[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.39 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : mkubal 1.19 use lib '/vol/ontologies';
4 :     use DBMaster;
5 : mkubal 1.34 use Data::Dumper;
6 : mkubal 1.19
7 : mkubal 1.1 require Exporter;
8 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9 :    
10 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
11 : mkubal 1.30 #use strict;
12 : arodri7 1.16 #use warnings;
13 : arodri7 1.9 use HTML;
14 : mkubal 1.1
15 :     1;
16 :    
17 : arodri7 1.39 # $Id: Observation.pm,v 1.38 2007/09/10 15:10:04 arodri7 Exp $
18 : mkubal 1.1
19 :     =head1 NAME
20 :    
21 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
22 :    
23 :     =head1 DESCRIPTION
24 :    
25 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
26 :     single interface to this data.
27 :    
28 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
29 :    
30 :     =cut
31 :    
32 :     =head1 BACKGROUND
33 :    
34 :     =head2 Data incorporated in the Observations
35 :    
36 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
37 :    
38 :     =head3 SEED core evidence
39 :    
40 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
41 :    
42 :     =head3 Attribute based Evidence
43 :    
44 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
45 :    
46 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
47 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
48 :    
49 :     =head1 METHODS
50 :    
51 :     The public methods this package provides are listed below:
52 :    
53 :    
54 : mkubal 1.24 =head3 context()
55 :    
56 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
57 : mkubal 1.1
58 :     =cut
59 :    
60 : mkubal 1.24 sub context {
61 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
62 :    
63 : mkubal 1.24 return $self->{context};
64 : mkubal 1.1 }
65 :    
66 : mkubal 1.24 =head3 rows()
67 : mkubal 1.1
68 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
69 : mkubal 1.1
70 : mkubal 1.24 =cut
71 :    
72 :     sub rows {
73 :     my ($self) = @_;
74 :    
75 :     return $self->{rows};
76 :     }
77 :    
78 :     =head3 acc()
79 :    
80 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
81 : mkubal 1.1
82 :     =cut
83 :    
84 : mkubal 1.24 sub acc {
85 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
86 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
87 : mkubal 1.1 }
88 :    
89 :     =head3 class()
90 :    
91 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
92 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
93 : mkubal 1.7
94 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
95 :    
96 :     =over 9
97 :    
98 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
99 :    
100 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
101 : mkubal 1.1
102 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
103 : mkubal 1.1
104 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
105 : mkubal 1.1
106 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
107 : mkubal 1.1
108 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
109 : mkubal 1.1
110 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
111 : mkubal 1.1
112 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
113 : mkubal 1.1
114 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
115 : mkubal 1.1
116 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
117 :    
118 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
119 : mkubal 1.1
120 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
121 : mkubal 1.1
122 :     =back
123 :    
124 :     =cut
125 :    
126 :     sub class {
127 :     my ($self) = @_;
128 :    
129 :     return $self->{class};
130 :     }
131 :    
132 :     =head3 type()
133 :    
134 :     The type of evidence (required).
135 :    
136 :     Where type is one of the following:
137 :    
138 :     =over 8
139 :    
140 :     =item seq=Sequence similarity
141 :    
142 :     =item dom=domain based match
143 :    
144 :     =item loc=Localization of the feature
145 :    
146 :     =item fc=Functional coupling.
147 :    
148 :     =back
149 :    
150 :     =cut
151 :    
152 :     sub type {
153 :     my ($self) = @_;
154 :    
155 : arodri7 1.26 return $self->{type};
156 : mkubal 1.1 }
157 :    
158 :     =head3 start()
159 :    
160 :     Start of hit in query sequence.
161 :    
162 :     =cut
163 :    
164 :     sub start {
165 :     my ($self) = @_;
166 :    
167 :     return $self->{start};
168 :     }
169 :    
170 :     =head3 end()
171 :    
172 :     End of the hit in query sequence.
173 :    
174 :     =cut
175 :    
176 :     sub stop {
177 :     my ($self) = @_;
178 :    
179 :     return $self->{stop};
180 :     }
181 :    
182 : arodri7 1.11 =head3 start()
183 :    
184 :     Start of hit in query sequence.
185 :    
186 :     =cut
187 :    
188 :     sub qstart {
189 :     my ($self) = @_;
190 :    
191 :     return $self->{qstart};
192 :     }
193 :    
194 :     =head3 qstop()
195 :    
196 :     End of the hit in query sequence.
197 :    
198 :     =cut
199 :    
200 :     sub qstop {
201 :     my ($self) = @_;
202 :    
203 :     return $self->{qstop};
204 :     }
205 :    
206 :     =head3 hstart()
207 :    
208 :     Start of hit in hit sequence.
209 :    
210 :     =cut
211 :    
212 :     sub hstart {
213 :     my ($self) = @_;
214 :    
215 :     return $self->{hstart};
216 :     }
217 :    
218 :     =head3 end()
219 :    
220 :     End of the hit in hit sequence.
221 :    
222 :     =cut
223 :    
224 :     sub hstop {
225 :     my ($self) = @_;
226 :    
227 :     return $self->{hstop};
228 :     }
229 :    
230 :     =head3 qlength()
231 :    
232 :     length of the query sequence in similarities
233 :    
234 :     =cut
235 :    
236 :     sub qlength {
237 :     my ($self) = @_;
238 :    
239 :     return $self->{qlength};
240 :     }
241 :    
242 :     =head3 hlength()
243 :    
244 :     length of the hit sequence in similarities
245 :    
246 :     =cut
247 :    
248 :     sub hlength {
249 :     my ($self) = @_;
250 :    
251 :     return $self->{hlength};
252 :     }
253 :    
254 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
255 :    
256 :     E-value or P-Value if present.
257 :    
258 :     =cut
259 :    
260 :     sub evalue {
261 :     my ($self) = @_;
262 :    
263 :     return $self->{evalue};
264 :     }
265 :    
266 :     =head3 score()
267 :    
268 :     Score if present.
269 :    
270 :     =cut
271 :    
272 :     sub score {
273 :     my ($self) = @_;
274 :     return $self->{score};
275 :     }
276 :    
277 : mkubal 1.12 =head3 display()
278 : mkubal 1.1
279 : mkubal 1.12 will be different for each type
280 : mkubal 1.1
281 :     =cut
282 :    
283 : mkubal 1.7 sub display {
284 : mkubal 1.1
285 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
286 : mkubal 1.1
287 :     }
288 :    
289 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
290 : mkubal 1.7
291 : mkubal 1.24 will be different for each type
292 : mkubal 1.1
293 : mkubal 1.24 =cut
294 : mkubal 1.1
295 : mkubal 1.24 sub display_table {
296 :    
297 :     die "Abstract Table Method Called\n";
298 : mkubal 1.1
299 :     }
300 :    
301 :     =head3 get_objects()
302 :    
303 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
304 :    
305 :     =cut
306 :    
307 :     sub get_objects {
308 : mkubal 1.24 my ($self,$fid,$scope) = @_;
309 : mkubal 1.7
310 :     my $objects = [];
311 :     my @matched_datasets=();
312 : arodri7 1.28 my $fig = new FIG;
313 : mkubal 1.1
314 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
315 :     # returns an array of arrays of hashes
316 :    
317 : mkubal 1.24 if($scope){
318 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
319 : mkubal 1.7 }
320 :     else{
321 :     my %domain_classes;
322 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
323 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
324 : arodri7 1.33 get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
325 : arodri7 1.28 get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes);
326 : mkubal 1.24 get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
327 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
328 : arodri7 1.28 get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
329 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
330 : mkubal 1.1 }
331 : mkubal 1.7
332 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
333 :     my $object;
334 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
335 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
336 :     }
337 : arodri7 1.9 if($dataset->{'class'} eq "PCH"){
338 :     $object = Observation::FC->new($dataset);
339 :     }
340 :     if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
341 :     $object = Observation::Identical->new($dataset);
342 :     }
343 : mkubal 1.12 if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
344 :     $object = Observation::Location->new($dataset);
345 :     }
346 : arodri7 1.10 if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
347 :     $object = Observation::Sims->new($dataset);
348 :     }
349 : arodri7 1.15 if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
350 :     $object = Observation::Cluster->new($dataset);
351 :     }
352 : mkubal 1.20 if ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
353 :     $object = Observation::PDB->new($dataset);
354 :     }
355 :    
356 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
357 : mkubal 1.1 }
358 : mkubal 1.7
359 :     return $objects;
360 : mkubal 1.1
361 :     }
362 :    
363 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
364 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
365 :    
366 :     =cut
367 :     sub display_housekeeping {
368 :     my ($self,$fid) = @_;
369 :     my $fig = new FIG;
370 :     my $content;
371 :    
372 :     my $org_name = $fig->org_of($fid);
373 :     my $org_id = $fig->orgid_of_orgname($org_name);
374 :     my $loc = $fig->feature_location($fid);
375 :     my($contig, $beg, $end) = $fig->boundaries_of($loc);
376 :     my $strand = ($beg <= $end)? '+' : '-';
377 :     my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($fid);
378 :     my $function = $fig->function_of($fid);
379 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
380 :     my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
381 :     my @ecs = ($function =~ /\(EC\s(\d+\.[-\d+]+\.[-\d+]+\.[-\d+]+)\)/g);
382 :    
383 :     $content .= qq(<b>General Protein Data</b><br><br><br><table border="0">);
384 :     $content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
385 :     $content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name,&nbsp;&nbsp;$org_id</td></tr>\n);
386 :     $content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
387 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>FIG Organism ID</td><td>$org_id</td></tr>\n);
388 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>Gene Location</td><td>Contig $contig [$beg,$end], Strand $strand</td></tr>\n);;
389 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
390 :     if ( @ecs ) {
391 :     $content .= qq(<tr><td>EC:</td><td>);
392 :     foreach my $ec ( @ecs ) {
393 :     my $ec_name = $fig->ec_name($ec);
394 :     $content .= join(" -- ", $ec, $ec_name) . "<br>\n";
395 :     }
396 :     $content .= qq(</td></tr>\n);
397 :     }
398 :    
399 :     if ( @subsystems ) {
400 :     $content .= qq(<tr><td>Subsystems</td><td>);
401 :     foreach my $subsystem ( @subsystems ) {
