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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.27 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : mkubal 1.19 use lib '/vol/ontologies';
4 :     use DBMaster;
5 :    
6 : mkubal 1.1 require Exporter;
7 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
8 :    
9 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
10 : mkubal 1.1 use strict;
11 : arodri7 1.16 #use warnings;
12 : arodri7 1.9 use HTML;
13 : mkubal 1.1
14 :     1;
15 :    
16 : arodri7 1.27 # $Id: Observation.pm,v 1.26 2007/07/25 16:52:04 arodri7 Exp $
17 : mkubal 1.1
18 :     =head1 NAME
19 :    
20 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
21 :    
22 :     =head1 DESCRIPTION
23 :    
24 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
25 :     single interface to this data.
26 :    
27 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
28 :    
29 :     =cut
30 :    
31 :     =head1 BACKGROUND
32 :    
33 :     =head2 Data incorporated in the Observations
34 :    
35 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
36 :    
37 :     =head3 SEED core evidence
38 :    
39 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
40 :    
41 :     =head3 Attribute based Evidence
42 :    
43 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
44 :    
45 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
46 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
47 :    
48 :     =head1 METHODS
49 :    
50 :     The public methods this package provides are listed below:
51 :    
52 :    
53 : mkubal 1.24 =head3 context()
54 :    
55 :     Returns close or diverse for purposes of displaying genomic context
56 : mkubal 1.1
57 :     =cut
58 :    
59 : mkubal 1.24 sub context {
60 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
61 :    
62 : mkubal 1.24 return $self->{context};
63 : mkubal 1.1 }
64 :    
65 : mkubal 1.24 =head3 rows()
66 : mkubal 1.1
67 : mkubal 1.24 each row in a displayed table
68 : mkubal 1.1
69 : mkubal 1.24 =cut
70 :    
71 :     sub rows {
72 :     my ($self) = @_;
73 :    
74 :     return $self->{rows};
75 :     }
76 :    
77 :     =head3 acc()
78 :    
79 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
80 : mkubal 1.1
81 :     =cut
82 :    
83 : mkubal 1.24 sub acc {
84 : mkubal 1.1 my ($self) = @_;
85 : mkubal 1.24 return $self->{acc};
86 : mkubal 1.1 }
87 :    
88 :     =head3 class()
89 :    
90 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
91 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
92 : mkubal 1.7
93 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
94 :    
95 :     =over 9
96 :    
97 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
98 :    
99 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
100 : mkubal 1.1
101 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
102 : mkubal 1.1
103 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
104 : mkubal 1.1
105 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
106 : mkubal 1.1
107 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
108 : mkubal 1.1
109 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
110 : mkubal 1.1
111 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
112 : mkubal 1.1
113 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
114 : mkubal 1.1
115 : mkubal 1.20 =item PDB (seq)
116 :    
117 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
118 : mkubal 1.1
119 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
120 : mkubal 1.1
121 :     =back
122 :    
123 :     =cut
124 :    
125 :     sub class {
126 :     my ($self) = @_;
127 :    
128 :     return $self->{class};
129 :     }
130 :    
131 :     =head3 type()
132 :    
133 :     The type of evidence (required).
134 :    
135 :     Where type is one of the following:
136 :    
137 :     =over 8
138 :    
139 :     =item seq=Sequence similarity
140 :    
141 :     =item dom=domain based match
142 :    
143 :     =item loc=Localization of the feature
144 :    
145 :     =item fc=Functional coupling.
146 :    
147 :     =back
148 :    
149 :     =cut
150 :    
151 :     sub type {
152 :     my ($self) = @_;
153 :    
154 : arodri7 1.26 return $self->{type};
155 : mkubal 1.1 }
156 :    
157 :     =head3 start()
158 :    
159 :     Start of hit in query sequence.
160 :    
161 :     =cut
162 :    
163 :     sub start {
164 :     my ($self) = @_;
165 :    
166 :     return $self->{start};
167 :     }
168 :    
169 :     =head3 end()
170 :    
171 :     End of the hit in query sequence.
172 :    
173 :     =cut
174 :    
175 :     sub stop {
176 :     my ($self) = @_;
177 :    
178 :     return $self->{stop};
179 :     }
180 :    
181 : arodri7 1.11 =head3 start()
182 :    
183 :     Start of hit in query sequence.
184 :    
185 :     =cut
186 :    
187 :     sub qstart {
188 :     my ($self) = @_;
189 :    
190 :     return $self->{qstart};
191 :     }
192 :    
193 :     =head3 qstop()
194 :    
195 :     End of the hit in query sequence.
196 :    
197 :     =cut
198 :    
199 :     sub qstop {
200 :     my ($self) = @_;
201 :    
202 :     return $self->{qstop};
203 :     }
204 :    
205 :     =head3 hstart()
206 :    
207 :     Start of hit in hit sequence.
208 :    
209 :     =cut
210 :    
211 :     sub hstart {
212 :     my ($self) = @_;
213 :    
214 :     return $self->{hstart};
215 :     }
216 :    
217 :     =head3 end()
218 :    
219 :     End of the hit in hit sequence.
220 :    
221 :     =cut
222 :    
223 :     sub hstop {
224 :     my ($self) = @_;
225 :    
226 :     return $self->{hstop};
227 :     }
228 :    
229 :     =head3 qlength()
230 :    
231 :     length of the query sequence in similarities
232 :    
233 :     =cut
234 :    
235 :     sub qlength {
236 :     my ($self) = @_;
237 :    
238 :     return $self->{qlength};
239 :     }
240 :    
241 :     =head3 hlength()
242 :    
243 :     length of the hit sequence in similarities
244 :    
245 :     =cut
246 :    
247 :     sub hlength {
248 :     my ($self) = @_;
249 :    
250 :     return $self->{hlength};
251 :     }
252 :    
253 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
254 :    
255 :     E-value or P-Value if present.
256 :    
257 :     =cut
258 :    
259 :     sub evalue {
260 :     my ($self) = @_;
261 :    
262 :     return $self->{evalue};
263 :     }
264 :    
265 :     =head3 score()
266 :    
267 :     Score if present.
