[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.16, Mon Jun 25 22:21:40 2007 UTC revision 1.17, Tue Jun 26 02:19:46 2007 UTC
# Line 1598  Line 1598 
1598    
1599      my %all_genes;      my %all_genes;
1600      my %all_genomes;      my %all_genomes;
1601      foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = 1}      foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = 1;}
   
     my ($to);  
     my @tmp = $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);  
 #    foreach my $member (@tmp)  
 #    {  
 #       my $tmp1 = $member->[2];  
 #       my ($peg1, $peg2) = @$tmp1;  
 #       print STDERR "@{$peg1}[0], @{$peg1}[1]";  
 #    }  
1602    
1603      my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);      my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);
1604    
# Line 1644  Line 1635 
1635              foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = 1;}              foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = 1;}
1636          }          }
1637          $coup_count++;          $coup_count++;
   
1638      }      }
1639    
1640      my $bbh_sets = [];      my $bbh_sets = [];
# Line 1656  Line 1646 
1646          my $gene_key_genome = $fig->genome_of($gene_key);          my $gene_key_genome = $fig->genome_of($gene_key);
1647    
1648          foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){          foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){
1649              next if ($gene_key_genome eq $genome_key);              #next if ($gene_key_genome eq $genome_key);
1650              my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);              my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);
1651    
1652              my $feature_list = $return->{$gene_key};              my $feature_list = $return->{$gene_key};
1653              foreach my $fl (@$feature_list){              foreach my $fl (@$feature_list){
                 #next if ($already{$fl});  
1654                  push(@$gene_set,$fl);                  push(@$gene_set,$fl);
                 $already{$fl} = 1;  
1655              }              }
1656          }          }
1657          $already{$gene_key} = 1;          $already{$gene_key} = 1;
# Line 1680  Line 1668 
1668    
1669      my %peg_rank;      my %peg_rank;
1670      my $counter =  1;      my $counter =  1;
     open (FH, ">$FIG_Config::temp/good_sets.txt");  
1671      foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){      foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){
1672          my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];          my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];
1673          foreach my $peg (@$good_set){          foreach my $peg (@$good_set){
1674                if(!$peg_rank{$peg}){
1675              $peg_rank{$peg} = $counter;              $peg_rank{$peg} = $counter;
1676              print STDERR "$FIG_Config::temp";              }
             print FH "COLOR: $counter\tPEG: $peg\n";  
1677          }          }
1678          $counter++;          $counter++;
1679      }      }
     close (FH);  
1680    
1681        open (FH, ">$FIG_Config::temp/good_sets.txt");
1682        foreach my $pr (keys(%peg_rank)){ print FH "pr:$pr rank:$peg_rank{$pr}\n";}
1683        close (FH);
1684    
1685      foreach my $region (@$all_regions){      foreach my $region (@$all_regions){
1686          my $sample_peg = @$region[0];          my $sample_peg = @$region[0];
# Line 1704  Line 1693 
1693    
1694          my $offset = shift @start_array_region;          my $offset = shift @start_array_region;
1695    
   
1696          my $line_data = [];          my $line_data = [];
1697          foreach my $fid1 (@$region){          foreach my $fid1 (@$region){
1698              my $element_hash;              my $element_hash;
# Line 1714  Line 1702 
1702              my $color = $peg_rank{$fid1};              my $color = $peg_rank{$fid1};
1703              if ($color == 1) {              if ($color == 1) {
1704                  print STDERR "PEG: $fid1, RANK: $color";                  print STDERR "PEG: $fid1, RANK: $color";
   
1705              }              }
1706    
   
1707              my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);              my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
1708              if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){              if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1709                  my($start,$stop);                  my($start,$stop);
# Line 1734  Line 1720 
1720                      "zlayer" => "2"                      "zlayer" => "2"
1721                  };                  };
1722                  push(@$line_data,$element_hash);                  push(@$line_data,$element_hash);
   
1723              }              }
1724          }          }
1725          $gd->add_line($line_data, $line_config);          $gd->add_line($line_data, $line_config);

Legend:
Removed from v.1.16  
changed lines
  Added in v.1.17

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3