402 :     $content .= join(" -- ", @$subsystem) . "<br>\n";
403 :     }
404 :     }
405 :    
406 :     my %groups;
407 :     if ( @aliases ) {
408 :     # get the db for each alias
409 :     foreach my $alias (@aliases){
410 :     $groups{$alias} = &get_database($alias);
411 :     }
412 :    
413 :     # group ids by aliases
414 :     my %db_aliases;
415 :     foreach my $key (sort {$groups{$a} cmp $groups{$b}} keys %groups){
416 :     push (@{$db_aliases{$groups{$key}}}, $key);
417 :     }
418 :    
419 :    
420 :     $content .= qq(<tr><td>Aliases</td><td><table border="0">);
421 :     foreach my $key (sort keys %db_aliases){
422 :     $content .= qq(<tr><td>$key:</td><td>) . join(", ", @{$db_aliases{$key}}) . qq(</td></tr\n);
423 :     }
424 :     $content .= qq(</td></tr></table>\n);
425 :     }
426 :    
427 :     $content .= qq(</table><p>\n);
428 :    
429 :     return ($content);
430 :     }
431 :    
432 :     =head3 get_sims_summary
433 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
434 :    
435 :     =cut
436 :    
437 :     sub get_sims_summary {
438 : arodri7 1.39 my ($observation, $fid, $taxes) = @_;
439 : arodri7 1.28 my $fig = new FIG;
440 :     my %families;
441 : arodri7 1.38 my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");
442 : arodri7 1.28
443 :     foreach my $sim (@sims){
444 :     next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);
445 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
446 : arodri7 1.39 my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
447 :     my $taxonomy = $taxes->{$genome1};
448 :     #my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1])); # use this if the taxonomies have been updated
449 : arodri7 1.28 my $parent_tax = "Root";
450 : arodri7 1.38 my @currLineage = ($parent_tax);
451 : arodri7 1.28 foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
452 :     push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
453 : arodri7 1.38 push (@currLineage, $tax);
454 : arodri7 1.28 $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
455 : arodri7 1.38 $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
456 : arodri7 1.39 if (defined ($families{evalue}{$tax})){
457 :     if ($sim->[10] < $families{evalue}{$tax}){
458 :     $families{evalue}{$tax} = $sim->[10];
459 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($sim->[10]);
460 :     }
461 :     }
462 :     else{
463 :     $families{evalue}{$tax} = $sim->[10];
464 :     $families{color}{$tax} = &get_taxcolor($sim->[10]);
465 :     }
466 :    
467 : arodri7 1.28 $parent_tax = $tax;
468 :     }
469 :     }
470 :    
471 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
472 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
473 :    
474 :     my %saw;
475 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
476 :     $families{children}{$key} = \@out;
477 :     }
478 :     return (\%families);
479 :     }
480 :    
481 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
482 :    
483 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
484 :    
485 :     B<Please do not use them outside of this package!>
486 :    
487 :     =cut
488 :    
489 : arodri7 1.39 sub get_taxcolor{
490 :     my ($evalue) = @_;
491 :     my $color;
492 :     if ($evalue <= 1e-170){ $color = "#FF2000"; }
493 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = "#FF3300"; }
494 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = "#FF6600"; }
495 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = "#FF9900"; }
496 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = "#FFCC00"; }
497 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = "#FFFF00"; }
498 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = "#CCFF00"; }
499 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = "#66FF00"; }
500 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = "#00FF00"; }
501 :     else{ $color = "#6666FF"; }
502 :     return ($color);
503 :     }
504 :    
505 :    
506 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
507 :    
508 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
509 : arodri7 1.28 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref) = (@_);
510 : mkubal 1.7
511 :     my $fig = new FIG;
512 : arodri7 1.28
513 :     foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
514 :     # foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {
515 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
516 :     my @parts = split("::",$key);
517 :     my $class = $parts[0];
518 :    
519 :     if($domain_classes->{$parts[0]}){
520 :     my $val = @$attr_ref[2];
521 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
522 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
523 : mkubal 1.8 my $from = $2;
524 :     my $to = $3;
525 : mkubal 1.7 my $evalue;
526 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
527 :     my $part2 = 1000 - $1;
528 :     my $part1 = $2/100;
529 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
530 :     }
531 :     else{
532 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
533 : mkubal 1.7 }
534 :    
535 :     my $dataset = {'class' => $class,
536 :     'acc' => $key,
537 :     'type' => "dom" ,
538 :     'evalue' => $evalue,
539 :     'start' => $from,
540 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
541 :     'fig_id' => $fid,
542 :     'score' => $raw_evalue
543 : mkubal 1.7 };
544 :    
545 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
546 :     }
547 :     }
548 :     }
549 :     }
550 : mkubal 1.12
551 :     sub get_attribute_based_location_observations{
552 :    
553 : arodri7 1.28 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
554 : mkubal 1.12 my $fig = new FIG;
555 :    
556 : mkubal 1.30 my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
557 : mkubal 1.12
558 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
559 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
560 :     'fig_id' => $fid
561 :     };
562 :    
563 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
564 :     # foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {
565 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
566 : mkubal 1.30 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/) && ($key !~/Phobius/) );
567 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
568 :     my $sub_class = $parts[0];
569 :     my $sub_key = $parts[1];
570 :     my $value = @$attr_ref[2];
571 :     if($sub_class eq "SignalP"){
572 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
573 :     my @value_parts = split(";",$value);
574 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
575 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
576 : arodri7 1.28 # print STDERR "LOC: $value_parts[1]";
577 : mkubal 1.12 }
578 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
579 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
580 :     }
581 :     }
582 : mkubal 1.30
583 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "CELLO"){
584 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
585 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
586 :     }
587 : mkubal 1.30
588 :     elsif($sub_class eq "Phobius"){
589 :     if($sub_key eq "transmembrane"){
590 :     $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
591 :     }
592 :     elsif($sub_key eq "signal"){
593 :     $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
594 :     }
595 :     }
596 :    
597 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "TMPRED"){
598 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
599 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
600 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
601 :     }
602 :     }
603 :    
604 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
605 :    
606 :     }
607 :    
608 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
609 :    
610 :     This methods sets the type and class for pdb observations
611 :    
612 :     =cut
613 :    
614 :     sub get_pdb_observations{
615 : arodri7 1.28 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
616 : mkubal 1.20
617 :     my $fig = new FIG;
618 :    
619 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
620 :     #foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,'PDB')) {
621 : mkubal 1.20
622 :     my $key = @$attr_ref[1];
623 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
624 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
625 :     my $value = @$attr_ref[2];
626 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
627 :    
628 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
629 :     my $part2 = 1000 - $1;
630 :     my $part1 = $2/100;
631 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
632 :     }
633 :    
634 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
635 :    
636 :     my $url = @$attr_ref[3];
637 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
638 :     'type' => 'seq' ,
639 :     'acc' => $key2,
640 :     'evalue' => $evalue,
641 :     'start' => $start,
642 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
643 :     'fig_id' => $fid
644 : mkubal 1.20 };
645 :    
646 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
647 :     }
648 :     }
649 :    
650 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
651 :    
652 :     This methods sets the type and class for cluster observations
653 :    
654 :     =cut
655 :    
656 :     sub get_cluster_observations{
657 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
658 : arodri7 1.15
659 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
660 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
661 :     'context' => $scope,
662 :     'fig_id' => $fid
663 : arodri7 1.16 };
664 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
665 :     }
666 :    
667 :    
668 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
669 :    
670 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
671 :    
672 :     =cut
673 :    
674 :     sub get_sims_observations{
675 :    
676 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
677 : mkubal 1.4 my $fig = new FIG;
678 : arodri7 1.38 my @sims= $fig->nsims($fid,500,10,"fig");
679 : mkubal 1.4 my ($dataset);
680 : arodri7 1.26
681 :     my %id_list;
682 : mkubal 1.3 foreach my $sim (@sims){
683 : mkubal 1.4 my $hit = $sim->[1];
684 : arodri7 1.26
685 :     next if ($hit !~ /^fig\|/);
686 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($hit);
687 :     foreach my $alias (@aliases){
688 :     $id_list{$alias} = 1;
689 :     }
690 :     }
691 :    
692 :     my %already;
693 :     my (@new_sims, @uniprot);
694 :     foreach my $sim (@sims){
695 :     my $hit = $sim->[1];
696 :     my ($id) = ($hit) =~ /\|(.*)/;
697 :     next if (defined($already{$id}));
698 :     next if (defined($id_list{$hit}));
699 :     push (@new_sims, $sim);
700 :     $already{$id} = 1;
701 :     }
702 :    
703 :     foreach my $sim (@new_sims){
704 :     my $hit = $sim->[1];
705 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
706 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
707 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
708 :     my $qto = $sim->[7];
709 :     my $hfrom = $sim->[8];
710 :     my $hto = $sim->[9];
711 :     my $qlength = $sim->[12];
712 :     my $hlength = $sim->[13];
713 :     my $db = get_database($hit);
714 :     my $func = $fig->function_of($hit);
715 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
716 :    
717 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
