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Annotation of /FigKernelPackages/Observation.pm

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Revision 1.15 - (view) (download) (as text)

1 : mkubal 1.1 package Observation;
2 :    
3 :     require Exporter;
4 :     @EXPORT_OK = qw(get_objects);
5 :    
6 :     use strict;
7 :     use warnings;
8 : arodri7 1.9 use HTML;
9 : mkubal 1.1
10 :     1;
11 :    
12 : arodri7 1.15 # $Id: Observation.pm,v 1.14 2007/06/25 16:34:30 mkubal Exp $
13 : mkubal 1.1
14 :     =head1 NAME
15 :    
16 :     Observation -- A presentation layer for observations in SEED.
17 :    
18 :     =head1 DESCRIPTION
19 :    
20 :     The SEED environment contains various sources of information for sequence features. The purpose of this library is to provide a
21 :     single interface to this data.
22 :    
23 :     The data can be used to display information for a given sequence feature (protein or other, but primarily information is computed for proteins).
24 :    
25 :     Example:
26 :    
27 : arodri7 1.9
28 : mkubal 1.1 use FIG;
29 :     use Observation;
30 :    
31 : paczian 1.2 my $fig = new FIG;
32 :     my $fid = "fig|83333.1.peg.3";
33 :    
34 :     my $observations = Observation::get_objects($fid);
35 :     foreach my $observation (@$observations) {
36 :     print "ID: " . $fid . "\n";
37 :     print "Start: " . $observation->start() . "\n";
38 :     ...
39 :     }
40 : mkubal 1.1
41 :     B<return an array of objects>
42 :    
43 :    
44 :     print "$Observation->acc\n" prints the Accession number if present for the Observation
45 :    
46 :     =cut
47 :    
48 :     =head1 BACKGROUND
49 :    
50 :     =head2 Data incorporated in the Observations
51 :    
52 :     As the goal of this library is to provide an integrated view, we combine diverse sources of evidence.
53 :    
54 :     =head3 SEED core evidence
55 :    
56 :     The core SEED data structures provided by FIG.pm. These are Similarities, BBHs and PCHs.
57 :    
58 :     =head3 Attribute based Evidence
59 :    
60 :     We use the SEED attribute infrastructure to store information computed by a variety of computational procedures.
61 :    
62 :     These are e.g. InterPro hits via InterProScan (ipr), NCBI Conserved Domain Database Hits via PSSM(cdd),
63 :     PFAM hits via HMM(pfam), SignalP results(signalp), and various others.
64 :    
65 :     =head1 METHODS
66 :    
67 :     The public methods this package provides are listed below:
68 :    
69 :     =head3 acc()
70 :    
71 :     A valid accession or remote ID (in the style of a db_xref) or a valid local ID (FID) in case this is supported.
72 :    
73 :     =cut
74 :    
75 :     sub acc {
76 :     my ($self) = @_;
77 :    
78 :     return $self->{acc};
79 :     }
80 :    
81 :     =head3 description()
82 :    
83 :     The description of the hit. Taken from the data or from the our Ontology database for some cases e.g. IPR or PFAM.
84 :    
85 :     B<Please note:>
86 :     Either remoteid or description is required.
87 :    
88 :     =cut
89 :    
90 :     sub description {
91 :     my ($self) = @_;
92 :    
93 : arodri7 1.5 return $self->{description};
94 : mkubal 1.1 }
95 :    
96 :     =head3 class()
97 :    
98 :     The class of evidence (required). This is usually simply the name of the tool or the name of the SEED data structure.
99 :     B<Please note> the connection of class and display_method and URL.
100 : mkubal 1.7
101 : mkubal 1.1 Current valid classes are:
102 :    
103 :     =over 9
104 :    
105 : arodri7 1.9 =item IDENTICAL (seq)
106 :    
107 : mkubal 1.3 =item SIM (seq)
108 : mkubal 1.1
109 : mkubal 1.3 =item BBH (seq)
110 : mkubal 1.1
111 : mkubal 1.3 =item PCH (fc)
112 : mkubal 1.1
113 : mkubal 1.3 =item FIGFAM (seq)
114 : mkubal 1.1
115 : mkubal 1.3 =item IPR (dom)
116 : mkubal 1.1
117 : mkubal 1.3 =item CDD (dom)
118 : mkubal 1.1
119 : mkubal 1.3 =item PFAM (dom)
120 : mkubal 1.1
121 : mkubal 1.12 =item SIGNALP_CELLO_TMPRED (loc)
122 : mkubal 1.1
123 : mkubal 1.3 =item TMHMM (loc)
124 : mkubal 1.1
125 : mkubal 1.3 =item HMMTOP (loc)
126 : mkubal 1.1
127 :     =back
128 :    
129 :     =cut
130 :    
131 :     sub class {
132 :     my ($self) = @_;
133 :    
134 :     return $self->{class};
135 :     }
136 :    
137 :     =head3 type()
138 :    
139 :     The type of evidence (required).
140 :    
141 :     Where type is one of the following:
142 :    
143 :     =over 8
144 :    
145 :     =item seq=Sequence similarity
146 :    
147 :     =item dom=domain based match
148 :    
149 :     =item loc=Localization of the feature
150 :    
151 :     =item fc=Functional coupling.
152 :    
153 :     =back
154 :    
155 :     =cut
156 :    
157 :     sub type {
158 :     my ($self) = @_;
159 :    
160 :     return $self->{acc};
161 :     }
162 :    
163 :     =head3 start()
164 :    
165 :     Start of hit in query sequence.
166 :    
167 :     =cut
168 :    
169 :     sub start {
170 :     my ($self) = @_;
171 :    
172 :     return $self->{start};
173 :     }
174 :    
175 :     =head3 end()
176 :    
177 :     End of the hit in query sequence.
178 :    
179 :     =cut
180 :    
181 :     sub stop {
182 :     my ($self) = @_;
183 :    
184 :     return $self->{stop};
185 :     }
186 :    
187 : arodri7 1.11 =head3 start()
188 :    
189 :     Start of hit in query sequence.
190 :    
191 :     =cut
192 :    
193 :     sub qstart {
194 :     my ($self) = @_;
195 :    
196 :     return $self->{qstart};
197 :     }
198 :    
199 :     =head3 qstop()
200 :    
201 :     End of the hit in query sequence.
202 :    
203 :     =cut
204 :    
205 :     sub qstop {
206 :     my ($self) = @_;
207 :    
208 :     return $self->{qstop};
209 :     }
210 :    
211 :     =head3 hstart()
212 :    
213 :     Start of hit in hit sequence.
214 :    
215 :     =cut
216 :    
217 :     sub hstart {
218 :     my ($self) = @_;
219 :    
220 :     return $self->{hstart};
221 :     }
222 :    
223 :     =head3 end()
224 :    
225 :     End of the hit in hit sequence.
226 :    
227 :     =cut
228 :    
229 :     sub hstop {
230 :     my ($self) = @_;
231 :    
232 :     return $self->{hstop};
233 :     }
234 :    
235 :     =head3 qlength()
236 :    
237 :     length of the query sequence in similarities
238 :    
239 :     =cut
240 :    
241 :     sub qlength {
242 :     my ($self) = @_;
243 :    
244 :     return $self->{qlength};
245 :     }
246 :    
247 :     =head3 hlength()
248 :    
249 :     length of the hit sequence in similarities
250 :    
251 :     =cut
252 :    
253 :     sub hlength {
254 :     my ($self) = @_;
255 :    
256 :     return $self->{hlength};
257 :     }
258 :    
259 :    
260 :    
261 : mkubal 1.1 =head3 evalue()
262 :    
263 :     E-value or P-Value if present.