268 :    
269 :     =cut
270 :    
271 :     sub score {
272 :     my ($self) = @_;
273 :     return $self->{score};
274 :     }
275 :    
276 : mkubal 1.12 =head3 display()
277 : mkubal 1.1
278 : mkubal 1.12 will be different for each type
279 : mkubal 1.1
280 :     =cut
281 :    
282 : mkubal 1.7 sub display {
283 : mkubal 1.1
284 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
285 : mkubal 1.1
286 :     }
287 :    
288 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
289 : mkubal 1.7
290 : mkubal 1.24 will be different for each type
291 : mkubal 1.1
292 : mkubal 1.24 =cut
293 : mkubal 1.1
294 : mkubal 1.24 sub display_table {
295 :    
296 :     die "Abstract Table Method Called\n";
297 : mkubal 1.1
298 :     }
299 :    
300 :     =head3 get_objects()
301 :    
302 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
303 :    
304 :     =cut
305 :    
306 :     sub get_objects {
307 : mkubal 1.24 my ($self,$fid,$scope) = @_;
308 : mkubal 1.7
309 :     my $objects = [];
310 :     my @matched_datasets=();
311 : mkubal 1.1
312 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
313 :     # returns an array of arrays of hashes
314 :    
315 : mkubal 1.24 if($scope){
316 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets,$scope);
317 : mkubal 1.7 }
318 :     else{
319 :     my %domain_classes;
320 : mkubal 1.24 $domain_classes{'CDD'} = 1;
321 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
322 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets);
323 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
324 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
325 :     get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets);
326 :     get_pdb_observations($fid,\@matched_datasets);
327 : mkubal 1.1 }
328 : mkubal 1.7
329 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
330 :     my $object;
331 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
332 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
333 :     }
334 : arodri7 1.9 if($dataset->{'class'} eq "PCH"){
335 :     $object = Observation::FC->new($dataset);
336 :     }
337 :     if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
338 :     $object = Observation::Identical->new($dataset);
339 :     }
340 : mkubal 1.12 if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
341 :     $object = Observation::Location->new($dataset);
342 :     }
343 : arodri7 1.10 if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
344 :     $object = Observation::Sims->new($dataset);
345 :     }
346 : arodri7 1.15 if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
347 :     $object = Observation::Cluster->new($dataset);
348 :     }
349 : mkubal 1.20 if ($dataset->{'class'} eq "PDB"){
350 :     $object = Observation::PDB->new($dataset);
351 :     }
352 :    
353 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
354 : mkubal 1.1 }
355 : mkubal 1.7
356 :     return $objects;
357 : mkubal 1.1
358 :     }
359 :    
360 :     =head1 Internal Methods
361 :    
362 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
363 :    
364 :     B<Please do not use them outside of this package!>
365 :    
366 :     =cut
367 :    
368 : mkubal 1.7 sub get_attribute_based_domain_observations{
369 :    
370 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
371 :     my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref) = (@_);
372 :    
373 :     my $fig = new FIG;
374 :    
375 :     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {
376 :     my $key = @$attr_ref[1];
377 :     my @parts = split("::",$key);
378 :     my $class = $parts[0];
379 :    
380 :     if($domain_classes->{$parts[0]}){
381 :     my $val = @$attr_ref[2];
382 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
383 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
384 : mkubal 1.8 my $from = $2;
385 :     my $to = $3;
386 : mkubal 1.7 my $evalue;
387 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
388 :     my $part2 = 1000 - $1;
389 :     my $part1 = $2/100;
390 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
391 :     }
392 :     else{
393 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
394 : mkubal 1.7 }
395 :    
396 :     my $dataset = {'class' => $class,
397 :     'acc' => $key,
398 :     'type' => "dom" ,
399 :     'evalue' => $evalue,
400 :     'start' => $from,
401 : mkubal 1.24 'stop' => $to,
402 :     'fig_id' => $fid,
403 :     'score' => $raw_evalue
404 : mkubal 1.7 };
405 :    
406 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
407 :     }
408 :     }
409 :     }
410 :     }
411 : mkubal 1.12
412 :     sub get_attribute_based_location_observations{
413 :    
414 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
415 :     my $fig = new FIG;
416 :    
417 :     my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED'];
418 :    
419 : arodri7 1.26 my $dataset = {'type' => "loc",
420 :     'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED',
421 :     'fig_id' => $fid
422 :     };
423 :    
424 : mkubal 1.12 foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {
425 :     my $key = @$attr_ref[1];
426 :     my @parts = split("::",$key);
427 :     my $sub_class = $parts[0];
428 :     my $sub_key = $parts[1];
429 :     my $value = @$attr_ref[2];
430 :     if($sub_class eq "SignalP"){
431 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
432 :     my @value_parts = split(";",$value);
433 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
434 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
435 :     }
436 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
437 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
438 :     }
439 :     }
440 :     elsif($sub_class eq "CELLO"){
441 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
442 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
443 :     }
444 :     elsif($sub_class eq "TMPRED"){
445 : arodri7 1.26 my @value_parts = split(/\;/,$value);
446 : mkubal 1.12 $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
447 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
448 :     }
449 :     }
450 :    
451 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
452 :    
453 :     }
454 :    
455 : mkubal 1.20 =head3 get_pdb_observations() (internal)
456 :    
457 :     This methods sets the type and class for pdb observations
458 :    
459 :     =cut
460 :    
461 :     sub get_pdb_observations{
462 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
463 :    
464 :     my $fig = new FIG;
465 :    
466 :     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,'PDB')) {
467 :    
468 :     my $key = @$attr_ref[1];
469 :     my($key1,$key2) =split("::",$key);
470 :     my $value = @$attr_ref[2];
471 :     my ($evalue,$location) = split(";",$value);
472 :    
473 :     if($evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
474 :     my $part2 = 1000 - $1;
475 :     my $part1 = $2/100;
476 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
477 :     }
478 :    
479 :     my($start,$stop) =split("-",$location);
480 :    
481 :     my $url = @$attr_ref[3];
482 :     my $dataset = {'class' => 'PDB',
483 :     'type' => 'seq' ,
484 :     'acc' => $key2,
485 :     'evalue' => $evalue,
486 :     'start' => $start,
487 : mkubal 1.24 'stop' => $stop,
488 :     'fig_id' => $fid
489 : mkubal 1.20 };
490 :    
491 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
492 :     }
493 :     }
494 :    
495 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
496 :    
497 :     This methods sets the type and class for cluster observations
498 :    
499 :     =cut
500 :    
501 :     sub get_cluster_observations{
502 : mkubal 1.24 my ($fid,$datasets_ref,$scope) = (@_);
503 : arodri7 1.15
504 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
505 : mkubal 1.24 'type' => 'fc',
506 :     'context' => $scope,
507 :     'fig_id' => $fid
508 : arodri7 1.16 };
509 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
510 :     }
511 :    
512 :    
513 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
514 :    
515 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
516 :    
517 :     =cut
518 :    
519 :     sub get_sims_observations{
520 :    
521 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
522 : mkubal 1.4 my $fig = new FIG;
523 : arodri7 1.26 my @sims= $fig->nsims($fid,500,1e-20,"all");
524 : mkubal 1.4 my ($dataset);
525 : arodri7 1.26
526 :     my %id_list;
527 : mkubal 1.3 foreach my $sim (@sims){
528 : mkubal 1.4 my $hit = $sim->[1];
529 : arodri7 1.26
530 :     next if ($hit !~ /^fig\|/);
531 :     my @aliases = $fig->feature_aliases($hit);
