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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.61 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : paczian 1.54 #use lib '/vol/ontologies';
4 : mkubal 1.19 use DBMaster;
5 : mkubal 1.34 use Data::Dumper;
6 : mkubal 1.19
7 : mkubal 1.1 require Exporter;
8 : parrello 1.59 @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9 : mkubal 1.1
10 : paczian 1.44 use WebColors;
11 : paczian 1.52 use WebConfig;
12 : paczian 1.44
13 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
14 : mkubal 1.30 #use strict;
15 : arodri7 1.16 #use warnings;
16 : arodri7 1.9 use HTML;
17 : arodri7 1.55 use FFs;
18 : mkubal 1.1
19 :     1;
20 :    
21 :     =head1 NAME
22 :    
23 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
24 :    
25 :     =head1 DESCRIPTION
26 :    
27 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
28 :     single interface to this data.
29 :    
30 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
31 :    
32 :     =cut
33 :    
34 :     =head1 BACKGROUND
35 :    
36 :     =head2 Data incorporated in the Observations
37 :    
38 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
39 :    
40 :     =head3 SEED core evidence
41 :    
42 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
43 :    
44 :     =head3 Attribute based Evidence
45 :    
46 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
47 :    
48 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
49 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
50 :    
51 :     =head1 METHODS
52 :    
53 :     The public methods this package provides are listed below:
54 :    
55 :    
56 : mkubal 1.24 =head3 context()
57 :    
58 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
59 : mkubal 1.1
60 :     =cut
61 :    
62 : mkubal 1.24 sub context {
63 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
64 :    
65 : mkubal 1.24 return $self->{context};
66 : mkubal 1.1 }
67 :    
68 : mkubal 1.24 =head3 rows()
69 : mkubal 1.1
70 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
71 : mkubal 1.1
72 : mkubal 1.24 =cut
73 :    
74 :     sub rows {
75 :     my ($self) = @_;
76 :    
77 :     return $self->{rows};
78 :     }
79 :    
80 :     =head3 acc()
81 :    
82 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
83 : mkubal 1.1
84 :     =cut
85 :    
86 : mkubal 1.24 sub acc {
87 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
88 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
89 : mkubal 1.1 }
90 :    
91 : arodri7 1.40 =head3 query()
92 :    
93 :     The query id
94 :    
95 :     =cut
96 :    
97 :     sub query {
98 :     my ($self) = @_;
99 :     return $self->{query};
100 :     }
101 :    
102 :    
103 : mkubal 1.1 =head3 class()
104 :    
105 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
106 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
107 : mkubal 1.7
108 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
109 :    
110 :     =over 9
111 :    
112 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
113 :    
114 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
115 : mkubal 1.1
116 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
117 : mkubal 1.1
118 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
119 : mkubal 1.1
120 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
121 : mkubal 1.1
122 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
123 : mkubal 1.1
124 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
125 : mkubal 1.1
126 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
127 : mkubal 1.1
128 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
129 : mkubal 1.1
130 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
131 :    
132 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
133 : mkubal 1.1
134 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
135 : mkubal 1.1
136 :     =back
137 :    
138 :     =cut
139 :    
140 :     sub class {
141 :     my ($self) = @_;
142 :    
143 :     return $self->{class};
144 :     }
145 :    
146 :     =head3 type()
147 :    
148 :     The type of evidence (required).
149 :    
150 :     Where type is one of the following:
151 :    
152 :     =over 8
153 :    
154 :     =item seq=Sequence similarity
155 :    
156 :     =item dom=domain based match
157 :    
158 :     =item loc=Localization of the feature
159 :    
160 :     =item fc=Functional coupling.
161 :    
162 :     =back
163 :    
164 :     =cut
165 :    
166 :     sub type {
167 :     my ($self) = @_;
168 :    
169 : arodri7 1.26 return $self->{type};
170 : mkubal 1.1 }
171 :    
172 :     =head3 start()
173 :    
174 :     Start of hit in query sequence.
175 :    
176 :     =cut
177 :    
178 :     sub start {
179 :     my ($self) = @_;
180 :    
181 :     return $self->{start};
182 :     }
183 :    
184 :     =head3 end()
185 :    
186 :     End of the hit in query sequence.
187 :    
188 :     =cut
189 :    
190 :     sub stop {
191 :     my ($self) = @_;
192 :    
193 :     return $self->{stop};
194 :     }
195 :    
196 : arodri7 1.11 =head3 start()
197 :    
198 :     Start of hit in query sequence.
199 :    
200 :     =cut
201 :    
202 :     sub qstart {
203 :     my ($self) = @_;
204 :    
205 :     return $self->{qstart};
206 :     }
207 :    
208 :     =head3 qstop()
209 :    
210 :     End of the hit in query sequence.
211 :    
212 :     =cut
213 :    
214 :     sub qstop {
215 :     my ($self) = @_;
216 :    
217 :     return $self->{qstop};
218 :     }
219 :    
220 :     =head3 hstart()
221 :    
222 :     Start of hit in hit sequence.
223 :    
224 :     =cut
225 :    
226 :     sub hstart {
227 :     my ($self) = @_;
228 :    
229 :     return $self->{hstart};
230 :     }
231 :    
232 :     =head3 end()
233 :    
234 :     End of the hit in hit sequence.
235 :    
236 :     =cut
237 :    
238 :     sub hstop {
239 :     my ($self) = @_;
240 :    
241 :     return $self->{hstop};
242 :     }
243 :    
244 :     =head3 qlength()
245 :    
246 :     length of the query sequence in similarities
247 :    
248 :     =cut
249 :    
250 :     sub qlength {
251 :     my ($self) = @_;
252 :    
253 :     return $self->{qlength};
254 :     }
255 :    
256 :     =head3 hlength()
257 :    
258 :     length of the hit sequence in similarities
259 :    
260 :     =cut
261 :    
262 :     sub hlength {
263 :     my ($self) = @_;
264 :    
265 :     return $self->{hlength};
266 :     }
267 :    
268 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
269 :    
270 :     E-value or P-Value if present.
271 :    
272 :     =cut
273 :    
274 :     sub evalue {
275 :     my ($self) = @_;
276 :    
277 :     return $self->{evalue};
278 :     }
279 :    
280 :     =head3 score()
281 :    
282 :     Score if present.
283 :    
284 :     =cut
285 :    
286 :     sub score {
287 :     my ($self) = @_;
288 :     return $self->{score};
289 :     }
290 :    
291 : mkubal 1.12 =head3 display()
292 : mkubal 1.1
293 : mkubal 1.12 will be different for each type
294 : mkubal 1.1
295 :     =cut
296 :    
297 : mkubal 1.7 sub display {
298 : mkubal 1.1
299 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
300 : mkubal 1.1
301 :     }
302 :    
303 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
304 : mkubal 1.7
305 : mkubal 1.24 will be different for each type
306 : mkubal 1.1
307 : mkubal 1.24 =cut
308 : mkubal 1.1
309 : mkubal 1.24 sub display_table {
310 :    
311 :     die "Abstract Table Method Called\n";
312 : mkubal 1.1
313 :     }
314 :    
315 :     =head3 get_objects()
316 :    
317 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
318 :    
319 :     =cut
320 :    
321 :     sub get_objects {
322 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;
323 : paczian 1.44
324 : mkubal 1.7 my $objects = [];
325 :     my @matched_datasets=();
326 : mkubal 1.1
327 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
328 :     # returns an array of arrays of hashes
329 :    
330 : mkubal 1.24 if($scope){
331 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
332 : mkubal 1.7 }
333 :     else{
334 :     my %domain_classes;
335 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
336 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
337 : arodri7 1.41 $domain_classes{'PFAM'} = 1;
338 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
339 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
340 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);
341 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
342 :     get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344 : mkubal 1.1 }
345 : mkubal 1.7
346 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
347 :     my $object;
348 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
349 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
350 :     }
351 : arodri7 1.41 elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
352 : arodri7 1.9 $object = Observation::FC->new($dataset);
353 :     }
354 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
355 : arodri7 1.9 $object = Observation::Identical->new($dataset);
356 :     }
357 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
358 : mkubal 1.12 $object = Observation::Location->new($dataset);
359 :     }
360 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
361 : arodri7 1.10 $object = Observation::Sims->new($dataset);
362 :     }
363 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
364 : arodri7 1.15 $object = Observation::Cluster->new($dataset);
365 :     }
366 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
367 : mkubal 1.20 $object = Observation::PDB->new($dataset);
368 :     }
369 :    
370 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
371 : mkubal 1.1 }
372 : mkubal 1.7
373 :     return $objects;
374 : mkubal 1.1
375 :     }
376 :    
377 : mkubal 1.61 =head
378 :     provides layer of abstraction between tools and underlying access method to Attribute Server
379 :     =cut
380 :    
381 :     sub get_attributes{
382 :     my ($self,$fig,$search_set,$search_term,$value_array_ref) = @_;
383 :     my @attributes = $fig->get_attributes($search_set,$search_term,@$value_array_ref);
384 :     return @attributes;
385 :     }
386 :    
387 : arodri7 1.58 =head3 get_sims_objects()
388 :    
389 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
390 :    
391 :     =cut
392 :    
393 :     sub get_sims_objects {
394 :     my ($self,$fid,$fig,$parameters) = @_;
395 :    
396 :     my $objects = [];
397 :     my @matched_datasets=();
398 :    
399 :     # call function that fetches attribute based observations
400 :     # returns an array of arrays of hashes
401 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
402 :    
403 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
404 :     my $object;
405 :     if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
406 :     $object = Observation::Sims->new($dataset);
407 :     }
408 :     push (@$objects, $object);
409 :     }
410 :     return $objects;
411 :     }
412 :    
413 :    
414 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
415 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
416 :    
417 :     =cut
418 :     sub display_housekeeping {
419 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig) = @_;
420 :     my $content = [];
421 :     my $row = [];
422 : arodri7 1.28
423 :     my $org_name = $fig->org_of($fid);
424 : arodri7 1.45 my $org_id = $fig->genome_of($fid);
425 : arodri7 1.28 my $function = $fig->function_of($fid);
426 : arodri7 1.41 #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
427 :     my $length = $fig->translation_length($fid);
428 :    
429 :     push (@$row, $org_name);
430 :     push (@$row, $fid);
431 :     push (@$row, $length);
432 :     push (@$row, $function);
433 :    
434 :     # initialize the table for commentary and annotations
435 :     #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
436 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
437 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
438 :     #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
439 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
440 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
441 :     #$content .= qq(</table><p>\n);
442 :    
443 :     push(@$content, $row);
444 : arodri7 1.28
445 :     return ($content);
446 :     }
447 :    
448 :     =head3 get_sims_summary
449 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
450 :    
451 :     =cut
452 :    
453 :     sub get_sims_summary {
454 : arodri7 1.53 my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
455 : arodri7 1.28 my %families;
456 : arodri7 1.53 my $taxes = $fig->taxonomy_list();
457 :    
458 : arodri7 1.42 foreach my $thing (@$dataset) {
459 : arodri7 1.53 my ($id, $evalue);
460 :     if ($thing =~ /fig\|/){
461 :     $id = $thing;
462 :     $evalue = -1;
463 :     }
464 :     else{
465 :     next if ($thing->class ne "SIM");
466 :     $id = $thing->acc;
467 :     $evalue = $thing->evalue;
468 :     }
469 : arodri7 1.42 next if ($id !~ /fig\|/);
470 :     next if ($fig->is_deleted_fid($id));
471 : arodri7 1.53
472 : arodri7 1.42 my $genome = $fig->genome_of($id);
473 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
474 : arodri7 1.53 my $taxonomy = $taxes->{$genome};
475 : arodri7 1.28 my $parent_tax = "Root";
476 : arodri7 1.38 my @currLineage = ($parent_tax);
477 : arodri7 1.53 push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
478 :     my $level = 2;
479 : arodri7 1.28 foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
480 : arodri7 1.53 push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
481 :     push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
482 :     $families{level}{$tax} = $level;
483 : arodri7 1.38 push (@currLineage, $tax);
484 : arodri7 1.28 $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
485 : arodri7 1.38 $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
486 : arodri7 1.39 if (defined ($families{evalue}{$tax})){
487 : arodri7 1.53 if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
488 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