264 :    
265 :     =cut
266 :    
267 :     sub evalue {
268 :     my ($self) = @_;
269 :    
270 :     return $self->{evalue};
271 :     }
272 :    
273 :     =head3 score()
274 :    
275 :     Score if present.
276 :    
277 :     B<Please note: >
278 :     Either score or eval are required.
279 :    
280 :     =cut
281 :    
282 :     sub score {
283 :     my ($self) = @_;
284 :     return $self->{score};
285 :     }
286 :    
287 :    
288 : mkubal 1.12 =head3 display()
289 : mkubal 1.1
290 : mkubal 1.12 will be different for each type
291 : mkubal 1.1
292 :     =cut
293 :    
294 : mkubal 1.7 sub display {
295 : mkubal 1.1
296 : mkubal 1.7 die "Abstract Method Called\n";
297 : mkubal 1.1
298 :     }
299 :    
300 : mkubal 1.7
301 : mkubal 1.1 =head3 rank()
302 :    
303 :     Returns an integer from 1 - 10 indicating the importance of this observations.
304 :    
305 :     Currently always returns 1.
306 :    
307 :     =cut
308 :    
309 :     sub rank {
310 :     my ($self) = @_;
311 :    
312 :     # return $self->{rank};
313 :    
314 :     return 1;
315 :     }
316 :    
317 :     =head3 supports_annotation()
318 :    
319 :     Does a this observation support the annotation of its feature?
320 :    
321 :     Returns
322 :    
323 :     =over 3
324 :    
325 :     =item 10, if feature annotation is identical to $self->description
326 :    
327 :     =item 1, Feature annotation is similar to $self->annotation; this is computed using FIG::SameFunc()
328 :    
329 :     =item undef
330 :    
331 :     =back
332 :    
333 :     =cut
334 :    
335 :     sub supports_annotation {
336 :     my ($self) = @_;
337 :    
338 :     # no code here so far
339 :    
340 :     return $self->{supports_annotation};
341 :     }
342 :    
343 :     =head3 url()
344 :    
345 :     URL describing the subject. In case of a BLAST hit against a sequence, this URL will lead to a page displaying the sequence record for the sequence. In case of an HMM hit, the URL will be to the URL description.
346 :    
347 :     =cut
348 :    
349 :     sub url {
350 :     my ($self) = @_;
351 :    
352 :     my $url = get_url($self->type, $self->acc);
353 :    
354 :     return $url;
355 :     }
356 :    
357 :     =head3 get_objects()
358 :    
359 :     This is the B<REAL WORKHORSE> method of this Package.
360 :    
361 :     It will probably have to:
362 :    
363 :     - get all sims for the feature
364 :     - get all bbhs for the feature
365 :     - copy information from sim to bbh (bbh have no match location etc)
366 :     - get pchs (difficult)
367 :     - get attributes (there is code for this that in get_attribute_based_observations
368 :     - get_attributes_based_observations returns an array of arrays of hashes like this"
369 :    
370 : mkubal 1.7 my $dataset
371 : mkubal 1.1 [
372 :     [ { name => 'acc', value => '1234' },
373 :     { name => 'from', value => '4' },
374 :     { name => 'to', value => '400' },
375 :     ....
376 :     ],
377 :     [ { name => 'acc', value => '456' },
378 :     { name => 'from', value => '1' },
379 :     { name => 'to', value => '100' },
380 :     ....
381 :     ],
382 :     ...
383 :     ];
384 :     return $datasets;
385 :     }
386 :    
387 :     It will invoke the required calls to the SEED API to retrieve the information required.
388 :    
389 :     =cut
390 :    
391 :     sub get_objects {
392 : mkubal 1.7 my ($self,$fid,$classes) = @_;
393 :    
394 :    
395 :     my $objects = [];
396 :     my @matched_datasets=();
397 : mkubal 1.1
398 : mkubal 1.7 # call function that fetches attribute based observations
399 :     # returns an array of arrays of hashes
400 :    
401 :     if(scalar(@$classes) < 1){
402 :     get_attribute_based_observations($fid,\@matched_datasets);
403 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
404 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
405 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
406 :     }
407 :     else{
408 :     my %domain_classes;
409 : arodri7 1.9 my $identical_flag=0;
410 :     my $pch_flag=0;
411 : mkubal 1.12 my $location_flag = 0;
412 : arodri7 1.10 my $sims_flag=0;
413 : arodri7 1.15 my $cluster_flag = 0;
414 : mkubal 1.7 foreach my $class (@$classes){
415 : arodri7 1.9 if($class =~ /(IPR|CDD|PFAM)/){
416 : mkubal 1.7 $domain_classes{$class} = 1;
417 : arodri7 1.9 }
418 :     elsif ($class eq "IDENTICAL")
419 :     {
420 :     $identical_flag = 1;
421 :     }
422 :     elsif ($class eq "PCH")
423 :     {
424 :     $pch_flag = 1;
425 : mkubal 1.7 }
426 : mkubal 1.12 elsif ($class =~/(SIGNALP_CELLO_TMPRED)/)
427 :     {
428 :     $location_flag = 1;
429 :     }
430 : arodri7 1.10 elsif ($class eq "SIM")
431 :     {
432 :     $sims_flag = 1;
433 :     }
434 : arodri7 1.15 elsif ($class eq "CLUSTER")
435 :     {
436 :     $cluster_flag = 1;
437 :     }
438 : mkubal 1.7 }
439 : arodri7 1.9
440 :     if ($identical_flag ==1)
441 :     {
442 :     get_identical_proteins($fid,\@matched_datasets);
443 :     }
444 :     if ( (defined($domain_classes{IPR})) || (defined($domain_classes{CDD})) || (defined($domain_classes{PFAM})) ) {
445 :     get_attribute_based_domain_observations($fid,\%domain_classes,\@matched_datasets);
446 :     }
447 :     if ($pch_flag == 1)
448 :     {
449 :     get_functional_coupling($fid,\@matched_datasets);
450 :     }
451 : arodri7 1.10 if ($sims_flag == 1)
452 :     {
453 :     get_sims_observations($fid,\@matched_datasets);
454 :     }
455 : arodri7 1.5
456 : mkubal 1.12 if ($location_flag == 1)
457 :     {
458 :     get_attribute_based_location_observations($fid,\@matched_datasets);
459 :     }
460 : arodri7 1.15 if ($cluster_flag == 1)
461 :     {
462 :     get_cluster_observations($fid,\@matched_datasets);
463 :     }
464 : mkubal 1.12
465 : mkubal 1.1 }
466 : mkubal 1.7
467 :     foreach my $dataset (@matched_datasets) {
468 :     my $object;
469 :     if($dataset->{'type'} eq "dom"){
470 :     $object = Observation::Domain->new($dataset);
471 :     }
472 : arodri7 1.9 if($dataset->{'class'} eq "PCH"){
473 :     $object = Observation::FC->new($dataset);
474 :     }
475 :     if ($dataset->{'class'} eq "IDENTICAL"){
476 :     $object = Observation::Identical->new($dataset);
477 :     }
478 : mkubal 1.12 if ($dataset->{'class'} eq "SIGNALP_CELLO_TMPRED"){
479 :     $object = Observation::Location->new($dataset);
480 :     }
481 : arodri7 1.10 if ($dataset->{'class'} eq "SIM"){
482 :     $object = Observation::Sims->new($dataset);
483 :     }
484 : arodri7 1.15 if ($dataset->{'class'} eq "CLUSTER"){
485 :     $object = Observation::Cluster->new($dataset);
486 :     }
487 : mkubal 1.7 push (@$objects, $object);
488 : mkubal 1.1 }
489 : mkubal 1.7
490 :     return $objects;
491 : mkubal 1.1
492 :     }
493 :    
494 :     =head1 Internal Methods
495 :    
496 :     These methods are not meant to be used outside of this package.
