[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.11, Thu Jun 21 21:15:23 2007 UTC revision 1.29, Thu Aug 16 16:49:16 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
1  package Observation;  package Observation;
2    
3    use lib '/vol/ontologies';
4    use DBMaster;
5    
6  require Exporter;  require Exporter;
7  @EXPORT_OK = qw(get_objects);  @EXPORT_OK = qw(get_objects);
8    
9    use FIG_Config;
10  use strict;  use strict;
11  use warnings;  #use warnings;
12  use HTML;  use HTML;
13    
14  1;  1;
# Line 22  Line 26 
26    
27  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).  The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
28    
 Example:  
   
   
 use FIG;  
 use Observation;  
   
 my $fig = new FIG;  
 my $fid = "fig|83333.1.peg.3";  
   
 my $observations = Observation::get_objects($fid);  
 foreach my $observation (@$observations) {  
     print "ID: " . $fid . "\n";  
     print "Start: " . $observation->start() . "\n";  
     ...  
 }  
   
 B<return an array of objects>  
   
   
 print "$Observation->acc\n" prints the Accession number if present for the Observation  
   
29  =cut  =cut
30    
31  =head1 BACKGROUND  =head1 BACKGROUND
# Line 66  Line 49 
49    
50  The public methods this package provides are listed below:  The public methods this package provides are listed below:
51    
 =head3 acc()  
52    
53  A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.  =head3 context()
54    
55    Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
56    
57  =cut  =cut
58    
59  sub acc {  sub context {
60    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
61    
62    return $self->{acc};    return $self->{context};
63  }  }
64    
65  =head3 description()  =head3 rows()
66    
67  The description of the hit. Taken from the data or from the our Ontology database for some cases e.g. IPR or PFAM.  each row in a displayed table
   
 B<Please note:>  
 Either remoteid or description is required.  
68    
69  =cut  =cut
70    
71  sub description {  sub rows {
72    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
73    
74    return $self->{description};    return $self->{rows};
75    }
76    
77    =head3 acc()
78    
79    A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
80    
81    =cut
82    
83    sub acc {
84      my ($self) = @_;
85      return $self->{acc};
86  }  }
87    
88  =head3 class()  =head3 class()
# Line 118  Line 110 
110    
111  =item PFAM (dom)  =item PFAM (dom)
112    
113  =item SIGNALP (dom)  =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
114    
115  =item  CELLO(loc)  =item PDB (seq)
116    
117  =item TMHMM (loc)  =item TMHMM (loc)
118    
# Line 159  Line 151 
151  sub type {  sub type {
152    my ($self) = @_;    my ($self) = @_;
153    
154    return $self->{acc};    return $self->{type};
155  }  }
156    
157  =head3 start()  =head3 start()
# Line 258  Line 250 
250      return $self->{hlength};      return $self->{hlength};
251  }  }
252    
   
   
253  =head3 evalue()  =head3 evalue()
254    
255  E-value or P-Value if present.  E-value or P-Value if present.
# Line 276  Line 266 
266    
267  Score if present.  Score if present.
268    
 B<Please note: >  
 Either score or eval are required.  
   
269  =cut  =cut
270    
271  sub score {  sub score {
# Line 286  Line 273 
273    return $self->{score};    return $self->{score};
274  }  }
275    
276    =head3 display()
277    
278  =head3 display_method()  will be different for each type
   
 If available use the function specified here to display the "raw" observation.  
 In the case of a BLAST alignment of fid1 and fid2 a cgi script  
 will be called to display the results of running the command "bl2seq fid1 fid2".  
   
 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.  
279    
280  =cut  =cut
281    
# Line 303  Line 285 
285    
286  }  }
287    
288    =head3 display_table()
289    
290  =head3 rank()  will be different for each type
   
 Returns an integer from 1 - 10 indicating the importance of this observations.  
   
 Currently always returns 1.  
   
 =cut  
   
 sub rank {  
   my ($self) = @_;  
   
 #  return $self->{rank};  
   
   return 1;  
 }  
   
 =head3 supports_annotation()  
   
 Does a this observation support the annotation of its feature?  
   
 Returns  
   
 =over 3  
   
 =item 10, if feature annotation is identical to $self->description  
   
 =item 1, Feature annotation is similar to $self->annotation; this is computed using FIG::SameFunc()  
   
 =item undef  
   
 =back  
   
 =cut  
   
 sub supports_annotation {  
   my ($self) = @_;  
   
   # no code here so far  
   
   return $self->{supports_annotation};  
 }  
   
 =head3 url()  
   
 URL describing the subject. In case of a BLAST hit against a sequence, this URL will lead to a page displaying the sequence record for the sequence. In case of an HMM hit, the URL will be to the URL description.  
291    
292  =cut  =cut
293    
294  sub url {  sub display_table {
   my ($self) = @_;  
295    
296    my $url = get_url($self->type, $self->acc);    die "Abstract Table Method Called\n";
297    
   return $url;  
298  }  }
299    
300  =head3 get_objects()  =head3 get_objects()
301    
302  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.  This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
303    
 It will probably have to:  
   
 - get all sims for the feature  
 - get all bbhs for the feature  
 - copy information from sim to bbh (bbh have no match location etc)  
 - get pchs (difficult)  
 - get attributes (there is code for this that in get_attribute_based_observations  
 - get_attributes_based_observations returns an array of arrays of hashes like this"  
   
   my $dataset  
      [  
        [ { name => 'acc', value => '1234' },  
         { name => 'from', value => '4' },  
         { name => 'to', value => '400' },  
         ....  
        ],  
        [ { name => 'acc', value => '456' },  
         { name => 'from', value => '1' },  
         { name => 'to', value => '100' },  
         ....  
        ],  
        ...  
      ];  
    return $datasets;  
  }  
   
 It will invoke the required calls to the SEED API to retrieve the information required.  
   
304  =cut  =cut
305    
306  sub get_objects {  sub get_objects {
307      my ($self,$fid,$classes) = @_;      my ($self,$fid,$scope) = @_;
   
308    
309      my $objects = [];      my $objects = [];
310      my @matched_datasets=();      my @matched_datasets=();
311        my $fig = new FIG;
312    
313      # call function that fetches attribute based observations      # call function that fetches attribute based observations
314      # returns an array of arrays of hashes      # returns an array of arrays of hashes
315    
316      if(scalar(@$classes) < 1){      if($scope){
317          get_attribute_based_observations($fid,\@matched_datasets);          get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
         get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);  
         get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);  
         get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);  
318      }      }
319      else{      else{
         #IPR,CDD,CELLO,PFAM,SIGNALP - attribute based  
320          my %domain_classes;          my %domain_classes;
321          my $identical_flag=0;          my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
322          my $pch_flag=0;          $domain_classes{'CDD'} = 1;
         my $sims_flag=0;  
         foreach my $class (@$classes){  
             if($class =~ /(IPR|CDD|PFAM)/){  
                 $domain_classes{$class} = 1;  
             }  
             elsif ($class eq "IDENTICAL")  
             {  
                 $identical_flag = 1;  
             }  
             elsif ($class eq "PCH")  
             {  
                 $pch_flag = 1;  
             }  
             elsif ($class eq "SIM")  
             {  
                 $sims_flag = 1;  
             }  
         }  
   
         if ($identical_flag ==1)  
         {  
323              get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);              get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
324          }          get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes);
         if ( (defined($domain_classes{IPR})) || (defined($domain_classes{CDD})) || (defined($domain_classes{PFAM})) ) {  
             get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets);  
         }  
         if ($pch_flag == 1)  
         {  
             get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);  
         }  
         if ($sims_flag == 1)  
         {  
325              get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);              get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
326          }          get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
327            get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
328          #add CELLO and SignalP later          get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
329      }      }
330    
331      foreach my $dataset (@matched_datasets) {      foreach my $dataset (@matched_datasets) {
# Line 464  Line 339 
339          if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){          if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
340              $object = Observation::Identical->new($dataset);              $object = Observation::Identical->new($dataset);
341          }          }
342            if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
343                $object = Observation::Location->new($dataset);
344            }
345          if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){          if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
346              $object = Observation::Sims->new($dataset);              $object = Observation::Sims->new($dataset);
347          }          }
348            if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
349                $object = Observation::Cluster->new($dataset);
350            }
351            if ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
352                $object = Observation::PDB->new($dataset);
353            }
354    
355          push (@$objects, $object);          push (@$objects, $object);
356      }      }
357    
# Line 474  Line 359 
359    
360  }  }
361    
362  =head1 Internal Methods  =head3 display_housekeeping
363    This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
 These methods are not meant to be used outside of this package.  
   
