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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.28 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : mkubal 1.19 use lib '/vol/ontologies';
4 :     use DBMaster;
5 :    
6 : mkubal 1.1 require Exporter;
7 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
8 :    
9 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
10 : mkubal 1.1 use strict;
11 : arodri7 1.16 #use warnings;
12 : arodri7 1.9 use HTML;
13 : mkubal 1.1
14 :     1;
15 :    
16 : arodri7 1.28 # $Id: Observation.pm,v 1.27 2007/07/25 17:06:40 arodri7 Exp $
17 : mkubal 1.1
18 :     =head1 NAME
19 :    
20 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
21 :    
22 :     =head1 DESCRIPTION
23 :    
24 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
25 :     single interface to this data.
26 :    
27 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
28 :    
29 :     =cut
30 :    
31 :     =head1 BACKGROUND
32 :    
33 :     =head2 Data incorporated in the Observations
34 :    
35 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
36 :    
37 :     =head3 SEED core evidence
38 :    
39 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
40 :    
41 :     =head3 Attribute based Evidence
42 :    
43 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
44 :    
45 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
46 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
47 :    
48 :     =head1 METHODS
49 :    
50 :     The public methods this package provides are listed below:
51 :    
52 :    
53 : mkubal 1.24 =head3 context()
54 :    
55 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
56 : mkubal 1.1
57 :     =cut
58 :    
59 : mkubal 1.24 sub context {
60 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
61 :    
62 : mkubal 1.24 return $self->{context};
63 : mkubal 1.1 }
64 :    
65 : mkubal 1.24 =head3 rows()
66 : mkubal 1.1
67 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
68 : mkubal 1.1
69 : mkubal 1.24 =cut
70 :    
71 :     sub rows {
72 :     my ($self) = @_;
73 :    
74 :     return $self->{rows};
75 :     }
76 :    
77 :     =head3 acc()
78 :    
79 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
80 : mkubal 1.1
81 :     =cut
82 :    
83 : mkubal 1.24 sub acc {
84 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
85 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
86 : mkubal 1.1 }
87 :    
88 :     =head3 class()
89 :    
90 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
91 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
92 : mkubal 1.7
93 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
94 :    
95 :     =over 9
96 :    
97 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
98 :    
99 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
100 : mkubal 1.1
101 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
102 : mkubal 1.1
103 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
104 : mkubal 1.1
105 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
106 : mkubal 1.1
107 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
108 : mkubal 1.1
109 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
110 : mkubal 1.1
111 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
112 : mkubal 1.1
113 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
114 : mkubal 1.1
115 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
116 :    
117 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
118 : mkubal 1.1
119 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
120 : mkubal 1.1
121 :     =back
122 :    
123 :     =cut
124 :    
125 :     sub class {
126 :     my ($self) = @_;
127 :    
128 :     return $self->{class};
129 :     }
130 :    
131 :     =head3 type()
132 :    
133 :     The type of evidence (required).
134 :    
135 :     Where type is one of the following:
136 :    
137 :     =over 8
138 :    
139 :     =item seq=Sequence similarity
140 :    
141 :     =item dom=domain based match
142 :    
143 :     =item loc=Localization of the feature
144 :    
145 :     =item fc=Functional coupling.
146 :    
147 :     =back
148 :    
149 :     =cut
150 :    
151 :     sub type {
152 :     my ($self) = @_;
153 :    
154 : arodri7 1.26 return $self->{type};
155 : mkubal 1.1 }
156 :    
157 :     =head3 start()
158 :    
159 :     Start of hit in query sequence.
160 :    
161 :     =cut
162 :    
163 :     sub start {
164 :     my ($self) = @_;
165 :    
166 :     return $self->{start};
167 :     }
168 :    
169 :     =head3 end()
170 :    
171 :     End of the hit in query sequence.
172 :    
173 :     =cut
174 :    
175 :     sub stop {
176 :     my ($self) = @_;
177 :    
178 :     return $self->{stop};
179 :     }
180 :    
181 : arodri7 1.11 =head3 start()
182 :    
183 :     Start of hit in query sequence.
184 :    
185 :     =cut
186 :    
187 :     sub qstart {
188 :     my ($self) = @_;
189 :    
190 :     return $self->{qstart};
191 :     }
192 :    
193 :     =head3 qstop()
194 :    
195 :     End of the hit in query sequence.
196 :    
197 :     =cut
198 :    
199 :     sub qstop {
200 :     my ($self) = @_;
201 :    
202 :     return $self->{qstop};
203 :     }
204 :    
205 :     =head3 hstart()
206 :    
207 :     Start of hit in hit sequence.
208 :    
209 :     =cut
210 :    
211 :     sub hstart {
212 :     my ($self) = @_;
213 :    
214 :     return $self->{hstart};
215 :     }
216 :    
217 :     =head3 end()
218 :    
219 :     End of the hit in hit sequence.
220 :    
221 :     =cut
222 :    
223 :     sub hstop {
224 :     my ($self) = @_;
225 :    
226 :     return $self->{hstop};
227 :     }
228 :    
229 :     =head3 qlength()
230 :    
231 :     length of the query sequence in similarities
232 :    
233 :     =cut
234 :    
235 :     sub qlength {
236 :     my ($self) = @_;
237 :    
238 :     return $self->{qlength};
239 :     }
240 :    
241 :     =head3 hlength()
242 :    
243 :     length of the hit sequence in similarities
244 :    
245 :     =cut
246 :    
247 :     sub hlength {
248 :     my ($self) = @_;
249 :    
250 :     return $self->{hlength};
251 :     }
252 :    
253 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
254 :    
255 :     E-value or P-Value if present.
256 :    
257 :     =cut
258 :    
259 :     sub evalue {
260 :     my ($self) = @_;
261 :    
262 :     return $self->{evalue};
263 :     }
264 :    
265 :     =head3 score()
266 :    
267 :     Score if present.
