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Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

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Revision 1.53 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 : parrello 1.49 use Tracer;
4 : olson 1.25 use FIG;
5 : efrank 1.1 use Carp;
6 :     use Data::Dumper;
7 :     use LWP::UserAgent;
8 :     use LWP::Simple;
9 : golsen 1.41 use URI::Escape; # uri_escape()
10 : efrank 1.1 use URI::URL;
11 :     use HTTP::Request::Common;
12 : olson 1.16 use POSIX;
13 : efrank 1.1
14 : olson 1.31 sub new
15 :     {
16 :     my($class) = @_;
17 :    
18 :     my $self = {};
19 :    
20 :     return bless $self, $class;
21 :     }
22 :    
23 : olson 1.25 sub compute_html_header
24 :     {
25 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
26 : olson 1.42 my($additional_insert, $user, %options ) = @_;
27 :    
28 :     my $header_name = $options{header_name} ? $options{header_name} : "html.hdr";
29 :     my $tail_name = $options{tail_name} ? $options{tail_name} : "html.tail";
30 :    
31 :     my $html_hdr_file = "./Html/$header_name";
32 : olson 1.2 if (! -f $html_hdr_file)
33 :     {
34 : parrello 1.49 $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/$header_name";
35 : olson 1.2 }
36 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
37 : olson 1.42
38 :     $options{no_fig_search} or push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
39 : overbeek 1.18
40 : olson 1.15 if (@html_hdr)
41 :     {
42 : parrello 1.49 my $insert_stuff;
43 : olson 1.42
44 : parrello 1.49 if (not $options{no_release_info})
45 :     {
46 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
47 :     my $ver = $ver[0];
48 :     chomp $ver;
49 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
50 :     {
51 :     my $d = asctime(localtime($1));
52 :     chomp($d);
53 :     $ver .= " ($d)";
54 :     }
55 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
56 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
57 :     }
58 :    
59 :     if ($additional_insert)
60 :     {
61 :     $insert_stuff .= "<br>" . $additional_insert;
62 :     }
63 :    
64 :     for $_ (@html_hdr)
65 :     {
66 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
67 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
68 :     {
69 :     $_ = $insert_stuff;
70 :     }
71 :     }
72 : olson 1.15 }
73 :    
74 : olson 1.25 return @html_hdr;
75 :     }
76 :    
77 :     sub show_page {
78 : efrank 1.32 #warn "SHOWPAGE: cgi=", Dumper(@_);
79 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
80 : redwards 1.38 my($cgi,$html,$no_home, $alt_header, $css, $javasrc) = @_;
81 : olson 1.25 my $i;
82 :    
83 : redwards 1.34 # ARGUMENTS:
84 :     # $cgi is the CGI method
85 :     # $html is an array with all the html in it. It is just joined by "\n" (and not <br> or <p>
86 : redwards 1.35 # $no_home eliminates ONLY the bottom FIG search link in a page
87 : parrello 1.49 # $alt_header is a reference to an array for an alternate header banner that you can replace the standard one with
88 : redwards 1.34 # $css is a reference to a hash. The key is the name of the CSS sheet and the value is the URL of that sheet. Note the usual rules about relative css urls
89 :     # the sheet named "Default" is considered to be the default style sheet, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/default.css
90 :     # the sheet named "Sans Serif" is considered to the the first alternate, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/sanserif.css
91 : parrello 1.49 # $javasrc is a reference to an array of URLs to javascripts to be included (e.g. "/FIG/Html/css/styleswitcher.js")
92 : olson 1.25 #
93 :     # Find the HTML header
94 :     #
95 :    
96 : olson 1.42 my $html_tail_file = "./Html/$tail_name";
97 : olson 1.25 if (! -f $html_tail_file)
98 :     {
99 : parrello 1.49 $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/$tail_name";
100 : olson 1.25 }
101 :    
102 : overbeek 1.33 my $user = $cgi->param('user') || "";
103 : redwards 1.35 my @html_hdr;
104 : redwards 1.39 if ($alt_header && ref($alt_header) eq "ARRAY")
105 : redwards 1.35 {
106 :     @html_hdr = @$alt_header;
107 :     }
108 :     else
109 :     {
110 :     @html_hdr = compute_html_header(undef,$user);
111 :     }
112 : olson 1.25
113 : olson 1.2
114 : efrank 1.1 print $cgi->header;
115 : golsen 1.5
116 :     #
117 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
118 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
119 :     # missing ones.