489 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
490 : arodri7 1.39 }
491 :     }
492 :     else{
493 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
494 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
495 : arodri7 1.39 }
496 :    
497 : arodri7 1.28 $parent_tax = $tax;
498 : arodri7 1.53 $level++;
499 : arodri7 1.28 }
500 :     }
501 :    
502 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
503 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
504 :    
505 :     my %saw;
506 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
507 :     $families{children}{$key} = \@out;
508 :     }
509 : arodri7 1.53
510 :     return \%families;
511 : arodri7 1.28 }
512 :    
513 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
514 :    
515 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
516 :    
517 :     B<Please do not use them outside of this package!>
518 :    
519 :     =cut
520 :    
521 : arodri7 1.39 sub get_taxcolor{
522 :     my ($evalue) = @_;
523 :     my $color;
524 : arodri7 1.53 if ($evalue == -1){ $color = "black"; }
525 :     elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){ $color = "#FF2000"; }
526 : arodri7 1.39 elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = "#FF3300"; }
527 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = "#FF6600"; }
528 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = "#FF9900"; }
529 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = "#FFCC00"; }
530 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = "#FFFF00"; }
531 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = "#CCFF00"; }
532 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = "#66FF00"; }
533 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = "#00FF00"; }
534 :     else{ $color = "#6666FF"; }
535 :     return ($color);
536 :     }
537 :    
538 :    
539 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
540 :    
541 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
542 : arodri7 1.41 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
543 : mkubal 1.7
544 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
545 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
546 :     my @parts = split("::",$key);
547 :     my $class = $parts[0];
548 : arodri7 1.50 my $name = $parts[1];
549 : arodri7 1.56 #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
550 : arodri7 1.50
551 : mkubal 1.7 if($domain_classes->{$parts[0]}){
552 :     my $val = @$attr_ref[2];
553 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
554 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
555 : mkubal 1.8 my $from = $2;
556 :     my $to = $3;
557 : mkubal 1.7 my $evalue;
558 : arodri7 1.50 if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
559 : mkubal 1.7 my $part2 = 1000 - $1;
560 :     my $part1 = $2/100;
561 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
562 :     }
563 : arodri7 1.50 elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
564 :     $evalue=$raw_evalue;
565 :     }
566 : mkubal 1.7 else{
567 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
568 : mkubal 1.7 }
569 :    
570 :     my $dataset = {'class' => $class,
571 :     'acc' => $key,
572 :     'type' => "dom" ,
573 :     'evalue' => $evalue,
574 :     'start' => $from,
575 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
576 :     'fig_id' => $fid,
577 :     'score' => $raw_evalue
578 : mkubal 1.7 };
579 :    
580 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
581 :     }
582 :     }
583 :     }
584 :     }
585 : mkubal 1.12
586 :     sub get_attribute_based_location_observations{
587 :    
588 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
589 :     #my $fig = new FIG;
590 : mkubal 1.12
591 : mkubal 1.30 my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
592 : mkubal 1.12
593 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
594 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
595 :     'fig_id' => $fid
596 :     };
597 :    
598 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
599 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
600 : mkubal 1.30 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/) && ($key !~/Phobius/) );
601 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
602 :     my $sub_class = $parts[0];
603 :     my $sub_key = $parts[1];
604 :     my $value = @$attr_ref[2];
605 :     if($sub_class eq "SignalP"){
606 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
607 :     my @value_parts = split(";",$value);
608 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
609 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
610 :     }
611 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
612 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
613 :     }
614 :     }
615 : mkubal 1.30
616 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "CELLO"){
617 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
618 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
619 :     }
620 : mkubal 1.30
621 :     elsif($sub_class eq "Phobius"){
622 :     if($sub_key eq "transmembrane"){
623 :     $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
624 :     }
625 :     elsif($sub_key eq "signal"){
626 :     $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
627 :     }
628 :     }
629 :    
630 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "TMPRED"){
631 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
632 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
633 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
634 :     }
635 :     }
636 :    
637 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
638 :    
639 :     }
640 :    
641 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
642 :    
643 :     This methods sets the type and class for pdb observations
644 :    
645 :     =cut
646 :    
647 :     sub get_pdb_observations{
648 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
649 : mkubal 1.20
650 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
651 : mkubal 1.20
652 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
653 : mkubal 1.20 my $key = @$attr_ref[1];
654 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
655 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
656 :     my $value = @$attr_ref[2];
657 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
658 :    
659 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
660 :     my $part2 = 1000 - $1;
661 :     my $part1 = $2/100;
662 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
663 :     }
664 :    
665 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
666 :    
667 :     my $url = @$attr_ref[3];
668 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
669 :     'type' => 'seq' ,
670 :     'acc' => $key2,
671 :     'evalue' => $evalue,
672 :     'start' => $start,
673 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
674 :     'fig_id' => $fid
675 : mkubal 1.20 };
676 :    
677 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
678 :     }
679 :     }
680 :    
681 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
682 :    
683 :     This methods sets the type and class for cluster observations
684 :    
685 :     =cut
686 :    
687 :     sub get_cluster_observations{
688 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
689 : arodri7 1.15
690 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
691 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
692 :     'context' => $scope,
693 :     'fig_id' => $fid
694 : arodri7 1.16 };
695 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
696 :     }
697 :    
698 :    
699 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
700 :    
701 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
702 :    
703 :     =cut
704 :    
705 :     sub get_sims_observations{
706 : arodri7 1.58 my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
707 : mkubal 1.3
708 : arodri7 1.58 my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter);
709 :     if ($parameters->{flag}){
710 :     $max_sims = $parameters->{max_sims};
711 :     $max_expand = $parameters->{max_expand};
712 :     $max_eval = $parameters->{max_eval};
713 :     $db_filter = $parameters->{db_filter};
714 :     $sim_order = $parameters->{sim_order};
715 :     $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
716 :     }
717 :     else{
718 :     $max_sims = 50;
719 :     $max_expand = 5;
720 :     $max_eval = 1e-5;
721 :     $db_filter = "figx";
722 :     $sim_order = "id";
723 :     }
724 :    
725 : parrello 1.59 my($id, $genome, @genomes, %sims);
726 : arodri7 1.58 my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand);
727 :     @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
728 : mkubal 1.4 my ($dataset);
729 : arodri7 1.26
730 : arodri7 1.58 if ($group_by_genome){
731 :     # Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
732 :     foreach $sim ( @tmp ){
733 :     $id = $sim->id2;
734 :     $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
735 :     if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
736 :     push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
737 :     }
738 :     @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
739 :     }
740 :    
741 :     foreach my $sim (@tmp){
742 : arodri7 1.26 my $hit = $sim->[1];
743 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
744 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
745 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
746 :     my $qto = $sim->[7];
747 :     my $hfrom = $sim->[8];
748 :     my $hto = $sim->[9];
749 :     my $qlength = $sim->[12];
750 :     my $hlength = $sim->[13];
751 :     my $db = get_database($hit);
752 :     my $func = $fig->function_of($hit);
753 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
754 :    
755 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
756 : arodri7 1.40 'query' => $sim->[0],
757 : arodri7 1.10 'acc' => $hit,
758 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
759 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
760 :     'evalue' => $evalue,
761 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
762 :     'qstop' => $qto,
763 :     'hstart' => $hfrom,
764 :     'hstop' => $hto,
765 :     'database' => $db,
766 :     'organism' => $organism,
767 :     'function' => $func,
768 :     'qlength' => $qlength,
769 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
770 :     'fig_id' => $fid
771 : arodri7 1.10 };
772 :    
773 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
774 : mkubal 1.3 }
775 :     }
776 :    
777 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
778 :     This method gets the database association from the sequence id
779 :    
780 :     =cut
781 :    
782 :     sub get_database{
783 :     my ($id) = (@_);
784 :    
785 :     my ($db);
786 : arodri7 1.58 if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "SEED" }
787 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
788 : arodri7 1.58 elsif ($id =~ /^gb\|/) { $db = "GenBank" }
789 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
790 : arodri7 1.58 elsif ($id =~ /^ref\|/) { $db = "RefSeq" }
791 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
792 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
793 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
794 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
795 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
796 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
797 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
798 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
799 : arodri7 1.58 elsif ($id =~ /^pdb\|/) { $db = "PDB" }
800 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "IMG" }
801 :     elsif ($id =~ /^cmr\|/) { $db = "CMR" }
802 :     elsif ($id =~ /^dbj\|/) { $db = "DBJ" }
803 : arodri7 1.11
804 :     return ($db);
805 :    
806 :     }
807 :    
808 : mkubal 1.24
809 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
810 :    
811 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
812 :    
813 :     =cut
814 :    
815 :     sub get_identical_proteins{
816 :    
817 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
818 :     #my $fig = new FIG;
819 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
820 : arodri7 1.5
821 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
822 :     foreach my $id (@maps_to) {
823 :     my ($tmp, $who);
824 : arodri7 1.33 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
825 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
826 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
827 : arodri7 1.5 }
828 :     }
829 :    
830 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
831 :     'type' => 'seq',
832 :     'fig_id' => $fid,
833 :     'rows' => $funcs_ref
834 :     };
835 :    
836 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
837 :    
838 : arodri7 1.5
839 :     }
840 :    
841 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
842 :    
843 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
844 :    
845 :     =cut
846 :    
847 :     sub get_functional_coupling{
848 :    
849 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
850 :     #my $fig = new FIG;
851 : arodri7 1.6 my @funcs = ();
852 :    
853 :     # initialize some variables
854 :     my($sc,$neigh);
855 :    
856 :     # set default parameters for coupling and evidence
857 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
858 :    
859 :     # get the fc data
860 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
861 :    
862 :     # retrieve data
863 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
864 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
865 :     } @fc_data;
866 :    
867 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
868 :     'type' => 'fc',
869 :     'fig_id' => $fid,
870 :     'rows' => \@rows
871 :     };
872 :    
873 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
874 : arodri7 1.9
875 : arodri7 1.6 }
876 : arodri7 1.5
877 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
878 :    
879 :     Instantiate a new object.
