538        my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
539    
540      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED'];      my $dataset = {'type' => "loc",
541                       'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
542                       'fig_id' => $fid
543                       };
544    
545      my $dataset = {'type' => "loc", 'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED','fig_id' => $fid};      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {  
546          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
547            next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/)  && ($key !~/Phobius/) );
548          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
549          my $sub_class = $parts[0];          my $sub_class = $parts[0];
550          my $sub_key = $parts[1];          my $sub_key = $parts[1];
# Line 433  Line 559 
559                  $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;                  $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
560              }              }
561          }          }
562    
563          elsif($sub_class eq "CELLO"){          elsif($sub_class eq "CELLO"){
564              $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;              $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
565              $dataset->{'cello_score'} = $value;              $dataset->{'cello_score'} = $value;
566          }          }
567    
568            elsif($sub_class eq "Phobius"){
569                if($sub_key eq "transmembrane"){
570                    $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
571                }
572                elsif($sub_key eq "signal"){
573                    $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
574                }
575            }
576    
577          elsif($sub_class eq "TMPRED"){          elsif($sub_class eq "TMPRED"){
578              my @value_parts = split(";",$value);              my @value_parts = split(/\;/,$value);
579              $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];              $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
580              $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];              $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
581          }          }
# Line 455  Line 592 
592  =cut  =cut
593    
594  sub get_pdb_observations{  sub get_pdb_observations{
595      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
   
     my $fig = new FIG;  
596    
597      foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,'PDB')) {      #my $fig = new FIG;
598    
599        foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
600          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
601            next if ( ($key !~ /PDB/));
602          my($key1,$key2) =split("::",$key);          my($key1,$key2) =split("::",$key);
603          my $value = @$attr_ref[2];          my $value = @$attr_ref[2];
604          my ($evalue,$location) = split(";",$value);          my ($evalue,$location) = split(";",$value);
# Line 514  Line 651 
651    
652  sub get_sims_observations{  sub get_sims_observations{
653    
654      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
655      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
656      my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"all");      my @sims= $fig->sims($fid,500,10,"fig");
657      my ($dataset);      my ($dataset);
658    
659      foreach my $sim (@sims){      foreach my $sim (@sims){
660            next if ($fig->is_deleted_fid($sim->[1]));
661          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
662          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
663          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
# Line 533  Line 672 
672          my $organism = $fig->org_of($hit);          my $organism = $fig->org_of($hit);
673    
674          $dataset = {'class' => 'SIM',          $dataset = {'class' => 'SIM',
675                        'query' => $sim->[0],
676                      'acc' => $hit,                      'acc' => $hit,
677                      'identity' => $percent,                      'identity' => $percent,
678                      'type' => 'seq',                      'type' => 'seq',
# Line 569  Line 709 
709      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
710      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
711      elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }      elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }
712      elsif ($id =~ /^kegg\|/)          { $db = "KEGG" }      elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/))    { $db = "KEGG" }
713      elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $db = "TrEMBL" }      elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $db = "TrEMBL" }
714      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
715      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
# Line 587  Line 727 
727    
728  sub get_identical_proteins{  sub get_identical_proteins{
729    
730      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
731      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
732      my $funcs_ref;      my $funcs_ref;
733    
734      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
   