120 : golsen 1.5 #
121 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
122 : golsen 1.5 #
123 :    
124 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
125 :     basefont => 1,
126 :     html => 1,
127 :     isindex => 1,
128 :     link => 1,
129 :     meta => 1,
130 :     nextid => 1,
131 :     style => 1,
132 :     title => 1
133 :     );
134 :    
135 :     #
136 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
137 :     #
138 :    
139 :     my %body_tag = ( a => 1,
140 :     br => 1,
141 :     center => 1,
142 :     form => 1,
143 :     h1 => 1,
144 :     h2 => 1,
145 :     h3 => 1,
146 :     hr => 1,
147 :     img => 1,
148 :     p => 1,
149 :     pre => 1,
150 :     table => 1
151 :     );
152 :    
153 :     my $html_line = -1;
154 :     my $head_line = -1;
155 :     my $base_line = -1;
156 :     my $head_end_line = -1;
157 :     my $body_line = -1;
158 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
159 :     my $done = 0;
160 :    
161 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
162 :     {
163 : parrello 1.49 # Some special cases:
164 : golsen 1.6
165 : parrello 1.49 if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
166 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
167 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
168 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
169 :    
170 :     # The content goes after this line:
171 :    
172 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
173 :     {
174 :     $body_line = $i;
175 :     $last;
176 :     }
177 :    
178 :     # Now the general case.
179 :     # Analyze all the html tags on the line:
180 :    
181 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
182 :     {
183 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
184 :     # after the last line with a head tag:
185 :    
186 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
187 :     {
188 :     $done = 1;
189 :     last;
190 :     }
191 :    
192 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
193 :    
194 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
195 :     {
196 :     $last_head_line = $i;
197 :     }
198 :     }
199 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
200 : efrank 1.1 }
201 : golsen 1.6
202 :     # Some sanity checks on structure:
203 :    
204 :     if ( 1 )
205 : efrank 1.1 {
206 : parrello 1.49 if ( $html_line >= 0 )
207 :     {
208 :     if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
209 :     {
210 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
211 :     }
212 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
213 :     {
214 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
215 :     }
216 :     }
217 :     if ( $head_line >= 0 )
218 :     {
219 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
220 :     {
221 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
222 :     }
223 :     }
224 : efrank 1.1 }
225 :    
226 : golsen 1.6 #
227 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
228 :     #
229 :     # <BODY> goes after last head line
230 :     #
231 : redwards 1.34 # RAE:
232 :     # Added the javascript for the buttons immediately after body.
233 : redwards 1.20 # Note if no buttons are added we still (at the moment) add the script,
234 :     # but it only adds a little text (495 characters) to the html and noone will notice!
