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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.42 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : mkubal 1.19 use lib '/vol/ontologies';
4 :     use DBMaster;
5 : mkubal 1.34 use Data::Dumper;
6 : mkubal 1.19
7 : mkubal 1.1 require Exporter;
8 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9 :    
10 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
11 : mkubal 1.30 #use strict;
12 : arodri7 1.16 #use warnings;
13 : arodri7 1.9 use HTML;
14 : mkubal 1.1
15 :     1;
16 :    
17 : arodri7 1.42 # $Id: Observation.pm,v 1.41 2007/10/09 19:05:29 arodri7 Exp $
18 : mkubal 1.1
19 :     =head1 NAME
20 :    
21 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
22 :    
23 :     =head1 DESCRIPTION
24 :    
25 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
26 :     single interface to this data.
27 :    
28 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
29 :    
30 :     =cut
31 :    
32 :     =head1 BACKGROUND
33 :    
34 :     =head2 Data incorporated in the Observations
35 :    
36 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
37 :    
38 :     =head3 SEED core evidence
39 :    
40 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
41 :    
42 :     =head3 Attribute based Evidence
43 :    
44 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
45 :    
46 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
47 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
48 :    
49 :     =head1 METHODS
50 :    
51 :     The public methods this package provides are listed below:
52 :    
53 :    
54 : mkubal 1.24 =head3 context()
55 :    
56 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
57 : mkubal 1.1
58 :     =cut
59 :    
60 : mkubal 1.24 sub context {
61 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
62 :    
63 : mkubal 1.24 return $self->{context};
64 : mkubal 1.1 }
65 :    
66 : mkubal 1.24 =head3 rows()
67 : mkubal 1.1
68 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
69 : mkubal 1.1
70 : mkubal 1.24 =cut
71 :    
72 :     sub rows {
73 :     my ($self) = @_;
74 :    
75 :     return $self->{rows};
76 :     }
77 :    
78 :     =head3 acc()
79 :    
80 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
81 : mkubal 1.1
82 :     =cut
83 :    
84 : mkubal 1.24 sub acc {
85 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
86 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
87 : mkubal 1.1 }
88 :    
89 : arodri7 1.40 =head3 query()
90 :    
91 :     The query id
92 :    
93 :     =cut
94 :    
95 :     sub query {
96 :     my ($self) = @_;
97 :     return $self->{query};
98 :     }
99 :    
100 :    
101 : mkubal 1.1 =head3 class()
102 :    
103 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
104 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
105 : mkubal 1.7
106 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
107 :    
108 :     =over 9
109 :    
110 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
111 :    
112 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
113 : mkubal 1.1
114 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
115 : mkubal 1.1
116 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
117 : mkubal 1.1
118 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
119 : mkubal 1.1
120 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
121 : mkubal 1.1
122 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
123 : mkubal 1.1
124 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
125 : mkubal 1.1
126 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
127 : mkubal 1.1
128 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
129 :    
130 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
131 : mkubal 1.1
132 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
133 : mkubal 1.1
134 :     =back
135 :    
136 :     =cut
137 :    
138 :     sub class {
139 :     my ($self) = @_;
140 :    
141 :     return $self->{class};
142 :     }
143 :    
144 :     =head3 type()
145 :    
146 :     The type of evidence (required).
147 :    
148 :     Where type is one of the following:
149 :    
150 :     =over 8
151 :    
152 :     =item seq=Sequence similarity
153 :    
154 :     =item dom=domain based match
155 :    
156 :     =item loc=Localization of the feature
157 :    
158 :     =item fc=Functional coupling.
159 :    
160 :     =back
161 :    
162 :     =cut
163 :    
164 :     sub type {
165 :     my ($self) = @_;
166 :    
167 : arodri7 1.26 return $self->{type};
168 : mkubal 1.1 }
169 :    
170 :     =head3 start()
171 :    
172 :     Start of hit in query sequence.
173 :    
174 :     =cut
175 :    
176 :     sub start {
177 :     my ($self) = @_;
178 :    
179 :     return $self->{start};
180 :     }
181 :    
182 :     =head3 end()
183 :    
184 :     End of the hit in query sequence.
185 :    
186 :     =cut
187 :    
188 :     sub stop {
189 :     my ($self) = @_;
190 :    
191 :     return $self->{stop};
192 :     }
193 :    
194 : arodri7 1.11 =head3 start()
195 :    
196 :     Start of hit in query sequence.
197 :    
198 :     =cut
199 :    
200 :     sub qstart {
201 :     my ($self) = @_;
202 :    
203 :     return $self->{qstart};
204 :     }
205 :    
206 :     =head3 qstop()
207 :    
208 :     End of the hit in query sequence.
209 :    
210 :     =cut
211 :    
212 :     sub qstop {
213 :     my ($self) = @_;
214 :    
215 :     return $self->{qstop};
216 :     }
217 :    
218 :     =head3 hstart()
219 :    
220 :     Start of hit in hit sequence.
221 :    
222 :     =cut
223 :    
224 :     sub hstart {
225 :     my ($self) = @_;
226 :    
227 :     return $self->{hstart};
228 :     }
229 :    
230 :     =head3 end()
231 :    
232 :     End of the hit in hit sequence.
233 :    
234 :     =cut
235 :    
236 :     sub hstop {
237 :     my ($self) = @_;
238 :    
239 :     return $self->{hstop};
240 :     }
241 :    
242 :     =head3 qlength()
243 :    
244 :     length of the query sequence in similarities
245 :    
246 :     =cut
247 :    
248 :     sub qlength {
249 :     my ($self) = @_;
250 :    
251 :     return $self->{qlength};
252 :     }
253 :    
254 :     =head3 hlength()
255 :    
256 :     length of the hit sequence in similarities
257 :    
258 :     =cut
259 :    
260 :     sub hlength {
261 :     my ($self) = @_;
262 :    
263 :     return $self->{hlength};
264 :     }
265 :    
266 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
267 :    
268 :     E-value or P-Value if present.
269 :    
270 :     =cut
271 :    
272 :     sub evalue {
273 :     my ($self) = @_;
274 :    
275 :     return $self->{evalue};
276 :     }
277 :    
278 :     =head3 score()
279 :    
280 :     Score if present.
281 :    
282 :     =cut
283 :    
284 :     sub score {
285 :     my ($self) = @_;
286 :     return $self->{score};
287 :     }
288 :    
289 : mkubal 1.12 =head3 display()
290 : mkubal 1.1
291 : mkubal 1.12 will be different for each type
292 : mkubal 1.1
293 :     =cut
294 :    
295 : mkubal 1.7 sub display {
296 : mkubal 1.1
297 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
298 : mkubal 1.1
299 :     }
300 :    
301 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
302 : mkubal 1.7
303 : mkubal 1.24 will be different for each type
304 : mkubal 1.1
305 : mkubal 1.24 =cut
306 : mkubal 1.1
307 : mkubal 1.24 sub display_table {
308 :    
309 :     die "Abstract Table Method Called\n";
310 : mkubal 1.1
311 :     }
312 :    
313 :     =head3 get_objects()
314 :    
315 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
316 :    
317 :     =cut
318 :    
319 :     sub get_objects {
320 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;
321 : mkubal 1.7
322 :     my $objects = [];
323 :     my @matched_datasets=();
324 : mkubal 1.1
325 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
326 :     # returns an array of arrays of hashes
327 :    
328 : mkubal 1.24 if($scope){
329 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
330 : mkubal 1.7 }
331 :     else{
332 :     my %domain_classes;
333 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
334 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
335 : arodri7 1.41 $domain_classes{'PFAM'} = 1;
336 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
337 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
338 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);
339 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
340 :     get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
341 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
342 : mkubal 1.1 }
343 : mkubal 1.7
344 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
345 :     my $object;
346 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
347 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
348 :     }
349 : arodri7 1.41 elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
350 : arodri7 1.9 $object = Observation::FC->new($dataset);
351 :     }
352 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
353 : arodri7 1.9 $object = Observation::Identical->new($dataset);
354 :     }
355 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
356 : mkubal 1.12 $object = Observation::Location->new($dataset);
357 :     }
358 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
359 : arodri7 1.10 $object = Observation::Sims->new($dataset);
360 :     }
361 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
362 : arodri7 1.15 $object = Observation::Cluster->new($dataset);
363 :     }
364 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
365 : mkubal 1.20 $object = Observation::PDB->new($dataset);
366 :     }
367 :    
368 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
369 : mkubal 1.1 }
370 : mkubal 1.7
371 :     return $objects;
372 : mkubal 1.1
373 :     }
374 :    
375 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
376 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
377 :    
378 :     =cut
379 :     sub display_housekeeping {
380 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig) = @_;
381 :     my $content = [];
382 :     my $row = [];
383 : arodri7 1.28
384 :     my $org_name = $fig->org_of($fid);
385 :     my $function = $fig->function_of($fid);
386 : arodri7 1.41 #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
387 :     my $length = $fig->translation_length($fid);
388 :    
389 :     push (@$row, $org_name);
390 :     push (@$row, $fid);
391 :     push (@$row, $length);
392 :     push (@$row, $function);
393 :    
394 :     # initialize the table for commentary and annotations
395 :     #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
396 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
397 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
398 :     #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
399 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
400 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
401 :     #$content .= qq(</table><p>\n);
402 :    
403 :     push(@$content, $row);
404 : arodri7 1.28
405 :     return ($content);
406 :     }
407 :    
408 :     =head3 get_sims_summary
409 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
410 :    
411 :     =cut
412 :    
413 :     sub get_sims_summary {
414 : arodri7 1.42 my ($observation, $fid, $taxes, $dataset, $fig) = @_;
415 : arodri7 1.28 my %families;
416 : arodri7 1.42 #my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");
417 :    
418 :     foreach my $thing (@$dataset) {
419 :     next if ($thing->class ne "SIM");
420 :    
421 :     my $id = $thing->acc;
422 :     my $evalue = $thing->evalue;
423 : arodri7 1.28
424 : arodri7 1.42 next if ($id !~ /fig\|/);
425 :     next if ($fig->is_deleted_fid($id));
426 :     my $genome = $fig->genome_of($id);
427 : arodri7 1.39 my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
428 :     my $taxonomy = $taxes->{$genome1};
429 : arodri7 1.42 #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($id)); # use this if the taxonomies have been updated
430 : arodri7 1.28 my $parent_tax = "Root";
431 : arodri7 1.38 my @currLineage = ($parent_tax);
432 : arodri7 1.28 foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
433 :     push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
434 : arodri7 1.38 push (@currLineage, $tax);
435 : arodri7 1.28 $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
436 : arodri7 1.38 $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
