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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.19 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 : mkubal 1.19 use lib '/vol/ontologies';
4 :     use DBMaster;
5 :    
6 : mkubal 1.1 require Exporter;
7 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
8 :    
9 : arodri7 1.16 use FIG_Config;
10 : mkubal 1.1 use strict;
11 : arodri7 1.16 #use warnings;
12 : arodri7 1.9 use HTML;
13 : mkubal 1.1
14 :     1;
15 :    
16 : mkubal 1.19 # $Id: Observation.pm,v 1.18 2007/06/26 19:52:09 arodri7 Exp $
17 : mkubal 1.1
18 :     =head1 NAME
19 :    
20 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
21 :    
22 :     =head1 DESCRIPTION
23 :    
24 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
25 :     single interface to this data.
26 :    
27 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
28 :    
29 :     Example:
30 :    
31 : arodri7 1.9
32 : mkubal 1.1 use FIG;
33 :     use Observation;
34 :    
35 : paczian 1.2 my $fig = new FIG;
36 :     my $fid = "fig|83333.1.peg.3";
37 :    
38 :     my $observations = Observation::get_objects($fid);
39 :     foreach my $observation (@$observations) {
40 :     print "ID: " . $fid . "\n";
41 :     print "Start: " . $observation->start() . "\n";
42 :     ...
43 :     }
44 : mkubal 1.1
45 :     B<return an array of objects>
46 :    
47 :    
48 :     print "$Observation->acc\n" prints the Accession number if present for the Observation
49 :    
50 :     =cut
51 :    
52 :     =head1 BACKGROUND
53 :    
54 :     =head2 Data incorporated in the Observations
55 :    
56 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
57 :    
58 :     =head3 SEED core evidence
59 :    
60 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
61 :    
62 :     =head3 Attribute based Evidence
63 :    
64 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
65 :    
66 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
67 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
68 :    
69 :     =head1 METHODS
70 :    
71 :     The public methods this package provides are listed below:
72 :    
73 :     =head3 acc()
74 :    
75 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
76 :    
77 :     =cut
78 :    
79 :     sub acc {
80 :     my ($self) = @_;
81 :    
82 :     return $self->{acc};
83 :     }
84 :    
85 :     =head3 description()
86 :    
87 :     The description of the hit. Taken from the data or from the our Ontology database for some cases e.g. IPR or PFAM.
88 :    
89 :     B<Please note:>
90 :     Either remoteid or description is required.
91 :    
92 :     =cut
93 :    
94 :     sub description {
95 :     my ($self) = @_;
96 :    
97 : arodri7 1.5 return $self->{description};
98 : mkubal 1.1 }
99 :    
100 :     =head3 class()
101 :    
102 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
103 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
104 : mkubal 1.7
105 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
106 :    
107 :     =over 9
108 :    
109 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
110 :    
111 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
112 : mkubal 1.1
113 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
114 : mkubal 1.1
115 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
116 : mkubal 1.1
117 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
118 : mkubal 1.1
119 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
120 : mkubal 1.1
121 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
122 : mkubal 1.1
123 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
124 : mkubal 1.1
125 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
126 : mkubal 1.1
127 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
128 : mkubal 1.1
129 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
130 : mkubal 1.1
131 :     =back
132 :    
133 :     =cut
134 :    
135 :     sub class {
136 :     my ($self) = @_;
137 :    
138 :     return $self->{class};
139 :     }
140 :    
141 :     =head3 type()
142 :    
143 :     The type of evidence (required).
144 :    
145 :     Where type is one of the following:
146 :    
147 :     =over 8
148 :    
149 :     =item seq=Sequence similarity
150 :    
151 :     =item dom=domain based match
152 :    
153 :     =item loc=Localization of the feature
154 :    
155 :     =item fc=Functional coupling.
156 :    
157 :     =back
158 :    
159 :     =cut
160 :    
161 :     sub type {
162 :     my ($self) = @_;
163 :    
164 :     return $self->{acc};
165 :     }
166 :    
167 :     =head3 start()
168 :    
169 :     Start of hit in query sequence.
170 :    
171 :     =cut
172 :    
173 :     sub start {
174 :     my ($self) = @_;
175 :    
176 :     return $self->{start};
177 :     }
178 :    
179 :     =head3 end()
180 :    
181 :     End of the hit in query sequence.
182 :    
183 :     =cut
184 :    
185 :     sub stop {
186 :     my ($self) = @_;
187 :    
188 :     return $self->{stop};
189 :     }
190 :    
191 : arodri7 1.11 =head3 start()
192 :    
193 :     Start of hit in query sequence.
194 :    
195 :     =cut
196 :    
197 :     sub qstart {
198 :     my ($self) = @_;
199 :    
200 :     return $self->{qstart};
201 :     }
202 :    
203 :     =head3 qstop()
204 :    
205 :     End of the hit in query sequence.
206 :    
207 :     =cut
208 :    
209 :     sub qstop {
210 :     my ($self) = @_;
211 :    
212 :     return $self->{qstop};
213 :     }
214 :    
215 :     =head3 hstart()
216 :    
217 :     Start of hit in hit sequence.
218 :    
219 :     =cut
220 :    
221 :     sub hstart {
222 :     my ($self) = @_;
223 :    
224 :     return $self->{hstart};
225 :     }
226 :    
227 :     =head3 end()
228 :    
229 :     End of the hit in hit sequence.
230 :    
231 :     =cut
232 :    
233 :     sub hstop {
234 :     my ($self) = @_;
235 :    
236 :     return $self->{hstop};
237 :     }
238 :    
239 :     =head3 qlength()
240 :    
241 :     length of the query sequence in similarities
242 :    
243 :     =cut
244 :    
245 :     sub qlength {
246 :     my ($self) = @_;
247 :    
248 :     return $self->{qlength};
249 :     }
250 :    
251 :     =head3 hlength()
252 :    
253 :     length of the hit sequence in similarities
254 :    
255 :     =cut
256 :    
257 :     sub hlength {
258 :     my ($self) = @_;
259 :    
260 :     return $self->{hlength};
261 :     }
262 :    
263 :    
264 :    
265 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
266 :    
267 :     E-value or P-Value if present.
268 :    
269 :     =cut
270 :    
271 :     sub evalue {
272 :     my ($self) = @_;
273 :    
274 :     return $self->{evalue};
275 :     }
276 :    
277 :     =head3 score()
278 :    
279 :     Score if present.
280 :    
281 :     B<Please note: >
282 :     Either score or eval are required.
