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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.9 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 :     require Exporter;
4 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
5 :    
6 :     use strict;
7 :     use warnings;
8 : arodri7 1.9 use HTML;
9 : mkubal 1.1
10 :     1;
11 :    
12 : arodri7 1.9 # $Id: Observation.pm,v 1.8 2007/06/19 22:11:25 mkubal Exp $
13 : mkubal 1.1
14 :     =head1 NAME
15 :    
16 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
17 :    
18 :     =head1 DESCRIPTION
19 :    
20 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
21 :     single interface to this data.
22 :    
23 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
24 :    
25 :     Example:
26 :    
27 : arodri7 1.9
28 : mkubal 1.1 use FIG;
29 :     use Observation;
30 :    
31 : paczian 1.2 my $fig = new FIG;
32 :     my $fid = "fig|83333.1.peg.3";
33 :    
34 :     my $observations = Observation::get_objects($fid);
35 :     foreach my $observation (@$observations) {
36 :     print "ID: " . $fid . "\n";
37 :     print "Start: " . $observation->start() . "\n";
38 :     ...
39 :     }
40 : mkubal 1.1
41 :     B<return an array of objects>
42 :    
43 :    
44 :     print "$Observation->acc\n" prints the Accession number if present for the Observation
45 :    
46 :     =cut
47 :    
48 :     =head1 BACKGROUND
49 :    
50 :     =head2 Data incorporated in the Observations
51 :    
52 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
53 :    
54 :     =head3 SEED core evidence
55 :    
56 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
57 :    
58 :     =head3 Attribute based Evidence
59 :    
60 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
61 :    
62 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
63 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
64 :    
65 :     =head1 METHODS
66 :    
67 :     The public methods this package provides are listed below:
68 :    
69 :     =head3 acc()
70 :    
71 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
72 :    
73 :     =cut
74 :    
75 :     sub acc {
76 :     my ($self) = @_;
77 :    
78 :     return $self->{acc};
79 :     }
80 :    
81 :     =head3 description()
82 :    
83 :     The description of the hit. Taken from the data or from the our Ontology database for some cases e.g. IPR or PFAM.
84 :    
85 :     B<Please note:>
86 :     Either remoteid or description is required.
87 :    
88 :     =cut
89 :    
90 :     sub description {
91 :     my ($self) = @_;
92 :    
93 : arodri7 1.5 return $self->{description};
94 : mkubal 1.1 }
95 :    
96 :     =head3 class()
97 :    
98 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
99 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
100 : mkubal 1.7
101 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
102 :    
103 :     =over 9
104 :    
105 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
106 :    
107 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
108 : mkubal 1.1
109 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
110 : mkubal 1.1
111 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
112 : mkubal 1.1
113 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
114 : mkubal 1.1
115 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
116 : mkubal 1.1
117 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
118 : mkubal 1.1
119 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
120 : mkubal 1.1
121 : mkubal 1.3 =item SIGNALP (dom)
122 : mkubal 1.1
123 : mkubal 1.3 =item CELLO(loc)
124 : mkubal 1.1
125 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
126 : mkubal 1.1
127 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
128 : mkubal 1.1
129 :     =back
130 :    
131 :     =cut
132 :    
133 :     sub class {
134 :     my ($self) = @_;
135 :    
136 :     return $self->{class};
137 :     }
138 :    
139 :     =head3 type()
140 :    
141 :     The type of evidence (required).
142 :    
143 :     Where type is one of the following:
144 :    
145 :     =over 8
146 :    
147 :     =item seq=Sequence similarity
148 :    
149 :     =item dom=domain based match
150 :    
151 :     =item loc=Localization of the feature
152 :    
153 :     =item fc=Functional coupling.
154 :    
155 :     =back
156 :    
157 :     =cut
158 :    
159 :     sub type {
160 :     my ($self) = @_;
161 :    
162 :     return $self->{acc};
163 :     }
164 :    
165 :     =head3 start()
166 :    
167 :     Start of hit in query sequence.
168 :    
169 :     =cut
170 :    
171 :     sub start {
172 :     my ($self) = @_;
173 :    
174 :     return $self->{start};
175 :     }
176 :    
177 :     =head3 end()
178 :    
179 :     End of the hit in query sequence.