437 : arodri7 1.39 if (defined ($families{evalue}{$tax})){
438 :     if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){
439 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
440 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
441 : arodri7 1.39 }
442 :     }
443 :     else{
444 : arodri7 1.42 $families{evalue}{$tax} = $evalue;
445 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($evalue);
446 : arodri7 1.39 }
447 :    
448 : arodri7 1.28 $parent_tax = $tax;
449 :     }
450 :     }
451 :    
452 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
453 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
454 :    
455 :     my %saw;
456 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
457 :     $families{children}{$key} = \@out;
458 :     }
459 :     return (\%families);
460 :     }
461 :    
462 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
463 :    
464 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
465 :    
466 :     B<Please do not use them outside of this package!>
467 :    
468 :     =cut
469 :    
470 : arodri7 1.39 sub get_taxcolor{
471 :     my ($evalue) = @_;
472 :     my $color;
473 :     if ($evalue <= 1e-170){ $color = "#FF2000"; }
474 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = "#FF3300"; }
475 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = "#FF6600"; }
476 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = "#FF9900"; }
477 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = "#FFCC00"; }
478 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = "#FFFF00"; }
479 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = "#CCFF00"; }
480 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = "#66FF00"; }
481 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = "#00FF00"; }
482 :     else{ $color = "#6666FF"; }
483 :     return ($color);
484 :     }
485 :    
486 :    
487 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
488 :    
489 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
490 : arodri7 1.41 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
491 : mkubal 1.7
492 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
493 : arodri7 1.28
494 :     foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
495 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
496 :     my @parts = split("::",$key);
497 :     my $class = $parts[0];
498 :    
499 :     if($domain_classes->{$parts[0]}){
500 :     my $val = @$attr_ref[2];
501 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
502 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
503 : mkubal 1.8 my $from = $2;
504 :     my $to = $3;
505 : mkubal 1.7 my $evalue;
506 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
507 :     my $part2 = 1000 - $1;
508 :     my $part1 = $2/100;
509 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
510 :     }
511 :     else{
512 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
513 : mkubal 1.7 }
514 :    
515 :     my $dataset = {'class' => $class,
516 :     'acc' => $key,
517 :     'type' => "dom" ,
518 :     'evalue' => $evalue,
519 :     'start' => $from,
520 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
521 :     'fig_id' => $fid,
522 :     'score' => $raw_evalue
523 : mkubal 1.7 };
524 :    
525 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
526 :     }
527 :     }
528 :     }
529 :     }
530 : mkubal 1.12
531 :     sub get_attribute_based_location_observations{
532 :    
533 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
534 :     #my $fig = new FIG;
535 : mkubal 1.12
536 : mkubal 1.30 my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
537 : mkubal 1.12
538 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
539 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
540 :     'fig_id' => $fid
541 :     };
542 :    
543 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
544 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
545 : mkubal 1.30 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/) && ($key !~/Phobius/) );
546 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
547 :     my $sub_class = $parts[0];
548 :     my $sub_key = $parts[1];
549 :     my $value = @$attr_ref[2];
550 :     if($sub_class eq "SignalP"){
551 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
552 :     my @value_parts = split(";",$value);
553 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
554 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
555 :     }
556 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
557 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
558 :     }
559 :     }
560 : mkubal 1.30
561 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "CELLO"){
562 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
563 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
564 :     }
565 : mkubal 1.30
566 :     elsif($sub_class eq "Phobius"){
567 :     if($sub_key eq "transmembrane"){
568 :     $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
569 :     }
570 :     elsif($sub_key eq "signal"){
571 :     $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
572 :     }
573 :     }
574 :    
575 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "TMPRED"){
576 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
577 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
578 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
579 :     }
580 :     }
581 :    
582 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
583 :    
584 :     }
585 :    
586 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
587 :    
588 :     This methods sets the type and class for pdb observations
589 :    
590 :     =cut
591 :    
592 :     sub get_pdb_observations{
593 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
594 : mkubal 1.20
595 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
596 : mkubal 1.20
597 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
598 : mkubal 1.20 my $key = @$attr_ref[1];
599 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
600 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
601 :     my $value = @$attr_ref[2];
602 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
603 :    
604 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
605 :     my $part2 = 1000 - $1;
606 :     my $part1 = $2/100;
607 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
608 :     }
609 :    
610 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
611 :    
612 :     my $url = @$attr_ref[3];
613 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
614 :     'type' => 'seq' ,
615 :     'acc' => $key2,
616 :     'evalue' => $evalue,
617 :     'start' => $start,
618 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
619 :     'fig_id' => $fid
620 : mkubal 1.20 };
621 :    
622 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
623 :     }
624 :     }
625 :    
626 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
627 :    
628 :     This methods sets the type and class for cluster observations
629 :    
630 :     =cut
631 :    
632 :     sub get_cluster_observations{
633 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
634 : arodri7 1.15
635 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
636 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
637 :     'context' => $scope,
638 :     'fig_id' => $fid
639 : arodri7 1.16 };
640 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
641 :     }
642 :    
643 :    
644 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
645 :    
646 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
647 :    
648 :     =cut
649 :    
650 :     sub get_sims_observations{
651 :    
652 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
653 :     #my $fig = new FIG;
654 : arodri7 1.42 my @sims= $fig->sims($fid,500,10,"fig");
655 : mkubal 1.4 my ($dataset);
656 : arodri7 1.26
657 :     foreach my $sim (@sims){
658 : arodri7 1.42 next if ($fig->is_deleted_fid($sim->[1]));
659 : arodri7 1.26 my $hit = $sim->[1];
660 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
661 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
662 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
663 :     my $qto = $sim->[7];
664 :     my $hfrom = $sim->[8];
665 :     my $hto = $sim->[9];
666 :     my $qlength = $sim->[12];
667 :     my $hlength = $sim->[13];
668 :     my $db = get_database($hit);
669 :     my $func = $fig->function_of($hit);
670 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
671 :    
672 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
673 : arodri7 1.40 'query' => $sim->[0],
674 : arodri7 1.10 'acc' => $hit,
675 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
676 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
677 :     'evalue' => $evalue,
678 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
679 :     'qstop' => $qto,
680 :     'hstart' => $hfrom,
681 :     'hstop' => $hto,
682 :     'database' => $db,
683 :     'organism' => $organism,
684 :     'function' => $func,
685 :     'qlength' => $qlength,
686 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
687 :     'fig_id' => $fid
688 : arodri7 1.10 };
689 :    
690 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
691 : mkubal 1.3 }
692 :     }
693 :    
694 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
695 :     This method gets the database association from the sequence id
696 :    
697 :     =cut
698 :    
699 :     sub get_database{
700 :     my ($id) = (@_);
701 :    
702 :     my ($db);
703 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
704 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
705 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
706 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
707 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
708 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
709 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
710 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
711 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
712 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
713 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
714 :    
715 :     return ($db);
716 :    
717 :     }
718 :    
719 : mkubal 1.24
720 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
721 :    
722 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
723 :    
724 :     =cut
725 :    
726 :     sub get_identical_proteins{
727 :    
728 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
729 :     #my $fig = new FIG;
730 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
731 : arodri7 1.5
732 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
733 :     foreach my $id (@maps_to) {
734 :     my ($tmp, $who);
735 : arodri7 1.33 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
736 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
737 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
738 : arodri7 1.5 }
739 :     }
740 :    
741 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
742 :     'type' => 'seq',
743 :     'fig_id' => $fid,
744 :     'rows' => $funcs_ref
745 :     };
746 :    
747 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
748 :    
749 : arodri7 1.5
750 :     }
751 :    
752 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
753 :    
754 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
755 :    
756 :     =cut
757 :    
758 :     sub get_functional_coupling{
759 :    
760 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
761 :     #my $fig = new FIG;
762 : arodri7 1.6 my @funcs = ();
763 :    
764 :     # initialize some variables
765 :     my($sc,$neigh);
766 :    
767 :     # set default parameters for coupling and evidence
768 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
769 :    
770 :     # get the fc data
771 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
772 :    
773 :     # retrieve data
774 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
775 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
776 :     } @fc_data;
777 :    
778 :     my ($dataset);
779 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
780 :     'type' => 'fc',
781 :     'fig_id' => $fid,
782 :     'rows' => \@rows
783 :     };
784 :    
785 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
786 : arodri7 1.9
787 : arodri7 1.6 }
788 : arodri7 1.5
789 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
790 :    
791 :     Instantiate a new object.