880 :    
881 :     =cut
882 :    
883 :     sub new {
884 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
885 :    
886 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
887 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
888 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
889 :     score => $dataset->{'score'},
890 : arodri7 1.10 };
891 : mkubal 1.7
892 :     bless($self,$class);
893 : mkubal 1.1
894 :     return $self;
895 :     }
896 :    
897 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
898 :    
899 :     Returns the % identity of the similar sequence
900 :    
901 :     =cut
902 :    
903 :     sub identity {
904 :     my ($self) = @_;
905 :    
906 :     return $self->{identity};
907 :     }
908 :    
909 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
910 :    
911 :     =cut
912 :    
913 :     sub fig_id {
914 :     my ($self) = @_;
915 :     return $self->{fig_id};
916 :     }
917 :    
918 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
919 :    
920 :    
921 :     =cut
922 :    
923 :     sub feature_id {
924 :     my ($self) = @_;
925 :    
926 :     return $self->{feature_id};
927 :     }
928 : arodri7 1.5
929 :     =head3 id (internal)
930 :    
931 :     Returns the ID of the identical sequence
932 :    
933 :     =cut
934 :    
935 :     sub id {
936 :     my ($self) = @_;
937 :    
938 :     return $self->{id};
939 :     }
940 :    
941 :     =head3 organism (internal)
942 :    
943 :     Returns the organism of the identical sequence
944 :    
945 :     =cut
946 :    
947 :     sub organism {
948 :     my ($self) = @_;
949 :    
950 :     return $self->{organism};
951 :     }
952 :    
953 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
954 :    
955 :     Returns the function of the identical sequence
956 :    
957 :     =cut
958 :    
959 :     sub function {
960 :     my ($self) = @_;
961 :    
962 :     return $self->{function};
963 :     }
964 :    
965 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
966 :    
967 :     Returns the database of the identical sequence
968 :    
969 :     =cut
970 :    
971 :     sub database {
972 :     my ($self) = @_;
973 :    
974 :     return $self->{database};
975 :     }
976 :    
977 : mkubal 1.20 ############################################################
978 :     ############################################################
979 :     package Observation::PDB;
980 :    
981 :     use base qw(Observation);
982 :    
983 :     sub new {
984 :    
985 :     my ($class,$dataset) = @_;
986 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
987 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
988 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
989 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
990 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
991 :     bless($self,$class);
992 :     return $self;
993 :     }
994 :    
995 :     =head3 display()
996 :    
997 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
998 :    
999 :     =cut
1000 :    
1001 :     sub display{
1002 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
1003 : mkubal 1.20
1004 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1005 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1006 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1007 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1008 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1009 : mkubal 1.20
1010 :     my $acc = $self->acc;
1011 :    
1012 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
1013 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
1014 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
1015 :     $pdb_description = "not available";
1016 :     $pdb_source = "not available";
1017 :     $pdb_ligand = "not available";
1018 :     }
1019 :     else{
1020 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
1021 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
1022 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
1023 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
1024 :     }
1025 : arodri7 1.6
1026 : mkubal 1.20 my $lines = [];
1027 :     my $line_data = [];
1028 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
1029 : paczian 1.47 'hover_title' => 'PDB',
1030 : mkubal 1.20 'short_title' => "best PDB",
1031 :     'basepair_offset' => '1' };
1032 :    
1033 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1034 : mkubal 1.20 my $seq = $fig->get_translation($fid);
1035 :     my $fid_stop = length($seq);
1036 :    
1037 :     my $fid_element_hash = {
1038 :     "title" => $fid,
1039 :     "start" => '1',
1040 :     "end" => $fid_stop,
1041 :     "color"=> '1',
1042 :     "zlayer" => '1'
1043 :     };
1044 :    
1045 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
1046 :    
1047 :     my $links_list = [];
1048 :     my $descriptions = [];
1049 :    
1050 :     my $name;
1051 :     $name = {"title" => 'id',
1052 :     "value" => $acc};
1053 :     push(@$descriptions,$name);
1054 :    
1055 :     my $description;
1056 :     $description = {"title" => 'pdb description',
1057 :     "value" => $pdb_description};
1058 :     push(@$descriptions,$description);
1059 :    
1060 :     my $score;
1061 :     $score = {"title" => "score",
1062 :     "value" => $self->evalue};
1063 :     push(@$descriptions,$score);
1064 :    
1065 :     my $start_stop;
1066 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
1067 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
1068 :     "value" => $start_stop_value};
1069 :     push(@$descriptions,$start_stop);
1070 :    
1071 :     my $source;
1072 :     $source = {"title" => "source",
1073 :     "value" => $pdb_source};
1074 :     push(@$descriptions,$source);
1075 :    
1076 :     my $ligand;
1077 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
1078 :     "value" => $pdb_ligand};
1079 :     push(@$descriptions,$ligand);
1080 :    
1081 :     my $link;
1082 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1083 :    
1084 :     $link = {"link_title" => $acc,
1085 :     "link" => $link_url};
1086 :     push(@$links_list,$link);
1087 :    
1088 :     my $pdb_element_hash = {
1089 :     "title" => "PDB homology",
1090 :     "start" => $self->start,
1091 :     "end" => $self->stop,
1092 :     "color"=> '6',
1093 :     "zlayer" => '3',
1094 :     "links_list" => $links_list,
1095 :     "description" => $descriptions};
1096 :    
1097 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1098 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1099 :    
1100 :     return $gd;
1101 :     }
1102 :    
1103 :     1;
1104 : arodri7 1.11
1105 : arodri7 1.9 ############################################################
1106 :     ############################################################
1107 :     package Observation::Identical;
1108 :    
1109 :     use base qw(Observation);
1110 :    
1111 :     sub new {
1112 :    
1113 :     my ($class,$dataset) = @_;
1114 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1115 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1116 :    
1117 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1118 :     return $self;
1119 :     }
1120 :    
1121 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1122 : arodri7 1.6
1123 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1124 :     This code will display a table for the identical protein
1125 :    
1126 :    
1127 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1128 :     dence.
1129 : arodri7 1.6
1130 :     =cut
1131 :    
1132 :    
1133 : mkubal 1.24 sub display_table{
1134 : arodri7 1.41 my ($self,$fig) = @_;
1135 : mkubal 1.24
1136 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1137 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1138 :     my $rows = $self->rows;
1139 :     my $cgi = new CGI;
1140 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1141 :     my $count_identical = 0;
1142 : arodri7 1.9 my $content;
1143 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1144 :     my $id = $row->[0];
1145 :     my $who = $row->[1];
1146 :     my $assignment = $row->[2];
1147 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
1148 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1149 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1150 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1151 :     push(@$single_domain,$organism);
1152 :     push(@$single_domain,$assignment);
1153 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1154 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1155 : arodri7 1.6 }
1156 :    
1157 :     if ($count_identical >0){
1158 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1159 : arodri7 1.6 }
1160 :     else{
1161 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1162 : arodri7 1.6 }
1163 :     return ($content);
1164 :     }
1165 : mkubal 1.7
1166 : arodri7 1.9 1;
1167 :    
1168 :     #########################################
1169 :     #########################################
1170 :     package Observation::FC;
1171 :     1;
1172 :    
1173 :     use base qw(Observation);
1174 :    
1175 :     sub new {
1176 :    
1177 :     my ($class,$dataset) = @_;
1178 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1179 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1180 : arodri7 1.9
1181 :     bless($self,$class);
1182 :     return $self;
1183 :     }
1184 :    
1185 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1186 : arodri7 1.9
1187 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1188 :     This code will display a table for the identical protein
1189 :    
1190 :    
1191 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1192 :     dence.
1193 :    
1194 :     =cut
1195 :    
1196 : mkubal 1.24 sub display_table {
1197 : arodri7 1.9
1198 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1199 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1200 :     my $rows = $self->rows;
1201 :     my $cgi = new CGI;
1202 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1203 :     my $count = 0;
1204 :     my $content;
1205 :    
1206 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1207 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1208 :     $count++;
1209 :    
1210 :     # construct the score link
1211 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1212 :     my $toid = $row->[1];
1213 : paczian 1.44 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1214 :     my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1215 : arodri7 1.9
1216 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1217 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1218 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1219 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1220 :     }
1221 :    
1222 :     if ($count >0){
1223 :     $content = $functional_data;
1224 :     }
1225 :     else
1226 :     {
1227 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1228 :     }
1229 :     return ($content);
1230 :     }
1231 :    
1232 :    
1233 :     #########################################
1234 :     #########################################
1235 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1236 :    
1237 :     use base qw(Observation);
1238 :    
1239 :     sub new {
1240 :    
1241 :     my ($class,$dataset) = @_;
1242 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1243 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1244 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1245 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1246 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1247 :    
1248 :     bless($self,$class);
1249 :     return $self;
1250 :     }
1251 :    
1252 :     sub display {
1253 :     my ($thing,$gd) = @_;
1254 :     my $lines = [];
1255 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1256 :     # 'short_title' => $thing->type,
1257 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1258 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1259 :    
1260 :     my $line_data = [];
1261 :     my $links_list = [];
1262 :     my $descriptions = [];
1263 : mkubal 1.19
1264 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1265 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1266 : arodri7 1.41
1267 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1268 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1269 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1270 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1271 : mkubal 1.7
1272 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1273 :     if($db eq "CDD"){
1274 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1275 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1276 :     $name_title = "name";
1277 :     $name_value = "not available";
1278 :     $description_title = "description";
1279 :     $description_value = "not available";
1280 :     }
1281 :     else{
1282 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1283 :     $name_title = "name";
1284 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1285 :     $description_title = "description";
1286 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1287 :     }
1288 :     }
1289 : arodri7 1.41 elsif($db =~ /PFAM/){
1290 : arodri7 1.50 my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1291 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1292 : arodri7 1.41 if(!scalar(@$pfam_objs)){
1293 :     $name_title = "name";
1294 :     $name_value = "not available";
1295 :     $description_title = "description";
1296 :     $description_value = "not available";
1297 :     }
1298 :     else{
1299 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1300 : arodri7 1.50 $name_title = "name";
1301 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1302 : arodri7 1.41 #$description_title = "description";
1303 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1304 :     }
1305 :     }
1306 :    
1307 :     my $short_title = $thing->acc;
1308 :     $short_title =~ s/::/ - /ig;
1309 : arodri7 1.50 my $new_short_title=$short_title;
1310 :     if ($short_title =~ /interpro/){
1311 :     ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1312 :     }
1313 : arodri7 1.41 my $line_config = { 'title' => $name_value,
1314 : paczian 1.47 'hover_title', => 'Domain',
1315 : arodri7 1.50 'short_title' => $new_short_title,
1316 : arodri7 1.27 'basepair_offset' => '1' };
1317 : mkubal 1.7
1318 : mkubal 1.19 my $name;
1319 : arodri7 1.50 my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1320 : arodri7 1.41 $name = {"title" => $db,
1321 : arodri7 1.50 "value" => $new_id};
1322 : mkubal 1.19 push(@$descriptions,$name);
1323 :    
1324 : arodri7 1.41 # my $description;
1325 :     # $description = {"title" => $description_title,
1326 :     # "value" => $description_value};
1327 :     # push(@$descriptions,$description);
1328 : mkubal 1.7
1329 :     my $score;
1330 :     $score = {"title" => "score",
1331 :     "value" => $thing->evalue};
1332 :     push(@$descriptions,$score);
1333 :    
1334 : arodri7 1.41 my $location;
1335 :     $location = {"title" => "location",
1336 :     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1337 :     push(@$descriptions,$location);
1338 :    
1339 : mkubal 1.7 my $link_id;
1340 : arodri7 1.41 if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1341 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1342 :     }
1343 :    
1344 :     my $link;
1345 : mkubal 1.12 my $link_url;