 B<Please do not use them outside of this package!>  
364    
365  =cut  =cut
366    sub display_housekeeping {
367        my ($self,$fid) = @_;
368        my $fig = new FIG;
369        my $content;
370    
371        my $org_name = $fig->org_of($fid);
372        my $org_id   = $fig->orgid_of_orgname($org_name);
373        my $loc      = $fig->feature_location($fid);
374        my($contig, $beg, $end) = $fig->boundaries_of($loc);
375        my $strand   = ($beg <= $end)? '+' : '-';
376        my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($fid);
377        my $function = $fig->function_of($fid);
378        my @aliases  = $fig->feature_aliases($fid);
379        my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
380        my @ecs = ($function =~ /\(EC\s(\d+\.[-\d+]+\.[-\d+]+\.[-\d+]+)\)/g);
381    
382  =head3 get_url (internal)      $content .= qq(<b>General Protein Data</b><br><br><br><table border="0">);
383        $content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
384  get_url() return a valid URL or undef for any observation.      $content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name,&nbsp;&nbsp;$org_id</td></tr>\n);
385        $content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
386  URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()      $content .= qq(<tr width=15%><td>FIG Organism ID</td><td>$org_id</td></tr>\n);
387        $content .= qq(<tr width=15%><td>Gene Location</td><td>Contig $contig [$beg,$end], Strand $strand</td></tr>\n);;
388  Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.      $content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
389        if ( @ecs ) {
390            $content .= qq(<tr><td>EC:</td><td>);
391            foreach my $ec ( @ecs ) {
392                my $ec_name = $fig->ec_name($ec);
393                $content .= join(" -- ", $ec, $ec_name) . "<br>\n";
394            }
395            $content .= qq(</td></tr>\n);
396        }
397    
398  =cut      if ( @subsystems ) {
399            $content .= qq(<tr><td>Subsystems</td><td>);
400            foreach my $subsystem ( @subsystems ) {
401                $content .= join(" -- ", @$subsystem) . "<br>\n";
402            }
403        }
404    
405  sub get_url {      my %groups;
406        if ( @aliases ) {
407            # get the db for each alias
408            foreach my $alias (@aliases){
409                $groups{$alias} = &get_database($alias);
410            }
411    
412   my ($self) = @_;          # group ids by aliases
413   my $url='';          my %db_aliases;
414            foreach my $key (sort {$groups{$a} cmp $groups{$b}} keys %groups){
415                push (@{$db_aliases{$groups{$key}}}, $key);
416            }
417    
 # a hash with a URL for each observation; identified by name()  
 #my $URL             => { 'PFAM' => "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?" ,\  
 #                       'IPR'    => "http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=" ,\  
 #                          'CDD' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'PIR'    => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\  
 #                       'FIGFAM' => '',\  
 #                          'sim'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id=",\  
 #                          'bbh'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id="  
 #};  
418    
419  # if (defined $URL{$self->name}) {          $content .= qq(<tr><td>Aliases</td><td><table border="0">);
420  #     $url = $URL{$self->name}.$self->acc;          foreach my $key (sort keys %db_aliases){
421  #     return $url;              $content .= qq(<tr><td>$key:</td><td>) . join(", ", @{$db_aliases{$key}}) . qq(</td></tr\n);
422  # }          }
423  # else          $content .= qq(</td></tr></table>\n);
      return undef;  
424  }  }
425    
426  =head3 get_display_method (internal)      $content .= qq(</table><p>\n);
427    
428  get_display_method() return a valid URL or undef for any observation.      return ($content);
429    }
430    
431  URLs are constructed by looking at the Accession acc()  and  name()  =head3 get_sims_summary
432  and Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.  This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
433    
434  =cut  =cut
435    
436  sub get_display_method {  sub get_sims_summary {
437        my ($observation, $fid) = @_;
438        my $fig = new FIG;
439        my %families;
440        my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"all");
441    
442   my ($self) = @_;      foreach my $sim (@sims){
443            next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);
444            my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
445            my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
446            my $parent_tax = "Root";
447            foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
448                push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
449                $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
450                $parent_tax = $tax;
451            }
452        }
453    
454  # a hash with a URL for each observation; identified by name()      foreach my $key (keys %{$families{children}}){
455  #my $URL             => { 'sim'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1=",\          $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
 #                        'bbh'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1="  
 # };  
456    
457  #if (defined $URL{$self->name}) {          my %saw;
458  #     $url = $URL{$self->name}.$self->feature_id."&id2=".$self->acc;          my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
459  #     return $url;          $families{children}{$key} = \@out;
460  # }      }
461  # else      return (\%families);
      return undef;  
462  }  }
463    
464    =head1 Internal Methods
465    
466    These methods are not meant to be used outside of this package.
467    
468    B<Please do not use them outside of this package!>
469    
470    =cut
471    
472  sub get_attribute_based_domain_observations{  sub get_attribute_based_domain_observations{
473    
474      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
475      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref) = (@_);
476    
477      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
478    
479      foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
480    #    foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {
481          my $key = @$attr_ref[1];          my $key = @$attr_ref[1];
482          my @parts = split("::",$key);          my @parts = split("::",$key);
483          my $class = $parts[0];          my $class = $parts[0];
# Line 576  Line 503 
503                                 'type' => "dom" ,                                 'type' => "dom" ,
504                                 'evalue' => $evalue,                                 'evalue' => $evalue,
505                                 'start' => $from,                                 'start' => $from,
506                                 'stop' => $to                                 'stop' => $to,
507                                   'fig_id' => $fid,
508                                   'score' => $raw_evalue
509                                 };                                 };
510    
511                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);                  push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
# Line 585  Line 514 
514      }      }
515  }  }
516    
517  =head3 get_attribute_based_evidence (internal)  sub get_attribute_based_location_observations{
   
