[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.41 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : mkubal 1.19 use lib '/vol/ontologies';
4 :     use DBMaster;
5 : mkubal 1.34 use Data::Dumper;
6 : mkubal 1.19
7 : mkubal 1.1 require Exporter;
8 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9 :    
10 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
11 : mkubal 1.30 #use strict;
12 : arodri7 1.16 #use warnings;
13 : arodri7 1.9 use HTML;
14 : mkubal 1.1
15 :     1;
16 :    
17 : arodri7 1.41 # $Id: Observation.pm,v 1.40 2007/09/20 22:27:20 arodri7 Exp $
18 : mkubal 1.1
19 :     =head1 NAME
20 :    
21 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
22 :    
23 :     =head1 DESCRIPTION
24 :    
25 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
26 :     single interface to this data.
27 :    
28 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
29 :    
30 :     =cut
31 :    
32 :     =head1 BACKGROUND
33 :    
34 :     =head2 Data incorporated in the Observations
35 :    
36 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
37 :    
38 :     =head3 SEED core evidence
39 :    
40 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
41 :    
42 :     =head3 Attribute based Evidence
43 :    
44 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
45 :    
46 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
47 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
48 :    
49 :     =head1 METHODS
50 :    
51 :     The public methods this package provides are listed below:
52 :    
53 :    
54 : mkubal 1.24 =head3 context()
55 :    
56 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
57 : mkubal 1.1
58 :     =cut
59 :    
60 : mkubal 1.24 sub context {
61 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
62 :    
63 : mkubal 1.24 return $self->{context};
64 : mkubal 1.1 }
65 :    
66 : mkubal 1.24 =head3 rows()
67 : mkubal 1.1
68 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
69 : mkubal 1.1
70 : mkubal 1.24 =cut
71 :    
72 :     sub rows {
73 :     my ($self) = @_;
74 :    
75 :     return $self->{rows};
76 :     }
77 :    
78 :     =head3 acc()
79 :    
80 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
81 : mkubal 1.1
82 :     =cut
83 :    
84 : mkubal 1.24 sub acc {
85 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
86 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
87 : mkubal 1.1 }
88 :    
89 : arodri7 1.40 =head3 query()
90 :    
91 :     The query id
92 :    
93 :     =cut
94 :    
95 :     sub query {
96 :     my ($self) = @_;
97 :     return $self->{query};
98 :     }
99 :    
100 :    
101 : mkubal 1.1 =head3 class()
102 :    
103 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
104 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
105 : mkubal 1.7
106 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
107 :    
108 :     =over 9
109 :    
110 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
111 :    
112 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
113 : mkubal 1.1
114 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
115 : mkubal 1.1
116 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
117 : mkubal 1.1
118 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
119 : mkubal 1.1
120 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
121 : mkubal 1.1
122 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
123 : mkubal 1.1
124 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
125 : mkubal 1.1
126 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
127 : mkubal 1.1
128 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
129 :    
130 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
131 : mkubal 1.1
132 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
133 : mkubal 1.1
134 :     =back
135 :    
136 :     =cut
137 :    
138 :     sub class {
139 :     my ($self) = @_;
140 :    
141 :     return $self->{class};
142 :     }
143 :    
144 :     =head3 type()
145 :    
146 :     The type of evidence (required).
147 :    
148 :     Where type is one of the following:
149 :    
150 :     =over 8
151 :    
152 :     =item seq=Sequence similarity
153 :    
154 :     =item dom=domain based match
155 :    
156 :     =item loc=Localization of the feature
157 :    
158 :     =item fc=Functional coupling.
159 :    
160 :     =back
161 :    
162 :     =cut
163 :    
164 :     sub type {
165 :     my ($self) = @_;
166 :    
167 : arodri7 1.26 return $self->{type};
168 : mkubal 1.1 }
169 :    
170 :     =head3 start()
171 :    
172 :     Start of hit in query sequence.
173 :    
174 :     =cut
175 :    
176 :     sub start {
177 :     my ($self) = @_;
178 :    
179 :     return $self->{start};
180 :     }
181 :    
182 :     =head3 end()
183 :    
184 :     End of the hit in query sequence.
185 :    
186 :     =cut
187 :    
188 :     sub stop {
189 :     my ($self) = @_;
190 :    
191 :     return $self->{stop};
192 :     }
193 :    
194 : arodri7 1.11 =head3 start()
195 :    
196 :     Start of hit in query sequence.
197 :    
198 :     =cut
199 :    
200 :     sub qstart {
201 :     my ($self) = @_;
202 :    
203 :     return $self->{qstart};
204 :     }
205 :    
206 :     =head3 qstop()
207 :    
208 :     End of the hit in query sequence.
209 :    
210 :     =cut
211 :    
212 :     sub qstop {
213 :     my ($self) = @_;
214 :    
215 :     return $self->{qstop};
216 :     }
217 :    
218 :     =head3 hstart()
219 :    
220 :     Start of hit in hit sequence.
221 :    
222 :     =cut
223 :    
224 :     sub hstart {
225 :     my ($self) = @_;
226 :    
227 :     return $self->{hstart};
228 :     }
229 :    
230 :     =head3 end()
231 :    
232 :     End of the hit in hit sequence.
233 :    
234 :     =cut
235 :    
236 :     sub hstop {
237 :     my ($self) = @_;
238 :    
239 :     return $self->{hstop};
240 :     }
241 :    
242 :     =head3 qlength()
243 :    
244 :     length of the query sequence in similarities
245 :    
246 :     =cut
247 :    
248 :     sub qlength {
249 :     my ($self) = @_;
250 :    
251 :     return $self->{qlength};
252 :     }
253 :    
254 :     =head3 hlength()
255 :    
256 :     length of the hit sequence in similarities
257 :    
258 :     =cut
259 :    
260 :     sub hlength {
261 :     my ($self) = @_;
262 :    
263 :     return $self->{hlength};
264 :     }
265 :    
266 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
267 :    
268 :     E-value or P-Value if present.
269 :    
270 :     =cut
271 :    
272 :     sub evalue {
273 :     my ($self) = @_;
274 :    
275 :     return $self->{evalue};
276 :     }
277 :    
278 :     =head3 score()
279 :    
280 :     Score if present.
281 :    
282 :     =cut
283 :    
284 :     sub score {
285 :     my ($self) = @_;
286 :     return $self->{score};
287 :     }
288 :    
289 : mkubal 1.12 =head3 display()
290 : mkubal 1.1
291 : mkubal 1.12 will be different for each type
292 : mkubal 1.1
293 :     =cut
294 :    
295 : mkubal 1.7 sub display {
296 : mkubal 1.1
297 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
298 : mkubal 1.1
299 :     }
300 :    
301 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
302 : mkubal 1.7
303 : mkubal 1.24 will be different for each type
304 : mkubal 1.1
305 : mkubal 1.24 =cut
306 : mkubal 1.1
307 : mkubal 1.24 sub display_table {
308 :    
309 :     die "Abstract Table Method Called\n";
310 : mkubal 1.1
311 :     }
312 :    
313 :     =head3 get_objects()
314 :    
315 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
316 :    
317 :     =cut
318 :    
319 :     sub get_objects {
320 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig,$scope) = @_;
321 : mkubal 1.7
322 :     my $objects = [];
323 :     my @matched_datasets=();
324 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
325 : mkubal 1.1
326 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
327 :     # returns an array of arrays of hashes
328 :    
329 : mkubal 1.24 if($scope){
330 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
331 : mkubal 1.7 }
332 :     else{
333 :     my %domain_classes;
334 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
335 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
336 : arodri7 1.41 $domain_classes{'PFAM'} = 1;
337 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets,$fig);
338 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
339 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets,$fig);
340 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets,$fig);
341 :     get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
342 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes,$fig);
343 : mkubal 1.1 }
344 : mkubal 1.7
345 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
346 :     my $object;
347 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
348 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
349 :     }
350 : arodri7 1.41 elsif($dataset->{'class'} eq "PCH"){
351 : arodri7 1.9 $object = Observation::FC->new($dataset);
352 :     }
353 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
354 : arodri7 1.9 $object = Observation::Identical->new($dataset);
355 :     }
356 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
357 : mkubal 1.12 $object = Observation::Location->new($dataset);
358 :     }
359 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
360 : arodri7 1.10 $object = Observation::Sims->new($dataset);
361 :     }
362 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
363 : arodri7 1.15 $object = Observation::Cluster->new($dataset);
364 :     }
365 : arodri7 1.41 elsif ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
366 : mkubal 1.20 $object = Observation::PDB->new($dataset);
367 :     }
368 :    
369 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
370 : mkubal 1.1 }
371 : mkubal 1.7
372 :     return $objects;
373 : mkubal 1.1
374 :     }
375 :    
376 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
377 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
378 :    
379 :     =cut
380 :     sub display_housekeeping {
381 : arodri7 1.41 my ($self,$fid,$fig) = @_;
382 :     my $content = [];
383 :     my $row = [];
384 : arodri7 1.28
385 :     my $org_name = $fig->org_of($fid);
386 :     my $function = $fig->function_of($fid);
387 : arodri7 1.41 #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
388 :     my $length = $fig->translation_length($fid);
389 :    
390 :     push (@$row, $org_name);
391 :     push (@$row, $fid);
392 :     push (@$row, $length);
393 :     push (@$row, $function);
394 :    
395 :     # initialize the table for commentary and annotations
396 :     #$content .= qq(<b>My Sequence Data</b><br><table border="0">);
397 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
398 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name</td></tr>\n);
399 :     #$content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
400 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
401 :     #$content .= qq(<tr width=15%><td>Sequence Length</td><td>$length aa</td></tr>\n);
402 :     #$content .= qq(</table><p>\n);
403 :    
404 :     push(@$content, $row);
405 : arodri7 1.28
406 :     return ($content);
407 :     }
408 :    
409 :     =head3 get_sims_summary
410 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
411 :    
412 :     =cut
413 :    
414 :     sub get_sims_summary {
415 : arodri7 1.41 my ($observation, $fid, $taxes,$fig) = @_;
416 :     #my $fig = new FIG;
417 : arodri7 1.28 my %families;
418 : arodri7 1.38 my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");
419 : arodri7 1.28
420 :     foreach my $sim (@sims){
421 :     next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);
422 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
423 : arodri7 1.39 my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
424 :     my $taxonomy = $taxes->{$genome1};
425 :     #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1])); # use this if the taxonomies have been updated
426 : arodri7 1.28 my $parent_tax = "Root";
427 : arodri7 1.38 my @currLineage = ($parent_tax);
428 : arodri7 1.28 foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
429 :     push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
430 : arodri7 1.38 push (@currLineage, $tax);
431 : arodri7 1.28 $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
432 : arodri7 1.38 $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
