[Bio] / FigKernelPackages / Observation.pm Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.33 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : mkubal 1.19 use lib '/vol/ontologies';
4 :     use DBMaster;
5 :    
6 : mkubal 1.1 require Exporter;
7 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
8 :    
9 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
10 : mkubal 1.30 #use strict;
11 : arodri7 1.16 #use warnings;
12 : arodri7 1.9 use HTML;
13 : mkubal 1.1
14 :     1;
15 :    
16 : arodri7 1.33 # $Id: Observation.pm,v 1.32 2007/08/21 22:45:54 arodri7 Exp $
17 : mkubal 1.1
18 :     =head1 NAME
19 :    
20 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
21 :    
22 :     =head1 DESCRIPTION
23 :    
24 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
25 :     single interface to this data.
26 :    
27 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
28 :    
29 :     =cut
30 :    
31 :     =head1 BACKGROUND
32 :    
33 :     =head2 Data incorporated in the Observations
34 :    
35 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
36 :    
37 :     =head3 SEED core evidence
38 :    
39 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
40 :    
41 :     =head3 Attribute based Evidence
42 :    
43 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
44 :    
45 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
46 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
47 :    
48 :     =head1 METHODS
49 :    
50 :     The public methods this package provides are listed below:
51 :    
52 :    
53 : mkubal 1.24 =head3 context()
54 :    
55 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
56 : mkubal 1.1
57 :     =cut
58 :    
59 : mkubal 1.24 sub context {
60 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
61 :    
62 : mkubal 1.24 return $self->{context};
63 : mkubal 1.1 }
64 :    
65 : mkubal 1.24 =head3 rows()
66 : mkubal 1.1
67 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
68 : mkubal 1.1
69 : mkubal 1.24 =cut
70 :    
71 :     sub rows {
72 :     my ($self) = @_;
73 :    
74 :     return $self->{rows};
75 :     }
76 :    
77 :     =head3 acc()
78 :    
79 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
80 : mkubal 1.1
81 :     =cut
82 :    
83 : mkubal 1.24 sub acc {
84 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
85 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
86 : mkubal 1.1 }
87 :    
88 :     =head3 class()
89 :    
90 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
91 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
92 : mkubal 1.7
93 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
94 :    
95 :     =over 9
96 :    
97 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
98 :    
99 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
100 : mkubal 1.1
101 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
102 : mkubal 1.1
103 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
104 : mkubal 1.1
105 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
106 : mkubal 1.1
107 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
108 : mkubal 1.1
109 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
110 : mkubal 1.1
111 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
112 : mkubal 1.1
113 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
114 : mkubal 1.1
115 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
116 :    
117 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
118 : mkubal 1.1
119 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
120 : mkubal 1.1
121 :     =back
122 :    
123 :     =cut
124 :    
125 :     sub class {
126 :     my ($self) = @_;
127 :    
128 :     return $self->{class};
129 :     }
130 :    
131 :     =head3 type()
132 :    
133 :     The type of evidence (required).
134 :    
135 :     Where type is one of the following:
136 :    
137 :     =over 8
138 :    
139 :     =item seq=Sequence similarity
140 :    
141 :     =item dom=domain based match
142 :    
143 :     =item loc=Localization of the feature
144 :    
145 :     =item fc=Functional coupling.
146 :    
147 :     =back
148 :    
149 :     =cut
150 :    
151 :     sub type {
152 :     my ($self) = @_;
153 :    
154 : arodri7 1.26 return $self->{type};
155 : mkubal 1.1 }
156 :    
157 :     =head3 start()
158 :    
159 :     Start of hit in query sequence.
160 :    
161 :     =cut
162 :    
163 :     sub start {
164 :     my ($self) = @_;
165 :    
166 :     return $self->{start};
167 :     }
168 :    
169 :     =head3 end()
170 :    
171 :     End of the hit in query sequence.
172 :    
173 :     =cut
174 :    
175 :     sub stop {
176 :     my ($self) = @_;
177 :    
178 :     return $self->{stop};
179 :     }
180 :    
181 : arodri7 1.11 =head3 start()
182 :    
183 :     Start of hit in query sequence.
184 :    
185 :     =cut
186 :    
187 :     sub qstart {
188 :     my ($self) = @_;
189 :    
190 :     return $self->{qstart};
191 :     }
192 :    
193 :     =head3 qstop()
194 :    
195 :     End of the hit in query sequence.
196 :    
197 :     =cut
198 :    
199 :     sub qstop {
200 :     my ($self) = @_;
201 :    
202 :     return $self->{qstop};
203 :     }
204 :    
205 :     =head3 hstart()
206 :    
207 :     Start of hit in hit sequence.
208 :    
209 :     =cut
210 :    
211 :     sub hstart {
212 :     my ($self) = @_;
213 :    
214 :     return $self->{hstart};
215 :     }
216 :    
217 :     =head3 end()
218 :    
219 :     End of the hit in hit sequence.
220 :    
221 :     =cut
222 :    
223 :     sub hstop {
224 :     my ($self) = @_;
225 :    
226 :     return $self->{hstop};
227 :     }
228 :    
229 :     =head3 qlength()
230 :    
231 :     length of the query sequence in similarities
232 :    
233 :     =cut
234 :    
235 :     sub qlength {
236 :     my ($self) = @_;
237 :    
238 :     return $self->{qlength};
239 :     }
240 :    
241 :     =head3 hlength()
242 :    
243 :     length of the hit sequence in similarities
244 :    
245 :     =cut
246 :    
247 :     sub hlength {
248 :     my ($self) = @_;
249 :    
250 :     return $self->{hlength};
251 :     }
252 :    
253 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
254 :    
255 :     E-value or P-Value if present.
256 :    
257 :     =cut
258 :    
259 :     sub evalue {
260 :     my ($self) = @_;
261 :    
262 :     return $self->{evalue};
263 :     }
264 :    
265 :     =head3 score()
266 :    
267 :     Score if present.
268 :    
269 :     =cut
270 :    
271 :     sub score {
272 :     my ($self) = @_;
273 :     return $self->{score};
274 :     }
275 :    
276 : mkubal 1.12 =head3 display()
277 : mkubal 1.1
278 : mkubal 1.12 will be different for each type
279 : mkubal 1.1
280 :     =cut
281 :    
282 : mkubal 1.7 sub display {
283 : mkubal 1.1
284 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
285 : mkubal 1.1
286 :     }
287 :    
288 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
289 : mkubal 1.7
290 : mkubal 1.24 will be different for each type
291 : mkubal 1.1
292 : mkubal 1.24 =cut
293 : mkubal 1.1
294 : mkubal 1.24 sub display_table {
295 :    
296 :     die "Abstract Table Method Called\n";
297 : mkubal 1.1
298 :     }
299 :    
300 :     =head3 get_objects()
301 :    
302 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
303 :    
304 :     =cut
305 :    
306 :     sub get_objects {
307 : mkubal 1.24 my ($self,$fid,$scope) = @_;
308 : mkubal 1.7
309 :     my $objects = [];
310 :     my @matched_datasets=();
311 : arodri7 1.28 my $fig = new FIG;
312 : mkubal 1.1
313 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
314 :     # returns an array of arrays of hashes
315 :    
316 : mkubal 1.24 if($scope){
317 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
318 : mkubal 1.7 }
319 :     else{
320 :     my %domain_classes;
321 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
322 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
323 : arodri7 1.33 get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
324 : arodri7 1.28 get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes);
325 : mkubal 1.24 get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
326 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
327 : arodri7 1.28 get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
328 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
329 : mkubal 1.1 }
330 : mkubal 1.7
331 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
332 :     my $object;
333 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
334 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
335 :     }
336 : arodri7 1.9 if($dataset->{'class'} eq "PCH"){
337 :     $object = Observation::FC->new($dataset);
338 :     }
339 :     if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
340 :     $object = Observation::Identical->new($dataset);
341 :     }
342 : mkubal 1.12 if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
343 :     $object = Observation::Location->new($dataset);
344 :     }
345 : arodri7 1.10 if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
346 :     $object = Observation::Sims->new($dataset);
347 :     }
348 : arodri7 1.15 if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
349 :     $object = Observation::Cluster->new($dataset);
350 :     }
351 : mkubal 1.20 if ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
352 :     $object = Observation::PDB->new($dataset);
353 :     }
354 :    
355 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
356 : mkubal 1.1 }
357 : mkubal 1.7
358 :     return $objects;
359 : mkubal 1.1
360 :     }
361 :    
362 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
363 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
364 :    
365 :     =cut
366 :     sub display_housekeeping {
367 :     my ($self,$fid) = @_;
368 :     my $fig = new FIG;
369 :     my $content;
370 :    
371 :     my $org_name = $fig->org_of($fid);
372 :     my $org_id = $fig->orgid_of_orgname($org_name);
373 :     my $loc = $fig->feature_location($fid);
374 :     my($contig, $beg, $end) = $fig->boundaries_of($loc);
375 :     my $strand = ($beg <= $end)? '+' : '-';
376 :     my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($fid);
377 :     my $function = $fig->function_of($fid);
378 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
379 :     my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
380 :     my @ecs = ($function =~ /\(EC\s(\d+\.[-\d+]+\.[-\d+]+\.[-\d+]+)\)/g);
381 :    
382 :     $content .= qq(<b>General Protein Data</b><br><br><br><table border="0">);
383 :     $content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
384 :     $content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name,&nbsp;&nbsp;$org_id</td></tr>\n);
385 :     $content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
386 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>FIG Organism ID</td><td>$org_id</td></tr>\n);