283 :    
284 :     =cut
285 :    
286 :     sub score {
287 :     my ($self) = @_;
288 :     return $self->{score};
289 :     }
290 :    
291 :    
292 : mkubal 1.12 =head3 display()
293 : mkubal 1.1
294 : mkubal 1.12 will be different for each type
295 : mkubal 1.1
296 :     =cut
297 :    
298 : mkubal 1.7 sub display {
299 : mkubal 1.1
300 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
301 : mkubal 1.1
302 :     }
303 :    
304 : mkubal 1.7
305 : mkubal 1.1 =head3 rank()
306 :    
307 :     Returns an integer from 1 - 10 indicating the importance of this observations.
308 :    
309 :     Currently always returns 1.
310 :    
311 :     =cut
312 :    
313 :     sub rank {
314 :     my ($self) = @_;
315 :    
316 :     # return $self->{rank};
317 :    
318 :     return 1;
319 :     }
320 :    
321 :     =head3 supports_annotation()
322 :    
323 :     Does a this observation support the annotation of its feature?
324 :    
325 :     Returns
326 :    
327 :     =over 3
328 :    
329 :     =item 10, if feature annotation is identical to $self->description
330 :    
331 :     =item 1, Feature annotation is similar to $self->annotation; this is computed using FIG::SameFunc()
332 :    
333 :     =item undef
334 :    
335 :     =back
336 :    
337 :     =cut
338 :    
339 :     sub supports_annotation {
340 :     my ($self) = @_;
341 :    
342 :     # no code here so far
343 :    
344 :     return $self->{supports_annotation};
345 :     }
346 :    
347 :     =head3 url()
348 :    
349 :     URL describing the subject. In case of a BLAST hit against a sequence, this URL will lead to a page displaying the sequence record for the sequence. In case of an HMM hit, the URL will be to the URL description.
350 :    
351 :     =cut
352 :    
353 :     sub url {
354 :     my ($self) = @_;
355 :    
356 :     my $url = get_url($self->type, $self->acc);
357 :    
358 :     return $url;
359 :     }
360 :    
361 :     =head3 get_objects()
362 :    
363 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
364 :    
365 :     It will probably have to:
366 :    
367 :     - get all sims for the feature
368 :     - get all bbhs for the feature
369 :     - copy information from sim to bbh (bbh have no match location etc)
370 :     - get pchs (difficult)
371 :     - get attributes (there is code for this that in get_attribute_based_observations
372 :     - get_attributes_based_observations returns an array of arrays of hashes like this"
373 :    
374 : mkubal 1.7 my $dataset
375 : mkubal 1.1 [
376 :     [ { name => 'acc', value => '1234' },
377 :     { name => 'from', value => '4' },
378 :     { name => 'to', value => '400' },
379 :     ....
380 :     ],
381 :     [ { name => 'acc', value => '456' },
382 :     { name => 'from', value => '1' },
383 :     { name => 'to', value => '100' },
384 :     ....
385 :     ],
386 :     ...
387 :     ];
388 :     return $datasets;
389 :     }
390 :    
391 :     It will invoke the required calls to the SEED API to retrieve the information required.
392 :    
393 :     =cut
394 :    
395 :     sub get_objects {
396 : mkubal 1.7 my ($self,$fid,$classes) = @_;
397 :    
398 :     my $objects = [];
399 :     my @matched_datasets=();
400 : mkubal 1.1
401 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
402 :     # returns an array of arrays of hashes
403 :    
404 :     if(scalar(@$classes) < 1){
405 :     get_attribute_based_observations($fid,\@matched_datasets);
406 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
407 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
408 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
409 :     }
410 :     else{
411 :     my %domain_classes;
412 : arodri7 1.9 my $identical_flag=0;
413 :     my $pch_flag=0;
414 : mkubal 1.12 my $location_flag = 0;
415 : arodri7 1.10 my $sims_flag=0;
416 : arodri7 1.15 my $cluster_flag = 0;
417 : mkubal 1.7 foreach my $class (@$classes){
418 : arodri7 1.9 if($class =~ /(IPR|CDD|PFAM)/){
419 : mkubal 1.7 $domain_classes{$class} = 1;
420 : arodri7 1.9 }
421 :     elsif ($class eq "IDENTICAL")
422 :     {
423 :     $identical_flag = 1;
424 :     }
425 :     elsif ($class eq "PCH")
426 :     {
427 :     $pch_flag = 1;
428 : mkubal 1.7 }
429 : mkubal 1.12 elsif ($class =~/(SIGNALP_CELLO_TMPRED)/)
430 :     {
431 :     $location_flag = 1;
432 :     }
433 : arodri7 1.10 elsif ($class eq "SIM")
434 :     {
435 :     $sims_flag = 1;
436 :     }
437 : arodri7 1.15 elsif ($class eq "CLUSTER")
438 :     {
439 :     $cluster_flag = 1;
440 :     }
441 : mkubal 1.7 }
442 : arodri7 1.9
443 :     if ($identical_flag ==1)
444 :     {
445 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
446 :     }
447 :     if ( (defined($domain_classes{IPR})) || (defined($domain_classes{CDD})) || (defined($domain_classes{PFAM})) ) {
448 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets);
449 :     }
450 :     if ($pch_flag == 1)
451 :     {
452 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
453 :     }
454 : arodri7 1.10 if ($sims_flag == 1)
455 :     {
456 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
457 :     }
458 : arodri7 1.5
459 : mkubal 1.12 if ($location_flag == 1)
460 :     {
461 :     get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets);
462 :     }
463 : arodri7 1.15 if ($cluster_flag == 1)
464 :     {
465 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets);
466 :     }
467 : mkubal 1.12
468 : mkubal 1.1 }
469 : mkubal 1.7
470 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
471 :     my $object;
472 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
473 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
474 :     }
475 : arodri7 1.9 if($dataset->{'class'} eq "PCH"){
476 :     $object = Observation::FC->new($dataset);
477 :     }
478 :     if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
479 :     $object = Observation::Identical->new($dataset);
480 :     }
481 : mkubal 1.12 if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
482 :     $object = Observation::Location->new($dataset);
483 :     }
484 : arodri7 1.10 if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
485 :     $object = Observation::Sims->new($dataset);
486 :     }
487 : arodri7 1.15 if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
488 :     $object = Observation::Cluster->new($dataset);
489 :     }
490 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
491 : mkubal 1.1 }
492 : mkubal 1.7
493 :     return $objects;
494 : mkubal 1.1
495 :     }
496 :    
497 :     =head1 Internal Methods
498 :    
499 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
500 :    
501 :     B<Please do not use them outside of this package!>
502 :    
503 :     =cut
504 :    
505 :    
506 :     =head3 get_url (internal)
507 :    
508 :     get_url() return a valid URL or undef for any observation.