735      foreach my $id (@maps_to) {      foreach my $id (@maps_to) {
736          my ($tmp, $who);          my ($tmp, $who);
737          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
# Line 601  Line 740 
740          }          }
741      }      }
742    
     my ($dataset);  
743      my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',      my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
744                     'type' => 'seq',                     'type' => 'seq',
745                     'fig_id' => $fid,                     'fig_id' => $fid,
# Line 621  Line 759 
759    
760  sub get_functional_coupling{  sub get_functional_coupling{
761    
762      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
763      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
764      my @funcs = ();      my @funcs = ();
765    
766      # initialize some variables      # initialize some variables
# Line 781  Line 919 
919  =cut  =cut
920    
921  sub display{  sub display{
922      my ($self,$gd) = @_;      my ($self,$gd,$fig) = @_;
923    
924      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
925      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
926    
927      my $acc = $self->acc;      my $acc = $self->acc;
928    
     print STDERR "acc:$acc\n";  
929      my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);      my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
930      my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );      my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
931      if(!scalar(@$pdb_objs)){      if(!scalar(@$pdb_objs)){
# Line 809  Line 946 
946                          'short_title' => "best PDB",                          'short_title' => "best PDB",
947                          'basepair_offset' => '1' };                          'basepair_offset' => '1' };
948    
949      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
950      my $seq = $fig->get_translation($fid);      my $seq = $fig->get_translation($fid);
951      my $fid_stop = length($seq);      my $fid_stop = length($seq);
952    
# Line 910  Line 1047 
1047    
1048    
1049  sub display_table{  sub display_table{
1050      my ($self) = @_;      my ($self,$fig) = @_;
1051    
1052      my $fig = new FIG;      #my $fig = new FIG;
1053      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
1054      my $rows = $self->rows;      my $rows = $self->rows;
1055      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
# Line 923  Line 1060 
1060          my $id = $row->[0];          my $id = $row->[0];
1061          my $who = $row->[1];          my $who = $row->[1];
1062          my $assignment = $row->[2];          my $assignment = $row->[2];
1063          my $organism = $fig->org_of($fid);          my $organism = $fig->org_of($id);
1064          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1065          push(@$single_domain,$who);          push(@$single_domain,$who);
1066          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
# Line 974  Line 1111 
1111    
1112  sub display_table {  sub display_table {
1113    
1114      my ($self,$dataset) = @_;      my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1115      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
1116      my $rows = $self->rows;      my $rows = $self->rows;
1117      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
# Line 989  Line 1126 
1126          # construct the score link          # construct the score link
1127          my $score = $row->[0];          my $score = $row->[0];
1128          my $toid = $row->[1];          my $toid = $row->[1];
1129          my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";          my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1130          my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";          my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1131    
1132          push(@$single_domain,$sc_link);          push(@$single_domain,$sc_link);
1133          push(@$single_domain,$row->[1]);          push(@$single_domain,$row->[1]);
# Line 1031  Line 1168 
1168  sub display {  sub display {
1169      my ($thing,$gd) = @_;      my ($thing,$gd) = @_;
1170      my $lines = [];      my $lines = [];
1171      my $line_config = { 'title' => $thing->acc,  #    my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1172                          'short_title' => $thing->type,  #                       'short_title' => $thing->type,
1173                          'basepair_offset' => '1' };  #                       'basepair_offset' => '1' };
1174      my $color = "4";      my $color = "4";
1175    
1176      my $line_data = [];      my $line_data = [];
# Line 1062  Line 1199 
1199              $description_value = $cdd_obj->description;              $description_value = $cdd_obj->description;
1200          }          }
1201      }      }
1202        elsif($db =~ /PFAM/){
1203            my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $id } );
1204            if(!scalar(@$pfam_objs)){
1205                $name_title = "name";
1206                $name_value = "not available";
1207                $description_title = "description";
1208                $description_value = "not available";
1209            }
1210            else{
1211                my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1212                $name_title = "name";
1213                $name_value = $pfam_obj->term;
1214                #$description_title = "description";
1215                #$description_value = $pfam_obj->description;
1216            }
1217        }
1218    
1219        my $short_title = $thing->acc;
1220        $short_title =~ s/::/ - /ig;
1221        my $line_config = { 'title' => $name_value,
1222                            'short_title' => $short_title,
1223                            'basepair_offset' => '1' };
1224    
1225      my $name;      my $name;
1226      $name = {"title" => $name_title,      $name = {"title" => $db,
1227               "value" => $name_value};               "value" => $id};
1228      push(@$descriptions,$name);      push(@$descriptions,$name);
1229    
1230      my $description;  #    my $description;
1231      $description = {"title" => $description_title,  #    $description = {"title" => $description_title,
1232                               "value" => $description_value};  #                   "value" => $description_value};
1233      push(@$descriptions,$description);  #    push(@$descriptions,$description);
1234    
1235      my $score;      my $score;
1236      $score = {"title" => "score",      $score = {"title" => "score",
1237                "value" => $thing->evalue};                "value" => $thing->evalue};
1238      push(@$descriptions,$score);      push(@$descriptions,$score);
1239    
1240        my $location;
1241        $location = {"title" => "location",
1242                     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1243        push(@$descriptions,$location);
1244    
1245      my $link_id;      my $link_id;
1246      if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){      if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1247          $link_id = $1;          $link_id = $1;
1248      }      }
1249    
# Line 1094  Line 1258 
1258      push(@$links_list,$link);      push(@$links_list,$link);
1259    
1260      my $element_hash = {      my $element_hash = {
1261          "title" => $thing->type,          "title" => $name_value,
1262          "start" => $thing->start,          "start" => $thing->start,
1263          "end" =>  $thing->stop,          "end" =>  $thing->stop,
1264          "color"=> $color,          "color"=> $color,
# Line 1109  Line 1273 
1273    
1274  }  }
1275    
1276    sub display_table {
1277        my ($self,$dataset) = @_;
1278        my $cgi = new CGI;
1279        my $data = [];
1280        my $count = 0;
1281        my $content;
1282    
1283        foreach my $thing (@$dataset) {
1284            next if ($thing->type !~ /dom/);
1285            my $single_domain = [];
1286            $count++;
1287    
1288            my $db_and_id = $thing->acc;
1289            my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1290    
1291            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1292    
1293            my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1294            if($db eq "CDD"){
1295                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1296                if(!scalar(@$cdd_objs)){
1297                    $name_title = "name";
1298                    $name_value = "not available";
1299                    $description_title = "description";
1300                    $description_value = "not available";
1301                }
1302                else{
1303                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1304                    $name_title = "name";
1305                    $name_value = $cdd_obj->term;
1306                    $description_title = "description";
1307                    $description_value = $cdd_obj->description;
1308                }
1309            }
1310    
1311            my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1312    
1313            push(@$single_domain,$db);
1314            push(@$single_domain,$thing->acc);
1315            push(@$single_domain,$name_value);