718 :     'acc' => $hit,
719 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
720 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
721 :     'evalue' => $evalue,
722 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
723 :     'qstop' => $qto,
724 :     'hstart' => $hfrom,
725 :     'hstop' => $hto,
726 :     'database' => $db,
727 :     'organism' => $organism,
728 :     'function' => $func,
729 :     'qlength' => $qlength,
730 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
731 :     'fig_id' => $fid
732 : arodri7 1.10 };
733 :    
734 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
735 : mkubal 1.3 }
736 :     }
737 :    
738 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
739 :     This method gets the database association from the sequence id
740 :    
741 :     =cut
742 :    
743 :     sub get_database{
744 :     my ($id) = (@_);
745 :    
746 :     my ($db);
747 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
748 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
749 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
750 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
751 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
752 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
753 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
754 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
755 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
756 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
757 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
758 :    
759 :     return ($db);
760 :    
761 :     }
762 :    
763 : mkubal 1.24
764 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
765 :    
766 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
767 :    
768 :     =cut
769 :    
770 :     sub get_identical_proteins{
771 :    
772 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
773 :     my $fig = new FIG;
774 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
775 : arodri7 1.5
776 : arodri7 1.33 # my %id_list;
777 : arodri7 1.5 my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
778 : arodri7 1.33 # my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
779 :     # foreach my $alias (@aliases){
780 :     # $id_list{$alias} = 1;
781 :     # }
782 : arodri7 1.26
783 : arodri7 1.5 foreach my $id (@maps_to) {
784 :     my ($tmp, $who);
785 : arodri7 1.33 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
786 :     # if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id)) && (! defined ($id_list{$id}))) {
787 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
788 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
789 : arodri7 1.5 }
790 :     }
791 :    
792 :     my ($dataset);
793 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
794 :     'type' => 'seq',
795 :     'fig_id' => $fid,
796 :     'rows' => $funcs_ref
797 :     };
798 :    
799 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
800 :    
801 : arodri7 1.5
802 :     }
803 :    
804 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
805 :    
806 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
807 :    
808 :     =cut
809 :    
810 :     sub get_functional_coupling{
811 :    
812 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
813 :     my $fig = new FIG;
814 :     my @funcs = ();
815 :    
816 :     # initialize some variables
817 :     my($sc,$neigh);
818 :    
819 :     # set default parameters for coupling and evidence
820 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
821 :    
822 :     # get the fc data
823 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
824 :    
825 :     # retrieve data
826 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
827 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
828 :     } @fc_data;
829 :    
830 :     my ($dataset);
831 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
832 :     'type' => 'fc',
833 :     'fig_id' => $fid,
834 :     'rows' => \@rows
835 :     };
836 :    
837 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
838 : arodri7 1.9
839 : arodri7 1.6 }
840 : arodri7 1.5
841 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
842 :    
843 :     Instantiate a new object.
844 :    
845 :     =cut
846 :    
847 :     sub new {
848 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
849 :    
850 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
851 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
852 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
853 :     score => $dataset->{'score'},
854 : arodri7 1.10 };
855 : mkubal 1.7
856 :     bless($self,$class);
857 : mkubal 1.1
858 :     return $self;
859 :     }
860 :    
861 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
862 :    
863 :     Returns the % identity of the similar sequence
864 :    
865 :     =cut
866 :    
867 :     sub identity {
868 :     my ($self) = @_;
869 :    
870 :     return $self->{identity};
871 :     }
872 :    
873 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
874 :    
875 :     =cut
876 :    
877 :     sub fig_id {
878 :     my ($self) = @_;
879 :     return $self->{fig_id};
880 :     }
881 :    
882 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
883 :    
884 :    
885 :     =cut
886 :    
887 :     sub feature_id {
888 :     my ($self) = @_;
889 :    
890 :     return $self->{feature_id};
891 :     }
892 : arodri7 1.5
893 :     =head3 id (internal)
894 :    
895 :     Returns the ID of the identical sequence
896 :    
897 :     =cut
898 :    
899 :     sub id {
900 :     my ($self) = @_;
901 :    
902 :     return $self->{id};
903 :     }
904 :    
905 :     =head3 organism (internal)
906 :    
907 :     Returns the organism of the identical sequence
908 :    
909 :     =cut
910 :    
911 :     sub organism {
912 :     my ($self) = @_;
913 :    
914 :     return $self->{organism};
915 :     }
916 :    
917 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
918 :    
919 :     Returns the function of the identical sequence
920 :    
921 :     =cut
922 :    
923 :     sub function {
924 :     my ($self) = @_;
925 :    
926 :     return $self->{function};
927 :     }
928 :    
929 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
930 :    
931 :     Returns the database of the identical sequence
932 :    
933 :     =cut
934 :    
935 :     sub database {
936 :     my ($self) = @_;
937 :    
938 :     return $self->{database};
939 :     }
940 :    
941 : mkubal 1.24 sub score {
942 :     my ($self) = @_;
943 :    
944 :     return $self->{score};
945 :     }
946 :    
947 : mkubal 1.20 ############################################################
948 :     ############################################################
949 :     package Observation::PDB;
950 :    
951 :     use base qw(Observation);
952 :    
953 :     sub new {
954 :    
955 :     my ($class,$dataset) = @_;
956 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
957 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
958 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
959 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
960 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
961 :     bless($self,$class);
962 :     return $self;
963 :     }
964 :    
965 :     =head3 display()
966 :    
967 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
968 :    
969 :     =cut
970 :    
971 :     sub display{
972 : mkubal 1.24 my ($self,$gd) = @_;
973 : mkubal 1.20
974 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
975 : mkubal 1.20 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
976 :    
977 :     my $acc = $self->acc;
978 :    
979 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
980 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
981 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
982 :     $pdb_description = "not available";
983 :     $pdb_source = "not available";
984 :     $pdb_ligand = "not available";
985 :     }
986 :     else{
987 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
988 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
989 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
990 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
991 :     }
992 : arodri7 1.6
993 : mkubal 1.20 my $lines = [];
994 :     my $line_data = [];
995 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
996 :     'short_title' => "best PDB",
997 :     'basepair_offset' => '1' };
998 :    
999 :     my $fig = new FIG;
1000 :     my $seq = $fig->get_translation($fid);
1001 :     my $fid_stop = length($seq);
1002 :    
1003 :     my $fid_element_hash = {
1004 :     "title" => $fid,
1005 :     "start" => '1',
1006 :     "end" => $fid_stop,
1007 :     "color"=> '1',
1008 :     "zlayer" => '1'
1009 :     };
1010 :    
1011 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
1012 :    
1013 :     my $links_list = [];
1014 :     my $descriptions = [];
1015 :    
1016 :     my $name;
1017 :     $name = {"title" => 'id',
1018 :     "value" => $acc};
1019 :     push(@$descriptions,$name);
1020 :    
1021 :     my $description;
1022 :     $description = {"title" => 'pdb description',
1023 :     "value" => $pdb_description};
1024 :     push(@$descriptions,$description);
1025 :    
1026 :     my $score;
1027 :     $score = {"title" => "score",
1028 :     "value" => $self->evalue};
1029 :     push(@$descriptions,$score);
1030 :    
1031 :     my $start_stop;
1032 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
1033 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
1034 :     "value" => $start_stop_value};
1035 :     push(@$descriptions,$start_stop);
1036 :    
1037 :     my $source;
1038 :     $source = {"title" => "source",
1039 :     "value" => $pdb_source};
1040 :     push(@$descriptions,$source);
1041 :    
1042 :     my $ligand;
1043 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
1044 :     "value" => $pdb_ligand};
1045 :     push(@$descriptions,$ligand);
1046 :    
1047 :     my $link;
1048 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1049 :    
1050 :     $link = {"link_title" => $acc,
1051 :     "link" => $link_url};
1052 :     push(@$links_list,$link);
1053 :    
1054 :     my $pdb_element_hash = {
1055 :     "title" => "PDB homology",
1056 :     "start" => $self->start,
1057 :     "end" => $self->stop,
1058 :     "color"=> '6',
1059 :     "zlayer" => '3',
1060 :     "links_list" => $links_list,
1061 :     "description" => $descriptions};
1062 :    
1063 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1064 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1065 :    
1066 :     return $gd;
1067 :     }
1068 :    
1069 :     1;
1070 : arodri7 1.11
1071 : arodri7 1.9 ############################################################
1072 :     ############################################################
1073 :     package Observation::Identical;
1074 :    
1075 :     use base qw(Observation);
1076 :    
1077 :     sub new {
1078 :    
1079 :     my ($class,$dataset) = @_;
1080 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1081 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1082 :    
1083 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1084 :     return $self;
1085 :     }
1086 :    
1087 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1088 : arodri7 1.6
1089 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1090 :     This code will display a table for the identical protein
1091 :    
1092 :    
1093 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1094 :     dence.
