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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.55 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : paczian 1.54 #use lib '/vol/ontologies';
4 : mkubal 1.19 use DBMaster;
5 : mkubal 1.34 use Data::Dumper;
6 : mkubal 1.19
7 : mkubal 1.1 require Exporter;
8 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9 :    
10 : paczian 1.44 use WebColors;
11 : paczian 1.52 use WebConfig;
12 : paczian 1.44
13 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
14 : mkubal 1.30 #use strict;
15 : arodri7 1.16 #use warnings;
16 : arodri7 1.9 use HTML;
17 : arodri7 1.55 use FFs;
18 : mkubal 1.1
19 :     1;
20 :    
21 :     =head1 NAME
22 :    
23 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
24 :    
25 :     =head1 DESCRIPTION
26 :    
27 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
28 :     single interface to this data.
29 :    
30 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
31 :    
32 :     =cut
33 :    
34 :     =head1 BACKGROUND
35 :    
36 :     =head2 Data incorporated in the Observations
37 :    
38 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
39 :    
40 :     =head3 SEED core evidence
41 :    
42 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
43 :    
44 :     =head3 Attribute based Evidence
45 :    
46 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
47 :    
48 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
49 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
50 :    
51 :     =head1 METHODS
52 :    
53 :     The public methods this package provides are listed below:
54 :    
55 :    
56 : mkubal 1.24 =head3 context()
57 :    
58 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
59 : mkubal 1.1
60 :     =cut
61 :    
62 : mkubal 1.24 sub context {
63 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
64 :    
65 : mkubal 1.24 return $self->{context};
66 : mkubal 1.1 }
67 :    
68 : mkubal 1.24 =head3 rows()
69 : mkubal 1.1
70 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
71 : mkubal 1.1
72 : mkubal 1.24 =cut
73 :    
74 :     sub rows {
75 :     my ($self) = @_;
76 :    
77 :     return $self->{rows};
78 :     }
79 :    
80 :     =head3 acc()
81 :    
82 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
83 : mkubal 1.1
84 :     =cut
85 :    
86 : mkubal 1.24 sub acc {
87 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
88 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
89 : mkubal 1.1 }
90 :    
91 : arodri7 1.40 =head3 query()
92 :    
93 :     The query id
94 :    
95 :     =cut
96 :    
97 :     sub query {
98 :     my ($self) = @_;
99 :     return $self->{query};
100 :     }
101 :    
102 :    
103 : mkubal 1.1 =head3 class()
104 :    
105 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
106 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
107 : mkubal 1.7
108 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
109 :    
110 :     =over 9
111 :    
112 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
113 :    
114 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
115 : mkubal 1.1
116 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
117 : mkubal 1.1
118 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
119 : mkubal 1.1
120 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
121 : mkubal 1.1
122 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
123 : mkubal 1.1
124 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
125 : mkubal 1.1
126 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
127 : mkubal 1.1
128 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
129 : mkubal 1.1
130 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
131 :    
132 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
133 : mkubal 1.1
134 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
135 : mkubal 1.1
136 :     =back
137 :    
138 :     =cut
139 :    
140 :     sub class {
141 :     my ($self) = @_;
142 :    
143 :     return $self->{class};
144 :     }
145 :    
146 :     =head3 type()
147 :    
148 :     The type of evidence (required).
149 :    
150 :     Where type is one of the following:
151 :    
152 :     =over 8
153 :    
154 :     =item seq=Sequence similarity
155 :    
156 :     =item dom=domain based match
157 :    
158 :     =item loc=Localization of the feature
159 :    
160 :     =item fc=Functional coupling.
161 :    
162 :     =back
163 :    
164 :     =cut
165 :    
166 :     sub type {
167 :     my ($self) = @_;
168 :    
169 : arodri7 1.26 return $self->{type};
170 : mkubal 1.1 }
171 :    
172 :     =head3 start()
173 :    
174 :     Start of hit in query sequence.
175 :    
176 :     =cut
177 :    
178 :     sub start {
179 :     my ($self) = @_;
180 :    
181 :     return $self->{start};
182 :     }
183 :    
184 :     =head3 end()
185 :    
186 :     End of the hit in query sequence.
187 :    
188 :     =cut
189 :    
190 :     sub stop {
191 :     my ($self) = @_;
192 :    
193 :     return $self->{stop};
194 :     }
195 :    
196 : arodri7 1.11 =head3 start()
197 :    
198 :     Start of hit in query sequence.
199 :    
200 :     =cut
201 :    
202 :     sub qstart {
203 :     my ($self) = @_;
204 :    
205 :     return $self->{qstart};
206 :     }
207 :    
208 :     =head3 qstop()
209 :    
210 :     End of the hit in query sequence.
211 :    
212 :     =cut
213 :    
214 :     sub qstop {
215 :     my ($self) = @_;
216 :    
217 :     return $self->{qstop};
218 :     }
219 :    
220 :     =head3 hstart()
221 :    
222 :     Start of hit in hit sequence.
223 :    
224 :     =cut
225 :    
226 :     sub hstart {
227 :     my ($self) = @_;
228 :    
229 :     return $self->{hstart};
230 :     }
231 :    
232 :     =head3 end()
233 :    
234 :     End of the hit in hit sequence.
235 :    
236 :     =cut
237 :    
238 :     sub hstop {
239 :     my ($self) = @_;
240 :    
241 :     return $self->{hstop};
242 :     }
243 :    
244 :     =head3 qlength()
245 :    
246 :     length of the query sequence in similarities
247 :    
248 :     =cut
249 :    
250 :     sub qlength {
251 :     my ($self) = @_;
252 :    
253 :     return $self->{qlength};
254 :     }
255 :    
256 :     =head3 hlength()
257 :    
258 :     length of the hit sequence in similarities
259 :    
260 :     =cut
261 :    
262 :     sub hlength {
263 :     my ($self) = @_;
264 :    
265 :     return $self->{hlength};
266 :     }
267 :    
268 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
269 :    
270 :     E-value or P-Value if present.
271 :    
272 :     =cut
273 :    
274 :     sub evalue {
275 :     my ($self) = @_;
276 :    
277 :     return $self->{evalue};
278 :     }
279 :    
280 :     =head3 score()
281 :    
282 :     Score if present.
283 :    
284 :     =cut
285 :    
286 :     sub score {
287 :     my ($self) = @_;
288 :     return $self->{score};
289 :     }
290 :    
291 : mkubal 1.12 =head3 display()
292 : mkubal 1.1
293 : mkubal 1.12 will be different for each type
294 : mkubal 1.1
295 :     =cut
296 :    
297 : mkubal 1.7 sub display {
298 : mkubal 1.1
299 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
300 : mkubal 1.1
301 :     }
302 :    
303 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
304 : mkubal 1.7
305 : mkubal 1.24 will be different for each type
306 : mkubal 1.1
307 : mkubal 1.24 =cut
308 : mkubal 1.1
309 : mkubal 1.24 sub display_table {
310 :    
311 :     die "Abstract Table Method Called\n";
312 : mkubal 1.1
313 :     }
314 :    
315 :     =head3 get_objects()
316 :    
317 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
318 :    
319 :     =cut
320 :    
321 :     sub get_objects {
322 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;
323 : paczian 1.44
324 : mkubal 1.7 my $objects = [];
325 :     my @matched_datasets=();
326 : mkubal 1.1
327 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
328 :     # returns an array of arrays of hashes
329 :    
330 : mkubal 1.24 if($scope){
331 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
332 : mkubal 1.7 }
333 :     else{
334 :     my %domain_classes;
335 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
336 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
337 : arodri7 1.41 $domain_classes{'PFAM'} = 1;
338 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
339 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
340 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);
341 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
342 :     get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344 : mkubal 1.1 }
345 : mkubal 1.7
346 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
347 :     my $object;
348 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
349 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
350 :     }
351 : arodri7 1.41 elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
352 : arodri7 1.9 $object = Observation::FC->new($dataset);
353 :     }
354 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
355 : arodri7 1.9 $object = Observation::Identical->new($dataset);
356 :     }
357 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
358 : mkubal 1.12 $object = Observation::Location->new($dataset);
359 :     }
360 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
361 : arodri7 1.10 $object = Observation::Sims->new($dataset);
362 :     }
363 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
364 : arodri7 1.15 $object = Observation::Cluster->new($dataset);
365 :     }
366 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
367 : mkubal 1.20 $object = Observation::PDB->new($dataset);
368 :     }
369 :    
370 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
371 : mkubal 1.1 }
372 : mkubal 1.7
373 :     return $objects;
374 : mkubal 1.1
375 :     }
376 :    
377 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
378 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
379 :    
380 :     =cut
381 :     sub display_housekeeping {
382 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig) = @_;
383 :     my $content = [];
384 :     my $row = [];
385 : arodri7 1.28
386 :     my $org_name = $fig->org_of($fid);
387 : arodri7 1.45 my $org_id = $fig->genome_of($fid);
388 : arodri7 1.28 my $function = $fig->function_of($fid);
389 : arodri7 1.41 #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
390 :     my $length = $fig->translation_length($fid);
391 :    
392 :     push (@$row, $org_name);
393 :     push (@$row, $fid);
394 :     push (@$row, $length);
395 :     push (@$row, $function);
396 :    
397 :     # initialize the table for commentary and annotations
398 :     #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
399 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
400 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
401 :     #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
402 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
403 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
404 :     #$content .= qq(</table><p>\n);
405 :    
406 :     push(@$content, $row);
407 : arodri7 1.28
408 :     return ($content);
409 :     }
410 :    
411 :     =head3 get_sims_summary
412 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
413 :    
414 :     =cut
415 :    
416 :     sub get_sims_summary {
417 : arodri7 1.53 my ($observation, $dataset, $fig) = @_;
418 : arodri7 1.28 my %families;
419 : arodri7 1.53 my $taxes = $fig->taxonomy_list();
420 :    
421 : arodri7 1.42 foreach my $thing (@$dataset) {
422 : arodri7 1.53 my ($id, $evalue);
423 :     if ($thing =~ /fig\|/){
424 :     $id = $thing;
425 :     $evalue = -1;
426 :     }
427 :     else{
428 :     next if ($thing->class ne "SIM");
429 :     $id = $thing->acc;
430 :     $evalue = $thing->evalue;
431 :     }
432 : arodri7 1.42 next if ($id !~ /fig\|/);
433 :     next if ($fig->is_deleted_fid($id));
434 : arodri7 1.53
435 : arodri7 1.42 my $genome = $fig->genome_of($id);
436 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
437 : arodri7 1.53 my $taxonomy = $taxes->{$genome};
438 : arodri7 1.28 my $parent_tax = "Root";
439 : arodri7 1.38 my @currLineage = ($parent_tax);
440 : arodri7 1.53 push (@{$families{figs}{$parent_tax}}, $id);
441 :     my $level = 2;
442 : arodri7 1.28 foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
443 : arodri7 1.53 push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax) if ($tax ne $parent_tax);
444 :     push (@{$families{figs}{$tax}}, $id) if ($tax ne $parent_tax);
445 :     $families{level}{$tax} = $level;
446 : arodri7 1.38 push (@currLineage, $tax);
447 : arodri7 1.28 $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
448 : arodri7 1.38 $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
