[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.2, Tue Jun 12 16:51:53 2007 UTC revision 1.61, Wed Jul 2 15:53:50 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3    #use lib '/vol/ontologies';
4    use DBMaster;
5    use Data::Dumper;
6    
7  require Exporter;  require Exporter;
8  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9    
10  use strict;  use WebColors;
11  use warnings;  use WebConfig;
12    
13  1;  use FIG_Config;
14    #use strict;
15    #use warnings;
16    use HTML;
17    use FFs;
18    
19  # $Id$  1;
20    
21  =head1 NAME  =head1 NAME
22    
# Line 21  Line 29 
29    
30  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
31    
 Example:  
   
 use FIG;  
 use Observation;  
   
 my $fig = new FIG;  
 my $fid = "fig|83333.1.peg.3";  
   
 my $observations = Observation::get_objects($fid);  
 foreach my $observation (@$observations) {  
     print "ID: " . $fid . "\n";  
     print "Start: " . $observation->start() . "\n";  
     ...  
 }  
   
 B<return an array of objects>  
   
   
 print "$Observation->acc\n" prints the Accession number if present for the Observation  
   
32  =cut  =cut
33    
34  =head1 BACKGROUND  =head1 BACKGROUND
# Line 64  Line 52 
52    
53  The public methods this package provides are listed below:  The public methods this package provides are listed below:
54    
55    
56    =head3 context()
57    
58    Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
59    
60    =cut
61    
62    sub context {
63      my ($self) = @_;
64    
65      return $self->{context};
66    }
67    
68    =head3 rows()
69    
70    each row in a displayed table
71    
72    =cut
73    
74    sub rows {
75      my ($self) = @_;
76    
77      return $self->{rows};
78    }
79    
80  =head3 acc()  =head3 acc()
81    
82  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
# Line 72  Line 85 
85    
86  sub acc {  sub acc {
87    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
   
88    return $self->{acc};    return $self->{acc};
89  }  }
90    
91  =head3 description()  =head3 query()
   
 The description of the hit. Taken from the data or from the our Ontology database for some cases e.g. IPR or PFAM.  
92    
93  B<Please note:>  The query id
 Either remoteid or description is required.  
94    
95  =cut  =cut
96    
97  sub description {  sub query {
98    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
99        return $self->{query};
   return $self->{acc};  
100  }  }
101    
102    
103  =head3 class()  =head3 class()
104    
105  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.  The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
# Line 100  Line 109 
109    
110  =over 9  =over 9
111    
112  =item sim (seq)  =item IDENTICAL (seq)
113    
114    =item SIM (seq)
115    
116  =item bbh (seq)  =item BBH (seq)
117    
118  =item pch (fc)  =item PCH (fc)
119    
120  =item figfam (seq)  =item FIGFAM (seq)
121    
122  =item ipr (dom)  =item IPR (dom)
123    
124  =item cdd (dom)  =item CDD (dom)
125    
126  =item pfam (dom)  =item PFAM (dom)
127    
128  =item signalp (dom)  =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
129    
130  =item cello (loc)  =item PDB (seq)
131    
132  =item tmhmm (loc)  =item TMHMM (loc)
133    
134  =item hmmtop (loc)  =item HMMTOP (loc)
135    
136  =back  =back
137    
# Line 155  Line 166 
166  sub type {  sub type {
167    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
168    
169    return $self->{acc};    return $self->{type};
170  }  }
171    
172  =head3 start()  =head3 start()
# Line 182  Line 193 
193    return $self->{stop};    return $self->{stop};
194  }  }
195    
196  =head3 evalue()  =head3 start()
197    
198  E-value or P-Value if present.  Start of hit in query sequence.
199    
200  =cut  =cut
201    
202  sub evalue {  sub qstart {
203    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
204    
205    return $self->{evalue};      return $self->{qstart};
206  }  }
207    
208  =head3 score()  =head3 qstop()
   
 Score if present.  
209    
210  B<Please note: >  End of the hit in query sequence.
 Either score or eval are required.  
211    
212  =cut  =cut
213    
214  sub score {  sub qstop {
215    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
216    
217    return $self->{score};      return $self->{qstop};
218  }  }
219    
220    =head3 hstart()
221    
222  =head3 display_method()  Start of hit in hit sequence.
223    
224  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  =cut
 In the case of a BLAST alignment of fid1 and fid2 a cgi script  
 will be called to display the results of running the command "bl2seq fid1 fid2".  
225    
226  B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.  sub hstart {
227        my ($self) = @_;
228    
229        return $self->{hstart};
230    }
231    
232    =head3 end()
233    
234    End of the hit in hit sequence.
235    
236  =cut  =cut
237    
238  sub display_method {  sub hstop {
239    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
240    
241    # add code here      return $self->{hstop};
   
   return $self->{display_method};  
242  }  }
243    
244  =head3 rank()  =head3 qlength()
   
 Returns an integer from 1 - 10 indicating the importance of this observations.  
245    
246  Currently always returns 1.  length of the query sequence in similarities
247    
248  =cut  =cut
249    
250  sub rank {  sub qlength {
251    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
252    
253  #  return $self->{rank};      return $self->{qlength};
   
   return 1;  
254  }  }
255    
256  =head3 supports_annotation()  =head3 hlength()
   
 Does a this observation support the annotation of its feature?  
257    
258  Returns  length of the hit sequence in similarities
259    
260  =over 3  =cut
261    
262  =item 10, if feature annotation is identical to $self->description  sub hlength {
263        my ($self) = @_;
264    
265  =item 1, Feature annotation is similar to $self->annotation; this is computed using FIG::SameFunc()      return $self->{hlength};
266    }
267    
268  =item undef  =head3 evalue()
269    
270  =back  E-value or P-Value if present.
271    
272  =cut  =cut
273    
274  sub supports_annotation {  sub evalue {
275    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
276    
277    # no code here so far    return $self->{evalue};
   
   return $self->{supports_annotation};  
278  }  }
279    
280  =head3 url()  =head3 score()
281    
282  URL describing the subject. In case of a BLAST hit against a sequence, this URL will lead to a page displaying the sequence record for the sequence. In case of an HMM hit, the URL will be to the URL description.  Score if present.
283    
284  =cut  =cut
285    
286  sub url {  sub score {
287    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
288      return $self->{score};
289    }
290    
291    =head3 display()
292    
293    will be different for each type
294    
295    my $url = get_url($self->type, $self->acc);  =cut
296    
297    sub display {
298    
299      die "Abstract Method Called\n";
300    
   return $url;  
301  }  }
302    
303  =head3 get_objects()  =head3 display_table()
304    
305  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  will be different for each type
306    
307    =cut
308    
309    sub display_table {
310    
311  It will probably have to:    die "Abstract Table Method Called\n";
312    
 - get all sims for the feature  
 - get all bbhs for the feature  
 - copy information from sim to bbh (bbh have no match location etc)  
 - get pchs (difficult)  
 - get attributes (there is code for this that in get_attribute_based_observations  
 - get_attributes_based_observations returns an array of arrays of hashes like this"  
   
