[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.24, Tue Jul 10 20:11:38 2007 UTC revision 1.30, Tue Aug 21 17:05:00 2007 UTC
# Line 7  Line 7 
7  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects);
8    
9  use FIG_Config;  use FIG_Config;
10  use strict;  #use strict;
11  #use warnings;  #use warnings;
12  use HTML;  use HTML;
13    
# Line 151  Line 151 
151  sub type {  sub type {
152    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
153    
154    return $self->{acc};    return $self->{type};
155  }  }
156    
157  =head3 start()  =head3 start()
# Line 308  Line 308 
308    
309      my $objects = [];      my $objects = [];
310      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
311        my $fig = new FIG;
312    
313      # call function that fetches attribute based observations      # call function that fetches attribute based observations
314      # returns an array of arrays of hashes      # returns an array of arrays of hashes
# Line 317  Line 318 
318      }      }
319      else{      else{
320          my %domain_classes;          my %domain_classes;
321            my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
322          $domain_classes{'CDD'} = 1;          $domain_classes{'CDD'} = 1;
323          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);          get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
324          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets);          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes);
325          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);          get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
326          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
327          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets);          get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
328          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets);          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
329      }      }
330    
331      foreach my $dataset (@matched_datasets) {      foreach my $dataset (@matched_datasets) {
# Line 357  Line 359 
359    
360  }  }
361    
362    =head3 display_housekeeping
363    This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
364    
365    =cut
366    sub display_housekeeping {
367        my ($self,$fid) = @_;
368        my $fig = new FIG;
369        my $content;
370    
371        my $org_name = $fig->org_of($fid);
372        my $org_id   = $fig->orgid_of_orgname($org_name);
373        my $loc      = $fig->feature_location($fid);
374        my($contig, $beg, $end) = $fig->boundaries_of($loc);
375        my $strand   = ($beg <= $end)? '+' : '-';
376        my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($fid);
377        my $function = $fig->function_of($fid);
378        my @aliases  = $fig->feature_aliases($fid);
379        my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
380        my @ecs = ($function =~ /\(EC\s(\d+\.[-\d+]+\.[-\d+]+\.[-\d+]+)\)/g);
381    
382        $content .= qq(<b>General Protein Data</b><br><br><br><table border="0">);
383        $content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
384        $content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name,&nbsp;&nbsp;$org_id</td></tr>\n);
385        $content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
386        $content .= qq(<tr width=15%><td>FIG Organism ID</td><td>$org_id</td></tr>\n);
387        $content .= qq(<tr width=15%><td>Gene Location</td><td>Contig $contig [$beg,$end], Strand $strand</td></tr>\n);;
388        $content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
389        if ( @ecs ) {
390            $content .= qq(<tr><td>EC:</td><td>);
391            foreach my $ec ( @ecs ) {
392                my $ec_name = $fig->ec_name($ec);
393                $content .= join(" -- ", $ec, $ec_name) . "<br>\n";
394            }
395            $content .= qq(</td></tr>\n);
396        }
397    
398        if ( @subsystems ) {
399            $content .= qq(<tr><td>Subsystems</td><td>);
400            foreach my $subsystem ( @subsystems ) {
401                $content .= join(" -- ", @$subsystem) . "<br>\n";
402            }
403        }
404    
405        my %groups;
406        if ( @aliases ) {
407            # get the db for each alias
408            foreach my $alias (@aliases){
409                $groups{$alias} = &get_database($alias);
410            }
411    
412            # group ids by aliases
413            my %db_aliases;
414            foreach my $key (sort {$groups{$a} cmp $groups{$b}} keys %groups){
415                push (@{$db_aliases{$groups{$key}}}, $key);
416            }
417    
418    
419            $content .= qq(<tr><td>Aliases</td><td><table border="0">);
420            foreach my $key (sort keys %db_aliases){
421                $content .= qq(<tr><td>$key:</td><td>) . join(", ", @{$db_aliases{$key}}) . qq(</td></tr\n);
422            }
423            $content .= qq(</td></tr></table>\n);
424        }
425    
426        $content .= qq(</table><p>\n);
427    
428        return ($content);
429    }
430    
431    =head3 get_sims_summary
432    This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
433    
434    =cut
435    
436    sub get_sims_summary {
437        my ($observation, $fid) = @_;
438        my $fig = new FIG;
439        my %families;
440        my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"all");
441    
442        foreach my $sim (@sims){
443            next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);
444            my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
445            my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
446            my $parent_tax = "Root";
447            foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
448                push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
449                $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
450                $parent_tax = $tax;
451            }
452        }
453    
454        foreach my $key (keys %{$families{children}}){
455            $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
456    
457            my %saw;
458            my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
459            $families{children}{$key} = \@out;
460        }
461        return (\%families);
462    }
463    
464  =head1 Internal Methods  =head1 Internal Methods
465    
466  These methods are not meant to be used outside of this package.  These methods are not meant to be used outside of this package.