1316            push(@$single_domain,$location);
1317            push(@$single_domain,$thing->evalue);
1318            push(@$single_domain,$description_value);
1319            push(@$data,$single_domain);
1320        }
1321    
1322        if ($count >0){
1323            $content = $data;
1324        }
1325        else
1326        {
1327            $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1328        }
1329    }
1330    
1331    
1332  #########################################  #########################################
1333  #########################################  #########################################
1334  package Observation::Location;  package Observation::Location;
# Line 1126  Line 1346 
1346      $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};      $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1347      $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};      $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1348      $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};      $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1349        $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1350        $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1351    
1352      bless($self,$class);      bless($self,$class);
1353      return $self;      return $self;
1354  }  }
1355    
1356    sub display_cello {
1357        my ($thing,$fig) = @_;
1358        my $html;
1359        my $cello_location = $thing->cello_location;
1360        my $cello_score = $thing->cello_score;
1361        if($cello_location){
1362            $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location  prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1363            #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1364        }
1365        return ($html);
1366    }
1367    
1368  sub display {  sub display {
1369      my ($thing,$gd) = @_;      my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1370    
1371      my $fid = $thing->fig_id;      my $fid = $thing->fig_id;
1372      my $fig= new FIG;      #my $fig= new FIG;
1373      my $length = length($fig->get_translation($fid));      my $length = length($fig->get_translation($fid));
1374    
1375      my $cleavage_prob;      my $cleavage_prob;
# Line 1147  Line 1381 
1381      my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;      my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1382      my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);      my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1383    
1384        my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1385        my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1386    
1387      my $lines = [];      my $lines = [];
     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                         'short_title' => 'Local',  
                         'basepair_offset' => '1' };  
1388    
1389      #color is      #color is
1390      my $color = "5";      my $color = "6";
1391    
1392      my $line_data = [];  =pod=
1393    
1394      if($cello_location){      if($cello_location){
1395          my $cello_descriptions = [];          my $cello_descriptions = [];
1396            my $line_data =[];
1397    
1398            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1399                                'short_title' => 'CELLO',
1400                                'basepair_offset' => '1' };
1401    
1402          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1403                                            "value" => $cello_location};                                            "value" => $cello_location};
1404    
# Line 1171  Line 1411 
1411    
1412          my $element_hash = {          my $element_hash = {
1413              "title" => "CELLO",              "title" => "CELLO",
1414                "color"=> $color,
1415              "start" => "1",              "start" => "1",
1416              "end" =>  $length + 1,              "end" =>  $length + 1,
1417              "color"=> $color,              "zlayer" => '1',
             "type" => 'box',  
             "zlayer" => '2',  
1418              "description" => $cello_descriptions};              "description" => $cello_descriptions};
1419    
1420          push(@$line_data,$element_hash);          push(@$line_data,$element_hash);
1421            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1422      }      }
1423    
1424      my $color = "6";      $color = "2";
1425      if($tmpred_score){      if($tmpred_score){
1426            my $line_data =[];
1427            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1428                                'short_title' => 'Transmembrane',
1429                                'basepair_offset' => '1' };
1430    
1431          foreach my $tmpred (@tmpred_locations){          foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1432              my $descriptions = [];              my $descriptions = [];
1433              my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);              my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
# Line 1197  Line 1442 
1442              "end" =>  $end + 1,              "end" =>  $end + 1,
1443              "color"=> $color,              "color"=> $color,
1444              "zlayer" => '5',              "zlayer" => '5',
1445              "type" => 'smallbox',              "type" => 'box',
1446                "description" => $descriptions};
1447    
1448                push(@$line_data,$element_hash);
1449    
1450            }
1451            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1452        }
1453    =cut
1454    
1455        if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1456            my $line_data =[];
1457            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1458                                'short_title' => 'TM and SP',
1459                                'basepair_offset' => '1' };
1460    
1461            foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1462                my $descriptions = [];
1463                my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1464                                 "value" => $tm_loc};
1465                push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1466    
1467                my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1468    
1469                my $element_hash = {
1470                "title" => "Phobius",
1471                "start" => $begin + 1,
1472                "end" =>  $end + 1,
1473                "color"=> '6',
1474                "zlayer" => '4',
1475                "type" => 'bigbox',
1476              "description" => $descriptions};              "description" => $descriptions};
1477    
1478              push(@$line_data,$element_hash);              push(@$line_data,$element_hash);
1479    
1480            }
1481    
1482            if($phobius_signal_location){
1483                my $descriptions = [];
1484                my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1485                                 "value" => $phobius_signal_location};
1486                push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1487    
1488    
1489                my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1490                my $element_hash = {
1491                "title" => "phobius signal locations",
1492                "start" => $begin + 1,
1493                "end" =>  $end + 1,
1494                "color"=> '1',
1495                "zlayer" => '5',
1496                "type" => 'box',
1497                "description" => $descriptions};
1498                push(@$line_data,$element_hash);
1499          }          }
1500    
1501            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1502      }      }
1503    
1504      my $color = "1";  =head3
1505        $color = "1";
1506      if($signal_peptide_score){      if($signal_peptide_score){
1507            my $line_data = [];
1508          my $descriptions = [];          my $descriptions = [];
1509    
1510            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1511                                'short_title' => 'SignalP',
1512                                'basepair_offset' => '1' };
1513    
1514          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1515                                                  "value" => $signal_peptide_score};                                                  "value" => $signal_peptide_score};
1516    
# Line 1220  Line 1524 
1524          my $element_hash = {          my $element_hash = {
1525              "title" => "SignalP",              "title" => "SignalP",
1526              "start" => $cleavage_loc_begin - 2,              "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1527              "end" =>  $cleavage_loc_end + 3,              "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1528              "type" => 'bigbox',              "type" => 'bigbox',
1529              "color"=> $color,              "color"=> $color,
1530              "zlayer" => '10',              "zlayer" => '10',
1531              "description" => $descriptions};              "description" => $descriptions};
1532    
1533          push(@$line_data,$element_hash);          push(@$line_data,$element_hash);
     }  
   
