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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.38 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : mkubal 1.19 use lib '/vol/ontologies';
4 :     use DBMaster;
5 : mkubal 1.34 use Data::Dumper;
6 : mkubal 1.19
7 : mkubal 1.1 require Exporter;
8 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
9 :    
10 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
11 : mkubal 1.30 #use strict;
12 : arodri7 1.16 #use warnings;
13 : arodri7 1.9 use HTML;
14 : mkubal 1.1
15 :     1;
16 :    
17 : arodri7 1.38 # $Id: Observation.pm,v 1.37 2007/09/04 18:34:13 arodri7 Exp $
18 : mkubal 1.1
19 :     =head1 NAME
20 :    
21 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
22 :    
23 :     =head1 DESCRIPTION
24 :    
25 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
26 :     single interface to this data.
27 :    
28 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
29 :    
30 :     =cut
31 :    
32 :     =head1 BACKGROUND
33 :    
34 :     =head2 Data incorporated in the Observations
35 :    
36 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
37 :    
38 :     =head3 SEED core evidence
39 :    
40 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
41 :    
42 :     =head3 Attribute based Evidence
43 :    
44 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
45 :    
46 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
47 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
48 :    
49 :     =head1 METHODS
50 :    
51 :     The public methods this package provides are listed below:
52 :    
53 :    
54 : mkubal 1.24 =head3 context()
55 :    
56 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
57 : mkubal 1.1
58 :     =cut
59 :    
60 : mkubal 1.24 sub context {
61 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
62 :    
63 : mkubal 1.24 return $self->{context};
64 : mkubal 1.1 }
65 :    
66 : mkubal 1.24 =head3 rows()
67 : mkubal 1.1
68 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
69 : mkubal 1.1
70 : mkubal 1.24 =cut
71 :    
72 :     sub rows {
73 :     my ($self) = @_;
74 :    
75 :     return $self->{rows};
76 :     }
77 :    
78 :     =head3 acc()
79 :    
80 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
81 : mkubal 1.1
82 :     =cut
83 :    
84 : mkubal 1.24 sub acc {
85 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
86 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
87 : mkubal 1.1 }
88 :    
89 :     =head3 class()
90 :    
91 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
92 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
93 : mkubal 1.7
94 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
95 :    
96 :     =over 9
97 :    
98 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
99 :    
100 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
101 : mkubal 1.1
102 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
103 : mkubal 1.1
104 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
105 : mkubal 1.1
106 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
107 : mkubal 1.1
108 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
109 : mkubal 1.1
110 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
111 : mkubal 1.1
112 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
113 : mkubal 1.1
114 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
115 : mkubal 1.1
116 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
117 :    
118 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
119 : mkubal 1.1
120 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
121 : mkubal 1.1
122 :     =back
123 :    
124 :     =cut
125 :    
126 :     sub class {
127 :     my ($self) = @_;
128 :    
129 :     return $self->{class};
130 :     }
131 :    
132 :     =head3 type()
133 :    
134 :     The type of evidence (required).
135 :    
136 :     Where type is one of the following:
137 :    
138 :     =over 8
139 :    
140 :     =item seq=Sequence similarity
141 :    
142 :     =item dom=domain based match
143 :    
144 :     =item loc=Localization of the feature
145 :    
146 :     =item fc=Functional coupling.
147 :    
148 :     =back
149 :    
150 :     =cut
151 :    
152 :     sub type {
153 :     my ($self) = @_;
154 :    
155 : arodri7 1.26 return $self->{type};
156 : mkubal 1.1 }
157 :    
158 :     =head3 start()
159 :    
160 :     Start of hit in query sequence.
161 :    
162 :     =cut
163 :    
164 :     sub start {
165 :     my ($self) = @_;
166 :    
167 :     return $self->{start};
168 :     }
169 :    
170 :     =head3 end()
171 :    
172 :     End of the hit in query sequence.
173 :    
174 :     =cut
175 :    
176 :     sub stop {
177 :     my ($self) = @_;
178 :    
179 :     return $self->{stop};
180 :     }
181 :    
182 : arodri7 1.11 =head3 start()
183 :    
184 :     Start of hit in query sequence.
185 :    
186 :     =cut
187 :    
188 :     sub qstart {
189 :     my ($self) = @_;
190 :    
191 :     return $self->{qstart};
192 :     }
193 :    
194 :     =head3 qstop()
195 :    
196 :     End of the hit in query sequence.
197 :    
198 :     =cut
199 :    
200 :     sub qstop {
201 :     my ($self) = @_;
202 :    
203 :     return $self->{qstop};
204 :     }
205 :    
206 :     =head3 hstart()
207 :    
208 :     Start of hit in hit sequence.
209 :    
210 :     =cut
211 :    
212 :     sub hstart {
213 :     my ($self) = @_;
214 :    
215 :     return $self->{hstart};
216 :     }
217 :    
218 :     =head3 end()
219 :    
220 :     End of the hit in hit sequence.
221 :    
222 :     =cut
223 :    
224 :     sub hstop {
225 :     my ($self) = @_;
226 :    
227 :     return $self->{hstop};
228 :     }
229 :    
230 :     =head3 qlength()
231 :    
232 :     length of the query sequence in similarities
233 :    
234 :     =cut
235 :    
236 :     sub qlength {
237 :     my ($self) = @_;
238 :    
239 :     return $self->{qlength};
240 :     }
241 :    
242 :     =head3 hlength()
243 :    
244 :     length of the hit sequence in similarities
245 :    
246 :     =cut
247 :    
248 :     sub hlength {
249 :     my ($self) = @_;
250 :    
251 :     return $self->{hlength};
252 :     }
253 :    
254 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
255 :    
256 :     E-value or P-Value if present.
257 :    
258 :     =cut
259 :    
260 :     sub evalue {
261 :     my ($self) = @_;
262 :    
263 :     return $self->{evalue};
264 :     }
265 :    
266 :     =head3 score()
267 :    
268 :     Score if present.
269 :    
270 :     =cut
271 :    
272 :     sub score {
273 :     my ($self) = @_;
274 :     return $self->{score};
275 :     }
276 :    
277 : mkubal 1.12 =head3 display()
278 : mkubal 1.1
279 : mkubal 1.12 will be different for each type
280 : mkubal 1.1
281 :     =cut
282 :    
283 : mkubal 1.7 sub display {
284 : mkubal 1.1
285 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
286 : mkubal 1.1
287 :     }
288 :    
289 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
290 : mkubal 1.7
291 : mkubal 1.24 will be different for each type
292 : mkubal 1.1
293 : mkubal 1.24 =cut
294 : mkubal 1.1
295 : mkubal 1.24 sub display_table {
296 :    
297 :     die "Abstract Table Method Called\n";
298 : mkubal 1.1
299 :     }
300 :    
301 :     =head3 get_objects()
302 :    
303 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
304 :    
305 :     =cut
306 :    
307 :     sub get_objects {
308 : mkubal 1.24 my ($self,$fid,$scope) = @_;
309 : mkubal 1.7
310 :     my $objects = [];
311 :     my @matched_datasets=();
312 : arodri7 1.28 my $fig = new FIG;
313 : mkubal 1.1
314 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
315 :     # returns an array of arrays of hashes
316 :    
317 : mkubal 1.24 if($scope){
318 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
319 : mkubal 1.7 }
320 :     else{
321 :     my %domain_classes;
322 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
323 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
324 : arodri7 1.33 get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
325 : arodri7 1.28 get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes);
326 : mkubal 1.24 get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
327 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
328 : arodri7 1.28 get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
329 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
330 : mkubal 1.1 }
331 : mkubal 1.7
332 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
333 :     my $object;
334 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
335 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
336 :     }
337 : arodri7 1.9 if($dataset->{'class'} eq "PCH"){
338 :     $object = Observation::FC->new($dataset);
339 :     }
340 :     if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
341 :     $object = Observation::Identical->new($dataset);
342 :     }
343 : mkubal 1.12 if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
344 :     $object = Observation::Location->new($dataset);
345 :     }
346 : arodri7 1.10 if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
347 :     $object = Observation::Sims->new($dataset);
348 :     }
349 : arodri7 1.15 if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
350 :     $object = Observation::Cluster->new($dataset);
351 :     }
352 : mkubal 1.20 if ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
353 :     $object = Observation::PDB->new($dataset);
354 :     }
355 :    
356 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
357 : mkubal 1.1 }
358 : mkubal 1.7
359 :     return $objects;
360 : mkubal 1.1
361 :     }
362 :    
363 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
364 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
365 :    
366 :     =cut
367 :     sub display_housekeeping {
368 :     my ($self,$fid) = @_;
369 :     my $fig = new FIG;
370 :     my $content;
371 :    
372 :     my $org_name = $fig->org_of($fid);
373 :     my $org_id = $fig->orgid_of_orgname($org_name);
374 :     my $loc = $fig->feature_location($fid);
375 :     my($contig, $beg, $end) = $fig->boundaries_of($loc);
376 :     my $strand = ($beg <= $end)? '+' : '-';
377 :     my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($fid);
378 :     my $function = $fig->function_of($fid);
379 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
380 :     my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
381 :     my @ecs = ($function =~ /\(EC\s(\d+\.[-\d+]+\.[-\d+]+\.[-\d+]+)\)/g);
382 :    
383 :     $content .= qq(<b>General Protein Data</b><br><br><br><table border="0">);
384 :     $content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
385 :     $content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name,&nbsp;&nbsp;$org_id</td></tr>\n);
386 :     $content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
387 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>FIG Organism ID</td><td>$org_id</td></tr>\n);
388 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>Gene Location</td><td>Contig $contig [$beg,$end], Strand $strand</td></tr>\n);;