# Line 368  Line 472 
472  sub get_attribute_based_domain_observations{  sub get_attribute_based_domain_observations{
473    
474      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
475      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref) = (@_);
476    
477      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
478    
479      foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
480    #    foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {
481          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
482          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
483          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
# Line 411  Line 516 
516    
517  sub get_attribute_based_location_observations{  sub get_attribute_based_location_observations{
518    
519      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
520      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
521    
522      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED'];      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
523    
524        my $dataset = {'type' => "loc",
525                       'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
526                       'fig_id' => $fid
527                       };
528    
529      my $dataset = {'type' => "loc", 'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED','fig_id' => $fid};      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
530      foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {  #    foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {
531          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
532            next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/)  && ($key !~/Phobius/) );
533          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
534          my $sub_class = $parts[0];          my $sub_class = $parts[0];
535          my $sub_key = $parts[1];          my $sub_key = $parts[1];
# Line 428  Line 539 
539                  my @value_parts = split(";",$value);                  my @value_parts = split(";",$value);
540                  $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];                  $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
541                  $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];                  $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
542    #               print STDERR "LOC: $value_parts[1]";
543              }              }
544              elsif($sub_key eq "signal_peptide"){              elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
545                  $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;                  $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
546              }              }
547          }          }
548    
549          elsif($sub_class eq "CELLO"){          elsif($sub_class eq "CELLO"){
550              $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;              $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
551              $dataset->{'cello_score'} = $value;              $dataset->{'cello_score'} = $value;
552          }          }
553    
554            elsif($sub_class eq "Phobius"){
555                if($sub_key eq "transmembrane"){
556                    $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
557                }
558                elsif($sub_key eq "signal"){
559                    $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
560                }
561            }
562    
563          elsif($sub_class eq "TMPRED"){          elsif($sub_class eq "TMPRED"){
564              my @value_parts = split(";",$value);              my @value_parts = split(/\;/,$value);
565              $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];              $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
566              $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];              $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
567          }          }
# Line 455  Line 578 
578  =cut  =cut
579    
580  sub get_pdb_observations{  sub get_pdb_observations{
581      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
582    
583      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
584    
585      foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,'PDB')) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
586        #foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,'PDB')) {
587    
588          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
589            next if ( ($key !~ /PDB/));
590          my($key1,$key2) =split("::",$key);          my($key1,$key2) =split("::",$key);
591          my $value = @$attr_ref[2];          my $value = @$attr_ref[2];
592          my ($evalue,$location) = split(";",$value);          my ($evalue,$location) = split(";",$value);
# Line 516  Line 641 
641    
642      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
643      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
644      my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"all");      my @sims= $fig->nsims($fid,500,1e-20,"all");
645      my ($dataset);      my ($dataset);
646    
647        my %id_list;
648        foreach my $sim (@sims){
649            my $hit = $sim->[1];
650    
651            next if ($hit !~ /^fig\|/);
652            my @aliases = $fig->feature_aliases($hit);
653            foreach my $alias (@aliases){
654                $id_list{$alias} = 1;
655            }
656        }
657    
658        my %already;
659        my (@new_sims, @uniprot);
660      foreach my $sim (@sims){      foreach my $sim (@sims){
661          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
662            my ($id) = ($hit) =~ /\|(.*)/;
663            next if (defined($already{$id}));
664            next if (defined($id_list{$hit}));
665            push (@new_sims, $sim);
666            $already{$id} = 1;
667        }
668    
669        foreach my $sim (@new_sims){
670            my $hit = $sim->[1];
671          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
672          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
673          my $qfrom = $sim->[6];          my $qfrom = $sim->[6];
# Line 569  Line 717 
717      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
718      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
719      elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }      elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }
720      elsif ($id =~ /^kegg\|/)          { $db = "KEGG" }      elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/))    { $db = "KEGG" }
721      elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $db = "TrEMBL" }      elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $db = "TrEMBL" }