1095 : arodri7 1.6
1096 :     =cut
1097 :    
1098 :    
1099 : mkubal 1.24 sub display_table{
1100 :     my ($self) = @_;
1101 :    
1102 :     my $fig = new FIG;
1103 :     my $fid = $self->fig_id;
1104 :     my $rows = $self->rows;
1105 :     my $cgi = new CGI;
1106 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1107 :     my $count_identical = 0;
1108 : arodri7 1.9 my $content;
1109 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1110 :     my $id = $row->[0];
1111 :     my $who = $row->[1];
1112 :     my $assignment = $row->[2];
1113 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
1114 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1115 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1116 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1117 :     push(@$single_domain,$organism);
1118 :     push(@$single_domain,$assignment);
1119 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1120 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1121 : arodri7 1.6 }
1122 :    
1123 :     if ($count_identical >0){
1124 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1125 : arodri7 1.6 }
1126 :     else{
1127 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1128 : arodri7 1.6 }
1129 :     return ($content);
1130 :     }
1131 : mkubal 1.7
1132 : arodri7 1.9 1;
1133 :    
1134 :     #########################################
1135 :     #########################################
1136 :     package Observation::FC;
1137 :     1;
1138 :    
1139 :     use base qw(Observation);
1140 :    
1141 :     sub new {
1142 :    
1143 :     my ($class,$dataset) = @_;
1144 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1145 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1146 : arodri7 1.9
1147 :     bless($self,$class);
1148 :     return $self;
1149 :     }
1150 :    
1151 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1152 : arodri7 1.9
1153 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1154 :     This code will display a table for the identical protein
1155 :    
1156 :    
1157 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1158 :     dence.
1159 :    
1160 :     =cut
1161 :    
1162 : mkubal 1.24 sub display_table {
1163 : arodri7 1.9
1164 : mkubal 1.24 my ($self,$dataset) = @_;
1165 :     my $fid = $self->fig_id;
1166 :     my $rows = $self->rows;
1167 :     my $cgi = new CGI;
1168 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1169 :     my $count = 0;
1170 :     my $content;
1171 :    
1172 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1173 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1174 :     $count++;
1175 :    
1176 :     # construct the score link
1177 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1178 :     my $toid = $row->[1];
1179 : arodri7 1.9 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
1180 :     my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
1181 :    
1182 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1183 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1184 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1185 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1186 :     }
1187 :    
1188 :     if ($count >0){
1189 :     $content = $functional_data;
1190 :     }
1191 :     else
1192 :     {
1193 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1194 :     }
1195 :     return ($content);
1196 :     }
1197 :    
1198 :    
1199 :     #########################################
1200 :     #########################################
1201 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1202 :    
1203 :     use base qw(Observation);
1204 :    
1205 :     sub new {
1206 :    
1207 :     my ($class,$dataset) = @_;
1208 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1209 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1210 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1211 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1212 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1213 :    
1214 :     bless($self,$class);
1215 :     return $self;
1216 :     }
1217 :    
1218 :     sub display {
1219 :     my ($thing,$gd) = @_;
1220 :     my $lines = [];
1221 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1222 :     # 'short_title' => $thing->type,
1223 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1224 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1225 :    
1226 :     my $line_data = [];
1227 :     my $links_list = [];
1228 :     my $descriptions = [];
1229 : mkubal 1.19
1230 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1231 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1232 :    
1233 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1234 : mkubal 1.7
1235 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1236 :     if($db eq "CDD"){
1237 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1238 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1239 :     $name_title = "name";
1240 :     $name_value = "not available";
1241 :     $description_title = "description";
1242 :     $description_value = "not available";
1243 :     }
1244 :     else{
1245 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1246 :     $name_title = "name";
1247 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1248 :     $description_title = "description";
1249 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1250 :     }
1251 :     }
1252 : arodri7 1.27
1253 :     my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1254 :     'short_title' => $name_value,
1255 :     'basepair_offset' => '1' };
1256 : mkubal 1.7
1257 : mkubal 1.19 my $name;
1258 :     $name = {"title" => $name_title,
1259 :     "value" => $name_value};
1260 :     push(@$descriptions,$name);
1261 :    
1262 :     my $description;
1263 :     $description = {"title" => $description_title,
1264 :     "value" => $description_value};
1265 :     push(@$descriptions,$description);
1266 : mkubal 1.7
1267 :     my $score;
1268 :     $score = {"title" => "score",
1269 :     "value" => $thing->evalue};
1270 :     push(@$descriptions,$score);
1271 :    
1272 :     my $link_id;
1273 : mkubal 1.12 if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){
1274 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1275 :     }
1276 :    
1277 :     my $link;
1278 : mkubal 1.12 my $link_url;
1279 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1280 :     elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1281 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1282 :    
1283 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1284 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1285 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1286 :    
1287 :     my $element_hash = {
1288 :     "title" => $thing->type,
1289 :     "start" => $thing->start,
1290 :     "end" => $thing->stop,
1291 :     "color"=> $color,
1292 :     "zlayer" => '2',
1293 :     "links_list" => $links_list,
1294 :     "description" => $descriptions};
1295 :    
1296 :     push(@$line_data,$element_hash);
1297 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1298 :    
1299 :     return $gd;
1300 :    
1301 :     }
1302 : arodri7 1.28
1303 :     sub display_table {
1304 :     my ($self,$dataset) = @_;
1305 :     my $cgi = new CGI;
1306 :     my $data = [];
1307 :     my $count = 0;
1308 :     my $content;
1309 :    
1310 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1311 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1312 :     my $single_domain = [];
1313 :     $count++;
1314 :    
1315 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1316 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1317 :    
1318 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1319 :    
1320 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1321 :     if($db eq "CDD"){
1322 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1323 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1324 :     $name_title = "name";
1325 :     $name_value = "not available";
1326 :     $description_title = "description";
1327 :     $description_value = "not available";
1328 :     }
1329 :     else{
1330 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1331 :     $name_title = "name";
1332 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1333 :     $description_title = "description";
1334 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1335 :     }
1336 :     }
1337 :    
1338 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1339 :    
1340 :     push(@$single_domain,$db);
1341 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1342 :     push(@$single_domain,$name_value);
1343 :     push(@$single_domain,$location);
1344 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1345 :     push(@$single_domain,$description_value);
1346 :     push(@$data,$single_domain);
1347 :     }
1348 :    
1349 :     if ($count >0){
1350 :     $content = $data;
1351 :     }
1352 :     else
1353 :     {
1354 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1355 :     }
1356 :     }
1357 :    
1358 : mkubal 1.7
1359 : arodri7 1.10 #########################################
1360 :     #########################################
1361 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1362 :    
1363 :     use base qw(Observation);
1364 :    
1365 :     sub new {
1366 :    
1367 :     my ($class,$dataset) = @_;
1368 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1369 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1370 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1371 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1372 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1373 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1374 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1375 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1376 : mkubal 1.30 $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1377 :     $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1378 : mkubal 1.12
1379 :     bless($self,$class);
1380 :     return $self;
1381 :     }
1382 :    
1383 : mkubal 1.36 sub display_cello {
1384 :     my ($thing) = @_;
1385 :     my $html;
1386 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1387 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1388 :     if($cello_location){
1389 :     $html .= "<p>CELLO prediction: $cello_location </p>";
1390 :     $html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1391 :     }
1392 :     return ($html);
1393 :     }
1394 :    