389 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
390 :     if ( @ecs ) {
391 :     $content .= qq(<tr><td>EC:</td><td>);
392 :     foreach my $ec ( @ecs ) {
393 :     my $ec_name = $fig->ec_name($ec);
394 :     $content .= join(" -- ", $ec, $ec_name) . "<br>\n";
395 :     }
396 :     $content .= qq(</td></tr>\n);
397 :     }
398 :    
399 :     if ( @subsystems ) {
400 :     $content .= qq(<tr><td>Subsystems</td><td>);
401 :     foreach my $subsystem ( @subsystems ) {
402 :     $content .= join(" -- ", @$subsystem) . "<br>\n";
403 :     }
404 :     }
405 :    
406 :     my %groups;
407 :     if ( @aliases ) {
408 :     # get the db for each alias
409 :     foreach my $alias (@aliases){
410 :     $groups{$alias} = &get_database($alias);
411 :     }
412 :    
413 :     # group ids by aliases
414 :     my %db_aliases;
415 :     foreach my $key (sort {$groups{$a} cmp $groups{$b}} keys %groups){
416 :     push (@{$db_aliases{$groups{$key}}}, $key);
417 :     }
418 :    
419 :    
420 :     $content .= qq(<tr><td>Aliases</td><td><table border="0">);
421 :     foreach my $key (sort keys %db_aliases){
422 :     $content .= qq(<tr><td>$key:</td><td>) . join(", ", @{$db_aliases{$key}}) . qq(</td></tr\n);
423 :     }
424 :     $content .= qq(</td></tr></table>\n);
425 :     }
426 :    
427 :     $content .= qq(</table><p>\n);
428 :    
429 :     return ($content);
430 :     }
431 :    
432 :     =head3 get_sims_summary
433 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
434 :    
435 :     =cut
436 :    
437 :     sub get_sims_summary {
438 :     my ($observation, $fid) = @_;
439 :     my $fig = new FIG;
440 :     my %families;
441 : arodri7 1.38 my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");
442 : arodri7 1.28
443 :     foreach my $sim (@sims){
444 :     next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);
445 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
446 :     my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
447 :     my $parent_tax = "Root";
448 : arodri7 1.38 my @currLineage = ($parent_tax);
449 : arodri7 1.28 foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
450 :     push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
451 : arodri7 1.38 push (@currLineage, $tax);
452 : arodri7 1.28 $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
453 : arodri7 1.38 $families{lineage}{$tax} = join(";", @currLineage);
454 : arodri7 1.28 $parent_tax = $tax;
455 :     }
456 :     }
457 :    
458 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
459 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
460 :    
461 :     my %saw;
462 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
463 :     $families{children}{$key} = \@out;
464 :     }
465 :     return (\%families);
466 :     }
467 :    
468 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
469 :    
470 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
471 :    
472 :     B<Please do not use them outside of this package!>
473 :    
474 :     =cut
475 :    
476 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
477 :    
478 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
479 : arodri7 1.28 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref) = (@_);
480 : mkubal 1.7
481 :     my $fig = new FIG;
482 : arodri7 1.28
483 :     foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
484 :     # foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {
485 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
486 :     my @parts = split("::",$key);
487 :     my $class = $parts[0];
488 :    
489 :     if($domain_classes->{$parts[0]}){
490 :     my $val = @$attr_ref[2];
491 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
492 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
493 : mkubal 1.8 my $from = $2;
494 :     my $to = $3;
495 : mkubal 1.7 my $evalue;
496 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
497 :     my $part2 = 1000 - $1;
498 :     my $part1 = $2/100;
499 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
500 :     }
501 :     else{
502 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
503 : mkubal 1.7 }
504 :    
505 :     my $dataset = {'class' => $class,
506 :     'acc' => $key,
507 :     'type' => "dom" ,
508 :     'evalue' => $evalue,
509 :     'start' => $from,
510 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
511 :     'fig_id' => $fid,
512 :     'score' => $raw_evalue
513 : mkubal 1.7 };
514 :    
515 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
516 :     }
517 :     }
518 :     }
519 :     }
520 : mkubal 1.12
521 :     sub get_attribute_based_location_observations{
522 :    
523 : arodri7 1.28 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
524 : mkubal 1.12 my $fig = new FIG;
525 :    
526 : mkubal 1.30 my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
527 : mkubal 1.12
528 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
529 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
530 :     'fig_id' => $fid
531 :     };
532 :    
533 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
534 :     # foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {
535 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
536 : mkubal 1.30 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/) && ($key !~/Phobius/) );
537 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
538 :     my $sub_class = $parts[0];
539 :     my $sub_key = $parts[1];
540 :     my $value = @$attr_ref[2];
541 :     if($sub_class eq "SignalP"){
542 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
543 :     my @value_parts = split(";",$value);
544 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
545 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
546 : arodri7 1.28 # print STDERR "LOC: $value_parts[1]";
547 : mkubal 1.12 }
548 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
549 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
550 :     }
551 :     }
552 : mkubal 1.30
553 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "CELLO"){
554 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
555 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
556 :     }
557 : mkubal 1.30
558 :     elsif($sub_class eq "Phobius"){
559 :     if($sub_key eq "transmembrane"){
560 :     $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
561 :     }
562 :     elsif($sub_key eq "signal"){
563 :     $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
564 :     }
565 :     }
566 :    
567 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "TMPRED"){
568 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
569 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
570 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
571 :     }
572 :     }
573 :    
574 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
575 :    
576 :     }
577 :    
578 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
579 :    
580 :     This methods sets the type and class for pdb observations
581 :    
582 :     =cut
583 :    
584 :     sub get_pdb_observations{
585 : arodri7 1.28 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
586 : mkubal 1.20
587 :     my $fig = new FIG;
588 :    
589 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
590 :     #foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,'PDB')) {
591 : mkubal 1.20
592 :     my $key = @$attr_ref[1];
593 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
594 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
595 :     my $value = @$attr_ref[2];
596 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
597 :    
598 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
599 :     my $part2 = 1000 - $1;
600 :     my $part1 = $2/100;
601 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
602 :     }
603 :    
604 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
605 :    
606 :     my $url = @$attr_ref[3];
607 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
608 :     'type' => 'seq' ,
609 :     'acc' => $key2,
610 :     'evalue' => $evalue,
611 :     'start' => $start,
612 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
613 :     'fig_id' => $fid
614 : mkubal 1.20 };
615 :    
616 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
617 :     }
618 :     }
619 :    
620 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
621 :    
622 :     This methods sets the type and class for cluster observations
623 :    
624 :     =cut
625 :    
626 :     sub get_cluster_observations{
627 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
628 : arodri7 1.15
629 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
630 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
631 :     'context' => $scope,
632 :     'fig_id' => $fid
633 : arodri7 1.16 };
634 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
635 :     }
636 :    
637 :    
638 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
639 :    
640 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
641 :    
642 :     =cut
643 :    
644 :     sub get_sims_observations{
645 :    
646 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
647 : mkubal 1.4 my $fig = new FIG;
648 : arodri7 1.38 my @sims= $fig->nsims($fid,500,10,"fig");
649 : mkubal 1.4 my ($dataset);
650 : arodri7 1.26
651 :     my %id_list;
652 : mkubal 1.3 foreach my $sim (@sims){
653 : mkubal 1.4 my $hit = $sim->[1];
654 : arodri7 1.26
655 :     next if ($hit !~ /^fig\|/);
656 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($hit);
657 :     foreach my $alias (@aliases){
658 :     $id_list{$alias} = 1;
659 :     }
660 :     }
661 :    
662 :     my %already;
663 :     my (@new_sims, @uniprot);
664 :     foreach my $sim (@sims){
665 :     my $hit = $sim->[1];
666 :     my ($id) = ($hit) =~ /\|(.*)/;
667 :     next if (defined($already{$id}));
668 :     next if (defined($id_list{$hit}));
669 :     push (@new_sims, $sim);
670 :     $already{$id} = 1;
671 :     }
672 :    
673 :     foreach my $sim (@new_sims){
674 :     my $hit = $sim->[1];
675 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
676 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
677 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
678 :     my $qto = $sim->[7];
679 :     my $hfrom = $sim->[8];
680 :     my $hto = $sim->[9];
681 :     my $qlength = $sim->[12];
682 :     my $hlength = $sim->[13];
683 :     my $db = get_database($hit);
684 :     my $func = $fig->function_of($hit);
685 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
686 :    
687 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
688 :     'acc' => $hit,
689 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
690 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
691 :     'evalue' => $evalue,
692 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
693 :     'qstop' => $qto,
694 :     'hstart' => $hfrom,
695 :     'hstop' => $hto,
696 :     'database' => $db,
697 :     'organism' => $organism,
698 :     'function' => $func,
699 :     'qlength' => $qlength,