509 :    
510 :     URLs are constructed by looking at the Accession acc() and name()
511 :    
512 :     Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.
513 :    
514 :     =cut
515 :    
516 :     sub get_url {
517 :    
518 :     my ($self) = @_;
519 :     my $url='';
520 :    
521 :     # a hash with a URL for each observation; identified by name()
522 :     #my $URL => { 'PFAM' => "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?" ,\
523 :     # 'IPR' => "http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=" ,\
524 :     # 'CDD' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\
525 :     # 'PIR' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\
526 :     # 'FIGFAM' => '',\
527 :     # 'sim'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id=",\
528 :     # 'bbh'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id="
529 :     #};
530 :    
531 :     # if (defined $URL{$self->name}) {
532 :     # $url = $URL{$self->name}.$self->acc;
533 :     # return $url;
534 :     # }
535 :     # else
536 :     return undef;
537 :     }
538 :    
539 :     =head3 get_display_method (internal)
540 :    
541 :     get_display_method() return a valid URL or undef for any observation.
542 :    
543 :     URLs are constructed by looking at the Accession acc() and name()
544 :     and Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.
545 :    
546 :     =cut
547 :    
548 :     sub get_display_method {
549 :    
550 :     my ($self) = @_;
551 :    
552 :     # a hash with a URL for each observation; identified by name()
553 :     #my $URL => { 'sim'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1=",\
554 :     # 'bbh'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1="
555 :     # };
556 :    
557 :     #if (defined $URL{$self->name}) {
558 :     # $url = $URL{$self->name}.$self->feature_id."&id2=".$self->acc;
559 :     # return $url;
560 :     # }
561 :     # else
562 :     return undef;
563 :     }
564 :    
565 : mkubal 1.7
566 :     sub get_attribute_based_domain_observations{
567 :    
568 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
569 :     my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref) = (@_);
570 :    
571 :     my $fig = new FIG;
572 :    
573 :     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {
574 :     my $key = @$attr_ref[1];
575 :     my @parts = split("::",$key);
576 :     my $class = $parts[0];
577 :    
578 :     if($domain_classes->{$parts[0]}){
579 :     my $val = @$attr_ref[2];
580 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
581 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
582 : mkubal 1.8 my $from = $2;
583 :     my $to = $3;
584 : mkubal 1.7 my $evalue;
585 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
586 :     my $part2 = 1000 - $1;
587 :     my $part1 = $2/100;
588 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
589 :     }
590 :     else{
591 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
592 : mkubal 1.7 }
593 :    
594 :     my $dataset = {'class' => $class,
595 :     'acc' => $key,
596 :     'type' => "dom" ,
597 :     'evalue' => $evalue,
598 :     'start' => $from,
599 :     'stop' => $to
600 :     };
601 :    
602 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
603 :     }
604 :     }
605 :     }
606 :     }
607 : mkubal 1.12
608 :     sub get_attribute_based_location_observations{
609 :    
610 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
611 :     my $fig = new FIG;
612 :    
613 :     my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED'];
614 :    
615 :     my $dataset = {'type' => "loc", 'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED'};
616 :     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {
617 :     my $key = @$attr_ref[1];
618 :     my @parts = split("::",$key);
619 :     my $sub_class = $parts[0];
620 :     my $sub_key = $parts[1];
621 :     my $value = @$attr_ref[2];
622 :     if($sub_class eq "SignalP"){
623 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
624 :     my @value_parts = split(";",$value);
625 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
626 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
627 :     }
628 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
629 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
630 :     }
631 :     }
632 :     elsif($sub_class eq "CELLO"){
633 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
634 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
635 :     }
636 :     elsif($sub_class eq "TMPRED"){
637 :     my @value_parts = split(";",$value);
638 :     $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
639 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
640 :     }
641 :     }
642 :    
643 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
644 :    
645 :     }
646 :    
647 : mkubal 1.7
648 : mkubal 1.1 =head3 get_attribute_based_evidence (internal)
649 :    
650 :     This method retrieves evidence from the attribute server
651 :    
652 :     =cut
653 :    
654 :     sub get_attribute_based_observations{
655 :    
656 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
657 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
658 :    
659 :     my $_myfig = new FIG;
660 :    
661 :     foreach my $attr_ref ($_myfig->get_attributes($fid)) {
662 :    
663 :     # convert the ref into a string for easier handling
664 :     my ($string) = "@$attr_ref";
665 :    
666 :     # print "S:$string\n";
667 :     my ($key,$val) = ( $string =~ /\S+\s(\S+)\s(\S+)/);
668 :    
669 :     # THIS SHOULD BE DONE ANOTHER WAY FM->TD
670 :     # we need to do the right thing for each type, ie no evalue for CELLO and no coordinates, but a score, etc
671 :     # as fas as possible this should be configured so that the type of observation and the regexp are
672 :     # stored somewhere for easy expansion
673 :     #
674 :    
675 :     if (($key =~ /PFAM::/) || ( $key =~ /IPR::/) || ( $key =~ /CDD::/) ) {
676 :    
677 :     # some keys are composite CDD::1233244 or PFAM:PF1233
678 :    
679 :     if ( $key =~ /::/ ) {
680 :     my ($firstkey,$restkey) = ( $key =~ /([a-zA-Z0-9]+)::(.*)/);
681 :     $val=$restkey.";".$val;
682 :     $key=$firstkey;
683 :     }
684 :    
685 :     my ($acc,$raw_evalue, $from,$to) = ($val =~ /(\S+);(\S+);(\d+)-(\d+)/ );
686 :    
687 :     my $evalue= 255;
688 :     if (defined $raw_evalue) { # some of the tool do not give us an evalue
689 :    
690 :     my ($k,$expo) = ( $raw_evalue =~ /(\d+).(\d+)/);
691 :     my ($new_k, $new_exp);
692 :    
693 :     #
694 :     # THIS DOES NOT WORK PROPERLY
695 :     #
696 :     if($raw_evalue =~/(\d+).(\d+)/){
697 :    
698 :     # $new_exp = (1000+$expo);
699 :     # $new_k = $k / 100;
700 :    
701 :     }
702 :     $evalue = "0.01"#new_k."e-".$new_exp;
703 :     }
704 :    
705 :     # unroll it all into an array of hashes
706 :     # this needs to be done differently for different types of observations
707 :     my $dataset = [ { name => 'class', value => $key },
708 :     { name => 'acc' , value => $acc},
709 :     { name => 'type', value => "dom"} , # this clearly needs to be done properly FM->TD
710 :     { name => 'evalue', value => $evalue },
711 :     { name => 'start', value => $from},
712 :     { name => 'stop' , value => $to}
713 :     ];
714 :    
715 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
716 :     }
717 :     }
718 :     }
719 :    
720 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
