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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.46 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : mkubal 1.19 use lib '/vol/ontologies';
4 :     use DBMaster;
5 : mkubal 1.34 use Data::Dumper;
6 : mkubal 1.19
7 : mkubal 1.1 require Exporter;
8 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9 :    
10 : paczian 1.44 use WebColors;
11 :    
12 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
13 : mkubal 1.30 #use strict;
14 : arodri7 1.16 #use warnings;
15 : arodri7 1.9 use HTML;
16 : mkubal 1.1
17 :     1;
18 :    
19 : arodri7 1.46 # $Id: Observation.pm,v 1.45 2007/11/28 21:02:41 arodri7 Exp $
20 : mkubal 1.1
21 :     =head1 NAME
22 :    
23 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
24 :    
25 :     =head1 DESCRIPTION
26 :    
27 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
28 :     single interface to this data.
29 :    
30 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
31 :    
32 :     =cut
33 :    
34 :     =head1 BACKGROUND
35 :    
36 :     =head2 Data incorporated in the Observations
37 :    
38 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
39 :    
40 :     =head3 SEED core evidence
41 :    
42 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
43 :    
44 :     =head3 Attribute based Evidence
45 :    
46 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
47 :    
48 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
49 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
50 :    
51 :     =head1 METHODS
52 :    
53 :     The public methods this package provides are listed below:
54 :    
55 :    
56 : mkubal 1.24 =head3 context()
57 :    
58 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
59 : mkubal 1.1
60 :     =cut
61 :    
62 : mkubal 1.24 sub context {
63 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
64 :    
65 : mkubal 1.24 return $self->{context};
66 : mkubal 1.1 }
67 :    
68 : mkubal 1.24 =head3 rows()
69 : mkubal 1.1
70 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
71 : mkubal 1.1
72 : mkubal 1.24 =cut
73 :    
74 :     sub rows {
75 :     my ($self) = @_;
76 :    
77 :     return $self->{rows};
78 :     }
79 :    
80 :     =head3 acc()
81 :    
82 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
83 : mkubal 1.1
84 :     =cut
85 :    
86 : mkubal 1.24 sub acc {
87 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
88 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
89 : mkubal 1.1 }
90 :    
91 : arodri7 1.40 =head3 query()
92 :    
93 :     The query id
94 :    
95 :     =cut
96 :    
97 :     sub query {
98 :     my ($self) = @_;
99 :     return $self->{query};
100 :     }
101 :    
102 :    
103 : mkubal 1.1 =head3 class()
104 :    
105 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
106 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
107 : mkubal 1.7
108 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
109 :    
110 :     =over 9
111 :    
112 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
113 :    
114 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
115 : mkubal 1.1
116 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
117 : mkubal 1.1
118 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
119 : mkubal 1.1
120 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
121 : mkubal 1.1
122 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
123 : mkubal 1.1
124 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
125 : mkubal 1.1
126 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
127 : mkubal 1.1
128 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
129 : mkubal 1.1
130 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
131 :    
132 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
133 : mkubal 1.1
134 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
135 : mkubal 1.1
136 :     =back
137 :    
138 :     =cut
139 :    
140 :     sub class {
141 :     my ($self) = @_;
142 :    
143 :     return $self->{class};
144 :     }
145 :    
146 :     =head3 type()
147 :    
148 :     The type of evidence (required).
149 :    
150 :     Where type is one of the following:
151 :    
152 :     =over 8
153 :    
154 :     =item seq=Sequence similarity
155 :    
156 :     =item dom=domain based match
157 :    
158 :     =item loc=Localization of the feature
159 :    
160 :     =item fc=Functional coupling.
161 :    
162 :     =back
163 :    
164 :     =cut
165 :    
166 :     sub type {
167 :     my ($self) = @_;
168 :    
169 : arodri7 1.26 return $self->{type};
170 : mkubal 1.1 }
171 :    
172 :     =head3 start()
173 :    
174 :     Start of hit in query sequence.
175 :    
176 :     =cut
177 :    
178 :     sub start {
179 :     my ($self) = @_;
180 :    
181 :     return $self->{start};
182 :     }
183 :    
184 :     =head3 end()
185 :    
186 :     End of the hit in query sequence.
187 :    
188 :     =cut
189 :    
190 :     sub stop {
191 :     my ($self) = @_;
192 :    
193 :     return $self->{stop};
194 :     }
195 :    
196 : arodri7 1.11 =head3 start()
197 :    
198 :     Start of hit in query sequence.
199 :    
200 :     =cut
201 :    
202 :     sub qstart {
203 :     my ($self) = @_;
204 :    
205 :     return $self->{qstart};
206 :     }
207 :    
208 :     =head3 qstop()
209 :    
210 :     End of the hit in query sequence.
211 :    
212 :     =cut
213 :    
214 :     sub qstop {
215 :     my ($self) = @_;
216 :    
217 :     return $self->{qstop};
218 :     }
219 :    
220 :     =head3 hstart()
221 :    
222 :     Start of hit in hit sequence.
223 :    
224 :     =cut
225 :    
226 :     sub hstart {
227 :     my ($self) = @_;
228 :    
229 :     return $self->{hstart};
230 :     }
231 :    
232 :     =head3 end()
233 :    
234 :     End of the hit in hit sequence.
235 :    
236 :     =cut
237 :    
238 :     sub hstop {
239 :     my ($self) = @_;
240 :    
241 :     return $self->{hstop};
242 :     }
243 :    
244 :     =head3 qlength()
245 :    
246 :     length of the query sequence in similarities
247 :    
248 :     =cut
249 :    
250 :     sub qlength {
251 :     my ($self) = @_;
252 :    
253 :     return $self->{qlength};
254 :     }
255 :    
256 :     =head3 hlength()
257 :    
258 :     length of the hit sequence in similarities
259 :    
260 :     =cut
261 :    
262 :     sub hlength {
263 :     my ($self) = @_;
264 :    
265 :     return $self->{hlength};
266 :     }
267 :    
268 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
269 :    
270 :     E-value or P-Value if present.
271 :    
272 :     =cut
273 :    
274 :     sub evalue {
275 :     my ($self) = @_;
276 :    
277 :     return $self->{evalue};
278 :     }
279 :    
280 :     =head3 score()
281 :    
282 :     Score if present.
283 :    
284 :     =cut
285 :    
286 :     sub score {
287 :     my ($self) = @_;
288 :     return $self->{score};
289 :     }
290 :    
291 : mkubal 1.12 =head3 display()
292 : mkubal 1.1
293 : mkubal 1.12 will be different for each type
294 : mkubal 1.1
295 :     =cut
296 :    
297 : mkubal 1.7 sub display {
298 : mkubal 1.1
299 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
300 : mkubal 1.1
301 :     }
302 :    
303 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
304 : mkubal 1.7
305 : mkubal 1.24 will be different for each type
306 : mkubal 1.1
307 : mkubal 1.24 =cut
308 : mkubal 1.1
309 : mkubal 1.24 sub display_table {
310 :    
311 :     die "Abstract Table Method Called\n";
312 : mkubal 1.1
313 :     }
314 :    
315 :     =head3 get_objects()
316 :    
317 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
318 :    
319 :     =cut
320 :    
321 :     sub get_objects {
322 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;
323 : paczian 1.44
324 : mkubal 1.7 my $objects = [];
325 :     my @matched_datasets=();
326 : mkubal 1.1
327 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
328 :     # returns an array of arrays of hashes
329 :    
330 : mkubal 1.24 if($scope){
331 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
332 : mkubal 1.7 }
333 :     else{
334 :     my %domain_classes;
335 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
336 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
337 : arodri7 1.41 $domain_classes{'PFAM'} = 1;
338 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
339 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
340 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);
341 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
342 :     get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
344 : mkubal 1.1 }
345 : mkubal 1.7
346 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
347 :     my $object;
348 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
349 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
350 :     }
351 : arodri7 1.41 elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
352 : arodri7 1.9 $object = Observation::FC->new($dataset);
353 :     }
354 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
355 : arodri7 1.9 $object = Observation::Identical->new($dataset);
356 :     }
357 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
358 : mkubal 1.12 $object = Observation::Location->new($dataset);
359 :     }
360 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
361 : arodri7 1.10 $object = Observation::Sims->new($dataset);
362 :     }
363 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
364 : arodri7 1.15 $object = Observation::Cluster->new($dataset);
365 :     }
366 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
367 : mkubal 1.20 $object = Observation::PDB->new($dataset);
368 :     }
369 :    
370 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
371 : mkubal 1.1 }
372 : mkubal 1.7
373 :     return $objects;
374 : mkubal 1.1
375 :     }
376 :    
377 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
378 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
379 :    
380 :     =cut
381 :     sub display_housekeeping {
382 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig) = @_;
383 :     my $content = [];
384 :     my $row = [];
385 : arodri7 1.28
386 :     my $org_name = $fig->org_of($fid);
387 : arodri7 1.45 my $org_id = $fig->genome_of($fid);
388 : arodri7 1.28 my $function = $fig->function_of($fid);
389 : arodri7 1.41 #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
390 :     my $length = $fig->translation_length($fid);
391 :    
392 :     push (@$row, $org_name);
393 :     push (@$row, $fid);
394 :     push (@$row, $length);
395 :     push (@$row, $function);
396 :    
397 :     # initialize the table for commentary and annotations
398 :     #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
399 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
400 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
401 :     #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
402 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
403 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
404 :     #$content .= qq(</table><p>\n);
405 :    
406 :     push(@$content, $row);
407 : arodri7 1.28
408 :     return ($content);
409 :     }
410 :    
411 :     =head3 get_sims_summary
412 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
413 :    
414 :     =cut
415 :    
416 :     sub get_sims_summary {
417 : arodri7 1.42 my ($observation, $fid, $taxes, $dataset, $fig) = @_;
418 : arodri7 1.28 my %families;
419 : arodri7 1.42 #my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");
420 :    
421 :     foreach my $thing (@$dataset) {
422 :     next if ($thing->class ne "SIM");
423 :    
424 :     my $id = $thing->acc;
425 :     my $evalue = $thing->evalue;
426 : arodri7 1.28
427 : arodri7 1.42 next if ($id !~ /fig\|/);
428 :     next if ($fig->is_deleted_fid($id));
429 :     my $genome = $fig->genome_of($id);
430 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
431 :     #my $taxonomy = $taxes->{$genome1};
432 :     my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($genome); # use this if the taxonomies have been updated
433 : arodri7 1.28 my $parent_tax = "Root";
434 : arodri7 1.38 my @currLineage = ($parent_tax);
435 : arodri7 1.28 foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
436 :     push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
437 : arodri7 1.38 push (@currLineage, $tax);
438 : arodri7 1.28 $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