433 : arodri7 1.39 if (defined ($families{evalue}{$tax})){
434 :     if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){
435 :     $families{evalue}{$tax} = $sim->[10];
436 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($sim->[10]);
437 :     }
438 :     }
439 :     else{
440 :     $families{evalue}{$tax} = $sim->[10];
441 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($sim->[10]);
442 :     }
443 :    
444 : arodri7 1.28 $parent_tax = $tax;
445 :     }
446 :     }
447 :    
448 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
449 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
450 :    
451 :     my %saw;
452 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
453 :     $families{children}{$key} = \@out;
454 :     }
455 :     return (\%families);
456 :     }
457 :    
458 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
459 :    
460 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
461 :    
462 :     B<Please do not use them outside of this package!>
463 :    
464 :     =cut
465 :    
466 : arodri7 1.39 sub get_taxcolor{
467 :     my ($evalue) = @_;
468 :     my $color;
469 :     if ($evalue <= 1e-170){ $color = "#FF2000"; }
470 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = "#FF3300"; }
471 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = "#FF6600"; }
472 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = "#FF9900"; }
473 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = "#FFCC00"; }
474 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = "#FFFF00"; }
475 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = "#CCFF00"; }
476 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = "#66FF00"; }
477 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = "#00FF00"; }
478 :     else{ $color = "#6666FF"; }
479 :     return ($color);
480 :     }
481 :    
482 :    
483 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
484 :    
485 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
486 : arodri7 1.41 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref,$fig) = (@_);
487 : mkubal 1.7
488 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
489 : arodri7 1.28
490 :     foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
491 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
492 :     my @parts = split("::",$key);
493 :     my $class = $parts[0];
494 :    
495 :     if($domain_classes->{$parts[0]}){
496 :     my $val = @$attr_ref[2];
497 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
498 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
499 : mkubal 1.8 my $from = $2;
500 :     my $to = $3;
501 : mkubal 1.7 my $evalue;
502 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
503 :     my $part2 = 1000 - $1;
504 :     my $part1 = $2/100;
505 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
506 :     }
507 :     else{
508 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
509 : mkubal 1.7 }
510 :    
511 :     my $dataset = {'class' => $class,
512 :     'acc' => $key,
513 :     'type' => "dom" ,
514 :     'evalue' => $evalue,
515 :     'start' => $from,
516 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
517 :     'fig_id' => $fid,
518 :     'score' => $raw_evalue
519 : mkubal 1.7 };
520 :    
521 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
522 :     }
523 :     }
524 :     }
525 :     }
526 : mkubal 1.12
527 :     sub get_attribute_based_location_observations{
528 :    
529 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
530 :     #my $fig = new FIG;
531 : mkubal 1.12
532 : mkubal 1.30 my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
533 : mkubal 1.12
534 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
535 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
536 :     'fig_id' => $fid
537 :     };
538 :    
539 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
540 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
541 : mkubal 1.30 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/) && ($key !~/Phobius/) );
542 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
543 :     my $sub_class = $parts[0];
544 :     my $sub_key = $parts[1];
545 :     my $value = @$attr_ref[2];
546 :     if($sub_class eq "SignalP"){
547 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
548 :     my @value_parts = split(";",$value);
549 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
550 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
551 :     }
552 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
553 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
554 :     }
555 :     }
556 : mkubal 1.30
557 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "CELLO"){
558 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
559 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
560 :     }
561 : mkubal 1.30
562 :     elsif($sub_class eq "Phobius"){
563 :     if($sub_key eq "transmembrane"){
564 :     $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
565 :     }
566 :     elsif($sub_key eq "signal"){
567 :     $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
568 :     }
569 :     }
570 :    
571 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "TMPRED"){
572 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
573 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
574 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
575 :     }
576 :     }
577 :    
578 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
579 :    
580 :     }
581 :    
582 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
583 :    
584 :     This methods sets the type and class for pdb observations
585 :    
586 :     =cut
587 :    
588 :     sub get_pdb_observations{
589 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref,$fig) = (@_);
590 : mkubal 1.20
591 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
592 : mkubal 1.20
593 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
594 : mkubal 1.20 my $key = @$attr_ref[1];
595 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
596 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
597 :     my $value = @$attr_ref[2];
598 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
599 :    
600 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
601 :     my $part2 = 1000 - $1;
602 :     my $part1 = $2/100;
603 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
604 :     }
605 :    
606 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
607 :    
608 :     my $url = @$attr_ref[3];
609 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
610 :     'type' => 'seq' ,
611 :     'acc' => $key2,
612 :     'evalue' => $evalue,
613 :     'start' => $start,
614 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
615 :     'fig_id' => $fid
616 : mkubal 1.20 };
617 :    
618 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
619 :     }
620 :     }
621 :    
622 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
623 :    
624 :     This methods sets the type and class for cluster observations
625 :    
626 :     =cut
627 :    
628 :     sub get_cluster_observations{
629 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
630 : arodri7 1.15
631 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
632 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
633 :     'context' => $scope,
634 :     'fig_id' => $fid
635 : arodri7 1.16 };
636 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
637 :     }
638 :    
639 :    
640 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
641 :    
642 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
643 :    
644 :     =cut
645 :    
646 :     sub get_sims_observations{
647 :    
648 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
649 :     #my $fig = new FIG;
650 : arodri7 1.38 my @sims= $fig->nsims($fid,500,10,"fig");
651 : mkubal 1.4 my ($dataset);
652 : arodri7 1.26
653 :     foreach my $sim (@sims){
654 :     my $hit = $sim->[1];
655 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
656 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
657 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
658 :     my $qto = $sim->[7];
659 :     my $hfrom = $sim->[8];
660 :     my $hto = $sim->[9];
661 :     my $qlength = $sim->[12];
662 :     my $hlength = $sim->[13];
663 :     my $db = get_database($hit);
664 :     my $func = $fig->function_of($hit);
665 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
666 :    
667 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
668 : arodri7 1.40 'query' => $sim->[0],
669 : arodri7 1.10 'acc' => $hit,
670 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
671 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
672 :     'evalue' => $evalue,
673 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
674 :     'qstop' => $qto,
675 :     'hstart' => $hfrom,
676 :     'hstop' => $hto,
677 :     'database' => $db,
678 :     'organism' => $organism,
679 :     'function' => $func,
680 :     'qlength' => $qlength,
681 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
682 :     'fig_id' => $fid
683 : arodri7 1.10 };
684 :    
685 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
686 : mkubal 1.3 }
687 :     }
688 :    
689 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
690 :     This method gets the database association from the sequence id
691 :    
692 :     =cut
693 :    
694 :     sub get_database{
695 :     my ($id) = (@_);
696 :    
697 :     my ($db);
698 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
699 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
700 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
701 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
702 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
703 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
704 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
705 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
706 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
707 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
708 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
709 :    
710 :     return ($db);
711 :    
712 :     }
713 :    
714 : mkubal 1.24
715 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
716 :    
717 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
718 :    
719 :     =cut
720 :    
721 :     sub get_identical_proteins{
722 :    
723 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
724 :     #my $fig = new FIG;
725 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
726 : arodri7 1.5
727 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
728 :     foreach my $id (@maps_to) {
729 :     my ($tmp, $who);
730 : arodri7 1.33 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
731 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
732 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
733 : arodri7 1.5 }
734 :     }
735 :    
736 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
737 :     'type' => 'seq',
738 :     'fig_id' => $fid,
739 :     'rows' => $funcs_ref
740 :     };
741 :    
742 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
743 :    
744 : arodri7 1.5
745 :     }
746 :    
747 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
748 :    
749 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
750 :    
751 :     =cut
752 :    
753 :     sub get_functional_coupling{
754 :    
755 : arodri7 1.41 my ($fid,$datasets_ref,$fig) = (@_);
756 :     #my $fig = new FIG;
757 : arodri7 1.6 my @funcs = ();
758 :    
759 :     # initialize some variables
760 :     my($sc,$neigh);
761 :    
762 :     # set default parameters for coupling and evidence
763 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
764 :    
765 :     # get the fc data
766 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
767 :    
768 :     # retrieve data
769 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
770 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
771 :     } @fc_data;
772 :    
773 :     my ($dataset);
774 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
775 :     'type' => 'fc',
776 :     'fig_id' => $fid,
777 :     'rows' => \@rows
778 :     };
779 :    
780 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
781 : arodri7 1.9
782 : arodri7 1.6 }
783 : arodri7 1.5
784 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
785 :    
786 :     Instantiate a new object.
