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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.52 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : mkubal 1.19 use lib '/vol/ontologies';
4 :     use DBMaster;
5 : mkubal 1.34 use Data::Dumper;
6 : mkubal 1.19
7 : mkubal 1.1 require Exporter;
8 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9 :    
10 : paczian 1.44 use WebColors;
11 : paczian 1.52 use WebConfig;
12 : paczian 1.44
13 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
14 : mkubal 1.30 #use strict;
15 : arodri7 1.16 #use warnings;
16 : arodri7 1.9 use HTML;
17 : mkubal 1.1
18 :     1;
19 :    
20 : paczian 1.52 # $Id: Observation.pm,v 1.51 2007/12/06 18:55:37 arodri7 Exp $
21 : mkubal 1.1
22 :     =head1 NAME
23 :    
24 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
25 :    
26 :     =head1 DESCRIPTION
27 :    
28 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
29 :     single interface to this data.
30 :    
31 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
32 :    
33 :     =cut
34 :    
35 :     =head1 BACKGROUND
36 :    
37 :     =head2 Data incorporated in the Observations
38 :    
39 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
40 :    
41 :     =head3 SEED core evidence
42 :    
43 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
44 :    
45 :     =head3 Attribute based Evidence
46 :    
47 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
48 :    
49 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
50 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
51 :    
52 :     =head1 METHODS
53 :    
54 :     The public methods this package provides are listed below:
55 :    
56 :    
57 : mkubal 1.24 =head3 context()
58 :    
59 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
60 : mkubal 1.1
61 :     =cut
62 :    
63 : mkubal 1.24 sub context {
64 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
65 :    
66 : mkubal 1.24 return $self->{context};
67 : mkubal 1.1 }
68 :    
69 : mkubal 1.24 =head3 rows()
70 : mkubal 1.1
71 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
72 : mkubal 1.1
73 : mkubal 1.24 =cut
74 :    
75 :     sub rows {
76 :     my ($self) = @_;
77 :    
78 :     return $self->{rows};
79 :     }
80 :    
81 :     =head3 acc()
82 :    
83 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
84 : mkubal 1.1
85 :     =cut
86 :    
87 : mkubal 1.24 sub acc {
88 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
89 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
90 : mkubal 1.1 }
91 :    
92 : arodri7 1.40 =head3 query()
93 :    
94 :     The query id
95 :    
96 :     =cut
97 :    
98 :     sub query {
99 :     my ($self) = @_;
100 :     return $self->{query};
101 :     }
102 :    
103 :    
104 : mkubal 1.1 =head3 class()
105 :    
106 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
107 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
108 : mkubal 1.7
109 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
110 :    
111 :     =over 9
112 :    
113 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
114 :    
115 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
116 : mkubal 1.1
117 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
118 : mkubal 1.1
119 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
120 : mkubal 1.1
121 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
122 : mkubal 1.1
123 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
124 : mkubal 1.1
125 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
126 : mkubal 1.1
127 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
128 : mkubal 1.1
129 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
130 : mkubal 1.1
131 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
132 :    
133 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
134 : mkubal 1.1
135 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
136 : mkubal 1.1
137 :     =back
138 :    
139 :     =cut
140 :    
141 :     sub class {
142 :     my ($self) = @_;
143 :    
144 :     return $self->{class};
145 :     }
146 :    
147 :     =head3 type()
148 :    
149 :     The type of evidence (required).
150 :    
151 :     Where type is one of the following:
152 :    
153 :     =over 8
154 :    
155 :     =item seq=Sequence similarity
156 :    
157 :     =item dom=domain based match
158 :    
159 :     =item loc=Localization of the feature
160 :    
161 :     =item fc=Functional coupling.
162 :    
163 :     =back
164 :    
165 :     =cut
166 :    
167 :     sub type {
168 :     my ($self) = @_;
169 :    
170 : arodri7 1.26 return $self->{type};
171 : mkubal 1.1 }
172 :    
173 :     =head3 start()
174 :    
175 :     Start of hit in query sequence.
176 :    
177 :     =cut
178 :    
179 :     sub start {
180 :     my ($self) = @_;
181 :    
182 :     return $self->{start};
183 :     }
184 :    
185 :     =head3 end()
186 :    
187 :     End of the hit in query sequence.
188 :    
189 :     =cut
190 :    
191 :     sub stop {
192 :     my ($self) = @_;
193 :    
194 :     return $self->{stop};
195 :     }
196 :    
197 : arodri7 1.11 =head3 start()
198 :    
199 :     Start of hit in query sequence.
200 :    
201 :     =cut
202 :    
203 :     sub qstart {
204 :     my ($self) = @_;
205 :    
206 :     return $self->{qstart};
207 :     }
208 :    
209 :     =head3 qstop()
210 :    
211 :     End of the hit in query sequence.
212 :    
213 :     =cut
214 :    
215 :     sub qstop {
216 :     my ($self) = @_;
217 :    
218 :     return $self->{qstop};
219 :     }
220 :    
221 :     =head3 hstart()
222 :    
223 :     Start of hit in hit sequence.
224 :    
225 :     =cut
226 :    
227 :     sub hstart {
228 :     my ($self) = @_;
229 :    
230 :     return $self->{hstart};
231 :     }
232 :    
233 :     =head3 end()
234 :    
235 :     End of the hit in hit sequence.
236 :    
237 :     =cut
238 :    
239 :     sub hstop {
240 :     my ($self) = @_;
241 :    
242 :     return $self->{hstop};
243 :     }
244 :    
245 :     =head3 qlength()
246 :    
247 :     length of the query sequence in similarities
248 :    
249 :     =cut
250 :    
251 :     sub qlength {
252 :     my ($self) = @_;
253 :    
254 :     return $self->{qlength};
255 :     }
256 :    
257 :     =head3 hlength()
258 :    
259 :     length of the hit sequence in similarities
260 :    
261 :     =cut
262 :    
263 :     sub hlength {
264 :     my ($self) = @_;
265 :    
266 :     return $self->{hlength};
267 :     }
268 :    
269 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
270 :    
271 :     E-value or P-Value if present.
272 :    
273 :     =cut
274 :    
275 :     sub evalue {
276 :     my ($self) = @_;
277 :    
278 :     return $self->{evalue};
279 :     }
280 :    
281 :     =head3 score()
282 :    
283 :     Score if present.
284 :    
285 :     =cut
286 :    
287 :     sub score {
288 :     my ($self) = @_;
289 :     return $self->{score};
290 :     }
291 :    
292 : mkubal 1.12 =head3 display()
293 : mkubal 1.1
294 : mkubal 1.12 will be different for each type
295 : mkubal 1.1
296 :     =cut
297 :    
298 : mkubal 1.7 sub display {
299 : mkubal 1.1
300 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
301 : mkubal 1.1
302 :     }
303 :    
304 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
305 : mkubal 1.7
306 : mkubal 1.24 will be different for each type
307 : mkubal 1.1
308 : mkubal 1.24 =cut
309 : mkubal 1.1
310 : mkubal 1.24 sub display_table {
311 :    
312 :     die "Abstract Table Method Called\n";
313 : mkubal 1.1
314 :     }
315 :    
316 :     =head3 get_objects()
317 :    
318 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
319 :    
320 :     =cut
321 :    
322 :     sub get_objects {
323 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;
324 : paczian 1.44
325 : mkubal 1.7 my $objects = [];
326 :     my @matched_datasets=();
327 : mkubal 1.1
328 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
329 :     # returns an array of arrays of hashes
330 :    
331 : mkubal 1.24 if($scope){
332 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
333 : mkubal 1.7 }
334 :     else{
335 :     my %domain_classes;
336 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
337 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
338 : arodri7 1.41 $domain_classes{'PFAM'} = 1;
339 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
340 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
341 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);
342 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
343 :     get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
345 : mkubal 1.1 }
346 : mkubal 1.7
347 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
348 :     my $object;
349 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
350 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
351 :     }
352 : arodri7 1.41 elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
353 : arodri7 1.9 $object = Observation::FC->new($dataset);
354 :     }
355 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
356 : arodri7 1.9 $object = Observation::Identical->new($dataset);
357 :     }
358 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
359 : mkubal 1.12 $object = Observation::Location->new($dataset);
360 :     }
361 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
362 : arodri7 1.10 $object = Observation::Sims->new($dataset);
363 :     }
364 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
365 : arodri7 1.15 $object = Observation::Cluster->new($dataset);
366 :     }
367 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
368 : mkubal 1.20 $object = Observation::PDB->new($dataset);
369 :     }
370 :    
371 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
372 : mkubal 1.1 }
373 : mkubal 1.7
374 :     return $objects;
375 : mkubal 1.1
376 :     }
377 :    
378 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
379 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
380 :    
381 :     =cut
382 :     sub display_housekeeping {
383 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig) = @_;
384 :     my $content = [];
385 :     my $row = [];
386 : arodri7 1.28
387 :     my $org_name = $fig->org_of($fid);
388 : arodri7 1.45 my $org_id = $fig->genome_of($fid);
389 : arodri7 1.28 my $function = $fig->function_of($fid);
390 : arodri7 1.41 #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
391 :     my $length = $fig->translation_length($fid);
392 :    
393 :     push (@$row, $org_name);
394 :     push (@$row, $fid);
395 :     push (@$row, $length);
396 :     push (@$row, $function);
397 :    
398 :     # initialize the table for commentary and annotations
399 :     #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
400 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
401 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
402 :     #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
403 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
404 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
405 :     #$content .= qq(</table><p>\n);
406 :    
407 :     push(@$content, $row);
408 : arodri7 1.28
409 :     return ($content);
410 :     }
411 :    
412 :     =head3 get_sims_summary
413 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
414 :    
415 :     =cut
416 :    
417 :     sub get_sims_summary {
418 : arodri7 1.42 my ($observation, $fid, $taxes, $dataset, $fig) = @_;
419 : arodri7 1.28 my %families;
420 : arodri7 1.42 #my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");
421 :    
422 :     foreach my $thing (@$dataset) {
423 :     next if ($thing->class ne "SIM");
424 :    
425 :     my $id = $thing->acc;
426 :     my $evalue = $thing->evalue;
427 : arodri7 1.28
428 : arodri7 1.42 next if ($id !~ /fig\|/);
429 :     next if ($fig->is_deleted_fid($id));
430 :     my $genome = $fig->genome_of($id);
431 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
432 :     #my $taxonomy = $taxes->{$genome1};
433 :     my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($genome); # use this if the taxonomies have been updated
434 : arodri7 1.28 my $parent_tax = "Root";
435 : arodri7 1.38 my @currLineage = ($parent_tax);
436 : arodri7 1.28 foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
437 :     push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
438 : arodri7 1.38 push (@currLineage, $tax);
439 : arodri7 1.28 $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
440 : arodri7 1.38 $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
441 : arodri7 1.39 if (defined ($families{evalue}{$tax})){