532 :     foreach my $alias (@aliases){
533 :     $id_list{$alias} = 1;
534 :     }
535 :     }
536 :    
537 :     my %already;
538 :     my (@new_sims, @uniprot);
539 :     foreach my $sim (@sims){
540 :     my $hit = $sim->[1];
541 :     my ($id) = ($hit) =~ /\|(.*)/;
542 :     next if (defined($already{$id}));
543 :     next if (defined($id_list{$hit}));
544 :     push (@new_sims, $sim);
545 :     $already{$id} = 1;
546 :     }
547 :    
548 :     foreach my $sim (@new_sims){
549 :     my $hit = $sim->[1];
550 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
551 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
552 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
553 :     my $qto = $sim->[7];
554 :     my $hfrom = $sim->[8];
555 :     my $hto = $sim->[9];
556 :     my $qlength = $sim->[12];
557 :     my $hlength = $sim->[13];
558 :     my $db = get_database($hit);
559 :     my $func = $fig->function_of($hit);
560 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
561 :    
562 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
563 :     'acc' => $hit,
564 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
565 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
566 :     'evalue' => $evalue,
567 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
568 :     'qstop' => $qto,
569 :     'hstart' => $hfrom,
570 :     'hstop' => $hto,
571 :     'database' => $db,
572 :     'organism' => $organism,
573 :     'function' => $func,
574 :     'qlength' => $qlength,
575 : mkubal 1.24 'hlength' => $hlength,
576 :     'fig_id' => $fid
577 : arodri7 1.10 };
578 :    
579 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
580 : mkubal 1.3 }
581 :     }
582 :    
583 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
584 :     This method gets the database association from the sequence id
585 :    
586 :     =cut
587 :    
588 :     sub get_database{
589 :     my ($id) = (@_);
590 :    
591 :     my ($db);
592 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
593 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
594 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
595 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
596 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
597 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
598 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
599 :     elsif ($id =~ /^kegg\|/) { $db = "KEGG" }
600 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
601 :     elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
602 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
603 :    
604 :     return ($db);
605 :    
606 :     }
607 :    
608 : mkubal 1.24
609 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
610 :    
611 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
612 :    
613 :     =cut
614 :    
615 :     sub get_identical_proteins{
616 :    
617 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
618 :     my $fig = new FIG;
619 : mkubal 1.24 my $funcs_ref;
620 : arodri7 1.5
621 : arodri7 1.26 my %id_list;
622 : arodri7 1.5 my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
623 : arodri7 1.26 my @aliases = $fig->feature_aliases($fid);
624 :     foreach my $alias (@aliases){
625 :     $id_list{$alias} = 1;
626 :     }
627 :    
628 : arodri7 1.5 foreach my $id (@maps_to) {
629 :     my ($tmp, $who);
630 : arodri7 1.26 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id)) && (! defined ($id_list{$id}))) {
631 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
632 : mkubal 1.24 push(@$funcs_ref, [$id,$who,$tmp]);
633 : arodri7 1.5 }
634 :     }
635 :    
636 :     my ($dataset);
637 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
638 :     'type' => 'seq',
639 :     'fig_id' => $fid,
640 :     'rows' => $funcs_ref
641 :     };
642 :    
643 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
644 :    
645 : arodri7 1.5
646 :     }
647 :    
648 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
649 :    
650 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
651 :    
652 :     =cut
653 :    
654 :     sub get_functional_coupling{
655 :    
656 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
657 :     my $fig = new FIG;
658 :     my @funcs = ();
659 :    
660 :     # initialize some variables
661 :     my($sc,$neigh);
662 :    
663 :     # set default parameters for coupling and evidence
664 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
665 :    
666 :     # get the fc data
667 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
668 :    
669 :     # retrieve data
670 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
671 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
672 :     } @fc_data;
673 :    
674 :     my ($dataset);
675 : mkubal 1.24 my $dataset = {'class' => 'PCH',
676 :     'type' => 'fc',
677 :     'fig_id' => $fid,
678 :     'rows' => \@rows
679 :     };
680 :    
681 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
682 : arodri7 1.9
683 : arodri7 1.6 }
684 : arodri7 1.5
685 : mkubal 1.1 =head3 new (internal)
686 :    
687 :     Instantiate a new object.
688 :    
689 :     =cut
690 :    
691 :     sub new {
692 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
693 :    
694 :     my $self = { class => $dataset->{'class'},
695 : mkubal 1.24 type => $dataset->{'type'},
696 :     fig_id => $dataset->{'fig_id'},
697 :     score => $dataset->{'score'},
698 : arodri7 1.10 };
699 : mkubal 1.7
700 :     bless($self,$class);
701 : mkubal 1.1
702 :     return $self;
703 :     }
704 :    
705 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
706 :    
707 :     Returns the % identity of the similar sequence
708 :    
709 :     =cut
710 :    
711 :     sub identity {
712 :     my ($self) = @_;
713 :    
714 :     return $self->{identity};
715 :     }
716 :    
717 : mkubal 1.24 =head3 fig_id (internal)
718 :    
719 :     =cut
720 :    
721 :     sub fig_id {
722 :     my ($self) = @_;
723 :     return $self->{fig_id};
724 :     }
725 :    
726 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
727 :    
728 :    
729 :     =cut
730 :    
731 :     sub feature_id {
732 :     my ($self) = @_;
733 :    
734 :     return $self->{feature_id};
735 :     }
736 : arodri7 1.5
737 :     =head3 id (internal)
738 :    
739 :     Returns the ID of the identical sequence
740 :    
741 :     =cut
742 :    
743 :     sub id {
744 :     my ($self) = @_;
745 :    
746 :     return $self->{id};
747 :     }
748 :    
749 :     =head3 organism (internal)
750 :    
751 :     Returns the organism of the identical sequence
752 :    
753 :     =cut
754 :    
755 :     sub organism {
756 :     my ($self) = @_;
757 :    
758 :     return $self->{organism};
759 :     }
760 :    
761 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
762 :    
763 :     Returns the function of the identical sequence
764 :    
765 :     =cut
766 :    
767 :     sub function {
768 :     my ($self) = @_;
769 :    
770 :     return $self->{function};
771 :     }
772 :    
773 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
774 :    
775 :     Returns the database of the identical sequence
776 :    
777 :     =cut
778 :    
779 :     sub database {
780 :     my ($self) = @_;
781 :    
782 :     return $self->{database};
783 :     }
784 :    
785 : mkubal 1.24 sub score {
786 :     my ($self) = @_;
787 :    
788 :     return $self->{score};
789 :     }
790 :    
791 : mkubal 1.20 ############################################################
792 :     ############################################################
793 :     package Observation::PDB;
794 :    
795 :     use base qw(Observation);
796 :    
797 :     sub new {
798 :    
799 :     my ($class,$dataset) = @_;
800 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
801 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
802 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
803 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
804 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
805 :     bless($self,$class);
806 :     return $self;
807 :     }
808 :    
809 :     =head3 display()
810 :    
811 :     displays data stored in best_PDB attribute and in Ontology server for given PDB id
812 :    
813 :     =cut
814 :    
815 :     sub display{
816 : mkubal 1.24 my ($self,$gd) = @_;
817 : mkubal 1.20
818 : mkubal 1.24 my $fid = $self->fig_id;
819 : mkubal 1.20 my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
820 :    
821 :     my $acc = $self->acc;
822 :    
823 :     my ($pdb_description,$pdb_source,$pdb_ligand);
824 :     my $pdb_objs = $dbmaster->pdb->get_objects( { 'id' => $acc } );