268 :    
269 :     =cut
270 :    
271 :     sub score {
272 :     my ($self) = @_;
273 :     return $self->{score};
274 :     }
275 :    
276 : mkubal 1.12 =head3 display()
277 : mkubal 1.1
278 : mkubal 1.12 will be different for each type
279 : mkubal 1.1
280 :     =cut
281 :    
282 : mkubal 1.7 sub display {
283 : mkubal 1.1
284 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
285 : mkubal 1.1
286 :     }
287 :    
288 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
289 : mkubal 1.7
290 : mkubal 1.24 will be different for each type
291 : mkubal 1.1
292 : mkubal 1.24 =cut
293 : mkubal 1.1
294 : mkubal 1.24 sub display_table {
295 :    
296 :     die "Abstract Table Method Called\n";
297 : mkubal 1.1
298 :     }
299 :    
300 :     =head3 get_objects()
301 :    
302 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
303 :    
304 :     =cut
305 :    
306 :     sub get_objects {
307 : mkubal 1.24 my ($self,$fid,$scope) = @_;
308 : mkubal 1.7
309 :     my $objects = [];
310 :     my @matched_datasets=();
311 : arodri7 1.28 my $fig = new FIG;
312 : mkubal 1.1
313 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
314 :     # returns an array of arrays of hashes
315 :    
316 : mkubal 1.24 if($scope){
317 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
318 : mkubal 1.7 }
319 :     else{
320 :     my %domain_classes;
321 : arodri7 1.28 my @attributes = $fig->get_attributes($fid);
322 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
323 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
324 : arodri7 1.28 get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets,\@attributes);
325 : mkubal 1.24 get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
326 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
327 : arodri7 1.28 get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
328 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets,\@attributes);
329 : mkubal 1.1 }
330 : mkubal 1.7
331 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
332 :     my $object;
333 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
334 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
335 :     }
336 : arodri7 1.9 if($dataset->{'class'} eq "PCH"){
337 :     $object = Observation::FC->new($dataset);
338 :     }
339 :     if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
340 :     $object = Observation::Identical->new($dataset);
341 :     }
342 : mkubal 1.12 if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
343 :     $object = Observation::Location->new($dataset);
344 :     }
345 : arodri7 1.10 if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
346 :     $object = Observation::Sims->new($dataset);
347 :     }
348 : arodri7 1.15 if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
349 :     $object = Observation::Cluster->new($dataset);
350 :     }
351 : mkubal 1.20 if ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
352 :     $object = Observation::PDB->new($dataset);
353 :     }
354 :    
355 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
356 : mkubal 1.1 }
357 : mkubal 1.7
358 :     return $objects;
359 : mkubal 1.1
360 :     }
361 :    
362 : arodri7 1.28 =head3 display_housekeeping
363 :     This method returns the housekeeping data for a given peg in a table format
364 :    
365 :     =cut
366 :     sub display_housekeeping {
367 :     my ($self,$fid) = @_;
368 :     my $fig = new FIG;
369 :     my $content;
370 :    
371 :     my $org_name = $fig->org_of($fid);
372 :     my $org_id = $fig->orgid_of_orgname($org_name);
373 :     my $loc = $fig->feature_location($fid);
374 :     my($contig, $beg, $end) = $fig->boundaries_of($loc);
375 :     my $strand = ($beg <= $end)? '+' : '-';
376 :     my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($fid);
377 :     my $function = $fig->function_of($fid);
378 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
379 :     my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($org_id);
380 :     my @ecs = ($function =~ /\(EC\s(\d+\.[-\d+]+\.[-\d+]+\.[-\d+]+)\)/g);
381 :    
382 :     $content .= qq(<b>General Protein Data</b><br><br><br><table border="0">);
383 :     $content .= qq(<tr width=15%><td >FIG ID</td><td>$fid</td></tr>\n);
384 :     $content .= qq(<tr width=15%><td >Organism Name</td><td>$org_name,&nbsp;&nbsp;$org_id</td></tr>\n);
385 :     $content .= qq(<tr><td width=15%>Taxonomy</td><td>$taxonomy</td></tr>\n);
386 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>FIG Organism ID</td><td>$org_id</td></tr>\n);
387 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>Gene Location</td><td>Contig $contig [$beg,$end], Strand $strand</td></tr>\n);;
388 :     $content .= qq(<tr width=15%><td>Function</td><td>$function</td></tr>\n);
389 :     if ( @ecs ) {
390 :     $content .= qq(<tr><td>EC:</td><td>);
391 :     foreach my $ec ( @ecs ) {
392 :     my $ec_name = $fig->ec_name($ec);
393 :     $content .= join(" -- ", $ec, $ec_name) . "<br>\n";
394 :     }
395 :     $content .= qq(</td></tr>\n);
396 :     }
397 :    
398 :     if ( @subsystems ) {
399 :     $content .= qq(<tr><td>Subsystems</td><td>);
400 :     foreach my $subsystem ( @subsystems ) {
401 :     $content .= join(" -- ", @$subsystem) . "<br>\n";
402 :     }
403 :     }
404 :    
405 :     my %groups;
406 :     if ( @aliases ) {
407 :     # get the db for each alias
408 :     foreach my $alias (@aliases){
409 :     $groups{$alias} = &get_database($alias);
410 :     }
411 :    
412 :     # group ids by aliases
413 :     my %db_aliases;
414 :     foreach my $key (sort {$groups{$a} cmp $groups{$b}} keys %groups){
415 :     push (@{$db_aliases{$groups{$key}}}, $key);
416 :     }
417 :    
418 :    
419 :     $content .= qq(<tr><td>Aliases</td><td><table border="0">);
420 :     foreach my $key (sort keys %db_aliases){
421 :     $content .= qq(<tr><td>$key:</td><td>) . join(", ", @{$db_aliases{$key}}) . qq(</td></tr\n);
422 :     }
423 :     $content .= qq(</td></tr></table>\n);
424 :     }
425 :    
426 :     $content .= qq(</table><p>\n);
427 :    
428 :     return ($content);
429 :     }
430 :    
431 :     =head3 get_sims_summary
432 :     This method uses as input the similarities of a peg and creates a tree view of their taxonomy
433 :    
434 :     =cut
435 :    
436 :     sub get_sims_summary {
437 :     my ($observation, $fid) = @_;
438 :     my $fig = new FIG;
439 :     my %families;
440 :     my @sims= $fig->nsims($fid,20000,10,"all");
441 :    
442 :     foreach my $sim (@sims){
443 :     next if ($sim->[1] !~ /fig\|/);
444 :     my $genome = $fig->genome_of($sim->[1]);
445 :     my $taxonomy = $fig->taxonomy_of($fig->genome_of($sim->[1]));
446 :     my $parent_tax = "Root";
447 :     foreach my $tax (split(/\; /, $taxonomy)){
448 :     push (@{$families{children}{$parent_tax}}, $tax);
449 :     $families{parent}{$tax} = $parent_tax;
450 :     $parent_tax = $tax;
451 :     }
452 :     }
453 :    
454 :     foreach my $key (keys %{$families{children}}){
455 :     $families{count}{$key} = @{$families{children}{$key}};
456 :    
457 :     my %saw;
458 :     my @out = grep(!$saw{$_}++, @{$families{children}{$key}});
459 :     $families{children}{$key} = \@out;
460 :     }
461 :     return (\%families);
462 :     }
463 :    
464 : mkubal 1.1 =head1 Internal Methods
465 :    
466 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
467 :    
468 :     B<Please do not use them outside of this package!>
469 :    
470 :     =cut
471 :    
472 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
473 :    
474 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
475 : arodri7 1.28 my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref,$attributes_ref) = (@_);
476 : mkubal 1.7
477 :     my $fig = new FIG;
478 : arodri7 1.28
479 :     foreach my $attr_ref (@$attributes_ref) {
480 :     # foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {
481 : mkubal 1.7 my $key = @$attr_ref[1];
482 :     my @parts = split("::",$key);
483 :     my $class = $parts[0];
484 :    
485 :     if($domain_classes->{$parts[0]}){
486 :     my $val = @$attr_ref[2];
487 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
488 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
489 : mkubal 1.8 my $from = $2;
490 :     my $to = $3;
491 : mkubal 1.7 my $evalue;
492 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
493 :     my $part2 = 1000 - $1;
494 :     my $part1 = $2/100;
495 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
496 :     }
497 :     else{
498 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
499 : mkubal 1.7 }
500 :    
501 :     my $dataset = {'class' => $class,
502 :     'acc' => $key,
503 :     'type' => "dom" ,
504 :     'evalue' => $evalue,
505 :     'start' => $from,
506 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
507 :     'fig_id' => $fid,
508 :     'score' => $raw_evalue
509 : mkubal 1.7 };
510 :    
511 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
512 :     }
513 :     }
514 :     }
515 :     }
516 : mkubal 1.12
517 :     sub get_attribute_based_location_observations{
518 :    
519 : arodri7 1.28 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
520 : mkubal 1.12 my $fig = new FIG;
521 :    
522 :     my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED'];
523 :    
524 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