439 : arodri7 1.38 $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
440 : arodri7 1.39 if (defined ($families{evalue}{$tax})){
441 :     if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){
442 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
443 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
444 : arodri7 1.39 }
445 :     }
446 :     else{
447 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
448 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
449 : arodri7 1.39 }
450 :    
451 : arodri7 1.28 $parent_tax = $tax;
452 :     }
453 :     }
454 :    
455 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
456 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
457 :    
458 :     my %saw;
459 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
460 :     $families{children}{$key} = \@out;
461 :     }
462 :     return (\%families);
463 :     }
464 :    
465 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
466 :    
467 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
468 :    
469 :     B<Please do not use them outside of this package!>
470 :    
471 :     =cut
472 :    
473 : arodri7 1.39 sub get_taxcolor{
474 :     my ($evalue) = @_;
475 :     my $color;
476 :     if ($evalue <= 1e-170){ $color = "#FF2000"; }
477 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = "#FF3300"; }
478 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = "#FF6600"; }
479 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = "#FF9900"; }
480 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = "#FFCC00"; }
481 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = "#FFFF00"; }
482 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = "#CCFF00"; }
483 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = "#66FF00"; }
484 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = "#00FF00"; }
485 :     else{ $color = "#6666FF"; }
486 :     return ($color);
487 :     }
488 :    
489 :    
490 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
491 :    
492 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
493 : arodri7 1.41 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
494 : mkubal 1.7
495 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
496 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
497 :     my @parts = split("::",$key);
498 :     my $class = $parts[0];
499 :    
500 :     if($domain_classes->{$parts[0]}){
501 :     my $val = @$attr_ref[2];
502 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
503 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
504 : mkubal 1.8 my $from = $2;
505 :     my $to = $3;
506 : mkubal 1.7 my $evalue;
507 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
508 :     my $part2 = 1000 - $1;
509 :     my $part1 = $2/100;
510 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
511 :     }
512 :     else{
513 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
514 : mkubal 1.7 }
515 :    
516 :     my $dataset = {'class' => $class,
517 :     'acc' => $key,
518 :     'type' => "dom" ,
519 :     'evalue' => $evalue,
520 :     'start' => $from,
521 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
522 :     'fig_id' => $fid,
523 :     'score' => $raw_evalue
524 : mkubal 1.7 };
525 :    
526 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
527 :     }
528 :     }
529 :     }
530 :     }
531 : mkubal 1.12
532 :     sub get_attribute_based_location_observations{
533 :    
534 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
535 :     #my $fig = new FIG;
536 : mkubal 1.12
537 : mkubal 1.30 my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
538 : mkubal 1.12
539 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
540 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
541 :     'fig_id' => $fid
542 :     };
543 :    
544 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
545 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
546 : mkubal 1.30 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/) && ($key !~/Phobius/) );
547 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
548 :     my $sub_class = $parts[0];
549 :     my $sub_key = $parts[1];
550 :     my $value = @$attr_ref[2];
551 :     if($sub_class eq "SignalP"){
552 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
553 :     my @value_parts = split(";",$value);
554 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
555 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
556 :     }
557 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
558 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
559 :     }
560 :     }
561 : mkubal 1.30
562 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "CELLO"){
563 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
564 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
565 :     }
566 : mkubal 1.30
567 :     elsif($sub_class eq "Phobius"){
568 :     if($sub_key eq "transmembrane"){
569 :     $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
570 :     }
571 :     elsif($sub_key eq "signal"){
572 :     $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
573 :     }
574 :     }
575 :    
576 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "TMPRED"){
577 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
578 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
579 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
580 :     }
581 :     }
582 :    
583 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
584 :    
585 :     }
586 :    
587 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
588 :    
589 :     This methods sets the type and class for pdb observations
590 :    
591 :     =cut
592 :    
593 :     sub get_pdb_observations{
594 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
595 : mkubal 1.20
596 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
597 : mkubal 1.20
598 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
599 : mkubal 1.20 my $key = @$attr_ref[1];
600 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
601 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
602 :     my $value = @$attr_ref[2];
603 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
604 :    
605 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
606 :     my $part2 = 1000 - $1;
607 :     my $part1 = $2/100;
608 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
609 :     }
610 :    
611 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
612 :    
613 :     my $url = @$attr_ref[3];
614 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
615 :     'type' => 'seq' ,
616 :     'acc' => $key2,
617 :     'evalue' => $evalue,
618 :     'start' => $start,
619 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
620 :     'fig_id' => $fid
621 : mkubal 1.20 };
622 :    
623 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
624 :     }
625 :     }
626 :    
627 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
628 :    
629 :     This methods sets the type and class for cluster observations
630 :    
631 :     =cut
632 :    
633 :     sub get_cluster_observations{
634 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
635 : arodri7 1.15
636 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
637 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
638 :     'context' => $scope,
639 :     'fig_id' => $fid
640 : arodri7 1.16 };
641 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
642 :     }
643 :    
644 :    
645 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
646 :    
647 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
648 :    
649 :     =cut
650 :    
651 :     sub get_sims_observations{
652 :    
653 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
654 :     #my $fig = new FIG;
655 : arodri7 1.42 my @sims= $fig->sims($fid,500,10,"fig");
656 : mkubal 1.4 my ($dataset);
657 : arodri7 1.26
658 :     foreach my $sim (@sims){
659 : arodri7 1.42 next if ($fig->is_deleted_fid($sim->[1]));
660 : arodri7 1.26 my $hit = $sim->[1];
661 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
662 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
663 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
664 :     my $qto = $sim->[7];
665 :     my $hfrom = $sim->[8];
666 :     my $hto = $sim->[9];
667 :     my $qlength = $sim->[12];
668 :     my $hlength = $sim->[13];
669 :     my $db = get_database($hit);
670 :     my $func = $fig->function_of($hit);
671 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
672 :    
673 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
674 : arodri7 1.40 'query' => $sim->[0],
675 : arodri7 1.10 'acc' => $hit,
676 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
677 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
678 :     'evalue' => $evalue,
679 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
680 :     'qstop' => $qto,
681 :     'hstart' => $hfrom,
682 :     'hstop' => $hto,
683 :     'database' => $db,
684 :     'organism' => $organism,
685 :     'function' => $func,
686 :     'qlength' => $qlength,
687 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
688 :     'fig_id' => $fid
689 : arodri7 1.10 };
690 :    
691 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
692 : mkubal 1.3 }
693 :     }
694 :    
695 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
696 :     This method gets the database association from the sequence id
697 :    
698 :     =cut
699 :    
700 :     sub get_database{
701 :     my ($id) = (@_);
702 :    
703 :     my ($db);
704 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
705 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
706 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
707 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
708 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
709 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
710 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
711 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
712 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
713 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
714 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
715 :    
716 :     return ($db);
717 :    
718 :     }
719 :    
720 : mkubal 1.24
721 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
722 :    
723 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
724 :    
725 :     =cut
726 :    
727 :     sub get_identical_proteins{
728 :    
729 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
730 :     #my $fig = new FIG;
731 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
732 : arodri7 1.5
733 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
734 :     foreach my $id (@maps_to) {
735 :     my ($tmp, $who);
736 : arodri7 1.33 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
737 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
738 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
739 : arodri7 1.5 }
740 :     }
741 :    
742 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
743 :     'type' => 'seq',
744 :     'fig_id' => $fid,
745 :     'rows' => $funcs_ref
746 :     };
747 :    
748 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
749 :    
750 : arodri7 1.5
751 :     }
752 :    
753 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
754 :    
755 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
756 :    
757 :     =cut
758 :    
759 :     sub get_functional_coupling{
760 :    
761 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
762 :     #my $fig = new FIG;
763 : arodri7 1.6 my @funcs = ();
764 :    
765 :     # initialize some variables
766 :     my($sc,$neigh);
767 :    
768 :     # set default parameters for coupling and evidence
769 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
770 :    
771 :     # get the fc data
772 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
773 :    
774 :     # retrieve data
775 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
776 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
777 :     } @fc_data;
778 :    
779 :     my ($dataset);
780 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
781 :     'type' => 'fc',
782 :     'fig_id' => $fid,
783 :     'rows' => \@rows
784 :     };
785 :    
786 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
787 : arodri7 1.9
788 : arodri7 1.6 }
789 : arodri7 1.5
790 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
791 :    
792 :     Instantiate a new object.