442 :     if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){
443 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
444 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
445 : arodri7 1.39 }
446 :     }
447 :     else{
448 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
449 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
450 : arodri7 1.39 }
451 :    
452 : arodri7 1.28 $parent_tax = $tax;
453 :     }
454 :     }
455 :    
456 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
457 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
458 :    
459 :     my %saw;
460 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
461 :     $families{children}{$key} = \@out;
462 :     }
463 :     return (\%families);
464 :     }
465 :    
466 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
467 :    
468 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
469 :    
470 :     B<Please do not use them outside of this package!>
471 :    
472 :     =cut
473 :    
474 : arodri7 1.39 sub get_taxcolor{
475 :     my ($evalue) = @_;
476 :     my $color;
477 :     if ($evalue <= 1e-170){ $color = "#FF2000"; }
478 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = "#FF3300"; }
479 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = "#FF6600"; }
480 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = "#FF9900"; }
481 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = "#FFCC00"; }
482 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = "#FFFF00"; }
483 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = "#CCFF00"; }
484 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = "#66FF00"; }
485 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = "#00FF00"; }
486 :     else{ $color = "#6666FF"; }
487 :     return ($color);
488 :     }
489 :    
490 :    
491 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
492 :    
493 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
494 : arodri7 1.41 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
495 : mkubal 1.7
496 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
497 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
498 :     my @parts = split("::",$key);
499 :     my $class = $parts[0];
500 : arodri7 1.50 my $name = $parts[1];
501 :     next if (($class eq "PFAM") && ($name !~ /interpro/));
502 :    
503 : mkubal 1.7 if($domain_classes->{$parts[0]}){
504 :     my $val = @$attr_ref[2];
505 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
506 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
507 : mkubal 1.8 my $from = $2;
508 :     my $to = $3;
509 : mkubal 1.7 my $evalue;
510 : arodri7 1.50 if(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class ne "PFAM")){
511 : mkubal 1.7 my $part2 = 1000 - $1;
512 :     my $part1 = $2/100;
513 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
514 :     }
515 : arodri7 1.50 elsif(($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/) && ($class eq "PFAM")){
516 :     $evalue=$raw_evalue;
517 :     }
518 : mkubal 1.7 else{
519 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
520 : mkubal 1.7 }
521 :    
522 :     my $dataset = {'class' => $class,
523 :     'acc' => $key,
524 :     'type' => "dom" ,
525 :     'evalue' => $evalue,
526 :     'start' => $from,
527 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
528 :     'fig_id' => $fid,
529 :     'score' => $raw_evalue
530 : mkubal 1.7 };
531 :    
532 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
533 :     }
534 :     }
535 :     }
536 :     }
537 : mkubal 1.12
538 :     sub get_attribute_based_location_observations{
539 :    
540 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
541 :     #my $fig = new FIG;
542 : mkubal 1.12
543 : mkubal 1.30 my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
544 : mkubal 1.12
545 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
546 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
547 :     'fig_id' => $fid
548 :     };
549 :    
550 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
551 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
552 : mkubal 1.30 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/) && ($key !~/Phobius/) );
553 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
554 :     my $sub_class = $parts[0];
555 :     my $sub_key = $parts[1];
556 :     my $value = @$attr_ref[2];
557 :     if($sub_class eq "SignalP"){
558 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
559 :     my @value_parts = split(";",$value);
560 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
561 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
562 :     }
563 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
564 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
565 :     }
566 :     }
567 : mkubal 1.30
568 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "CELLO"){
569 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
570 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
571 :     }
572 : mkubal 1.30
573 :     elsif($sub_class eq "Phobius"){
574 :     if($sub_key eq "transmembrane"){
575 :     $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
576 :     }
577 :     elsif($sub_key eq "signal"){
578 :     $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
579 :     }
580 :     }
581 :    
582 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "TMPRED"){
583 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
584 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
585 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
586 :     }
587 :     }
588 :    
589 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
590 :    
591 :     }
592 :    
593 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
594 :    
595 :     This methods sets the type and class for pdb observations
596 :    
597 :     =cut
598 :    
599 :     sub get_pdb_observations{
600 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
601 : mkubal 1.20
602 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
603 : mkubal 1.20
604 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
605 : mkubal 1.20 my $key = @$attr_ref[1];
606 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
607 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
608 :     my $value = @$attr_ref[2];
609 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
610 :    
611 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
612 :     my $part2 = 1000 - $1;
613 :     my $part1 = $2/100;
614 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
615 :     }
616 :    
617 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
618 :    
619 :     my $url = @$attr_ref[3];
620 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
621 :     'type' => 'seq' ,
622 :     'acc' => $key2,
623 :     'evalue' => $evalue,
624 :     'start' => $start,
625 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
626 :     'fig_id' => $fid
627 : mkubal 1.20 };
628 :    
629 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
630 :     }
631 :     }
632 :    
633 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
634 :    
635 :     This methods sets the type and class for cluster observations
636 :    
637 :     =cut
638 :    
639 :     sub get_cluster_observations{
640 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
641 : arodri7 1.15
642 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
643 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
644 :     'context' => $scope,
645 :     'fig_id' => $fid
646 : arodri7 1.16 };
647 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
648 :     }
649 :    
650 :    
651 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
652 :    
653 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
654 :    
655 :     =cut
656 :    
657 :     sub get_sims_observations{
658 :    
659 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
660 :     #my $fig = new FIG;
661 : arodri7 1.42 my @sims= $fig->sims($fid,500,10,"fig");
662 : mkubal 1.4 my ($dataset);
663 : arodri7 1.26
664 :     foreach my $sim (@sims){
665 : arodri7 1.42 next if ($fig->is_deleted_fid($sim->[1]));
666 : arodri7 1.26 my $hit = $sim->[1];
667 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
668 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
669 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
670 :     my $qto = $sim->[7];
671 :     my $hfrom = $sim->[8];
672 :     my $hto = $sim->[9];
673 :     my $qlength = $sim->[12];
674 :     my $hlength = $sim->[13];
675 :     my $db = get_database($hit);
676 :     my $func = $fig->function_of($hit);
677 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
678 :    
679 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
680 : arodri7 1.40 'query' => $sim->[0],
681 : arodri7 1.10 'acc' => $hit,
682 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
683 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
684 :     'evalue' => $evalue,
685 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
686 :     'qstop' => $qto,
687 :     'hstart' => $hfrom,
688 :     'hstop' => $hto,
689 :     'database' => $db,
690 :     'organism' => $organism,
691 :     'function' => $func,
692 :     'qlength' => $qlength,
693 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
694 :     'fig_id' => $fid
695 : arodri7 1.10 };
696 :    
697 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
698 : mkubal 1.3 }
699 :     }
700 :    
701 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
702 :     This method gets the database association from the sequence id
703 :    
704 :     =cut
705 :    
706 :     sub get_database{
707 :     my ($id) = (@_);
708 :    
709 :     my ($db);
710 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
711 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
712 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
713 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
714 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
715 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
716 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
717 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
718 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
719 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
720 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
721 :    
722 :     return ($db);
723 :    
724 :     }
725 :    
726 : mkubal 1.24
727 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
728 :    
729 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
730 :    
731 :     =cut
732 :    
733 :     sub get_identical_proteins{
734 :    
735 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
736 :     #my $fig = new FIG;
737 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
738 : arodri7 1.5
739 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
740 :     foreach my $id (@maps_to) {
741 :     my ($tmp, $who);
742 : arodri7 1.33 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
743 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
744 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
745 : arodri7 1.5 }
746 :     }
747 :    
748 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
749 :     'type' => 'seq',
750 :     'fig_id' => $fid,
751 :     'rows' => $funcs_ref
752 :     };
753 :    
754 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
755 :    
756 : arodri7 1.5
757 :     }
758 :    
759 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
760 :    
761 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
762 :    
763 :     =cut
764 :    
765 :     sub get_functional_coupling{
766 :    
767 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
768 :     #my $fig = new FIG;
769 : arodri7 1.6 my @funcs = ();
770 :    
771 :     # initialize some variables
772 :     my($sc,$neigh);
773 :    
774 :     # set default parameters for coupling and evidence
775 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
776 :    
777 :     # get the fc data
778 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
779 :    
780 :     # retrieve data
781 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
782 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
783 :     } @fc_data;
784 :    
785 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
786 :     'type' => 'fc',
787 :     'fig_id' => $fid,
788 :     'rows' => \@rows
789 :     };
790 :    
791 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
792 : arodri7 1.9
793 : arodri7 1.6 }
794 : arodri7 1.5
795 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
796 :    
797 :     Instantiate a new object.