525 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
526 :     'fig_id' => $fid
527 :     };
528 :    
529 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
530 :     # foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {
531 : mkubal 1.12 my $key = @$attr_ref[1];
532 : arodri7 1.28 next if (($key !~ /SignalP/) && ($key !~ /CELLO/) && ($key !~ /TMPRED/));
533 : mkubal 1.12 my @parts = split("::",$key);
534 :     my $sub_class = $parts[0];
535 :     my $sub_key = $parts[1];
536 :     my $value = @$attr_ref[2];
537 :     if($sub_class eq "SignalP"){
538 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
539 :     my @value_parts = split(";",$value);
540 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
541 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
542 : arodri7 1.28 # print STDERR "LOC: $value_parts[1]";
543 : mkubal 1.12 }
544 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
545 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
546 :     }
547 :     }
548 :     elsif($sub_class eq "CELLO"){
549 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
550 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
551 :     }
552 :     elsif($sub_class eq "TMPRED"){
553 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
554 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
555 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
556 :     }
557 :     }
558 :    
559 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
560 :    
561 :     }
562 :    
563 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
564 :    
565 :     This methods sets the type and class for pdb observations
566 :    
567 :     =cut
568 :    
569 :     sub get_pdb_observations{
570 : arodri7 1.28 my ($fid,$datasets_ref, $attributes_ref) = (@_);
571 : mkubal 1.20
572 :     my $fig = new FIG;
573 :    
574 : arodri7 1.28 foreach my $attr_ref (@$attributes_ref){
575 :     #foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,'PDB')) {
576 : mkubal 1.20
577 :     my $key = @$attr_ref[1];
578 : arodri7 1.28 next if ( ($key !~ /PDB/));
579 : mkubal 1.20 my($key1,$key2) =split("::",$key);
580 :     my $value = @$attr_ref[2];
581 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
582 :    
583 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
584 :     my $part2 = 1000 - $1;
585 :     my $part1 = $2/100;
586 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
587 :     }
588 :    
589 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
590 :    
591 :     my $url = @$attr_ref[3];
592 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
593 :     'type' => 'seq' ,
594 :     'acc' => $key2,
595 :     'evalue' => $evalue,
596 :     'start' => $start,
597 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
598 :     'fig_id' => $fid
599 : mkubal 1.20 };
600 :    
601 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
602 :     }
603 :     }
604 :    
605 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
606 :    
607 :     This methods sets the type and class for cluster observations
608 :    
609 :     =cut
610 :    
611 :     sub get_cluster_observations{
612 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
613 : arodri7 1.15
614 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
615 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
616 :     'context' => $scope,
617 :     'fig_id' => $fid
618 : arodri7 1.16 };
619 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
620 :     }
621 :    
622 :    
623 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
624 :    
625 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
626 :    
627 :     =cut
628 :    
629 :     sub get_sims_observations{
630 :    
631 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
632 : mkubal 1.4 my $fig = new FIG;
633 : arodri7 1.26 my @sims= $fig->nsims($fid,500,1e-20,"all");
634 : mkubal 1.4 my ($dataset);
635 : arodri7 1.26
636 :     my %id_list;
637 : mkubal 1.3 foreach my $sim (@sims){
638 : mkubal 1.4 my $hit = $sim->[1];
639 : arodri7 1.26
640 :     next if ($hit !~ /^fig\|/);
641 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($hit);
642 :     foreach my $alias (@aliases){
643 :     $id_list{$alias} = 1;
644 :     }
645 :     }
646 :    
647 :     my %already;
648 :     my (@new_sims, @uniprot);
649 :     foreach my $sim (@sims){
650 :     my $hit = $sim->[1];
651 :     my ($id) = ($hit) =~ /\|(.*)/;
652 :     next if (defined($already{$id}));
653 :     next if (defined($id_list{$hit}));
654 :     push (@new_sims, $sim);
655 :     $already{$id} = 1;
656 :     }
657 :    
658 :     foreach my $sim (@new_sims){
659 :     my $hit = $sim->[1];
660 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
661 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
662 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
663 :     my $qto = $sim->[7];
664 :     my $hfrom = $sim->[8];
665 :     my $hto = $sim->[9];
666 :     my $qlength = $sim->[12];
667 :     my $hlength = $sim->[13];
668 :     my $db = get_database($hit);
669 :     my $func = $fig->function_of($hit);
670 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
671 :    
672 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
673 :     'acc' => $hit,
674 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
675 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
676 :     'evalue' => $evalue,
677 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
678 :     'qstop' => $qto,
679 :     'hstart' => $hfrom,
680 :     'hstop' => $hto,
681 :     'database' => $db,
682 :     'organism' => $organism,
683 :     'function' => $func,
684 :     'qlength' => $qlength,
685 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
686 :     'fig_id' => $fid
687 : arodri7 1.10 };
688 :    
689 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
690 : mkubal 1.3 }
691 :     }
692 :    
693 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
694 :     This method gets the database association from the sequence id
695 :    
696 :     =cut
697 :    
698 :     sub get_database{
699 :     my ($id) = (@_);
700 :    
701 :     my ($db);
702 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
703 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
704 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
705 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
706 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
707 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
708 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
709 : arodri7 1.28 elsif (($id =~ /^kegg\|/) || ($id =~ /Spy/)) { $db = "KEGG" }
710 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
711 : arodri7 1.11 elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
712 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
713 :    
714 :     return ($db);
715 :    
716 :     }
717 :    
718 : mkubal 1.24
719 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
720 :    
721 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
722 :    
723 :     =cut
724 :    
725 :     sub get_identical_proteins{
726 :    
727 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
728 :     my $fig = new FIG;
729 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
730 : arodri7 1.5
731 : arodri7 1.26 my %id_list;
732 : arodri7 1.5 my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
733 : arodri7 1.26 my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
734 :     foreach my $alias (@aliases){
735 :     $id_list{$alias} = 1;
736 :     }
737 :    
738 : arodri7 1.5 foreach my $id (@maps_to) {
739 :     my ($tmp, $who);
740 : arodri7 1.26 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id)) && (! defined ($id_list{$id}))) {
741 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
742 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
743 : arodri7 1.5 }
744 :     }
745 :    
746 :     my ($dataset);
747 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
748 :     'type' => 'seq',
749 :     'fig_id' => $fid,
750 :     'rows' => $funcs_ref
751 :     };
752 :    
753 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
754 :    
755 : arodri7 1.5
756 :     }
757 :    
758 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
759 :    
760 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
761 :    
762 :     =cut
763 :    
764 :     sub get_functional_coupling{
765 :    
766 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
767 :     my $fig = new FIG;
768 :     my @funcs = ();
769 :    
770 :     # initialize some variables
771 :     my($sc,$neigh);
772 :    
773 :     # set default parameters for coupling and evidence
774 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
775 :    
776 :     # get the fc data
777 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
778 :    
779 :     # retrieve data
780 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
781 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
782 :     } @fc_data;
783 :    
784 :     my ($dataset);
785 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
786 :     'type' => 'fc',
787 :     'fig_id' => $fid,
788 :     'rows' => \@rows
789 :     };
790 :    
791 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
792 : arodri7 1.9
793 : arodri7 1.6 }
794 : arodri7 1.5
795 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
796 :    
797 :     Instantiate a new object.