792 :    
793 :     =cut
794 :    
795 :     sub new {
796 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
797 :    
798 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
799 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
800 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
801 :     score => $dataset->{'score'},
802 : arodri7 1.10 };
803 : mkubal 1.7
804 :     bless($self,$class);
805 : mkubal 1.1
806 :     return $self;
807 :     }
808 :    
809 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
810 :    
811 :     Returns the % identity of the similar sequence
812 :    
813 :     =cut
814 :    
815 :     sub identity {
816 :     my ($self) = @_;
817 :    
818 :     return $self->{identity};
819 :     }
820 :    
821 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
822 :    
823 :     =cut
824 :    
825 :     sub fig_id {
826 :     my ($self) = @_;
827 :     return $self->{fig_id};
828 :     }
829 :    
830 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
831 :    
832 :    
833 :     =cut
834 :    
835 :     sub feature_id {
836 :     my ($self) = @_;
837 :    
838 :     return $self->{feature_id};
839 :     }
840 : arodri7 1.5
841 :     =head3 id (internal)
842 :    
843 :     Returns the ID of the identical sequence
844 :    
845 :     =cut
846 :    
847 :     sub id {
848 :     my ($self) = @_;
849 :    
850 :     return $self->{id};
851 :     }
852 :    
853 :     =head3 organism (internal)
854 :    
855 :     Returns the organism of the identical sequence
856 :    
857 :     =cut
858 :    
859 :     sub organism {
860 :     my ($self) = @_;
861 :    
862 :     return $self->{organism};
863 :     }
864 :    
865 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
866 :    
867 :     Returns the function of the identical sequence
868 :    
869 :     =cut
870 :    
871 :     sub function {
872 :     my ($self) = @_;
873 :    
874 :     return $self->{function};
875 :     }
876 :    
877 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
878 :    
879 :     Returns the database of the identical sequence
880 :    
881 :     =cut
882 :    
883 :     sub database {
884 :     my ($self) = @_;
885 :    
886 :     return $self->{database};
887 :     }
888 :    
889 : mkubal 1.24 sub score {
890 :     my ($self) = @_;
891 :    
892 :     return $self->{score};
893 :     }
894 :    
895 : mkubal 1.20 ############################################################
896 :     ############################################################
897 :     package Observation::PDB;
898 :    
899 :     use base qw(Observation);
900 :    
901 :     sub new {
902 :    
903 :     my ($class,$dataset) = @_;
904 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
905 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
906 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
907 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
908 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
909 :     bless($self,$class);
910 :     return $self;
911 :     }
912 :    
913 :     =head3 display()
914 :    
915 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
916 :    
917 :     =cut
918 :    
919 :     sub display{
920 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
921 : mkubal 1.20
922 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
923 : mkubal 1.20 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
924 :    
925 :     my $acc = $self->acc;
926 :    
927 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
928 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
929 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
930 :     $pdb_description = "not available";
931 :     $pdb_source = "not available";
932 :     $pdb_ligand = "not available";
933 :     }
934 :     else{
935 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
936 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
937 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
938 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
939 :     }
940 : arodri7 1.6
941 : mkubal 1.20 my $lines = [];
942 :     my $line_data = [];
943 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
944 :     'short_title' => "best PDB",
945 :     'basepair_offset' => '1' };
946 :    
947 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
948 : mkubal 1.20 my $seq = $fig->get_translation($fid);
949 :     my $fid_stop = length($seq);
950 :    
951 :     my $fid_element_hash = {
952 :     "title" => $fid,
953 :     "start" => '1',
954 :     "end" => $fid_stop,
955 :     "color"=> '1',
956 :     "zlayer" => '1'
957 :     };
958 :    
959 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
960 :    
961 :     my $links_list = [];
962 :     my $descriptions = [];
963 :    
964 :     my $name;
965 :     $name = {"title" => 'id',
966 :     "value" => $acc};
967 :     push(@$descriptions,$name);
968 :    
969 :     my $description;
970 :     $description = {"title" => 'pdb description',
971 :     "value" => $pdb_description};
972 :     push(@$descriptions,$description);
973 :    
974 :     my $score;
975 :     $score = {"title" => "score",
976 :     "value" => $self->evalue};
977 :     push(@$descriptions,$score);
978 :    
979 :     my $start_stop;
980 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
981 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
982 :     "value" => $start_stop_value};
983 :     push(@$descriptions,$start_stop);
984 :    
985 :     my $source;
986 :     $source = {"title" => "source",
987 :     "value" => $pdb_source};
988 :     push(@$descriptions,$source);
989 :    
990 :     my $ligand;
991 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
992 :     "value" => $pdb_ligand};
993 :     push(@$descriptions,$ligand);
994 :    
995 :     my $link;
996 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
997 :    
998 :     $link = {"link_title" => $acc,
999 :     "link" => $link_url};
1000 :     push(@$links_list,$link);
1001 :    
1002 :     my $pdb_element_hash = {
1003 :     "title" => "PDB homology",
1004 :     "start" => $self->start,
1005 :     "end" => $self->stop,
1006 :     "color"=> '6',
1007 :     "zlayer" => '3',
1008 :     "links_list" => $links_list,
1009 :     "description" => $descriptions};
1010 :    
1011 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1012 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1013 :    
1014 :     return $gd;
1015 :     }
1016 :    
1017 :     1;
1018 : arodri7 1.11
1019 : arodri7 1.9 ############################################################
1020 :     ############################################################
1021 :     package Observation::Identical;
1022 :    
1023 :     use base qw(Observation);
1024 :    
1025 :     sub new {
1026 :    
1027 :     my ($class,$dataset) = @_;
1028 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1029 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1030 :    
1031 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1032 :     return $self;
1033 :     }
1034 :    
1035 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1036 : arodri7 1.6
1037 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1038 :     This code will display a table for the identical protein
1039 :    
1040 :    
1041 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1042 :     dence.
1043 : arodri7 1.6
1044 :     =cut
1045 :    
1046 :    
1047 : mkubal 1.24 sub display_table{
1048 : arodri7 1.41 my ($self,$fig) = @_;
1049 : mkubal 1.24
1050 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1051 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1052 :     my $rows = $self->rows;
1053 :     my $cgi = new CGI;
1054 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1055 :     my $count_identical = 0;
1056 : arodri7 1.9 my $content;
1057 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1058 :     my $id = $row->[0];
1059 :     my $who = $row->[1];
1060 :     my $assignment = $row->[2];
1061 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
1062 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1063 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1064 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1065 :     push(@$single_domain,$organism);
1066 :     push(@$single_domain,$assignment);
1067 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1068 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1069 : arodri7 1.6 }
1070 :    
1071 :     if ($count_identical >0){
1072 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1073 : arodri7 1.6 }
1074 :     else{
1075 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1076 : arodri7 1.6 }
1077 :     return ($content);
1078 :     }
1079 : mkubal 1.7
1080 : arodri7 1.9 1;
1081 :    
1082 :     #########################################
1083 :     #########################################
1084 :     package Observation::FC;
1085 :     1;
1086 :    
1087 :     use base qw(Observation);
1088 :    
1089 :     sub new {
1090 :    
1091 :     my ($class,$dataset) = @_;
1092 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1093 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1094 : arodri7 1.9
1095 :     bless($self,$class);
1096 :     return $self;
1097 :     }
1098 :    
1099 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1100 : arodri7 1.9
1101 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1102 :     This code will display a table for the identical protein
1103 :    
1104 :    
1105 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1106 :     dence.