   my $datasets =  
      [  
        [ { name => 'acc', value => '1234' },  
         { name => 'from', value => '4' },  
         { name => 'to', value => '400' },  
         ....  
        ],  
        [ { name => 'acc', value => '456' },  
         { name => 'from', value => '1' },  
         { name => 'to', value => '100' },  
         ....  
        ],  
        ...  
      ];  
    return $datasets;  
313   }   }
314    
315  It will invoke the required calls to the SEED API to retrieve the information required.  =head3 get_objects()
316    
317    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
318    
319  =cut  =cut
320    
321  sub get_objects {  sub get_objects {
322      my ($self,$fid) = @_;      my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;
323    
324      my $objects = [];      my $objects = [];
325    my @matched_datasets=();    my @matched_datasets=();
326    
327    # call function that fetches attribut based observations      # call function that fetches attribute based observations
328    # returns an array of arrays of hashes    # returns an array of arrays of hashes
   #  
   get_attribute_based_observations($fid,\@matched_datasets);  
329    
330    # read sims + bbh (enrich BBHs with sims coordindates etc)      if($scope){
331    # read pchs          get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
332    # read figfam match data from 48hr directory (BobO knows how do do this!)      }
333    # what sources of evidence did I miss?      else{
334            my %domain_classes;
335            my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
336            $domain_classes{'CDD'} = 1;
337            $domain_classes{'PFAM'} = 1;
338            get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
339            get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
340            get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);
341            get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
342            get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343            get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344        }
345    
346    foreach my $dataset (@matched_datasets) {    foreach my $dataset (@matched_datasets) {
347      my $object = $self->new();          my $object;
348      foreach my $attribute (@$dataset) {          if($dataset->{'type'} eq "dom"){
349        $object->{$attribute->{'name'}} = $attribute->{'value'};              $object = Observation::Domain->new($dataset);
350            }
351            elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
352                $object = Observation::FC->new($dataset);
353            }
354            elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
355                $object = Observation::Identical->new($dataset);
356            }
357            elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
358                $object = Observation::Location->new($dataset);
359      }      }
360  #    $object->{$attribute->{'feature_id'}} = $attribute->{$fid};          elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
361                $object = Observation::Sims->new($dataset);
362            }
363            elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
364                $object = Observation::Cluster->new($dataset);
365            }
366            elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
367                $object = Observation::PDB->new($dataset);
368            }
369    
370      push (@$objects, $object);      push (@$objects, $object);
371      }      }
372    
373        return $objects;
374    
375    }
376    
377    =head
378        provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
379    =cut
380    
381    sub get_attributes{
382        my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
383        my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
384        return @attributes;
385    }
386    
387    =head3 get_sims_objects()
388    
389    This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
390    
391    =cut
392    
393    sub get_sims_objects {
394        my ($self,$fid,$fig,$parameters) = @_;
395    
396        my $objects = [];
397        my @matched_datasets=();
398    
399        # call function that fetches attribute based observations
400        # returns an array of arrays of hashes
401        get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
402    
403        foreach my $dataset (@matched_datasets) {
404            my $object;
405            if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
406                $object = Observation::Sims->new($dataset);
407            }
408            push (@$objects, $object);
409        }
410    return $objects;    return $objects;
411  }  }
412    
413    
414    =head3 display_housekeeping
415    This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
416    
417    =cut
418    sub display_housekeeping {
419        my ($self,$fid,$fig) = @_;
420        my $content = [];
421        my $row = [];
422    
423        my $org_name = $fig->org_of($fid);
424        my $org_id = $fig->genome_of($fid);
425        my $function = $fig->function_of($fid);
426        #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
427        my $length = $fig->translation_length($fid);
428    
429        push (@$row, $org_name);
430        push (@$row, $fid);
431        push (@$row, $length);
432        push (@$row, $function);
433    
434        # initialize the table for commentary and annotations
435        #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
436        #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
437        #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
438        #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
439        #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
440        #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
441        #$content .= qq(</table><p>\n);
442    
443        push(@$content, $row);
444    
445        return ($content);
446    }
447    
448    =head3 get_sims_summary
449    This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
450    
451    =cut
452    
453    sub get_sims_summary {
454        my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
455        my %families;
456        my $taxes = $fig->taxonomy_list();
457    
458        foreach my $thing (@$dataset) {
459            my ($id, $evalue);
460            if ($thing =~ /fig\|/){
461                $id = $thing;
462                $evalue = -1;
463            }
464            else{
465                next if ($thing->class ne "SIM");
466                $id      = $thing->acc;
467                $evalue  = $thing->evalue;
468            }
469            next if ($id !~ /fig\|/);
470            next if ($fig->is_deleted_fid($id));
471    
472            my $genome = $fig->genome_of($id);
473            #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
474            my $taxonomy = $taxes->{$genome};
475            my $parent_tax = "Root";
476            my @currLineage = ($parent_tax);
477            push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
478            my $level = 2;
479            foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
480                push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
481                push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
482                $families{level}{$tax} = $level;
483                push (@currLineage, $tax);
484                $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
485                $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
486                if (defined ($families{evalue}{$tax})){
487                    if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
488                        $families{evalue}{$tax} = $evalue;
489                        $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
490                    }
491                }
492                else{
493                    $families{evalue}{$tax} = $evalue;
494                    $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
495                }
496    
497                $parent_tax = $tax;
498                $level++;
499            }
500        }
501    
502        foreach my $key (keys %{$families{children}}){
503            $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
504    
505            my %saw;
506            my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
507            $families{children}{$key} = \@out;
508        }
509    
510        return \%families;
511    }
512    
513  =head1 Internal Methods  =head1 Internal Methods
514    
515  These methods are not meant to be used outside of this package.  These methods are not meant to be used outside of this package.
# Line 355  Line 518 
518    
519  =cut  =cut
520    
521    sub get_taxcolor{
522        my ($evalue) = @_;
523        my $color;
524        if ($evalue == -1){            $color = "black";      }
525        elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){        $color = "#FF2000";    }
526        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = "#FF3300";    }
527        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = "#FF6600";    }
528        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = "#FF9900";    }
529        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = "#FFCC00";    }
530        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = "#FFFF00";    }
531        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = "#CCFF00";    }
532        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = "#66FF00";    }
533        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = "#00FF00";    }
534        else{        $color = "#6666FF";    }
535        return ($color);
536    }
537    
 =head3 get_url (internal)  
538    
539  get_url() return a valid URL or undef for any observation.  sub get_attribute_based_domain_observations{
540    
541  URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
542        my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
543    
544  Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
545            my $key = @$attr_ref[1];
546            my @parts = split("::",$key);
547            my $class = $parts[0];
548            my $name = $parts[1];
549            #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
550    
551            if($domain_classes->{$parts[0]}){
552                my $val = @$attr_ref[2];
553                if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
554                    my $raw_evalue = $1;
555                    my $from = $2;
556                    my $to = $3;
557                    my $evalue;
558                    if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
559                        my $part2 = 1000 - $1;
560                        my $part1 = $2/100;
561                        $evalue = $part1."e-".$part2;
562                    }
563                    elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
564                        $evalue=$raw_evalue;
565                    }
566                    else{
567                        $evalue = "0.0";
568                    }
569    
570                    my $dataset = {'class' => $class,
571                                   'acc' => $key,
572                                   'type' => "dom" ,
573                                   'evalue' => $evalue,
574                                   'start' => $from,
575                                   'stop' => $to,
576                                   'fig_id' => $fid,
577                                   'score' => $raw_evalue
578                                   };
579    
580  =cut                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
581                }
582            }
583        }
584    }
585    
586  sub get_url {  sub get_attribute_based_location_observations{
587    
588   my ($self) = @_;      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
589   my $url='';      #my $fig = new FIG;
590    
591  # a hash with a URL for each observation; identified by name()      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
 #my $URL             => { 'PFAM' => "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?" ,\  
 #                       'IPR'    => "http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=" ,\  
 #                          'CDD' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'PIR'    => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'FIGFAM' => '',\  
 #                          'sim'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id=",\  
 #                          'bbh'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id="  
 #};  
592    
593  # if (defined $URL{$self->name}) {      my $dataset = {'type' => "loc",
594  #     $url = $URL{$self->name}.$self->acc;                     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
595  #     return $url;                     'fig_id' => $fid
596  # }                     };
597  # else  
598       return undef;      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
599            my $key = @$attr_ref[1];
600            next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/)  && ($key !~/Phobius/) );
601            my @parts = split("::",$key);
602            my $sub_class = $parts[0];
603            my $sub_key = $parts[1];
604            my $value = @$attr_ref[2];
605            if($sub_class eq "SignalP"){
606                if($sub_key eq "cleavage_site"){
607                    my @value_parts = split(";",$value);
608                    $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
609                    $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
610                }
611                elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
612                    $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
613                }
614            }
615    
616            elsif($sub_class eq "CELLO"){
617                $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
618                $dataset->{'cello_score'} = $value;
619            }
620    
621            elsif($sub_class eq "Phobius"){
622                if($sub_key eq "transmembrane"){
623                    $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
624                }
625                elsif($sub_key eq "signal"){
626                    $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
627                }
628  }  }
629    
630  =head3 get_display_method (internal)          elsif($sub_class eq "TMPRED"){
631                my @value_parts = split(/\;/,$value);
632                $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
633                $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
634            }
635        }
636    
637        push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
638    
639  get_display_method() return a valid URL or undef for any observation.  }
640    
641    =head3 get_pdb_observations() (internal)
642    
643  URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()  This methods sets the type and class for pdb observations
 and Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.  
644    
645  =cut  =cut
646    
647  sub get_display_method {  sub get_pdb_observations{
648        my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
649    
650   my ($self) = @_;      #my $fig = new FIG;
651    
652  # a hash with a URL for each observation; identified by name()      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
653  #my $URL             => { 'sim'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1=",\          my $key = @$attr_ref[1];
654  #                        'bbh'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1="          next if ( ($key !~ /PDB/));
655  # };          my($key1,$key2) =split("::",$key);
656            my $value = @$attr_ref[2];
657            my ($evalue,$location) = split(";",$value);
658    
659  #if (defined $URL{$self->name}) {          if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
660  #     $url = $URL{$self->name}.$self->feature_id."&id2=".$self->acc;              my $part2 = 1000 - $1;
661  #     return $url;              my $part1 = $2/100;
662  # }              $evalue = $part1."e-".$part2;
 # else  
      return undef;  
663  }  }
664    
665  =head3 get_attribute_based_evidence (internal)          my($start,$stop) =split("-",$location);
666    
667  This method retrieves evidence from the attribute server          my $url = @$attr_ref[3];
668            my $dataset = {'class' => 'PDB',
669                           'type' => 'seq' ,
670                           'acc' => $key2,
671                           'evalue' => $evalue,
672                           'start' => $start,
673                           'stop' => $stop,
674                           'fig_id' => $fid
675                           };
676    
677            push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
678        }
679    }
680    
681    =head3 get_cluster_observations() (internal)
682    
683    This methods sets the type and class for cluster observations
684    
685  =cut  =cut
686    
687  sub get_attribute_based_observations{  sub get_cluster_observations{
688        my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
689    
690      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
691      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);                     'type' => 'fc',
692                       'context' => $scope,
693                       'fig_id' => $fid
694                       };
695        push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
696    }
697    
698    
699    =head3 get_sims_observations() (internal)
700    
701    This methods retrieves sims fills the internal data structures.
702    
703    =cut
704    
705      my $_myfig = new FIG;  sub get_sims_observations{
706        my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
707    
708      foreach my $attr_ref ($_myfig->get_attributes($fid)) {      my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter);