 This method retrieves evidence from the attribute server  
518    
519  =cut      my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
520        my $fig = new FIG;
521    
522  sub get_attribute_based_observations{      my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED'];
523    
524      # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)      my $dataset = {'type' => "loc",
525      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);                     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
526                       'fig_id' => $fid
527                       };
528    
529      my $_myfig = new FIG;      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
530    #    foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {
531            my $key = @$attr_ref[1];
532            next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/));
533            my @parts = split("::",$key);
534            my $sub_class = $parts[0];
535            my $sub_key = $parts[1];
536            my $value = @$attr_ref[2];
537            if($sub_class eq "SignalP"){
538                if($sub_key eq "cleavage_site"){
539                    my @value_parts = split(";",$value);
540                    $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
541                    $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
542    #               print STDERR "LOC: $value_parts[1]";
543                }
544                elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
545                    $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
546                }
547            }
548            elsif($sub_class eq "CELLO"){
549                $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
550                $dataset->{'cello_score'} = $value;
551            }
552            elsif($sub_class eq "TMPRED"){
553                my @value_parts = split(/\;/,$value);
554                $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
555                $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
556            }
557        }
558    
559      foreach my $attr_ref ($_myfig->get_attributes($fid)) {      push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
560    
561          # convert the ref into a string for easier handling  }
         my ($string) = "@$attr_ref";  
562    
563  #       print "S:$string\n";  =head3 get_pdb_observations() (internal)
         my ($key,$val) = ( $string =~ /\S+\s(\S+)\s(\S+)/);  
564    
565          # THIS SHOULD BE DONE ANOTHER WAY FM->TD  This methods sets the type and class for pdb observations
         # we need to do the right thing for each type, ie no evalue for CELLO and no coordinates, but a score, etc  
         # as fas as possible this should be configured so that the type of observation and the regexp are  
         # stored somewhere for easy expansion  
         #  
566    
567          if (($key =~ /PFAM::/) || ( $key =~ /IPR::/) || ( $key =~ /CDD::/) ) {  =cut
568    
569              # some keys are composite CDD::1233244 or PFAM:PF1233  sub get_pdb_observations{
570        my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
571    
572              if ( $key =~ /::/ ) {      my $fig = new FIG;
                 my ($firstkey,$restkey) = ( $key =~ /([a-zA-Z0-9]+)::(.*)/);  
                 $val=$restkey.";".$val;  
                 $key=$firstkey;  
             }  
573    
574              my ($acc,$raw_evalue, $from,$to) = ($val =~ /(\S+);(\S+);(\d+)-(\d+)/ );      foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
575        #foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,'PDB')) {
576    
577              my $evalue= 255;          my $key = @$attr_ref[1];
578              if (defined $raw_evalue) { # some of the tool do not give us an evalue          next if ( ($key !~ /PDB/));
579            my($key1,$key2) =split("::",$key);
580            my $value = @$attr_ref[2];
581            my ($evalue,$location) = split(";",$value);
582    
583                  my ($k,$expo) = ( $raw_evalue =~ /(\d+).(\d+)/);          if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
584                  my ($new_k, $new_exp);              my $part2 = 1000 - $1;
585                my $part1 = $2/100;
586                $evalue = $part1."e-".$part2;
587            }
588    
589                  #          my($start,$stop) =split("-",$location);
                 #  THIS DOES NOT WORK PROPERLY  
                 #  
                 if($raw_evalue =~/(\d+).(\d+)/){  
590    
591  #                   $new_exp = (1000+$expo);          my $url = @$attr_ref[3];
592          #           $new_k = $k / 100;          my $dataset = {'class' => 'PDB',
593                           'type' => 'seq' ,
594                           'acc' => $key2,
595                           'evalue' => $evalue,
596                           'start' => $start,
597                           'stop' => $stop,
598                           'fig_id' => $fid
599                           };
600    
601            push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
602                  }                  }
                 $evalue = "0.01"#new_k."e-".$new_exp;  
603              }              }
604    
605              # unroll it all into an array of hashes  =head3 get_cluster_observations() (internal)
606              # this needs to be done differently for different types of observations  
607              my $dataset = [ { name => 'class', value => $key },  This methods sets the type and class for cluster observations
608                              { name => 'acc' , value => $acc},  
609                              { name => 'type', value => "dom"} , # this clearly needs to be done properly FM->TD  =cut
610                              { name => 'evalue', value => $evalue },  
611                              { name => 'start', value => $from},  sub get_cluster_observations{
612                              { name => 'stop' , value => $to}      my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
                             ];  
613    
614        my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
615                       'type' => 'fc',
616                       'context' => $scope,
617                       'fig_id' => $fid
618                       };
619              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);              push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
620          }          }
621      }  
 }  
622    
623  =head3 get_sims_observations() (internal)  =head3 get_sims_observations() (internal)
624    
# Line 667  Line 630 
630    
631      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
632      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
633  #    my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"fig");      my @sims= $fig->nsims($fid,500,1e-20,"all");
     my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"all");  
634      my ($dataset);      my ($dataset);
635    
636        my %id_list;
637        foreach my $sim (@sims){
638            my $hit = $sim->[1];
639    
640            next if ($hit !~ /^fig\|/);
641            my @aliases = $fig->feature_aliases($hit);
642            foreach my $alias (@aliases){
643                $id_list{$alias} = 1;
644            }
645        }
646    
647        my %already;
648        my (@new_sims, @uniprot);
649      foreach my $sim (@sims){      foreach my $sim (@sims){
650          my $hit = $sim->[1];          my $hit = $sim->[1];
651            my ($id) = ($hit) =~ /\|(.*)/;
652            next if (defined($already{$id}));
653            next if (defined($id_list{$hit}));
654            push (@new_sims, $sim);
655            $already{$id} = 1;
656        }
657    
658        foreach my $sim (@new_sims){
659            my $hit = $sim->[1];
660          my $percent = $sim->[2];          my $percent = $sim->[2];
661          my $evalue = $sim->[10];          my $evalue = $sim->[10];
662          my $qfrom = $sim->[6];          my $qfrom = $sim->[6];
# Line 697  Line 682 
682                      'organism' => $organism,                      'organism' => $organism,
683                      'function' => $func,                      'function' => $func,
684                      'qlength' => $qlength,                      'qlength' => $qlength,
685                      'hlength' => $hlength                      'hlength' => $hlength,
686                        'fig_id' => $fid
687                      };                      };
688    
689          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
# Line 720  Line 706 
706      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }      elsif ($id =~ /^uni\|/)           { $db = "UniProt" }
707      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }      elsif ($id =~ /^tigr\|/)          { $db = "TIGR" }
708      elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }      elsif ($id =~ /^pir\|/)           { $db = "PIR" }
709      elsif ($id =~ /^kegg\|/)          { $db = "KEGG" }      elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/))    { $db = "KEGG" }
710      elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $db = "TrEMBL" }      elsif ($id =~ /^tr\|/)            { $db = "TrEMBL" }
711      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }      elsif ($id =~ /^eric\|/)          { $db = "ASAP" }
712      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }      elsif ($id =~ /^img\|/)           { $db = "JGI" }
# Line 729  Line 715 
715    
716  }  }
717    
718    
719  =head3 get_identical_proteins() (internal)  =head3 get_identical_proteins() (internal)
720    
721  This methods retrieves sims fills the internal data structures.  This methods retrieves sims fills the internal data structures.
# Line 739  Line 726 
726    
727      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);      my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
728      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
729      my @funcs = ();      my $funcs_ref;
730    
731        my %id_list;
732      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);      my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
733        my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
734        foreach my $alias (@aliases){
735            $id_list{$alias} = 1;
736        }
737    
738      foreach my $id (@maps_to) {      foreach my $id (@maps_to) {
739          my ($tmp, $who);          my ($tmp, $who);
740          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {          if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id)) && (! defined ($id_list{$id}))) {
741              $who = &get_database($id);              $who = &get_database($id);
742              push(@funcs, [$id,$who,$tmp]);              push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
743          }          }
744      }      }
745    
746      my ($dataset);      my ($dataset);
     foreach my $row (@funcs){  
         my $id = $row->[0];  
         my $organism = $fig->org_of($fid);  
         my $who = $row->[1];  
         my $assignment = $row->[2];  
   
747          my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',          my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
                        'id' => $id,  
                        'organism' => $organism,  
748                         'type' => 'seq',                         'type' => 'seq',
749                         'database' => $who,                     'fig_id' => $fid,
750                         'function' => $assignment                     'rows' => $funcs_ref
751                         };                         };
752    
753          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
754      }  
755    
756  }  }
757    
# Line 798  Line 782 
782                    } @fc_data;                    } @fc_data;
783    
784      my ($dataset);      my ($dataset);
     foreach my $row (@rows){  
         my $id = $row->[1];  
         my $score = $row->[0];  
         my $description = $row->[2];  
785          my $dataset = {'class' => 'PCH',          my $dataset = {'class' => 'PCH',
                        'score' => $score,  
                        'id' => $id,  
786                         'type' => 'fc',                         'type' => 'fc',
787                         'function' => $description                     'fig_id' => $fid,
788                       'rows' => \@rows
789                         };                         };
790    
791          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);          push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
     }  
 }  
   
 =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)  
   
 This methods retrieves sims and also BBHs and fills the internal data structures.  
   