825 :     if(!scalar(@$pdb_objs)){
826 :     $pdb_description = "not available";
827 :     $pdb_source = "not available";
828 :     $pdb_ligand = "not available";
829 :     }
830 :     else{
831 :     my $pdb_obj = $pdb_objs->[0];
832 :     $pdb_description = $pdb_obj->description;
833 :     $pdb_source = $pdb_obj->source;
834 :     $pdb_ligand = $pdb_obj->ligand;
835 :     }
836 : arodri7 1.6
837 : mkubal 1.20 my $lines = [];
838 :     my $line_data = [];
839 :     my $line_config = { 'title' => "PDB hit for $fid",
840 :     'short_title' => "best PDB",
841 :     'basepair_offset' => '1' };
842 :    
843 :     my $fig = new FIG;
844 :     my $seq = $fig->get_translation($fid);
845 :     my $fid_stop = length($seq);
846 :    
847 :     my $fid_element_hash = {
848 :     "title" => $fid,
849 :     "start" => '1',
850 :     "end" => $fid_stop,
851 :     "color"=> '1',
852 :     "zlayer" => '1'
853 :     };
854 :    
855 :     push(@$line_data,$fid_element_hash);
856 :    
857 :     my $links_list = [];
858 :     my $descriptions = [];
859 :    
860 :     my $name;
861 :     $name = {"title" => 'id',
862 :     "value" => $acc};
863 :     push(@$descriptions,$name);
864 :    
865 :     my $description;
866 :     $description = {"title" => 'pdb description',
867 :     "value" => $pdb_description};
868 :     push(@$descriptions,$description);
869 :    
870 :     my $score;
871 :     $score = {"title" => "score",
872 :     "value" => $self->evalue};
873 :     push(@$descriptions,$score);
874 :    
875 :     my $start_stop;
876 :     my $start_stop_value = $self->start."_".$self->stop;
877 :     $start_stop = {"title" => "start-stop",
878 :     "value" => $start_stop_value};
879 :     push(@$descriptions,$start_stop);
880 :    
881 :     my $source;
882 :     $source = {"title" => "source",
883 :     "value" => $pdb_source};
884 :     push(@$descriptions,$source);
885 :    
886 :     my $ligand;
887 :     $ligand = {"title" => "pdb ligand",
888 :     "value" => $pdb_ligand};
889 :     push(@$descriptions,$ligand);
890 :    
891 :     my $link;
892 :     my $link_url ="http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=".$acc;
893 :    
894 :     $link = {"link_title" => $acc,
895 :     "link" => $link_url};
896 :     push(@$links_list,$link);
897 :    
898 :     my $pdb_element_hash = {
899 :     "title" => "PDB homology",
900 :     "start" => $self->start,
901 :     "end" => $self->stop,
902 :     "color"=> '6',
903 :     "zlayer" => '3',
904 :     "links_list" => $links_list,
905 :     "description" => $descriptions};
906 :    
907 :     push(@$line_data,$pdb_element_hash);
908 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
909 :    
910 :     return $gd;
911 :     }
912 :    
913 :     1;
914 : arodri7 1.11
915 : arodri7 1.9 ############################################################
916 :     ############################################################
917 :     package Observation::Identical;
918 :    
919 :     use base qw(Observation);
920 :    
921 :     sub new {
922 :    
923 :     my ($class,$dataset) = @_;
924 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
925 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
926 :    
927 : arodri7 1.9 bless($self,$class);
928 :     return $self;
929 :     }
930 :    
931 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
932 : arodri7 1.6
933 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
934 :     This code will display a table for the identical protein
935 :    
936 :    
937 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
938 :     dence.
939 : arodri7 1.6
940 :     =cut
941 :    
942 :    
943 : mkubal 1.24 sub display_table{
944 :     my ($self) = @_;
945 :    
946 :     my $fig = new FIG;
947 :     my $fid = $self->fig_id;
948 :     my $rows = $self->rows;
949 :     my $cgi = new CGI;
950 : arodri7 1.6 my $all_domains = [];
951 :     my $count_identical = 0;
952 : arodri7 1.9 my $content;
953 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
954 :     my $id = $row->[0];
955 :     my $who = $row->[1];
956 :     my $assignment = $row->[2];
957 : arodri7 1.26 my $organism = $fig->org_of($id);
958 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
959 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$who);
960 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
961 :     push(@$single_domain,$organism);
962 :     push(@$single_domain,$assignment);
963 : arodri7 1.9 push(@$all_domains,$single_domain);
964 : mkubal 1.24 $count_identical++;
965 : arodri7 1.6 }
966 :    
967 :     if ($count_identical >0){
968 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
969 : arodri7 1.6 }
970 :     else{
971 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
972 : arodri7 1.6 }
973 :     return ($content);
974 :     }
975 : mkubal 1.7
976 : arodri7 1.9 1;
977 :    
978 :     #########################################
979 :     #########################################
980 :     package Observation::FC;
981 :     1;
982 :    
983 :     use base qw(Observation);
984 :    
985 :     sub new {
986 :    
987 :     my ($class,$dataset) = @_;
988 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
989 : mkubal 1.24 $self->{rows} = $dataset->{'rows'};
990 : arodri7 1.9
991 :     bless($self,$class);
992 :     return $self;
993 :     }
994 :    
995 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
996 : arodri7 1.9
997 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
998 :     This code will display a table for the identical protein
999 :    
1000 :    
1001 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1002 :     dence.
1003 :    
1004 :     =cut
1005 :    
1006 : mkubal 1.24 sub display_table {
1007 : arodri7 1.9
1008 : mkubal 1.24 my ($self,$dataset) = @_;
1009 :     my $fid = $self->fig_id;
1010 :     my $rows = $self->rows;
1011 :     my $cgi = new CGI;
1012 : arodri7 1.9 my $functional_data = [];
1013 :     my $count = 0;
1014 :     my $content;
1015 :    
1016 : mkubal 1.24 foreach my $row (@$rows) {
1017 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1018 :     $count++;
1019 :    
1020 :     # construct the score link
1021 : mkubal 1.24 my $score = $row->[0];
1022 :     my $toid = $row->[1];
1023 : arodri7 1.9 my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
1024 :     my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
1025 :    
1026 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1027 : mkubal 1.24 push(@$single_domain,$row->[1]);
1028 :     push(@$single_domain,$row->[2]);
1029 : arodri7 1.9 push(@$functional_data,$single_domain);
1030 :     }
1031 :    
1032 :     if ($count >0){
1033 :     $content = $functional_data;
1034 :     }
1035 :     else
1036 :     {
1037 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1038 :     }
1039 :     return ($content);
1040 :     }
1041 :    
1042 :    
1043 :     #########################################
1044 :     #########################################
1045 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1046 :    
1047 :     use base qw(Observation);
1048 :    
1049 :     sub new {
1050 :    
1051 :     my ($class,$dataset) = @_;
1052 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1053 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1054 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1055 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1056 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1057 :    
1058 :     bless($self,$class);
1059 :     return $self;
1060 :     }
1061 :    
1062 :     sub display {
1063 :     my ($thing,$gd) = @_;
1064 :     my $lines = [];
1065 : arodri7 1.27 # my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1066 :     # 'short_title' => $thing->type,
1067 :     # 'basepair_offset' => '1' };
1068 : mkubal 1.7 my $color = "4";
1069 :    
1070 :     my $line_data = [];
1071 :     my $links_list = [];
1072 :     my $descriptions = [];
1073 : mkubal 1.19
1074 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1075 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1076 :    
1077 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1078 : mkubal 1.7
1079 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1080 :     if($db eq "CDD"){
1081 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1082 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1083 :     $name_title = "name";
1084 :     $name_value = "not available";
1085 :     $description_title = "description";
1086 :     $description_value = "not available";
1087 :     }
1088 :     else{