180 :    
181 :     =cut
182 :    
183 :     sub stop {
184 :     my ($self) = @_;
185 :    
186 :     return $self->{stop};
187 :     }
188 :    
189 :     =head3 evalue()
190 :    
191 :     E-value or P-Value if present.
192 :    
193 :     =cut
194 :    
195 :     sub evalue {
196 :     my ($self) = @_;
197 :    
198 :     return $self->{evalue};
199 :     }
200 :    
201 :     =head3 score()
202 :    
203 :     Score if present.
204 :    
205 :     B<Please note: >
206 :     Either score or eval are required.
207 :    
208 :     =cut
209 :    
210 :     sub score {
211 :     my ($self) = @_;
212 :     return $self->{score};
213 :     }
214 :    
215 :    
216 :     =head3 display_method()
217 :    
218 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
219 :     In the case of a BLAST alignment of fid1 and fid2 a cgi script
220 :     will be called to display the results of running the command "bl2seq fid1 fid2".
221 :    
222 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
223 :    
224 :     =cut
225 :    
226 : mkubal 1.7 sub display {
227 : mkubal 1.1
228 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
229 : mkubal 1.1
230 :     }
231 :    
232 : mkubal 1.7
233 : mkubal 1.1 =head3 rank()
234 :    
235 :     Returns an integer from 1 - 10 indicating the importance of this observations.
236 :    
237 :     Currently always returns 1.
238 :    
239 :     =cut
240 :    
241 :     sub rank {
242 :     my ($self) = @_;
243 :    
244 :     # return $self->{rank};
245 :    
246 :     return 1;
247 :     }
248 :    
249 :     =head3 supports_annotation()
250 :    
251 :     Does a this observation support the annotation of its feature?
252 :    
253 :     Returns
254 :    
255 :     =over 3
256 :    
257 :     =item 10, if feature annotation is identical to $self->description
258 :    
259 :     =item 1, Feature annotation is similar to $self->annotation; this is computed using FIG::SameFunc()
260 :    
261 :     =item undef
262 :    
263 :     =back
264 :    
265 :     =cut
266 :    
267 :     sub supports_annotation {
268 :     my ($self) = @_;
269 :    
270 :     # no code here so far
271 :    
272 :     return $self->{supports_annotation};
273 :     }
274 :    
275 :     =head3 url()
276 :    
277 :     URL describing the subject. In case of a BLAST hit against a sequence, this URL will lead to a page displaying the sequence record for the sequence. In case of an HMM hit, the URL will be to the URL description.
278 :    
279 :     =cut
280 :    
281 :     sub url {
282 :     my ($self) = @_;
283 :    
284 :     my $url = get_url($self->type, $self->acc);
285 :    
286 :     return $url;
287 :     }
288 :    
289 :     =head3 get_objects()
290 :    
291 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
292 :    
293 :     It will probably have to:
294 :    
295 :     - get all sims for the feature
296 :     - get all bbhs for the feature
297 :     - copy information from sim to bbh (bbh have no match location etc)
298 :     - get pchs (difficult)
299 :     - get attributes (there is code for this that in get_attribute_based_observations
300 :     - get_attributes_based_observations returns an array of arrays of hashes like this"
301 :    
302 : mkubal 1.7 my $dataset
303 : mkubal 1.1 [
304 :     [ { name => 'acc', value => '1234' },
305 :     { name => 'from', value => '4' },
306 :     { name => 'to', value => '400' },
307 :     ....
308 :     ],
309 :     [ { name => 'acc', value => '456' },
310 :     { name => 'from', value => '1' },
311 :     { name => 'to', value => '100' },
312 :     ....
313 :     ],
314 :     ...
315 :     ];
316 :     return $datasets;
317 :     }
318 :    
319 :     It will invoke the required calls to the SEED API to retrieve the information required.