798 :    
799 :     =cut
800 :    
801 :     sub new {
802 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
803 :    
804 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
805 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
806 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
807 :     score => $dataset->{'score'},
808 : arodri7 1.10 };
809 : mkubal 1.7
810 :     bless($self,$class);
811 : mkubal 1.1
812 :     return $self;
813 :     }
814 :    
815 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
816 :    
817 :     Returns the % identity of the similar sequence
818 :    
819 :     =cut
820 :    
821 :     sub identity {
822 :     my ($self) = @_;
823 :    
824 :     return $self->{identity};
825 :     }
826 :    
827 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
828 :    
829 :     =cut
830 :    
831 :     sub fig_id {
832 :     my ($self) = @_;
833 :     return $self->{fig_id};
834 :     }
835 :    
836 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
837 :    
838 :    
839 :     =cut
840 :    
841 :     sub feature_id {
842 :     my ($self) = @_;
843 :    
844 :     return $self->{feature_id};
845 :     }
846 : arodri7 1.5
847 :     =head3 id (internal)
848 :    
849 :     Returns the ID of the identical sequence
850 :    
851 :     =cut
852 :    
853 :     sub id {
854 :     my ($self) = @_;
855 :    
856 :     return $self->{id};
857 :     }
858 :    
859 :     =head3 organism (internal)
860 :    
861 :     Returns the organism of the identical sequence
862 :    
863 :     =cut
864 :    
865 :     sub organism {
866 :     my ($self) = @_;
867 :    
868 :     return $self->{organism};
869 :     }
870 :    
871 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
872 :    
873 :     Returns the function of the identical sequence
874 :    
875 :     =cut
876 :    
877 :     sub function {
878 :     my ($self) = @_;
879 :    
880 :     return $self->{function};
881 :     }
882 :    
883 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
884 :    
885 :     Returns the database of the identical sequence
886 :    
887 :     =cut
888 :    
889 :     sub database {
890 :     my ($self) = @_;
891 :    
892 :     return $self->{database};
893 :     }
894 :    
895 : mkubal 1.20 ############################################################
896 :     ############################################################
897 :     package Observation::PDB;
898 :    
899 :     use base qw(Observation);
900 :    
901 :     sub new {
902 :    
903 :     my ($class,$dataset) = @_;
904 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
905 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
906 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
907 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
908 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
909 :     bless($self,$class);
910 :     return $self;
911 :     }
912 :    
913 :     =head3 display()
914 :    
915 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
916 :    
917 :     =cut
918 :    
919 :     sub display{
920 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
921 : mkubal 1.20
922 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
923 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
924 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
925 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
926 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
927 : mkubal 1.20
928 :     my $acc = $self->acc;
929 :    
930 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
931 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
932 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
933 :     $pdb_description = "not available";
934 :     $pdb_source = "not available";
935 :     $pdb_ligand = "not available";
936 :     }
937 :     else{
938 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
939 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
940 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
941 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
942 :     }
943 : arodri7 1.6
944 : mkubal 1.20 my $lines = [];
945 :     my $line_data = [];
946 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
947 : paczian 1.47 'hover_title' => 'PDB',
948 : mkubal 1.20 'short_title' => "best PDB",
949 :     'basepair_offset' => '1' };
950 :    
951 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
952 : mkubal 1.20 my $seq = $fig->get_translation($fid);
953 :     my $fid_stop = length($seq);
954 :    
955 :     my $fid_element_hash = {
956 :     "title" => $fid,
957 :     "start" => '1',
958 :     "end" => $fid_stop,
959 :     "color"=> '1',
960 :     "zlayer" => '1'
961 :     };
962 :    
963 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
964 :    
965 :     my $links_list = [];
966 :     my $descriptions = [];
967 :    
968 :     my $name;
969 :     $name = {"title" => 'id',
970 :     "value" => $acc};
971 :     push(@$descriptions,$name);
972 :    
973 :     my $description;
974 :     $description = {"title" => 'pdb description',
975 :     "value" => $pdb_description};
976 :     push(@$descriptions,$description);
977 :    
978 :     my $score;
979 :     $score = {"title" => "score",
980 :     "value" => $self->evalue};
981 :     push(@$descriptions,$score);
982 :    
983 :     my $start_stop;
984 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
985 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
986 :     "value" => $start_stop_value};
987 :     push(@$descriptions,$start_stop);
988 :    
989 :     my $source;
990 :     $source = {"title" => "source",
991 :     "value" => $pdb_source};
992 :     push(@$descriptions,$source);
993 :    
994 :     my $ligand;
995 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
996 :     "value" => $pdb_ligand};
997 :     push(@$descriptions,$ligand);
998 :    
999 :     my $link;
1000 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1001 :    
1002 :     $link = {"link_title" => $acc,
1003 :     "link" => $link_url};
1004 :     push(@$links_list,$link);
1005 :    
1006 :     my $pdb_element_hash = {
1007 :     "title" => "PDB homology",
1008 :     "start" => $self->start,
1009 :     "end" => $self->stop,
1010 :     "color"=> '6',
1011 :     "zlayer" => '3',
1012 :     "links_list" => $links_list,
1013 :     "description" => $descriptions};
1014 :    
1015 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1016 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1017 :    
1018 :     return $gd;
1019 :     }
1020 :    
1021 :     1;
1022 : arodri7 1.11
1023 : arodri7 1.9 ############################################################
1024 :     ############################################################
1025 :     package Observation::Identical;
1026 :    
1027 :     use base qw(Observation);
1028 :    
1029 :     sub new {
1030 :    
1031 :     my ($class,$dataset) = @_;
1032 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1033 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1034 :    
1035 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1036 :     return $self;
1037 :     }
1038 :    
1039 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1040 : arodri7 1.6
1041 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1042 :     This code will display a table for the identical protein
1043 :    
1044 :    
1045 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1046 :     dence.
1047 : arodri7 1.6
1048 :     =cut
1049 :    
1050 :    
1051 : mkubal 1.24 sub display_table{
1052 : arodri7 1.41 my ($self,$fig) = @_;
1053 : mkubal 1.24
1054 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1055 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1056 :     my $rows = $self->rows;
1057 :     my $cgi = new CGI;
1058 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1059 :     my $count_identical = 0;
1060 : arodri7 1.9 my $content;
1061 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1062 :     my $id = $row->[0];
1063 :     my $who = $row->[1];
1064 :     my $assignment = $row->[2];
1065 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
1066 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1067 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1068 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1069 :     push(@$single_domain,$organism);
1070 :     push(@$single_domain,$assignment);
1071 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1072 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1073 : arodri7 1.6 }
1074 :    
1075 :     if ($count_identical >0){
1076 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1077 : arodri7 1.6 }
1078 :     else{
1079 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1080 : arodri7 1.6 }
1081 :     return ($content);
1082 :     }
1083 : mkubal 1.7
1084 : arodri7 1.9 1;
1085 :    
1086 :     #########################################
1087 :     #########################################
1088 :     package Observation::FC;
1089 :     1;
1090 :    
1091 :     use base qw(Observation);
1092 :    
1093 :     sub new {
1094 :    
1095 :     my ($class,$dataset) = @_;
1096 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1097 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1098 : arodri7 1.9
1099 :     bless($self,$class);
1100 :     return $self;
1101 :     }
1102 :    
1103 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1104 : arodri7 1.9
1105 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1106 :     This code will display a table for the identical protein
1107 :    
1108 :    
1109 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1110 :     dence.
