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Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

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Revision 1.46 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 : olson 1.25 use FIG;
4 : efrank 1.1 use Carp;
5 :     use Data::Dumper;
6 :     use LWP::UserAgent;
7 :     use LWP::Simple;
8 : golsen 1.41 use URI::Escape; # uri_escape()
9 : efrank 1.1 use URI::URL;
10 :     use HTTP::Request::Common;
11 : olson 1.16 use POSIX;
12 : efrank 1.1
13 : olson 1.31 sub new
14 :     {
15 :     my($class) = @_;
16 :    
17 :     my $self = {};
18 :    
19 :     return bless $self, $class;
20 :     }
21 :    
22 : olson 1.25 sub compute_html_header
23 :     {
24 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
25 : olson 1.42 my($additional_insert, $user, %options ) = @_;
26 :    
27 :     my $header_name = $options{header_name} ? $options{header_name} : "html.hdr";
28 :     my $tail_name = $options{tail_name} ? $options{tail_name} : "html.tail";
29 :    
30 :     my $html_hdr_file = "./Html/$header_name";
31 : olson 1.2 if (! -f $html_hdr_file)
32 :     {
33 : olson 1.42 $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/$header_name";
34 : olson 1.2 }
35 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
36 : olson 1.42
37 :     $options{no_fig_search} or push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
38 : overbeek 1.18
39 : olson 1.15 if (@html_hdr)
40 :     {
41 :     my $insert_stuff;
42 : olson 1.42
43 :     if (not $options{no_release_info})
44 :     {
45 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
46 :     my $ver = $ver[0];
47 :     chomp $ver;
48 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
49 :     {
50 :     my $d = asctime(localtime($1));
51 :     chomp($d);
52 :     $ver .= " ($d)";
53 :     }
54 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
55 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
56 : olson 1.15 }
57 : olson 1.42
58 : olson 1.26 if ($additional_insert)
59 :     {
60 :     $insert_stuff .= "<br>" . $additional_insert;
61 :     }
62 : olson 1.15
63 :     for $_ (@html_hdr)
64 :     {
65 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
66 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
67 :     {
68 :     $_ = $insert_stuff;
69 :     }
70 :     }
71 :     }
72 :    
73 : olson 1.25 return @html_hdr;
74 :     }
75 :    
76 :     sub show_page {
77 : efrank 1.32 #warn "SHOWPAGE: cgi=", Dumper(@_);
78 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
79 : redwards 1.38 my($cgi,$html,$no_home, $alt_header, $css, $javasrc) = @_;
80 : olson 1.25 my $i;
81 :    
82 : redwards 1.34 # ARGUMENTS:
83 :     # $cgi is the CGI method
84 :     # $html is an array with all the html in it. It is just joined by "\n" (and not <br> or <p>
85 : redwards 1.35 # $no_home eliminates ONLY the bottom FIG search link in a page
86 :     # $alt_header is a reference to an array for an alternate header banner that you can replace the standard one with
87 : redwards 1.34 # $css is a reference to a hash. The key is the name of the CSS sheet and the value is the URL of that sheet. Note the usual rules about relative css urls
88 :     # the sheet named "Default" is considered to be the default style sheet, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/default.css
89 :     # the sheet named "Sans Serif" is considered to the the first alternate, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/sanserif.css
90 : redwards 1.38 # $javasrc is a reference to an array of URLs to javascripts to be included (e.g. "/FIG/Html/css/styleswitcher.js")
91 : olson 1.25 #
92 :     # Find the HTML header
93 :     #
94 :    
95 : olson 1.42 my $html_tail_file = "./Html/$tail_name";
96 : olson 1.25 if (! -f $html_tail_file)
97 :     {
98 : olson 1.42 $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/$tail_name";
99 : olson 1.25 }
100 :    
101 : overbeek 1.33 my $user = $cgi->param('user') || "";
102 : redwards 1.35 my @html_hdr;
103 : redwards 1.39 if ($alt_header && ref($alt_header) eq "ARRAY")
104 : redwards 1.35 {
105 :     @html_hdr = @$alt_header;
106 :     }
107 :     else
108 :     {
109 :     @html_hdr = compute_html_header(undef,$user);
110 :     }
111 : olson 1.25
112 : olson 1.2
113 : efrank 1.1 print $cgi->header;
114 : golsen 1.5
115 :     #
116 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
117 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
118 :     # missing ones.