320 :    
321 :     =cut
322 :    
323 :     sub get_objects {
324 : mkubal 1.7 my ($self,$fid,$classes) = @_;
325 :    
326 :    
327 :     my $objects = [];
328 :     my @matched_datasets=();
329 : mkubal 1.1
330 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
331 :     # returns an array of arrays of hashes
332 :    
333 :     if(scalar(@$classes) < 1){
334 :     get_attribute_based_observations($fid,\@matched_datasets);
335 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
336 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
337 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
338 :     }
339 :     else{
340 :     #IPR,CDD,CELLO,PFAM,SIGNALP - attribute based
341 :     my %domain_classes;
342 : arodri7 1.9 my $identical_flag=0;
343 :     my $pch_flag=0;
344 : mkubal 1.7 foreach my $class (@$classes){
345 : arodri7 1.9 if($class =~ /(IPR|CDD|PFAM)/){
346 : mkubal 1.7 $domain_classes{$class} = 1;
347 : arodri7 1.9 }
348 :     elsif ($class eq "IDENTICAL")
349 :     {
350 :     $identical_flag = 1;
351 :     }
352 :     elsif ($class eq "PCH")
353 :     {
354 :     $pch_flag = 1;
355 : mkubal 1.7 }
356 :     }
357 : arodri7 1.9
358 :     if ($identical_flag ==1)
359 :     {
360 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
361 :     }
362 :     if ( (defined($domain_classes{IPR})) || (defined($domain_classes{CDD})) || (defined($domain_classes{PFAM})) ) {
363 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets);
364 :     }
365 :     if ($pch_flag == 1)
366 :     {
367 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
368 :     }
369 : arodri7 1.5
370 : mkubal 1.7 #add CELLO and SignalP later
371 : mkubal 1.1 }
372 : mkubal 1.7
373 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
374 :     my $object;
375 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
376 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
377 :     }
378 : arodri7 1.9 if($dataset->{'class'} eq "PCH"){
379 :     $object = Observation::FC->new($dataset);
380 :     }
381 :     if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
382 :     $object = Observation::Identical->new($dataset);
383 :     }
384 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
385 : mkubal 1.1 }
386 : mkubal 1.7
387 :     return $objects;
388 : mkubal 1.1
389 :     }
390 :    
391 :     =head1 Internal Methods
392 :    
393 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
394 :    
395 :     B<Please do not use them outside of this package!>
396 :    
397 :     =cut
398 :    
399 :    
400 :     =head3 get_url (internal)
401 :    
402 :     get_url() return a valid URL or undef for any observation.
403 :    
404 :     URLs are constructed by looking at the Accession acc() and name()
405 :    
406 :     Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.
407 :    
408 :     =cut
409 :    
410 :     sub get_url {
411 :    
412 :     my ($self) = @_;
413 :     my $url='';
414 :    
415 :     # a hash with a URL for each observation; identified by name()
416 :     #my $URL => { 'PFAM' => "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?" ,\
417 :     # 'IPR' => "http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=" ,\
418 :     # 'CDD' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\
419 :     # 'PIR' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\
420 :     # 'FIGFAM' => '',\
421 :     # 'sim'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id=",\
422 :     # 'bbh'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id="
423 :     #};
424 :    
425 :     # if (defined $URL{$self->name}) {
426 :     # $url = $URL{$self->name}.$self->acc;
427 :     # return $url;
428 :     # }
429 :     # else
430 :     return undef;
431 :     }
432 :    
433 :     =head3 get_display_method (internal)
434 :    
435 :     get_display_method() return a valid URL or undef for any observation.
436 :    
437 :     URLs are constructed by looking at the Accession acc() and name()
438 :     and Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.
