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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.67 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : paczian 1.54 #use lib '/vol/ontologies';
4 : mkubal 1.19 use DBMaster;
5 : mkubal 1.34 use Data::Dumper;
6 : mkubal 1.19
7 : mkubal 1.1 require Exporter;
8 : parrello 1.59 @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9 : mkubal 1.1
10 : paczian 1.44 use WebColors;
11 : paczian 1.52 use WebConfig;
12 : paczian 1.44
13 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
14 : mkubal 1.30 #use strict;
15 : arodri7 1.16 #use warnings;
16 : arodri7 1.9 use HTML;
17 : arodri7 1.55 use FFs;
18 : mkubal 1.1
19 :     1;
20 :    
21 :     =head1 NAME
22 :    
23 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
24 :    
25 :     =head1 DESCRIPTION
26 :    
27 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
28 :     single interface to this data.
29 :    
30 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
31 :    
32 :     =cut
33 :    
34 :     =head1 BACKGROUND
35 :    
36 :     =head2 Data incorporated in the Observations
37 :    
38 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
39 :    
40 :     =head3 SEED core evidence
41 :    
42 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
43 :    
44 :     =head3 Attribute based Evidence
45 :    
46 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
47 :    
48 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
49 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
50 :    
51 :     =head1 METHODS
52 :    
53 :     The public methods this package provides are listed below:
54 :    
55 :    
56 : mkubal 1.24 =head3 context()
57 :    
58 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
59 : mkubal 1.1
60 :     =cut
61 :    
62 : mkubal 1.24 sub context {
63 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
64 :    
65 : mkubal 1.24 return $self->{context};
66 : mkubal 1.1 }
67 :    
68 : mkubal 1.24 =head3 rows()
69 : mkubal 1.1
70 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
71 : mkubal 1.1
72 : mkubal 1.24 =cut
73 :    
74 :     sub rows {
75 :     my ($self) = @_;
76 :    
77 :     return $self->{rows};
78 :     }
79 :    
80 :     =head3 acc()
81 :    
82 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
83 : mkubal 1.1
84 :     =cut
85 :    
86 : mkubal 1.24 sub acc {
87 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
88 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
89 : mkubal 1.1 }
90 :    
91 : arodri7 1.40 =head3 query()
92 :    
93 :     The query id
94 :    
95 :     =cut
96 :    
97 :     sub query {
98 :     my ($self) = @_;
99 :     return $self->{query};
100 :     }
101 :    
102 :    
103 : mkubal 1.1 =head3 class()
104 :    
105 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
106 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
107 : mkubal 1.7
108 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
109 :    
110 :     =over 9
111 :    
112 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
113 :    
114 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
115 : mkubal 1.1
116 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
117 : mkubal 1.1
118 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
119 : mkubal 1.1
120 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
121 : mkubal 1.1
122 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
123 : mkubal 1.1
124 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
125 : mkubal 1.1
126 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
127 : mkubal 1.1
128 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
129 : mkubal 1.1
130 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
131 :    
132 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
133 : mkubal 1.1
134 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
135 : mkubal 1.1
136 :     =back
137 :    
138 :     =cut
139 :    
140 :     sub class {
141 :     my ($self) = @_;
142 :    
143 :     return $self->{class};
144 :     }
145 :    
146 :     =head3 type()
147 :    
148 :     The type of evidence (required).
149 :    
150 :     Where type is one of the following:
151 :    
152 :     =over 8
153 :    
154 :     =item seq=Sequence similarity
155 :    
156 :     =item dom=domain based match
157 :    
158 :     =item loc=Localization of the feature
159 :    
160 :     =item fc=Functional coupling.
161 :    
162 :     =back
163 :    
164 :     =cut
165 :    
166 :     sub type {
167 :     my ($self) = @_;
168 :    
169 : arodri7 1.26 return $self->{type};
170 : mkubal 1.1 }
171 :    
172 :     =head3 start()
173 :    
174 :     Start of hit in query sequence.
175 :    
176 :     =cut
177 :    
178 :     sub start {
179 :     my ($self) = @_;
180 :    
181 :     return $self->{start};
182 :     }
183 :    
184 :     =head3 end()
185 :    
186 :     End of the hit in query sequence.
187 :    
188 :     =cut
189 :    
190 :     sub stop {
191 :     my ($self) = @_;
192 :    
193 :     return $self->{stop};
194 :     }
195 :    
196 : arodri7 1.11 =head3 start()
197 :    
198 :     Start of hit in query sequence.
199 :    
200 :     =cut
201 :    
202 :     sub qstart {
203 :     my ($self) = @_;
204 :    
205 :     return $self->{qstart};
206 :     }
207 :    
208 :     =head3 qstop()
209 :    
210 :     End of the hit in query sequence.
211 :    
212 :     =cut
213 :    
214 :     sub qstop {
215 :     my ($self) = @_;
216 :    
217 :     return $self->{qstop};
218 :     }
219 :    
220 :     =head3 hstart()
221 :    
222 :     Start of hit in hit sequence.
223 :    
224 :     =cut
225 :    
226 :     sub hstart {
227 :     my ($self) = @_;
228 :    
229 :     return $self->{hstart};
230 :     }
231 :    
232 :     =head3 end()
233 :    
234 :     End of the hit in hit sequence.
235 :    
236 :     =cut
237 :    
238 :     sub hstop {
239 :     my ($self) = @_;
240 :    
241 :     return $self->{hstop};
242 :     }
243 :    
244 :     =head3 qlength()
245 :    
246 :     length of the query sequence in similarities
247 :    
248 :     =cut
249 :    
250 :     sub qlength {
251 :     my ($self) = @_;
252 :    
253 :     return $self->{qlength};
254 :     }
255 :    
256 :     =head3 hlength()
257 :    
258 :     length of the hit sequence in similarities
259 :    
260 :     =cut
261 :    
262 :     sub hlength {
263 :     my ($self) = @_;
264 :    
265 :     return $self->{hlength};
266 :     }
267 :    
268 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
269 :    
270 :     E-value or P-Value if present.
271 :    
272 :     =cut
273 :    
274 :     sub evalue {
275 :     my ($self) = @_;
276 :    
277 :     return $self->{evalue};
278 :     }
279 :    
280 :     =head3 score()
281 :    
282 :     Score if present.
283 :    
284 :     =cut
285 :    
286 :     sub score {
287 :     my ($self) = @_;
288 :     return $self->{score};
289 :     }
290 :    
291 : mkubal 1.12 =head3 display()
292 : mkubal 1.1
293 : mkubal 1.12 will be different for each type
294 : mkubal 1.1
295 :     =cut
296 :    
297 : mkubal 1.7 sub display {
298 : mkubal 1.1
299 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
300 : mkubal 1.1
301 :     }
302 :    
303 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
304 : mkubal 1.7
305 : mkubal 1.24 will be different for each type
306 : mkubal 1.1
307 : mkubal 1.24 =cut
308 : mkubal 1.1
309 : mkubal 1.24 sub display_table {
310 :    
311 :     die "Abstract Table Method Called\n";
312 : mkubal 1.1
313 :     }
314 :    
315 :     =head3 get_objects()
316 :    
317 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
318 :    
319 :     =cut
320 :    
321 :     sub get_objects {
322 : arodri7 1.67 my ($self,$fid,$fig,$parameters,$scope) = @_;
323 : paczian 1.44
324 : mkubal 1.7 my $objects = [];
325 :     my @matched_datasets=();
326 : mkubal 1.1
327 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
328 :     # returns an array of arrays of hashes
329 :    
330 : mkubal 1.24 if($scope){
331 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
332 : mkubal 1.7 }
333 :     else{
334 :     my %domain_classes;
335 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
336 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
337 : arodri7 1.41 $domain_classes{'PFAM'} = 1;
338 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
339 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
340 : arodri7 1.67 get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
341 : arodri7 1.41 get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
342 :     get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344 : mkubal 1.1 }
345 : mkubal 1.7
346 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
347 :     my $object;
348 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
349 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
350 :     }
351 : arodri7 1.41 elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
352 : arodri7 1.9 $object = Observation::FC->new($dataset);
353 :     }
354 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
355 : arodri7 1.9 $object = Observation::Identical->new($dataset);
356 :     }
357 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
358 : mkubal 1.12 $object = Observation::Location->new($dataset);
359 :     }
360 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
361 : arodri7 1.10 $object = Observation::Sims->new($dataset);
362 :     }
363 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
364 : arodri7 1.15 $object = Observation::Cluster->new($dataset);
365 :     }
366 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
367 : mkubal 1.20 $object = Observation::PDB->new($dataset);
368 :     }
369 :    
370 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
371 : mkubal 1.1 }
372 : mkubal 1.7
373 :     return $objects;
374 : mkubal 1.1
375 :     }
376 :    
377 : mkubal 1.61 =head
378 :     provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
379 :     =cut
380 :    
381 :     sub get_attributes{
382 :     my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
383 :     my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
384 :     return @attributes;
385 :     }
386 :    
387 : arodri7 1.58 =head3 get_sims_objects()
388 :    
389 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
390 :    
391 :     =cut
392 :    
393 :     sub get_sims_objects {
394 :     my ($self,$fid,$fig,$parameters) = @_;
395 :    
396 :     my $objects = [];
397 :     my @matched_datasets=();
398 :    
399 :     # call function that fetches attribute based observations
400 :     # returns an array of arrays of hashes
401 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
402 :    
403 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
404 :     my $object;
405 :     if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
406 :     $object = Observation::Sims->new($dataset);
407 :     }
408 :     push (@$objects, $object);
409 :     }
410 :     return $objects;
411 :     }
412 :    
413 :    
414 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
415 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
416 :    
417 :     =cut
418 :     sub display_housekeeping {
419 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig) = @_;
420 :     my $content = [];
421 :     my $row = [];
422 : arodri7 1.28
423 : arodri7 1.66 my $org_name = "Data not available";
424 :     if ( $fig->org_of($fid)){
425 :     $org_name = $fig->org_of($fid);
426 :     }
427 : arodri7 1.45 my $org_id = $fig->genome_of($fid);
428 : arodri7 1.28 my $function = $fig->function_of($fid);
429 : arodri7 1.41 #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
430 :     my $length = $fig->translation_length($fid);
431 :    
432 :     push (@$row, $org_name);
433 :     push (@$row, $fid);
434 :     push (@$row, $length);
435 :     push (@$row, $function);
436 :    
437 :     # initialize the table for commentary and annotations
438 :     #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
439 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
440 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
441 :     #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
442 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
443 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
444 :     #$content .= qq(</table><p>\n);
445 :    
446 :     push(@$content, $row);
447 : arodri7 1.28
448 :     return ($content);
449 :     }
450 :    
451 :     =head3 get_sims_summary
452 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
453 :    
454 :     =cut
455 :    
456 :     sub get_sims_summary {
457 : arodri7 1.53 my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
458 : arodri7 1.28 my %families;
459 : arodri7 1.53 my $taxes = $fig->taxonomy_list();
460 :    
461 : arodri7 1.42 foreach my $thing (@$dataset) {
462 : arodri7 1.53 my ($id, $evalue);
463 :     if ($thing =~ /fig\|/){
464 :     $id = $thing;
465 :     $evalue = -1;
466 :     }
467 :     else{
468 :     next if ($thing->class ne "SIM");
469 :     $id = $thing->acc;
470 :     $evalue = $thing->evalue;
471 :     }
472 : arodri7 1.42 next if ($id !~ /fig\|/);
473 :     next if ($fig->is_deleted_fid($id));
474 : arodri7 1.53
475 : arodri7 1.42 my $genome = $fig->genome_of($id);
476 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
477 : arodri7 1.53 my $taxonomy = $taxes->{$genome};
478 : arodri7 1.28 my $parent_tax = "Root";
479 : arodri7 1.38 my @currLineage = ($parent_tax);
480 : arodri7 1.53 push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
481 :     my $level = 2;
482 : arodri7 1.28 foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
483 : arodri7 1.53 push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
484 :     push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
485 :     $families{level}{$tax} = $level;
486 : arodri7 1.38 push (@currLineage, $tax);
487 : arodri7 1.28 $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
488 : arodri7 1.38 $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
489 : arodri7 1.39 if (defined ($families{evalue}{$tax})){
490 : arodri7 1.53 if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
491 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
492 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
493 : arodri7 1.39 }
494 :     }
495 :     else{
496 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
497 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
498 : arodri7 1.39 }
499 :    
500 : arodri7 1.28 $parent_tax = $tax;
501 : arodri7 1.53 $level++;
502 : arodri7 1.28 }
503 :     }
504 :    
505 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