722      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
723      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
# Line 591  Line 739 
739      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
740      my $funcs_ref;      my $funcs_ref;
741    
742        my %id_list;
743      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
744        my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
745        foreach my $alias (@aliases){
746            $id_list{$alias} = 1;
747        }
748    
749      foreach my $id (@maps_to) {      foreach my $id (@maps_to) {
750          my ($tmp, $who);          my ($tmp, $who);
751          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id)) && (! defined ($id_list{$id}))) {
752              $who = &get_database($id);              $who = &get_database($id);
753              push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);              push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
754          }          }
# Line 788  Line 941 
941    
942      my $acc = $self->acc;      my $acc = $self->acc;
943    
     print STDERR "acc:$acc\n";  
944      my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);      my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
945      my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );      my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
946      if(!scalar(@$pdb_objs)){      if(!scalar(@$pdb_objs)){
# Line 923  Line 1075 
1075          my $id = $row->[0];          my $id = $row->[0];
1076          my $who = $row->[1];          my $who = $row->[1];
1077          my $assignment = $row->[2];          my $assignment = $row->[2];
1078          my $organism = $fig->org_of($fid);          my $organism = $fig->org_of($id);
1079          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
1080          push(@$single_domain,$who);          push(@$single_domain,$who);
1081          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
# Line 1031  Line 1183 
1183  sub display {  sub display {
1184      my ($thing,$gd) = @_;      my ($thing,$gd) = @_;
1185      my $lines = [];      my $lines = [];
1186      my $line_config = { 'title' => $thing->acc,  #    my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1187                          'short_title' => $thing->type,  #                       'short_title' => $thing->type,
1188                          'basepair_offset' => '1' };  #                       'basepair_offset' => '1' };
1189      my $color = "4";      my $color = "4";
1190    
1191      my $line_data = [];      my $line_data = [];
# Line 1063  Line 1215 
1215          }          }
1216      }      }
1217    
1218        my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1219                            'short_title' => $name_value,
1220                            'basepair_offset' => '1' };
1221    
1222      my $name;      my $name;
1223      $name = {"title" => $name_title,      $name = {"title" => $name_title,
1224               "value" => $name_value};               "value" => $name_value};
# Line 1109  Line 1265 
1265    
1266  }  }
1267    
1268    sub display_table {
1269        my ($self,$dataset) = @_;
1270        my $cgi = new CGI;
1271        my $data = [];
1272        my $count = 0;
1273        my $content;
1274    
1275        foreach my $thing (@$dataset) {
1276            next if ($thing->type !~ /dom/);
1277            my $single_domain = [];
1278            $count++;
1279    
1280            my $db_and_id = $thing->acc;
1281            my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1282    
1283            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1284    
1285            my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1286            if($db eq "CDD"){
1287                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1288                if(!scalar(@$cdd_objs)){
1289                    $name_title = "name";
1290                    $name_value = "not available";
1291                    $description_title = "description";
1292                    $description_value = "not available";
1293                }
1294                else{
1295                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1296                    $name_title = "name";
1297                    $name_value = $cdd_obj->term;
1298                    $description_title = "description";
1299                    $description_value = $cdd_obj->description;
1300                }
1301            }
1302    
1303            my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1304    
1305            push(@$single_domain,$db);
1306            push(@$single_domain,$thing->acc);
1307            push(@$single_domain,$name_value);
1308            push(@$single_domain,$location);
1309            push(@$single_domain,$thing->evalue);
1310            push(@$single_domain,$description_value);
1311            push(@$data,$single_domain);
1312        }
1313    
1314        if ($count >0){
1315            $content = $data;
1316        }
1317        else
1318        {
1319            $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1320        }
1321    }
1322    
1323    
1324  #########################################  #########################################
1325  #########################################  #########################################
1326  package Observation::Location;  package Observation::Location;
# Line 1126  Line 1338 
1338      $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};      $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1339      $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};      $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1340      $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};      $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1341        $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1342        $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1343    
1344      bless($self,$class);      bless($self,$class);
1345      return $self;      return $self;
# Line 1147  Line 1361 
1361      my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;      my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1362      my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);      my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1363    
1364        my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1365        my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1366    
1367      my $lines = [];      my $lines = [];
     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',  
                         'short_title' => 'Local',  
                         'basepair_offset' => '1' };  
1368    
1369      #color is      #color is
1370      my $color = "5";      my $color = "6";
   
     my $line_data = [];  
1371    