497 :    
498 :     B<Please do not use them outside of this package!>
499 :    
500 :     =cut
501 :    
502 :    
503 :     =head3 get_url (internal)
504 :    
505 :     get_url() return a valid URL or undef for any observation.
506 :    
507 :     URLs are constructed by looking at the Accession acc() and name()
508 :    
509 :     Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.
510 :    
511 :     =cut
512 :    
513 :     sub get_url {
514 :    
515 :     my ($self) = @_;
516 :     my $url='';
517 :    
518 :     # a hash with a URL for each observation; identified by name()
519 :     #my $URL => { 'PFAM' => "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?" ,\
520 :     # 'IPR' => "http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=" ,\
521 :     # 'CDD' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\
522 :     # 'PIR' => "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=",\
523 :     # 'FIGFAM' => '',\
524 :     # 'sim'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id=",\
525 :     # 'bbh'=> "http://www.theseed.org/linkin.cgi?id="
526 :     #};
527 :    
528 :     # if (defined $URL{$self->name}) {
529 :     # $url = $URL{$self->name}.$self->acc;
530 :     # return $url;
531 :     # }
532 :     # else
533 :     return undef;
534 :     }
535 :    
536 :     =head3 get_display_method (internal)
537 :    
538 :     get_display_method() return a valid URL or undef for any observation.
539 :    
540 :     URLs are constructed by looking at the Accession acc() and name()
541 :     and Info from both attributes is combined with a table of base URLs stored in this function.
542 :    
543 :     =cut
544 :    
545 :     sub get_display_method {
546 :    
547 :     my ($self) = @_;
548 :    
549 :     # a hash with a URL for each observation; identified by name()
550 :     #my $URL => { 'sim'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1=",\
551 :     # 'bbh'=> "http://www.theseed.org/featalign.cgi?id1="
552 :     # };
553 :    
554 :     #if (defined $URL{$self->name}) {
555 :     # $url = $URL{$self->name}.$self->feature_id."&id2=".$self->acc;
556 :     # return $url;
557 :     # }
558 :     # else
559 :     return undef;
560 :     }
561 :    
562 : mkubal 1.7
563 :     sub get_attribute_based_domain_observations{
564 :    
565 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
566 :     my ($fid,$domain_classes,$datasets_ref) = (@_);
567 :    
568 :     my $fig = new FIG;
569 :    
570 :     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid)) {
571 :     my $key = @$attr_ref[1];
572 :     my @parts = split("::",$key);
573 :     my $class = $parts[0];
574 :    
575 :     if($domain_classes->{$parts[0]}){
576 :     my $val = @$attr_ref[2];
577 : mkubal 1.8 if($val =~/^(\d+\.\d+|0\.0);(\d+)-(\d+)/){
578 : mkubal 1.7 my $raw_evalue = $1;
579 : mkubal 1.8 my $from = $2;
580 :     my $to = $3;
581 : mkubal 1.7 my $evalue;
582 :     if($raw_evalue =~/(\d+)\.(\d+)/){
583 :     my $part2 = 1000 - $1;
584 :     my $part1 = $2/100;
585 :     $evalue = $part1."e-".$part2;
586 :     }
587 :     else{
588 : mkubal 1.8 $evalue = "0.0";
589 : mkubal 1.7 }
590 :    
591 :     my $dataset = {'class' => $class,
592 :     'acc' => $key,
593 :     'type' => "dom" ,
594 :     'evalue' => $evalue,
595 :     'start' => $from,
596 :     'stop' => $to
597 :     };
598 :    
599 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
600 :     }
601 :     }
602 :     }
603 :     }
604 : mkubal 1.12
605 :     sub get_attribute_based_location_observations{
606 :    
607 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
608 :     my $fig = new FIG;
609 :    
610 :     my $location_attributes = ['SignalP','CELLO','TMPRED'];
611 :    
612 :     my $dataset = {'type' => "loc", 'class' => 'SIGNALP_CELLO_TMPRED'};
613 :     foreach my $attr_ref ($fig->get_attributes($fid,$location_attributes)) {
614 :     my $key = @$attr_ref[1];
615 :     my @parts = split("::",$key);
616 :     my $sub_class = $parts[0];
617 :     my $sub_key = $parts[1];
618 :     my $value = @$attr_ref[2];
619 :     if($sub_class eq "SignalP"){
620 :     if($sub_key eq "cleavage_site"){
621 :     my @value_parts = split(";",$value);
622 :     $dataset->{'cleavage_prob'} = $value_parts[0];
623 :     $dataset->{'cleavage_loc'} = $value_parts[1];
624 :     }
625 :     elsif($sub_key eq "signal_peptide"){
626 :     $dataset->{'signal_peptide_score'} = $value;
627 :     }
628 :     }
629 :     elsif($sub_class eq "CELLO"){
630 :     $dataset->{'cello_location'} = $sub_key;
631 :     $dataset->{'cello_score'} = $value;
632 :     }
633 :     elsif($sub_class eq "TMPRED"){
634 :     my @value_parts = split(";",$value);
635 :     $dataset->{'tmpred_score'} = $value_parts[0];
636 :     $dataset->{'tmpred_locations'} = $value_parts[1];
637 :     }
638 :     }
639 :    
640 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
641 :    
642 :     }
643 :    
644 : mkubal 1.7
645 : mkubal 1.1 =head3 get_attribute_based_evidence (internal)
646 :    
647 :     This method retrieves evidence from the attribute server
648 :    
649 :     =cut
650 :    
651 :     sub get_attribute_based_observations{
652 :    
653 :     # we read a FIG ID and a reference to an array (of arrays of hashes, see above)
654 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
655 :    
656 :     my $_myfig = new FIG;
657 :    
658 :     foreach my $attr_ref ($_myfig->get_attributes($fid)) {
659 :    
660 :     # convert the ref into a string for easier handling
661 :     my ($string) = "@$attr_ref";
662 :    
663 :     # print "S:$string\n";
664 :     my ($key,$val) = ( $string =~ /\S+\s(\S+)\s(\S+)/);
665 :    
666 :     # THIS SHOULD BE DONE ANOTHER WAY FM->TD
667 :     # we need to do the right thing for each type, ie no evalue for CELLO and no coordinates, but a score, etc
668 :     # as fas as possible this should be configured so that the type of observation and the regexp are
669 :     # stored somewhere for easy expansion
670 :     #
671 :    
672 :     if (($key =~ /PFAM::/) || ( $key =~ /IPR::/) || ( $key =~ /CDD::/) ) {
673 :    
674 :     # some keys are composite CDD::1233244 or PFAM:PF1233
675 :    
676 :     if ( $key =~ /::/ ) {
677 :     my ($firstkey,$restkey) = ( $key =~ /([a-zA-Z0-9]+)::(.*)/);
678 :     $val=$restkey.";".$val;
679 :     $key=$firstkey;
680 :     }
681 :    
682 :     my ($acc,$raw_evalue, $from,$to) = ($val =~ /(\S+);(\S+);(\d+)-(\d+)/ );
683 :    
684 :     my $evalue= 255;
685 :     if (defined $raw_evalue) { # some of the tool do not give us an evalue
686 :    
687 :     my ($k,$expo) = ( $raw_evalue =~ /(\d+).(\d+)/);
688 :     my ($new_k, $new_exp);