506 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
507 :    
508 :     my %saw;
509 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
510 :     $families{children}{$key} = \@out;
511 :     }
512 : arodri7 1.53
513 :     return \%families;
514 : arodri7 1.28 }
515 :    
516 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
517 :    
518 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
519 :    
520 :     B<Please do not use them outside of this package!>
521 :    
522 :     =cut
523 :    
524 : arodri7 1.39 sub get_taxcolor{
525 :     my ($evalue) = @_;
526 :     my $color;
527 : arodri7 1.53 if ($evalue == -1){ $color = "black"; }
528 :     elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){ $color = "#FF2000"; }
529 : arodri7 1.39 elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = "#FF3300"; }
530 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = "#FF6600"; }
531 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = "#FF9900"; }
532 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = "#FFCC00"; }
533 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = "#FFFF00"; }
534 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = "#CCFF00"; }
535 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = "#66FF00"; }
536 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = "#00FF00"; }
537 :     else{ $color = "#6666FF"; }
538 :     return ($color);
539 :     }
540 :    
541 :    
542 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
543 :    
544 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
545 : arodri7 1.41 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
546 : arodri7 1.66 my $seen = {};
547 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
548 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
549 :     my @parts = split("::",$key);
550 :     my $class = $parts[0];
551 : arodri7 1.50 my $name = $parts[1];
552 : arodri7 1.66 next if ($seen->{$name});
553 :     $seen->{$name}++;
554 : arodri7 1.56 #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
555 : arodri7 1.50
556 : mkubal 1.7 if($domain_classes->{$parts[0]}){
557 :     my $val = @$attr_ref[2];
558 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
559 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
560 : mkubal 1.8 my $from = $2;
561 :     my $to = $3;
562 : mkubal 1.7 my $evalue;
563 : arodri7 1.50 if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
564 : mkubal 1.7 my $part2 = 1000 - $1;
565 :     my $part1 = $2/100;
566 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
567 :     }
568 : arodri7 1.50 elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
569 :     $evalue=$raw_evalue;
570 :     }
571 : mkubal 1.7 else{
572 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
573 : mkubal 1.7 }
574 : arodri7 1.66
575 : mkubal 1.7 my $dataset = {'class' => $class,
576 :     'acc' => $key,
577 :     'type' => "dom" ,
578 :     'evalue' => $evalue,
579 :     'start' => $from,
580 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
581 :     'fig_id' => $fid,
582 :     'score' => $raw_evalue
583 : mkubal 1.7 };
584 :    
585 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
586 :     }
587 :     }
588 :     }
589 :     }
590 : mkubal 1.12
591 :     sub get_attribute_based_location_observations{
592 :    
593 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
594 :     #my $fig = new FIG;
595 : mkubal 1.12
596 : mkubal 1.30 my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
597 : mkubal 1.12
598 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
599 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
600 :     'fig_id' => $fid
601 :     };
602 :    
603 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
604 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
605 : mkubal 1.30 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/) && ($key !~/Phobius/) );
606 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
607 :     my $sub_class = $parts[0];
608 :     my $sub_key = $parts[1];
609 :     my $value = @$attr_ref[2];
610 :     if($sub_class eq "SignalP"){
611 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
612 :     my @value_parts = split(";",$value);
613 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
614 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
615 :     }
616 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
617 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
618 :     }
619 :     }
620 : mkubal 1.30
621 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "CELLO"){
622 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
623 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
624 :     }
625 : mkubal 1.30
626 :     elsif($sub_class eq "Phobius"){
627 :     if($sub_key eq "transmembrane"){
628 :     $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
629 :     }
630 :     elsif($sub_key eq "signal"){
631 :     $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
632 :     }
633 :     }
634 :    
635 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "TMPRED"){
636 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
637 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
638 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
639 :     }
640 :     }
641 :    
642 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
643 :    
644 :     }
645 :    
646 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
647 :    
648 :     This methods sets the type and class for pdb observations
649 :    
650 :     =cut
651 :    
652 :     sub get_pdb_observations{
653 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
654 : mkubal 1.20
655 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
656 : mkubal 1.20
657 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
658 : mkubal 1.20 my $key = @$attr_ref[1];
659 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
660 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
661 :     my $value = @$attr_ref[2];
662 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
663 :    
664 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
665 :     my $part2 = 1000 - $1;
666 :     my $part1 = $2/100;
667 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
668 :     }
669 :    
670 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
671 :    
672 :     my $url = @$attr_ref[3];
673 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
674 :     'type' => 'seq' ,
675 :     'acc' => $key2,
676 :     'evalue' => $evalue,
677 :     'start' => $start,
678 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
679 :     'fig_id' => $fid
680 : mkubal 1.20 };
681 :    
682 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
683 :     }
684 :     }
685 :    
686 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
687 :    
688 :     This methods sets the type and class for cluster observations
689 :    
690 :     =cut
691 :    
692 :     sub get_cluster_observations{
693 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
694 : arodri7 1.15
695 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
696 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
697 :     'context' => $scope,
698 :     'fig_id' => $fid
699 : arodri7 1.16 };
700 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
701 :     }
702 :    
703 :    
704 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
705 :    
706 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
707 :    
708 :     =cut
709 :    
710 :     sub get_sims_observations{
711 : arodri7 1.58 my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
712 : mkubal 1.3
713 : arodri7 1.62 my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter, $sim_filters);
714 : arodri7 1.67 if ( (defined $parameters->{flag}) && ($parameters->{flag})){
715 : arodri7 1.58 $max_sims = $parameters->{max_sims};
716 :     $max_expand = $parameters->{max_expand};
717 :     $max_eval = $parameters->{max_eval};
718 :     $db_filter = $parameters->{db_filter};
719 : arodri7 1.62 $sim_filters->{ sort_by } = $parameters->{sim_order};
720 :     #$sim_order = $parameters->{sim_order};
721 : arodri7 1.58 $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
722 :     }
723 : arodri7 1.67 elsif ( (defined $parameters->{sims_db}) && ($parameters->{sims_db} eq 'all')){
724 :     $max_sims = 50;
725 :     $max_expand = 5;
726 :     $max_eval = 1e-5;
727 :     $db_filter = "all";
728 :     $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
729 :     }
730 : arodri7 1.58 else{
731 :     $max_sims = 50;
732 :     $max_expand = 5;
733 :     $max_eval = 1e-5;
734 :     $db_filter = "figx";
735 : arodri7 1.62 $sim_filters->{ sort_by } = 'id';
736 :     #$sim_order = "id";
737 : arodri7 1.58 }
738 :    
739 : parrello 1.59 my($id, $genome, @genomes, %sims);
740 : arodri7 1.62 my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand,$sim_filters);
741 : arodri7 1.58 @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
742 : mkubal 1.4 my ($dataset);
743 : arodri7 1.26
744 : arodri7 1.58 if ($group_by_genome){
745 :     # Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
746 :     foreach $sim ( @tmp ){
747 :     $id = $sim->id2;
748 :     $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
749 :     if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
750 :     push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
751 :     }
752 :     @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
753 :     }
754 : arodri7 1.66
755 :     my $seen_sims={};
756 : arodri7 1.58 foreach my $sim (@tmp){
757 : arodri7 1.26 my $hit = $sim->[1];
758 : arodri7 1.66 next if ($seen_sims->{$hit});
759 :     $seen_sims->{$hit}++;
760 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
761 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
762 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
763 :     my $qto = $sim->[7];
764 :     my $hfrom = $sim->[8];
765 :     my $hto = $sim->[9];
766 :     my $qlength = $sim->[12];
767 :     my $hlength = $sim->[13];
768 :     my $db = get_database($hit);
769 :     my $func = $fig->function_of($hit);
770 : arodri7 1.66 my $organism;
771 :     if ($fig->org_of($hit)){
772 :     $organism = $fig->org_of($hit);
773 :     }
774 :     else{
775 :     $organism = "Data not available";
776 :     }
777 : arodri7 1.11
778 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
779 : arodri7 1.40 'query' => $sim->[0],
780 : arodri7 1.10 'acc' => $hit,
781 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
782 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
783 :     'evalue' => $evalue,
784 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
785 :     'qstop' => $qto,
786 :     'hstart' => $hfrom,
787 :     'hstop' => $hto,
788 :     'database' => $db,
789 :     'organism' => $organism,
790 :     'function' => $func,
791 :     'qlength' => $qlength,
792 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
793 :     'fig_id' => $fid
794 : arodri7 1.10 };
795 :    
796 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
797 : mkubal 1.3 }
798 :     }
799 :    
800 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
801 :     This method gets the database association from the sequence id
802 :    
803 :     =cut
804 :    
805 :     sub get_database{
806 :     my ($id) = (@_);
807 :    
808 :     my ($db);
809 : arodri7 1.58 if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "SEED" }
810 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
811 : arodri7 1.58 elsif ($id =~ /^gb\|/) { $db = "GenBank" }
812 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
813 : arodri7 1.58 elsif ($id =~ /^ref\|/) { $db = "RefSeq" }
814 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
815 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
816 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
817 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
818 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
819 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
820 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
821 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
822 : arodri7 1.58 elsif ($id =~ /^pdb\|/) { $db = "PDB" }
823 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "IMG" }
824 :     elsif ($id =~ /^cmr\|/) { $db = "CMR" }
825 :     elsif ($id =~ /^dbj\|/) { $db = "DBJ" }
826 : arodri7 1.11
827 :     return ($db);
828 :    
829 :     }
830 :    
831 : mkubal 1.24
832 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
833 :    
834 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
835 :    
836 :     =cut
837 :    
838 :     sub get_identical_proteins{
839 :    
840 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
841 :     #my $fig = new FIG;
842 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
843 : arodri7 1.5
844 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
845 :     foreach my $id (@maps_to) {
846 :     my ($tmp, $who);
847 : arodri7 1.33 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
848 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
849 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
850 : arodri7 1.5 }
851 :     }
852 :    
853 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
854 :     'type' => 'seq',
855 :     'fig_id' => $fid,
856 :     'rows' => $funcs_ref
857 :     };
858 :    
859 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
860 :    
861 : arodri7 1.5
862 :     }
863 :    
864 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
865 :    
866 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
867 :    
868 :     =cut
869 :    
870 :     sub get_functional_coupling{
871 :    
872 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
873 :     #my $fig = new FIG;
874 : arodri7 1.6 my @funcs = ();
875 :    
876 :     # initialize some variables
877 :     my($sc,$neigh);
878 :    
879 :     # set default parameters for coupling and evidence
880 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
881 :    
882 :     # get the fc data
883 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
884 :    
885 :     # retrieve data
886 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
887 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
888 :     } @fc_data;
889 :    
890 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
891 :     'type' => 'fc',
892 :     'fig_id' => $fid,
893 :     'rows' => \@rows
894 :     };
895 :    
896 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
897 : arodri7 1.9
898 : arodri7 1.6 }
899 : arodri7 1.5
900 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
901 :    
902 :     Instantiate a new object.