1111 :    
1112 :     =cut
1113 :    
1114 : mkubal 1.24 sub display_table {
1115 : arodri7 1.9
1116 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1117 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1118 :     my $rows = $self->rows;
1119 :     my $cgi = new CGI;
1120 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1121 :     my $count = 0;
1122 :     my $content;
1123 :    
1124 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1125 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1126 :     $count++;
1127 :    
1128 :     # construct the score link
1129 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1130 :     my $toid = $row->[1];
1131 : paczian 1.44 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1132 :     my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1133 : arodri7 1.9
1134 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1135 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1136 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1137 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1138 :     }
1139 :    
1140 :     if ($count >0){
1141 :     $content = $functional_data;
1142 :     }
1143 :     else
1144 :     {
1145 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1146 :     }
1147 :     return ($content);
1148 :     }
1149 :    
1150 :    
1151 :     #########################################
1152 :     #########################################
1153 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1154 :    
1155 :     use base qw(Observation);
1156 :    
1157 :     sub new {
1158 :    
1159 :     my ($class,$dataset) = @_;
1160 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1161 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1162 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1163 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1164 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1165 :    
1166 :     bless($self,$class);
1167 :     return $self;
1168 :     }
1169 :    
1170 :     sub display {
1171 :     my ($thing,$gd) = @_;
1172 :     my $lines = [];
1173 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1174 :     # 'short_title' => $thing->type,
1175 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1176 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1177 :    
1178 :     my $line_data = [];
1179 :     my $links_list = [];
1180 :     my $descriptions = [];
1181 : mkubal 1.19
1182 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1183 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1184 : arodri7 1.41
1185 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1186 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1187 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1188 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1189 : mkubal 1.7
1190 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1191 :     if($db eq "CDD"){
1192 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1193 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1194 :     $name_title = "name";
1195 :     $name_value = "not available";
1196 :     $description_title = "description";
1197 :     $description_value = "not available";
1198 :     }
1199 :     else{
1200 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1201 :     $name_title = "name";
1202 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1203 :     $description_title = "description";
1204 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1205 :     }
1206 :     }
1207 : arodri7 1.41 elsif($db =~ /PFAM/){
1208 : arodri7 1.50 my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1209 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1210 : arodri7 1.41 if(!scalar(@$pfam_objs)){
1211 :     $name_title = "name";
1212 :     $name_value = "not available";
1213 :     $description_title = "description";
1214 :     $description_value = "not available";
1215 :     }
1216 :     else{
1217 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1218 : arodri7 1.50 $name_title = "name";
1219 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1220 : arodri7 1.41 #$description_title = "description";
1221 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1222 :     }
1223 :     }
1224 :    
1225 :     my $short_title = $thing->acc;
1226 :     $short_title =~ s/::/ - /ig;
1227 : arodri7 1.50 my $new_short_title=$short_title;
1228 :     if ($short_title =~ /interpro/){
1229 :     ($new_short_title) = ($short_title) =~ /(.*?)_/;
1230 :     }
1231 : arodri7 1.41 my $line_config = { 'title' => $name_value,
1232 : paczian 1.47 'hover_title', => 'Domain',
1233 : arodri7 1.50 'short_title' => $new_short_title,
1234 : arodri7 1.27 'basepair_offset' => '1' };
1235 : mkubal 1.7
1236 : mkubal 1.19 my $name;
1237 : arodri7 1.50 my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1238 : arodri7 1.41 $name = {"title" => $db,
1239 : arodri7 1.50 "value" => $new_id};
1240 : mkubal 1.19 push(@$descriptions,$name);
1241 :    
1242 : arodri7 1.41 # my $description;
1243 :     # $description = {"title" => $description_title,
1244 :     # "value" => $description_value};
1245 :     # push(@$descriptions,$description);
1246 : mkubal 1.7
1247 :     my $score;
1248 :     $score = {"title" => "score",
1249 :     "value" => $thing->evalue};
1250 :     push(@$descriptions,$score);
1251 :    
1252 : arodri7 1.41 my $location;
1253 :     $location = {"title" => "location",
1254 :     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1255 :     push(@$descriptions,$location);
1256 :    
1257 : mkubal 1.7 my $link_id;
1258 : arodri7 1.41 if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1259 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1260 :     }
1261 :    
1262 :     my $link;
1263 : mkubal 1.12 my $link_url;
1264 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1265 :     elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1266 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1267 :    
1268 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1269 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1270 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1271 :    
1272 :     my $element_hash = {
1273 : arodri7 1.41 "title" => $name_value,
1274 : mkubal 1.7 "start" => $thing->start,
1275 :     "end" => $thing->stop,
1276 :     "color"=> $color,
1277 :     "zlayer" => '2',
1278 :     "links_list" => $links_list,
1279 :     "description" => $descriptions};
1280 :    
1281 :     push(@$line_data,$element_hash);
1282 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1283 :    
1284 :     return $gd;
1285 :    
1286 :     }
1287 : arodri7 1.28
1288 :     sub display_table {
1289 :     my ($self,$dataset) = @_;
1290 :     my $cgi = new CGI;
1291 :     my $data = [];
1292 :     my $count = 0;
1293 :     my $content;
1294 :    
1295 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1296 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1297 :     my $single_domain = [];
1298 :     $count++;
1299 :    
1300 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1301 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1302 :    
1303 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1304 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1305 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1306 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1307 : arodri7 1.28
1308 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1309 :     if($db eq "CDD"){
1310 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1311 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1312 :     $name_title = "name";
1313 :     $name_value = "not available";
1314 :     $description_title = "description";
1315 :     $description_value = "not available";
1316 :     }
1317 :     else{
1318 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1319 :     $name_title = "name";
1320 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1321 :     $description_title = "description";
1322 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1323 :     }
1324 :     }
1325 : arodri7 1.51 elsif($db =~ /PFAM/){
1326 :     my ($new_id) = ($id) =~ /(.*?)_/;
1327 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $new_id } );
1328 :     if(!scalar(@$pfam_objs)){
1329 :     $name_title = "name";
1330 :     $name_value = "not available";
1331 :     $description_title = "description";
1332 :     $description_value = "not available";
1333 :     }
1334 :     else{
1335 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1336 :     $name_title = "name";
1337 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1338 :     #$description_title = "description";
1339 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1340 :     }
1341 :     }
1342 : arodri7 1.28
1343 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1344 :    
1345 :     push(@$single_domain,$db);
1346 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1347 :     push(@$single_domain,$name_value);
1348 :     push(@$single_domain,$location);
1349 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1350 :     push(@$single_domain,$description_value);
1351 :     push(@$data,$single_domain);
1352 :     }
1353 :    
1354 :     if ($count >0){
1355 :     $content = $data;
1356 :     }
1357 :     else
1358 :     {
1359 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1360 :     }
1361 :     }
1362 :    
1363 : mkubal 1.7
1364 : arodri7 1.10 #########################################
1365 :     #########################################
1366 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1367 :    
1368 :     use base qw(Observation);
1369 :    
1370 :     sub new {
1371 :    
1372 :     my ($class,$dataset) = @_;
1373 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1374 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1375 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1376 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1377 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1378 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1379 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1380 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1381 : mkubal 1.30 $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1382 :     $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1383 : mkubal 1.12
1384 :     bless($self,$class);
1385 :     return $self;
1386 :     }
1387 :    
1388 : mkubal 1.36 sub display_cello {
1389 : arodri7 1.45 my ($thing) = @_;
1390 : mkubal 1.36 my $html;
1391 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1392 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1393 :     if($cello_location){
1394 : arodri7 1.40 $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1395 :     #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1396 : mkubal 1.36 }
1397 :     return ($html);
1398 :     }
1399 :    
1400 : mkubal 1.12 sub display {
1401 : arodri7 1.41 my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1402 : mkubal 1.12
1403 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1404 : arodri7 1.41 #my $fig= new FIG;
1405 : mkubal 1.12 my $length = length($fig->get_translation($fid));
1406 :    
1407 :     my $cleavage_prob;
1408 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1409 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1410 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1411 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1412 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1413 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1414 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1415 :    
1416 : mkubal 1.30 my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1417 :     my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1418 :    
1419 : mkubal 1.12 my $lines = [];
1420 :    
1421 :     #color is
1422 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1423 : mkubal 1.36
1424 :     =pod=
1425 :    
1426 : mkubal 1.12 if($cello_location){
1427 :     my $cello_descriptions = [];
1428 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1429 :    
1430 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1431 :     'short_title' => 'CELLO',