1346 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1347 : arodri7 1.53 elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1348 : mkubal 1.12 else{$link_url = "NO_URL"}
1349 :    
1350 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1351 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1352 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1353 :    
1354 :     my $element_hash = {
1355 : arodri7 1.41 "title" => $name_value,
1356 : mkubal 1.7 "start" => $thing->start,
1357 :     "end" => $thing->stop,
1358 :     "color"=> $color,
1359 :     "zlayer" => '2',
1360 :     "links_list" => $links_list,
1361 :     "description" => $descriptions};
1362 :    
1363 :     push(@$line_data,$element_hash);
1364 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1365 :    
1366 :     return $gd;
1367 :    
1368 :     }
1369 : arodri7 1.28
1370 :     sub display_table {
1371 :     my ($self,$dataset) = @_;
1372 :     my $cgi = new CGI;
1373 :     my $data = [];
1374 :     my $count = 0;
1375 :     my $content;
1376 :    
1377 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1378 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1379 :     my $single_domain = [];
1380 :     $count++;
1381 :    
1382 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1383 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1384 :    
1385 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1386 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1387 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1388 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1389 : arodri7 1.28
1390 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1391 :     if($db eq "CDD"){
1392 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1393 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1394 :     $name_title = "name";
1395 :     $name_value = "not available";
1396 :     $description_title = "description";
1397 :     $description_value = "not available";
1398 :     }
1399 :     else{
1400 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1401 :     $name_title = "name";
1402 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1403 :     $description_title = "description";
1404 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1405 :     }
1406 :     }
1407 : arodri7 1.51 elsif($db =~ /PFAM/){
1408 :     my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1409 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1410 :     if(!scalar(@$pfam_objs)){
1411 :     $name_title = "name";
1412 :     $name_value = "not available";
1413 :     $description_title = "description";
1414 :     $description_value = "not available";
1415 :     }
1416 :     else{
1417 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1418 :     $name_title = "name";
1419 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1420 :     #$description_title = "description";
1421 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1422 :     }
1423 :     }
1424 : arodri7 1.28
1425 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1426 :    
1427 :     push(@$single_domain,$db);
1428 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1429 :     push(@$single_domain,$name_value);
1430 :     push(@$single_domain,$location);
1431 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1432 :     push(@$single_domain,$description_value);
1433 :     push(@$data,$single_domain);
1434 :     }
1435 :    
1436 :     if ($count >0){
1437 :     $content = $data;
1438 :     }
1439 :     else
1440 :     {
1441 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1442 :     }
1443 :     }
1444 :    
1445 : mkubal 1.7
1446 : arodri7 1.10 #########################################
1447 :     #########################################
1448 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1449 :    
1450 :     use base qw(Observation);
1451 :    
1452 :     sub new {
1453 :    
1454 :     my ($class,$dataset) = @_;
1455 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1456 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1457 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1458 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1459 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1460 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1461 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1462 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1463 : mkubal 1.30 $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1464 :     $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1465 : mkubal 1.12
1466 :     bless($self,$class);
1467 :     return $self;
1468 :     }
1469 :    
1470 : mkubal 1.36 sub display_cello {
1471 : arodri7 1.45 my ($thing) = @_;
1472 : mkubal 1.36 my $html;
1473 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1474 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1475 :     if($cello_location){
1476 : arodri7 1.40 $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1477 :     #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1478 : mkubal 1.36 }
1479 :     return ($html);
1480 :     }
1481 :    
1482 : mkubal 1.12 sub display {
1483 : arodri7 1.41 my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1484 : mkubal 1.12
1485 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1486 : arodri7 1.41 #my $fig= new FIG;
1487 : mkubal 1.12 my $length = length($fig->get_translation($fid));
1488 :    
1489 :     my $cleavage_prob;
1490 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1491 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1492 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1493 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1494 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1495 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1496 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1497 :    
1498 : mkubal 1.30 my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1499 :     my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1500 :    
1501 : mkubal 1.12 my $lines = [];
1502 :    
1503 :     #color is
1504 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1505 : mkubal 1.36
1506 : arodri7 1.58 =head3
1507 : mkubal 1.36
1508 : mkubal 1.12 if($cello_location){
1509 :     my $cello_descriptions = [];
1510 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1511 :    
1512 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1513 :     'short_title' => 'CELLO',
1514 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1515 : arodri7 1.28 'basepair_offset' => '1' };
1516 :    
1517 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1518 :     "value" => $cello_location};
1519 :    
1520 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1521 :    
1522 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1523 :     "value" => $cello_score};
1524 :    
1525 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1526 :    
1527 :     my $element_hash = {
1528 :     "title" => "CELLO",
1529 : mkubal 1.34 "color"=> $color,
1530 : mkubal 1.12 "start" => "1",
1531 :     "end" => $length + 1,
1532 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1533 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1534 :    
1535 :     push(@$line_data,$element_hash);
1536 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1537 : mkubal 1.12 }
1538 :    
1539 : arodri7 1.28 $color = "2";
1540 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1541 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1542 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1543 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1544 :     'basepair_offset' => '1' };
1545 :    
1546 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1547 :     my $descriptions = [];
1548 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1549 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1550 :     "value" => $tmpred_score};
1551 :    
1552 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1553 :    
1554 :     my $element_hash = {
1555 :     "title" => "transmembrane location",
1556 :     "start" => $begin + 1,
1557 :     "end" => $end + 1,
1558 :     "color"=> $color,
1559 :     "zlayer" => '5',
1560 : mkubal 1.34 "type" => 'box',
1561 : mkubal 1.12 "description" => $descriptions};
1562 :    
1563 :     push(@$line_data,$element_hash);
1564 : arodri7 1.28
1565 : mkubal 1.12 }
1566 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1567 : mkubal 1.12 }
1568 : arodri7 1.40 =cut
1569 : mkubal 1.12
1570 : mkubal 1.30 if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1571 :     my $line_data =[];
1572 : arodri7 1.40 my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1573 :     'short_title' => 'TM and SP',
1574 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1575 : mkubal 1.30 'basepair_offset' => '1' };
1576 :    
1577 :     foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1578 :     my $descriptions = [];
1579 : arodri7 1.40 my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1580 : mkubal 1.30 "value" => $tm_loc};
1581 :     push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1582 :    
1583 :     my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1584 :    
1585 :     my $element_hash = {
1586 : arodri7 1.40 "title" => "Phobius",
1587 : mkubal 1.30 "start" => $begin + 1,
1588 :     "end" => $end + 1,
1589 :     "color"=> '6',
1590 :     "zlayer" => '4',
1591 :     "type" => 'bigbox',
1592 :     "description" => $descriptions};
1593 :    
1594 :     push(@$line_data,$element_hash);
1595 :    
1596 :     }
1597 :    
1598 :     if($phobius_signal_location){
1599 :     my $descriptions = [];
1600 :     my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1601 :     "value" => $phobius_signal_location};
1602 :     push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1603 :    
1604 :    
1605 :     my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1606 :     my $element_hash = {
1607 :     "title" => "phobius signal locations",
1608 :     "start" => $begin + 1,
1609 :     "end" => $end + 1,
1610 :     "color"=> '1',
1611 :     "zlayer" => '5',
1612 :     "type" => 'box',
1613 :     "description" => $descriptions};
1614 :     push(@$line_data,$element_hash);
1615 :     }
1616 :    
1617 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1618 :     }
1619 :    
1620 : arodri7 1.40 =head3
1621 : arodri7 1.28 $color = "1";
1622 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1623 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1624 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1625 : arodri7 1.28
1626 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1627 :     'short_title' => 'SignalP',
1628 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1629 : arodri7 1.28 'basepair_offset' => '1' };
1630 :    
1631 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1632 :     "value" => $signal_peptide_score};
1633 :    
1634 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1635 :    
1636 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1637 :     "value" => $cleavage_prob};
1638 :    
1639 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1640 :    
1641 :     my $element_hash = {
1642 :     "title" => "SignalP",
1643 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1644 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1645 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1646 :     "color"=> $color,
1647 :     "zlayer" => '10',
1648 :     "description" => $descriptions};
1649 :    
1650 :     push(@$line_data,$element_hash);
1651 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1652 : mkubal 1.12 }
1653 : arodri7 1.40 =cut
1654 :    
1655 : mkubal 1.12 return ($gd);
1656 :    
1657 :     }
1658 :    
1659 :     sub cleavage_loc {
1660 :     my ($self) = @_;
1661 :    
1662 :     return $self->{cleavage_loc};
1663 :     }
1664 :    
1665 :     sub cleavage_prob {
1666 :     my ($self) = @_;
1667 :    
1668 :     return $self->{cleavage_prob};
1669 :     }
1670 :    
1671 :     sub signal_peptide_score {
1672 :     my ($self) = @_;
1673 :    
1674 :     return $self->{signal_peptide_score};
1675 :     }
1676 :    
1677 :     sub tmpred_score {
1678 :     my ($self) = @_;
1679 :    
1680 :     return $self->{tmpred_score};
1681 :     }
1682 :    
1683 :     sub tmpred_locations {
1684 :     my ($self) = @_;
1685 :    
1686 :     return $self->{tmpred_locations};
1687 :     }
1688 :    
1689 :     sub cello_location {
1690 :     my ($self) = @_;
1691 :    
1692 :     return $self->{cello_location};
1693 :     }
1694 :    
1695 :     sub cello_score {
1696 :     my ($self) = @_;
1697 :    
1698 :     return $self->{cello_score};
1699 :     }
1700 :    
1701 : mkubal 1.30 sub phobius_signal_location {
1702 :     my ($self) = @_;
1703 :     return $self->{phobius_signal_location};
1704 :     }
1705 :    
1706 :     sub phobius_tm_locations {
1707 :     my ($self) = @_;
1708 :     return $self->{phobius_tm_locations};
1709 :     }
1710 :    
1711 :    
1712 : mkubal 1.12
1713 :     #########################################
1714 :     #########################################
1715 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1716 :    
1717 :     use base qw(Observation);
1718 :    
1719 :     sub new {
1720 :    
1721 :     my ($class,$dataset) = @_;
1722 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1723 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1724 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1725 : arodri7 1.40 $self->{query} = $dataset->{'query'};
1726 : arodri7 1.10 $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1727 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1728 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1729 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1730 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1731 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1732 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1733 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1734 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1735 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1736 : arodri7 1.10
1737 :     bless($self,$class);
1738 :     return $self;
1739 :     }
1740 :    
1741 : arodri7 1.25 =head3 display()
1742 :    
1743 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1744 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1745 :    
1746 :     =cut
1747 :    
1748 :     sub display {
1749 : arodri7 1.58 my ($self,$gd,$thing,$fig,$base_start,$in_subs,$cgi) = @_;
1750 : arodri7 1.25
1751 : arodri7 1.58 # declare variables
1752 :     my $window_size = $gd->window_size;
1753 :     my $peg = $thing->acc;
1754 :     my $query_id = $thing->query;
1755 :     my $organism = $thing->organism;
1756 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1757 :     if (!$organism){
1758 :     $organism = $peg;
1759 :     $abbrev_name = $peg;
1760 :     }
1761 :     my $genome = $fig->genome_of($peg);
1762 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1763 :     my $function = $thing->function;
1764 :     my $query_start = $thing->qstart;
1765 :     my $query_stop = $thing->qstop;
1766 :     my $hit_start = $thing->hstart;
1767 :     my $hit_stop = $thing->hstop;
1768 :     my $ln_query = $thing->qlength;
1769 :     my $ln_hit = $thing->hlength;