119 : golsen 1.5 #
120 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
121 : golsen 1.5 #
122 :    
123 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
124 :     basefont => 1,
125 :     html => 1,
126 :     isindex => 1,
127 :     link => 1,
128 :     meta => 1,
129 :     nextid => 1,
130 :     style => 1,
131 :     title => 1
132 :     );
133 :    
134 :     #
135 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
136 :     #
137 :    
138 :     my %body_tag = ( a => 1,
139 :     br => 1,
140 :     center => 1,
141 :     form => 1,
142 :     h1 => 1,
143 :     h2 => 1,
144 :     h3 => 1,
145 :     hr => 1,
146 :     img => 1,
147 :     p => 1,
148 :     pre => 1,
149 :     table => 1
150 :     );
151 :    
152 :     my $html_line = -1;
153 :     my $head_line = -1;
154 :     my $base_line = -1;
155 :     my $head_end_line = -1;
156 :     my $body_line = -1;
157 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
158 :     my $done = 0;
159 :    
160 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
161 :     {
162 :     # Some special cases:
163 :    
164 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
165 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
166 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
167 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
168 :    
169 :     # The content goes after this line:
170 :    
171 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
172 :     {
173 :     $body_line = $i;
174 :     $last;
175 :     }
176 :    
177 :     # Now the general case.
178 :     # Analyze all the html tags on the line:
179 :    
180 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
181 :     {
182 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
183 :     # after the last line with a head tag:
184 :    
185 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
186 :     {
187 :     $done = 1;
188 :     last;
189 :     }
190 :    
191 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
192 :    
193 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
194 :     {
195 :     $last_head_line = $i;
196 :     }
197 :     }
198 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
199 : efrank 1.1 }
200 : golsen 1.6
201 :     # Some sanity checks on structure:
202 :    
203 :     if ( 1 )
204 : efrank 1.1 {
205 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
206 : efrank 1.1 {
207 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
208 :     {
209 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
210 :     }
211 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
212 :     {
213 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
214 :     }
215 : efrank 1.1 }
216 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
217 : efrank 1.1 {
218 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
219 :     {
220 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
221 :     }
222 : efrank 1.1 }
223 :     }
224 :    
225 : golsen 1.6 #
226 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
227 :     #
228 :     # <BODY> goes after last head line
229 :     #
230 : redwards 1.34 # RAE:
231 :     # Added the javascript for the buttons immediately after body.
232 : redwards 1.20 # Note if no buttons are added we still (at the moment) add the script,
233 :     # but it only adds a little text (495 characters) to the html and noone will notice!