787 :    
788 :     =cut
789 :    
790 :     sub new {
791 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
792 :    
793 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
794 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
795 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
796 :     score => $dataset->{'score'},
797 : arodri7 1.10 };
798 : mkubal 1.7
799 :     bless($self,$class);
800 : mkubal 1.1
801 :     return $self;
802 :     }
803 :    
804 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
805 :    
806 :     Returns the % identity of the similar sequence
807 :    
808 :     =cut
809 :    
810 :     sub identity {
811 :     my ($self) = @_;
812 :    
813 :     return $self->{identity};
814 :     }
815 :    
816 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
817 :    
818 :     =cut
819 :    
820 :     sub fig_id {
821 :     my ($self) = @_;
822 :     return $self->{fig_id};
823 :     }
824 :    
825 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
826 :    
827 :    
828 :     =cut
829 :    
830 :     sub feature_id {
831 :     my ($self) = @_;
832 :    
833 :     return $self->{feature_id};
834 :     }
835 : arodri7 1.5
836 :     =head3 id (internal)
837 :    
838 :     Returns the ID of the identical sequence
839 :    
840 :     =cut
841 :    
842 :     sub id {
843 :     my ($self) = @_;
844 :    
845 :     return $self->{id};
846 :     }
847 :    
848 :     =head3 organism (internal)
849 :    
850 :     Returns the organism of the identical sequence
851 :    
852 :     =cut
853 :    
854 :     sub organism {
855 :     my ($self) = @_;
856 :    
857 :     return $self->{organism};
858 :     }
859 :    
860 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
861 :    
862 :     Returns the function of the identical sequence
863 :    
864 :     =cut
865 :    
866 :     sub function {
867 :     my ($self) = @_;
868 :    
869 :     return $self->{function};
870 :     }
871 :    
872 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
873 :    
874 :     Returns the database of the identical sequence
875 :    
876 :     =cut
877 :    
878 :     sub database {
879 :     my ($self) = @_;
880 :    
881 :     return $self->{database};
882 :     }
883 :    
884 : mkubal 1.24 sub score {
885 :     my ($self) = @_;
886 :    
887 :     return $self->{score};
888 :     }
889 :    
890 : mkubal 1.20 ############################################################
891 :     ############################################################
892 :     package Observation::PDB;
893 :    
894 :     use base qw(Observation);
895 :    
896 :     sub new {
897 :    
898 :     my ($class,$dataset) = @_;
899 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
900 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
901 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
902 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
903 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
904 :     bless($self,$class);
905 :     return $self;
906 :     }
907 :    
908 :     =head3 display()
909 :    
910 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
911 :    
912 :     =cut
913 :    
914 :     sub display{
915 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
916 : mkubal 1.20
917 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
918 : mkubal 1.20 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
919 :    
920 :     my $acc = $self->acc;
921 :    
922 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
923 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
924 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
925 :     $pdb_description = "not available";
926 :     $pdb_source = "not available";
927 :     $pdb_ligand = "not available";
928 :     }
929 :     else{
930 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
931 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
932 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
933 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
934 :     }
935 : arodri7 1.6
936 : mkubal 1.20 my $lines = [];
937 :     my $line_data = [];
938 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
939 :     'short_title' => "best PDB",
940 :     'basepair_offset' => '1' };
941 :    
942 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
943 : mkubal 1.20 my $seq = $fig->get_translation($fid);
944 :     my $fid_stop = length($seq);
945 :    
946 :     my $fid_element_hash = {
947 :     "title" => $fid,
948 :     "start" => '1',
949 :     "end" => $fid_stop,
950 :     "color"=> '1',
951 :     "zlayer" => '1'
952 :     };
953 :    
954 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
955 :    
956 :     my $links_list = [];
957 :     my $descriptions = [];
958 :    
959 :     my $name;
960 :     $name = {"title" => 'id',
961 :     "value" => $acc};
962 :     push(@$descriptions,$name);
963 :    
964 :     my $description;
965 :     $description = {"title" => 'pdb description',
966 :     "value" => $pdb_description};
967 :     push(@$descriptions,$description);
968 :    
969 :     my $score;
970 :     $score = {"title" => "score",
971 :     "value" => $self->evalue};
972 :     push(@$descriptions,$score);
973 :    
974 :     my $start_stop;
975 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
976 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
977 :     "value" => $start_stop_value};
978 :     push(@$descriptions,$start_stop);
979 :    
980 :     my $source;
981 :     $source = {"title" => "source",
982 :     "value" => $pdb_source};
983 :     push(@$descriptions,$source);
984 :    
985 :     my $ligand;
986 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
987 :     "value" => $pdb_ligand};
988 :     push(@$descriptions,$ligand);
989 :    
990 :     my $link;
991 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
992 :    
993 :     $link = {"link_title" => $acc,
994 :     "link" => $link_url};
995 :     push(@$links_list,$link);
996 :    
997 :     my $pdb_element_hash = {
998 :     "title" => "PDB homology",
999 :     "start" => $self->start,
1000 :     "end" => $self->stop,
1001 :     "color"=> '6',
1002 :     "zlayer" => '3',
1003 :     "links_list" => $links_list,
1004 :     "description" => $descriptions};
1005 :    
1006 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1007 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1008 :    
1009 :     return $gd;
1010 :     }
1011 :    
1012 :     1;
1013 : arodri7 1.11
1014 : arodri7 1.9 ############################################################
1015 :     ############################################################
1016 :     package Observation::Identical;
1017 :    
1018 :     use base qw(Observation);
1019 :    
1020 :     sub new {
1021 :    
1022 :     my ($class,$dataset) = @_;
1023 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1024 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1025 :    
1026 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1027 :     return $self;
1028 :     }
1029 :    
1030 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1031 : arodri7 1.6
1032 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1033 :     This code will display a table for the identical protein
1034 :    
1035 :    
1036 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1037 :     dence.
1038 : arodri7 1.6
1039 :     =cut
1040 :    
1041 :    
1042 : mkubal 1.24 sub display_table{
1043 : arodri7 1.41 my ($self,$fig) = @_;
1044 : mkubal 1.24
1045 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1046 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1047 :     my $rows = $self->rows;
1048 :     my $cgi = new CGI;
1049 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1050 :     my $count_identical = 0;
1051 : arodri7 1.9 my $content;
1052 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1053 :     my $id = $row->[0];
1054 :     my $who = $row->[1];
1055 :     my $assignment = $row->[2];
1056 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
1057 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1058 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1059 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1060 :     push(@$single_domain,$organism);
1061 :     push(@$single_domain,$assignment);
1062 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1063 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1064 : arodri7 1.6 }
1065 :    
1066 :     if ($count_identical >0){
1067 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1068 : arodri7 1.6 }
1069 :     else{
1070 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1071 : arodri7 1.6 }
1072 :     return ($content);
1073 :     }
1074 : mkubal 1.7
1075 : arodri7 1.9 1;
1076 :    
1077 :     #########################################
1078 :     #########################################
1079 :     package Observation::FC;
1080 :     1;
1081 :    
1082 :     use base qw(Observation);
1083 :    
1084 :     sub new {
1085 :    
1086 :     my ($class,$dataset) = @_;
1087 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1088 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1089 : arodri7 1.9
1090 :     bless($self,$class);
1091 :     return $self;
1092 :     }
1093 :    
1094 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1095 : arodri7 1.9
1096 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1097 :     This code will display a table for the identical protein
1098 :    
1099 :    
1100 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1101 :     dence.