721 :    
722 :     This methods sets the type and class for cluster observations
723 :    
724 :     =cut
725 :    
726 :     sub get_cluster_observations{
727 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
728 :    
729 : arodri7 1.16 my $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
730 :     'type' => 'fc'
731 :     };
732 : arodri7 1.15 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
733 :     }
734 :    
735 :    
736 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
737 :    
738 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
739 :    
740 :     =cut
741 :    
742 :     sub get_sims_observations{
743 :    
744 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
745 : mkubal 1.4 my $fig = new FIG;
746 : arodri7 1.11 # my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"fig");
747 :     my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"all");
748 : mkubal 1.4 my ($dataset);
749 : mkubal 1.3 foreach my $sim (@sims){
750 : mkubal 1.4 my $hit = $sim->[1];
751 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
752 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
753 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
754 :     my $qto = $sim->[7];
755 :     my $hfrom = $sim->[8];
756 :     my $hto = $sim->[9];
757 :     my $qlength = $sim->[12];
758 :     my $hlength = $sim->[13];
759 :     my $db = get_database($hit);
760 :     my $func = $fig->function_of($hit);
761 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
762 :    
763 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
764 :     'acc' => $hit,
765 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
766 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
767 :     'evalue' => $evalue,
768 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
769 :     'qstop' => $qto,
770 :     'hstart' => $hfrom,
771 :     'hstop' => $hto,
772 :     'database' => $db,
773 :     'organism' => $organism,
774 :     'function' => $func,
775 :     'qlength' => $qlength,
776 :     'hlength' => $hlength
777 : arodri7 1.10 };
778 :    
779 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
780 : mkubal 1.3 }
781 :     }
782 :    
783 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
784 :     This method gets the database association from the sequence id
785 :    
786 :     =cut
787 :    
788 :     sub get_database{
789 :     my ($id) = (@_);
790 :    
791 :     my ($db);
792 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
793 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
794 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
795 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
796 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
797 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
798 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
799 :     elsif ($id =~ /^kegg\|/) { $db = "KEGG" }
800 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
801 :     elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
802 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
803 :    
804 :     return ($db);
805 :    
806 :     }
807 :    
808 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
809 :    
810 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
811 :    
812 :     =cut
813 :    
814 :     sub get_identical_proteins{
815 :    
816 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
817 :     my $fig = new FIG;
818 :     my @funcs = ();
819 :    
820 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
821 :    
822 :     foreach my $id (@maps_to) {
823 :     my ($tmp, $who);
824 : arodri7 1.6 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
825 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
826 : arodri7 1.5 push(@funcs, [$id,$who,$tmp]);
827 :     }
828 :     }
829 :    
830 :     my ($dataset);
831 :     foreach my $row (@funcs){
832 :     my $id = $row->[0];
833 :     my $organism = $fig->org_of($fid);
834 :     my $who = $row->[1];
835 :     my $assignment = $row->[2];
836 : arodri7 1.9
837 :     my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
838 :     'id' => $id,
839 :     'organism' => $organism,
840 :     'type' => 'seq',
841 :     'database' => $who,
842 :     'function' => $assignment
843 :     };
844 :    
845 : arodri7 1.5 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
846 :     }
847 :    
848 :     }
849 :    
850 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
851 :    
852 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
853 :    
854 :     =cut
855 :    
856 :     sub get_functional_coupling{
857 :    
858 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
859 :     my $fig = new FIG;
860 :     my @funcs = ();
861 :    
862 :     # initialize some variables
863 :     my($sc,$neigh);
864 :    
865 :     # set default parameters for coupling and evidence
866 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
867 :    
868 :     # get the fc data
869 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
870 :    
871 :     # retrieve data
872 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
873 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
874 :     } @fc_data;
875 :    
876 :     my ($dataset);
877 :     foreach my $row (@rows){
878 :     my $id = $row->[1];
879 :     my $score = $row->[0];
880 :     my $description = $row->[2];
881 : arodri7 1.9 my $dataset = {'class' => 'PCH',
882 :     'score' => $score,
883 :     'id' => $id,
884 :     'type' => 'fc',
885 :     'function' => $description
886 :     };
887 :    
888 : arodri7 1.6 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
889 :     }
890 :     }
891 : arodri7 1.5
892 : mkubal 1.1 =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)
893 :    
894 :     This methods retrieves sims and also BBHs and fills the internal data structures.
895 :    
896 :     =cut
897 :    
898 :     # sub get_sims_and_bbhs{
899 :    
900 :     # # blast m8 output format
901 :     # # id1, id2, %ident, align len, mismatches, gaps, q.start, q.stop, s. start, s.stop, eval, bit
902 :    
903 :     # my $Sims=();
904 :     # @sims_src = $fig->sims($fid,80,500,"fig",0);
905 :     # print "found $#sims_src SIMs\n";
906 :     # foreach $sims (@sims_src) {
907 :     # my ($sims_string) = "@$sims";
908 :     # # print "$sims_string\n";
909 :     # my ($rfid,$start,$stop,$eval) = ( $sims_string =~ /\S+\s+(\S+)\s+\S+\s\S+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+
910 :     # \S+\s+\S+\s+\S+\s+\S+\s+(\S+)+.*/);
911 :     # # print "ID: $rfid, E:$eval, Start:$start stop:$stop\n";
912 :     # $Sims{$rfid}{'eval'}=$eval;
913 :     # $Sims{$rfid}{'start'}=$start;
914 :     # $Sims{$rfid}{'stop'}=$stop;
915 :     # print "$rfid $Sims{$rfid}{'eval'}\n";
916 :     # }
917 :    
918 :     # # BBHs
919 :     # my $BBHs=();
920 :    
921 :     # @bbhs_src = $fig->bbhs($fid,1.0e-10);
922 :     # print "found $#bbhs_src BBHs\n";
923 :     # foreach $bbh (@bbhs_src) {
924 :     # #print "@$bbh\n";
925 :     # my ($bbh_string) = "@$bbh";
926 :     # my ($rfid,$eval,$score) = ( $bbh_string =~ /(\S+)\s(\S+)\s(\S+)/);
927 :     # #print "ID: $rfid, E:$eval, S:$score\n";
928 :     # $BBHs{$rfid}{'eval'}=$eval;
929 :     # $BBHs{$rfid}{'score'}=$score;
930 :     # #print "$rfid $BBHs{$rfid}{'eval'}\n";
931 :     # }
932 :    
933 :     # }
934 :    
935 :    
936 :    
937 :     =head3 new (internal)
938 :    
939 :     Instantiate a new object.