235 : redwards 1.46 # RAE: This is now deprecated because everything is in an external file, FIG.js, included later
236 : golsen 1.6
237 :     if ( $body_line < 0 )
238 :     {
239 : parrello 1.49 $body_line = $last_head_line + 1;
240 :     splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n" );
241 : golsen 1.6 }
242 :    
243 :     #
244 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
245 :     #
246 :    
247 : olson 1.15 if (@html_hdr)
248 : golsen 1.6 {
249 : parrello 1.49 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
250 : golsen 1.6 }
251 :    
252 :     #
253 :     # </HEAD> goes before <BODY>
254 :     #
255 :    
256 :     if ( $head_end_line < 0 )
257 :     {
258 : parrello 1.49 $head_end_line = $body_line;
259 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
260 : golsen 1.6 }
261 :    
262 : redwards 1.34 # RAE:
263 :     # Add css here
264 : golsen 1.40 # Note that at the moment I define these two sheets here. I think this should
265 :     # be moved out, but I want to try it and see what happens. css has the format:
266 :     #
267 : redwards 1.34 # <link rel='stylesheet' title='default' href='/css/default.css' type='text/css'>
268 : golsen 1.40
269 : redwards 1.35 # convert the default key to the right case. and eliminate dups
270 :     foreach my $k (keys %$css) {if (lc($k) eq "default") {$css->{'Default'}=$css->{$k}}}
271 : golsen 1.40
272 : redwards 1.34 if (!$css || !$css->{'Default'})
273 :     {
274 : olson 1.51 $css->{'Default'} = &FIG::cgi_url() . "/Html/css/default.css";
275 : redwards 1.34 }
276 :     if (!$css->{"Sans Serif"})
277 :     {
278 : olson 1.51 $css->{'Sans Serif'} = &FIG::cgi_url() . "/Html/css/sanserif.css";
279 : redwards 1.34 }
280 :     my $csstext = "<link rel='stylesheet' title='default' href='".$css->{'Default'}."' type='text/css'>\n";
281 :     $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='Sans Serif' href='".$css->{'Sans Serif'}."' type='text/css'>\n";
282 :    
283 :     foreach my $k (keys %$css)
284 :     {
285 :     next if (lc($k) eq "default" || lc($k) eq "sans serif");
286 : redwards 1.38 $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='$k' href='".$css->{$k}."' type='text/css'>\n";
287 :     }
288 :    
289 :    
290 :     # RAE: also added support for external javascripts here.
291 :     # we are cluttering the HTML code with all the javascripts when they could easily be in external files
292 :     # this solution allows us to source other files
293 :    
294 : redwards 1.46 # the file FIG.js contains most of the java script we use routinely. Every browser will just cache this and so
295 :     # it will reduce our overhead.
296 :    
297 : redwards 1.38 # $javasrc must be a ref to an array with urls (absolute or relative) to the javascripts
298 : olson 1.51 push @$javasrc, &FIG::cgi_url() . "/Html/css/FIG.js";
299 : redwards 1.46 foreach my $script (@$javasrc) {
300 : parrello 1.49 $csstext .= "<script src=\"$script\" type=\"text/javascript\"></script>\n";
301 : redwards 1.34 }
302 : redwards 1.38
303 :    
304 :    
305 : redwards 1.34 splice( @$html, $head_end_line, 1, "$csstext</HEAD>\n" ); # note here I am replacing the </head> line. Could be bad...? But it doesn't increment everything else.
306 :    
307 : golsen 1.6 #
308 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
309 :     #
310 :    
311 :     if ( $base_line < 0 )
312 :     {
313 : parrello 1.49 #
314 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
315 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
316 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
317 :     # from $cgi_url. -- GJO
318 :     #
319 :     # BASE href needs to be absolute. RDO.
320 :     #
321 :     #
322 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
323 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
324 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
325 :     # {
326 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
327 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
328 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
329 :     # }
330 : golsen 1.6
331 : parrello 1.49 $base_line = $head_end_line;
332 :     splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
333 : golsen 1.6 }
334 :    
335 :     #
336 :     # <HTML> goes at the top of the output
337 :     #
338 :    
339 :     if ( $html_line < 0 )
340 :     {
341 : parrello 1.49 $html_line = 0;
342 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
343 : golsen 1.6 }
344 :    
345 :     #
346 :     # <HEAD> goes after <HTML>
347 :     #
348 :    
349 :     if ( $head_line < 0 )
350 :     {
351 : parrello 1.49 $head_line = $html_line + 1;
352 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
353 : golsen 1.6 }
354 :    
355 :     #
356 :     # Place FIG search link at bottom of page
357 :     #
358 :    
359 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
360 : efrank 1.1 if (! $no_home)
361 :     {
362 : parrello 1.49 my $user = $cgi->param('user') || "";
363 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
364 : efrank 1.1 }
365 :    
366 : golsen 1.6 #
367 : olson 1.21 # See if we have a site-specific tail (for disclaimers, etc).