1102 :    
1103 :     =cut
1104 :    
1105 : mkubal 1.24 sub display_table {
1106 : arodri7 1.9
1107 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset,$fig) = @_;
1108 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
1109 :     my $rows = $self->rows;
1110 :     my $cgi = new CGI;
1111 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1112 :     my $count = 0;
1113 :     my $content;
1114 :    
1115 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1116 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1117 :     $count++;
1118 :    
1119 :     # construct the score link
1120 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1121 :     my $toid = $row->[1];
1122 : arodri7 1.9 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
1123 :     my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
1124 :    
1125 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1126 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1127 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1128 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1129 :     }
1130 :    
1131 :     if ($count >0){
1132 :     $content = $functional_data;
1133 :     }
1134 :     else
1135 :     {
1136 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1137 :     }
1138 :     return ($content);
1139 :     }
1140 :    
1141 :    
1142 :     #########################################
1143 :     #########################################
1144 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1145 :    
1146 :     use base qw(Observation);
1147 :    
1148 :     sub new {
1149 :    
1150 :     my ($class,$dataset) = @_;
1151 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1152 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1153 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1154 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1155 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1156 :    
1157 :     bless($self,$class);
1158 :     return $self;
1159 :     }
1160 :    
1161 :     sub display {
1162 :     my ($thing,$gd) = @_;
1163 :     my $lines = [];
1164 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1165 :     # 'short_title' => $thing->type,
1166 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1167 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1168 :    
1169 :     my $line_data = [];
1170 :     my $links_list = [];
1171 :     my $descriptions = [];
1172 : mkubal 1.19
1173 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1174 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1175 : arodri7 1.41
1176 : mkubal 1.19 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1177 : mkubal 1.7
1178 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1179 :     if($db eq "CDD"){
1180 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1181 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1182 :     $name_title = "name";
1183 :     $name_value = "not available";
1184 :     $description_title = "description";
1185 :     $description_value = "not available";
1186 :     }
1187 :     else{
1188 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1189 :     $name_title = "name";
1190 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1191 :     $description_title = "description";
1192 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1193 :     }
1194 :     }
1195 : arodri7 1.41 elsif($db =~ /PFAM/){
1196 :     my $pfam_objs = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $id } );
1197 :     if(!scalar(@$pfam_objs)){
1198 :     $name_title = "name";
1199 :     $name_value = "not available";
1200 :     $description_title = "description";
1201 :     $description_value = "not available";
1202 :     }
1203 :     else{
1204 :     my $pfam_obj = $pfam_objs->[0];
1205 :     $name_title = "name";
1206 :     $name_value = $pfam_obj->term;
1207 :     #$description_title = "description";
1208 :     #$description_value = $pfam_obj->description;
1209 :     }
1210 :     }
1211 :    
1212 :     my $short_title = $thing->acc;
1213 :     $short_title =~ s/::/ - /ig;
1214 :     my $line_config = { 'title' => $name_value,
1215 :     'short_title' => $short_title,
1216 : arodri7 1.27 'basepair_offset' => '1' };
1217 : mkubal 1.7
1218 : mkubal 1.19 my $name;
1219 : arodri7 1.41 $name = {"title" => $db,
1220 :     "value" => $id};
1221 : mkubal 1.19 push(@$descriptions,$name);
1222 :    
1223 : arodri7 1.41 # my $description;
1224 :     # $description = {"title" => $description_title,
1225 :     # "value" => $description_value};
1226 :     # push(@$descriptions,$description);
1227 : mkubal 1.7
1228 :     my $score;
1229 :     $score = {"title" => "score",
1230 :     "value" => $thing->evalue};
1231 :     push(@$descriptions,$score);
1232 :    
1233 : arodri7 1.41 my $location;
1234 :     $location = {"title" => "location",
1235 :     "value" => $thing->start . " - " . $thing->stop};
1236 :     push(@$descriptions,$location);
1237 :    
1238 : mkubal 1.7 my $link_id;
1239 : arodri7 1.41 if ($thing->acc =~/::(.*)/){
1240 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1241 :     }
1242 :    
1243 :     my $link;
1244 : mkubal 1.12 my $link_url;
1245 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1246 :     elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1247 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1248 :    
1249 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1250 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1251 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1252 :    
1253 :     my $element_hash = {
1254 : arodri7 1.41 "title" => $name_value,
1255 : mkubal 1.7 "start" => $thing->start,
1256 :     "end" => $thing->stop,
1257 :     "color"=> $color,
1258 :     "zlayer" => '2',
1259 :     "links_list" => $links_list,
1260 :     "description" => $descriptions};
1261 :    
1262 :     push(@$line_data,$element_hash);
1263 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1264 :    
1265 :     return $gd;
1266 :    
1267 :     }
1268 : arodri7 1.28
1269 :     sub display_table {
1270 :     my ($self,$dataset) = @_;
1271 :     my $cgi = new CGI;
1272 :     my $data = [];
1273 :     my $count = 0;
1274 :     my $content;
1275 :    
1276 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1277 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1278 :     my $single_domain = [];
1279 :     $count++;
1280 :    
1281 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1282 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1283 :    
1284 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1285 :    
1286 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1287 :     if($db eq "CDD"){
1288 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1289 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1290 :     $name_title = "name";
1291 :     $name_value = "not available";
1292 :     $description_title = "description";
1293 :     $description_value = "not available";
1294 :     }
1295 :     else{
1296 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1297 :     $name_title = "name";
1298 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1299 :     $description_title = "description";
1300 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1301 :     }
1302 :     }
1303 :    
1304 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1305 :    
1306 :     push(@$single_domain,$db);
1307 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1308 :     push(@$single_domain,$name_value);
1309 :     push(@$single_domain,$location);
1310 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1311 :     push(@$single_domain,$description_value);
1312 :     push(@$data,$single_domain);
1313 :     }
1314 :    
1315 :     if ($count >0){
1316 :     $content = $data;
1317 :     }
1318 :     else
1319 :     {
1320 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1321 :     }
1322 :     }
1323 :    
1324 : mkubal 1.7
1325 : arodri7 1.10 #########################################
1326 :     #########################################
1327 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1328 :    
1329 :     use base qw(Observation);
1330 :    
1331 :     sub new {
1332 :    
1333 :     my ($class,$dataset) = @_;
1334 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1335 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1336 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1337 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1338 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1339 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1340 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1341 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1342 : mkubal 1.30 $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1343 :     $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1344 : mkubal 1.12
1345 :     bless($self,$class);
1346 :     return $self;
1347 :     }
1348 :    
1349 : mkubal 1.36 sub display_cello {
1350 : arodri7 1.41 my ($thing,$fig) = @_;
1351 : mkubal 1.36 my $html;
1352 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1353 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1354 :     if($cello_location){
1355 : arodri7 1.40 $html .= "<p><font type=verdana size=-2>Subcellular location prediction: $cello_location, score: $cello_score</font> </p>";
1356 :     #$html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1357 : mkubal 1.36 }
1358 :     return ($html);
1359 :     }
1360 :    
1361 : mkubal 1.12 sub display {
1362 : arodri7 1.41 my ($thing,$gd,$fig) = @_;
1363 : mkubal 1.12
1364 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1365 : arodri7 1.41 #my $fig= new FIG;
1366 : mkubal 1.12 my $length = length($fig->get_translation($fid));
1367 :    
1368 :     my $cleavage_prob;
1369 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1370 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1371 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1372 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1373 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1374 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1375 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1376 :    
1377 : mkubal 1.30 my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1378 :     my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1379 :    
1380 : mkubal 1.12 my $lines = [];
1381 :    
1382 :     #color is
1383 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1384 : mkubal 1.36
1385 :     =pod=
1386 :    
1387 : mkubal 1.12 if($cello_location){
1388 :     my $cello_descriptions = [];
1389 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1390 :    
1391 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1392 :     'short_title' => 'CELLO',
1393 :     'basepair_offset' => '1' };
1394 :    
1395 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1396 :     "value" => $cello_location};
1397 :    
1398 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1399 :    
1400 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1401 :     "value" => $cello_score};
1402 :    
1403 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1404 :    
1405 :     my $element_hash = {
1406 :     "title" => "CELLO",
1407 : mkubal 1.34 "color"=> $color,
1408 : mkubal 1.12 "start" => "1",
1409 :     "end" => $length + 1,
1410 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1411 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1412 :    
1413 :     push(@$line_data,$element_hash);
1414 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1415 : mkubal 1.12 }
1416 :    
1417 : arodri7 1.28 $color = "2";