940 :    
941 :     =cut
942 :    
943 :     sub new {
944 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
945 :    
946 : mkubal 1.1
947 : mkubal 1.7 #$self = { acc => '',
948 :     # description => '',
949 :     # class => '',
950 :     # type => '',
951 :     # start => '',
952 :     # stop => '',
953 :     # evalue => '',
954 :     # score => '',
955 :     # display_method => '',
956 :     # feature_id => '',
957 :     # rank => '',
958 :     # supports_annotation => '',
959 :     # id => '',
960 :     # organism => '',
961 :     # who => ''
962 :     # };
963 : mkubal 1.1
964 : mkubal 1.7 my $self = { class => $dataset->{'class'},
965 :     type => $dataset->{'type'}
966 : arodri7 1.10 };
967 : mkubal 1.7
968 :     bless($self,$class);
969 : mkubal 1.1
970 :     return $self;
971 :     }
972 :    
973 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
974 :    
975 :     Returns the % identity of the similar sequence
976 :    
977 :     =cut
978 :    
979 :     sub identity {
980 :     my ($self) = @_;
981 :    
982 :     return $self->{identity};
983 :     }
984 :    
985 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
986 :    
987 :    
988 :     =cut
989 :    
990 :     sub feature_id {
991 :     my ($self) = @_;
992 :    
993 :     return $self->{feature_id};
994 :     }
995 : arodri7 1.5
996 :     =head3 id (internal)
997 :    
998 :     Returns the ID of the identical sequence
999 :    
1000 :     =cut
1001 :    
1002 :     sub id {
1003 :     my ($self) = @_;
1004 :    
1005 :     return $self->{id};
1006 :     }
1007 :    
1008 :     =head3 organism (internal)
1009 :    
1010 :     Returns the organism of the identical sequence
1011 :    
1012 :     =cut
1013 :    
1014 :     sub organism {
1015 :     my ($self) = @_;
1016 :    
1017 :     return $self->{organism};
1018 :     }
1019 :    
1020 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
1021 :    
1022 :     Returns the function of the identical sequence
1023 :    
1024 :     =cut
1025 :    
1026 :     sub function {
1027 :     my ($self) = @_;
1028 :    
1029 :     return $self->{function};
1030 :     }
1031 :    
1032 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
1033 :    
1034 :     Returns the database of the identical sequence
1035 :    
1036 :     =cut
1037 :    
1038 :     sub database {
1039 :     my ($self) = @_;
1040 :    
1041 :     return $self->{database};
1042 :     }
1043 :    
1044 : arodri7 1.6
1045 : arodri7 1.11
1046 : arodri7 1.9 ############################################################
1047 :     ############################################################
1048 :     package Observation::Identical;
1049 :    
1050 :     use base qw(Observation);
1051 :    
1052 :     sub new {
1053 :    
1054 :     my ($class,$dataset) = @_;
1055 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1056 :     $self->{id} = $dataset->{'id'};
1057 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1058 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1059 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1060 :    
1061 :     bless($self,$class);
1062 :     return $self;
1063 :     }
1064 :    
1065 :     =head3 display()
1066 : arodri7 1.6
1067 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1068 :     This code will display a table for the identical protein
1069 :    
1070 :    
1071 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1072 :     dence.
1073 : arodri7 1.6
1074 :     =cut
1075 :    
1076 : arodri7 1.9 sub display{
1077 :     my ($self, $cgi, $dataset) = @_;
1078 : arodri7 1.6
1079 :     my $all_domains = [];
1080 :     my $count_identical = 0;
1081 : arodri7 1.9 my $content;
1082 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1083 : arodri7 1.6 next if ($thing->class ne "IDENTICAL");
1084 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1085 :     push(@$single_domain,$thing->database);
1086 :     my $id = $thing->id;
1087 :     $count_identical++;
1088 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1089 :     push(@$single_domain,$thing->organism);
1090 :     #push(@$single_domain,$thing->type);
1091 :     push(@$single_domain,$thing->function);
1092 :     push(@$all_domains,$single_domain);
1093 : arodri7 1.6 }
1094 :    
1095 :     if ($count_identical >0){
1096 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1097 : arodri7 1.6 }
1098 :     else{
1099 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1100 : arodri7 1.6 }
1101 :     return ($content);
1102 :     }
1103 : mkubal 1.7
1104 : arodri7 1.9 1;
1105 :    
1106 :    
1107 :     #########################################
1108 :     #########################################
1109 :     package Observation::FC;
1110 :     1;
1111 :    
1112 :     use base qw(Observation);
1113 :    
1114 :     sub new {
1115 :    
1116 :     my ($class,$dataset) = @_;
1117 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1118 :     $self->{score} = $dataset->{'score'};
1119 :     $self->{id} = $dataset->{'id'};
1120 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1121 :    
1122 :     bless($self,$class);
1123 :     return $self;
1124 :     }
1125 :    
1126 :     =head3 display()
1127 :    
1128 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1129 :     This code will display a table for the identical protein
1130 :    
1131 :    
1132 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1133 :     dence.