709        if ($parameters->{flag}){
710          $max_sims = $parameters->{max_sims};
711          $max_expand = $parameters->{max_expand};
712          $max_eval = $parameters->{max_eval};
713          $db_filter = $parameters->{db_filter};
714          $sim_order = $parameters->{sim_order};
715          $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
716        }
717        else{
718          $max_sims = 50;
719          $max_expand = 5;
720          $max_eval = 1e-5;
721          $db_filter = "figx";
722          $sim_order = "id";
723        }
724    
725        my($id, $genome, @genomes, %sims);
726        my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand);
727        @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
728        my ($dataset);
729    
730        if ($group_by_genome){
731          #  Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
732          foreach $sim ( @tmp ){
733            $id = $sim->id2;
734            $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
735            if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
736            push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
737          }
738          @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
739        }
740    
741        foreach my $sim (@tmp){
742            my $hit = $sim->[1];
743            my $percent = $sim->[2];
744            my $evalue = $sim->[10];
745            my $qfrom = $sim->[6];
746            my $qto = $sim->[7];
747            my $hfrom = $sim->[8];
748            my $hto = $sim->[9];
749            my $qlength = $sim->[12];
750            my $hlength = $sim->[13];
751            my $db = get_database($hit);
752            my $func = $fig->function_of($hit);
753            my $organism = $fig->org_of($hit);
754    
755            $dataset = {'class' => 'SIM',
756                        'query' => $sim->[0],
757                        'acc' => $hit,
758                        'identity' => $percent,
759                        'type' => 'seq',
760                        'evalue' => $evalue,
761                        'qstart' => $qfrom,
762                        'qstop' => $qto,
763                        'hstart' => $hfrom,
764                        'hstop' => $hto,
765                        'database' => $db,
766                        'organism' => $organism,
767                        'function' => $func,
768                        'qlength' => $qlength,
769                        'hlength' => $hlength,
770                        'fig_id' => $fid
771                        };
772    
773            push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
774        }
775    }
776    
777          # convert the ref into a string for easier handling  =head3 get_database (internal)
778          my ($string) = "@$attr_ref";  This method gets the database association from the sequence id
779    
780  #       print "S:$string\n";  =cut
         my ($key,$val) = ( $string =~ /\S+\s(\S+)\s(\S+)/);  
781    
782          # THIS SHOULD BE DONE ANOTHER WAY FM->TD  sub get_database{
783          # we need to do the right thing for each type, ie no evalue for CELLO and no coordinates, but a score, etc      my ($id) = (@_);
         # as fas as possible this should be configured so that the type of observation and the regexp are  
         # stored somewhere for easy expansion  
         #  
784    
785          if (($key =~ /PFAM::/) || ( $key =~ /IPR::/) || ( $key =~ /CDD::/) ) {      my ($db);
786        if ($id =~ /^fig\|/)              { $db = "SEED" }
787        elsif ($id =~ /^gi\|/)            { $db = "NCBI" }
788        elsif ($id =~ /^gb\|/)            { $db = "GenBank" }
789        elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/)      { $db = "RefSeq" }
790        elsif ($id =~ /^ref\|/)           { $db = "RefSeq" }
791        elsif ($id =~ /^sp\|/)            { $db = "SwissProt" }
792        elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
793        elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
794        elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }
795        elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/))    { $db = "KEGG" }
796        elsif ($id =~ /^tr\|/)                          { $db = "TrEMBL" }
797        elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
798        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
799        elsif ($id =~ /^pdb\|/)           { $db = "PDB" }
800        elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "IMG" }
801        elsif ($id =~ /^cmr\|/)           { $db = "CMR" }
802        elsif ($id =~ /^dbj\|/)           { $db = "DBJ" }
803    
804              # some keys are composite CDD::1233244 or PFAM:PF1233      return ($db);
805    
             if ( $key =~ /::/ ) {  
                 my ($firstkey,$restkey) = ( $key =~ /([a-zA-Z0-9]+)::(.*)/);  
                 $val=$restkey.";".$val;  
                 $key=$firstkey;  
806              }              }
807    
             my ($acc,$raw_evalue, $from,$to) = ($val =~ /(\S+);(\S+);(\d+)-(\d+)/ );  
808    
809              my $evalue= 255;  =head3 get_identical_proteins() (internal)
             if (defined $raw_evalue) { # some of the tool do not give us an evalue  
810    
811                  my ($k,$expo) = ( $raw_evalue =~ /(\d+).(\d+)/);  This methods retrieves sims fills the internal data structures.
812                  my ($new_k, $new_exp);  
813    =cut
814    
815                  #  sub get_identical_proteins{
                 #  THIS DOES NOT WORK PROPERLY  
                 #  
                 if($raw_evalue =~/(\d+).(\d+)/){  
816    
817  #                   $new_exp = (1000+$expo);      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
818          #           $new_k = $k / 100;      #my $fig = new FIG;
819        my $funcs_ref;
820    
821        my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
822        foreach my $id (@maps_to) {
823            my ($tmp, $who);
824            if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
825                $who = &get_database($id);
826                push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
827                  }                  }
                 $evalue = "0.01"#new_k."e-".$new_exp;  
828              }              }
829    
830              # unroll it all into an array of hashes      my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
831              # this needs to be done differently for different types of observations                     'type' => 'seq',
832              my $dataset = [ { name => 'class', value => $key },                     'fig_id' => $fid,
833                              { name => 'acc' , value => $acc},                     'rows' => $funcs_ref
834                              { name => 'type', value => "dom"} , # this clearly needs to be done properly FM->TD                     };
                             { name => 'evalue', value => $evalue },  
                             { name => 'start', value => $from},  
                             { name => 'stop' , value => $to}  
                             ];  
835    
836              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
837          }  
838      }  
839  }  }
840    
841  =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)  =head3 get_functional_coupling() (internal)
842    
843  This methods retrieves sims and also BBHs and fills the internal data structures.  This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
844    
845  =cut  =cut
846    
847  #     sub get_sims_and_bbhs{  sub get_functional_coupling{
848    
849  #       # blast m8 output format      my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
850  #       # id1, id2, %ident, align len, mismatches, gaps, q.start, q.stop, s. start, s.stop, eval, bit      #my $fig = new FIG;
851        my @funcs = ();
 #       my $Sims=();  
 #       @sims_src = $fig->sims($fid,80,500,"fig",0);  
 #       print "found $#sims_src SIMs\n";  
 #       foreach $sims (@sims_src) {  
 #           my ($sims_string) = "@$sims";  
 # #       print "$sims_string\n";  
 #           my ($rfid,$start,$stop,$eval) = ( $sims_string =~ /\S+\s+(\S+)\s+\S+\s\S+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+  
 #                                             \S+\s+\S+\s+\S+\s+\S+\s+(\S+)+.*/);  
 # #       print "ID: $rfid, E:$eval, Start:$start stop:$stop\n";  
 #           $Sims{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $Sims{$rfid}{'start'}=$start;  
 #           $Sims{$rfid}{'stop'}=$stop;  
 #           print "$rfid $Sims{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
852    
853  #       # BBHs      # initialize some variables
854  #       my $BBHs=();      my($sc,$neigh);
855    
856  #       @bbhs_src = $fig->bbhs($fid,1.0e-10);      # set default parameters for coupling and evidence
857  #       print "found $#bbhs_src BBHs\n";      my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
 #       foreach $bbh (@bbhs_src) {  
 #           #print "@$bbh\n";  
 #           my ($bbh_string) = "@$bbh";  
 #           my ($rfid,$eval,$score) = ( $bbh_string =~ /(\S+)\s(\S+)\s(\S+)/);  
 #           #print "ID: $rfid, E:$eval, S:$score\n";  
 #           $BBHs{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $BBHs{$rfid}{'score'}=$score;  
 # #print "$rfid $BBHs{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
858    
859  #     }      # get the fc data
860        my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
861    
862        # retrieve data
863        my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
864                         [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
865                      } @fc_data;
866    
867        my $dataset = {'class' => 'PCH',
868                       'type' => 'fc',
869                       'fig_id' => $fid,
870                       'rows' => \@rows
871                       };
872    
873        push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
874    
875    }
876    
877  =head3 new (internal)  =head3 new (internal)
878    
# Line 539  Line 881 
881  =cut  =cut
882    
883  sub new {  sub new {
884    my ($self) = @_;    my ($class,$dataset) = @_;
885    
886    $self = { acc => '',    my $self = { class => $dataset->{'class'},
887              description => '',                 type => $dataset->{'type'},
888              class => '',                 fig_id => $dataset->{'fig_id'},
889              type => '',                 score => $dataset->{'score'},
             start => '',  
             stop => '',  
             evalue => '',  
             score => '',  
             display_method => '',  
             feature_id => '',  
             rank => '',  
             supports_annotation => ''  
890            };            };
891    
892    bless($self, 'Observation');    bless($self,$class);
893    
894    return $self;    return $self;
895  }  }
896    
897    =head3 identity (internal)
898    
899    Returns the % identity of the similar sequence
900    
901    =cut
902    
903    sub identity {
904        my ($self) = @_;
905    
906        return $self->{identity};
907    }
908    
909    =head3 fig_id (internal)
910    
911    =cut
912    
913    sub fig_id {
914      my ($self) = @_;
915      return $self->{fig_id};
916    }
917    
918  =head3 feature_id (internal)  =head3 feature_id (internal)
919    
 Returns the ID  of the feature these Observations belong to.  
920    
921  =cut  =cut
922    
# Line 571  Line 925 
925    
926    return $self->{feature_id};    return $self->{feature_id};
927  }  }
928    
929    =head3 id (internal)
930    
931    Returns the ID  of the identical sequence
932    
933    =cut
934    
935    sub id {
936        my ($self) = @_;
937    
938        return $self->{id};
939    }
940    
941    =head3 organism (internal)
942    
943    Returns the organism  of the identical sequence
944    
945    =cut
946    
947    sub organism {
948        my ($self) = @_;
949    
950        return $self->{organism};
951    }
952    
953    =head3 function (internal)
954    
955    Returns the function of the identical sequence
956    
957    =cut
958    
959    sub function {
960        my ($self) = @_;
961    
962        return $self->{function};
963    }
964    
965    =head3 database (internal)
966    
967    Returns the database of the identical sequence
968    
969    =cut
970    
971    sub database {
972        my ($self) = @_;
973    
974        return $self->{database};
975    }
976    
977    ############################################################
978    ############################################################
979    package Observation::PDB;
980    
981    use base qw(Observation);
982    
983    sub new {
984    
985        my ($class,$dataset) = @_;
986        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
987        $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
988        $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
989        $self->{start} = $dataset->{'start'};
990        $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
991        bless($self,$class);
992        return $self;
993    }
994    
995    =head3 display()
996    
997    displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
998    
999    =cut
1000    
1001    sub display{
1002        my ($self,$gd,$fig) = @_;
1003    
1004        my $fid = $self->fig_id;
1005        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1006                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1007                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1008                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1009    
1010        my $acc = $self->acc;
1011    
1012        my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
1013        my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
1014        if(!scalar(@$pdb_objs)){
1015            $pdb_description = "not available";
1016            $pdb_source = "not available";
1017            $pdb_ligand = "not available";
1018        }
1019        else{
1020            my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
1021            $pdb_description = $pdb_obj->description;
1022            $pdb_source = $pdb_obj->source;
1023            $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
1024        }
1025    
1026        my $lines = [];
1027        my $line_data = [];
1028        my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
1029                            'hover_title' => 'PDB',
1030                            'short_title' => "best PDB",
1031                            'basepair_offset' => '1' };
1032    
1033        #my $fig = new FIG;
1034        my $seq = $fig->get_translation($fid);
1035        my $fid_stop = length($seq);
1036    
1037        my $fid_element_hash = {
1038            "title" => $fid,
1039            "start" => '1',
1040            "end" =>  $fid_stop,
1041            "color"=> '1',
1042            "zlayer" => '1'
1043            };
1044    
1045        push(@$line_data,$fid_element_hash);
1046    
1047        my $links_list = [];
1048        my $descriptions = [];
1049    
1050        my $name;
1051        $name = {"title" => 'id',
1052                 "value" => $acc};
1053        push(@$descriptions,$name);
1054    
1055        my $description;
1056        $description = {"title" => 'pdb description',
1057                        "value" => $pdb_description};
1058        push(@$descriptions,$description);
1059    
1060        my $score;
1061        $score = {"title" => "score",
1062                  "value" => $self->evalue};
1063        push(@$descriptions,$score);
1064    
1065        my $start_stop;
1066        my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
1067        $start_stop = {"title" => "start-stop",
1068                       "value" => $start_stop_value};
1069        push(@$descriptions,$start_stop);
1070    
1071        my $source;
1072        $source = {"title" => "source",
1073                  "value" => $pdb_source};
1074        push(@$descriptions,$source);
1075    
1076        my $ligand;
1077        $ligand = {"title" => "pdb ligand",
1078                   "value" => $pdb_ligand};
1079        push(@$descriptions,$ligand);
1080    
1081        my $link;
1082        my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1083    
1084        $link = {"link_title" => $acc,
1085                 "link" => $link_url};
1086        push(@$links_list,$link);
1087    
1088        my $pdb_element_hash = {
1089            "title" => "PDB homology",
1090            "start" => $self->start,
1091            "end" =>  $self->stop,
1092            "color"=> '6',
1093            "zlayer" => '3',
1094            "links_list" => $links_list,
1095            "description" => $descriptions};
1096    
1097        push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1098        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1099    
1100        return $gd;
1101    }
1102    
1103    1;
1104    
1105    ############################################################
1106    ############################################################
1107    package Observation::Identical;
1108    
1109    use base qw(Observation);
1110    
1111    sub new {
1112    
1113        my ($class,$dataset) = @_;
1114        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1115        $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1116    
1117        bless($self,$class);
1118        return $self;
1119    }
1120    
1121    =head3 display_table()
1122    
1123    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1124    This code will display a table for the identical protein
1125    
1126    
1127    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1128    dence.
1129    
1130    =cut
1131    
1132    
1133    sub display_table{
1134        my ($self,$fig) = @_;
1135    
1136        #my $fig = new FIG;
1137        my $fid = $self->fig_id;
1138        my $rows = $self->rows;
1139        my $cgi = new CGI;
1140        my $all_domains = [];