1418 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1419 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1420 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1421 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1422 :     'basepair_offset' => '1' };
1423 :    
1424 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1425 :     my $descriptions = [];
1426 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1427 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1428 :     "value" => $tmpred_score};
1429 :    
1430 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1431 :    
1432 :     my $element_hash = {
1433 :     "title" => "transmembrane location",
1434 :     "start" => $begin + 1,
1435 :     "end" => $end + 1,
1436 :     "color"=> $color,
1437 :     "zlayer" => '5',
1438 : mkubal 1.34 "type" => 'box',
1439 : mkubal 1.12 "description" => $descriptions};
1440 :    
1441 :     push(@$line_data,$element_hash);
1442 : arodri7 1.28
1443 : mkubal 1.12 }
1444 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1445 : mkubal 1.12 }
1446 : arodri7 1.40 =cut
1447 : mkubal 1.12
1448 : mkubal 1.30 if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1449 :     my $line_data =[];
1450 : arodri7 1.40 my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence, Transmembrane and Signal Peptide',
1451 :     'short_title' => 'TM and SP',
1452 : mkubal 1.30 'basepair_offset' => '1' };
1453 :    
1454 :     foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1455 :     my $descriptions = [];
1456 : arodri7 1.40 my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'transmembrane location',
1457 : mkubal 1.30 "value" => $tm_loc};
1458 :     push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1459 :    
1460 :     my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1461 :    
1462 :     my $element_hash = {
1463 : arodri7 1.40 "title" => "Phobius",
1464 : mkubal 1.30 "start" => $begin + 1,
1465 :     "end" => $end + 1,
1466 :     "color"=> '6',
1467 :     "zlayer" => '4',
1468 :     "type" => 'bigbox',
1469 :     "description" => $descriptions};
1470 :    
1471 :     push(@$line_data,$element_hash);
1472 :    
1473 :     }
1474 :    
1475 :     if($phobius_signal_location){
1476 :     my $descriptions = [];
1477 :     my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1478 :     "value" => $phobius_signal_location};
1479 :     push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1480 :    
1481 :    
1482 :     my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1483 :     my $element_hash = {
1484 :     "title" => "phobius signal locations",
1485 :     "start" => $begin + 1,
1486 :     "end" => $end + 1,
1487 :     "color"=> '1',
1488 :     "zlayer" => '5',
1489 :     "type" => 'box',
1490 :     "description" => $descriptions};
1491 :     push(@$line_data,$element_hash);
1492 :     }
1493 :    
1494 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1495 :     }
1496 :    
1497 : arodri7 1.40 =head3
1498 : arodri7 1.28 $color = "1";
1499 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1500 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1501 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1502 : arodri7 1.28
1503 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1504 :     'short_title' => 'SignalP',
1505 :     'basepair_offset' => '1' };
1506 :    
1507 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1508 :     "value" => $signal_peptide_score};
1509 :    
1510 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1511 :    
1512 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1513 :     "value" => $cleavage_prob};
1514 :    
1515 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1516 :    
1517 :     my $element_hash = {
1518 :     "title" => "SignalP",
1519 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1520 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1521 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1522 :     "color"=> $color,
1523 :     "zlayer" => '10',
1524 :     "description" => $descriptions};
1525 :    
1526 :     push(@$line_data,$element_hash);
1527 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1528 : mkubal 1.12 }
1529 : arodri7 1.40 =cut
1530 :    
1531 : mkubal 1.12 return ($gd);
1532 :    
1533 :     }
1534 :    
1535 :     sub cleavage_loc {
1536 :     my ($self) = @_;
1537 :    
1538 :     return $self->{cleavage_loc};
1539 :     }
1540 :    
1541 :     sub cleavage_prob {
1542 :     my ($self) = @_;
1543 :    
1544 :     return $self->{cleavage_prob};
1545 :     }
1546 :    
1547 :     sub signal_peptide_score {
1548 :     my ($self) = @_;
1549 :    
1550 :     return $self->{signal_peptide_score};
1551 :     }
1552 :    
1553 :     sub tmpred_score {
1554 :     my ($self) = @_;
1555 :    
1556 :     return $self->{tmpred_score};
1557 :     }
1558 :    
1559 :     sub tmpred_locations {
1560 :     my ($self) = @_;
1561 :    
1562 :     return $self->{tmpred_locations};
1563 :     }
1564 :    
1565 :     sub cello_location {
1566 :     my ($self) = @_;
1567 :    
1568 :     return $self->{cello_location};
1569 :     }
1570 :    
1571 :     sub cello_score {
1572 :     my ($self) = @_;
1573 :    
1574 :     return $self->{cello_score};
1575 :     }
1576 :    
1577 : mkubal 1.30 sub phobius_signal_location {
1578 :     my ($self) = @_;
1579 :     return $self->{phobius_signal_location};
1580 :     }
1581 :    
1582 :     sub phobius_tm_locations {
1583 :     my ($self) = @_;
1584 :     return $self->{phobius_tm_locations};
1585 :     }
1586 :    
1587 :    
1588 : mkubal 1.12
1589 :     #########################################
1590 :     #########################################
1591 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1592 :    
1593 :     use base qw(Observation);
1594 :    
1595 :     sub new {
1596 :    
1597 :     my ($class,$dataset) = @_;
1598 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1599 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1600 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1601 : arodri7 1.40 $self->{query} = $dataset->{'query'};
1602 : arodri7 1.10 $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1603 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1604 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1605 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1606 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1607 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1608 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1609 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1610 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1611 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1612 : arodri7 1.10
1613 :     bless($self,$class);
1614 :     return $self;
1615 :     }
1616 :    
1617 : arodri7 1.25 =head3 display()
1618 :    
1619 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1620 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1621 :    
1622 :     =cut
1623 :    
1624 :     sub display {
1625 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$array,$fig) = @_;
1626 :     #my $fig = new FIG;
1627 : arodri7 1.25
1628 : arodri7 1.41 my @ids;
1629 :     foreach my $thing(@$array){
1630 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1631 :     push (@ids, $thing->acc);
1632 :     }
1633 : arodri7 1.25
1634 : arodri7 1.41 my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);
1635 : arodri7 1.25
1636 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$array){
1637 :     if ($thing->class eq "SIM"){
1638 :    
1639 :     my $peg = $thing->acc;
1640 :     my $query = $thing->query;
1641 :    
1642 :     my $organism = $thing->organism;
1643 :     my $genome = $fig->genome_of($peg);
1644 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1645 :     my $function = $thing->function;
1646 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1647 :     my $align_start = $thing->qstart;
1648 :     my $align_stop = $thing->qstop;
1649 :     my $hit_start = $thing->hstart;
1650 :     my $hit_stop = $thing->hstop;
1651 :    
1652 :     my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1653 :    
1654 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1655 :     'short_title' => "$abbrev_name",
1656 :     'title_link' => '$tax_link',
1657 :     'basepair_offset' => '0'
1658 :     };
1659 :    
1660 :     my $line_data = [];
1661 :    
1662 :     my $element_hash;
1663 :     my $links_list = [];
1664 :     my $descriptions = [];
1665 :    
1666 :     # get subsystem information
1667 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$peg;
1668 :     my $link;
1669 :     $link = {"link_title" => $peg,
1670 :     "link" => $url_link};
1671 :     push(@$links_list,$link);
1672 :    
1673 :     #my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1674 :     my @subs = @{$in_subs{$peg}} if (defined $in_subs{$peg});
1675 :     my @subsystems;
1676 :    
1677 :     foreach my $array (@subs){
1678 :     my $subsystem = $$array[0];
1679 :     push(@subsystems,$subsystem);
1680 :     my $link;
1681 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1682 :     "link_title" => $subsystem};
1683 :     push(@$links_list,$link);
1684 :     }
1685 :    
1686 :     $link = {"link_title" => "view blast alignment",
1687 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=ToolResult&tool=bl2seq&peg1=$query&peg2=$peg"};
1688 :     push (@$links_list,$link);
1689 :    
1690 :     my $description_function;
1691 :     $description_function = {"title" => "function",
1692 :     "value" => $function};
1693 :     push(@$descriptions,$description_function);
1694 :    
1695 :     my ($description_ss, $ss_string);
1696 :     $ss_string = join (",", @subsystems);
1697 :     $description_ss = {"title" => "subsystems",
1698 :     "value" => $ss_string};
1699 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1700 :    
1701 :     my $description_loc;
1702 :     $description_loc = {"title" => "location start",
1703 :     "value" => $hit_start};
1704 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1705 :    
1706 :     $description_loc = {"title" => "location stop",
1707 :     "value" => $hit_stop};
1708 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1709 :    
1710 :     my $evalue = $thing->evalue;
1711 :     while ($evalue =~ /-0/)
1712 :     {
1713 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1714 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1715 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1716 :     }
1717 :    
1718 :     my $color = &color($evalue);
1719 :    
1720 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1721 :     "value" => $evalue};
1722 :     push(@$descriptions, $description_eval);
1723 :    
1724 :     my $identity = $self->identity;
1725 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1726 :     "value" => $identity};
1727 :     push(@$descriptions, $description_identity);
1728 :    
1729 :     $element_hash = {
1730 :     "title" => $peg,
1731 :     "start" => $align_start,
1732 :     "end" => $align_stop,
1733 :     "type"=> 'box',
1734 :     "color"=> $color,
1735 :     "zlayer" => "2",
1736 :     "links_list" => $links_list,
1737 :     "description" => $descriptions
1738 :     };
1739 :     push(@$line_data,$element_hash);
1740 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1741 :     }
1742 : arodri7 1.25 }
1743 :     return ($gd);
1744 :     }
1745 :    
1746 : mkubal 1.34 =head3 display_domain_composition()
1747 :    
1748 :     If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1749 :    
1750 :     =cut
1751 :    