1395 : mkubal 1.12 sub display {
1396 : mkubal 1.24 my ($thing,$gd) = @_;
1397 : mkubal 1.12
1398 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1399 : mkubal 1.12 my $fig= new FIG;
1400 :     my $length = length($fig->get_translation($fid));
1401 :    
1402 :     my $cleavage_prob;
1403 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1404 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1405 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1406 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1407 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1408 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1409 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1410 :    
1411 : mkubal 1.30 my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1412 :     my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1413 :    
1414 : mkubal 1.12 my $lines = [];
1415 :    
1416 :     #color is
1417 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1418 : mkubal 1.36
1419 :     =pod=
1420 :    
1421 : mkubal 1.12 if($cello_location){
1422 :     my $cello_descriptions = [];
1423 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1424 :    
1425 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1426 :     'short_title' => 'CELLO',
1427 :     'basepair_offset' => '1' };
1428 :    
1429 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1430 :     "value" => $cello_location};
1431 :    
1432 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1433 :    
1434 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1435 :     "value" => $cello_score};
1436 :    
1437 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1438 :    
1439 :     my $element_hash = {
1440 :     "title" => "CELLO",
1441 : mkubal 1.34 "color"=> $color,
1442 : mkubal 1.12 "start" => "1",
1443 :     "end" => $length + 1,
1444 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1445 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1446 :    
1447 :     push(@$line_data,$element_hash);
1448 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1449 : mkubal 1.12 }
1450 :    
1451 : mkubal 1.36 =cut
1452 :    
1453 : arodri7 1.28 $color = "2";
1454 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1455 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1456 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1457 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1458 :     'basepair_offset' => '1' };
1459 :    
1460 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1461 :     my $descriptions = [];
1462 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1463 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1464 :     "value" => $tmpred_score};
1465 :    
1466 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1467 :    
1468 :     my $element_hash = {
1469 :     "title" => "transmembrane location",
1470 :     "start" => $begin + 1,
1471 :     "end" => $end + 1,
1472 :     "color"=> $color,
1473 :     "zlayer" => '5',
1474 : mkubal 1.34 "type" => 'box',
1475 : mkubal 1.12 "description" => $descriptions};
1476 :    
1477 :     push(@$line_data,$element_hash);
1478 : arodri7 1.28
1479 : mkubal 1.12 }
1480 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1481 : mkubal 1.12 }
1482 :    
1483 : mkubal 1.30 if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1484 :     my $line_data =[];
1485 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1486 :     'short_title' => 'Phobius',
1487 :     'basepair_offset' => '1' };
1488 :    
1489 :     foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1490 :     my $descriptions = [];
1491 :     my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'Phobius TM Location',
1492 :     "value" => $tm_loc};
1493 :     push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1494 :    
1495 :     my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1496 :    
1497 :     my $element_hash = {
1498 :     "title" => "phobius transmembrane location",
1499 :     "start" => $begin + 1,
1500 :     "end" => $end + 1,
1501 :     "color"=> '6',
1502 :     "zlayer" => '4',
1503 :     "type" => 'bigbox',
1504 :     "description" => $descriptions};
1505 :    
1506 :     push(@$line_data,$element_hash);
1507 :    
1508 :     }
1509 :    
1510 :     if($phobius_signal_location){
1511 :     my $descriptions = [];
1512 :     my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1513 :     "value" => $phobius_signal_location};
1514 :     push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1515 :    
1516 :    
1517 :     my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1518 :     my $element_hash = {
1519 :     "title" => "phobius signal locations",
1520 :     "start" => $begin + 1,
1521 :     "end" => $end + 1,
1522 :     "color"=> '1',
1523 :     "zlayer" => '5',
1524 :     "type" => 'box',
1525 :     "description" => $descriptions};
1526 :     push(@$line_data,$element_hash);
1527 :     }
1528 :    
1529 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1530 :     }
1531 :    
1532 :    
1533 : arodri7 1.28 $color = "1";
1534 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1535 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1536 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1537 : arodri7 1.28
1538 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1539 :     'short_title' => 'SignalP',
1540 :     'basepair_offset' => '1' };
1541 :    
1542 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1543 :     "value" => $signal_peptide_score};
1544 :    
1545 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1546 :    
1547 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1548 :     "value" => $cleavage_prob};
1549 :    
1550 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1551 :    
1552 :     my $element_hash = {
1553 :     "title" => "SignalP",
1554 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1555 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1556 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1557 :     "color"=> $color,
1558 :     "zlayer" => '10',
1559 :     "description" => $descriptions};
1560 :    
1561 :     push(@$line_data,$element_hash);
1562 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1563 : mkubal 1.12 }
1564 :    
1565 :     return ($gd);
1566 :    
1567 :     }
1568 :    
1569 :     sub cleavage_loc {
1570 :     my ($self) = @_;
1571 :    
1572 :     return $self->{cleavage_loc};
1573 :     }
1574 :    
1575 :     sub cleavage_prob {
1576 :     my ($self) = @_;
1577 :    
1578 :     return $self->{cleavage_prob};
1579 :     }
1580 :    
1581 :     sub signal_peptide_score {
1582 :     my ($self) = @_;
1583 :    
1584 :     return $self->{signal_peptide_score};
1585 :     }
1586 :    
1587 :     sub tmpred_score {
1588 :     my ($self) = @_;
1589 :    
1590 :     return $self->{tmpred_score};
1591 :     }
1592 :    
1593 :     sub tmpred_locations {
1594 :     my ($self) = @_;
1595 :    
1596 :     return $self->{tmpred_locations};
1597 :     }
1598 :    
1599 :     sub cello_location {
1600 :     my ($self) = @_;
1601 :    
1602 :     return $self->{cello_location};
1603 :     }
1604 :    
1605 :     sub cello_score {
1606 :     my ($self) = @_;
1607 :    
1608 :     return $self->{cello_score};
1609 :     }
1610 :    
1611 : mkubal 1.30 sub phobius_signal_location {
1612 :     my ($self) = @_;
1613 :     return $self->{phobius_signal_location};
1614 :     }
1615 :    
1616 :     sub phobius_tm_locations {
1617 :     my ($self) = @_;
1618 :     return $self->{phobius_tm_locations};
1619 :     }
1620 :    
1621 :    
1622 : mkubal 1.12
1623 :     #########################################
1624 :     #########################################
1625 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1626 :    
1627 :     use base qw(Observation);
1628 :    
1629 :     sub new {
1630 :    
1631 :     my ($class,$dataset) = @_;
1632 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1633 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1634 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1635 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1636 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1637 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1638 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1639 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1640 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1641 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1642 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1643 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1644 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1645 : arodri7 1.10
1646 :     bless($self,$class);
1647 :     return $self;
1648 :     }
1649 :    
1650 : arodri7 1.25 =head3 display()
1651 :    
1652 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1653 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1654 :    
1655 :     =cut
1656 :    
1657 :     sub display {
1658 :     my ($self,$gd) = @_;
1659 :    
1660 :     my $fig = new FIG;
1661 :     my $peg = $self->acc;
1662 :    
1663 :     my $organism = $self->organism;
1664 : arodri7 1.28 my $genome = $fig->genome_of($peg);
1665 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1666 : arodri7 1.25 my $function = $self->function;
1667 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1668 :     my $align_start = $self->qstart;
1669 :     my $align_stop = $self->qstop;
1670 :     my $hit_start = $self->hstart;
1671 :     my $hit_stop = $self->hstop;
1672 :    
1673 : arodri7 1.28 my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1674 :    
1675 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1676 : arodri7 1.25 'short_title' => "$abbrev_name",
1677 : arodri7 1.28 'title_link' => '$tax_link',
1678 : arodri7 1.25 'basepair_offset' => '0'
1679 :     };
1680 :    
1681 :     my $line_data = [];
1682 :    
1683 :     my $element_hash;
1684 :     my $links_list = [];
1685 :     my $descriptions = [];
1686 :    
1687 :     # get subsystem information
1688 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$peg;
1689 :    
1690 :     my $link;
1691 :     $link = {"link_title" => $peg,
1692 :     "link" => $url_link};
1693 :     push(@$links_list,$link);
1694 :    
1695 :     my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1696 :     foreach my $subsystem (@subsystems){
1697 :     my $link;
1698 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1699 :     "link_title" => $subsystem};
1700 :     push(@$links_list,$link);