1141        my $count_identical = 0;
1142        my $content;
1143        foreach my $row (@$rows) {
1144            my $id = $row->[0];
1145            my $who = $row->[1];
1146            my $assignment = $row->[2];
1147            my $organism = $fig->org_of($id);
1148            my $single_domain = [];
1149            push(@$single_domain,$who);
1150            push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1151            push(@$single_domain,$organism);
1152            push(@$single_domain,$assignment);
1153            push(@$all_domains,$single_domain);
1154            $count_identical++;
1155        }
1156    
1157        if ($count_identical >0){
1158            $content = $all_domains;
1159        }
1160        else{
1161            $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1162        }
1163        return ($content);
1164    }
1165    
1166    1;
1167    
1168    #########################################
1169    #########################################
1170    package Observation::FC;
1171    1;
1172    
1173    use base qw(Observation);
1174    
1175    sub new {
1176    
1177        my ($class,$dataset) = @_;
1178        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1179        $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1180    
1181        bless($self,$class);
1182        return $self;
1183    }
1184    
1185    =head3 display_table()
1186    
1187    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1188    This code will display a table for the identical protein
1189    
1190    
1191    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1192    dence.
1193    
1194    =cut
1195    
1196    sub display_table {
1197    
1198        my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1199        my $fid = $self->fig_id;
1200        my $rows = $self->rows;
1201        my $cgi = new CGI;
1202        my $functional_data = [];
1203        my $count = 0;
1204        my $content;
1205    
1206        foreach my $row (@$rows) {
1207            my $single_domain = [];
1208            $count++;
1209    
1210            # construct the score link
1211            my $score = $row->[0];
1212            my $toid = $row->[1];
1213            my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1214            my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1215    
1216            push(@$single_domain,$sc_link);
1217            push(@$single_domain,$row->[1]);
1218            push(@$single_domain,$row->[2]);
1219            push(@$functional_data,$single_domain);
1220        }
1221    
1222        if ($count >0){
1223            $content = $functional_data;
1224        }
1225        else
1226        {
1227            $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1228        }
1229        return ($content);
1230    }
1231    
1232    
1233    #########################################
1234    #########################################
1235    package Observation::Domain;
1236    
1237    use base qw(Observation);
1238    
1239    sub new {
1240    
1241        my ($class,$dataset) = @_;
1242        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1243        $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1244        $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1245        $self->{start} = $dataset->{'start'};
1246        $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1247    
1248        bless($self,$class);
1249        return $self;
1250    }
1251    
1252    sub display {
1253        my ($thing,$gd) = @_;
1254        my $lines = [];
1255    #    my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1256    #                       'short_title' => $thing->type,
1257    #                       'basepair_offset' => '1' };
1258        my $color = "4";
1259    
1260        my $line_data = [];
1261        my $links_list = [];
1262        my $descriptions = [];
1263    
1264        my $db_and_id = $thing->acc;
1265        my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1266    
1267        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1268                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1269                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1270                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1271    
1272        my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1273        if($db eq "CDD"){
1274            my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1275            if(!scalar(@$cdd_objs)){
1276                $name_title = "name";
1277                $name_value = "not available";
1278                $description_title = "description";
1279                $description_value = "not available";
1280            }
1281            else{
1282                my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1283                $name_title = "name";
1284                $name_value = $cdd_obj->term;
1285                $description_title = "description";
1286                $description_value = $cdd_obj->description;
1287            }
1288        }
1289        elsif($db =~ /PFAM/){
1290            my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1291            my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1292            if(!scalar(@$pfam_objs)){
1293                $name_title = "name";
1294                $name_value = "not available";
1295                $description_title = "description";
1296                $description_value = "not available";
1297            }
1298            else{
1299                my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1300                $name_title = "name";
1301                $name_value = $pfam_obj->term;
1302                #$description_title = "description";
1303                #$description_value = $pfam_obj->description;
1304            }
1305        }
1306    
1307        my $short_title = $thing->acc;
1308        $short_title =~ s/::/ - /ig;
1309        my $new_short_title=$short_title;
1310        if ($short_title =~ /interpro/){
1311            ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1312        }
1313        my $line_config = { 'title' => $name_value,
1314                            'hover_title', => 'Domain',
1315                            'short_title' => $new_short_title,
1316                            'basepair_offset' => '1' };
1317    
1318        my $name;
1319        my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1320        $name = {"title" => $db,
1321                 "value" => $new_id};
1322        push(@$descriptions,$name);
1323    
1324    #    my $description;
1325    #    $description = {"title" => $description_title,
1326    #                   "value" => $description_value};
1327    #    push(@$descriptions,$description);
1328    
1329        my $score;
1330        $score = {"title" => "score",
1331                  "value" => $thing->evalue};
1332        push(@$descriptions,$score);
1333    
1334        my $location;
1335        $location = {"title" => "location",
1336                     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1337        push(@$descriptions,$location);
1338    
1339        my $link_id;
1340        if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1341            $link_id = $1;
1342        }
1343    
1344        my $link;
1345        my $link_url;
1346        if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1347        elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1348        else{$link_url = "NO_URL"}
1349    
1350        $link = {"link_title" => $thing->acc,
1351                 "link" => $link_url};
1352        push(@$links_list,$link);
1353    
1354        my $element_hash = {
1355            "title" => $name_value,
1356            "start" => $thing->start,
1357            "end" =>  $thing->stop,
1358            "color"=> $color,
1359            "zlayer" => '2',
1360            "links_list" => $links_list,
1361            "description" => $descriptions};
1362    
1363        push(@$line_data,$element_hash);
1364        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1365    
1366        return $gd;
1367    
1368    }
1369    
1370    sub display_table {
1371        my ($self,$dataset) = @_;
1372        my $cgi = new CGI;
1373        my $data = [];
1374        my $count = 0;
1375        my $content;
1376    
1377        foreach my $thing (@$dataset) {
1378            next if ($thing->type !~ /dom/);
1379            my $single_domain = [];
1380            $count++;
1381    
1382            my $db_and_id = $thing->acc;
1383            my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1384    
1385            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1386                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
1387                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
1388                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
1389    
1390            my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1391            if($db eq "CDD"){
1392                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1393                if(!scalar(@$cdd_objs)){
1394                    $name_title = "name";
1395                    $name_value = "not available";
1396                    $description_title = "description";
1397                    $description_value = "not available";
1398                }
1399                else{
1400                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1401                    $name_title = "name";
1402                    $name_value = $cdd_obj->term;
1403                    $description_title = "description";
1404                    $description_value = $cdd_obj->description;
1405                }
1406            }
1407            elsif($db =~ /PFAM/){
1408                my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1409                my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1410                if(!scalar(@$pfam_objs)){
1411                    $name_title = "name";
1412                    $name_value = "not available";
1413                    $description_title = "description";
1414                    $description_value = "not available";
1415                }
1416                else{
1417                    my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1418                    $name_title = "name";
1419                    $name_value = $pfam_obj->term;
1420                    #$description_title = "description";
1421                    #$description_value = $pfam_obj->description;
1422                }
1423            }
1424    
1425            my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1426    
1427            push(@$single_domain,$db);
1428            push(@$single_domain,$thing->acc);
1429            push(@$single_domain,$name_value);
1430            push(@$single_domain,$location);
1431            push(@$single_domain,$thing->evalue);
1432            push(@$single_domain,$description_value);
1433            push(@$data,$single_domain);
1434        }
1435    
1436        if ($count >0){
1437            $content = $data;
1438        }
1439        else
1440        {
1441            $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1442        }
1443    }
1444    
1445    
1446    #########################################
1447    #########################################
1448    package Observation::Location;
1449    
1450    use base qw(Observation);
1451    
1452    sub new {
1453    
1454        my ($class,$dataset) = @_;
1455        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1456        $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1457        $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1458        $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1459        $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1460        $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1461        $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1462        $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1463        $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1464        $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1465    
1466        bless($self,$class);
1467        return $self;
1468    }
1469    
1470    sub display_cello {
1471        my ($thing) = @_;
1472        my $html;
1473        my $cello_location = $thing->cello_location;
1474        my $cello_score = $thing->cello_score;
1475        if($cello_location){
1476            $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location  prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1477            #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1478        }
1479        return ($html);
1480    }
1481    
1482    sub display {
1483        my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1484    
1485        my $fid = $thing->fig_id;
1486        #my $fig= new FIG;
1487        my $length = length($fig->get_translation($fid));
1488    
1489        my $cleavage_prob;
1490        if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1491        my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1492        my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1493        my $cello_location = $thing->cello_location;
1494        my $cello_score = $thing->cello_score;
1495        my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1496        my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1497    
1498        my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1499        my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1500    
1501        my $lines = [];
1502    
1503        #color is
1504        my $color = "6";
1505    
1506    =head3
1507    
1508        if($cello_location){
1509            my $cello_descriptions = [];
1510            my $line_data =[];
1511    
1512            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1513                                'short_title' => 'CELLO',
1514                                'hover_title' => 'Localization',
1515                                'basepair_offset' => '1' };
1516    
1517            my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1518                                              "value" => $cello_location};
1519    
1520            push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1521    
1522            my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1523                                           "value" => $cello_score};
1524    
1525            push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1526    
1527            my $element_hash = {
1528                "title" => "CELLO",
1529                "color"=> $color,
1530                "start" => "1",
1531                "end" =>  $length + 1,
1532                "zlayer" => '1',
1533                "description" => $cello_descriptions};
1534    
1535            push(@$line_data,$element_hash);
1536            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1537        }
1538    
1539        $color = "2";
1540        if($tmpred_score){
1541            my $line_data =[];
1542            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1543                                'short_title' => 'Transmembrane',
1544                                'basepair_offset' => '1' };
1545    
1546            foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1547                my $descriptions = [];
1548                my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1549                my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1550                                 "value" => $tmpred_score};
1551    
1552                push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1553    
1554                my $element_hash = {
1555                "title" => "transmembrane location",
1556                "start" => $begin + 1,
1557                "end" =>  $end + 1,
1558                "color"=> $color,
1559                "zlayer" => '5',
1560                "type" => 'box',
1561                "description" => $descriptions};
1562    
1563                push(@$line_data,$element_hash);
1564    
1565            }
1566            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1567        }
1568    =cut
1569    
1570        if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1571            my $line_data =[];
1572            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1573                                'short_title' => 'TM and SP',
1574                                'hover_title' => 'Localization',
1575                                'basepair_offset' => '1' };
1576    
1577            foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1578                my $descriptions = [];
1579                my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1580                                 "value" => $tm_loc};
1581                push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1582    
1583                my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1584    
1585                my $element_hash = {
1586                "title" => "Phobius",
1587                "start" => $begin + 1,
1588                "end" =>  $end + 1,
1589                "color"=> '6',
1590                "zlayer" => '4',
1591                "type" => 'bigbox',
1592                "description" => $descriptions};
1593    
1594                push(@$line_data,$element_hash);
1595    
1596            }
1597    
1598            if($phobius_signal_location){
1599                my $descriptions = [];
1600                my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1601                                 "value" => $phobius_signal_location};
1602                push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1603    
1604    
1605                my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1606                my $element_hash = {
1607                "title" => "phobius signal locations",
1608                "start" => $begin + 1,
1609                "end" =>  $end + 1,
1610                "color"=> '1',
1611                "zlayer" => '5',