1432 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1433 : arodri7 1.28 'basepair_offset' => '1' };
1434 :    
1435 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1436 :     "value" => $cello_location};
1437 :    
1438 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1439 :    
1440 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1441 :     "value" => $cello_score};
1442 :    
1443 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1444 :    
1445 :     my $element_hash = {
1446 :     "title" => "CELLO",
1447 : mkubal 1.34 "color"=> $color,
1448 : mkubal 1.12 "start" => "1",
1449 :     "end" => $length + 1,
1450 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1451 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1452 :    
1453 :     push(@$line_data,$element_hash);
1454 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1455 : mkubal 1.12 }
1456 :    
1457 : arodri7 1.28 $color = "2";
1458 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1459 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1460 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1461 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1462 :     'basepair_offset' => '1' };
1463 :    
1464 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1465 :     my $descriptions = [];
1466 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1467 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1468 :     "value" => $tmpred_score};
1469 :    
1470 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1471 :    
1472 :     my $element_hash = {
1473 :     "title" => "transmembrane location",
1474 :     "start" => $begin + 1,
1475 :     "end" => $end + 1,
1476 :     "color"=> $color,
1477 :     "zlayer" => '5',
1478 : mkubal 1.34 "type" => 'box',
1479 : mkubal 1.12 "description" => $descriptions};
1480 :    
1481 :     push(@$line_data,$element_hash);
1482 : arodri7 1.28
1483 : mkubal 1.12 }
1484 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1485 : mkubal 1.12 }
1486 : arodri7 1.40 =cut
1487 : mkubal 1.12
1488 : mkubal 1.30 if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1489 :     my $line_data =[];
1490 : arodri7 1.40 my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1491 :     'short_title' => 'TM and SP',
1492 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1493 : mkubal 1.30 'basepair_offset' => '1' };
1494 :    
1495 :     foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1496 :     my $descriptions = [];
1497 : arodri7 1.40 my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1498 : mkubal 1.30 "value" => $tm_loc};
1499 :     push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1500 :    
1501 :     my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1502 :    
1503 :     my $element_hash = {
1504 : arodri7 1.40 "title" => "Phobius",
1505 : mkubal 1.30 "start" => $begin + 1,
1506 :     "end" => $end + 1,
1507 :     "color"=> '6',
1508 :     "zlayer" => '4',
1509 :     "type" => 'bigbox',
1510 :     "description" => $descriptions};
1511 :    
1512 :     push(@$line_data,$element_hash);
1513 :    
1514 :     }
1515 :    
1516 :     if($phobius_signal_location){
1517 :     my $descriptions = [];
1518 :     my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1519 :     "value" => $phobius_signal_location};
1520 :     push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1521 :    
1522 :    
1523 :     my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1524 :     my $element_hash = {
1525 :     "title" => "phobius signal locations",
1526 :     "start" => $begin + 1,
1527 :     "end" => $end + 1,
1528 :     "color"=> '1',
1529 :     "zlayer" => '5',
1530 :     "type" => 'box',
1531 :     "description" => $descriptions};
1532 :     push(@$line_data,$element_hash);
1533 :     }
1534 :    
1535 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1536 :     }
1537 :    
1538 : arodri7 1.40 =head3
1539 : arodri7 1.28 $color = "1";
1540 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1541 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1542 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1543 : arodri7 1.28
1544 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1545 :     'short_title' => 'SignalP',
1546 : paczian 1.48 'hover_title' => 'Localization',
1547 : arodri7 1.28 'basepair_offset' => '1' };
1548 :    
1549 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1550 :     "value" => $signal_peptide_score};
1551 :    
1552 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1553 :    
1554 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1555 :     "value" => $cleavage_prob};
1556 :    
1557 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1558 :    
1559 :     my $element_hash = {
1560 :     "title" => "SignalP",
1561 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1562 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1563 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1564 :     "color"=> $color,
1565 :     "zlayer" => '10',
1566 :     "description" => $descriptions};
1567 :    
1568 :     push(@$line_data,$element_hash);
1569 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1570 : mkubal 1.12 }
1571 : arodri7 1.40 =cut
1572 :    
1573 : mkubal 1.12 return ($gd);
1574 :    
1575 :     }
1576 :    
1577 :     sub cleavage_loc {
1578 :     my ($self) = @_;
1579 :    
1580 :     return $self->{cleavage_loc};
1581 :     }
1582 :    
1583 :     sub cleavage_prob {
1584 :     my ($self) = @_;
1585 :    
1586 :     return $self->{cleavage_prob};
1587 :     }
1588 :    
1589 :     sub signal_peptide_score {
1590 :     my ($self) = @_;
1591 :    
1592 :     return $self->{signal_peptide_score};
1593 :     }
1594 :    
1595 :     sub tmpred_score {
1596 :     my ($self) = @_;
1597 :    
1598 :     return $self->{tmpred_score};
1599 :     }
1600 :    
1601 :     sub tmpred_locations {
1602 :     my ($self) = @_;
1603 :    
1604 :     return $self->{tmpred_locations};
1605 :     }
1606 :    
1607 :     sub cello_location {
1608 :     my ($self) = @_;
1609 :    
1610 :     return $self->{cello_location};
1611 :     }
1612 :    
1613 :     sub cello_score {
1614 :     my ($self) = @_;
1615 :    
1616 :     return $self->{cello_score};
1617 :     }
1618 :    
1619 : mkubal 1.30 sub phobius_signal_location {
1620 :     my ($self) = @_;
1621 :     return $self->{phobius_signal_location};
1622 :     }
1623 :    
1624 :     sub phobius_tm_locations {
1625 :     my ($self) = @_;
1626 :     return $self->{phobius_tm_locations};
1627 :     }
1628 :    
1629 :    
1630 : mkubal 1.12
1631 :     #########################################
1632 :     #########################################
1633 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1634 :    
1635 :     use base qw(Observation);
1636 :    
1637 :     sub new {
1638 :    
1639 :     my ($class,$dataset) = @_;
1640 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1641 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1642 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1643 : arodri7 1.40 $self->{query} = $dataset->{'query'};
1644 : arodri7 1.10 $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1645 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1646 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1647 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1648 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1649 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1650 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1651 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1652 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1653 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1654 : arodri7 1.10
1655 :     bless($self,$class);
1656 :     return $self;
1657 :     }
1658 :    
1659 : arodri7 1.25 =head3 display()
1660 :    
1661 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1662 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1663 :    
1664 :     =cut
1665 :    
1666 :     sub display {
1667 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$array,$fig) = @_;
1668 :     #my $fig = new FIG;
1669 : arodri7 1.25
1670 : arodri7 1.41 my @ids;
1671 :     foreach my $thing(@$array){
1672 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1673 :     push (@ids, $thing->acc);
1674 :     }
1675 : arodri7 1.25
1676 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);
1677 : arodri7 1.25
1678 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$array){
1679 :     if ($thing->class eq "SIM"){
1680 :    
1681 :     my $peg = $thing->acc;
1682 :     my $query = $thing->query;
1683 :    
1684 :     my $organism = $thing->organism;
1685 :     my $genome = $fig->genome_of($peg);
1686 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1687 :     my $function = $thing->function;
1688 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1689 :     my $align_start = $thing->qstart;
1690 :     my $align_stop = $thing->qstop;
1691 :     my $hit_start = $thing->hstart;
1692 :     my $hit_stop = $thing->hstop;
1693 :    
1694 :     my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1695 :    
1696 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1697 :     'short_title' => "$abbrev_name",
1698 :     'title_link' => '$tax_link',
1699 :     'basepair_offset' => '0'
1700 :     };
1701 :    
1702 :     my $line_data = [];
1703 :    
1704 :     my $element_hash;
1705 :     my $links_list = [];
1706 :     my $descriptions = [];
1707 :    
1708 :     # get subsystem information
1709 : paczian 1.44 my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1710 : arodri7 1.41 my $link;
1711 :     $link = {"link_title" => $peg,
1712 :     "link" => $url_link};
1713 :     push(@$links_list,$link);
1714 :    
1715 :     #my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1716 :     my @subs = @{$in_subs{$peg}} if (defined $in_subs{$peg});
1717 :     my @subsystems;
1718 :    
1719 :     foreach my $array (@subs){
1720 :     my $subsystem = $$array[0];
1721 :     push(@subsystems,$subsystem);
1722 :     my $link;
1723 : paczian 1.44 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1724 : arodri7 1.41 "link_title" => $subsystem};
1725 :     push(@$links_list,$link);
1726 :     }
1727 :    
1728 :     $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1729 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query&peg2=$peg"};
1730 :     push (@$links_list,$link);
1731 :    
1732 :     my $description_function;
1733 :     $description_function = {"title" => "function",
1734 :     "value" => $function};
1735 :     push(@$descriptions,$description_function);
1736 :    
1737 :     my ($description_ss, $ss_string);
1738 :     $ss_string = join (",", @subsystems);
1739 :     $description_ss = {"title" => "subsystems",
1740 :     "value" => $ss_string};
1741 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1742 :    
1743 :     my $description_loc;
1744 :     $description_loc = {"title" => "location start",
1745 :     "value" => $hit_start};
1746 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1747 :    
1748 :     $description_loc = {"title" => "location stop",
1749 :     "value" => $hit_stop};
1750 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1751 :    
1752 :     my $evalue = $thing->evalue;
1753 :     while ($evalue =~ /-0/)
1754 :     {
1755 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1756 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1757 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1758 :     }
1759 :    
1760 :     my $color = &color($evalue);
1761 :    
1762 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1763 :     "value" => $evalue};
1764 :     push(@$descriptions, $description_eval);
1765 :    
1766 :     my $identity = $self->identity;
1767 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1768 :     "value" => $identity};
1769 :     push(@$descriptions, $description_identity);
1770 :    
1771 :     $element_hash = {
1772 :     "title" => $peg,
1773 :     "start" => $align_start,
1774 :     "end" => $align_stop,
1775 :     "type"=> 'box',
1776 :     "color"=> $color,
1777 :     "zlayer" => "2",