387 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>Gene Location</td><td>Contig $contig [$beg,$end], Strand $strand</td></tr>\n);;
388 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
389 :     if ( @ecs ) {
390 :     $content .= qq(<tr><td>EC:</td><td>);
391 :     foreach my $ec ( @ecs ) {
392 :     my $ec_name = $fig->ec_name($ec);
393 :     $content .= join(" -- ", $ec, $ec_name) . "<br>\n";
394 :     }
395 :     $content .= qq(</td></tr>\n);
396 :     }
397 :    
398 :     if ( @subsystems ) {
399 :     $content .= qq(<tr><td>Subsystems</td><td>);
400 :     foreach my $subsystem ( @subsystems ) {
401 :     $content .= join(" -- ", @$subsystem) . "<br>\n";
402 :     }
403 :     }
404 :    
405 :     my %groups;
406 :     if ( @aliases ) {
407 :     # get the db for each alias
408 :     foreach my $alias (@aliases){
409 :     $groups{$alias} = &get_database($alias);
410 :     }
411 :    
412 :     # group ids by aliases
413 :     my %db_aliases;
414 :     foreach my $key (sort {$groups{$a} cmp $groups{$b}} keys %groups){
415 :     push (@{$db_aliases{$groups{$key}}}, $key);
416 :     }
417 :    
418 :    
419 :     $content .= qq(<tr><td>Aliases</td><td><table border="0">);
420 :     foreach my $key (sort keys %db_aliases){
421 :     $content .= qq(<tr><td>$key:</td><td>) . join(", ", @{$db_aliases{$key}}) . qq(</td></tr\n);
422 :     }
423 :     $content .= qq(</td></tr></table>\n);
424 :     }
425 :    
426 :     $content .= qq(</table><p>\n);
427 :    
428 :     return ($content);
429 :     }
430 :    
431 :     =head3 get_sims_summary
432 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
433 :    
434 :     =cut
435 :    
436 :     sub get_sims_summary {
437 :     my ($observation, $fid) = @_;
438 :     my $fig = new FIG;
439 :     my %families;
440 :     my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"all");
441 :    
442 :     foreach my $sim (@sims){
443 :     next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);
444 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
445 :     my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
446 :     my $parent_tax = "Root";
447 :     foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
448 :     push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
449 :     $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
450 :     $parent_tax = $tax;
451 :     }
452 :     }
453 :    
454 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
455 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
456 :    
457 :     my %saw;
458 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
459 :     $families{children}{$key} = \@out;
460 :     }
461 :     return (\%families);
462 :     }
463 :    
464 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
465 :    
466 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
467 :    
468 :     B<Please do not use them outside of this package!>
469 :    
470 :     =cut
471 :    
472 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
473 :    
474 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
475 : arodri7 1.28 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref) = (@_);
476 : mkubal 1.7
477 :     my $fig = new FIG;
478 : arodri7 1.28
479 :     foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
480 :     # foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {
481 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
482 :     my @parts = split("::",$key);
483 :     my $class = $parts[0];
484 :    
485 :     if($domain_classes->{$parts[0]}){
486 :     my $val = @$attr_ref[2];
487 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
488 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
489 : mkubal 1.8 my $from = $2;
490 :     my $to = $3;
491 : mkubal 1.7 my $evalue;
492 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
493 :     my $part2 = 1000 - $1;
494 :     my $part1 = $2/100;
495 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
496 :     }
497 :     else{
498 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
499 : mkubal 1.7 }
500 :    
501 :     my $dataset = {'class' => $class,
502 :     'acc' => $key,
503 :     'type' => "dom" ,
504 :     'evalue' => $evalue,
505 :     'start' => $from,
506 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
507 :     'fig_id' => $fid,
508 :     'score' => $raw_evalue
509 : mkubal 1.7 };
510 :    
511 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
512 :     }
513 :     }
514 :     }
515 :     }
516 : mkubal 1.12
517 :     sub get_attribute_based_location_observations{
518 :    
519 : arodri7 1.28 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
520 : mkubal 1.12 my $fig = new FIG;
521 :    
522 : mkubal 1.30 my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED','Phobius'];
523 : mkubal 1.12
524 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
525 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
526 :     'fig_id' => $fid
527 :     };
528 :    
529 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
530 :     # foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {
531 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
532 : mkubal 1.30 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/) && ($key !~/Phobius/) );
533 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
534 :     my $sub_class = $parts[0];
535 :     my $sub_key = $parts[1];
536 :     my $value = @$attr_ref[2];
537 :     if($sub_class eq "SignalP"){
538 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
539 :     my @value_parts = split(";",$value);
540 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
541 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
542 : arodri7 1.28 # print STDERR "LOC: $value_parts[1]";
543 : mkubal 1.12 }
544 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
545 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
546 :     }
547 :     }
548 : mkubal 1.30
549 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "CELLO"){
550 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
551 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
552 :     }
553 : mkubal 1.30
554 :     elsif($sub_class eq "Phobius"){
555 :     if($sub_key eq "transmembrane"){
556 :     $dataset->{'phobius_tm_locations'} = $value;
557 :     }
558 :     elsif($sub_key eq "signal"){
559 :     $dataset->{'phobius_signal_location'} = $value;
560 :     }
561 :     }
562 :    
563 : mkubal 1.12 elsif($sub_class eq "TMPRED"){
564 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
565 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
566 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
567 :     }
568 :     }
569 :    
570 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
571 :    
572 :     }
573 :    
574 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
575 :    
576 :     This methods sets the type and class for pdb observations
577 :    
578 :     =cut
579 :    
580 :     sub get_pdb_observations{
581 : arodri7 1.28 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
582 : mkubal 1.20
583 :     my $fig = new FIG;
584 :    
585 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
586 :     #foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,'PDB')) {
587 : mkubal 1.20
588 :     my $key = @$attr_ref[1];
589 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
590 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
591 :     my $value = @$attr_ref[2];
592 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
593 :    
594 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
595 :     my $part2 = 1000 - $1;
596 :     my $part1 = $2/100;
597 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
598 :     }
599 :    
600 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
601 :    
602 :     my $url = @$attr_ref[3];
603 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
604 :     'type' => 'seq' ,
605 :     'acc' => $key2,
606 :     'evalue' => $evalue,
607 :     'start' => $start,
608 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
609 :     'fig_id' => $fid
610 : mkubal 1.20 };
611 :    
612 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
613 :     }
614 :     }
615 :    
616 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
617 :    
618 :     This methods sets the type and class for cluster observations
619 :    
620 :     =cut
621 :    
622 :     sub get_cluster_observations{
623 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
624 : arodri7 1.15
625 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
626 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
627 :     'context' => $scope,
628 :     'fig_id' => $fid
629 : arodri7 1.16 };
630 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
631 :     }
632 :    
633 :    
634 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
635 :    
636 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
637 :    
638 :     =cut
639 :    
640 :     sub get_sims_observations{
641 :    
642 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
643 : mkubal 1.4 my $fig = new FIG;
644 : arodri7 1.26 my @sims= $fig->nsims($fid,500,1e-20,"all");
645 : mkubal 1.4 my ($dataset);
646 : arodri7 1.26
647 :     my %id_list;
648 : mkubal 1.3 foreach my $sim (@sims){
649 : mkubal 1.4 my $hit = $sim->[1];
650 : arodri7 1.26
651 :     next if ($hit !~ /^fig\|/);
652 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($hit);
653 :     foreach my $alias (@aliases){
654 :     $id_list{$alias} = 1;
655 :     }
656 :     }
657 :    
658 :     my %already;
659 :     my (@new_sims, @uniprot);
660 :     foreach my $sim (@sims){
661 :     my $hit = $sim->[1];
662 :     my ($id) = ($hit) =~ /\|(.*)/;
663 :     next if (defined($already{$id}));
664 :     next if (defined($id_list{$hit}));
665 :     push (@new_sims, $sim);
666 :     $already{$id} = 1;
667 :     }
668 :    
669 :     foreach my $sim (@new_sims){
670 :     my $hit = $sim->[1];
671 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
672 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
673 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
674 :     my $qto = $sim->[7];
675 :     my $hfrom = $sim->[8];
676 :     my $hto = $sim->[9];
677 :     my $qlength = $sim->[12];
678 :     my $hlength = $sim->[13];
679 :     my $db = get_database($hit);
680 :     my $func = $fig->function_of($hit);
681 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
682 :    
683 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
684 :     'acc' => $hit,
685 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
686 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
687 :     'evalue' => $evalue,
688 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
689 :     'qstop' => $qto,
690 :     'hstart' => $hfrom,
691 :     'hstop' => $hto,
692 :     'database' => $db,
693 :     'organism' => $organism,
694 :     'function' => $func,
695 :     'qlength' => $qlength,
696 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
697 :     'fig_id' => $fid
698 : arodri7 1.10 };