700 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
701 :     'fig_id' => $fid
702 : arodri7 1.10 };
703 :    
704 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
705 : mkubal 1.3 }
706 :     }
707 :    
708 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
709 :     This method gets the database association from the sequence id
710 :    
711 :     =cut
712 :    
713 :     sub get_database{
714 :     my ($id) = (@_);
715 :    
716 :     my ($db);
717 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
718 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
719 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
720 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
721 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
722 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
723 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
724 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
725 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
726 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
727 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
728 :    
729 :     return ($db);
730 :    
731 :     }
732 :    
733 : mkubal 1.24
734 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
735 :    
736 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
737 :    
738 :     =cut
739 :    
740 :     sub get_identical_proteins{
741 :    
742 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
743 :     my $fig = new FIG;
744 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
745 : arodri7 1.5
746 : arodri7 1.33 # my %id_list;
747 : arodri7 1.5 my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
748 : arodri7 1.33 # my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
749 :     # foreach my $alias (@aliases){
750 :     # $id_list{$alias} = 1;
751 :     # }
752 : arodri7 1.26
753 : arodri7 1.5 foreach my $id (@maps_to) {
754 :     my ($tmp, $who);
755 : arodri7 1.33 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
756 :     # if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id)) && (! defined ($id_list{$id}))) {
757 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
758 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
759 : arodri7 1.5 }
760 :     }
761 :    
762 :     my ($dataset);
763 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
764 :     'type' => 'seq',
765 :     'fig_id' => $fid,
766 :     'rows' => $funcs_ref
767 :     };
768 :    
769 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
770 :    
771 : arodri7 1.5
772 :     }
773 :    
774 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
775 :    
776 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
777 :    
778 :     =cut
779 :    
780 :     sub get_functional_coupling{
781 :    
782 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
783 :     my $fig = new FIG;
784 :     my @funcs = ();
785 :    
786 :     # initialize some variables
787 :     my($sc,$neigh);
788 :    
789 :     # set default parameters for coupling and evidence
790 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
791 :    
792 :     # get the fc data
793 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
794 :    
795 :     # retrieve data
796 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
797 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
798 :     } @fc_data;
799 :    
800 :     my ($dataset);
801 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
802 :     'type' => 'fc',
803 :     'fig_id' => $fid,
804 :     'rows' => \@rows
805 :     };
806 :    
807 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
808 : arodri7 1.9
809 : arodri7 1.6 }
810 : arodri7 1.5
811 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
812 :    
813 :     Instantiate a new object.
814 :    
815 :     =cut
816 :    
817 :     sub new {
818 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
819 :    
820 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
821 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
822 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
823 :     score => $dataset->{'score'},
824 : arodri7 1.10 };
825 : mkubal 1.7
826 :     bless($self,$class);
827 : mkubal 1.1
828 :     return $self;
829 :     }
830 :    
831 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
832 :    
833 :     Returns the % identity of the similar sequence
834 :    
835 :     =cut
836 :    
837 :     sub identity {
838 :     my ($self) = @_;
839 :    
840 :     return $self->{identity};
841 :     }
842 :    
843 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
844 :    
845 :     =cut
846 :    
847 :     sub fig_id {
848 :     my ($self) = @_;
849 :     return $self->{fig_id};
850 :     }
851 :    
852 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
853 :    
854 :    
855 :     =cut
856 :    
857 :     sub feature_id {
858 :     my ($self) = @_;
859 :    
860 :     return $self->{feature_id};
861 :     }
862 : arodri7 1.5
863 :     =head3 id (internal)
864 :    
865 :     Returns the ID of the identical sequence
866 :    
867 :     =cut
868 :    
869 :     sub id {
870 :     my ($self) = @_;
871 :    
872 :     return $self->{id};
873 :     }
874 :    
875 :     =head3 organism (internal)
876 :    
877 :     Returns the organism of the identical sequence
878 :    
879 :     =cut
880 :    
881 :     sub organism {
882 :     my ($self) = @_;
883 :    
884 :     return $self->{organism};
885 :     }
886 :    
887 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
888 :    
889 :     Returns the function of the identical sequence
890 :    
891 :     =cut
892 :    
893 :     sub function {
894 :     my ($self) = @_;
895 :    
896 :     return $self->{function};
897 :     }
898 :    
899 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
900 :    
901 :     Returns the database of the identical sequence
902 :    
903 :     =cut
904 :    
905 :     sub database {
906 :     my ($self) = @_;
907 :    
908 :     return $self->{database};
909 :     }
910 :    
911 : mkubal 1.24 sub score {
912 :     my ($self) = @_;
913 :    
914 :     return $self->{score};
915 :     }
916 :    
917 : mkubal 1.20 ############################################################
918 :     ############################################################
919 :     package Observation::PDB;
920 :    
921 :     use base qw(Observation);
922 :    
923 :     sub new {
924 :    
925 :     my ($class,$dataset) = @_;
926 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
927 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
928 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
929 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
930 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
931 :     bless($self,$class);
932 :     return $self;
933 :     }
934 :    
935 :     =head3 display()
936 :    
937 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
938 :    
939 :     =cut
940 :    
941 :     sub display{
942 : mkubal 1.24 my ($self,$gd) = @_;
943 : mkubal 1.20
944 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
945 : mkubal 1.20 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
946 :    
947 :     my $acc = $self->acc;
948 :    
949 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
950 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
951 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
952 :     $pdb_description = "not available";
953 :     $pdb_source = "not available";
954 :     $pdb_ligand = "not available";
955 :     }
956 :     else{
957 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
958 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
959 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
960 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
961 :     }
962 : arodri7 1.6
963 : mkubal 1.20 my $lines = [];
964 :     my $line_data = [];
965 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
966 :     'short_title' => "best PDB",
967 :     'basepair_offset' => '1' };
968 :    
969 :     my $fig = new FIG;
970 :     my $seq = $fig->get_translation($fid);
971 :     my $fid_stop = length($seq);
972 :    
973 :     my $fid_element_hash = {
974 :     "title" => $fid,
975 :     "start" => '1',
976 :     "end" => $fid_stop,
977 :     "color"=> '1',
978 :     "zlayer" => '1'
979 :     };
980 :    
981 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
982 :    
983 :     my $links_list = [];
984 :     my $descriptions = [];
985 :    
986 :     my $name;
987 :     $name = {"title" => 'id',
988 :     "value" => $acc};
989 :     push(@$descriptions,$name);
990 :    
991 :     my $description;
992 :     $description = {"title" => 'pdb description',
993 :     "value" => $pdb_description};
994 :     push(@$descriptions,$description);
995 :    
996 :     my $score;
997 :     $score = {"title" => "score",
998 :     "value" => $self->evalue};
999 :     push(@$descriptions,$score);
1000 :    
1001 :     my $start_stop;
1002 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
1003 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
1004 :     "value" => $start_stop_value};
1005 :     push(@$descriptions,$start_stop);
1006 :    
1007 :     my $source;
1008 :     $source = {"title" => "source",
1009 :     "value" => $pdb_source};
1010 :     push(@$descriptions,$source);
1011 :    
1012 :     my $ligand;
1013 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
1014 :     "value" => $pdb_ligand};
1015 :     push(@$descriptions,$ligand);
1016 :    
1017 :     my $link;
1018 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1019 :    
1020 :     $link = {"link_title" => $acc,
1021 :     "link" => $link_url};
1022 :     push(@$links_list,$link);
1023 :    
1024 :     my $pdb_element_hash = {
1025 :     "title" => "PDB homology",
1026 :     "start" => $self->start,
1027 :     "end" => $self->stop,
1028 :     "color"=> '6',
1029 :     "zlayer" => '3',
1030 :     "links_list" => $links_list,
1031 :     "description" => $descriptions};
1032 :    
1033 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1034 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1035 :    
1036 :     return $gd;
1037 :     }
1038 :    
1039 :     1;
1040 : arodri7 1.11
1041 : arodri7 1.9 ############################################################
1042 :     ############################################################
1043 :     package Observation::Identical;
1044 :    
1045 :     use base qw(Observation);
1046 :    
1047 :     sub new {
1048 :    
1049 :     my ($class,$dataset) = @_;
1050 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1051 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1052 :    
1053 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1054 :     return $self;
1055 :     }
1056 :    
1057 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1058 : arodri7 1.6
1059 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1060 :     This code will display a table for the identical protein
1061 :    
1062 :    
1063 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1064 :     dence.
