[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.60 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : paczian 1.54 #use lib '/vol/ontologies';
4 : mkubal 1.19 use DBMaster;
5 : mkubal 1.34 use Data::Dumper;
6 : mkubal 1.19
7 : mkubal 1.1 require Exporter;
8 : parrello 1.59 @EXPORT_OK = qw(get_objects get_sims_objects);
9 : mkubal 1.1
10 : paczian 1.44 use WebColors;
11 : paczian 1.52 use WebConfig;
12 : paczian 1.44
13 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
14 : mkubal 1.30 #use strict;
15 : arodri7 1.16 #use warnings;
16 : arodri7 1.9 use HTML;
17 : arodri7 1.55 use FFs;
18 : mkubal 1.1
19 :     1;
20 :    
21 :     =head1 NAME
22 :    
23 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
24 :    
25 :     =head1 DESCRIPTION
26 :    
27 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
28 :     single interface to this data.
29 :    
30 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
31 :    
32 :     =cut
33 :    
34 :     =head1 BACKGROUND
35 :    
36 :     =head2 Data incorporated in the Observations
37 :    
38 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
39 :    
40 :     =head3 SEED core evidence
41 :    
42 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
43 :    
44 :     =head3 Attribute based Evidence
45 :    
46 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
47 :    
48 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
49 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
50 :    
51 :     =head1 METHODS
52 :    
53 :     The public methods this package provides are listed below:
54 :    
55 :    
56 : mkubal 1.24 =head3 context()
57 :    
58 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
59 : mkubal 1.1
60 :     =cut
61 :    
62 : mkubal 1.24 sub context {
63 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
64 :    
65 : mkubal 1.24 return $self->{context};
66 : mkubal 1.1 }
67 :    
68 : mkubal 1.24 =head3 rows()
69 : mkubal 1.1
70 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
71 : mkubal 1.1
72 : mkubal 1.24 =cut
73 :    
74 :     sub rows {
75 :     my ($self) = @_;
76 :    
77 :     return $self->{rows};
78 :     }
79 :    
80 :     =head3 acc()
81 :    
82 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
83 : mkubal 1.1
84 :     =cut
85 :    
86 : mkubal 1.24 sub acc {
87 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
88 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
89 : mkubal 1.1 }
90 :    
91 : arodri7 1.40 =head3 query()
92 :    
93 :     The query id
94 :    
95 :     =cut
96 :    
97 :     sub query {
98 :     my ($self) = @_;
99 :     return $self->{query};
100 :     }
101 :    
102 :    
103 : mkubal 1.1 =head3 class()
104 :    
105 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
106 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
107 : mkubal 1.7
108 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
109 :    
110 :     =over 9
111 :    
112 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
113 :    
114 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
115 : mkubal 1.1
116 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
117 : mkubal 1.1
118 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
119 : mkubal 1.1
120 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
121 : mkubal 1.1
122 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
123 : mkubal 1.1
124 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
125 : mkubal 1.1
126 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
127 : mkubal 1.1
128 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
129 : mkubal 1.1
130 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
131 :    
132 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
133 : mkubal 1.1
134 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
135 : mkubal 1.1
136 :     =back
137 :    
138 :     =cut
139 :    
140 :     sub class {
141 :     my ($self) = @_;
142 :    
143 :     return $self->{class};
144 :     }
145 :    
146 :     =head3 type()
147 :    
148 :     The type of evidence (required).
149 :    
150 :     Where type is one of the following:
151 :    
152 :     =over 8
153 :    
154 :     =item seq=Sequence similarity
155 :    
156 :     =item dom=domain based match
157 :    
158 :     =item loc=Localization of the feature
159 :    
160 :     =item fc=Functional coupling.
161 :    
162 :     =back
163 :    
164 :     =cut
165 :    
166 :     sub type {
167 :     my ($self) = @_;
168 :    
169 : arodri7 1.26 return $self->{type};
170 : mkubal 1.1 }
171 :    
172 :     =head3 start()
173 :    
174 :     Start of hit in query sequence.
175 :    
176 :     =cut
177 :    
178 :     sub start {
179 :     my ($self) = @_;
180 :    
181 :     return $self->{start};
182 :     }
183 :    
184 :     =head3 end()
185 :    
186 :     End of the hit in query sequence.
187 :    
188 :     =cut
189 :    
190 :     sub stop {
191 :     my ($self) = @_;
192 :    
193 :     return $self->{stop};
194 :     }
195 :    
196 : arodri7 1.11 =head3 start()
197 :    
198 :     Start of hit in query sequence.
199 :    
200 :     =cut
201 :    
202 :     sub qstart {
203 :     my ($self) = @_;
204 :    
205 :     return $self->{qstart};
206 :     }
207 :    
208 :     =head3 qstop()
209 :    
210 :     End of the hit in query sequence.
211 :    
212 :     =cut
213 :    
214 :     sub qstop {
215 :     my ($self) = @_;
216 :    
217 :     return $self->{qstop};
218 :     }
219 :    
220 :     =head3 hstart()
221 :    
222 :     Start of hit in hit sequence.
223 :    
224 :     =cut
225 :    
226 :     sub hstart {
227 :     my ($self) = @_;
228 :    
229 :     return $self->{hstart};
230 :     }
231 :    
232 :     =head3 end()
233 :    
234 :     End of the hit in hit sequence.
235 :    
236 :     =cut
237 :    
238 :     sub hstop {
239 :     my ($self) = @_;
240 :    
241 :     return $self->{hstop};
242 :     }
243 :    
244 :     =head3 qlength()
245 :    
246 :     length of the query sequence in similarities
247 :    
248 :     =cut
249 :    
250 :     sub qlength {
251 :     my ($self) = @_;
252 :    
253 :     return $self->{qlength};
254 :     }
255 :    
256 :     =head3 hlength()
257 :    
258 :     length of the hit sequence in similarities
259 :    
260 :     =cut
261 :    
262 :     sub hlength {
263 :     my ($self) = @_;
264 :    
265 :     return $self->{hlength};
266 :     }
267 :    
268 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
269 :    
270 :     E-value or P-Value if present.
271 :    
272 :     =cut
273 :    
274 :     sub evalue {
275 :     my ($self) = @_;
276 :    
277 :     return $self->{evalue};
278 :     }
279 :    
280 :     =head3 score()
281 :    
282 :     Score if present.
283 :    
284 :     =cut
285 :    
286 :     sub score {
287 :     my ($self) = @_;
288 :     return $self->{score};
289 :     }
290 :    
291 : mkubal 1.12 =head3 display()
292 : mkubal 1.1
293 : mkubal 1.12 will be different for each type
294 : mkubal 1.1
295 :     =cut
296 :    
297 : mkubal 1.7 sub display {
298 : mkubal 1.1
299 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
300 : mkubal 1.1
301 :     }
302 :    
303 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
304 : mkubal 1.7
305 : mkubal 1.24 will be different for each type
306 : mkubal 1.1
307 : mkubal 1.24 =cut
308 : mkubal 1.1
309 : mkubal 1.24 sub display_table {
310 :    
311 :     die "Abstract Table Method Called\n";
312 : mkubal 1.1
313 :     }
314 :    
315 :     =head3 get_objects()
316 :    
317 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
318 :    
319 :     =cut
320 :    
321 :     sub get_objects {
322 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;
323 : paczian 1.44
324 : mkubal 1.7 my $objects = [];
325 :     my @matched_datasets=();
326 : mkubal 1.1
327 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
328 :     # returns an array of arrays of hashes
329 :    
330 : mkubal 1.24 if($scope){
331 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
332 : mkubal 1.7 }
333 :     else{
334 :     my %domain_classes;
335 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
336 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
337 : arodri7 1.41 $domain_classes{'PFAM'} = 1;
338 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
339 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
340 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);
341 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
342 :     get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344 : mkubal 1.1 }
345 : mkubal 1.7
346 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
347 :     my $object;
348 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
349 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
350 :     }
351 : arodri7 1.41 elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
352 : arodri7 1.9 $object = Observation::FC->new($dataset);
353 :     }
354 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
355 : arodri7 1.9 $object = Observation::Identical->new($dataset);
356 :     }
357 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
358 : mkubal 1.12 $object = Observation::Location->new($dataset);
359 :     }
360 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
361 : arodri7 1.10 $object = Observation::Sims->new($dataset);
362 :     }
363 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
364 : arodri7 1.15 $object = Observation::Cluster->new($dataset);
365 :     }
366 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
367 : mkubal 1.20 $object = Observation::PDB->new($dataset);
368 :     }
369 :    
370 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
371 : mkubal 1.1 }
372 : mkubal 1.7
373 :     return $objects;
374 : mkubal 1.1
375 :     }
376 :    
377 : arodri7 1.58 =head3 get_sims_objects()
378 :    
379 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
380 :    
381 :     =cut
382 :    
383 :     sub get_sims_objects {
384 :     my ($self,$fid,$fig,$parameters) = @_;
385 :    
386 :     my $objects = [];
387 :     my @matched_datasets=();
388 :    
389 :     # call function that fetches attribute based observations
390 :     # returns an array of arrays of hashes
391 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig,$parameters);
392 :    
393 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
394 :     my $object;
395 :     if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
396 :     $object = Observation::Sims->new($dataset);
397 :     }
398 :     push (@$objects, $object);
399 :     }
400 :     return $objects;
401 :     }
402 :    
403 :    
404 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
405 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
406 :    
407 :     =cut
408 :     sub display_housekeeping {
409 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig) = @_;
410 :     my $content = [];
411 :     my $row = [];
412 : arodri7 1.28
413 :     my $org_name = $fig->org_of($fid);
414 : arodri7 1.45 my $org_id = $fig->genome_of($fid);
415 : arodri7 1.28 my $function = $fig->function_of($fid);
416 : arodri7 1.41 #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
417 :     my $length = $fig->translation_length($fid);
418 :    
419 :     push (@$row, $org_name);
420 :     push (@$row, $fid);
421 :     push (@$row, $length);
422 :     push (@$row, $function);
423 :    
424 :     # initialize the table for commentary and annotations
425 :     #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
426 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
427 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
428 :     #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
429 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
430 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
431 :     #$content .= qq(</table><p>\n);
432 :    
433 :     push(@$content, $row);
434 : arodri7 1.28
435 :     return ($content);
436 :     }
437 :    
438 :     =head3 get_sims_summary
439 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
440 :    
441 :     =cut
442 :    
443 :     sub get_sims_summary {
444 : arodri7 1.53 my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
445 : arodri7 1.28 my %families;
446 : arodri7 1.53 my $taxes = $fig->taxonomy_list();
447 :    
448 : arodri7 1.42 foreach my $thing (@$dataset) {
449 : arodri7 1.53 my ($id, $evalue);
450 :     if ($thing =~ /fig\|/){
451 :     $id = $thing;
452 :     $evalue = -1;
453 :     }
454 :     else{
455 :     next if ($thing->class ne "SIM");
456 :     $id = $thing->acc;
457 :     $evalue = $thing->evalue;
458 :     }
459 : arodri7 1.42 next if ($id !~ /fig\|/);
460 :     next if ($fig->is_deleted_fid($id));
461 : arodri7 1.53
462 : arodri7 1.42 my $genome = $fig->genome_of($id);
463 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
464 : arodri7 1.53 my $taxonomy = $taxes->{$genome};
465 : arodri7 1.28 my $parent_tax = "Root";
466 : arodri7 1.38 my @currLineage = ($parent_tax);
467 : arodri7 1.53 push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
468 :     my $level = 2;
469 : arodri7 1.28 foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
470 : arodri7 1.53 push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
471 :     push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
472 :     $families{level}{$tax} = $level;
473 : arodri7 1.38 push (@currLineage, $tax);
474 : arodri7 1.28 $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
475 : arodri7 1.38 $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
476 : arodri7 1.39 if (defined ($families{evalue}{$tax})){
477 : arodri7 1.53 if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
478 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
479 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
480 : arodri7 1.39 }
481 :     }
482 :     else{
483 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
484 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
485 : arodri7 1.39 }
486 :    
487 : arodri7 1.28 $parent_tax = $tax;
488 : arodri7 1.53 $level++;
489 : arodri7 1.28 }
490 :     }
491 :    
492 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
493 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
494 :    
495 :     my %saw;
496 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
497 :     $families{children}{$key} = \@out;
498 :     }
499 : arodri7 1.53
500 :     return \%families;
501 : arodri7 1.28 }
502 :    
503 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
504 :    
505 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
506 :    
507 :     B<Please do not use them outside of this package!>
508 :    
509 :     =cut
510 :    
511 : arodri7 1.39 sub get_taxcolor{
512 :     my ($evalue) = @_;
513 :     my $color;
514 : arodri7 1.53 if ($evalue == -1){ $color = "black"; }
515 :     elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){ $color = "#FF2000"; }
516 : arodri7 1.39 elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = "#FF3300"; }
517 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = "#FF6600"; }
518 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = "#FF9900"; }
519 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = "#FFCC00"; }
520 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = "#FFFF00"; }
521 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = "#CCFF00"; }
522 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = "#66FF00"; }
523 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = "#00FF00"; }
524 :     else{ $color = "#6666FF"; }
525 :     return ($color);
526 :     }
527 :    
528 :    
529 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
530 :    
531 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
532 : arodri7 1.41 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
533 : mkubal 1.7
534 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
535 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
536 :     my @parts = split("::",$key);
537 :     my $class = $parts[0];
538 : arodri7 1.50 my $name = $parts[1];
539 : arodri7 1.56 #next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
540 : arodri7 1.50
541 : mkubal 1.7 if($domain_classes->{$parts[0]}){
542 :     my $val = @$attr_ref[2];
543 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
544 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
545 : mkubal 1.8 my $from = $2;
546 :     my $to = $3;
547 : mkubal 1.7 my $evalue;
548 : arodri7 1.50 if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
549 : mkubal 1.7 my $part2 = 1000 - $1;
550 :     my $part1 = $2/100;
551 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
552 :     }
553 : arodri7 1.50 elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
554 :     $evalue=$raw_evalue;
555 :     }
556 : mkubal 1.7 else{
557 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
558 : mkubal 1.7 }
559 :    
560 :     my $dataset = {'class' => $class,
561 :     'acc' => $key,
562 :     'type' => "dom" ,
563 :     'evalue' => $evalue,
564 :     'start' => $from,
565 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
566 :     'fig_id' => $fid,
567 :     'score' => $raw_evalue
568 : mkubal 1.7 };
569 :    
570 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
571 :     }
572 :     }
573 :     }
574 :     }
575 : mkubal 1.12
576 :     sub get_attribute_based_location_observations{
577 :    
578 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
579 :     #my $fig = new FIG;
580 : mkubal 1.12
581 : mkubal 1.30 my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
582 : mkubal 1.12
583 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
584 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
585 :     'fig_id' => $fid
586 :     };