699 :    
700 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
701 : mkubal 1.3 }
702 :     }
703 :    
704 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
705 :     This method gets the database association from the sequence id
706 :    
707 :     =cut
708 :    
709 :     sub get_database{
710 :     my ($id) = (@_);
711 :    
712 :     my ($db);
713 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
714 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
715 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
716 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
717 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
718 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
719 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
720 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
721 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
722 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
723 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
724 :    
725 :     return ($db);
726 :    
727 :     }
728 :    
729 : mkubal 1.24
730 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
731 :    
732 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
733 :    
734 :     =cut
735 :    
736 :     sub get_identical_proteins{
737 :    
738 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
739 :     my $fig = new FIG;
740 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
741 : arodri7 1.5
742 : arodri7 1.33 # my %id_list;
743 : arodri7 1.5 my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
744 : arodri7 1.33 # my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
745 :     # foreach my $alias (@aliases){
746 :     # $id_list{$alias} = 1;
747 :     # }
748 : arodri7 1.26
749 : arodri7 1.5 foreach my $id (@maps_to) {
750 :     my ($tmp, $who);
751 : arodri7 1.33 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
752 :     # if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id)) && (! defined ($id_list{$id}))) {
753 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
754 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
755 : arodri7 1.5 }
756 :     }
757 :    
758 :     my ($dataset);
759 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
760 :     'type' => 'seq',
761 :     'fig_id' => $fid,
762 :     'rows' => $funcs_ref
763 :     };
764 :    
765 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
766 :    
767 : arodri7 1.5
768 :     }
769 :    
770 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
771 :    
772 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
773 :    
774 :     =cut
775 :    
776 :     sub get_functional_coupling{
777 :    
778 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
779 :     my $fig = new FIG;
780 :     my @funcs = ();
781 :    
782 :     # initialize some variables
783 :     my($sc,$neigh);
784 :    
785 :     # set default parameters for coupling and evidence
786 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
787 :    
788 :     # get the fc data
789 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
790 :    
791 :     # retrieve data
792 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
793 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
794 :     } @fc_data;
795 :    
796 :     my ($dataset);
797 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
798 :     'type' => 'fc',
799 :     'fig_id' => $fid,
800 :     'rows' => \@rows
801 :     };
802 :    
803 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
804 : arodri7 1.9
805 : arodri7 1.6 }
806 : arodri7 1.5
807 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
808 :    
809 :     Instantiate a new object.
810 :    
811 :     =cut
812 :    
813 :     sub new {
814 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
815 :    
816 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
817 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
818 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
819 :     score => $dataset->{'score'},
820 : arodri7 1.10 };
821 : mkubal 1.7
822 :     bless($self,$class);
823 : mkubal 1.1
824 :     return $self;
825 :     }
826 :    
827 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
828 :    
829 :     Returns the % identity of the similar sequence
830 :    
831 :     =cut
832 :    
833 :     sub identity {
834 :     my ($self) = @_;
835 :    
836 :     return $self->{identity};
837 :     }
838 :    
839 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
840 :    
841 :     =cut
842 :    
843 :     sub fig_id {
844 :     my ($self) = @_;
845 :     return $self->{fig_id};
846 :     }
847 :    
848 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
849 :    
850 :    
851 :     =cut
852 :    
853 :     sub feature_id {
854 :     my ($self) = @_;
855 :    
856 :     return $self->{feature_id};
857 :     }
858 : arodri7 1.5
859 :     =head3 id (internal)
860 :    
861 :     Returns the ID of the identical sequence
862 :    
863 :     =cut
864 :    
865 :     sub id {
866 :     my ($self) = @_;
867 :    
868 :     return $self->{id};
869 :     }
870 :    
871 :     =head3 organism (internal)
872 :    
873 :     Returns the organism of the identical sequence
874 :    
875 :     =cut
876 :    
877 :     sub organism {
878 :     my ($self) = @_;
879 :    
880 :     return $self->{organism};
881 :     }
882 :    
883 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
884 :    
885 :     Returns the function of the identical sequence
886 :    
887 :     =cut
888 :    
889 :     sub function {
890 :     my ($self) = @_;
891 :    
892 :     return $self->{function};
893 :     }
894 :    
895 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
896 :    
897 :     Returns the database of the identical sequence
898 :    
899 :     =cut
900 :    
901 :     sub database {
902 :     my ($self) = @_;
903 :    
904 :     return $self->{database};
905 :     }
906 :    
907 : mkubal 1.24 sub score {
908 :     my ($self) = @_;
909 :    
910 :     return $self->{score};
911 :     }
912 :    
913 : mkubal 1.20 ############################################################
914 :     ############################################################
915 :     package Observation::PDB;
916 :    
917 :     use base qw(Observation);
918 :    
919 :     sub new {
920 :    
921 :     my ($class,$dataset) = @_;
922 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
923 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
924 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
925 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
926 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
927 :     bless($self,$class);
928 :     return $self;
929 :     }
930 :    
931 :     =head3 display()
932 :    
933 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
934 :    
935 :     =cut
936 :    
937 :     sub display{
938 : mkubal 1.24 my ($self,$gd) = @_;
939 : mkubal 1.20
940 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
941 : mkubal 1.20 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
942 :    
943 :     my $acc = $self->acc;
944 :    
945 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
946 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
947 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
948 :     $pdb_description = "not available";
949 :     $pdb_source = "not available";
950 :     $pdb_ligand = "not available";
951 :     }
952 :     else{
953 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
954 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
955 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
956 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
957 :     }
958 : arodri7 1.6
959 : mkubal 1.20 my $lines = [];
960 :     my $line_data = [];
961 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
962 :     'short_title' => "best PDB",
963 :     'basepair_offset' => '1' };
964 :    
965 :     my $fig = new FIG;
966 :     my $seq = $fig->get_translation($fid);
967 :     my $fid_stop = length($seq);
968 :    
969 :     my $fid_element_hash = {
970 :     "title" => $fid,
971 :     "start" => '1',
972 :     "end" => $fid_stop,
973 :     "color"=> '1',
974 :     "zlayer" => '1'
975 :     };
976 :    
977 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
978 :    
979 :     my $links_list = [];
980 :     my $descriptions = [];
981 :    
982 :     my $name;
983 :     $name = {"title" => 'id',
984 :     "value" => $acc};
985 :     push(@$descriptions,$name);
986 :    
987 :     my $description;
988 :     $description = {"title" => 'pdb description',
989 :     "value" => $pdb_description};
990 :     push(@$descriptions,$description);
991 :    
992 :     my $score;
993 :     $score = {"title" => "score",
994 :     "value" => $self->evalue};
995 :     push(@$descriptions,$score);
996 :    
997 :     my $start_stop;
998 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
999 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
1000 :     "value" => $start_stop_value};
1001 :     push(@$descriptions,$start_stop);
1002 :    
1003 :     my $source;
1004 :     $source = {"title" => "source",
1005 :     "value" => $pdb_source};
1006 :     push(@$descriptions,$source);
1007 :    
1008 :     my $ligand;
1009 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
1010 :     "value" => $pdb_ligand};
1011 :     push(@$descriptions,$ligand);
1012 :    
1013 :     my $link;
1014 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1015 :    
1016 :     $link = {"link_title" => $acc,
1017 :     "link" => $link_url};
1018 :     push(@$links_list,$link);
1019 :    
1020 :     my $pdb_element_hash = {
1021 :     "title" => "PDB homology",
1022 :     "start" => $self->start,
1023 :     "end" => $self->stop,
1024 :     "color"=> '6',
1025 :     "zlayer" => '3',
1026 :     "links_list" => $links_list,
1027 :     "description" => $descriptions};
1028 :    
1029 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1030 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1031 :    
1032 :     return $gd;
1033 :     }
1034 :    
1035 :     1;
1036 : arodri7 1.11
1037 : arodri7 1.9 ############################################################
1038 :     ############################################################
1039 :     package Observation::Identical;
1040 :    
1041 :     use base qw(Observation);
1042 :    
1043 :     sub new {
1044 :    
1045 :     my ($class,$dataset) = @_;
1046 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1047 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1048 :    
1049 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1050 :     return $self;
1051 :     }
1052 :    
1053 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1054 : arodri7 1.6
1055 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1056 :     This code will display a table for the identical protein
1057 :    
1058 :    
1059 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1060 :     dence.