689 :    
690 :     #
691 :     # THIS DOES NOT WORK PROPERLY
692 :     #
693 :     if($raw_evalue =~/(\d+).(\d+)/){
694 :    
695 :     # $new_exp = (1000+$expo);
696 :     # $new_k = $k / 100;
697 :    
698 :     }
699 :     $evalue = "0.01"#new_k."e-".$new_exp;
700 :     }
701 :    
702 :     # unroll it all into an array of hashes
703 :     # this needs to be done differently for different types of observations
704 :     my $dataset = [ { name => 'class', value => $key },
705 :     { name => 'acc' , value => $acc},
706 :     { name => 'type', value => "dom"} , # this clearly needs to be done properly FM->TD
707 :     { name => 'evalue', value => $evalue },
708 :     { name => 'start', value => $from},
709 :     { name => 'stop' , value => $to}
710 :     ];
711 :    
712 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
713 :     }
714 :     }
715 :     }
716 :    
717 : arodri7 1.15 =head3 get_cluster_observations() (internal)
718 :    
719 :     This methods sets the type and class for cluster observations
720 :    
721 :     =cut
722 :    
723 :     sub get_cluster_observations{
724 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
725 :    
726 :     $dataset = {'class' => 'CLUSTER',
727 :     'type' => 'fc'
728 :     };
729 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
730 :     }
731 :    
732 :    
733 : mkubal 1.3 =head3 get_sims_observations() (internal)
734 :    
735 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
736 :    
737 :     =cut
738 :    
739 :     sub get_sims_observations{
740 :    
741 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
742 : mkubal 1.4 my $fig = new FIG;
743 : arodri7 1.11 # my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"fig");
744 :     my @sims= $fig->nsims($fid,100,1e-20,"all");
745 : mkubal 1.4 my ($dataset);
746 : mkubal 1.3 foreach my $sim (@sims){
747 : mkubal 1.4 my $hit = $sim->[1];
748 : arodri7 1.11 my $percent = $sim->[2];
749 : mkubal 1.4 my $evalue = $sim->[10];
750 : arodri7 1.11 my $qfrom = $sim->[6];
751 :     my $qto = $sim->[7];
752 :     my $hfrom = $sim->[8];
753 :     my $hto = $sim->[9];
754 :     my $qlength = $sim->[12];
755 :     my $hlength = $sim->[13];
756 :     my $db = get_database($hit);
757 :     my $func = $fig->function_of($hit);
758 :     my $organism = $fig->org_of($hit);
759 :    
760 : arodri7 1.10 $dataset = {'class' => 'SIM',
761 :     'acc' => $hit,
762 : arodri7 1.11 'identity' => $percent,
763 : arodri7 1.10 'type' => 'seq',
764 :     'evalue' => $evalue,
765 : arodri7 1.11 'qstart' => $qfrom,
766 :     'qstop' => $qto,
767 :     'hstart' => $hfrom,
768 :     'hstop' => $hto,
769 :     'database' => $db,
770 :     'organism' => $organism,
771 :     'function' => $func,
772 :     'qlength' => $qlength,
773 :     'hlength' => $hlength
774 : arodri7 1.10 };
775 :    
776 :     push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
777 : mkubal 1.3 }
778 :     }
779 :    
780 : arodri7 1.11 =head3 get_database (internal)
781 :     This method gets the database association from the sequence id
782 :    
783 :     =cut
784 :    
785 :     sub get_database{
786 :     my ($id) = (@_);
787 :    
788 :     my ($db);
789 :     if ($id =~ /^fig\|/) { $db = "FIG" }
790 :     elsif ($id =~ /^gi\|/) { $db = "NCBI" }
791 :     elsif ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { $db = "RefSeq" }
792 :     elsif ($id =~ /^sp\|/) { $db = "SwissProt" }
793 :     elsif ($id =~ /^uni\|/) { $db = "UniProt" }
794 :     elsif ($id =~ /^tigr\|/) { $db = "TIGR" }
795 :     elsif ($id =~ /^pir\|/) { $db = "PIR" }
796 :     elsif ($id =~ /^kegg\|/) { $db = "KEGG" }
797 :     elsif ($id =~ /^tr\|/) { $db = "TrEMBL" }
798 :     elsif ($id =~ /^eric\|/) { $db = "ASAP" }
799 :     elsif ($id =~ /^img\|/) { $db = "JGI" }
800 :    
801 :     return ($db);
802 :    
803 :     }
804 :    
805 : arodri7 1.5 =head3 get_identical_proteins() (internal)
806 :    
807 :     This methods retrieves sims fills the internal data structures.
808 :    
809 :     =cut
810 :    
811 :     sub get_identical_proteins{
812 :    
813 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
814 :     my $fig = new FIG;
815 :     my @funcs = ();
816 :    
817 :     my @maps_to = grep { $_ ne $fid and $_ !~ /^xxx/ } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($fid);
818 :    
819 :     foreach my $id (@maps_to) {
820 :     my ($tmp, $who);
821 : arodri7 1.6 if (($id ne $fid) && ($tmp = $fig->function_of($id))) {
822 : arodri7 1.11 $who = &get_database($id);
823 : arodri7 1.5 push(@funcs, [$id,$who,$tmp]);
824 :     }
825 :     }
826 :    
827 :     my ($dataset);
828 :     foreach my $row (@funcs){
829 :     my $id = $row->[0];
830 :     my $organism = $fig->org_of($fid);
831 :     my $who = $row->[1];
832 :     my $assignment = $row->[2];
833 : arodri7 1.9
834 :     my $dataset = {'class' => 'IDENTICAL',
835 :     'id' => $id,
836 :     'organism' => $organism,
837 :     'type' => 'seq',
838 :     'database' => $who,
839 :     'function' => $assignment
840 :     };
841 :    
842 : arodri7 1.5 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
843 :     }
844 :    
845 :     }
846 :    
847 : arodri7 1.6 =head3 get_functional_coupling() (internal)
848 :    
849 :     This methods retrieves the functional coupling of a protein given a peg ID
850 :    
851 :     =cut
852 :    
853 :     sub get_functional_coupling{
854 :    
855 :     my ($fid,$datasets_ref) = (@_);
856 :     my $fig = new FIG;
857 :     my @funcs = ();
858 :    
859 :     # initialize some variables
860 :     my($sc,$neigh);
861 :    
862 :     # set default parameters for coupling and evidence
863 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = (5000, 1.0e-10, 4);
864 :    
865 :     # get the fc data
866 :     my @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($fid,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,1);
867 :    
868 :     # retrieve data
869 :     my @rows = map { ($sc,$neigh) = @$_;
870 :     [$sc,$neigh,scalar $fig->function_of($neigh)]
871 :     } @fc_data;
872 :    
873 :     my ($dataset);
874 :     foreach my $row (@rows){
875 :     my $id = $row->[1];
876 :     my $score = $row->[0];
877 :     my $description = $row->[2];
878 : arodri7 1.9 my $dataset = {'class' => 'PCH',
879 :     'score' => $score,
880 :     'id' => $id,
881 :     'type' => 'fc',
882 :     'function' => $description
883 :     };
884 :    
885 : arodri7 1.6 push (@{$datasets_ref} ,$dataset);
886 :     }
887 :     }
888 : arodri7 1.5
889 : mkubal 1.1 =head3 get_sims_and_bbhs() (internal)
890 :    
891 :     This methods retrieves sims and also BBHs and fills the internal data structures.