587 :    
588 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
589 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
590 : mkubal 1.30 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/) && ($key !~/Phobius/) );
591 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
592 :     my $sub_class = $parts[0];
593 :     my $sub_key = $parts[1];
594 :     my $value = @$attr_ref[2];
595 :     if($sub_class eq "SignalP"){
596 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
597 :     my @value_parts = split(";",$value);
598 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
599 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
600 :     }
601 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
602 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
603 :     }
604 :     }
605 : mkubal 1.30
606 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "CELLO"){
607 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
608 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
609 :     }
610 : mkubal 1.30
611 :     elsif($sub_class eq "Phobius"){
612 :     if($sub_key eq "transmembrane"){
613 :     $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
614 :     }
615 :     elsif($sub_key eq "signal"){
616 :     $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
617 :     }
618 :     }
619 :    
620 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "TMPRED"){
621 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
622 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
623 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
624 :     }
625 :     }
626 :    
627 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
628 :    
629 :     }
630 :    
631 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
632 :    
633 :     This methods sets the type and class for pdb observations
634 :    
635 :     =cut
636 :    
637 :     sub get_pdb_observations{
638 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
639 : mkubal 1.20
640 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
641 : mkubal 1.20
642 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
643 : mkubal 1.20 my $key = @$attr_ref[1];
644 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
645 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
646 :     my $value = @$attr_ref[2];
647 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
648 :    
649 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
650 :     my $part2 = 1000 - $1;
651 :     my $part1 = $2/100;
652 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
653 :     }
654 :    
655 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
656 :    
657 :     my $url = @$attr_ref[3];
658 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
659 :     'type' => 'seq' ,
660 :     'acc' => $key2,
661 :     'evalue' => $evalue,
662 :     'start' => $start,
663 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
664 :     'fig_id' => $fid
665 : mkubal 1.20 };
666 :    
667 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
668 :     }
669 :     }
670 :    
671 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
672 :    
673 :     This methods sets the type and class for cluster observations
674 :    
675 :     =cut
676 :    
677 :     sub get_cluster_observations{
678 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
679 : arodri7 1.15
680 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
681 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
682 :     'context' => $scope,
683 :     'fig_id' => $fid
684 : arodri7 1.16 };
685 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
686 :     }
687 :    
688 :    
689 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
690 :    
691 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
692 :    
693 :     =cut
694 :    
695 :     sub get_sims_observations{
696 : arodri7 1.58 my ($fid,$datasets_ref,$fig,$parameters) = (@_);
697 : mkubal 1.3
698 : arodri7 1.58 my ($max_sims, $max_expand, $max_eval, $sim_order, $db_filter);
699 :     if ($parameters->{flag}){
700 :     $max_sims = $parameters->{max_sims};
701 :     $max_expand = $parameters->{max_expand};
702 :     $max_eval = $parameters->{max_eval};
703 :     $db_filter = $parameters->{db_filter};
704 :     $sim_order = $parameters->{sim_order};
705 :     $group_by_genome = 1 if (defined ($parameters->{group_genome}));
706 :     }
707 :     else{
708 :     $max_sims = 50;
709 :     $max_expand = 5;
710 :     $max_eval = 1e-5;
711 :     $db_filter = "figx";
712 :     $sim_order = "id";
713 :     }
714 :    
715 : parrello 1.59 my($id, $genome, @genomes, %sims);
716 : arodri7 1.58 my @tmp= $fig->sims($fid,$max_sims,$max_eval,$db_filter,$max_expand);
717 :     @tmp = grep { !($_->id2 =~ /^fig\|/ and $fig->is_deleted_fid($_->id2)) } @tmp;
718 : mkubal 1.4 my ($dataset);
719 : arodri7 1.26
720 : arodri7 1.58 if ($group_by_genome){
721 :     # Collect all sims from genome with the first occurance of the genome:
722 :     foreach $sim ( @tmp ){
723 :     $id = $sim->id2;
724 :     $genome = ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/) ? $1 : $id;
725 :     if (! defined( $sims{ $genome } ) ) { push @genomes, $genome }
726 :     push @{ $sims{ $genome } }, $sim;
727 :     }
728 :     @tmp = map { @{ $sims{$_} } } @genomes;
729 :     }
730 :    
731 :     foreach my $sim (@tmp){
732 : arodri7 1.26 my $hit = $sim->[1];
733 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
734 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
735 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
736 :     my $qto = $sim->[7];
737 :     my $hfrom = $sim->[8];
738 :     my $hto = $sim->[9];
739 :     my $qlength = $sim->[12];
740 :     my $hlength = $sim->[13];
741 :     my $db = get_database($hit);
742 :     my $func = $fig->function_of($hit);
743 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
744 :    
745 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
746 : arodri7 1.40 'query' => $sim->[0],
747 : arodri7 1.10 'acc' => $hit,
748 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
749 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
750 :     'evalue' => $evalue,
751 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
752 :     'qstop' => $qto,
753 :     'hstart' => $hfrom,
754 :     'hstop' => $hto,
755 :     'database' => $db,
756 :     'organism' => $organism,
757 :     'function' => $func,
758 :     'qlength' => $qlength,
759 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
760 :     'fig_id' => $fid
761 : arodri7 1.10 };
762 :    
763 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
764 : mkubal 1.3 }
765 :     }
766 :    
767 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
768 :     This method gets the database association from the sequence id
769 :    
770 :     =cut
771 :    
772 :     sub get_database{
773 :     my ($id) = (@_);
774 :    
775 :     my ($db);
776 : arodri7 1.58 if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "SEED" }
777 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
778 : arodri7 1.58 elsif ($id =~ /^gb\|/) { $db = "GenBank" }
779 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
780 : arodri7 1.58 elsif ($id =~ /^ref\|/) { $db = "RefSeq" }
781 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
782 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
783 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
784 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
785 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
786 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
787 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
788 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
789 : arodri7 1.58 elsif ($id =~ /^pdb\|/) { $db = "PDB" }
790 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "IMG" }
791 :     elsif ($id =~ /^cmr\|/) { $db = "CMR" }
792 :     elsif ($id =~ /^dbj\|/) { $db = "DBJ" }
793 : arodri7 1.11
794 :     return ($db);
795 :    
796 :     }
797 :    
798 : mkubal 1.24
799 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
800 :    
801 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
802 :    
803 :     =cut
804 :    
805 :     sub get_identical_proteins{
806 :    
807 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
808 :     #my $fig = new FIG;
809 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
810 : arodri7 1.5
811 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
812 :     foreach my $id (@maps_to) {
813 :     my ($tmp, $who);
814 : arodri7 1.33 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
815 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
816 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
817 : arodri7 1.5 }
818 :     }
819 :    
820 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
821 :     'type' => 'seq',
822 :     'fig_id' => $fid,
823 :     'rows' => $funcs_ref
824 :     };
825 :    
826 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
827 :    
828 : arodri7 1.5
829 :     }
830 :    
831 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
832 :    
833 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
834 :    
835 :     =cut
836 :    
837 :     sub get_functional_coupling{
838 :    
839 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
840 :     #my $fig = new FIG;
841 : arodri7 1.6 my @funcs = ();
842 :    
843 :     # initialize some variables
844 :     my($sc,$neigh);
845 :    
846 :     # set default parameters for coupling and evidence
847 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
848 :    
849 :     # get the fc data
850 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
851 :    
852 :     # retrieve data
853 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
854 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
855 :     } @fc_data;
856 :    
857 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
858 :     'type' => 'fc',
859 :     'fig_id' => $fid,
860 :     'rows' => \@rows
861 :     };
862 :    
863 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
864 : arodri7 1.9
865 : arodri7 1.6 }
866 : arodri7 1.5
867 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
868 :    
869 :     Instantiate a new object.
870 :    
871 :     =cut
872 :    
873 :     sub new {
874 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
875 :    
876 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
877 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
878 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
879 :     score => $dataset->{'score'},
880 : arodri7 1.10 };
881 : mkubal 1.7
882 :     bless($self,$class);
883 : mkubal 1.1
884 :     return $self;
885 :     }
886 :    
887 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
888 :    
889 :     Returns the % identity of the similar sequence
890 :    
891 :     =cut
892 :    
893 :     sub identity {
894 :     my ($self) = @_;
895 :    
896 :     return $self->{identity};
897 :     }
898 :    
899 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
900 :    
901 :     =cut
902 :    
903 :     sub fig_id {
904 :     my ($self) = @_;
905 :     return $self->{fig_id};
906 :     }
907 :    
908 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
909 :    
910 :    
911 :     =cut
912 :    
913 :     sub feature_id {
914 :     my ($self) = @_;
915 :    
916 :     return $self->{feature_id};
917 :     }
918 : arodri7 1.5
919 :     =head3 id (internal)
920 :    
921 :     Returns the ID of the identical sequence
922 :    
923 :     =cut
924 :    
925 :     sub id {
926 :     my ($self) = @_;
927 :    
928 :     return $self->{id};
929 :     }
930 :    
931 :     =head3 organism (internal)
932 :    
933 :     Returns the organism of the identical sequence
934 :    
935 :     =cut
936 :    
937 :     sub organism {
938 :     my ($self) = @_;
939 :    
940 :     return $self->{organism};
941 :     }
942 :    
943 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
944 :    
945 :     Returns the function of the identical sequence
946 :    
947 :     =cut
948 :    
949 :     sub function {
950 :     my ($self) = @_;
951 :    
952 :     return $self->{function};
953 :     }
954 :    
955 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
956 :    
957 :     Returns the database of the identical sequence
958 :    
959 :     =cut
960 :    
961 :     sub database {
962 :     my ($self) = @_;
963 :    
964 :     return $self->{database};
965 :     }
966 :    
967 : mkubal 1.20 ############################################################
968 :     ############################################################
969 :     package Observation::PDB;
970 :    
971 :     use base qw(Observation);
972 :    
973 :     sub new {
974 :    
975 :     my ($class,$dataset) = @_;
976 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
977 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
978 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
979 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
980 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
981 :     bless($self,$class);
982 :     return $self;
983 :     }
984 :    
985 :     =head3 display()
986 :    
987 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
988 :    
989 :     =cut
990 :    
991 :     sub display{
992 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
993 : mkubal 1.20
994 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
995 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
996 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
997 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
998 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
999 : mkubal 1.20
1000 :     my $acc = $self->acc;
1001 :    
1002 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
1003 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
1004 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
1005 :     $pdb_description = "not available";
1006 :     $pdb_source = "not available";
1007 :     $pdb_ligand = "not available";
1008 :     }
1009 :     else{
1010 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
1011 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
1012 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
1013 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
1014 :     }
1015 : arodri7 1.6
1016 : mkubal 1.20 my $lines = [];
1017 :     my $line_data = [];
1018 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
1019 : paczian 1.47 'hover_title' => 'PDB',
1020 : mkubal 1.20 'short_title' => "best PDB",
1021 :     'basepair_offset' => '1' };
1022 :    
1023 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1024 : mkubal 1.20 my $seq = $fig->get_translation($fid);
1025 :     my $fid_stop = length($seq);
1026 :    
1027 :     my $fid_element_hash = {
1028 :     "title" => $fid,
1029 :     "start" => '1',
1030 :     "end" => $fid_stop,
1031 :     "color"=> '1',
1032 :     "zlayer" => '1'
1033 :     };
1034 :    
1035 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
1036 :    
1037 :     my $links_list = [];
1038 :     my $descriptions = [];
1039 :    
1040 :     my $name;
1041 :     $name = {"title" => 'id',
1042 :     "value" => $acc};
1043 :     push(@$descriptions,$name);
1044 :    
1045 :     my $description;
1046 :     $description = {"title" => 'pdb description',
1047 :     "value" => $pdb_description};
1048 :     push(@$descriptions,$description);
1049 :    
1050 :     my $score;
1051 :     $score = {"title" => "score",
1052 :     "value" => $self->evalue};
1053 :     push(@$descriptions,$score);
1054 :    
1055 :     my $start_stop;
1056 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
1057 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
1058 :     "value" => $start_stop_value};
1059 :     push(@$descriptions,$start_stop);
1060 :    
1061 :     my $source;
1062 :     $source = {"title" => "source",
1063 :     "value" => $pdb_source};
1064 :     push(@$descriptions,$source);
1065 :    
1066 :     my $ligand;
1067 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
1068 :     "value" => $pdb_ligand};
1069 :     push(@$descriptions,$ligand);
1070 :    
1071 :     my $link;
1072 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1073 :    
1074 :     $link = {"link_title" => $acc,
1075 :     "link" => $link_url};
1076 :     push(@$links_list,$link);
1077 :    
1078 :     my $pdb_element_hash = {
1079 :     "title" => "PDB homology",
1080 :     "start" => $self->start,
1081 :     "end" => $self->stop,
1082 :     "color"=> '6',
1083 :     "zlayer" => '3',
1084 :     "links_list" => $links_list,
1085 :     "description" => $descriptions};
1086 :    
1087 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1088 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1089 :    
1090 :     return $gd;
1091 :     }
1092 :    
1093 :     1;
1094 : arodri7 1.11
1095 : arodri7 1.9 ############################################################
1096 :     ############################################################
1097 :     package Observation::Identical;
1098 :    
1099 :     use base qw(Observation);
1100 :    
1101 :     sub new {
1102 :    
1103 :     my ($class,$dataset) = @_;
1104 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1105 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1106 :    
1107 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1108 :     return $self;
1109 :     }
1110 :    
1111 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1112 : arodri7 1.6
1113 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1114 :     This code will display a table for the identical protein
1115 :    
1116 :    
1117 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1118 :     dence.
