[Bio] / FigKernelPackages / HTML.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelPackages/HTML.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.68, Fri Oct 14 14:00:40 2005 UTC revision 1.69, Fri Oct 14 20:24:27 2005 UTC
# Line 915  Line 915 
915          $after = $3;          $after = $3;
916          return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);          return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
917      }      }
918      elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)      elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA][PM]_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
919      {      {
920          $before = $1;          $before = $1;
921          $match = $2;          $match = $2;
# Line 964  Line 964 
964          $after = $3;          $after = $3;
965          return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);          return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
966      }      }
967        elsif ($x =~ /^(.*)(Ensembl[a-zA-Z]+:[a-zA-Z_0-9\.]+)(.*)/s)
968        {
969            $before = $1;
970            $match = $2;
971            $after = $3;
972            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::ensembl_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
973        }
974        elsif ($x =~ /^(.*)(EntrezGene:[a-zA-Z_0-9\.]+)(.*)/s)
975        {
976            $before = $1;
977            $match = $2;
978            $after = $3;
979            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::entrezgene_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
980        }
981        elsif ($x =~ /^(.*)(MIM:[a-zA-Z_0-9\.]+)(.*)/s)
982        {
983            $before = $1;
984            $match = $2;
985            $after = $3;
986            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::mim_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
987        }
988        elsif ($x =~ /^(.*)(UniGene:[a-zA-Z_0-9\.]+)(.*)/s)
989        {
990            $before = $1;
991            $match = $2;
992            $after = $3;
993            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::unigene_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
994        }
995        elsif ($x =~ /^(.*)(IPI:[a-zA-Z_0-9\.]+)(.*)/s)
996        {
997            $before = $1;
998            $match = $2;
999            $after = $3;
1000            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::ipi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
1001        }
1002        elsif ($x =~ /^(.*)(WP:[a-zA-Z_0-9\.]+)(.*)/s)
1003        {
1004            #wormbase
1005    
1006            $before = $1;
1007            $match = $2;
1008            $after = $3;
1009            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::wp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
1010        }
1011        elsif ($x =~ /^(.*)(FB:[a-zA-Z_0-9\.]+)(.*)/s)
1012        {
1013            #flybase
1014    
1015            $before = $1;
1016            $match = $2;
1017            $after = $3;
1018            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fb_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
1019        }
1020        elsif ($x =~ /^(.*)(FlyBaseORFNames:[a-zA-Z_0-9\.]+)(.*)/s)
1021        {
1022            #flybase
1023    
1024            $before = $1;
1025            $match = $2;
1026            $after = $3;
1027            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fborf_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
1028        }
1029        elsif ($x =~ /^(.*)(SGD_LOCUS:[a-zA-Z_0-9\.]+)(.*)/s)
1030        {
1031            #flybase
1032    
1033            $before = $1;
1034            $match = $2;
1035            $after = $3;
1036            return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sgd_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
1037        }
1038      return $x;      return $x;
1039  }  }
1040    
# Line 975  Line 1046 
1046      {      {
1047          return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";          return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
1048      }      }
1049        elsif ($id =~ /^[NXYZA]M_/)
1050        {
1051            return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=nuccore&cmd=search&term=$id>$id</a>";
1052        }
1053  }  }
1054    
1055  sub gi_link {  sub gi_link {
# Line 1043  Line 1118 
1118      return $kegg;      return $kegg;
1119  }  }
1120    
1121    sub ensembl_link {
1122        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1123        my($cgi,$ensembl) = @_;
1124    
1125        if ($ensembl =~ /^(\S+):(\S+)$/)
1126        {
1127            my $what=$1;
1128            my $key=$2;
1129            my $idx="all";
1130            if ($what eq "EnsemblGene") { $idx = "Gene" }
1131            if ($what eq "EnsemblTranscript") { $idx = "all" }
1132            if ($what eq "EnsemblProtein") { $idx = "all" }
1133    
1134            #I really want to get right to the transcript and peptide pages, but
1135            #can't see how to do that without knowing the org name too, which
1136            #I don't know at this point. (ensembl org name, not real org name)
1137    
1138            return "<a href=http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/textview?species=all&idx=$idx&q=$key>$ensembl</a>";
1139        }
1140        return $ensembl;
1141    }
1142    
1143    sub entrezgene_link {
1144        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1145        my($cgi,$entrezgene) = @_;
1146    
1147        if ($entrezgene =~ /^EntrezGene:(\S+)$/)
1148        {
1149            return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=$1>$entrezgene</a>";
1150        }
1151        return $entrezgene;
1152    }
1153    
1154    sub mim_link {
1155        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1156        my($cgi,$mim) = @_;
1157    
1158        if ($mim =~ /^MIM:(\S+)$/)
1159        {
1160            return "<a href=http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/dispomim.cgi?id=$1>$mim</a>";
1161        }
1162        return $mim;
1163    }
1164    
1165    sub unigene_link {
1166        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1167        my($cgi,$unigene) = @_;
1168    
1169        if ($unigene =~ /^UniGene:(\S+)$/)
1170        {
1171            return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=unigene&cmd=search&term=$1>$unigene</a>";
1172        }
1173        return $unigene;
1174    }
1175    
1176    sub ipi_link {
1177        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1178        my($cgi,$ipi) = @_;
1179    
1180        if ($ipi =~ /^IPI:(\S+)$/)
1181        {
1182            return "<a href=http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-id+AEoS1R8Jnn+-e+[IPI:\'$1\']+-qnum+1+-enum+1>$ipi</a>";
1183        }
1184        return $ipi;
1185    }
1186    
1187    sub wp_link {
1188        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1189        my($cgi,$wp) = @_;
1190    
1191        #wormbase
1192    
1193        if ($wp =~ /^WP:(\S+)$/)
1194        {
1195            return "<a href=http://www.wormbase.org/db/searches/basic?class=Any&query=$1&Search=Search>$wp</a>";
1196        }
1197        return $wp;
1198    }
1199    
1200    sub fb_link {
1201        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1202        my($cgi,$fb) = @_;
1203    
1204        #flybase
1205    
1206        if ($fb =~ /^FB:(\S+)$/)
1207        {
1208            return "<a href=http://flybase.bio.indiana.edu/.bin/fbidq.html?$1>$fb</a>";
1209        }
1210        return $fb;
1211    }
1212    
1213    sub fborf_link {
1214        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1215        my($cgi,$fb) = @_;
1216    
1217        #flybase
1218    
1219        if ($fb =~ /^FlyBaseORFNames:(\S+)$/)
1220        {
1221            return "<a href=http://flybase.bio.indiana.edu/.bin/fbidq.html?$1>$fb</a>";
1222        }
1223        return $fb;
1224    }
1225    
1226    sub sgd_link {
1227        shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1228        my($cgi,$sgd) = @_;
1229    
1230        #yeast
1231    
1232        if ($sgd =~ /^SGD_LOCUS:(\S+)$/)
1233        {
1234            return "<a href=http://db.yeastgenome.org/cgi-bin/locus.pl?locus=$1>$sgd</a>";
1235        }
1236        return $sgd;
1237    }
1238    
1239    
1240    
1241    
1242  sub set_map_links {  sub set_map_links {
1243      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1244      my($cgi,$x) = @_;      my($cgi,$x) = @_;
# Line 1060  Line 1256 
1256      return $x;      return $x;
1257  }  }
1258    
1259    
1260    
1261  sub map_link {  sub map_link {
1262      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);      shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
1263      my($cgi,$map,$org) = @_;      my($cgi,$map,$org) = @_;

Legend:
Removed from v.1.68  
changed lines
  Added in v.1.69

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3