903 :    
904 :     =cut
905 :    
906 :     sub new {
907 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
908 :    
909 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
910 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
911 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
912 :     score => $dataset->{'score'},
913 : arodri7 1.10 };
914 : mkubal 1.7
915 :     bless($self,$class);
916 : mkubal 1.1
917 :     return $self;
918 :     }
919 :    
920 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
921 :    
922 :     Returns the % identity of the similar sequence
923 :    
924 :     =cut
925 :    
926 :     sub identity {
927 :     my ($self) = @_;
928 :    
929 :     return $self->{identity};
930 :     }
931 :    
932 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
933 :    
934 :     =cut
935 :    
936 :     sub fig_id {
937 :     my ($self) = @_;
938 :     return $self->{fig_id};
939 :     }
940 :    
941 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
942 :    
943 :    
944 :     =cut
945 :    
946 :     sub feature_id {
947 :     my ($self) = @_;
948 :    
949 :     return $self->{feature_id};
950 :     }
951 : arodri7 1.5
952 :     =head3 id (internal)
953 :    
954 :     Returns the ID of the identical sequence
955 :    
956 :     =cut
957 :    
958 :     sub id {
959 :     my ($self) = @_;
960 :    
961 :     return $self->{id};
962 :     }
963 :    
964 :     =head3 organism (internal)
965 :    
966 :     Returns the organism of the identical sequence
967 :    
968 :     =cut
969 :    
970 :     sub organism {
971 :     my ($self) = @_;
972 :    
973 :     return $self->{organism};
974 :     }
975 :    
976 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
977 :    
978 :     Returns the function of the identical sequence
979 :    
980 :     =cut
981 :    
982 :     sub function {
983 :     my ($self) = @_;
984 :    
985 :     return $self->{function};
986 :     }
987 :    
988 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
989 :    
990 :     Returns the database of the identical sequence
991 :    
992 :     =cut
993 :    
994 :     sub database {
995 :     my ($self) = @_;
996 :    
997 :     return $self->{database};
998 :     }
999 :    
1000 : mkubal 1.20 ############################################################
1001 :     ############################################################
1002 :     package Observation::PDB;
1003 :    
1004 :     use base qw(Observation);
1005 :    
1006 :     sub new {
1007 :    
1008 :     my ($class,$dataset) = @_;
1009 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1010 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1011 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1012 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1013 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1014 :     bless($self,$class);
1015 :     return $self;
1016 :     }
1017 :    
1018 :     =head3 display()
1019 :    
1020 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
1021 :    
1022 :     =cut
1023 :    
1024 :     sub display{
1025 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
1026 : mkubal 1.20
1027 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1028 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1029 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1030 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1031 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1032 : mkubal 1.20
1033 :     my $acc = $self->acc;
1034 :    
1035 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
1036 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
1037 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
1038 :     $pdb_description = "not available";
1039 :     $pdb_source = "not available";
1040 :     $pdb_ligand = "not available";
1041 :     }
1042 :     else{
1043 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
1044 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
1045 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
1046 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
1047 :     }
1048 : arodri7 1.6
1049 : mkubal 1.20 my $lines = [];
1050 :     my $line_data = [];
1051 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
1052 : paczian 1.47 'hover_title' => 'PDB',
1053 : mkubal 1.20 'short_title' => "best PDB",
1054 :     'basepair_offset' => '1' };
1055 :    
1056 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1057 : mkubal 1.20 my $seq = $fig->get_translation($fid);
1058 :     my $fid_stop = length($seq);
1059 :    
1060 :     my $fid_element_hash = {
1061 :     "title" => $fid,
1062 :     "start" => '1',
1063 :     "end" => $fid_stop,
1064 :     "color"=> '1',
1065 :     "zlayer" => '1'
1066 :     };
1067 :    
1068 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
1069 :    
1070 :     my $links_list = [];
1071 :     my $descriptions = [];
1072 :    
1073 :     my $name;
1074 :     $name = {"title" => 'id',
1075 :     "value" => $acc};
1076 :     push(@$descriptions,$name);
1077 :    
1078 :     my $description;
1079 :     $description = {"title" => 'pdb description',
1080 :     "value" => $pdb_description};
1081 :     push(@$descriptions,$description);
1082 :    
1083 :     my $score;
1084 :     $score = {"title" => "score",
1085 :     "value" => $self->evalue};
1086 :     push(@$descriptions,$score);
1087 :    
1088 :     my $start_stop;
1089 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
1090 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
1091 :     "value" => $start_stop_value};
1092 :     push(@$descriptions,$start_stop);
1093 :    
1094 :     my $source;
1095 :     $source = {"title" => "source",
1096 :     "value" => $pdb_source};
1097 :     push(@$descriptions,$source);
1098 :    
1099 :     my $ligand;
1100 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
1101 :     "value" => $pdb_ligand};
1102 :     push(@$descriptions,$ligand);
1103 :    
1104 :     my $link;
1105 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1106 :    
1107 :     $link = {"link_title" => $acc,
1108 :     "link" => $link_url};
1109 :     push(@$links_list,$link);
1110 :    
1111 :     my $pdb_element_hash = {
1112 :     "title" => "PDB homology",
1113 :     "start" => $self->start,
1114 :     "end" => $self->stop,
1115 :     "color"=> '6',
1116 :     "zlayer" => '3',
1117 :     "links_list" => $links_list,
1118 :     "description" => $descriptions};
1119 :    
1120 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1121 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1122 :    
1123 :     return $gd;
1124 :     }
1125 :    
1126 :     1;
1127 : arodri7 1.11
1128 : arodri7 1.9 ############################################################
1129 :     ############################################################
1130 :     package Observation::Identical;
1131 :    
1132 :     use base qw(Observation);
1133 :    
1134 :     sub new {
1135 :    
1136 :     my ($class,$dataset) = @_;
1137 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1138 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1139 :    
1140 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1141 :     return $self;
1142 :     }
1143 :    
1144 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1145 : arodri7 1.6
1146 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1147 :     This code will display a table for the identical protein
1148 :    
1149 :    
1150 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1151 :     dence.
1152 : arodri7 1.6
1153 :     =cut
1154 :    
1155 :    
1156 : mkubal 1.24 sub display_table{
1157 : arodri7 1.41 my ($self,$fig) = @_;
1158 : mkubal 1.24
1159 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1160 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1161 :     my $rows = $self->rows;
1162 :     my $cgi = new CGI;
1163 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1164 :     my $count_identical = 0;
1165 : arodri7 1.9 my $content;
1166 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1167 :     my $id = $row->[0];
1168 :     my $who = $row->[1];
1169 :     my $assignment = $row->[2];
1170 : arodri7 1.66 my $organism = "Data not available";
1171 :     if ($fig->org_of($id)){
1172 :     $organism = $fig->org_of($id);
1173 :     }
1174 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1175 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1176 : paczian 1.64 push(@$single_domain,"<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>");
1177 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$organism);
1178 :     push(@$single_domain,$assignment);
1179 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1180 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1181 : arodri7 1.6 }
1182 :    
1183 :     if ($count_identical >0){
1184 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1185 : arodri7 1.6 }
1186 :     else{
1187 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1188 : arodri7 1.6 }
1189 :     return ($content);
1190 :     }
1191 : mkubal 1.7
1192 : arodri7 1.9 1;
1193 :    
1194 :     #########################################
1195 :     #########################################
1196 :     package Observation::FC;
1197 :     1;
1198 :    
1199 :     use base qw(Observation);
1200 :    
1201 :     sub new {
1202 :    
1203 :     my ($class,$dataset) = @_;
1204 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1205 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1206 : arodri7 1.9
1207 :     bless($self,$class);
1208 :     return $self;
1209 :     }
1210 :    
1211 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1212 : arodri7 1.9
1213 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1214 :     This code will display a table for the identical protein
1215 :    
1216 :    
1217 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1218 :     dence.
1219 :    
1220 :     =cut
1221 :    
1222 : mkubal 1.24 sub display_table {
1223 : arodri7 1.9
1224 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1225 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1226 :     my $rows = $self->rows;
1227 :     my $cgi = new CGI;
1228 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1229 :     my $count = 0;
1230 :     my $content;
1231 :    
1232 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1233 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1234 :     $count++;
1235 :    
1236 :     # construct the score link
1237 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1238 :     my $toid = $row->[1];
1239 : paczian 1.44 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1240 :     my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1241 : arodri7 1.9
1242 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1243 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1244 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1245 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1246 :     }
1247 :    
1248 :     if ($count >0){
1249 :     $content = $functional_data;
1250 :     }
1251 :     else
1252 :     {
1253 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1254 :     }
1255 :     return ($content);
1256 :     }
1257 :    
1258 :    
1259 :     #########################################
1260 :     #########################################
1261 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1262 :    
1263 :     use base qw(Observation);
1264 :    
1265 :     sub new {
1266 :    
1267 :     my ($class,$dataset) = @_;
1268 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1269 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1270 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1271 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1272 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1273 :    
1274 :     bless($self,$class);
1275 :     return $self;
1276 :     }
1277 :    
1278 :     sub display {
1279 :     my ($thing,$gd) = @_;
1280 :     my $lines = [];
1281 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1282 :     # 'short_title' => $thing->type,
1283 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1284 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1285 :    
1286 :     my $line_data = [];
1287 :     my $links_list = [];
1288 :     my $descriptions = [];
1289 : mkubal 1.19
1290 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1291 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1292 : arodri7 1.41
1293 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1294 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1295 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1296 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1297 : mkubal 1.7
1298 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1299 :     if($db eq "CDD"){
1300 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1301 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1302 :     $name_title = "name";
1303 :     $name_value = "not available";
1304 :     $description_title = "description";
1305 :     $description_value = "not available";
1306 :     }
1307 :     else{
1308 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1309 :     $name_title = "name";
1310 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1311 :     $description_title = "description";
1312 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1313 :     }
1314 :     }
1315 : arodri7 1.41 elsif($db =~ /PFAM/){
1316 : arodri7 1.50 my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1317 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1318 : arodri7 1.41 if(!scalar(@$pfam_objs)){
1319 :     $name_title = "name";
1320 :     $name_value = "not available";
1321 :     $description_title = "description";
1322 :     $description_value = "not available";
1323 :     }
1324 :     else{
1325 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1326 : arodri7 1.50 $name_title = "name";
1327 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1328 : arodri7 1.41 #$description_title = "description";
1329 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1330 :     }
1331 :     }
1332 :    
1333 :     my $short_title = $thing->acc;
1334 :     $short_title =~ s/::/ - /ig;
1335 : arodri7 1.50 my $new_short_title=$short_title;
1336 :     if ($short_title =~ /interpro/){
1337 :     ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1338 :     }
1339 : arodri7 1.41 my $line_config = { 'title' => $name_value,
1340 : paczian 1.47 'hover_title', => 'Domain',
1341 : arodri7 1.50 'short_title' => $new_short_title,
1342 : arodri7 1.27 'basepair_offset' => '1' };
1343 : mkubal 1.7
1344 : mkubal 1.19 my $name;
1345 : arodri7 1.50 my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1346 : arodri7 1.41 $name = {"title" => $db,
1347 : arodri7 1.50 "value" => $new_id};
1348 : mkubal 1.19 push(@$descriptions,$name);
1349 :    
1350 : arodri7 1.41 # my $description;
1351 :     # $description = {"title" => $description_title,
1352 :     # "value" => $description_value};
1353 :     # push(@$descriptions,$description);
1354 : mkubal 1.7
1355 :     my $score;
1356 :     $score = {"title" => "score",
1357 :     "value" => $thing->evalue};
1358 :     push(@$descriptions,$score);
1359 :    
1360 : arodri7 1.41 my $location;
1361 :     $location = {"title" => "location",
1362 :     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1363 :     push(@$descriptions,$location);
1364 :    
1365 : mkubal 1.7 my $link_id;
1366 : arodri7 1.41 if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1367 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1368 :     }
1369 :    
1370 :     my $link;
1371 : mkubal 1.12 my $link_url;
1372 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1373 : arodri7 1.53 elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1374 : mkubal 1.12 else{$link_url = "NO_URL"}