439 :    
440 :     =cut
441 :    
442 :     sub get_display_method {
443 :    
444 :     my ($self) = @_;
445 :    
446 :     # a hash with a URL for each observation; identified by name()
447 :     #my $URL => { 'sim'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1=",\
448 :     # 'bbh'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1="
449 :     # };
450 :    
451 :     #if (defined $URL{$self->name}) {
452 :     # $url = $URL{$self->name}.$self->feature_id."&id2=".$self->acc;
453 :     # return $url;
454 :     # }
455 :     # else
456 :     return undef;
457 :     }
458 :    
459 : mkubal 1.7
460 :     sub get_attribute_based_domain_observations{
461 :    
462 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
463 :     my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref) = (@_);
464 :    
465 :     my $fig = new FIG;
466 :    
467 :     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {
468 :     my $key = @$attr_ref[1];
469 :     my @parts = split("::",$key);
470 :     my $class = $parts[0];
471 :    
472 :     if($domain_classes->{$parts[0]}){
473 :     my $val = @$attr_ref[2];
474 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
475 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
476 : mkubal 1.8 my $from = $2;
477 :     my $to = $3;
478 : mkubal 1.7 my $evalue;
479 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
480 :     my $part2 = 1000 - $1;
481 :     my $part1 = $2/100;
482 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
483 :     }
484 :     else{
485 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
486 : mkubal 1.7 }
487 :    
488 :     my $dataset = {'class' => $class,
489 :     'acc' => $key,
490 :     'type' => "dom" ,
491 :     'evalue' => $evalue,
492 :     'start' => $from,
493 :     'stop' => $to
494 :     };
495 :    
496 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
497 :     }
498 :     }
499 :     }
500 :     }
501 :    
502 : mkubal 1.1 =head3 get_attribute_based_evidence (internal)
503 :    
504 :     This method retrieves evidence from the attribute server
505 :    
506 :     =cut
507 :    
508 :     sub get_attribute_based_observations{
509 :    
510 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
511 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
512 :    
513 :     my $_myfig = new FIG;
514 :    
515 :     foreach my $attr_ref ($_myfig->get_attributes($fid)) {
516 :    
517 :     # convert the ref into a string for easier handling
518 :     my ($string) = "@$attr_ref";
519 :    
520 :     # print "S:$string\n";
521 :     my ($key,$val) = ( $string =~ /\S+\s(\S+)\s(\S+)/);
522 :    
523 :     # THIS SHOULD BE DONE ANOTHER WAY FM->TD
524 :     # we need to do the right thing for each type, ie no evalue for CELLO and no coordinates, but a score, etc
525 :     # as fas as possible this should be configured so that the type of observation and the regexp are
526 :     # stored somewhere for easy expansion
527 :     #
528 :    
529 :     if (($key =~ /PFAM::/) || ( $key =~ /IPR::/) || ( $key =~ /CDD::/) ) {
530 :    
531 :     # some keys are composite CDD::1233244 or PFAM:PF1233
532 :    
533 :     if ( $key =~ /::/ ) {
534 :     my ($firstkey,$restkey) = ( $key =~ /([a-zA-Z0-9]+)::(.*)/);
535 :     $val=$restkey.";".$val;
536 :     $key=$firstkey;
537 :     }
538 :    
539 :     my ($acc,$raw_evalue, $from,$to) = ($val =~ /(\S+);(\S+);(\d+)-(\d+)/ );
540 :    
541 :     my $evalue= 255;
542 :     if (defined $raw_evalue) { # some of the tool do not give us an evalue
543 :    
544 :     my ($k,$expo) = ( $raw_evalue =~ /(\d+).(\d+)/);
545 :     my ($new_k, $new_exp);
546 :    
547 :     #
548 :     # THIS DOES NOT WORK PROPERLY
549 :     #
550 :     if($raw_evalue =~/(\d+).(\d+)/){
551 :    
552 :     # $new_exp = (1000+$expo);
553 :     # $new_k = $k / 100;
554 :    
555 :     }
556 :     $evalue = "0.01"#new_k."e-".$new_exp;
557 :     }
558 :    
559 :     # unroll it all into an array of hashes
560 :     # this needs to be done differently for different types of observations
561 :     my $dataset = [ { name => 'class', value => $key },
562 :     { name => 'acc' , value => $acc},
563 :     { name => 'type', value => "dom"} , # this clearly needs to be done properly FM->TD
564 :     { name => 'evalue', value => $evalue },
565 :     { name => 'start', value => $from},
566 :     { name => 'stop' , value => $to}
567 :     ];
568 :    
569 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
570 :     }
571 :     }
572 :     }
573 :    
574 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
575 :    
576 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
577 :    
578 :     =cut
579 :    
580 :     sub get_sims_observations{
581 :    
582 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
583 : mkubal 1.4 my $fig = new FIG;
584 :     my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"fig");
585 :     my ($dataset);
586 : mkubal 1.3 foreach my $sim (@sims){
587 : mkubal 1.4 my $hit = $sim->[1];
588 :     my $evalue = $sim->[10];
589 :     my $from = $sim->[8];
590 :     my $to = $sim->[9];
591 :     $dataset = [ { name => 'class', value => "SIM" },
592 : mkubal 1.3 { name => 'acc' , value => $hit},