793 :    
794 :     =cut
795 :    
796 :     sub new {
797 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
798 :    
799 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
800 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
801 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
802 :     score => $dataset->{'score'},
803 : arodri7 1.10 };
804 : mkubal 1.7
805 :     bless($self,$class);
806 : mkubal 1.1
807 :     return $self;
808 :     }
809 :    
810 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
811 :    
812 :     Returns the % identity of the similar sequence
813 :    
814 :     =cut
815 :    
816 :     sub identity {
817 :     my ($self) = @_;
818 :    
819 :     return $self->{identity};
820 :     }
821 :    
822 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
823 :    
824 :     =cut
825 :    
826 :     sub fig_id {
827 :     my ($self) = @_;
828 :     return $self->{fig_id};
829 :     }
830 :    
831 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
832 :    
833 :    
834 :     =cut
835 :    
836 :     sub feature_id {
837 :     my ($self) = @_;
838 :    
839 :     return $self->{feature_id};
840 :     }
841 : arodri7 1.5
842 :     =head3 id (internal)
843 :    
844 :     Returns the ID of the identical sequence
845 :    
846 :     =cut
847 :    
848 :     sub id {
849 :     my ($self) = @_;
850 :    
851 :     return $self->{id};
852 :     }
853 :    
854 :     =head3 organism (internal)
855 :    
856 :     Returns the organism of the identical sequence
857 :    
858 :     =cut
859 :    
860 :     sub organism {
861 :     my ($self) = @_;
862 :    
863 :     return $self->{organism};
864 :     }
865 :    
866 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
867 :    
868 :     Returns the function of the identical sequence
869 :    
870 :     =cut
871 :    
872 :     sub function {
873 :     my ($self) = @_;
874 :    
875 :     return $self->{function};
876 :     }
877 :    
878 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
879 :    
880 :     Returns the database of the identical sequence
881 :    
882 :     =cut
883 :    
884 :     sub database {
885 :     my ($self) = @_;
886 :    
887 :     return $self->{database};
888 :     }
889 :    
890 : mkubal 1.24 sub score {
891 :     my ($self) = @_;
892 :    
893 :     return $self->{score};
894 :     }
895 :    
896 : mkubal 1.20 ############################################################
897 :     ############################################################
898 :     package Observation::PDB;
899 :    
900 :     use base qw(Observation);
901 :    
902 :     sub new {
903 :    
904 :     my ($class,$dataset) = @_;
905 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
906 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
907 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
908 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
909 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
910 :     bless($self,$class);
911 :     return $self;
912 :     }
913 :    
914 :     =head3 display()
915 :    
916 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
917 :    
918 :     =cut
919 :    
920 :     sub display{
921 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
922 : mkubal 1.20
923 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
924 : mkubal 1.20 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
925 :    
926 :     my $acc = $self->acc;
927 :    
928 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
929 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
930 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
931 :     $pdb_description = "not available";
932 :     $pdb_source = "not available";
933 :     $pdb_ligand = "not available";
934 :     }
935 :     else{
936 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
937 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
938 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
939 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
940 :     }
941 : arodri7 1.6
942 : mkubal 1.20 my $lines = [];
943 :     my $line_data = [];
944 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
945 :     'short_title' => "best PDB",
946 :     'basepair_offset' => '1' };
947 :    
948 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
949 : mkubal 1.20 my $seq = $fig->get_translation($fid);
950 :     my $fid_stop = length($seq);
951 :    
952 :     my $fid_element_hash = {
953 :     "title" => $fid,
954 :     "start" => '1',
955 :     "end" => $fid_stop,
956 :     "color"=> '1',
957 :     "zlayer" => '1'
958 :     };
959 :    
960 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
961 :    
962 :     my $links_list = [];
963 :     my $descriptions = [];
964 :    
965 :     my $name;
966 :     $name = {"title" => 'id',
967 :     "value" => $acc};
968 :     push(@$descriptions,$name);
969 :    
970 :     my $description;
971 :     $description = {"title" => 'pdb description',
972 :     "value" => $pdb_description};
973 :     push(@$descriptions,$description);
974 :    
975 :     my $score;
976 :     $score = {"title" => "score",
977 :     "value" => $self->evalue};
978 :     push(@$descriptions,$score);
979 :    
980 :     my $start_stop;
981 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
982 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
983 :     "value" => $start_stop_value};
984 :     push(@$descriptions,$start_stop);
985 :    
986 :     my $source;
987 :     $source = {"title" => "source",
988 :     "value" => $pdb_source};
989 :     push(@$descriptions,$source);
990 :    
991 :     my $ligand;
992 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
993 :     "value" => $pdb_ligand};
994 :     push(@$descriptions,$ligand);
995 :    
996 :     my $link;
997 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
998 :    
999 :     $link = {"link_title" => $acc,
1000 :     "link" => $link_url};
1001 :     push(@$links_list,$link);
1002 :    
1003 :     my $pdb_element_hash = {
1004 :     "title" => "PDB homology",
1005 :     "start" => $self->start,
1006 :     "end" => $self->stop,
1007 :     "color"=> '6',
1008 :     "zlayer" => '3',
1009 :     "links_list" => $links_list,
1010 :     "description" => $descriptions};
1011 :    
1012 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1013 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1014 :    
1015 :     return $gd;
1016 :     }
1017 :    
1018 :     1;
1019 : arodri7 1.11
1020 : arodri7 1.9 ############################################################
1021 :     ############################################################
1022 :     package Observation::Identical;
1023 :    
1024 :     use base qw(Observation);
1025 :    
1026 :     sub new {
1027 :    
1028 :     my ($class,$dataset) = @_;
1029 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1030 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1031 :    
1032 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1033 :     return $self;
1034 :     }
1035 :    
1036 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1037 : arodri7 1.6
1038 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1039 :     This code will display a table for the identical protein
1040 :    
1041 :    
1042 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1043 :     dence.
1044 : arodri7 1.6
1045 :     =cut
1046 :    
1047 :    
1048 : mkubal 1.24 sub display_table{
1049 : arodri7 1.41 my ($self,$fig) = @_;
1050 : mkubal 1.24
1051 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1052 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1053 :     my $rows = $self->rows;
1054 :     my $cgi = new CGI;
1055 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1056 :     my $count_identical = 0;
1057 : arodri7 1.9 my $content;
1058 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1059 :     my $id = $row->[0];
1060 :     my $who = $row->[1];
1061 :     my $assignment = $row->[2];
1062 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
1063 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1064 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1065 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1066 :     push(@$single_domain,$organism);
1067 :     push(@$single_domain,$assignment);
1068 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1069 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1070 : arodri7 1.6 }
1071 :    
1072 :     if ($count_identical >0){
1073 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1074 : arodri7 1.6 }
1075 :     else{
1076 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1077 : arodri7 1.6 }
1078 :     return ($content);
1079 :     }
1080 : mkubal 1.7
1081 : arodri7 1.9 1;
1082 :    
1083 :     #########################################
1084 :     #########################################
1085 :     package Observation::FC;
1086 :     1;
1087 :    
1088 :     use base qw(Observation);
1089 :    
1090 :     sub new {
1091 :    
1092 :     my ($class,$dataset) = @_;
1093 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1094 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1095 : arodri7 1.9
1096 :     bless($self,$class);
1097 :     return $self;
1098 :     }
1099 :    
1100 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1101 : arodri7 1.9
1102 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1103 :     This code will display a table for the identical protein
1104 :    
1105 :    
1106 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1107 :     dence.