892 :    
893 :     =cut
894 :    
895 :     # sub get_sims_and_bbhs{
896 :    
897 :     # # blast m8 output format
898 :     # # id1, id2, %ident, align len, mismatches, gaps, q.start, q.stop, s. start, s.stop, eval, bit
899 :    
900 :     # my $Sims=();
901 :     # @sims_src = $fig->sims($fid,80,500,"fig",0);
902 :     # print "found $#sims_src SIMs\n";
903 :     # foreach $sims (@sims_src) {
904 :     # my ($sims_string) = "@$sims";
905 :     # # print "$sims_string\n";
906 :     # my ($rfid,$start,$stop,$eval) = ( $sims_string =~ /\S+\s+(\S+)\s+\S+\s\S+\s+(\S+)\s+(\S+)\s+
907 :     # \S+\s+\S+\s+\S+\s+\S+\s+(\S+)+.*/);
908 :     # # print "ID: $rfid, E:$eval, Start:$start stop:$stop\n";
909 :     # $Sims{$rfid}{'eval'}=$eval;
910 :     # $Sims{$rfid}{'start'}=$start;
911 :     # $Sims{$rfid}{'stop'}=$stop;
912 :     # print "$rfid $Sims{$rfid}{'eval'}\n";
913 :     # }
914 :    
915 :     # # BBHs
916 :     # my $BBHs=();
917 :    
918 :     # @bbhs_src = $fig->bbhs($fid,1.0e-10);
919 :     # print "found $#bbhs_src BBHs\n";
920 :     # foreach $bbh (@bbhs_src) {
921 :     # #print "@$bbh\n";
922 :     # my ($bbh_string) = "@$bbh";
923 :     # my ($rfid,$eval,$score) = ( $bbh_string =~ /(\S+)\s(\S+)\s(\S+)/);
924 :     # #print "ID: $rfid, E:$eval, S:$score\n";
925 :     # $BBHs{$rfid}{'eval'}=$eval;
926 :     # $BBHs{$rfid}{'score'}=$score;
927 :     # #print "$rfid $BBHs{$rfid}{'eval'}\n";
928 :     # }
929 :    
930 :     # }
931 :    
932 :    
933 :    
934 :     =head3 new (internal)
935 :    
936 :     Instantiate a new object.
937 :    
938 :     =cut
939 :    
940 :     sub new {
941 : mkubal 1.7 my ($class,$dataset) = @_;
942 :    
943 : mkubal 1.1
944 : mkubal 1.7 #$self = { acc => '',
945 :     # description => '',
946 :     # class => '',
947 :     # type => '',
948 :     # start => '',
949 :     # stop => '',
950 :     # evalue => '',
951 :     # score => '',
952 :     # display_method => '',
953 :     # feature_id => '',
954 :     # rank => '',
955 :     # supports_annotation => '',
956 :     # id => '',
957 :     # organism => '',
958 :     # who => ''
959 :     # };
960 : mkubal 1.1
961 : mkubal 1.7 my $self = { class => $dataset->{'class'},
962 :     type => $dataset->{'type'}
963 : arodri7 1.10 };
964 : mkubal 1.7
965 :     bless($self,$class);
966 : mkubal 1.1
967 :     return $self;
968 :     }
969 :    
970 : arodri7 1.11 =head3 identity (internal)
971 :    
972 :     Returns the % identity of the similar sequence
973 :    
974 :     =cut
975 :    
976 :     sub identity {
977 :     my ($self) = @_;
978 :    
979 :     return $self->{identity};
980 :     }
981 :    
982 : mkubal 1.1 =head3 feature_id (internal)
983 :    
984 :    
985 :     =cut
986 :    
987 :     sub feature_id {
988 :     my ($self) = @_;
989 :    
990 :     return $self->{feature_id};
991 :     }
992 : arodri7 1.5
993 :     =head3 id (internal)
994 :    
995 :     Returns the ID of the identical sequence
996 :    
997 :     =cut
998 :    
999 :     sub id {
1000 :     my ($self) = @_;
1001 :    
1002 :     return $self->{id};
1003 :     }
1004 :    
1005 :     =head3 organism (internal)
1006 :    
1007 :     Returns the organism of the identical sequence
1008 :    
1009 :     =cut
1010 :    
1011 :     sub organism {
1012 :     my ($self) = @_;
1013 :    
1014 :     return $self->{organism};
1015 :     }
1016 :    
1017 : arodri7 1.9 =head3 function (internal)
1018 :    
1019 :     Returns the function of the identical sequence
1020 :    
1021 :     =cut
1022 :    
1023 :     sub function {
1024 :     my ($self) = @_;
1025 :    
1026 :     return $self->{function};
1027 :     }
1028 :    
1029 : arodri7 1.5 =head3 database (internal)
1030 :    
1031 :     Returns the database of the identical sequence
1032 :    
1033 :     =cut
1034 :    
1035 :     sub database {
1036 :     my ($self) = @_;
1037 :    
1038 :     return $self->{database};
1039 :     }
1040 :    
1041 : arodri7 1.6
1042 : arodri7 1.11
1043 : arodri7 1.9 ############################################################
1044 :     ############################################################
1045 :     package Observation::Identical;
1046 :    
1047 :     use base qw(Observation);
1048 :    
1049 :     sub new {
1050 :    
1051 :     my ($class,$dataset) = @_;
1052 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1053 :     $self->{id} = $dataset->{'id'};
1054 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1055 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1056 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1057 :    
1058 :     bless($self,$class);
1059 :     return $self;
1060 :     }
1061 :    
1062 :     =head3 display()
1063 : arodri7 1.6
1064 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1065 :     This code will display a table for the identical protein
1066 :    
1067 :    
1068 : arodri7 1.9 B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1069 :     dence.
1070 : arodri7 1.6
1071 :     =cut
1072 :    
1073 : arodri7 1.9 sub display{
1074 :     my ($self, $cgi, $dataset) = @_;
1075 : arodri7 1.6
1076 :     my $all_domains = [];
1077 :     my $count_identical = 0;
1078 : arodri7 1.9 my $content;
1079 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1080 : arodri7 1.6 next if ($thing->class ne "IDENTICAL");
1081 : arodri7 1.9 my $single_domain = [];
1082 :     push(@$single_domain,$thing->database);
1083 :     my $id = $thing->id;
1084 :     $count_identical++;
1085 :     push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$id));
1086 :     push(@$single_domain,$thing->organism);
1087 :     #push(@$single_domain,$thing->type);
1088 :     push(@$single_domain,$thing->function);
1089 :     push(@$all_domains,$single_domain);
1090 : arodri7 1.6 }
1091 :    
1092 :     if ($count_identical >0){
1093 : arodri7 1.9 $content = $all_domains;
1094 : arodri7 1.6 }
1095 :     else{
1096 : arodri7 1.9 $content = "<p>This PEG does not have any essentially identical proteins</p>";
1097 : arodri7 1.6 }
1098 :     return ($content);
1099 :     }
1100 : mkubal 1.7
1101 : arodri7 1.9 1;
1102 :    
1103 :    
1104 :     #########################################
1105 :     #########################################
1106 :     package Observation::FC;
1107 :     1;
1108 :    
1109 :     use base qw(Observation);
1110 :    
1111 :     sub new {
1112 :    
1113 :     my ($class,$dataset) = @_;
1114 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1115 :     $self->{score} = $dataset->{'score'};
1116 :     $self->{id} = $dataset->{'id'};
1117 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1118 :    
1119 :     bless($self,$class);
1120 :     return $self;
1121 :     }
1122 :    
1123 :     =head3 display()
1124 :    
1125 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1126 :     This code will display a table for the identical protein
1127 :    
1128 :    
1129 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evi
1130 :     dence.