1107 :    
1108 :     =cut
1109 :    
1110 : mkubal 1.24 sub display_table {
1111 : arodri7 1.9
1112 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1113 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1114 :     my $rows = $self->rows;
1115 :     my $cgi = new CGI;
1116 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1117 :     my $count = 0;
1118 :     my $content;
1119 :    
1120 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1121 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1122 :     $count++;
1123 :    
1124 :     # construct the score link
1125 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1126 :     my $toid = $row->[1];
1127 : arodri7 1.9 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
1128 :     my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
1129 :    
1130 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1131 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1132 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1133 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1134 :     }
1135 :    
1136 :     if ($count >0){
1137 :     $content = $functional_data;
1138 :     }
1139 :     else
1140 :     {
1141 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1142 :     }
1143 :     return ($content);
1144 :     }
1145 :    
1146 :    
1147 :     #########################################
1148 :     #########################################
1149 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1150 :    
1151 :     use base qw(Observation);
1152 :    
1153 :     sub new {
1154 :    
1155 :     my ($class,$dataset) = @_;
1156 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1157 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1158 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1159 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1160 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1161 :    
1162 :     bless($self,$class);
1163 :     return $self;
1164 :     }
1165 :    
1166 :     sub display {
1167 :     my ($thing,$gd) = @_;
1168 :     my $lines = [];
1169 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1170 :     # 'short_title' => $thing->type,
1171 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1172 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1173 :    
1174 :     my $line_data = [];
1175 :     my $links_list = [];
1176 :     my $descriptions = [];
1177 : mkubal 1.19
1178 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1179 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1180 : arodri7 1.41
1181 : mkubal 1.19 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1182 : mkubal 1.7
1183 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1184 :     if($db eq "CDD"){
1185 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1186 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1187 :     $name_title = "name";
1188 :     $name_value = "not available";
1189 :     $description_title = "description";
1190 :     $description_value = "not available";
1191 :     }
1192 :     else{
1193 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1194 :     $name_title = "name";
1195 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1196 :     $description_title = "description";
1197 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1198 :     }
1199 :     }
1200 : arodri7 1.41 elsif($db =~ /PFAM/){
1201 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $id } );
1202 :     if(!scalar(@$pfam_objs)){
1203 :     $name_title = "name";
1204 :     $name_value = "not available";
1205 :     $description_title = "description";
1206 :     $description_value = "not available";
1207 :     }
1208 :     else{
1209 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1210 :     $name_title = "name";
1211 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1212 :     #$description_title = "description";
1213 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1214 :     }
1215 :     }
1216 :    
1217 :     my $short_title = $thing->acc;
1218 :     $short_title =~ s/::/ - /ig;
1219 :     my $line_config = { 'title' => $name_value,
1220 :     'short_title' => $short_title,
1221 : arodri7 1.27 'basepair_offset' => '1' };
1222 : mkubal 1.7
1223 : mkubal 1.19 my $name;
1224 : arodri7 1.41 $name = {"title" => $db,
1225 :     "value" => $id};
1226 : mkubal 1.19 push(@$descriptions,$name);
1227 :    
1228 : arodri7 1.41 # my $description;
1229 :     # $description = {"title" => $description_title,
1230 :     # "value" => $description_value};
1231 :     # push(@$descriptions,$description);
1232 : mkubal 1.7
1233 :     my $score;
1234 :     $score = {"title" => "score",
1235 :     "value" => $thing->evalue};
1236 :     push(@$descriptions,$score);
1237 :    
1238 : arodri7 1.41 my $location;
1239 :     $location = {"title" => "location",
1240 :     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1241 :     push(@$descriptions,$location);
1242 :    
1243 : mkubal 1.7 my $link_id;
1244 : arodri7 1.41 if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1245 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1246 :     }
1247 :    
1248 :     my $link;
1249 : mkubal 1.12 my $link_url;
1250 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1251 :     elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1252 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1253 :    
1254 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1255 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1256 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1257 :    
1258 :     my $element_hash = {
1259 : arodri7 1.41 "title" => $name_value,
1260 : mkubal 1.7 "start" => $thing->start,
1261 :     "end" => $thing->stop,
1262 :     "color"=> $color,
1263 :     "zlayer" => '2',
1264 :     "links_list" => $links_list,
1265 :     "description" => $descriptions};
1266 :    
1267 :     push(@$line_data,$element_hash);
1268 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1269 :    
1270 :     return $gd;
1271 :    
1272 :     }
1273 : arodri7 1.28
1274 :     sub display_table {
1275 :     my ($self,$dataset) = @_;
1276 :     my $cgi = new CGI;
1277 :     my $data = [];
1278 :     my $count = 0;
1279 :     my $content;
1280 :    
1281 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1282 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1283 :     my $single_domain = [];
1284 :     $count++;
1285 :    
1286 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1287 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1288 :    
1289 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1290 :    
1291 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1292 :     if($db eq "CDD"){
1293 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1294 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1295 :     $name_title = "name";
1296 :     $name_value = "not available";
1297 :     $description_title = "description";
1298 :     $description_value = "not available";
1299 :     }
1300 :     else{
1301 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1302 :     $name_title = "name";
1303 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1304 :     $description_title = "description";
1305 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1306 :     }
1307 :     }
1308 :    
1309 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1310 :    
1311 :     push(@$single_domain,$db);
1312 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1313 :     push(@$single_domain,$name_value);
1314 :     push(@$single_domain,$location);
1315 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1316 :     push(@$single_domain,$description_value);
1317 :     push(@$data,$single_domain);
1318 :     }
1319 :    
1320 :     if ($count >0){
1321 :     $content = $data;
1322 :     }
1323 :     else
1324 :     {
1325 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1326 :     }
1327 :     }
1328 :    
1329 : mkubal 1.7
1330 : arodri7 1.10 #########################################
1331 :     #########################################
1332 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1333 :    
1334 :     use base qw(Observation);
1335 :    
1336 :     sub new {
1337 :    
1338 :     my ($class,$dataset) = @_;
1339 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1340 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1341 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1342 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1343 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1344 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1345 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1346 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1347 : mkubal 1.30 $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1348 :     $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1349 : mkubal 1.12
1350 :     bless($self,$class);
1351 :     return $self;
1352 :     }
1353 :    
1354 : mkubal 1.36 sub display_cello {
1355 : arodri7 1.41 my ($thing,$fig) = @_;
1356 : mkubal 1.36 my $html;
1357 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1358 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1359 :     if($cello_location){
1360 : arodri7 1.40 $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1361 :     #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1362 : mkubal 1.36 }
1363 :     return ($html);
1364 :     }
1365 :    
1366 : mkubal 1.12 sub display {
1367 : arodri7 1.41 my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1368 : mkubal 1.12
1369 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1370 : arodri7 1.41 #my $fig= new FIG;
1371 : mkubal 1.12 my $length = length($fig->get_translation($fid));
1372 :    
1373 :     my $cleavage_prob;
1374 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1375 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1376 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1377 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1378 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1379 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1380 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1381 :    
1382 : mkubal 1.30 my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1383 :     my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1384 :    
1385 : mkubal 1.12 my $lines = [];
1386 :    
1387 :     #color is
1388 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1389 : mkubal 1.36
1390 :     =pod=
1391 :    
1392 : mkubal 1.12 if($cello_location){
1393 :     my $cello_descriptions = [];
1394 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1395 :    
1396 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1397 :     'short_title' => 'CELLO',
1398 :     'basepair_offset' => '1' };
1399 :    
1400 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1401 :     "value" => $cello_location};
1402 :    
1403 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1404 :    
1405 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1406 :     "value" => $cello_score};
1407 :    
1408 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1409 :    
1410 :     my $element_hash = {
1411 :     "title" => "CELLO",
1412 : mkubal 1.34 "color"=> $color,
1413 : mkubal 1.12 "start" => "1",
1414 :     "end" => $length + 1,
1415 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1416 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1417 :    
1418 :     push(@$line_data,$element_hash);
1419 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1420 : mkubal 1.12 }
1421 :    
1422 : arodri7 1.28 $color = "2";