234 : redwards 1.46 # RAE: This is now deprecated because everything is in an external file, FIG.js, included later
235 : golsen 1.6
236 :     if ( $body_line < 0 )
237 :     {
238 : redwards 1.46 $body_line = $last_head_line + 1;
239 :     splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n" );
240 : golsen 1.6 }
241 :    
242 :     #
243 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
244 :     #
245 :    
246 : olson 1.15 if (@html_hdr)
247 : golsen 1.6 {
248 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
249 : golsen 1.6 }
250 :    
251 :     #
252 :     # </HEAD> goes before <BODY>
253 :     #
254 :    
255 :     if ( $head_end_line < 0 )
256 :     {
257 :     $head_end_line = $body_line;
258 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
259 :     }
260 :    
261 : redwards 1.34 # RAE:
262 :     # Add css here
263 : golsen 1.40 # Note that at the moment I define these two sheets here. I think this should
264 :     # be moved out, but I want to try it and see what happens. css has the format:
265 :     #
266 : redwards 1.34 # <link rel='stylesheet' title='default' href='/css/default.css' type='text/css'>
267 : golsen 1.40
268 : redwards 1.35 # convert the default key to the right case. and eliminate dups
269 :     foreach my $k (keys %$css) {if (lc($k) eq "default") {$css->{'Default'}=$css->{$k}}}
270 : golsen 1.40
271 : redwards 1.34 if (!$css || !$css->{'Default'})
272 :     {
273 :     $css->{'Default'}="/FIG/Html/css/default.css";
274 :     }
275 :     if (!$css->{"Sans Serif"})
276 :     {
277 :     $css->{'Sans Serif'}="/FIG/Html/css/sanserif.css";
278 :     }
279 :     my $csstext = "<link rel='stylesheet' title='default' href='".$css->{'Default'}."' type='text/css'>\n";
280 :     $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='Sans Serif' href='".$css->{'Sans Serif'}."' type='text/css'>\n";
281 :    
282 :     foreach my $k (keys %$css)
283 :     {
284 :     next if (lc($k) eq "default" || lc($k) eq "sans serif");
285 : redwards 1.38 $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='$k' href='".$css->{$k}."' type='text/css'>\n";
286 :     }
287 :    
288 :    
289 :     # RAE: also added support for external javascripts here.
290 :     # we are cluttering the HTML code with all the javascripts when they could easily be in external files
291 :     # this solution allows us to source other files
292 :    
293 : redwards 1.46 # the file FIG.js contains most of the java script we use routinely. Every browser will just cache this and so
294 :     # it will reduce our overhead.
295 :    
296 : redwards 1.38 # $javasrc must be a ref to an array with urls (absolute or relative) to the javascripts
297 : redwards 1.46 push @$javasrc, "/FIG/Html/css/FIG.js";
298 :     foreach my $script (@$javasrc) {
299 :     $csstext .= "<script src=\"$script\" type=\"text/javascript\"></script>\n";
300 : redwards 1.34 }
301 : redwards 1.38
302 :    
303 :    
304 : redwards 1.34 splice( @$html, $head_end_line, 1, "$csstext</HEAD>\n" ); # note here I am replacing the </head> line. Could be bad...? But it doesn't increment everything else.
305 :    
306 : golsen 1.6 #
307 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
308 :     #
309 :    
310 :     if ( $base_line < 0 )
311 :     {
312 :     #
313 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
314 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
315 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
316 :     # from $cgi_url. -- GJO
317 :     #
318 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
319 :     #
320 :     #
321 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
322 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
323 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
324 :     # {
325 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
326 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
327 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
328 :     # }
329 : golsen 1.6
330 :     $base_line = $head_end_line;
331 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
332 : golsen 1.6 }
333 :    
334 :     #
335 :     # <HTML> goes at the top of the output
336 :     #
337 :    
338 :     if ( $html_line < 0 )
339 :     {
340 :     $html_line = 0;
341 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
342 :     }
343 :    
344 :     #
345 :     # <HEAD> goes after <HTML>
346 :     #
347 :    
348 :     if ( $head_line < 0 )
349 :     {
350 :     $head_line = $html_line + 1;
351 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
352 :     }
353 :    
354 :     #
355 :     # Place FIG search link at bottom of page
356 :     #
357 :    
358 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
359 : efrank 1.1 if (! $no_home)
360 :     {
361 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
362 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
363 : efrank 1.1 }
364 :    
365 : golsen 1.6 #
366 : olson 1.21 # See if we have a site-specific tail (for disclaimers, etc).
367 :     #
368 :    
369 :     my $site_tail = "$FIG_Config::fig_disk/config/site_tail.html";
370 :     my $site_fh;
371 :     if (open($site_fh, "<$site_tail"))
372 :     {
373 :     push(@tail, <$site_fh>);
374 :     close($site_fh);
375 :     }
376 :    
377 :     #
378 : golsen 1.6 # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
379 :     # or before </html>, or at end of page.
