[Bio] / FigKernelPackages / HTML.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/HTML.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.79, Thu Jan 5 18:45:51 2006 UTC revision 1.80, Tue Jan 24 23:09:39 2006 UTC
# Line 995  Line 995 
995          $after = $3;          $after = $3;
996          return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::tigr_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);          return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::tigr_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
997      }      }
998        elsif ($x =~ /^(.*)\beric\|\w+\b(.*)/s)
999        {
1000            $before = $1;
1001            $match = $2;
1002            $after = $3;
1003            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::eric_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
1004        }
1005    
1006        elsif ($x =~ /^(.*)\bbhb\|.*?\b(.*)/s)
1007        {
1008            $before = $1;
1009            $match = $2;
1010            $after = $3;
1011            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::bhb_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
1012        }
1013    
1014        elsif ($x =~ /^(.*)\bapidb\|.*?\..*\b(.*)/s)
1015        {
1016            $before = $1;
1017            $match = $2;
1018            $after = $3;
1019            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::apidb_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
1020        }
1021    
1022        elsif ($x =~ /^(.*)\bpatric\|.*?\b(.*)/s)
1023        {
1024            $before = $1;
1025            $match = $2;
1026            $after = $3;
1027            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::patric_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
1028        }
1029    
1030        elsif ($x =~ /^(.*)\bvbrc\|.*?\b(.*)/s)
1031        {
1032            $before = $1;
1033            $match = $2;
1034            $after = $3;
1035            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::vbrc_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
1036        }
1037    
1038        elsif ($x =~ /^(.*)\bvectorbase\|.*?\b(.*)/s)
1039        {
1040            $before = $1;
1041            $match = $2;
1042            $after = $3;
1043            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::vectorbase_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
1044        }
1045      elsif ($x =~  /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)      elsif ($x =~  /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
1046      {      {
1047          $before = $1;          $before = $1;
# Line 1128  Line 1175 
1175    
1176      if ($tigr =~ /^tigr\|([0-9a-zA-Z]+)$/)      if ($tigr =~ /^tigr\|([0-9a-zA-Z]+)$/)
1177      {      {
1178          return "<a href=\"http://pathema.tigr.org/tigr-scripts/CMR/GenePage.cgi?locus=$1\">$tigr</a>";          return "<a href=\"http://pathema.tigr.org/tigr-scripts/pathema/shared/GenePage.cgi?locus=$1\">$tigr</a>";
1179      }      }
1180      return $tigr;      return $tigr;
1181  }  }
1182    
1183    sub eric_link {
1184        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1185        my($cgi,$eric) = @_;
1186    
1187        if ($eric =~ /^eric\|(\w+)$/)
1188        {
1189            return "<a href=\"https://asap.ahabs.wisc.edu/asap/feature_info.php?FeatureID=$1\">$eric</a>";
1190        }
1191        return $eric;
1192    }
1193    
1194    sub bhb_link {
1195        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1196        my($cgi,$bhb) = @_;
1197    
1198        return "<a href=\"http://www.biohealthbase.org\">$bhb</a>";
1199    }
1200    
1201    sub apidb_link {
1202        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1203        my($cgi,$api) = @_;
1204    
1205        if ($api =~ /apidb\|(.*?)\.(.*)$/)
1206        {
1207            return "<a href=\"http://www.apidb.org/cgi-bin/redirect.cgi?taxon_id=$1&source_id=$2\">$api</a>";
1208        }
1209        return $api;
1210    }
1211    
1212    sub patric_link {
1213        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1214        my($cgi,$patric) = @_;
1215    
1216        if ($patric =~ /patric\|(.*)/)
1217        {
1218            return "<a href=\"https://patric.vbi.vt.edu/software/curationTool/gep/pgiCuration.php?locus_name=$1\">$patric</a>";
1219        }
1220        return $patric;
1221    }
1222    
1223    sub vbrc_link {
1224        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1225        my($cgi,$vbrc) = @_;
1226    
1227        if ($vbrc =~ /vbrc\|(.*)/)
1228        {
1229            return "<a href=\"http://www.biovirus.org/gene_detail.asp?name=$1\">$vbrc</a>";
1230        }
1231        return $vbrc;
1232    }
1233    
1234    sub vectorbase_link {
1235        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1236        my($cgi,$vec) = @_;
1237        return "<a href=\"http://www.vectorbase.org\">$vec</a>";
1238    }
1239    
1240    
1241  sub uni_link {  sub uni_link {
1242      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1243      my($cgi,$uni) = @_;      my($cgi,$uni) = @_;
# Line 1356  Line 1461 
1461      if ($user)      if ($user)
1462      {      {
1463          my $esc_sub = uri_escape( $sub );          my $esc_sub = uri_escape( $sub );
1464            $sub =~ s/\_/ /g;
1465          $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$esc_sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";          $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$esc_sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
1466      }      }
1467      else      else

Legend:
Removed from v.1.79  
changed lines
  Added in v.1.80

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3