1423 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1424 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1425 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1426 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1427 :     'basepair_offset' => '1' };
1428 :    
1429 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1430 :     my $descriptions = [];
1431 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1432 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1433 :     "value" => $tmpred_score};
1434 :    
1435 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1436 :    
1437 :     my $element_hash = {
1438 :     "title" => "transmembrane location",
1439 :     "start" => $begin + 1,
1440 :     "end" => $end + 1,
1441 :     "color"=> $color,
1442 :     "zlayer" => '5',
1443 : mkubal 1.34 "type" => 'box',
1444 : mkubal 1.12 "description" => $descriptions};
1445 :    
1446 :     push(@$line_data,$element_hash);
1447 : arodri7 1.28
1448 : mkubal 1.12 }
1449 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1450 : mkubal 1.12 }
1451 : arodri7 1.40 =cut
1452 : mkubal 1.12
1453 : mkubal 1.30 if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1454 :     my $line_data =[];
1455 : arodri7 1.40 my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1456 :     'short_title' => 'TM and SP',
1457 : mkubal 1.30 'basepair_offset' => '1' };
1458 :    
1459 :     foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1460 :     my $descriptions = [];
1461 : arodri7 1.40 my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1462 : mkubal 1.30 "value" => $tm_loc};
1463 :     push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1464 :    
1465 :     my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1466 :    
1467 :     my $element_hash = {
1468 : arodri7 1.40 "title" => "Phobius",
1469 : mkubal 1.30 "start" => $begin + 1,
1470 :     "end" => $end + 1,
1471 :     "color"=> '6',
1472 :     "zlayer" => '4',
1473 :     "type" => 'bigbox',
1474 :     "description" => $descriptions};
1475 :    
1476 :     push(@$line_data,$element_hash);
1477 :    
1478 :     }
1479 :    
1480 :     if($phobius_signal_location){
1481 :     my $descriptions = [];
1482 :     my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1483 :     "value" => $phobius_signal_location};
1484 :     push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1485 :    
1486 :    
1487 :     my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1488 :     my $element_hash = {
1489 :     "title" => "phobius signal locations",
1490 :     "start" => $begin + 1,
1491 :     "end" => $end + 1,
1492 :     "color"=> '1',
1493 :     "zlayer" => '5',
1494 :     "type" => 'box',
1495 :     "description" => $descriptions};
1496 :     push(@$line_data,$element_hash);
1497 :     }
1498 :    
1499 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1500 :     }
1501 :    
1502 : arodri7 1.40 =head3
1503 : arodri7 1.28 $color = "1";
1504 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1505 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1506 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1507 : arodri7 1.28
1508 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1509 :     'short_title' => 'SignalP',
1510 :     'basepair_offset' => '1' };
1511 :    
1512 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1513 :     "value" => $signal_peptide_score};
1514 :    
1515 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1516 :    
1517 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1518 :     "value" => $cleavage_prob};
1519 :    
1520 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1521 :    
1522 :     my $element_hash = {
1523 :     "title" => "SignalP",
1524 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1525 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1526 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1527 :     "color"=> $color,
1528 :     "zlayer" => '10',
1529 :     "description" => $descriptions};
1530 :    
1531 :     push(@$line_data,$element_hash);
1532 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1533 : mkubal 1.12 }
1534 : arodri7 1.40 =cut
1535 :    
1536 : mkubal 1.12 return ($gd);
1537 :    
1538 :     }
1539 :    
1540 :     sub cleavage_loc {
1541 :     my ($self) = @_;
1542 :    
1543 :     return $self->{cleavage_loc};
1544 :     }
1545 :    
1546 :     sub cleavage_prob {
1547 :     my ($self) = @_;
1548 :    
1549 :     return $self->{cleavage_prob};
1550 :     }
1551 :    
1552 :     sub signal_peptide_score {
1553 :     my ($self) = @_;
1554 :    
1555 :     return $self->{signal_peptide_score};
1556 :     }
1557 :    
1558 :     sub tmpred_score {
1559 :     my ($self) = @_;
1560 :    
1561 :     return $self->{tmpred_score};
1562 :     }
1563 :    
1564 :     sub tmpred_locations {
1565 :     my ($self) = @_;
1566 :    
1567 :     return $self->{tmpred_locations};
1568 :     }
1569 :    
1570 :     sub cello_location {
1571 :     my ($self) = @_;
1572 :    
1573 :     return $self->{cello_location};
1574 :     }
1575 :    
1576 :     sub cello_score {
1577 :     my ($self) = @_;
1578 :    
1579 :     return $self->{cello_score};
1580 :     }
1581 :    
1582 : mkubal 1.30 sub phobius_signal_location {
1583 :     my ($self) = @_;
1584 :     return $self->{phobius_signal_location};
1585 :     }
1586 :    
1587 :     sub phobius_tm_locations {
1588 :     my ($self) = @_;
1589 :     return $self->{phobius_tm_locations};
1590 :     }
1591 :    
1592 :    
1593 : mkubal 1.12
1594 :     #########################################
1595 :     #########################################
1596 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1597 :    
1598 :     use base qw(Observation);
1599 :    
1600 :     sub new {
1601 :    
1602 :     my ($class,$dataset) = @_;
1603 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1604 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1605 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1606 : arodri7 1.40 $self->{query} = $dataset->{'query'};
1607 : arodri7 1.10 $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1608 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1609 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1610 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1611 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1612 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1613 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1614 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1615 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1616 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1617 : arodri7 1.10
1618 :     bless($self,$class);
1619 :     return $self;
1620 :     }
1621 :    
1622 : arodri7 1.25 =head3 display()
1623 :    
1624 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1625 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1626 :    
1627 :     =cut
1628 :    
1629 :     sub display {
1630 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$array,$fig) = @_;
1631 :     #my $fig = new FIG;
1632 : arodri7 1.25
1633 : arodri7 1.41 my @ids;
1634 :     foreach my $thing(@$array){
1635 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1636 :     push (@ids, $thing->acc);
1637 :     }
1638 : arodri7 1.25
1639 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);
1640 : arodri7 1.25
1641 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$array){
1642 :     if ($thing->class eq "SIM"){
1643 :    
1644 :     my $peg = $thing->acc;
1645 :     my $query = $thing->query;
1646 :    
1647 :     my $organism = $thing->organism;
1648 :     my $genome = $fig->genome_of($peg);
1649 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1650 :     my $function = $thing->function;
1651 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1652 :     my $align_start = $thing->qstart;
1653 :     my $align_stop = $thing->qstop;
1654 :     my $hit_start = $thing->hstart;
1655 :     my $hit_stop = $thing->hstop;
1656 :    
1657 :     my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1658 :    
1659 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1660 :     'short_title' => "$abbrev_name",
1661 :     'title_link' => '$tax_link',
1662 :     'basepair_offset' => '0'
1663 :     };
1664 :    
1665 :     my $line_data = [];
1666 :    
1667 :     my $element_hash;
1668 :     my $links_list = [];
1669 :     my $descriptions = [];
1670 :    
1671 :     # get subsystem information
1672 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$peg;
1673 :     my $link;
1674 :     $link = {"link_title" => $peg,
1675 :     "link" => $url_link};
1676 :     push(@$links_list,$link);
1677 :    
1678 :     #my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1679 :     my @subs = @{$in_subs{$peg}} if (defined $in_subs{$peg});
1680 :     my @subsystems;
1681 :    
1682 :     foreach my $array (@subs){
1683 :     my $subsystem = $$array[0];
1684 :     push(@subsystems,$subsystem);
1685 :     my $link;
1686 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1687 :     "link_title" => $subsystem};
1688 :     push(@$links_list,$link);
1689 :     }
1690 :    
1691 :     $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1692 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query&peg2=$peg"};
1693 :     push (@$links_list,$link);
1694 :    
1695 :     my $description_function;
1696 :     $description_function = {"title" => "function",
1697 :     "value" => $function};
1698 :     push(@$descriptions,$description_function);
1699 :    
1700 :     my ($description_ss, $ss_string);
1701 :     $ss_string = join (",", @subsystems);
1702 :     $description_ss = {"title" => "subsystems",
1703 :     "value" => $ss_string};
1704 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1705 :    
1706 :     my $description_loc;
1707 :     $description_loc = {"title" => "location start",
1708 :     "value" => $hit_start};
1709 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1710 :    
1711 :     $description_loc = {"title" => "location stop",
1712 :     "value" => $hit_stop};
1713 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1714 :    
1715 :     my $evalue = $thing->evalue;
1716 :     while ($evalue =~ /-0/)
1717 :     {
1718 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1719 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1720 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1721 :     }
1722 :    
1723 :     my $color = &color($evalue);
1724 :    
1725 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1726 :     "value" => $evalue};
1727 :     push(@$descriptions, $description_eval);
1728 :    
1729 :     my $identity = $self->identity;
1730 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1731 :     "value" => $identity};
1732 :     push(@$descriptions, $description_identity);
1733 :    
1734 :     $element_hash = {
1735 :     "title" => $peg,
1736 :     "start" => $align_start,
1737 :     "end" => $align_stop,
1738 :     "type"=> 'box',
1739 :     "color"=> $color,
1740 :     "zlayer" => "2",
1741 :     "links_list" => $links_list,
1742 :     "description" => $descriptions
1743 :     };
1744 :     push(@$line_data,$element_hash);
1745 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1746 :     }
1747 : arodri7 1.25 }
1748 :     return ($gd);
1749 :     }
1750 :    
1751 : mkubal 1.34 =head3 display_domain_composition()
1752 :    
1753 :     If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1754 :    
1755 :     =cut
1756 :    
1757 :     sub display_domain_composition {
1758 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
1759 : mkubal 1.34
1760 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1761 : mkubal 1.34 my $peg = $self->acc;