449 : arodri7 1.39 if (defined ($families{evalue}{$tax})){
450 : arodri7 1.53 if ($evalue < $families{evalue}{$tax}){
451 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
452 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
453 : arodri7 1.39 }
454 :     }
455 :     else{
456 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
457 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
458 : arodri7 1.39 }
459 :    
460 : arodri7 1.28 $parent_tax = $tax;
461 : arodri7 1.53 $level++;
462 : arodri7 1.28 }
463 :     }
464 :    
465 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
466 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
467 :    
468 :     my %saw;
469 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
470 :     $families{children}{$key} = \@out;
471 :     }
472 : arodri7 1.53
473 :     return \%families;
474 : arodri7 1.28 }
475 :    
476 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
477 :    
478 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
479 :    
480 :     B<Please do not use them outside of this package!>
481 :    
482 :     =cut
483 :    
484 : arodri7 1.39 sub get_taxcolor{
485 :     my ($evalue) = @_;
486 :     my $color;
487 : arodri7 1.53 if ($evalue == -1){ $color = "black"; }
488 :     elsif (($evalue <= 1e-170) && ($evalue >= 0)){ $color = "#FF2000"; }
489 : arodri7 1.39 elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = "#FF3300"; }
490 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = "#FF6600"; }
491 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = "#FF9900"; }
492 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = "#FFCC00"; }
493 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = "#FFFF00"; }
494 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = "#CCFF00"; }
495 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = "#66FF00"; }
496 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = "#00FF00"; }
497 :     else{ $color = "#6666FF"; }
498 :     return ($color);
499 :     }
500 :    
501 :    
502 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
503 :    
504 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
505 : arodri7 1.41 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
506 : mkubal 1.7
507 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
508 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
509 :     my @parts = split("::",$key);
510 :     my $class = $parts[0];
511 : arodri7 1.50 my $name = $parts[1];
512 :     next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
513 :    
514 : mkubal 1.7 if($domain_classes->{$parts[0]}){
515 :     my $val = @$attr_ref[2];
516 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
517 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
518 : mkubal 1.8 my $from = $2;
519 :     my $to = $3;
520 : mkubal 1.7 my $evalue;
521 : arodri7 1.50 if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
522 : mkubal 1.7 my $part2 = 1000 - $1;
523 :     my $part1 = $2/100;
524 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
525 :     }
526 : arodri7 1.50 elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
527 :     $evalue=$raw_evalue;
528 :     }
529 : mkubal 1.7 else{
530 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
531 : mkubal 1.7 }
532 :    
533 :     my $dataset = {'class' => $class,
534 :     'acc' => $key,
535 :     'type' => "dom" ,
536 :     'evalue' => $evalue,
537 :     'start' => $from,
538 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
539 :     'fig_id' => $fid,
540 :     'score' => $raw_evalue
541 : mkubal 1.7 };
542 :    
543 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
544 :     }
545 :     }
546 :     }
547 :     }
548 : mkubal 1.12
549 :     sub get_attribute_based_location_observations{
550 :    
551 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
552 :     #my $fig = new FIG;
553 : mkubal 1.12
554 : mkubal 1.30 my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
555 : mkubal 1.12
556 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
557 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
558 :     'fig_id' => $fid
559 :     };
560 :    
561 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
562 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
563 : mkubal 1.30 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/) && ($key !~/Phobius/) );
564 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
565 :     my $sub_class = $parts[0];
566 :     my $sub_key = $parts[1];
567 :     my $value = @$attr_ref[2];
568 :     if($sub_class eq "SignalP"){
569 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
570 :     my @value_parts = split(";",$value);
571 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
572 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
573 :     }
574 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
575 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
576 :     }
577 :     }
578 : mkubal 1.30
579 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "CELLO"){
580 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
581 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
582 :     }
583 : mkubal 1.30
584 :     elsif($sub_class eq "Phobius"){
585 :     if($sub_key eq "transmembrane"){
586 :     $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
587 :     }
588 :     elsif($sub_key eq "signal"){
589 :     $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
590 :     }
591 :     }
592 :    
593 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "TMPRED"){
594 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
595 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
596 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
597 :     }
598 :     }
599 :    
600 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
601 :    
602 :     }
603 :    
604 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
605 :    
606 :     This methods sets the type and class for pdb observations
607 :    
608 :     =cut
609 :    
610 :     sub get_pdb_observations{
611 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
612 : mkubal 1.20
613 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
614 : mkubal 1.20
615 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
616 : mkubal 1.20 my $key = @$attr_ref[1];
617 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
618 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
619 :     my $value = @$attr_ref[2];
620 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
621 :    
622 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
623 :     my $part2 = 1000 - $1;
624 :     my $part1 = $2/100;
625 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
626 :     }
627 :    
628 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
629 :    
630 :     my $url = @$attr_ref[3];
631 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
632 :     'type' => 'seq' ,
633 :     'acc' => $key2,
634 :     'evalue' => $evalue,
635 :     'start' => $start,
636 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
637 :     'fig_id' => $fid
638 : mkubal 1.20 };
639 :    
640 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
641 :     }
642 :     }
643 :    
644 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
645 :    
646 :     This methods sets the type and class for cluster observations
647 :    
648 :     =cut
649 :    
650 :     sub get_cluster_observations{
651 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
652 : arodri7 1.15
653 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
654 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
655 :     'context' => $scope,
656 :     'fig_id' => $fid
657 : arodri7 1.16 };
658 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
659 :     }
660 :    
661 :    
662 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
663 :    
664 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
665 :    
666 :     =cut
667 :    
668 :     sub get_sims_observations{
669 :    
670 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
671 :     #my $fig = new FIG;
672 : arodri7 1.42 my @sims= $fig->sims($fid,500,10,"fig");
673 : mkubal 1.4 my ($dataset);
674 : arodri7 1.26
675 :     foreach my $sim (@sims){
676 : arodri7 1.42 next if ($fig->is_deleted_fid($sim->[1]));
677 : arodri7 1.26 my $hit = $sim->[1];
678 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
679 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
680 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
681 :     my $qto = $sim->[7];
682 :     my $hfrom = $sim->[8];
683 :     my $hto = $sim->[9];
684 :     my $qlength = $sim->[12];
685 :     my $hlength = $sim->[13];
686 :     my $db = get_database($hit);
687 :     my $func = $fig->function_of($hit);
688 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
689 :    
690 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
691 : arodri7 1.40 'query' => $sim->[0],
692 : arodri7 1.10 'acc' => $hit,
693 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
694 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
695 :     'evalue' => $evalue,
696 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
697 :     'qstop' => $qto,
698 :     'hstart' => $hfrom,
699 :     'hstop' => $hto,
700 :     'database' => $db,
701 :     'organism' => $organism,
702 :     'function' => $func,
703 :     'qlength' => $qlength,
704 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
705 :     'fig_id' => $fid
706 : arodri7 1.10 };
707 :    
708 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
709 : mkubal 1.3 }
710 :     }
711 :    
712 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
713 :     This method gets the database association from the sequence id
714 :    
715 :     =cut
716 :    
717 :     sub get_database{
718 :     my ($id) = (@_);
719 :    
720 :     my ($db);
721 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
722 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
723 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
724 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
725 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
726 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
727 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
728 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
729 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
730 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
731 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
732 :    
733 :     return ($db);
734 :    
735 :     }
736 :    
737 : mkubal 1.24
738 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
739 :    
740 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
741 :    
742 :     =cut
743 :    
744 :     sub get_identical_proteins{
745 :    
746 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
747 :     #my $fig = new FIG;
748 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
749 : arodri7 1.5
750 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
751 :     foreach my $id (@maps_to) {
752 :     my ($tmp, $who);
753 : arodri7 1.33 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
754 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
755 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
756 : arodri7 1.5 }
757 :     }
758 :    
759 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
760 :     'type' => 'seq',
761 :     'fig_id' => $fid,
762 :     'rows' => $funcs_ref
763 :     };
764 :    
765 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
766 :    
767 : arodri7 1.5
768 :     }
769 :    
770 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
771 :    
772 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
773 :    
774 :     =cut
775 :    
776 :     sub get_functional_coupling{
777 :    
778 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
779 :     #my $fig = new FIG;
780 : arodri7 1.6 my @funcs = ();
781 :    
782 :     # initialize some variables
783 :     my($sc,$neigh);
784 :    
785 :     # set default parameters for coupling and evidence
786 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
787 :    
788 :     # get the fc data
789 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
790 :    
791 :     # retrieve data
792 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
793 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
794 :     } @fc_data;
795 :    
796 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
797 :     'type' => 'fc',
798 :     'fig_id' => $fid,
799 :     'rows' => \@rows
800 :     };
801 :    
802 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
803 : arodri7 1.9
804 : arodri7 1.6 }
805 : arodri7 1.5
806 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
807 :    
808 :     Instantiate a new object.