593 :     { name => 'type', value => "seq"} ,
594 :     { name => 'evalue', value => $evalue },
595 :     { name => 'start', value => $from},
596 :     { name => 'stop' , value => $to}
597 :     ];
598 : mkubal 1.4 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
599 : mkubal 1.3 }
600 :     }
601 :    
602 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
603 :    
604 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
605 :    
606 :     =cut
607 :    
608 :     sub get_identical_proteins{
609 :    
610 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
611 :     my $fig = new FIG;
612 :     my @funcs = ();
613 :    
614 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
615 :    
616 :     foreach my $id (@maps_to) {
617 :     my ($tmp, $who);
618 : arodri7 1.6 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
619 : arodri7 1.5 if ($id =~ /^fig\|/) { $who = "FIG" }
620 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $who = "NCBI" }
621 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $who = "RefSeq" }
622 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $who = "SwissProt" }
623 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $who = "UniProt" }
624 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $who = "TIGR" }
625 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $who = "PIR" }
626 :     elsif ($id =~ /^kegg\|/) { $who = "KEGG" }
627 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $who = "TrEMBL" }
628 :     elsif ($id =~ /^eric\|/) { $who = "ASAP" }
629 :    
630 :     push(@funcs, [$id,$who,$tmp]);
631 :     }
632 :     }
633 :    
634 :     my ($dataset);
635 :     foreach my $row (@funcs){
636 :     my $id = $row->[0];
637 :     my $organism = $fig->org_of($fid);
638 :     my $who = $row->[1];
639 :     my $assignment = $row->[2];
640 : arodri7 1.9
641 :     my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
642 :     'id' => $id,
643 :     'organism' => $organism,
644 :     'type' => 'seq',
645 :     'database' => $who,
646 :     'function' => $assignment
647 :     };
648 :    
649 : arodri7 1.5 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
650 :     }
651 :    
652 :     }
653 :    
654 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
655 :    
656 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
657 :    
658 :     =cut
659 :    
660 :     sub get_functional_coupling{
661 :    
662 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
663 :     my $fig = new FIG;
664 :     my @funcs = ();
665 :    
666 :     # initialize some variables
667 :     my($sc,$neigh);
668 :    
669 :     # set default parameters for coupling and evidence
670 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
671 :    
672 :     # get the fc data
673 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
674 :    
675 :     # retrieve data
676 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
677 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
678 :     } @fc_data;
679 :    
680 :     my ($dataset);
681 :     foreach my $row (@rows){
682 :     my $id = $row->[1];
683 :     my $score = $row->[0];
684 :     my $description = $row->[2];
685 : arodri7 1.9 my $dataset = {'class' => 'PCH',
686 :     'score' => $score,
687 :     'id' => $id,
688 :     'type' => 'fc',
689 :     'function' => $description
690 :     };
691 :    
692 : arodri7 1.6 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
693 :     }
694 :     }
695 : arodri7 1.5
696 : mkubal 1.1 =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)
697 :    
698 :     This methods retrieves sims and also BBHs and fills the internal data structures.
699 :    
700 :     =cut
701 :    
702 :     # sub get_sims_and_bbhs{
703 :    
704 :     # # blast m8 output format
705 :     # # id1, id2, %ident, align len, mismatches, gaps, q.start, q.stop, s. start, s.stop, eval, bit
706 :    
707 :     # my $Sims=();
708 :     # @sims_src = $fig->sims($fid,80,500,"fig",0);
709 :     # print "found $#sims_src SIMs\n";
710 :     # foreach $sims (@sims_src) {
711 :     # my ($sims_string) = "@$sims";
712 :     # # print "$sims_string\n";
713 :     # my ($rfid,$start,$stop,$eval) = ( $sims_string =~ /\S+\s+(\S+)\s+\S+\s\S+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+
714 :     # \S+\s+\S+\s+\S+\s+\S+\s+(\S+)+.*/);
715 :     # # print "ID: $rfid, E:$eval, Start:$start stop:$stop\n";
716 :     # $Sims{$rfid}{'eval'}=$eval;
717 :     # $Sims{$rfid}{'start'}=$start;
718 :     # $Sims{$rfid}{'stop'}=$stop;
719 :     # print "$rfid $Sims{$rfid}{'eval'}\n";
720 :     # }
721 :    
722 :     # # BBHs
723 :     # my $BBHs=();
724 :    
725 :     # @bbhs_src = $fig->bbhs($fid,1.0e-10);
726 :     # print "found $#bbhs_src BBHs\n";
727 :     # foreach $bbh (@bbhs_src) {
728 :     # #print "@$bbh\n";
729 :     # my ($bbh_string) = "@$bbh";
730 :     # my ($rfid,$eval,$score) = ( $bbh_string =~ /(\S+)\s(\S+)\s(\S+)/);
731 :     # #print "ID: $rfid, E:$eval, S:$score\n";
732 :     # $BBHs{$rfid}{'eval'}=$eval;
733 :     # $BBHs{$rfid}{'score'}=$score;
734 :     # #print "$rfid $BBHs{$rfid}{'eval'}\n";
735 :     # }
736 :    
737 :     # }
738 :    
739 :    
740 :    
741 :     =head3 new (internal)
742 :    
743 :     Instantiate a new object.