798 :    
799 :     =cut
800 :    
801 :     sub new {
802 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
803 :    
804 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
805 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
806 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
807 :     score => $dataset->{'score'},
808 : arodri7 1.10 };
809 : mkubal 1.7
810 :     bless($self,$class);
811 : mkubal 1.1
812 :     return $self;
813 :     }
814 :    
815 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
816 :    
817 :     Returns the % identity of the similar sequence
818 :    
819 :     =cut
820 :    
821 :     sub identity {
822 :     my ($self) = @_;
823 :    
824 :     return $self->{identity};
825 :     }
826 :    
827 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
828 :    
829 :     =cut
830 :    
831 :     sub fig_id {
832 :     my ($self) = @_;
833 :     return $self->{fig_id};
834 :     }
835 :    
836 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
837 :    
838 :    
839 :     =cut
840 :    
841 :     sub feature_id {
842 :     my ($self) = @_;
843 :    
844 :     return $self->{feature_id};
845 :     }
846 : arodri7 1.5
847 :     =head3 id (internal)
848 :    
849 :     Returns the ID of the identical sequence
850 :    
851 :     =cut
852 :    
853 :     sub id {
854 :     my ($self) = @_;
855 :    
856 :     return $self->{id};
857 :     }
858 :    
859 :     =head3 organism (internal)
860 :    
861 :     Returns the organism of the identical sequence
862 :    
863 :     =cut
864 :    
865 :     sub organism {
866 :     my ($self) = @_;
867 :    
868 :     return $self->{organism};
869 :     }
870 :    
871 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
872 :    
873 :     Returns the function of the identical sequence
874 :    
875 :     =cut
876 :    
877 :     sub function {
878 :     my ($self) = @_;
879 :    
880 :     return $self->{function};
881 :     }
882 :    
883 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
884 :    
885 :     Returns the database of the identical sequence
886 :    
887 :     =cut
888 :    
889 :     sub database {
890 :     my ($self) = @_;
891 :    
892 :     return $self->{database};
893 :     }
894 :    
895 : mkubal 1.24 sub score {
896 :     my ($self) = @_;
897 :    
898 :     return $self->{score};
899 :     }
900 :    
901 : mkubal 1.20 ############################################################
902 :     ############################################################
903 :     package Observation::PDB;
904 :    
905 :     use base qw(Observation);
906 :    
907 :     sub new {
908 :    
909 :     my ($class,$dataset) = @_;
910 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
911 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
912 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
913 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
914 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
915 :     bless($self,$class);
916 :     return $self;
917 :     }
918 :    
919 :     =head3 display()
920 :    
921 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
922 :    
923 :     =cut
924 :    
925 :     sub display{
926 : mkubal 1.24 my ($self,$gd) = @_;
927 : mkubal 1.20
928 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
929 : mkubal 1.20 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
930 :    
931 :     my $acc = $self->acc;
932 :    
933 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
934 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
935 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
936 :     $pdb_description = "not available";
937 :     $pdb_source = "not available";
938 :     $pdb_ligand = "not available";
939 :     }
940 :     else{
941 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
942 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
943 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
944 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
945 :     }
946 : arodri7 1.6
947 : mkubal 1.20 my $lines = [];
948 :     my $line_data = [];
949 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
950 :     'short_title' => "best PDB",
951 :     'basepair_offset' => '1' };
952 :    
953 :     my $fig = new FIG;
954 :     my $seq = $fig->get_translation($fid);
955 :     my $fid_stop = length($seq);
956 :    
957 :     my $fid_element_hash = {
958 :     "title" => $fid,
959 :     "start" => '1',
960 :     "end" => $fid_stop,
961 :     "color"=> '1',
962 :     "zlayer" => '1'
963 :     };
964 :    
965 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
966 :    
967 :     my $links_list = [];
968 :     my $descriptions = [];
969 :    
970 :     my $name;
971 :     $name = {"title" => 'id',
972 :     "value" => $acc};
973 :     push(@$descriptions,$name);
974 :    
975 :     my $description;
976 :     $description = {"title" => 'pdb description',
977 :     "value" => $pdb_description};
978 :     push(@$descriptions,$description);
979 :    
980 :     my $score;
981 :     $score = {"title" => "score",
982 :     "value" => $self->evalue};
983 :     push(@$descriptions,$score);
984 :    
985 :     my $start_stop;
986 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
987 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
988 :     "value" => $start_stop_value};
989 :     push(@$descriptions,$start_stop);
990 :    
991 :     my $source;
992 :     $source = {"title" => "source",
993 :     "value" => $pdb_source};
994 :     push(@$descriptions,$source);
995 :    
996 :     my $ligand;
997 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
998 :     "value" => $pdb_ligand};
999 :     push(@$descriptions,$ligand);
1000 :    
1001 :     my $link;
1002 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
1003 :    
1004 :     $link = {"link_title" => $acc,
1005 :     "link" => $link_url};
1006 :     push(@$links_list,$link);
1007 :    
1008 :     my $pdb_element_hash = {
1009 :     "title" => "PDB homology",
1010 :     "start" => $self->start,
1011 :     "end" => $self->stop,
1012 :     "color"=> '6',
1013 :     "zlayer" => '3',
1014 :     "links_list" => $links_list,
1015 :     "description" => $descriptions};
1016 :    
1017 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
1018 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1019 :    
1020 :     return $gd;
1021 :     }
1022 :    
1023 :     1;
1024 : arodri7 1.11
1025 : arodri7 1.9 ############################################################
1026 :     ############################################################
1027 :     package Observation::Identical;
1028 :    
1029 :     use base qw(Observation);
1030 :    
1031 :     sub new {
1032 :    
1033 :     my ($class,$dataset) = @_;
1034 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1035 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1036 :    
1037 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
1038 :     return $self;
1039 :     }
1040 :    
1041 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1042 : arodri7 1.6
1043 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1044 :     This code will display a table for the identical protein
1045 :    
1046 :    
1047 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1048 :     dence.
1049 : arodri7 1.6
1050 :     =cut
1051 :    
1052 :    
1053 : mkubal 1.24 sub display_table{
1054 :     my ($self) = @_;
1055 :    
1056 :     my $fig = new FIG;
1057 :     my $fid = $self->fig_id;
1058 :     my $rows = $self->rows;
1059 :     my $cgi = new CGI;
1060 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
1061 :     my $count_identical = 0;
1062 : arodri7 1.9 my $content;
1063 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1064 :     my $id = $row->[0];
1065 :     my $who = $row->[1];
1066 :     my $assignment = $row->[2];
1067 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
1068 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1069 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
1070 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1071 :     push(@$single_domain,$organism);
1072 :     push(@$single_domain,$assignment);
1073 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
1074 : mkubal 1.24 $count_identical++;
1075 : arodri7 1.6 }
1076 :    
1077 :     if ($count_identical >0){
1078 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1079 : arodri7 1.6 }
1080 :     else{
1081 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1082 : arodri7 1.6 }
1083 :     return ($content);
1084 :     }
1085 : mkubal 1.7
1086 : arodri7 1.9 1;
1087 :    
1088 :     #########################################
1089 :     #########################################
1090 :     package Observation::FC;
1091 :     1;
1092 :    
1093 :     use base qw(Observation);
1094 :    
1095 :     sub new {
1096 :    
1097 :     my ($class,$dataset) = @_;
1098 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1099 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
1100 : arodri7 1.9
1101 :     bless($self,$class);
1102 :     return $self;
1103 :     }
1104 :    
1105 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1106 : arodri7 1.9
1107 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1108 :     This code will display a table for the identical protein
1109 :    
1110 :    
1111 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1112 :     dence.