1372      if($cello_location){      if($cello_location){
1373          my $cello_descriptions = [];          my $cello_descriptions = [];
1374            my $line_data =[];
1375    
1376            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1377                                'short_title' => 'CELLO',
1378                                'basepair_offset' => '1' };
1379    
1380          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',          my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1381                                            "value" => $cello_location};                                            "value" => $cello_location};
1382    
# Line 1175  Line 1393 
1393              "end" =>  $length + 1,              "end" =>  $length + 1,
1394              "color"=> $color,              "color"=> $color,
1395              "type" => 'box',              "type" => 'box',
1396              "zlayer" => '2',              "zlayer" => '1',
1397              "description" => $cello_descriptions};              "description" => $cello_descriptions};
1398    
1399          push(@$line_data,$element_hash);          push(@$line_data,$element_hash);
1400            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1401      }      }
1402    
1403      my $color = "6";  
1404        $color = "2";
1405      if($tmpred_score){      if($tmpred_score){
1406            my $line_data =[];
1407            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1408                                'short_title' => 'Transmembrane',
1409                                'basepair_offset' => '1' };
1410    
1411    
1412          foreach my $tmpred (@tmpred_locations){          foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1413              my $descriptions = [];              my $descriptions = [];
1414              my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);              my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
# Line 1201  Line 1427 
1427              "description" => $descriptions};              "description" => $descriptions};
1428    
1429              push(@$line_data,$element_hash);              push(@$line_data,$element_hash);
1430    
1431          }          }
1432            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1433      }      }
1434    
1435      my $color = "1";      if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1436            my $line_data =[];
1437            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1438                                'short_title' => 'Phobius',
1439                                'basepair_offset' => '1' };
1440    
1441            foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1442                my $descriptions = [];
1443                my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'Phobius TM Location',
1444                                 "value" => $tm_loc};
1445                push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1446    
1447                my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1448    
1449                my $element_hash = {
1450                "title" => "phobius transmembrane location",
1451                "start" => $begin + 1,
1452                "end" =>  $end + 1,
1453                "color"=> '6',
1454                "zlayer" => '4',
1455                "type" => 'bigbox',
1456                "description" => $descriptions};
1457    
1458                push(@$line_data,$element_hash);
1459    
1460            }
1461    
1462            if($phobius_signal_location){
1463                my $descriptions = [];
1464                my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1465                                 "value" => $phobius_signal_location};
1466                push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1467    
1468    
1469                my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1470                my $element_hash = {
1471                "title" => "phobius signal locations",
1472                "start" => $begin + 1,
1473                "end" =>  $end + 1,
1474                "color"=> '1',
1475                "zlayer" => '5',
1476                "type" => 'box',
1477                "description" => $descriptions};
1478                push(@$line_data,$element_hash);
1479            }
1480    
1481            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1482        }
1483    
1484    
1485        $color = "1";
1486      if($signal_peptide_score){      if($signal_peptide_score){
1487            my $line_data = [];
1488          my $descriptions = [];          my $descriptions = [];
1489    
1490            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1491                                'short_title' => 'SignalP',
1492                                'basepair_offset' => '1' };
1493    
1494          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',          my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1495                                                  "value" => $signal_peptide_score};                                                  "value" => $signal_peptide_score};
1496    
# Line 1220  Line 1504 
1504          my $element_hash = {          my $element_hash = {
1505              "title" => "SignalP",              "title" => "SignalP",
1506              "start" => $cleavage_loc_begin - 2,              "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1507              "end" =>  $cleavage_loc_end + 3,              "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1508              "type" => 'bigbox',              "type" => 'bigbox',
1509              "color"=> $color,              "color"=> $color,
1510              "zlayer" => '10',              "zlayer" => '10',
1511              "description" => $descriptions};              "description" => $descriptions};
1512    
1513          push(@$line_data,$element_hash);          push(@$line_data,$element_hash);
     }  
   
1514      $gd->add_line($line_data, $line_config);      $gd->add_line($line_data, $line_config);
1515        }
1516    
1517      return ($gd);      return ($gd);
1518    
# Line 1277  Line 1560 
1560    return $self->{cello_score};    return $self->{cello_score};
1561  }  }
1562    
1563    sub phobius_signal_location {
1564      my ($self) = @_;
1565      return $self->{phobius_signal_location};
1566    }
1567    
1568    sub phobius_tm_locations {
1569      my ($self) = @_;
1570      return $self->{phobius_tm_locations};
1571    }
1572    
1573    
1574    
1575  #########################################  #########################################
1576  #########################################  #########################################
# Line 1305  Line 1599 
1599      return $self;      return $self;
1600  }  }
1601    
1602    =head3 display()