1701 :     }
1702 :    
1703 :     my $description_function;
1704 :     $description_function = {"title" => "function",
1705 :     "value" => $function};
1706 :     push(@$descriptions,$description_function);
1707 :    
1708 : arodri7 1.26 my ($description_ss, $ss_string);
1709 :     $ss_string = join (",", @subsystems);
1710 : arodri7 1.25 $description_ss = {"title" => "subsystems",
1711 :     "value" => $ss_string};
1712 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1713 :    
1714 :     my $description_loc;
1715 :     $description_loc = {"title" => "location start",
1716 :     "value" => $hit_start};
1717 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1718 :    
1719 :     $description_loc = {"title" => "location stop",
1720 :     "value" => $hit_stop};
1721 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1722 :    
1723 :     my $evalue = $self->evalue;
1724 :     while ($evalue =~ /-0/)
1725 :     {
1726 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1727 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1728 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1729 :     }
1730 :    
1731 : arodri7 1.26 my $color = &color($evalue);
1732 : arodri7 1.25
1733 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1734 :     "value" => $evalue};
1735 :     push(@$descriptions, $description_eval);
1736 :    
1737 :     my $identity = $self->identity;
1738 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1739 :     "value" => $identity};
1740 :     push(@$descriptions, $description_identity);
1741 :    
1742 :     $element_hash = {
1743 :     "title" => $peg,
1744 :     "start" => $align_start,
1745 :     "end" => $align_stop,
1746 :     "type"=> 'box',
1747 :     "color"=> $color,
1748 :     "zlayer" => "2",
1749 :     "links_list" => $links_list,
1750 :     "description" => $descriptions
1751 :     };
1752 :     push(@$line_data,$element_hash);
1753 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1754 :    
1755 :     return ($gd);
1756 :    
1757 :     }
1758 :    
1759 : mkubal 1.34 =head3 display_domain_composition()
1760 :    
1761 :     If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1762 :    
1763 :     =cut
1764 :    
1765 :     sub display_domain_composition {
1766 :     my ($self,$gd) = @_;
1767 :    
1768 :     my $fig = new FIG;
1769 :     my $peg = $self->acc;
1770 :    
1771 :     my $line_data = [];
1772 :     my $links_list = [];
1773 :     my $descriptions = [];
1774 :    
1775 :     my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1776 :    
1777 :     foreach $dqr (@domain_query_results){
1778 :     my $key = @$dqr[1];
1779 :     my @parts = split("::",$key);
1780 :     my $db = $parts[0];
1781 :     my $id = $parts[1];
1782 :     my $val = @$dqr[2];
1783 :     my $from;
1784 :     my $to;
1785 :     my $evalue;
1786 :    
1787 :     if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1788 :     my $raw_evalue = $1;
1789 :     $from = $2;
1790 :     $to = $3;
1791 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1792 :     my $part2 = 1000 - $1;
1793 :     my $part1 = $2/100;
1794 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
1795 :     }
1796 :     else{
1797 :     $evalue = "0.0";
1798 :     }
1799 :     }
1800 :    
1801 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1802 :     my ($name_value,$description_value);
1803 :    
1804 :     if($db eq "CDD"){
1805 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1806 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1807 :     $name_title = "name";
1808 :     $name_value = "not available";
1809 :     $description_title = "description";
1810 :     $description_value = "not available";
1811 :     }
1812 :     else{
1813 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1814 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1815 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1816 :     }
1817 :     }
1818 :    
1819 :     my $domain_name;
1820 :     $domain_name = {"title" => "name",
1821 :     "value" => $name_value};
1822 :     push(@$descriptions,$domain_name);
1823 :    
1824 :     my $description;
1825 :     $description = {"title" => "description",
1826 :     "value" => $description_value};
1827 :     push(@$descriptions,$description);
1828 :    
1829 :     my $score;
1830 :     $score = {"title" => "score",
1831 :     "value" => $evalue};
1832 :     push(@$descriptions,$score);
1833 :    
1834 :     my $link_id = $id;
1835 :     my $link;
1836 :     my $link_url;
1837 :     if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1838 :     elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1839 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1840 :    
1841 :     $link = {"link_title" => $name_value,
1842 :     "link" => $link_url};
1843 :     push(@$links_list,$link);
1844 :    
1845 :     my $domain_element_hash = {
1846 :     "title" => $peg,
1847 :     "start" => $from,
1848 :     "end" => $to,
1849 :     "type"=> 'box',
1850 :     "zlayer" => '4',
1851 :     "links_list" => $links_list,
1852 :     "description" => $descriptions
1853 :     };
1854 :    
1855 :     push(@$line_data,$domain_element_hash);
1856 :    
1857 :     #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
1858 :     last;
1859 :     }
1860 :    
1861 :     my $line_config = { 'title' => $peg,
1862 :     'short_title' => $peg,
1863 :     'basepair_offset' => '1' };
1864 :    
1865 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1866 :    
1867 :     return ($gd);
1868 :    
1869 :     }
1870 :    
1871 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1872 : arodri7 1.10
1873 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1874 :     This code will display a table for the similarities protein
1875 :    
1876 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1877 :    
1878 :     =cut
1879 :    
1880 : mkubal 1.24 sub display_table {
1881 : arodri7 1.35 my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid) = @_;
1882 : mkubal 1.24
1883 : arodri7 1.10 my $data = [];
1884 :     my $count = 0;
1885 :     my $content;
1886 : arodri7 1.11 my $fig = new FIG;
1887 : mkubal 1.24 my $cgi = new CGI;
1888 : arodri7 1.28 my @ids;
1889 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
1890 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
1891 :     push (@ids, $thing->acc);
1892 :     }
1893 :    
1894 : arodri7 1.31 my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1895 : arodri7 1.35
1896 :     # get the column for the subsystems
1897 :     %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids);
1898 :    
1899 :     # get the column for the evidence codes
1900 :     %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids);
1901 :    
1902 :     # get the column for pfam_domain
1903 :     %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids);
1904 : arodri7 1.28
1905 : arodri7 1.31 my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid);
1906 : arodri7 1.33 my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk(\@ids);
1907 : arodri7 1.31
1908 : arodri7 1.28 foreach my $thing (@$dataset) {
1909 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1910 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
1911 :     $count++;
1912 :    
1913 : arodri7 1.11 my $id = $thing->acc;
1914 :    
1915 :     my $iden = $thing->identity;
1916 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1917 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1918 :     my $b1 = $thing->qstart;
1919 :     my $e1 = $thing->qstop;
1920 :     my $b2 = $thing->hstart;
1921 :     my $e2 = $thing->hstop;
1922 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1923 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1924 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1925 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1926 :    
1927 : arodri7 1.29 # checkbox column
1928 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1929 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1930 :     my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1931 : arodri7 1.31
1932 :     # get the linked fig id
1933 :     my $fig_col;
1934 :     if (defined ($e_identical{$id})){
1935 :     $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1936 :     }
1937 :     else{
1938 :     $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1939 : arodri7 1.28 }
1940 :    
1941 : arodri7 1.29 push(@$single_domain,$box_col); # permanent column
1942 : arodri7 1.31 push(@$single_domain,$fig_col); # permanent column
1943 : arodri7 1.29 push(@$single_domain,$thing->evalue); # permanent column
1944 :     push(@$single_domain,"$iden\%"); # permanent column
1945 :     push(@$single_domain,$reg1); # permanent column
1946 :     push(@$single_domain,$reg2); # permanent column
1947 :     push(@$single_domain,$thing->organism); # permanent column
1948 :     push(@$single_domain,$thing->function); # permanent column
1949 : arodri7 1.35 foreach my $col (sort keys %$scroll_list){
1950 :     if ($col =~ /associated_subsystem/) {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}
1951 :     elsif ($col =~ /evidence/) {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}
1952 :     elsif ($col =~ /pfam_domains/) {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}
1953 :     elsif ($col =~ /ncbi_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'NCBI', $all_aliases));}
1954 :     elsif ($col =~ /refseq_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'RefSeq', $all_aliases));}
1955 :     elsif ($col =~ /swissprot_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'SwissProt', $all_aliases));}
1956 :     elsif ($col =~ /uniprot_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'UniProt', $all_aliases));}
1957 :     elsif ($col =~ /tigr_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'TIGR', $all_aliases));}
1958 :     elsif ($col =~ /pir_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'PIR', $all_aliases));}
1959 :     elsif ($col =~ /kegg_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'KEGG', $all_aliases));}
1960 :     elsif ($col =~ /trembl_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'TrEMBL', $all_aliases));}
1961 :     elsif ($col =~ /asap_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'ASAP', $all_aliases));}
1962 :     elsif ($col =~ /jgi_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'JGI', $all_aliases));}
1963 : arodri7 1.32 }
1964 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
1965 :     }
1966 :    