1113 :    
1114 :     =cut
1115 :    
1116 : mkubal 1.24 sub display_table {
1117 : arodri7 1.9
1118 : mkubal 1.24 my ($self,$dataset) = @_;
1119 :     my $fid = $self->fig_id;
1120 :     my $rows = $self->rows;
1121 :     my $cgi = new CGI;
1122 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1123 :     my $count = 0;
1124 :     my $content;
1125 :    
1126 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1127 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1128 :     $count++;
1129 :    
1130 :     # construct the score link
1131 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1132 :     my $toid = $row->[1];
1133 : arodri7 1.9 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
1134 :     my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
1135 :    
1136 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1137 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1138 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1139 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1140 :     }
1141 :    
1142 :     if ($count >0){
1143 :     $content = $functional_data;
1144 :     }
1145 :     else
1146 :     {
1147 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1148 :     }
1149 :     return ($content);
1150 :     }
1151 :    
1152 :    
1153 :     #########################################
1154 :     #########################################
1155 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1156 :    
1157 :     use base qw(Observation);
1158 :    
1159 :     sub new {
1160 :    
1161 :     my ($class,$dataset) = @_;
1162 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1163 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1164 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1165 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1166 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1167 :    
1168 :     bless($self,$class);
1169 :     return $self;
1170 :     }
1171 :    
1172 :     sub display {
1173 :     my ($thing,$gd) = @_;
1174 :     my $lines = [];
1175 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1176 :     # 'short_title' => $thing->type,
1177 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1178 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1179 :    
1180 :     my $line_data = [];
1181 :     my $links_list = [];
1182 :     my $descriptions = [];
1183 : mkubal 1.19
1184 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1185 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1186 :    
1187 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1188 : mkubal 1.7
1189 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1190 :     if($db eq "CDD"){
1191 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1192 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1193 :     $name_title = "name";
1194 :     $name_value = "not available";
1195 :     $description_title = "description";
1196 :     $description_value = "not available";
1197 :     }
1198 :     else{
1199 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1200 :     $name_title = "name";
1201 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1202 :     $description_title = "description";
1203 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1204 :     }
1205 :     }
1206 : arodri7 1.27
1207 :     my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1208 :     'short_title' => $name_value,
1209 :     'basepair_offset' => '1' };
1210 : mkubal 1.7
1211 : mkubal 1.19 my $name;
1212 :     $name = {"title" => $name_title,
1213 :     "value" => $name_value};
1214 :     push(@$descriptions,$name);
1215 :    
1216 :     my $description;
1217 :     $description = {"title" => $description_title,
1218 :     "value" => $description_value};
1219 :     push(@$descriptions,$description);
1220 : mkubal 1.7
1221 :     my $score;
1222 :     $score = {"title" => "score",
1223 :     "value" => $thing->evalue};
1224 :     push(@$descriptions,$score);
1225 :    
1226 :     my $link_id;
1227 : mkubal 1.12 if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){
1228 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1229 :     }
1230 :    
1231 :     my $link;
1232 : mkubal 1.12 my $link_url;
1233 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1234 :     elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1235 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1236 :    
1237 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1238 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1239 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1240 :    
1241 :     my $element_hash = {
1242 :     "title" => $thing->type,
1243 :     "start" => $thing->start,
1244 :     "end" => $thing->stop,
1245 :     "color"=> $color,
1246 :     "zlayer" => '2',
1247 :     "links_list" => $links_list,
1248 :     "description" => $descriptions};
1249 :    
1250 :     push(@$line_data,$element_hash);
1251 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1252 :    
1253 :     return $gd;
1254 :    
1255 :     }
1256 : arodri7 1.28
1257 :     sub display_table {
1258 :     my ($self,$dataset) = @_;
1259 :     my $cgi = new CGI;
1260 :     my $data = [];
1261 :     my $count = 0;
1262 :     my $content;
1263 :    
1264 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1265 :     next if ($thing->type !~ /dom/);
1266 :     my $single_domain = [];
1267 :     $count++;
1268 :    
1269 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1270 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1271 :    
1272 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1273 :    
1274 :     my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1275 :     if($db eq "CDD"){
1276 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1277 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1278 :     $name_title = "name";
1279 :     $name_value = "not available";
1280 :     $description_title = "description";
1281 :     $description_value = "not available";
1282 :     }
1283 :     else{
1284 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1285 :     $name_title = "name";
1286 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1287 :     $description_title = "description";
1288 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1289 :     }
1290 :     }
1291 :    
1292 :     my $location = $thing->start . " - " . $thing->stop;
1293 :    
1294 :     push(@$single_domain,$db);
1295 :     push(@$single_domain,$thing->acc);
1296 :     push(@$single_domain,$name_value);
1297 :     push(@$single_domain,$location);
1298 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1299 :     push(@$single_domain,$description_value);
1300 :     push(@$data,$single_domain);
1301 :     }
1302 :    
1303 :     if ($count >0){
1304 :     $content = $data;
1305 :     }
1306 :     else
1307 :     {
1308 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities to domains</p>";
1309 :     }
1310 :     }
1311 :    
1312 : mkubal 1.7
1313 : arodri7 1.10 #########################################
1314 :     #########################################
1315 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1316 :    
1317 :     use base qw(Observation);
1318 :    
1319 :     sub new {
1320 :    
1321 :     my ($class,$dataset) = @_;
1322 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1323 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1324 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1325 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1326 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1327 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1328 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1329 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1330 :    
1331 :     bless($self,$class);
1332 :     return $self;
1333 :     }
1334 :    
1335 :     sub display {
1336 : mkubal 1.24 my ($thing,$gd) = @_;
1337 : mkubal 1.12
1338 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1339 : mkubal 1.12 my $fig= new FIG;
1340 :     my $length = length($fig->get_translation($fid));
1341 :    
1342 :     my $cleavage_prob;
1343 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1344 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1345 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1346 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1347 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1348 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1349 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1350 :    
1351 :     my $lines = [];
1352 :    
1353 :     #color is
1354 : arodri7 1.28 my $color = "6";
1355 : mkubal 1.12
1356 :     if($cello_location){
1357 :     my $cello_descriptions = [];
1358 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1359 :    
1360 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1361 :     'short_title' => 'CELLO',
1362 :     'basepair_offset' => '1' };
1363 :    
1364 : mkubal 1.12 my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1365 :     "value" => $cello_location};
1366 :    
1367 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1368 :    
1369 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1370 :     "value" => $cello_score};
1371 :    
1372 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1373 :    
1374 :     my $element_hash = {
1375 :     "title" => "CELLO",
1376 :     "start" => "1",
1377 :     "end" => $length + 1,
1378 :     "color"=> $color,
1379 :     "type" => 'box',
1380 : arodri7 1.28 "zlayer" => '1',
1381 : mkubal 1.12 "description" => $cello_descriptions};
1382 :    
1383 :     push(@$line_data,$element_hash);
1384 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1385 : mkubal 1.12 }
1386 :    
1387 : arodri7 1.28
1388 :     $color = "2";