1375 :    
1376 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1377 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1378 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1379 :    
1380 :     my $element_hash = {
1381 : arodri7 1.41 "title" => $name_value,
1382 : mkubal 1.7 "start" => $thing->start,
1383 :     "end" => $thing->stop,
1384 :     "color"=> $color,
1385 :     "zlayer" => '2',
1386 :     "links_list" => $links_list,
1387 :     "description" => $descriptions};
1388 :    
1389 :     push(@$line_data,$element_hash);
1390 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1391 :    
1392 :     return $gd;
1393 :    
1394 :     }
1395 : arodri7 1.28
1396 :     sub display_table {
1397 :     my ($self,$dataset) = @_;
1398 :     my $cgi = new CGI;
1399 :     my $data = [];
1400 :     my $count = 0;
1401 :     my $content;
1402 :    
1403 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1404 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1405 :     my $single_domain = [];
1406 :     $count++;
1407 :    
1408 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1409 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1410 :    
1411 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1412 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1413 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1414 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1415 : arodri7 1.28
1416 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1417 :     if($db eq "CDD"){
1418 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1419 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1420 :     $name_title = "name";
1421 :     $name_value = "not available";
1422 :     $description_title = "description";
1423 :     $description_value = "not available";
1424 :     }
1425 :     else{
1426 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1427 :     $name_title = "name";
1428 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1429 :     $description_title = "description";
1430 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1431 :     }
1432 :     }
1433 : arodri7 1.51 elsif($db =~ /PFAM/){
1434 :     my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1435 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1436 :     if(!scalar(@$pfam_objs)){
1437 :     $name_title = "name";
1438 :     $name_value = "not available";
1439 :     $description_title = "description";
1440 :     $description_value = "not available";
1441 :     }
1442 :     else{
1443 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1444 :     $name_title = "name";
1445 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1446 :     #$description_title = "description";
1447 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1448 :     }
1449 :     }
1450 : arodri7 1.28
1451 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1452 :    
1453 :     push(@$single_domain,$db);
1454 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1455 :     push(@$single_domain,$name_value);
1456 :     push(@$single_domain,$location);
1457 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1458 :     push(@$single_domain,$description_value);
1459 :     push(@$data,$single_domain);
1460 :     }
1461 :    
1462 :     if ($count >0){
1463 :     $content = $data;
1464 :     }
1465 :     else
1466 :     {
1467 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1468 :     }
1469 :     }
1470 :    
1471 : mkubal 1.7
1472 : arodri7 1.10 #########################################
1473 :     #########################################
1474 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1475 :    
1476 :     use base qw(Observation);
1477 :    
1478 :     sub new {
1479 :    
1480 :     my ($class,$dataset) = @_;
1481 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1482 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1483 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1484 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1485 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1486 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1487 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1488 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1489 : mkubal 1.30 $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1490 :     $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1491 : mkubal 1.12
1492 :     bless($self,$class);
1493 :     return $self;
1494 :     }
1495 :    
1496 : mkubal 1.36 sub display_cello {
1497 : arodri7 1.45 my ($thing) = @_;
1498 : mkubal 1.36 my $html;
1499 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1500 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1501 :     if($cello_location){
1502 : arodri7 1.40 $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1503 :     #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1504 : mkubal 1.36 }
1505 :     return ($html);
1506 :     }
1507 :    
1508 : mkubal 1.12 sub display {
1509 : arodri7 1.41 my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1510 : mkubal 1.12
1511 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1512 : arodri7 1.41 #my $fig= new FIG;
1513 : mkubal 1.12 my $length = length($fig->get_translation($fid));
1514 :    
1515 :     my $cleavage_prob;
1516 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1517 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1518 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1519 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1520 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1521 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1522 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1523 :    
1524 : mkubal 1.30 my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1525 :     my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1526 :    
1527 : mkubal 1.12 my $lines = [];
1528 :    
1529 :     #color is
1530 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1531 : mkubal 1.36
1532 : arodri7 1.58 =head3
1533 : mkubal 1.36
1534 : mkubal 1.12 if($cello_location){
1535 :     my $cello_descriptions = [];
1536 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1537 :    
1538 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1539 :     'short_title' => 'CELLO',
1540 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1541 : arodri7 1.28 'basepair_offset' => '1' };
1542 :    
1543 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1544 :     "value" => $cello_location};
1545 :    
1546 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1547 :    
1548 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1549 :     "value" => $cello_score};
1550 :    
1551 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1552 :    
1553 :     my $element_hash = {
1554 :     "title" => "CELLO",
1555 : mkubal 1.34 "color"=> $color,
1556 : mkubal 1.12 "start" => "1",
1557 :     "end" => $length + 1,
1558 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1559 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1560 :    
1561 :     push(@$line_data,$element_hash);
1562 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1563 : mkubal 1.12 }
1564 :    
1565 : arodri7 1.28 $color = "2";
1566 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1567 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1568 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1569 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1570 :     'basepair_offset' => '1' };
1571 :    
1572 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1573 :     my $descriptions = [];
1574 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1575 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1576 :     "value" => $tmpred_score};
1577 :    
1578 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1579 :    
1580 :     my $element_hash = {
1581 :     "title" => "transmembrane location",
1582 :     "start" => $begin + 1,
1583 :     "end" => $end + 1,
1584 :     "color"=> $color,
1585 :     "zlayer" => '5',
1586 : mkubal 1.34 "type" => 'box',
1587 : mkubal 1.12 "description" => $descriptions};
1588 :    
1589 :     push(@$line_data,$element_hash);
1590 : arodri7 1.28
1591 : mkubal 1.12 }
1592 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1593 : mkubal 1.12 }
1594 : arodri7 1.40 =cut
1595 : mkubal 1.12
1596 : mkubal 1.30 if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1597 :     my $line_data =[];
1598 : arodri7 1.40 my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1599 :     'short_title' => 'TM and SP',
1600 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1601 : mkubal 1.30 'basepair_offset' => '1' };
1602 :    
1603 :     foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1604 :     my $descriptions = [];
1605 : arodri7 1.40 my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1606 : mkubal 1.30 "value" => $tm_loc};
1607 :     push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1608 :    
1609 :     my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1610 :    
1611 :     my $element_hash = {
1612 : arodri7 1.40 "title" => "Phobius",
1613 : mkubal 1.30 "start" => $begin + 1,
1614 :     "end" => $end + 1,
1615 :     "color"=> '6',
1616 :     "zlayer" => '4',
1617 :     "type" => 'bigbox',
1618 :     "description" => $descriptions};
1619 :    
1620 :     push(@$line_data,$element_hash);
1621 :    
1622 :     }
1623 :    
1624 :     if($phobius_signal_location){
1625 :     my $descriptions = [];
1626 :     my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1627 :     "value" => $phobius_signal_location};
1628 :     push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1629 :    
1630 :    
1631 :     my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1632 :     my $element_hash = {
1633 :     "title" => "phobius signal locations",
1634 :     "start" => $begin + 1,
1635 :     "end" => $end + 1,
1636 :     "color"=> '1',
1637 :     "zlayer" => '5',
1638 :     "type" => 'box',
1639 :     "description" => $descriptions};
1640 :     push(@$line_data,$element_hash);
1641 :     }
1642 :    
1643 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1644 :     }
1645 :    
1646 : arodri7 1.40 =head3
1647 : arodri7 1.28 $color = "1";
1648 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1649 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1650 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1651 : arodri7 1.28
1652 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1653 :     'short_title' => 'SignalP',
1654 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1655 : arodri7 1.28 'basepair_offset' => '1' };
1656 :    
1657 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1658 :     "value" => $signal_peptide_score};
1659 :    
1660 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1661 :    
1662 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1663 :     "value" => $cleavage_prob};
1664 :    
1665 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1666 :    
1667 :     my $element_hash = {
1668 :     "title" => "SignalP",
1669 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1670 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1671 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1672 :     "color"=> $color,
1673 :     "zlayer" => '10',
1674 :     "description" => $descriptions};
1675 :    
1676 :     push(@$line_data,$element_hash);
1677 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1678 : mkubal 1.12 }
1679 : arodri7 1.40 =cut
1680 :    
1681 : mkubal 1.12 return ($gd);
1682 :    
1683 :     }
1684 :    
1685 :     sub cleavage_loc {
1686 :     my ($self) = @_;
1687 :    
1688 :     return $self->{cleavage_loc};
1689 :     }
1690 :    
1691 :     sub cleavage_prob {
1692 :     my ($self) = @_;
1693 :    
1694 :     return $self->{cleavage_prob};
1695 :     }
1696 :    
1697 :     sub signal_peptide_score {
1698 :     my ($self) = @_;
1699 :    
1700 :     return $self->{signal_peptide_score};
1701 :     }
1702 :    
1703 :     sub tmpred_score {
1704 :     my ($self) = @_;
1705 :    
1706 :     return $self->{tmpred_score};
1707 :     }
1708 :    
1709 :     sub tmpred_locations {
1710 :     my ($self) = @_;
1711 :    
1712 :     return $self->{tmpred_locations};
1713 :     }
1714 :    
1715 :     sub cello_location {
1716 :     my ($self) = @_;
1717 :    
1718 :     return $self->{cello_location};
1719 :     }
1720 :    
1721 :     sub cello_score {
1722 :     my ($self) = @_;
1723 :    
1724 :     return $self->{cello_score};
1725 :     }
1726 :    
1727 : mkubal 1.30 sub phobius_signal_location {
1728 :     my ($self) = @_;
1729 :     return $self->{phobius_signal_location};
1730 :     }
1731 :    
1732 :     sub phobius_tm_locations {
1733 :     my ($self) = @_;
1734 :     return $self->{phobius_tm_locations};
1735 :     }
1736 :    
1737 :    
1738 : mkubal 1.12
1739 :     #########################################
1740 :     #########################################
1741 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1742 :    
1743 :     use base qw(Observation);
1744 :    
1745 :     sub new {
1746 :    
1747 :     my ($class,$dataset) = @_;
1748 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1749 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1750 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1751 : arodri7 1.40 $self->{query} = $dataset->{'query'};
1752 : arodri7 1.10 $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1753 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1754 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1755 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1756 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1757 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1758 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1759 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1760 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1761 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1762 : arodri7 1.10
1763 :     bless($self,$class);
1764 :     return $self;
1765 :     }
1766 :    
1767 : arodri7 1.25 =head3 display()
1768 :    
1769 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1770 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1771 :    
1772 :     =cut
1773 :    
1774 :     sub display {
1775 : arodri7 1.58 my ($self,$gd,$thing,$fig,$base_start,$in_subs,$cgi) = @_;
1776 : arodri7 1.25
1777 : arodri7 1.58 # declare variables
1778 :     my $window_size = $gd->window_size;
1779 :     my $peg = $thing->acc;
1780 :     my $query_id = $thing->query;
1781 :     my $organism = $thing->organism;
1782 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1783 :     if (!$organism){
1784 :     $organism = $peg;
1785 :     $abbrev_name = $peg;
1786 :     }
1787 :     my $genome = $fig->genome_of($peg);
1788 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1789 :     my $function = $thing->function;
1790 :     my $query_start = $thing->qstart;
1791 :     my $query_stop = $thing->qstop;
1792 :     my $hit_start = $thing->hstart;
1793 :     my $hit_stop = $thing->hstop;
1794 :     my $ln_query = $thing->qlength;
1795 :     my $ln_hit = $thing->hlength;
1796 : arodri7 1.60 # my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1797 :     # my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1798 :     my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1799 :     my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1800 : arodri7 1.58
1801 :     my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1802 :    
1803 :     # hit sequence title
1804 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1805 :     'short_title' => "$abbrev_name",
1806 :     'title_link' => '$tax_link',