1134 :    
1135 :     =cut
1136 :    
1137 :     sub display {
1138 :     my ($self,$cgi,$dataset, $fid) = @_;
1139 :    
1140 :     my $functional_data = [];
1141 :     my $count = 0;
1142 :     my $content;
1143 :    
1144 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1145 :     my $single_domain = [];
1146 :     next if ($thing->class ne "PCH");
1147 :     $count++;
1148 :    
1149 :     # construct the score link
1150 :     my $score = $thing->score;
1151 :     my $toid = $thing->id;
1152 :     my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
1153 :     my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
1154 :    
1155 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1156 :     push(@$single_domain,$thing->id);
1157 :     push(@$single_domain,$thing->function);
1158 :     push(@$functional_data,$single_domain);
1159 :     }
1160 :    
1161 :     if ($count >0){
1162 :     $content = $functional_data;
1163 :     }
1164 :     else
1165 :     {
1166 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1167 :     }
1168 :     return ($content);
1169 :     }
1170 :    
1171 :    
1172 :     #########################################
1173 :     #########################################
1174 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1175 :    
1176 :     use base qw(Observation);
1177 :    
1178 :     sub new {
1179 :    
1180 :     my ($class,$dataset) = @_;
1181 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1182 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1183 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1184 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1185 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1186 :    
1187 :     bless($self,$class);
1188 :     return $self;
1189 :     }
1190 :    
1191 :     sub display {
1192 :     my ($thing,$gd) = @_;
1193 :     my $lines = [];
1194 :     my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1195 :     'short_title' => $thing->type,
1196 :     'basepair_offset' => '1' };
1197 :     my $color = "4";
1198 :    
1199 :     my $line_data = [];
1200 :     my $links_list = [];
1201 :     my $descriptions = [];
1202 : mkubal 1.19
1203 :     my $db_and_id = $thing->acc;
1204 :     my ($db,$id) = split("::",$db_and_id);
1205 :    
1206 :     my $dbmaster = DBMaster->new(-database =>'Ontology');
1207 : mkubal 1.7
1208 : mkubal 1.19 my ($name_title,$name_value,$description_title,$description_value);
1209 :     if($db eq "CDD"){
1210 :     my $cdd_objs = $dbmaster->cdd->get_objects( { 'id' => $id } );
1211 :     if(!scalar(@$cdd_objs)){
1212 :     $name_title = "name";
1213 :     $name_value = "not available";
1214 :     $description_title = "description";
1215 :     $description_value = "not available";
1216 :     }
1217 :     else{
1218 :     my $cdd_obj = $cdd_objs->[0];
1219 :     $name_title = "name";
1220 :     $name_value = $cdd_obj->term;
1221 :     $description_title = "description";
1222 :     $description_value = $cdd_obj->description;
1223 :     }
1224 :     }
1225 : mkubal 1.7
1226 : mkubal 1.19 my $name;
1227 :     $name = {"title" => $name_title,
1228 :     "value" => $name_value};
1229 :     push(@$descriptions,$name);
1230 :    
1231 :     my $description;
1232 :     $description = {"title" => $description_title,
1233 :     "value" => $description_value};
1234 :     push(@$descriptions,$description);
1235 : mkubal 1.7
1236 :     my $score;
1237 :     $score = {"title" => "score",
1238 :     "value" => $thing->evalue};
1239 :     push(@$descriptions,$score);
1240 :    
1241 :     my $link_id;
1242 : mkubal 1.12 if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){
1243 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1244 :     }
1245 :    
1246 :     my $link;
1247 : mkubal 1.12 my $link_url;
1248 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1249 :     elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1250 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1251 :    
1252 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1253 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1254 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1255 :    
1256 :     my $element_hash = {
1257 :     "title" => $thing->type,
1258 :     "start" => $thing->start,
1259 :     "end" => $thing->stop,
1260 :     "color"=> $color,
1261 :     "zlayer" => '2',
1262 :     "links_list" => $links_list,
1263 :     "description" => $descriptions};
1264 :    
1265 :     push(@$line_data,$element_hash);
1266 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1267 :    
1268 :     return $gd;
1269 :    
1270 :     }
1271 :    
1272 : arodri7 1.10 #########################################
1273 :     #########################################
1274 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1275 :    
1276 :     use base qw(Observation);
1277 :    
1278 :     sub new {
1279 :    
1280 :     my ($class,$dataset) = @_;
1281 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1282 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1283 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1284 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1285 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1286 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1287 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1288 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1289 :    
1290 :     bless($self,$class);
1291 :     return $self;
1292 :     }
1293 :    
1294 :     sub display {
1295 :     my ($thing,$gd,$fid) = @_;
1296 :    
1297 :     my $fig= new FIG;
1298 :     my $length = length($fig->get_translation($fid));
1299 :    
1300 :     my $cleavage_prob;
1301 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1302 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1303 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1304 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1305 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1306 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1307 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1308 :    
1309 :     my $lines = [];
1310 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1311 :     'short_title' => 'Local',
1312 :     'basepair_offset' => '1' };
1313 :    
1314 :     #color is
1315 :     my $color = "5";
1316 :    
1317 :     my $line_data = [];
1318 :    
1319 :     if($cello_location){
1320 :     my $cello_descriptions = [];
1321 :     my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1322 :     "value" => $cello_location};
1323 :    
1324 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1325 :    
1326 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1327 :     "value" => $cello_score};
1328 :    
1329 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1330 :    
1331 :     my $element_hash = {
1332 :     "title" => "CELLO",
1333 :     "start" => "1",
1334 :     "end" => $length + 1,
1335 :     "color"=> $color,
1336 :     "type" => 'box',
1337 :     "zlayer" => '2',
1338 :     "description" => $cello_descriptions};
1339 :    
1340 :     push(@$line_data,$element_hash);
1341 :     }
1342 :    
1343 :     my $color = "6";
1344 :     #if(0){
1345 :     if($tmpred_score){
1346 :     foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1347 :     my $descriptions = [];
1348 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1349 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1350 :     "value" => $tmpred_score};
1351 :    
1352 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1353 :    
1354 :     my $element_hash = {
1355 :     "title" => "transmembrane location",
1356 :     "start" => $begin + 1,