1967 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
1968 :     $content = $data;
1969 : arodri7 1.10 }
1970 : arodri7 1.26 else{
1971 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1972 :     }
1973 :     return ($content);
1974 :     }
1975 : arodri7 1.11
1976 : arodri7 1.29 sub get_box_column{
1977 :     my ($ids) = @_;
1978 :     my %column;
1979 :     foreach my $id (@$ids){
1980 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1981 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1982 :     $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1983 :     }
1984 :     return (%column);
1985 :     }
1986 :    
1987 :     sub get_subsystems_column{
1988 :     my ($ids) = @_;
1989 :    
1990 :     my $fig = new FIG;
1991 :     my $cgi = new CGI;
1992 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
1993 :     my %column;
1994 :     foreach my $id (@$ids){
1995 : arodri7 1.32 my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
1996 :     my @subsystems;
1997 :    
1998 : arodri7 1.29 if (@in_sub > 0) {
1999 : arodri7 1.32 my $count = 1;
2000 :     foreach my $array(@in_sub){
2001 :     push (@subsystems, $count . ". " . $$array[0]);
2002 :     $count++;
2003 :     }
2004 :     my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
2005 :     $column{$id} = $in_sub_line;
2006 : arodri7 1.29 } else {
2007 :     $column{$id} = "&nbsp;";
2008 :     }
2009 :     }
2010 :     return (%column);
2011 :     }
2012 :    
2013 : arodri7 1.31 sub get_essentially_identical{
2014 :     my ($fid) = @_;
2015 :     my $fig = new FIG;
2016 :    
2017 :     my %id_list;
2018 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
2019 :    
2020 :     foreach my $id (@maps_to) {
2021 :     if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
2022 :     $id_list{$id} = 1;
2023 :     }
2024 :     }
2025 :     return(%id_list);
2026 :     }
2027 :    
2028 :    
2029 : arodri7 1.29 sub get_evidence_column{
2030 :     my ($ids) = @_;
2031 :     my $fig = new FIG;
2032 :     my $cgi = new CGI;
2033 :     my (%column, %code_attributes);
2034 :    
2035 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($ids);
2036 :     foreach my $key (@codes){
2037 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
2038 :     }
2039 :    
2040 :     foreach my $id (@$ids){
2041 :     # add evidence code with tool tip
2042 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
2043 :     my @ev_codes = "";
2044 :    
2045 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2046 :     my @codes;
2047 :     @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2048 :     @ev_codes = ();
2049 :     foreach my $code (@codes) {
2050 :     my $pretty_code = $code->[2];
2051 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
2052 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2053 :     $ss =~ s/_/ /g;
2054 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2055 :     }
2056 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
2057 :     }
2058 :     }
2059 :    
2060 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2061 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2062 :     $ev_codes = $cgi->a(
2063 :     {
2064 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2065 :     }
2066 :     $column{$id}=$ev_codes;
2067 :     }
2068 :     return (%column);
2069 :     }
2070 :    
2071 : arodri7 1.33 sub get_pfam_column{
2072 :     my ($ids) = @_;
2073 :     my $fig = new FIG;
2074 :     my $cgi = new CGI;
2075 :     my (%column, %code_attributes);
2076 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
2077 :    
2078 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } $fig->get_attributes($ids);
2079 :     foreach my $key (@codes){
2080 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $$key[1]);
2081 :     }
2082 :    
2083 :     foreach my $id (@$ids){
2084 :     # add evidence code with tool tip
2085 :     my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2086 :     my @pfam_codes = "";
2087 :     my %description_codes;
2088 :    
2089 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2090 :     my @codes;
2091 :     @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2092 :     @pfam_codes = ();
2093 :     foreach my $code (@codes) {
2094 :     my @parts = split("::",$code);
2095 :     my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2096 :     if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2097 :     push(@pfam_codes, "$description_codes{$parts[1]} ($parts[1])");
2098 :     }
2099 :     else {
2100 :     my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2101 :     $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};
2102 :     push(@pfam_codes, "${$$description[0]}{term} ($pfam_link)");
2103 :     }
2104 :     }
2105 :     }
2106 :    
2107 :     $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);
2108 :     }
2109 :     return (%column);
2110 :    
2111 :     }
2112 : mkubal 1.12
2113 : arodri7 1.28 sub get_prefer {
2114 : arodri7 1.33 my ($fid, $db, $all_aliases) = @_;
2115 : arodri7 1.28 my $fig = new FIG;
2116 : arodri7 1.31 my $cgi = new CGI;
2117 :    
2118 : arodri7 1.33 foreach my $alias (@{$$all_aliases{$fid}}){
2119 : arodri7 1.28 my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2120 :     if ($id_db eq $db){
2121 : arodri7 1.31 my $acc_col .= &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2122 :     return ($acc_col);
2123 : arodri7 1.28 }
2124 :     }
2125 : arodri7 1.31 return (" ");
2126 : arodri7 1.28 }
2127 :    
2128 : arodri7 1.33 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2129 :    
2130 : arodri7 1.26 sub color {
2131 : arodri7 1.39 my ($evalue) = @_;
2132 : arodri7 1.26 my $color;
2133 : arodri7 1.39 if ($evalue <= 1e-170){ $color = 51; }
2134 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){ $color = 52; }
2135 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){ $color = 53; }
2136 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){ $color = 54; }
2137 :     elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){ $color = 55; }
2138 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){ $color = 56; }
2139 :     elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){ $color = 57; }
2140 :     elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){ $color = 58; }
2141 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){ $color = 59; }
2142 :     else{ $color = 60; }
2143 : arodri7 1.26 return ($color);
2144 :     }
2145 : arodri7 1.13
2146 :    
2147 :     ############################
2148 :     package Observation::Cluster;
2149 :    
2150 :     use base qw(Observation);
2151 :    
2152 :     sub new {
2153 :    
2154 :     my ($class,$dataset) = @_;
2155 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2156 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
2157 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
2158 :     return $self;
2159 :     }
2160 :    
2161 :     sub display {
2162 : arodri7 1.39 my ($self,$gd,$selected_taxonomies,$taxes) = @_;
2163 : mkubal 1.24
2164 :     my $fid = $self->fig_id;
2165 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
2166 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
2167 : arodri7 1.13 my $fig = new FIG;
2168 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
2169 : arodri7 1.38 my $gene_associations={};
2170 : arodri7 1.13
2171 :     #get the organism genome
2172 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2173 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2174 :     $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2175 :     $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2176 : arodri7 1.13
2177 :     # get location of the gene
2178 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
2179 :     my ($contig, $beg, $end);
2180 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
2181 : arodri7 1.13
2182 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2183 :     $contig = $1;
2184 :     $beg = $2;
2185 :     $end = $3;
2186 :     }
2187 :    
2188 : arodri7 1.22 my $offset;
2189 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
2190 :     if ($beg < $end)
2191 :     {
2192 :     $region_start = $beg - 4000;
2193 :     $region_end = $end+4000;
2194 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2195 : arodri7 1.13 }
2196 :     else
2197 :     {
2198 : arodri7 1.21 $region_start = $end-4000;
2199 :     $region_end = $beg+4000;
2200 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2201 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2202 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2203 : arodri7 1.21 }
2204 : arodri7 1.13
2205 :     # call genes in region
2206 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2207 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
2208 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
2209 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2210 : mkubal 1.14
2211 :     my %all_genes;
2212 :     my %all_genomes;
2213 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;}
2214 : arodri7 1.16
2215 : mkubal 1.24 if ($compare_or_coupling eq "diverse")
2216 : arodri7 1.25 {
2217 : arodri7 1.21 my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);
2218 :    
2219 :     my $coup_count = 0;
2220 :    
2221 :     foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
2222 :     # last if ($coup_count > 10);
2223 :     my ($peg1,$peg2) = @$pair;
2224 : arodri7 1.22
2225 :     my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
2226 :     $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
2227 : arodri7 1.21
2228 :     my $location = $fig->feature_location($peg1);
2229 :     if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2230 :     $pair_contig = $1;
2231 :     $pair_beg = $2;
2232 :     $pair_end = $3;
2233 :     if ($pair_beg < $pair_end)
2234 :     {
2235 :     $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
2236 :     $pair_region_stop = $pair_end+4000;
2237 : arodri7 1.38 $offset = ($pair_beg+(($pair_end-$pair_beg)/2))-($gd_window_size/2);
2238 : arodri7 1.21 }
2239 :     else
2240 :     {
2241 :     $pair_region_start = $pair_end-4000;
2242 :     $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
2243 : arodri7 1.38 $offset = ($pair_end+(($pair_beg-$pair_end)/2))-($gd_window_size/2);
2244 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
2245 : arodri7 1.21 }
2246 :    
2247 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2248 : arodri7 1.21
2249 :     $all_genomes{$pair_genome} = 1;