1119 : arodri7 1.6
1120 :     =cut
1121 :    
1122 :    
1123 : mkubal 1.24 sub display_table{
1124 : arodri7 1.41 my ($self,$fig) = @_;
1125 : mkubal 1.24
1126 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1127 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1128 :     my $rows = $self->rows;
1129 :     my $cgi = new CGI;
1130 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1131 :     my $count_identical = 0;
1132 : arodri7 1.9 my $content;
1133 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1134 :     my $id = $row->[0];
1135 :     my $who = $row->[1];
1136 :     my $assignment = $row->[2];
1137 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
1138 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1139 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1140 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1141 :     push(@$single_domain,$organism);
1142 :     push(@$single_domain,$assignment);
1143 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1144 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1145 : arodri7 1.6 }
1146 :    
1147 :     if ($count_identical >0){
1148 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1149 : arodri7 1.6 }
1150 :     else{
1151 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1152 : arodri7 1.6 }
1153 :     return ($content);
1154 :     }
1155 : mkubal 1.7
1156 : arodri7 1.9 1;
1157 :    
1158 :     #########################################
1159 :     #########################################
1160 :     package Observation::FC;
1161 :     1;
1162 :    
1163 :     use base qw(Observation);
1164 :    
1165 :     sub new {
1166 :    
1167 :     my ($class,$dataset) = @_;
1168 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1169 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1170 : arodri7 1.9
1171 :     bless($self,$class);
1172 :     return $self;
1173 :     }
1174 :    
1175 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1176 : arodri7 1.9
1177 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1178 :     This code will display a table for the identical protein
1179 :    
1180 :    
1181 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1182 :     dence.
1183 :    
1184 :     =cut
1185 :    
1186 : mkubal 1.24 sub display_table {
1187 : arodri7 1.9
1188 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1189 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1190 :     my $rows = $self->rows;
1191 :     my $cgi = new CGI;
1192 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1193 :     my $count = 0;
1194 :     my $content;
1195 :    
1196 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1197 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1198 :     $count++;
1199 :    
1200 :     # construct the score link
1201 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1202 :     my $toid = $row->[1];
1203 : paczian 1.44 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1204 :     my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1205 : arodri7 1.9
1206 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1207 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1208 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1209 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1210 :     }
1211 :    
1212 :     if ($count >0){
1213 :     $content = $functional_data;
1214 :     }
1215 :     else
1216 :     {
1217 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1218 :     }
1219 :     return ($content);
1220 :     }
1221 :    
1222 :    
1223 :     #########################################
1224 :     #########################################
1225 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1226 :    
1227 :     use base qw(Observation);
1228 :    
1229 :     sub new {
1230 :    
1231 :     my ($class,$dataset) = @_;
1232 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1233 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1234 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1235 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1236 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1237 :    
1238 :     bless($self,$class);
1239 :     return $self;
1240 :     }
1241 :    
1242 :     sub display {
1243 :     my ($thing,$gd) = @_;
1244 :     my $lines = [];
1245 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1246 :     # 'short_title' => $thing->type,
1247 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1248 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1249 :    
1250 :     my $line_data = [];
1251 :     my $links_list = [];
1252 :     my $descriptions = [];
1253 : mkubal 1.19
1254 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1255 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1256 : arodri7 1.41
1257 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1258 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1259 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1260 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1261 : mkubal 1.7
1262 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1263 :     if($db eq "CDD"){
1264 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1265 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1266 :     $name_title = "name";
1267 :     $name_value = "not available";
1268 :     $description_title = "description";
1269 :     $description_value = "not available";
1270 :     }
1271 :     else{
1272 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1273 :     $name_title = "name";
1274 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1275 :     $description_title = "description";
1276 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1277 :     }
1278 :     }
1279 : arodri7 1.41 elsif($db =~ /PFAM/){
1280 : arodri7 1.50 my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1281 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1282 : arodri7 1.41 if(!scalar(@$pfam_objs)){
1283 :     $name_title = "name";
1284 :     $name_value = "not available";
1285 :     $description_title = "description";
1286 :     $description_value = "not available";
1287 :     }
1288 :     else{
1289 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1290 : arodri7 1.50 $name_title = "name";
1291 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1292 : arodri7 1.41 #$description_title = "description";
1293 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1294 :     }
1295 :     }
1296 :    
1297 :     my $short_title = $thing->acc;
1298 :     $short_title =~ s/::/ - /ig;
1299 : arodri7 1.50 my $new_short_title=$short_title;
1300 :     if ($short_title =~ /interpro/){
1301 :     ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1302 :     }
1303 : arodri7 1.41 my $line_config = { 'title' => $name_value,
1304 : paczian 1.47 'hover_title', => 'Domain',
1305 : arodri7 1.50 'short_title' => $new_short_title,
1306 : arodri7 1.27 'basepair_offset' => '1' };
1307 : mkubal 1.7
1308 : mkubal 1.19 my $name;
1309 : arodri7 1.50 my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1310 : arodri7 1.41 $name = {"title" => $db,
1311 : arodri7 1.50 "value" => $new_id};
1312 : mkubal 1.19 push(@$descriptions,$name);
1313 :    
1314 : arodri7 1.41 # my $description;
1315 :     # $description = {"title" => $description_title,
1316 :     # "value" => $description_value};
1317 :     # push(@$descriptions,$description);
1318 : mkubal 1.7
1319 :     my $score;
1320 :     $score = {"title" => "score",
1321 :     "value" => $thing->evalue};
1322 :     push(@$descriptions,$score);
1323 :    
1324 : arodri7 1.41 my $location;
1325 :     $location = {"title" => "location",
1326 :     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1327 :     push(@$descriptions,$location);
1328 :    
1329 : mkubal 1.7 my $link_id;
1330 : arodri7 1.41 if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1331 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1332 :     }
1333 :    
1334 :     my $link;
1335 : mkubal 1.12 my $link_url;
1336 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1337 : arodri7 1.53 elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1338 : mkubal 1.12 else{$link_url = "NO_URL"}
1339 :    
1340 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1341 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1342 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1343 :    
1344 :     my $element_hash = {
1345 : arodri7 1.41 "title" => $name_value,
1346 : mkubal 1.7 "start" => $thing->start,
1347 :     "end" => $thing->stop,
1348 :     "color"=> $color,
1349 :     "zlayer" => '2',
1350 :     "links_list" => $links_list,
1351 :     "description" => $descriptions};
1352 :    
1353 :     push(@$line_data,$element_hash);
1354 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1355 :    
1356 :     return $gd;
1357 :    
1358 :     }
1359 : arodri7 1.28
1360 :     sub display_table {
1361 :     my ($self,$dataset) = @_;
1362 :     my $cgi = new CGI;
1363 :     my $data = [];
1364 :     my $count = 0;
1365 :     my $content;
1366 :    
1367 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1368 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1369 :     my $single_domain = [];
1370 :     $count++;
1371 :    
1372 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1373 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1374 :    
1375 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1376 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1377 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1378 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1379 : arodri7 1.28
1380 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1381 :     if($db eq "CDD"){
1382 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1383 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1384 :     $name_title = "name";
1385 :     $name_value = "not available";
1386 :     $description_title = "description";
1387 :     $description_value = "not available";
1388 :     }
1389 :     else{
1390 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1391 :     $name_title = "name";
1392 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1393 :     $description_title = "description";
1394 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1395 :     }
1396 :     }
1397 : arodri7 1.51 elsif($db =~ /PFAM/){
1398 :     my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1399 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1400 :     if(!scalar(@$pfam_objs)){
1401 :     $name_title = "name";
1402 :     $name_value = "not available";
1403 :     $description_title = "description";
1404 :     $description_value = "not available";
1405 :     }
1406 :     else{
1407 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1408 :     $name_title = "name";
1409 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1410 :     #$description_title = "description";
1411 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1412 :     }
1413 :     }
1414 : arodri7 1.28
1415 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1416 :    
1417 :     push(@$single_domain,$db);
1418 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1419 :     push(@$single_domain,$name_value);
1420 :     push(@$single_domain,$location);
1421 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1422 :     push(@$single_domain,$description_value);
1423 :     push(@$data,$single_domain);
1424 :     }
1425 :    
1426 :     if ($count >0){
1427 :     $content = $data;
1428 :     }
1429 :     else
1430 :     {
1431 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1432 :     }
1433 :     }
1434 :    
1435 : mkubal 1.7
1436 : arodri7 1.10 #########################################
1437 :     #########################################
1438 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1439 :    
1440 :     use base qw(Observation);
1441 :    
1442 :     sub new {
1443 :    
1444 :     my ($class,$dataset) = @_;
1445 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1446 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1447 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1448 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1449 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1450 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1451 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1452 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1453 : mkubal 1.30 $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1454 :     $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1455 : mkubal 1.12
1456 :     bless($self,$class);
1457 :     return $self;
1458 :     }
1459 :    
1460 : mkubal 1.36 sub display_cello {
1461 : arodri7 1.45 my ($thing) = @_;
1462 : mkubal 1.36 my $html;
1463 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1464 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1465 :     if($cello_location){
1466 : arodri7 1.40 $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1467 :     #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1468 : mkubal 1.36 }
1469 :     return ($html);
1470 :     }
1471 :    
1472 : mkubal 1.12 sub display {
1473 : arodri7 1.41 my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1474 : mkubal 1.12
1475 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1476 : arodri7 1.41 #my $fig= new FIG;
1477 : mkubal 1.12 my $length = length($fig->get_translation($fid));
1478 :    
1479 :     my $cleavage_prob;
1480 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1481 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1482 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1483 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1484 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1485 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1486 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1487 :    
1488 : mkubal 1.30 my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1489 :     my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1490 :    
1491 : mkubal 1.12 my $lines = [];
1492 :    
1493 :     #color is
1494 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1495 : mkubal 1.36
1496 : arodri7 1.58 =head3
1497 : mkubal 1.36
1498 : mkubal 1.12 if($cello_location){
1499 :     my $cello_descriptions = [];
1500 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1501 :    
1502 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1503 :     'short_title' => 'CELLO',
1504 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1505 : arodri7 1.28 'basepair_offset' => '1' };
1506 :    
1507 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1508 :     "value" => $cello_location};
1509 :    
1510 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1511 :    
1512 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1513 :     "value" => $cello_score};
1514 :    
1515 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1516 :    
1517 :     my $element_hash = {
1518 :     "title" => "CELLO",
1519 : mkubal 1.34 "color"=> $color,
1520 : mkubal 1.12 "start" => "1",