1065 : arodri7 1.6
1066 :     =cut
1067 :    
1068 :    
1069 : mkubal 1.24 sub display_table{
1070 :     my ($self) = @_;
1071 :    
1072 :     my $fig = new FIG;
1073 :     my $fid = $self->fig_id;
1074 :     my $rows = $self->rows;
1075 :     my $cgi = new CGI;
1076 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1077 :     my $count_identical = 0;
1078 : arodri7 1.9 my $content;
1079 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1080 :     my $id = $row->[0];
1081 :     my $who = $row->[1];
1082 :     my $assignment = $row->[2];
1083 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
1084 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1085 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1086 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1087 :     push(@$single_domain,$organism);
1088 :     push(@$single_domain,$assignment);
1089 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1090 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1091 : arodri7 1.6 }
1092 :    
1093 :     if ($count_identical >0){
1094 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1095 : arodri7 1.6 }
1096 :     else{
1097 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1098 : arodri7 1.6 }
1099 :     return ($content);
1100 :     }
1101 : mkubal 1.7
1102 : arodri7 1.9 1;
1103 :    
1104 :     #########################################
1105 :     #########################################
1106 :     package Observation::FC;
1107 :     1;
1108 :    
1109 :     use base qw(Observation);
1110 :    
1111 :     sub new {
1112 :    
1113 :     my ($class,$dataset) = @_;
1114 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1115 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1116 : arodri7 1.9
1117 :     bless($self,$class);
1118 :     return $self;
1119 :     }
1120 :    
1121 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1122 : arodri7 1.9
1123 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1124 :     This code will display a table for the identical protein
1125 :    
1126 :    
1127 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1128 :     dence.
1129 :    
1130 :     =cut
1131 :    
1132 : mkubal 1.24 sub display_table {
1133 : arodri7 1.9
1134 : mkubal 1.24 my ($self,$dataset) = @_;
1135 :     my $fid = $self->fig_id;
1136 :     my $rows = $self->rows;
1137 :     my $cgi = new CGI;
1138 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1139 :     my $count = 0;
1140 :     my $content;
1141 :    
1142 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1143 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1144 :     $count++;
1145 :    
1146 :     # construct the score link
1147 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1148 :     my $toid = $row->[1];
1149 : arodri7 1.9 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
1150 :     my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
1151 :    
1152 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1153 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1154 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1155 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1156 :     }
1157 :    
1158 :     if ($count >0){
1159 :     $content = $functional_data;
1160 :     }
1161 :     else
1162 :     {
1163 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1164 :     }
1165 :     return ($content);
1166 :     }
1167 :    
1168 :    
1169 :     #########################################
1170 :     #########################################
1171 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1172 :    
1173 :     use base qw(Observation);
1174 :    
1175 :     sub new {
1176 :    
1177 :     my ($class,$dataset) = @_;
1178 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1179 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1180 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1181 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1182 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1183 :    
1184 :     bless($self,$class);
1185 :     return $self;
1186 :     }
1187 :    
1188 :     sub display {
1189 :     my ($thing,$gd) = @_;
1190 :     my $lines = [];
1191 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1192 :     # 'short_title' => $thing->type,
1193 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1194 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1195 :    
1196 :     my $line_data = [];
1197 :     my $links_list = [];
1198 :     my $descriptions = [];
1199 : mkubal 1.19
1200 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1201 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1202 :    
1203 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1204 : mkubal 1.7
1205 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1206 :     if($db eq "CDD"){
1207 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1208 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1209 :     $name_title = "name";
1210 :     $name_value = "not available";
1211 :     $description_title = "description";
1212 :     $description_value = "not available";
1213 :     }
1214 :     else{
1215 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1216 :     $name_title = "name";
1217 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1218 :     $description_title = "description";
1219 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1220 :     }
1221 :     }
1222 : arodri7 1.27
1223 :     my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1224 :     'short_title' => $name_value,
1225 :     'basepair_offset' => '1' };
1226 : mkubal 1.7
1227 : mkubal 1.19 my $name;
1228 :     $name = {"title" => $name_title,
1229 :     "value" => $name_value};
1230 :     push(@$descriptions,$name);
1231 :    
1232 :     my $description;
1233 :     $description = {"title" => $description_title,
1234 :     "value" => $description_value};
1235 :     push(@$descriptions,$description);
1236 : mkubal 1.7
1237 :     my $score;
1238 :     $score = {"title" => "score",
1239 :     "value" => $thing->evalue};
1240 :     push(@$descriptions,$score);
1241 :    
1242 :     my $link_id;
1243 : mkubal 1.12 if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){
1244 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1245 :     }
1246 :    
1247 :     my $link;
1248 : mkubal 1.12 my $link_url;
1249 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1250 :     elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1251 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1252 :    
1253 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1254 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1255 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1256 :    
1257 :     my $element_hash = {
1258 :     "title" => $thing->type,
1259 :     "start" => $thing->start,
1260 :     "end" => $thing->stop,
1261 :     "color"=> $color,
1262 :     "zlayer" => '2',
1263 :     "links_list" => $links_list,
1264 :     "description" => $descriptions};
1265 :    
1266 :     push(@$line_data,$element_hash);
1267 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1268 :    
1269 :     return $gd;
1270 :    
1271 :     }
1272 : arodri7 1.28
1273 :     sub display_table {
1274 :     my ($self,$dataset) = @_;
1275 :     my $cgi = new CGI;
1276 :     my $data = [];
1277 :     my $count = 0;
1278 :     my $content;
1279 :    
1280 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1281 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1282 :     my $single_domain = [];
1283 :     $count++;
1284 :    
1285 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1286 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1287 :    
1288 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1289 :    
1290 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1291 :     if($db eq "CDD"){
1292 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1293 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1294 :     $name_title = "name";
1295 :     $name_value = "not available";
1296 :     $description_title = "description";
1297 :     $description_value = "not available";
1298 :     }
1299 :     else{
1300 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1301 :     $name_title = "name";
1302 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1303 :     $description_title = "description";
1304 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1305 :     }
1306 :     }
1307 :    
1308 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1309 :    
1310 :     push(@$single_domain,$db);
1311 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1312 :     push(@$single_domain,$name_value);
1313 :     push(@$single_domain,$location);
1314 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1315 :     push(@$single_domain,$description_value);
1316 :     push(@$data,$single_domain);
1317 :     }
1318 :    
1319 :     if ($count >0){
1320 :     $content = $data;
1321 :     }
1322 :     else
1323 :     {
1324 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1325 :     }
1326 :     }
1327 :    
1328 : mkubal 1.7
1329 : arodri7 1.10 #########################################
1330 :     #########################################
1331 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1332 :    
1333 :     use base qw(Observation);
1334 :    
1335 :     sub new {
1336 :    
1337 :     my ($class,$dataset) = @_;
1338 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1339 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1340 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1341 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1342 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1343 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1344 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1345 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1346 : mkubal 1.30 $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1347 :     $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1348 : mkubal 1.12
1349 :     bless($self,$class);
1350 :     return $self;
1351 :     }
1352 :    
1353 : mkubal 1.36 sub display_cello {
1354 :     my ($thing) = @_;
1355 :     my $html;
1356 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1357 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1358 :     if($cello_location){
1359 :     $html .= "<p>CELLO prediction: $cello_location </p>";
1360 :     $html .= "<p>CELLO score: $cello_score </p>";
1361 :     }
1362 :     return ($html);
1363 :     }
1364 :    
1365 : mkubal 1.12 sub display {
1366 : mkubal 1.24 my ($thing,$gd) = @_;
1367 : mkubal 1.12