1389 : mkubal 1.12 if($tmpred_score){
1390 : arodri7 1.28 my $line_data =[];
1391 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1392 :     'short_title' => 'Transmembrane',
1393 :     'basepair_offset' => '1' };
1394 :    
1395 :    
1396 : mkubal 1.12 foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1397 :     my $descriptions = [];
1398 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1399 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1400 :     "value" => $tmpred_score};
1401 :    
1402 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1403 :    
1404 :     my $element_hash = {
1405 :     "title" => "transmembrane location",
1406 :     "start" => $begin + 1,
1407 :     "end" => $end + 1,
1408 :     "color"=> $color,
1409 :     "zlayer" => '5',
1410 :     "type" => 'smallbox',
1411 :     "description" => $descriptions};
1412 :    
1413 :     push(@$line_data,$element_hash);
1414 : arodri7 1.28
1415 : mkubal 1.12 }
1416 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1417 : mkubal 1.12 }
1418 :    
1419 : arodri7 1.28 $color = "1";
1420 : mkubal 1.12 if($signal_peptide_score){
1421 : arodri7 1.28 my $line_data = [];
1422 : mkubal 1.12 my $descriptions = [];
1423 : arodri7 1.28
1424 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1425 :     'short_title' => 'SignalP',
1426 :     'basepair_offset' => '1' };
1427 :    
1428 : mkubal 1.12 my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1429 :     "value" => $signal_peptide_score};
1430 :    
1431 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1432 :    
1433 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1434 :     "value" => $cleavage_prob};
1435 :    
1436 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1437 :    
1438 :     my $element_hash = {
1439 :     "title" => "SignalP",
1440 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1441 : arodri7 1.28 "end" => $cleavage_loc_end + 1,
1442 : mkubal 1.12 "type" => 'bigbox',
1443 :     "color"=> $color,
1444 :     "zlayer" => '10',
1445 :     "description" => $descriptions};
1446 :    
1447 :     push(@$line_data,$element_hash);
1448 : arodri7 1.28 $gd->add_line($line_data, $line_config);
1449 : mkubal 1.12 }
1450 :    
1451 :     return ($gd);
1452 :    
1453 :     }
1454 :    
1455 :     sub cleavage_loc {
1456 :     my ($self) = @_;
1457 :    
1458 :     return $self->{cleavage_loc};
1459 :     }
1460 :    
1461 :     sub cleavage_prob {
1462 :     my ($self) = @_;
1463 :    
1464 :     return $self->{cleavage_prob};
1465 :     }
1466 :    
1467 :     sub signal_peptide_score {
1468 :     my ($self) = @_;
1469 :    
1470 :     return $self->{signal_peptide_score};
1471 :     }
1472 :    
1473 :     sub tmpred_score {
1474 :     my ($self) = @_;
1475 :    
1476 :     return $self->{tmpred_score};
1477 :     }
1478 :    
1479 :     sub tmpred_locations {
1480 :     my ($self) = @_;
1481 :    
1482 :     return $self->{tmpred_locations};
1483 :     }
1484 :    
1485 :     sub cello_location {
1486 :     my ($self) = @_;
1487 :    
1488 :     return $self->{cello_location};
1489 :     }
1490 :    
1491 :     sub cello_score {
1492 :     my ($self) = @_;
1493 :    
1494 :     return $self->{cello_score};
1495 :     }
1496 :    
1497 :    
1498 :     #########################################
1499 :     #########################################
1500 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1501 :    
1502 :     use base qw(Observation);
1503 :    
1504 :     sub new {
1505 :    
1506 :     my ($class,$dataset) = @_;
1507 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1508 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1509 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1510 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1511 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1512 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1513 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1514 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1515 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1516 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1517 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1518 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1519 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1520 : arodri7 1.10
1521 :     bless($self,$class);
1522 :     return $self;
1523 :     }
1524 :    
1525 : arodri7 1.25 =head3 display()
1526 :    
1527 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1528 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1529 :    
1530 :     =cut
1531 :    
1532 :     sub display {
1533 :     my ($self,$gd) = @_;
1534 :    
1535 :     my $fig = new FIG;
1536 :     my $peg = $self->acc;
1537 :    
1538 :     my $organism = $self->organism;
1539 : arodri7 1.28 my $genome = $fig->genome_of($peg);
1540 :     my ($org_tax) = ($genome) =~ /(.*)\./;
1541 : arodri7 1.25 my $function = $self->function;
1542 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1543 :     my $align_start = $self->qstart;
1544 :     my $align_stop = $self->qstop;
1545 :     my $hit_start = $self->hstart;
1546 :     my $hit_stop = $self->hstop;
1547 :    
1548 : arodri7 1.28 my $tax_link = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=" . $org_tax;
1549 :    
1550 :     my $line_config = { 'title' => "$organism [$org_tax]",
1551 : arodri7 1.25 'short_title' => "$abbrev_name",
1552 : arodri7 1.28 'title_link' => '$tax_link',
1553 : arodri7 1.25 'basepair_offset' => '0'
1554 :     };
1555 :    
1556 :     my $line_data = [];
1557 :    
1558 :     my $element_hash;
1559 :     my $links_list = [];
1560 :     my $descriptions = [];
1561 :    
1562 :     # get subsystem information
1563 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$peg;
1564 :    
1565 :     my $link;
1566 :     $link = {"link_title" => $peg,
1567 :     "link" => $url_link};
1568 :     push(@$links_list,$link);
1569 :    
1570 :     my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1571 :     foreach my $subsystem (@subsystems){
1572 :     my $link;
1573 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1574 :     "link_title" => $subsystem};
1575 :     push(@$links_list,$link);
1576 :     }
1577 :    
1578 :     my $description_function;
1579 :     $description_function = {"title" => "function",
1580 :     "value" => $function};
1581 :     push(@$descriptions,$description_function);
1582 :    
1583 : arodri7 1.26 my ($description_ss, $ss_string);
1584 :     $ss_string = join (",", @subsystems);
1585 : arodri7 1.25 $description_ss = {"title" => "subsystems",
1586 :     "value" => $ss_string};
1587 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1588 :    
1589 :     my $description_loc;
1590 :     $description_loc = {"title" => "location start",
1591 :     "value" => $hit_start};
1592 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1593 :    
1594 :     $description_loc = {"title" => "location stop",
1595 :     "value" => $hit_stop};
1596 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1597 :    
1598 :     my $evalue = $self->evalue;
1599 :     while ($evalue =~ /-0/)
1600 :     {
1601 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1602 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1603 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1604 :     }
1605 :    
1606 : arodri7 1.26 my $color = &color($evalue);
1607 : arodri7 1.25
1608 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1609 :     "value" => $evalue};
1610 :     push(@$descriptions, $description_eval);
1611 :    
1612 :     my $identity = $self->identity;
1613 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1614 :     "value" => $identity};
1615 :     push(@$descriptions, $description_identity);
1616 :    
1617 :     $element_hash = {
1618 :     "title" => $peg,
1619 :     "start" => $align_start,
1620 :     "end" => $align_stop,
1621 :     "type"=> 'box',
1622 :     "color"=> $color,
1623 :     "zlayer" => "2",
1624 :     "links_list" => $links_list,
1625 :     "description" => $descriptions
1626 :     };
1627 :     push(@$line_data,$element_hash);
1628 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1629 :    
1630 :     return ($gd);
1631 :    
1632 :     }
1633 :    
1634 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1635 : arodri7 1.10
1636 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1637 :     This code will display a table for the similarities protein
1638 :    
1639 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1640 :    
1641 :     =cut
1642 :    
1643 : mkubal 1.24 sub display_table {
1644 : arodri7 1.28 my ($self,$dataset, $preference) = @_;
1645 : mkubal 1.24
1646 : arodri7 1.10 my $data = [];
1647 :     my $count = 0;
1648 :     my $content;
1649 : arodri7 1.11 my $fig = new FIG;
1650 : mkubal 1.24 my $cgi = new CGI;
1651 : arodri7 1.28 my @ids;
1652 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
1653 : arodri7 1.28 next if ($thing->class ne "SIM");
1654 :     push (@ids, $thing->acc);
1655 :     }
1656 :    
1657 :     # get the subsystem information as a batch request
1658 :     my %in_subs = $fig->subsystems_for_pegs(\@ids);
1659 :    
1660 :     # get the evidence information as a batch request
1661 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes(\@ids);
1662 :     my %code_attributes;
1663 :     foreach my $key (@codes){
1664 :     push (@{$code_attributes{$$key[0]}}, $key);
1665 :     }
1666 :    
1667 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1668 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1669 : arodri7 1.10 my $single_domain = [];
1670 :     $count++;
1671 :    
1672 : arodri7 1.11 my $id = $thing->acc;
1673 :    
1674 :     # add the subsystem information