1061 : arodri7 1.6
1062 :     =cut
1063 :    
1064 :    
1065 : mkubal 1.24 sub display_table{
1066 :     my ($self) = @_;
1067 :    
1068 :     my $fig = new FIG;
1069 :     my $fid = $self->fig_id;
1070 :     my $rows = $self->rows;
1071 :     my $cgi = new CGI;
1072 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1073 :     my $count_identical = 0;
1074 : arodri7 1.9 my $content;
1075 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1076 :     my $id = $row->[0];
1077 :     my $who = $row->[1];
1078 :     my $assignment = $row->[2];
1079 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
1080 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1081 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1082 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1083 :     push(@$single_domain,$organism);
1084 :     push(@$single_domain,$assignment);
1085 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1086 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1087 : arodri7 1.6 }
1088 :    
1089 :     if ($count_identical >0){
1090 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1091 : arodri7 1.6 }
1092 :     else{
1093 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1094 : arodri7 1.6 }
1095 :     return ($content);
1096 :     }
1097 : mkubal 1.7
1098 : arodri7 1.9 1;
1099 :    
1100 :     #########################################
1101 :     #########################################
1102 :     package Observation::FC;
1103 :     1;
1104 :    
1105 :     use base qw(Observation);
1106 :    
1107 :     sub new {
1108 :    
1109 :     my ($class,$dataset) = @_;
1110 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1111 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1112 : arodri7 1.9
1113 :     bless($self,$class);
1114 :     return $self;
1115 :     }
1116 :    
1117 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1118 : arodri7 1.9
1119 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1120 :     This code will display a table for the identical protein
1121 :    
1122 :    
1123 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1124 :     dence.
1125 :    
1126 :     =cut
1127 :    
1128 : mkubal 1.24 sub display_table {
1129 : arodri7 1.9
1130 : mkubal 1.24 my ($self,$dataset) = @_;
1131 :     my $fid = $self->fig_id;
1132 :     my $rows = $self->rows;
1133 :     my $cgi = new CGI;
1134 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1135 :     my $count = 0;
1136 :     my $content;
1137 :    
1138 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1139 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1140 :     $count++;
1141 :    
1142 :     # construct the score link
1143 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1144 :     my $toid = $row->[1];
1145 : arodri7 1.9 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
1146 :     my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
1147 :    
1148 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1149 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1150 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1151 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1152 :     }
1153 :    
1154 :     if ($count >0){
1155 :     $content = $functional_data;
1156 :     }
1157 :     else
1158 :     {
1159 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1160 :     }
1161 :     return ($content);
1162 :     }
1163 :    
1164 :    
1165 :     #########################################
1166 :     #########################################
1167 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1168 :    
1169 :     use base qw(Observation);
1170 :    
1171 :     sub new {
1172 :    
1173 :     my ($class,$dataset) = @_;
1174 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1175 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1176 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1177 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1178 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1179 :    
1180 :     bless($self,$class);
1181 :     return $self;
1182 :     }
1183 :    
1184 :     sub display {
1185 :     my ($thing,$gd) = @_;
1186 :     my $lines = [];
1187 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1188 :     # 'short_title' => $thing->type,
1189 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1190 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1191 :    
1192 :     my $line_data = [];
1193 :     my $links_list = [];
1194 :     my $descriptions = [];
1195 : mkubal 1.19
1196 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1197 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1198 :    
1199 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1200 : mkubal 1.7
1201 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1202 :     if($db eq "CDD"){
1203 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1204 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1205 :     $name_title = "name";
1206 :     $name_value = "not available";
1207 :     $description_title = "description";
1208 :     $description_value = "not available";
1209 :     }
1210 :     else{
1211 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1212 :     $name_title = "name";
1213 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1214 :     $description_title = "description";
1215 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1216 :     }
1217 :     }
1218 : arodri7 1.27
1219 :     my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1220 :     'short_title' => $name_value,
1221 :     'basepair_offset' => '1' };
1222 : mkubal 1.7
1223 : mkubal 1.19 my $name;
1224 :     $name = {"title" => $name_title,
1225 :     "value" => $name_value};
1226 :     push(@$descriptions,$name);
1227 :    
1228 :     my $description;
1229 :     $description = {"title" => $description_title,
1230 :     "value" => $description_value};
1231 :     push(@$descriptions,$description);
1232 : mkubal 1.7
1233 :     my $score;
1234 :     $score = {"title" => "score",
1235 :     "value" => $thing->evalue};
1236 :     push(@$descriptions,$score);
1237 :    
1238 :     my $link_id;
1239 : mkubal 1.12 if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){
1240 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1241 :     }
1242 :    
1243 :     my $link;
1244 : mkubal 1.12 my $link_url;
1245 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1246 :     elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1247 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1248 :    
1249 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1250 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1251 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1252 :    
1253 :     my $element_hash = {
1254 :     "title" => $thing->type,
1255 :     "start" => $thing->start,
1256 :     "end" => $thing->stop,
1257 :     "color"=> $color,
1258 :     "zlayer" => '2',
1259 :     "links_list" => $links_list,
1260 :     "description" => $descriptions};
1261 :    
1262 :     push(@$line_data,$element_hash);
1263 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1264 :    
1265 :     return $gd;
1266 :    
1267 :     }
1268 : arodri7 1.28
1269 :     sub display_table {
1270 :     my ($self,$dataset) = @_;
1271 :     my $cgi = new CGI;
1272 :     my $data = [];
1273 :     my $count = 0;
1274 :     my $content;
1275 :    
1276 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1277 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1278 :     my $single_domain = [];
1279 :     $count++;
1280 :    
1281 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1282 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1283 :    
1284 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1285 :    
1286 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1287 :     if($db eq "CDD"){
1288 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1289 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1290 :     $name_title = "name";
1291 :     $name_value = "not available";
1292 :     $description_title = "description";
1293 :     $description_value = "not available";
1294 :     }
1295 :     else{
1296 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1297 :     $name_title = "name";
1298 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1299 :     $description_title = "description";
1300 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1301 :     }
1302 :     }
1303 :    
1304 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1305 :    
1306 :     push(@$single_domain,$db);
1307 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1308 :     push(@$single_domain,$name_value);
1309 :     push(@$single_domain,$location);
1310 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1311 :     push(@$single_domain,$description_value);
1312 :     push(@$data,$single_domain);
1313 :     }
1314 :    
1315 :     if ($count >0){
1316 :     $content = $data;
1317 :     }
1318 :     else
1319 :     {
1320 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1321 :     }
1322 :     }
1323 :    
1324 : mkubal 1.7
1325 : arodri7 1.10 #########################################
1326 :     #########################################
1327 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1328 :    
1329 :     use base qw(Observation);
1330 :    
1331 :     sub new {
1332 :    
1333 :     my ($class,$dataset) = @_;
1334 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1335 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1336 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1337 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1338 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1339 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1340 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1341 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1342 : mkubal 1.30 $self->{phobius_signal_location} = $dataset->{'phobius_signal_location'};