1778 :     "links_list" => $links_list,
1779 :     "description" => $descriptions
1780 :     };
1781 :     push(@$line_data,$element_hash);
1782 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1783 :     }
1784 : arodri7 1.25 }
1785 :     return ($gd);
1786 :     }
1787 :    
1788 : mkubal 1.34 =head3 display_domain_composition()
1789 :    
1790 :     If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1791 :    
1792 :     =cut
1793 :    
1794 :     sub display_domain_composition {
1795 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
1796 : mkubal 1.34
1797 : arodri7 1.45 #$fig = new FIG;
1798 : mkubal 1.34 my $peg = $self->acc;
1799 :    
1800 :     my $line_data = [];
1801 :     my $links_list = [];
1802 :     my $descriptions = [];
1803 :    
1804 :     my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1805 : arodri7 1.45 #my @domain_query_results = ();
1806 : mkubal 1.34 foreach $dqr (@domain_query_results){
1807 :     my $key = @$dqr[1];
1808 :     my @parts = split("::",$key);
1809 :     my $db = $parts[0];
1810 :     my $id = $parts[1];
1811 :     my $val = @$dqr[2];
1812 :     my $from;
1813 :     my $to;
1814 :     my $evalue;
1815 :    
1816 :     if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1817 :     my $raw_evalue = $1;
1818 :     $from = $2;
1819 :     $to = $3;
1820 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1821 :     my $part2 = 1000 - $1;
1822 :     my $part1 = $2/100;
1823 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
1824 :     }
1825 :     else{
1826 :     $evalue = "0.0";
1827 :     }
1828 :     }
1829 :    
1830 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
1831 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
1832 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
1833 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
1834 : mkubal 1.34 my ($name_value,$description_value);
1835 :    
1836 :     if($db eq "CDD"){
1837 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1838 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1839 :     $name_title = "name";
1840 :     $name_value = "not available";
1841 :     $description_title = "description";
1842 :     $description_value = "not available";
1843 :     }
1844 :     else{
1845 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1846 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1847 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1848 :     }
1849 :     }
1850 :    
1851 :     my $domain_name;
1852 :     $domain_name = {"title" => "name",
1853 : arodri7 1.45 "value" => $name_value};
1854 : mkubal 1.34 push(@$descriptions,$domain_name);
1855 :    
1856 :     my $description;
1857 :     $description = {"title" => "description",
1858 :     "value" => $description_value};
1859 :     push(@$descriptions,$description);
1860 :    
1861 :     my $score;
1862 :     $score = {"title" => "score",
1863 :     "value" => $evalue};
1864 :     push(@$descriptions,$score);
1865 :    
1866 :     my $link_id = $id;
1867 :     my $link;
1868 :     my $link_url;
1869 :     if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1870 :     elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1871 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1872 :    
1873 :     $link = {"link_title" => $name_value,
1874 :     "link" => $link_url};
1875 :     push(@$links_list,$link);
1876 :    
1877 :     my $domain_element_hash = {
1878 :     "title" => $peg,
1879 :     "start" => $from,
1880 :     "end" => $to,
1881 :     "type"=> 'box',
1882 :     "zlayer" => '4',
1883 :     "links_list" => $links_list,
1884 :     "description" => $descriptions
1885 :     };
1886 :    
1887 :     push(@$line_data,$domain_element_hash);
1888 :    
1889 :     #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
1890 :     last;
1891 :     }
1892 :    
1893 :     my $line_config = { 'title' => $peg,
1894 : paczian 1.47 'hover_title' => 'Domain',
1895 : mkubal 1.34 'short_title' => $peg,
1896 :     'basepair_offset' => '1' };
1897 : arodri7 1.45
1898 : mkubal 1.34 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1899 :    
1900 :     return ($gd);
1901 :    
1902 :     }
1903 :    
1904 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1905 : arodri7 1.10
1906 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1907 :     This code will display a table for the similarities protein
1908 :    
1909 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1910 :    
1911 :     =cut
1912 :    
1913 : mkubal 1.24 sub display_table {
1914 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;
1915 : paczian 1.52
1916 : arodri7 1.10 my $data = [];
1917 :     my $count = 0;
1918 :     my $content;
1919 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1920 : mkubal 1.24 my $cgi = new CGI;
1921 : arodri7 1.28 my @ids;
1922 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
1923 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
1924 :     push (@ids, $thing->acc);
1925 :     }
1926 :    
1927 : arodri7 1.31 my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1928 : arodri7 1.41 my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);
1929 : arodri7 1.35
1930 :     # get the column for the subsystems
1931 : arodri7 1.41 %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);
1932 : arodri7 1.35
1933 :     # get the column for the evidence codes
1934 : arodri7 1.41 %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1935 : arodri7 1.35
1936 :     # get the column for pfam_domain
1937 : arodri7 1.41 %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1938 :    
1939 :     my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
1940 :     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);
1941 : arodri7 1.42 #my $alias_col = {};
1942 : arodri7 1.31
1943 : arodri7 1.28 foreach my $thing (@$dataset) {
1944 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1945 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
1946 :     $count++;
1947 :    
1948 : arodri7 1.41 my $id = $thing->acc;
1949 : arodri7 1.45 my $taxid = $fig->genome_of($id);
1950 : arodri7 1.11 my $iden = $thing->identity;
1951 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1952 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1953 :     my $b1 = $thing->qstart;
1954 :     my $e1 = $thing->qstop;
1955 :     my $b2 = $thing->hstart;
1956 :     my $e2 = $thing->hstop;
1957 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1958 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1959 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1960 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1961 :    
1962 : arodri7 1.29 # checkbox column
1963 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1964 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1965 :     my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1966 : arodri7 1.40 my ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;
1967 : arodri7 1.31
1968 :     # get the linked fig id
1969 :     my $fig_col;
1970 :     if (defined ($e_identical{$id})){
1971 : paczian 1.44 $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1972 : arodri7 1.31 }
1973 :     else{
1974 : paczian 1.44 $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1975 : arodri7 1.28 }
1976 :    
1977 : arodri7 1.41 push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,
1978 :     "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function); # permanent columns
1979 :    
1980 : arodri7 1.35 foreach my $col (sort keys %$scroll_list){
1981 :     if ($col =~ /associated_subsystem/) {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}
1982 :     elsif ($col =~ /evidence/) {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}
1983 :     elsif ($col =~ /pfam_domains/) {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}
1984 : arodri7 1.41 elsif ($col =~ /ncbi_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"NCBI"});}
1985 :     elsif ($col =~ /refseq_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"RefSeq"});}
1986 :     elsif ($col =~ /swissprot_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"SwissProt"});}
1987 :     elsif ($col =~ /uniprot_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"UniProt"});}
1988 :     elsif ($col =~ /tigr_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}
1989 :     elsif ($col =~ /pir_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}
1990 :     elsif ($col =~ /kegg_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}
1991 : arodri7 1.42 #elsif ($col =~ /trembl_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}
1992 : arodri7 1.41 elsif ($col =~ /asap_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}
1993 :     elsif ($col =~ /jgi_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}
1994 : arodri7 1.45 #elsif ($col =~ /taxonomy/) {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}
1995 : arodri7 1.46 elsif ($col =~ /taxonomy/) {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}
1996 : arodri7 1.32 }
1997 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
1998 :     }
1999 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
2000 :     $content = $data;
2001 : arodri7 1.10 }
2002 : arodri7 1.26 else{
2003 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
2004 :     }
2005 :     return ($content);
2006 :     }
2007 : arodri7 1.11
2008 : arodri7 1.29 sub get_box_column{
2009 :     my ($ids) = @_;
2010 :     my %column;
2011 :     foreach my $id (@$ids){
2012 :     my $field_name = "tables_" . $id;
2013 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
2014 :     $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
2015 :     }
2016 :     return (%column);
2017 :     }
2018 :    
2019 :     sub get_subsystems_column{
2020 : arodri7 1.41 my ($ids,$fig) = @_;
2021 : arodri7 1.29
2022 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
2023 : arodri7 1.29 my $cgi = new CGI;
2024 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
2025 :     my %column;
2026 :     foreach my $id (@$ids){
2027 : arodri7 1.32 my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
2028 :     my @subsystems;
2029 :    
2030 : arodri7 1.29 if (@in_sub > 0) {
2031 : arodri7 1.32 foreach my $array(@in_sub){
2032 : arodri7 1.41 my $ss = $$array[0];
2033 :     $ss =~ s/_/ /ig;
2034 :     push (@subsystems, "-" . $ss);
2035 : arodri7 1.32 }
2036 :     my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2037 :     $column{$id} = $in_sub_line;
2038 : arodri7 1.29 } else {
2039 :     $column{$id} = "&nbsp;";
2040 :     }
2041 :     }
2042 :     return (%column);
2043 :     }
2044 :    
2045 : arodri7 1.31 sub get_essentially_identical{
2046 : arodri7 1.41 my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2047 :     #my $fig = new FIG;
2048 :    
2049 : arodri7 1.31 my %id_list;
2050 : arodri7 1.41 #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2051 : arodri7 1.31
2052 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$dataset){
2053 :     if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2054 :     my $rows = $thing->rows;
2055 :     my $count_identical = 0;
2056 :     foreach my $row (@$rows) {
2057 :     my $id = $row->[0];
2058 :     if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2059 :     $id_list{$id} = 1;
2060 :     }
2061 :     }
2062 :     }
2063 : arodri7 1.31 }
2064 : arodri7 1.41
2065 :     # foreach my $id (@maps_to) {
2066 :     # if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2067 :     # $id_list{$id} = 1;
2068 :     # }
2069 :     # }
2070 : arodri7 1.31 return(%id_list);
2071 :     }
2072 :    
2073 :    
2074 : arodri7 1.29 sub get_evidence_column{
2075 : arodri7 1.41 my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2076 :     #my $fig = new FIG;
2077 : arodri7 1.29 my $cgi = new CGI;
2078 :     my (%column, %code_attributes);
2079 :    
2080 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2081 : arodri7 1.29 foreach my $key (@codes){
2082 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
2083 :     }
2084 :    
2085 :     foreach my $id (@$ids){
2086 :     # add evidence code with tool tip
2087 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
2088 :    