1357 :     "end" => $end + 1,
1358 :     "color"=> $color,
1359 :     "zlayer" => '5',
1360 :     "type" => 'smallbox',
1361 :     "description" => $descriptions};
1362 :    
1363 :     push(@$line_data,$element_hash);
1364 :     }
1365 :     }
1366 :    
1367 :     my $color = "1";
1368 :     if($signal_peptide_score){
1369 :     my $descriptions = [];
1370 :     my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1371 :     "value" => $signal_peptide_score};
1372 :    
1373 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1374 :    
1375 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1376 :     "value" => $cleavage_prob};
1377 :    
1378 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1379 :    
1380 :     my $element_hash = {
1381 :     "title" => "SignalP",
1382 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1383 :     "end" => $cleavage_loc_end + 3,
1384 :     "type" => 'bigbox',
1385 :     "color"=> $color,
1386 :     "zlayer" => '10',
1387 :     "description" => $descriptions};
1388 :    
1389 :     push(@$line_data,$element_hash);
1390 :     }
1391 :    
1392 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1393 :    
1394 :     return ($gd);
1395 :    
1396 :     }
1397 :    
1398 :     sub cleavage_loc {
1399 :     my ($self) = @_;
1400 :    
1401 :     return $self->{cleavage_loc};
1402 :     }
1403 :    
1404 :     sub cleavage_prob {
1405 :     my ($self) = @_;
1406 :    
1407 :     return $self->{cleavage_prob};
1408 :     }
1409 :    
1410 :     sub signal_peptide_score {
1411 :     my ($self) = @_;
1412 :    
1413 :     return $self->{signal_peptide_score};
1414 :     }
1415 :    
1416 :     sub tmpred_score {
1417 :     my ($self) = @_;
1418 :    
1419 :     return $self->{tmpred_score};
1420 :     }
1421 :    
1422 :     sub tmpred_locations {
1423 :     my ($self) = @_;
1424 :    
1425 :     return $self->{tmpred_locations};
1426 :     }
1427 :    
1428 :     sub cello_location {
1429 :     my ($self) = @_;
1430 :    
1431 :     return $self->{cello_location};
1432 :     }
1433 :    
1434 :     sub cello_score {
1435 :     my ($self) = @_;
1436 :    
1437 :     return $self->{cello_score};
1438 :     }
1439 :    
1440 :    
1441 :     #########################################
1442 :     #########################################
1443 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1444 :    
1445 :     use base qw(Observation);
1446 :    
1447 :     sub new {
1448 :    
1449 :     my ($class,$dataset) = @_;
1450 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1451 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1452 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1453 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1454 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1455 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1456 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1457 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1458 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1459 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1460 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1461 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1462 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1463 : arodri7 1.10
1464 :     bless($self,$class);
1465 :     return $self;
1466 :     }
1467 :    
1468 :     =head3 display()
1469 :    
1470 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1471 :     This code will display a table for the similarities protein
1472 :    
1473 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1474 :    
1475 :     =cut
1476 :    
1477 :     sub display {
1478 :     my ($self,$cgi,$dataset) = @_;
1479 :    
1480 :     my $data = [];
1481 :     my $count = 0;
1482 :     my $content;
1483 : arodri7 1.11 my $fig = new FIG;
1484 : arodri7 1.10
1485 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1486 :     my $single_domain = [];
1487 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1488 :     $count++;
1489 :    
1490 : arodri7 1.11 my $id = $thing->acc;
1491 :    
1492 :     # add the subsystem information
1493 :     my @in_sub = $fig->peg_to_subsystems($id);
1494 :     my $in_sub;
1495 :    
1496 :     if (@in_sub > 0) {
1497 :     $in_sub = @in_sub;
1498 :    
1499 :     # RAE: add a javascript popup with all the subsystems
1500 :     my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;
1501 :     $in_sub = $cgi->a( {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);
1502 :     } else {
1503 :     $in_sub = "&nbsp;";
1504 :     }
1505 :    
1506 :     # add evidence code with tool tip
1507 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
1508 :     my @ev_codes = "";
1509 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
1510 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($id);
1511 :     @ev_codes = ();
1512 :     foreach my $code (@codes) {
1513 :     my $pretty_code = $code->[2];
1514 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
1515 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
1516 :     $ss =~ s/_/ /g;
1517 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
1518 :     }
1519 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
1520 :     }
1521 :     }
1522 :    
1523 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
1524 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
1525 :     $ev_codes = $cgi->a(
1526 :     {
1527 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
1528 :     }
1529 :    
1530 :     # add the aliases
1531 :     my $aliases = undef;
1532 :     $aliases = &html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id) ) );
1533 :     $aliases = &HTML::set_prot_links( $cgi, $aliases );
1534 :     $aliases ||= "&nbsp;";
1535 :    
1536 :     my $iden = $thing->identity;
1537 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1538 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1539 :     my $b1 = $thing->qstart;
1540 :     my $e1 = $thing->qstop;
1541 :     my $b2 = $thing->hstart;
1542 :     my $e2 = $thing->hstop;
1543 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1544 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1545 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1546 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1547 :    
1548 :    
1549 :     push(@$single_domain,$thing->database);
1550 : arodri7 1.10 push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$thing->acc));
1551 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1552 : arodri7 1.11 push(@$single_domain,"$iden\%");
1553 :     push(@$single_domain,$reg1);
1554 :     push(@$single_domain,$reg2);
1555 :     push(@$single_domain,$in_sub);
1556 :     push(@$single_domain,$ev_codes);
1557 :     push(@$single_domain,$thing->organism);
1558 :     push(@$single_domain,$thing->function);
1559 :     push(@$single_domain,$aliases);
1560 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
1561 :     }
1562 :    
1563 :     if ($count >0){
1564 :     $content = $data;
1565 :     }
1566 :     else
1567 :     {
1568 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1569 :     }
1570 :     return ($content);
1571 :     }
1572 : arodri7 1.11
1573 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
1574 : mkubal 1.12
1575 : arodri7 1.13
1576 :    
1577 :     ############################
1578 :     package Observation::Cluster;
1579 :    
1580 :     use base qw(Observation);
1581 :    
1582 :     sub new {
1583 :    
1584 :     my ($class,$dataset) = @_;
1585 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1586 :    
1587 :     bless($self,$class);
1588 :     return $self;
1589 :     }
1590 :    
1591 :     sub display {