1612                "type" => 'box',
1613                "description" => $descriptions};
1614                push(@$line_data,$element_hash);
1615            }
1616    
1617            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1618        }
1619    
1620    =head3
1621        $color = "1";
1622        if($signal_peptide_score){
1623            my $line_data = [];
1624            my $descriptions = [];
1625    
1626            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1627                                'short_title' => 'SignalP',
1628                                'hover_title' => 'Localization',
1629                                'basepair_offset' => '1' };
1630    
1631            my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1632                                                    "value" => $signal_peptide_score};
1633    
1634            push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1635    
1636            my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1637                                             "value" => $cleavage_prob};
1638    
1639            push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1640    
1641            my $element_hash = {
1642                "title" => "SignalP",
1643                "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1644                "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1645                "type" => 'bigbox',
1646                "color"=> $color,
1647                "zlayer" => '10',
1648                "description" => $descriptions};
1649    
1650            push(@$line_data,$element_hash);
1651            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1652        }
1653    =cut
1654    
1655        return ($gd);
1656    
1657    }
1658    
1659    sub cleavage_loc {
1660      my ($self) = @_;
1661    
1662      return $self->{cleavage_loc};
1663    }
1664    
1665    sub cleavage_prob {
1666      my ($self) = @_;
1667    
1668      return $self->{cleavage_prob};
1669    }
1670    
1671    sub signal_peptide_score {
1672      my ($self) = @_;
1673    
1674      return $self->{signal_peptide_score};
1675    }
1676    
1677    sub tmpred_score {
1678      my ($self) = @_;
1679    
1680      return $self->{tmpred_score};
1681    }
1682    
1683    sub tmpred_locations {
1684      my ($self) = @_;
1685    
1686      return $self->{tmpred_locations};
1687    }
1688    
1689    sub cello_location {
1690      my ($self) = @_;
1691    
1692      return $self->{cello_location};
1693    }
1694    
1695    sub cello_score {
1696      my ($self) = @_;
1697    
1698      return $self->{cello_score};
1699    }
1700    
1701    sub phobius_signal_location {
1702      my ($self) = @_;
1703      return $self->{phobius_signal_location};
1704    }
1705    
1706    sub phobius_tm_locations {
1707      my ($self) = @_;
1708      return $self->{phobius_tm_locations};
1709    }
1710    
1711    
1712    
1713    #########################################
1714    #########################################
1715    package Observation::Sims;
1716    
1717    use base qw(Observation);
1718    
1719    sub new {
1720    
1721        my ($class,$dataset) = @_;
1722        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1723        $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1724        $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1725        $self->{query} = $dataset->{'query'};
1726        $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1727        $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1728        $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1729        $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1730        $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1731        $self->{database} = $dataset->{'database'};
1732        $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1733        $self->{function} = $dataset->{'function'};
1734        $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1735        $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1736    
1737        bless($self,$class);
1738        return $self;
1739    }
1740    
1741    =head3 display()
1742    
1743    If available use the function specified here to display a graphical observation.
1744    This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1745    
1746    =cut
1747    
1748    sub display {
1749        my ($self,$gd,$thing,$fig,$base_start,$in_subs,$cgi) = @_;
1750    
1751        # declare variables
1752        my $window_size = $gd->window_size;
1753        my $peg = $thing->acc;
1754        my $query_id = $thing->query;
1755        my $organism = $thing->organism;
1756        my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1757        if (!$organism){
1758          $organism = $peg;
1759          $abbrev_name = $peg;
1760        }
1761        my $genome = $fig->genome_of($peg);
1762        my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1763        my $function = $thing->function;
1764        my $query_start = $thing->qstart;
1765        my $query_stop = $thing->qstop;
1766        my $hit_start = $thing->hstart;
1767        my $hit_stop = $thing->hstop;
1768        my $ln_query = $thing->qlength;
1769        my $ln_hit = $thing->hlength;
1770    #    my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1771    #    my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1772        my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1773        my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1774    
1775        my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1776    
1777        # hit sequence title
1778        my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1779                            'short_title' => "$abbrev_name",
1780                            'title_link' => '$tax_link',
1781                            'basepair_offset' => '0',
1782                            'no_middle_line' => '1'
1783                            };
1784    
1785        # query sequence title
1786        my $replace_id = $peg;
1787        $replace_id =~ s/\|/_/ig;
1788        my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
1789        my $query_config = { 'title' => "Query",
1790                             'short_title' => "Query",
1791                             'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1792                             'basepair_offset' => '0',
1793                             'no_middle_line' => '1'
1794                             };
1795        my $line_data = [];
1796        my $query_data = [];
1797    
1798        my $element_hash;
1799        my $hit_links_list = [];
1800        my $hit_descriptions = [];
1801        my $query_descriptions = [];
1802    
1803        # get sequence information
1804        # evidence link
1805        my $evidence_link;
1806        if ($peg =~ /^fig\|/){
1807          $evidence_link = "?page=Evidence&feature=".$peg;
1808        }
1809        else{
1810          my $db = &Observation::get_database($peg);
1811          my ($link_id) = ($peg) =~ /\|(.*)/;
1812          $evidence_link = &HTML::alias_url($link_id, $db);
1813          #print STDERR "LINK: $db    $evidence_link";
1814        }
1815        my $link = {"link_title" => $peg,
1816                    "link" => $evidence_link};
1817        push(@$hit_links_list,$link) if ($evidence_link);
1818    
1819        # subsystem link
1820        my $subs = $in_subs->{$peg} if (defined $in_subs->{$peg});
1821        my @subsystems;
1822        foreach my $array (@$subs){
1823            my $subsystem = $$array[0];
1824            push(@subsystems,$subsystem);
1825            my $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1826                        "link_title" => $subsystem};
1827            push(@$hit_links_list,$link);
1828        }
1829    
1830        # blast alignment
1831        $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1832                 "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query_id&peg2=$peg"};
1833        push (@$hit_links_list,$link) if ($peg =~ /^fig\|/);
1834    
1835        # description data
1836        my $description_function;
1837        $description_function = {"title" => "function",
1838                                 "value" => $function};
1839        push(@$hit_descriptions,$description_function);
1840    
1841        # subsystem description
1842        my $ss_string = join (",", @subsystems);
1843        $ss_string =~ s/_/ /ig;
1844        my $description_ss = {"title" => "subsystems",
1845                              "value" => $ss_string};
1846        push(@$hit_descriptions,$description_ss);
1847    
1848        # location description
1849        # hit
1850        my $description_loc;
1851        $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1852                            "value" => $hit_start . " - " . $hit_stop};
1853        push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1854    
1855        $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1856                            "value" => $ln_hit};
1857        push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1858    
1859        # query
1860        $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1861                            "value" => $query_start . " - " . $query_stop};
1862        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1863    
1864        $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1865                            "value" => $ln_query};
1866        push(@$query_descriptions, $description_loc);
1867    
1868    
1869    
1870        # evalue score description
1871        my $evalue = $thing->evalue;
1872        while ($evalue =~ /-0/)
1873        {
1874            my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1875            $chunk2 = substr($chunk2,1);
1876            $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1877        }
1878    
1879        my $color = &color($evalue);
1880        my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1881                                "value" => $evalue};
1882        push(@$hit_descriptions, $description_eval);
1883        push(@$query_descriptions, $description_eval);
1884    
1885        my $identity = $self->identity;
1886        my $description_identity = {"title" => "Identity",
1887                                    "value" => $identity};
1888        push(@$hit_descriptions, $description_identity);
1889        push(@$query_descriptions, $description_identity);
1890    
1891    
1892        my $number = $base_start + ($query_start-$hit_start);
1893        #print STDERR "START: $number";
1894        $element_hash = {
1895            "title" => $query_id,
1896            "start" => $base_start,
1897            "end" => $base_start+$ln_query,
1898            "type"=> 'box',
1899            "color"=> $color,
1900            "zlayer" => "2",
1901            "links_list" => $query_links_list,
1902            "description" => $query_descriptions
1903            };
1904        push(@$query_data,$element_hash);
1905    
1906        $element_hash = {
1907            "title" => $query_id . ': HIT AREA',
1908            "start" => $base_start + $query_start,
1909            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1910            "type"=> 'smallbox',
1911            "color"=> $query_color,
1912            "zlayer" => "3",
1913            "links_list" => $query_links_list,
1914            "description" => $query_descriptions
1915            };
1916        push(@$query_data,$element_hash);
1917    
1918        $gd->add_line($query_data, $query_config);
1919    
1920    
1921        $element_hash = {
1922                    "title" => $peg,
1923                    "start" => $base_start + ($query_start-$hit_start),
1924                    "end" => $base_start + (($query_start-$hit_start)+$ln_hit),
1925                    "type"=> 'box',
1926                    "color"=> $color,
1927                    "zlayer" => "2",
1928                    "links_list" => $hit_links_list,
1929                    "description" => $hit_descriptions
1930                    };
1931        push(@$line_data,$element_hash);
1932    
1933        $element_hash = {
1934            "title" => $peg . ': HIT AREA',
1935            "start" => $base_start + $query_start,
1936            "end" =>  $base_start + $query_stop,
1937            "type"=> 'smallbox',
1938            "color"=> $hit_color,
1939            "zlayer" => "3",
1940            "links_list" => $hit_links_list,
1941            "description" => $hit_descriptions
1942            };
1943        push(@$line_data,$element_hash);
1944    
1945        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1946    
1947        my $breaker = [];
1948        my $breaker_hash = {};
1949        my $breaker_config = { 'no_middle_line' => "1" };
1950    
1951        push (@$breaker, $breaker_hash);
1952        $gd->add_line($breaker, $breaker_config);
1953    
1954        return ($gd);
1955    }
1956    
1957    =head3 display_domain_composition()
1958    
1959    If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1960    
1961    =cut
1962    
1963    sub display_domain_composition {
1964        my ($self,$gd,$fig) = @_;
1965    
1966        #$fig = new FIG;
1967        my $peg = $self->acc;
1968    
1969        my $line_data = [];
1970        my $links_list = [];
1971        my $descriptions = [];
1972    
1973        my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1974        #my @domain_query_results = ();
1975        foreach $dqr (@domain_query_results){
1976            my $key = @$dqr[1];
1977            my @parts = split("::",$key);
1978            my $db = $parts[0];
1979            my $id = $parts[1];
1980            my $val = @$dqr[2];
1981            my $from;
1982            my $to;
1983            my $evalue;
1984    
1985            if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1986                my $raw_evalue = $1;
1987                $from = $2;
1988                $to = $3;
1989                if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1990                    my $part2 = 1000 - $1;
1991                    my $part1 = $2/100;
1992                    $evalue = $part1."e-".$part2;
1993                }
1994                else{
1995                    $evalue = "0.0";
1996                }
1997            }
1998    
1999            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2000                                    -host     => $WebConfig::DBHOST,
2001                                    -user     => $WebConfig::DBUSER,
2002                                    -password => $WebConfig::DBPWD);
2003            my ($name_value,$description_value);
2004    
2005            if($db eq "CDD"){
2006                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
2007                if(!scalar(@$cdd_objs)){
2008                    $name_title = "name";
2009                    $name_value = "not available";
2010                    $description_title = "description";
2011                    $description_value = "not available";
2012                }
2013                else{
2014                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
2015                    $name_value = $cdd_obj->term;
2016                    $description_value = $cdd_obj->description;
2017                }
2018            }
2019    
2020            my $domain_name;
2021            $domain_name = {"title" => "name",
2022                            "value" => $name_value};
2023            push(@$descriptions,$domain_name);
2024    
2025            my $description;
2026            $description = {"title" => "description",
2027                            "value" => $description_value};
2028            push(@$descriptions,$description);
2029    
2030            my $score;
2031            $score = {"title" => "score",
2032                      "value" => $evalue};
2033            push(@$descriptions,$score);
2034    
2035            my $link_id = $id;
2036            my $link;
2037            my $link_url;
2038            if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
2039            elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
2040            else{$link_url = "NO_URL"}
2041    
2042            $link = {"link_title" => $name_value,
2043                     "link" => $link_url};
2044            push(@$links_list,$link);
2045    
2046            my $domain_element_hash = {
2047                "title" => $peg,
2048                "start" => $from,
2049                "end" =>  $to,
2050                "type"=> 'box',
2051                "zlayer" => '4',
2052                "links_list" => $links_list,
2053                "description" => $descriptions
2054                };
2055    
2056            push(@$line_data,$domain_element_hash);
2057    
2058            #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
2059            last;
2060        }
2061    
2062        my $line_config = { 'title' => $peg,
2063                            'hover_title' => 'Domain',
2064                            'short_title' => $peg,
2065                            'basepair_offset' => '1' };
2066    
2067        $gd->add_line($line_data, $line_config);
2068    
2069        return ($gd);
2070    
2071    }
2072    
2073    =head3 display_table()
2074    
2075    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2076    This code will display a table for the similarities protein
2077    
2078    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2079    
2080    =cut
2081    
2082    sub display_table {
2083        my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2084        my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2085    
2086        my $scroll_list;
2087        foreach my $col (@$show_columns){
2088            push (@$scroll_list, $col->{key});
2089        }
2090    
2091        push (@ids, $query_fid);
2092        foreach my $thing (@$dataset) {
2093            next if ($thing->class ne "SIM");
2094            push (@ids, $thing->acc);
2095        }
2096    
2097        $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2098        my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2099    