1343 :     $self->{phobius_tm_locations} = $dataset->{'phobius_tm_locations'};
1344 : mkubal 1.12
1345 :     bless($self,$class);
1346 :     return $self;
1347 :     }
1348 :    
1349 :     sub display {
1350 : mkubal 1.24 my ($thing,$gd) = @_;
1351 : mkubal 1.12
1352 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1353 : mkubal 1.12 my $fig= new FIG;
1354 :     my $length = length($fig->get_translation($fid));
1355 :    
1356 :     my $cleavage_prob;
1357 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1358 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1359 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1360 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1361 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1362 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1363 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1364 :    
1365 : mkubal 1.30 my $phobius_signal_location = $thing->phobius_signal_location;
1366 :     my @phobius_tm_locations = split(",",$thing->phobius_tm_locations);
1367 :    
1368 : mkubal 1.12 my $lines = [];
1369 :    
1370 :     #color is
1371 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1372 : mkubal 1.12
1373 :     if($cello_location){
1374 :     my $cello_descriptions = [];
1375 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1376 :    
1377 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1378 :     'short_title' => 'CELLO',
1379 :     'basepair_offset' => '1' };
1380 :    
1381 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1382 :     "value" => $cello_location};
1383 :    
1384 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1385 :    
1386 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1387 :     "value" => $cello_score};
1388 :    
1389 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1390 :    
1391 :     my $element_hash = {
1392 :     "title" => "CELLO",
1393 :     "start" => "1",
1394 :     "end" => $length + 1,
1395 :     "color"=> $color,
1396 :     "type" => 'box',
1397 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1398 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1399 :    
1400 :     push(@$line_data,$element_hash);
1401 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1402 : mkubal 1.12 }
1403 :    
1404 : arodri7 1.28
1405 :     $color = "2";
1406 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1407 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1408 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1409 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1410 :     'basepair_offset' => '1' };
1411 :    
1412 :    
1413 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1414 :     my $descriptions = [];
1415 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1416 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1417 :     "value" => $tmpred_score};
1418 :    
1419 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1420 :    
1421 :     my $element_hash = {
1422 :     "title" => "transmembrane location",
1423 :     "start" => $begin + 1,
1424 :     "end" => $end + 1,
1425 :     "color"=> $color,
1426 :     "zlayer" => '5',
1427 :     "type" => 'smallbox',
1428 :     "description" => $descriptions};
1429 :    
1430 :     push(@$line_data,$element_hash);
1431 : arodri7 1.28
1432 : mkubal 1.12 }
1433 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1434 : mkubal 1.12 }
1435 :    
1436 : mkubal 1.30 if((scalar(@phobius_tm_locations) > 0) || $phobius_signal_location){
1437 :     my $line_data =[];
1438 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1439 :     'short_title' => 'Phobius',
1440 :     'basepair_offset' => '1' };
1441 :    
1442 :     foreach my $tm_loc (@phobius_tm_locations){
1443 :     my $descriptions = [];
1444 :     my $description_phobius_tm_locations = {"title" => 'Phobius TM Location',
1445 :     "value" => $tm_loc};
1446 :     push(@$descriptions,$description_phobius_tm_locations);
1447 :    
1448 :     my ($begin,$end) =split("-",$tm_loc);
1449 :    
1450 :     my $element_hash = {
1451 :     "title" => "phobius transmembrane location",
1452 :     "start" => $begin + 1,
1453 :     "end" => $end + 1,
1454 :     "color"=> '6',
1455 :     "zlayer" => '4',
1456 :     "type" => 'bigbox',
1457 :     "description" => $descriptions};
1458 :    
1459 :     push(@$line_data,$element_hash);
1460 :    
1461 :     }
1462 :    
1463 :     if($phobius_signal_location){
1464 :     my $descriptions = [];
1465 :     my $description_phobius_signal_location = {"title" => 'Phobius Signal Location',
1466 :     "value" => $phobius_signal_location};
1467 :     push(@$descriptions,$description_phobius_signal_location);
1468 :    
1469 :    
1470 :     my ($begin,$end) =split("-",$phobius_signal_location);
1471 :     my $element_hash = {
1472 :     "title" => "phobius signal locations",
1473 :     "start" => $begin + 1,
1474 :     "end" => $end + 1,
1475 :     "color"=> '1',
1476 :     "zlayer" => '5',
1477 :     "type" => 'box',
1478 :     "description" => $descriptions};
1479 :     push(@$line_data,$element_hash);
1480 :     }
1481 :    
1482 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1483 :     }
1484 :    
1485 :    
1486 : arodri7 1.28 $color = "1";
1487 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1488 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1489 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1490 : arodri7 1.28
1491 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1492 :     'short_title' => 'SignalP',
1493 :     'basepair_offset' => '1' };
1494 :    
1495 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1496 :     "value" => $signal_peptide_score};
1497 :    
1498 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1499 :    
1500 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1501 :     "value" => $cleavage_prob};
1502 :    
1503 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1504 :    
1505 :     my $element_hash = {
1506 :     "title" => "SignalP",
1507 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1508 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1509 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1510 :     "color"=> $color,
1511 :     "zlayer" => '10',
1512 :     "description" => $descriptions};
1513 :    
1514 :     push(@$line_data,$element_hash);
1515 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1516 : mkubal 1.12 }
1517 :    
1518 :     return ($gd);
1519 :    
1520 :     }
1521 :    
1522 :     sub cleavage_loc {
1523 :     my ($self) = @_;
1524 :    
1525 :     return $self->{cleavage_loc};
1526 :     }
1527 :    
1528 :     sub cleavage_prob {
1529 :     my ($self) = @_;
1530 :    
1531 :     return $self->{cleavage_prob};
1532 :     }
1533 :    
1534 :     sub signal_peptide_score {
1535 :     my ($self) = @_;
1536 :    
1537 :     return $self->{signal_peptide_score};
1538 :     }
1539 :    
1540 :     sub tmpred_score {
1541 :     my ($self) = @_;
1542 :    
1543 :     return $self->{tmpred_score};
1544 :     }
1545 :    
1546 :     sub tmpred_locations {
1547 :     my ($self) = @_;
1548 :    
1549 :     return $self->{tmpred_locations};
1550 :     }
1551 :    
1552 :     sub cello_location {
1553 :     my ($self) = @_;
1554 :    
1555 :     return $self->{cello_location};
1556 :     }
1557 :    
1558 :     sub cello_score {
1559 :     my ($self) = @_;
1560 :    
1561 :     return $self->{cello_score};
1562 :     }
1563 :    
1564 : mkubal 1.30 sub phobius_signal_location {
1565 :     my ($self) = @_;
1566 :     return $self->{phobius_signal_location};
1567 :     }
1568 :    
1569 :     sub phobius_tm_locations {
1570 :     my ($self) = @_;
1571 :     return $self->{phobius_tm_locations};
1572 :     }
1573 :    
1574 :    
1575 : mkubal 1.12
1576 :     #########################################
1577 :     #########################################
1578 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1579 :    
1580 :     use base qw(Observation);
1581 :    
1582 :     sub new {
1583 :    
1584 :     my ($class,$dataset) = @_;
1585 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1586 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1587 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1588 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1589 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1590 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1591 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1592 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1593 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1594 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1595 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1596 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1597 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1598 : arodri7 1.10
1599 :     bless($self,$class);
1600 :     return $self;
1601 :     }
1602 :    
1603 : arodri7 1.25 =head3 display()
1604 :    
1605 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1606 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1607 :    
1608 :     =cut
1609 :    
1610 :     sub display {
1611 :     my ($self,$gd) = @_;
1612 :    
1613 :     my $fig = new FIG;
1614 :     my $peg = $self->acc;
1615 :    
1616 :     my $organism = $self->organism;
1617 : arodri7 1.28 my $genome = $fig->genome_of($peg);
1618 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1619 : arodri7 1.25 my $function = $self->function;
1620 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1621 :     my $align_start = $self->qstart;
1622 :     my $align_stop = $self->qstop;
1623 :     my $hit_start = $self->hstart;