1770 : arodri7 1.60 # my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1771 :     # my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1772 :     my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1773 :     my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1774 : arodri7 1.58
1775 :     my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1776 :    
1777 :     # hit sequence title
1778 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1779 :     'short_title' => "$abbrev_name",
1780 :     'title_link' => '$tax_link',
1781 : arodri7 1.60 'basepair_offset' => '0',
1782 :     'no_middle_line' => '1'
1783 : arodri7 1.58 };
1784 :    
1785 :     # query sequence title
1786 :     my $replace_id = $peg;
1787 :     $replace_id =~ s/\|/_/ig;
1788 :     my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
1789 :     my $query_config = { 'title' => "Query",
1790 :     'short_title' => "Query",
1791 :     'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1792 : arodri7 1.60 'basepair_offset' => '0',
1793 :     'no_middle_line' => '1'
1794 : arodri7 1.58 };
1795 :     my $line_data = [];
1796 :     my $query_data = [];
1797 :    
1798 :     my $element_hash;
1799 :     my $hit_links_list = [];
1800 :     my $hit_descriptions = [];
1801 :     my $query_descriptions = [];
1802 :    
1803 :     # get sequence information
1804 :     # evidence link
1805 :     my $evidence_link;
1806 :     if ($peg =~ /^fig\|/){
1807 :     $evidence_link = "?page=Evidence&feature=".$peg;
1808 : arodri7 1.41 }
1809 : arodri7 1.58 else{
1810 :     my $db = &Observation::get_database($peg);
1811 :     my ($link_id) = ($peg) =~ /\|(.*)/;
1812 :     $evidence_link = &HTML::alias_url($link_id, $db);
1813 :     #print STDERR "LINK: $db $evidence_link";
1814 :     }
1815 :     my $link = {"link_title" => $peg,
1816 :     "link" => $evidence_link};
1817 :     push(@$hit_links_list,$link) if ($evidence_link);
1818 :    
1819 :     # subsystem link
1820 :     my $subs = $in_subs->{$peg} if (defined $in_subs->{$peg});
1821 :     my @subsystems;
1822 :     foreach my $array (@$subs){
1823 :     my $subsystem = $$array[0];
1824 :     push(@subsystems,$subsystem);
1825 :     my $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1826 :     "link_title" => $subsystem};
1827 :     push(@$hit_links_list,$link);
1828 :     }
1829 :    
1830 :     # blast alignment
1831 :     $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1832 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query_id&peg2=$peg"};
1833 :     push (@$hit_links_list,$link) if ($peg =~ /^fig\|/);
1834 :    
1835 :     # description data
1836 :     my $description_function;
1837 :     $description_function = {"title" => "function",
1838 :     "value" => $function};
1839 :     push(@$hit_descriptions,$description_function);
1840 :    
1841 :     # subsystem description
1842 :     my $ss_string = join (",", @subsystems);
1843 :     $ss_string =~ s/_/ /ig;
1844 :     my $description_ss = {"title" => "subsystems",
1845 :     "value" => $ss_string};
1846 :     push(@$hit_descriptions,$description_ss);
1847 :    
1848 :     # location description
1849 :     # hit
1850 :     my $description_loc;
1851 :     $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1852 :     "value" => $hit_start . " - " . $hit_stop};
1853 :     push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1854 :    
1855 :     $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1856 :     "value" => $ln_hit};
1857 :     push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1858 :    
1859 :     # query
1860 :     $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1861 :     "value" => $query_start . " - " . $query_stop};
1862 :     push(@$query_descriptions, $description_loc);
1863 :    
1864 :     $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1865 :     "value" => $ln_query};
1866 :     push(@$query_descriptions, $description_loc);
1867 :    
1868 :    
1869 :    
1870 :     # evalue score description
1871 :     my $evalue = $thing->evalue;
1872 :     while ($evalue =~ /-0/)
1873 :     {
1874 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1875 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1876 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1877 :     }
1878 :    
1879 :     my $color = &color($evalue);
1880 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1881 :     "value" => $evalue};
1882 :     push(@$hit_descriptions, $description_eval);
1883 :     push(@$query_descriptions, $description_eval);
1884 :    
1885 :     my $identity = $self->identity;
1886 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1887 :     "value" => $identity};
1888 :     push(@$hit_descriptions, $description_identity);
1889 :     push(@$query_descriptions, $description_identity);
1890 :    
1891 :    
1892 :     my $number = $base_start + ($query_start-$hit_start);
1893 :     #print STDERR "START: $number";
1894 :     $element_hash = {
1895 :     "title" => $query_id,
1896 :     "start" => $base_start,
1897 :     "end" => $base_start+$ln_query,
1898 :     "type"=> 'box',
1899 :     "color"=> $color,
1900 :     "zlayer" => "2",
1901 :     "links_list" => $query_links_list,
1902 :     "description" => $query_descriptions
1903 :     };
1904 :     push(@$query_data,$element_hash);
1905 :    
1906 :     $element_hash = {
1907 :     "title" => $query_id . ': HIT AREA',
1908 :     "start" => $base_start + $query_start,
1909 :     "end" => $base_start + $query_stop,
1910 :     "type"=> 'smallbox',
1911 :     "color"=> $query_color,
1912 :     "zlayer" => "3",
1913 :     "links_list" => $query_links_list,
1914 :     "description" => $query_descriptions
1915 :     };
1916 :     push(@$query_data,$element_hash);
1917 :    
1918 :     $gd->add_line($query_data, $query_config);
1919 : arodri7 1.25
1920 : arodri7 1.41
1921 : arodri7 1.58 $element_hash = {
1922 : arodri7 1.41 "title" => $peg,
1923 : arodri7 1.58 "start" => $base_start + ($query_start-$hit_start),
1924 :     "end" => $base_start + (($query_start-$hit_start)+$ln_hit),
1925 : arodri7 1.41 "type"=> 'box',
1926 :     "color"=> $color,
1927 :     "zlayer" => "2",
1928 : arodri7 1.58 "links_list" => $hit_links_list,
1929 :     "description" => $hit_descriptions
1930 : arodri7 1.41 };
1931 : arodri7 1.58 push(@$line_data,$element_hash);
1932 :    
1933 :     $element_hash = {
1934 :     "title" => $peg . ': HIT AREA',
1935 :     "start" => $base_start + $query_start,
1936 :     "end" => $base_start + $query_stop,
1937 :     "type"=> 'smallbox',
1938 :     "color"=> $hit_color,
1939 :     "zlayer" => "3",
1940 :     "links_list" => $hit_links_list,
1941 :     "description" => $hit_descriptions
1942 :     };
1943 :     push(@$line_data,$element_hash);
1944 :    
1945 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1946 :    
1947 :     my $breaker = [];
1948 :     my $breaker_hash = {};
1949 :     my $breaker_config = { 'no_middle_line' => "1" };
1950 :    
1951 :     push (@$breaker, $breaker_hash);
1952 :     $gd->add_line($breaker, $breaker_config);
1953 :    
1954 : arodri7 1.25 return ($gd);
1955 :     }
1956 :    
1957 : mkubal 1.34 =head3 display_domain_composition()
1958 :    
1959 :     If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1960 :    
1961 :     =cut
1962 :    
1963 :     sub display_domain_composition {
1964 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
1965 : mkubal 1.34
1966 : arodri7 1.45 #$fig = new FIG;
1967 : mkubal 1.34 my $peg = $self->acc;
1968 :    
1969 :     my $line_data = [];
1970 :     my $links_list = [];
1971 :     my $descriptions = [];
1972 :    
1973 :     my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1974 : arodri7 1.45 #my @domain_query_results = ();
1975 : mkubal 1.34 foreach $dqr (@domain_query_results){
1976 :     my $key = @$dqr[1];
1977 :     my @parts = split("::",$key);
1978 :     my $db = $parts[0];
1979 :     my $id = $parts[1];
1980 :     my $val = @$dqr[2];
1981 :     my $from;
1982 :     my $to;
1983 :     my $evalue;
1984 :    
1985 :     if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1986 :     my $raw_evalue = $1;
1987 :     $from = $2;
1988 :     $to = $3;
1989 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1990 :     my $part2 = 1000 - $1;
1991 :     my $part1 = $2/100;
1992 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
1993 :     }
1994 :     else{
1995 :     $evalue = "0.0";
1996 :     }
1997 :     }
1998 :    
1999 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2000 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
2001 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
2002 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
2003 : mkubal 1.34 my ($name_value,$description_value);
2004 :    
2005 :     if($db eq "CDD"){
2006 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
2007 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
2008 :     $name_title = "name";
2009 :     $name_value = "not available";
2010 :     $description_title = "description";
2011 :     $description_value = "not available";
2012 :     }
2013 :     else{
2014 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
2015 :     $name_value = $cdd_obj->term;
2016 :     $description_value = $cdd_obj->description;
2017 :     }
2018 :     }
2019 :    
2020 :     my $domain_name;
2021 :     $domain_name = {"title" => "name",
2022 : arodri7 1.45 "value" => $name_value};
2023 : mkubal 1.34 push(@$descriptions,$domain_name);
2024 :    
2025 :     my $description;
2026 :     $description = {"title" => "description",
2027 :     "value" => $description_value};
2028 :     push(@$descriptions,$description);
2029 :    
2030 :     my $score;
2031 :     $score = {"title" => "score",
2032 :     "value" => $evalue};
2033 :     push(@$descriptions,$score);
2034 :    
2035 :     my $link_id = $id;
2036 :     my $link;
2037 :     my $link_url;
2038 :     if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
2039 : arodri7 1.53 elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
2040 : mkubal 1.34 else{$link_url = "NO_URL"}
2041 :    
2042 :     $link = {"link_title" => $name_value,
2043 :     "link" => $link_url};
2044 :     push(@$links_list,$link);
2045 :    
2046 :     my $domain_element_hash = {
2047 :     "title" => $peg,
2048 :     "start" => $from,
2049 :     "end" => $to,
2050 :     "type"=> 'box',
2051 :     "zlayer" => '4',
2052 :     "links_list" => $links_list,
2053 :     "description" => $descriptions
2054 :     };
2055 :    
2056 :     push(@$line_data,$domain_element_hash);
2057 :    
2058 :     #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
2059 :     last;
2060 :     }
2061 :    
2062 :     my $line_config = { 'title' => $peg,
2063 : paczian 1.47 'hover_title' => 'Domain',
2064 : mkubal 1.34 'short_title' => $peg,
2065 :     'basepair_offset' => '1' };
2066 : arodri7 1.45
2067 : mkubal 1.34 $gd->add_line($line_data, $line_config);
2068 :    
2069 :     return ($gd);
2070 :    
2071 :     }
2072 :    
2073 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
2074 : arodri7 1.10
2075 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2076 :     This code will display a table for the similarities protein
2077 :    
2078 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2079 :    
2080 :     =cut
2081 :    
2082 : mkubal 1.24 sub display_table {
2083 : arodri7 1.60 my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2084 :     my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2085 :    
2086 :     my $scroll_list;
2087 :     foreach my $col (@$show_columns){
2088 :     push (@$scroll_list, $col->{key});
2089 :     }
2090 : arodri7 1.53
2091 : arodri7 1.60 push (@ids, $query_fid);
2092 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
2093 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
2094 :     push (@ids, $thing->acc);
2095 :     }
2096 :    
2097 : arodri7 1.60 $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2098 :     my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2099 : arodri7 1.35
2100 :     # get the column for the subsystems
2101 : arodri7 1.60 $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash') if (grep /subsystem/, @$scroll_list);
2102 : arodri7 1.35
2103 :     # get the column for the evidence codes
2104 : arodri7 1.60 $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2105 : arodri7 1.35
2106 :     # get the column for pfam_domain
2107 : arodri7 1.60 $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2108 :    
2109 :     # get the column for molecular weight
2110 :     $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2111 :    
2112 :     # get the column for organism's habitat
2113 :     my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2114 :    
2115 :     # get the column for organism's temperature optimum
2116 :     my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2117 : arodri7 1.41
2118 : arodri7 1.60 # get the column for organism's temperature range
2119 :     my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2120 :    
2121 :     # get the column for organism's oxygen requirement
2122 :     my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2123 :    
2124 :     # get the column for organism's pathogenicity
2125 :     my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2126 :    
2127 :     # get the column for organism's pathogenicity host
2128 :     my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2129 :    
2130 :     # get the column for organism's salinity
2131 :     my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2132 :    
2133 :     # get the column for organism's motility
2134 :     my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2135 :    
2136 :     # get the column for organism's gram stain
2137 :     my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2138 :    
2139 :     # get the column for organism's endospores
2140 :     my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2141 :    
2142 :     # get the column for organism's shape
2143 :     my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2144 :    
2145 :     # get the column for organism's disease
2146 :     my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2147 :    
2148 :     # get the column for organism's disease
2149 :     my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2150 :    
2151 :     # get the column for transmembrane domains
2152 :     my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2153 :    
2154 :     # get the column for similar to human
2155 :     my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2156 :    
2157 :     # get the column for signal peptide
2158 :     my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2159 :    
2160 :     # get the column for transmembrane domains
2161 :     my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2162 :    
2163 :     # get the column for conserved neighborhood
2164 :     my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2165 :    
2166 :     # get the column for cellular location
2167 :     my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2168 :    
2169 :     # get the aliases
2170 :     my $alias_col;
2171 :     if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2172 :     (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2173 :     (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2174 :     (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2175 :     (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2176 :     $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2177 :     }