368 :     #
369 :    
370 :     my $site_tail = "$FIG_Config::fig_disk/config/site_tail.html";
371 :     my $site_fh;
372 :     if (open($site_fh, "<$site_tail"))
373 :     {
374 : parrello 1.49 push(@tail, <$site_fh>);
375 :     close($site_fh);
376 : olson 1.21 }
377 :    
378 :     #
379 : golsen 1.6 # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
380 :     # or before </html>, or at end of page.
381 :     #
382 :     my @tags = ();
383 : parrello 1.49 # Check for a tracing queue.
384 :     my $traceString = QTrace("HTML");
385 :     if ($traceString) {
386 :     push @tags, $traceString;
387 :     }
388 : golsen 1.6 for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
389 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
390 : efrank 1.1 {
391 : parrello 1.49 push @tags, "\n</BODY>\n";
392 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
393 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
394 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
395 :     {
396 :     push @tags, "</HTML>\n";
397 :     }
398 : efrank 1.1 }
399 : golsen 1.6
400 :     if ( @tail )
401 :     {
402 : parrello 1.49 splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
403 : golsen 1.6 }
404 :     elsif ( @tags )
405 :     {
406 : parrello 1.49 splice( @$html, $i, 0, @tags );
407 : golsen 1.6 }
408 :    
409 : golsen 1.40 # RAE the chomp will return any new lines at the ends of elements in the array,
410 :     # and then we can join with a "\n". This is because somethings put newlines in,
411 :     # and others don't. This should make nicer looking html
412 :     #
413 :     # chomp(@$html);
414 :     # print join "\n", @$html;
415 :     #
416 :     # Apparently the above still breaks things. This is the correct code:
417 : redwards 1.37
418 : overbeek 1.43 foreach $_ (@$html)
419 :     {
420 : parrello 1.49 print $_;
421 : overbeek 1.43 }
422 : parrello 1.49
423 : efrank 1.1 }
424 :    
425 :     sub make_table {
426 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
427 : efrank 1.1 my(@tab);
428 :    
429 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
430 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
431 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
432 : olson 1.27 "\t<tr>\n\t\t"
433 :     . join( "\n", map { &expand($_, "th") } @$col_hdrs )
434 :     . "\n\t</tr>\n"
435 : golsen 1.6 );
436 : overbeek 1.9 my($i);
437 : efrank 1.1
438 : overbeek 1.3 my $row;
439 :     foreach $row (@$tab)
440 : efrank 1.1 {
441 : parrello 1.49 push( @tab, "\t<tr>\n"
442 :     . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
443 :     . "\n\t</tr>\n"
444 :     );
445 : efrank 1.1 }
446 :     push(@tab,"</table>\n");
447 :     return join("",@tab);
448 :     }
449 :    
450 : overbeek 1.3 sub expand {
451 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
452 : golsen 1.40 my( $x, $tag ) = @_;
453 :    
454 : olson 1.27 $tag = "td" unless $tag;
455 : golsen 1.40 my $endtag = $tag;
456 :    
457 :     # RAE modified this so that you can pass in a reference to an array where
458 :     # the first element is the data to display and the second element is optional
459 :     # things like colspan and align. Note that in this case you need to include the td
460 : redwards 1.30 # use something like ["some data to appear", "td colspan=4 bgcolor=gray"]
461 : overbeek 1.3
462 : redwards 1.47 # per GJO's request modified this line so it can take any tag.
463 :     if ( ref($x) eq "ARRAY" ) { ($x, $tag) = @$x; $tag =~ /^(\S+)/; $endtag = $1 }
464 : golsen 1.40
465 :     if ( $x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/ )
466 : overbeek 1.3 {
467 : parrello 1.49 return "\t\t<$tag $1>$2</$endtag>";
468 : overbeek 1.3 }
469 :     else
470 :     {
471 : parrello 1.49 return "\t\t<$tag>$x</$endtag>";
472 : overbeek 1.3 }
473 :     }
474 :    
475 : redwards 1.47
476 :     sub merge_table_rows {
477 :     # RAE:
478 :     # Experimental piece of code. We often want to have rows or columns were cells are merged. It just looks so much nicer
479 :     # this block should merge adjacent rows that have the same text in them.