1534      $gd->add_line($line_data, $line_config);      $gd->add_line($line_data, $line_config);
1535        }
1536    =cut
1537    
1538      return ($gd);      return ($gd);
1539    
# Line 1277  Line 1581 
1581    return $self->{cello_score};    return $self->{cello_score};
1582  }  }
1583    
1584    sub phobius_signal_location {
1585      my ($self) = @_;
1586      return $self->{phobius_signal_location};
1587    }
1588    
1589    sub phobius_tm_locations {
1590      my ($self) = @_;
1591      return $self->{phobius_tm_locations};
1592    }
1593    
1594    
1595    
1596  #########################################  #########################################
1597  #########################################  #########################################
# Line 1290  Line 1605 
1605      my $self = $class->SUPER::new($dataset);      my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1606      $self->{identity} = $dataset->{'identity'};      $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1607      $self->{acc} = $dataset->{'acc'};      $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1608        $self->{query} = $dataset->{'query'};
1609      $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};      $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1610      $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};      $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1611      $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};      $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
# Line 1305  Line 1621 
1621      return $self;      return $self;
1622  }  }
1623    
1624  =head3 display_table()  =head3 display()
   
 If available use the function specified here to display the "raw" observation.  
 This code will display a table for the similarities protein  
1625    
1626  B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.  If available use the function specified here to display a graphical observation.
1627    This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1628    
1629  =cut  =cut
1630    
1631  sub display_table {  sub display {
1632      my ($self,$dataset) = @_;      my ($self,$gd,$array,$fig) = @_;
1633        #my $fig = new FIG;
1634    
1635      my $data = [];      my @ids;
1636      my $count = 0;      foreach my $thing(@$array){
     my $content;  
     my $fig = new FIG;  
     my $cgi = new CGI;  
     foreach my $thing (@$dataset) {  
         my $single_domain = [];  
1637          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
1638          $count++;          push (@ids, $thing->acc);
1639        }
1640    
1641          my $id = $thing->acc;      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);
1642    
1643          # add the subsystem information      foreach my $thing (@$array){
1644          my @in_sub  = $fig->peg_to_subsystems($id);          if ($thing->class eq "SIM"){
         my $in_sub;  
1645    
1646          if (@in_sub > 0) {              my $peg = $thing->acc;
1647              $in_sub = @in_sub;              my $query = $thing->query;
1648    
1649              # RAE: add a javascript popup with all the subsystems              my $organism = $thing->organism;
1650              my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;              my $genome = $fig->genome_of($peg);
1651              $in_sub = $cgi->a( {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);              my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1652          } else {              my $function = $thing->function;
1653              $in_sub = "&nbsp;";              my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1654          }              my $align_start = $thing->qstart;
1655                my $align_stop = $thing->qstop;
1656                my $hit_start = $thing->hstart;
1657                my $hit_stop = $thing->hstop;
1658    
1659          # add evidence code with tool tip              my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
         my $ev_codes=" &nbsp; ";  
         my @ev_codes = "";  
         if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {  
             my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($id);  
             @ev_codes = ();  
             foreach my $code (@codes) {  
                 my $pretty_code = $code->[2];  
                 if ($pretty_code =~ /;/) {  
                     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);  
                     $ss =~ s/_/ /g;  
                     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;  
                 }  
                 push(@ev_codes, $pretty_code);  
             }  
         }  
1660    
1661          if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {              my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1662              my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);                                  'short_title' => "$abbrev_name",
1663              $ev_codes = $cgi->a(                                  'title_link' => '$tax_link',
1664                                  {                                  'basepair_offset' => '0'
1665                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                  };
         }  
1666    
1667          # add the aliases              my $line_data = [];
         my $aliases = undef;  
         $aliases = &html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id) ) );  
         $aliases = &HTML::set_prot_links( $cgi, $aliases );  
         $aliases ||= "&nbsp;";  
1668    
1669          my $iden    = $thing->identity;              my $element_hash;
1670          my $ln1     = $thing->qlength;              my $links_list = [];
1671          my $ln2     = $thing->hlength;              my $descriptions = [];
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";  
         my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";  
1672    
1673                # get subsystem information
1674                my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1675                my $link;
1676                $link = {"link_title" => $peg,
1677                         "link" => $url_link};
1678                push(@$links_list,$link);
1679    
1680          push(@$single_domain,$thing->database);              #my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1681          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$thing->acc));              my @subs = @{$in_subs{$peg}} if (defined $in_subs{$peg});
1682          push(@$single_domain,$thing->evalue);              my @subsystems;
1683          push(@$single_domain,"$iden\%");  
1684          push(@$single_domain,$reg1);              foreach my $array (@subs){
1685          push(@$single_domain,$reg2);                  my $subsystem = $$array[0];
1686          push(@$single_domain,$in_sub);                  push(@subsystems,$subsystem);
1687          push(@$single_domain,$ev_codes);                  my $link;
1688          push(@$single_domain,$thing->organism);                  $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1689          push(@$single_domain,$thing->function);                           "link_title" => $subsystem};
1690          push(@$single_domain,$aliases);                  push(@$links_list,$link);
1691          push(@$data,$single_domain);              }
1692    
1693                $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1694                         "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query&peg2=$peg"};
1695                push (@$links_list,$link);
1696    
1697                my $description_function;
1698                $description_function = {"title" => "function",
1699                                         "value" => $function};
1700                push(@$descriptions,$description_function);
1701    
1702                my ($description_ss, $ss_string);
1703                $ss_string = join (",", @subsystems);
1704                $description_ss = {"title" => "subsystems",
1705                                   "value" => $ss_string};
1706                push(@$descriptions,$description_ss);
1707    
1708                my $description_loc;
1709                $description_loc = {"title" => "location start",
1710                                    "value" => $hit_start};
1711                push(@$descriptions, $description_loc);
1712    
1713                $description_loc = {"title" => "location stop",
1714                                    "value" => $hit_stop};
1715                push(@$descriptions, $description_loc);
1716    
1717                my $evalue = $thing->evalue;
1718                while ($evalue =~ /-0/)
1719                {
1720                    my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1721                    $chunk2 = substr($chunk2,1);
1722                    $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1723                }
1724    
1725                my $color = &color($evalue);
1726    
1727                my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1728                                        "value" => $evalue};
1729                push(@$descriptions, $description_eval);
1730    
1731                my $identity = $self->identity;
1732                my $description_identity = {"title" => "Identity",
1733                                            "value" => $identity};
1734                push(@$descriptions, $description_identity);
1735    
1736                $element_hash = {
1737                    "title" => $peg,
1738                    "start" => $align_start,
1739                    "end" =>  $align_stop,
1740                    "type"=> 'box',
1741                    "color"=> $color,
1742                    "zlayer" => "2",
1743                    "links_list" => $links_list,
1744                    "description" => $descriptions
1745                    };
1746                push(@$line_data,$element_hash);
1747                $gd->add_line($line_data, $line_config);
1748            }
1749        }
1750        return ($gd);
1751    }
1752    