1521 :     "end" => $length + 1,
1522 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1523 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1524 :    
1525 :     push(@$line_data,$element_hash);
1526 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1527 : mkubal 1.12 }
1528 :    
1529 : arodri7 1.28 $color = "2";
1530 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1531 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1532 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1533 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1534 :     'basepair_offset' => '1' };
1535 :    
1536 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1537 :     my $descriptions = [];
1538 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1539 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1540 :     "value" => $tmpred_score};
1541 :    
1542 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1543 :    
1544 :     my $element_hash = {
1545 :     "title" => "transmembrane location",
1546 :     "start" => $begin + 1,
1547 :     "end" => $end + 1,
1548 :     "color"=> $color,
1549 :     "zlayer" => '5',
1550 : mkubal 1.34 "type" => 'box',
1551 : mkubal 1.12 "description" => $descriptions};
1552 :    
1553 :     push(@$line_data,$element_hash);
1554 : arodri7 1.28
1555 : mkubal 1.12 }
1556 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1557 : mkubal 1.12 }
1558 : arodri7 1.40 =cut
1559 : mkubal 1.12
1560 : mkubal 1.30 if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1561 :     my $line_data =[];
1562 : arodri7 1.40 my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1563 :     'short_title' => 'TM and SP',
1564 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1565 : mkubal 1.30 'basepair_offset' => '1' };
1566 :    
1567 :     foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1568 :     my $descriptions = [];
1569 : arodri7 1.40 my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1570 : mkubal 1.30 "value" => $tm_loc};
1571 :     push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1572 :    
1573 :     my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1574 :    
1575 :     my $element_hash = {
1576 : arodri7 1.40 "title" => "Phobius",
1577 : mkubal 1.30 "start" => $begin + 1,
1578 :     "end" => $end + 1,
1579 :     "color"=> '6',
1580 :     "zlayer" => '4',
1581 :     "type" => 'bigbox',
1582 :     "description" => $descriptions};
1583 :    
1584 :     push(@$line_data,$element_hash);
1585 :    
1586 :     }
1587 :    
1588 :     if($phobius_signal_location){
1589 :     my $descriptions = [];
1590 :     my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1591 :     "value" => $phobius_signal_location};
1592 :     push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1593 :    
1594 :    
1595 :     my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1596 :     my $element_hash = {
1597 :     "title" => "phobius signal locations",
1598 :     "start" => $begin + 1,
1599 :     "end" => $end + 1,
1600 :     "color"=> '1',
1601 :     "zlayer" => '5',
1602 :     "type" => 'box',
1603 :     "description" => $descriptions};
1604 :     push(@$line_data,$element_hash);
1605 :     }
1606 :    
1607 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1608 :     }
1609 :    
1610 : arodri7 1.40 =head3
1611 : arodri7 1.28 $color = "1";
1612 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1613 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1614 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1615 : arodri7 1.28
1616 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1617 :     'short_title' => 'SignalP',
1618 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1619 : arodri7 1.28 'basepair_offset' => '1' };
1620 :    
1621 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1622 :     "value" => $signal_peptide_score};
1623 :    
1624 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1625 :    
1626 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1627 :     "value" => $cleavage_prob};
1628 :    
1629 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1630 :    
1631 :     my $element_hash = {
1632 :     "title" => "SignalP",
1633 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1634 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1635 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1636 :     "color"=> $color,
1637 :     "zlayer" => '10',
1638 :     "description" => $descriptions};
1639 :    
1640 :     push(@$line_data,$element_hash);
1641 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1642 : mkubal 1.12 }
1643 : arodri7 1.40 =cut
1644 :    
1645 : mkubal 1.12 return ($gd);
1646 :    
1647 :     }
1648 :    
1649 :     sub cleavage_loc {
1650 :     my ($self) = @_;
1651 :    
1652 :     return $self->{cleavage_loc};
1653 :     }
1654 :    
1655 :     sub cleavage_prob {
1656 :     my ($self) = @_;
1657 :    
1658 :     return $self->{cleavage_prob};
1659 :     }
1660 :    
1661 :     sub signal_peptide_score {
1662 :     my ($self) = @_;
1663 :    
1664 :     return $self->{signal_peptide_score};
1665 :     }
1666 :    
1667 :     sub tmpred_score {
1668 :     my ($self) = @_;
1669 :    
1670 :     return $self->{tmpred_score};
1671 :     }
1672 :    
1673 :     sub tmpred_locations {
1674 :     my ($self) = @_;
1675 :    
1676 :     return $self->{tmpred_locations};
1677 :     }
1678 :    
1679 :     sub cello_location {
1680 :     my ($self) = @_;
1681 :    
1682 :     return $self->{cello_location};
1683 :     }
1684 :    
1685 :     sub cello_score {
1686 :     my ($self) = @_;
1687 :    
1688 :     return $self->{cello_score};
1689 :     }
1690 :    
1691 : mkubal 1.30 sub phobius_signal_location {
1692 :     my ($self) = @_;
1693 :     return $self->{phobius_signal_location};
1694 :     }
1695 :    
1696 :     sub phobius_tm_locations {
1697 :     my ($self) = @_;
1698 :     return $self->{phobius_tm_locations};
1699 :     }
1700 :    
1701 :    
1702 : mkubal 1.12
1703 :     #########################################
1704 :     #########################################
1705 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1706 :    
1707 :     use base qw(Observation);
1708 :    
1709 :     sub new {
1710 :    
1711 :     my ($class,$dataset) = @_;
1712 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1713 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1714 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1715 : arodri7 1.40 $self->{query} = $dataset->{'query'};
1716 : arodri7 1.10 $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1717 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1718 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1719 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1720 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1721 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1722 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1723 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1724 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1725 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1726 : arodri7 1.10
1727 :     bless($self,$class);
1728 :     return $self;
1729 :     }
1730 :    
1731 : arodri7 1.25 =head3 display()
1732 :    
1733 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1734 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1735 :    
1736 :     =cut
1737 :    
1738 :     sub display {
1739 : arodri7 1.58 my ($self,$gd,$thing,$fig,$base_start,$in_subs,$cgi) = @_;
1740 : arodri7 1.25
1741 : arodri7 1.58 # declare variables
1742 :     my $window_size = $gd->window_size;
1743 :     my $peg = $thing->acc;
1744 :     my $query_id = $thing->query;
1745 :     my $organism = $thing->organism;
1746 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1747 :     if (!$organism){
1748 :     $organism = $peg;
1749 :     $abbrev_name = $peg;
1750 :     }
1751 :     my $genome = $fig->genome_of($peg);
1752 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1753 :     my $function = $thing->function;
1754 :     my $query_start = $thing->qstart;
1755 :     my $query_stop = $thing->qstop;
1756 :     my $hit_start = $thing->hstart;
1757 :     my $hit_stop = $thing->hstop;
1758 :     my $ln_query = $thing->qlength;
1759 :     my $ln_hit = $thing->hlength;
1760 : arodri7 1.60 # my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, $ln_query, 1);
1761 :     # my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, $ln_hit, 1);
1762 :     my $query_color = match_color($query_start, $query_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1763 :     my $hit_color = match_color($hit_start, $hit_stop, abs($query_stop-$query_start), 1);
1764 : arodri7 1.58
1765 :     my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1766 :    
1767 :     # hit sequence title
1768 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1769 :     'short_title' => "$abbrev_name",
1770 :     'title_link' => '$tax_link',
1771 : arodri7 1.60 'basepair_offset' => '0',
1772 :     'no_middle_line' => '1'
1773 : arodri7 1.58 };
1774 :    
1775 :     # query sequence title
1776 :     my $replace_id = $peg;
1777 :     $replace_id =~ s/\|/_/ig;
1778 :     my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
1779 :     my $query_config = { 'title' => "Query",
1780 :     'short_title' => "Query",
1781 :     'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id', 1)",
1782 : arodri7 1.60 'basepair_offset' => '0',
1783 :     'no_middle_line' => '1'
1784 : arodri7 1.58 };
1785 :     my $line_data = [];
1786 :     my $query_data = [];
1787 :    
1788 :     my $element_hash;
1789 :     my $hit_links_list = [];
1790 :     my $hit_descriptions = [];
1791 :     my $query_descriptions = [];
1792 :    
1793 :     # get sequence information
1794 :     # evidence link
1795 :     my $evidence_link;
1796 :     if ($peg =~ /^fig\|/){
1797 :     $evidence_link = "?page=Evidence&feature=".$peg;
1798 : arodri7 1.41 }
1799 : arodri7 1.58 else{
1800 :     my $db = &Observation::get_database($peg);
1801 :     my ($link_id) = ($peg) =~ /\|(.*)/;
1802 :     $evidence_link = &HTML::alias_url($link_id, $db);
1803 :     #print STDERR "LINK: $db $evidence_link";
1804 :     }
1805 :     my $link = {"link_title" => $peg,
1806 :     "link" => $evidence_link};
1807 :     push(@$hit_links_list,$link) if ($evidence_link);
1808 :    
1809 :     # subsystem link
1810 :     my $subs = $in_subs->{$peg} if (defined $in_subs->{$peg});
1811 :     my @subsystems;
1812 :     foreach my $array (@$subs){
1813 :     my $subsystem = $$array[0];
1814 :     push(@subsystems,$subsystem);
1815 :     my $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1816 :     "link_title" => $subsystem};
1817 :     push(@$hit_links_list,$link);
1818 :     }
1819 :    
1820 :     # blast alignment
1821 :     $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1822 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query_id&peg2=$peg"};
1823 :     push (@$hit_links_list,$link) if ($peg =~ /^fig\|/);
1824 :    
1825 :     # description data
1826 :     my $description_function;
1827 :     $description_function = {"title" => "function",
1828 :     "value" => $function};
1829 :     push(@$hit_descriptions,$description_function);
1830 :    
1831 :     # subsystem description
1832 :     my $ss_string = join (",", @subsystems);
1833 :     $ss_string =~ s/_/ /ig;
1834 :     my $description_ss = {"title" => "subsystems",
1835 :     "value" => $ss_string};
1836 :     push(@$hit_descriptions,$description_ss);
1837 :    
1838 :     # location description
1839 :     # hit
1840 :     my $description_loc;
1841 :     $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1842 :     "value" => $hit_start . " - " . $hit_stop};
1843 :     push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1844 :    
1845 :     $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1846 :     "value" => $ln_hit};
1847 :     push(@$hit_descriptions, $description_loc);
1848 :    
1849 :     # query
1850 :     $description_loc = {"title" => "Hit Location",
1851 :     "value" => $query_start . " - " . $query_stop};
1852 :     push(@$query_descriptions, $description_loc);
1853 :    
1854 :     $description_loc = {"title" => "Sequence Length",
1855 :     "value" => $ln_query};
1856 :     push(@$query_descriptions, $description_loc);
1857 :    
1858 :    
1859 :    
1860 :     # evalue score description
1861 :     my $evalue = $thing->evalue;
1862 :     while ($evalue =~ /-0/)
1863 :     {
1864 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1865 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1866 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1867 :     }
1868 :    
1869 :     my $color = &color($evalue);
1870 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1871 :     "value" => $evalue};
1872 :     push(@$hit_descriptions, $description_eval);
1873 :     push(@$query_descriptions, $description_eval);
1874 :    
1875 :     my $identity = $self->identity;
1876 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1877 :     "value" => $identity};
1878 :     push(@$hit_descriptions, $description_identity);
1879 :     push(@$query_descriptions, $description_identity);
1880 :    
1881 :    
1882 :     my $number = $base_start + ($query_start-$hit_start);
1883 :     #print STDERR "START: $number";
1884 :     $element_hash = {
1885 :     "title" => $query_id,
1886 :     "start" => $base_start,
1887 :     "end" => $base_start+$ln_query,
1888 :     "type"=> 'box',
1889 :     "color"=> $color,
1890 :     "zlayer" => "2",
1891 :     "links_list" => $query_links_list,
1892 :     "description" => $query_descriptions
1893 :     };
1894 :     push(@$query_data,$element_hash);
1895 :    
1896 :     $element_hash = {
1897 :     "title" => $query_id . ': HIT AREA',
1898 :     "start" => $base_start + $query_start,
1899 :     "end" => $base_start + $query_stop,
1900 :     "type"=> 'smallbox',
1901 :     "color"=> $query_color,
1902 :     "zlayer" => "3",
1903 :     "links_list" => $query_links_list,
1904 :     "description" => $query_descriptions
1905 :     };
1906 :     push(@$query_data,$element_hash);
1907 :    
1908 :     $gd->add_line($query_data, $query_config);
1909 : arodri7 1.25
1910 : arodri7 1.41
1911 : arodri7 1.58 $element_hash = {
1912 : arodri7 1.41 "title" => $peg,
1913 : arodri7 1.58 "start" => $base_start + ($query_start-$hit_start),
1914 :     "end" => $base_start + (($query_start-$hit_start)+$ln_hit),
1915 : arodri7 1.41 "type"=> 'box',
1916 :     "color"=> $color,
1917 :     "zlayer" => "2",
1918 : arodri7 1.58 "links_list" => $hit_links_list,
1919 :     "description" => $hit_descriptions
1920 : arodri7 1.41 };
1921 : arodri7 1.58 push(@$line_data,$element_hash);
1922 :    
1923 :     $element_hash = {
1924 :     "title" => $peg . ': HIT AREA',
1925 :     "start" => $base_start + $query_start,
1926 :     "end" => $base_start + $query_stop,
1927 :     "type"=> 'smallbox',
1928 :     "color"=> $hit_color,
1929 :     "zlayer" => "3",