1752 :     sub display_domain_composition {
1753 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$fig) = @_;
1754 : mkubal 1.34
1755 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1756 : mkubal 1.34 my $peg = $self->acc;
1757 :    
1758 :     my $line_data = [];
1759 :     my $links_list = [];
1760 :     my $descriptions = [];
1761 :    
1762 :     my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1763 :    
1764 :     foreach $dqr (@domain_query_results){
1765 :     my $key = @$dqr[1];
1766 :     my @parts = split("::",$key);
1767 :     my $db = $parts[0];
1768 :     my $id = $parts[1];
1769 :     my $val = @$dqr[2];
1770 :     my $from;
1771 :     my $to;
1772 :     my $evalue;
1773 :    
1774 :     if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1775 :     my $raw_evalue = $1;
1776 :     $from = $2;
1777 :     $to = $3;
1778 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1779 :     my $part2 = 1000 - $1;
1780 :     my $part1 = $2/100;
1781 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
1782 :     }
1783 :     else{
1784 :     $evalue = "0.0";
1785 :     }
1786 :     }
1787 :    
1788 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1789 :     my ($name_value,$description_value);
1790 :    
1791 :     if($db eq "CDD"){
1792 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1793 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1794 :     $name_title = "name";
1795 :     $name_value = "not available";
1796 :     $description_title = "description";
1797 :     $description_value = "not available";
1798 :     }
1799 :     else{
1800 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1801 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1802 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1803 :     }
1804 :     }
1805 :    
1806 :     my $domain_name;
1807 :     $domain_name = {"title" => "name",
1808 :     "value" => $name_value};
1809 :     push(@$descriptions,$domain_name);
1810 :    
1811 :     my $description;
1812 :     $description = {"title" => "description",
1813 :     "value" => $description_value};
1814 :     push(@$descriptions,$description);
1815 :    
1816 :     my $score;
1817 :     $score = {"title" => "score",
1818 :     "value" => $evalue};
1819 :     push(@$descriptions,$score);
1820 :    
1821 :     my $link_id = $id;
1822 :     my $link;
1823 :     my $link_url;
1824 :     if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1825 :     elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1826 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1827 :    
1828 :     $link = {"link_title" => $name_value,
1829 :     "link" => $link_url};
1830 :     push(@$links_list,$link);
1831 :    
1832 :     my $domain_element_hash = {
1833 :     "title" => $peg,
1834 :     "start" => $from,
1835 :     "end" => $to,
1836 :     "type"=> 'box',
1837 :     "zlayer" => '4',
1838 :     "links_list" => $links_list,
1839 :     "description" => $descriptions
1840 :     };
1841 :    
1842 :     push(@$line_data,$domain_element_hash);
1843 :    
1844 :     #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
1845 :     last;
1846 :     }
1847 :    
1848 :     my $line_config = { 'title' => $peg,
1849 :     'short_title' => $peg,
1850 :     'basepair_offset' => '1' };
1851 :    
1852 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1853 :    
1854 :     return ($gd);
1855 :    
1856 :     }
1857 :    
1858 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1859 : arodri7 1.10
1860 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1861 :     This code will display a table for the similarities protein
1862 :    
1863 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1864 :    
1865 :     =cut
1866 :    
1867 : mkubal 1.24 sub display_table {
1868 : arodri7 1.41 my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid,$lineages,$fig) = @_;
1869 : mkubal 1.24
1870 : arodri7 1.10 my $data = [];
1871 :     my $count = 0;
1872 :     my $content;
1873 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1874 : mkubal 1.24 my $cgi = new CGI;
1875 : arodri7 1.28 my @ids;
1876 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
1877 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
1878 :     push (@ids, $thing->acc);
1879 :     }
1880 :    
1881 : arodri7 1.31 my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1882 : arodri7 1.41 my @attributes = $fig->get_attributes(\@ids);
1883 : arodri7 1.35
1884 :     # get the column for the subsystems
1885 : arodri7 1.41 %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids,$fig);
1886 : arodri7 1.35
1887 :     # get the column for the evidence codes
1888 : arodri7 1.41 %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1889 : arodri7 1.35
1890 :     # get the column for pfam_domain
1891 : arodri7 1.41 %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids, \@attributes,$fig);
1892 :    
1893 :     my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid,$dataset,$fig);
1894 :     my $alias_col = &get_aliases(\@ids,$fig);
1895 : arodri7 1.31
1896 : arodri7 1.28 foreach my $thing (@$dataset) {
1897 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1898 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
1899 :     $count++;
1900 :    
1901 : arodri7 1.41 my $id = $thing->acc;
1902 : arodri7 1.11 my $iden = $thing->identity;
1903 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1904 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1905 :     my $b1 = $thing->qstart;
1906 :     my $e1 = $thing->qstop;
1907 :     my $b2 = $thing->hstart;
1908 :     my $e2 = $thing->hstop;
1909 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1910 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1911 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1912 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1913 :    
1914 : arodri7 1.29 # checkbox column
1915 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1916 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1917 :     my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1918 : arodri7 1.40 my ($tax) = ($id) =~ /fig\|(.*?)\./;
1919 : arodri7 1.31
1920 :     # get the linked fig id
1921 :     my $fig_col;
1922 :     if (defined ($e_identical{$id})){
1923 :     $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1924 :     }
1925 :     else{
1926 :     $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1927 : arodri7 1.28 }
1928 :    
1929 : arodri7 1.41 push (@$single_domain, $box_col, $fig_col, $thing->evalue,
1930 :     "$iden\%", $reg1, $reg2, $thing->organism, $thing->function); # permanent columns
1931 :    
1932 : arodri7 1.35 foreach my $col (sort keys %$scroll_list){
1933 :     if ($col =~ /associated_subsystem/) {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}
1934 :     elsif ($col =~ /evidence/) {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}
1935 :     elsif ($col =~ /pfam_domains/) {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}
1936 : arodri7 1.41 elsif ($col =~ /ncbi_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"NCBI"});}
1937 :     elsif ($col =~ /refseq_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"RefSeq"});}
1938 :     elsif ($col =~ /swissprot_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"SwissProt"});}
1939 :     elsif ($col =~ /uniprot_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"UniProt"});}
1940 :     elsif ($col =~ /tigr_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TIGR"});}
1941 :     elsif ($col =~ /pir_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"PIR"});}
1942 :     elsif ($col =~ /kegg_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"KEGG"});}
1943 :     elsif ($col =~ /trembl_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"TrEMBL"});}
1944 :     elsif ($col =~ /asap_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"ASAP"});}
1945 :     elsif ($col =~ /jgi_id/) {push(@$single_domain,$alias_col->{$id}->{"JGI"});}
1946 : arodri7 1.40 elsif ($col =~ /taxonomy/) {push(@$single_domain,$lineages->{$tax});}
1947 : arodri7 1.32 }
1948 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
1949 :     }
1950 :    
1951 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
1952 :     $content = $data;
1953 : arodri7 1.10 }
1954 : arodri7 1.26 else{
1955 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1956 :     }
1957 :     return ($content);
1958 :     }
1959 : arodri7 1.11
1960 : arodri7 1.29 sub get_box_column{
1961 :     my ($ids) = @_;
1962 :     my %column;
1963 :     foreach my $id (@$ids){
1964 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1965 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1966 :     $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1967 :     }
1968 :     return (%column);
1969 :     }
1970 :    
1971 :     sub get_subsystems_column{
1972 : arodri7 1.41 my ($ids,$fig) = @_;
1973 : arodri7 1.29
1974 : arodri7 1.41 #my $fig = new FIG;
1975 : arodri7 1.29 my $cgi = new CGI;
1976 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
1977 :     my %column;
1978 :     foreach my $id (@$ids){
1979 : arodri7 1.32 my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
1980 :     my @subsystems;
1981 :    
1982 : arodri7 1.29 if (@in_sub > 0) {
1983 : arodri7 1.32 foreach my $array(@in_sub){
1984 : arodri7 1.41 my $ss = $$array[0];
1985 :     $ss =~ s/_/ /ig;
1986 :     push (@subsystems, "-" . $ss);
1987 : arodri7 1.32 }
1988 :     my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
1989 :     $column{$id} = $in_sub_line;
1990 : arodri7 1.29 } else {
1991 :     $column{$id} = "&nbsp;";
1992 :     }
1993 :     }
1994 :     return (%column);
1995 :     }
1996 :    
1997 : arodri7 1.31 sub get_essentially_identical{
1998 : arodri7 1.41 my ($fid,$dataset,$fig) = @_;
1999 :     #my $fig = new FIG;
2000 :    
2001 : arodri7 1.31 my %id_list;
2002 : arodri7 1.41 #my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2003 : arodri7 1.31
2004 : arodri7 1.41 foreach my $thing (@$dataset){
2005 :     if($thing->class eq "IDENTICAL"){
2006 :     my $rows = $thing->rows;
2007 :     my $count_identical = 0;
2008 :     foreach my $row (@$rows) {
2009 :     my $id = $row->[0];
2010 :     if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2011 :     $id_list{$id} = 1;
2012 :     }
2013 :     }
2014 :     }
2015 : arodri7 1.31 }
2016 : arodri7 1.41
2017 :     # foreach my $id (@maps_to) {
2018 :     # if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2019 :     # $id_list{$id} = 1;
2020 :     # }
2021 :     # }
2022 : arodri7 1.31 return(%id_list);
2023 :     }
2024 :    
2025 :    
2026 : arodri7 1.29 sub get_evidence_column{
2027 : arodri7 1.41 my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2028 :     #my $fig = new FIG;
2029 : arodri7 1.29 my $cgi = new CGI;
2030 :     my (%column, %code_attributes);
2031 :    
2032 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } @$attributes;
2033 : arodri7 1.29 foreach my $key (@codes){
2034 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
2035 :     }
2036 :    
2037 :     foreach my $id (@$ids){
2038 :     # add evidence code with tool tip
2039 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
2040 :    
2041 : arodri7 1.41 my @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2042 :     my @ev_codes = ();
2043 :     foreach my $code (@codes) {
2044 :     my $pretty_code = $code->[2];
2045 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
2046 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2047 :     $ss =~ s/_/ /g;
2048 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2049 :     }