744 :    
745 :     =cut
746 :    
747 :     sub new {
748 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
749 :    
750 : mkubal 1.1
751 : mkubal 1.7 #$self = { acc => '',
752 :     # description => '',
753 :     # class => '',
754 :     # type => '',
755 :     # start => '',
756 :     # stop => '',
757 :     # evalue => '',
758 :     # score => '',
759 :     # display_method => '',
760 :     # feature_id => '',
761 :     # rank => '',
762 :     # supports_annotation => '',
763 :     # id => '',
764 :     # organism => '',
765 :     # who => ''
766 :     # };
767 : mkubal 1.1
768 : mkubal 1.7 my $self = { class => $dataset->{'class'},
769 :     type => $dataset->{'type'}
770 :     };
771 :    
772 :     bless($self,$class);
773 : mkubal 1.1
774 :     return $self;
775 :     }
776 :    
777 :     =head3 feature_id (internal)
778 :    
779 :    
780 :     =cut
781 :    
782 :     sub feature_id {
783 :     my ($self) = @_;
784 :    
785 :     return $self->{feature_id};
786 :     }
787 : arodri7 1.5
788 :     =head3 id (internal)
789 :    
790 :     Returns the ID of the identical sequence
791 :    
792 :     =cut
793 :    
794 :     sub id {
795 :     my ($self) = @_;
796 :    
797 :     return $self->{id};
798 :     }
799 :    
800 :     =head3 organism (internal)
801 :    
802 :     Returns the organism of the identical sequence
803 :    
804 :     =cut
805 :    
806 :     sub organism {
807 :     my ($self) = @_;
808 :    
809 :     return $self->{organism};
810 :     }
811 :    
812 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
813 :    
814 :     Returns the function of the identical sequence
815 :    
816 :     =cut
817 :    
818 :     sub function {
819 :     my ($self) = @_;
820 :    
821 :     return $self->{function};
822 :     }
823 :    
824 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
825 :    
826 :     Returns the database of the identical sequence
827 :    
828 :     =cut
829 :    
830 :     sub database {
831 :     my ($self) = @_;
832 :    
833 :     return $self->{database};
834 :     }
835 :    
836 : arodri7 1.6
837 : arodri7 1.9 ############################################################
838 :     ############################################################
839 :     package Observation::Identical;
840 :    
841 :     use base qw(Observation);
842 :    
843 :     sub new {
844 :    
845 :     my ($class,$dataset) = @_;
846 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
847 :     $self->{id} = $dataset->{'id'};
848 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
849 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
850 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
851 :    
852 :     bless($self,$class);
853 :     return $self;
854 :     }
855 :    
856 :     =head3 display()
857 : arodri7 1.6
858 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
859 :     This code will display a table for the identical protein
860 :    
861 :    
862 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
863 :     dence.