1675 : arodri7 1.28 #my @in_sub = $fig->peg_to_subsystems($id);
1676 :     my @in_sub = $in_subs{$id} if (defined $in_subs{$id});
1677 : arodri7 1.11 my $in_sub;
1678 : arodri7 1.28
1679 : arodri7 1.11 if (@in_sub > 0) {
1680 :     $in_sub = @in_sub;
1681 :    
1682 :     # RAE: add a javascript popup with all the subsystems
1683 :     my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;
1684 :     $in_sub = $cgi->a( {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);
1685 :     } else {
1686 :     $in_sub = "&nbsp;";
1687 :     }
1688 :    
1689 :     # add evidence code with tool tip
1690 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
1691 :     my @ev_codes = "";
1692 : arodri7 1.28
1693 : arodri7 1.11 if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
1694 : arodri7 1.28 my @codes;
1695 :     @codes = @{$code_attributes{$id}} if (defined @{$code_attributes{$id}});
1696 : arodri7 1.11 @ev_codes = ();
1697 :     foreach my $code (@codes) {
1698 :     my $pretty_code = $code->[2];
1699 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
1700 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
1701 :     $ss =~ s/_/ /g;
1702 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
1703 :     }
1704 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
1705 :     }
1706 :     }
1707 :    
1708 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
1709 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
1710 :     $ev_codes = $cgi->a(
1711 :     {
1712 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
1713 :     }
1714 :    
1715 :     my $iden = $thing->identity;
1716 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1717 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1718 :     my $b1 = $thing->qstart;
1719 :     my $e1 = $thing->qstop;
1720 :     my $b2 = $thing->hstart;
1721 :     my $e2 = $thing->hstop;
1722 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1723 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1724 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1725 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1726 :    
1727 : arodri7 1.26 my $name = $thing->acc;
1728 :     my $field_name = "tables_" . $name;
1729 :     my $pair_name = "visual_" . $name;
1730 : arodri7 1.11
1731 : arodri7 1.26 my $checkbox_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$name" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1732 : arodri7 1.28
1733 :     my $prefer_id = &get_prefer($thing->acc, $preference);
1734 :     my $acc_col .= &HTML::set_prot_links($cgi,$prefer_id);
1735 :     my $db = $thing->database;
1736 :     if ($preference ne "FIG"){
1737 :     $db = &Observation::get_database($prefer_id);
1738 :     }
1739 :    
1740 : arodri7 1.26 push(@$single_domain,$checkbox_col);
1741 : arodri7 1.28 push(@$single_domain,$db);
1742 : arodri7 1.26 push(@$single_domain,$acc_col);
1743 : arodri7 1.10 push(@$single_domain,$thing->evalue);
1744 : arodri7 1.11 push(@$single_domain,"$iden\%");
1745 :     push(@$single_domain,$reg1);
1746 :     push(@$single_domain,$reg2);
1747 :     push(@$single_domain,$in_sub);
1748 :     push(@$single_domain,$ev_codes);
1749 :     push(@$single_domain,$thing->organism);
1750 :     push(@$single_domain,$thing->function);
1751 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
1752 : arodri7 1.26
1753 : arodri7 1.10 }
1754 :    
1755 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
1756 :     $content = $data;
1757 : arodri7 1.10 }
1758 : arodri7 1.26 else{
1759 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1760 :     }
1761 :     return ($content);
1762 :     }
1763 : arodri7 1.11
1764 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
1765 : mkubal 1.12
1766 : arodri7 1.28 sub get_prefer {
1767 :     my ($fid, $db) = @_;
1768 :     my $fig = new FIG;
1769 :    
1770 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
1771 :    
1772 :     foreach my $alias (@aliases){
1773 :     my $id_db = &Observation::get_database($alias);
1774 :     if ($id_db eq $db){
1775 :     return ($alias);
1776 :     }
1777 :     }
1778 :     return ($fid);
1779 :     }
1780 :    
1781 : arodri7 1.26 sub color {
1782 :     my ($evalue) = @_;
1783 :    
1784 :     my $color;
1785 : arodri7 1.28 if ($evalue <= 1e-170){
1786 :     $color = 51;
1787 :     }
1788 :     elsif (($evalue <= 1e-120) && ($evalue > 1e-170)){
1789 :     $color = 52;
1790 :     }
1791 :     elsif (($evalue <= 1e-90) && ($evalue > 1e-120)){
1792 :     $color = 53;
1793 :     }
1794 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-90)){
1795 :     $color = 54;
1796 : arodri7 1.26 }
1797 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1e-40) && ($evalue > 1e-70)){
1798 :     $color = 55;
1799 : arodri7 1.26 }
1800 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-40)){
1801 :     $color = 56;
1802 : arodri7 1.26 }
1803 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1e-5) && ($evalue > 1e-20)){
1804 :     $color = 57;
1805 : arodri7 1.26 }
1806 : arodri7 1.28 elsif (($evalue <= 1) && ($evalue > 1e-5)){
1807 :     $color = 58;
1808 :     }
1809 :     elsif (($evalue <= 10) && ($evalue > 1)){
1810 :     $color = 59;
1811 : arodri7 1.26 }
1812 :     else{
1813 : arodri7 1.28 $color = 60;
1814 : arodri7 1.26 }
1815 : arodri7 1.28
1816 :    
1817 : arodri7 1.26 return ($color);
1818 :     }
1819 : arodri7 1.13
1820 :    
1821 :     ############################
1822 :     package Observation::Cluster;
1823 :    
1824 :     use base qw(Observation);
1825 :    
1826 :     sub new {
1827 :    
1828 :     my ($class,$dataset) = @_;
1829 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1830 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
1831 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
1832 :     return $self;
1833 :     }
1834 :    
1835 :     sub display {
1836 : mkubal 1.24 my ($self,$gd) = @_;
1837 :    
1838 :     my $fid = $self->fig_id;
1839 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
1840 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
1841 : arodri7 1.13 my $fig = new FIG;
1842 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
1843 : arodri7 1.13
1844 :     #get the organism genome
1845 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
1846 : arodri7 1.13
1847 :     # get location of the gene
1848 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
1849 :     my ($contig, $beg, $end);
1850 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
1851 : arodri7 1.13
1852 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1853 :     $contig = $1;
1854 :     $beg = $2;
1855 :     $end = $3;
1856 :     }
1857 :    
1858 : arodri7 1.22 my $offset;
1859 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
1860 :     if ($beg < $end)
1861 :     {
1862 :     $region_start = $beg - 4000;
1863 :     $region_end = $end+4000;
1864 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
1865 : arodri7 1.13 }
1866 :     else
1867 :     {
1868 : arodri7 1.21 $region_start = $end-4000;
1869 :     $region_end = $beg+4000;
1870 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
1871 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
1872 : arodri7 1.21 }
1873 : arodri7 1.13
1874 :     # call genes in region
1875 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
1876 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
1877 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
1878 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
1879 : mkubal 1.14
1880 :     my %all_genes;
1881 :     my %all_genomes;
1882 : arodri7 1.25 foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = $fid;}
1883 : arodri7 1.16
1884 : mkubal 1.24 if ($compare_or_coupling eq "diverse")
1885 : arodri7 1.25 {
1886 : arodri7 1.21 my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);
1887 :    
1888 :     my $coup_count = 0;
1889 :    
1890 :     foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
1891 :     # last if ($coup_count > 10);
1892 :     my ($peg1,$peg2) = @$pair;
1893 : arodri7 1.22
1894 :     my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
1895 :     $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
1896 : arodri7 1.21
1897 :     my $location = $fig->feature_location($peg1);
1898 :     if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1899 :     $pair_contig = $1;
1900 :     $pair_beg = $2;
1901 :     $pair_end = $3;
1902 :     if ($pair_beg < $pair_end)
1903 :     {
1904 :     $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
1905 :     $pair_region_stop = $pair_end+4000;
1906 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
1907 : arodri7 1.21 }
1908 :     else
1909 :     {
1910 :     $pair_region_start = $pair_end-4000;
1911 :     $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
1912 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
1913 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
1914 : arodri7 1.21 }
1915 :    
1916 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
1917 : arodri7 1.21
1918 :     $all_genomes{$pair_genome} = 1;
1919 :     my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
1920 :     push(@$all_regions,$pair_features);
1921 : arodri7 1.25 foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
1922 : arodri7 1.21 }
1923 :     $coup_count++;
1924 :     }
1925 :     }
1926 : arodri7 1.16
1927 : mkubal 1.24 elsif ($compare_or_coupling eq "close")
1928 : arodri7 1.21 {
1929 :     # make a hash of genomes that are phylogenetically close
1930 :     #my $close_threshold = ".26";
1931 :     #my @genomes = $fig->genomes('complete');
1932 :     #my %close_genomes = ();
1933 :     #foreach my $compared_genome (@genomes)
1934 :     #{
1935 :     # my $dist = $fig->crude_estimate_of_distance($target_genome,$compared_genome);