2050 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
2051 :     }
2052 : arodri7 1.29
2053 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2054 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2055 :     $ev_codes = $cgi->a(
2056 :     {
2057 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2058 :     }
2059 :     $column{$id}=$ev_codes;
2060 :     }
2061 :     return (%column);
2062 :     }
2063 :    
2064 : arodri7 1.33 sub get_pfam_column{
2065 : arodri7 1.41 my ($ids, $attributes,$fig) = @_;
2066 :     #my $fig = new FIG;
2067 : arodri7 1.33 my $cgi = new CGI;
2068 : arodri7 1.40 my (%column, %code_attributes, %attribute_locations);
2069 : arodri7 1.33 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
2070 :    
2071 : arodri7 1.41 my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } @$attributes;
2072 : arodri7 1.33 foreach my $key (@codes){
2073 : arodri7 1.41 my $name = $key->[1];
2074 :     if ($name =~ /_/){
2075 :     ($name) = ($key->[1]) =~ /(.*?)_/;
2076 :     }
2077 :     push (@{$code_attributes{$key->[0]}}, $name);
2078 :     push (@{$attribute_location{$key->[0]}{$name}}, $key->[2]);
2079 : arodri7 1.33 }
2080 :    
2081 :     foreach my $id (@$ids){
2082 : arodri7 1.41 # add evidence code
2083 : arodri7 1.33 my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2084 :     my @pfam_codes = "";
2085 :     my %description_codes;
2086 :    
2087 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2088 : arodri7 1.40 my @ncodes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2089 : arodri7 1.33 @pfam_codes = ();
2090 : arodri7 1.40
2091 :     # get only unique values
2092 :     my %saw;
2093 :     foreach my $key (@ncodes) {$saw{$key}=1;}
2094 :     @ncodes = keys %saw;
2095 :    
2096 :     foreach my $code (@ncodes) {
2097 : arodri7 1.33 my @parts = split("::",$code);
2098 :     my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2099 : arodri7 1.40
2100 :     # get the locations for the domain
2101 :     my @locs;
2102 :     foreach my $part (@{$attribute_location{$id}{$code}}){
2103 :     my ($loc) = ($part) =~ /\;(.*)/;
2104 :     push (@locs,$loc);
2105 :     }
2106 : arodri7 1.41 my %locsaw;
2107 :     foreach my $key (@locs) {$locsaw{$key}=1;}
2108 :     @locs = keys %locsaw;
2109 :    
2110 : arodri7 1.40 my $locations = join (", ", @locs);
2111 :    
2112 : arodri7 1.33 if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2113 : arodri7 1.40 push(@pfam_codes, "$parts[1] ($locations)");
2114 : arodri7 1.33 }
2115 :     else {
2116 :     my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2117 :     $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};
2118 : arodri7 1.40 push(@pfam_codes, "$pfam_link ($locations)");
2119 : arodri7 1.33 }
2120 :     }
2121 :     }
2122 :    
2123 :     $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);
2124 :     }
2125 :     return (%column);
2126 :    
2127 :     }
2128 : mkubal 1.12
2129 : arodri7 1.41 sub get_aliases {
2130 :     my ($ids,$fig) = @_;
2131 : arodri7 1.31
2132 : arodri7 1.41 my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk($ids);
2133 :     foreach my $id (@$ids){
2134 :     foreach my $alias (@{$$all_aliases{$id}}){
2135 :     my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2136 :     next if ($aliases->{$id}->{$id_db});
2137 :     $aliases->{$id}->{$id_db} = &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2138 : arodri7 1.28 }
2139 :     }
2140 : arodri7 1.41 return ($aliases);
2141 : arodri7 1.28 }
2142 :    
2143 : arodri7 1.33 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2144 :    
2145 : arodri7 1.26 sub color {
2146 : arodri7 1.39 my ($evalue) = @_;
2147 : arodri7 1.26 my $color;
2148 : arodri7 1.39 if ($evalue <= 1e-170){ $color = 51; }
2149 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = 52; }
2150 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = 53; }
2151 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = 54; }
2152 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = 55; }
2153 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = 56; }
2154 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = 57; }
2155 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = 58; }
2156 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = 59; }
2157 :     else{ $color = 60; }
2158 : arodri7 1.26 return ($color);
2159 :     }
2160 : arodri7 1.13
2161 :    
2162 :     ############################
2163 :     package Observation::Cluster;
2164 :    
2165 :     use base qw(Observation);
2166 :    
2167 :     sub new {
2168 :    
2169 :     my ($class,$dataset) = @_;
2170 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2171 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
2172 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
2173 :     return $self;
2174 :     }
2175 :    
2176 :     sub display {
2177 : arodri7 1.41 my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes,$sims_array,$fig) = @_;
2178 : mkubal 1.24
2179 :     my $fid = $self->fig_id;
2180 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
2181 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
2182 : arodri7 1.41 my $range = $gd_window_size;
2183 :     #my $fig = new FIG;
2184 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
2185 : arodri7 1.38 my $gene_associations={};
2186 : arodri7 1.13
2187 :     #get the organism genome
2188 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2189 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2190 :     $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2191 :     $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2192 : arodri7 1.13
2193 :     # get location of the gene
2194 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
2195 :     my ($contig, $beg, $end);
2196 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
2197 : arodri7 1.13
2198 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2199 :     $contig = $1;
2200 :     $beg = $2;
2201 :     $end = $3;
2202 :     }
2203 :    
2204 : arodri7 1.22 my $offset;
2205 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
2206 :     if ($beg < $end)
2207 :     {
2208 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range);
2209 :     $region_end = $end+ ($range);
2210 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2211 : arodri7 1.13 }
2212 :     else
2213 :     {
2214 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range);
2215 :     $region_end = $beg+($range);
2216 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2217 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2218 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2219 : arodri7 1.21 }
2220 : arodri7 1.13
2221 :     # call genes in region
2222 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2223 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
2224 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
2225 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2226 : mkubal 1.14
2227 :     my %all_genes;
2228 :     my %all_genomes;
2229 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;}
2230 : arodri7 1.41 my @selected_sims;
2231 : arodri7 1.16
2232 : arodri7 1.40 if ($compare_or_coupling eq "sims"){
2233 : arodri7 1.37 # get the selected boxes
2234 : arodri7 1.38 my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2235 : arodri7 1.37
2236 :     # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2237 : arodri7 1.41 if (@selected_taxonomy > 0){
2238 :     foreach my $sim (@$sims_array){
2239 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2240 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2241 : arodri7 1.37
2242 : arodri7 1.41 #my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2243 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->acc);
2244 : arodri7 1.39 my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2245 :     my $lineage = $taxes->{$genome1};
2246 :     #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
2247 : arodri7 1.38 foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2248 :     if ($lineage =~ /$taxon/){
2249 : arodri7 1.41 #push (@selected_sims, $sim->[1]);
2250 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2251 : arodri7 1.38 }
2252 : arodri7 1.37 }
2253 :     }
2254 :     }
2255 : arodri7 1.40 else{
2256 :     my $simcount = 0;
2257 : arodri7 1.41 foreach my $sim (@$sims_array){
2258 :     next if ($sim->class ne "SIM");
2259 :     next if ($sim->acc !~ /fig\|/);
2260 :    
2261 :     push (@selected_sims, $sim->acc);
2262 : arodri7 1.40 $simcount++;
2263 :     last if ($simcount > 4);
2264 :     }
2265 :     }
2266 : arodri7 1.16
2267 : arodri7 1.41 my %saw;
2268 :     @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2269 :    
2270 : arodri7 1.37 # get the gene context for the sorted matches
2271 :     foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2272 :     #get the organism genome
2273 :     my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2274 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2275 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2276 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2277 : arodri7 1.37
2278 :     # get location of the gene
2279 :     my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2280 :     my ($contig, $beg, $end);
2281 :    
2282 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2283 :     $contig = $1;
2284 :     $beg = $2;
2285 :     $end = $3;
2286 :     }
2287 :    
2288 :     my $offset;
2289 :     my ($region_start, $region_end);
2290 :     if ($beg < $end)
2291 :     {
2292 : arodri7 1.41 $region_start = $beg - ($range/2);
2293 :     $region_end = $end+($range/2);
2294 : arodri7 1.38 $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
2295 : arodri7 1.37 }
2296 :     else
2297 :     {
2298 : arodri7 1.41 $region_start = $end-($range/2);
2299 :     $region_end = $beg+($range/2);
2300 : arodri7 1.38 $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2301 :     $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2302 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2303 : arodri7 1.37 }
2304 :    
2305 :     # call genes in region
2306 :     my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2307 :     push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2308 :     push (@start_array_region, $offset);
2309 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2310 :     $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2311 : arodri7 1.16 }
2312 : mkubal 1.14
2313 :     }
2314 : arodri7 1.41
2315 :     print STDERR "START CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: " . `date`;
2316 : arodri7 1.38 # cluster the genes
2317 :     my @all_pegs = keys %all_genes;
2318 :     my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2319 : arodri7 1.41 print STDERR "END CLUSTER OF GENES IN COMP REGION: ". `date`;
2320 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@all_pegs);
2321 : arodri7 1.21
2322 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
2323 :     my $sample_peg = @$region[0];
2324 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2325 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2326 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2327 : arodri7 1.40 my ($genome1) = ($region_genome) =~ /(.*?)\./;
2328 :     my $lineage = $taxes->{$genome1};
2329 :     #$region_gs .= "Lineage:$lineage";
2330 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2331 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
2332 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
2333 :     };
2334 :    
2335 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