809 :    
810 :     =cut
811 :    
812 :     sub new {
813 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
814 :    
815 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
816 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
817 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
818 :     score => $dataset->{'score'},
819 : arodri7 1.10 };
820 : mkubal 1.7
821 :     bless($self,$class);
822 : mkubal 1.1
823 :     return $self;
824 :     }
825 :    
826 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
827 :    
828 :     Returns the % identity of the similar sequence
829 :    
830 :     =cut
831 :    
832 :     sub identity {
833 :     my ($self) = @_;
834 :    
835 :     return $self->{identity};
836 :     }
837 :    
838 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
839 :    
840 :     =cut
841 :    
842 :     sub fig_id {
843 :     my ($self) = @_;
844 :     return $self->{fig_id};
845 :     }
846 :    
847 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
848 :    
849 :    
850 :     =cut
851 :    
852 :     sub feature_id {
853 :     my ($self) = @_;
854 :    
855 :     return $self->{feature_id};
856 :     }
857 : arodri7 1.5
858 :     =head3 id (internal)
859 :    
860 :     Returns the ID of the identical sequence
861 :    
862 :     =cut
863 :    
864 :     sub id {
865 :     my ($self) = @_;
866 :    
867 :     return $self->{id};
868 :     }
869 :    
870 :     =head3 organism (internal)
871 :    
872 :     Returns the organism of the identical sequence
873 :    
874 :     =cut
875 :    
876 :     sub organism {
877 :     my ($self) = @_;
878 :    
879 :     return $self->{organism};
880 :     }
881 :    
882 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
883 :    
884 :     Returns the function of the identical sequence
885 :    
886 :     =cut
887 :    
888 :     sub function {
889 :     my ($self) = @_;
890 :    
891 :     return $self->{function};
892 :     }
893 :    
894 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
895 :    
896 :     Returns the database of the identical sequence
897 :    
898 :     =cut
899 :    
900 :     sub database {
901 :     my ($self) = @_;
902 :    
903 :     return $self->{database};
904 :     }
905 :    
906 : mkubal 1.20 ############################################################
907 :     ############################################################
908 :     package Observation::PDB;
909 :    
910 :     use base qw(Observation);
911 :    
912 :     sub new {
913 :    
914 :     my ($class,$dataset) = @_;
915 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
916 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
917 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
918 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
919 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
920 :     bless($self,$class);
921 :     return $self;
922 :     }
923 :    
924 :     =head3 display()
925 :    
926 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
927 :    
928 :     =cut
929 :    
930 :     sub display{
931 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
932 : mkubal 1.20
933 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
934 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
935 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
936 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
937 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
938 : mkubal 1.20
939 :     my $acc = $self->acc;
940 :    
941 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
942 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
943 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
944 :     $pdb_description = "not available";
945 :     $pdb_source = "not available";
946 :     $pdb_ligand = "not available";
947 :     }
948 :     else{
949 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
950 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
951 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
952 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
953 :     }
954 : arodri7 1.6
955 : mkubal 1.20 my $lines = [];
956 :     my $line_data = [];
957 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
958 : paczian 1.47 'hover_title' => 'PDB',
959 : mkubal 1.20 'short_title' => "best PDB",
960 :     'basepair_offset' => '1' };
961 :    
962 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
963 : mkubal 1.20 my $seq = $fig->get_translation($fid);
964 :     my $fid_stop = length($seq);
965 :    
966 :     my $fid_element_hash = {
967 :     "title" => $fid,
968 :     "start" => '1',
969 :     "end" => $fid_stop,
970 :     "color"=> '1',
971 :     "zlayer" => '1'
972 :     };
973 :    
974 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
975 :    
976 :     my $links_list = [];
977 :     my $descriptions = [];
978 :    
979 :     my $name;
980 :     $name = {"title" => 'id',
981 :     "value" => $acc};
982 :     push(@$descriptions,$name);
983 :    
984 :     my $description;
985 :     $description = {"title" => 'pdb description',
986 :     "value" => $pdb_description};
987 :     push(@$descriptions,$description);
988 :    
989 :     my $score;
990 :     $score = {"title" => "score",
991 :     "value" => $self->evalue};
992 :     push(@$descriptions,$score);
993 :    
994 :     my $start_stop;
995 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
996 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
997 :     "value" => $start_stop_value};
998 :     push(@$descriptions,$start_stop);
999 :    
1000 :     my $source;
1001 :     $source = {"title" => "source",
1002 :     "value" => $pdb_source};
1003 :     push(@$descriptions,$source);
1004 :    
1005 :     my $ligand;
1006 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
1007 :     "value" => $pdb_ligand};
1008 :     push(@$descriptions,$ligand);
1009 :    
1010 :     my $link;
1011 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1012 :    
1013 :     $link = {"link_title" => $acc,
1014 :     "link" => $link_url};
1015 :     push(@$links_list,$link);
1016 :    
1017 :     my $pdb_element_hash = {
1018 :     "title" => "PDB homology",
1019 :     "start" => $self->start,
1020 :     "end" => $self->stop,
1021 :     "color"=> '6',
1022 :     "zlayer" => '3',
1023 :     "links_list" => $links_list,
1024 :     "description" => $descriptions};
1025 :    
1026 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1027 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1028 :    
1029 :     return $gd;
1030 :     }
1031 :    
1032 :     1;
1033 : arodri7 1.11
1034 : arodri7 1.9 ############################################################
1035 :     ############################################################
1036 :     package Observation::Identical;
1037 :    
1038 :     use base qw(Observation);
1039 :    
1040 :     sub new {
1041 :    
1042 :     my ($class,$dataset) = @_;
1043 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1044 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1045 :    
1046 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1047 :     return $self;
1048 :     }
1049 :    
1050 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1051 : arodri7 1.6
1052 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1053 :     This code will display a table for the identical protein
1054 :    
1055 :    
1056 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1057 :     dence.
1058 : arodri7 1.6
1059 :     =cut
1060 :    
1061 :    
1062 : mkubal 1.24 sub display_table{
1063 : arodri7 1.41 my ($self,$fig) = @_;
1064 : mkubal 1.24
1065 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1066 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1067 :     my $rows = $self->rows;
1068 :     my $cgi = new CGI;
1069 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1070 :     my $count_identical = 0;
1071 : arodri7 1.9 my $content;
1072 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1073 :     my $id = $row->[0];
1074 :     my $who = $row->[1];
1075 :     my $assignment = $row->[2];
1076 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
1077 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1078 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1079 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1080 :     push(@$single_domain,$organism);
1081 :     push(@$single_domain,$assignment);
1082 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1083 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1084 : arodri7 1.6 }
1085 :    
1086 :     if ($count_identical >0){
1087 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1088 : arodri7 1.6 }
1089 :     else{
1090 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1091 : arodri7 1.6 }
1092 :     return ($content);
1093 :     }
1094 : mkubal 1.7
1095 : arodri7 1.9 1;
1096 :    
1097 :     #########################################
1098 :     #########################################
1099 :     package Observation::FC;
1100 :     1;
1101 :    
1102 :     use base qw(Observation);
1103 :    
1104 :     sub new {
1105 :    
1106 :     my ($class,$dataset) = @_;
1107 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1108 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1109 : arodri7 1.9
1110 :     bless($self,$class);
1111 :     return $self;
1112 :     }
1113 :    
1114 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1115 : arodri7 1.9
1116 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1117 :     This code will display a table for the identical protein
1118 :    
1119 :    
1120 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1121 :     dence.