1624 :     my $hit_stop = $self->hstop;
1625 :    
1626 : arodri7 1.28 my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1627 :    
1628 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1629 : arodri7 1.25 'short_title' => "$abbrev_name",
1630 : arodri7 1.28 'title_link' => '$tax_link',
1631 : arodri7 1.25 'basepair_offset' => '0'
1632 :     };
1633 :    
1634 :     my $line_data = [];
1635 :    
1636 :     my $element_hash;
1637 :     my $links_list = [];
1638 :     my $descriptions = [];
1639 :    
1640 :     # get subsystem information
1641 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$peg;
1642 :    
1643 :     my $link;
1644 :     $link = {"link_title" => $peg,
1645 :     "link" => $url_link};
1646 :     push(@$links_list,$link);
1647 :    
1648 :     my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1649 :     foreach my $subsystem (@subsystems){
1650 :     my $link;
1651 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1652 :     "link_title" => $subsystem};
1653 :     push(@$links_list,$link);
1654 :     }
1655 :    
1656 :     my $description_function;
1657 :     $description_function = {"title" => "function",
1658 :     "value" => $function};
1659 :     push(@$descriptions,$description_function);
1660 :    
1661 : arodri7 1.26 my ($description_ss, $ss_string);
1662 :     $ss_string = join (",", @subsystems);
1663 : arodri7 1.25 $description_ss = {"title" => "subsystems",
1664 :     "value" => $ss_string};
1665 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1666 :    
1667 :     my $description_loc;
1668 :     $description_loc = {"title" => "location start",
1669 :     "value" => $hit_start};
1670 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1671 :    
1672 :     $description_loc = {"title" => "location stop",
1673 :     "value" => $hit_stop};
1674 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1675 :    
1676 :     my $evalue = $self->evalue;
1677 :     while ($evalue =~ /-0/)
1678 :     {
1679 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1680 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1681 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1682 :     }
1683 :    
1684 : arodri7 1.26 my $color = &color($evalue);
1685 : arodri7 1.25
1686 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1687 :     "value" => $evalue};
1688 :     push(@$descriptions, $description_eval);
1689 :    
1690 :     my $identity = $self->identity;
1691 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1692 :     "value" => $identity};
1693 :     push(@$descriptions, $description_identity);
1694 :    
1695 :     $element_hash = {
1696 :     "title" => $peg,
1697 :     "start" => $align_start,
1698 :     "end" => $align_stop,
1699 :     "type"=> 'box',
1700 :     "color"=> $color,
1701 :     "zlayer" => "2",
1702 :     "links_list" => $links_list,
1703 :     "description" => $descriptions
1704 :     };
1705 :     push(@$line_data,$element_hash);
1706 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1707 :    
1708 :     return ($gd);
1709 :    
1710 :     }
1711 :    
1712 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1713 : arodri7 1.10
1714 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1715 :     This code will display a table for the similarities protein
1716 :    
1717 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1718 :    
1719 :     =cut
1720 :    
1721 : mkubal 1.24 sub display_table {
1722 : arodri7 1.31 my ($self,$dataset, $columns, $query_fid) = @_;
1723 : mkubal 1.24
1724 : arodri7 1.10 my $data = [];
1725 :     my $count = 0;
1726 :     my $content;
1727 : arodri7 1.11 my $fig = new FIG;
1728 : mkubal 1.24 my $cgi = new CGI;
1729 : arodri7 1.28 my @ids;
1730 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
1731 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
1732 :     push (@ids, $thing->acc);
1733 :     }
1734 :    
1735 : arodri7 1.31 my (%box_column, %subsystems_column, %evidence_column, %e_identical);
1736 : arodri7 1.29 foreach my $col (@$columns){
1737 :     # get the column for the subsystems
1738 :     if ($col eq "subsystem"){
1739 :     %subsystems_column = &get_subsystems_column(\@ids);
1740 :     }
1741 :     # get the column for the evidence codes
1742 :     elsif ($col eq "evidence"){
1743 :     %evidence_column = &get_evidence_column(\@ids);
1744 :     }
1745 : arodri7 1.33 # get the column for pfam_domain
1746 :     elsif ($col eq "pfam_domains"){
1747 :     %pfam_column = &get_pfam_column(\@ids);
1748 :     }
1749 : arodri7 1.28 }
1750 :    
1751 : arodri7 1.31 my %e_identical = &get_essentially_identical($query_fid);
1752 : arodri7 1.33 my $all_aliases = $fig->feature_aliases_bulk(\@ids);
1753 : arodri7 1.31
1754 : arodri7 1.28 foreach my $thing (@$dataset) {
1755 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1756 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
1757 :     $count++;
1758 :    
1759 : arodri7 1.11 my $id = $thing->acc;
1760 :    
1761 :     my $iden = $thing->identity;
1762 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1763 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1764 :     my $b1 = $thing->qstart;
1765 :     my $e1 = $thing->qstop;
1766 :     my $b2 = $thing->hstart;
1767 :     my $e2 = $thing->hstop;
1768 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1769 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1770 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1771 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1772 :    
1773 : arodri7 1.29 # checkbox column
1774 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1775 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1776 :     my $box_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1777 : arodri7 1.31
1778 :     # get the linked fig id
1779 :     my $fig_col;
1780 :     if (defined ($e_identical{$id})){
1781 :     $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id) . "*";
1782 :     }
1783 :     else{
1784 :     $fig_col = &HTML::set_prot_links($cgi,$id);
1785 : arodri7 1.28 }
1786 :    
1787 : arodri7 1.29 push(@$single_domain,$box_col); # permanent column
1788 : arodri7 1.31 push(@$single_domain,$fig_col); # permanent column
1789 : arodri7 1.29 push(@$single_domain,$thing->evalue); # permanent column
1790 :     push(@$single_domain,"$iden\%"); # permanent column
1791 :     push(@$single_domain,$reg1); # permanent column
1792 :     push(@$single_domain,$reg2); # permanent column
1793 :     push(@$single_domain,$thing->organism); # permanent column
1794 :     push(@$single_domain,$thing->function); # permanent column
1795 : arodri7 1.32 foreach my $col (@$columns){
1796 :     (push(@$single_domain,$subsystems_column{$id}) && (next)) if ($col eq "subsystem");
1797 :     (push(@$single_domain,$evidence_column{$id}) && (next)) if ($col eq "evidence");
1798 : arodri7 1.33 (push(@$single_domain,$pfam_column{$id}) && (next)) if ($col eq "pfam_domains");
1799 :     # (push(@$single_domain,@{$$all_aliases{$id}}[0]) && (next)) if ($col eq "ncbi_id");
1800 :     (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'NCBI', $all_aliases)) && (next)) if ($col eq "ncbi_id");
1801 :     (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'RefSeq', $all_aliases)) && (next)) if ($col eq "refseq_id");
1802 :     (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'SwissProt', $all_aliases)) && (next)) if ($col eq "swissprot_id");
1803 :     (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'UniProt', $all_aliases)) && (next)) if ($col eq "uniprot_id");
1804 :     (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'TIGR', $all_aliases)) && (next)) if ($col eq "tigr_id");
1805 :     (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'PIR', $all_aliases)) && (next)) if ($col eq "pir_id");
1806 :     (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'KEGG', $all_aliases)) && (next)) if ($col eq "kegg_id");
1807 :     (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'TrEMBL', $all_aliases)) && (next)) if ($col eq "trembl_id");
1808 :     (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'ASAP', $all_aliases)) && (next)) if ($col eq "asap_id");
1809 :     (push(@$single_domain,&get_prefer($thing->acc, 'JGI', $all_aliases)) && (next)) if ($col eq "jgi_id");
1810 : arodri7 1.32 }
1811 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
1812 :     }
1813 :    
1814 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
1815 :     $content = $data;
1816 : arodri7 1.10 }
1817 : arodri7 1.26 else{
1818 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1819 :     }
1820 :     return ($content);
1821 :     }
1822 : arodri7 1.11
1823 : arodri7 1.29 sub get_box_column{
1824 :     my ($ids) = @_;
1825 :     my %column;
1826 :     foreach my $id (@$ids){
1827 :     my $field_name = "tables_" . $id;
1828 :     my $pair_name = "visual_" . $id;
1829 :     $column{$id} = qq(<input type=checkbox name=seq value="$id" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1830 :     }
1831 :     return (%column);
1832 :     }
1833 :    
1834 :     sub get_subsystems_column{
1835 :     my ($ids) = @_;
1836 :    
1837 :     my $fig = new FIG;
1838 :     my $cgi = new CGI;
1839 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs($ids);
1840 :     my %column;
1841 :     foreach my $id (@$ids){
1842 : arodri7 1.32 my @in_sub = @{$in_subs{$id}} if (defined $in_subs{$id});
1843 :     my @subsystems;
1844 :    
1845 : arodri7 1.29 if (@in_sub > 0) {
1846 : arodri7 1.32 my $count = 1;
1847 :     foreach my $array(@in_sub){
1848 :     push (@subsystems, $count . ". " . $$array[0]);
1849 :     $count++;
1850 :     }
1851 :     my $in_sub_line = join ("<br>", @subsystems);
1852 :     $column{$id} = $in_sub_line;
1853 : arodri7 1.29 } else {
1854 :     $column{$id} = "&nbsp;";
1855 :     }