1762 :    
1763 :     my $line_data = [];
1764 :     my $links_list = [];
1765 :     my $descriptions = [];
1766 :    
1767 :     my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1768 : arodri7 1.42 my @domain_query_results = ();
1769 : mkubal 1.34 foreach $dqr (@domain_query_results){
1770 :     my $key = @$dqr[1];
1771 :     my @parts = split("::",$key);
1772 :     my $db = $parts[0];
1773 :     my $id = $parts[1];
1774 :     my $val = @$dqr[2];
1775 :     my $from;
1776 :     my $to;
1777 :     my $evalue;
1778 :    
1779 :     if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1780 :     my $raw_evalue = $1;
1781 :     $from = $2;
1782 :     $to = $3;
1783 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1784 :     my $part2 = 1000 - $1;
1785 :     my $part1 = $2/100;
1786 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
1787 :     }
1788 :     else{
1789 :     $evalue = "0.0";
1790 :     }
1791 :     }
1792 :    
1793 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1794 :     my ($name_value,$description_value);
1795 :    
1796 :     if($db eq "CDD"){
1797 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1798 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1799 :     $name_title = "name";
1800 :     $name_value = "not available";
1801 :     $description_title = "description";
1802 :     $description_value = "not available";
1803 :     }
1804 :     else{
1805 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1806 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1807 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1808 :     }
1809 :     }
1810 :    
1811 :     my $domain_name;
1812 :     $domain_name = {"title" => "name",
1813 :     "value" => $name_value};
1814 :     push(@$descriptions,$domain_name);
1815 :    
1816 :     my $description;
1817 :     $description = {"title" => "description",
1818 :     "value" => $description_value};
1819 :     push(@$descriptions,$description);
1820 :    
1821 :     my $score;
1822 :     $score = {"title" => "score",
1823 :     "value" => $evalue};
1824 :     push(@$descriptions,$score);
1825 :    
1826 :     my $link_id = $id;
1827 :     my $link;
1828 :     my $link_url;
1829 :     if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1830 :     elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1831 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1832 :    
1833 :     $link = {"link_title" => $name_value,
1834 :     "link" => $link_url};
1835 :     push(@$links_list,$link);
1836 :    
1837 :     my $domain_element_hash = {
1838 :     "title" => $peg,
1839 :     "start" => $from,
1840 :     "end" => $to,
1841 :     "type"=> 'box',
1842 :     "zlayer" => '4',
1843 :     "links_list" => $links_list,
1844 :     "description" => $descriptions
1845 :     };
1846 :    
1847 :     push(@$line_data,$domain_element_hash);
1848 :    
1849 :     #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
1850 :     last;
1851 :     }
1852 :    
1853 :     my $line_config = { 'title' => $peg,
1854 :     'short_title' => $peg,
1855 :     'basepair_offset' => '1' };
1856 :    
1857 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1858 :    
1859 :     return ($gd);
1860 :    
1861 :     }
1862 :    
1863 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1864 : arodri7 1.10
1865 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1866 :     This code will display a table for the similarities protein
1867 :    
1868 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1869 :    
1870 :     =cut
1871 :    
1872 : mkubal 1.24 sub display_table {
1873 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;
1874 : mkubal 1.24
1875 : arodri7 1.10 my $data = [];
1876 :     my $count = 0;
1877 :     my $content;
1878 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1879 : mkubal 1.24 my $cgi = new CGI;
1880 : arodri7 1.28 my @ids;
1881 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
1882 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
1883 :     push (@ids, $thing->acc);
1884 :     }
1885 :    
1886 : arodri7 1.31 my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1887 : arodri7 1.41 my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);
1888 : arodri7 1.35
1889 :     # get the column for the subsystems
1890 : arodri7 1.41 %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);
1891 : arodri7 1.35
1892 :     # get the column for the evidence codes
1893 : arodri7 1.41 %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1894 : arodri7 1.35
1895 :     # get the column for pfam_domain
1896 : arodri7 1.41 %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1897 :    
1898 :     my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
1899 :     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);
1900 : arodri7 1.42 #my $alias_col = {};
1901 : arodri7 1.31
1902 : arodri7 1.28 foreach my $thing (@$dataset) {
1903 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1904 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
1905 :     $count++;
1906 :    
1907 : arodri7 1.41 my $id = $thing->acc;
1908 : arodri7 1.11 my $iden = $thing->identity;
1909 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1910 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1911 :     my $b1 = $thing->qstart;
1912 :     my $e1 = $thing->qstop;
1913 :     my $b2 = $thing->hstart;
1914 :     my $e2 = $thing->hstop;
1915 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1916 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1917 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1918 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1919 :    
1920 : arodri7 1.29 # checkbox column
1921 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1922 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1923 :     my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1924 : arodri7 1.40 my ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;
1925 : arodri7 1.31
1926 :     # get the linked fig id
1927 :     my $fig_col;
1928 :     if (defined ($e_identical{$id})){
1929 :     $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1930 :     }
1931 :     else{
1932 :     $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1933 : arodri7 1.28 }
1934 :    
1935 : arodri7 1.41 push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,
1936 :     "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function); # permanent columns
1937 :    
1938 : arodri7 1.35 foreach my $col (sort keys %$scroll_list){
1939 :     if ($col =~ /associated_subsystem/) {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}
1940 :     elsif ($col =~ /evidence/) {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}
1941 :     elsif ($col =~ /pfam_domains/) {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}
1942 : arodri7 1.41 elsif ($col =~ /ncbi_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"NCBI"});}
1943 :     elsif ($col =~ /refseq_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"RefSeq"});}
1944 :     elsif ($col =~ /swissprot_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"SwissProt"});}
1945 :     elsif ($col =~ /uniprot_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"UniProt"});}
1946 :     elsif ($col =~ /tigr_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}
1947 :     elsif ($col =~ /pir_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}
1948 :     elsif ($col =~ /kegg_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}
1949 : arodri7 1.42 #elsif ($col =~ /trembl_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}
1950 : arodri7 1.41 elsif ($col =~ /asap_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}
1951 :     elsif ($col =~ /jgi_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}
1952 : arodri7 1.40 elsif ($col =~ /taxonomy/) {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}
1953 : arodri7 1.32 }
1954 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
1955 :     }
1956 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
1957 :     $content = $data;
1958 : arodri7 1.10 }
1959 : arodri7 1.26 else{
1960 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1961 :     }
1962 :     return ($content);
1963 :     }
1964 : arodri7 1.11
1965 : arodri7 1.29 sub get_box_column{
1966 :     my ($ids) = @_;
1967 :     my %column;
1968 :     foreach my $id (@$ids){
1969 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1970 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1971 :     $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1972 :     }
1973 :     return (%column);
1974 :     }
1975 :    
1976 :     sub get_subsystems_column{
1977 : arodri7 1.41 my ($ids,$fig) = @_;
1978 : arodri7 1.29
1979 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1980 : arodri7 1.29 my $cgi = new CGI;
1981 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
1982 :     my %column;
1983 :     foreach my $id (@$ids){
1984 : arodri7 1.32 my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
1985 :     my @subsystems;
1986 :    
1987 : arodri7 1.29 if (@in_sub > 0) {
1988 : arodri7 1.32 foreach my $array(@in_sub){
1989 : arodri7 1.41 my $ss = $$array[0];
1990 :     $ss =~ s/_/ /ig;
1991 :     push (@subsystems, "-" . $ss);
1992 : arodri7 1.32 }
1993 :     my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
1994 :     $column{$id} = $in_sub_line;
1995 : arodri7 1.29 } else {
1996 :     $column{$id} = "&nbsp;";
1997 :     }
1998 :     }
1999 :     return (%column);
2000 :     }
2001 :    
2002 : arodri7 1.31 sub get_essentially_identical{
2003 : arodri7 1.41 my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
2004 :     #my $fig = new FIG;
2005 :    
2006 : arodri7 1.31 my %id_list;
2007 : arodri7 1.41 #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2008 : arodri7 1.31
2009 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$dataset){
2010 :     if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2011 :     my $rows = $thing->rows;
2012 :     my $count_identical = 0;
2013 :     foreach my $row (@$rows) {
2014 :     my $id = $row->[0];
2015 :     if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2016 :     $id_list{$id} = 1;
2017 :     }
2018 :     }
2019 :     }
2020 : arodri7 1.31 }
2021 : arodri7 1.41
2022 :     # foreach my $id (@maps_to) {
2023 :     # if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2024 :     # $id_list{$id} = 1;
2025 :     # }
2026 :     # }
2027 : arodri7 1.31 return(%id_list);
2028 :     }
2029 :    
2030 :    
2031 : arodri7 1.29 sub get_evidence_column{
2032 : arodri7 1.41 my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2033 :     #my $fig = new FIG;
2034 : arodri7 1.29 my $cgi = new CGI;
2035 :     my (%column, %code_attributes);
2036 :    
2037 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2038 : arodri7 1.29 foreach my $key (@codes){
2039 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
2040 :     }
2041 :    
2042 :     foreach my $id (@$ids){
2043 :     # add evidence code with tool tip
2044 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
2045 :    
2046 : arodri7 1.41 my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2047 :     my @ev_codes = ();
2048 :     foreach my $code (@codes) {
2049 :     my $pretty_code = $code->[2];
2050 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
2051 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2052 :     $ss =~ s/_/ /g;
2053 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2054 :     }
2055 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
2056 :     }
2057 : arodri7 1.29