1122 :    
1123 :     =cut
1124 :    
1125 : mkubal 1.24 sub display_table {
1126 : arodri7 1.9
1127 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1128 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1129 :     my $rows = $self->rows;
1130 :     my $cgi = new CGI;
1131 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1132 :     my $count = 0;
1133 :     my $content;
1134 :    
1135 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1136 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1137 :     $count++;
1138 :    
1139 :     # construct the score link
1140 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1141 :     my $toid = $row->[1];
1142 : paczian 1.44 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1143 :     my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1144 : arodri7 1.9
1145 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1146 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1147 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1148 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1149 :     }
1150 :    
1151 :     if ($count >0){
1152 :     $content = $functional_data;
1153 :     }
1154 :     else
1155 :     {
1156 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1157 :     }
1158 :     return ($content);
1159 :     }
1160 :    
1161 :    
1162 :     #########################################
1163 :     #########################################
1164 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1165 :    
1166 :     use base qw(Observation);
1167 :    
1168 :     sub new {
1169 :    
1170 :     my ($class,$dataset) = @_;
1171 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1172 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1173 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1174 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1175 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1176 :    
1177 :     bless($self,$class);
1178 :     return $self;
1179 :     }
1180 :    
1181 :     sub display {
1182 :     my ($thing,$gd) = @_;
1183 :     my $lines = [];
1184 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1185 :     # 'short_title' => $thing->type,
1186 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1187 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1188 :    
1189 :     my $line_data = [];
1190 :     my $links_list = [];
1191 :     my $descriptions = [];
1192 : mkubal 1.19
1193 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1194 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1195 : arodri7 1.41
1196 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1197 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1198 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1199 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1200 : mkubal 1.7
1201 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1202 :     if($db eq "CDD"){
1203 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1204 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1205 :     $name_title = "name";
1206 :     $name_value = "not available";
1207 :     $description_title = "description";
1208 :     $description_value = "not available";
1209 :     }
1210 :     else{
1211 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1212 :     $name_title = "name";
1213 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1214 :     $description_title = "description";
1215 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1216 :     }
1217 :     }
1218 : arodri7 1.41 elsif($db =~ /PFAM/){
1219 : arodri7 1.50 my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1220 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1221 : arodri7 1.41 if(!scalar(@$pfam_objs)){
1222 :     $name_title = "name";
1223 :     $name_value = "not available";
1224 :     $description_title = "description";
1225 :     $description_value = "not available";
1226 :     }
1227 :     else{
1228 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1229 : arodri7 1.50 $name_title = "name";
1230 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1231 : arodri7 1.41 #$description_title = "description";
1232 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1233 :     }
1234 :     }
1235 :    
1236 :     my $short_title = $thing->acc;
1237 :     $short_title =~ s/::/ - /ig;
1238 : arodri7 1.50 my $new_short_title=$short_title;
1239 :     if ($short_title =~ /interpro/){
1240 :     ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1241 :     }
1242 : arodri7 1.41 my $line_config = { 'title' => $name_value,
1243 : paczian 1.47 'hover_title', => 'Domain',
1244 : arodri7 1.50 'short_title' => $new_short_title,
1245 : arodri7 1.27 'basepair_offset' => '1' };
1246 : mkubal 1.7
1247 : mkubal 1.19 my $name;
1248 : arodri7 1.50 my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1249 : arodri7 1.41 $name = {"title" => $db,
1250 : arodri7 1.50 "value" => $new_id};
1251 : mkubal 1.19 push(@$descriptions,$name);
1252 :    
1253 : arodri7 1.41 # my $description;
1254 :     # $description = {"title" => $description_title,
1255 :     # "value" => $description_value};
1256 :     # push(@$descriptions,$description);
1257 : mkubal 1.7
1258 :     my $score;
1259 :     $score = {"title" => "score",
1260 :     "value" => $thing->evalue};
1261 :     push(@$descriptions,$score);
1262 :    
1263 : arodri7 1.41 my $location;
1264 :     $location = {"title" => "location",
1265 :     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1266 :     push(@$descriptions,$location);
1267 :    
1268 : mkubal 1.7 my $link_id;
1269 : arodri7 1.41 if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1270 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1271 :     }
1272 :    
1273 :     my $link;
1274 : mkubal 1.12 my $link_url;
1275 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1276 : arodri7 1.53 elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1277 : mkubal 1.12 else{$link_url = "NO_URL"}
1278 :    
1279 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1280 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1281 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1282 :    
1283 :     my $element_hash = {
1284 : arodri7 1.41 "title" => $name_value,
1285 : mkubal 1.7 "start" => $thing->start,
1286 :     "end" => $thing->stop,
1287 :     "color"=> $color,
1288 :     "zlayer" => '2',
1289 :     "links_list" => $links_list,
1290 :     "description" => $descriptions};
1291 :    
1292 :     push(@$line_data,$element_hash);
1293 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1294 :    
1295 :     return $gd;
1296 :    
1297 :     }
1298 : arodri7 1.28
1299 :     sub display_table {
1300 :     my ($self,$dataset) = @_;
1301 :     my $cgi = new CGI;
1302 :     my $data = [];
1303 :     my $count = 0;
1304 :     my $content;
1305 :    
1306 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1307 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1308 :     my $single_domain = [];
1309 :     $count++;
1310 :    
1311 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1312 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1313 :    
1314 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1315 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1316 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1317 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1318 : arodri7 1.28
1319 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1320 :     if($db eq "CDD"){
1321 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1322 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1323 :     $name_title = "name";
1324 :     $name_value = "not available";
1325 :     $description_title = "description";
1326 :     $description_value = "not available";
1327 :     }
1328 :     else{
1329 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1330 :     $name_title = "name";
1331 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1332 :     $description_title = "description";
1333 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1334 :     }
1335 :     }
1336 : arodri7 1.51 elsif($db =~ /PFAM/){
1337 :     my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1338 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1339 :     if(!scalar(@$pfam_objs)){
1340 :     $name_title = "name";
1341 :     $name_value = "not available";
1342 :     $description_title = "description";
1343 :     $description_value = "not available";
1344 :     }
1345 :     else{
1346 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1347 :     $name_title = "name";
1348 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1349 :     #$description_title = "description";
1350 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1351 :     }
1352 :     }
1353 : arodri7 1.28
1354 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1355 :    
1356 :     push(@$single_domain,$db);
1357 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1358 :     push(@$single_domain,$name_value);
1359 :     push(@$single_domain,$location);
1360 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1361 :     push(@$single_domain,$description_value);
1362 :     push(@$data,$single_domain);
1363 :     }
1364 :    
1365 :     if ($count >0){
1366 :     $content = $data;
1367 :     }
1368 :     else
1369 :     {
1370 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1371 :     }
1372 :     }
1373 :    
1374 : mkubal 1.7
1375 : arodri7 1.10 #########################################
1376 :     #########################################
1377 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1378 :    
1379 :     use base qw(Observation);
1380 :    
1381 :     sub new {
1382 :    
1383 :     my ($class,$dataset) = @_;
1384 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1385 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1386 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1387 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1388 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1389 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1390 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1391 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1392 : mkubal 1.30 $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1393 :     $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1394 : mkubal 1.12
1395 :     bless($self,$class);
1396 :     return $self;
1397 :     }
1398 :    
1399 : mkubal 1.36 sub display_cello {
1400 : arodri7 1.45 my ($thing) = @_;
1401 : mkubal 1.36 my $html;
1402 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1403 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1404 :     if($cello_location){
1405 : arodri7 1.40 $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1406 :     #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1407 : mkubal 1.36 }
1408 :     return ($html);
1409 :     }
1410 :    
1411 : mkubal 1.12 sub display {
1412 : arodri7 1.41 my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1413 : mkubal 1.12
1414 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1415 : arodri7 1.41 #my $fig= new FIG;
1416 : mkubal 1.12 my $length = length($fig->get_translation($fid));
1417 :    
1418 :     my $cleavage_prob;
1419 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1420 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1421 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1422 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1423 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1424 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1425 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1426 :    
1427 : mkubal 1.30 my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1428 :     my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1429 :    
1430 : mkubal 1.12 my $lines = [];
1431 :    
1432 :     #color is
1433 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1434 : mkubal 1.36
1435 :     =pod=
1436 :    
1437 : mkubal 1.12 if($cello_location){
1438 :     my $cello_descriptions = [];
1439 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1440 :    
1441 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1442 :     'short_title' => 'CELLO',
1443 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1444 : arodri7 1.28 'basepair_offset' => '1' };
1445 :    
1446 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1447 :     "value" => $cello_location};
1448 :    
1449 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1450 :    