480 :     # use like this:
481 :     # $tab=&HTML::merge_table_rows($tab);
482 :     # before you do a make_table call
483 :    
484 :     my $self=shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
485 :     my ($tab)=@_;
486 :    
487 :     my $newtable;
488 :     my $lastrow;
489 :     my $rowspan;
490 :     my $refs;
491 :    
492 :     for (my $y=0; $y <= $#$tab; $y++) {
493 :     #$y is the row in the table;
494 :     for (my $x=0; $x <= $#{$tab->[$y]}; $x++) {
495 :     #$x is the column in the table
496 :     # if the column in the row we are looking at is the same as the column in the previous row, we don't add
497 :     # this cell to $newtable. Instead we increment the rowspan of the previous row by one
498 :    
499 :     # handle cells that are references to arrays
500 :     if (ref($tab->[$y]->[$x]) eq "ARRAY") {$refs->[$y]->[$x]=$tab->[$y]->[$x]->[1]; $tab->[$y]->[$x]=$tab->[$y]->[$x]->[0]}
501 :    
502 :     # now we go back through the table looking where to draw the merge line:
503 :     my $lasty=$y;
504 : redwards 1.52 while ($lasty >= 0 && $tab->[$y]->[$x] eq $tab->[$lasty]->[$x]) {$lasty--}
505 : redwards 1.47 $lasty++; # this is the last identical cell. If lasty==y it is the current cell, so we just save the data. Otherwise we increment the rowspan
506 :     if ($lasty == $y) {
507 :     # we always want to have something in rows that may otherwise be empty but should be there (see below)
508 :     unless ($tab->[$y]->[$x]) {$tab->[$y]->[$x]=" &nbsp; "}
509 :     $newtable->[$y]->[$x] = $tab->[$y]->[$x];
510 :     }
511 :     else {$rowspan->[$lasty]->[$x]++}
512 :     }
513 :     }
514 :    
515 :     # now just join everything back together
516 :     for (my $y=0; $y <= $#$tab; $y++) {
517 :     for (my $x=0; $x <= $#{$tab->[$y]}; $x++) {
518 :     if ($rowspan->[$y]->[$x]) {
519 :     if ($refs->[$y]->[$x]) {$refs->[$y]->[$x] .= " rowspan=". ($rowspan->[$y]->[$x]+1)}
520 :     else {$refs->[$y]->[$x] = "td rowspan=". ($rowspan->[$y]->[$x]+1)}
521 :     $newtable->[$y]->[$x]=[$newtable->[$y]->[$x], $refs->[$y]->[$x]];
522 :     }
523 :     elsif ($newtable->[$y]->[$x] && $refs->[$y]->[$x]) {
524 :     $newtable->[$y]->[$x]=[$newtable->[$y]->[$x], $refs->[$y]->[$x]];
525 :     }
526 :     }
527 :     }
528 :    
529 :    
530 :     # finally we have to remove any completely empty cells that have been added by the array mechanism
531 :     # (e.g. if you define $a->[2] then $a->[0] and $a->[1] are now undef).
532 :     # that is why in the loop above I replace empty cells with nbsp. They are now not undef!
533 :     # I am sure that Gary can do this in one line, but I am hacking.
534 :     my @trimmed;
535 :     foreach my $a (@$newtable) {
536 :     my @row;
537 :     foreach my $b (@$a) {
538 :     push @row, $b if ($b);
539 :     }
540 :     push @trimmed, \@row;
541 :     }
542 :    
543 :     return \@trimmed;
544 :     }
545 :    
546 :    
547 :    
548 :    
549 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
550 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
551 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
552 :     my($before,$match,$after);
553 :    
554 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
555 :     {
556 : parrello 1.49 $before = $1;
557 :     $match = $2;
558 :     $after = $3;
559 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
560 : overbeek 1.11 }
561 :     return $x;
562 :     }
563 :    
564 : efrank 1.1 sub ec_link {
565 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
566 : efrank 1.1 my($role) = @_;
567 :    
568 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
569 :     {
570 : parrello 1.49 return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
571 : efrank 1.1 }
572 :     else
573 :     {
574 : parrello 1.49 return $role;
575 : efrank 1.1 }
576 :     }
577 :    
578 :     sub role_link {
579 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
580 : efrank 1.1 my($cgi,$role) = @_;
581 :    
582 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
583 :     my $user = $cgi->param('user');
584 :     if (! $user) { $user = "" }
585 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
586 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
587 :     return "<a href=$link>$role</a>";
588 :     }
589 :    
590 : olson 1.13 #
591 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
592 :     # text of the link.