1592 :     my ($self,$gd, $fid) = @_;
1593 : mkubal 1.17
1594 : arodri7 1.13 my $fig = new FIG;
1595 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
1596 : arodri7 1.13
1597 :     #get the organism genome
1598 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
1599 : arodri7 1.13
1600 :     # get location of the gene
1601 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
1602 :     my ($contig, $beg, $end);
1603 :    
1604 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1605 :     $contig = $1;
1606 :     $beg = $2;
1607 :     $end = $3;
1608 :     }
1609 :    
1610 :     my ($region_start, $region_end);
1611 :     if ($beg < $end)
1612 :     {
1613 :     $region_start = $beg - 4000;
1614 :     $region_end = $end+4000;
1615 :     }
1616 :     else
1617 :     {
1618 :     $region_end = $end+4000;
1619 :     $region_start = $beg-4000;
1620 :     }
1621 :    
1622 :     # call genes in region
1623 : arodri7 1.16 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_end);
1624 : mkubal 1.14 push(@$all_regions,$target_gene_features);
1625 : arodri7 1.16 my (@start_array_region);
1626 :     push (@start_array_region, $region_start);
1627 : mkubal 1.14
1628 :     my %all_genes;
1629 :     my %all_genomes;
1630 : mkubal 1.17 foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = 1;}
1631 : arodri7 1.16
1632 :     my @coup = grep { $_->[1]} $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);
1633 :    
1634 :     my $coup_count = 0;
1635 :    
1636 :     foreach my $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
1637 :     last if ($coup_count > 10);
1638 : mkubal 1.14 my ($peg1,$peg2) = @$pair;
1639 : arodri7 1.16
1640 : mkubal 1.14 my $location = $fig->feature_location($peg1);
1641 :     my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
1642 :     if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1643 :     $pair_contig = $1;
1644 :     $pair_beg = $2;
1645 :     $pair_end = $3;
1646 :     if ($pair_beg < $pair_end)
1647 :     {
1648 :     $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
1649 : arodri7 1.16 $pair_region_stop = $pair_end+4000;
1650 : mkubal 1.14 }
1651 :     else
1652 :     {
1653 : arodri7 1.16 $pair_region_stop = $pair_end+4000;
1654 : mkubal 1.14 $pair_region_start = $pair_beg-4000;
1655 :     }
1656 : arodri7 1.16
1657 :     push (@start_array_region, $pair_region_start);
1658 :    
1659 : mkubal 1.14 $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
1660 :     $all_genomes{$pair_genome} = 1;
1661 :     my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
1662 :     push(@$all_regions,$pair_features);
1663 : arodri7 1.16 foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$pair_feature} = 1;}
1664 :     }
1665 :     $coup_count++;
1666 : mkubal 1.14 }
1667 :    
1668 :     my $bbh_sets = [];
1669 :     my %already;
1670 :     foreach my $gene_key (keys(%all_genes)){
1671 :     if($already{$gene_key}){next;}
1672 :     my $gene_set = [$gene_key];
1673 : arodri7 1.16
1674 :     my $gene_key_genome = $fig->genome_of($gene_key);
1675 :    
1676 : mkubal 1.14 foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){
1677 : mkubal 1.17 #next if ($gene_key_genome eq $genome_key);
1678 : mkubal 1.14 my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);
1679 : arodri7 1.16
1680 :     my $feature_list = $return->{$gene_key};
1681 : mkubal 1.14 foreach my $fl (@$feature_list){
1682 :     push(@$gene_set,$fl);
1683 :     }
1684 :     }
1685 :     $already{$gene_key} = 1;
1686 :     push(@$bbh_sets,$gene_set);
1687 :     }
1688 : arodri7 1.16
1689 :     my %bbh_set_rank;
1690 : mkubal 1.14 my $order = 0;
1691 :     foreach my $set (@$bbh_sets){
1692 :     my $count = scalar(@$set);
1693 : arodri7 1.16 $bbh_set_rank{$order} = $count;
1694 : mkubal 1.14 $order++;
1695 :     }
1696 :    
1697 :     my %peg_rank;
1698 :     my $counter = 1;
1699 :     foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){
1700 :     my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];
1701 : arodri7 1.18 my $flag_set = 0;
1702 :     if (scalar (@$good_set) > 1)
1703 :     {
1704 :     foreach my $peg (@$good_set){
1705 :     if ((!$peg_rank{$peg})){
1706 :     $peg_rank{$peg} = $counter;
1707 :     $flag_set = 1;
1708 :     }
1709 :     }
1710 :     $counter++ if ($flag_set == 1);
1711 :     }
1712 :     else
1713 :     {
1714 :     foreach my $peg (@$good_set){
1715 :     $peg_rank{$peg} = 100;
1716 : mkubal 1.17 }
1717 : mkubal 1.14 }
1718 :     }
1719 : arodri7 1.18
1720 :     open (FH, ">$FIG_Config::temp/good_sets.txt");
1721 :     foreach my $pr (sort {$peg_rank{$a} <=> $peg_rank{$b}} keys(%peg_rank)){ print FH "rank:$peg_rank{$pr}\tpr:$pr\n";}
1722 : arodri7 1.16 close (FH);
1723 : mkubal 1.14
1724 :     foreach my $region (@$all_regions){
1725 :     my $sample_peg = @$region[0];
1726 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
1727 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
1728 : arodri7 1.18 my $abbrev_name = $fig->abbrev($region_gs);
1729 : arodri7 1.16 my $line_config = { 'title' => $region_gs,
1730 : arodri7 1.18 'short_title' => $abbrev_name,
1731 : arodri7 1.16 'basepair_offset' => '0'
1732 :     };
1733 :    
1734 :     my $offset = shift @start_array_region;
1735 :    
1736 : mkubal 1.14 my $line_data = [];
1737 : arodri7 1.16 foreach my $fid1 (@$region){
1738 : mkubal 1.14 my $element_hash;
1739 :     my $links_list = [];
1740 :     my $descriptions = [];
1741 :    
1742 : arodri7 1.16 my $color = $peg_rank{$fid1};
1743 :     if ($color == 1) {
1744 :     print STDERR "PEG: $fid1, RANK: $color";
1745 :     }
1746 : arodri7 1.18
1747 :     # get subsystem information
1748 :     my $function = $fig->function_of($fid1);
1749 :     my $url_link = "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowAnnotation&prot=".$fid1;
1750 :    
1751 :     my $link;
1752 :     $link = {"link_title" => $fid1,
1753 :     "link" => $url_link};
1754 :     push(@$links_list,$link);
1755 :    
1756 :     my @subsystems = $fig->peg_to_subsystems($fid1);
1757 :     foreach my $subsystem (@subsystems){
1758 :     my $link;
1759 :     $link = {"link" => "http://seed-viewer.theseed.org/index.cgi?action=ShowSubsystem&subsystem_name=$subsystem",
1760 :     "link_title" => $subsystem};
1761 :     push(@$links_list,$link);
1762 :     }
1763 :    
1764 :     my $description_function;
1765 :     $description_function = {"title" => "function",
1766 :     "value" => $function};
1767 :     push(@$descriptions,$description_function);
1768 :    
1769 :     my $description_ss;
1770 :     my $ss_string = join (",", @subsystems);
1771 :     $description_ss = {"title" => "subsystems",
1772 :     "value" => $ss_string};
1773 :     push(@$descriptions,$description_ss);
1774 :    
1775 : arodri7 1.16
1776 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid1);
1777 : mkubal 1.14 if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1778 :     my($start,$stop);
1779 :     if ($2 < $3){$start = $2; $stop = $3;}
1780 :     else{$stop = $2; $start = $3;}
1781 : arodri7 1.16 $start = $start - $offset;
1782 :     $stop = $stop - $offset;
1783 : mkubal 1.14 $element_hash = {
1784 : arodri7 1.16 "title" => $fid1,
1785 : mkubal 1.14 "start" => $start,
1786 :     "end" => $stop,
1787 :     "type"=> 'arrow',
1788 :     "color"=> $color,
1789 : arodri7 1.18 "zlayer" => "2",
1790 :     "links_list" => $links_list,
1791 :     "description" => $descriptions
1792 : mkubal 1.14 };
1793 :     push(@$line_data,$element_hash);
1794 :     }
1795 :     }
1796 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1797 :     }
1798 :     return $gd;
1799 :     }
1800 :    
1801 :    

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