1603    
1604    If available use the function specified here to display a graphical observation.
1605    This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1606    
1607    =cut
1608    
1609    sub display {
1610        my ($self,$gd) = @_;
1611    
1612        my $fig = new FIG;
1613        my $peg = $self->acc;
1614    
1615        my $organism = $self->organism;
1616        my $genome = $fig->genome_of($peg);
1617        my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1618        my $function = $self->function;
1619        my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1620        my $align_start = $self->qstart;
1621        my $align_stop = $self->qstop;
1622        my $hit_start = $self->hstart;
1623        my $hit_stop = $self->hstop;
1624    
1625        my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1626    
1627        my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1628                            'short_title' => "$abbrev_name",
1629                            'title_link' => '$tax_link',
1630                            'basepair_offset' => '0'
1631                            };
1632    
1633        my $line_data = [];
1634    
1635        my $element_hash;
1636        my $links_list = [];
1637        my $descriptions = [];
1638    
1639        # get subsystem information
1640        my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$peg;
1641    
1642        my $link;
1643        $link = {"link_title" => $peg,
1644                 "link" => $url_link};
1645        push(@$links_list,$link);
1646    
1647        my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1648        foreach my $subsystem (@subsystems){
1649            my $link;
1650            $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1651                     "link_title" => $subsystem};
1652            push(@$links_list,$link);
1653        }
1654    
1655        my $description_function;
1656        $description_function = {"title" => "function",
1657                                 "value" => $function};
1658        push(@$descriptions,$description_function);
1659    
1660        my ($description_ss, $ss_string);
1661        $ss_string = join (",", @subsystems);
1662        $description_ss = {"title" => "subsystems",
1663                           "value" => $ss_string};
1664        push(@$descriptions,$description_ss);
1665    
1666        my $description_loc;
1667        $description_loc = {"title" => "location start",
1668                            "value" => $hit_start};
1669        push(@$descriptions, $description_loc);
1670    
1671        $description_loc = {"title" => "location stop",
1672                            "value" => $hit_stop};
1673        push(@$descriptions, $description_loc);
1674    
1675        my $evalue = $self->evalue;
1676        while ($evalue =~ /-0/)
1677        {
1678            my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1679            $chunk2 = substr($chunk2,1);
1680            $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1681        }
1682    
1683        my $color = &color($evalue);
1684    
1685        my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1686                                "value" => $evalue};
1687        push(@$descriptions, $description_eval);
1688    
1689        my $identity = $self->identity;
1690        my $description_identity = {"title" => "Identity",
1691                                    "value" => $identity};
1692        push(@$descriptions, $description_identity);
1693    
1694        $element_hash = {
1695            "title" => $peg,
1696            "start" => $align_start,
1697            "end" =>  $align_stop,
1698            "type"=> 'box',
1699            "color"=> $color,
1700            "zlayer" => "2",
1701            "links_list" => $links_list,
1702            "description" => $descriptions
1703            };
1704        push(@$line_data,$element_hash);
1705        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1706    
1707        return ($gd);
1708    
1709    }
1710    
1711  =head3 display_table()  =head3 display_table()
1712    
1713  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  If available use the function specified here to display the "raw" observation.