1108 :    
1109 :     =cut
1110 :    
1111 : mkubal 1.24 sub display_table {
1112 : arodri7 1.9
1113 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1114 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1115 :     my $rows = $self->rows;
1116 :     my $cgi = new CGI;
1117 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1118 :     my $count = 0;
1119 :     my $content;
1120 :    
1121 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1122 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1123 :     $count++;
1124 :    
1125 :     # construct the score link
1126 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1127 :     my $toid = $row->[1];
1128 : paczian 1.44 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?page=Annotation&feature=$fid";
1129 :     my $sc_link = "<a href='$link'>$score</a>";
1130 : arodri7 1.9
1131 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1132 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1133 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1134 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1135 :     }
1136 :    
1137 :     if ($count >0){
1138 :     $content = $functional_data;
1139 :     }
1140 :     else
1141 :     {
1142 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1143 :     }
1144 :     return ($content);
1145 :     }
1146 :    
1147 :    
1148 :     #########################################
1149 :     #########################################
1150 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1151 :    
1152 :     use base qw(Observation);
1153 :    
1154 :     sub new {
1155 :    
1156 :     my ($class,$dataset) = @_;
1157 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1158 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1159 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1160 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1161 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1162 :    
1163 :     bless($self,$class);
1164 :     return $self;
1165 :     }
1166 :    
1167 :     sub display {
1168 :     my ($thing,$gd) = @_;
1169 :     my $lines = [];
1170 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1171 :     # 'short_title' => $thing->type,
1172 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1173 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1174 :    
1175 :     my $line_data = [];
1176 :     my $links_list = [];
1177 :     my $descriptions = [];
1178 : mkubal 1.19
1179 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1180 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1181 : arodri7 1.41
1182 : mkubal 1.19 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1183 : mkubal 1.7
1184 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1185 :     if($db eq "CDD"){
1186 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1187 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1188 :     $name_title = "name";
1189 :     $name_value = "not available";
1190 :     $description_title = "description";
1191 :     $description_value = "not available";
1192 :     }
1193 :     else{
1194 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1195 :     $name_title = "name";
1196 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1197 :     $description_title = "description";
1198 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1199 :     }
1200 :     }
1201 : arodri7 1.41 elsif($db =~ /PFAM/){
1202 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $id } );
1203 :     if(!scalar(@$pfam_objs)){
1204 :     $name_title = "name";
1205 :     $name_value = "not available";
1206 :     $description_title = "description";
1207 :     $description_value = "not available";
1208 :     }
1209 :     else{
1210 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1211 :     $name_title = "name";
1212 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1213 :     #$description_title = "description";
1214 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1215 :     }
1216 :     }
1217 :    
1218 :     my $short_title = $thing->acc;
1219 :     $short_title =~ s/::/ - /ig;
1220 :     my $line_config = { 'title' => $name_value,
1221 :     'short_title' => $short_title,
1222 : arodri7 1.27 'basepair_offset' => '1' };
1223 : mkubal 1.7
1224 : mkubal 1.19 my $name;
1225 : arodri7 1.41 $name = {"title" => $db,
1226 :     "value" => $id};
1227 : mkubal 1.19 push(@$descriptions,$name);
1228 :    
1229 : arodri7 1.41 # my $description;
1230 :     # $description = {"title" => $description_title,
1231 :     # "value" => $description_value};
1232 :     # push(@$descriptions,$description);
1233 : mkubal 1.7
1234 :     my $score;
1235 :     $score = {"title" => "score",
1236 :     "value" => $thing->evalue};
1237 :     push(@$descriptions,$score);
1238 :    
1239 : arodri7 1.41 my $location;
1240 :     $location = {"title" => "location",
1241 :     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1242 :     push(@$descriptions,$location);
1243 :    
1244 : mkubal 1.7 my $link_id;
1245 : arodri7 1.41 if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1246 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1247 :     }
1248 :    
1249 :     my $link;
1250 : mkubal 1.12 my $link_url;
1251 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1252 :     elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1253 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1254 :    
1255 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1256 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1257 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1258 :    
1259 :     my $element_hash = {
1260 : arodri7 1.41 "title" => $name_value,
1261 : mkubal 1.7 "start" => $thing->start,
1262 :     "end" => $thing->stop,
1263 :     "color"=> $color,
1264 :     "zlayer" => '2',
1265 :     "links_list" => $links_list,
1266 :     "description" => $descriptions};
1267 :    
1268 :     push(@$line_data,$element_hash);
1269 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1270 :    
1271 :     return $gd;
1272 :    
1273 :     }
1274 : arodri7 1.28
1275 :     sub display_table {
1276 :     my ($self,$dataset) = @_;
1277 :     my $cgi = new CGI;
1278 :     my $data = [];
1279 :     my $count = 0;
1280 :     my $content;
1281 :    
1282 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1283 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1284 :     my $single_domain = [];
1285 :     $count++;
1286 :    
1287 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1288 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1289 :    
1290 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1291 :    
1292 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1293 :     if($db eq "CDD"){
1294 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1295 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1296 :     $name_title = "name";
1297 :     $name_value = "not available";
1298 :     $description_title = "description";
1299 :     $description_value = "not available";
1300 :     }
1301 :     else{
1302 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1303 :     $name_title = "name";
1304 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1305 :     $description_title = "description";
1306 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1307 :     }
1308 :     }
1309 :    
1310 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1311 :    
1312 :     push(@$single_domain,$db);
1313 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1314 :     push(@$single_domain,$name_value);
1315 :     push(@$single_domain,$location);
1316 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1317 :     push(@$single_domain,$description_value);
1318 :     push(@$data,$single_domain);
1319 :     }
1320 :    
1321 :     if ($count >0){
1322 :     $content = $data;
1323 :     }
1324 :     else
1325 :     {
1326 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1327 :     }
1328 :     }
1329 :    
1330 : mkubal 1.7
1331 : arodri7 1.10 #########################################
1332 :     #########################################
1333 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1334 :    
1335 :     use base qw(Observation);
1336 :    
1337 :     sub new {
1338 :    
1339 :     my ($class,$dataset) = @_;
1340 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1341 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1342 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1343 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1344 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1345 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1346 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1347 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1348 : mkubal 1.30 $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1349 :     $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1350 : mkubal 1.12
1351 :     bless($self,$class);
1352 :     return $self;
1353 :     }
1354 :    
1355 : mkubal 1.36 sub display_cello {
1356 : arodri7 1.45 my ($thing) = @_;
1357 : mkubal 1.36 my $html;
1358 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1359 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1360 :     if($cello_location){
1361 : arodri7 1.40 $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1362 :     #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1363 : mkubal 1.36 }
1364 :     return ($html);
1365 :     }
1366 :    
1367 : mkubal 1.12 sub display {
1368 : arodri7 1.41 my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1369 : mkubal 1.12
1370 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1371 : arodri7 1.41 #my $fig= new FIG;
1372 : mkubal 1.12 my $length = length($fig->get_translation($fid));
1373 :    
1374 :     my $cleavage_prob;
1375 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1376 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1377 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1378 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1379 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1380 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1381 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1382 :    
1383 : mkubal 1.30 my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1384 :     my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1385 :    
1386 : mkubal 1.12 my $lines = [];
1387 :    
1388 :     #color is
1389 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1390 : mkubal 1.36
1391 :     =pod=
1392 :    
1393 : mkubal 1.12 if($cello_location){
1394 :     my $cello_descriptions = [];
1395 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1396 :    
1397 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1398 :     'short_title' => 'CELLO',
1399 :     'basepair_offset' => '1' };
1400 :    
1401 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1402 :     "value" => $cello_location};
1403 :    
1404 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1405 :    
1406 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1407 :     "value" => $cello_score};
1408 :    
1409 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1410 :    
1411 :     my $element_hash = {
1412 :     "title" => "CELLO",
1413 : mkubal 1.34 "color"=> $color,
1414 : mkubal 1.12 "start" => "1",
1415 :     "end" => $length + 1,
1416 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1417 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1418 :    
1419 :     push(@$line_data,$element_hash);
1420 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1421 : mkubal 1.12 }
1422 :    
1423 : arodri7 1.28 $color = "2";
1424 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1425 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1426 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1427 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1428 :     'basepair_offset' => '1' };