 =cut  
   
 #     sub get_sims_and_bbhs{  
   
 #       # blast m8 output format  
 #       # id1, id2, %ident, align len, mismatches, gaps, q.start, q.stop, s. start, s.stop, eval, bit  
   
 #       my $Sims=();  
 #       @sims_src = $fig->sims($fid,80,500,"fig",0);  
 #       print "found $#sims_src SIMs\n";  
 #       foreach $sims (@sims_src) {  
 #           my ($sims_string) = "@$sims";  
 # #       print "$sims_string\n";  
 #           my ($rfid,$start,$stop,$eval) = ( $sims_string =~ /\S+\s+(\S+)\s+\S+\s\S+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+  
 #                                             \S+\s+\S+\s+\S+\s+\S+\s+(\S+)+.*/);  
 # #       print "ID: $rfid, E:$eval, Start:$start stop:$stop\n";  
 #           $Sims{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $Sims{$rfid}{'start'}=$start;  
 #           $Sims{$rfid}{'stop'}=$stop;  
 #           print "$rfid $Sims{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
   
 #       # BBHs  
 #       my $BBHs=();  
   
 #       @bbhs_src = $fig->bbhs($fid,1.0e-10);  
 #       print "found $#bbhs_src BBHs\n";  
 #       foreach $bbh (@bbhs_src) {  
 #           #print "@$bbh\n";  
 #           my ($bbh_string) = "@$bbh";  
 #           my ($rfid,$eval,$score) = ( $bbh_string =~ /(\S+)\s(\S+)\s(\S+)/);  
 #           #print "ID: $rfid, E:$eval, S:$score\n";  
 #           $BBHs{$rfid}{'eval'}=$eval;  
 #           $BBHs{$rfid}{'score'}=$score;  
 # #print "$rfid $BBHs{$rfid}{'eval'}\n";  
 #       }  
   
 #     }  
   
792    
793    }
794    
795  =head3 new (internal)  =head3 new (internal)
796    
# Line 867  Line 801 
801  sub new {  sub new {
802    my ($class,$dataset) = @_;    my ($class,$dataset) = @_;
803    
   
   #$self = { acc => '',  
 #           description => '',  
 #           class => '',  
 #           type => '',  
 #           start => '',  
 #           stop => '',  
 #           evalue => '',  
 #           score => '',  
 #           display_method => '',  
 #           feature_id => '',  
 #           rank => '',  
 #           supports_annotation => '',  
 #           id => '',  
 #            organism => '',  
 #            who => ''  
 #         };  
   
804    my $self = { class => $dataset->{'class'},    my $self = { class => $dataset->{'class'},
805                 type => $dataset->{'type'}                 type => $dataset->{'type'},
806                   fig_id => $dataset->{'fig_id'},
807                   score => $dataset->{'score'},
808             };             };
809    
810    bless($self,$class);    bless($self,$class);
# Line 906  Line 824 
824      return $self->{identity};      return $self->{identity};
825  }  }
826    
827    =head3 fig_id (internal)
828    
829    =cut
830    
831    sub fig_id {
832      my ($self) = @_;
833      return $self->{fig_id};
834    }
835    
836  =head3 feature_id (internal)  =head3 feature_id (internal)
837    
838    
# Line 965  Line 892 
892      return $self->{database};      return $self->{database};
893  }  }
894    
895    sub score {
896      my ($self) = @_;
897    
898      return $self->{score};
899    }
900    
901  ############################################################  ############################################################
902  ############################################################  ############################################################
903  package Observation::Identical;  package Observation::PDB;
904    
905  use base qw(Observation);  use base qw(Observation);
906    
# Line 977  Line 908 
908    
909      my ($class,$dataset) = @_;      my ($class,$dataset) = @_;
910      my $self = $class->SUPER::new($dataset);      my $self = $class->SUPER::new($dataset);
911      $self->{id} = $dataset->{'id'};      $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
912      $self->{organism} = $dataset->{'organism'};      $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
913      $self->{function} = $dataset->{'function'};      $self->{start} = $dataset->{'start'};
914      $self->{database} = $dataset->{'database'};      $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
   
915      bless($self,$class);      bless($self,$class);
916      return $self;      return $self;
917  }  }
918    
919  =head3 display()  =head3 display()
920    
921  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
 This code will display a table for the identical protein  
   