# Line 1315  Line 1718 
1718  =cut  =cut
1719    
1720  sub display_table {  sub display_table {
1721      my ($self,$dataset) = @_;      my ($self,$dataset, $preference, $columns) = @_;
1722    
1723      my $data = [];      my $data = [];
1724      my $count = 0;      my $count = 0;
1725      my $content;      my $content;
1726      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
1727      my $cgi = new CGI;      my $cgi = new CGI;
1728        my @ids;
1729        foreach my $thing (@$dataset) {
1730            next if ($thing->class ne "SIM");
1731            push (@ids, $thing->acc);
1732        }
1733    
1734        my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %code_attributes);
1735        foreach my $col (@$columns){
1736            # get the column for the subsystems
1737            if ($col eq "subsystem"){
1738                %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids);
1739            }
1740            # get the column for the evidence codes
1741            elsif ($col eq "evidence"){
1742                %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids);
1743            }
1744        }
1745    
1746      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
         my $single_domain = [];  
1747          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
1748            my $single_domain = [];
1749          $count++;          $count++;
1750    
1751          my $id = $thing->acc;          my $id = $thing->acc;
1752    
1753          # add the subsystem information          my $iden    = $thing->identity;
1754          my @in_sub  = $fig->peg_to_subsystems($id);          my $ln1     = $thing->qlength;
1755            my $ln2     = $thing->hlength;
1756            my $b1      = $thing->qstart;
1757            my $e1      = $thing->qstop;
1758            my $b2      = $thing->hstart;
1759            my $e2      = $thing->hstop;
1760            my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
1761            my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
1762            my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1763            my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1764    
1765            # checkbox column
1766            my $field_name = "tables_" . $id;
1767            my $pair_name = "visual_" . $id;
1768            my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1769    
1770            my $prefer_id = &get_prefer($thing->acc, $preference);
1771            my $acc_col .= &HTML::set_prot_links($cgi,$prefer_id);
1772            my $db = $thing->database;
1773            if ($preference ne "FIG"){
1774                $db = &Observation::get_database($prefer_id);
1775            }
1776    
1777            push(@$single_domain,$box_col);                        # permanent column
1778            push(@$single_domain,$acc_col);                        # permanent column
1779            push(@$single_domain,$thing->evalue);                  # permanent column
1780            push(@$single_domain,"$iden\%");                       # permanent column
1781            push(@$single_domain,$reg1);                           # permanent column
1782            push(@$single_domain,$reg2);                           # permanent column
1783            push(@$single_domain,$thing->organism);                # permanent column
1784            push(@$single_domain,$thing->function);                # permanent column
1785            push(@$single_domain,$subsystems_column{$id}) if (grep (/subsystem/, @$columns));
1786            push(@$single_domain,$evidence_column{$id}) if (grep (/evidence/, @$columns));
1787            push(@$data,$single_domain);
1788        }
1789    
1790        if ($count >0 ){
1791            $content = $data;
1792        }
1793        else{
1794            $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1795        }
1796        return ($content);
1797    }
1798    
1799    sub get_box_column{
1800        my ($ids) = @_;
1801        my %column;
1802        foreach my $id (@$ids){
1803            my $field_name = "tables_" . $id;
1804            my $pair_name = "visual_" . $id;
1805            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1806        }
1807        return (%column);
1808    }
1809    
1810    sub get_subsystems_column{
1811        my ($ids) = @_;
1812    
1813        my $fig = new FIG;
1814        my $cgi = new CGI;
1815        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
1816        my %column;
1817        foreach my $id (@$ids){
1818            my @in_sub = $in_subs{$id} if (defined $in_subs{$id});
1819          my $in_sub;          my $in_sub;
1820    
1821          if (@in_sub > 0) {          if (@in_sub > 0) {
# Line 1338  Line 1823 
1823    
1824              # RAE: add a javascript popup with all the subsystems              # RAE: add a javascript popup with all the subsystems
1825              my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;              my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;
1826              $in_sub = $cgi->a( {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);              $column{$id} = $cgi->a( {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);
1827          } else {          } else {
1828              $in_sub = "&nbsp;";              $column{$id} = "&nbsp;";
1829            }
1830        }
1831        return (%column);
1832          }          }
1833    
1834    sub get_evidence_column{
1835        my ($ids) = @_;
1836        my $fig = new FIG;
1837        my $cgi = new CGI;
1838        my (%column, %code_attributes);
1839    
1840        my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($ids);
1841        foreach my $key (@codes){
1842            push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
1843        }
1844    
1845        foreach my $id (@$ids){
1846          # add evidence code with tool tip          # add evidence code with tool tip