2100        # get the column for the subsystems
2101        $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash') if (grep /subsystem/, @$scroll_list);
2102    
2103        # get the column for the evidence codes
2104        $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2105    
2106        # get the column for pfam_domain
2107        $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2108    
2109        # get the column for molecular weight
2110        $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2111    
2112        # get the column for organism's habitat
2113        my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2114    
2115        # get the column for organism's temperature optimum
2116        my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2117    
2118        # get the column for organism's temperature range
2119        my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2120    
2121        # get the column for organism's oxygen requirement
2122        my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2123    
2124        # get the column for organism's pathogenicity
2125        my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2126    
2127        # get the column for organism's pathogenicity host
2128        my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2129    
2130        # get the column for organism's salinity
2131        my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2132    
2133        # get the column for organism's motility
2134        my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2135    
2136        # get the column for organism's gram stain
2137        my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2138    
2139        # get the column for organism's endospores
2140        my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2141    
2142        # get the column for organism's shape
2143        my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2144    
2145        # get the column for organism's disease
2146        my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2147    
2148        # get the column for organism's disease
2149        my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2150    
2151        # get the column for transmembrane domains
2152        my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2153    
2154        # get the column for similar to human
2155        my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2156    
2157        # get the column for signal peptide
2158        my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2159    
2160        # get the column for transmembrane domains
2161        my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2162    
2163        # get the column for conserved neighborhood
2164        my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2165    
2166        # get the column for cellular location
2167        my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2168    
2169        # get the aliases
2170        my $alias_col;
2171        if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2172             (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2173             (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2174             (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2175             (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2176            $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2177        }
2178    
2179        # get the colors for the function cell
2180        my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2181        $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2182        my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2183    
2184        my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
2185    
2186        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2187        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2188    
2189        my $func_color_offset=0;
2190        unshift(@$dataset, $query_fid);
2191        foreach my $thing ( @$dataset){
2192            my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2);
2193            if ($thing eq $query_fid){
2194                $id = $thing;
2195                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2196                $organism = $fig->genus_species($taxid);
2197                $current_function = $fig->function_of($id);
2198            }
2199            else{
2200                next if ($thing->class ne "SIM");
2201    
2202                $id      = $thing->acc;
2203                $evalue  = $thing->evalue;
2204                $taxid   = $fig->genome_of($id);
2205                $iden    = $thing->identity;
2206                $organism= $thing->organism;
2207                $ln1     = $thing->qlength;
2208                $ln2     = $thing->hlength;
2209                $b1      = $thing->qstart;
2210                $e1      = $thing->qstop;
2211                $b2      = $thing->hstart;
2212                $e2      = $thing->hstop;
2213                $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
2214                $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
2215                $color1  = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2216                $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2217                $reg1    = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2218                $reg2    = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2219                $current_function = $thing->function;
2220            }
2221    
2222            my $single_domain = [];
2223            $count++;
2224    
2225            # organisms cell
2226            my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2227            my $org_cell = { 'data' =>  $organism, 'highlight' => $org_color};
2228    
2229            # checkbox cell
2230            my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2231            my $field_name = "tables_" . $id;
2232            my $pair_name = "visual_" . $id;
2233            my $cell_name = "cell_". $id;
2234            my $replace_id = $id;
2235            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2236            my $white = '#ffffff';
2237            $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2238            $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2239            my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2240            if ($id =~ /^fig\|/){
2241              my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');">);
2242              my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" >);
2243              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2244              $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2245              $tax = $fig->genome_of($id);
2246            }
2247            else{
2248              my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2249              $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2250            }
2251    
2252            # get the linked fig id
2253            my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2254            my $fig_data =  "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;
2255            $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2256            my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2257                           'highlight'=>$white};
2258    
2259            $replace_id = $peg;
2260            $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2261            $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2262            my $query_config = { 'title' => "Query",
2263                                 'short_title' => "Query",
2264                                 'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2265                                 'basepair_offset' => '0'
2266                                 };
2267    
2268            # function cell
2269            my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2270                                        3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2271                                        6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2272    
2273            my $function_color;
2274            if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2275                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2276            }
2277            else{
2278                $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2279            }
2280            my $function_cell;
2281            if ($current_function){
2282              if ($current_function eq $query_function){
2283                $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$function_cell_colors->{0}};
2284                $func_color_offset=1;
2285              }
2286              else{
2287                  $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => $function_color};
2288              }
2289            }
2290            else{
2291              $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2292            }
2293    
2294            if ($id eq $query_fid){
2295                push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~  . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2296                      {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2297                      {'data' =>  $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white});  # permanent columns
2298            }
2299            else{
2300                push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2301                      {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell);  # permanent columns
2302            }
2303    
2304            if ( ( $application->session->user) ){
2305                if ( ($application->session->user->login) && ($application->session->user->login eq "arodri")){
2306                    push (@$single_domain,$radio_cell);
2307                }
2308            }
2309    
2310            my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2311    
2312            foreach my $col (@$scroll_list){
2313                if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2314                else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2315    
2316                if ($col =~ /subsystem/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2317                elsif ($col =~ /evidence/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2318                elsif ($col =~ /pfam/)                       {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2319                elsif ($col =~ /mw/)                         {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2320                elsif ($col =~ /habitat/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2321                elsif ($col =~ /temperature/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2322                elsif ($col =~ /temp_range/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2323                elsif ($col =~ /oxygen/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2324                elsif ($col =~ /^pathogenic$/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2325                elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/)            {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2326                elsif ($col =~ /salinity/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2327                elsif ($col =~ /motility/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2328                elsif ($col =~ /gram_stain/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2329                elsif ($col =~ /endospores/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2330                elsif ($col =~ /shape/)                      {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2331                elsif ($col =~ /disease/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2332                elsif ($col =~ /gc_content/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2333                elsif ($col =~ /transmembrane/)              {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2334                elsif ($col =~ /signal_peptide/)             {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2335                elsif ($col =~ /isoelectric/)                {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2336                elsif ($col =~ /conserved_neighborhood/)     {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2337                elsif ($col =~ /cellular_location/)          {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2338                elsif ($col =~ /ncbi_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2339                elsif ($col =~ /refseq_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2340                elsif ($col =~ /swissprot_id/)               {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2341                elsif ($col =~ /uniprot_id/)                 {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2342                elsif ($col =~ /tigr_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2343                elsif ($col =~ /pir_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2344                elsif ($col =~ /kegg_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2345                elsif ($col =~ /trembl_id/)                  {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2346                elsif ($col =~ /asap_id/)                    {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2347                elsif ($col =~ /jgi_id/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2348                elsif ($col =~ /lineage/)                   {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2349                elsif ($col =~ /figfam/)                     {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2350            }
2351            push(@$data,$single_domain);
2352        }
2353        if ($count >0 ){
2354            $content = $data;
2355        }
2356        else{
2357            $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2358        }
2359        shift(@$dataset);
2360        return ($content);
2361    }
2362    
2363    sub get_box_column{
2364        my ($ids) = @_;
2365        my %column;
2366        foreach my $id (@$ids){
2367            my $field_name = "tables_" . $id;
2368            my $pair_name = "visual_" . $id;
2369            my $cell_name = "cell_" . $id;
2370            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name', '$cell_name');">);
2371        }
2372        return (%column);
2373    }
2374    
2375    sub get_figfam_column{
2376        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2377        my $column;
2378    
2379        my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2380        my $figfams = new FFs($figfam_data);
2381    
2382        foreach my $id (@$ids){
2383            my ($ff) =  $figfams->families_containing_peg($id);
2384            if ($ff){
2385                push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2386            }
2387            else{
2388                push (@$column, " ");
2389            }
2390        }
2391    
2392        return $column;
2393    }
2394    
2395    sub get_subsystems_column{
2396        my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2397    
2398        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2399        my ($column, $ss);
2400        foreach my $id (@$ids){
2401            my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2402            my @subsystems;
2403    
2404            if (@in_sub > 0) {
2405                foreach my $array(@in_sub){
2406                    my $ss = $array->[0];
2407                    $ss =~ s/_/ /ig;
2408                    push (@subsystems, "-" . $ss);
2409                }
2410                my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2411                $ss->{$id} = $in_sub_line;
2412            } else {
2413                $ss->{$id} = "None added";
2414            }
2415            push (@$column, $ss->{$id});
2416        }
2417    
2418        if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2419        elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2420    }
2421    
2422    sub get_lineage_column{
2423        my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2424    
2425        my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2426    
2427        foreach my $id (@$ids){
2428            my $genome = $fig->genome_of($id);
2429            if ($lineages->{$genome}){
2430    #           push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2431                push (@$column, $lineages->{$genome});
2432            }
2433            else{
2434                push (@$column, " ");
2435            }
2436        }
2437        return $column;
2438    }
2439    
2440    sub match_color {
2441        my ( $b, $e, $n , $rgb) = @_;
2442        my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
2443        my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
2444        my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
2445        my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
2446        my $br  = 1;
2447        if ($rgb){
2448            return html2rgb( rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) ) );
2449        }
2450        else{
2451            rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
2452        }
2453    }
2454    
2455    sub hsb2rgb {
2456        my ( $h, $s, $br ) = @_;
2457        $h = 6 * ($h - floor($h));
2458        if ( $s  > 1 ) { $s  = 1 } elsif ( $s  < 0 ) { $s  = 0 }
2459        if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
2460        my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1,      $h,     0      )
2461                                          : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1,      0      )
2462                                          :               ( 0,      1,      $h - 2 )