1131 :    
1132 :     =cut
1133 :    
1134 :     sub display {
1135 :     my ($self,$cgi,$dataset, $fid) = @_;
1136 :    
1137 :     my $functional_data = [];
1138 :     my $count = 0;
1139 :     my $content;
1140 :    
1141 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1142 :     my $single_domain = [];
1143 :     next if ($thing->class ne "PCH");
1144 :     $count++;
1145 :    
1146 :     # construct the score link
1147 :     my $score = $thing->score;
1148 :     my $toid = $thing->id;
1149 :     my $link = $cgi->url(-relative => 1) . "?user=master&request=show_coupling_evidence&prot=$fid&to=$toid&SPROUT=";
1150 :     my $sc_link = "<a href=$link>$score</a>";
1151 :    
1152 :     push(@$single_domain,$sc_link);
1153 :     push(@$single_domain,$thing->id);
1154 :     push(@$single_domain,$thing->function);
1155 :     push(@$functional_data,$single_domain);
1156 :     }
1157 :    
1158 :     if ($count >0){
1159 :     $content = $functional_data;
1160 :     }
1161 :     else
1162 :     {
1163 :     $content = "<p>This PEG does not have any functional coupling</p>";
1164 :     }
1165 :     return ($content);
1166 :     }
1167 :    
1168 :    
1169 :     #########################################
1170 :     #########################################
1171 : mkubal 1.7 package Observation::Domain;
1172 :    
1173 :     use base qw(Observation);
1174 :    
1175 :     sub new {
1176 :    
1177 :     my ($class,$dataset) = @_;
1178 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1179 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1180 :     $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1181 :     $self->{start} = $dataset->{'start'};
1182 :     $self->{stop} = $dataset->{'stop'};
1183 :    
1184 :     bless($self,$class);
1185 :     return $self;
1186 :     }
1187 :    
1188 :     sub display {
1189 :     my ($thing,$gd) = @_;
1190 :     my $lines = [];
1191 :     my $line_config = { 'title' => $thing->acc,
1192 :     'short_title' => $thing->type,
1193 :     'basepair_offset' => '1' };
1194 :     my $color = "4";
1195 :    
1196 :     my $line_data = [];
1197 :     my $links_list = [];
1198 :     my $descriptions = [];
1199 :    
1200 :     my $description_function;
1201 :     $description_function = {"title" => $thing->class,
1202 :     "value" => $thing->acc};
1203 :    
1204 :     push(@$descriptions,$description_function);
1205 :    
1206 :     my $score;
1207 :     $score = {"title" => "score",
1208 :     "value" => $thing->evalue};
1209 :     push(@$descriptions,$score);
1210 :    
1211 :     my $link_id;
1212 : mkubal 1.12 if ($thing->acc =~/\w+::(\d+)/){
1213 : mkubal 1.7 $link_id = $1;
1214 :     }
1215 :    
1216 :     my $link;
1217 : mkubal 1.12 my $link_url;
1218 :     if ($thing->class eq "CDD"){$link_url = "http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.library.vu.edu.au:80/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=$link_id"}
1219 :     elsif($thing->class eq "PFAM"){$link_url = "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?$link_id"}
1220 :     else{$link_url = "NO_URL"}
1221 :    
1222 : mkubal 1.7 $link = {"link_title" => $thing->acc,
1223 : mkubal 1.12 "link" => $link_url};
1224 : mkubal 1.7 push(@$links_list,$link);
1225 :    
1226 :     my $element_hash = {
1227 :     "title" => $thing->type,
1228 :     "start" => $thing->start,
1229 :     "end" => $thing->stop,
1230 :     "color"=> $color,
1231 :     "zlayer" => '2',
1232 :     "links_list" => $links_list,
1233 :     "description" => $descriptions};
1234 :    
1235 :     push(@$line_data,$element_hash);
1236 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1237 :    
1238 :     return $gd;
1239 :    
1240 :     }
1241 :    
1242 : arodri7 1.10 #########################################
1243 :     #########################################
1244 : mkubal 1.12 package Observation::Location;
1245 :    
1246 :     use base qw(Observation);
1247 :    
1248 :     sub new {
1249 :    
1250 :     my ($class,$dataset) = @_;
1251 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1252 :     $self->{cleavage_prob} = $dataset->{'cleavage_prob'};
1253 :     $self->{cleavage_loc} = $dataset->{'cleavage_loc'};
1254 :     $self->{signal_peptide_score} = $dataset->{'signal_peptide_score'};
1255 :     $self->{cello_location} = $dataset->{'cello_location'};
1256 :     $self->{cello_score} = $dataset->{'cello_score'};
1257 :     $self->{tmpred_score} = $dataset->{'tmpred_score'};
1258 :     $self->{tmpred_locations} = $dataset->{'tmpred_locations'};
1259 :    
1260 :     bless($self,$class);
1261 :     return $self;
1262 :     }
1263 :    
1264 :     sub display {
1265 :     my ($thing,$gd,$fid) = @_;
1266 :    
1267 :     my $fig= new FIG;
1268 :     my $length = length($fig->get_translation($fid));
1269 :    
1270 :     my $cleavage_prob;
1271 :     if($thing->cleavage_prob){$cleavage_prob = $thing->cleavage_prob;}
1272 :     my ($cleavage_loc_begin,$cleavage_loc_end) = split("-",$thing->cleavage_loc);
1273 :     my $signal_peptide_score = $thing->signal_peptide_score;
1274 :     my $cello_location = $thing->cello_location;
1275 :     my $cello_score = $thing->cello_score;
1276 :     my $tmpred_score = $thing->tmpred_score;
1277 :     my @tmpred_locations = split(",",$thing->tmpred_locations);
1278 :    
1279 :     my $lines = [];
1280 :     my $line_config = { 'title' => 'Localization Evidence',
1281 :     'short_title' => 'Local',
1282 :     'basepair_offset' => '1' };
1283 :    
1284 :     #color is
1285 :     my $color = "5";
1286 :    
1287 :     my $line_data = [];
1288 :    
1289 :     if($cello_location){
1290 :     my $cello_descriptions = [];
1291 :     my $description_cello_location = {"title" => 'Best Cello Location',
1292 :     "value" => $cello_location};
1293 :    
1294 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_location);
1295 :    
1296 :     my $description_cello_score = {"title" => 'Cello Score',
1297 :     "value" => $cello_score};
1298 :    
1299 :     push(@$cello_descriptions,$description_cello_score);
1300 :    
1301 :     my $element_hash = {
1302 :     "title" => "CELLO",
1303 :     "start" => "1",
1304 :     "end" => $length + 1,
1305 :     "color"=> $color,
1306 :     "type" => 'box',
1307 :     "zlayer" => '2',
1308 :     "description" => $cello_descriptions};
1309 :    
1310 :     push(@$line_data,$element_hash);
1311 :     }
1312 :    
1313 :     my $color = "6";
1314 :     #if(0){
1315 :     if($tmpred_score){
1316 :     foreach my $tmpred (@tmpred_locations){