1856 :     }
1857 :     return (%column);
1858 :     }
1859 :    
1860 : arodri7 1.31 sub get_essentially_identical{
1861 :     my ($fid) = @_;
1862 :     my $fig = new FIG;
1863 :    
1864 :     my %id_list;
1865 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
1866 :    
1867 :     foreach my $id (@maps_to) {
1868 :     if (($id ne $fid) && ($fig->function_of($id))) {
1869 :     $id_list{$id} = 1;
1870 :     }
1871 :     }
1872 :     return(%id_list);
1873 :     }
1874 :    
1875 :    
1876 : arodri7 1.29 sub get_evidence_column{
1877 :     my ($ids) = @_;
1878 :     my $fig = new FIG;
1879 :     my $cgi = new CGI;
1880 :     my (%column, %code_attributes);
1881 :    
1882 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($ids);
1883 :     foreach my $key (@codes){
1884 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
1885 :     }
1886 :    
1887 :     foreach my $id (@$ids){
1888 :     # add evidence code with tool tip
1889 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
1890 :     my @ev_codes = "";
1891 :    
1892 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
1893 :     my @codes;
1894 :     @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
1895 :     @ev_codes = ();
1896 :     foreach my $code (@codes) {
1897 :     my $pretty_code = $code->[2];
1898 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
1899 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
1900 :     $ss =~ s/_/ /g;
1901 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
1902 :     }
1903 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
1904 :     }
1905 :     }
1906 :    
1907 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
1908 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
1909 :     $ev_codes = $cgi->a(
1910 :     {
1911 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
1912 :     }
1913 :     $column{$id}=$ev_codes;
1914 :     }
1915 :     return (%column);
1916 :     }
1917 :    
1918 : arodri7 1.33 sub get_pfam_column{
1919 :     my ($ids) = @_;
1920 :     my $fig = new FIG;
1921 :     my $cgi = new CGI;
1922 :     my (%column, %code_attributes);
1923 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1924 :    
1925 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^PFAM/i } $fig->get_attributes($ids);
1926 :     foreach my $key (@codes){
1927 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $$key[1]);
1928 :     }
1929 :    
1930 :     foreach my $id (@$ids){
1931 :     # add evidence code with tool tip
1932 :     my $pfam_codes=" &nbsp; ";
1933 :     my @pfam_codes = "";
1934 :     my %description_codes;
1935 :    
1936 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
1937 :     my @codes;
1938 :     @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
1939 :     @pfam_codes = ();
1940 :     foreach my $code (@codes) {
1941 :     my @parts = split("::",$code);
1942 :     my $pfam_link = "<a href=http://www.sanger.ac.uk//cgi-bin/Pfam/getacc?" . $parts[1] . ">$parts[1]</a>";
1943 :     if (defined ($description_codes{$parts[1]})){
1944 :     push(@pfam_codes, "$description_codes{$parts[1]} ($parts[1])");
1945 :     }
1946 :     else {
1947 :     my $description = $dbmaster->pfam->get_objects( { 'id' => $parts[1] } );
1948 :     $description_codes{$parts[1]} = ${$$description[0]}{term};
1949 :     push(@pfam_codes, "${$$description[0]}{term} ($pfam_link)");
1950 :     }
1951 :     }
1952 :     }
1953 :    
1954 :     $column{$id}=join("<br><br>", @pfam_codes);
1955 :     }
1956 :     return (%column);
1957 :    
1958 :     }
1959 : mkubal 1.12
1960 : arodri7 1.28 sub get_prefer {
1961 : arodri7 1.33 my ($fid, $db, $all_aliases) = @_;
1962 : arodri7 1.28 my $fig = new FIG;
1963 : arodri7 1.31 my $cgi = new CGI;
1964 :    
1965 : arodri7 1.33 foreach my $alias (@{$$all_aliases{$fid}}){
1966 : arodri7 1.28 my $id_db = &Observation::get_database($alias);
1967 :     if ($id_db eq $db){
1968 : arodri7 1.31 my $acc_col .= &HTML::set_prot_links($cgi,$alias);
1969 :     return ($acc_col);
1970 : arodri7 1.28 }
1971 :     }
1972 : arodri7 1.31 return (" ");
1973 : arodri7 1.28 }
1974 :    
1975 : arodri7 1.33 sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
1976 :    
1977 : arodri7 1.26 sub color {
1978 :     my ($evalue) = @_;
1979 :    
1980 :     my $color;
1981 : arodri7 1.28 if ($evalue <= 1e-170){
1982 :     $color = 51;
1983 :     }
1984 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){
1985 :     $color = 52;
1986 :     }
1987 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){
1988 :     $color = 53;
1989 :     }
1990 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){
1991 :     $color = 54;
1992 : arodri7 1.26 }
1993 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){
1994 :     $color = 55;
1995 : arodri7 1.26 }
1996 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){
1997 :     $color = 56;
1998 : arodri7 1.26 }
1999 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){
2000 :     $color = 57;
2001 : arodri7 1.26 }
2002 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){
2003 :     $color = 58;
2004 :     }
2005 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){
2006 :     $color = 59;
2007 : arodri7 1.26 }
2008 :     else{
2009 : arodri7 1.28 $color = 60;
2010 : arodri7 1.26 }
2011 : arodri7 1.28
2012 :    
2013 : arodri7 1.26 return ($color);
2014 :     }
2015 : arodri7 1.13
2016 :    
2017 :     ############################
2018 :     package Observation::Cluster;
2019 :    
2020 :     use base qw(Observation);
2021 :    
2022 :     sub new {
2023 :    
2024 :     my ($class,$dataset) = @_;
2025 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
2026 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
2027 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
2028 :     return $self;
2029 :     }
2030 :    
2031 :     sub display {
2032 : mkubal 1.24 my ($self,$gd) = @_;
2033 :    
2034 :     my $fid = $self->fig_id;
2035 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
2036 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
2037 : arodri7 1.13 my $fig = new FIG;
2038 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
2039 : arodri7 1.13
2040 :     #get the organism genome
2041 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
2042 : arodri7 1.13
2043 :     # get location of the gene
2044 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
2045 :     my ($contig, $beg, $end);
2046 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
2047 : arodri7 1.13
2048 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2049 :     $contig = $1;
2050 :     $beg = $2;
2051 :     $end = $3;
2052 :     }
2053 :    
2054 : arodri7 1.22 my $offset;
2055 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
2056 :     if ($beg < $end)
2057 :     {
2058 :     $region_start = $beg - 4000;
2059 :     $region_end = $end+4000;
2060 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2061 : arodri7 1.13 }
2062 :     else
2063 :     {
2064 : arodri7 1.21 $region_start = $end-4000;
2065 :     $region_end = $beg+4000;
2066 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2067 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
2068 : arodri7 1.21 }
2069 : arodri7 1.13
2070 :     # call genes in region
2071 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
2072 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
2073 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
2074 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2075 : mkubal 1.14
2076 :     my %all_genes;
2077 :     my %all_genomes;
2078 : arodri7 1.25 foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = $fid;}
2079 : arodri7 1.16
2080 : mkubal 1.24 if ($compare_or_coupling eq "diverse")
2081 : arodri7 1.25 {
2082 : arodri7 1.21 my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);
2083 :    
2084 :     my $coup_count = 0;
2085 :    
2086 :     foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
2087 :     # last if ($coup_count > 10);
2088 :     my ($peg1,$peg2) = @$pair;
2089 : arodri7 1.22
2090 :     my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
2091 :     $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
2092 : arodri7 1.21
2093 :     my $location = $fig->feature_location($peg1);
2094 :     if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2095 :     $pair_contig = $1;
2096 :     $pair_beg = $2;
2097 :     $pair_end = $3;
2098 :     if ($pair_beg < $pair_end)
2099 :     {
2100 :     $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
2101 :     $pair_region_stop = $pair_end+4000;
2102 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2103 : arodri7 1.21 }
2104 :     else
2105 :     {
2106 :     $pair_region_start = $pair_end-4000;
2107 :     $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
2108 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2109 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
2110 : arodri7 1.21 }
2111 :    
2112 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2113 : arodri7 1.21
2114 :     $all_genomes{$pair_genome} = 1;
2115 :     my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
2116 :     push(@$all_regions,$pair_features);
2117 : arodri7 1.25 foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
2118 : arodri7 1.21 }
2119 :     $coup_count++;
2120 :     }
2121 :     }
2122 : arodri7 1.16
2123 : mkubal 1.24 elsif ($compare_or_coupling eq "close")
2124 : arodri7 1.21 {
2125 :     # make a hash of genomes that are phylogenetically close
2126 :     #my $close_threshold = ".26";
2127 :     #my @genomes = $fig->genomes('complete');
2128 :     #my %close_genomes = ();
2129 :     #foreach my $compared_genome (@genomes)
2130 :     #{
2131 :     # my $dist = $fig->crude_estimate_of_distance($target_genome,$compared_genome);