2336 : arodri7 1.16
2337 : arodri7 1.40 my $second_line_config = { 'title' => "$lineage",
2338 : arodri7 1.25 'short_title' => "",
2339 : arodri7 1.38 'basepair_offset' => '0',
2340 :     'no_middle_line' => '1'
2341 : arodri7 1.25 };
2342 :    
2343 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
2344 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
2345 :    
2346 :     # initialize variables to check for overlap in genes
2347 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2348 :     my $major_line_flag = 0;
2349 :     my $prev_second_flag = 0;
2350 :    
2351 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
2352 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
2353 : mkubal 1.14 my $element_hash;
2354 :     my $links_list = [];
2355 :     my $descriptions = [];
2356 : arodri7 1.38
2357 :     my $color = $color_sets->{$fid1};
2358 : arodri7 1.26
2359 : arodri7 1.18 # get subsystem information
2360 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
2361 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;
2362 :    
2363 :     my $link;
2364 :     $link = {"link_title" => $fid1,
2365 :     "link" => $url_link};
2366 :     push(@$links_list,$link);
2367 :    
2368 : arodri7 1.41 my @subs = @{$in_subs{$fid1}} if (defined $in_subs{$fid1});
2369 :     my @subsystems;
2370 :     foreach my $array (@subs){
2371 :     my $subsystem = $$array[0];
2372 :     my $ss = $subsystem;
2373 :     $ss =~ s/_/ /ig;
2374 :     push (@subsystems, $ss);
2375 : arodri7 1.18 my $link;
2376 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
2377 : arodri7 1.41 "link_title" => $ss};
2378 : arodri7 1.18 push(@$links_list,$link);
2379 :     }
2380 : arodri7 1.41
2381 :     if ($fid1 eq $fid){
2382 :     my $link;
2383 :     $link = {"link_title" => "Annotate this sequence",
2384 :     "link" => "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi?page=Commentary"};
2385 :     push (@$links_list,$link);
2386 :     }
2387 :    
2388 : arodri7 1.18 my $description_function;
2389 :     $description_function = {"title" => "function",
2390 :     "value" => $function};
2391 :     push(@$descriptions,$description_function);
2392 :    
2393 :     my $description_ss;
2394 : arodri7 1.41 my $ss_string = join (", ", @subsystems);
2395 : arodri7 1.18 $description_ss = {"title" => "subsystems",
2396 :     "value" => $ss_string};
2397 :     push(@$descriptions,$description_ss);
2398 :    
2399 : arodri7 1.16
2400 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2401 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2402 :     my($start,$stop);
2403 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
2404 :     $stop = $3 - $offsetting;
2405 : arodri7 1.25
2406 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2407 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2408 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2409 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2410 :     $second_line_flag = 1;
2411 :     $major_line_flag = 1;
2412 :     }
2413 :     }
2414 :     $prev_start = $start;
2415 :     $prev_stop = $stop;
2416 :     $prev_fig = $fid1;
2417 :    
2418 :     if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2419 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
2420 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
2421 :     }
2422 :    
2423 : arodri7 1.41 my $title = $fid1;
2424 :     if ($fid1 eq $fid){
2425 :     $title = "My query gene: $fid1";
2426 :     }
2427 :    
2428 : mkubal 1.14 $element_hash = {
2429 : arodri7 1.41 "title" => $title,
2430 : mkubal 1.14 "start" => $start,
2431 :     "end" => $stop,
2432 :     "type"=> 'arrow',
2433 :     "color"=> $color,
2434 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
2435 :     "links_list" => $links_list,
2436 :     "description" => $descriptions
2437 : mkubal 1.14 };
2438 : arodri7 1.25
2439 :     # if there is an overlap, put into second line
2440 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2441 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2442 : arodri7 1.41
2443 :     if ($fid1 eq $fid){
2444 :     $element_hash = {
2445 :     "title" => 'Query',
2446 :     "start" => $start,
2447 :     "end" => $stop,
2448 :     "type"=> 'bigbox',
2449 :     "color"=> $color,
2450 :     "zlayer" => "1"
2451 :     };
2452 :    
2453 :     # if there is an overlap, put into second line
2454 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2455 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2456 :     }
2457 : mkubal 1.14 }
2458 :     }
2459 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
2460 : arodri7 1.40 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config); # if ($major_line_flag == 1);
2461 : mkubal 1.14 }
2462 : arodri7 1.41 return ($gd, \@selected_sims);
2463 : mkubal 1.14 }
2464 :    
2465 : arodri7 1.38 sub cluster_genes {
2466 :     my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
2467 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
2468 :    
2469 :     my @color_sets = ();
2470 :    
2471 :     $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
2472 :    
2473 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2474 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
2475 :     if (! $seen{$i}) {
2476 :     $cluster = [$i];
2477 :     $seen{$i} = 1;
2478 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
2479 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
2480 :     foreach $k (@$x) {
2481 :     if (! $seen{$k}) {
2482 :     push(@$cluster,$k);
2483 :     $seen{$k} = 1;
2484 :     }
2485 :     }
2486 :     }
2487 :    
2488 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
2489 :     push(@color_sets,$cluster);
2490 :     }
2491 :     }
2492 :     }
2493 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
2494 :     $red_set = $color_sets[$i];
2495 :     splice(@color_sets,$i,1);
2496 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
2497 :     unshift(@color_sets,$red_set);
2498 :    
2499 :     my $color_sets = {};
2500 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
2501 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
2502 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
2503 :     }
2504 :     }
2505 :     return $color_sets;
2506 :     }
2507 :    
2508 :     sub get_connections_by_similarity {
2509 :     my($fig,$all_pegs) = @_;
2510 :     my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2511 :     my($sim,%conn,$x,$y);
2512 :    
2513 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2514 :     $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
2515 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
2516 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2517 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2518 :     }
2519 :     }
2520 :    
2521 :     foreach $y (keys(%pos_of)) {
2522 : arodri7 1.41 $x = $pos_of{$y};
2523 : arodri7 1.38 for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2524 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2525 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2526 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2527 :     }
2528 :     }
2529 :     }
2530 :    
2531 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2532 :     foreach $sim ($fig->nsims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
2533 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2534 :     foreach $y (@$x) {
2535 :     push(@{$conn{$i}},$y);
2536 :     }
2537 :     }
2538 :     }
2539 :     }
2540 :     return \%conn;
2541 :     }
2542 :    
2543 :     sub in {
2544 :     my($x,$xL) = @_;
2545 :     my($i);
2546 :    
2547 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
2548 :     return ($i < @$xL);
2549 :     }
2550 : arodri7 1.41
2551 :     #############################################
2552 :     #############################################
2553 :     package Observation::Commentary;
2554 :    
2555 :     use base qw(Observation);
2556 :    
2557 :     =head3 display_protein_commentary()
2558 :    
2559 :     =cut
2560 :    
2561 :     sub display_protein_commentary {
2562 :     my ($self,$dataset,$mypeg,$fig) = @_;
2563 :    
2564 :     my $all_rows = [];
2565 :     my $content;
2566 :     #my $fig = new FIG;
2567 :     my $cgi = new CGI;
2568 :     my $count = 0;
2569 :     my $peg_array = [];
2570 :     my (%evidence_column, %subsystems_column, %e_identical);
2571 :    
2572 :     if (@$dataset != 1){
2573 :     foreach my $thing (@$dataset){
2574 :     if ($thing->class eq "SIM"){
2575 :     push (@$peg_array, $thing->acc);
2576 :     }
2577 :     }
2578 :     # get the column for the evidence codes
2579 :     %evidence_column = &Observation::Sims::get_evidence_column($peg_array);
2580 :    
2581 :     # get the column for the subsystems
2582 :     %subsystems_column = &Observation::Sims::get_subsystems_column($peg_array,$fig);
2583 :    
2584 :     # get essentially identical seqs
2585 :     %e_identical = &Observation::Sims::get_essentially_identical($mypeg,$dataset,$fig);
2586 :     }
2587 :     else{
2588 :     push (@$peg_array, @$dataset);
2589 :     }
2590 :    
2591 :     my $selected_sims = [];
2592 :     foreach my $id (@$peg_array){
2593 :     last if ($count > 10);
2594 :     my $row_data = [];
2595 :     my ($set, $org, $ss, $ev, $function, $function_cell, $id_cell);
2596 :     $org = $fig->org_of($id);
2597 :     $function = $fig->function_of($id);
2598 :     if ($mypeg ne $id){
2599 :     $function_cell = qq(<input type=radio name=function id=$id value=$id onClick="clearText('newAnnotation');">&nbsp;&nbsp;$function);
2600 :     $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2601 :     if (defined($e_identical{$id})) { $id_cell .= "*";}
2602 :     }
2603 :     else{
2604 :     $function_cell = "&nbsp;&nbsp;$function";
2605 :     $id_cell = "<input type=checkbox name=peg id=peg$count value=$id checked=true>";
2606 :     $id_cell .= &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
2607 :     }
2608 :    
2609 :     push(@$row_data,$id_cell);
2610 :     push(@$row_data,$org);
2611 :     push(@$row_data, $subsystems_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2612 :     push(@$row_data, $evidence_column{$id}) if ($mypeg ne $id);
2613 :     push(@$row_data, $fig->translation_length($id));
2614 :     push(@$row_data,$function_cell);
2615 :     push(@$all_rows,$row_data);
2616 :     push (@$selected_sims, $id);
2617 :     $count++;
2618 :     }
2619 :    
2620 :     if ($count >0){
2621 :     $content = $all_rows;
2622 :     }
2623 :     else{
2624 :     $content = "<p>This PEG does not have enough similarities to change the commentary</p>";
2625 :     }
2626 :     return ($content,$selected_sims);
2627 :     }
2628 :    
2629 :     sub display_protein_history {
2630 :     my ($self, $id,$fig) = @_;
2631 :     my $all_rows = [];
2632 :     my $content;
2633 :    
2634 :     my $cgi = new CGI;
2635 :     my $count = 0;
2636 :     foreach my $feat ($fig->feature_annotations($id)){
2637 :     my $row = [];
2638 :     my $col1 = $feat->[2];
2639 :     my $col2 = $feat->[1];
2640 :     #my $text = "<pre>" . $feat->[3] . "<\pre>";
2641 :     my $text = $feat->[3];
2642 :    
2643 :     push (@$row, $col1);
2644 :     push (@$row, $col2);
2645 :     push (@$row, $text);
2646 :     push (@$all_rows, $row);
2647 :     $count++;
2648 :     }
2649 :     if ($count > 0){
2650 :     $content = $all_rows;
2651 :     }
2652 :     else {
2653 :     $content = "There is no history for this PEG";
2654 :     }
2655 :    
2656 :     return($content);
2657 :     }

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3