1317 :     my $descriptions = [];
1318 :     my ($begin,$end) =split("-",$tmpred);
1319 :     my $description_tmpred_score = {"title" => 'TMPRED score',
1320 :     "value" => $tmpred_score};
1321 :    
1322 :     push(@$descriptions,$description_tmpred_score);
1323 :    
1324 :     my $element_hash = {
1325 :     "title" => "transmembrane location",
1326 :     "start" => $begin + 1,
1327 :     "end" => $end + 1,
1328 :     "color"=> $color,
1329 :     "zlayer" => '5',
1330 :     "type" => 'smallbox',
1331 :     "description" => $descriptions};
1332 :    
1333 :     push(@$line_data,$element_hash);
1334 :     }
1335 :     }
1336 :    
1337 :     my $color = "1";
1338 :     if($signal_peptide_score){
1339 :     my $descriptions = [];
1340 :     my $description_signal_peptide_score = {"title" => 'signal peptide score',
1341 :     "value" => $signal_peptide_score};
1342 :    
1343 :     push(@$descriptions,$description_signal_peptide_score);
1344 :    
1345 :     my $description_cleavage_prob = {"title" => 'cleavage site probability',
1346 :     "value" => $cleavage_prob};
1347 :    
1348 :     push(@$descriptions,$description_cleavage_prob);
1349 :    
1350 :     my $element_hash = {
1351 :     "title" => "SignalP",
1352 :     "start" => $cleavage_loc_begin - 2,
1353 :     "end" => $cleavage_loc_end + 3,
1354 :     "type" => 'bigbox',
1355 :     "color"=> $color,
1356 :     "zlayer" => '10',
1357 :     "description" => $descriptions};
1358 :    
1359 :     push(@$line_data,$element_hash);
1360 :     }
1361 :    
1362 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1363 :    
1364 :     return ($gd);
1365 :    
1366 :     }
1367 :    
1368 :     sub cleavage_loc {
1369 :     my ($self) = @_;
1370 :    
1371 :     return $self->{cleavage_loc};
1372 :     }
1373 :    
1374 :     sub cleavage_prob {
1375 :     my ($self) = @_;
1376 :    
1377 :     return $self->{cleavage_prob};
1378 :     }
1379 :    
1380 :     sub signal_peptide_score {
1381 :     my ($self) = @_;
1382 :    
1383 :     return $self->{signal_peptide_score};
1384 :     }
1385 :    
1386 :     sub tmpred_score {
1387 :     my ($self) = @_;
1388 :    
1389 :     return $self->{tmpred_score};
1390 :     }
1391 :    
1392 :     sub tmpred_locations {
1393 :     my ($self) = @_;
1394 :    
1395 :     return $self->{tmpred_locations};
1396 :     }
1397 :    
1398 :     sub cello_location {
1399 :     my ($self) = @_;
1400 :    
1401 :     return $self->{cello_location};
1402 :     }
1403 :    
1404 :     sub cello_score {
1405 :     my ($self) = @_;
1406 :    
1407 :     return $self->{cello_score};
1408 :     }
1409 :    
1410 :    
1411 :     #########################################
1412 :     #########################################
1413 : arodri7 1.10 package Observation::Sims;
1414 :    
1415 :     use base qw(Observation);
1416 :    
1417 :     sub new {
1418 :    
1419 :     my ($class,$dataset) = @_;
1420 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1421 : arodri7 1.11 $self->{identity} = $dataset->{'identity'};
1422 : arodri7 1.10 $self->{acc} = $dataset->{'acc'};
1423 :     $self->{evalue} = $dataset->{'evalue'};
1424 : arodri7 1.11 $self->{qstart} = $dataset->{'qstart'};
1425 :     $self->{qstop} = $dataset->{'qstop'};
1426 :     $self->{hstart} = $dataset->{'hstart'};
1427 :     $self->{hstop} = $dataset->{'hstop'};
1428 :     $self->{database} = $dataset->{'database'};
1429 :     $self->{organism} = $dataset->{'organism'};
1430 :     $self->{function} = $dataset->{'function'};
1431 :     $self->{qlength} = $dataset->{'qlength'};
1432 :     $self->{hlength} = $dataset->{'hlength'};
1433 : arodri7 1.10
1434 :     bless($self,$class);
1435 :     return $self;
1436 :     }
1437 :    
1438 :     =head3 display()
1439 :    
1440 :     If available use the function specified here to display the "raw" observation.
1441 :     This code will display a table for the similarities protein
1442 :    
1443 :     B<Please note> that URL linked to in display_method() is an external component and needs to added to the code for every class of evidence.
1444 :    
1445 :     =cut
1446 :    
1447 :     sub display {
1448 :     my ($self,$cgi,$dataset) = @_;
1449 :    
1450 :     my $data = [];
1451 :     my $count = 0;
1452 :     my $content;
1453 : arodri7 1.11 my $fig = new FIG;
1454 : arodri7 1.10
1455 :     foreach my $thing (@$dataset) {
1456 :     my $single_domain = [];
1457 :     next if ($thing->class ne "SIM");
1458 :     $count++;
1459 :    
1460 : arodri7 1.11 my $id = $thing->acc;
1461 :    
1462 :     # add the subsystem information
1463 :     my @in_sub = $fig->peg_to_subsystems($id);
1464 :     my $in_sub;
1465 :    
1466 :     if (@in_sub > 0) {
1467 :     $in_sub = @in_sub;
1468 :    
1469 :     # RAE: add a javascript popup with all the subsystems
1470 :     my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;
1471 :     $in_sub = $cgi->a( {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);
1472 :     } else {
1473 :     $in_sub = "&nbsp;";
1474 :     }
1475 :    
1476 :     # add evidence code with tool tip
1477 :     my $ev_codes=" &nbsp; ";
1478 :     my @ev_codes = "";
1479 :     if ($id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) {
1480 :     my @codes = grep { $_->[1] =~ /^evidence_code/i } $fig->get_attributes($id);
1481 :     @ev_codes = ();
1482 :     foreach my $code (@codes) {
1483 :     my $pretty_code = $code->[2];
1484 :     if ($pretty_code =~ /;/) {
1485 :     my ($cd, $ss) = split(";", $code->[2]);
1486 :     $ss =~ s/_/ /g;
1487 :     $pretty_code = $cd;# . " in " . $ss;
1488 :     }
1489 :     push(@ev_codes, $pretty_code);
1490 :     }
1491 :     }
1492 :    
1493 :     if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0]) {
1494 :     my $ev_code_help=join("<br />", map {&HTML::evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
1495 :     $ev_codes = $cgi->a(
1496 :     {
1497 :     id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
1498 :     }
1499 :    
1500 :     # add the aliases
1501 :     my $aliases = undef;
1502 :     $aliases = &html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id) ) );
1503 :     $aliases = &HTML::set_prot_links( $cgi, $aliases );
1504 :     $aliases ||= "&nbsp;";
1505 :    
1506 :     my $iden = $thing->identity;
1507 :     my $ln1 = $thing->qlength;
1508 :     my $ln2 = $thing->hlength;
1509 :     my $b1 = $thing->qstart;
1510 :     my $e1 = $thing->qstop;
1511 :     my $b2 = $thing->hstart;