1451 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1452 :     "value" => $cello_score};
1453 :    
1454 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1455 :    
1456 :     my $element_hash = {
1457 :     "title" => "CELLO",
1458 : mkubal 1.34 "color"=> $color,
1459 : mkubal 1.12 "start" => "1",
1460 :     "end" => $length + 1,
1461 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1462 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1463 :    
1464 :     push(@$line_data,$element_hash);
1465 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1466 : mkubal 1.12 }
1467 :    
1468 : arodri7 1.28 $color = "2";
1469 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1470 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1471 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1472 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1473 :     'basepair_offset' => '1' };
1474 :    
1475 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1476 :     my $descriptions = [];
1477 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1478 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1479 :     "value" => $tmpred_score};
1480 :    
1481 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1482 :    
1483 :     my $element_hash = {
1484 :     "title" => "transmembrane location",
1485 :     "start" => $begin + 1,
1486 :     "end" => $end + 1,
1487 :     "color"=> $color,
1488 :     "zlayer" => '5',
1489 : mkubal 1.34 "type" => 'box',
1490 : mkubal 1.12 "description" => $descriptions};
1491 :    
1492 :     push(@$line_data,$element_hash);
1493 : arodri7 1.28
1494 : mkubal 1.12 }
1495 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1496 : mkubal 1.12 }
1497 : arodri7 1.40 =cut
1498 : mkubal 1.12
1499 : mkubal 1.30 if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1500 :     my $line_data =[];
1501 : arodri7 1.40 my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1502 :     'short_title' => 'TM and SP',
1503 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1504 : mkubal 1.30 'basepair_offset' => '1' };
1505 :    
1506 :     foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1507 :     my $descriptions = [];
1508 : arodri7 1.40 my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1509 : mkubal 1.30 "value" => $tm_loc};
1510 :     push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1511 :    
1512 :     my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1513 :    
1514 :     my $element_hash = {
1515 : arodri7 1.40 "title" => "Phobius",
1516 : mkubal 1.30 "start" => $begin + 1,
1517 :     "end" => $end + 1,
1518 :     "color"=> '6',
1519 :     "zlayer" => '4',
1520 :     "type" => 'bigbox',
1521 :     "description" => $descriptions};
1522 :    
1523 :     push(@$line_data,$element_hash);
1524 :    
1525 :     }
1526 :    
1527 :     if($phobius_signal_location){
1528 :     my $descriptions = [];
1529 :     my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1530 :     "value" => $phobius_signal_location};
1531 :     push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1532 :    
1533 :    
1534 :     my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1535 :     my $element_hash = {
1536 :     "title" => "phobius signal locations",
1537 :     "start" => $begin + 1,
1538 :     "end" => $end + 1,
1539 :     "color"=> '1',
1540 :     "zlayer" => '5',
1541 :     "type" => 'box',
1542 :     "description" => $descriptions};
1543 :     push(@$line_data,$element_hash);
1544 :     }
1545 :    
1546 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1547 :     }
1548 :    
1549 : arodri7 1.40 =head3
1550 : arodri7 1.28 $color = "1";
1551 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1552 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1553 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1554 : arodri7 1.28
1555 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1556 :     'short_title' => 'SignalP',
1557 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1558 : arodri7 1.28 'basepair_offset' => '1' };
1559 :    
1560 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1561 :     "value" => $signal_peptide_score};
1562 :    
1563 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1564 :    
1565 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1566 :     "value" => $cleavage_prob};
1567 :    
1568 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1569 :    
1570 :     my $element_hash = {
1571 :     "title" => "SignalP",
1572 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1573 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1574 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1575 :     "color"=> $color,
1576 :     "zlayer" => '10',
1577 :     "description" => $descriptions};
1578 :    
1579 :     push(@$line_data,$element_hash);
1580 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1581 : mkubal 1.12 }
1582 : arodri7 1.40 =cut
1583 :    
1584 : mkubal 1.12 return ($gd);
1585 :    
1586 :     }
1587 :    
1588 :     sub cleavage_loc {
1589 :     my ($self) = @_;
1590 :    
1591 :     return $self->{cleavage_loc};
1592 :     }
1593 :    
1594 :     sub cleavage_prob {
1595 :     my ($self) = @_;
1596 :    
1597 :     return $self->{cleavage_prob};
1598 :     }
1599 :    
1600 :     sub signal_peptide_score {
1601 :     my ($self) = @_;
1602 :    
1603 :     return $self->{signal_peptide_score};
1604 :     }
1605 :    
1606 :     sub tmpred_score {
1607 :     my ($self) = @_;
1608 :    
1609 :     return $self->{tmpred_score};
1610 :     }
1611 :    
1612 :     sub tmpred_locations {
1613 :     my ($self) = @_;
1614 :    
1615 :     return $self->{tmpred_locations};
1616 :     }
1617 :    
1618 :     sub cello_location {
1619 :     my ($self) = @_;
1620 :    
1621 :     return $self->{cello_location};
1622 :     }
1623 :    
1624 :     sub cello_score {
1625 :     my ($self) = @_;
1626 :    
1627 :     return $self->{cello_score};
1628 :     }
1629 :    
1630 : mkubal 1.30 sub phobius_signal_location {
1631 :     my ($self) = @_;
1632 :     return $self->{phobius_signal_location};
1633 :     }
1634 :    
1635 :     sub phobius_tm_locations {
1636 :     my ($self) = @_;
1637 :     return $self->{phobius_tm_locations};
1638 :     }
1639 :    
1640 :    
1641 : mkubal 1.12
1642 :     #########################################
1643 :     #########################################
1644 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1645 :    
1646 :     use base qw(Observation);
1647 :    
1648 :     sub new {
1649 :    
1650 :     my ($class,$dataset) = @_;
1651 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1652 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1653 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1654 : arodri7 1.40 $self->{query} = $dataset->{'query'};
1655 : arodri7 1.10 $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1656 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1657 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1658 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1659 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1660 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1661 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1662 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1663 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1664 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1665 : arodri7 1.10
1666 :     bless($self,$class);
1667 :     return $self;
1668 :     }
1669 :    
1670 : arodri7 1.25 =head3 display()
1671 :    
1672 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1673 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1674 :    
1675 :     =cut
1676 :    
1677 :     sub display {
1678 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$array,$fig) = @_;
1679 :     #my $fig = new FIG;
1680 : arodri7 1.25
1681 : arodri7 1.41 my @ids;
1682 :     foreach my $thing(@$array){
1683 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1684 :     push (@ids, $thing->acc);
1685 :     }
1686 : arodri7 1.25
1687 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);
1688 : arodri7 1.55
1689 :     my %sims_objects_evalue;
1690 :     my $count = 0;
1691 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$array){
1692 :     if ($thing->class eq "SIM"){
1693 : arodri7 1.55 $sims_objects_evalue{$count} = $thing->evalue;
1694 :     }
1695 :     $count++;
1696 :     }
1697 : arodri7 1.41
1698 : arodri7 1.55 foreach my $index (sort {$sims_objects_evalue{$a}<=>$sims_objects_evalue{$b}} keys %sims_objects_evalue){
1699 :     # foreach my $thing ( @$array){
1700 :     my $thing = $array->[$index];
1701 :     if ($thing->class eq "SIM"){
1702 : arodri7 1.41 my $peg = $thing->acc;
1703 :     my $query = $thing->query;
1704 :    
1705 :     my $organism = $thing->organism;
1706 :     my $genome = $fig->genome_of($peg);
1707 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1708 :     my $function = $thing->function;
1709 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1710 :     my $align_start = $thing->qstart;
1711 :     my $align_stop = $thing->qstop;
1712 :     my $hit_start = $thing->hstart;
1713 :     my $hit_stop = $thing->hstop;
1714 :    
1715 :     my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1716 :    
1717 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1718 :     'short_title' => "$abbrev_name",
1719 :     'title_link' => '$tax_link',
1720 :     'basepair_offset' => '0'
1721 :     };
1722 :    
1723 :     my $line_data = [];
1724 :    
1725 :     my $element_hash;
1726 :     my $links_list = [];
1727 :     my $descriptions = [];
1728 :    
1729 :     # get subsystem information
1730 : paczian 1.44 my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1731 : arodri7 1.41 my $link;
1732 :     $link = {"link_title" => $peg,
1733 :     "link" => $url_link};
1734 :     push(@$links_list,$link);
1735 :    
1736 :     #my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1737 :     my @subs = @{$in_subs{$peg}} if (defined $in_subs{$peg});
1738 :     my @subsystems;
1739 :    
1740 :     foreach my $array (@subs){
1741 :     my $subsystem = $$array[0];
1742 :     push(@subsystems,$subsystem);
1743 :     my $link;
1744 : paczian 1.44 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1745 : arodri7 1.41 "link_title" => $subsystem};
1746 :     push(@$links_list,$link);
1747 :     }
1748 :    
1749 :     $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1750 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query&peg2=$peg"};
1751 :     push (@$links_list,$link);
1752 :    
1753 :     my $description_function;
1754 :     $description_function = {"title" => "function",
1755 :     "value" => $function};
1756 :     push(@$descriptions,$description_function);
1757 :    
1758 :     my ($description_ss, $ss_string);
1759 :     $ss_string = join (",", @subsystems);
1760 :     $description_ss = {"title" => "subsystems",
1761 :     "value" => $ss_string};
1762 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1763 :    
1764 :     my $description_loc;
1765 :     $description_loc = {"title" => "location start",
1766 :     "value" => $hit_start};
1767 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1768 :    
1769 :     $description_loc = {"title" => "location stop",
1770 :     "value" => $hit_stop};
1771 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1772 :    
1773 :     my $evalue = $thing->evalue;
1774 :     while ($evalue =~ /-0/)
1775 :     {
1776 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1777 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1778 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1779 :     }
1780 :    
1781 :     my $color = &color($evalue);
1782 :    
1783 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1784 :     "value" => $evalue};
1785 :     push(@$descriptions, $description_eval);
1786 :    
1787 :     my $identity = $self->identity;
1788 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1789 :     "value" => $identity};
1790 :     push(@$descriptions, $description_identity);
1791 :    
1792 :     $element_hash = {
1793 :     "title" => $peg,
1794 :     "start" => $align_start,
1795 :     "end" => $align_stop,
1796 :     "type"=> 'box',
1797 :     "color"=> $color,
1798 :     "zlayer" => "2",
1799 :     "links_list" => $links_list,
1800 :     "description" => $descriptions
1801 :     };
1802 :     push(@$line_data,$element_hash);
1803 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1804 :     }