1368 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1369 : mkubal 1.12 my $fig= new FIG;
1370 :     my $length = length($fig->get_translation($fid));
1371 :    
1372 :     my $cleavage_prob;
1373 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1374 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1375 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1376 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1377 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1378 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1379 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1380 :    
1381 : mkubal 1.30 my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1382 :     my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1383 :    
1384 : mkubal 1.12 my $lines = [];
1385 :    
1386 :     #color is
1387 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1388 : mkubal 1.36
1389 :     =pod=
1390 :    
1391 : mkubal 1.12 if($cello_location){
1392 :     my $cello_descriptions = [];
1393 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1394 :    
1395 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1396 :     'short_title' => 'CELLO',
1397 :     'basepair_offset' => '1' };
1398 :    
1399 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1400 :     "value" => $cello_location};
1401 :    
1402 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1403 :    
1404 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1405 :     "value" => $cello_score};
1406 :    
1407 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1408 :    
1409 :     my $element_hash = {
1410 :     "title" => "CELLO",
1411 : mkubal 1.34 "color"=> $color,
1412 : mkubal 1.12 "start" => "1",
1413 :     "end" => $length + 1,
1414 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1415 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1416 :    
1417 :     push(@$line_data,$element_hash);
1418 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1419 : mkubal 1.12 }
1420 :    
1421 : mkubal 1.36 =cut
1422 :    
1423 : arodri7 1.28 $color = "2";
1424 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1425 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1426 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1427 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1428 :     'basepair_offset' => '1' };
1429 :    
1430 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1431 :     my $descriptions = [];
1432 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1433 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1434 :     "value" => $tmpred_score};
1435 :    
1436 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1437 :    
1438 :     my $element_hash = {
1439 :     "title" => "transmembrane location",
1440 :     "start" => $begin + 1,
1441 :     "end" => $end + 1,
1442 :     "color"=> $color,
1443 :     "zlayer" => '5',
1444 : mkubal 1.34 "type" => 'box',
1445 : mkubal 1.12 "description" => $descriptions};
1446 :    
1447 :     push(@$line_data,$element_hash);
1448 : arodri7 1.28
1449 : mkubal 1.12 }
1450 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1451 : mkubal 1.12 }
1452 :    
1453 : mkubal 1.30 if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1454 :     my $line_data =[];
1455 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1456 :     'short_title' => 'Phobius',
1457 :     'basepair_offset' => '1' };
1458 :    
1459 :     foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1460 :     my $descriptions = [];
1461 :     my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'Phobius TM Location',
1462 :     "value" => $tm_loc};
1463 :     push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1464 :    
1465 :     my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1466 :    
1467 :     my $element_hash = {
1468 :     "title" => "phobius transmembrane location",
1469 :     "start" => $begin + 1,
1470 :     "end" => $end + 1,
1471 :     "color"=> '6',
1472 :     "zlayer" => '4',
1473 :     "type" => 'bigbox',
1474 :     "description" => $descriptions};
1475 :    
1476 :     push(@$line_data,$element_hash);
1477 :    
1478 :     }
1479 :    
1480 :     if($phobius_signal_location){
1481 :     my $descriptions = [];
1482 :     my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1483 :     "value" => $phobius_signal_location};
1484 :     push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1485 :    
1486 :    
1487 :     my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1488 :     my $element_hash = {
1489 :     "title" => "phobius signal locations",
1490 :     "start" => $begin + 1,
1491 :     "end" => $end + 1,
1492 :     "color"=> '1',
1493 :     "zlayer" => '5',
1494 :     "type" => 'box',
1495 :     "description" => $descriptions};
1496 :     push(@$line_data,$element_hash);
1497 :     }
1498 :    
1499 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1500 :     }
1501 :    
1502 :    
1503 : arodri7 1.28 $color = "1";
1504 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1505 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1506 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1507 : arodri7 1.28
1508 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1509 :     'short_title' => 'SignalP',
1510 :     'basepair_offset' => '1' };
1511 :    
1512 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1513 :     "value" => $signal_peptide_score};
1514 :    
1515 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1516 :    
1517 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1518 :     "value" => $cleavage_prob};
1519 :    
1520 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1521 :    
1522 :     my $element_hash = {
1523 :     "title" => "SignalP",
1524 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1525 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1526 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1527 :     "color"=> $color,
1528 :     "zlayer" => '10',
1529 :     "description" => $descriptions};
1530 :    
1531 :     push(@$line_data,$element_hash);
1532 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1533 : mkubal 1.12 }
1534 :    
1535 :     return ($gd);
1536 :    
1537 :     }
1538 :    
1539 :     sub cleavage_loc {
1540 :     my ($self) = @_;
1541 :    
1542 :     return $self->{cleavage_loc};
1543 :     }
1544 :    
1545 :     sub cleavage_prob {
1546 :     my ($self) = @_;
1547 :    
1548 :     return $self->{cleavage_prob};
1549 :     }
1550 :    
1551 :     sub signal_peptide_score {
1552 :     my ($self) = @_;
1553 :    
1554 :     return $self->{signal_peptide_score};
1555 :     }
1556 :    
1557 :     sub tmpred_score {
1558 :     my ($self) = @_;
1559 :    
1560 :     return $self->{tmpred_score};
1561 :     }
1562 :    
1563 :     sub tmpred_locations {
1564 :     my ($self) = @_;
1565 :    
1566 :     return $self->{tmpred_locations};
1567 :     }
1568 :    
1569 :     sub cello_location {
1570 :     my ($self) = @_;
1571 :    
1572 :     return $self->{cello_location};
1573 :     }
1574 :    
1575 :     sub cello_score {
1576 :     my ($self) = @_;
1577 :    
1578 :     return $self->{cello_score};
1579 :     }
1580 :    
1581 : mkubal 1.30 sub phobius_signal_location {
1582 :     my ($self) = @_;
1583 :     return $self->{phobius_signal_location};
1584 :     }
1585 :    
1586 :     sub phobius_tm_locations {
1587 :     my ($self) = @_;
1588 :     return $self->{phobius_tm_locations};
1589 :     }
1590 :    
1591 :    
1592 : mkubal 1.12
1593 :     #########################################
1594 :     #########################################
1595 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1596 :    
1597 :     use base qw(Observation);
1598 :    
1599 :     sub new {
1600 :    
1601 :     my ($class,$dataset) = @_;
1602 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1603 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1604 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1605 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1606 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1607 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1608 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1609 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1610 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1611 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1612 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1613 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1614 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1615 : arodri7 1.10
1616 :     bless($self,$class);
1617 :     return $self;
1618 :     }
1619 :    
1620 : arodri7 1.25 =head3 display()
1621 :    
1622 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1623 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1624 :    
1625 :     =cut
1626 :    
1627 :     sub display {
1628 :     my ($self,$gd) = @_;
1629 :    
1630 :     my $fig = new FIG;
1631 :     my $peg = $self->acc;
1632 :    
1633 :     my $organism = $self->organism;
1634 : arodri7 1.28 my $genome = $fig->genome_of($peg);
1635 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1636 : arodri7 1.25 my $function = $self->function;
1637 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1638 :     my $align_start = $self->qstart;
1639 :     my $align_stop = $self->qstop;
1640 :     my $hit_start = $self->hstart;
1641 :     my $hit_stop = $self->hstop;
1642 :    
1643 : arodri7 1.28 my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1644 :    
1645 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1646 : arodri7 1.25 'short_title' => "$abbrev_name",
1647 : arodri7 1.28 'title_link' => '$tax_link',
1648 : arodri7 1.25 'basepair_offset' => '0'
1649 :     };
1650 :    
1651 :     my $line_data = [];
1652 :    
1653 :     my $element_hash;
1654 :     my $links_list = [];
1655 :     my $descriptions = [];
1656 :    
1657 :     # get subsystem information
1658 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$peg;
1659 :    
1660 :     my $link;
1661 :     $link = {"link_title" => $peg,
1662 :     "link" => $url_link};
1663 :     push(@$links_list,$link);
1664 :    
1665 :     my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1666 :     foreach my $subsystem (@subsystems){
1667 :     my $link;
1668 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1669 :     "link_title" => $subsystem};
1670 :     push(@$links_list,$link);
1671 :     }
1672 :    
1673 :     my $description_function;
1674 :     $description_function = {"title" => "function",
1675 :     "value" => $function};
1676 :     push(@$descriptions,$description_function);