2178 :    
2179 : arodri7 1.58 # get the colors for the function cell
2180 :     my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2181 : arodri7 1.60 $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2182 : arodri7 1.58 my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2183 :    
2184 : arodri7 1.60 my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
2185 : arodri7 1.31
2186 : olson 1.57 my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2187 : arodri7 1.55 my $figfams = new FFs($figfam_data);
2188 : arodri7 1.53
2189 : arodri7 1.58 my $func_color_offset=0;
2190 : arodri7 1.60 unshift(@$dataset, $query_fid);
2191 : arodri7 1.58 foreach my $thing ( @$dataset){
2192 : arodri7 1.60 my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2);
2193 :     if ($thing eq $query_fid){
2194 :     $id = $thing;
2195 :     $taxid = $fig->genome_of($id);
2196 :     $organism = $fig->genus_species($taxid);
2197 :     $current_function = $fig->function_of($id);
2198 :     }
2199 :     else{
2200 :     next if ($thing->class ne "SIM");
2201 :    
2202 :     $id = $thing->acc;
2203 :     $evalue = $thing->evalue;
2204 :     $taxid = $fig->genome_of($id);
2205 :     $iden = $thing->identity;
2206 :     $organism= $thing->organism;
2207 :     $ln1 = $thing->qlength;
2208 :     $ln2 = $thing->hlength;
2209 :     $b1 = $thing->qstart;
2210 :     $e1 = $thing->qstop;
2211 :     $b2 = $thing->hstart;
2212 :     $e2 = $thing->hstop;
2213 :     $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
2214 :     $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
2215 :     $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2216 :     $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2217 :     $reg1 = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2218 :     $reg2 = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2219 :     $current_function = $thing->function;
2220 :     }
2221 :    
2222 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
2223 :     $count++;
2224 :    
2225 : arodri7 1.58 # organisms cell
2226 :     my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2227 : arodri7 1.60 my $org_cell = { 'data' => $organism, 'highlight' => $org_color};
2228 : arodri7 1.11
2229 : arodri7 1.58 # checkbox cell
2230 : arodri7 1.60 my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2231 : arodri7 1.29 my $field_name = "tables_" . $id;
2232 : arodri7 1.58 my $pair_name = "visual_" . $id;
2233 :     my $cell_name = "cell_". $id;
2234 :     my $replace_id = $id;
2235 :     $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2236 : arodri7 1.60 my $white = '#ffffff';
2237 :     $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2238 :     $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2239 : arodri7 1.58 my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2240 :     if ($id =~ /^fig\|/){
2241 : arodri7 1.60 my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');">);
2242 :     my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" >);
2243 : arodri7 1.58 $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2244 : arodri7 1.60 $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2245 :     $tax = $fig->genome_of($id);
2246 : arodri7 1.58 }
2247 :     else{
2248 :     my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2249 :     $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2250 :     }
2251 :    
2252 : arodri7 1.31 # get the linked fig id
2253 : arodri7 1.58 my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2254 :     my $fig_data = "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;
2255 : parrello 1.59 $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2256 : arodri7 1.58 my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2257 : arodri7 1.60 'highlight'=>$white};
2258 :    
2259 :     $replace_id = $peg;
2260 :     $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2261 :     $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2262 :     my $query_config = { 'title' => "Query",
2263 :     'short_title' => "Query",
2264 :     'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2265 :     'basepair_offset' => '0'
2266 :     };
2267 : arodri7 1.58
2268 :     # function cell
2269 :     my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2270 :     3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2271 :     6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2272 : arodri7 1.60
2273 :     my $function_color;
2274 :     if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2275 :     $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2276 :     }
2277 :     else{
2278 :     $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2279 :     }
2280 : arodri7 1.58 my $function_cell;
2281 :     if ($current_function){
2282 :     if ($current_function eq $query_function){
2283 :     $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$function_cell_colors->{0}};
2284 :     $func_color_offset=1;
2285 :     }
2286 :     else{
2287 : arodri7 1.60 $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => $function_color};
2288 : arodri7 1.58 }
2289 : arodri7 1.31 }
2290 : arodri7 1.58 else{
2291 :     $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2292 : arodri7 1.28 }
2293 : arodri7 1.58
2294 : arodri7 1.60 if ($id eq $query_fid){
2295 :     push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~ . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2296 :     {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2297 :     {'data' => $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white}); # permanent columns
2298 :     }
2299 :     else{
2300 :     push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2301 :     {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell); # permanent columns
2302 :     }
2303 :    
2304 :     if ( ( $application->session->user) ){
2305 :     if ( ($application->session->user->login) && ($application->session->user->login eq "arodri")){
2306 :     push (@$single_domain,$radio_cell);
2307 :     }
2308 :     }
2309 :    
2310 : arodri7 1.55 my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2311 :    
2312 : arodri7 1.60 foreach my $col (@$scroll_list){
2313 :     if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2314 :     else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2315 :    
2316 :     if ($col =~ /subsystem/) {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2317 :     elsif ($col =~ /evidence/) {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2318 :     elsif ($col =~ /pfam/) {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2319 :     elsif ($col =~ /mw/) {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2320 :     elsif ($col =~ /habitat/) {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2321 :     elsif ($col =~ /temperature/) {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2322 :     elsif ($col =~ /temp_range/) {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2323 :     elsif ($col =~ /oxygen/) {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2324 :     elsif ($col =~ /^pathogenic$/) {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2325 :     elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/) {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2326 :     elsif ($col =~ /salinity/) {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2327 :     elsif ($col =~ /motility/) {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2328 :     elsif ($col =~ /gram_stain/) {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2329 :     elsif ($col =~ /endospores/) {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2330 :     elsif ($col =~ /shape/) {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2331 :     elsif ($col =~ /disease/) {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2332 :     elsif ($col =~ /gc_content/) {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2333 :     elsif ($col =~ /transmembrane/) {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2334 :     elsif ($col =~ /signal_peptide/) {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2335 :     elsif ($col =~ /isoelectric/) {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2336 :     elsif ($col =~ /conserved_neighborhood/) {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2337 :     elsif ($col =~ /cellular_location/) {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2338 :     elsif ($col =~ /ncbi_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2339 :     elsif ($col =~ /refseq_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2340 :     elsif ($col =~ /swissprot_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2341 :     elsif ($col =~ /uniprot_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2342 :     elsif ($col =~ /tigr_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2343 :     elsif ($col =~ /pir_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2344 :     elsif ($col =~ /kegg_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2345 :     elsif ($col =~ /trembl_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2346 :     elsif ($col =~ /asap_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2347 :     elsif ($col =~ /jgi_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2348 :     elsif ($col =~ /lineage/) {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2349 :     elsif ($col =~ /figfam/) {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2350 : arodri7 1.32 }
2351 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
2352 :     }
2353 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
2354 :     $content = $data;
2355 : arodri7 1.10 }
2356 : arodri7 1.26 else{
2357 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2358 :     }
2359 : arodri7 1.60 shift(@$dataset);
2360 : arodri7 1.10 return ($content);
2361 :     }
2362 : arodri7 1.11
2363 : arodri7 1.29 sub get_box_column{
2364 :     my ($ids) = @_;
2365 :     my %column;
2366 :     foreach my $id (@$ids){
2367 :     my $field_name = "tables_" . $id;
2368 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
2369 : arodri7 1.58 my $cell_name = "cell_" . $id;
2370 :     $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name', '$cell_name');">);
2371 : arodri7 1.29 }
2372 :     return (%column);
2373 :     }
2374 :    
2375 : arodri7 1.60 sub get_figfam_column{
2376 :     my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2377 :     my $column;
2378 :    
2379 :     my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2380 :     my $figfams = new FFs($figfam_data);
2381 :    
2382 :     foreach my $id (@$ids){
2383 :     my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2384 :     if ($ff){
2385 :     push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2386 :     }
2387 :     else{
2388 :     push (@$column, " ");
2389 :     }
2390 :     }
2391 :    
2392 :     return $column;
2393 :     }
2394 :    
2395 : arodri7 1.29 sub get_subsystems_column{
2396 : arodri7 1.60 my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2397 : arodri7 1.29
2398 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2399 : arodri7 1.60 my ($column, $ss);
2400 : arodri7 1.29 foreach my $id (@$ids){
2401 : arodri7 1.32 my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2402 :     my @subsystems;
2403 :    
2404 : arodri7 1.29 if (@in_sub > 0) {
2405 : arodri7 1.32 foreach my $array(@in_sub){
2406 : arodri7 1.60 my $ss = $array->[0];
2407 : arodri7 1.41 $ss =~ s/_/ /ig;
2408 :     push (@subsystems, "-" . $ss);
2409 : arodri7 1.32 }
2410 :     my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2411 : arodri7 1.60 $ss->{$id} = $in_sub_line;
2412 : arodri7 1.29 } else {
2413 : arodri7 1.60 $ss->{$id} = "None added";
2414 : arodri7 1.29 }
2415 : arodri7 1.60 push (@$column, $ss->{$id});
2416 :     }
2417 :    
2418 :     if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2419 :     elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2420 :     }
2421 :    
2422 :     sub get_lineage_column{
2423 :     my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2424 :    
2425 :     my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2426 :    
2427 :     foreach my $id (@$ids){
2428 :     my $genome = $fig->genome_of($id);
2429 :     if ($lineages->{$genome}){
2430 :     # push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2431 :     push (@$column, $lineages->{$genome});
2432 :     }
2433 :     else{
2434 :     push (@$column, " ");
2435 :     }
2436 : arodri7 1.29 }
2437 : arodri7 1.60 return $column;
2438 : arodri7 1.29 }
2439 :    
2440 : arodri7 1.58 sub match_color {
2441 :     my ( $b, $e, $n , $rgb) = @_;
2442 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
2443 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
2444 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
2445 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
2446 :     my $br = 1;
2447 :     if ($rgb){
2448 :     return html2rgb( rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) ) );
2449 :     }
2450 :     else{
2451 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
2452 :     }
2453 :     }
2454 :    
2455 :     sub hsb2rgb {
2456 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
2457 :     $h = 6 * ($h - floor($h));
2458 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
2459 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
2460 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
2461 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
2462 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
2463 :     )
2464 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
2465 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
2466 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
2467 :     );
2468 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
2469 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
2470 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
2471 :     )
2472 :     }
2473 :    
2474 :     sub html2rgb {
2475 :     my ($hex) = @_;
2476 :     my ($r,$g,$b) = ($hex) =~ /^\#(\w\w)(\w\w)(\w\w)/;
2477 :     my $code = { 'A'=>10, 'B'=>11, 'C'=>12, 'D'=>13, 'E'=>14, 'F'=>15,
2478 :     1=>1, 2=>2, 3=>3, 4=>4, 5=>5, 6=>6, 7=>7, 8=>8, 9=>9};
2479 :    
2480 :     my @R = split(//, $r);
2481 :     my @G = split(//, $g);
2482 :     my @B = split(//, $b);
2483 :    
2484 :     my $red = ($code->{uc($R[0])}*16)+$code->{uc($R[1])};
2485 :     my $green = ($code->{uc($G[0])}*16)+$code->{uc($G[1])};
2486 :     my $blue = ($code->{uc($B[0])}*16)+$code->{uc($B[1])};
2487 :    
2488 :     my $rgb = [$red, $green, $blue];
2489 :     return $rgb;
2490 :    
2491 :     }
2492 :    
2493 :     sub rgb2html {
2494 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
2495 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
2496 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
2497 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
2498 :     sprintf("#%02x%02x%02x", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
2499 :     }
2500 :    
2501 :     sub floor {
2502 :     my $x = $_[0];
2503 :     defined( $x ) || return undef;
2504 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
2505 :     }
2506 :    
2507 :     sub get_function_color_cell{
2508 :     my ($functions, $fig) = @_;
2509 :    
2510 :     # figure out the quantity of each function
2511 :     my %hash;
2512 :     foreach my $key (keys %$functions){