1753    =head3 display_domain_composition()
1754    
1755    If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1756    
1757    =cut
1758    
1759    sub display_domain_composition {
1760        my ($self,$gd,$fig) = @_;
1761    
1762        #my $fig = new FIG;
1763        my $peg = $self->acc;
1764    
1765        my $line_data = [];
1766        my $links_list = [];
1767        my $descriptions = [];
1768    
1769        my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1770        my @domain_query_results = ();
1771        foreach $dqr (@domain_query_results){
1772            my $key = @$dqr[1];
1773            my @parts = split("::",$key);
1774            my $db = $parts[0];
1775            my $id = $parts[1];
1776            my $val = @$dqr[2];
1777            my $from;
1778            my $to;
1779            my $evalue;
1780    
1781            if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1782                my $raw_evalue = $1;
1783                $from = $2;
1784                $to = $3;
1785                if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1786                    my $part2 = 1000 - $1;
1787                    my $part1 = $2/100;
1788                    $evalue = $part1."e-".$part2;
1789                }
1790                else{
1791                    $evalue = "0.0";
1792                }
1793            }
1794    
1795            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1796            my ($name_value,$description_value);
1797    
1798            if($db eq "CDD"){
1799                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1800                if(!scalar(@$cdd_objs)){
1801                    $name_title = "name";
1802                    $name_value = "not available";
1803                    $description_title = "description";
1804                    $description_value = "not available";
1805                }
1806                else{
1807                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1808                    $name_value = $cdd_obj->term;
1809                    $description_value = $cdd_obj->description;
1810      }      }
1811            }
1812    
1813            my $domain_name;
1814            $domain_name = {"title" => "name",
1815                     "value" => $name_value};
1816            push(@$descriptions,$domain_name);
1817    
1818            my $description;
1819            $description = {"title" => "description",
1820                            "value" => $description_value};
1821            push(@$descriptions,$description);
1822    
1823            my $score;
1824            $score = {"title" => "score",
1825                      "value" => $evalue};
1826            push(@$descriptions,$score);
1827    
1828            my $link_id = $id;
1829            my $link;
1830            my $link_url;
1831            if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1832            elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1833            else{$link_url = "NO_URL"}
1834    
1835            $link = {"link_title" => $name_value,
1836                     "link" => $link_url};
1837            push(@$links_list,$link);
1838    
1839            my $domain_element_hash = {
1840                "title" => $peg,
1841                "start" => $from,
1842                "end" =>  $to,
1843                "type"=> 'box',
1844                "zlayer" => '4',
1845                "links_list" => $links_list,
1846                "description" => $descriptions
1847                };
1848    
1849            push(@$line_data,$domain_element_hash);
1850    
1851            #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
1852            last;
1853        }
1854    
1855        my $line_config = { 'title' => $peg,
1856                            'short_title' => $peg,
1857                            'basepair_offset' => '1' };
1858    
1859        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1860    
1861        return ($gd);
1862    
1863    }
1864    
1865    =head3 display_table()
1866    
1867    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1868    This code will display a table for the similarities protein
1869    
1870    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1871    
1872    =cut
1873    
1874    sub display_table {
1875        my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;
1876    
1877        my $data = [];
1878        my $count = 0;
1879        my $content;
1880        #my $fig = new FIG;
1881        my $cgi = new CGI;
1882        my @ids;
1883        foreach my $thing (@$dataset) {
1884            next if ($thing->class ne "SIM");
1885            push (@ids, $thing->acc);
1886        }
1887    
1888        my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1889        my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);
1890    
1891        # get the column for the subsystems
1892        %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);
1893    
1894        # get the column for the evidence codes
1895        %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1896    
1897        # get the column for pfam_domain
1898        %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1899    
1900        my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
1901        my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);
1902        #my $alias_col = {};
1903    
1904        foreach my $thing (@$dataset) {
1905            next if ($thing->class ne "SIM");
1906            my $single_domain = [];
1907            $count++;
1908    
1909            my $id      = $thing->acc;
1910            my $iden    = $thing->identity;
1911            my $ln1     = $thing->qlength;
1912            my $ln2     = $thing->hlength;
1913            my $b1      = $thing->qstart;
1914            my $e1      = $thing->qstop;
1915            my $b2      = $thing->hstart;
1916            my $e2      = $thing->hstop;
1917            my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
1918            my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
1919            my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1920            my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1921    
1922            # checkbox column
1923            my $field_name = "tables_" . $id;
1924            my $pair_name = "visual_" . $id;
1925            my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1926            my ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;
1927    
1928            # get the linked fig id
1929            my $fig_col;
1930            if (defined ($e_identical{$id})){
1931                $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1932            }
1933            else{
1934                $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1935            }
1936    
1937            push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,
1938                  "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function);   # permanent columns
1939    
1940            foreach my $col (sort keys %$scroll_list){
1941                if ($col =~ /associated_subsystem/)          {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}
1942                elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}
1943                elsif ($col =~ /pfam_domains/)               {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}
1944                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"NCBI"});}
1945                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"RefSeq"});}
1946                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"SwissProt"});}
1947                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"UniProt"});}
1948                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}
1949                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}
1950                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}
1951                #elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}
1952                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}
1953                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}
1954                elsif ($col =~ /taxonomy/)                   {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}
1955            }
1956            push(@$data,$single_domain);
1957        }
1958      if ($count >0){      if ($count >0){
1959          $content = $data;          $content = $data;
1960      }      }
1961      else      else{
     {  
1962          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1963      }      }
1964      return ($content);      return ($content);
1965  }  }
1966    
1967    sub get_box_column{
1968        my ($ids) = @_;
1969        my %column;
1970        foreach my $id (@$ids){
1971            my $field_name = "tables_" . $id;
1972            my $pair_name = "visual_" . $id;
1973            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1974        }
1975        return (%column);
1976    }
1977    
1978    sub get_subsystems_column{
1979        my ($ids,$fig) = @_;
1980    
1981        #my $fig = new FIG;
1982        my $cgi = new CGI;
1983        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
1984        my %column;
1985        foreach my $id (@$ids){
1986            my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
1987            my @subsystems;
1988    
1989            if (@in_sub > 0) {
1990                foreach my $array(@in_sub){
1991                    my $ss = $$array[0];
1992                    $ss =~ s/_/ /ig;
1993                    push (@subsystems, "-" . $ss);
1994                }
1995                my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
1996                $column{$id} = $in_sub_line;
1997            } else {
1998                $column{$id} = "&nbsp;";
1999            }
2000        }
2001        return (%column);
2002    }
2003    
2004    sub get_essentially_identical{
2005        my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2006        #my $fig = new FIG;
2007    