2250 :     my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
2251 :     push(@$all_regions,$pair_features);
2252 : arodri7 1.25 foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
2253 : arodri7 1.21 }
2254 :     $coup_count++;
2255 :     }
2256 :     }
2257 : arodri7 1.37 elsif ($compare_or_coupling eq "sims"){
2258 :     # get the selected boxes
2259 : arodri7 1.38 #my @selected_taxonomy = ("Streptococcaceae", "Enterobacteriales");
2260 :     my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2261 : arodri7 1.37
2262 :     # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2263 :     my @selected_sims;
2264 : arodri7 1.38 my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");
2265 : arodri7 1.37
2266 : arodri7 1.38 if (@selected_taxonomy > 0){
2267 :     foreach my $sim (@sims){
2268 :     next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);
2269 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2270 : arodri7 1.39 my ($genome1) = ($genome) =~ /(.*)\./;
2271 :     my $lineage = $taxes->{$genome1};
2272 :     #my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
2273 : arodri7 1.38 foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2274 :     if ($lineage =~ /$taxon/){
2275 :     push (@selected_sims, $sim->[1]);
2276 :     }
2277 : arodri7 1.37 }
2278 : arodri7 1.38 my %saw;
2279 :     @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2280 : arodri7 1.37 }
2281 :     }
2282 : arodri7 1.16
2283 : arodri7 1.37 # get the gene context for the sorted matches
2284 :     foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2285 :     #get the organism genome
2286 :     my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2287 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2288 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2289 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2290 : arodri7 1.37
2291 :     # get location of the gene
2292 :     my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2293 :     my ($contig, $beg, $end);
2294 :    
2295 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2296 :     $contig = $1;
2297 :     $beg = $2;
2298 :     $end = $3;
2299 :     }
2300 :    
2301 :     my $offset;
2302 :     my ($region_start, $region_end);
2303 :     if ($beg < $end)
2304 :     {
2305 :     $region_start = $beg - 4000;
2306 :     $region_end = $end+4000;
2307 : arodri7 1.38 $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
2308 : arodri7 1.37 }
2309 :     else
2310 :     {
2311 :     $region_start = $end-4000;
2312 :     $region_end = $beg+4000;
2313 : arodri7 1.38 $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2314 :     $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2315 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2316 : arodri7 1.37 }
2317 :    
2318 :     # call genes in region
2319 :     my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2320 :     push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2321 :     push (@start_array_region, $offset);
2322 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2323 :     $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2324 : arodri7 1.16 }
2325 : mkubal 1.14
2326 :     }
2327 : arodri7 1.21
2328 : arodri7 1.38 # cluster the genes
2329 :     my @all_pegs = keys %all_genes;
2330 :     my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2331 : arodri7 1.21
2332 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
2333 :     my $sample_peg = @$region[0];
2334 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2335 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2336 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2337 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2338 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
2339 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
2340 :     };
2341 :    
2342 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
2343 : arodri7 1.16
2344 : arodri7 1.25 my $second_line_config = { 'title' => "$region_gs",
2345 :     'short_title' => "",
2346 : arodri7 1.38 'basepair_offset' => '0',
2347 :     'no_middle_line' => '1'
2348 : arodri7 1.25 };
2349 :    
2350 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
2351 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
2352 :    
2353 :     # initialize variables to check for overlap in genes
2354 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2355 :     my $major_line_flag = 0;
2356 :     my $prev_second_flag = 0;
2357 :    
2358 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
2359 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
2360 : mkubal 1.14 my $element_hash;
2361 :     my $links_list = [];
2362 :     my $descriptions = [];
2363 : arodri7 1.38
2364 :     my $color = $color_sets->{$fid1};
2365 : arodri7 1.26
2366 : arodri7 1.18 # get subsystem information
2367 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
2368 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;
2369 :    
2370 :     my $link;
2371 :     $link = {"link_title" => $fid1,
2372 :     "link" => $url_link};
2373 :     push(@$links_list,$link);
2374 :    
2375 :     my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);
2376 :     foreach my $subsystem (@subsystems){
2377 :     my $link;
2378 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
2379 :     "link_title" => $subsystem};
2380 :     push(@$links_list,$link);
2381 :     }
2382 :    
2383 :     my $description_function;
2384 :     $description_function = {"title" => "function",
2385 :     "value" => $function};
2386 :     push(@$descriptions,$description_function);
2387 :    
2388 :     my $description_ss;
2389 :     my $ss_string = join (",", @subsystems);
2390 :     $description_ss = {"title" => "subsystems",
2391 :     "value" => $ss_string};
2392 :     push(@$descriptions,$description_ss);
2393 :    
2394 : arodri7 1.16
2395 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2396 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2397 :     my($start,$stop);
2398 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
2399 :     $stop = $3 - $offsetting;
2400 : arodri7 1.25
2401 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2402 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2403 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2404 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2405 :     $second_line_flag = 1;
2406 :     $major_line_flag = 1;
2407 :     }
2408 :     }
2409 :     $prev_start = $start;
2410 :     $prev_stop = $stop;
2411 :     $prev_fig = $fid1;
2412 :    
2413 :     if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2414 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
2415 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
2416 :     }
2417 :    
2418 : mkubal 1.14 $element_hash = {
2419 : arodri7 1.16 "title" => $fid1,
2420 : mkubal 1.14 "start" => $start,
2421 :     "end" => $stop,
2422 :     "type"=> 'arrow',
2423 :     "color"=> $color,
2424 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
2425 :     "links_list" => $links_list,
2426 :     "description" => $descriptions
2427 : mkubal 1.14 };
2428 : arodri7 1.25
2429 :     # if there is an overlap, put into second line
2430 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2431 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2432 : mkubal 1.14 }
2433 :     }
2434 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
2435 : arodri7 1.25 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config) if ($major_line_flag == 1);
2436 : mkubal 1.14 }
2437 :     return $gd;
2438 :     }
2439 :    
2440 : arodri7 1.38 sub cluster_genes {
2441 :     my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
2442 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
2443 :    
2444 :     my @color_sets = ();
2445 :    
2446 :     $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
2447 :    
2448 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2449 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
2450 :     if (! $seen{$i}) {
2451 :     $cluster = [$i];
2452 :     $seen{$i} = 1;
2453 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
2454 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
2455 :     foreach $k (@$x) {
2456 :     if (! $seen{$k}) {
2457 :     push(@$cluster,$k);
2458 :     $seen{$k} = 1;
2459 :     }
2460 :     }
2461 :     }
2462 :    
2463 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
2464 :     push(@color_sets,$cluster);
2465 :     }
2466 :     }
2467 :     }
2468 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
2469 :     $red_set = $color_sets[$i];
2470 :     splice(@color_sets,$i,1);
2471 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
2472 :     unshift(@color_sets,$red_set);
2473 :    
2474 :     my $color_sets = {};
2475 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
2476 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
2477 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
2478 :     }
2479 :     }
2480 :     return $color_sets;
2481 :     }
2482 :    
2483 :     sub get_connections_by_similarity {
2484 :     my($fig,$all_pegs) = @_;
2485 :     my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2486 :     my($sim,%conn,$x,$y);
2487 :    
2488 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2489 :     $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
2490 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
2491 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2492 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2493 :     }
2494 :     }
2495 :    
2496 :     foreach $y (keys(%pos_of)) {
2497 :     $x = $pos_of{$y};
2498 :     for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2499 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2500 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2501 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2502 :     }
2503 :     }
2504 :     }
2505 :    
2506 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2507 :     foreach $sim ($fig->nsims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
2508 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2509 :     foreach $y (@$x) {
2510 :     push(@{$conn{$i}},$y);
2511 :     }
2512 :     }
2513 :     }
2514 :     }
2515 :     return \%conn;
2516 :     }
2517 :    
2518 :     sub in {
2519 :     my($x,$xL) = @_;
2520 :     my($i);
2521 :    
2522 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
2523 :     return ($i < @$xL);
2524 :     }

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3