1807 : arodri7 1.60 'basepair_offset' => '0',
1808 :     'no_middle_line' => '1'
1809 : arodri7 1.58 };
1810 :    
1811 :     # query sequence title
1812 :     my $replace_id = $peg;
1813 :     $replace_id =~ s/\|/_/ig;
1814 :     my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
1815 :     my $query_config = { 'title' => "Query",
1816 :     'short_title' => "Query",
1817 :     'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1818 : arodri7 1.60 'basepair_offset' => '0',
1819 :     'no_middle_line' => '1'
1820 : arodri7 1.58 };
1821 :     my $line_data = [];
1822 :     my $query_data = [];
1823 :    
1824 :     my $element_hash;
1825 :     my $hit_links_list = [];
1826 :     my $hit_descriptions = [];
1827 :     my $query_descriptions = [];
1828 :    
1829 :     # get sequence information
1830 :     # evidence link
1831 :     my $evidence_link;
1832 :     if ($peg =~ /^fig\|/){
1833 : arodri7 1.66 $evidence_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1834 : arodri7 1.41 }
1835 : arodri7 1.58 else{
1836 :     my $db = &Observation::get_database($peg);
1837 :     my ($link_id) = ($peg) =~ /\|(.*)/;
1838 :     $evidence_link = &HTML::alias_url($link_id, $db);
1839 :     #print STDERR "LINK: $db $evidence_link";
1840 :     }
1841 :     my $link = {"link_title" => $peg,
1842 :     "link" => $evidence_link};
1843 :     push(@$hit_links_list,$link) if ($evidence_link);
1844 :    
1845 :     # subsystem link
1846 :     my $subs = $in_subs->{$peg} if (defined $in_subs->{$peg});
1847 :     my @subsystems;
1848 :     foreach my $array (@$subs){
1849 :     my $subsystem = $$array[0];
1850 :     push(@subsystems,$subsystem);
1851 :     my $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1852 :     "link_title" => $subsystem};
1853 :     push(@$hit_links_list,$link);
1854 :     }
1855 :    
1856 :     # blast alignment
1857 :     $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1858 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query_id&peg2=$peg"};
1859 :     push (@$hit_links_list,$link) if ($peg =~ /^fig\|/);
1860 :    
1861 :     # description data
1862 :     my $description_function;
1863 :     $description_function = {"title" => "function",
1864 :     "value" => $function};
1865 :     push(@$hit_descriptions,$description_function);
1866 :    
1867 :     # subsystem description
1868 :     my $ss_string = join (",", @subsystems);
1869 :     $ss_string =~ s/_/ /ig;
1870 :     my $description_ss = {"title" => "subsystems",
1871 :     "value" => $ss_string};
1872 :     push(@$hit_descriptions,$description_ss);
1873 :    
1874 :     # location description
1875 :     # hit
1876 :     my $description_loc;
1877 :     $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1878 :     "value" => $hit_start . " - " . $hit_stop};
1879 :     push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1880 :    
1881 :     $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1882 :     "value" => $ln_hit};
1883 :     push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1884 :    
1885 :     # query
1886 :     $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1887 :     "value" => $query_start . " - " . $query_stop};
1888 :     push(@$query_descriptions, $description_loc);
1889 :    
1890 :     $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1891 :     "value" => $ln_query};
1892 :     push(@$query_descriptions, $description_loc);
1893 :    
1894 :    
1895 :    
1896 :     # evalue score description
1897 :     my $evalue = $thing->evalue;
1898 :     while ($evalue =~ /-0/)
1899 :     {
1900 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1901 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1902 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1903 :     }
1904 :    
1905 :     my $color = &color($evalue);
1906 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1907 :     "value" => $evalue};
1908 :     push(@$hit_descriptions, $description_eval);
1909 :     push(@$query_descriptions, $description_eval);
1910 :    
1911 :     my $identity = $self->identity;
1912 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1913 :     "value" => $identity};
1914 :     push(@$hit_descriptions, $description_identity);
1915 :     push(@$query_descriptions, $description_identity);
1916 :    
1917 :    
1918 :     my $number = $base_start + ($query_start-$hit_start);
1919 :     #print STDERR "START: $number";
1920 :     $element_hash = {
1921 :     "title" => $query_id,
1922 :     "start" => $base_start,
1923 :     "end" => $base_start+$ln_query,
1924 :     "type"=> 'box',
1925 :     "color"=> $color,
1926 :     "zlayer" => "2",
1927 :     "links_list" => $query_links_list,
1928 :     "description" => $query_descriptions
1929 :     };
1930 :     push(@$query_data,$element_hash);
1931 :    
1932 :     $element_hash = {
1933 :     "title" => $query_id . ': HIT AREA',
1934 :     "start" => $base_start + $query_start,
1935 :     "end" => $base_start + $query_stop,
1936 :     "type"=> 'smallbox',
1937 :     "color"=> $query_color,
1938 :     "zlayer" => "3",
1939 :     "links_list" => $query_links_list,
1940 :     "description" => $query_descriptions
1941 :     };
1942 :     push(@$query_data,$element_hash);
1943 :    
1944 :     $gd->add_line($query_data, $query_config);
1945 : arodri7 1.25
1946 : arodri7 1.41
1947 : arodri7 1.58 $element_hash = {
1948 : arodri7 1.41 "title" => $peg,
1949 : arodri7 1.58 "start" => $base_start + ($query_start-$hit_start),
1950 :     "end" => $base_start + (($query_start-$hit_start)+$ln_hit),
1951 : arodri7 1.41 "type"=> 'box',
1952 :     "color"=> $color,
1953 :     "zlayer" => "2",
1954 : arodri7 1.58 "links_list" => $hit_links_list,
1955 :     "description" => $hit_descriptions
1956 : arodri7 1.41 };
1957 : arodri7 1.58 push(@$line_data,$element_hash);
1958 :    
1959 :     $element_hash = {
1960 :     "title" => $peg . ': HIT AREA',
1961 :     "start" => $base_start + $query_start,
1962 :     "end" => $base_start + $query_stop,
1963 :     "type"=> 'smallbox',
1964 :     "color"=> $hit_color,
1965 :     "zlayer" => "3",
1966 :     "links_list" => $hit_links_list,
1967 :     "description" => $hit_descriptions
1968 :     };
1969 :     push(@$line_data,$element_hash);
1970 :    
1971 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1972 :    
1973 :     my $breaker = [];
1974 :     my $breaker_hash = {};
1975 :     my $breaker_config = { 'no_middle_line' => "1" };
1976 :    
1977 :     push (@$breaker, $breaker_hash);
1978 :     $gd->add_line($breaker, $breaker_config);
1979 :    
1980 : arodri7 1.25 return ($gd);
1981 :     }
1982 :    
1983 : mkubal 1.34 =head3 display_domain_composition()
1984 :    
1985 :     If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1986 :    
1987 :     =cut
1988 :    
1989 :     sub display_domain_composition {
1990 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
1991 : mkubal 1.34
1992 : arodri7 1.45 #$fig = new FIG;
1993 : mkubal 1.34 my $peg = $self->acc;
1994 :    
1995 :     my $line_data = [];
1996 :     my $links_list = [];
1997 :     my $descriptions = [];
1998 :    
1999 :     my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
2000 : arodri7 1.45 #my @domain_query_results = ();
2001 : mkubal 1.34 foreach $dqr (@domain_query_results){
2002 :     my $key = @$dqr[1];
2003 :     my @parts = split("::",$key);
2004 :     my $db = $parts[0];
2005 :     my $id = $parts[1];
2006 :     my $val = @$dqr[2];
2007 :     my $from;
2008 :     my $to;
2009 :     my $evalue;
2010 :    
2011 :     if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
2012 :     my $raw_evalue = $1;
2013 :     $from = $2;
2014 :     $to = $3;
2015 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
2016 :     my $part2 = 1000 - $1;
2017 :     my $part1 = $2/100;
2018 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
2019 :     }
2020 :     else{
2021 :     $evalue = "0.0";
2022 :     }
2023 :     }
2024 :    
2025 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2026 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
2027 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
2028 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
2029 : mkubal 1.34 my ($name_value,$description_value);
2030 :    
2031 :     if($db eq "CDD"){
2032 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
2033 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
2034 :     $name_title = "name";
2035 :     $name_value = "not available";
2036 :     $description_title = "description";
2037 :     $description_value = "not available";
2038 :     }
2039 :     else{
2040 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
2041 :     $name_value = $cdd_obj->term;
2042 :     $description_value = $cdd_obj->description;
2043 :     }
2044 :     }
2045 :    
2046 :     my $domain_name;
2047 :     $domain_name = {"title" => "name",
2048 : arodri7 1.45 "value" => $name_value};
2049 : mkubal 1.34 push(@$descriptions,$domain_name);
2050 :    
2051 :     my $description;
2052 :     $description = {"title" => "description",
2053 :     "value" => $description_value};
2054 :     push(@$descriptions,$description);
2055 :    
2056 :     my $score;
2057 :     $score = {"title" => "score",
2058 :     "value" => $evalue};
2059 :     push(@$descriptions,$score);
2060 :    
2061 :     my $link_id = $id;
2062 :     my $link;
2063 :     my $link_url;
2064 :     if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
2065 : arodri7 1.53 elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
2066 : mkubal 1.34 else{$link_url = "NO_URL"}
2067 :    
2068 :     $link = {"link_title" => $name_value,
2069 :     "link" => $link_url};
2070 :     push(@$links_list,$link);
2071 :    
2072 :     my $domain_element_hash = {
2073 :     "title" => $peg,
2074 :     "start" => $from,
2075 :     "end" => $to,
2076 :     "type"=> 'box',
2077 :     "zlayer" => '4',
2078 :     "links_list" => $links_list,
2079 :     "description" => $descriptions
2080 :     };
2081 :    
2082 :     push(@$line_data,$domain_element_hash);
2083 :    
2084 :     #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
2085 :     last;
2086 :     }
2087 :    
2088 :     my $line_config = { 'title' => $peg,
2089 : paczian 1.47 'hover_title' => 'Domain',
2090 : mkubal 1.34 'short_title' => $peg,
2091 :     'basepair_offset' => '1' };
2092 : arodri7 1.45
2093 : mkubal 1.34 $gd->add_line($line_data, $line_config);
2094 :    
2095 :     return ($gd);
2096 :    
2097 :     }
2098 :    
2099 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
2100 : arodri7 1.10
2101 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2102 :     This code will display a table for the similarities protein
2103 :    
2104 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2105 :    
2106 :     =cut
2107 :    
2108 : mkubal 1.24 sub display_table {
2109 : arodri7 1.60 my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2110 :     my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2111 :    
2112 :     my $scroll_list;
2113 :     foreach my $col (@$show_columns){
2114 :     push (@$scroll_list, $col->{key});
2115 :     }
2116 : arodri7 1.53
2117 : arodri7 1.60 push (@ids, $query_fid);
2118 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
2119 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
2120 :     push (@ids, $thing->acc);
2121 :     }
2122 :    
2123 : arodri7 1.60 $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2124 :     my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2125 : arodri7 1.35
2126 :     # get the column for the subsystems
2127 : arodri7 1.60 $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash') if (grep /subsystem/, @$scroll_list);
2128 : arodri7 1.35
2129 :     # get the column for the evidence codes
2130 : arodri7 1.60 $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2131 : arodri7 1.35
2132 :     # get the column for pfam_domain
2133 : arodri7 1.60 $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2134 :    
2135 :     # get the column for molecular weight
2136 :     $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2137 :    
2138 :     # get the column for organism's habitat
2139 :     my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2140 :    
2141 :     # get the column for organism's temperature optimum
2142 :     my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2143 : arodri7 1.41
2144 : arodri7 1.60 # get the column for organism's temperature range
2145 :     my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2146 :    
2147 :     # get the column for organism's oxygen requirement
2148 :     my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2149 :    
2150 :     # get the column for organism's pathogenicity
2151 :     my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2152 :    
2153 :     # get the column for organism's pathogenicity host
2154 :     my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2155 :    
2156 :     # get the column for organism's salinity
2157 :     my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2158 :    
2159 :     # get the column for organism's motility
2160 :     my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2161 :    
2162 :     # get the column for organism's gram stain
2163 :     my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2164 :    
2165 :     # get the column for organism's endospores
2166 :     my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2167 :    
2168 :     # get the column for organism's shape
2169 :     my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2170 :    
2171 :     # get the column for organism's disease
2172 :     my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2173 :    
2174 :     # get the column for organism's disease
2175 :     my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2176 :    
2177 :     # get the column for transmembrane domains
2178 :     my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2179 :    
2180 :     # get the column for similar to human
2181 :     my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2182 :    
2183 :     # get the column for signal peptide
2184 :     my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2185 :    
2186 :     # get the column for transmembrane domains
2187 :     my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2188 :    
2189 :     # get the column for conserved neighborhood
2190 :     my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2191 :    
2192 :     # get the column for cellular location
2193 :     my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2194 :    
2195 :     # get the aliases
2196 :     my $alias_col;
2197 :     if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2198 :     (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2199 :     (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2200 :     (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2201 :     (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2202 :     $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2203 :     }
2204 :    
2205 : arodri7 1.58 # get the colors for the function cell
2206 :     my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2207 : arodri7 1.60 $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2208 : arodri7 1.58 my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2209 :    
2210 : arodri7 1.60 my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
2211 : arodri7 1.31
2212 : olson 1.57 my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2213 : arodri7 1.55 my $figfams = new FFs($figfam_data);
2214 : arodri7 1.66 my $same_genome_flag = 0;
2215 : arodri7 1.53
2216 : arodri7 1.58 my $func_color_offset=0;
2217 : arodri7 1.60 unshift(@$dataset, $query_fid);