1930 :     "links_list" => $hit_links_list,
1931 :     "description" => $hit_descriptions
1932 :     };
1933 :     push(@$line_data,$element_hash);
1934 :    
1935 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1936 :    
1937 :     my $breaker = [];
1938 :     my $breaker_hash = {};
1939 :     my $breaker_config = { 'no_middle_line' => "1" };
1940 :    
1941 :     push (@$breaker, $breaker_hash);
1942 :     $gd->add_line($breaker, $breaker_config);
1943 :    
1944 : arodri7 1.25 return ($gd);
1945 :     }
1946 :    
1947 : mkubal 1.34 =head3 display_domain_composition()
1948 :    
1949 :     If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1950 :    
1951 :     =cut
1952 :    
1953 :     sub display_domain_composition {
1954 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
1955 : mkubal 1.34
1956 : arodri7 1.45 #$fig = new FIG;
1957 : mkubal 1.34 my $peg = $self->acc;
1958 :    
1959 :     my $line_data = [];
1960 :     my $links_list = [];
1961 :     my $descriptions = [];
1962 :    
1963 :     my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1964 : arodri7 1.45 #my @domain_query_results = ();
1965 : mkubal 1.34 foreach $dqr (@domain_query_results){
1966 :     my $key = @$dqr[1];
1967 :     my @parts = split("::",$key);
1968 :     my $db = $parts[0];
1969 :     my $id = $parts[1];
1970 :     my $val = @$dqr[2];
1971 :     my $from;
1972 :     my $to;
1973 :     my $evalue;
1974 :    
1975 :     if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1976 :     my $raw_evalue = $1;
1977 :     $from = $2;
1978 :     $to = $3;
1979 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1980 :     my $part2 = 1000 - $1;
1981 :     my $part1 = $2/100;
1982 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
1983 :     }
1984 :     else{
1985 :     $evalue = "0.0";
1986 :     }
1987 :     }
1988 :    
1989 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1990 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1991 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1992 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1993 : mkubal 1.34 my ($name_value,$description_value);
1994 :    
1995 :     if($db eq "CDD"){
1996 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1997 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1998 :     $name_title = "name";
1999 :     $name_value = "not available";
2000 :     $description_title = "description";
2001 :     $description_value = "not available";
2002 :     }
2003 :     else{
2004 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
2005 :     $name_value = $cdd_obj->term;
2006 :     $description_value = $cdd_obj->description;
2007 :     }
2008 :     }
2009 :    
2010 :     my $domain_name;
2011 :     $domain_name = {"title" => "name",
2012 : arodri7 1.45 "value" => $name_value};
2013 : mkubal 1.34 push(@$descriptions,$domain_name);
2014 :    
2015 :     my $description;
2016 :     $description = {"title" => "description",
2017 :     "value" => $description_value};
2018 :     push(@$descriptions,$description);
2019 :    
2020 :     my $score;
2021 :     $score = {"title" => "score",
2022 :     "value" => $evalue};
2023 :     push(@$descriptions,$score);
2024 :    
2025 :     my $link_id = $id;
2026 :     my $link;
2027 :     my $link_url;
2028 :     if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
2029 : arodri7 1.53 elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
2030 : mkubal 1.34 else{$link_url = "NO_URL"}
2031 :    
2032 :     $link = {"link_title" => $name_value,
2033 :     "link" => $link_url};
2034 :     push(@$links_list,$link);
2035 :    
2036 :     my $domain_element_hash = {
2037 :     "title" => $peg,
2038 :     "start" => $from,
2039 :     "end" => $to,
2040 :     "type"=> 'box',
2041 :     "zlayer" => '4',
2042 :     "links_list" => $links_list,
2043 :     "description" => $descriptions
2044 :     };
2045 :    
2046 :     push(@$line_data,$domain_element_hash);
2047 :    
2048 :     #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
2049 :     last;
2050 :     }
2051 :    
2052 :     my $line_config = { 'title' => $peg,
2053 : paczian 1.47 'hover_title' => 'Domain',
2054 : mkubal 1.34 'short_title' => $peg,
2055 :     'basepair_offset' => '1' };
2056 : arodri7 1.45
2057 : mkubal 1.34 $gd->add_line($line_data, $line_config);
2058 :    
2059 :     return ($gd);
2060 :    
2061 :     }
2062 :    
2063 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
2064 : arodri7 1.10
2065 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
2066 :     This code will display a table for the similarities protein
2067 :    
2068 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
2069 :    
2070 :     =cut
2071 :    
2072 : mkubal 1.24 sub display_table {
2073 : arodri7 1.60 my ($self,$dataset, $show_columns, $query_fid, $fig, $application, $cgi) = @_;
2074 :     my ($count, $data, $content, %box_column, $subsystems_column, $evidence_column, %e_identical, $function_color, @ids);
2075 :    
2076 :     my $scroll_list;
2077 :     foreach my $col (@$show_columns){
2078 :     push (@$scroll_list, $col->{key});
2079 :     }
2080 : arodri7 1.53
2081 : arodri7 1.60 push (@ids, $query_fid);
2082 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
2083 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
2084 :     push (@ids, $thing->acc);
2085 :     }
2086 :    
2087 : arodri7 1.60 $lineages = $fig->taxonomy_list() if (grep /lineage/, @$scroll_list);
2088 :     my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids) if ( (grep /evidence/, @$scroll_list) || (grep /(pfam|mw)/, @$scroll_list) );
2089 : arodri7 1.35
2090 :     # get the column for the subsystems
2091 : arodri7 1.60 $subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig,$cgi,'hash') if (grep /subsystem/, @$scroll_list);
2092 : arodri7 1.35
2093 :     # get the column for the evidence codes
2094 : arodri7 1.60 $evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'hash') if (grep /^evidence$/, @$scroll_list);
2095 : arodri7 1.35
2096 :     # get the column for pfam_domain
2097 : arodri7 1.60 $pfam_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'pfam', 'PFAM', 'hash') if (grep /^pfam$/, @$scroll_list);
2098 :    
2099 :     # get the column for molecular weight
2100 :     $mw_column = &get_attrb_column(\@ids, \@attributes, $fig, $cgi, 'mw', 'molecular_weight', 'hash') if (grep /^mw$/, @$scroll_list);
2101 :    
2102 :     # get the column for organism's habitat
2103 :     my $habitat_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'habitat', 'Habitat', 'hash') if (grep /^habitat$/, @$scroll_list);
2104 :    
2105 :     # get the column for organism's temperature optimum
2106 :     my $temperature_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temperature', 'Optimal_Temperature', 'hash') if (grep /^temperature$/, @$scroll_list);
2107 : arodri7 1.41
2108 : arodri7 1.60 # get the column for organism's temperature range
2109 :     my $temperature_range_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'temp_range', 'Temperature_Range', 'hash') if (grep /^temp_range$/, @$scroll_list);
2110 :    
2111 :     # get the column for organism's oxygen requirement
2112 :     my $oxygen_req_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'oxygen', 'Oxygen_Requirement', 'hash') if (grep /^oxygen$/, @$scroll_list);
2113 :    
2114 :     # get the column for organism's pathogenicity
2115 :     my $pathogenic_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic', 'Pathogenic', 'hash') if (grep /^pathogenic$/, @$scroll_list);
2116 :    
2117 :     # get the column for organism's pathogenicity host
2118 :     my $pathogenic_in_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'pathogenic_in', 'Pathogenic_In', 'hash') if (grep /^pathogenic_in$/, @$scroll_list);
2119 :    
2120 :     # get the column for organism's salinity
2121 :     my $salinity_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'salinity', 'Salinity', 'hash') if (grep /^salinity$/, @$scroll_list);
2122 :    
2123 :     # get the column for organism's motility
2124 :     my $motility_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'motility', 'Motility', 'hash') if (grep /^motility$/, @$scroll_list);
2125 :    
2126 :     # get the column for organism's gram stain
2127 :     my $gram_stain_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gram_stain', 'Gram_Stain', 'hash') if (grep /^gram_stain$/, @$scroll_list);
2128 :    
2129 :     # get the column for organism's endospores
2130 :     my $endospores_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'endospores', 'Endospores', 'hash') if (grep /^endospores$/, @$scroll_list);
2131 :    
2132 :     # get the column for organism's shape
2133 :     my $shape_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'shape', 'Shape', 'hash') if (grep /^shape$/, @$scroll_list);
2134 :    
2135 :     # get the column for organism's disease
2136 :     my $disease_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'disease', 'Disease', 'hash') if (grep /^disease$/, @$scroll_list);
2137 :    
2138 :     # get the column for organism's disease
2139 :     my $gc_content_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'gc_content', 'GC_Content', 'hash') if (grep /^gc_content$/, @$scroll_list);
2140 :    
2141 :     # get the column for transmembrane domains
2142 :     my $transmembrane_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'transmembrane', 'Phobius::transmembrane', 'hash') if (grep /^transmembrane$/, @$scroll_list);
2143 :    
2144 :     # get the column for similar to human
2145 :     my $similar_to_human_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'similar_to_human', 'similar_to_human', 'hash') if (grep /^similar_to_human$/, @$scroll_list);
2146 :    
2147 :     # get the column for signal peptide
2148 :     my $signal_peptide_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'signal_peptide', 'Phobius::signal', 'hash') if (grep /^signal_peptide$/, @$scroll_list);
2149 :    
2150 :     # get the column for transmembrane domains
2151 :     my $isoelectric_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'isoelectric', 'isoelectric_point', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2152 :    
2153 :     # get the column for conserved neighborhood
2154 :     my $cons_neigh_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'conserved_neighborhood', undef, 'hash') if (grep /^conserved_neighborhood$/, @$scroll_list);
2155 :    
2156 :     # get the column for cellular location
2157 :     my $cell_location_column = &get_attrb_column(\@ids, undef, $fig, $cgi, 'cellular_location', 'PSORT::', 'hash') if (grep /^isoelectric$/, @$scroll_list);
2158 :    
2159 :     # get the aliases
2160 :     my $alias_col;
2161 :     if ( (grep /asap_id/, @$scroll_list) || (grep /ncbi_id/, @$scroll_list) ||
2162 :     (grep /refseq_id/, @$scroll_list) || (grep /swissprot_id/, @$scroll_list) ||
2163 :     (grep /uniprot_id/, @$scroll_list) || (grep /tigr_id/, @$scroll_list) ||
2164 :     (grep /kegg_id/, @$scroll_list) || (grep /pir_id/, @$scroll_list) ||
2165 :     (grep /trembl_id/, @$scroll_list) || (grep /jgi_id/, @$scroll_list) ) {
2166 :     $alias_col = &get_db_aliases(\@ids,$fig,'all',$cgi,'hash');
2167 :     }
2168 :    
2169 : arodri7 1.58 # get the colors for the function cell
2170 :     my $functions = $fig->function_of_bulk(\@ids,1);
2171 : arodri7 1.60 $functional_color = &get_function_color_cell($functions, $fig);
2172 : arodri7 1.58 my $query_function = $fig->function_of($query_fid);
2173 :    
2174 : arodri7 1.60 my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
2175 : arodri7 1.31
2176 : olson 1.57 my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2177 : arodri7 1.55 my $figfams = new FFs($figfam_data);
2178 : arodri7 1.53
2179 : arodri7 1.58 my $func_color_offset=0;
2180 : arodri7 1.60 unshift(@$dataset, $query_fid);
2181 : arodri7 1.58 foreach my $thing ( @$dataset){
2182 : arodri7 1.60 my ($id, $taxid, $iden, $ln1,$ln2,$b1,$b2,$e1,$e2,$d1,$d2,$color1,$color2,$reg1,$reg2);
2183 :     if ($thing eq $query_fid){
2184 :     $id = $thing;
2185 :     $taxid = $fig->genome_of($id);
2186 :     $organism = $fig->genus_species($taxid);
2187 :     $current_function = $fig->function_of($id);
2188 :     }
2189 :     else{
2190 :     next if ($thing->class ne "SIM");
2191 :    
2192 :     $id = $thing->acc;
2193 :     $evalue = $thing->evalue;
2194 :     $taxid = $fig->genome_of($id);
2195 :     $iden = $thing->identity;
2196 :     $organism= $thing->organism;
2197 :     $ln1 = $thing->qlength;
2198 :     $ln2 = $thing->hlength;
2199 :     $b1 = $thing->qstart;
2200 :     $e1 = $thing->qstop;
2201 :     $b2 = $thing->hstart;
2202 :     $e2 = $thing->hstop;
2203 :     $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
2204 :     $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
2205 :     $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
2206 :     $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
2207 :     $reg1 = {'data'=> "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)", 'highlight' => $color1};
2208 :     $reg2 = {'data'=> "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)", 'highlight' => $color2};
2209 :     $current_function = $thing->function;
2210 :     }
2211 :    
2212 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
2213 :     $count++;
2214 :    
2215 : arodri7 1.58 # organisms cell
2216 :     my ($org, $org_color) = $fig->org_and_color_of($id);
2217 : arodri7 1.60 my $org_cell = { 'data' => $organism, 'highlight' => $org_color};
2218 : arodri7 1.11
2219 : arodri7 1.58 # checkbox cell
2220 : arodri7 1.60 my ($box_cell,$tax, $radio_cell);
2221 : arodri7 1.29 my $field_name = "tables_" . $id;
2222 : arodri7 1.58 my $pair_name = "visual_" . $id;
2223 :     my $cell_name = "cell_". $id;
2224 :     my $replace_id = $id;
2225 :     $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2226 : arodri7 1.60 my $white = '#ffffff';
2227 :     $white = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2228 :     $org_color = '#999966' if ($id eq $query_fid);
2229 : arodri7 1.58 my $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2230 :     if ($id =~ /^fig\|/){
2231 : arodri7 1.60 my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a><input type="checkbox" name="seq" value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name','$cell_name');">);
2232 :     my $radio = qq(<input type="radio" name="function_select" value="$id" id="$field_name" >);
2233 : arodri7 1.58 $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2234 : arodri7 1.60 $radio_cell = { 'data'=>$radio, 'highlight'=>$white};
2235 :     $tax = $fig->genome_of($id);
2236 : arodri7 1.58 }
2237 :     else{
2238 :     my $box = qq(<a name="$anchor_name"></a>);
2239 :     $box_cell = { 'data'=>$box, 'highlight'=>$org_color};
2240 :     }
2241 :    
2242 : arodri7 1.31 # get the linked fig id
2243 : arodri7 1.58 my $anchor_link = "graph_" . $replace_id;