1089 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1090 :     $name_title = "name";
1091 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1092 :     $description_title = "description";
1093 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1094 :     }
1095 :     }
1096 : arodri7 1.27
1097 :     my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1098 :     'short_title' => $name_value,
1099 :     'basepair_offset' => '1' };
1100 : mkubal 1.7
1101 : mkubal 1.19 my $name;
1102 :     $name = {"title" => $name_title,
1103 :     "value" => $name_value};
1104 :     push(@$descriptions,$name);
1105 :    
1106 :     my $description;
1107 :     $description = {"title" => $description_title,
1108 :     "value" => $description_value};
1109 :     push(@$descriptions,$description);
1110 : mkubal 1.7
1111 :     my $score;
1112 :     $score = {"title" => "score",
1113 :     "value" => $thing->evalue};
1114 :     push(@$descriptions,$score);
1115 :    
1116 :     my $link_id;
1117 : mkubal 1.12 if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){
1118 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1119 :     }
1120 :    
1121 :     my $link;
1122 : mkubal 1.12 my $link_url;
1123 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1124 :     elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1125 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1126 :    
1127 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1128 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1129 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1130 :    
1131 :     my $element_hash = {
1132 :     "title" => $thing->type,
1133 :     "start" => $thing->start,
1134 :     "end" => $thing->stop,
1135 :     "color"=> $color,
1136 :     "zlayer" => '2',
1137 :     "links_list" => $links_list,
1138 :     "description" => $descriptions};
1139 :    
1140 :     push(@$line_data,$element_hash);
1141 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1142 :    
1143 :     return $gd;
1144 :    
1145 :     }
1146 :    
1147 : arodri7 1.10 #########################################
1148 :     #########################################
1149 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1150 :    
1151 :     use base qw(Observation);
1152 :    
1153 :     sub new {
1154 :    
1155 :     my ($class,$dataset) = @_;
1156 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1157 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1158 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1159 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1160 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1161 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1162 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1163 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1164 :    
1165 :     bless($self,$class);
1166 :     return $self;
1167 :     }
1168 :    
1169 :     sub display {
1170 : mkubal 1.24 my ($thing,$gd) = @_;
1171 : mkubal 1.12
1172 : mkubal 1.24 my $fid = $thing->fig_id;
1173 : mkubal 1.12 my $fig= new FIG;
1174 :     my $length = length($fig->get_translation($fid));
1175 :    
1176 :     my $cleavage_prob;
1177 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1178 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1179 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1180 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1181 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1182 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1183 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1184 :    
1185 :     my $lines = [];
1186 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1187 :     'short_title' => 'Local',
1188 :     'basepair_offset' => '1' };
1189 :    
1190 :     #color is
1191 :     my $color = "5";
1192 :    
1193 :     my $line_data = [];
1194 :    
1195 :     if($cello_location){
1196 :     my $cello_descriptions = [];
1197 :     my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1198 :     "value" => $cello_location};
1199 :    
1200 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1201 :    
1202 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1203 :     "value" => $cello_score};
1204 :    
1205 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1206 :    
1207 :     my $element_hash = {
1208 :     "title" => "CELLO",
1209 :     "start" => "1",
1210 :     "end" => $length + 1,
1211 :     "color"=> $color,
1212 :     "type" => 'box',
1213 :     "zlayer" => '2',
1214 :     "description" => $cello_descriptions};
1215 :    
1216 :     push(@$line_data,$element_hash);
1217 :     }
1218 :    
1219 :     my $color = "6";
1220 :     if($tmpred_score){
1221 :     foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1222 :     my $descriptions = [];
1223 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1224 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1225 :     "value" => $tmpred_score};
1226 :    
1227 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1228 :    
1229 :     my $element_hash = {
1230 :     "title" => "transmembrane location",
1231 :     "start" => $begin + 1,
1232 :     "end" => $end + 1,
1233 :     "color"=> $color,
1234 :     "zlayer" => '5',
1235 :     "type" => 'smallbox',
1236 :     "description" => $descriptions};
1237 :    
1238 :     push(@$line_data,$element_hash);
1239 :     }
1240 :     }
1241 :    
1242 :     my $color = "1";
1243 :     if($signal_peptide_score){
1244 :     my $descriptions = [];
1245 :     my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1246 :     "value" => $signal_peptide_score};
1247 :    
1248 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1249 :    
1250 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1251 :     "value" => $cleavage_prob};
1252 :    
1253 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1254 :    
1255 :     my $element_hash = {
1256 :     "title" => "SignalP",
1257 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1258 :     "end" => $cleavage_loc_end + 3,
1259 :     "type" => 'bigbox',
1260 :     "color"=> $color,
1261 :     "zlayer" => '10',
1262 :     "description" => $descriptions};
1263 :    
1264 :     push(@$line_data,$element_hash);
1265 :     }
1266 :    
1267 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1268 :    
1269 :     return ($gd);
1270 :    
1271 :     }
1272 :    
1273 :     sub cleavage_loc {
1274 :     my ($self) = @_;
1275 :    
1276 :     return $self->{cleavage_loc};
1277 :     }
1278 :    
1279 :     sub cleavage_prob {
1280 :     my ($self) = @_;
1281 :    
1282 :     return $self->{cleavage_prob};
1283 :     }
1284 :    
1285 :     sub signal_peptide_score {
1286 :     my ($self) = @_;
1287 :    
1288 :     return $self->{signal_peptide_score};
1289 :     }
1290 :    
1291 :     sub tmpred_score {
1292 :     my ($self) = @_;
1293 :    
1294 :     return $self->{tmpred_score};
1295 :     }
1296 :    
1297 :     sub tmpred_locations {
1298 :     my ($self) = @_;
1299 :    
1300 :     return $self->{tmpred_locations};
1301 :     }
1302 :    
1303 :     sub cello_location {
1304 :     my ($self) = @_;
1305 :    
1306 :     return $self->{cello_location};
1307 :     }
1308 :    
1309 :     sub cello_score {
1310 :     my ($self) = @_;
1311 :    
1312 :     return $self->{cello_score};
1313 :     }
1314 :    
1315 :    
1316 :     #########################################
1317 :     #########################################
1318 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1319 :    
1320 :     use base qw(Observation);
1321 :    
1322 :     sub new {
1323 :    
1324 :     my ($class,$dataset) = @_;
1325 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1326 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1327 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1328 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1329 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1330 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1331 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1332 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1333 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1334 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1335 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1336 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1337 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1338 : arodri7 1.10
1339 :     bless($self,$class);
1340 :     return $self;
1341 :     }
1342 :    
1343 : arodri7 1.25 =head3 display()
1344 :    
1345 :     If available use the function specified here to display a graphical observation.