2218 : arodri7 1.66 for (my $thing_count=0;$thing_count<scalar @$dataset;$thing_count++){
2219 :     # foreach my $thing ( @$dataset){
2220 :     my $thing = $dataset->[$thing_count];
2221 :     my $next_thing = $dataset->[$thing_count+1] if (defined $dataset->[$thing_count+1]);
2222 :     my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2, $next_org);
2223 : arodri7 1.60 if ($thing eq $query_fid){
2224 :     $id = $thing;
2225 :     $taxid = $fig->genome_of($id);
2226 :     $organism = $fig->genus_species($taxid);
2227 :     $current_function = $fig->function_of($id);
2228 :     }
2229 :     else{
2230 :     next if ($thing->class ne "SIM");
2231 :    
2232 :     $id = $thing->acc;
2233 :     $evalue = $thing->evalue;
2234 :     $taxid = $fig->genome_of($id);
2235 :     $iden = $thing->identity;
2236 :     $organism= $thing->organism;
2237 :     $ln1 = $thing->qlength;
2238 :     $ln2 = $thing->hlength;
2239 :     $b1 = $thing->qstart;
2240 :     $e1 = $thing->qstop;
2241 :     $b2 = $thing->hstart;
2242 :     $e2 = $thing->hstop;
2243 :     $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
2244 :     $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
2245 :     $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2246 :     $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2247 :     $reg1 = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2248 :     $reg2 = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2249 :     $current_function = $thing->function;
2250 : arodri7 1.66 $next_org = $next_thing->organism if (defined $next_thing);
2251 : arodri7 1.60 }
2252 :    
2253 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
2254 :     $count++;
2255 :    
2256 : arodri7 1.58 # organisms cell
2257 :     my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2258 : arodri7 1.66
2259 :     my $org_cell;
2260 :     if ( ($next_org ne $organism) && ($same_genome_flag == 0) ){
2261 :     $org_cell = { 'data' => $organism, 'highlight' => $org_color};
2262 :     }
2263 :     elsif ($next_org eq $organism){
2264 :     $org_cell = { 'data' => "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2265 :     $same_genome_flag = 1;
2266 :     }
2267 :     elsif ($same_genome_flag == 1){
2268 :     $org_cell = { 'data' => "<b>" . $organism . "</b>", 'highlight' => $org_color};
2269 :     $same_genome_flag = 0;
2270 :     }
2271 : arodri7 1.11
2272 : arodri7 1.58 # checkbox cell
2273 : arodri7 1.60 my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2274 : arodri7 1.29 my $field_name = "tables_" . $id;
2275 : arodri7 1.58 my $pair_name = "visual_" . $id;
2276 :     my $cell_name = "cell_". $id;
2277 :     my $replace_id = $id;
2278 :     $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2279 : arodri7 1.60 my $white = '#ffffff';
2280 :     $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2281 :     $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2282 : arodri7 1.58 my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2283 : arodri7 1.66 my $checked = "";
2284 :     #$checked = "checked" if ($id eq $query_fid);
2285 : arodri7 1.58 if ($id =~ /^fig\|/){
2286 : arodri7 1.66 my $box = qq~<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');" $checked>~;
2287 :     my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" onClick="clearText('new_text_function')">);
2288 : arodri7 1.58 $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2289 : arodri7 1.60 $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2290 :     $tax = $fig->genome_of($id);
2291 : arodri7 1.58 }
2292 :     else{
2293 :     my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2294 :     $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2295 :     }
2296 :    
2297 : arodri7 1.31 # get the linked fig id
2298 : arodri7 1.58 my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2299 : paczian 1.64 my $fig_data = "<table><tr><td><a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a></td>" . "&nbsp;" x 2;
2300 : parrello 1.59 $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2301 : arodri7 1.58 my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2302 : arodri7 1.60 'highlight'=>$white};
2303 :    
2304 :     $replace_id = $peg;
2305 :     $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2306 :     $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2307 :     my $query_config = { 'title' => "Query",
2308 :     'short_title' => "Query",
2309 :     'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2310 :     'basepair_offset' => '0'
2311 :     };
2312 : arodri7 1.58
2313 :     # function cell
2314 :     my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2315 :     3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2316 :     6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2317 : arodri7 1.60
2318 :     my $function_color;
2319 :     if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2320 :     $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2321 :     }
2322 :     else{
2323 :     $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2324 :     }
2325 : arodri7 1.58 my $function_cell;
2326 :     if ($current_function){
2327 :     if ($current_function eq $query_function){
2328 :     $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$function_cell_colors->{0}};
2329 :     $func_color_offset=1;
2330 :     }
2331 :     else{
2332 : arodri7 1.60 $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => $function_color};
2333 : arodri7 1.58 }
2334 : arodri7 1.31 }
2335 : arodri7 1.58 else{
2336 :     $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2337 : arodri7 1.28 }
2338 : arodri7 1.58
2339 : arodri7 1.60 if ($id eq $query_fid){
2340 :     push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~ . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2341 :     {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2342 :     {'data' => $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white}); # permanent columns
2343 :     }
2344 :     else{
2345 :     push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2346 :     {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell); # permanent columns
2347 :     }
2348 :    
2349 :     if ( ( $application->session->user) ){
2350 : paczian 1.64 my $user = $application->session->user;
2351 :     if ($user && $user->has_right(undef, 'annotate', 'genome', $fig->genome_of($id))) {
2352 : arodri7 1.60 push (@$single_domain,$radio_cell);
2353 : paczian 1.64 }
2354 : arodri7 1.60 }
2355 :    
2356 : arodri7 1.55 my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2357 :    
2358 : arodri7 1.60 foreach my $col (@$scroll_list){
2359 :     if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2360 :     else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2361 :    
2362 :     if ($col =~ /subsystem/) {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2363 :     elsif ($col =~ /evidence/) {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2364 :     elsif ($col =~ /pfam/) {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2365 :     elsif ($col =~ /mw/) {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2366 :     elsif ($col =~ /habitat/) {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2367 :     elsif ($col =~ /temperature/) {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2368 :     elsif ($col =~ /temp_range/) {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2369 :     elsif ($col =~ /oxygen/) {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2370 :     elsif ($col =~ /^pathogenic$/) {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2371 :     elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/) {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2372 :     elsif ($col =~ /salinity/) {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2373 :     elsif ($col =~ /motility/) {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2374 :     elsif ($col =~ /gram_stain/) {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2375 :     elsif ($col =~ /endospores/) {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2376 :     elsif ($col =~ /shape/) {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2377 :     elsif ($col =~ /disease/) {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2378 :     elsif ($col =~ /gc_content/) {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2379 :     elsif ($col =~ /transmembrane/) {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2380 :     elsif ($col =~ /signal_peptide/) {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2381 :     elsif ($col =~ /isoelectric/) {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2382 : arodri7 1.66 elsif ($col =~ /conerved_neighborhood/) {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2383 : arodri7 1.60 elsif ($col =~ /cellular_location/) {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2384 :     elsif ($col =~ /ncbi_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2385 :     elsif ($col =~ /refseq_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2386 :     elsif ($col =~ /swissprot_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2387 :     elsif ($col =~ /uniprot_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2388 :     elsif ($col =~ /tigr_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2389 :     elsif ($col =~ /pir_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2390 :     elsif ($col =~ /kegg_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2391 :     elsif ($col =~ /trembl_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2392 :     elsif ($col =~ /asap_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2393 :     elsif ($col =~ /jgi_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2394 :     elsif ($col =~ /lineage/) {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2395 :     elsif ($col =~ /figfam/) {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2396 : arodri7 1.32 }
2397 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
2398 :     }
2399 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
2400 :     $content = $data;
2401 : arodri7 1.10 }
2402 : arodri7 1.26 else{
2403 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2404 :     }
2405 : arodri7 1.60 shift(@$dataset);
2406 : arodri7 1.10 return ($content);
2407 :     }
2408 : arodri7 1.11
2409 : arodri7 1.29 sub get_box_column{
2410 :     my ($ids) = @_;
2411 :     my %column;
2412 :     foreach my $id (@$ids){
2413 :     my $field_name = "tables_" . $id;
2414 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
2415 : arodri7 1.58 my $cell_name = "cell_" . $id;
2416 :     $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name', '$cell_name');">);
2417 : arodri7 1.29 }
2418 :     return (%column);
2419 :     }
2420 :    
2421 : arodri7 1.60 sub get_figfam_column{
2422 :     my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2423 :     my $column;
2424 :    
2425 :     my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2426 :     my $figfams = new FFs($figfam_data);
2427 :    
2428 :     foreach my $id (@$ids){
2429 :     my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2430 :     if ($ff){
2431 :     push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2432 :     }
2433 :     else{
2434 :     push (@$column, " ");
2435 :     }
2436 :     }
2437 :    
2438 :     return $column;
2439 :     }
2440 :    
2441 : arodri7 1.29 sub get_subsystems_column{
2442 : arodri7 1.60 my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2443 : arodri7 1.29
2444 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2445 : arodri7 1.60 my ($column, $ss);
2446 : arodri7 1.29 foreach my $id (@$ids){
2447 : arodri7 1.32 my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2448 :     my @subsystems;
2449 :    
2450 : arodri7 1.29 if (@in_sub > 0) {
2451 : arodri7 1.32 foreach my $array(@in_sub){
2452 : arodri7 1.60 my $ss = $array->[0];
2453 : arodri7 1.41 $ss =~ s/_/ /ig;
2454 :     push (@subsystems, "-" . $ss);
2455 : arodri7 1.32 }
2456 :     my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2457 : arodri7 1.60 $ss->{$id} = $in_sub_line;
2458 : arodri7 1.29 } else {
2459 : arodri7 1.60 $ss->{$id} = "None added";
2460 : arodri7 1.29 }
2461 : arodri7 1.60 push (@$column, $ss->{$id});
2462 :     }
2463 :    
2464 :     if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2465 :     elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2466 :     }
2467 :    
2468 :     sub get_lineage_column{
2469 :     my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2470 :    
2471 :     my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2472 :    
2473 :     foreach my $id (@$ids){
2474 :     my $genome = $fig->genome_of($id);
2475 :     if ($lineages->{$genome}){
2476 :     # push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2477 :     push (@$column, $lineages->{$genome});
2478 :     }
2479 :     else{
2480 :     push (@$column, " ");
2481 :     }
2482 : arodri7 1.29 }
2483 : arodri7 1.60 return $column;
2484 : arodri7 1.29 }
2485 :    
2486 : arodri7 1.58 sub match_color {
2487 :     my ( $b, $e, $n , $rgb) = @_;
2488 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
2489 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
2490 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
2491 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
2492 :     my $br = 1;
2493 :     if ($rgb){
2494 :     return html2rgb( rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) ) );
2495 :     }
2496 :     else{
2497 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
2498 :     }
2499 :     }
2500 :    
2501 :     sub hsb2rgb {
2502 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
2503 :     $h = 6 * ($h - floor($h));
2504 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
2505 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
2506 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
2507 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
2508 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
2509 :     )
2510 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
2511 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
2512 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
2513 :     );
2514 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
2515 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
2516 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
2517 :     )
2518 :     }
2519 :    
2520 :     sub html2rgb {
2521 :     my ($hex) = @_;
2522 :     my ($r,$g,$b) = ($hex) =~ /^\#(\w\w)(\w\w)(\w\w)/;
2523 :     my $code = { 'A'=>10, 'B'=>11, 'C'=>12, 'D'=>13, 'E'=>14, 'F'=>15,
2524 :     1=>1, 2=>2, 3=>3, 4=>4, 5=>5, 6=>6, 7=>7, 8=>8, 9=>9};
2525 :    
2526 :     my @R = split(//, $r);
2527 :     my @G = split(//, $g);
2528 :     my @B = split(//, $b);
2529 :    
2530 :     my $red = ($code->{uc($R[0])}*16)+$code->{uc($R[1])};
2531 :     my $green = ($code->{uc($G[0])}*16)+$code->{uc($G[1])};
2532 :     my $blue = ($code->{uc($B[0])}*16)+$code->{uc($B[1])};
2533 :    
2534 :     my $rgb = [$red, $green, $blue];
2535 :     return $rgb;
2536 :    
2537 :     }
2538 :    
2539 :     sub rgb2html {
2540 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
2541 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
2542 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
2543 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
2544 :     sprintf("#%02x%02x%02x", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
2545 :     }
2546 :    
2547 :     sub floor {
2548 :     my $x = $_[0];
2549 :     defined( $x ) || return undef;
2550 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
2551 :     }
2552 :    
2553 :     sub get_function_color_cell{