2058 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2059 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2060 :     $ev_codes = $cgi->a(
2061 :     {
2062 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2063 :     }
2064 :     $column{$id}=$ev_codes;
2065 :     }
2066 :     return (%column);
2067 :     }
2068 :    
2069 : arodri7 1.33 sub get_pfam_column{
2070 : arodri7 1.41 my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2071 :     #my $fig = new FIG;
2072 : arodri7 1.33 my $cgi = new CGI;
2073 : arodri7 1.40 my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);
2074 : arodri7 1.33 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
2075 :    
2076 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;
2077 : arodri7 1.33 foreach my $key (@codes){
2078 : arodri7 1.41 my $name = $key->[1];
2079 :     if ($name =~ /_/){
2080 :     ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2081 :     }
2082 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2083 :     push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2084 : arodri7 1.33 }
2085 :    
2086 :     foreach my $id (@$ids){
2087 : arodri7 1.41 # add evidence code
2088 : arodri7 1.33 my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2089 :     my @pfam_codes = "";
2090 :     my %description_codes;
2091 :    
2092 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2093 : arodri7 1.40 my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2094 : arodri7 1.33 @pfam_codes = ();
2095 : arodri7 1.40
2096 :     # get only unique values
2097 :     my %saw;
2098 :     foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2099 :     @ncodes = keys %saw;
2100 :    
2101 :     foreach my $code (@ncodes) {
2102 : arodri7 1.33 my @parts = split("::",$code);
2103 :     my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2104 : arodri7 1.40
2105 :     # get the locations for the domain
2106 :     my @locs;
2107 :     foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2108 :     my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2109 :     push (@locs,$loc);
2110 :     }
2111 : arodri7 1.41 my %locsaw;
2112 :     foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2113 :     @locs = keys %locsaw;
2114 :    
2115 : arodri7 1.40 my $locations = join (", ", @locs);
2116 :    
2117 : arodri7 1.33 if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2118 : arodri7 1.40 push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2119 : arodri7 1.33 }
2120 :     else {
2121 :     my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2122 :     $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};
2123 : arodri7 1.40 push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2124 : arodri7 1.33 }
2125 :     }
2126 :     }
2127 :    
2128 :     $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);
2129 :     }
2130 :     return (%column);
2131 :    
2132 :     }
2133 : mkubal 1.12
2134 : arodri7 1.41 sub get_aliases {
2135 :     my ($ids,$fig) = @_;
2136 : arodri7 1.31
2137 : arodri7 1.41 my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2138 :     foreach my $id (@$ids){
2139 :     foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2140 :     my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2141 :     next if ($aliases->{$id}->{$id_db});
2142 :     $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2143 : arodri7 1.28 }
2144 :     }
2145 : arodri7 1.41 return ($aliases);
2146 : arodri7 1.28 }
2147 :    
2148 : arodri7 1.33 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2149 :    
2150 : arodri7 1.26 sub color {
2151 : arodri7 1.39 my ($evalue) = @_;
2152 : arodri7 1.26 my $color;
2153 : arodri7 1.39 if ($evalue <= 1e-170){ $color = 51; }
2154 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = 52; }
2155 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = 53; }
2156 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = 54; }
2157 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = 55; }
2158 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = 56; }
2159 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = 57; }
2160 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = 58; }
2161 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = 59; }
2162 :     else{ $color = 60; }
2163 : arodri7 1.26 return ($color);
2164 :     }
2165 : arodri7 1.13
2166 :    
2167 :     ############################
2168 :     package Observation::Cluster;
2169 :    
2170 :     use base qw(Observation);
2171 :    
2172 :     sub new {
2173 :    
2174 :     my ($class,$dataset) = @_;
2175 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2176 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
2177 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
2178 :     return $self;
2179 :     }
2180 :    
2181 :     sub display {
2182 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2183 : mkubal 1.24
2184 :     my $fid = $self->fig_id;
2185 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
2186 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
2187 : arodri7 1.41 my $range = $gd_window_size;
2188 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
2189 : arodri7 1.38 my $gene_associations={};
2190 : arodri7 1.13
2191 :     #get the organism genome
2192 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2193 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2194 :     $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2195 :     $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2196 : arodri7 1.13
2197 :     # get location of the gene
2198 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
2199 :     my ($contig, $beg, $end);
2200 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
2201 : arodri7 1.13
2202 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2203 :     $contig = $1;
2204 :     $beg = $2;
2205 :     $end = $3;
2206 :     }
2207 :    
2208 : arodri7 1.22 my $offset;
2209 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
2210 :     if ($beg < $end)
2211 :     {
2212 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range);
2213 :     $region_end = $end+ ($range);
2214 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2215 : arodri7 1.13 }
2216 :     else
2217 :     {
2218 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range);
2219 :     $region_end = $beg+($range);
2220 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2221 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2222 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2223 : arodri7 1.21 }
2224 : arodri7 1.13
2225 :     # call genes in region
2226 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2227 : arodri7 1.42 #foreach my $feat (@$target_gene_features){
2228 :     # push (@$all_regions, $feat) if ($feat =~ /peg/);
2229 :     #}
2230 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
2231 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
2232 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2233 : mkubal 1.14
2234 :     my %all_genes;
2235 :     my %all_genomes;
2236 : arodri7 1.42 foreach my $feature (@$target_gene_features){
2237 :     #if ($feature =~ /peg/){
2238 :     $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;
2239 :     #}
2240 :     }
2241 :    
2242 : arodri7 1.41 my @selected_sims;
2243 : arodri7 1.16
2244 : arodri7 1.40 if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2245 : arodri7 1.37 # get the selected boxes
2246 : arodri7 1.38 my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2247 : arodri7 1.37
2248 :     # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2249 : arodri7 1.41 if (@selected_taxonomy > 0){
2250 :     foreach my $sim (@$sims_array){
2251 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2252 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2253 : arodri7 1.37
2254 : arodri7 1.41 #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2255 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2256 : arodri7 1.39 my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2257 :     my $lineage = $taxes->{$genome1};
2258 :     #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
2259 : arodri7 1.38 foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2260 :     if ($lineage =~ /$taxon/){
2261 : arodri7 1.41 #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2262 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2263 : arodri7 1.38 }
2264 : arodri7 1.37 }
2265 :     }
2266 :     }
2267 : arodri7 1.40 else{
2268 :     my $simcount = 0;
2269 : arodri7 1.41 foreach my $sim (@$sims_array){
2270 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2271 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2272 :    
2273 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2274 : arodri7 1.40 $simcount++;
2275 :     last if ($simcount > 4);
2276 :     }
2277 :     }
2278 : arodri7 1.16
2279 : arodri7 1.41 my %saw;
2280 :     @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2281 :    
2282 : arodri7 1.37 # get the gene context for the sorted matches
2283 :     foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2284 :     #get the organism genome
2285 :     my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2286 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2287 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2288 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2289 : arodri7 1.37
2290 :     # get location of the gene
2291 :     my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2292 :     my ($contig, $beg, $end);
2293 :    
2294 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2295 :     $contig = $1;
2296 :     $beg = $2;
2297 :     $end = $3;
2298 :     }
2299 :    
2300 :     my $offset;
2301 :     my ($region_start, $region_end);
2302 :     if ($beg < $end)
2303 :     {
2304 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range/2);
2305 :     $region_end = $end+($range/2);
2306 : arodri7 1.38 $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
2307 : arodri7 1.37 }
2308 :     else
2309 :     {
2310 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range/2);
2311 :     $region_end = $beg+($range/2);
2312 : arodri7 1.38 $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2313 :     $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2314 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2315 : arodri7 1.37 }
2316 :    
2317 :     # call genes in region
2318 :     my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2319 :     push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2320 :     push (@start_array_region, $offset);
2321 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2322 :     $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2323 : arodri7 1.16 }
2324 : mkubal 1.14
2325 :     }
2326 : arodri7 1.41
2327 : arodri7 1.42 #print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2328 : arodri7 1.38 # cluster the genes
2329 :     my @all_pegs = keys %all_genes;
2330 :     my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2331 : arodri7 1.42 #print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2332 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
2333 : arodri7 1.21
2334 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
2335 :     my $sample_peg = @$region[0];
2336 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2337 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2338 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2339 : arodri7 1.40 my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2340 :     my $lineage = $taxes->{$genome1};
2341 :     #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2342 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2343 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