   
 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi  
 dence.  
922    
923  =cut  =cut
924    
925  sub display{  sub display{
926      my ($self, $cgi, $dataset) = @_;      my ($self,$gd) = @_;
927    
928      my $all_domains = [];      my $fid = $self->fig_id;
929      my $count_identical = 0;      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
     my $content;  
     foreach my $thing (@$dataset) {  
         next if ($thing->class ne "IDENTICAL");  
         my $single_domain = [];  
         push(@$single_domain,$thing->database);  
         my $id = $thing->id;  
         $count_identical++;  
         push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));  
         push(@$single_domain,$thing->organism);  
         #push(@$single_domain,$thing->type);  
         push(@$single_domain,$thing->function);  
         push(@$all_domains,$single_domain);  
     }  
930    
931      if ($count_identical >0){      my $acc = $self->acc;
932          $content = $all_domains;  
933        my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
934        my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
935        if(!scalar(@$pdb_objs)){
936            $pdb_description = "not available";
937            $pdb_source = "not available";
938            $pdb_ligand = "not available";
939      }      }
940      else{      else{
941          $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";          my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
942      }          $pdb_description = $pdb_obj->description;
943      return ($content);          $pdb_source = $pdb_obj->source;
944            $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
945  }  }
946    
947  1;      my $lines = [];
948        my $line_data = [];
949        my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
950                            'short_title' => "best PDB",
951                            'basepair_offset' => '1' };
952    
953        my $fig = new FIG;
954        my $seq = $fig->get_translation($fid);
955        my $fid_stop = length($seq);
956    
957        my $fid_element_hash = {
958            "title" => $fid,
959            "start" => '1',
960            "end" =>  $fid_stop,
961            "color"=> '1',
962            "zlayer" => '1'
963            };
964    
965        push(@$line_data,$fid_element_hash);
966    
967        my $links_list = [];
968        my $descriptions = [];
969    
970        my $name;
971        $name = {"title" => 'id',
972                 "value" => $acc};
973        push(@$descriptions,$name);
974    
975        my $description;
976        $description = {"title" => 'pdb description',
977                        "value" => $pdb_description};
978        push(@$descriptions,$description);
979    
980        my $score;
981        $score = {"title" => "score",
982                  "value" => $self->evalue};
983        push(@$descriptions,$score);
984    
985        my $start_stop;
986        my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
987        $start_stop = {"title" => "start-stop",
988                       "value" => $start_stop_value};
989        push(@$descriptions,$start_stop);
990    
991        my $source;
992        $source = {"title" => "source",
993                  "value" => $pdb_source};
994        push(@$descriptions,$source);
995    
996        my $ligand;
997        $ligand = {"title" => "pdb ligand",
998                   "value" => $pdb_ligand};
999        push(@$descriptions,$ligand);
1000    
1001        my $link;
1002        my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1003    
1004        $link = {"link_title" => $acc,
1005                 "link" => $link_url};
1006        push(@$links_list,$link);
1007    
1008        my $pdb_element_hash = {
1009            "title" => "PDB homology",
1010            "start" => $self->start,
1011            "end" =>  $self->stop,
1012            "color"=> '6',
1013            "zlayer" => '3',
1014            "links_list" => $links_list,
1015            "description" => $descriptions};
1016    
1017        push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1018        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1019    
1020        return $gd;
1021    }
1022    
1023    1;
1024    
1025    ############################################################
1026    ############################################################
1027    package Observation::Identical;
1028    
1029    use base qw(Observation);
1030    
1031    sub new {
1032    
1033        my ($class,$dataset) = @_;
1034        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1035        $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1036    
1037        bless($self,$class);
1038        return $self;
1039    }
1040    
1041    =head3 display_table()
1042    
1043    If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1044    This code will display a table for the identical protein
1045    
1046    
1047    B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1048    dence.
1049    
1050    =cut
1051    
1052    
1053    sub display_table{
1054        my ($self) = @_;
1055    
1056        my $fig = new FIG;
1057        my $fid = $self->fig_id;
1058        my $rows = $self->rows;
1059        my $cgi = new CGI;
1060        my $all_domains = [];
1061        my $count_identical = 0;
1062        my $content;
1063        foreach my $row (@$rows) {
1064            my $id = $row->[0];
1065            my $who = $row->[1];
1066            my $assignment = $row->[2];
1067            my $organism = $fig->org_of($id);
1068            my $single_domain = [];
1069            push(@$single_domain,$who);
1070            push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1071            push(@$single_domain,$organism);
1072            push(@$single_domain,$assignment);
1073            push(@$all_domains,$single_domain);
1074            $count_identical++;
1075        }
1076    
1077        if ($count_identical >0){
1078            $content = $all_domains;
1079        }
1080        else{
1081            $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1082        }
1083        return ($content);
1084    }
1085    
1086    1;
1087    
1088  #########################################  #########################################
1089  #########################################  #########################################
1090  package Observation::FC;  package Observation::FC;
1091  1;  1;
1092    
# Line 1039  Line 1096 
1096    
1097      my ($class,$dataset) = @_;      my ($class,$dataset) = @_;
1098      my $self = $class->SUPER::new($dataset);      my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1099      $self->{score} = $dataset->{'score'};      $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
     $self->{id} = $dataset->{'id'};  
     $self->{function} = $dataset->{'function'};  
1100    
1101      bless($self,$class);      bless($self,$class);
1102      return $self;      return $self;
1103  }  }
1104    
1105  =head3 display()  =head3 display_table()
1106    
1107  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1108  This code will display a table for the identical protein  This code will display a table for the identical protein
# Line 1058  Line 1113 
1113    
1114  =cut  =cut
1115    
1116  sub display {  sub display_table {
     my ($self,$cgi,$dataset, $fid) = @_;  
1117    
1118        my ($self,$dataset) = @_;
1119        my $fid = $self->fig_id;
1120        my $rows = $self->rows;
1121        my $cgi = new CGI;
1122      my $functional_data = [];      my $functional_data = [];
1123      my $count = 0;      my $count = 0;
1124      my $content;      my $content;
1125    
1126      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $row (@$rows) {
1127          my $single_domain = [];          my $single_domain = [];
         next if ($thing->class ne "PCH");  
1128          $count++;          $count++;
1129    
1130          # construct the score link          # construct the score link
1131          my $score = $thing->score;          my $score = $row->[0];
1132          my $toid = $thing->id;          my $toid = $row->[1];
1133          my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";          my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
1134          my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";          my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
1135    
1136          push(@$single_domain,$sc_link);          push(@$single_domain,$sc_link);
1137          push(@$single_domain,$thing->id);          push(@$single_domain,$row->[1]);
1138          push(@$single_domain,$thing->function);          push(@$single_domain,$row->[2]);
1139          push(@$functional_data,$single_domain);          push(@$functional_data,$single_domain);
1140      }      }
1141    
# Line 1115  Line 1172 
1172  sub display {  sub display {
1173      my ($thing,$gd) = @_;      my ($thing,$gd) = @_;
1174      my $lines = [];      my $lines = [];
1175      my $line_config = { 'title' => $thing->acc,  #    my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1176                          'short_title' => $thing->type,  #                       'short_title' => $thing->type,
1177                          'basepair_offset' => '1' };  #                       'basepair_offset' => '1' };
1178      my $color = "4";      my $color = "4";
1179    
1180      my $line_data = [];      my $line_data = [];
1181      my $links_list = [];      my $links_list = [];
1182      my $descriptions = [];      my $descriptions = [];
1183    
1184      my $description_function;      my $db_and_id = $thing->acc;
1185      $description_function = {"title" => $thing->class,      my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
                              "value" => $thing->acc};  
1186    
1187      push(@$descriptions,$description_function);      my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1188    
1189        my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1190        if($db eq "CDD"){
1191            my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1192            if(!scalar(@$cdd_objs)){
1193                $name_title = "name";
1194                $name_value = "not available";
1195                $description_title = "description";
1196                $description_value = "not available";
1197            }
1198            else{
1199                my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1200                $name_title = "name";
1201                $name_value = $cdd_obj->term;
1202                $description_title = "description";
1203                $description_value = $cdd_obj->description;
1204            }
1205        }
1206    
1207        my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1208                            'short_title' => $name_value,
1209                            'basepair_offset' => '1' };
1210    
1211        my $name;
1212        $name = {"title" => $name_title,
1213                 "value" => $name_value};
1214        push(@$descriptions,$name);
1215    
1216        my $description;
1217        $description = {"title" => $description_title,
1218                                 "value" => $description_value};
1219        push(@$descriptions,$description);
1220    
1221      my $score;      my $score;
1222      $score = {"title" => "score",      $score = {"title" => "score",
# Line 1136  Line 1224 
1224      push(@$descriptions,$score);      push(@$descriptions,$score);
1225    
1226      my $link_id;      my $link_id;
1227      if ($thing->acc =~/CDD::(\d+)/){      if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){
1228          $link_id = $1;          $link_id = $1;
1229      }      }
1230    
1231      my $link;      my $link;
1232        my $link_url;
1233        if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1234        elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1235        else{$link_url = "NO_URL"}
1236    
1237      $link = {"link_title" => $thing->acc,      $link = {"link_title" => $thing->acc,
1238               "link" => "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"};               "link" => $link_url};
1239      push(@$links_list,$link);      push(@$links_list,$link);
1240    
1241      my $element_hash = {      my $element_hash = {
# Line 1161  Line 1254 
1254    
1255  }  }
1256    
1257    sub display_table {
1258        my ($self,$dataset) = @_;
1259        my $cgi = new CGI;
1260        my $data = [];
1261        my $count = 0;
1262        my $content;
1263    
1264        foreach my $thing (@$dataset) {
1265            next if ($thing->type !~ /dom/);
1266            my $single_domain = [];
1267            $count++;
1268    
1269            my $db_and_id = $thing->acc;
1270            my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1271    
1272            my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1273    