2554 :     my ($functions, $fig) = @_;
2555 :    
2556 :     # figure out the quantity of each function
2557 :     my %hash;
2558 :     foreach my $key (keys %$functions){
2559 :     my $func = $functions->{$key};
2560 :     $hash{$func}++;
2561 :     }
2562 :    
2563 :     my %func_colors;
2564 :     my $count = 1;
2565 :     foreach my $key (sort {$hash{$b}<=>$hash{$a}} keys %hash){
2566 :     $func_colors{$key}=$count;
2567 :     $count++;
2568 :     }
2569 :    
2570 :     return \%func_colors;
2571 :     }
2572 :    
2573 : arodri7 1.31 sub get_essentially_identical{
2574 : arodri7 1.41 my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2575 :     #my $fig = new FIG;
2576 :    
2577 : arodri7 1.31 my %id_list;
2578 : arodri7 1.41 #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2579 : arodri7 1.31
2580 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$dataset){
2581 :     if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2582 :     my $rows = $thing->rows;
2583 :     my $count_identical = 0;
2584 :     foreach my $row (@$rows) {
2585 :     my $id = $row->[0];
2586 :     if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2587 :     $id_list{$id} = 1;
2588 :     }
2589 :     }
2590 :     }
2591 : arodri7 1.31 }
2592 : arodri7 1.41
2593 :     # foreach my $id (@maps_to) {
2594 :     # if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2595 :     # $id_list{$id} = 1;
2596 :     # }
2597 :     # }
2598 : arodri7 1.31 return(%id_list);
2599 :     }
2600 :    
2601 :    
2602 : arodri7 1.29 sub get_evidence_column{
2603 : arodri7 1.60 my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2604 :     my ($column, $code_attributes);
2605 :    
2606 :     if (! defined $attributes) {
2607 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2608 :     $attributes = \@attributes_array;
2609 :     }
2610 : arodri7 1.29
2611 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2612 : arodri7 1.29 foreach my $key (@codes){
2613 : arodri7 1.60 push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2614 : arodri7 1.29 }
2615 :    
2616 :     foreach my $id (@$ids){
2617 :     # add evidence code with tool tip
2618 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
2619 :    
2620 : arodri7 1.60 my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2621 : arodri7 1.41 my @ev_codes = ();
2622 :     foreach my $code (@codes) {
2623 :     my $pretty_code = $code->[2];
2624 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
2625 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2626 : arodri7 1.65 print STDERR "$id: $cd, $ss\n";
2627 :     if ($cd =~ /ilit|dlit/){
2628 :     my ($type,$pubmed_id) = ($cd) =~ /(.*?)\((.*)\)/;
2629 :     my $publink = &HTML::alias_url($pubmed_id,'PMID');
2630 :     $cd = $type . "(<a href='" . $publink . "'>" . $pubmed_id . "</a>)";
2631 :     }
2632 : arodri7 1.41 $ss =~ s/_/ /g;
2633 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2634 :     }
2635 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
2636 :     }
2637 : arodri7 1.60
2638 : arodri7 1.29 if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2639 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2640 :     $ev_codes = $cgi->a(
2641 :     {
2642 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2643 :     }
2644 : arodri7 1.60
2645 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2646 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2647 : arodri7 1.29 }
2648 : arodri7 1.60 return $column;
2649 : arodri7 1.29 }
2650 :    
2651 : arodri7 1.60 sub get_attrb_column{
2652 :     my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2653 :    
2654 :     my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
2655 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2656 : arodri7 1.60 -host => $WebConfig::DBHOST,
2657 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
2658 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
2659 :    
2660 :     if ($colName eq "pfam"){
2661 :     if (! defined $attributes) {
2662 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2663 :     $attributes = \@attributes_array;
2664 :     }
2665 : arodri7 1.33
2666 : arodri7 1.60 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2667 :     foreach my $key (@codes){
2668 :     my $name = $key->[1];
2669 :     if ($name =~ /_/){
2670 :     ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2671 :     }
2672 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2673 :     push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2674 :     }
2675 :    
2676 :     foreach my $id (@$ids){
2677 :     # add pfam code
2678 :     my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2679 :     my @pfam_codes = "";
2680 :     my %description_codes;
2681 :    
2682 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2683 :     my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2684 :     @pfam_codes = ();
2685 :    
2686 :     # get only unique values
2687 :     my %saw;
2688 :     foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2689 :     @ncodes = keys %saw;
2690 :    
2691 :     foreach my $code (@ncodes) {
2692 :     my @parts = split("::",$code);
2693 :     my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2694 :    
2695 :     # get the locations for the domain
2696 :     my @locs;
2697 :     foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2698 :     my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2699 :     push (@locs,$loc);
2700 :     }
2701 :     my %locsaw;
2702 :     foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2703 :     @locs = keys %locsaw;
2704 :    
2705 :     my $locations = join (", ", @locs);
2706 :    
2707 :     if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2708 :     push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2709 :     }
2710 :     else {
2711 :     my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2712 :     $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2713 :     push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2714 :     }
2715 :     }
2716 :    
2717 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2718 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2719 :     }
2720 : arodri7 1.41 }
2721 : arodri7 1.33 }
2722 : arodri7 1.60 elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2723 :     if (! defined $attributes) {
2724 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2725 :     $attributes = \@attributes_array;
2726 :     }
2727 : arodri7 1.33
2728 : arodri7 1.60 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2729 :     foreach my $key (@codes){
2730 :     my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2731 :     my ($new_loc, @all);
2732 :     @all = split (//, $loc);
2733 :     my $count = 0;
2734 :     foreach my $i (@all){
2735 :     if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2736 :     $new_loc .= " " . $i;
2737 :     }
2738 :     else{
2739 :     $new_loc .= $i;
2740 : arodri7 1.40 }
2741 : arodri7 1.60 $count++;
2742 :     }
2743 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2744 :     }
2745 :    
2746 :     foreach my $id (@$ids){
2747 :     my (@values, $entry);
2748 :     #@values = (" ");
2749 :     if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2750 :     my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2751 :     foreach my $code (@ncodes){
2752 :     push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2753 :     }
2754 :     }
2755 :     else{
2756 :     @values = ("Not available");
2757 :     }
2758 : arodri7 1.41
2759 : arodri7 1.60 if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2760 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2761 :     }
2762 :     }
2763 :     elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2764 :     ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2765 :     if (! defined $attributes) {
2766 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2767 :     $attributes = \@attributes_array;
2768 :     }
2769 :    
2770 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2771 :     foreach my $key (@codes){
2772 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2773 :     }
2774 :    
2775 :     foreach my $id (@$ids){
2776 :     my (@values, $entry);
2777 :     #@values = (" ");
2778 :     if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2779 :     my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2780 :     foreach my $code (@ncodes){
2781 :     push (@values, $code);
2782 : arodri7 1.33 }
2783 :     }
2784 : arodri7 1.60 else{
2785 :     @values = ("Not available");
2786 :     }
2787 :    
2788 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2789 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2790 :     }
2791 :     }
2792 :     elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2793 :     ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2794 :     ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2795 :     ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2796 :     ($colName eq 'gc_content') ) {
2797 :     if (! defined $attributes) {
2798 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2799 :     $attributes = \@attributes_array;
2800 :     }
2801 :    
2802 :     my $genomes_with_phenotype;
2803 :     foreach my $attribute (@$attributes){
2804 :     my $genome = $attribute->[0];
2805 :     $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2806 : arodri7 1.33 }
2807 :    
2808 : arodri7 1.60 foreach my $id (@$ids){
2809 :     my $genome = $fig->genome_of($id);
2810 :     my @values = (' ');
2811 :     if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2812 :     push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2813 :     }
2814 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2815 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2816 :     }
2817 : arodri7 1.33 }
2818 : arodri7 1.60
2819 :     return $column;
2820 : arodri7 1.33 }
2821 : mkubal 1.12
2822 : arodri7 1.31
2823 : arodri7 1.60 sub get_db_aliases {
2824 :     my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2825 :    
2826 :     my $db_array;
2827 : arodri7 1.41 my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2828 :     foreach my $id (@$ids){
2829 :     foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2830 :     my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2831 : arodri7 1.60 next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
2832 :     next if ($aliases->{$id}->{$db});
2833 : arodri7 1.41 $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2834 : arodri7 1.28 }
2835 : arodri7 1.60 if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
2836 :     $aliases->{$id}->{$db} = " ";
2837 :     }
2838 :     #push (@$db_array, {'data'=> $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
2839 :     push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
2840 : arodri7 1.28 }
2841 : arodri7 1.60
2842 :     if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
2843 :     elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
2844 : arodri7 1.28 }
2845 :    
2846 : arodri7 1.60
2847 :    
2848 : arodri7 1.33 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2849 :    
2850 : arodri7 1.26 sub color {
2851 : paczian 1.44 my ($evalue) = @_;
2852 :     my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
2853 : arodri7 1.26 my $color;
2854 : paczian 1.44 if ($evalue <= 1e-170){ $color = $palette->[0]; }
2855 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = $palette->[1]; }
2856 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = $palette->[2]; }
2857 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = $palette->[3]; }
2858 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = $palette->[4]; }
2859 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = $palette->[5]; }
2860 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = $palette->[6]; }
2861 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = $palette->[7]; }
2862 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = $palette->[8]; }
2863 :     else{ $color = $palette->[9]; }
2864 : arodri7 1.26 return ($color);
2865 :     }
2866 : arodri7 1.13
2867 :    
2868 :     ############################
2869 :     package Observation::Cluster;
2870 :    
2871 :     use base qw(Observation);
2872 :    
2873 :     sub new {
2874 :    
2875 :     my ($class,$dataset) = @_;
2876 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2877 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
2878 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
2879 :     return $self;
2880 :     }
2881 :    
2882 :     sub display {
2883 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2884 : mkubal 1.24
2885 : arodri7 1.53 $taxes = $fig->taxonomy_list();
2886 :    
2887 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
2888 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
2889 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
2890 : arodri7 1.41 my $range = $gd_window_size;
2891 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
2892 : arodri7 1.38 my $gene_associations={};
2893 : arodri7 1.13
2894 :     #get the organism genome
2895 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2896 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2897 :     $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2898 :     $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2899 : arodri7 1.13
2900 :     # get location of the gene
2901 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
2902 :     my ($contig, $beg, $end);
2903 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
2904 : arodri7 1.13
2905 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2906 :     $contig = $1;
2907 :     $beg = $2;
2908 :     $end = $3;
2909 :     }
2910 :    
2911 : arodri7 1.22 my $offset;
2912 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
2913 :     if ($beg < $end)
2914 :     {
2915 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range);
2916 :     $region_end = $end+ ($range);
2917 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2918 : arodri7 1.13 }
2919 :     else
2920 :     {
2921 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range);
2922 :     $region_end = $beg+($range);
2923 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2924 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2925 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2926 : arodri7 1.21 }
2927 : arodri7 1.13
2928 :     # call genes in region
2929 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2930 : arodri7 1.42 #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2931 :     # push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2932 :     #}
2933 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
2934 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
2935 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2936 : mkubal 1.14
2937 :     my %all_genes;
2938 :     my %all_genomes;
2939 : arodri7 1.42 foreach my $feature (@$target_gene_features){
2940 :     #if ($feature =~ /peg/){
2941 :     $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2942 :     #}
2943 :     }
2944 :    
2945 : arodri7 1.41 my @selected_sims;
2946 : arodri7 1.16
2947 : arodri7 1.40 if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2948 : arodri7 1.37 # get the selected boxes
2949 : arodri7 1.38 my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2950 : arodri7 1.37
2951 :     # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2952 : arodri7 1.41 if (@selected_taxonomy > 0){
2953 :     foreach my $sim (@$sims_array){
2954 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2955 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2956 : arodri7 1.37