1346 :     This code will display a graphical view of the similarities using the genome drawer object
1347 :    
1348 :     =cut
1349 :    
1350 :     sub display {
1351 :     my ($self,$gd) = @_;
1352 :    
1353 :     my $fig = new FIG;
1354 :     my $peg = $self->acc;
1355 :    
1356 :     my $organism = $self->organism;
1357 :     my $function = $self->function;
1358 :     my $abbrev_name = $fig->abbrev($organism);
1359 :     my $align_start = $self->qstart;
1360 :     my $align_stop = $self->qstop;
1361 :     my $hit_start = $self->hstart;
1362 :     my $hit_stop = $self->hstop;
1363 :    
1364 :     my $line_config = { 'title' => "$organism",
1365 :     'short_title' => "$abbrev_name",
1366 :     'basepair_offset' => '0'
1367 :     };
1368 :    
1369 :     my $line_data = [];
1370 :    
1371 :     my $element_hash;
1372 :     my $links_list = [];
1373 :     my $descriptions = [];
1374 :    
1375 :     # get subsystem information
1376 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$peg;
1377 :    
1378 :     my $link;
1379 :     $link = {"link_title" => $peg,
1380 :     "link" => $url_link};
1381 :     push(@$links_list,$link);
1382 :    
1383 :     my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($peg);
1384 :     foreach my $subsystem (@subsystems){
1385 :     my $link;
1386 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1387 :     "link_title" => $subsystem};
1388 :     push(@$links_list,$link);
1389 :     }
1390 :    
1391 :     my $description_function;
1392 :     $description_function = {"title" => "function",
1393 :     "value" => $function};
1394 :     push(@$descriptions,$description_function);
1395 :    
1396 : arodri7 1.26 my ($description_ss, $ss_string);
1397 :     $ss_string = join (",", @subsystems);
1398 : arodri7 1.25 $description_ss = {"title" => "subsystems",
1399 :     "value" => $ss_string};
1400 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1401 :    
1402 :     my $description_loc;
1403 :     $description_loc = {"title" => "location start",
1404 :     "value" => $hit_start};
1405 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1406 :    
1407 :     $description_loc = {"title" => "location stop",
1408 :     "value" => $hit_stop};
1409 :     push(@$descriptions, $description_loc);
1410 :    
1411 :     my $evalue = $self->evalue;
1412 :     while ($evalue =~ /-0/)
1413 :     {
1414 :     my ($chunk1, $chunk2) = split(/-/, $evalue);
1415 :     $chunk2 = substr($chunk2,1);
1416 :     $evalue = $chunk1 . "-" . $chunk2;
1417 :     }
1418 :    
1419 : arodri7 1.26 my $color = &color($evalue);
1420 : arodri7 1.25
1421 :     my $description_eval = {"title" => "E-Value",
1422 :     "value" => $evalue};
1423 :     push(@$descriptions, $description_eval);
1424 :    
1425 :     my $identity = $self->identity;
1426 :     my $description_identity = {"title" => "Identity",
1427 :     "value" => $identity};
1428 :     push(@$descriptions, $description_identity);
1429 :    
1430 :     $element_hash = {
1431 :     "title" => $peg,
1432 :     "start" => $align_start,
1433 :     "end" => $align_stop,
1434 :     "type"=> 'box',
1435 :     "color"=> $color,
1436 :     "zlayer" => "2",
1437 :     "links_list" => $links_list,
1438 :     "description" => $descriptions
1439 :     };
1440 :     push(@$line_data,$element_hash);
1441 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1442 :    
1443 :     return ($gd);
1444 :    
1445 :     }
1446 :    
1447 : mkubal 1.24 =head3 display_table()
1448 : arodri7 1.10
1449 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1450 :     This code will display a table for the similarities protein
1451 :    
1452 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1453 :    
1454 :     =cut
1455 :    
1456 : mkubal 1.24 sub display_table {
1457 :     my ($self,$dataset) = @_;
1458 :    
1459 : arodri7 1.10 my $data = [];
1460 :     my $count = 0;
1461 :     my $content;
1462 : arodri7 1.11 my $fig = new FIG;
1463 : mkubal 1.24 my $cgi = new CGI;
1464 : arodri7 1.10 foreach my $thing (@$dataset) {
1465 :     my $single_domain = [];
1466 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1467 :     $count++;
1468 :    
1469 : arodri7 1.11 my $id = $thing->acc;
1470 :    
1471 :     # add the subsystem information
1472 :     my @in_sub = $fig->peg_to_subsystems($id);
1473 :     my $in_sub;
1474 :    
1475 :     if (@in_sub > 0) {
1476 :     $in_sub = @in_sub;
1477 :    
1478 :     # RAE: add a javascript popup with all the subsystems
1479 :     my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;
1480 :     $in_sub = $cgi->a( {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);
1481 :     } else {
1482 :     $in_sub = "&nbsp;";
1483 :     }
1484 :    
1485 :     # add evidence code with tool tip
1486 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
1487 :     my @ev_codes = "";
1488 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
1489 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($id);
1490 :     @ev_codes = ();
1491 :     foreach my $code (@codes) {
1492 :     my $pretty_code = $code->[2];
1493 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
1494 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
1495 :     $ss =~ s/_/ /g;
1496 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
1497 :     }
1498 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
1499 :     }
1500 :     }
1501 :    
1502 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
1503 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
1504 :     $ev_codes = $cgi->a(
1505 :     {
1506 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
1507 :     }
1508 :    
1509 :     my $iden = $thing->identity;
1510 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1511 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1512 :     my $b1 = $thing->qstart;
1513 :     my $e1 = $thing->qstop;
1514 :     my $b2 = $thing->hstart;
1515 :     my $e2 = $thing->hstop;
1516 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1517 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1518 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1519 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1520 :    
1521 : arodri7 1.26 my $name = $thing->acc;
1522 :     my $field_name = "tables_" . $name;
1523 :     my $pair_name = "visual_" . $name;
1524 : arodri7 1.11
1525 : arodri7 1.26 my $checkbox_col = qq(<input type=checkbox name=seq value="$name" id="$field_name" onClick="VisualCheckPair('$field_name', '$pair_name');">);
1526 :     my $acc_col .= &HTML::set_prot_links($cgi,$thing->acc);
1527 :    
1528 :     push(@$single_domain,$checkbox_col);
1529 : arodri7 1.11 push(@$single_domain,$thing->database);
1530 : arodri7 1.26 push(@$single_domain,$acc_col);
1531 : arodri7 1.10 push(@$single_domain,$thing->evalue);
1532 : arodri7 1.11 push(@$single_domain,"$iden\%");
1533 :     push(@$single_domain,$reg1);
1534 :     push(@$single_domain,$reg2);
1535 :     push(@$single_domain,$in_sub);
1536 :     push(@$single_domain,$ev_codes);
1537 :     push(@$single_domain,$thing->organism);
1538 :     push(@$single_domain,$thing->function);
1539 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
1540 : arodri7 1.26
1541 : arodri7 1.10 }
1542 :    
1543 : arodri7 1.26 if ($count >0 ){
1544 :     $content = $data;
1545 : arodri7 1.10 }
1546 : arodri7 1.26 else{
1547 : arodri7 1.10 $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1548 :     }
1549 :     return ($content);
1550 :     }
1551 : arodri7 1.11