1677 :    
1678 : arodri7 1.26 my ($description_ss, $ss_string);
1679 :     $ss_string = join (",", @subsystems);
1680 : arodri7 1.25 $description_ss = {"title" => "subsystems",
1681 :     "value" => $ss_string};
1682 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1683 :    
1684 :     my $description_loc;
1685 :     $description_loc = {"title" => "location start",
1686 :     "value" => $hit_start};
1687 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1688 :    
1689 :     $description_loc = {"title" => "location stop",
1690 :     "value" => $hit_stop};
1691 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1692 :    
1693 :     my $evalue = $self->evalue;
1694 :     while ($evalue =~ /-0/)
1695 :     {
1696 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1697 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1698 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1699 :     }
1700 :    
1701 : arodri7 1.26 my $color = &color($evalue);
1702 : arodri7 1.25
1703 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1704 :     "value" => $evalue};
1705 :     push(@$descriptions, $description_eval);
1706 :    
1707 :     my $identity = $self->identity;
1708 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1709 :     "value" => $identity};
1710 :     push(@$descriptions, $description_identity);
1711 :    
1712 :     $element_hash = {
1713 :     "title" => $peg,
1714 :     "start" => $align_start,
1715 :     "end" => $align_stop,
1716 :     "type"=> 'box',
1717 :     "color"=> $color,
1718 :     "zlayer" => "2",
1719 :     "links_list" => $links_list,
1720 :     "description" => $descriptions
1721 :     };
1722 :     push(@$line_data,$element_hash);
1723 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1724 :    
1725 :     return ($gd);
1726 :    
1727 :     }
1728 :    
1729 : mkubal 1.34 =head3 display_domain_composition()
1730 :    
1731 :     If available use the function specified here to display a graphical observation of the CDD(later Pfam or selected) domains that occur in the set of similar proteins
1732 :    
1733 :     =cut
1734 :    
1735 :     sub display_domain_composition {
1736 :     my ($self,$gd) = @_;
1737 :    
1738 :     my $fig = new FIG;
1739 :     my $peg = $self->acc;
1740 :    
1741 :     my $line_data = [];
1742 :     my $links_list = [];
1743 :     my $descriptions = [];
1744 :    
1745 :     my @domain_query_results =$fig->get_attributes($peg,"CDD");
1746 :    
1747 :     foreach $dqr (@domain_query_results){
1748 :     my $key = @$dqr[1];
1749 :     my @parts = split("::",$key);
1750 :     my $db = $parts[0];
1751 :     my $id = $parts[1];
1752 :     my $val = @$dqr[2];
1753 :     my $from;
1754 :     my $to;
1755 :     my $evalue;
1756 :    
1757 :     if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
1758 :     my $raw_evalue = $1;
1759 :     $from = $2;
1760 :     $to = $3;
1761 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
1762 :     my $part2 = 1000 - $1;
1763 :     my $part1 = $2/100;
1764 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
1765 :     }
1766 :     else{
1767 :     $evalue = "0.0";
1768 :     }
1769 :     }
1770 :    
1771 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1772 :     my ($name_value,$description_value);
1773 :    
1774 :     if($db eq "CDD"){
1775 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1776 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1777 :     $name_title = "name";
1778 :     $name_value = "not available";
1779 :     $description_title = "description";
1780 :     $description_value = "not available";
1781 :     }
1782 :     else{
1783 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1784 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1785 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1786 :     }
1787 :     }
1788 :    
1789 :     my $domain_name;
1790 :     $domain_name = {"title" => "name",
1791 :     "value" => $name_value};
1792 :     push(@$descriptions,$domain_name);
1793 :    
1794 :     my $description;
1795 :     $description = {"title" => "description",
1796 :     "value" => $description_value};
1797 :     push(@$descriptions,$description);
1798 :    
1799 :     my $score;
1800 :     $score = {"title" => "score",
1801 :     "value" => $evalue};
1802 :     push(@$descriptions,$score);
1803 :    
1804 :     my $link_id = $id;
1805 :     my $link;
1806 :     my $link_url;
1807 :     if ($db eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1808 :     elsif($db eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1809 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1810 :    
1811 :     $link = {"link_title" => $name_value,
1812 :     "link" => $link_url};
1813 :     push(@$links_list,$link);
1814 :    
1815 :     my $domain_element_hash = {
1816 :     "title" => $peg,
1817 :     "start" => $from,
1818 :     "end" => $to,
1819 :     "type"=> 'box',
1820 :     "zlayer" => '4',
1821 :     "links_list" => $links_list,
1822 :     "description" => $descriptions
1823 :     };
1824 :    
1825 :     push(@$line_data,$domain_element_hash);
1826 :    
1827 :     #just one CDD domain for now, later will add option for multiple domains from selected DB
1828 :     last;
1829 :     }
1830 :    
1831 :     my $line_config = { 'title' => $peg,
1832 :     'short_title' => $peg,
1833 :     'basepair_offset' => '1' };
1834 :    
1835 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1836 :    
1837 :     return ($gd);
1838 :    
1839 :     }
1840 :    
1841 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1842 : arodri7 1.10
1843 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1844 :     This code will display a table for the similarities protein
1845 :    
1846 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1847 :    
1848 :     =cut
1849 :    
1850 : mkubal 1.24 sub display_table {
1851 : arodri7 1.35 my ($self,$dataset, $scroll_list, $query_fid) = @_;
1852 : mkubal 1.24
1853 : arodri7 1.10 my $data = [];
1854 :     my $count = 0;
1855 :     my $content;
1856 : arodri7 1.11 my $fig = new FIG;
1857 : mkubal 1.24 my $cgi = new CGI;
1858 : arodri7 1.28 my @ids;
1859 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
1860 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
1861 :     push (@ids, $thing->acc);
1862 :     }
1863 :    
1864 : arodri7 1.31 my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1865 : arodri7 1.35
1866 :     # get the column for the subsystems
1867 :     %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids);
1868 :    
1869 :     # get the column for the evidence codes
1870 :     %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids);
1871 :    
1872 :     # get the column for pfam_domain
1873 :     %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids);
1874 : arodri7 1.28
1875 : arodri7 1.31 my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid);
1876 : arodri7 1.33 my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk(\@ids);
1877 : arodri7 1.31
1878 : arodri7 1.28 foreach my $thing (@$dataset) {
1879 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1880 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
1881 :     $count++;
1882 :    
1883 : arodri7 1.11 my $id = $thing->acc;
1884 :    
1885 :     my $iden = $thing->identity;
1886 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1887 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1888 :     my $b1 = $thing->qstart;
1889 :     my $e1 = $thing->qstop;
1890 :     my $b2 = $thing->hstart;
1891 :     my $e2 = $thing->hstop;
1892 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1893 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1894 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1895 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1896 :    
1897 : arodri7 1.29 # checkbox column
1898 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1899 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1900 :     my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1901 : arodri7 1.31
1902 :     # get the linked fig id
1903 :     my $fig_col;
1904 :     if (defined ($e_identical{$id})){
1905 :     $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1906 :     }
1907 :     else{
1908 :     $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1909 : arodri7 1.28 }
1910 :    
1911 : arodri7 1.29 push(@$single_domain,$box_col); # permanent column
1912 : arodri7 1.31 push(@$single_domain,$fig_col); # permanent column
1913 : arodri7 1.29 push(@$single_domain,$thing->evalue); # permanent column
1914 :     push(@$single_domain,"$iden\%"); # permanent column
1915 :     push(@$single_domain,$reg1); # permanent column
1916 :     push(@$single_domain,$reg2); # permanent column
1917 :     push(@$single_domain,$thing->organism); # permanent column
1918 :     push(@$single_domain,$thing->function); # permanent column
1919 : arodri7 1.35 foreach my $col (sort keys %$scroll_list){
1920 :     if ($col =~ /associated_subsystem/) {push(@$single_domain,$subsystems_column{$id});}
1921 :     elsif ($col =~ /evidence/) {push(@$single_domain,$evidence_column{$id});}
1922 :     elsif ($col =~ /pfam_domains/) {push(@$single_domain,$pfam_column{$id});}
1923 :     elsif ($col =~ /ncbi_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'NCBI', $all_aliases));}
1924 :     elsif ($col =~ /refseq_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'RefSeq', $all_aliases));}
1925 :     elsif ($col =~ /swissprot_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'SwissProt', $all_aliases));}
1926 :     elsif ($col =~ /uniprot_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'UniProt', $all_aliases));}
1927 :     elsif ($col =~ /tigr_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'TIGR', $all_aliases));}
1928 :     elsif ($col =~ /pir_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'PIR', $all_aliases));}
1929 :     elsif ($col =~ /kegg_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'KEGG', $all_aliases));}
1930 :     elsif ($col =~ /trembl_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'TrEMBL', $all_aliases));}
1931 :     elsif ($col =~ /asap_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'ASAP', $all_aliases));}
1932 :     elsif ($col =~ /jgi_id/) {push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'JGI', $all_aliases));}
1933 : arodri7 1.32 }
1934 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
1935 :     }
1936 :    
1937 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
1938 :     $content = $data;
1939 : arodri7 1.10 }
1940 : arodri7 1.26 else{