2244 :     my $fig_data = "<table><tr><td>" . &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "</td>" . "&nbsp;" x 2;
2245 : parrello 1.59 $fig_data .= qq(<td><img height='10px' width='20px' src='./Html/anchor_alignment.png' alt='View Graphic View of Alignment' onClick='changeSimsLocation("$anchor_link", 0)'/></td></tr></table>);
2246 : arodri7 1.58 my $fig_col = {'data'=> $fig_data,
2247 : arodri7 1.60 'highlight'=>$white};
2248 :    
2249 :     $replace_id = $peg;
2250 :     $replace_id =~ s/\|/_/ig;
2251 :     $anchor_name = "anchor_". $replace_id;
2252 :     my $query_config = { 'title' => "Query",
2253 :     'short_title' => "Query",
2254 :     'title_link' => "changeSimsLocation('$replace_id')",
2255 :     'basepair_offset' => '0'
2256 :     };
2257 : arodri7 1.58
2258 :     # function cell
2259 :     my $function_cell_colors = {0=>"#ffffff", 1=>"#eeccaa", 2=>"#ffaaaa",
2260 :     3=>"#ffcc66", 4=>"#ffff00", 5=>"#aaffaa",
2261 :     6=>"#bbbbff", 7=>"#ffaaff", 8=>"#dddddd"};
2262 : arodri7 1.60
2263 :     my $function_color;
2264 :     if ( (defined($functional_color->{$query_function})) && ($functional_color->{$query_function} == 1) ){
2265 :     $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function} - $func_color_offset};
2266 :     }
2267 :     else{
2268 :     $function_color = $function_cell_colors->{ $functional_color->{$current_function}};
2269 :     }
2270 : arodri7 1.58 my $function_cell;
2271 :     if ($current_function){
2272 :     if ($current_function eq $query_function){
2273 :     $function_cell = {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$function_cell_colors->{0}};
2274 :     $func_color_offset=1;
2275 :     }
2276 :     else{
2277 : arodri7 1.60 $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => $function_color};
2278 : arodri7 1.58 }
2279 : arodri7 1.31 }
2280 : arodri7 1.58 else{
2281 :     $function_cell = {'data'=>$current_function,'highlight' => "#dddddd"};
2282 : arodri7 1.28 }
2283 : arodri7 1.58
2284 : arodri7 1.60 if ($id eq $query_fid){
2285 :     push (@$single_domain, $box_cell, {'data'=>qq~<i>Query Sequence: </i>~ . qq~<b>$id</b>~ , 'highlight'=>$white}, {'data'=> 'n/a', 'highlight'=>$white},
2286 :     {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white}, {'data'=>'n/a', 'highlight'=>$white},
2287 :     {'data' => $organism, 'highlight'=> $white}, {'data'=>$current_function, 'highlight'=>$white}); # permanent columns
2288 :     }
2289 :     else{
2290 :     push (@$single_domain, $box_cell, $fig_col, {'data'=> $evalue, 'highlight'=>"#ffffff"},
2291 :     {'data'=>"$iden\%", 'highlight'=>"#ffffff"}, $reg1, $reg2, $org_cell, $function_cell); # permanent columns
2292 :     }
2293 :    
2294 :     if ( ( $application->session->user) ){
2295 :     if ( ($application->session->user->login) && ($application->session->user->login eq "arodri")){
2296 :     push (@$single_domain,$radio_cell);
2297 :     }
2298 :     }
2299 :    
2300 : arodri7 1.55 my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2301 :    
2302 : arodri7 1.60 foreach my $col (@$scroll_list){
2303 :     if ($id eq $query_fid) { $highlight_color = "#999966"; }
2304 :     else { $highlight_color = "#ffffff"; }
2305 :    
2306 :     if ($col =~ /subsystem/) {push(@$single_domain,{'data'=>$subsystems_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2307 :     elsif ($col =~ /evidence/) {push(@$single_domain,{'data'=>$evidence_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2308 :     elsif ($col =~ /pfam/) {push(@$single_domain,{'data'=>$pfam_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2309 :     elsif ($col =~ /mw/) {push(@$single_domain,{'data'=>$mw_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2310 :     elsif ($col =~ /habitat/) {push(@$single_domain,{'data'=>$habitat_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2311 :     elsif ($col =~ /temperature/) {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2312 :     elsif ($col =~ /temp_range/) {push(@$single_domain,{'data'=>$temperature_range_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2313 :     elsif ($col =~ /oxygen/) {push(@$single_domain,{'data'=>$oxygen_req_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2314 :     elsif ($col =~ /^pathogenic$/) {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2315 :     elsif ($col =~ /^pathogenic_in$/) {push(@$single_domain,{'data'=>$pathogenic_in_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2316 :     elsif ($col =~ /salinity/) {push(@$single_domain,{'data'=>$salinity_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2317 :     elsif ($col =~ /motility/) {push(@$single_domain,{'data'=>$motility_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2318 :     elsif ($col =~ /gram_stain/) {push(@$single_domain,{'data'=>$gram_stain_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2319 :     elsif ($col =~ /endospores/) {push(@$single_domain,{'data'=>$endospores_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2320 :     elsif ($col =~ /shape/) {push(@$single_domain,{'data'=>$shape_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2321 :     elsif ($col =~ /disease/) {push(@$single_domain,{'data'=>$disease_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2322 :     elsif ($col =~ /gc_content/) {push(@$single_domain,{'data'=>$gc_content_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2323 :     elsif ($col =~ /transmembrane/) {push(@$single_domain,{'data'=>$transmembrane_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2324 :     elsif ($col =~ /signal_peptide/) {push(@$single_domain,{'data'=>$signal_peptide_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2325 :     elsif ($col =~ /isoelectric/) {push(@$single_domain,{'data'=>$isoelectric_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2326 :     elsif ($col =~ /conserved_neighborhood/) {push(@$single_domain,{'data'=>$cons_neigh_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2327 :     elsif ($col =~ /cellular_location/) {push(@$single_domain,{'data'=>$cell_location_column->{$id},'highlight'=>$highlight_color});}
2328 :     elsif ($col =~ /ncbi_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"NCBI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2329 :     elsif ($col =~ /refseq_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"RefSeq"},'highlight'=>$highlight_color});}
2330 :     elsif ($col =~ /swissprot_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"SwissProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2331 :     elsif ($col =~ /uniprot_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"UniProt"},'highlight'=>$highlight_color});}
2332 :     elsif ($col =~ /tigr_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TIGR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2333 :     elsif ($col =~ /pir_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"PIR"},'highlight'=>$highlight_color});}
2334 :     elsif ($col =~ /kegg_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"KEGG"},'highlight'=>$highlight_color});}
2335 :     elsif ($col =~ /trembl_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"},'highlight'=>$highlight_color});}
2336 :     elsif ($col =~ /asap_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"ASAP"},'highlight'=>$highlight_color});}
2337 :     elsif ($col =~ /jgi_id/) {push(@$single_domain,{'data'=>$alias_col->{$id}->{"JGI"},'highlight'=>$highlight_color});}
2338 :     elsif ($col =~ /lineage/) {push(@$single_domain,{'data'=>$lineages->{$tax},'highlight'=>$highlight_color});}
2339 :     elsif ($col =~ /figfam/) {push(@$single_domain,{'data'=>"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>",'highlight'=>$highlight_color});}
2340 : arodri7 1.32 }
2341 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
2342 :     }
2343 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
2344 :     $content = $data;
2345 : arodri7 1.10 }
2346 : arodri7 1.26 else{
2347 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2348 :     }
2349 : arodri7 1.60 shift(@$dataset);
2350 : arodri7 1.10 return ($content);
2351 :     }
2352 : arodri7 1.11
2353 : arodri7 1.29 sub get_box_column{
2354 :     my ($ids) = @_;
2355 :     my %column;
2356 :     foreach my $id (@$ids){
2357 :     my $field_name = "tables_" . $id;
2358 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
2359 : arodri7 1.58 my $cell_name = "cell_" . $id;
2360 :     $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name', '$cell_name');">);
2361 : arodri7 1.29 }
2362 :     return (%column);
2363 :     }
2364 :    
2365 : arodri7 1.60 sub get_figfam_column{
2366 :     my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2367 :     my $column;
2368 :    
2369 :     my $figfam_data = &FIG::get_figfams_data();
2370 :     my $figfams = new FFs($figfam_data);
2371 :    
2372 :     foreach my $id (@$ids){
2373 :     my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2374 :     if ($ff){
2375 :     push (@$column, "<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");
2376 :     }
2377 :     else{
2378 :     push (@$column, " ");
2379 :     }
2380 :     }
2381 :    
2382 :     return $column;
2383 :     }
2384 :    
2385 : arodri7 1.29 sub get_subsystems_column{
2386 : arodri7 1.60 my ($ids,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2387 : arodri7 1.29
2388 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2389 : arodri7 1.60 my ($column, $ss);
2390 : arodri7 1.29 foreach my $id (@$ids){
2391 : arodri7 1.32 my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2392 :     my @subsystems;
2393 :    
2394 : arodri7 1.29 if (@in_sub > 0) {
2395 : arodri7 1.32 foreach my $array(@in_sub){
2396 : arodri7 1.60 my $ss = $array->[0];
2397 : arodri7 1.41 $ss =~ s/_/ /ig;
2398 :     push (@subsystems, "-" . $ss);
2399 : arodri7 1.32 }
2400 :     my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2401 : arodri7 1.60 $ss->{$id} = $in_sub_line;
2402 : arodri7 1.29 } else {
2403 : arodri7 1.60 $ss->{$id} = "None added";
2404 : arodri7 1.29 }
2405 : arodri7 1.60 push (@$column, $ss->{$id});
2406 :     }
2407 :    
2408 :     if ($returnType eq 'hash') { return $ss; }
2409 :     elsif ($returnType eq 'array') { return $column; }
2410 :     }
2411 :    
2412 :     sub get_lineage_column{
2413 :     my ($ids, $fig, $cgi) = @_;
2414 :    
2415 :     my $lineages = $fig->taxonomy_list();
2416 :    
2417 :     foreach my $id (@$ids){
2418 :     my $genome = $fig->genome_of($id);
2419 :     if ($lineages->{$genome}){
2420 :     # push (@$column, qq~<table style='border-style:hidden;'><tr><td style='background-color: #ffffff;'>~ . $lineages->{$genome} . qq~</td></tr</table>~);
2421 :     push (@$column, $lineages->{$genome});
2422 :     }
2423 :     else{
2424 :     push (@$column, " ");
2425 :     }
2426 : arodri7 1.29 }
2427 : arodri7 1.60 return $column;
2428 : arodri7 1.29 }
2429 :    
2430 : arodri7 1.58 sub match_color {
2431 :     my ( $b, $e, $n , $rgb) = @_;
2432 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
2433 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
2434 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
2435 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
2436 :     my $br = 1;
2437 :     if ($rgb){
2438 :     return html2rgb( rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) ) );
2439 :     }
2440 :     else{
2441 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
2442 :     }
2443 :     }
2444 :    
2445 :     sub hsb2rgb {
2446 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
2447 :     $h = 6 * ($h - floor($h));
2448 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
2449 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
2450 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
2451 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
2452 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
2453 :     )
2454 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
2455 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
2456 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
2457 :     );
2458 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
2459 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
2460 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
2461 :     )
2462 :     }
2463 :    
2464 :     sub html2rgb {
2465 :     my ($hex) = @_;
2466 :     my ($r,$g,$b) = ($hex) =~ /^\#(\w\w)(\w\w)(\w\w)/;
2467 :     my $code = { 'A'=>10, 'B'=>11, 'C'=>12, 'D'=>13, 'E'=>14, 'F'=>15,
2468 :     1=>1, 2=>2, 3=>3, 4=>4, 5=>5, 6=>6, 7=>7, 8=>8, 9=>9};
2469 :    
2470 :     my @R = split(//, $r);
2471 :     my @G = split(//, $g);
2472 :     my @B = split(//, $b);
2473 :    
2474 :     my $red = ($code->{uc($R[0])}*16)+$code->{uc($R[1])};
2475 :     my $green = ($code->{uc($G[0])}*16)+$code->{uc($G[1])};
2476 :     my $blue = ($code->{uc($B[0])}*16)+$code->{uc($B[1])};
2477 :    
2478 :     my $rgb = [$red, $green, $blue];
2479 :     return $rgb;
2480 :    
2481 :     }
2482 :    
2483 :     sub rgb2html {
2484 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
2485 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
2486 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
2487 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
2488 :     sprintf("#%02x%02x%02x", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
2489 :     }
2490 :    
2491 :     sub floor {
2492 :     my $x = $_[0];
2493 :     defined( $x ) || return undef;
2494 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
2495 :     }
2496 :    
2497 :     sub get_function_color_cell{
2498 :     my ($functions, $fig) = @_;
2499 :    
2500 :     # figure out the quantity of each function
2501 :     my %hash;
2502 :     foreach my $key (keys %$functions){
2503 :     my $func = $functions->{$key};
2504 :     $hash{$func}++;
2505 :     }
2506 :    
2507 :     my %func_colors;
2508 :     my $count = 1;
2509 :     foreach my $key (sort {$hash{$b}<=>$hash{$a}} keys %hash){
2510 :     $func_colors{$key}=$count;
2511 :     $count++;
2512 :     }
2513 :    
2514 :     return \%func_colors;
2515 :     }
2516 :    
2517 : arodri7 1.31 sub get_essentially_identical{
2518 : arodri7 1.41 my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2519 :     #my $fig = new FIG;
2520 :    
2521 : arodri7 1.31 my %id_list;
2522 : arodri7 1.41 #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2523 : arodri7 1.31
2524 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$dataset){
2525 :     if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2526 :     my $rows = $thing->rows;
2527 :     my $count_identical = 0;
2528 :     foreach my $row (@$rows) {
2529 :     my $id = $row->[0];
2530 :     if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2531 :     $id_list{$id} = 1;
2532 :     }
2533 :     }
2534 :     }
2535 : arodri7 1.31 }
2536 : arodri7 1.41
2537 :     # foreach my $id (@maps_to) {
2538 :     # if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2539 :     # $id_list{$id} = 1;
2540 :     # }
2541 :     # }
2542 : arodri7 1.31 return(%id_list);