1552 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
1553 : mkubal 1.12
1554 : arodri7 1.26 sub color {
1555 :     my ($evalue) = @_;
1556 :    
1557 :     my $color;
1558 :     if ($evalue <= 1e-100){
1559 :     $color = 1;
1560 :     }
1561 :     elsif (($evalue <= 1e-70) && ($evalue > 1e-100)){
1562 :     $color = 2;
1563 :     }
1564 :     elsif (($evalue <= 1e-20) && ($evalue > 1e-70)){
1565 :     $color = 3;
1566 :     }
1567 :     elsif (($evalue <= 1e-10) && ($evalue > 1e-20)){
1568 :     $color = 4;
1569 :     }
1570 :     elsif (($evalue <= 1e-4) && ($evalue > 1e-1)){
1571 :     $color = 5;
1572 :     }
1573 :     else{
1574 :     $color = 6;
1575 :     }
1576 :     return ($color);
1577 :     }
1578 : arodri7 1.13
1579 :    
1580 :     ############################
1581 :     package Observation::Cluster;
1582 :    
1583 :     use base qw(Observation);
1584 :    
1585 :     sub new {
1586 :    
1587 :     my ($class,$dataset) = @_;
1588 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1589 : mkubal 1.24 $self->{context} = $dataset->{'context'};
1590 : arodri7 1.13 bless($self,$class);
1591 :     return $self;
1592 :     }
1593 :    
1594 :     sub display {
1595 : mkubal 1.24 my ($self,$gd) = @_;
1596 :    
1597 :     my $fid = $self->fig_id;
1598 :     my $compare_or_coupling = $self->context;
1599 :     my $gd_window_size = $gd->window_size;
1600 : arodri7 1.13 my $fig = new FIG;
1601 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
1602 : arodri7 1.13
1603 :     #get the organism genome
1604 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
1605 : arodri7 1.13
1606 :     # get location of the gene
1607 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
1608 :     my ($contig, $beg, $end);
1609 : arodri7 1.22 my %reverse_flag;
1610 : arodri7 1.13
1611 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1612 :     $contig = $1;
1613 :     $beg = $2;
1614 :     $end = $3;
1615 :     }
1616 :    
1617 : arodri7 1.22 my $offset;
1618 : arodri7 1.13 my ($region_start, $region_end);
1619 :     if ($beg < $end)
1620 :     {
1621 :     $region_start = $beg - 4000;
1622 :     $region_end = $end+4000;
1623 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
1624 : arodri7 1.13 }
1625 :     else
1626 :     {
1627 : arodri7 1.21 $region_start = $end-4000;
1628 :     $region_end = $beg+4000;
1629 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
1630 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$target_genome} = $fid;
1631 : arodri7 1.21 }
1632 : arodri7 1.13
1633 :     # call genes in region
1634 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
1635 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
1636 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
1637 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
1638 : mkubal 1.14
1639 :     my %all_genes;
1640 :     my %all_genomes;
1641 : arodri7 1.25 foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = $fid;}
1642 : arodri7 1.16
1643 : mkubal 1.24 if ($compare_or_coupling eq "diverse")
1644 : arodri7 1.25 {
1645 : arodri7 1.21 my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);
1646 :    
1647 :     my $coup_count = 0;
1648 :    
1649 :     foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
1650 :     # last if ($coup_count > 10);
1651 :     my ($peg1,$peg2) = @$pair;
1652 : arodri7 1.22
1653 :     my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
1654 :     $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
1655 : arodri7 1.21
1656 :     my $location = $fig->feature_location($peg1);
1657 :     if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1658 :     $pair_contig = $1;
1659 :     $pair_beg = $2;
1660 :     $pair_end = $3;
1661 :     if ($pair_beg < $pair_end)
1662 :     {
1663 :     $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
1664 :     $pair_region_stop = $pair_end+4000;
1665 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
1666 : arodri7 1.21 }
1667 :     else
1668 :     {
1669 :     $pair_region_start = $pair_end-4000;
1670 :     $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
1671 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
1672 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
1673 : arodri7 1.21 }
1674 :    
1675 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
1676 : arodri7 1.21
1677 :     $all_genomes{$pair_genome} = 1;
1678 :     my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
1679 :     push(@$all_regions,$pair_features);
1680 : arodri7 1.25 foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
1681 : arodri7 1.21 }
1682 :     $coup_count++;
1683 :     }
1684 :     }
1685 : arodri7 1.16
1686 : mkubal 1.24 elsif ($compare_or_coupling eq "close")
1687 : arodri7 1.21 {
1688 :     # make a hash of genomes that are phylogenetically close
1689 :     #my $close_threshold = ".26";
1690 :     #my @genomes = $fig->genomes('complete');
1691 :     #my %close_genomes = ();
1692 :     #foreach my $compared_genome (@genomes)
1693 :     #{
1694 :     # my $dist = $fig->crude_estimate_of_distance($target_genome,$compared_genome);
1695 :     # #$close_genomes{$compared_genome} = $dist;
1696 :     # if ($dist <= $close_threshold)
1697 :     # {
1698 :     # $all_genomes{$compared_genome} = 1;
1699 :     # }
1700 :     #}
1701 :     $all_genomes{"216592.1"} = 1;
1702 :     $all_genomes{"79967.1"} = 1;
1703 :     $all_genomes{"199310.1"} = 1;
1704 :     $all_genomes{"216593.1"} = 1;
1705 :     $all_genomes{"155864.1"} = 1;
1706 :     $all_genomes{"83334.1"} = 1;
1707 :     $all_genomes{"316407.3"} = 1;
1708 :    
1709 :     foreach my $comp_genome (keys %all_genomes){
1710 :     my $return = $fig->bbh_list($comp_genome,[$fid]);
1711 :     my $feature_list = $return->{$fid};
1712 :     foreach my $peg1 (@$feature_list){
1713 :     my $location = $fig->feature_location($peg1);
1714 :     my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
1715 : arodri7 1.22 $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
1716 :    
1717 : arodri7 1.21 if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1718 :     $pair_contig = $1;
1719 :     $pair_beg = $2;
1720 :     $pair_end = $3;
1721 :     if ($pair_beg < $pair_end)
1722 :     {
1723 :     $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
1724 :     $pair_region_stop = $pair_end + 4000;
1725 : arodri7 1.22 $offset = ($2+(($3-$2)/2))-($gd_window_size/2);
1726 : arodri7 1.21 }
1727 :     else
1728 :     {
1729 :     $pair_region_start = $pair_end-4000;
1730 :     $pair_region_stop = $pair_beg+4000;
1731 : arodri7 1.22 $offset = ($3+(($2-$3)/2))-($gd_window_size/2);
1732 : arodri7 1.25 $reverse_flag{$pair_genome} = $peg1;
1733 : arodri7 1.21 }
1734 :    
1735 : arodri7 1.22 push (@start_array_region, $offset);
1736 : arodri7 1.21 $all_genomes{$pair_genome} = 1;
1737 :     my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
1738 :     push(@$all_regions,$pair_features);
1739 : arodri7 1.25 foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = $peg1;}
1740 : arodri7 1.21 }
1741 : mkubal 1.14 }
1742 : arodri7 1.16 }
1743 : mkubal 1.14 }
1744 :    
1745 : arodri7 1.21 # get the PCH to each of the genes
1746 :     my $pch_sets = [];
1747 :     my %pch_already;
1748 :     foreach my $gene_peg (keys %all_genes)
1749 :     {
1750 :     if ($pch_already{$gene_peg}){next;};
1751 :     my $gene_set = [$gene_peg];
1752 :     foreach my $pch_peg ($fig->in_pch_pin_with($gene_peg)) {
1753 :     $pch_peg =~ s/,.*$//;