1429 :    
1430 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1431 :     my $descriptions = [];
1432 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1433 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1434 :     "value" => $tmpred_score};
1435 :    
1436 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1437 :    
1438 :     my $element_hash = {
1439 :     "title" => "transmembrane location",
1440 :     "start" => $begin + 1,
1441 :     "end" => $end + 1,
1442 :     "color"=> $color,
1443 :     "zlayer" => '5',
1444 : mkubal 1.34 "type" => 'box',
1445 : mkubal 1.12 "description" => $descriptions};
1446 :    
1447 :     push(@$line_data,$element_hash);
1448 : arodri7 1.28
1449 : mkubal 1.12 }
1450 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1451 : mkubal 1.12 }
1452 : arodri7 1.40 =cut
1453 : mkubal 1.12
1454 : mkubal 1.30 if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1455 :     my $line_data =[];
1456 : arodri7 1.40 my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1457 :     'short_title' => 'TM and SP',
1458 : mkubal 1.30 'basepair_offset' => '1' };
1459 :    
1460 :     foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1461 :     my $descriptions = [];
1462 : arodri7 1.40 my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1463 : mkubal 1.30 "value" => $tm_loc};
1464 :     push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1465 :    
1466 :     my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1467 :    
1468 :     my $element_hash = {
1469 : arodri7 1.40 "title" => "Phobius",
1470 : mkubal 1.30 "start" => $begin + 1,
1471 :     "end" => $end + 1,
1472 :     "color"=> '6',
1473 :     "zlayer" => '4',
1474 :     "type" => 'bigbox',
1475 :     "description" => $descriptions};
1476 :    
1477 :     push(@$line_data,$element_hash);
1478 :    
1479 :     }
1480 :    
1481 :     if($phobius_signal_location){
1482 :     my $descriptions = [];
1483 :     my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1484 :     "value" => $phobius_signal_location};
1485 :     push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1486 :    
1487 :    
1488 :     my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1489 :     my $element_hash = {
1490 :     "title" => "phobius signal locations",
1491 :     "start" => $begin + 1,
1492 :     "end" => $end + 1,
1493 :     "color"=> '1',
1494 :     "zlayer" => '5',
1495 :     "type" => 'box',
1496 :     "description" => $descriptions};
1497 :     push(@$line_data,$element_hash);
1498 :     }
1499 :    
1500 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1501 :     }
1502 :    
1503 : arodri7 1.40 =head3
1504 : arodri7 1.28 $color = "1";
1505 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1506 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1507 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1508 : arodri7 1.28
1509 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1510 :     'short_title' => 'SignalP',
1511 :     'basepair_offset' => '1' };
1512 :    
1513 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1514 :     "value" => $signal_peptide_score};
1515 :    
1516 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1517 :    
1518 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1519 :     "value" => $cleavage_prob};
1520 :    
1521 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1522 :    
1523 :     my $element_hash = {
1524 :     "title" => "SignalP",
1525 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1526 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1527 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1528 :     "color"=> $color,
1529 :     "zlayer" => '10',
1530 :     "description" => $descriptions};
1531 :    
1532 :     push(@$line_data,$element_hash);
1533 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1534 : mkubal 1.12 }
1535 : arodri7 1.40 =cut
1536 :    
1537 : mkubal 1.12 return ($gd);
1538 :    
1539 :     }
1540 :    
1541 :     sub cleavage_loc {
1542 :     my ($self) = @_;
1543 :    
1544 :     return $self->{cleavage_loc};
1545 :     }
1546 :    
1547 :     sub cleavage_prob {
1548 :     my ($self) = @_;
1549 :    
1550 :     return $self->{cleavage_prob};
1551 :     }
1552 :    
1553 :     sub signal_peptide_score {
1554 :     my ($self) = @_;
1555 :    
1556 :     return $self->{signal_peptide_score};
1557 :     }
1558 :    
1559 :     sub tmpred_score {
1560 :     my ($self) = @_;
1561 :    
1562 :     return $self->{tmpred_score};
1563 :     }
1564 :    
1565 :     sub tmpred_locations {
1566 :     my ($self) = @_;
1567 :    
1568 :     return $self->{tmpred_locations};
1569 :     }
1570 :    
1571 :     sub cello_location {
1572 :     my ($self) = @_;
1573 :    
1574 :     return $self->{cello_location};
1575 :     }
1576 :    
1577 :     sub cello_score {
1578 :     my ($self) = @_;
1579 :    
1580 :     return $self->{cello_score};
1581 :     }
1582 :    
1583 : mkubal 1.30 sub phobius_signal_location {
1584 :     my ($self) = @_;
1585 :     return $self->{phobius_signal_location};
1586 :     }
1587 :    
1588 :     sub phobius_tm_locations {
1589 :     my ($self) = @_;
1590 :     return $self->{phobius_tm_locations};
1591 :     }
1592 :    
1593 :    
1594 : mkubal 1.12
1595 :     #########################################
1596 :     #########################################
1597 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1598 :    
1599 :     use base qw(Observation);
1600 :    
1601 :     sub new {
1602 :    
1603 :     my ($class,$dataset) = @_;
1604 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1605 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1606 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1607 : arodri7 1.40 $self->{query} = $dataset->{'query'};
1608 : arodri7 1.10 $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1609 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1610 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1611 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1612 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1613 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1614 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1615 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1616 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1617 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1618 : arodri7 1.10
1619 :     bless($self,$class);
1620 :     return $self;
1621 :     }
1622 :    
1623 : arodri7 1.25 =head3 display()
1624 :    
1625 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1626 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1627 :    
1628 :     =cut
1629 :    
1630 :     sub display {
1631 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$array,$fig) = @_;
1632 :     #my $fig = new FIG;
1633 : arodri7 1.25
1634 : arodri7 1.41 my @ids;
1635 :     foreach my $thing(@$array){
1636 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1637 :     push (@ids, $thing->acc);
1638 :     }
1639 : arodri7 1.25
1640 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);
1641 : arodri7 1.25
1642 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$array){
1643 :     if ($thing->class eq "SIM"){
1644 :    
1645 :     my $peg = $thing->acc;
1646 :     my $query = $thing->query;
1647 :    
1648 :     my $organism = $thing->organism;
1649 :     my $genome = $fig->genome_of($peg);
1650 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1651 :     my $function = $thing->function;
1652 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1653 :     my $align_start = $thing->qstart;
1654 :     my $align_stop = $thing->qstop;
1655 :     my $hit_start = $thing->hstart;
1656 :     my $hit_stop = $thing->hstop;
1657 :    
1658 :     my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1659 :    
1660 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1661 :     'short_title' => "$abbrev_name",
1662 :     'title_link' => '$tax_link',
1663 :     'basepair_offset' => '0'
1664 :     };
1665 :    
1666 :     my $line_data = [];
1667 :    
1668 :     my $element_hash;
1669 :     my $links_list = [];
1670 :     my $descriptions = [];
1671 :    
1672 :     # get subsystem information
1673 : paczian 1.44 my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$peg;
1674 : arodri7 1.41 my $link;
1675 :     $link = {"link_title" => $peg,
1676 :     "link" => $url_link};
1677 :     push(@$links_list,$link);
1678 :    
1679 :     #my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1680 :     my @subs = @{$in_subs{$peg}} if (defined $in_subs{$peg});
1681 :     my @subsystems;
1682 :    
1683 :     foreach my $array (@subs){
1684 :     my $subsystem = $$array[0];
1685 :     push(@subsystems,$subsystem);
1686 :     my $link;
1687 : paczian 1.44 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
1688 : arodri7 1.41 "link_title" => $subsystem};
1689 :     push(@$links_list,$link);
1690 :     }
1691 :    
1692 :     $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1693 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query&peg2=$peg"};
1694 :     push (@$links_list,$link);
1695 :    
1696 :     my $description_function;
1697 :     $description_function = {"title" => "function",
1698 :     "value" => $function};
1699 :     push(@$descriptions,$description_function);
1700 :    
1701 :     my ($description_ss, $ss_string);
1702 :     $ss_string = join (",", @subsystems);
1703 :     $description_ss = {"title" => "subsystems",
1704 :     "value" => $ss_string};
1705 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1706 :    
1707 :     my $description_loc;
1708 :     $description_loc = {"title" => "location start",
1709 :     "value" => $hit_start};
1710 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1711 :    
1712 :     $description_loc = {"title" => "location stop",
1713 :     "value" => $hit_stop};
1714 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1715 :    
1716 :     my $evalue = $thing->evalue;
1717 :     while ($evalue =~ /-0/)
1718 :     {
1719 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1720 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1721 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1722 :     }
1723 :    
1724 :     my $color = &color($evalue);
1725 :    
1726 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1727 :     "value" => $evalue};
1728 :     push(@$descriptions, $description_eval);
1729 :    
1730 :     my $identity = $self->identity;
1731 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1732 :     "value" => $identity};
1733 :     push(@$descriptions, $description_identity);
1734 :    
1735 :     $element_hash = {
1736 :     "title" => $peg,
1737 :     "start" => $align_start,
1738 :     "end" => $align_stop,
1739 :     "type"=> 'box',
1740 :     "color"=> $color,
1741 :     "zlayer" => "2",
1742 :     "links_list" => $links_list,
1743 :     "description" => $descriptions
1744 :     };
1745 :     push(@$line_data,$element_hash);
1746 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1747 :     }
1748 : arodri7 1.25 }
1749 :     return ($gd);
1750 :     }
1751 :    
1752 : mkubal 1.34 =head3 display_domain_composition()
1753 :    
1754 :     If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1755 :    
1756 :     =cut
1757 :    
1758 :     sub display_domain_composition {
1759 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
1760 : mkubal 1.34
1761 : arodri7 1.45 #$fig = new FIG;
1762 : mkubal 1.34 my $peg = $self->acc;
1763 :    
1764 :     my $line_data = [];
1765 :     my $links_list = [];
1766 :     my $descriptions = [];
1767 :    