2513 :     my $func = $functions->{$key};
2514 :     $hash{$func}++;
2515 :     }
2516 :    
2517 :     my %func_colors;
2518 :     my $count = 1;
2519 :     foreach my $key (sort {$hash{$b}<=>$hash{$a}} keys %hash){
2520 :     $func_colors{$key}=$count;
2521 :     $count++;
2522 :     }
2523 :    
2524 :     return \%func_colors;
2525 :     }
2526 :    
2527 : arodri7 1.31 sub get_essentially_identical{
2528 : arodri7 1.41 my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2529 :     #my $fig = new FIG;
2530 :    
2531 : arodri7 1.31 my %id_list;
2532 : arodri7 1.41 #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2533 : arodri7 1.31
2534 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$dataset){
2535 :     if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2536 :     my $rows = $thing->rows;
2537 :     my $count_identical = 0;
2538 :     foreach my $row (@$rows) {
2539 :     my $id = $row->[0];
2540 :     if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2541 :     $id_list{$id} = 1;
2542 :     }
2543 :     }
2544 :     }
2545 : arodri7 1.31 }
2546 : arodri7 1.41
2547 :     # foreach my $id (@maps_to) {
2548 :     # if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2549 :     # $id_list{$id} = 1;
2550 :     # }
2551 :     # }
2552 : arodri7 1.31 return(%id_list);
2553 :     }
2554 :    
2555 :    
2556 : arodri7 1.29 sub get_evidence_column{
2557 : arodri7 1.60 my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2558 :     my ($column, $code_attributes);
2559 :    
2560 :     if (! defined $attributes) {
2561 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2562 :     $attributes = \@attributes_array;
2563 :     }
2564 : arodri7 1.29
2565 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2566 : arodri7 1.29 foreach my $key (@codes){
2567 : arodri7 1.60 push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2568 : arodri7 1.29 }
2569 :    
2570 :     foreach my $id (@$ids){
2571 :     # add evidence code with tool tip
2572 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
2573 :    
2574 : arodri7 1.60 my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2575 : arodri7 1.41 my @ev_codes = ();
2576 :     foreach my $code (@codes) {
2577 :     my $pretty_code = $code->[2];
2578 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
2579 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2580 :     $ss =~ s/_/ /g;
2581 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2582 :     }
2583 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
2584 :     }
2585 : arodri7 1.60
2586 : arodri7 1.29 if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2587 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2588 :     $ev_codes = $cgi->a(
2589 :     {
2590 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2591 :     }
2592 : arodri7 1.60
2593 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2594 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2595 : arodri7 1.29 }
2596 : arodri7 1.60 return $column;
2597 : arodri7 1.29 }
2598 :    
2599 : arodri7 1.60 sub get_attrb_column{
2600 :     my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2601 :    
2602 :     my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
2603 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2604 : arodri7 1.60 -host => $WebConfig::DBHOST,
2605 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
2606 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
2607 :    
2608 :     if ($colName eq "pfam"){
2609 :     if (! defined $attributes) {
2610 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2611 :     $attributes = \@attributes_array;
2612 :     }
2613 : arodri7 1.33
2614 : arodri7 1.60 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2615 :     foreach my $key (@codes){
2616 :     my $name = $key->[1];
2617 :     if ($name =~ /_/){
2618 :     ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2619 :     }
2620 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2621 :     push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2622 :     }
2623 :    
2624 :     foreach my $id (@$ids){
2625 :     # add pfam code
2626 :     my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2627 :     my @pfam_codes = "";
2628 :     my %description_codes;
2629 :    
2630 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2631 :     my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2632 :     @pfam_codes = ();
2633 :    
2634 :     # get only unique values
2635 :     my %saw;
2636 :     foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2637 :     @ncodes = keys %saw;
2638 :    
2639 :     foreach my $code (@ncodes) {
2640 :     my @parts = split("::",$code);
2641 :     my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2642 :    
2643 :     # get the locations for the domain
2644 :     my @locs;
2645 :     foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2646 :     my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2647 :     push (@locs,$loc);
2648 :     }
2649 :     my %locsaw;
2650 :     foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2651 :     @locs = keys %locsaw;
2652 :    
2653 :     my $locations = join (", ", @locs);
2654 :    
2655 :     if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2656 :     push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2657 :     }
2658 :     else {
2659 :     my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2660 :     $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2661 :     push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2662 :     }
2663 :     }
2664 :    
2665 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2666 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2667 :     }
2668 : arodri7 1.41 }
2669 : arodri7 1.33 }
2670 : arodri7 1.60 elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2671 :     if (! defined $attributes) {
2672 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2673 :     $attributes = \@attributes_array;
2674 :     }
2675 : arodri7 1.33
2676 : arodri7 1.60 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2677 :     foreach my $key (@codes){
2678 :     my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2679 :     my ($new_loc, @all);
2680 :     @all = split (//, $loc);
2681 :     my $count = 0;
2682 :     foreach my $i (@all){
2683 :     if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2684 :     $new_loc .= " " . $i;
2685 :     }
2686 :     else{
2687 :     $new_loc .= $i;
2688 : arodri7 1.40 }
2689 : arodri7 1.60 $count++;
2690 :     }
2691 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2692 :     }
2693 :    
2694 :     foreach my $id (@$ids){
2695 :     my (@values, $entry);
2696 :     #@values = (" ");
2697 :     if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2698 :     my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2699 :     foreach my $code (@ncodes){
2700 :     push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2701 :     }
2702 :     }
2703 :     else{
2704 :     @values = ("Not available");
2705 :     }
2706 : arodri7 1.41
2707 : arodri7 1.60 if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2708 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2709 :     }
2710 :     }
2711 :     elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2712 :     ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2713 :     if (! defined $attributes) {
2714 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2715 :     $attributes = \@attributes_array;
2716 :     }
2717 :    
2718 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2719 :     foreach my $key (@codes){
2720 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2721 :     }
2722 :    
2723 :     foreach my $id (@$ids){
2724 :     my (@values, $entry);
2725 :     #@values = (" ");
2726 :     if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2727 :     my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2728 :     foreach my $code (@ncodes){
2729 :     push (@values, $code);
2730 : arodri7 1.33 }
2731 :     }
2732 : arodri7 1.60 else{
2733 :     @values = ("Not available");
2734 :     }
2735 :    
2736 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2737 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2738 :     }
2739 :     }
2740 :     elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2741 :     ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2742 :     ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2743 :     ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2744 :     ($colName eq 'gc_content') ) {
2745 :     if (! defined $attributes) {
2746 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2747 :     $attributes = \@attributes_array;
2748 :     }
2749 :    
2750 :     my $genomes_with_phenotype;
2751 :     foreach my $attribute (@$attributes){
2752 :     my $genome = $attribute->[0];
2753 :     $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2754 : arodri7 1.33 }
2755 :    
2756 : arodri7 1.60 foreach my $id (@$ids){
2757 :     my $genome = $fig->genome_of($id);
2758 :     my @values = (' ');
2759 :     if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2760 :     push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2761 :     }
2762 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2763 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2764 :     }
2765 : arodri7 1.33 }
2766 : arodri7 1.60
2767 :     return $column;
2768 : arodri7 1.33 }
2769 : mkubal 1.12
2770 : arodri7 1.31
2771 : arodri7 1.60 sub get_db_aliases {
2772 :     my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2773 :    
2774 :     my $db_array;
2775 : arodri7 1.41 my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2776 :     foreach my $id (@$ids){
2777 :     foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2778 :     my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2779 : arodri7 1.60 next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
2780 :     next if ($aliases->{$id}->{$db});
2781 : arodri7 1.41 $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2782 : arodri7 1.28 }
2783 : arodri7 1.60 if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
2784 :     $aliases->{$id}->{$db} = " ";
2785 :     }
2786 :     #push (@$db_array, {'data'=> $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
2787 :     push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
2788 : arodri7 1.28 }
2789 : arodri7 1.60
2790 :     if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
2791 :     elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
2792 : arodri7 1.28 }
2793 :    
2794 : arodri7 1.60
2795 :    
2796 : arodri7 1.33 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2797 :    
2798 : arodri7 1.26 sub color {
2799 : paczian 1.44 my ($evalue) = @_;
2800 :     my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
2801 : arodri7 1.26 my $color;
2802 : paczian 1.44 if ($evalue <= 1e-170){ $color = $palette->[0]; }
2803 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = $palette->[1]; }
2804 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = $palette->[2]; }
2805 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = $palette->[3]; }
2806 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = $palette->[4]; }
2807 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = $palette->[5]; }
2808 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = $palette->[6]; }
2809 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = $palette->[7]; }
2810 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = $palette->[8]; }
2811 :     else{ $color = $palette->[9]; }
2812 : arodri7 1.26 return ($color);
2813 :     }
2814 : arodri7 1.13
2815 :    
2816 :     ############################
2817 :     package Observation::Cluster;
2818 :    
2819 :     use base qw(Observation);
2820 :    
2821 :     sub new {
2822 :    
2823 :     my ($class,$dataset) = @_;
2824 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2825 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
2826 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
2827 :     return $self;
2828 :     }
2829 :    
2830 :     sub display {
2831 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2832 : mkubal 1.24
2833 : arodri7 1.53 $taxes = $fig->taxonomy_list();
2834 :    
2835 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
2836 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
2837 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
2838 : arodri7 1.41 my $range = $gd_window_size;
2839 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
2840 : arodri7 1.38 my $gene_associations={};
2841 : arodri7 1.13
2842 :     #get the organism genome
2843 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2844 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2845 :     $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2846 :     $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2847 : arodri7 1.13
2848 :     # get location of the gene
2849 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
2850 :     my ($contig, $beg, $end);
2851 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
2852 : arodri7 1.13
2853 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2854 :     $contig = $1;
2855 :     $beg = $2;
2856 :     $end = $3;
2857 :     }
2858 :    
2859 : arodri7 1.22 my $offset;
2860 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
2861 :     if ($beg < $end)
2862 :     {
2863 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range);
2864 :     $region_end = $end+ ($range);
2865 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2866 : arodri7 1.13 }
2867 :     else
2868 :     {
2869 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range);
2870 :     $region_end = $beg+($range);
2871 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2872 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2873 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2874 : arodri7 1.21 }
2875 : arodri7 1.13
2876 :     # call genes in region
2877 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2878 : arodri7 1.42 #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2879 :     # push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2880 :     #}
2881 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
2882 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
2883 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2884 : mkubal 1.14
2885 :     my %all_genes;
2886 :     my %all_genomes;
2887 : arodri7 1.42 foreach my $feature (@$target_gene_features){
2888 :     #if ($feature =~ /peg/){
2889 :     $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2890 :     #}
2891 :     }
2892 :    
2893 : arodri7 1.41 my @selected_sims;
2894 : arodri7 1.16
2895 : arodri7 1.40 if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2896 : arodri7 1.37 # get the selected boxes
2897 : arodri7 1.38 my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2898 : arodri7 1.37
2899 :     # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2900 : arodri7 1.41 if (@selected_taxonomy > 0){
2901 :     foreach my $sim (@$sims_array){
2902 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2903 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2904 : arodri7 1.37
2905 : arodri7 1.41 #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2906 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2907 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2908 : arodri7 1.53 my $lineage = $taxes->{$genome};