2543 :     }
2544 :    
2545 :    
2546 : arodri7 1.29 sub get_evidence_column{
2547 : arodri7 1.60 my ($ids,$attributes,$fig,$cgi,$returnType) = @_;
2548 :     my ($column, $code_attributes);
2549 :    
2550 :     if (! defined $attributes) {
2551 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2552 :     $attributes = \@attributes_array;
2553 :     }
2554 : arodri7 1.29
2555 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2556 : arodri7 1.29 foreach my $key (@codes){
2557 : arodri7 1.60 push (@{$code_attributes->{$key->[0]}}, $key);
2558 : arodri7 1.29 }
2559 :    
2560 :     foreach my $id (@$ids){
2561 :     # add evidence code with tool tip
2562 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
2563 :    
2564 : arodri7 1.60 my @codes = @{$code_attributes->{$id}} if (defined @{$code_attributes->{$id}});
2565 : arodri7 1.41 my @ev_codes = ();
2566 :     foreach my $code (@codes) {
2567 :     my $pretty_code = $code->[2];
2568 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
2569 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2570 :     $ss =~ s/_/ /g;
2571 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2572 :     }
2573 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
2574 :     }
2575 : arodri7 1.60
2576 : arodri7 1.29 if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2577 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2578 :     $ev_codes = $cgi->a(
2579 :     {
2580 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2581 :     }
2582 : arodri7 1.60
2583 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id}=$ev_codes; }
2584 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, $ev_codes); }
2585 : arodri7 1.29 }
2586 : arodri7 1.60 return $column;
2587 : arodri7 1.29 }
2588 :    
2589 : arodri7 1.60 sub get_attrb_column{
2590 :     my ($ids, $attributes, $fig, $cgi, $colName, $attrbName, $returnType) = @_;
2591 :    
2592 :     my ($column, %code_attributes, %attribute_locations);
2593 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2594 : arodri7 1.60 -host => $WebConfig::DBHOST,
2595 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
2596 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
2597 :    
2598 :     if ($colName eq "pfam"){
2599 :     if (! defined $attributes) {
2600 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2601 :     $attributes = \@attributes_array;
2602 :     }
2603 : arodri7 1.33
2604 : arodri7 1.60 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2605 :     foreach my $key (@codes){
2606 :     my $name = $key->[1];
2607 :     if ($name =~ /_/){
2608 :     ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2609 :     }
2610 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2611 :     push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2612 :     }
2613 :    
2614 :     foreach my $id (@$ids){
2615 :     # add pfam code
2616 :     my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2617 :     my @pfam_codes = "";
2618 :     my %description_codes;
2619 :    
2620 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2621 :     my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2622 :     @pfam_codes = ();
2623 :    
2624 :     # get only unique values
2625 :     my %saw;
2626 :     foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2627 :     @ncodes = keys %saw;
2628 :    
2629 :     foreach my $code (@ncodes) {
2630 :     my @parts = split("::",$code);
2631 :     my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2632 :    
2633 :     # get the locations for the domain
2634 :     my @locs;
2635 :     foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2636 :     my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2637 :     push (@locs,$loc);
2638 :     }
2639 :     my %locsaw;
2640 :     foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2641 :     @locs = keys %locsaw;
2642 :    
2643 :     my $locations = join (", ", @locs);
2644 :    
2645 :     if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2646 :     push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2647 :     }
2648 :     else {
2649 :     my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2650 :     $description_codes{$parts[1]} = $description->[0]->{term};
2651 :     push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2652 :     }
2653 :     }
2654 :    
2655 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join("<br><br>", @pfam_codes); }
2656 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join("<br><br>", @pfam_codes)); }
2657 :     }
2658 : arodri7 1.41 }
2659 : arodri7 1.33 }
2660 : arodri7 1.60 elsif ($colName eq 'cellular_location'){
2661 :     if (! defined $attributes) {
2662 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2663 :     $attributes = \@attributes_array;
2664 :     }
2665 : arodri7 1.33
2666 : arodri7 1.60 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2667 :     foreach my $key (@codes){
2668 :     my ($loc) = ($key->[1]) =~ /::(.*)/;
2669 :     my ($new_loc, @all);
2670 :     @all = split (//, $loc);
2671 :     my $count = 0;
2672 :     foreach my $i (@all){
2673 :     if ( ($i eq uc($i)) && ($count > 0) ){
2674 :     $new_loc .= " " . $i;
2675 :     }
2676 :     else{
2677 :     $new_loc .= $i;
2678 : arodri7 1.40 }
2679 : arodri7 1.60 $count++;
2680 :     }
2681 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, [$new_loc, $key->[2]]);
2682 :     }
2683 :    
2684 :     foreach my $id (@$ids){
2685 :     my (@values, $entry);
2686 :     #@values = (" ");
2687 :     if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2688 :     my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2689 :     foreach my $code (@ncodes){
2690 :     push (@values, $code->[0] . ", " . $code->[1]);
2691 :     }
2692 :     }
2693 :     else{
2694 :     @values = ("Not available");
2695 :     }
2696 : arodri7 1.41
2697 : arodri7 1.60 if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2698 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2699 :     }
2700 :     }
2701 :     elsif ( ($colName eq 'mw') || ($colName eq 'transmembrane') || ($colName eq 'similar_to_human') ||
2702 :     ($colName eq 'signal_peptide') || ($colName eq 'isoelectric') ){
2703 :     if (! defined $attributes) {
2704 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes($ids);
2705 :     $attributes = \@attributes_array;
2706 :     }
2707 :    
2708 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^$attrbName/i } @$attributes;
2709 :     foreach my $key (@codes){
2710 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $key->[2]);
2711 :     }
2712 :    
2713 :     foreach my $id (@$ids){
2714 :     my (@values, $entry);
2715 :     #@values = (" ");
2716 :     if (defined @{$code_attributes{$id}}){
2717 :     my @ncodes = @{$code_attributes{$id}};
2718 :     foreach my $code (@ncodes){
2719 :     push (@values, $code);
2720 : arodri7 1.33 }
2721 :     }
2722 : arodri7 1.60 else{
2723 :     @values = ("Not available");
2724 :     }
2725 :    
2726 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2727 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2728 :     }
2729 :     }
2730 :     elsif ( ($colName eq 'habitat') || ($colName eq 'temperature') || ($colName eq 'temp_range') ||
2731 :     ($colName eq 'oxygen') || ($colName eq 'pathogenic') || ($colName eq 'pathogenic_in') ||
2732 :     ($colName eq 'salinity') || ($colName eq 'motility') || ($colName eq 'gram_stain') ||
2733 :     ($colName eq 'endospores') || ($colName eq 'shape') || ($colName eq 'disease') ||
2734 :     ($colName eq 'gc_content') ) {
2735 :     if (! defined $attributes) {
2736 :     my @attributes_array = $fig->get_attributes(undef,$attrbName);
2737 :     $attributes = \@attributes_array;
2738 :     }
2739 :    
2740 :     my $genomes_with_phenotype;
2741 :     foreach my $attribute (@$attributes){
2742 :     my $genome = $attribute->[0];
2743 :     $genomes_with_phenotype->{$genome} = $attribute->[2];
2744 : arodri7 1.33 }
2745 :    
2746 : arodri7 1.60 foreach my $id (@$ids){
2747 :     my $genome = $fig->genome_of($id);
2748 :     my @values = (' ');
2749 :     if (defined $genomes_with_phenotype->{$genome}){
2750 :     push (@values, $genomes_with_phenotype->{$genome});
2751 :     }
2752 :     if ($returnType eq 'hash') { $column->{$id} = join ("<BR>", @values); }
2753 :     elsif ($returnType eq 'array') { push (@$column, join ("<BR>", @values)); }
2754 :     }
2755 : arodri7 1.33 }
2756 : arodri7 1.60
2757 :     return $column;
2758 : arodri7 1.33 }
2759 : mkubal 1.12
2760 : arodri7 1.31
2761 : arodri7 1.60 sub get_db_aliases {
2762 :     my ($ids,$fig,$db,$cgi,$returnType) = @_;
2763 :    
2764 :     my $db_array;
2765 : arodri7 1.41 my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2766 :     foreach my $id (@$ids){
2767 :     foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2768 :     my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2769 : arodri7 1.60 next if ( ($id_db ne $db) && ($db ne 'all') );
2770 :     next if ($aliases->{$id}->{$db});
2771 : arodri7 1.41 $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2772 : arodri7 1.28 }
2773 : arodri7 1.60 if (!defined( $aliases->{$id}->{$db})){
2774 :     $aliases->{$id}->{$db} = " ";
2775 :     }
2776 :     #push (@$db_array, {'data'=> $aliases->{$id}->{$db},'highlight'=>"#ffffff"});
2777 :     push (@$db_array, $aliases->{$id}->{$db});
2778 : arodri7 1.28 }
2779 : arodri7 1.60
2780 :     if ($returnType eq 'hash') { return $aliases; }
2781 :     elsif ($returnType eq 'array') { return $db_array; }
2782 : arodri7 1.28 }
2783 :    
2784 : arodri7 1.60
2785 :    
2786 : arodri7 1.33 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2787 :    
2788 : arodri7 1.26 sub color {
2789 : paczian 1.44 my ($evalue) = @_;
2790 :     my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
2791 : arodri7 1.26 my $color;
2792 : paczian 1.44 if ($evalue <= 1e-170){ $color = $palette->[0]; }
2793 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = $palette->[1]; }
2794 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = $palette->[2]; }
2795 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = $palette->[3]; }
2796 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = $palette->[4]; }
2797 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = $palette->[5]; }
2798 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = $palette->[6]; }
2799 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = $palette->[7]; }
2800 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = $palette->[8]; }
2801 :     else{ $color = $palette->[9]; }
2802 : arodri7 1.26 return ($color);
2803 :     }
2804 : arodri7 1.13
2805 :    
2806 :     ############################
2807 :     package Observation::Cluster;
2808 :    
2809 :     use base qw(Observation);
2810 :    
2811 :     sub new {
2812 :    
2813 :     my ($class,$dataset) = @_;
2814 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2815 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
2816 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
2817 :     return $self;
2818 :     }
2819 :    
2820 :     sub display {
2821 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2822 : mkubal 1.24
2823 : arodri7 1.53 $taxes = $fig->taxonomy_list();
2824 :    
2825 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
2826 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
2827 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
2828 : arodri7 1.41 my $range = $gd_window_size;
2829 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
2830 : arodri7 1.38 my $gene_associations={};
2831 : arodri7 1.13
2832 :     #get the organism genome
2833 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2834 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2835 :     $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2836 :     $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2837 : arodri7 1.13
2838 :     # get location of the gene
2839 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
2840 :     my ($contig, $beg, $end);
2841 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
2842 : arodri7 1.13
2843 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2844 :     $contig = $1;
2845 :     $beg = $2;
2846 :     $end = $3;
2847 :     }
2848 :    
2849 : arodri7 1.22 my $offset;
2850 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
2851 :     if ($beg < $end)
2852 :     {
2853 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range);
2854 :     $region_end = $end+ ($range);
2855 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2856 : arodri7 1.13 }
2857 :     else
2858 :     {
2859 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range);
2860 :     $region_end = $beg+($range);
2861 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2862 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2863 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2864 : arodri7 1.21 }
2865 : arodri7 1.13
2866 :     # call genes in region
2867 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2868 : arodri7 1.42 #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2869 :     # push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2870 :     #}
2871 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
2872 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
2873 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2874 : mkubal 1.14
2875 :     my %all_genes;
2876 :     my %all_genomes;
2877 : arodri7 1.42 foreach my $feature (@$target_gene_features){
2878 :     #if ($feature =~ /peg/){
2879 :     $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2880 :     #}
2881 :     }
2882 :    
2883 : arodri7 1.41 my @selected_sims;
2884 : arodri7 1.16
2885 : arodri7 1.40 if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2886 : arodri7 1.37 # get the selected boxes
2887 : arodri7 1.38 my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2888 : arodri7 1.37
2889 :     # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2890 : arodri7 1.41 if (@selected_taxonomy > 0){
2891 :     foreach my $sim (@$sims_array){
2892 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2893 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2894 : arodri7 1.37
2895 : arodri7 1.41 #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2896 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2897 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2898 : arodri7 1.53 my $lineage = $taxes->{$genome};
2899 :     #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2900 : arodri7 1.38 foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2901 :     if ($lineage =~ /$taxon/){
2902 : arodri7 1.41 #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2903 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2904 : arodri7 1.38 }
2905 : arodri7 1.37 }
2906 :     }
2907 :     }
2908 : arodri7 1.40 else{
2909 :     my $simcount = 0;
2910 : arodri7 1.41 foreach my $sim (@$sims_array){