2008        my %id_list;
2009        #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2010    
2011        foreach my $thing (@$dataset){
2012            if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2013                my $rows = $thing->rows;
2014                my $count_identical = 0;
2015                foreach my $row (@$rows) {
2016                    my $id = $row->[0];
2017                    if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2018                        $id_list{$id} = 1;
2019                    }
2020                }
2021            }
2022        }
2023    
2024    #    foreach my $id (@maps_to) {
2025    #        if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2026    #           $id_list{$id} = 1;
2027    #        }
2028    #    }
2029        return(%id_list);
2030    }
2031    
2032    
2033    sub get_evidence_column{
2034        my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2035        #my $fig = new FIG;
2036        my $cgi = new CGI;
2037        my (%column, %code_attributes);
2038    
2039        my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2040        foreach my $key (@codes){
2041            push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
2042        }
2043    
2044        foreach my $id (@$ids){
2045            # add evidence code with tool tip
2046            my $ev_codes=" &nbsp; ";
2047    
2048            my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2049            my @ev_codes = ();
2050            foreach my $code (@codes) {
2051                my $pretty_code = $code->[2];
2052                if ($pretty_code =~ /;/) {
2053                    my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2054                    $ss =~ s/_/ /g;
2055                    $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2056                }
2057                push(@ev_codes, $pretty_code);
2058            }
2059    
2060            if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2061                my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2062                $ev_codes = $cgi->a(
2063                                    {
2064                                        id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2065            }
2066            $column{$id}=$ev_codes;
2067        }
2068        return (%column);
2069    }
2070    
2071    sub get_pfam_column{
2072        my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2073        #my $fig = new FIG;
2074        my $cgi = new CGI;
2075        my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);
2076        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
2077    
2078        my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;
2079        foreach my $key (@codes){
2080            my $name = $key->[1];
2081            if ($name =~ /_/){
2082                ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2083            }
2084            push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2085            push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2086        }
2087    
2088        foreach my $id (@$ids){
2089            # add evidence code
2090            my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2091            my @pfam_codes = "";
2092            my %description_codes;
2093    
2094            if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2095                my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2096                @pfam_codes = ();
2097    
2098                # get only unique values
2099                my %saw;
2100                foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2101                @ncodes = keys %saw;
2102    
2103                foreach my $code (@ncodes) {
2104                    my @parts = split("::",$code);
2105                    my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2106    
2107                    # get the locations for the domain
2108                    my @locs;
2109                    foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2110                        my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2111                        push (@locs,$loc);
2112                    }
2113                    my %locsaw;
2114                    foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2115                    @locs = keys %locsaw;
2116    
2117                    my $locations = join (", ", @locs);
2118    
2119                    if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2120                        push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2121                    }
2122                    else {
2123                        my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2124                        $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};
2125                        push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2126                    }
2127                }
2128            }
2129    
2130            $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);
2131        }
2132        return (%column);
2133    
2134    }
2135    
2136    sub get_aliases {
2137        my ($ids,$fig) = @_;
2138    
2139        my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2140        foreach my $id (@$ids){
2141            foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2142                my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2143                next if ($aliases->{$id}->{$id_db});
2144                $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2145            }
2146        }
2147        return ($aliases);
2148    }
2149    
2150  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2151    
2152    sub color {
2153        my ($evalue) = @_;
2154        my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
2155        my $color;
2156        if ($evalue <= 1e-170){        $color = $palette->[0];    }
2157        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = $palette->[1];    }
2158        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = $palette->[2];    }
2159        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = $palette->[3];    }
2160        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = $palette->[4];    }
2161        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = $palette->[5];    }
2162        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = $palette->[6];    }
2163        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = $palette->[7];    }
2164        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = $palette->[8];    }
2165        else{        $color = $palette->[9];    }
2166        return ($color);
2167    }
2168    
2169    
2170  ############################  ############################
# Line 1429  Line 2182 
2182  }  }
2183    
2184  sub display {  sub display {
2185      my ($self,$gd) = @_;      my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2186    
2187      my $fid = $self->fig_id;      my $fid = $self->fig_id;
2188      my $compare_or_coupling = $self->context;      my $compare_or_coupling = $self->context;
2189      my $gd_window_size = $gd->window_size;      my $gd_window_size = $gd->window_size;
2190      my $fig = new FIG;      my $range = $gd_window_size;
2191      my $all_regions = [];      my $all_regions = [];
2192        my $gene_associations={};
2193    
2194      #get the organism genome      #get the organism genome
2195      my $target_genome = $fig->genome_of($fid);      my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2196        $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2197        $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2198        $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2199    
2200      # get location of the gene      # get location of the gene
2201      my $data = $fig->feature_location($fid);      my $data = $fig->feature_location($fid);
# Line 1455  Line 2212 
2212      my ($region_start, $region_end);      my ($region_start, $region_end);
2213      if ($beg < $end)      if ($beg < $end)
2214      {      {
2215          $region_start = $beg - 4000;          $region_start = $beg - ($range);
2216          $region_end = $end+4000;          $region_end = $end+ ($range);
2217          $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);          $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2218      }      }
2219      else      else
2220      {      {
2221          $region_start = $end-4000;          $region_start = $end-($range);
2222          $region_end = $beg+4000;          $region_end = $beg+($range);
2223          $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);          $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2224          $reverse_flag{$target_genome} = 1;          $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2225            $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2226      }      }
2227    
2228      # call genes in region      # call genes in region
2229      my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);      my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2230        #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2231        #   push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2232        #}
2233      push(@$all_regions,$target_gene_features);      push(@$all_regions,$target_gene_features);
2234      my (@start_array_region);      my (@start_array_region);
2235      push (@start_array_region, $offset);      push (@start_array_region, $offset);
2236    
2237      my %all_genes;      my %all_genes;
2238      my %all_genomes;      my %all_genomes;
2239      foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = 1;}      foreach my $feature (@$target_gene_features){
2240            #if ($feature =~ /peg/){
2241      if ($compare_or_coupling eq "diverse")              $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2242      {          #}
         my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);  
   