2957 : arodri7 1.41 #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2958 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2959 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2960 : arodri7 1.53 my $lineage = $taxes->{$genome};
2961 :     #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2962 : arodri7 1.38 foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2963 :     if ($lineage =~ /$taxon/){
2964 : arodri7 1.41 #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2965 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2966 : arodri7 1.38 }
2967 : arodri7 1.37 }
2968 :     }
2969 :     }
2970 : arodri7 1.40 else{
2971 :     my $simcount = 0;
2972 : arodri7 1.41 foreach my $sim (@$sims_array){
2973 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2974 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2975 :    
2976 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2977 : arodri7 1.40 $simcount++;
2978 :     last if ($simcount > 4);
2979 :     }
2980 :     }
2981 : arodri7 1.16
2982 : arodri7 1.41 my %saw;
2983 :     @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2984 :    
2985 : arodri7 1.37 # get the gene context for the sorted matches
2986 :     foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2987 :     #get the organism genome
2988 :     my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2989 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2990 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2991 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2992 : arodri7 1.37
2993 :     # get location of the gene
2994 :     my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2995 :     my ($contig, $beg, $end);
2996 :    
2997 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2998 :     $contig = $1;
2999 :     $beg = $2;
3000 :     $end = $3;
3001 :     }
3002 :    
3003 :     my $offset;
3004 :     my ($region_start, $region_end);
3005 :     if ($beg < $end)
3006 :     {
3007 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range/2);
3008 :     $region_end = $end+($range/2);
3009 : arodri7 1.38 $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
3010 : arodri7 1.37 }
3011 :     else
3012 :     {
3013 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range/2);
3014 :     $region_end = $beg+($range/2);
3015 : arodri7 1.38 $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
3016 :     $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
3017 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
3018 : arodri7 1.37 }
3019 :    
3020 :     # call genes in region
3021 :     my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
3022 :     push(@$all_regions,$sim_gene_features);
3023 :     push (@start_array_region, $offset);
3024 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
3025 :     $all_genomes{$sim_genome} = 1;
3026 : arodri7 1.16 }
3027 : mkubal 1.14
3028 :     }
3029 : arodri7 1.41
3030 : arodri7 1.42 #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
3031 : arodri7 1.38 # cluster the genes
3032 :     my @all_pegs = keys %all_genes;
3033 :     my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
3034 : arodri7 1.42 #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
3035 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
3036 : arodri7 1.21
3037 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
3038 :     my $sample_peg = @$region[0];
3039 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
3040 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
3041 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
3042 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
3043 : arodri7 1.53 my $lineage = $taxes->{$region_genome};
3044 :     #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
3045 : arodri7 1.40 #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
3046 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
3047 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
3048 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
3049 :     };
3050 :    
3051 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
3052 : arodri7 1.16
3053 : arodri7 1.40 my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
3054 : arodri7 1.25 'short_title' => "",
3055 : arodri7 1.38 'basepair_offset' => '0',
3056 :     'no_middle_line' => '1'
3057 : arodri7 1.25 };
3058 :    
3059 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
3060 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
3061 :    
3062 :     # initialize variables to check for overlap in genes
3063 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
3064 :     my $major_line_flag = 0;
3065 :     my $prev_second_flag = 0;
3066 :    
3067 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
3068 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
3069 : mkubal 1.14 my $element_hash;
3070 :     my $links_list = [];
3071 :     my $descriptions = [];
3072 : arodri7 1.38
3073 :     my $color = $color_sets->{$fid1};
3074 : arodri7 1.26
3075 : arodri7 1.18 # get subsystem information
3076 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
3077 : paczian 1.44 my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
3078 : arodri7 1.18
3079 :     my $link;
3080 :     $link = {"link_title" => $fid1,
3081 :     "link" => $url_link};
3082 :     push(@$links_list,$link);
3083 :    
3084 : arodri7 1.41 my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
3085 :     my @subsystems;
3086 :     foreach my $array (@subs){
3087 :     my $subsystem = $$array[0];
3088 :     my $ss = $subsystem;
3089 :     $ss =~ s/_/ /ig;
3090 :     push (@subsystems, $ss);
3091 : arodri7 1.18 my $link;
3092 : paczian 1.44 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
3093 : arodri7 1.41 "link_title" => $ss};
3094 : arodri7 1.18 push(@$links_list,$link);
3095 :     }
3096 : arodri7 1.41
3097 :     if ($fid1 eq $fid){
3098 :     my $link;
3099 :     $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
3100 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
3101 :     push (@$links_list,$link);
3102 :     }
3103 :    
3104 : arodri7 1.18 my $description_function;
3105 :     $description_function = {"title" => "function",
3106 :     "value" => $function};
3107 :     push(@$descriptions,$description_function);
3108 :    
3109 :     my $description_ss;
3110 : arodri7 1.41 my $ss_string = join (", ", @subsystems);
3111 : arodri7 1.18 $description_ss = {"title" => "subsystems",
3112 :     "value" => $ss_string};
3113 :     push(@$descriptions,$description_ss);
3114 :    
3115 : arodri7 1.16
3116 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
3117 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
3118 :     my($start,$stop);
3119 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
3120 :     $stop = $3 - $offsetting;
3121 : arodri7 1.25
3122 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
3123 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
3124 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
3125 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
3126 :     $second_line_flag = 1;
3127 :     $major_line_flag = 1;
3128 :     }
3129 :     }
3130 :     $prev_start = $start;
3131 :     $prev_stop = $stop;
3132 :     $prev_fig = $fid1;
3133 :    
3134 : arodri7 1.58 if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_gnes{$fid1})){
3135 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
3136 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
3137 :     }
3138 :    
3139 : arodri7 1.41 my $title = $fid1;
3140 :     if ($fid1 eq $fid){
3141 :     $title = "My query gene: $fid1";
3142 :     }
3143 :    
3144 : mkubal 1.14 $element_hash = {
3145 : arodri7 1.41 "title" => $title,
3146 : mkubal 1.14 "start" => $start,
3147 :     "end" => $stop,
3148 :     "type"=> 'arrow',
3149 :     "color"=> $color,
3150 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
3151 :     "links_list" => $links_list,
3152 :     "description" => $descriptions
3153 : mkubal 1.14 };
3154 : arodri7 1.25
3155 :     # if there is an overlap, put into second line
3156 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3157 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3158 : arodri7 1.41
3159 :     if ($fid1 eq $fid){
3160 :     $element_hash = {
3161 :     "title" => 'Query',
3162 :     "start" => $start,
3163 :     "end" => $stop,
3164 :     "type"=> 'bigbox',
3165 :     "color"=> $color,
3166 :     "zlayer" => "1"
3167 :     };
3168 :    
3169 :     # if there is an overlap, put into second line
3170 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3171 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3172 :     }
3173 : mkubal 1.14 }
3174 :     }
3175 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
3176 : arodri7 1.40 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
3177 : mkubal 1.14 }
3178 : arodri7 1.41 return ($gd, \@selected_sims);
3179 : mkubal 1.14 }
3180 :    
3181 : arodri7 1.38 sub cluster_genes {
3182 :     my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
3183 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
3184 :    
3185 :     my @color_sets = ();
3186 :    
3187 :     $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
3188 :    
3189 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3190 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
3191 :     if (! $seen{$i}) {
3192 :     $cluster = [$i];
3193 :     $seen{$i} = 1;
3194 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
3195 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
3196 :     foreach $k (@$x) {
3197 :     if (! $seen{$k}) {
3198 :     push(@$cluster,$k);
3199 :     $seen{$k} = 1;
3200 :     }
3201 :     }
3202 :     }
3203 :    
3204 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
3205 :     push(@color_sets,$cluster);
3206 :     }
3207 :     }
3208 :     }
3209 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
3210 :     $red_set = $color_sets[$i];
3211 :     splice(@color_sets,$i,1);
3212 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
3213 :     unshift(@color_sets,$red_set);
3214 :    
3215 :     my $color_sets = {};
3216 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
3217 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
3218 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
3219 :     }
3220 :     }
3221 :     return $color_sets;
3222 :     }
3223 :    
3224 :     sub get_connections_by_similarity {
3225 :     my($fig,$all_pegs) = @_;
3226 :     my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
3227 :     my($sim,%conn,$x,$y);
3228 :    
3229 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3230 :     $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
3231 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
3232 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
3233 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
3234 :     }
3235 :     }
3236 :    
3237 :     foreach $y (keys(%pos_of)) {
3238 : arodri7 1.41 $x = $pos_of{$y};
3239 : arodri7 1.38 for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
3240 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
3241 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
3242 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
3243 :     }
3244 :     }
3245 :     }
3246 :    
3247 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3248 : arodri7 1.42 foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
3249 : arodri7 1.38 if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
3250 :     foreach $y (@$x) {
3251 :     push(@{$conn{$i}},$y);
3252 :     }
3253 :     }
3254 :     }
3255 :     }
3256 :     return \%conn;
3257 :     }
3258 :    
3259 :     sub in {
3260 :     my($x,$xL) = @_;
3261 :     my($i);
3262 :    
3263 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
3264 :     return ($i < @$xL);
3265 :     }
3266 : arodri7 1.41
3267 :     #############################################
3268 :     #############################################
3269 :     package Observation::Commentary;
3270 :    
3271 :     use base qw(Observation);
3272 :    
3273 :     =head3 display_protein_commentary()
3274 :    
3275 :     =cut
3276 :    
3277 :     sub display_protein_commentary {
3278 :     my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
3279 :    
3280 :     my $all_rows = [];
3281 :     my $content;
3282 :     #my $fig = new FIG;
3283 :     my $cgi = new CGI;
3284 :     my $count = 0;
3285 :     my $peg_array = [];
3286 : arodri7 1.60 my ($evidence_column, $subsystems_column, %e_identical);
3287 : arodri7 1.41
3288 :     if (@$dataset != 1){
3289 :     foreach my $thing (@$dataset){
3290 :     if ($thing->class eq "SIM"){
3291 :     push (@$peg_array, $thing->acc);
3292 :     }
3293 :     }
3294 :     # get the column for the evidence codes
3295 : arodri7 1.60 $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3296 : arodri7 1.41
3297 :     # get the column for the subsystems
3298 : arodri7 1.60 $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3299 : arodri7 1.41
3300 :     # get essentially identical seqs
3301 :     %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
3302 :     }
3303 :     else{
3304 :     push (@$peg_array, @$dataset);
3305 :     }
3306 :    
3307 :     my $selected_sims = [];
3308 :     foreach my $id (@$peg_array){
3309 :     last if ($count > 10);
3310 :     my $row_data = [];
3311 :     my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3312 : arodri7 1.66 if ($fig->org_of($id)){
3313 :     $org = $fig->org_of($id);
3314 :     }
3315 :     else{
3316 :     $org = "Data not available";
3317 :     }
3318 : arodri7 1.41 $function = $fig->function_of($id);
3319 :     if ($mypeg ne $id){
3320 : paczian 1.47 $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
3321 :     $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3322 : arodri7 1.41 if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
3323 :     }
3324 :     else{
3325 :     $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
3326 : paczian 1.47 $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
3327 :     $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3328 : arodri7 1.41 }
3329 :    
3330 :     push(@$row_data,$id_cell);
3331 :     push(@$row_data,$org);
3332 : arodri7 1.60 push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3333 :     push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3334 : arodri7 1.41 push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3335 :     push(@$row_data,$function_cell);
3336 :     push(@$all_rows,$row_data);
3337 :     push (@$selected_sims, $id);
3338 :     $count++;
3339 :     }
3340 :    
3341 :     if ($count >0){
3342 :     $content = $all_rows;
3343 :     }
3344 :     else{
3345 :     $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
3346 :     }
3347 :     return ($content,$selected_sims);
3348 :     }
3349 :    
3350 :     sub display_protein_history {
3351 :     my ($self, $id,$fig) = @_;
3352 :     my $all_rows = [];
3353 :     my $content;
3354 :    
3355 :     my $cgi = new CGI;
3356 :     my $count = 0;
3357 :     foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
3358 :     my $row = [];
3359 :     my $col1 = $feat->[2];
3360 :     my $col2 = $feat->[1];
3361 :     #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
3362 :     my $text = $feat->[3];
3363 :    
3364 :     push (@$row, $col1);
3365 :     push (@$row, $col2);
3366 :     push (@$row, $text);
3367 :     push (@$all_rows, $row);
3368 :     $count++;
3369 :     }
3370 :     if ($count > 0){
3371 :     $content = $all_rows;
3372 :     }
3373 :     else {
3374 :     $content = "There is no history for this PEG";
3375 :     }
3376 :    
3377 :     return($content);
3378 :     }
3379 : arodri7 1.58

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