864 : arodri7 1.6
865 :     =cut
866 :    
867 : arodri7 1.9 sub display{
868 :     my ($self, $cgi, $dataset) = @_;
869 : arodri7 1.6
870 :     my $all_domains = [];
871 :     my $count_identical = 0;
872 : arodri7 1.9 my $content;
873 :     foreach my $thing (@$dataset) {
874 : arodri7 1.6 next if ($thing->class ne "IDENTICAL");
875 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
876 :     push(@$single_domain,$thing->database);
877 :     my $id = $thing->id;
878 :     $count_identical++;
879 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
880 :     push(@$single_domain,$thing->organism);
881 :     #push(@$single_domain,$thing->type);
882 :     push(@$single_domain,$thing->function);
883 :     push(@$all_domains,$single_domain);
884 : arodri7 1.6 }
885 :    
886 :     if ($count_identical >0){
887 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
888 : arodri7 1.6 }
889 :     else{
890 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
891 : arodri7 1.6 }
892 :     return ($content);
893 :     }
894 : mkubal 1.7
895 : arodri7 1.9 1;
896 :    
897 :    
898 :     #########################################
899 :     #########################################
900 :     package Observation::FC;
901 :     1;
902 :    
903 :     use base qw(Observation);
904 :    
905 :     sub new {
906 :    
907 :     my ($class,$dataset) = @_;
908 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
909 :     $self->{score} = $dataset->{'score'};
910 :     $self->{id} = $dataset->{'id'};
911 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
912 :    
913 :     bless($self,$class);
914 :     return $self;
915 :     }
916 :    
917 :     =head3 display()
918 :    
919 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
920 :     This code will display a table for the identical protein
921 :    
922 :    
923 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
924 :     dence.
925 :    
926 :     =cut
927 :    
928 :     sub display {
929 :     my ($self,$cgi,$dataset, $fid) = @_;
930 :    
931 :     my $functional_data = [];
932 :     my $count = 0;
933 :     my $content;
934 :    
935 :     foreach my $thing (@$dataset) {
936 :     my $single_domain = [];
937 :     next if ($thing->class ne "PCH");
938 :     $count++;
939 :    
940 :     # construct the score link
941 :     my $score = $thing->score;
942 :     my $toid = $thing->id;
943 :     my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
944 :     my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
945 :    
946 :     push(@$single_domain,$sc_link);
947 :     push(@$single_domain,$thing->id);
948 :     push(@$single_domain,$thing->function);
949 :     push(@$functional_data,$single_domain);
950 :     }
951 :    
952 :     if ($count >0){
953 :     $content = $functional_data;
954 :     }
955 :     else
956 :     {
957 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
958 :     }
959 :     return ($content);
960 :     }
961 :    
962 :    
963 :     #########################################
964 :     #########################################
965 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
966 :    
967 :     use base qw(Observation);
968 :    
969 :     sub new {
970 :    
971 :     my ($class,$dataset) = @_;
972 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
973 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
974 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
975 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
976 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
977 :    
978 :     bless($self,$class);
979 :     return $self;
980 :     }
981 :    
982 :     sub display {
983 :     my ($thing,$gd) = @_;
984 :     my $lines = [];
985 :     my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
986 :     'short_title' => $thing->type,
987 :     'basepair_offset' => '1' };
988 :     my $color = "4";
989 :    
990 :     my $line_data = [];
991 :     my $links_list = [];
992 :     my $descriptions = [];
993 :    
994 :     my $description_function;
995 :     $description_function = {"title" => $thing->class,
996 :     "value" => $thing->acc};
997 :    
998 :     push(@$descriptions,$description_function);
999 :    
1000 :     my $score;
1001 :     $score = {"title" => "score",
1002 :     "value" => $thing->evalue};
1003 :     push(@$descriptions,$score);
1004 :    
1005 :     my $link_id;
1006 :     if ($thing->acc =~/CDD::(\d+)/){
1007 :     $link_id = $1;
1008 :     }
1009 :    
1010 :     my $link;
1011 :     $link = {"link_title" => $thing->acc,
1012 :     "link" => "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"};
1013 :     push(@$links_list,$link);
1014 :    
1015 :     my $element_hash = {
1016 :     "title" => $thing->type,
1017 :     "start" => $thing->start,
1018 :     "end" => $thing->stop,
1019 :     "color"=> $color,
1020 :     "zlayer" => '2',
1021 :     "links_list" => $links_list,
1022 :     "description" => $descriptions};
1023 :    
1024 :     push(@$line_data,$element_hash);
1025 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1026 :    
1027 :     return $gd;
1028 :    
1029 :     }
1030 :    

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