2132 :     # #$close_genomes{$compared_genome} = $dist;
2133 :     # if ($dist <= $close_threshold)
2134 :     # {
2135 :     # $all_genomes{$compared_genome} = 1;
2136 :     # }
2137 :     #}
2138 :     $all_genomes{"216592.1"} = 1;
2139 :     $all_genomes{"79967.1"} = 1;
2140 :     $all_genomes{"199310.1"} = 1;
2141 :     $all_genomes{"216593.1"} = 1;
2142 :     $all_genomes{"155864.1"} = 1;
2143 :     $all_genomes{"83334.1"} = 1;
2144 :     $all_genomes{"316407.3"} = 1;
2145 :    
2146 :     foreach my $comp_genome (keys %all_genomes){
2147 :     my $return = $fig->bbh_list($comp_genome,[$fid]);
2148 :     my $feature_list = $return->{$fid};
2149 :     foreach my $peg1 (@$feature_list){
2150 :     my $location = $fig->feature_location($peg1);
2151 :     my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
2152 : arodri7 1.22 $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
2153 :    
2154 : arodri7 1.21 if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2155 :     $pair_contig = $1;
2156 :     $pair_beg = $2;
2157 :     $pair_end = $3;
2158 :     if ($pair_beg < $pair_end)
2159 :     {
2160 :     $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
2161 :     $pair_region_stop = $pair_end + 4000;
2162 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
2163 : arodri7 1.21 }
2164 :     else
2165 :     {
2166 :     $pair_region_start = $pair_end-4000;
2167 :     $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
2168 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
2169 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
2170 : arodri7 1.21 }
2171 :    
2172 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
2173 : arodri7 1.21 $all_genomes{$pair_genome} = 1;
2174 :     my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
2175 :     push(@$all_regions,$pair_features);
2176 : arodri7 1.25 foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
2177 : arodri7 1.21 }
2178 : mkubal 1.14 }
2179 : arodri7 1.16 }
2180 : mkubal 1.14 }
2181 :    
2182 : arodri7 1.21 # get the PCH to each of the genes
2183 :     my $pch_sets = [];
2184 :     my %pch_already;
2185 :     foreach my $gene_peg (keys %all_genes)
2186 :     {
2187 : arodri7 1.32 if ($pch_already{$gene_peg}){(next);};
2188 : arodri7 1.21 my $gene_set = [$gene_peg];
2189 :     foreach my $pch_peg ($fig->in_pch_pin_with($gene_peg)) {
2190 :     $pch_peg =~ s/,.*$//;
2191 :     my $pch_genome = $fig->genome_of($pch_peg);
2192 :     if ( ($gene_peg ne $pch_peg) && ($all_genomes{$pch_genome})) {
2193 :     push(@$gene_set,$pch_peg);
2194 :     $pch_already{$pch_peg}=1;
2195 : mkubal 1.14 }
2196 : arodri7 1.21 $pch_already{$gene_peg}=1;
2197 : mkubal 1.14 }
2198 : arodri7 1.21 push(@$pch_sets,$gene_set);
2199 : mkubal 1.14 }
2200 : arodri7 1.21
2201 :     #create a rank of the pch's
2202 :     my %pch_set_rank;
2203 : mkubal 1.14 my $order = 0;
2204 : arodri7 1.21 foreach my $set (@$pch_sets){
2205 : mkubal 1.14 my $count = scalar(@$set);
2206 : arodri7 1.21 $pch_set_rank{$order} = $count;
2207 : mkubal 1.14 $order++;
2208 :     }
2209 : arodri7 1.21
2210 : mkubal 1.14 my %peg_rank;
2211 :     my $counter = 1;
2212 : arodri7 1.21 foreach my $pch_order (sort {$pch_set_rank{$b} <=> $pch_set_rank{$a}} keys %pch_set_rank){
2213 :     my $good_set = @$pch_sets[$pch_order];
2214 : arodri7 1.18 my $flag_set = 0;
2215 :     if (scalar (@$good_set) > 1)
2216 :     {
2217 :     foreach my $peg (@$good_set){
2218 :     if ((!$peg_rank{$peg})){
2219 :     $peg_rank{$peg} = $counter;
2220 :     $flag_set = 1;
2221 :     }
2222 :     }
2223 :     $counter++ if ($flag_set == 1);
2224 :     }
2225 :     else
2226 :     {
2227 :     foreach my $peg (@$good_set){
2228 : arodri7 1.26 $peg_rank{$peg} = "20";
2229 : mkubal 1.17 }
2230 : mkubal 1.14 }
2231 :     }
2232 : arodri7 1.21
2233 :    
2234 :     # my $bbh_sets = [];
2235 :     # my %already;
2236 :     # foreach my $gene_key (keys(%all_genes)){
2237 : arodri7 1.32 # if($already{$gene_key}){(next);}
2238 : arodri7 1.21 # my $gene_set = [$gene_key];
2239 :     #
2240 :     # my $gene_key_genome = $fig->genome_of($gene_key);
2241 :     #
2242 :     # foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){
2243 : arodri7 1.32 # #(next) if ($gene_key_genome eq $genome_key);
2244 : arodri7 1.21 # my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);
2245 :     #
2246 :     # my $feature_list = $return->{$gene_key};
2247 :     # foreach my $fl (@$feature_list){
2248 :     # push(@$gene_set,$fl);
2249 :     # }
2250 :     # }
2251 :     # $already{$gene_key} = 1;
2252 :     # push(@$bbh_sets,$gene_set);
2253 :     # }
2254 :     #
2255 :     # my %bbh_set_rank;
2256 :     # my $order = 0;
2257 :     # foreach my $set (@$bbh_sets){
2258 :     # my $count = scalar(@$set);
2259 :     # $bbh_set_rank{$order} = $count;
2260 :     # $order++;
2261 :     # }
2262 :     #
2263 :     # my %peg_rank;
2264 :     # my $counter = 1;
2265 :     # foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){
2266 :     # my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];
2267 :     # my $flag_set = 0;
2268 :     # if (scalar (@$good_set) > 1)
2269 :     # {
2270 :     # foreach my $peg (@$good_set){
2271 :     # if ((!$peg_rank{$peg})){
2272 :     # $peg_rank{$peg} = $counter;
2273 :     # $flag_set = 1;
2274 :     # }
2275 :     # }
2276 :     # $counter++ if ($flag_set == 1);
2277 :     # }
2278 :     # else
2279 :     # {
2280 :     # foreach my $peg (@$good_set){
2281 : arodri7 1.26 # $peg_rank{$peg} = "20";
2282 : arodri7 1.21 # }
2283 :     # }
2284 :     # }
2285 : arodri7 1.18
2286 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
2287 :     my $sample_peg = @$region[0];
2288 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2289 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2290 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2291 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2292 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
2293 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
2294 :     };
2295 :    
2296 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
2297 : arodri7 1.16
2298 : arodri7 1.25 my $second_line_config = { 'title' => "$region_gs",
2299 :     'short_title' => "",
2300 :     'basepair_offset' => '0'
2301 :     };
2302 :    
2303 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
2304 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
2305 :    
2306 :     # initialize variables to check for overlap in genes
2307 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2308 :     my $major_line_flag = 0;
2309 :     my $prev_second_flag = 0;
2310 :    
2311 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
2312 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
2313 : mkubal 1.14 my $element_hash;
2314 :     my $links_list = [];
2315 :     my $descriptions = [];
2316 :    
2317 : arodri7 1.16 my $color = $peg_rank{$fid1};
2318 : arodri7 1.26
2319 : arodri7 1.18 # get subsystem information
2320 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
2321 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;
2322 :    
2323 :     my $link;
2324 :     $link = {"link_title" => $fid1,
2325 :     "link" => $url_link};
2326 :     push(@$links_list,$link);
2327 :    
2328 :     my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);
2329 :     foreach my $subsystem (@subsystems){
2330 :     my $link;
2331 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
2332 :     "link_title" => $subsystem};
2333 :     push(@$links_list,$link);
2334 :     }
2335 :    
2336 :     my $description_function;
2337 :     $description_function = {"title" => "function",
2338 :     "value" => $function};
2339 :     push(@$descriptions,$description_function);
2340 :    
2341 :     my $description_ss;
2342 :     my $ss_string = join (",", @subsystems);
2343 :     $description_ss = {"title" => "subsystems",
2344 :     "value" => $ss_string};
2345 :     push(@$descriptions,$description_ss);
2346 :    
2347 : arodri7 1.16
2348 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2349 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2350 :     my($start,$stop);
2351 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
2352 :     $stop = $3 - $offsetting;
2353 : arodri7 1.25
2354 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2355 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2356 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2357 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2358 :     $second_line_flag = 1;
2359 :     $major_line_flag = 1;
2360 :     }
2361 :     }
2362 :     $prev_start = $start;
2363 :     $prev_stop = $stop;
2364 :     $prev_fig = $fid1;
2365 :    
2366 :     if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2367 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
2368 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
2369 :     }
2370 :    
2371 : mkubal 1.14 $element_hash = {
2372 : arodri7 1.16 "title" => $fid1,
2373 : mkubal 1.14 "start" => $start,
2374 :     "end" => $stop,
2375 :     "type"=> 'arrow',
2376 :     "color"=> $color,
2377 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
2378 :     "links_list" => $links_list,
2379 :     "description" => $descriptions
2380 : mkubal 1.14 };
2381 : arodri7 1.25
2382 :     # if there is an overlap, put into second line
2383 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2384 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2385 :    
2386 : mkubal 1.14 }
2387 :     }
2388 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
2389 : arodri7 1.25 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config) if ($major_line_flag == 1);
2390 : mkubal 1.14 }
2391 :     return $gd;
2392 :     }
2393 :    
2394 :    

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3