1274            my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1275            if($db eq "CDD"){
1276                my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1277                if(!scalar(@$cdd_objs)){
1278                    $name_title = "name";
1279                    $name_value = "not available";
1280                    $description_title = "description";
1281                    $description_value = "not available";
1282                }
1283                else{
1284                    my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1285                    $name_title = "name";
1286                    $name_value = $cdd_obj->term;
1287                    $description_title = "description";
1288                    $description_value = $cdd_obj->description;
1289                }
1290            }
1291    
1292            my $location =  $thing->start . " - " . $thing->stop;
1293    
1294            push(@$single_domain,$db);
1295            push(@$single_domain,$thing->acc);
1296            push(@$single_domain,$name_value);
1297            push(@$single_domain,$location);
1298            push(@$single_domain,$thing->evalue);
1299            push(@$single_domain,$description_value);
1300            push(@$data,$single_domain);
1301        }
1302    
1303        if ($count >0){
1304            $content = $data;
1305        }
1306        else
1307        {
1308            $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1309        }
1310    }
1311    
1312    
1313    #########################################
1314    #########################################
1315    package Observation::Location;
1316    
1317    use base qw(Observation);
1318    
1319    sub new {
1320    
1321        my ($class,$dataset) = @_;
1322        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1323        $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1324        $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1325        $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1326        $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1327        $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1328        $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1329        $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1330    
1331        bless($self,$class);
1332        return $self;
1333    }
1334    
1335    sub display {
1336        my ($thing,$gd) = @_;
1337    
1338        my $fid = $thing->fig_id;
1339        my $fig= new FIG;
1340        my $length = length($fig->get_translation($fid));
1341    
1342        my $cleavage_prob;
1343        if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1344        my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1345        my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1346        my $cello_location = $thing->cello_location;
1347        my $cello_score = $thing->cello_score;
1348        my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1349        my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1350    
1351        my $lines = [];
1352    
1353        #color is
1354        my $color = "6";
1355    
1356        if($cello_location){
1357            my $cello_descriptions = [];
1358            my $line_data =[];
1359    
1360            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1361                                'short_title' => 'CELLO',
1362                                'basepair_offset' => '1' };
1363    
1364            my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1365                                              "value" => $cello_location};
1366    
1367            push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1368    
1369            my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1370                                           "value" => $cello_score};
1371    
1372            push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1373    
1374            my $element_hash = {
1375                "title" => "CELLO",
1376                "start" => "1",
1377                "end" =>  $length + 1,
1378                "color"=> $color,
1379                "type" => 'box',
1380                "zlayer" => '1',
1381                "description" => $cello_descriptions};
1382    
1383            push(@$line_data,$element_hash);
1384            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1385        }
1386    
1387    
1388        $color = "2";
1389        if($tmpred_score){
1390            my $line_data =[];
1391            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1392                                'short_title' => 'Transmembrane',
1393                                'basepair_offset' => '1' };
1394    
1395    
1396            foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1397                my $descriptions = [];
1398                my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1399                my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1400                                 "value" => $tmpred_score};
1401    
1402                push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1403    
1404                my $element_hash = {
1405                "title" => "transmembrane location",
1406                "start" => $begin + 1,
1407                "end" =>  $end + 1,
1408                "color"=> $color,
1409                "zlayer" => '5',
1410                "type" => 'smallbox',
1411                "description" => $descriptions};
1412    
1413                push(@$line_data,$element_hash);
1414    
1415            }
1416            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1417        }
1418    
1419        $color = "1";
1420        if($signal_peptide_score){
1421            my $line_data = [];
1422            my $descriptions = [];
1423    
1424            my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1425                                'short_title' => 'SignalP',
1426                                'basepair_offset' => '1' };
1427    
1428            my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1429                                                    "value" => $signal_peptide_score};
1430    
1431            push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1432    
1433            my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1434                                             "value" => $cleavage_prob};
1435    
1436            push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1437    
1438            my $element_hash = {
1439                "title" => "SignalP",
1440                "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1441                "end" =>  $cleavage_loc_end + 1,
1442                "type" => 'bigbox',
1443                "color"=> $color,
1444                "zlayer" => '10',
1445                "description" => $descriptions};
1446    
1447            push(@$line_data,$element_hash);
1448            $gd->add_line($line_data, $line_config);
1449        }
1450    
1451        return ($gd);
1452    
1453    }
1454    
1455    sub cleavage_loc {
1456      my ($self) = @_;
1457    
1458      return $self->{cleavage_loc};
1459    }
1460    
1461    sub cleavage_prob {
1462      my ($self) = @_;
1463    
1464      return $self->{cleavage_prob};
1465    }
1466    
1467    sub signal_peptide_score {
1468      my ($self) = @_;
1469    
1470      return $self->{signal_peptide_score};
1471    }
1472    
1473    sub tmpred_score {
1474      my ($self) = @_;
1475    
1476      return $self->{tmpred_score};
1477    }
1478    
1479    sub tmpred_locations {
1480      my ($self) = @_;
1481    
1482      return $self->{tmpred_locations};
1483    }
1484    
1485    sub cello_location {
1486      my ($self) = @_;
1487    
1488      return $self->{cello_location};
1489    }
1490    
1491    sub cello_score {
1492      my ($self) = @_;
1493    
1494      return $self->{cello_score};
1495    }
1496    
1497    
1498  #########################################  #########################################
1499  #########################################  #########################################
1500  package Observation::Sims;  package Observation::Sims;
# Line 1190  Line 1524 
1524    
1525  =head3 display()  =head3 display()
1526    
1527    If available use the function specified here to display a graphical observation.
1528    This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1529    
1530    =cut
1531    
1532    sub display {
1533        my ($self,$gd) = @_;
1534    
1535        my $fig = new FIG;
1536        my $peg = $self->acc;
1537    
1538        my $organism = $self->organism;
1539        my $genome = $fig->genome_of($peg);
1540        my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1541        my $function = $self->function;
1542        my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1543        my $align_start = $self->qstart;
1544        my $align_stop = $self->qstop;
1545        my $hit_start = $self->hstart;
1546        my $hit_stop = $self->hstop;
1547    
1548        my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1549    
1550        my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1551                            'short_title' => "$abbrev_name",
1552                            'title_link' => '$tax_link',
1553                            'basepair_offset' => '0'
1554                            };
1555    
1556        my $line_data = [];
1557    
1558        my $element_hash;
1559        my $links_list = [];
1560        my $descriptions = [];
1561    
1562        # get subsystem information
1563        my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$peg;
1564    
1565        my $link;
1566        $link = {"link_title" => $peg,
1567                 "link" => $url_link};
1568        push(@$links_list,$link);
1569    
1570        my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1571        foreach my $subsystem (@subsystems){
1572            my $link;
1573            $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1574                     "link_title" => $subsystem};
1575            push(@$links_list,$link);
1576        }
1577    
1578        my $description_function;
1579        $description_function = {"title" => "function",
1580                                 "value" => $function};
1581        push(@$descriptions,$description_function);
1582    
1583        my ($description_ss, $ss_string);
1584        $ss_string = join (",", @subsystems);
1585        $description_ss = {"title" => "subsystems",
1586                           "value" => $ss_string};
1587        push(@$descriptions,$description_ss);
1588    
1589        my $description_loc;
1590        $description_loc = {"title" => "location start",
1591                            "value" => $hit_start};
1592        push(@$descriptions, $description_loc);
1593    
1594        $description_loc = {"title" => "location stop",
1595                            "value" => $hit_stop};
1596        push(@$descriptions, $description_loc);
1597    
1598        my $evalue = $self->evalue;
1599        while ($evalue =~ /-0/)
1600        {
1601            my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1602            $chunk2 = substr($chunk2,1);
1603            $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1604        }
1605    
1606        my $color = &color($evalue);
1607    
1608        my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1609                                "value" => $evalue};
1610        push(@$descriptions, $description_eval);
1611    
1612        my $identity = $self->identity;
1613        my $description_identity = {"title" => "Identity",
1614                                    "value" => $identity};
1615        push(@$descriptions, $description_identity);
1616    
1617        $element_hash = {
1618            "title" => $peg,
1619            "start" => $align_start,
1620            "end" =>  $align_stop,
1621            "type"=> 'box',
1622            "color"=> $color,
1623            "zlayer" => "2",
1624            "links_list" => $links_list,
1625            "description" => $descriptions
1626            };
1627        push(@$line_data,$element_hash);
1628        $gd->add_line($line_data, $line_config);
1629    
1630        return ($gd);
1631    
1632    }
1633    
1634    =head3 display_table()
1635    
1636  If available use the function specified here to display the "raw" observation.  If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1637  This code will display a table for the similarities protein  This code will display a table for the similarities protein
1638    
# Line 1197  Line 1640 
1640    
1641  =cut  =cut
1642    
1643  sub display {  sub display_table {
1644      my ($self,$cgi,$dataset) = @_;      my ($self,$dataset, $preference, $columns) = @_;
1645    