2463                                          )
2464                                        : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0,      4 - $h, 1      )
2465                                          : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0,      1      )
2466                                          :               ( 1,      0,      6 - $h )
2467                                          );
2468        ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
2469          ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
2470          ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
2471        )
2472    }
2473    
2474    sub html2rgb {
2475        my ($hex) = @_;
2476        my ($r,$g,$b) = ($hex) =~ /^\#(\w\w)(\w\w)(\w\w)/;
2477        my $code = { 'A'=>10, 'B'=>11, 'C'=>12, 'D'=>13, 'E'=>14, 'F'=>15,
2478                     1=>1, 2=>2, 3=>3, 4=>4, 5=>5, 6=>6, 7=>7, 8=>8, 9=>9};
2479    
2480        my @R = split(//, $r);
2481        my @G = split(//, $g);
2482        my @B = split(//, $b);
2483    
2484        my $red = ($code->{uc($R[0])}*16)+$code->{uc($R[1])};
2485        my $green = ($code->{uc($G[0])}*16)+$code->{uc($G[1])};
2486        my $blue = ($code->{uc($B[0])}*16)+$code->{uc($B[1])};
2487    
2488        my $rgb = [$red, $green, $blue];
2489        return $rgb;
2490    
2491    }
2492    
2493    sub rgb2html {
2494        my ( $r, $g, $b ) = @_;
2495        if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
2496        if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
2497        if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
2498        sprintf("#%02x%02x%02x", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
2499    }
2500    
2501    sub floor {
2502        my $x = $_[0];
2503        defined( $x ) || return undef;
2504        ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
2505    }
2506    
2507    sub get_function_color_cell{
2508      my ($functions, $fig) = @_;
2509    
2510      # figure out the quantity of each function
2511      my %hash;
2512      foreach my $key (keys %$functions){
2513        my $func = $functions->{$key};
2514        $hash{$func}++;
2515      }
2516    
2517      my %func_colors;
2518      my $count = 1;
2519      foreach my $key (sort {$hash{$b}<=>$hash{$a}} keys %hash){
2520        $func_colors{$key}=$count;
2521        $count++;
2522      }
2523    
2524      return \%func_colors;
2525    }
2526    
2527    sub get_essentially_identical{
2528        my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2529        #my $fig = new FIG;
2530    
2531        my %id_list;
2532        #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2533    
2534        foreach my $thing (@$dataset){
2535            if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2536                my $rows = $thing->rows;
2537                my $count_identical = 0;
2538                foreach my $row (@$rows) {
2539                    my $id = $row->[0];
2540                    if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2541                        $id_list{$id} = 1;
2542                    }
2543                }
2544            }
2545        }
2546    
2547    #    foreach my $id (@maps_to) {
2548    #        if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2549    #           $id_list{$id} = 1;
2550    #        }
2551    #    }
2552        return(%id_list);
2553    }
2554    
2555    
2556    sub get_evidence_column{
2557        my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2558        my ($column, $code_attributes);
2559    
2560        if (! defined $attributes) {
2561            my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2562            $attributes = \@attributes_array;
2563        }
2564    
2565        my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2566        foreach my $key (@codes){
2567            push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2568        }
2569    
2570        foreach my $id (@$ids){
2571            # add evidence code with tool tip
2572            my $ev_codes=" &nbsp; ";
2573    
2574            my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2575            my @ev_codes = ();
2576            foreach my $code (@codes) {
2577                my $pretty_code = $code->[2];
2578                if ($pretty_code =~ /;/) {
2579                    my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2580                    $ss =~ s/_/ /g;
2581                    $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2582                }
2583                push(@ev_codes, $pretty_code);
2584            }
2585    
2586            if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2587                my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2588                $ev_codes = $cgi->a(
2589                                    {
2590                                        id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2591            }
2592    
2593            if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2594            elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2595        }
2596        return $column;
2597    }
2598    
2599    sub get_attrb_column{
2600        my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2601    
2602        my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
2603        my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2604                                     -host     => $WebConfig::DBHOST,
2605                                     -user     => $WebConfig::DBUSER,
2606                                     -password => $WebConfig::DBPWD);
2607    
2608        if ($colName eq "pfam"){
2609            if (! defined $attributes) {
2610                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2611                $attributes = \@attributes_array;
2612            }
2613    
2614            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2615            foreach my $key (@codes){
2616                my $name = $key->[1];
2617                if ($name =~ /_/){
2618                    ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2619                }
2620                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2621                push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2622            }
2623    
2624            foreach my $id (@$ids){
2625                # add pfam code
2626                my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2627                my @pfam_codes = "";
2628                my %description_codes;
2629    
2630                if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2631                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2632                    @pfam_codes = ();
2633    
2634                    # get only unique values
2635                    my %saw;
2636                    foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2637                    @ncodes = keys %saw;
2638    
2639                    foreach my $code (@ncodes) {
2640                        my @parts = split("::",$code);
2641                        my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2642    
2643                        # get the locations for the domain
2644                        my @locs;
2645                        foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2646                            my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2647                            push (@locs,$loc);
2648                        }
2649                        my %locsaw;
2650                        foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2651                        @locs = keys %locsaw;
2652    
2653                        my $locations = join (", ", @locs);
2654    
2655                        if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2656                            push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2657                        }
2658                        else {
2659                            my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2660                            $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2661                            push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2662                        }
2663                    }
2664    
2665                    if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2666                    elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2667                }
2668            }
2669        }
2670        elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2671            if (! defined $attributes) {
2672                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2673                $attributes = \@attributes_array;
2674            }
2675    
2676            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2677            foreach my $key (@codes){
2678                my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2679                my ($new_loc, @all);
2680                @all = split (//, $loc);
2681                my $count = 0;
2682                foreach my $i (@all){
2683                    if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2684                        $new_loc .= " " . $i;
2685                    }
2686                    else{
2687                        $new_loc .= $i;
2688                    }
2689                    $count++;
2690                }
2691                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2692            }
2693    
2694            foreach my $id (@$ids){
2695                my (@values, $entry);
2696                #@values = (" ");
2697                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2698                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2699                    foreach my $code (@ncodes){
2700                        push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2701                    }
2702                }
2703                else{
2704                    @values = ("Not available");
2705                }
2706    
2707                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2708                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2709            }
2710        }
2711        elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2712                ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2713            if (! defined $attributes) {
2714                my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2715                $attributes = \@attributes_array;
2716            }
2717    
2718            my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2719            foreach my $key (@codes){
2720                push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2721            }
2722    
2723            foreach my $id (@$ids){
2724                my (@values, $entry);
2725                #@values = (" ");
2726                if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2727                    my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2728                    foreach my $code (@ncodes){
2729                        push (@values, $code);
2730                    }
2731                }
2732                else{
2733                    @values = ("Not available");
2734                }
2735    
2736                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2737                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2738            }
2739        }
2740        elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2741                ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2742                ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2743                ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2744                ($colName eq 'gc_content') ) {
2745            if (! defined $attributes) {
2746                my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2747                $attributes = \@attributes_array;
2748            }
2749    
2750            my $genomes_with_phenotype;
2751            foreach my $attribute (@$attributes){
2752                my $genome = $attribute->[0];
2753                $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2754            }
2755    
2756            foreach my $id (@$ids){
2757                my $genome = $fig->genome_of($id);
2758                my @values = (' ');
2759                if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2760                    push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2761                }
2762                if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2763                elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2764            }
2765        }
2766    
2767        return $column;
2768    }
2769    
2770    
2771    sub get_db_aliases {
2772        my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2773    
2774        my $db_array;
2775        my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2776        foreach my $id (@$ids){
2777            foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2778                my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2779                next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
2780                next if ($aliases->{$id}->{$db});
2781                $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2782            }
2783            if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
2784                $aliases->{$id}->{$db} = " ";
2785            }
2786            #push (@$db_array, {'data'=>  $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
2787            push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
2788        }
2789    
2790        if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
2791        elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
2792    }
2793    
2794    
2795    
2796    sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2797    
2798    sub color {
2799        my ($evalue) = @_;
2800        my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
2801        my $color;
2802        if ($evalue <= 1e-170){        $color = $palette->[0];    }
2803        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){        $color = $palette->[1];    }
2804        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){        $color = $palette->[2];    }
2805        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){        $color = $palette->[3];    }
2806        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){        $color = $palette->[4];    }
2807        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){        $color = $palette->[5];    }
2808        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){        $color = $palette->[6];    }
2809        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){        $color = $palette->[7];    }
2810        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){        $color = $palette->[8];    }
2811        else{        $color = $palette->[9];    }
2812        return ($color);
2813    }
2814    
2815    
2816    ############################
2817    package Observation::Cluster;
2818    
2819    use base qw(Observation);
2820    
2821    sub new {
2822    
2823        my ($class,$dataset) = @_;
2824        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2825        $self->{context} = $dataset->{'context'};
2826        bless($self,$class);
2827        return $self;
2828    }
2829    
2830    sub display {
2831        my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2832    
2833        $taxes = $fig->taxonomy_list();
2834    
2835        my $fid = $self->fig_id;
2836        my $compare_or_coupling = $self->context;
2837        my $gd_window_size = $gd->window_size;
2838        my $range = $gd_window_size;
2839        my $all_regions = [];
2840        my $gene_associations={};
2841    
2842        #get the organism genome
2843        my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2844        $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2845        $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2846        $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2847    
2848        # get location of the gene
2849        my $data = $fig->feature_location($fid);
2850        my ($contig, $beg, $end);
2851        my %reverse_flag;
2852    
2853        if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2854            $contig = $1;
2855            $beg = $2;
2856            $end = $3;
2857        }
2858    
2859        my $offset;
2860        my ($region_start, $region_end);
2861        if ($beg < $end)
2862        {
2863            $region_start = $beg - ($range);
2864            $region_end = $end+ ($range);
2865            $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2866        }
2867        else
2868        {
2869            $region_start = $end-($range);
2870            $region_end = $beg+($range);
2871            $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2872            $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2873            $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2874        }
2875    
2876        # call genes in region
2877        my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2878        #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2879        #   push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2880        #}
2881        push(@$all_regions,$target_gene_features);
2882        my (@start_array_region);
2883        push (@start_array_region, $offset);
2884    
2885        my %all_genes;
2886        my %all_genomes;
2887        foreach my $feature (@$target_gene_features){
2888            #if ($feature =~ /peg/){
2889                $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2890            #}
2891        }
2892    
2893        my @selected_sims;
2894    
2895        if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2896            # get the selected boxes