         my $coup_count = 0;  
   
         foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {  
             #   last if ($coup_count > 10);  
             my ($peg1,$peg2) = @$pair;  
   
             my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);  
             $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);  
   
             my $location = $fig->feature_location($peg1);  
             if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){  
                 $pair_contig = $1;  
                 $pair_beg = $2;  
                 $pair_end = $3;  
                 if ($pair_beg < $pair_end)  
                 {  
                     $pair_region_start = $pair_beg - 4000;  
                     $pair_region_stop = $pair_end+4000;  
                     $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);  
                 }  
                 else  
                 {  
                     $pair_region_start = $pair_end-4000;  
                     $pair_region_stop = $pair_beg+4000;  
                     $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);  
                     $reverse_flag{$pair_genome} = 1;  
2243                  }                  }
2244    
2245                  push (@start_array_region, $offset);      my @selected_sims;
2246    
2247                  $all_genomes{$pair_genome} = 1;      if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2248                  my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);          # get the selected boxes
2249                  push(@$all_regions,$pair_features);          my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2250                  foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = 1;}  
2251            # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2252            if (@selected_taxonomy > 0){
2253                foreach my $sim (@$sims_array){
2254                    next if ($sim->class ne "SIM");
2255                    next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2256    
2257                    #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2258                    my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2259                    my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2260                    my $lineage = $taxes->{$genome1};
2261                    #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
2262                    foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2263                        if ($lineage =~ /$taxon/){
2264                            #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2265                            push (@selected_sims, $sim->acc);
2266              }              }
             $coup_count++;  
2267          }          }
2268      }      }
   
     elsif ($compare_or_coupling eq "close")  
     {  
         # make a hash of genomes that are phylogenetically close  
         #my $close_threshold = ".26";  
         #my @genomes = $fig->genomes('complete');  
         #my %close_genomes = ();  
         #foreach my $compared_genome (@genomes)  
         #{  
         #    my $dist = $fig->crude_estimate_of_distance($target_genome,$compared_genome);  
         #    #$close_genomes{$compared_genome} = $dist;  
         #    if ($dist <= $close_threshold)  
         #    {  
         #       $all_genomes{$compared_genome} = 1;  
         #    }  
         #}  
         $all_genomes{"216592.1"} = 1;  
         $all_genomes{"79967.1"} = 1;  
         $all_genomes{"199310.1"} = 1;  
         $all_genomes{"216593.1"} = 1;  
         $all_genomes{"155864.1"} = 1;  
         $all_genomes{"83334.1"} = 1;  
         $all_genomes{"316407.3"} = 1;  
   
         foreach my $comp_genome (keys %all_genomes){  
             my $return = $fig->bbh_list($comp_genome,[$fid]);  
             my $feature_list = $return->{$fid};  
             foreach my $peg1 (@$feature_list){  
                 my $location = $fig->feature_location($peg1);  
                 my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);  
                 $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);  
   
                 if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){  
                     $pair_contig = $1;  
                     $pair_beg = $2;  
                     $pair_end = $3;  
                     if ($pair_beg < $pair_end)  
                     {  
                         $pair_region_start = $pair_beg - 4000;  
                         $pair_region_stop = $pair_end + 4000;  
                         $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);  
                     }  
                     else  
                     {  
                         $pair_region_start = $pair_end-4000;  
                         $pair_region_stop = $pair_beg+4000;  
                         $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);  
                         $reverse_flag{$pair_genome} = 1;  
2269                      }                      }
2270            else{
2271                my $simcount = 0;
2272                foreach my $sim (@$sims_array){
2273                    next if ($sim->class ne "SIM");
2274                    next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2275    
2276                      push (@start_array_region, $offset);                  push (@selected_sims, $sim->acc);
2277                      $all_genomes{$pair_genome} = 1;                  $simcount++;
2278                      my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);                  last if ($simcount > 4);
                     push(@$all_regions,$pair_features);  
                     foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = 1;}  
                 }  
2279              }              }
2280          }          }
2281    
2282            my %saw;
2283            @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2284    
2285            # get the gene context for the sorted matches
2286            foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2287                #get the organism genome
2288                my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2289                $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2290                $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2291                $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2292    
2293                # get location of the gene
2294                my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2295                my ($contig, $beg, $end);
2296    
2297                if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2298                    $contig = $1;
2299                    $beg = $2;
2300                    $end = $3;
2301      }      }
2302    
2303      # get the PCH to each of the genes              my $offset;
2304      my $pch_sets = [];              my ($region_start, $region_end);
2305      my %pch_already;              if ($beg < $end)
     foreach my $gene_peg (keys %all_genes)  
     {  
         if ($pch_already{$gene_peg}){next;};  
         my $gene_set = [$gene_peg];  
         foreach my $pch_peg ($fig->in_pch_pin_with($gene_peg)) {  
             $pch_peg =~ s/,.*$//;  
             my $pch_genome = $fig->genome_of($pch_peg);  
             if ( ($gene_peg ne $pch_peg) && ($all_genomes{$pch_genome})) {  
                 push(@$gene_set,$pch_peg);  
                 $pch_already{$pch_peg}=1;  
             }  
             $pch_already{$gene_peg}=1;  
         }  
         push(@$pch_sets,$gene_set);  
     }  
   