1847          my $ev_codes=" &nbsp; ";          my $ev_codes=" &nbsp; ";
1848          my @ev_codes = "";          my @ev_codes = "";
1849    
1850          if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {          if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
1851              my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($id);              my @codes;
1852                @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
1853              @ev_codes = ();              @ev_codes = ();
1854              foreach my $code (@codes) {              foreach my $code (@codes) {
1855                  my $pretty_code = $code->[2];                  my $pretty_code = $code->[2];
# Line 1366  Line 1868 
1868                                  {                                  {
1869                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
1870          }          }
1871            $column{$id}=$ev_codes;
1872        }
1873        return (%column);
1874    }
1875    
1876          # add the aliases  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
         my $aliases = undef;  
         $aliases = &html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id) ) );  
         $aliases = &HTML::set_prot_links( $cgi, $aliases );  
         $aliases ||= "&nbsp;";  
1877    
1878          my $iden    = $thing->identity;  sub get_prefer {
1879          my $ln1     = $thing->qlength;      my ($fid, $db) = @_;
1880          my $ln2     = $thing->hlength;      my $fig = new FIG;
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";  
         my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";  
1881    
1882        my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
1883    
1884          push(@$single_domain,$thing->database);      foreach my $alias (@aliases){
1885          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$thing->acc));          my $id_db = &Observation::get_database($alias);
1886          push(@$single_domain,$thing->evalue);          if ($id_db eq $db){
1887          push(@$single_domain,"$iden\%");              return ($alias);
1888          push(@$single_domain,$reg1);          }
1889          push(@$single_domain,$reg2);      }
1890          push(@$single_domain,$in_sub);      return ($fid);
         push(@$single_domain,$ev_codes);  
         push(@$single_domain,$thing->organism);  
         push(@$single_domain,$thing->function);  
         push(@$single_domain,$aliases);  
         push(@$data,$single_domain);  
1891      }      }
1892    
1893      if ($count >0){  sub color {
1894          $content = $data;      my ($evalue) = @_;
1895    
1896        my $color;
1897        if ($evalue <= 1e-170){
1898            $color = 51;
1899      }      }
1900      else      elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){
1901      {          $color = 52;
         $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";  
1902      }      }
1903      return ($content);      elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){
1904            $color = 53;
1905        }
1906        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){
1907            $color = 54;
1908        }
1909        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){
1910            $color = 55;
1911        }
1912        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){
1913            $color = 56;
1914        }
1915        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){
1916            $color = 57;
1917        }
1918        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){
1919            $color = 58;
1920        }
1921        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){
1922            $color = 59;
1923        }
1924        else{
1925            $color = 60;
1926  }  }
1927    
 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }  
1928    
1929        return ($color);
1930    }
1931    
1932    
1933  ############################  ############################
# Line 1464  Line 1980 
1980          $region_start = $end-4000;          $region_start = $end-4000;
1981          $region_end = $beg+4000;          $region_end = $beg+4000;
1982          $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);          $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
1983          $reverse_flag{$target_genome} = 1;          $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
1984      }      }
1985    
1986      # call genes in region      # call genes in region
# Line 1475  Line 1991 
1991    
1992      my %all_genes;      my %all_genes;
1993      my %all_genomes;      my %all_genomes;
1994      foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = 1;}      foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = $fid;}
1995    
1996      if ($compare_or_coupling eq "diverse")      if ($compare_or_coupling eq "diverse")
1997      {      {
# Line 1506  Line 2022 
2022                      $pair_region_start = $pair_end-4000;                      $pair_region_start = $pair_end-4000;
2023                      $pair_region_stop = $pair_beg+4000;                      $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
2024                      $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);                      $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2025                      $reverse_flag{$pair_genome} = 1;                      $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
2026                  }                  }
2027    
2028                  push (@start_array_region, $offset);                  push (@start_array_region, $offset);
# Line 1514  Line 2030 
2030                  $all_genomes{$pair_genome} = 1;                  $all_genomes{$pair_genome} = 1;
2031                  my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);                  my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