1936 :     # #$close_genomes{$compared_genome} = $dist;
1937 :     # if ($dist <= $close_threshold)
1938 :     # {
1939 :     # $all_genomes{$compared_genome} = 1;
1940 :     # }
1941 :     #}
1942 :     $all_genomes{"216592.1"} = 1;
1943 :     $all_genomes{"79967.1"} = 1;
1944 :     $all_genomes{"199310.1"} = 1;
1945 :     $all_genomes{"216593.1"} = 1;
1946 :     $all_genomes{"155864.1"} = 1;
1947 :     $all_genomes{"83334.1"} = 1;
1948 :     $all_genomes{"316407.3"} = 1;
1949 :    
1950 :     foreach my $comp_genome (keys %all_genomes){
1951 :     my $return = $fig->bbh_list($comp_genome,[$fid]);
1952 :     my $feature_list = $return->{$fid};
1953 :     foreach my $peg1 (@$feature_list){
1954 :     my $location = $fig->feature_location($peg1);
1955 :     my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
1956 : arodri7 1.22 $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
1957 :    
1958 : arodri7 1.21 if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1959 :     $pair_contig = $1;
1960 :     $pair_beg = $2;
1961 :     $pair_end = $3;
1962 :     if ($pair_beg < $pair_end)
1963 :     {
1964 :     $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
1965 :     $pair_region_stop = $pair_end + 4000;
1966 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
1967 : arodri7 1.21 }
1968 :     else
1969 :     {
1970 :     $pair_region_start = $pair_end-4000;
1971 :     $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
1972 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
1973 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
1974 : arodri7 1.21 }
1975 :    
1976 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
1977 : arodri7 1.21 $all_genomes{$pair_genome} = 1;
1978 :     my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
1979 :     push(@$all_regions,$pair_features);
1980 : arodri7 1.25 foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
1981 : arodri7 1.21 }
1982 : mkubal 1.14 }
1983 : arodri7 1.16 }
1984 : mkubal 1.14 }
1985 :    
1986 : arodri7 1.21 # get the PCH to each of the genes
1987 :     my $pch_sets = [];
1988 :     my %pch_already;
1989 :     foreach my $gene_peg (keys %all_genes)
1990 :     {
1991 :     if ($pch_already{$gene_peg}){next;};
1992 :     my $gene_set = [$gene_peg];
1993 :     foreach my $pch_peg ($fig->in_pch_pin_with($gene_peg)) {
1994 :     $pch_peg =~ s/,.*$//;
1995 :     my $pch_genome = $fig->genome_of($pch_peg);
1996 :     if ( ($gene_peg ne $pch_peg) && ($all_genomes{$pch_genome})) {
1997 :     push(@$gene_set,$pch_peg);
1998 :     $pch_already{$pch_peg}=1;
1999 : mkubal 1.14 }
2000 : arodri7 1.21 $pch_already{$gene_peg}=1;
2001 : mkubal 1.14 }
2002 : arodri7 1.21 push(@$pch_sets,$gene_set);
2003 : mkubal 1.14 }
2004 : arodri7 1.21
2005 :     #create a rank of the pch's
2006 :     my %pch_set_rank;
2007 : mkubal 1.14 my $order = 0;
2008 : arodri7 1.21 foreach my $set (@$pch_sets){
2009 : mkubal 1.14 my $count = scalar(@$set);
2010 : arodri7 1.21 $pch_set_rank{$order} = $count;
2011 : mkubal 1.14 $order++;
2012 :     }
2013 : arodri7 1.21
2014 : mkubal 1.14 my %peg_rank;
2015 :     my $counter = 1;
2016 : arodri7 1.21 foreach my $pch_order (sort {$pch_set_rank{$b} <=> $pch_set_rank{$a}} keys %pch_set_rank){
2017 :     my $good_set = @$pch_sets[$pch_order];
2018 : arodri7 1.18 my $flag_set = 0;
2019 :     if (scalar (@$good_set) > 1)
2020 :     {
2021 :     foreach my $peg (@$good_set){
2022 :     if ((!$peg_rank{$peg})){
2023 :     $peg_rank{$peg} = $counter;
2024 :     $flag_set = 1;
2025 :     }
2026 :     }
2027 :     $counter++ if ($flag_set == 1);
2028 :     }
2029 :     else
2030 :     {
2031 :     foreach my $peg (@$good_set){
2032 : arodri7 1.26 $peg_rank{$peg} = "20";
2033 : mkubal 1.17 }
2034 : mkubal 1.14 }
2035 :     }
2036 : arodri7 1.21
2037 :    
2038 :     # my $bbh_sets = [];
2039 :     # my %already;
2040 :     # foreach my $gene_key (keys(%all_genes)){
2041 :     # if($already{$gene_key}){next;}
2042 :     # my $gene_set = [$gene_key];
2043 :     #
2044 :     # my $gene_key_genome = $fig->genome_of($gene_key);
2045 :     #
2046 :     # foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){
2047 :     # #next if ($gene_key_genome eq $genome_key);
2048 :     # my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);
2049 :     #
2050 :     # my $feature_list = $return->{$gene_key};
2051 :     # foreach my $fl (@$feature_list){
2052 :     # push(@$gene_set,$fl);
2053 :     # }
2054 :     # }
2055 :     # $already{$gene_key} = 1;
2056 :     # push(@$bbh_sets,$gene_set);
2057 :     # }
2058 :     #
2059 :     # my %bbh_set_rank;
2060 :     # my $order = 0;
2061 :     # foreach my $set (@$bbh_sets){
2062 :     # my $count = scalar(@$set);
2063 :     # $bbh_set_rank{$order} = $count;
2064 :     # $order++;
2065 :     # }
2066 :     #
2067 :     # my %peg_rank;
2068 :     # my $counter = 1;
2069 :     # foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){
2070 :     # my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];
2071 :     # my $flag_set = 0;
2072 :     # if (scalar (@$good_set) > 1)
2073 :     # {
2074 :     # foreach my $peg (@$good_set){
2075 :     # if ((!$peg_rank{$peg})){
2076 :     # $peg_rank{$peg} = $counter;
2077 :     # $flag_set = 1;
2078 :     # }
2079 :     # }
2080 :     # $counter++ if ($flag_set == 1);
2081 :     # }
2082 :     # else
2083 :     # {
2084 :     # foreach my $peg (@$good_set){
2085 : arodri7 1.26 # $peg_rank{$peg} = "20";
2086 : arodri7 1.21 # }
2087 :     # }
2088 :     # }
2089 : arodri7 1.18
2090 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
2091 :     my $sample_peg = @$region[0];
2092 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
2093 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
2094 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
2095 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
2096 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
2097 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
2098 :     };
2099 :    
2100 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
2101 : arodri7 1.16
2102 : arodri7 1.25 my $second_line_config = { 'title' => "$region_gs",
2103 :     'short_title' => "",
2104 :     'basepair_offset' => '0'
2105 :     };
2106 :    
2107 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
2108 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
2109 :    
2110 :     # initialize variables to check for overlap in genes
2111 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
2112 :     my $major_line_flag = 0;
2113 :     my $prev_second_flag = 0;
2114 :    
2115 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
2116 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
2117 : mkubal 1.14 my $element_hash;
2118 :     my $links_list = [];
2119 :     my $descriptions = [];
2120 :    
2121 : arodri7 1.16 my $color = $peg_rank{$fid1};
2122 : arodri7 1.26
2123 : arodri7 1.18 # get subsystem information
2124 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
2125 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;
2126 :    
2127 :     my $link;
2128 :     $link = {"link_title" => $fid1,
2129 :     "link" => $url_link};
2130 :     push(@$links_list,$link);
2131 :    
2132 :     my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);
2133 :     foreach my $subsystem (@subsystems){
2134 :     my $link;
2135 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
2136 :     "link_title" => $subsystem};
2137 :     push(@$links_list,$link);
2138 :     }
2139 :    
2140 :     my $description_function;
2141 :     $description_function = {"title" => "function",
2142 :     "value" => $function};
2143 :     push(@$descriptions,$description_function);
2144 :    
2145 :     my $description_ss;
2146 :     my $ss_string = join (",", @subsystems);
2147 :     $description_ss = {"title" => "subsystems",
2148 :     "value" => $ss_string};
2149 :     push(@$descriptions,$description_ss);
2150 :    
2151 : arodri7 1.16
2152 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
2153 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
2154 :     my($start,$stop);
2155 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
2156 :     $stop = $3 - $offsetting;
2157 : arodri7 1.25
2158 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
2159 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
2160 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
2161 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
2162 :     $second_line_flag = 1;
2163 :     $major_line_flag = 1;
2164 :     }
2165 :     }
2166 :     $prev_start = $start;
2167 :     $prev_stop = $stop;
2168 :     $prev_fig = $fid1;
2169 :    
2170 :     if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
2171 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
2172 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
2173 :     }
2174 :    
2175 : mkubal 1.14 $element_hash = {
2176 : arodri7 1.16 "title" => $fid1,
2177 : mkubal 1.14 "start" => $start,
2178 :     "end" => $stop,
2179 :     "type"=> 'arrow',
2180 :     "color"=> $color,
2181 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
2182 :     "links_list" => $links_list,
2183 :     "description" => $descriptions
2184 : mkubal 1.14 };
2185 : arodri7 1.25
2186 :     # if there is an overlap, put into second line
2187 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
2188 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
2189 :    
2190 : mkubal 1.14 }
2191 :     }
2192 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
2193 : arodri7 1.25 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config) if ($major_line_flag == 1);
2194 : mkubal 1.14 }
2195 :     return $gd;
2196 :     }
2197 :    
2198 :    

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