2089 : arodri7 1.41 my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2090 :     my @ev_codes = ();
2091 :     foreach my $code (@codes) {
2092 :     my $pretty_code = $code->[2];
2093 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
2094 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2095 :     $ss =~ s/_/ /g;
2096 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2097 :     }
2098 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
2099 :     }
2100 : arodri7 1.29
2101 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2102 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2103 :     $ev_codes = $cgi->a(
2104 :     {
2105 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2106 :     }
2107 :     $column{$id}=$ev_codes;
2108 :     }
2109 :     return (%column);
2110 :     }
2111 :    
2112 : arodri7 1.33 sub get_pfam_column{
2113 : arodri7 1.41 my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2114 :     #my $fig = new FIG;
2115 : arodri7 1.33 my $cgi = new CGI;
2116 : arodri7 1.40 my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);
2117 : paczian 1.52 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology',
2118 :     -host => $WebConfig::DBHOST,
2119 :     -user => $WebConfig::DBUSER,
2120 :     -password => $WebConfig::DBPWD);
2121 : arodri7 1.33
2122 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;
2123 : arodri7 1.33 foreach my $key (@codes){
2124 : arodri7 1.41 my $name = $key->[1];
2125 :     if ($name =~ /_/){
2126 :     ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2127 :     }
2128 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2129 :     push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2130 : arodri7 1.33 }
2131 :    
2132 :     foreach my $id (@$ids){
2133 : arodri7 1.41 # add evidence code
2134 : arodri7 1.33 my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2135 :     my @pfam_codes = "";
2136 :     my %description_codes;
2137 :    
2138 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2139 : arodri7 1.40 my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2140 : arodri7 1.33 @pfam_codes = ();
2141 : arodri7 1.40
2142 :     # get only unique values
2143 :     my %saw;
2144 :     foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2145 :     @ncodes = keys %saw;
2146 :    
2147 :     foreach my $code (@ncodes) {
2148 : arodri7 1.33 my @parts = split("::",$code);
2149 :     my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2150 : arodri7 1.40
2151 :     # get the locations for the domain
2152 :     my @locs;
2153 :     foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2154 :     my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2155 :     push (@locs,$loc);
2156 :     }
2157 : arodri7 1.41 my %locsaw;
2158 :     foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2159 :     @locs = keys %locsaw;
2160 :    
2161 : arodri7 1.40 my $locations = join (", ", @locs);
2162 :    
2163 : arodri7 1.33 if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2164 : arodri7 1.40 push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2165 : arodri7 1.33 }
2166 :     else {
2167 :     my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2168 :     $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};
2169 : arodri7 1.40 push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2170 : arodri7 1.33 }
2171 :     }
2172 :     }
2173 :    
2174 :     $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);
2175 :     }
2176 :     return (%column);
2177 :    
2178 :     }
2179 : mkubal 1.12
2180 : arodri7 1.41 sub get_aliases {
2181 :     my ($ids,$fig) = @_;
2182 : arodri7 1.31
2183 : arodri7 1.41 my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2184 :     foreach my $id (@$ids){
2185 :     foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2186 :     my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2187 :     next if ($aliases->{$id}->{$id_db});
2188 :     $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2189 : arodri7 1.28 }
2190 :     }
2191 : arodri7 1.41 return ($aliases);
2192 : arodri7 1.28 }
2193 :    
2194 : arodri7 1.33 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2195 :    
2196 : arodri7 1.26 sub color {
2197 : paczian 1.44 my ($evalue) = @_;
2198 :     my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
2199 : arodri7 1.26 my $color;
2200 : paczian 1.44 if ($evalue <= 1e-170){ $color = $palette->[0]; }
2201 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = $palette->[1]; }
2202 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = $palette->[2]; }
2203 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = $palette->[3]; }
2204 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = $palette->[4]; }
2205 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = $palette->[5]; }
2206 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = $palette->[6]; }
2207 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = $palette->[7]; }
2208 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = $palette->[8]; }
2209 :     else{ $color = $palette->[9]; }
2210 : arodri7 1.26 return ($color);
2211 :     }
2212 : arodri7 1.13
2213 :    
2214 :     ############################
2215 :     package Observation::Cluster;
2216 :    
2217 :     use base qw(Observation);
2218 :    
2219 :     sub new {
2220 :    
2221 :     my ($class,$dataset) = @_;
2222 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2223 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
2224 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
2225 :     return $self;
2226 :     }
2227 :    
2228 :     sub display {
2229 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2230 : mkubal 1.24
2231 :     my $fid = $self->fig_id;
2232 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
2233 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
2234 : arodri7 1.41 my $range = $gd_window_size;
2235 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
2236 : arodri7 1.38 my $gene_associations={};
2237 : arodri7 1.13
2238 :     #get the organism genome
2239 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2240 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2241 :     $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2242 :     $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2243 : arodri7 1.13
2244 :     # get location of the gene
2245 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
2246 :     my ($contig, $beg, $end);
2247 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
2248 : arodri7 1.13
2249 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2250 :     $contig = $1;
2251 :     $beg = $2;
2252 :     $end = $3;
2253 :     }
2254 :    
2255 : arodri7 1.22 my $offset;
2256 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
2257 :     if ($beg < $end)
2258 :     {
2259 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range);
2260 :     $region_end = $end+ ($range);
2261 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2262 : arodri7 1.13 }
2263 :     else
2264 :     {
2265 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range);
2266 :     $region_end = $beg+($range);
2267 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2268 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2269 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2270 : arodri7 1.21 }
2271 : arodri7 1.13
2272 :     # call genes in region
2273 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2274 : arodri7 1.42 #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2275 :     # push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2276 :     #}
2277 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
2278 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
2279 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2280 : mkubal 1.14
2281 :     my %all_genes;
2282 :     my %all_genomes;
2283 : arodri7 1.42 foreach my $feature (@$target_gene_features){
2284 :     #if ($feature =~ /peg/){
2285 :     $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2286 :     #}
2287 :     }
2288 :    
2289 : arodri7 1.41 my @selected_sims;
2290 : arodri7 1.16
2291 : arodri7 1.40 if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2292 : arodri7 1.37 # get the selected boxes
2293 : arodri7 1.38 my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2294 : arodri7 1.37
2295 :     # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2296 : arodri7 1.41 if (@selected_taxonomy > 0){
2297 :     foreach my $sim (@$sims_array){
2298 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2299 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2300 : arodri7 1.37
2301 : arodri7 1.41 #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2302 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2303 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2304 :     #my $lineage = $taxes->{$genome1};
2305 :     my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2306 : arodri7 1.38 foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2307 :     if ($lineage =~ /$taxon/){
2308 : arodri7 1.41 #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2309 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2310 : arodri7 1.38 }
2311 : arodri7 1.37 }
2312 :     }
2313 :     }
2314 : arodri7 1.40 else{
2315 :     my $simcount = 0;
2316 : arodri7 1.41 foreach my $sim (@$sims_array){
2317 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2318 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2319 :    
2320 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2321 : arodri7 1.40 $simcount++;
2322 :     last if ($simcount > 4);
2323 :     }
2324 :     }
2325 : arodri7 1.16
2326 : arodri7 1.41 my %saw;
2327 :     @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2328 :    
2329 : arodri7 1.37 # get the gene context for the sorted matches
2330 :     foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2331 :     #get the organism genome
2332 :     my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2333 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2334 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2335 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2336 : arodri7 1.37
2337 :     # get location of the gene
2338 :     my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2339 :     my ($contig, $beg, $end);
2340 :    
2341 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2342 :     $contig = $1;
2343 :     $beg = $2;
2344 :     $end = $3;
2345 :     }
2346 :    
2347 :     my $offset;
2348 :     my ($region_start, $region_end);
2349 :     if ($beg < $end)
2350 :     {
2351 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range/2);
2352 :     $region_end = $end+($range/2);
2353 : arodri7 1.38 $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
2354 : arodri7 1.37 }
2355 :     else
2356 :     {
2357 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range/2);
2358 :     $region_end = $beg+($range/2);
2359 : arodri7 1.38 $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2360 :     $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2361 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2362 : arodri7 1.37 }
2363 :    
2364 :     # call genes in region
2365 :     my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2366 :     push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2367 :     push (@start_array_region, $offset);
2368 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2369 :     $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2370 : arodri7 1.16 }
2371 : mkubal 1.14
2372 :     }
2373 : arodri7 1.41
2374 : arodri7 1.42 #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2375 : arodri7 1.38 # cluster the genes
2376 :     my @all_pegs = keys %all_genes;
2377 :     my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2378 : arodri7 1.42 #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2379 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
2380 : arodri7 1.21
2381 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
2382 :     my $sample_peg = @$region[0];
2383 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2384 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2385 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2386 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2387 :     #my $lineage = $taxes->{$genome1};