1941 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1942 :     }
1943 :     return ($content);
1944 :     }
1945 : arodri7 1.11
1946 : arodri7 1.29 sub get_box_column{
1947 :     my ($ids) = @_;
1948 :     my %column;
1949 :     foreach my $id (@$ids){
1950 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1951 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1952 :     $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1953 :     }
1954 :     return (%column);
1955 :     }
1956 :    
1957 :     sub get_subsystems_column{
1958 :     my ($ids) = @_;
1959 :    
1960 :     my $fig = new FIG;
1961 :     my $cgi = new CGI;
1962 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
1963 :     my %column;
1964 :     foreach my $id (@$ids){
1965 : arodri7 1.32 my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
1966 :     my @subsystems;
1967 :    
1968 : arodri7 1.29 if (@in_sub > 0) {
1969 : arodri7 1.32 my $count = 1;
1970 :     foreach my $array(@in_sub){
1971 :     push (@subsystems, $count . ". " . $$array[0]);
1972 :     $count++;
1973 :     }
1974 :     my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
1975 :     $column{$id} = $in_sub_line;
1976 : arodri7 1.29 } else {
1977 :     $column{$id} = "&nbsp;";
1978 :     }
1979 :     }
1980 :     return (%column);
1981 :     }
1982 :    
1983 : arodri7 1.31 sub get_essentially_identical{
1984 :     my ($fid) = @_;
1985 :     my $fig = new FIG;
1986 :    
1987 :     my %id_list;
1988 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
1989 :    
1990 :     foreach my $id (@maps_to) {
1991 :     if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
1992 :     $id_list{$id} = 1;
1993 :     }
1994 :     }
1995 :     return(%id_list);
1996 :     }
1997 :    
1998 :    
1999 : arodri7 1.29 sub get_evidence_column{
2000 :     my ($ids) = @_;
2001 :     my $fig = new FIG;
2002 :     my $cgi = new CGI;
2003 :     my (%column, %code_attributes);
2004 :    
2005 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($ids);
2006 :     foreach my $key (@codes){
2007 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
2008 :     }
2009 :    
2010 :     foreach my $id (@$ids){
2011 :     # add evidence code with tool tip
2012 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
2013 :     my @ev_codes = "";
2014 :    
2015 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2016 :     my @codes;
2017 :     @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2018 :     @ev_codes = ();
2019 :     foreach my $code (@codes) {
2020 :     my $pretty_code = $code->[2];
2021 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
2022 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
2023 :     $ss =~ s/_/ /g;
2024 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
2025 :     }
2026 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
2027 :     }
2028 :     }
2029 :    
2030 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
2031 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2032 :     $ev_codes = $cgi->a(
2033 :     {
2034 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2035 :     }
2036 :     $column{$id}=$ev_codes;
2037 :     }
2038 :     return (%column);
2039 :     }
2040 :    
2041 : arodri7 1.33 sub get_pfam_column{
2042 :     my ($ids) = @_;
2043 :     my $fig = new FIG;
2044 :     my $cgi = new CGI;
2045 :     my (%column, %code_attributes);
2046 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
2047 :    
2048 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } $fig->get_attributes($ids);
2049 :     foreach my $key (@codes){
2050 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $$key[1]);
2051 :     }
2052 :    
2053 :     foreach my $id (@$ids){
2054 :     # add evidence code with tool tip
2055 :     my $pfam_codes=" &nbsp; ";
2056 :     my @pfam_codes = "";
2057 :     my %description_codes;
2058 :    
2059 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
2060 :     my @codes;
2061 :     @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
2062 :     @pfam_codes = ();
2063 :     foreach my $code (@codes) {
2064 :     my @parts = split("::",$code);
2065 :     my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
2066 :     if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
2067 :     push(@pfam_codes, "$description_codes{$parts[1]} ($parts[1])");
2068 :     }
2069 :     else {
2070 :     my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
2071 :     $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};
2072 :     push(@pfam_codes, "${$$description[0]}{term} ($pfam_link)");
2073 :     }
2074 :     }
2075 :     }
2076 :    
2077 :     $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);
2078 :     }
2079 :     return (%column);
2080 :    
2081 :     }
2082 : mkubal 1.12
2083 : arodri7 1.28 sub get_prefer {
2084 : arodri7 1.33 my ($fid, $db, $all_aliases) = @_;
2085 : arodri7 1.28 my $fig = new FIG;
2086 : arodri7 1.31 my $cgi = new CGI;
2087 :    
2088 : arodri7 1.33 foreach my $alias (@{$$all_aliases{$fid}}){
2089 : arodri7 1.28 my $id_db = &Observation::get_database($alias);
2090 :     if ($id_db eq $db){
2091 : arodri7 1.31 my $acc_col .= &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
2092 :     return ($acc_col);
2093 : arodri7 1.28 }
2094 :     }
2095 : arodri7 1.31 return (" ");
2096 : arodri7 1.28 }
2097 :    
2098 : arodri7 1.33 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
2099 :    
2100 : arodri7 1.26 sub color {
2101 :     my ($evalue) = @_;
2102 :    
2103 :     my $color;
2104 : arodri7 1.28 if ($evalue <= 1e-170){
2105 :     $color = 51;
2106 :     }
2107 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){
2108 :     $color = 52;
2109 :     }
2110 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){
2111 :     $color = 53;
2112 :     }
2113 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){
2114 :     $color = 54;
2115 : arodri7 1.26 }
2116 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){
2117 :     $color = 55;
2118 : arodri7 1.26 }
2119 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){
2120 :     $color = 56;
2121 : arodri7 1.26 }
2122 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){
2123 :     $color = 57;
2124 : arodri7 1.26 }
2125 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){
2126 :     $color = 58;
2127 :     }
2128 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){
2129 :     $color = 59;
2130 : arodri7 1.26 }
2131 :     else{
2132 : arodri7 1.28 $color = 60;
2133 : arodri7 1.26 }
2134 : arodri7 1.28
2135 :    
2136 : arodri7 1.26 return ($color);
2137 :     }
2138 : arodri7 1.13
2139 :    
2140 :     ############################
2141 :     package Observation::Cluster;
2142 :    
2143 :     use base qw(Observation);
2144 :    
2145 :     sub new {
2146 :    
2147 :     my ($class,$dataset) = @_;
2148 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2149 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
2150 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
2151 :     return $self;
2152 :     }
2153 :    
2154 :     sub display {
2155 : arodri7 1.38 my ($self,$gd,$selected_taxonomies) = @_;
2156 : mkubal 1.24
2157 :     my $fid = $self->fig_id;
2158 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
2159 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
2160 : arodri7 1.13 my $fig = new FIG;
2161 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
2162 : arodri7 1.38 my $gene_associations={};
2163 : arodri7 1.13
2164 :     #get the organism genome
2165 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2166 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"organism"} = $target_genome;
2167 :     $gene_associations->{$fid}->{"main_gene"} = $fid;
2168 :     $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2169 : arodri7 1.13
2170 :     # get location of the gene
2171 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
2172 :     my ($contig, $beg, $end);
2173 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
2174 : arodri7 1.13
2175 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2176 :     $contig = $1;
2177 :     $beg = $2;
2178 :     $end = $3;
2179 :     }
2180 :    
2181 : arodri7 1.22 my $offset;
2182 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
2183 :     if ($beg < $end)
2184 :     {
2185 :     $region_start = $beg - 4000;
2186 :     $region_end = $end+4000;
2187 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2188 : arodri7 1.13 }
2189 :     else
2190 :     {
2191 : arodri7 1.21 $region_start = $end-4000;
2192 :     $region_end = $beg+4000;
2193 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2194 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2195 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2196 : arodri7 1.21 }
2197 : arodri7 1.13
2198 :     # call genes in region
2199 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2200 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
2201 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
2202 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2203 : mkubal 1.14
2204 :     my %all_genes;
2205 :     my %all_genomes;
2206 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = $fid; $gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$fid;}
2207 : arodri7 1.16
2208 : mkubal 1.24 if ($compare_or_coupling eq "diverse")
2209 : arodri7 1.25 {
2210 : arodri7 1.21 my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);
2211 :    
2212 :     my $coup_count = 0;
2213 :    
2214 :     foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
2215 :     # last if ($coup_count > 10);
2216 :     my ($peg1,$peg2) = @$pair;
2217 : arodri7 1.22
2218 :     my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
2219 :     $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
2220 : arodri7 1.21
2221 :     my $location = $fig->feature_location($peg1);
2222 :     if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2223 :     $pair_contig = $1;
2224 :     $pair_beg = $2;
2225 :     $pair_end = $3;
2226 :     if ($pair_beg < $pair_end)
2227 :     {
2228 :     $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
2229 :     $pair_region_stop = $pair_end+4000;
2230 : arodri7 1.38 $offset = ($pair_beg+(($pair_end-$pair_beg)/2))-($gd_window_size/2);
2231 : arodri7 1.21 }
2232 :     else
2233 :     {
2234 :     $pair_region_start = $pair_end-4000;
2235 :     $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
2236 : arodri7 1.38 $offset = ($pair_end+(($pair_beg-$pair_end)/2))-($gd_window_size/2);
2237 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
2238 : arodri7 1.21 }
2239 :    