1512 :     my $e2 = $thing->hstop;
1513 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1514 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1515 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1516 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1517 :    
1518 :    
1519 :     push(@$single_domain,$thing->database);
1520 : arodri7 1.10 push(@$single_domain,&HTML::set_prot_links($cgi,$thing->acc));
1521 :     push(@$single_domain,$thing->evalue);
1522 : arodri7 1.11 push(@$single_domain,"$iden\%");
1523 :     push(@$single_domain,$reg1);
1524 :     push(@$single_domain,$reg2);
1525 :     push(@$single_domain,$in_sub);
1526 :     push(@$single_domain,$ev_codes);
1527 :     push(@$single_domain,$thing->organism);
1528 :     push(@$single_domain,$thing->function);
1529 :     push(@$single_domain,$aliases);
1530 : arodri7 1.10 push(@$data,$single_domain);
1531 :     }
1532 :    
1533 :     if ($count >0){
1534 :     $content = $data;
1535 :     }
1536 :     else
1537 :     {
1538 :     $content = "<p>This PEG does not have any similarities</p>";
1539 :     }
1540 :     return ($content);
1541 :     }
1542 : arodri7 1.11
1543 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
1544 : mkubal 1.12
1545 : arodri7 1.13
1546 :    
1547 :     ############################
1548 :     package Observation::Cluster;
1549 :    
1550 :     use base qw(Observation);
1551 :    
1552 :     sub new {
1553 :    
1554 :     my ($class,$dataset) = @_;
1555 :     my $self = $class->SUPER::new($dataset);
1556 :    
1557 :     bless($self,$class);
1558 :     return $self;
1559 :     }
1560 :    
1561 :     sub display {
1562 :     my ($self,$gd, $fid) = @_;
1563 :    
1564 :     my $fig = new FIG;
1565 : mkubal 1.14 my $all_regions = [];
1566 : arodri7 1.13
1567 :     #get the organism genome
1568 : mkubal 1.14 my $target_genome = $fig->genome_of($fid);
1569 : arodri7 1.13
1570 :     # get location of the gene
1571 :     my $data = $fig->feature_location($fid);
1572 :     my ($contig, $beg, $end);
1573 :    
1574 :     if ($data =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1575 :     $contig = $1;
1576 :     $beg = $2;
1577 :     $end = $3;
1578 :     }
1579 :    
1580 :     my ($region_start, $region_end);
1581 :     if ($beg < $end)
1582 :     {
1583 :     $region_start = $beg - 4000;
1584 :     $region_end = $end+4000;
1585 :     }
1586 :     else
1587 :     {
1588 :     $region_end = $end+4000;
1589 :     $region_start = $beg-4000;
1590 :     }
1591 :    
1592 :     # call genes in region
1593 : mkubal 1.14 my ($target_gene_features, $reg_beg, $reg_end) = $fig->genes_in_region($target_genome, $contig, $region_start, $region_stop);
1594 :     push(@$all_regions,$target_gene_features);
1595 :    
1596 :     my %all_genes;
1597 :     my %all_genomes;
1598 :     foreach my $feature (@$target_gene_features){ $all_genes{$feature} = 1}
1599 :    
1600 :     my @coup = $fig->coupling_and_evidence($fid,5000,1e-10,4,1);
1601 :    
1602 :     foreach my $pair (@$coup[0]->[2]){
1603 :     my ($peg1,$peg2) = @$pair;
1604 :     my $location = $fig->feature_location($peg1);
1605 :     my ($pair_contig,$pair_beg,$pair_end,$pair_region_start,$pair_region_stop,$pair_genome);
1606 :     if($location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1607 :     $pair_contig = $1;
1608 :     $pair_beg = $2;
1609 :     $pair_end = $3;
1610 :     if ($pair_beg < $pair_end)
1611 :     {
1612 :     $pair_region_start = $pair_beg - 4000;
1613 :     $pair_region_end = $pair_end+4000;
1614 :     }
1615 :     else
1616 :     {
1617 :     $pair_region_end = $pair_end+4000;
1618 :     $pair_region_start = $pair_beg-4000;
1619 :     }
1620 :    
1621 :     $pair_genome = $fig->genome_of($peg1);
1622 :     $all_genomes{$pair_genome} = 1;
1623 :     my ($pair_features) = $fig->genes_in_region($pair_genome, $pair_contig, $pair_region_start, $pair_region_stop);
1624 :     push(@$all_regions,$pair_features);
1625 :     foreach my $pair_feature (@$pair_features){ $all_genes{$feature} = 1}
1626 :    
1627 :     }
1628 :     }
1629 :    
1630 :     my $bbh_sets = [];
1631 :     my %already;
1632 :     foreach my $gene_key (keys(%all_genes)){
1633 :     if($already{$gene_key}){next;}
1634 :     my $gene_set = [$gene_key];
1635 :     foreach my $genome_key (keys(%all_genomes)){
1636 :     my $return = $fig->bbh_list($genome_key,[$gene_key]);
1637 :     my @$feature_list = $return->{$gene_key};
1638 :     foreach my $fl (@$feature_list){
1639 :     push(@$gene_set,$fl);
1640 :     $already{$fl} = 1;
1641 :     }
1642 :     }
1643 :     $already{$gene_key} = 1;
1644 :     push(@$bbh_sets,$gene_set);
1645 :     }
1646 :    
1647 :     %bbh_set_rank;
1648 :     my $order = 0;
1649 :     foreach my $set (@$bbh_sets){
1650 :     my $count = scalar(@$set);
1651 :     $bbh_rank{$order} = $count;
1652 :     $order++;
1653 :     }
1654 :    
1655 :     my %peg_rank;
1656 :     my $counter = 1;
1657 :     foreach my $bbh_order (sort {$bbh_set_rank{$b} <=> $bbh_set_rank{$a}} keys %bbh_set_rank){
1658 :     my $good_set = @$bbh_sets[$bbh_order];
1659 :     foreach my $peg (@$good_set){
1660 :     $peg_rank{$peg} = $counter;
1661 :     }
1662 :     $counter++;
1663 :     }
1664 :    
1665 :     foreach my $region (@$all_regions){
1666 :     my $sample_peg = @$region[0];
1667 :     my $region_genome = $fig->genome_of($sample_peg);
1668 :     my $region_gs = $fig->genus_species($region_genome);
1669 :     my $line_config = { 'title' => $region_gs,
1670 :     'short_title' => $region_gs,
1671 :     'height' => 30,
1672 :     'basepair_offset' => '0';
1673 :     };
1674 :     my $line_data = [];
1675 :     foreach my $fid (@$region){
1676 :     my $element_hash;
1677 :     my $links_list = [];
1678 :     my $descriptions = [];
1679 :    
1680 :     my $color = $peg_rank{$fid};
1681 :     my $fid_location = $fig->feature_location($fid);
1682 :     if($fid_location =~/(.*)_(\d+)_(\d+)$/){
1683 :     my($start,$stop);
1684 :     if ($2 < $3){$start = $2; $stop = $3;}
1685 :     else{$stop = $2; $start = $3;}
1686 :     $element_hash = {
1687 :     "title" => $fid,
1688 :     "start" => $start,
1689 :     "end" => $stop,
1690 :     "type"=> 'arrow',
1691 :     "color"=> $color,
1692 :     "zlayer" => "2",
1693 :     };
1694 :     push(@$line_data,$element_hash);
1695 :     }
1696 :     }
1697 :     $gd->add_line($line_data, $line_config);
1698 :     }
1699 :     return $gd;
1700 :     }
1701 :    
1702 :    

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