     #create a rank of the pch's  
     my %pch_set_rank;  
     my $order = 0;  
     foreach my $set (@$pch_sets){  
         my $count = scalar(@$set);  
         $pch_set_rank{$order} = $count;  
         $order++;  
     }  
   
     my %peg_rank;  
     my $counter =  1;  
     foreach my $pch_order (sort {$pch_set_rank{$b} <=> $pch_set_rank{$a}} keys %pch_set_rank){  
         my $good_set = @$pch_sets[$pch_order];  
         my $flag_set = 0;  
         if (scalar (@$good_set) > 1)  
2306          {          {
2307              foreach my $peg (@$good_set){                  $region_start = $beg - ($range/2);
2308                  if ((!$peg_rank{$peg})){                  $region_end = $end+($range/2);
2309                      $peg_rank{$peg} = $counter;                  $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
                     $flag_set = 1;  
                 }  
             }  
             $counter++ if ($flag_set == 1);  
2310          }          }
2311          else          else
2312          {          {
2313              foreach my $peg (@$good_set){                  $region_start = $end-($range/2);
2314                  $peg_rank{$peg} = 100;                  $region_end = $beg+($range/2);
2315              }                  $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2316                    $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2317                    $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2318          }          }
2319    
2320                # call genes in region
2321                my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2322                push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2323                push (@start_array_region, $offset);
2324                foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2325                $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2326      }      }
2327    
2328        }
2329    
2330  #    my $bbh_sets = [];      #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2331  #    my %already;      # cluster the genes
2332  #    foreach my $gene_key (keys(%all_genes)){      my @all_pegs = keys %all_genes;
2333  #       if($already{$gene_key}){next;}      my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2334  #       my $gene_set = [$gene_key];      #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2335  #      my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
 #       my $gene_key_genome = $fig->genome_of($gene_key);  
 #  
 #       foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){  
 #           #next if ($gene_key_genome eq $genome_key);  
 #           my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);  
 #  
 #           my $feature_list = $return->{$gene_key};  
 #           foreach my $fl (@$feature_list){  
 #               push(@$gene_set,$fl);  
 #           }  
 #       }  
 #       $already{$gene_key} = 1;  
 #       push(@$bbh_sets,$gene_set);  
 #    }  
 #  
 #    my %bbh_set_rank;  
 #    my $order = 0;  
 #    foreach my $set (@$bbh_sets){  
 #       my $count = scalar(@$set);  
 #       $bbh_set_rank{$order} = $count;  
 #       $order++;  
 #    }  
 #  
 #    my %peg_rank;  
 #    my $counter =  1;  
 #    foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){  
 #       my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];  
 #       my $flag_set = 0;  
 #       if (scalar (@$good_set) > 1)  
 #       {  
 #           foreach my $peg (@$good_set){  
 #               if ((!$peg_rank{$peg})){  
 #                   $peg_rank{$peg} = $counter;  
 #                   $flag_set = 1;  
 #               }  
 #           }  
 #           $counter++ if ($flag_set == 1);  
 #       }  
 #       else  
 #       {  
 #           foreach my $peg (@$good_set){  
 #               $peg_rank{$peg} = 100;  
 #           }  
 #       }  
 #    }  
2336    
2337      foreach my $region (@$all_regions){      foreach my $region (@$all_regions){
2338          my $sample_peg = @$region[0];          my $sample_peg = @$region[0];
2339          my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);          my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2340          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2341          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);          my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2342            my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2343            my $lineage = $taxes->{$genome1};
2344            #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2345          my $line_config = { 'title' => $region_gs,          my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2346                              'short_title' => $abbrev_name,                              'short_title' => $abbrev_name,
2347                              'basepair_offset' => '0'                              'basepair_offset' => '0'
# Line 1695  Line 2349 
2349    
2350          my $offsetting = shift @start_array_region;          my $offsetting = shift @start_array_region;
2351    
2352            my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
2353                                       'short_title' => "",
2354                                       'basepair_offset' => '0',
2355                                       'no_middle_line' => '1'
2356                                       };
2357    
2358          my $line_data = [];          my $line_data = [];
2359            my $second_line_data = [];
2360    
2361            # initialize variables to check for overlap in genes
2362            my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2363            my $major_line_flag = 0;
2364            my $prev_second_flag = 0;
2365    
2366          foreach my $fid1 (@$region){          foreach my $fid1 (@$region){
2367                $second_line_flag = 0;
2368              my $element_hash;              my $element_hash;
2369              my $links_list = [];              my $links_list = [];
2370              my $descriptions = [];              my $descriptions = [];
2371    
2372              my $color = $peg_rank{$fid1};              my $color = $color_sets->{$fid1};
2373    
2374              # get subsystem information              # get subsystem information
2375              my $function = $fig->function_of($fid1);              my $function = $fig->function_of($fid1);
2376              my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;              my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
2377    
2378              my $link;              my $link;
2379              $link = {"link_title" => $fid1,              $link = {"link_title" => $fid1,
2380                       "link" => $url_link};                       "link" => $url_link};
2381              push(@$links_list,$link);              push(@$links_list,$link);
2382    
2383              my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);              my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
2384              foreach my $subsystem (@subsystems){              my @subsystems;
2385                foreach my $array (@subs){
2386                    my $subsystem = $$array[0];
2387                    my $ss = $subsystem;
2388                    $ss =~ s/_/ /ig;
2389                    push (@subsystems, $ss);
2390                  my $link;                  my $link;
2391                  $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",                  $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
2392                           "link_title" => $subsystem};                           "link_title" => $ss};
2393                    push(@$links_list,$link);
2394                }
2395    
2396                if ($fid1 eq $fid){
2397                    my $link;
2398                    $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
2399                             "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
2400                  push(@$links_list,$link);                  push(@$links_list,$link);
2401              }              }
2402    
# Line 1738  Line 2418 
2418                  $start = $2 - $offsetting;                  $start = $2 - $offsetting;
2419                  $stop = $3 - $offsetting;                  $stop = $3 - $offsetting;
2420    
2421                  if (defined($reverse_flag{$region_genome})){                  if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2422                         ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2423                           ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2424                        if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2425                            $second_line_flag = 1;
2426                            $major_line_flag = 1;
2427                        }
2428                    }
2429                    $prev_start = $start;
2430                    $prev_stop = $stop;
2431                    $prev_fig = $fid1;
2432    
2433                    if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2434                      $start = $gd_window_size - $start;                      $start = $gd_window_size - $start;
2435                      $stop = $gd_window_size - $stop;                      $stop = $gd_window_size - $stop;
2436                  }                  }
2437    
2438                    my $title = $fid1;
2439                    if ($fid1 eq $fid){
2440                        $title = "My query gene: $fid1";
2441                    }
2442    
2443                  $element_hash = {                  $element_hash = {
2444                      "title" => $fid1,                      "title" => $title,
2445                      "start" => $start,                      "start" => $start,
2446                      "end" =>  $stop,                      "end" =>  $stop,
2447                      "type"=> 'arrow',                      "type"=> 'arrow',
# Line 1753  Line 2450 
2450                      "links_list" => $links_list,                      "links_list" => $links_list,
2451                      "description" => $descriptions                      "description" => $descriptions
2452                  };                  };
2453                  push(@$line_data,$element_hash);  
2454                    # if there is an overlap, put into second line
2455                    if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2456                    else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2457    
2458                    if ($fid1 eq $fid){
2459                        $element_hash = {
2460                            "title" => 'Query',
2461                            "start" => $start,
2462                            "end" =>  $stop,
2463                            "type"=> 'bigbox',
2464                            "color"=> $color,
2465                            "zlayer" => "1"
2466                            };
2467    
2468                        # if there is an overlap, put into second line
2469                        if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2470                        else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2471                    }
2472              }              }
2473          }          }
2474          $gd->add_line($line_data, $line_config);          $gd->add_line($line_data, $line_config);
2475            $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
2476      }      }
2477      return $gd;      return ($gd, \@selected_sims);
2478  }  }
2479    
2480    sub cluster_genes {
2481        my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
2482        my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
2483    
2484        my @color_sets = ();
2485    
2486        $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
2487    
2488        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2489            if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
2490            if (! $seen{$i}) {
2491                $cluster = [$i];
2492                $seen{$i} = 1;
2493                for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
2494                    $x = $conn->{$cluster->[$j]};
2495                    foreach $k (@$x) {
2496                        if (! $seen{$k}) {
2497                            push(@$cluster,$k);
2498                            $seen{$k} = 1;
2499                        }
2500                    }
2501                }
2502    
2503                if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
2504                    push(@color_sets,$cluster);
2505                }
2506            }
2507        }
2508        for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
2509        $red_set = $color_sets[$i];
2510        splice(@color_sets,$i,1);
2511        @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
2512        unshift(@color_sets,$red_set);
2513    
2514        my $color_sets = {};
2515        for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
2516            foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
2517                $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
2518            }
2519        }
2520        return $color_sets;
2521    }
2522    
2523    sub get_connections_by_similarity {
2524        my($fig,$all_pegs) = @_;
2525        my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2526        my($sim,%conn,$x,$y);
2527    
2528        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2529            $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
2530            push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
2531            if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2532                push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2533            }
2534        }
2535    
2536        foreach $y (keys(%pos_of)) {
2537            $x = $pos_of{$y};
2538            for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2539                for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2540                    push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2541                    push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2542                }
2543            }
2544        }
2545    
2546        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2547            foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
2548                if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2549                    foreach $y (@$x) {
2550                        push(@{$conn{$i}},$y);
2551                    }
2552                }
2553            }
2554        }
2555        return \%conn;
2556    }
2557    
2558    sub in {
2559        my($x,$xL) = @_;
2560        my($i);
2561    
2562        for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
2563        return ($i < @$xL);
2564    }
2565    
2566    #############################################
2567    #############################################
2568    package Observation::Commentary;
2569    
2570    use base qw(Observation);
2571    
2572    =head3 display_protein_commentary()
2573    
2574    =cut
2575    
2576    sub display_protein_commentary {
2577        my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
2578    
2579        my $all_rows = [];
2580        my $content;
2581        #my $fig = new FIG;
2582        my $cgi = new CGI;
2583        my $count = 0;
2584        my $peg_array = [];
2585        my (%evidence_column, %subsystems_column,  %e_identical);
2586    
2587        if (@$dataset != 1){
2588            foreach my $thing (@$dataset){
2589                if ($thing->class eq "SIM"){
2590                    push (@$peg_array, $thing->acc);
2591                }
2592            }
2593            # get the column for the evidence codes
2594            %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);
2595    
2596            # get the column for the subsystems
2597            %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);
2598    
2599            # get essentially identical seqs
2600            %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
2601        }
2602        else{
2603            push (@$peg_array, @$dataset);
2604        }
2605    
2606        my $selected_sims = [];
2607        foreach my $id (@$peg_array){
2608            last if ($count > 10);
2609            my $row_data = [];
2610            my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
2611            $org = $fig->org_of($id);
2612            $function = $fig->function_of($id);
2613            if ($mypeg ne $id){
2614                $function_cell = "<input type=\"radio\" name=\"function\" id=\"$id\" value=\"$function\" onClick=\"clearText('newAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
2615                $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2616                if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2617            }
2618            else{
2619                $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
2620                $id_cell = "<input type=checkbox name=peg id=peg$count value=$id checked=true>";
2621                $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2622            }
2623    
2624            push(@$row_data,$id_cell);
2625            push(@$row_data,$org);
2626            push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2627            push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2628            push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
2629            push(@$row_data,$function_cell);
2630            push(@$all_rows,$row_data);
2631            push (@$selected_sims, $id);
2632            $count++;
2633        }
2634    
2635        if ($count >0){
2636            $content = $all_rows;
2637        }
2638        else{
2639            $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
2640        }
2641        return ($content,$selected_sims);
2642    }
2643    
2644    sub display_protein_history {
2645        my ($self, $id,$fig) = @_;
2646        my $all_rows = [];
2647        my $content;
2648    
2649        my $cgi = new CGI;
2650        my $count = 0;
2651        foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
2652            my $row = [];
2653            my $col1 = $feat->[2];
2654            my $col2 = $feat->[1];
2655            #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
2656            my $text = $feat->[3];
2657    
2658            push (@$row, $col1);
2659            push (@$row, $col2);
2660            push (@$row, $text);
2661            push (@$all_rows, $row);
2662            $count++;
2663        }
2664        if ($count > 0){
2665            $content = $all_rows;
2666        }
2667        else {
2668            $content = "There is no history for this PEG";
2669        }
2670    
2671        return($content);
2672    }

Legend:
Removed from v.1.24  
changed lines
  Added in v.1.44

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3