1754 :     my $pch_genome = $fig->genome_of($pch_peg);
1755 :     if ( ($gene_peg ne $pch_peg) && ($all_genomes{$pch_genome})) {
1756 :     push(@$gene_set,$pch_peg);
1757 :     $pch_already{$pch_peg}=1;
1758 : mkubal 1.14 }
1759 : arodri7 1.21 $pch_already{$gene_peg}=1;
1760 : mkubal 1.14 }
1761 : arodri7 1.21 push(@$pch_sets,$gene_set);
1762 : mkubal 1.14 }
1763 : arodri7 1.21
1764 :     #create a rank of the pch's
1765 :     my %pch_set_rank;
1766 : mkubal 1.14 my $order = 0;
1767 : arodri7 1.21 foreach my $set (@$pch_sets){
1768 : mkubal 1.14 my $count = scalar(@$set);
1769 : arodri7 1.21 $pch_set_rank{$order} = $count;
1770 : mkubal 1.14 $order++;
1771 :     }
1772 : arodri7 1.21
1773 : mkubal 1.14 my %peg_rank;
1774 :     my $counter = 1;
1775 : arodri7 1.21 foreach my $pch_order (sort {$pch_set_rank{$b} <=> $pch_set_rank{$a}} keys %pch_set_rank){
1776 :     my $good_set = @$pch_sets[$pch_order];
1777 : arodri7 1.18 my $flag_set = 0;
1778 :     if (scalar (@$good_set) > 1)
1779 :     {
1780 :     foreach my $peg (@$good_set){
1781 :     if ((!$peg_rank{$peg})){
1782 :     $peg_rank{$peg} = $counter;
1783 :     $flag_set = 1;
1784 :     }
1785 :     }
1786 :     $counter++ if ($flag_set == 1);
1787 :     }
1788 :     else
1789 :     {
1790 :     foreach my $peg (@$good_set){
1791 : arodri7 1.26 $peg_rank{$peg} = "20";
1792 : mkubal 1.17 }
1793 : mkubal 1.14 }
1794 :     }
1795 : arodri7 1.21
1796 :    
1797 :     # my $bbh_sets = [];
1798 :     # my %already;
1799 :     # foreach my $gene_key (keys(%all_genes)){
1800 :     # if($already{$gene_key}){next;}
1801 :     # my $gene_set = [$gene_key];
1802 :     #
1803 :     # my $gene_key_genome = $fig->genome_of($gene_key);
1804 :     #
1805 :     # foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){
1806 :     # #next if ($gene_key_genome eq $genome_key);
1807 :     # my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);
1808 :     #
1809 :     # my $feature_list = $return->{$gene_key};
1810 :     # foreach my $fl (@$feature_list){
1811 :     # push(@$gene_set,$fl);
1812 :     # }
1813 :     # }
1814 :     # $already{$gene_key} = 1;
1815 :     # push(@$bbh_sets,$gene_set);
1816 :     # }
1817 :     #
1818 :     # my %bbh_set_rank;
1819 :     # my $order = 0;
1820 :     # foreach my $set (@$bbh_sets){
1821 :     # my $count = scalar(@$set);
1822 :     # $bbh_set_rank{$order} = $count;
1823 :     # $order++;
1824 :     # }
1825 :     #
1826 :     # my %peg_rank;
1827 :     # my $counter = 1;
1828 :     # foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){
1829 :     # my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];
1830 :     # my $flag_set = 0;
1831 :     # if (scalar (@$good_set) > 1)
1832 :     # {
1833 :     # foreach my $peg (@$good_set){
1834 :     # if ((!$peg_rank{$peg})){
1835 :     # $peg_rank{$peg} = $counter;
1836 :     # $flag_set = 1;
1837 :     # }
1838 :     # }
1839 :     # $counter++ if ($flag_set == 1);
1840 :     # }
1841 :     # else
1842 :     # {
1843 :     # foreach my $peg (@$good_set){
1844 : arodri7 1.26 # $peg_rank{$peg} = "20";
1845 : arodri7 1.21 # }
1846 :     # }
1847 :     # }
1848 : arodri7 1.18
1849 : mkubal 1.14 foreach my $region (@$all_regions){
1850 :     my $sample_peg = @$region[0];
1851 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
1852 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
1853 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
1854 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
1855 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
1856 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
1857 :     };
1858 :    
1859 : arodri7 1.22 my $offsetting = shift @start_array_region;
1860 : arodri7 1.16
1861 : arodri7 1.25 my $second_line_config = { 'title' => "$region_gs",
1862 :     'short_title' => "",
1863 :     'basepair_offset' => '0'
1864 :     };
1865 :    
1866 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
1867 : arodri7 1.25 my $second_line_data = [];
1868 :    
1869 :     # initialize variables to check for overlap in genes
1870 :     my ($prev_start, $prev_stop, $prev_fig, $second_line_flag);
1871 :     my $major_line_flag = 0;
1872 :     my $prev_second_flag = 0;
1873 :    
1874 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
1875 : arodri7 1.25 $second_line_flag = 0;
1876 : mkubal 1.14 my $element_hash;
1877 :     my $links_list = [];
1878 :     my $descriptions = [];
1879 :    
1880 : arodri7 1.16 my $color = $peg_rank{$fid1};
1881 : arodri7 1.26
1882 : arodri7 1.18 # get subsystem information
1883 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
1884 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;
1885 :    
1886 :     my $link;
1887 :     $link = {"link_title" => $fid1,
1888 :     "link" => $url_link};
1889 :     push(@$links_list,$link);
1890 :    
1891 :     my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);
1892 :     foreach my $subsystem (@subsystems){
1893 :     my $link;
1894 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1895 :     "link_title" => $subsystem};
1896 :     push(@$links_list,$link);
1897 :     }
1898 :    
1899 :     my $description_function;
1900 :     $description_function = {"title" => "function",
1901 :     "value" => $function};
1902 :     push(@$descriptions,$description_function);
1903 :    
1904 :     my $description_ss;
1905 :     my $ss_string = join (",", @subsystems);
1906 :     $description_ss = {"title" => "subsystems",
1907 :     "value" => $ss_string};
1908 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1909 :    
1910 : arodri7 1.16
1911 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
1912 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1913 :     my($start,$stop);
1914 : arodri7 1.22 $start = $2 - $offsetting;
1915 :     $stop = $3 - $offsetting;
1916 : arodri7 1.25
1917 :     if ( (($prev_start) && ($prev_stop) ) &&
1918 :     ( ($start < $prev_start) || ($start < $prev_stop) ||
1919 :     ($stop < $prev_start) || ($stop < $prev_stop) )){
1920 :     if (($second_line_flag == 0) && ($prev_second_flag == 0)) {
1921 :     $second_line_flag = 1;
1922 :     $major_line_flag = 1;
1923 :     }
1924 :     }
1925 :     $prev_start = $start;
1926 :     $prev_stop = $stop;
1927 :     $prev_fig = $fid1;
1928 :    
1929 :     if ((defined($reverse_flag{$region_genome})) && ($reverse_flag{$region_genome} eq $all_genes{$fid1})){
1930 : arodri7 1.22 $start = $gd_window_size - $start;
1931 :     $stop = $gd_window_size - $stop;
1932 :     }
1933 :    
1934 : mkubal 1.14 $element_hash = {
1935 : arodri7 1.16 "title" => $fid1,
1936 : mkubal 1.14 "start" => $start,
1937 :     "end" => $stop,
1938 :     "type"=> 'arrow',
1939 :     "color"=> $color,
1940 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
1941 :     "links_list" => $links_list,
1942 :     "description" => $descriptions
1943 : mkubal 1.14 };
1944 : arodri7 1.25
1945 :     # if there is an overlap, put into second line
1946 :     if ($second_line_flag == 1){ push(@$second_line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 1;}
1947 :     else{ push(@$line_data,$element_hash); $prev_second_flag = 0;}
1948 :    
1949 : mkubal 1.14 }
1950 :     }
1951 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1952 : arodri7 1.25 $gd->add_line($second_line_data, $second_line_config) if ($major_line_flag == 1);
1953 : mkubal 1.14 }
1954 :     return $gd;
1955 :     }
1956 :    
1957 :    

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