2909 :     #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2910 : arodri7 1.38 foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2911 :     if ($lineage =~ /$taxon/){
2912 : arodri7 1.41 #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2913 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2914 : arodri7 1.38 }
2915 : arodri7 1.37 }
2916 :     }
2917 :     }
2918 : arodri7 1.40 else{
2919 :     my $simcount = 0;
2920 : arodri7 1.41 foreach my $sim (@$sims_array){
2921 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2922 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2923 :    
2924 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2925 : arodri7 1.40 $simcount++;
2926 :     last if ($simcount > 4);
2927 :     }
2928 :     }
2929 : arodri7 1.16
2930 : arodri7 1.41 my %saw;
2931 :     @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2932 :    
2933 : arodri7 1.37 # get the gene context for the sorted matches
2934 :     foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2935 :     #get the organism genome
2936 :     my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2937 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2938 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2939 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2940 : arodri7 1.37
2941 :     # get location of the gene
2942 :     my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2943 :     my ($contig, $beg, $end);
2944 :    
2945 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2946 :     $contig = $1;
2947 :     $beg = $2;
2948 :     $end = $3;
2949 :     }
2950 :    
2951 :     my $offset;
2952 :     my ($region_start, $region_end);
2953 :     if ($beg < $end)
2954 :     {
2955 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range/2);
2956 :     $region_end = $end+($range/2);
2957 : arodri7 1.38 $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
2958 : arodri7 1.37 }
2959 :     else
2960 :     {
2961 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range/2);
2962 :     $region_end = $beg+($range/2);
2963 : arodri7 1.38 $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2964 :     $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2965 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2966 : arodri7 1.37 }
2967 :    
2968 :     # call genes in region
2969 :     my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2970 :     push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2971 :     push (@start_array_region, $offset);
2972 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2973 :     $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2974 : arodri7 1.16 }
2975 : mkubal 1.14
2976 :     }
2977 : arodri7 1.41
2978 : arodri7 1.42 #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2979 : arodri7 1.38 # cluster the genes
2980 :     my @all_pegs = keys %all_genes;
2981 :     my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2982 : arodri7 1.42 #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2983 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
2984 : arodri7 1.21
2985 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
2986 :     my $sample_peg = @$region[0];
2987 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2988 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2989 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2990 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2991 : arodri7 1.53 my $lineage = $taxes->{$region_genome};
2992 :     #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2993 : arodri7 1.40 #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2994 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2995 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
2996 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
2997 :     };
2998 :    
2999 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
3000 : arodri7 1.16
3001 : arodri7 1.40 my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
3002 : arodri7 1.25 'short_title' => "",
3003 : arodri7 1.38 'basepair_offset' => '0',
3004 :     'no_middle_line' => '1'
3005 : arodri7 1.25 };
3006 :    
3007 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
3008 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
3009 :    
3010 :     # initialize variables to check for overlap in genes
3011 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
3012 :     my $major_line_flag = 0;
3013 :     my $prev_second_flag = 0;
3014 :    
3015 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
3016 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
3017 : mkubal 1.14 my $element_hash;
3018 :     my $links_list = [];
3019 :     my $descriptions = [];
3020 : arodri7 1.38
3021 :     my $color = $color_sets->{$fid1};
3022 : arodri7 1.26
3023 : arodri7 1.18 # get subsystem information
3024 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
3025 : paczian 1.44 my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
3026 : arodri7 1.18
3027 :     my $link;
3028 :     $link = {"link_title" => $fid1,
3029 :     "link" => $url_link};
3030 :     push(@$links_list,$link);
3031 :    
3032 : arodri7 1.41 my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
3033 :     my @subsystems;
3034 :     foreach my $array (@subs){
3035 :     my $subsystem = $$array[0];
3036 :     my $ss = $subsystem;
3037 :     $ss =~ s/_/ /ig;
3038 :     push (@subsystems, $ss);
3039 : arodri7 1.18 my $link;
3040 : paczian 1.44 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
3041 : arodri7 1.41 "link_title" => $ss};
3042 : arodri7 1.18 push(@$links_list,$link);
3043 :     }
3044 : arodri7 1.41
3045 :     if ($fid1 eq $fid){
3046 :     my $link;
3047 :     $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
3048 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
3049 :     push (@$links_list,$link);
3050 :     }
3051 :    
3052 : arodri7 1.18 my $description_function;
3053 :     $description_function = {"title" => "function",
3054 :     "value" => $function};
3055 :     push(@$descriptions,$description_function);
3056 :    
3057 :     my $description_ss;
3058 : arodri7 1.41 my $ss_string = join (", ", @subsystems);
3059 : arodri7 1.18 $description_ss = {"title" => "subsystems",
3060 :     "value" => $ss_string};
3061 :     push(@$descriptions,$description_ss);
3062 :    
3063 : arodri7 1.16
3064 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
3065 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
3066 :     my($start,$stop);
3067 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
3068 :     $stop = $3 - $offsetting;
3069 : arodri7 1.25
3070 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
3071 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
3072 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
3073 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
3074 :     $second_line_flag = 1;
3075 :     $major_line_flag = 1;
3076 :     }
3077 :     }
3078 :     $prev_start = $start;
3079 :     $prev_stop = $stop;
3080 :     $prev_fig = $fid1;
3081 :    
3082 : arodri7 1.58 if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_gnes{$fid1})){
3083 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
3084 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
3085 :     }
3086 :    
3087 : arodri7 1.41 my $title = $fid1;
3088 :     if ($fid1 eq $fid){
3089 :     $title = "My query gene: $fid1";
3090 :     }
3091 :    
3092 : mkubal 1.14 $element_hash = {
3093 : arodri7 1.41 "title" => $title,
3094 : mkubal 1.14 "start" => $start,
3095 :     "end" => $stop,
3096 :     "type"=> 'arrow',
3097 :     "color"=> $color,
3098 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
3099 :     "links_list" => $links_list,
3100 :     "description" => $descriptions
3101 : mkubal 1.14 };
3102 : arodri7 1.25
3103 :     # if there is an overlap, put into second line
3104 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3105 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3106 : arodri7 1.41
3107 :     if ($fid1 eq $fid){
3108 :     $element_hash = {
3109 :     "title" => 'Query',
3110 :     "start" => $start,
3111 :     "end" => $stop,
3112 :     "type"=> 'bigbox',
3113 :     "color"=> $color,
3114 :     "zlayer" => "1"
3115 :     };
3116 :    
3117 :     # if there is an overlap, put into second line
3118 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3119 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3120 :     }
3121 : mkubal 1.14 }
3122 :     }
3123 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
3124 : arodri7 1.40 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
3125 : mkubal 1.14 }
3126 : arodri7 1.41 return ($gd, \@selected_sims);
3127 : mkubal 1.14 }
3128 :    
3129 : arodri7 1.38 sub cluster_genes {
3130 :     my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
3131 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
3132 :    
3133 :     my @color_sets = ();
3134 :    
3135 :     $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
3136 :    
3137 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3138 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
3139 :     if (! $seen{$i}) {
3140 :     $cluster = [$i];
3141 :     $seen{$i} = 1;
3142 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
3143 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
3144 :     foreach $k (@$x) {
3145 :     if (! $seen{$k}) {
3146 :     push(@$cluster,$k);
3147 :     $seen{$k} = 1;
3148 :     }
3149 :     }
3150 :     }
3151 :    
3152 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
3153 :     push(@color_sets,$cluster);
3154 :     }
3155 :     }
3156 :     }
3157 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
3158 :     $red_set = $color_sets[$i];
3159 :     splice(@color_sets,$i,1);
3160 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
3161 :     unshift(@color_sets,$red_set);
3162 :    
3163 :     my $color_sets = {};
3164 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
3165 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
3166 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
3167 :     }
3168 :     }
3169 :     return $color_sets;
3170 :     }
3171 :    
3172 :     sub get_connections_by_similarity {
3173 :     my($fig,$all_pegs) = @_;
3174 :     my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
3175 :     my($sim,%conn,$x,$y);
3176 :    
3177 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3178 :     $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
3179 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
3180 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
3181 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
3182 :     }
3183 :     }
3184 :    
3185 :     foreach $y (keys(%pos_of)) {
3186 : arodri7 1.41 $x = $pos_of{$y};
3187 : arodri7 1.38 for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
3188 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
3189 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
3190 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
3191 :     }
3192 :     }
3193 :     }
3194 :    
3195 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3196 : arodri7 1.42 foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
3197 : arodri7 1.38 if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
3198 :     foreach $y (@$x) {
3199 :     push(@{$conn{$i}},$y);
3200 :     }
3201 :     }
3202 :     }
3203 :     }
3204 :     return \%conn;
3205 :     }
3206 :    
3207 :     sub in {
3208 :     my($x,$xL) = @_;
3209 :     my($i);
3210 :    
3211 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
3212 :     return ($i < @$xL);
3213 :     }
3214 : arodri7 1.41
3215 :     #############################################
3216 :     #############################################
3217 :     package Observation::Commentary;
3218 :    
3219 :     use base qw(Observation);
3220 :    
3221 :     =head3 display_protein_commentary()
3222 :    
3223 :     =cut
3224 :    
3225 :     sub display_protein_commentary {
3226 :     my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
3227 :    
3228 :     my $all_rows = [];
3229 :     my $content;
3230 :     #my $fig = new FIG;
3231 :     my $cgi = new CGI;
3232 :     my $count = 0;
3233 :     my $peg_array = [];
3234 : arodri7 1.60 my ($evidence_column, $subsystems_column, %e_identical);
3235 : arodri7 1.41
3236 :     if (@$dataset != 1){
3237 :     foreach my $thing (@$dataset){
3238 :     if ($thing->class eq "SIM"){
3239 :     push (@$peg_array, $thing->acc);
3240 :     }
3241 :     }
3242 :     # get the column for the evidence codes
3243 : arodri7 1.60 $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3244 : arodri7 1.41
3245 :     # get the column for the subsystems
3246 : arodri7 1.60 $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3247 : arodri7 1.41
3248 :     # get essentially identical seqs
3249 :     %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
3250 :     }
3251 :     else{
3252 :     push (@$peg_array, @$dataset);
3253 :     }
3254 :    
3255 :     my $selected_sims = [];
3256 :     foreach my $id (@$peg_array){
3257 :     last if ($count > 10);
3258 :     my $row_data = [];
3259 :     my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3260 :     $org = $fig->org_of($id);
3261 :     $function = $fig->function_of($id);
3262 :     if ($mypeg ne $id){
3263 : paczian 1.47 $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
3264 :     $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3265 : arodri7 1.41 if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
3266 :     }
3267 :     else{
3268 :     $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
3269 : paczian 1.47 $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
3270 :     $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3271 : arodri7 1.41 }
3272 :    
3273 :     push(@$row_data,$id_cell);
3274 :     push(@$row_data,$org);
3275 : arodri7 1.60 push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3276 :     push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3277 : arodri7 1.41 push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3278 :     push(@$row_data,$function_cell);
3279 :     push(@$all_rows,$row_data);
3280 :     push (@$selected_sims, $id);
3281 :     $count++;
3282 :     }
3283 :    
3284 :     if ($count >0){
3285 :     $content = $all_rows;
3286 :     }
3287 :     else{
3288 :     $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
3289 :     }
3290 :     return ($content,$selected_sims);
3291 :     }
3292 :    
3293 :     sub display_protein_history {
3294 :     my ($self, $id,$fig) = @_;
3295 :     my $all_rows = [];
3296 :     my $content;
3297 :    
3298 :     my $cgi = new CGI;
3299 :     my $count = 0;
3300 :     foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
3301 :     my $row = [];
3302 :     my $col1 = $feat->[2];
3303 :     my $col2 = $feat->[1];
3304 :     #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
3305 :     my $text = $feat->[3];
3306 :    
3307 :     push (@$row, $col1);
3308 :     push (@$row, $col2);
3309 :     push (@$row, $text);
3310 :     push (@$all_rows, $row);
3311 :     $count++;
3312 :     }
3313 :     if ($count > 0){
3314 :     $content = $all_rows;
3315 :     }
3316 :     else {
3317 :     $content = "There is no history for this PEG";
3318 :     }
3319 :    
3320 :     return($content);
3321 :     }
3322 : arodri7 1.58

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