1768 :     my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1769 : arodri7 1.45 #my @domain_query_results = ();
1770 : mkubal 1.34 foreach $dqr (@domain_query_results){
1771 :     my $key = @$dqr[1];
1772 :     my @parts = split("::",$key);
1773 :     my $db = $parts[0];
1774 :     my $id = $parts[1];
1775 :     my $val = @$dqr[2];
1776 :     my $from;
1777 :     my $to;
1778 :     my $evalue;
1779 :    
1780 :     if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1781 :     my $raw_evalue = $1;
1782 :     $from = $2;
1783 :     $to = $3;
1784 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1785 :     my $part2 = 1000 - $1;
1786 :     my $part1 = $2/100;
1787 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
1788 :     }
1789 :     else{
1790 :     $evalue = "0.0";
1791 :     }
1792 :     }
1793 :    
1794 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1795 :     my ($name_value,$description_value);
1796 :    
1797 :     if($db eq "CDD"){
1798 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1799 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1800 :     $name_title = "name";
1801 :     $name_value = "not available";
1802 :     $description_title = "description";
1803 :     $description_value = "not available";
1804 :     }
1805 :     else{
1806 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1807 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1808 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1809 :     }
1810 :     }
1811 :    
1812 :     my $domain_name;
1813 :     $domain_name = {"title" => "name",
1814 : arodri7 1.45 "value" => $name_value};
1815 : mkubal 1.34 push(@$descriptions,$domain_name);
1816 :    
1817 :     my $description;
1818 :     $description = {"title" => "description",
1819 :     "value" => $description_value};
1820 :     push(@$descriptions,$description);
1821 :    
1822 :     my $score;
1823 :     $score = {"title" => "score",
1824 :     "value" => $evalue};
1825 :     push(@$descriptions,$score);
1826 :    
1827 :     my $link_id = $id;
1828 :     my $link;
1829 :     my $link_url;
1830 :     if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1831 :     elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1832 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1833 :    
1834 :     $link = {"link_title" => $name_value,
1835 :     "link" => $link_url};
1836 :     push(@$links_list,$link);
1837 :    
1838 :     my $domain_element_hash = {
1839 :     "title" => $peg,
1840 :     "start" => $from,
1841 :     "end" => $to,
1842 :     "type"=> 'box',
1843 :     "zlayer" => '4',
1844 :     "links_list" => $links_list,
1845 :     "description" => $descriptions
1846 :     };
1847 :    
1848 :     push(@$line_data,$domain_element_hash);
1849 :    
1850 :     #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
1851 :     last;
1852 :     }
1853 :    
1854 :     my $line_config = { 'title' => $peg,
1855 :     'short_title' => $peg,
1856 :     'basepair_offset' => '1' };
1857 : arodri7 1.45
1858 : mkubal 1.34 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1859 :    
1860 :     return ($gd);
1861 :    
1862 :     }
1863 :    
1864 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1865 : arodri7 1.10
1866 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1867 :     This code will display a table for the similarities protein
1868 :    
1869 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1870 :    
1871 :     =cut
1872 :    
1873 : mkubal 1.24 sub display_table {
1874 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;
1875 : mkubal 1.24
1876 : arodri7 1.10 my $data = [];
1877 :     my $count = 0;
1878 :     my $content;
1879 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1880 : mkubal 1.24 my $cgi = new CGI;
1881 : arodri7 1.28 my @ids;
1882 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
1883 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
1884 :     push (@ids, $thing->acc);
1885 :     }
1886 :    
1887 : arodri7 1.31 my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1888 : arodri7 1.41 my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);
1889 : arodri7 1.35
1890 :     # get the column for the subsystems
1891 : arodri7 1.41 %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);
1892 : arodri7 1.35
1893 :     # get the column for the evidence codes
1894 : arodri7 1.41 %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1895 : arodri7 1.35
1896 :     # get the column for pfam_domain
1897 : arodri7 1.41 %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1898 :    
1899 :     my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
1900 :     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);
1901 : arodri7 1.42 #my $alias_col = {};
1902 : arodri7 1.31
1903 : arodri7 1.28 foreach my $thing (@$dataset) {
1904 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1905 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
1906 :     $count++;
1907 :    
1908 : arodri7 1.41 my $id = $thing->acc;
1909 : arodri7 1.45 my $taxid = $fig->genome_of($id);
1910 : arodri7 1.11 my $iden = $thing->identity;
1911 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1912 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1913 :     my $b1 = $thing->qstart;
1914 :     my $e1 = $thing->qstop;
1915 :     my $b2 = $thing->hstart;
1916 :     my $e2 = $thing->hstop;
1917 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1918 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1919 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1920 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1921 :    
1922 : arodri7 1.29 # checkbox column
1923 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1924 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1925 :     my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1926 : arodri7 1.40 my ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;
1927 : arodri7 1.31
1928 :     # get the linked fig id
1929 :     my $fig_col;
1930 :     if (defined ($e_identical{$id})){
1931 : paczian 1.44 $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1932 : arodri7 1.31 }
1933 :     else{
1934 : paczian 1.44 $fig_col = "<a href='?page=Annotation&feature=$id'>$id</a>";#&HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1935 : arodri7 1.28 }
1936 :    
1937 : arodri7 1.41 push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,
1938 :     "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function); # permanent columns
1939 :    
1940 : arodri7 1.35 foreach my $col (sort keys %$scroll_list){
1941 :     if ($col =~ /associated_subsystem/) {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}
1942 :     elsif ($col =~ /evidence/) {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}
1943 :     elsif ($col =~ /pfam_domains/) {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}
1944 : arodri7 1.41 elsif ($col =~ /ncbi_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"NCBI"});}
1945 :     elsif ($col =~ /refseq_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"RefSeq"});}
1946 :     elsif ($col =~ /swissprot_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"SwissProt"});}
1947 :     elsif ($col =~ /uniprot_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"UniProt"});}
1948 :     elsif ($col =~ /tigr_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}
1949 :     elsif ($col =~ /pir_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}
1950 :     elsif ($col =~ /kegg_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}
1951 : arodri7 1.42 #elsif ($col =~ /trembl_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}
1952 : arodri7 1.41 elsif ($col =~ /asap_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}
1953 :     elsif ($col =~ /jgi_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}
1954 : arodri7 1.45 #elsif ($col =~ /taxonomy/) {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}
1955 : arodri7 1.46 elsif ($col =~ /taxonomy/) {push(@$single_domain,$fig->taxonomy_of($taxid));}
1956 : arodri7 1.32 }
1957 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
1958 :     }
1959 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
1960 :     $content = $data;
1961 : arodri7 1.10 }
1962 : arodri7 1.26 else{
1963 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1964 :     }
1965 :     return ($content);
1966 :     }
1967 : arodri7 1.11
1968 : arodri7 1.29 sub get_box_column{
1969 :     my ($ids) = @_;
1970 :     my %column;
1971 :     foreach my $id (@$ids){
1972 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1973 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1974 :     $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1975 :     }
1976 :     return (%column);
1977 :     }
1978 :    
1979 :     sub get_subsystems_column{
1980 : arodri7 1.41 my ($ids,$fig) = @_;
1981 : arodri7 1.29
1982 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1983 : arodri7 1.29 my $cgi = new CGI;
1984 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
1985 :     my %column;
1986 :     foreach my $id (@$ids){
1987 : arodri7 1.32 my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
1988 :     my @subsystems;
1989 :    
1990 : arodri7 1.29 if (@in_sub > 0) {
1991 : arodri7 1.32 foreach my $array(@in_sub){
1992 : arodri7 1.41 my $ss = $$array[0];
1993 :     $ss =~ s/_/ /ig;
1994 :     push (@subsystems, "-" . $ss);
1995 : arodri7 1.32 }
1996 :     my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
1997 :     $column{$id} = $in_sub_line;
1998 : arodri7 1.29 } else {
1999 :     $column{$id} = "&nbsp;";
2000 :     }
2001 :     }
2002 :     return (%column);
2003 :     }
2004 :    
2005 : arodri7 1.31 sub get_essentially_identical{
2006 : arodri7 1.41 my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2007 :     #my $fig = new FIG;
2008 :    
2009 : arodri7 1.31 my %id_list;
2010 : arodri7 1.41 #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2011 : arodri7 1.31
2012 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$dataset){
2013 :     if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2014 :     my $rows = $thing->rows;
2015 :     my $count_identical = 0;
2016 :     foreach my $row (@$rows) {
2017 :     my $id = $row->[0];
2018 :     if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2019 :     $id_list{$id} = 1;
2020 :     }
2021 :     }
2022 :     }
2023 : arodri7 1.31 }
2024 : arodri7 1.41
2025 :     # foreach my $id (@maps_to) {
2026 :     # if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2027 :     # $id_list{$id} = 1;
2028 :     # }
2029 :     # }
2030 : arodri7 1.31 return(%id_list);
2031 :     }
2032 :    
2033 :    
2034 : arodri7 1.29 sub get_evidence_column{
2035 : arodri7 1.41 my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2036 :     #my $fig = new FIG;
2037 : arodri7 1.29 my $cgi = new CGI;
2038 :     my (%column, %code_attributes);
2039 :    
2040 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2041 : arodri7 1.29 foreach my $key (@codes){
2042 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
2043 :     }
2044 :    
2045 :     foreach my $id (@$ids){
2046 :     # add evidence code with tool tip
2047 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
2048 :    
2049 : arodri7 1.41 my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2050 :     my @ev_codes = ();
2051 :     foreach my $code (@codes) {
2052 :     my $pretty_code = $code->[2];
2053 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
2054 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2055 :     $ss =~ s/_/ /g;
2056 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2057 :     }
2058 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
2059 :     }
2060 : arodri7 1.29
2061 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2062 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2063 :     $ev_codes = $cgi->a(