1646      my $data = [];      my $data = [];
1647      my $count = 0;      my $count = 0;
1648      my $content;      my $content;
1649      my $fig = new FIG;      my $fig = new FIG;
1650        my $cgi = new CGI;
1651        my @ids;
1652        foreach my $thing (@$dataset) {
1653            next if ($thing->class ne "SIM");
1654            push (@ids, $thing->acc);
1655        }
1656    
1657        my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %code_attributes);
1658        foreach my $col (@$columns){
1659            # get the column for the subsystems
1660            if ($col eq "subsystem"){
1661                %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids);
1662            }
1663            # get the column for the evidence codes
1664            elsif ($col eq "evidence"){
1665                %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids);
1666            }
1667        }
1668    
1669      foreach my $thing (@$dataset) {      foreach my $thing (@$dataset) {
         my $single_domain = [];  
1670          next if ($thing->class ne "SIM");          next if ($thing->class ne "SIM");
1671            my $single_domain = [];
1672          $count++;          $count++;
1673    
1674          my $id = $thing->acc;          my $id = $thing->acc;
1675    
1676          # add the subsystem information          my $iden    = $thing->identity;
1677          my @in_sub  = $fig->peg_to_subsystems($id);          my $ln1     = $thing->qlength;
1678            my $ln2     = $thing->hlength;
1679            my $b1      = $thing->qstart;
1680            my $e1      = $thing->qstop;
1681            my $b2      = $thing->hstart;
1682            my $e2      = $thing->hstop;
1683            my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;
1684            my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;
1685            my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1686            my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1687    
1688            # checkbox column
1689            my $field_name = "tables_" . $id;
1690            my $pair_name = "visual_" . $id;
1691            my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1692    
1693            my $prefer_id = &get_prefer($thing->acc, $preference);
1694            my $acc_col .= &HTML::set_prot_links($cgi,$prefer_id);
1695            my $db = $thing->database;
1696            if ($preference ne "FIG"){
1697                $db = &Observation::get_database($prefer_id);
1698            }
1699    
1700            push(@$single_domain,$box_col);                        # permanent column
1701            push(@$single_domain,$acc_col);                        # permanent column
1702            push(@$single_domain,$thing->evalue);                  # permanent column
1703            push(@$single_domain,"$iden\%");                       # permanent column
1704            push(@$single_domain,$reg1);                           # permanent column
1705            push(@$single_domain,$reg2);                           # permanent column
1706            push(@$single_domain,$thing->organism);                # permanent column
1707            push(@$single_domain,$thing->function);                # permanent column
1708            push(@$single_domain,$subsystems_column{$id}) if (grep (/subsystem/, @$columns));
1709            push(@$single_domain,$evidence_column{$id}) if (grep (/evidence/, @$columns));
1710            push(@$data,$single_domain);
1711        }
1712    
1713        if ($count >0 ){
1714            $content = $data;
1715        }
1716        else{
1717            $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1718        }
1719        return ($content);
1720    }
1721    
1722    sub get_box_column{
1723        my ($ids) = @_;
1724        my %column;
1725        foreach my $id (@$ids){
1726            my $field_name = "tables_" . $id;
1727            my $pair_name = "visual_" . $id;
1728            $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1729        }
1730        return (%column);
1731    }
1732    
1733    sub get_subsystems_column{
1734        my ($ids) = @_;
1735    
1736        my $fig = new FIG;
1737        my $cgi = new CGI;
1738        my %in_subs  = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
1739        my %column;
1740        foreach my $id (@$ids){
1741            my @in_sub = $in_subs{$id} if (defined $in_subs{$id});
1742          my $in_sub;          my $in_sub;
1743    
1744          if (@in_sub > 0) {          if (@in_sub > 0) {
# Line 1221  Line 1746 
1746    
1747              # RAE: add a javascript popup with all the subsystems              # RAE: add a javascript popup with all the subsystems
1748              my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;              my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;
1749              $in_sub = $cgi->a( {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);              $column{$id} = $cgi->a( {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);
1750          } else {          } else {
1751              $in_sub = "&nbsp;";              $column{$id} = "&nbsp;";
1752            }
1753        }
1754        return (%column);
1755    }
1756    
1757    sub get_evidence_column{
1758        my ($ids) = @_;
1759        my $fig = new FIG;
1760        my $cgi = new CGI;
1761        my (%column, %code_attributes);
1762    
1763        my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($ids);
1764        foreach my $key (@codes){
1765            push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
1766          }          }
1767    
1768        foreach my $id (@$ids){
1769          # add evidence code with tool tip          # add evidence code with tool tip
1770          my $ev_codes=" &nbsp; ";          my $ev_codes=" &nbsp; ";
1771          my @ev_codes = "";          my @ev_codes = "";
1772    
1773          if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {          if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
1774              my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($id);              my @codes;
1775                @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
1776              @ev_codes = ();              @ev_codes = ();
1777              foreach my $code (@codes) {              foreach my $code (@codes) {
1778                  my $pretty_code = $code->[2];                  my $pretty_code = $code->[2];
# Line 1249  Line 1791 
1791                                  {                                  {
1792                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));                                      id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
1793          }          }
1794            $column{$id}=$ev_codes;
1795        }
1796        return (%column);
1797    }
1798    
1799          # add the aliases  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
         my $aliases = undef;  
         $aliases = &html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id) ) );  
         $aliases = &HTML::set_prot_links( $cgi, $aliases );  
         $aliases ||= "&nbsp;";  
1800    
1801          my $iden    = $thing->identity;  sub get_prefer {
1802          my $ln1     = $thing->qlength;      my ($fid, $db) = @_;
1803          my $ln2     = $thing->hlength;      my $fig = new FIG;
         my $b1      = $thing->qstart;  
         my $e1      = $thing->qstop;  
         my $b2      = $thing->hstart;  
         my $e2      = $thing->hstop;  
         my $d1      = abs($e1 - $b1) + 1;  
         my $d2      = abs($e2 - $b2) + 1;  
         my $reg1    = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";  
         my $reg2    = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";  
1804    
1805        my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
1806    
1807          push(@$single_domain,$thing->database);      foreach my $alias (@aliases){
1808          push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$thing->acc));          my $id_db = &Observation::get_database($alias);
1809          push(@$single_domain,$thing->evalue);          if ($id_db eq $db){
1810          push(@$single_domain,"$iden\%");              return ($alias);
1811          push(@$single_domain,$reg1);          }
1812          push(@$single_domain,$reg2);      }
1813          push(@$single_domain,$in_sub);      return ($fid);
         push(@$single_domain,$ev_codes);  
         push(@$single_domain,$thing->organism);  
         push(@$single_domain,$thing->function);  
         push(@$single_domain,$aliases);  
         push(@$data,$single_domain);  
1814      }      }
1815    
1816      if ($count >0){  sub color {
1817          $content = $data;      my ($evalue) = @_;
1818    
1819        my $color;
1820        if ($evalue <= 1e-170){
1821            $color = 51;
1822        }
1823        elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){
1824            $color = 52;
1825        }
1826        elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){
1827            $color = 53;
1828        }
1829        elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){
1830            $color = 54;
1831        }
1832        elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){
1833            $color = 55;
1834        }
1835        elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){
1836            $color = 56;
1837        }
1838        elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){
1839            $color = 57;
1840        }
1841        elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){
1842            $color = 58;
1843        }
1844        elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){
1845            $color = 59;
1846        }
1847        else{
1848            $color = 60;
1849        }
1850    
1851    
1852        return ($color);
1853    }
1854    
1855    
1856    ############################
1857    package Observation::Cluster;
1858    
1859    use base qw(Observation);
1860    
1861    sub new {
1862    
1863        my ($class,$dataset) = @_;
1864        my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1865        $self->{context} = $dataset->{'context'};
1866        bless($self,$class);
1867        return $self;
1868    }
1869    
1870    sub display {
1871        my ($self,$gd) = @_;
1872    
1873        my $fid = $self->fig_id;
1874        my $compare_or_coupling = $self->context;
1875        my $gd_window_size = $gd->window_size;
1876        my $fig = new FIG;
1877        my $all_regions = [];
1878    
1879        #get the organism genome
1880        my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
1881    
1882        # get location of the gene
1883        my $data = $fig->feature_location($fid);
1884        my ($contig, $beg, $end);
1885        my %reverse_flag;
1886    
1887        if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1888            $contig = $1;
1889            $beg = $2;
1890            $end = $3;
1891        }
1892    
1893        my $offset;
1894        my ($region_start, $region_end);
1895        if ($beg < $end)
1896        {
1897            $region_start = $beg - 4000;
1898            $region_end = $end+4000;
1899            $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
1900      }      }
1901      else      else
1902      {      {
1903          $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";          $region_start = $end-4000;
1904            $region_end = $beg+4000;
1905            $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
1906            $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
1907        }
1908    
1909        # call genes in region
1910        my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
1911        push(@$all_regions,$target_gene_features);
1912        my (@start_array_region);
1913        push (@start_array_region, $offset);
1914    
1915        my %all_genes;
1916        my %all_genomes;
1917        foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = $fid;}
1918    
1919        if ($compare_or_coupling eq "diverse")
1920        {
1921            my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);
1922    
1923            my $coup_count = 0;
1924    
1925            foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
1926                #   last if ($coup_count > 10);
1927                my ($peg1,$peg2) = @$pair;
1928    
1929                my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
1930                $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
1931    
1932                my $location = $fig->feature_location($peg1);
1933                if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1934                    $pair_contig = $1;
1935                    $pair_beg = $2;
1936                    $pair_end = $3;
1937                    if ($pair_beg < $pair_end)