2897            my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2898    
2899            # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2900            if (@selected_taxonomy > 0){
2901                foreach my $sim (@$sims_array){
2902                    next if ($sim->class ne "SIM");
2903                    next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2904    
2905                    #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2906                    my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2907                    #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2908                    my $lineage = $taxes->{$genome};
2909                    #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2910                    foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2911                        if ($lineage =~ /$taxon/){
2912                            #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2913                            push (@selected_sims, $sim->acc);
2914                        }
2915                    }
2916                }
2917            }
2918            else{
2919                my $simcount = 0;
2920                foreach my $sim (@$sims_array){
2921                    next if ($sim->class ne "SIM");
2922                    next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2923    
2924                    push (@selected_sims, $sim->acc);
2925                    $simcount++;
2926                    last if ($simcount > 4);
2927                }
2928            }
2929    
2930            my %saw;
2931            @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2932    
2933            # get the gene context for the sorted matches
2934            foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2935                #get the organism genome
2936                my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2937                $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2938                $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2939                $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2940    
2941                # get location of the gene
2942                my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2943                my ($contig, $beg, $end);
2944    
2945                if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2946                    $contig = $1;
2947                    $beg = $2;
2948                    $end = $3;
2949                }
2950    
2951                my $offset;
2952                my ($region_start, $region_end);
2953                if ($beg < $end)
2954                {
2955                    $region_start = $beg - ($range/2);
2956                    $region_end = $end+($range/2);
2957                    $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
2958                }
2959                else
2960                {
2961                    $region_start = $end-($range/2);
2962                    $region_end = $beg+($range/2);
2963                    $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2964                    $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2965                    $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2966                }
2967    
2968                # call genes in region
2969                my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2970                push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2971                push (@start_array_region, $offset);
2972                foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2973                $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2974            }
2975    
2976        }
2977    
2978        #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2979        # cluster the genes
2980        my @all_pegs = keys %all_genes;
2981        my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2982        #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2983        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
2984    
2985        foreach my $region (@$all_regions){
2986            my $sample_peg = @$region[0];
2987            my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2988            my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2989            my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2990            #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2991            my $lineage = $taxes->{$region_genome};
2992            #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2993            #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2994            my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2995                                'short_title' => $abbrev_name,
2996                                'basepair_offset' => '0'
2997                                };
2998    
2999            my $offsetting = shift @start_array_region;
3000    
3001            my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
3002                                       'short_title' => "",
3003                                       'basepair_offset' => '0',
3004                                       'no_middle_line' => '1'
3005                                       };
3006    
3007            my $line_data = [];
3008            my $second_line_data = [];
3009    
3010            # initialize variables to check for overlap in genes
3011            my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
3012            my $major_line_flag = 0;
3013            my $prev_second_flag = 0;
3014    
3015            foreach my $fid1 (@$region){
3016                $second_line_flag = 0;
3017                my $element_hash;
3018                my $links_list = [];
3019                my $descriptions = [];
3020    
3021                my $color = $color_sets->{$fid1};
3022    
3023                # get subsystem information
3024                my $function = $fig->function_of($fid1);
3025                my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
3026    
3027                my $link;
3028                $link = {"link_title" => $fid1,
3029                         "link" => $url_link};
3030                push(@$links_list,$link);
3031    
3032                my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
3033                my @subsystems;
3034                foreach my $array (@subs){
3035                    my $subsystem = $$array[0];
3036                    my $ss = $subsystem;
3037                    $ss =~ s/_/ /ig;
3038                    push (@subsystems, $ss);
3039                    my $link;
3040                    $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
3041                             "link_title" => $ss};
3042                    push(@$links_list,$link);
3043                }
3044    
3045                if ($fid1 eq $fid){
3046                    my $link;
3047                    $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
3048                             "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
3049                    push (@$links_list,$link);
3050                }
3051    
3052                my $description_function;
3053                $description_function = {"title" => "function",
3054                                         "value" => $function};
3055                push(@$descriptions,$description_function);
3056    
3057                my $description_ss;
3058                my $ss_string = join (", ", @subsystems);
3059                $description_ss = {"title" => "subsystems",
3060                                   "value" => $ss_string};
3061                push(@$descriptions,$description_ss);
3062    
3063    
3064                my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
3065                if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
3066                    my($start,$stop);
3067                    $start = $2 - $offsetting;
3068                    $stop = $3 - $offsetting;
3069    
3070                    if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
3071                         ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
3072                           ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
3073                        if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
3074                            $second_line_flag = 1;
3075                            $major_line_flag = 1;
3076                        }
3077                    }
3078                    $prev_start = $start;
3079                    $prev_stop = $stop;
3080                    $prev_fig = $fid1;
3081    
3082                    if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_gnes{$fid1})){
3083                        $start = $gd_window_size - $start;
3084                        $stop = $gd_window_size - $stop;
3085                    }
3086    
3087                    my $title = $fid1;
3088                    if ($fid1 eq $fid){
3089                        $title = "My query gene: $fid1";
3090                    }
3091    
3092                    $element_hash = {
3093                        "title" => $title,
3094                        "start" => $start,
3095                        "end" =>  $stop,
3096                        "type"=> 'arrow',
3097                        "color"=> $color,
3098                        "zlayer" => "2",
3099                        "links_list" => $links_list,
3100                        "description" => $descriptions
3101                    };
3102    
3103                    # if there is an overlap, put into second line
3104                    if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3105                    else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3106    
3107                    if ($fid1 eq $fid){
3108                        $element_hash = {
3109                            "title" => 'Query',
3110                            "start" => $start,
3111                            "end" =>  $stop,
3112                            "type"=> 'bigbox',
3113                            "color"=> $color,
3114                            "zlayer" => "1"
3115                            };
3116    
3117                        # if there is an overlap, put into second line
3118                        if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3119                        else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3120                    }
3121                }
3122            }
3123            $gd->add_line($line_data, $line_config);
3124            $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
3125        }
3126        return ($gd, \@selected_sims);
3127    }
3128    
3129    sub cluster_genes {
3130        my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
3131        my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
3132    
3133        my @color_sets = ();
3134    
3135        $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
3136    
3137        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3138            if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
3139            if (! $seen{$i}) {
3140                $cluster = [$i];
3141                $seen{$i} = 1;
3142                for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
3143                    $x = $conn->{$cluster->[$j]};
3144                    foreach $k (@$x) {
3145                        if (! $seen{$k}) {
3146                            push(@$cluster,$k);
3147                            $seen{$k} = 1;
3148                        }
3149                    }
3150                }
3151    
3152                if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
3153                    push(@color_sets,$cluster);
3154                }
3155            }
3156        }
3157        for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
3158        $red_set = $color_sets[$i];
3159        splice(@color_sets,$i,1);
3160        @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
3161        unshift(@color_sets,$red_set);
3162    
3163        my $color_sets = {};
3164        for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
3165            foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
3166                $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
3167            }
3168        }
3169        return $color_sets;
3170    }
3171    
3172    sub get_connections_by_similarity {
3173        my($fig,$all_pegs) = @_;
3174        my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
3175        my($sim,%conn,$x,$y);
3176    
3177        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3178            $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
3179            push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
3180            if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
3181                push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
3182            }
3183        }
3184    
3185        foreach $y (keys(%pos_of)) {
3186            $x = $pos_of{$y};
3187            for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
3188                for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
3189                    push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
3190                    push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
3191                }
3192            }
3193        }
3194    
3195        for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3196            foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
3197                if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
3198                    foreach $y (@$x) {
3199                        push(@{$conn{$i}},$y);
3200                    }
3201                }
3202            }
3203        }
3204        return \%conn;
3205    }
3206    
3207    sub in {
3208        my($x,$xL) = @_;
3209        my($i);
3210    
3211        for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
3212        return ($i < @$xL);
3213    }
3214    
3215    #############################################
3216    #############################################
3217    package Observation::Commentary;
3218    
3219    use base qw(Observation);
3220    
3221    =head3 display_protein_commentary()
3222    
3223    =cut
3224    
3225    sub display_protein_commentary {
3226        my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
3227    
3228        my $all_rows = [];
3229        my $content;
3230        #my $fig = new FIG;
3231        my $cgi = new CGI;
3232        my $count = 0;
3233        my $peg_array = [];
3234        my ($evidence_column, $subsystems_column,  %e_identical);
3235    
3236        if (@$dataset != 1){
3237            foreach my $thing (@$dataset){
3238                if ($thing->class eq "SIM"){
3239                    push (@$peg_array, $thing->acc);
3240                }
3241            }
3242            # get the column for the evidence codes
3243            $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3244    
3245            # get the column for the subsystems
3246            $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3247    
3248            # get essentially identical seqs
3249            %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
3250        }
3251        else{
3252            push (@$peg_array, @$dataset);
3253        }
3254    
3255        my $selected_sims = [];
3256        foreach my $id (@$peg_array){
3257            last if ($count > 10);
3258            my $row_data = [];
3259            my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3260            $org = $fig->org_of($id);
3261            $function = $fig->function_of($id);
3262            if ($mypeg ne $id){
3263                $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
3264                $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3265                if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
3266            }
3267            else{
3268                $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
3269                $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
3270                $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3271            }
3272    
3273            push(@$row_data,$id_cell);
3274            push(@$row_data,$org);
3275            push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3276            push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3277            push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3278            push(@$row_data,$function_cell);
3279            push(@$all_rows,$row_data);
3280            push (@$selected_sims, $id);
3281            $count++;
3282        }
3283    
3284        if ($count >0){
3285            $content = $all_rows;
3286        }
3287        else{
3288            $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
3289        }
3290        return ($content,$selected_sims);
3291    }
3292    
3293    sub display_protein_history {
3294        my ($self, $id,$fig) = @_;
3295        my $all_rows = [];
3296        my $content;
3297    
3298        my $cgi = new CGI;
3299        my $count = 0;
3300        foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
3301            my $row = [];
3302            my $col1 = $feat->[2];
3303            my $col2 = $feat->[1];
3304            #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
3305            my $text = $feat->[3];
3306    
3307            push (@$row, $col1);
3308            push (@$row, $col2);
3309            push (@$row, $text);
3310            push (@$all_rows, $row);
3311            $count++;
3312        }
3313        if ($count > 0){
3314            $content = $all_rows;
3315        }
3316        else {
3317            $content = "There is no history for this PEG";
3318        }
3319    
3320        return($content);
3321    }
3322    

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.61

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3