2388 :     my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2389 : arodri7 1.40 #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2390 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2391 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
2392 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
2393 :     };
2394 :    
2395 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
2396 : arodri7 1.16
2397 : arodri7 1.40 my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
2398 : arodri7 1.25 'short_title' => "",
2399 : arodri7 1.38 'basepair_offset' => '0',
2400 :     'no_middle_line' => '1'
2401 : arodri7 1.25 };
2402 :    
2403 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
2404 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
2405 :    
2406 :     # initialize variables to check for overlap in genes
2407 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2408 :     my $major_line_flag = 0;
2409 :     my $prev_second_flag = 0;
2410 :    
2411 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
2412 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
2413 : mkubal 1.14 my $element_hash;
2414 :     my $links_list = [];
2415 :     my $descriptions = [];
2416 : arodri7 1.38
2417 :     my $color = $color_sets->{$fid1};
2418 : arodri7 1.26
2419 : arodri7 1.18 # get subsystem information
2420 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
2421 : paczian 1.44 my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
2422 : arodri7 1.18
2423 :     my $link;
2424 :     $link = {"link_title" => $fid1,
2425 :     "link" => $url_link};
2426 :     push(@$links_list,$link);
2427 :    
2428 : arodri7 1.41 my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
2429 :     my @subsystems;
2430 :     foreach my $array (@subs){
2431 :     my $subsystem = $$array[0];
2432 :     my $ss = $subsystem;
2433 :     $ss =~ s/_/ /ig;
2434 :     push (@subsystems, $ss);
2435 : arodri7 1.18 my $link;
2436 : paczian 1.44 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
2437 : arodri7 1.41 "link_title" => $ss};
2438 : arodri7 1.18 push(@$links_list,$link);
2439 :     }
2440 : arodri7 1.41
2441 :     if ($fid1 eq $fid){
2442 :     my $link;
2443 :     $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
2444 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
2445 :     push (@$links_list,$link);
2446 :     }
2447 :    
2448 : arodri7 1.18 my $description_function;
2449 :     $description_function = {"title" => "function",
2450 :     "value" => $function};
2451 :     push(@$descriptions,$description_function);
2452 :    
2453 :     my $description_ss;
2454 : arodri7 1.41 my $ss_string = join (", ", @subsystems);
2455 : arodri7 1.18 $description_ss = {"title" => "subsystems",
2456 :     "value" => $ss_string};
2457 :     push(@$descriptions,$description_ss);
2458 :    
2459 : arodri7 1.16
2460 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2461 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2462 :     my($start,$stop);
2463 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
2464 :     $stop = $3 - $offsetting;
2465 : arodri7 1.25
2466 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2467 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2468 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2469 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2470 :     $second_line_flag = 1;
2471 :     $major_line_flag = 1;
2472 :     }
2473 :     }
2474 :     $prev_start = $start;
2475 :     $prev_stop = $stop;
2476 :     $prev_fig = $fid1;
2477 :    
2478 :     if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2479 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
2480 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
2481 :     }
2482 :    
2483 : arodri7 1.41 my $title = $fid1;
2484 :     if ($fid1 eq $fid){
2485 :     $title = "My query gene: $fid1";
2486 :     }
2487 :    
2488 : mkubal 1.14 $element_hash = {
2489 : arodri7 1.41 "title" => $title,
2490 : mkubal 1.14 "start" => $start,
2491 :     "end" => $stop,
2492 :     "type"=> 'arrow',
2493 :     "color"=> $color,
2494 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
2495 :     "links_list" => $links_list,
2496 :     "description" => $descriptions
2497 : mkubal 1.14 };
2498 : arodri7 1.25
2499 :     # if there is an overlap, put into second line
2500 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2501 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2502 : arodri7 1.41
2503 :     if ($fid1 eq $fid){
2504 :     $element_hash = {
2505 :     "title" => 'Query',
2506 :     "start" => $start,
2507 :     "end" => $stop,
2508 :     "type"=> 'bigbox',
2509 :     "color"=> $color,
2510 :     "zlayer" => "1"
2511 :     };
2512 :    
2513 :     # if there is an overlap, put into second line
2514 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2515 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2516 :     }
2517 : mkubal 1.14 }
2518 :     }
2519 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
2520 : arodri7 1.40 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
2521 : mkubal 1.14 }
2522 : arodri7 1.41 return ($gd, \@selected_sims);
2523 : mkubal 1.14 }
2524 :    
2525 : arodri7 1.38 sub cluster_genes {
2526 :     my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
2527 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
2528 :    
2529 :     my @color_sets = ();
2530 :    
2531 :     $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
2532 :    
2533 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2534 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
2535 :     if (! $seen{$i}) {
2536 :     $cluster = [$i];
2537 :     $seen{$i} = 1;
2538 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
2539 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
2540 :     foreach $k (@$x) {
2541 :     if (! $seen{$k}) {
2542 :     push(@$cluster,$k);
2543 :     $seen{$k} = 1;
2544 :     }
2545 :     }
2546 :     }
2547 :    
2548 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
2549 :     push(@color_sets,$cluster);
2550 :     }
2551 :     }
2552 :     }
2553 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
2554 :     $red_set = $color_sets[$i];
2555 :     splice(@color_sets,$i,1);
2556 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
2557 :     unshift(@color_sets,$red_set);
2558 :    
2559 :     my $color_sets = {};
2560 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
2561 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
2562 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
2563 :     }
2564 :     }
2565 :     return $color_sets;
2566 :     }
2567 :    
2568 :     sub get_connections_by_similarity {
2569 :     my($fig,$all_pegs) = @_;
2570 :     my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2571 :     my($sim,%conn,$x,$y);
2572 :    
2573 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2574 :     $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
2575 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
2576 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2577 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2578 :     }
2579 :     }
2580 :    
2581 :     foreach $y (keys(%pos_of)) {
2582 : arodri7 1.41 $x = $pos_of{$y};
2583 : arodri7 1.38 for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2584 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2585 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2586 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2587 :     }
2588 :     }
2589 :     }
2590 :    
2591 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2592 : arodri7 1.42 foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
2593 : arodri7 1.38 if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2594 :     foreach $y (@$x) {
2595 :     push(@{$conn{$i}},$y);
2596 :     }
2597 :     }
2598 :     }
2599 :     }
2600 :     return \%conn;
2601 :     }
2602 :    
2603 :     sub in {
2604 :     my($x,$xL) = @_;
2605 :     my($i);
2606 :    
2607 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
2608 :     return ($i < @$xL);
2609 :     }
2610 : arodri7 1.41
2611 :     #############################################
2612 :     #############################################
2613 :     package Observation::Commentary;
2614 :    
2615 :     use base qw(Observation);
2616 :    
2617 :     =head3 display_protein_commentary()
2618 :    
2619 :     =cut
2620 :    
2621 :     sub display_protein_commentary {
2622 :     my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
2623 :    
2624 :     my $all_rows = [];
2625 :     my $content;
2626 :     #my $fig = new FIG;
2627 :     my $cgi = new CGI;
2628 :     my $count = 0;
2629 :     my $peg_array = [];
2630 :     my (%evidence_column, %subsystems_column, %e_identical);
2631 :    
2632 :     if (@$dataset != 1){
2633 :     foreach my $thing (@$dataset){
2634 :     if ($thing->class eq "SIM"){
2635 :     push (@$peg_array, $thing->acc);
2636 :     }
2637 :     }
2638 :     # get the column for the evidence codes
2639 :     %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);
2640 :    
2641 :     # get the column for the subsystems
2642 :     %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);
2643 :    
2644 :     # get essentially identical seqs
2645 :     %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
2646 :     }
2647 :     else{
2648 :     push (@$peg_array, @$dataset);
2649 :     }
2650 :    
2651 :     my $selected_sims = [];
2652 :     foreach my $id (@$peg_array){
2653 :     last if ($count > 10);
2654 :     my $row_data = [];
2655 :     my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
2656 :     $org = $fig->org_of($id);
2657 :     $function = $fig->function_of($id);
2658 :     if ($mypeg ne $id){
2659 : paczian 1.47 $function_cell = "<input type='radio' name='function' id='$id' value='$function' onClick=\"clearText('setAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
2660 :     $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2661 : arodri7 1.41 if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2662 :     }
2663 :     else{
2664 :     $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
2665 : paczian 1.47 $id_cell = "<input type='checkbox' name='peg' id='peg$count' value='$id' checked='true'>";
2666 :     $id_cell .= "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>"; # &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2667 : arodri7 1.41 }
2668 :    
2669 :     push(@$row_data,$id_cell);
2670 :     push(@$row_data,$org);
2671 :     push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2672 :     push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2673 :     push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
2674 :     push(@$row_data,$function_cell);
2675 :     push(@$all_rows,$row_data);
2676 :     push (@$selected_sims, $id);
2677 :     $count++;
2678 :     }
2679 :    
2680 :     if ($count >0){
2681 :     $content = $all_rows;
2682 :     }
2683 :     else{
2684 :     $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
2685 :     }
2686 :     return ($content,$selected_sims);
2687 :     }
2688 :    
2689 :     sub display_protein_history {
2690 :     my ($self, $id,$fig) = @_;
2691 :     my $all_rows = [];
2692 :     my $content;
2693 :    
2694 :     my $cgi = new CGI;
2695 :     my $count = 0;
2696 :     foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
2697 :     my $row = [];
2698 :     my $col1 = $feat->[2];
2699 :     my $col2 = $feat->[1];
2700 :     #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
2701 :     my $text = $feat->[3];
2702 :    
2703 :     push (@$row, $col1);
2704 :     push (@$row, $col2);
2705 :     push (@$row, $text);
2706 :     push (@$all_rows, $row);
2707 :     $count++;
2708 :     }
2709 :     if ($count > 0){
2710 :     $content = $all_rows;
2711 :     }
2712 :     else {
2713 :     $content = "There is no history for this PEG";
2714 :     }
2715 :    
2716 :     return($content);
2717 :     }

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