1805 : arodri7 1.25 }
1806 :     return ($gd);
1807 :     }
1808 :    
1809 : mkubal 1.34 =head3 display_domain_composition()
1810 :    
1811 :     If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1812 :    
1813 :     =cut
1814 :    
1815 :     sub display_domain_composition {
1816 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
1817 : mkubal 1.34
1818 : arodri7 1.45 #$fig = new FIG;
1819 : mkubal 1.34 my $peg = $self->acc;
1820 :    
1821 :     my $line_data = [];
1822 :     my $links_list = [];
1823 :     my $descriptions = [];
1824 :    
1825 :     my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1826 : arodri7 1.45 #my @domain_query_results = ();
1827 : mkubal 1.34 foreach $dqr (@domain_query_results){
1828 :     my $key = @$dqr[1];
1829 :     my @parts = split("::",$key);
1830 :     my $db = $parts[0];
1831 :     my $id = $parts[1];
1832 :     my $val = @$dqr[2];
1833 :     my $from;
1834 :     my $to;
1835 :     my $evalue;
1836 :    
1837 :     if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1838 :     my $raw_evalue = $1;
1839 :     $from = $2;
1840 :     $to = $3;
1841 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1842 :     my $part2 = 1000 - $1;
1843 :     my $part1 = $2/100;
1844 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
1845 :     }
1846 :     else{
1847 :     $evalue = "0.0";
1848 :     }
1849 :     }
1850 :    
1851 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1852 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1853 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1854 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1855 : mkubal 1.34 my ($name_value,$description_value);
1856 :    
1857 :     if($db eq "CDD"){
1858 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1859 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1860 :     $name_title = "name";
1861 :     $name_value = "not available";
1862 :     $description_title = "description";
1863 :     $description_value = "not available";
1864 :     }
1865 :     else{
1866 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1867 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1868 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1869 :     }
1870 :     }
1871 :    
1872 :     my $domain_name;
1873 :     $domain_name = {"title" => "name",
1874 : arodri7 1.45 "value" => $name_value};
1875 : mkubal 1.34 push(@$descriptions,$domain_name);
1876 :    
1877 :     my $description;
1878 :     $description = {"title" => "description",
1879 :     "value" => $description_value};
1880 :     push(@$descriptions,$description);
1881 :    
1882 :     my $score;
1883 :     $score = {"title" => "score",
1884 :     "value" => $evalue};
1885 :     push(@$descriptions,$score);
1886 :    
1887 :     my $link_id = $id;
1888 :     my $link;
1889 :     my $link_url;
1890 :     if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1891 : arodri7 1.53 elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=$link_id"}
1892 : mkubal 1.34 else{$link_url = "NO_URL"}
1893 :    
1894 :     $link = {"link_title" => $name_value,
1895 :     "link" => $link_url};
1896 :     push(@$links_list,$link);
1897 :    
1898 :     my $domain_element_hash = {
1899 :     "title" => $peg,
1900 :     "start" => $from,
1901 :     "end" => $to,
1902 :     "type"=> 'box',
1903 :     "zlayer" => '4',
1904 :     "links_list" => $links_list,
1905 :     "description" => $descriptions
1906 :     };
1907 :    
1908 :     push(@$line_data,$domain_element_hash);
1909 :    
1910 :     #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
1911 :     last;
1912 :     }
1913 :    
1914 :     my $line_config = { 'title' => $peg,
1915 : paczian 1.47 'hover_title' => 'Domain',
1916 : mkubal 1.34 'short_title' => $peg,
1917 :     'basepair_offset' => '1' };
1918 : arodri7 1.45
1919 : mkubal 1.34 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1920 :    
1921 :     return ($gd);
1922 :    
1923 :     }
1924 :    
1925 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1926 : arodri7 1.10
1927 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1928 :     This code will display a table for the similarities protein
1929 :    
1930 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1931 :    
1932 :     =cut
1933 :    
1934 : mkubal 1.24 sub display_table {
1935 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;
1936 : paczian 1.52
1937 : arodri7 1.10 my $data = [];
1938 :     my $count = 0;
1939 :     my $content;
1940 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1941 : mkubal 1.24 my $cgi = new CGI;
1942 : arodri7 1.28 my @ids;
1943 : arodri7 1.53 $lineages = $fig->taxonomy_list();
1944 :    
1945 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
1946 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
1947 :     push (@ids, $thing->acc);
1948 :     }
1949 :    
1950 : arodri7 1.31 my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1951 : arodri7 1.41 my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);
1952 : arodri7 1.35
1953 :     # get the column for the subsystems
1954 : arodri7 1.41 %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);
1955 : arodri7 1.35
1956 :     # get the column for the evidence codes
1957 : arodri7 1.41 %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1958 : arodri7 1.35
1959 :     # get the column for pfam_domain
1960 : arodri7 1.41 %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1961 :    
1962 :     my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
1963 :     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);
1964 : arodri7 1.42 #my $alias_col = {};
1965 : arodri7 1.31
1966 : arodri7 1.53 my $figfam_data = "$FIG_Config::FigfamsData";
1967 : arodri7 1.55 my $figfams = new FFs($figfam_data);
1968 :     # my $ff_hash = $figfams->families_containing_peg_bulk(\@ids);
1969 :    
1970 :     my %sims_objects_evalue;
1971 :     my $simcount = 0;
1972 :     foreach my $thing (@$dataset){
1973 :     if ($thing->class eq "SIM"){
1974 :     $sims_objects_evalue{$simcount} = $thing->evalue;
1975 :     }
1976 :     $simcount++;
1977 :     }
1978 :    
1979 :     foreach my $index (sort {$sims_objects_evalue{$a}<=>$sims_objects_evalue{$b}} keys %sims_objects_evalue){
1980 :     # foreach my $thing ( @$dataset){
1981 :     my $thing = $dataset->[$index];
1982 : arodri7 1.53
1983 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
1984 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
1985 :     $count++;
1986 :    
1987 : arodri7 1.41 my $id = $thing->acc;
1988 : arodri7 1.45 my $taxid = $fig->genome_of($id);
1989 : arodri7 1.11 my $iden = $thing->identity;
1990 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1991 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1992 :     my $b1 = $thing->qstart;
1993 :     my $e1 = $thing->qstop;
1994 :     my $b2 = $thing->hstart;
1995 :     my $e2 = $thing->hstop;
1996 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1997 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1998 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1999 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
2000 :    
2001 : arodri7 1.29 # checkbox column
2002 :     my $field_name = "tables_" . $id;
2003 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
2004 :     my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
2005 : arodri7 1.40 my ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;
2006 : arodri7 1.31
2007 :     # get the linked fig id
2008 :     my $fig_col;
2009 :     if (defined ($e_identical{$id})){
2010 : paczian 1.44 $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
2011 : arodri7 1.31 }
2012 :     else{
2013 : paczian 1.44 $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2014 : arodri7 1.28 }
2015 :    
2016 : arodri7 1.41 push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,
2017 :     "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function); # permanent columns
2018 :    
2019 : arodri7 1.55 my ($ff) = $figfams->families_containing_peg($id);
2020 :    
2021 : arodri7 1.35 foreach my $col (sort keys %$scroll_list){
2022 :     if ($col =~ /associated_subsystem/) {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}
2023 :     elsif ($col =~ /evidence/) {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}
2024 :     elsif ($col =~ /pfam_domains/) {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}
2025 : arodri7 1.41 elsif ($col =~ /ncbi_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"NCBI"});}
2026 :     elsif ($col =~ /refseq_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"RefSeq"});}
2027 :     elsif ($col =~ /swissprot_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"SwissProt"});}
2028 :     elsif ($col =~ /uniprot_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"UniProt"});}
2029 :     elsif ($col =~ /tigr_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}
2030 :     elsif ($col =~ /pir_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}
2031 :     elsif ($col =~ /kegg_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}
2032 : arodri7 1.42 #elsif ($col =~ /trembl_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}
2033 : arodri7 1.41 elsif ($col =~ /asap_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}
2034 :     elsif ($col =~ /jgi_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}
2035 : arodri7 1.53 elsif ($col =~ /taxonomy/) {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}
2036 :     #elsif ($col =~ /taxonomy/) {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}
2037 : arodri7 1.55 #elsif ($col =~ /figfam/) {push(@$single_domain,"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff_hash->{$id} . "' target='_new'>" . $ff_hash->{$id} . "</a>");}
2038 :     elsif ($col =~ /figfam/) {push(@$single_domain,"<a href='?page=FigFamViewer&figfam=" . $ff . "' target='_new'>" . $ff . "</a>");}
2039 : arodri7 1.32 }
2040 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
2041 :     }
2042 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
2043 :     $content = $data;
2044 : arodri7 1.10 }
2045 : arodri7 1.26 else{
2046 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2047 :     }
2048 :     return ($content);
2049 :     }
2050 : arodri7 1.11
2051 : arodri7 1.29 sub get_box_column{
2052 :     my ($ids) = @_;
2053 :     my %column;
2054 :     foreach my $id (@$ids){
2055 :     my $field_name = "tables_" . $id;
2056 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
2057 :     $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
2058 :     }
2059 :     return (%column);
2060 :     }
2061 :    
2062 :     sub get_subsystems_column{
2063 : arodri7 1.41 my ($ids,$fig) = @_;
2064 : arodri7 1.29
2065 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
2066 : arodri7 1.29 my $cgi = new CGI;
2067 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2068 :     my %column;
2069 :     foreach my $id (@$ids){
2070 : arodri7 1.32 my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2071 :     my @subsystems;
2072 :    
2073 : arodri7 1.29 if (@in_sub > 0) {
2074 : arodri7 1.32 foreach my $array(@in_sub){
2075 : arodri7 1.41 my $ss = $$array[0];
2076 :     $ss =~ s/_/ /ig;
2077 :     push (@subsystems, "-" . $ss);
2078 : arodri7 1.32 }
2079 :     my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2080 :     $column{$id} = $in_sub_line;
2081 : arodri7 1.29 } else {
2082 :     $column{$id} = "&nbsp;";
2083 :     }
2084 :     }
2085 :     return (%column);
2086 :     }
2087 :    
2088 : arodri7 1.31 sub get_essentially_identical{
2089 : arodri7 1.41 my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2090 :     #my $fig = new FIG;
2091 :    
2092 : arodri7 1.31 my %id_list;
2093 : arodri7 1.41 #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2094 : arodri7 1.31
2095 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$dataset){
2096 :     if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2097 :     my $rows = $thing->rows;
2098 :     my $count_identical = 0;
2099 :     foreach my $row (@$rows) {
2100 :     my $id = $row->[0];
2101 :     if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2102 :     $id_list{$id} = 1;
2103 :     }
2104 :     }
2105 :     }
2106 : arodri7 1.31 }
2107 : arodri7 1.41
2108 :     # foreach my $id (@maps_to) {
2109 :     # if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2110 :     # $id_list{$id} = 1;
2111 :     # }
2112 :     # }
2113 : arodri7 1.31 return(%id_list);
2114 :     }