2064 :     {
2065 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2066 :     }
2067 :     $column{$id}=$ev_codes;
2068 :     }
2069 :     return (%column);
2070 :     }
2071 :    
2072 : arodri7 1.33 sub get_pfam_column{
2073 : arodri7 1.41 my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2074 :     #my $fig = new FIG;
2075 : arodri7 1.33 my $cgi = new CGI;
2076 : arodri7 1.40 my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);
2077 : arodri7 1.33 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
2078 :    
2079 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;
2080 : arodri7 1.33 foreach my $key (@codes){
2081 : arodri7 1.41 my $name = $key->[1];
2082 :     if ($name =~ /_/){
2083 :     ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2084 :     }
2085 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2086 :     push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2087 : arodri7 1.33 }
2088 :    
2089 :     foreach my $id (@$ids){
2090 : arodri7 1.41 # add evidence code
2091 : arodri7 1.33 my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2092 :     my @pfam_codes = "";
2093 :     my %description_codes;
2094 :    
2095 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2096 : arodri7 1.40 my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2097 : arodri7 1.33 @pfam_codes = ();
2098 : arodri7 1.40
2099 :     # get only unique values
2100 :     my %saw;
2101 :     foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2102 :     @ncodes = keys %saw;
2103 :    
2104 :     foreach my $code (@ncodes) {
2105 : arodri7 1.33 my @parts = split("::",$code);
2106 :     my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2107 : arodri7 1.40
2108 :     # get the locations for the domain
2109 :     my @locs;
2110 :     foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2111 :     my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2112 :     push (@locs,$loc);
2113 :     }
2114 : arodri7 1.41 my %locsaw;
2115 :     foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2116 :     @locs = keys %locsaw;
2117 :    
2118 : arodri7 1.40 my $locations = join (", ", @locs);
2119 :    
2120 : arodri7 1.33 if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2121 : arodri7 1.40 push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2122 : arodri7 1.33 }
2123 :     else {
2124 :     my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2125 :     $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};
2126 : arodri7 1.40 push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2127 : arodri7 1.33 }
2128 :     }
2129 :     }
2130 :    
2131 :     $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);
2132 :     }
2133 :     return (%column);
2134 :    
2135 :     }
2136 : mkubal 1.12
2137 : arodri7 1.41 sub get_aliases {
2138 :     my ($ids,$fig) = @_;
2139 : arodri7 1.31
2140 : arodri7 1.41 my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2141 :     foreach my $id (@$ids){
2142 :     foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2143 :     my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2144 :     next if ($aliases->{$id}->{$id_db});
2145 :     $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2146 : arodri7 1.28 }
2147 :     }
2148 : arodri7 1.41 return ($aliases);
2149 : arodri7 1.28 }
2150 :    
2151 : arodri7 1.33 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2152 :    
2153 : arodri7 1.26 sub color {
2154 : paczian 1.44 my ($evalue) = @_;
2155 :     my $palette = WebColors::get_palette('vitamins');
2156 : arodri7 1.26 my $color;
2157 : paczian 1.44 if ($evalue <= 1e-170){ $color = $palette->[0]; }
2158 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = $palette->[1]; }
2159 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = $palette->[2]; }
2160 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = $palette->[3]; }
2161 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = $palette->[4]; }
2162 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = $palette->[5]; }
2163 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = $palette->[6]; }
2164 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = $palette->[7]; }
2165 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = $palette->[8]; }
2166 :     else{ $color = $palette->[9]; }
2167 : arodri7 1.26 return ($color);
2168 :     }
2169 : arodri7 1.13
2170 :    
2171 :     ############################
2172 :     package Observation::Cluster;
2173 :    
2174 :     use base qw(Observation);
2175 :    
2176 :     sub new {
2177 :    
2178 :     my ($class,$dataset) = @_;
2179 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2180 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
2181 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
2182 :     return $self;
2183 :     }
2184 :    
2185 :     sub display {
2186 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2187 : mkubal 1.24
2188 :     my $fid = $self->fig_id;
2189 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
2190 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
2191 : arodri7 1.41 my $range = $gd_window_size;
2192 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
2193 : arodri7 1.38 my $gene_associations={};
2194 : arodri7 1.13
2195 :     #get the organism genome
2196 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2197 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2198 :     $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2199 :     $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2200 : arodri7 1.13
2201 :     # get location of the gene
2202 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
2203 :     my ($contig, $beg, $end);
2204 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
2205 : arodri7 1.13
2206 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2207 :     $contig = $1;
2208 :     $beg = $2;
2209 :     $end = $3;
2210 :     }
2211 :    
2212 : arodri7 1.22 my $offset;
2213 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
2214 :     if ($beg < $end)
2215 :     {
2216 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range);
2217 :     $region_end = $end+ ($range);
2218 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2219 : arodri7 1.13 }
2220 :     else
2221 :     {
2222 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range);
2223 :     $region_end = $beg+($range);
2224 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2225 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2226 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2227 : arodri7 1.21 }
2228 : arodri7 1.13
2229 :     # call genes in region
2230 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2231 : arodri7 1.42 #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2232 :     # push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2233 :     #}
2234 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
2235 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
2236 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2237 : mkubal 1.14
2238 :     my %all_genes;
2239 :     my %all_genomes;
2240 : arodri7 1.42 foreach my $feature (@$target_gene_features){
2241 :     #if ($feature =~ /peg/){
2242 :     $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2243 :     #}
2244 :     }
2245 :    
2246 : arodri7 1.41 my @selected_sims;
2247 : arodri7 1.16
2248 : arodri7 1.40 if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2249 : arodri7 1.37 # get the selected boxes
2250 : arodri7 1.38 my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2251 : arodri7 1.37
2252 :     # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2253 : arodri7 1.41 if (@selected_taxonomy > 0){
2254 :     foreach my $sim (@$sims_array){
2255 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2256 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2257 : arodri7 1.37
2258 : arodri7 1.41 #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2259 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2260 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2261 :     #my $lineage = $taxes->{$genome1};
2262 :     my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($genome));
2263 : arodri7 1.38 foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2264 :     if ($lineage =~ /$taxon/){
2265 : arodri7 1.41 #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2266 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2267 : arodri7 1.38 }
2268 : arodri7 1.37 }
2269 :     }
2270 :     }
2271 : arodri7 1.40 else{
2272 :     my $simcount = 0;
2273 : arodri7 1.41 foreach my $sim (@$sims_array){
2274 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2275 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2276 :    
2277 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2278 : arodri7 1.40 $simcount++;
2279 :     last if ($simcount > 4);
2280 :     }
2281 :     }
2282 : arodri7 1.16
2283 : arodri7 1.41 my %saw;
2284 :     @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2285 :    
2286 : arodri7 1.37 # get the gene context for the sorted matches
2287 :     foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2288 :     #get the organism genome
2289 :     my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2290 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2291 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2292 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2293 : arodri7 1.37
2294 :     # get location of the gene
2295 :     my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2296 :     my ($contig, $beg, $end);
2297 :    
2298 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2299 :     $contig = $1;
2300 :     $beg = $2;
2301 :     $end = $3;
2302 :     }
2303 :    
2304 :     my $offset;
2305 :     my ($region_start, $region_end);
2306 :     if ($beg < $end)
2307 :     {
2308 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range/2);
2309 :     $region_end = $end+($range/2);
2310 : arodri7 1.38 $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
2311 : arodri7 1.37 }
2312 :     else
2313 :     {
2314 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range/2);
2315 :     $region_end = $beg+($range/2);
2316 : arodri7 1.38 $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2317 :     $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2318 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2319 : arodri7 1.37 }
2320 :    
2321 :     # call genes in region
2322 :     my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2323 :     push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2324 :     push (@start_array_region, $offset);
2325 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2326 :     $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2327 : arodri7 1.16 }
2328 : mkubal 1.14
2329 :     }
2330 : arodri7 1.41
2331 : arodri7 1.42 #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2332 : arodri7 1.38 # cluster the genes
2333 :     my @all_pegs = keys %all_genes;
2334 :     my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2335 : arodri7 1.42 #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2336 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
2337 : arodri7 1.21
2338 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
2339 :     my $sample_peg = @$region[0];
2340 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2341 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2342 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2343 : arodri7 1.45 #my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2344 :     #my $lineage = $taxes->{$genome1};
2345 :     my $lineage = $fig->taxonomy_of($region_genome);
2346 : arodri7 1.40 #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2347 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2348 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