2240 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2241 : arodri7 1.21
2242 :     $all_genomes{$pair_genome} = 1;
2243 :     my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
2244 :     push(@$all_regions,$pair_features);
2245 : arodri7 1.25 foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
2246 : arodri7 1.21 }
2247 :     $coup_count++;
2248 :     }
2249 :     }
2250 : arodri7 1.37 elsif ($compare_or_coupling eq "sims"){
2251 :     # get the selected boxes
2252 : arodri7 1.38 #my @selected_taxonomy = ("Streptococcaceae", "Enterobacteriales");
2253 :     my @selected_taxonomy = @$selected_taxonomies;
2254 : arodri7 1.37
2255 :     # get the similarities and store only the ones that match the lineages selected
2256 :     my @selected_sims;
2257 : arodri7 1.38 my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"fig");
2258 : arodri7 1.37
2259 : arodri7 1.38 if (@selected_taxonomy > 0){
2260 :     foreach my $sim (@sims){
2261 :     next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);
2262 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
2263 :     my $lineage = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
2264 :     foreach my $taxon(@selected_taxonomy){
2265 :     if ($lineage =~ /$taxon/){
2266 :     push (@selected_sims, $sim->[1]);
2267 :     }
2268 : arodri7 1.37 }
2269 : arodri7 1.38 my %saw;
2270 :     @selected_sims = grep(!$saw{$_}++, @selected_sims);
2271 : arodri7 1.37 }
2272 :     }
2273 : arodri7 1.16
2274 : arodri7 1.37 # get the gene context for the sorted matches
2275 :     foreach my $sim_fid(@selected_sims){
2276 :     #get the organism genome
2277 :     my $sim_genome = $fig->genome_of($sim_fid);
2278 : arodri7 1.38 $gene_associations->{$sim_fid}->{"organism"} = $sim_genome;
2279 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"main_gene"} = $sim_fid;
2280 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 0;
2281 : arodri7 1.37
2282 :     # get location of the gene
2283 :     my $data = $fig->feature_location($sim_fid);
2284 :     my ($contig, $beg, $end);
2285 :    
2286 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2287 :     $contig = $1;
2288 :     $beg = $2;
2289 :     $end = $3;
2290 :     }
2291 :    
2292 :     my $offset;
2293 :     my ($region_start, $region_end);
2294 :     if ($beg < $end)
2295 :     {
2296 :     $region_start = $beg - 4000;
2297 :     $region_end = $end+4000;
2298 : arodri7 1.38 $offset = ($beg+(($end-$beg)/2))-($gd_window_size/2);
2299 : arodri7 1.37 }
2300 :     else
2301 :     {
2302 :     $region_start = $end-4000;
2303 :     $region_end = $beg+4000;
2304 : arodri7 1.38 $offset = ($end+(($beg-$end)/2))-($gd_window_size/2);
2305 :     $reverse_flag{$sim_genome} = $sim_fid;
2306 :     $gene_associations->{$sim_fid}->{"reverse_flag"} = 1;
2307 : arodri7 1.37 }
2308 :    
2309 :     # call genes in region
2310 :     my ($sim_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($sim_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2311 :     push(@$all_regions,$sim_gene_features);
2312 :     push (@start_array_region, $offset);
2313 : arodri7 1.38 foreach my $feature (@$sim_gene_features){ $all_genes{$feature} = $sim_fid;$gene_associations->{$feature}->{"main_gene"}=$sim_fid;}
2314 :     $all_genomes{$sim_genome} = 1;
2315 : arodri7 1.16 }
2316 : mkubal 1.14
2317 :     }
2318 : arodri7 1.21
2319 : arodri7 1.38 # cluster the genes
2320 :     my @all_pegs = keys %all_genes;
2321 :     my $color_sets = &cluster_genes($fig,\@all_pegs,$fid);
2322 : arodri7 1.21
2323 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
2324 :     my $sample_peg = @$region[0];
2325 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2326 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2327 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2328 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2329 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
2330 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
2331 :     };
2332 :    
2333 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
2334 : arodri7 1.16
2335 : arodri7 1.25 my $second_line_config = { 'title' => "$region_gs",
2336 :     'short_title' => "",
2337 : arodri7 1.38 'basepair_offset' => '0',
2338 :     'no_middle_line' => '1'
2339 : arodri7 1.25 };
2340 :    
2341 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
2342 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
2343 :    
2344 :     # initialize variables to check for overlap in genes
2345 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2346 :     my $major_line_flag = 0;
2347 :     my $prev_second_flag = 0;
2348 :    
2349 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
2350 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
2351 : mkubal 1.14 my $element_hash;
2352 :     my $links_list = [];
2353 :     my $descriptions = [];
2354 : arodri7 1.38
2355 :     my $color = $color_sets->{$fid1};
2356 : arodri7 1.26
2357 : arodri7 1.18 # get subsystem information
2358 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
2359 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;
2360 :    
2361 :     my $link;
2362 :     $link = {"link_title" => $fid1,
2363 :     "link" => $url_link};
2364 :     push(@$links_list,$link);
2365 :    
2366 :     my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);
2367 :     foreach my $subsystem (@subsystems){
2368 :     my $link;
2369 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
2370 :     "link_title" => $subsystem};
2371 :     push(@$links_list,$link);
2372 :     }
2373 :    
2374 :     my $description_function;
2375 :     $description_function = {"title" => "function",
2376 :     "value" => $function};
2377 :     push(@$descriptions,$description_function);
2378 :    
2379 :     my $description_ss;
2380 :     my $ss_string = join (",", @subsystems);
2381 :     $description_ss = {"title" => "subsystems",
2382 :     "value" => $ss_string};
2383 :     push(@$descriptions,$description_ss);
2384 :    
2385 : arodri7 1.16
2386 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2387 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2388 :     my($start,$stop);
2389 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
2390 :     $stop = $3 - $offsetting;
2391 : arodri7 1.25
2392 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2393 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2394 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2395 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2396 :     $second_line_flag = 1;
2397 :     $major_line_flag = 1;
2398 :     }
2399 :     }
2400 :     $prev_start = $start;
2401 :     $prev_stop = $stop;
2402 :     $prev_fig = $fid1;
2403 :    
2404 :     if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2405 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
2406 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
2407 :     }
2408 :    
2409 : mkubal 1.14 $element_hash = {
2410 : arodri7 1.16 "title" => $fid1,
2411 : mkubal 1.14 "start" => $start,
2412 :     "end" => $stop,
2413 :     "type"=> 'arrow',
2414 :     "color"=> $color,
2415 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
2416 :     "links_list" => $links_list,
2417 :     "description" => $descriptions
2418 : mkubal 1.14 };
2419 : arodri7 1.25
2420 :     # if there is an overlap, put into second line
2421 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2422 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2423 : mkubal 1.14 }
2424 :     }
2425 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
2426 : arodri7 1.25 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config) if ($major_line_flag == 1);
2427 : mkubal 1.14 }
2428 :     return $gd;
2429 :     }
2430 :    
2431 : arodri7 1.38 sub cluster_genes {
2432 :     my($fig,$all_pegs,$peg) = @_;
2433 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
2434 :    
2435 :     my @color_sets = ();
2436 :    
2437 :     $conn = &get_connections_by_similarity($fig,$all_pegs);
2438 :    
2439 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2440 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
2441 :     if (! $seen{$i}) {
2442 :     $cluster = [$i];
2443 :     $seen{$i} = 1;
2444 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
2445 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
2446 :     foreach $k (@$x) {
2447 :     if (! $seen{$k}) {
2448 :     push(@$cluster,$k);
2449 :     $seen{$k} = 1;
2450 :     }
2451 :     }
2452 :     }
2453 :    
2454 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
2455 :     push(@color_sets,$cluster);
2456 :     }
2457 :     }
2458 :     }
2459 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
2460 :     $red_set = $color_sets[$i];
2461 :     splice(@color_sets,$i,1);
2462 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
2463 :     unshift(@color_sets,$red_set);
2464 :    
2465 :     my $color_sets = {};
2466 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
2467 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
2468 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
2469 :     }
2470 :     }
2471 :     return $color_sets;
2472 :     }
2473 :    
2474 :     sub get_connections_by_similarity {
2475 :     my($fig,$all_pegs) = @_;
2476 :     my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2477 :     my($sim,%conn,$x,$y);
2478 :    
2479 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2480 :     $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
2481 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i);
2482 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2483 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2484 :     }
2485 :     }
2486 :    
2487 :     foreach $y (keys(%pos_of)) {
2488 :     $x = $pos_of{$y};
2489 :     for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2490 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2491 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2492 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2493 :     }
2494 :     }
2495 :     }
2496 :    
2497 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2498 :     foreach $sim ($fig->nsims($all_pegs->[$i],500,10,"raw")) {
2499 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2500 :     foreach $y (@$x) {
2501 :     push(@{$conn{$i}},$y);
2502 :     }
2503 :     }
2504 :     }
2505 :     }
2506 :     return \%conn;
2507 :     }
2508 :    
2509 :     sub in {
2510 :     my($x,$xL) = @_;
2511 :     my($i);
2512 :    
2513 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
2514 :     return ($i < @$xL);
2515 :     }

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