2115 :    
2116 :    
2117 : arodri7 1.29 sub get_evidence_column{
2118 : arodri7 1.41 my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2119 :     #my $fig = new FIG;
2120 : arodri7 1.29 my $cgi = new CGI;
2121 :     my (%column, %code_attributes);
2122 :    
2123 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2124 : arodri7 1.29 foreach my $key (@codes){
2125 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
2126 :     }
2127 :    
2128 :     foreach my $id (@$ids){
2129 :     # add evidence code with tool tip
2130 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
2131 :    
2132 : arodri7 1.41 my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2133 :     my @ev_codes = ();
2134 :     foreach my $code (@codes) {
2135 :     my $pretty_code = $code->[2];
2136 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
2137 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2138 :     $ss =~ s/_/ /g;
2139 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2140 :     }
2141 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
2142 :     }
2143 : arodri7 1.29
2144 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2145 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2146 :     $ev_codes = $cgi->a(
2147 :     {
2148 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2149 :     }
2150 :     $column{$id}=$ev_codes;
2151 :     }
2152 :     return (%column);
2153 :     }
2154 :    
2155 : arodri7 1.33 sub get_pfam_column{
2156 : arodri7 1.41 my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2157 :     #my $fig = new FIG;
2158 : arodri7 1.33 my $cgi = new CGI;
2159 : arodri7 1.40 my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);
2160 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2161 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
2162 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
2163 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
2164 : arodri7 1.33
2165 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;
2166 : arodri7 1.33 foreach my $key (@codes){
2167 : arodri7 1.41 my $name = $key->[1];
2168 :     if ($name =~ /_/){
2169 :     ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2170 :     }
2171 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2172 :     push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2173 : arodri7 1.33 }
2174 :    
2175 :     foreach my $id (@$ids){
2176 : arodri7 1.41 # add evidence code
2177 : arodri7 1.33 my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2178 :     my @pfam_codes = "";
2179 :     my %description_codes;
2180 :    
2181 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2182 : arodri7 1.40 my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2183 : arodri7 1.33 @pfam_codes = ();
2184 : arodri7 1.40
2185 :     # get only unique values
2186 :     my %saw;
2187 :     foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2188 :     @ncodes = keys %saw;
2189 :    
2190 :     foreach my $code (@ncodes) {
2191 : arodri7 1.33 my @parts = split("::",$code);
2192 : arodri7 1.53 my $pfam_link = "<a href=http://pfam.sanger.ac.uk/family?acc=" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2193 : arodri7 1.40
2194 :     # get the locations for the domain
2195 :     my @locs;
2196 :     foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2197 :     my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2198 :     push (@locs,$loc);
2199 :     }
2200 : arodri7 1.41 my %locsaw;
2201 :     foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2202 :     @locs = keys %locsaw;
2203 :    
2204 : arodri7 1.40 my $locations = join (", ", @locs);
2205 :    
2206 : arodri7 1.33 if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2207 : arodri7 1.40 push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2208 : arodri7 1.33 }
2209 :     else {
2210 :     my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2211 :     $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};
2212 : arodri7 1.40 push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2213 : arodri7 1.33 }
2214 :     }
2215 :     }
2216 :    
2217 :     $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);
2218 :     }
2219 :     return (%column);
2220 :    
2221 :     }
2222 : mkubal 1.12
2223 : arodri7 1.41 sub get_aliases {
2224 :     my ($ids,$fig) = @_;
2225 : arodri7 1.31
2226 : arodri7 1.41 my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2227 :     foreach my $id (@$ids){
2228 :     foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2229 :     my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2230 :     next if ($aliases->{$id}->{$id_db});
2231 :     $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2232 : arodri7 1.28 }
2233 :     }
2234 : arodri7 1.41 return ($aliases);
2235 : arodri7 1.28 }
2236 :    
2237 : arodri7 1.33 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2238 :    
2239 : arodri7 1.26 sub color {
2240 : paczian 1.44 my ($evalue) = @_;
2241 :     my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
2242 : arodri7 1.26 my $color;
2243 : paczian 1.44 if ($evalue <= 1e-170){ $color = $palette->[0]; }
2244 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = $palette->[1]; }
2245 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = $palette->[2]; }
2246 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = $palette->[3]; }
2247 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = $palette->[4]; }
2248 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = $palette->[5]; }
2249 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = $palette->[6]; }
2250 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = $palette->[7]; }
2251 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = $palette->[8]; }
2252 :     else{ $color = $palette->[9]; }
2253 : arodri7 1.26 return ($color);
2254 :     }
2255 : arodri7 1.13
2256 :    
2257 :     ############################
2258 :     package Observation::Cluster;
2259 :    
2260 :     use base qw(Observation);
2261 :    
2262 :     sub new {
2263 :    
2264 :     my ($class,$dataset) = @_;
2265 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2266 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
2267 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
2268 :     return $self;
2269 :     }
2270 :    
2271 :     sub display {
2272 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2273 : mkubal 1.24
2274 : arodri7 1.53 $taxes = $fig->taxonomy_list();
2275 :    
2276 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
2277 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
2278 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
2279 : arodri7 1.41 my $range = $gd_window_size;
2280 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
2281 : arodri7 1.38 my $gene_associations={};
2282 : arodri7 1.13
2283 :     #get the organism genome
2284 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2285 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2286 :     $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2287 :     $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2288 : arodri7 1.13
2289 :     # get location of the gene
2290 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
2291 :     my ($contig, $beg, $end);
2292 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
2293 : arodri7 1.13
2294 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2295 :     $contig = $1;
2296 :     $beg = $2;
2297 :     $end = $3;
2298 :     }
2299 :    
2300 : arodri7 1.22 my $offset;
2301 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
2302 :     if ($beg < $end)
2303 :     {
2304 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range);
2305 :     $region_end = $end+ ($range);
2306 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2307 : arodri7 1.13 }
2308 :     else
2309 :     {
2310 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range);
2311 :     $region_end = $beg+($range);
2312 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2313 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2314 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2315 : arodri7 1.21 }
2316 : arodri7 1.13
2317 :     # call genes in region
2318 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2319 : arodri7 1.42 #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2320 :     # push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2321 :     #}
2322 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
2323 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
2324 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2325 : mkubal 1.14
2326 :     my %all_genes;
2327 :     my %all_genomes;
2328 : arodri7 1.42 foreach my $feature (@$target_gene_features){
2329 :     #if ($feature =~ /peg/){
2330 :     $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2331 :     #}
2332 :     }
2333 :    
2334 : arodri7 1.41 my @selected_sims;
2335 : arodri7 1.16
2336 : arodri7 1.40 if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2337 : arodri7 1.37 # get the selected boxes
2338 : arodri7 1.38 my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2339 : arodri7 1.37
2340 :     # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2341 : arodri7 1.41 if (@selected_taxonomy > 0){
2342 :     foreach my $sim (@$sims_array){
2343 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2344 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2345 : arodri7 1.37
2346 : arodri7 1.41 #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2347 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2348 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2349 : arodri7 1.53 my $lineage = $taxes->{$genome};
2350 :     #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2351 : arodri7 1.38 foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2352 :     if ($lineage =~ /$taxon/){
2353 : arodri7 1.41 #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2354 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2355 : arodri7 1.38 }
2356 : arodri7 1.37 }
2357 :     }
2358 :     }
2359 : arodri7 1.40 else{
2360 :     my $simcount = 0;
2361 : arodri7 1.41 foreach my $sim (@$sims_array){
2362 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2363 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2364 :    
2365 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2366 : arodri7 1.40 $simcount++;
2367 :     last if ($simcount > 4);
2368 :     }
2369 :     }
2370 : arodri7 1.16
2371 : arodri7 1.41 my %saw;
2372 :     @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2373 :    
2374 : arodri7 1.37 # get the gene context for the sorted matches
2375 :     foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2376 :     #get the organism genome
2377 :     my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2378 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2379 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2380 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2381 : arodri7 1.37
2382 :     # get location of the gene
2383 :     my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2384 :     my ($contig, $beg, $end);
2385 :    
2386 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2387 :     $contig = $1;
2388 :     $beg = $2;
2389 :     $end = $3;
2390 :     }
2391 :    
2392 :     my $offset;
2393 :     my ($region_start, $region_end);
2394 :     if ($beg < $end)
2395 :     {
2396 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range/2);
2397 :     $region_end = $end+($range/2);
2398 : arodri7 1.38 $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
2399 : arodri7 1.37 }
2400 :     else
2401 :     {
2402 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range/2);
2403 :     $region_end = $beg+($range/2);
2404 : arodri7 1.38 $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2405 :     $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2406 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2407 : arodri7 1.37 }
2408 :    
2409 :     # call genes in region
2410 :     my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2411 :     push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2412 :     push (@start_array_region, $offset);
2413 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2414 :     $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2415 : arodri7 1.16 }
2416 : mkubal 1.14
2417 :     }
2418 : arodri7 1.41
2419 : arodri7 1.42 #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2420 : arodri7 1.38 # cluster the genes