2911 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2912 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2913 :    
2914 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2915 : arodri7 1.40 $simcount++;
2916 :     last if ($simcount > 4);
2917 :     }
2918 :     }
2919 : arodri7 1.16
2920 : arodri7 1.41 my %saw;
2921 :     @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2922 :    
2923 : arodri7 1.37 # get the gene context for the sorted matches
2924 :     foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2925 :     #get the organism genome
2926 :     my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2927 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2928 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2929 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2930 : arodri7 1.37
2931 :     # get location of the gene
2932 :     my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2933 :     my ($contig, $beg, $end);
2934 :    
2935 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2936 :     $contig = $1;
2937 :     $beg = $2;
2938 :     $end = $3;
2939 :     }
2940 :    
2941 :     my $offset;
2942 :     my ($region_start, $region_end);
2943 :     if ($beg < $end)
2944 :     {
2945 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range/2);
2946 :     $region_end = $end+($range/2);
2947 : arodri7 1.38 $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
2948 : arodri7 1.37 }
2949 :     else
2950 :     {
2951 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range/2);
2952 :     $region_end = $beg+($range/2);
2953 : arodri7 1.38 $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2954 :     $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2955 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2956 : arodri7 1.37 }
2957 :    
2958 :     # call genes in region
2959 :     my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2960 :     push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2961 :     push (@start_array_region, $offset);
2962 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2963 :     $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2964 : arodri7 1.16 }
2965 : mkubal 1.14
2966 :     }
2967 : arodri7 1.41
2968 : arodri7 1.42 #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2969 : arodri7 1.38 # cluster the genes
2970 :     my @all_pegs = keys %all_genes;
2971 :     my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2972 : arodri7 1.42 #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2973 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
2974 : arodri7 1.21
2975 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
2976 :     my $sample_peg = @$region[0];
2977 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2978 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2979 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2980 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2981 : arodri7 1.53 my $lineage = $taxes->{$region_genome};
2982 :     #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2983 : arodri7 1.40 #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2984 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2985 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
2986 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
2987 :     };
2988 :    
2989 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
2990 : arodri7 1.16
2991 : arodri7 1.40 my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
2992 : arodri7 1.25 'short_title' => "",
2993 : arodri7 1.38 'basepair_offset' => '0',
2994 :     'no_middle_line' => '1'
2995 : arodri7 1.25 };
2996 :    
2997 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
2998 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
2999 :    
3000 :     # initialize variables to check for overlap in genes
3001 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
3002 :     my $major_line_flag = 0;
3003 :     my $prev_second_flag = 0;
3004 :    
3005 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
3006 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
3007 : mkubal 1.14 my $element_hash;
3008 :     my $links_list = [];
3009 :     my $descriptions = [];
3010 : arodri7 1.38
3011 :     my $color = $color_sets->{$fid1};
3012 : arodri7 1.26
3013 : arodri7 1.18 # get subsystem information
3014 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
3015 : paczian 1.44 my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
3016 : arodri7 1.18
3017 :     my $link;
3018 :     $link = {"link_title" => $fid1,
3019 :     "link" => $url_link};
3020 :     push(@$links_list,$link);
3021 :    
3022 : arodri7 1.41 my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
3023 :     my @subsystems;
3024 :     foreach my $array (@subs){
3025 :     my $subsystem = $$array[0];
3026 :     my $ss = $subsystem;
3027 :     $ss =~ s/_/ /ig;
3028 :     push (@subsystems, $ss);
3029 : arodri7 1.18 my $link;
3030 : paczian 1.44 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
3031 : arodri7 1.41 "link_title" => $ss};
3032 : arodri7 1.18 push(@$links_list,$link);
3033 :     }
3034 : arodri7 1.41
3035 :     if ($fid1 eq $fid){
3036 :     my $link;
3037 :     $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
3038 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
3039 :     push (@$links_list,$link);
3040 :     }
3041 :    
3042 : arodri7 1.18 my $description_function;
3043 :     $description_function = {"title" => "function",
3044 :     "value" => $function};
3045 :     push(@$descriptions,$description_function);
3046 :    
3047 :     my $description_ss;
3048 : arodri7 1.41 my $ss_string = join (", ", @subsystems);
3049 : arodri7 1.18 $description_ss = {"title" => "subsystems",
3050 :     "value" => $ss_string};
3051 :     push(@$descriptions,$description_ss);
3052 :    
3053 : arodri7 1.16
3054 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
3055 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
3056 :     my($start,$stop);
3057 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
3058 :     $stop = $3 - $offsetting;
3059 : arodri7 1.25
3060 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
3061 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
3062 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
3063 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
3064 :     $second_line_flag = 1;
3065 :     $major_line_flag = 1;
3066 :     }
3067 :     }
3068 :     $prev_start = $start;
3069 :     $prev_stop = $stop;
3070 :     $prev_fig = $fid1;
3071 :    
3072 : arodri7 1.58 if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_gnes{$fid1})){
3073 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
3074 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
3075 :     }
3076 :    
3077 : arodri7 1.41 my $title = $fid1;
3078 :     if ($fid1 eq $fid){
3079 :     $title = "My query gene: $fid1";
3080 :     }
3081 :    
3082 : mkubal 1.14 $element_hash = {
3083 : arodri7 1.41 "title" => $title,
3084 : mkubal 1.14 "start" => $start,
3085 :     "end" => $stop,
3086 :     "type"=> 'arrow',
3087 :     "color"=> $color,
3088 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
3089 :     "links_list" => $links_list,
3090 :     "description" => $descriptions
3091 : mkubal 1.14 };
3092 : arodri7 1.25
3093 :     # if there is an overlap, put into second line
3094 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3095 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3096 : arodri7 1.41
3097 :     if ($fid1 eq $fid){
3098 :     $element_hash = {
3099 :     "title" => 'Query',
3100 :     "start" => $start,
3101 :     "end" => $stop,
3102 :     "type"=> 'bigbox',
3103 :     "color"=> $color,
3104 :     "zlayer" => "1"
3105 :     };
3106 :    
3107 :     # if there is an overlap, put into second line
3108 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
3109 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
3110 :     }
3111 : mkubal 1.14 }
3112 :     }
3113 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
3114 : arodri7 1.40 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
3115 : mkubal 1.14 }
3116 : arodri7 1.41 return ($gd, \@selected_sims);
3117 : mkubal 1.14 }
3118 :    
3119 : arodri7 1.38 sub cluster_genes {
3120 :     my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
3121 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
3122 :    
3123 :     my @color_sets = ();
3124 :    
3125 :     $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
3126 :    
3127 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3128 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
3129 :     if (! $seen{$i}) {
3130 :     $cluster = [$i];
3131 :     $seen{$i} = 1;
3132 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
3133 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
3134 :     foreach $k (@$x) {
3135 :     if (! $seen{$k}) {
3136 :     push(@$cluster,$k);
3137 :     $seen{$k} = 1;
3138 :     }
3139 :     }
3140 :     }
3141 :    
3142 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
3143 :     push(@color_sets,$cluster);
3144 :     }
3145 :     }
3146 :     }
3147 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
3148 :     $red_set = $color_sets[$i];
3149 :     splice(@color_sets,$i,1);
3150 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
3151 :     unshift(@color_sets,$red_set);
3152 :    
3153 :     my $color_sets = {};
3154 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
3155 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
3156 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
3157 :     }
3158 :     }
3159 :     return $color_sets;
3160 :     }
3161 :    
3162 :     sub get_connections_by_similarity {
3163 :     my($fig,$all_pegs) = @_;
3164 :     my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
3165 :     my($sim,%conn,$x,$y);
3166 :    
3167 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3168 :     $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
3169 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
3170 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
3171 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
3172 :     }
3173 :     }
3174 :    
3175 :     foreach $y (keys(%pos_of)) {
3176 : arodri7 1.41 $x = $pos_of{$y};
3177 : arodri7 1.38 for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
3178 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
3179 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
3180 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
3181 :     }
3182 :     }
3183 :     }
3184 :    
3185 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
3186 : arodri7 1.42 foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
3187 : arodri7 1.38 if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
3188 :     foreach $y (@$x) {
3189 :     push(@{$conn{$i}},$y);
3190 :     }
3191 :     }
3192 :     }
3193 :     }
3194 :     return \%conn;
3195 :     }
3196 :    
3197 :     sub in {
3198 :     my($x,$xL) = @_;
3199 :     my($i);
3200 :    
3201 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
3202 :     return ($i < @$xL);
3203 :     }
3204 : arodri7 1.41
3205 :     #############################################
3206 :     #############################################
3207 :     package Observation::Commentary;
3208 :    
3209 :     use base qw(Observation);
3210 :    
3211 :     =head3 display_protein_commentary()
3212 :    
3213 :     =cut
3214 :    
3215 :     sub display_protein_commentary {
3216 :     my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
3217 :    
3218 :     my $all_rows = [];
3219 :     my $content;
3220 :     #my $fig = new FIG;
3221 :     my $cgi = new CGI;
3222 :     my $count = 0;
3223 :     my $peg_array = [];
3224 : arodri7 1.60 my ($evidence_column, $subsystems_column, %e_identical);
3225 : arodri7 1.41
3226 :     if (@$dataset != 1){
3227 :     foreach my $thing (@$dataset){
3228 :     if ($thing->class eq "SIM"){
3229 :     push (@$peg_array, $thing->acc);
3230 :     }
3231 :     }
3232 :     # get the column for the evidence codes
3233 : arodri7 1.60 $evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array, undef, $fig, $cgi, 'hash');
3234 : arodri7 1.41
3235 :     # get the column for the subsystems
3236 : arodri7 1.60 $subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig, $cgi, 'array');
3237 : arodri7 1.41
3238 :     # get essentially identical seqs
3239 :     %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
3240 :     }
3241 :     else{
3242 :     push (@$peg_array, @$dataset);
3243 :     }
3244 :    
3245 :     my $selected_sims = [];
3246 :     foreach my $id (@$peg_array){
3247 :     last if ($count > 10);
3248 :     my $row_data = [];
3249 :     my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
3250 :     $org = $fig->org_of($id);
3251 :     $function = $fig->function_of($id);
3252 :     if ($mypeg ne $id){
3253 : paczian 1.47 $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
3254 :     $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3255 : arodri7 1.41 if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
3256 :     }
3257 :     else{
3258 :     $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
3259 : paczian 1.47 $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
3260 :     $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
3261 : arodri7 1.41 }
3262 :    
3263 :     push(@$row_data,$id_cell);
3264 :     push(@$row_data,$org);
3265 : arodri7 1.60 push(@$row_data, $subsystems_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3266 :     push(@$row_data, $evidence_column->{$id}) if ($mypeg ne $id);
3267 : arodri7 1.41 push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
3268 :     push(@$row_data,$function_cell);
3269 :     push(@$all_rows,$row_data);
3270 :     push (@$selected_sims, $id);
3271 :     $count++;
3272 :     }
3273 :    
3274 :     if ($count >0){
3275 :     $content = $all_rows;
3276 :     }
3277 :     else{
3278 :     $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
3279 :     }
3280 :     return ($content,$selected_sims);
3281 :     }
3282 :    
3283 :     sub display_protein_history {
3284 :     my ($self, $id,$fig) = @_;
3285 :     my $all_rows = [];
3286 :     my $content;
3287 :    
3288 :     my $cgi = new CGI;
3289 :     my $count = 0;
3290 :     foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
3291 :     my $row = [];
3292 :     my $col1 = $feat->[2];
3293 :     my $col2 = $feat->[1];
3294 :     #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
3295 :     my $text = $feat->[3];
3296 :    
3297 :     push (@$row, $col1);
3298 :     push (@$row, $col2);
3299 :     push (@$row, $text);
3300 :     push (@$all_rows, $row);
3301 :     $count++;
3302 :     }
3303 :     if ($count > 0){
3304 :     $content = $all_rows;
3305 :     }
3306 :     else {
3307 :     $content = "There is no history for this PEG";
3308 :     }
3309 :    
3310 :     return($content);
3311 :     }
3312 : arodri7 1.58

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3