2349 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
2350 :     };
2351 :    
2352 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
2353 : arodri7 1.16
2354 : arodri7 1.40 my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
2355 : arodri7 1.25 'short_title' => "",
2356 : arodri7 1.38 'basepair_offset' => '0',
2357 :     'no_middle_line' => '1'
2358 : arodri7 1.25 };
2359 :    
2360 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
2361 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
2362 :    
2363 :     # initialize variables to check for overlap in genes
2364 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2365 :     my $major_line_flag = 0;
2366 :     my $prev_second_flag = 0;
2367 :    
2368 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
2369 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
2370 : mkubal 1.14 my $element_hash;
2371 :     my $links_list = [];
2372 :     my $descriptions = [];
2373 : arodri7 1.38
2374 :     my $color = $color_sets->{$fid1};
2375 : arodri7 1.26
2376 : arodri7 1.18 # get subsystem information
2377 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
2378 : paczian 1.44 my $url_link = "?page=Annotation&feature=".$fid1;
2379 : arodri7 1.18
2380 :     my $link;
2381 :     $link = {"link_title" => $fid1,
2382 :     "link" => $url_link};
2383 :     push(@$links_list,$link);
2384 :    
2385 : arodri7 1.41 my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
2386 :     my @subsystems;
2387 :     foreach my $array (@subs){
2388 :     my $subsystem = $$array[0];
2389 :     my $ss = $subsystem;
2390 :     $ss =~ s/_/ /ig;
2391 :     push (@subsystems, $ss);
2392 : arodri7 1.18 my $link;
2393 : paczian 1.44 $link = {"link" => "?page=Subsystems&subsystem=$subsystem",
2394 : arodri7 1.41 "link_title" => $ss};
2395 : arodri7 1.18 push(@$links_list,$link);
2396 :     }
2397 : arodri7 1.41
2398 :     if ($fid1 eq $fid){
2399 :     my $link;
2400 :     $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
2401 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
2402 :     push (@$links_list,$link);
2403 :     }
2404 :    
2405 : arodri7 1.18 my $description_function;
2406 :     $description_function = {"title" => "function",
2407 :     "value" => $function};
2408 :     push(@$descriptions,$description_function);
2409 :    
2410 :     my $description_ss;
2411 : arodri7 1.41 my $ss_string = join (", ", @subsystems);
2412 : arodri7 1.18 $description_ss = {"title" => "subsystems",
2413 :     "value" => $ss_string};
2414 :     push(@$descriptions,$description_ss);
2415 :    
2416 : arodri7 1.16
2417 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2418 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2419 :     my($start,$stop);
2420 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
2421 :     $stop = $3 - $offsetting;
2422 : arodri7 1.25
2423 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2424 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2425 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2426 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2427 :     $second_line_flag = 1;
2428 :     $major_line_flag = 1;
2429 :     }
2430 :     }
2431 :     $prev_start = $start;
2432 :     $prev_stop = $stop;
2433 :     $prev_fig = $fid1;
2434 :    
2435 :     if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2436 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
2437 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
2438 :     }
2439 :    
2440 : arodri7 1.41 my $title = $fid1;
2441 :     if ($fid1 eq $fid){
2442 :     $title = "My query gene: $fid1";
2443 :     }
2444 :    
2445 : mkubal 1.14 $element_hash = {
2446 : arodri7 1.41 "title" => $title,
2447 : mkubal 1.14 "start" => $start,
2448 :     "end" => $stop,
2449 :     "type"=> 'arrow',
2450 :     "color"=> $color,
2451 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
2452 :     "links_list" => $links_list,
2453 :     "description" => $descriptions
2454 : mkubal 1.14 };
2455 : arodri7 1.25
2456 :     # if there is an overlap, put into second line
2457 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2458 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2459 : arodri7 1.41
2460 :     if ($fid1 eq $fid){
2461 :     $element_hash = {
2462 :     "title" => 'Query',
2463 :     "start" => $start,
2464 :     "end" => $stop,
2465 :     "type"=> 'bigbox',
2466 :     "color"=> $color,
2467 :     "zlayer" => "1"
2468 :     };
2469 :    
2470 :     # if there is an overlap, put into second line
2471 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2472 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2473 :     }
2474 : mkubal 1.14 }
2475 :     }
2476 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
2477 : arodri7 1.40 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
2478 : mkubal 1.14 }
2479 : arodri7 1.41 return ($gd, \@selected_sims);
2480 : mkubal 1.14 }
2481 :    
2482 : arodri7 1.38 sub cluster_genes {
2483 :     my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
2484 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
2485 :    
2486 :     my @color_sets = ();
2487 :    
2488 :     $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
2489 :    
2490 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2491 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
2492 :     if (! $seen{$i}) {
2493 :     $cluster = [$i];
2494 :     $seen{$i} = 1;
2495 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
2496 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
2497 :     foreach $k (@$x) {
2498 :     if (! $seen{$k}) {
2499 :     push(@$cluster,$k);
2500 :     $seen{$k} = 1;
2501 :     }
2502 :     }
2503 :     }
2504 :    
2505 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
2506 :     push(@color_sets,$cluster);
2507 :     }
2508 :     }
2509 :     }
2510 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
2511 :     $red_set = $color_sets[$i];
2512 :     splice(@color_sets,$i,1);
2513 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
2514 :     unshift(@color_sets,$red_set);
2515 :    
2516 :     my $color_sets = {};
2517 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
2518 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
2519 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
2520 :     }
2521 :     }
2522 :     return $color_sets;
2523 :     }
2524 :    
2525 :     sub get_connections_by_similarity {
2526 :     my($fig,$all_pegs) = @_;
2527 :     my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2528 :     my($sim,%conn,$x,$y);
2529 :    
2530 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2531 :     $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
2532 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
2533 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2534 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2535 :     }
2536 :     }
2537 :    
2538 :     foreach $y (keys(%pos_of)) {
2539 : arodri7 1.41 $x = $pos_of{$y};
2540 : arodri7 1.38 for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2541 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2542 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2543 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2544 :     }
2545 :     }
2546 :     }
2547 :    
2548 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2549 : arodri7 1.42 foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
2550 : arodri7 1.38 if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2551 :     foreach $y (@$x) {
2552 :     push(@{$conn{$i}},$y);
2553 :     }
2554 :     }
2555 :     }
2556 :     }
2557 :     return \%conn;
2558 :     }
2559 :    
2560 :     sub in {
2561 :     my($x,$xL) = @_;
2562 :     my($i);
2563 :    
2564 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
2565 :     return ($i < @$xL);
2566 :     }
2567 : arodri7 1.41
2568 :     #############################################
2569 :     #############################################
2570 :     package Observation::Commentary;
2571 :    
2572 :     use base qw(Observation);
2573 :    
2574 :     =head3 display_protein_commentary()
2575 :    
2576 :     =cut
2577 :    
2578 :     sub display_protein_commentary {
2579 :     my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
2580 :    
2581 :     my $all_rows = [];
2582 :     my $content;
2583 :     #my $fig = new FIG;
2584 :     my $cgi = new CGI;
2585 :     my $count = 0;
2586 :     my $peg_array = [];
2587 :     my (%evidence_column, %subsystems_column, %e_identical);
2588 :    
2589 :     if (@$dataset != 1){
2590 :     foreach my $thing (@$dataset){
2591 :     if ($thing->class eq "SIM"){
2592 :     push (@$peg_array, $thing->acc);
2593 :     }
2594 :     }
2595 :     # get the column for the evidence codes
2596 :     %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);
2597 :    
2598 :     # get the column for the subsystems
2599 :     %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);
2600 :    
2601 :     # get essentially identical seqs
2602 :     %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
2603 :     }
2604 :     else{
2605 :     push (@$peg_array, @$dataset);
2606 :     }
2607 :    
2608 :     my $selected_sims = [];
2609 :     foreach my $id (@$peg_array){
2610 :     last if ($count > 10);
2611 :     my $row_data = [];
2612 :     my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
2613 :     $org = $fig->org_of($id);
2614 :     $function = $fig->function_of($id);
2615 :     if ($mypeg ne $id){
2616 : paczian 1.43 $function_cell = "<input type=\"radio\" name=\"function\" id=\"$id\" value=\"$function\" onClick=\"clearText('newAnnotation');\">&nbsp;&nbsp;$function";
2617 : arodri7 1.41 $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2618 :     if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2619 :     }
2620 :     else{
2621 :     $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
2622 :     $id_cell = "<input type=checkbox name=peg id=peg$count value=$id checked=true>";
2623 :     $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2624 :     }
2625 :    
2626 :     push(@$row_data,$id_cell);
2627 :     push(@$row_data,$org);
2628 :     push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2629 :     push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2630 :     push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
2631 :     push(@$row_data,$function_cell);
2632 :     push(@$all_rows,$row_data);
2633 :     push (@$selected_sims, $id);
2634 :     $count++;
2635 :     }
2636 :    
2637 :     if ($count >0){
2638 :     $content = $all_rows;
2639 :     }
2640 :     else{
2641 :     $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
2642 :     }
2643 :     return ($content,$selected_sims);
2644 :     }
2645 :    
2646 :     sub display_protein_history {
2647 :     my ($self, $id,$fig) = @_;
2648 :     my $all_rows = [];
2649 :     my $content;
2650 :    
2651 :     my $cgi = new CGI;
2652 :     my $count = 0;
2653 :     foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
2654 :     my $row = [];
2655 :     my $col1 = $feat->[2];
2656 :     my $col2 = $feat->[1];
2657 :     #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
2658 :     my $text = $feat->[3];
2659 :    
2660 :     push (@$row, $col1);
2661 :     push (@$row, $col2);
2662 :     push (@$row, $text);
2663 :     push (@$all_rows, $row);
2664 :     $count++;
2665 :     }
2666 :     if ($count > 0){
2667 :     $content = $all_rows;
2668 :     }
2669 :     else {
2670 :     $content = "There is no history for this PEG";
2671 :     }
2672 :    
2673 :     return($content);
2674 :     }

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