2344 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
2345 :     };
2346 :    
2347 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
2348 : arodri7 1.16
2349 : arodri7 1.40 my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
2350 : arodri7 1.25 'short_title' => "",
2351 : arodri7 1.38 'basepair_offset' => '0',
2352 :     'no_middle_line' => '1'
2353 : arodri7 1.25 };
2354 :    
2355 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
2356 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
2357 :    
2358 :     # initialize variables to check for overlap in genes
2359 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2360 :     my $major_line_flag = 0;
2361 :     my $prev_second_flag = 0;
2362 :    
2363 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
2364 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
2365 : mkubal 1.14 my $element_hash;
2366 :     my $links_list = [];
2367 :     my $descriptions = [];
2368 : arodri7 1.38
2369 :     my $color = $color_sets->{$fid1};
2370 : arodri7 1.26
2371 : arodri7 1.18 # get subsystem information
2372 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
2373 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;
2374 :    
2375 :     my $link;
2376 :     $link = {"link_title" => $fid1,
2377 :     "link" => $url_link};
2378 :     push(@$links_list,$link);
2379 :    
2380 : arodri7 1.41 my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
2381 :     my @subsystems;
2382 :     foreach my $array (@subs){
2383 :     my $subsystem = $$array[0];
2384 :     my $ss = $subsystem;
2385 :     $ss =~ s/_/ /ig;
2386 :     push (@subsystems, $ss);
2387 : arodri7 1.18 my $link;
2388 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
2389 : arodri7 1.41 "link_title" => $ss};
2390 : arodri7 1.18 push(@$links_list,$link);
2391 :     }
2392 : arodri7 1.41
2393 :     if ($fid1 eq $fid){
2394 :     my $link;
2395 :     $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
2396 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
2397 :     push (@$links_list,$link);
2398 :     }
2399 :    
2400 : arodri7 1.18 my $description_function;
2401 :     $description_function = {"title" => "function",
2402 :     "value" => $function};
2403 :     push(@$descriptions,$description_function);
2404 :    
2405 :     my $description_ss;
2406 : arodri7 1.41 my $ss_string = join (", ", @subsystems);
2407 : arodri7 1.18 $description_ss = {"title" => "subsystems",
2408 :     "value" => $ss_string};
2409 :     push(@$descriptions,$description_ss);
2410 :    
2411 : arodri7 1.16
2412 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2413 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2414 :     my($start,$stop);
2415 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
2416 :     $stop = $3 - $offsetting;
2417 : arodri7 1.25
2418 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2419 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2420 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2421 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2422 :     $second_line_flag = 1;
2423 :     $major_line_flag = 1;
2424 :     }
2425 :     }
2426 :     $prev_start = $start;
2427 :     $prev_stop = $stop;
2428 :     $prev_fig = $fid1;
2429 :    
2430 :     if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2431 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
2432 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
2433 :     }
2434 :    
2435 : arodri7 1.41 my $title = $fid1;
2436 :     if ($fid1 eq $fid){
2437 :     $title = "My query gene: $fid1";
2438 :     }
2439 :    
2440 : mkubal 1.14 $element_hash = {
2441 : arodri7 1.41 "title" => $title,
2442 : mkubal 1.14 "start" => $start,
2443 :     "end" => $stop,
2444 :     "type"=> 'arrow',
2445 :     "color"=> $color,
2446 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
2447 :     "links_list" => $links_list,
2448 :     "description" => $descriptions
2449 : mkubal 1.14 };
2450 : arodri7 1.25
2451 :     # if there is an overlap, put into second line
2452 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2453 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2454 : arodri7 1.41
2455 :     if ($fid1 eq $fid){
2456 :     $element_hash = {
2457 :     "title" => 'Query',
2458 :     "start" => $start,
2459 :     "end" => $stop,
2460 :     "type"=> 'bigbox',
2461 :     "color"=> $color,
2462 :     "zlayer" => "1"
2463 :     };
2464 :    
2465 :     # if there is an overlap, put into second line
2466 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2467 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2468 :     }
2469 : mkubal 1.14 }
2470 :     }
2471 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
2472 : arodri7 1.40 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
2473 : mkubal 1.14 }
2474 : arodri7 1.41 return ($gd, \@selected_sims);
2475 : mkubal 1.14 }
2476 :    
2477 : arodri7 1.38 sub cluster_genes {
2478 :     my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
2479 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
2480 :    
2481 :     my @color_sets = ();
2482 :    
2483 :     $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
2484 :    
2485 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2486 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
2487 :     if (! $seen{$i}) {
2488 :     $cluster = [$i];
2489 :     $seen{$i} = 1;
2490 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
2491 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
2492 :     foreach $k (@$x) {
2493 :     if (! $seen{$k}) {
2494 :     push(@$cluster,$k);
2495 :     $seen{$k} = 1;
2496 :     }
2497 :     }
2498 :     }
2499 :    
2500 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
2501 :     push(@color_sets,$cluster);
2502 :     }
2503 :     }
2504 :     }
2505 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
2506 :     $red_set = $color_sets[$i];
2507 :     splice(@color_sets,$i,1);
2508 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
2509 :     unshift(@color_sets,$red_set);
2510 :    
2511 :     my $color_sets = {};
2512 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
2513 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
2514 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
2515 :     }
2516 :     }
2517 :     return $color_sets;
2518 :     }
2519 :    
2520 :     sub get_connections_by_similarity {
2521 :     my($fig,$all_pegs) = @_;
2522 :     my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2523 :     my($sim,%conn,$x,$y);
2524 :    
2525 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2526 :     $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
2527 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
2528 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2529 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2530 :     }
2531 :     }
2532 :    
2533 :     foreach $y (keys(%pos_of)) {
2534 : arodri7 1.41 $x = $pos_of{$y};
2535 : arodri7 1.38 for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2536 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2537 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2538 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2539 :     }
2540 :     }
2541 :     }
2542 :    
2543 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2544 : arodri7 1.42 foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
2545 : arodri7 1.38 if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2546 :     foreach $y (@$x) {
2547 :     push(@{$conn{$i}},$y);
2548 :     }
2549 :     }
2550 :     }
2551 :     }
2552 :     return \%conn;
2553 :     }
2554 :    
2555 :     sub in {
2556 :     my($x,$xL) = @_;
2557 :     my($i);
2558 :    
2559 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
2560 :     return ($i < @$xL);
2561 :     }
2562 : arodri7 1.41
2563 :     #############################################
2564 :     #############################################
2565 :     package Observation::Commentary;
2566 :    
2567 :     use base qw(Observation);
2568 :    
2569 :     =head3 display_protein_commentary()
2570 :    
2571 :     =cut
2572 :    
2573 :     sub display_protein_commentary {
2574 :     my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
2575 :    
2576 :     my $all_rows = [];
2577 :     my $content;
2578 :     #my $fig = new FIG;
2579 :     my $cgi = new CGI;
2580 :     my $count = 0;
2581 :     my $peg_array = [];
2582 :     my (%evidence_column, %subsystems_column, %e_identical);
2583 :    
2584 :     if (@$dataset != 1){
2585 :     foreach my $thing (@$dataset){
2586 :     if ($thing->class eq "SIM"){
2587 :     push (@$peg_array, $thing->acc);
2588 :     }
2589 :     }
2590 :     # get the column for the evidence codes
2591 :     %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);
2592 :    
2593 :     # get the column for the subsystems
2594 :     %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);
2595 :    
2596 :     # get essentially identical seqs
2597 :     %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
2598 :     }
2599 :     else{
2600 :     push (@$peg_array, @$dataset);
2601 :     }
2602 :    
2603 :     my $selected_sims = [];
2604 :     foreach my $id (@$peg_array){
2605 :     last if ($count > 10);
2606 :     my $row_data = [];
2607 :     my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
2608 :     $org = $fig->org_of($id);
2609 :     $function = $fig->function_of($id);
2610 :     if ($mypeg ne $id){
2611 : arodri7 1.42 $function_cell = qq(<input type=radio name=function id=$id value=$function onClick="clearText('newAnnotation');">&nbsp;&nbsp;$function);
2612 : arodri7 1.41 $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2613 :     if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2614 :     }
2615 :     else{
2616 :     $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
2617 :     $id_cell = "<input type=checkbox name=peg id=peg$count value=$id checked=true>";
2618 :     $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2619 :     }
2620 :    
2621 :     push(@$row_data,$id_cell);
2622 :     push(@$row_data,$org);
2623 :     push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2624 :     push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2625 :     push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
2626 :     push(@$row_data,$function_cell);
2627 :     push(@$all_rows,$row_data);
2628 :     push (@$selected_sims, $id);
2629 :     $count++;
2630 :     }
2631 :    
2632 :     if ($count >0){
2633 :     $content = $all_rows;
2634 :     }
2635 :     else{
2636 :     $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
2637 :     }
2638 :     return ($content,$selected_sims);
2639 :     }
2640 :    
2641 :     sub display_protein_history {
2642 :     my ($self, $id,$fig) = @_;
2643 :     my $all_rows = [];
2644 :     my $content;
2645 :    
2646 :     my $cgi = new CGI;
2647 :     my $count = 0;
2648 :     foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
2649 :     my $row = [];
2650 :     my $col1 = $feat->[2];
2651 :     my $col2 = $feat->[1];
2652 :     #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
2653 :     my $text = $feat->[3];
2654 :    
2655 :     push (@$row, $col1);
2656 :     push (@$row, $col2);
2657 :     push (@$row, $text);
2658 :     push (@$all_rows, $row);
2659 :     $count++;
2660 :     }
2661 :     if ($count > 0){
2662 :     $content = $all_rows;
2663 :     }
2664 :     else {
2665 :     $content = "There is no history for this PEG";
2666 :     }
2667 :    
2668 :     return($content);
2669 :     }

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