2032                  push(@$all_regions,$pair_features);                  push(@$all_regions,$pair_features);
2033                  foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = 1;}                  foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
2034              }              }
2035              $coup_count++;              $coup_count++;
2036          }          }
# Line 1566  Line 2082 
2082                          $pair_region_start = $pair_end-4000;                          $pair_region_start = $pair_end-4000;
2083                          $pair_region_stop = $pair_beg+4000;                          $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
2084                          $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);                          $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2085                          $reverse_flag{$pair_genome} = 1;                          $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
2086                      }                      }
2087    
2088                      push (@start_array_region, $offset);                      push (@start_array_region, $offset);
2089                      $all_genomes{$pair_genome} = 1;                      $all_genomes{$pair_genome} = 1;
2090                      my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);                      my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
2091                      push(@$all_regions,$pair_features);                      push(@$all_regions,$pair_features);
2092                      foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = 1;}                      foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
2093                  }                  }
2094              }              }
2095          }          }
# Line 1625  Line 2141 
2141          else          else
2142          {          {
2143              foreach my $peg (@$good_set){              foreach my $peg (@$good_set){
2144                  $peg_rank{$peg} = 100;                  $peg_rank{$peg} = "20";
2145              }              }
2146          }          }
2147      }      }
# Line 1678  Line 2194 
2194  #       else  #       else
2195  #       {  #       {
2196  #           foreach my $peg (@$good_set){  #           foreach my $peg (@$good_set){
2197  #               $peg_rank{$peg} = 100;  #               $peg_rank{$peg} = "20";
2198  #           }  #           }
2199  #       }  #       }
2200  #    }  #    }
# Line 1695  Line 2211 
2211    
2212          my $offsetting = shift @start_array_region;          my $offsetting = shift @start_array_region;
2213    
2214            my $second_line_config = { 'title' => "$region_gs",
2215                                       'short_title' => "",
2216                                       'basepair_offset' => '0'
2217                                       };
2218    
2219          my $line_data = [];          my $line_data = [];
2220            my $second_line_data = [];
2221    
2222            # initialize variables to check for overlap in genes
2223            my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2224            my $major_line_flag = 0;
2225            my $prev_second_flag = 0;
2226    
2227          foreach my $fid1 (@$region){          foreach my $fid1 (@$region){
2228                $second_line_flag = 0;
2229              my $element_hash;              my $element_hash;
2230              my $links_list = [];              my $links_list = [];
2231              my $descriptions = [];              my $descriptions = [];
# Line 1738  Line 2267 
2267                  $start = $2 - $offsetting;                  $start = $2 - $offsetting;
2268                  $stop = $3 - $offsetting;                  $stop = $3 - $offsetting;
2269    
2270                  if (defined($reverse_flag{$region_genome})){                  if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2271                         ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2272                           ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2273                        if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2274                            $second_line_flag = 1;
2275                            $major_line_flag = 1;
2276                        }
2277                    }
2278                    $prev_start = $start;
2279                    $prev_stop = $stop;
2280                    $prev_fig = $fid1;
2281    
2282                    if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2283                      $start = $gd_window_size - $start;                      $start = $gd_window_size - $start;
2284                      $stop = $gd_window_size - $stop;                      $stop = $gd_window_size - $stop;
2285                  }                  }
# Line 1753  Line 2294 
2294                      "links_list" => $links_list,                      "links_list" => $links_list,
2295                      "description" => $descriptions                      "description" => $descriptions
2296                  };                  };
2297                  push(@$line_data,$element_hash);  
2298                    # if there is an overlap, put into second line
2299                    if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2300                    else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2301    
2302              }              }
2303          }          }
2304          $gd->add_line($line_data, $line_config);          $gd->add_line($line_data, $line_config);
2305            $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config) if ($major_line_flag == 1);
2306      }      }
2307      return $gd;      return $gd;
2308  }  }

Legend:
Removed from v.1.24  
changed lines
  Added in v.1.30

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3