593 :     #
594 : efrank 1.1 sub fid_link {
595 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
596 : efrank 1.1 my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
597 :     my($n);
598 :    
599 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
600 :     {
601 : parrello 1.49 if ($local)
602 :     {
603 :     if ($1 eq "peg")
604 :     {
605 :     $n = $2;
606 :     }
607 :     else
608 :     {
609 :     $n = "$1.$2";
610 :     }
611 :     }
612 :     else
613 :     {
614 :     $n = $fid;
615 :     }
616 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
617 :     my $user = $cgi->param('user');
618 :     if (! $user) { $user = "" }
619 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
620 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? "&SPROUT=1" : "";
621 :     my $link = &FIG::cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid&user=$user$trans$sprout";
622 :     $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
623 :     #
624 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
625 :     #
626 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
627 :    
628 :     if ($just_url)
629 :     {
630 :     return $link;
631 :     }
632 :     else
633 :     {
634 :     return "<a href=$link>$n</a>";
635 :     }
636 : efrank 1.1 }
637 :     return $fid;
638 :     }
639 :    
640 :     sub family_link {
641 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
642 : efrank 1.1 my($family,$user) = @_;
643 :    
644 :     return $family;
645 :     }
646 :    
647 :    
648 :     sub get_html {
649 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
650 : efrank 1.1 my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
651 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
652 :    
653 :     $ua = new LWP::UserAgent;
654 :     $ua->timeout( 900 );
655 :     if ($type =~/post/i)
656 :     {
657 : parrello 1.49 $args = [];
658 :     foreach $x (@$kv_pairs)
659 :     {
660 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
661 :     }
662 :     my $request = POST $url, $args;
663 :     my $response = $ua->request($request);
664 :     $out = $response->content;
665 : efrank 1.1 }
666 :     else
667 :     {
668 : parrello 1.49 @args = ();
669 :     foreach $x (@$kv_pairs)
670 :     {
671 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
672 :     }
673 :    
674 :     if (@args > 0)
675 :     {
676 :     $url .= "?" . join("&",@args);
677 :     }
678 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
679 :     my $response = $ua->request($request);
680 :    
681 :     if ($response->is_success)
682 :     {
683 :     $out = $response->content;
684 :     }
685 :     else
686 :     {
687 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
688 :     }
689 : efrank 1.1 }
690 :     # set up a document with proper eol characters
691 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
692 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
693 :    
694 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
695 :     # properly. Remove the header.
