[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.17, Tue Jun 26 02:19:46 2007 UTC revision 1.18, Tue Jun 26 19:52:09 2007 UTC
# Line 1602  Line 1602 
1602    
1603      my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);      my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);
1604    
     my $count_coup = @coup;  
1605      my $coup_count = 0;      my $coup_count = 0;
1606    
1607      foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {      foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
# Line 1670  Line 1669 
1669      my $counter =  1;      my $counter =  1;
1670      foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){      foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){
1671          my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];          my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];
1672            my $flag_set = 0;
1673            if (scalar (@$good_set) > 1)
1674            {
1675          foreach my $peg (@$good_set){          foreach my $peg (@$good_set){
1676              if(!$peg_rank{$peg}){                  if ((!$peg_rank{$peg})){
1677                  $peg_rank{$peg} = $counter;                  $peg_rank{$peg} = $counter;
1678                        $flag_set = 1;
1679                    }
1680                }
1681                $counter++ if ($flag_set == 1);
1682            }
1683            else
1684            {
1685                foreach my $peg (@$good_set){
1686                    $peg_rank{$peg} = 100;
1687              }              }
1688          }          }
         $counter++;  
1689      }      }
1690    
1691      open (FH, ">$FIG_Config::temp/good_sets.txt");      open (FH, ">$FIG_Config::temp/good_sets.txt");
1692      foreach my $pr (keys(%peg_rank)){ print FH "pr:$pr rank:$peg_rank{$pr}\n";}      foreach my $pr (sort {$peg_rank{$a} <=> $peg_rank{$b}} keys(%peg_rank)){ print FH "rank:$peg_rank{$pr}\tpr:$pr\n";}
1693      close (FH);      close (FH);
1694    
1695      foreach my $region (@$all_regions){      foreach my $region (@$all_regions){
1696          my $sample_peg = @$region[0];          my $sample_peg = @$region[0];
1697          my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);          my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
1698          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);          my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
1699            my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
1700          my $line_config = { 'title' => $region_gs,          my $line_config = { 'title' => $region_gs,
1701                              'short_title' => $region_gs,                              'short_title' => $abbrev_name,
1702                              'basepair_offset' => '0'                              'basepair_offset' => '0'
1703                              };                              };
1704    
# Line 1704  Line 1715 
1715                  print STDERR "PEG: $fid1, RANK: $color";                  print STDERR "PEG: $fid1, RANK: $color";
1716              }              }
1717    
1718                # get subsystem information
1719                my $function = $fig->function_of($fid1);
1720                my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;
1721    
1722                my $link;
1723                $link = {"link_title" => $fid1,
1724                         "link" => $url_link};
1725                push(@$links_list,$link);
1726    
1727                my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);
1728                foreach my $subsystem (@subsystems){
1729                    my $link;
1730                    $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1731                             "link_title" => $subsystem};
1732                    push(@$links_list,$link);
1733                }
1734    
1735                my $description_function;
1736                $description_function = {"title" => "function",
1737                                         "value" => $function};
1738                push(@$descriptions,$description_function);
1739    
1740                my $description_ss;
1741                my $ss_string = join (",", @subsystems);
1742                $description_ss = {"title" => "subsystems",
1743                                   "value" => $ss_string};
1744                push(@$descriptions,$description_ss);
1745    
1746    
1747              my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);              my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
1748              if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){              if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1749                  my($start,$stop);                  my($start,$stop);
# Line 1717  Line 1757 
1757                      "end" =>  $stop,                      "end" =>  $stop,
1758                      "type"=> 'arrow',                      "type"=> 'arrow',
1759                      "color"=> $color,                      "color"=> $color,
1760                      "zlayer" => "2"                      "zlayer" => "2",
1761                        "links_list" => $links_list,
1762                        "description" => $descriptions
1763                  };                  };
1764                  push(@$line_data,$element_hash);                  push(@$line_data,$element_hash);
1765              }              }

Legend:
Removed from v.1.17  
changed lines
  Added in v.1.18

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3