2421 :     my @all_pegs = keys %all_genes;
2422 :     my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2423 : arodri7 1.42 #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2424 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
2425 : arodri7 1.21
2426 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
2427 :     my $sample_peg = @$region[0];
2428 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2429 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2430 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2431 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2432 : arodri7 1.53 my $lineage = $taxes->{$region_genome};
2433 :     #my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2434 : arodri7 1.40 #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2435 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2436 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
2437 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
2438 :     };
2439 :    
2440 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
2441 : arodri7 1.16
2442 : arodri7 1.40 my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
2443 : arodri7 1.25 'short_title' => "",
2444 : arodri7 1.38 'basepair_offset' => '0',
2445 :     'no_middle_line' => '1'
2446 : arodri7 1.25 };
2447 :    
2448 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
2449 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
2450 :    
2451 :     # initialize variables to check for overlap in genes
2452 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2453 :     my $major_line_flag = 0;
2454 :     my $prev_second_flag = 0;
2455 :    
2456 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
2457 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
2458 : mkubal 1.14 my $element_hash;
2459 :     my $links_list = [];
2460 :     my $descriptions = [];
2461 : arodri7 1.38
2462 :     my $color = $color_sets->{$fid1};
2463 : arodri7 1.26
2464 : arodri7 1.18 # get subsystem information
2465 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
2466 : paczian 1.44 my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
2467 : arodri7 1.18
2468 :     my $link;
2469 :     $link = {"link_title" => $fid1,
2470 :     "link" => $url_link};
2471 :     push(@$links_list,$link);
2472 :    
2473 : arodri7 1.41 my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
2474 :     my @subsystems;
2475 :     foreach my $array (@subs){
2476 :     my $subsystem = $$array[0];
2477 :     my $ss = $subsystem;
2478 :     $ss =~ s/_/ /ig;
2479 :     push (@subsystems, $ss);
2480 : arodri7 1.18 my $link;
2481 : paczian 1.44 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
2482 : arodri7 1.41 "link_title" => $ss};
2483 : arodri7 1.18 push(@$links_list,$link);
2484 :     }
2485 : arodri7 1.41
2486 :     if ($fid1 eq $fid){
2487 :     my $link;
2488 :     $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
2489 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
2490 :     push (@$links_list,$link);
2491 :     }
2492 :    
2493 : arodri7 1.18 my $description_function;
2494 :     $description_function = {"title" => "function",
2495 :     "value" => $function};
2496 :     push(@$descriptions,$description_function);
2497 :    
2498 :     my $description_ss;
2499 : arodri7 1.41 my $ss_string = join (", ", @subsystems);
2500 : arodri7 1.18 $description_ss = {"title" => "subsystems",
2501 :     "value" => $ss_string};
2502 :     push(@$descriptions,$description_ss);
2503 :    
2504 : arodri7 1.16
2505 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2506 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2507 :     my($start,$stop);
2508 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
2509 :     $stop = $3 - $offsetting;
2510 : arodri7 1.25
2511 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2512 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2513 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2514 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2515 :     $second_line_flag = 1;
2516 :     $major_line_flag = 1;
2517 :     }
2518 :     }
2519 :     $prev_start = $start;
2520 :     $prev_stop = $stop;
2521 :     $prev_fig = $fid1;
2522 :    
2523 :     if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2524 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
2525 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
2526 :     }
2527 :    
2528 : arodri7 1.41 my $title = $fid1;
2529 :     if ($fid1 eq $fid){
2530 :     $title = "My query gene: $fid1";
2531 :     }
2532 :    
2533 : mkubal 1.14 $element_hash = {
2534 : arodri7 1.41 "title" => $title,
2535 : mkubal 1.14 "start" => $start,
2536 :     "end" => $stop,
2537 :     "type"=> 'arrow',
2538 :     "color"=> $color,
2539 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
2540 :     "links_list" => $links_list,
2541 :     "description" => $descriptions
2542 : mkubal 1.14 };
2543 : arodri7 1.25
2544 :     # if there is an overlap, put into second line
2545 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2546 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2547 : arodri7 1.41
2548 :     if ($fid1 eq $fid){
2549 :     $element_hash = {
2550 :     "title" => 'Query',
2551 :     "start" => $start,
2552 :     "end" => $stop,
2553 :     "type"=> 'bigbox',
2554 :     "color"=> $color,
2555 :     "zlayer" => "1"
2556 :     };
2557 :    
2558 :     # if there is an overlap, put into second line
2559 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2560 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2561 :     }
2562 : mkubal 1.14 }
2563 :     }
2564 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
2565 : arodri7 1.40 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
2566 : mkubal 1.14 }
2567 : arodri7 1.41 return ($gd, \@selected_sims);
2568 : mkubal 1.14 }
2569 :    
2570 : arodri7 1.38 sub cluster_genes {
2571 :     my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
2572 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
2573 :    
2574 :     my @color_sets = ();
2575 :    
2576 :     $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
2577 :    
2578 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2579 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
2580 :     if (! $seen{$i}) {
2581 :     $cluster = [$i];
2582 :     $seen{$i} = 1;
2583 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
2584 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
2585 :     foreach $k (@$x) {
2586 :     if (! $seen{$k}) {
2587 :     push(@$cluster,$k);
2588 :     $seen{$k} = 1;
2589 :     }
2590 :     }
2591 :     }
2592 :    
2593 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
2594 :     push(@color_sets,$cluster);
2595 :     }
2596 :     }
2597 :     }
2598 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
2599 :     $red_set = $color_sets[$i];
2600 :     splice(@color_sets,$i,1);
2601 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
2602 :     unshift(@color_sets,$red_set);
2603 :    
2604 :     my $color_sets = {};
2605 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
2606 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
2607 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
2608 :     }
2609 :     }
2610 :     return $color_sets;
2611 :     }
2612 :    
2613 :     sub get_connections_by_similarity {
2614 :     my($fig,$all_pegs) = @_;
2615 :     my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2616 :     my($sim,%conn,$x,$y);
2617 :    
2618 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2619 :     $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
2620 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
2621 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2622 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2623 :     }
2624 :     }
2625 :    
2626 :     foreach $y (keys(%pos_of)) {
2627 : arodri7 1.41 $x = $pos_of{$y};
2628 : arodri7 1.38 for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2629 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2630 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2631 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2632 :     }
2633 :     }
2634 :     }
2635 :    
2636 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2637 : arodri7 1.42 foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
2638 : arodri7 1.38 if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2639 :     foreach $y (@$x) {
2640 :     push(@{$conn{$i}},$y);
2641 :     }
2642 :     }
2643 :     }
2644 :     }
2645 :     return \%conn;
2646 :     }
2647 :    
2648 :     sub in {
2649 :     my($x,$xL) = @_;
2650 :     my($i);
2651 :    
2652 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
2653 :     return ($i < @$xL);
2654 :     }
2655 : arodri7 1.41
2656 :     #############################################
2657 :     #############################################
2658 :     package Observation::Commentary;
2659 :    
2660 :     use base qw(Observation);
2661 :    
2662 :     =head3 display_protein_commentary()
2663 :    
2664 :     =cut
2665 :    
2666 :     sub display_protein_commentary {
2667 :     my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
2668 :    
2669 :     my $all_rows = [];
2670 :     my $content;
2671 :     #my $fig = new FIG;
2672 :     my $cgi = new CGI;
2673 :     my $count = 0;
2674 :     my $peg_array = [];
2675 :     my (%evidence_column, %subsystems_column, %e_identical);
2676 :    
2677 :     if (@$dataset != 1){
2678 :     foreach my $thing (@$dataset){
2679 :     if ($thing->class eq "SIM"){
2680 :     push (@$peg_array, $thing->acc);
2681 :     }
2682 :     }
2683 :     # get the column for the evidence codes
2684 :     %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);
2685 :    
2686 :     # get the column for the subsystems
2687 :     %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);
2688 :    
2689 :     # get essentially identical seqs
2690 :     %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
2691 :     }
2692 :     else{
2693 :     push (@$peg_array, @$dataset);
2694 :     }
2695 :    
2696 :     my $selected_sims = [];
2697 :     foreach my $id (@$peg_array){
2698 :     last if ($count > 10);
2699 :     my $row_data = [];
2700 :     my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
2701 :     $org = $fig->org_of($id);
2702 :     $function = $fig->function_of($id);
2703 :     if ($mypeg ne $id){
2704 : paczian 1.47 $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
2705 :     $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2706 : arodri7 1.41 if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2707 :     }
2708 :     else{
2709 :     $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
2710 : paczian 1.47 $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
2711 :     $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2712 : arodri7 1.41 }
2713 :    
2714 :     push(@$row_data,$id_cell);
2715 :     push(@$row_data,$org);
2716 :     push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2717 :     push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2718 :     push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
2719 :     push(@$row_data,$function_cell);
2720 :     push(@$all_rows,$row_data);
2721 :     push (@$selected_sims, $id);
2722 :     $count++;
2723 :     }
2724 :    
2725 :     if ($count >0){
2726 :     $content = $all_rows;
2727 :     }
2728 :     else{
2729 :     $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
2730 :     }
2731 :     return ($content,$selected_sims);
2732 :     }
2733 :    
2734 :     sub display_protein_history {
2735 :     my ($self, $id,$fig) = @_;
2736 :     my $all_rows = [];
2737 :     my $content;
2738 :    
2739 :     my $cgi = new CGI;
2740 :     my $count = 0;
2741 :     foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
2742 :     my $row = [];
2743 :     my $col1 = $feat->[2];
2744 :     my $col2 = $feat->[1];
2745 :     #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
2746 :     my $text = $feat->[3];
2747 :    
2748 :     push (@$row, $col1);
2749 :     push (@$row, $col2);
2750 :     push (@$row, $text);
2751 :     push (@$all_rows, $row);
2752 :     $count++;
2753 :     }
2754 :     if ($count > 0){
2755 :     $content = $all_rows;
2756 :     }
2757 :     else {
2758 :     $content = "There is no history for this PEG";
2759 :     }
2760 :    
2761 :     return($content);
2762 :     }

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