696 :    
697 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
698 :     if ($i < @output)
699 :     {
700 : parrello 1.49
701 :     splice(@output,0,$i);
702 : efrank 1.1 }
703 :    
704 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
705 :     if ($i == @output)
706 :     {
707 : parrello 1.49 $i = -1;
708 : efrank 1.1 }
709 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
710 :     return @output;
711 :     }
712 :    
713 :     sub trim_output {
714 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
715 : efrank 1.1 my($out) = @_;
716 :     my $i;
717 :    
718 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
719 :     splice(@$out,0,$i);
720 :    
721 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
722 :     if ($i == @$out)
723 :     {
724 : parrello 1.49 for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
725 :     if ($i == @$out)
726 :     {
727 :     $i = -1;
728 :     }
729 : efrank 1.1 }
730 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
731 :     if ($j < @$out)
732 :     {
733 : parrello 1.49 splice(@$out,$i+1,($j-$i));
734 : efrank 1.1 }
735 :    
736 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
737 :     if ($i == @$out)
738 :     {
739 : parrello 1.49 for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
740 : efrank 1.1 }
741 :    
742 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
743 :     if ($j > 0)
744 :     {
745 : parrello 1.49 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
746 :     my $n = @tmp;
747 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
748 : efrank 1.1 }
749 :     }
750 :    
751 :     sub set_prot_links {
752 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
753 : efrank 1.1 my($cgi,$x) = @_;
754 :     my($before,$match,$after);
755 :    
756 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
757 : efrank 1.1 {
758 : parrello 1.49 $before = $1;
759 :     $match = $2;
760 :     $after = $3;
761 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
762 : efrank 1.1 }
763 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
764 :     {
765 : parrello 1.49 $before = $1;
766 :     $match = $2;
767 :     $after = $3;
768 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
769 : overbeek 1.19 }
770 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
771 : efrank 1.1 {
772 : parrello 1.49 $before = $1;
773 :     $match = $2;
774 :     $after = $3;
775 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
776 : efrank 1.1 }
777 : overbeek 1.44 elsif ($x =~ /^(.*)(tigr\|[0-9a-zA-Z]+)(.*)/s)
778 :     {
779 : parrello 1.49 $before = $1;
780 :     $match = $2;
781 :     $after = $3;
782 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::tigr_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
783 : overbeek 1.44 }
784 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
785 :     {
786 : parrello 1.49 $before = $1;
787 :     $match = $2;
788 :     $after = $3;
789 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
790 : overbeek 1.14 }
791 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
792 : efrank 1.1 {
793 : parrello 1.49 $before = $1;
794 :     $match = $2;
795 :     $after = $3;
796 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
797 : efrank 1.1 }
798 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
799 : efrank 1.1 {
800 : parrello 1.49 $before = $1;
801 :     $match = $2;
802 :     $after = $3;
803 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
804 : efrank 1.1 }
805 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
806 :     {
807 : parrello 1.49 $before = $1;
808 :     $match = $2;
809 :     $after = $3;
810 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
811 : overbeek 1.12 }
812 : efrank 1.1 return $x;
813 :     }
814 :    
815 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
816 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
817 : overbeek 1.19 my($cgi,$id) = @_;
818 :    
819 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
820 :     {
821 : parrello 1.49 return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
822 : overbeek 1.19 }
823 :     }
824 :    
825 : efrank 1.1 sub gi_link {
826 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
827 : efrank 1.1 my($cgi,$gi) = @_;
828 :    
829 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
830 :     {
831 : parrello 1.49 return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
832 : efrank 1.1 }
833 :     return $gi;
834 :     }
835 :    
836 : overbeek 1.44 sub tigr_link {
837 :     shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
838 :     my($cgi,$tigr) = @_;
839 :    
840 :     if ($tigr =~ /^tigr\|([0-9a-zA-Z]+)$/)
841 :     {
842 : parrello 1.49 return "<a href=\"http://pathema.tigr.org/tigr-scripts/CMR/GenePage.cgi?locus=$1\">$tigr</a>";
843 : overbeek 1.44 }
844 :     return $tigr;
845 :     }
846 :    
847 : overbeek 1.14 sub uni_link {
848 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
849 : overbeek 1.14 my($cgi,$uni) = @_;
850 :    
851 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
852 :     {