1938                    {
1939                        $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
1940                        $pair_region_stop = $pair_end+4000;
1941                        $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
1942      }      }
1943      return ($content);                  else
1944                    {
1945                        $pair_region_start = $pair_end-4000;
1946                        $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
1947                        $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
1948                        $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
1949  }  }
1950    
1951  sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }                  push (@start_array_region, $offset);
1952    
1953                    $all_genomes{$pair_genome} = 1;
1954                    my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
1955                    push(@$all_regions,$pair_features);
1956                    foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
1957                }
1958                $coup_count++;
1959            }
1960        }
1961    
1962        elsif ($compare_or_coupling eq "close")
1963        {
1964            # make a hash of genomes that are phylogenetically close
1965            #my $close_threshold = ".26";
1966            #my @genomes = $fig->genomes('complete');
1967            #my %close_genomes = ();
1968            #foreach my $compared_genome (@genomes)
1969            #{
1970            #    my $dist = $fig->crude_estimate_of_distance($target_genome,$compared_genome);
1971            #    #$close_genomes{$compared_genome} = $dist;
1972            #    if ($dist <= $close_threshold)
1973            #    {
1974            #       $all_genomes{$compared_genome} = 1;
1975            #    }
1976            #}
1977            $all_genomes{"216592.1"} = 1;
1978            $all_genomes{"79967.1"} = 1;
1979            $all_genomes{"199310.1"} = 1;
1980            $all_genomes{"216593.1"} = 1;
1981            $all_genomes{"155864.1"} = 1;
1982            $all_genomes{"83334.1"} = 1;
1983            $all_genomes{"316407.3"} = 1;
1984    
1985            foreach my $comp_genome (keys %all_genomes){
1986                my $return = $fig->bbh_list($comp_genome,[$fid]);
1987                my $feature_list = $return->{$fid};
1988                foreach my $peg1 (@$feature_list){
1989                    my $location = $fig->feature_location($peg1);
1990                    my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
1991                    $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
1992    
1993                    if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1994                        $pair_contig = $1;
1995                        $pair_beg = $2;
1996                        $pair_end = $3;
1997                        if ($pair_beg < $pair_end)
1998                        {
1999                            $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
2000                            $pair_region_stop = $pair_end + 4000;
2001                            $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2002                        }
2003                        else
2004                        {
2005                            $pair_region_start = $pair_end-4000;
2006                            $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
2007                            $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2008                            $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
2009                        }
2010    
2011                        push (@start_array_region, $offset);
2012                        $all_genomes{$pair_genome} = 1;
2013                        my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
2014                        push(@$all_regions,$pair_features);
2015                        foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
2016                    }
2017                }
2018            }
2019        }
2020    
2021        # get the PCH to each of the genes
2022        my $pch_sets = [];
2023        my %pch_already;
2024        foreach my $gene_peg (keys %all_genes)
2025        {
2026            if ($pch_already{$gene_peg}){next;};
2027            my $gene_set = [$gene_peg];
2028            foreach my $pch_peg ($fig->in_pch_pin_with($gene_peg)) {
2029                $pch_peg =~ s/,.*$//;
2030                my $pch_genome = $fig->genome_of($pch_peg);
2031                if ( ($gene_peg ne $pch_peg) && ($all_genomes{$pch_genome})) {
2032                    push(@$gene_set,$pch_peg);
2033                    $pch_already{$pch_peg}=1;
2034                }
2035                $pch_already{$gene_peg}=1;
2036            }
2037            push(@$pch_sets,$gene_set);
2038        }
2039    
2040        #create a rank of the pch's
2041        my %pch_set_rank;
2042        my $order = 0;
2043        foreach my $set (@$pch_sets){
2044            my $count = scalar(@$set);
2045            $pch_set_rank{$order} = $count;
2046            $order++;
2047        }
2048    
2049        my %peg_rank;
2050        my $counter =  1;
2051        foreach my $pch_order (sort {$pch_set_rank{$b} <=> $pch_set_rank{$a}} keys %pch_set_rank){
2052            my $good_set = @$pch_sets[$pch_order];
2053            my $flag_set = 0;
2054            if (scalar (@$good_set) > 1)
2055            {
2056                foreach my $peg (@$good_set){
2057                    if ((!$peg_rank{$peg})){
2058                        $peg_rank{$peg} = $counter;
2059                        $flag_set = 1;
2060                    }
2061                }
2062                $counter++ if ($flag_set == 1);
2063            }
2064            else
2065            {
2066                foreach my $peg (@$good_set){
2067                    $peg_rank{$peg} = "20";
2068                }
2069            }
2070        }
2071    
2072    
2073    #    my $bbh_sets = [];
2074    #    my %already;
2075    #    foreach my $gene_key (keys(%all_genes)){
2076    #       if($already{$gene_key}){next;}
2077    #       my $gene_set = [$gene_key];
2078    #
2079    #       my $gene_key_genome = $fig->genome_of($gene_key);
2080    #
2081    #       foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){
2082    #           #next if ($gene_key_genome eq $genome_key);
2083    #           my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);
2084    #
2085    #           my $feature_list = $return->{$gene_key};
2086    #           foreach my $fl (@$feature_list){
2087    #               push(@$gene_set,$fl);
2088    #           }
2089    #       }
2090    #       $already{$gene_key} = 1;
2091    #       push(@$bbh_sets,$gene_set);
2092    #    }
2093    #
2094    #    my %bbh_set_rank;
2095    #    my $order = 0;
2096    #    foreach my $set (@$bbh_sets){
2097    #       my $count = scalar(@$set);
2098    #       $bbh_set_rank{$order} = $count;
2099    #       $order++;
2100    #    }
2101    #
2102    #    my %peg_rank;
2103    #    my $counter =  1;
2104    #    foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){
2105    #       my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];
2106    #       my $flag_set = 0;
2107    #       if (scalar (@$good_set) > 1)
2108    #       {
2109    #           foreach my $peg (@$good_set){
2110    #               if ((!$peg_rank{$peg})){
2111    #                   $peg_rank{$peg} = $counter;
2112    #                   $flag_set = 1;
2113    #               }
2114    #           }
2115    #           $counter++ if ($flag_set == 1);
2116    #       }
2117    #       else
2118    #       {
2119    #           foreach my $peg (@$good_set){
2120    #               $peg_rank{$peg} = "20";
2121    #           }
2122    #       }
2123    #    }
2124    
2125        foreach my $region (@$all_regions){
2126            my $sample_peg = @$region[0];
2127            my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2128            my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2129            my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2130            my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2131                                'short_title' => $abbrev_name,
2132                                'basepair_offset' => '0'
2133                                };
2134    
2135            my $offsetting = shift @start_array_region;
2136    
2137            my $second_line_config = { 'title' => "$region_gs",
2138                                       'short_title' => "",
2139                                       'basepair_offset' => '0'
2140                                       };
2141    
2142            my $line_data = [];
2143            my $second_line_data = [];
2144    
2145            # initialize variables to check for overlap in genes
2146            my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2147            my $major_line_flag = 0;
2148            my $prev_second_flag = 0;
2149    
2150            foreach my $fid1 (@$region){
2151                $second_line_flag = 0;
2152                my $element_hash;
2153                my $links_list = [];
2154                my $descriptions = [];
2155    
2156                my $color = $peg_rank{$fid1};
2157    
2158                # get subsystem information
2159                my $function = $fig->function_of($fid1);
2160                my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;
2161    
2162                my $link;
2163                $link = {"link_title" => $fid1,
2164                         "link" => $url_link};
2165                push(@$links_list,$link);
2166    
2167                my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);
2168                foreach my $subsystem (@subsystems){
2169                    my $link;
2170                    $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
2171                             "link_title" => $subsystem};
2172                    push(@$links_list,$link);
2173                }
2174    
2175                my $description_function;
2176                $description_function = {"title" => "function",
2177                                         "value" => $function};
2178                push(@$descriptions,$description_function);
2179    
2180                my $description_ss;
2181                my $ss_string = join (",", @subsystems);
2182                $description_ss = {"title" => "subsystems",
2183                                   "value" => $ss_string};
2184                push(@$descriptions,$description_ss);
2185    
2186    
2187                my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2188                if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2189                    my($start,$stop);
2190                    $start = $2 - $offsetting;
2191                    $stop = $3 - $offsetting;
2192    
2193                    if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2194                         ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2195                           ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2196                        if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2197                            $second_line_flag = 1;
2198                            $major_line_flag = 1;
2199                        }
2200                    }
2201                    $prev_start = $start;
2202                    $prev_stop = $stop;
2203                    $prev_fig = $fid1;
2204    
2205                    if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2206                        $start = $gd_window_size - $start;
2207                        $stop = $gd_window_size - $stop;
2208                    }
2209    
2210                    $element_hash = {
2211                        "title" => $fid1,
2212                        "start" => $start,
2213                        "end" =>  $stop,
2214                        "type"=> 'arrow',
2215                        "color"=> $color,
2216                        "zlayer" => "2",
2217                        "links_list" => $links_list,
2218                        "description" => $descriptions
2219                    };
2220    
2221                    # if there is an overlap, put into second line
2222                    if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2223                    else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2224    
2225                }
2226            }
2227            $gd->add_line($line_data, $line_config);
2228            $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config) if ($major_line_flag == 1);
2229        }
2230        return $gd;
2231    }
2232    
2233    

Legend:
Removed from v.1.11  
changed lines
  Added in v.1.29

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3