853 : parrello 1.49 return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
854 : overbeek 1.14 }
855 :     return $uni;
856 :     }
857 :    
858 : efrank 1.1 sub sp_link {
859 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
860 : efrank 1.1 my($cgi,$sp) = @_;
861 :    
862 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
863 :     {
864 : parrello 1.49 return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
865 : efrank 1.1 }
866 :     return $sp;
867 :     }
868 :    
869 :     sub pir_link {
870 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
871 : efrank 1.1 my($cgi,$pir) = @_;
872 :    
873 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
874 :     {
875 : parrello 1.49 return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
876 : efrank 1.1 }
877 :     return $pir;
878 :     }
879 :    
880 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
881 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
882 : overbeek 1.12 my($cgi,$kegg) = @_;
883 :    
884 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
885 :     {
886 : parrello 1.49 return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
887 : overbeek 1.12 }
888 :     return $kegg;
889 :     }
890 :    
891 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
892 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
893 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
894 :     my($before,$match,$after);
895 : efrank 1.1
896 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
897 :    
898 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
899 :     {
900 : parrello 1.49 $before = $1;
901 :     $match = $2;
902 :     $after = $3;
903 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
904 : overbeek 1.11 }
905 :     return $x;
906 :     }
907 :    
908 :     sub map_link {
909 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
910 : overbeek 1.11 my($cgi,$map,$org) = @_;
911 :    
912 :     $user = $cgi->param('user');
913 :     $user = $user ? $user : "";
914 :     $org = $org ? $org : "";
915 : olson 1.51
916 :     my $url = &FIG::cgi_url() . "/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
917 : overbeek 1.11 my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
918 :     return $link;
919 :     }
920 : redwards 1.20
921 :     sub java_buttons {
922 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
923 : redwards 1.20 ## ADDED BY RAE
924 :     # Provides code to include check all/first half/second half/none for javascrspt
925 :     # this takes two variables - the form name provided in start_form with the
926 :     # -name => field and the checkbox name
927 :     my ($form, $button)=@_;
928 :    
929 :     $java_script="<input type=\"button\" name=\"CheckAll\" value=\"Check All\"\nonClick=\"checkAll(document.$form.$button)\">\n";
930 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckFirst\" value=\"Check First Half\"\nonClick=\"checkFirst(document.$form.$button)\">\n";
931 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckSecond\" value=\"Check Second Half\"\nonClick=\"checkSecond(document.$form.$button)\">\n";
932 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"UnCheckAll\" value=\"Uncheck All\"\nonClick=\"uncheckAll(document.$form.$button)\">\n";
933 : parrello 1.49
934 : redwards 1.20 return $java_script;
935 :     }
936 :    
937 : overbeek 1.22 sub sub_link {
938 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
939 : overbeek 1.22 my($cgi,$sub) = @_;
940 :     my($sub_link);
941 :    
942 :     my $user = $cgi->param('user');
943 :     if ($user)
944 :     {
945 : parrello 1.49 my $esc_sub = uri_escape( $sub );
946 :     $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$esc_sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
947 : overbeek 1.22 }
948 :     else
949 :     {
950 : parrello 1.49 $sub_link = $sub;
951 : overbeek 1.22 }
952 :     return $sub_link;
953 :     }
954 :    
955 : overbeek 1.50 sub reaction_link {
956 :     my($reaction) = @_;
957 :    
958 :     if ($reaction =~ /^R\d+/)
959 :     {
960 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?rn+$reaction\" target=reaction$$>$reaction</a>";
961 :     }
962 :     return $reaction;
963 :     }
964 :    
965 : overbeek 1.53 sub html_for_assignments {
966 :     my($fig,$user,$peg_sets) = @_;
967 :     my $i;
968 :    
969 :     my @vals = ();
970 :     my $set = 1;
971 :     foreach $peg_set (@$peg_sets)
972 :     {
973 :     for ($i=0; ($i < @$peg_set); $i++)
974 :     {
975 :     $peg = $peg_set->[$i];
976 :     push(@vals,'show=' . join("@",($set,$i+1,$peg,&FIG::abbrev($fig->org_of($peg)),"")));
977 :     }
978 :     $set++;
979 :     }
980 :    
981 :     $ENV{'REQUEST_METHOD'} = 'GET';
982 :     $ENV{'QUERY_STRING'} = join('&',('request=show_commentary',"uni=1","user=$user",@vals));
983 :     my $out = join("",`$FIG_Config::fig/CGI/chromosomal_clusters.cgi`);
984 :     $out =~ s/^.*?<form/<form/si;
985 :     $out =~ s/^(.*)<table.*/$1/si;
986 :     return $out;
987 :     }
988 :    
989 : efrank 1.1 1

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