380 :     #
381 :    
382 :     my @tags = ();
383 :    
384 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
385 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
386 : efrank 1.1 {
387 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
388 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
389 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
390 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
391 : efrank 1.1 {
392 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
393 : efrank 1.1 }
394 :     }
395 : golsen 1.6
396 :     if ( @tail )
397 :     {
398 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
399 :     }
400 :     elsif ( @tags )
401 :     {
402 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
403 :     }
404 :    
405 : golsen 1.40 # RAE the chomp will return any new lines at the ends of elements in the array,
406 :     # and then we can join with a "\n". This is because somethings put newlines in,
407 :     # and others don't. This should make nicer looking html
408 :     #
409 :     # chomp(@$html);
410 :     # print join "\n", @$html;
411 :     #
412 :     # Apparently the above still breaks things. This is the correct code:
413 : redwards 1.37
414 : overbeek 1.43 foreach $_ (@$html)
415 :     {
416 :     print $_;
417 :     }
418 : efrank 1.1 }
419 :    
420 :     sub make_table {
421 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
422 : efrank 1.1 my(@tab);
423 :    
424 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
425 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
426 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
427 : olson 1.27 "\t<tr>\n\t\t"
428 :     . join( "\n", map { &expand($_, "th") } @$col_hdrs )
429 :     . "\n\t</tr>\n"
430 : golsen 1.6 );
431 : overbeek 1.9 my($i);
432 : efrank 1.1
433 : overbeek 1.3 my $row;
434 :     foreach $row (@$tab)
435 : efrank 1.1 {
436 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
437 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
438 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
439 :     );
440 : efrank 1.1 }
441 :     push(@tab,"</table>\n");
442 :     return join("",@tab);
443 :     }
444 :    
445 : overbeek 1.3 sub expand {
446 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
447 : golsen 1.40 my( $x, $tag ) = @_;
448 :    
449 : olson 1.27 $tag = "td" unless $tag;
450 : golsen 1.40 my $endtag = $tag;
451 :    
452 :     # RAE modified this so that you can pass in a reference to an array where
453 :     # the first element is the data to display and the second element is optional
454 :     # things like colspan and align. Note that in this case you need to include the td
455 : redwards 1.30 # use something like ["some data to appear", "td colspan=4 bgcolor=gray"]
456 : overbeek 1.3
457 : golsen 1.40 if ( ref($x) eq "ARRAY" ) { ($x, $tag) = @$x; if ($tag =~ /td/) { $endtag = "td" } }
458 :    
459 :     if ( $x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/ )
460 : overbeek 1.3 {
461 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag $1>$2</$endtag>";
462 : overbeek 1.3 }
463 :     else
464 :     {
465 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag>$x</$endtag>";
466 : overbeek 1.3 }
467 :     }
468 :    
469 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
470 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
471 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
472 :     my($before,$match,$after);
473 :    
474 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
475 :     {
476 :     $before = $1;
477 :     $match = $2;
478 :     $after = $3;
479 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
480 :     }
481 :     return $x;
482 :     }
483 :    
484 : efrank 1.1 sub ec_link {
485 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
486 : efrank 1.1 my($role) = @_;
487 :    
488 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
489 :     {
490 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
491 :     }
492 :     else
493 :     {
494 :     return $role;
495 :     }
496 :     }
497 :    
498 :     sub role_link {
499 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
500 : efrank 1.1 my($cgi,$role) = @_;
501 :    
502 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
503 :     my $user = $cgi->param('user');
504 :     if (! $user) { $user = "" }
505 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
506 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
507 :     return "<a href=$link>$role</a>";
508 :     }
509 :    
510 : olson 1.13 #
511 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
512 :     # text of the link.
513 :     #
514 : efrank 1.1 sub fid_link {
515 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
516 : efrank 1.1 my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
517 :     my($n);
518 :    
519 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
520 :     {
521 :     if ($local)
522 :     {
523 :     if ($1 eq "peg")
524 :     {
525 :     $n = $2;
526 :     }
527 :     else
528 :     {
529 :     $n = "$1.$2";
530 :     }
531 :     }
532 :     else
533 :     {
534 :     $n = $fid;
535 :     }
536 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
537 :     my $user = $cgi->param('user');
538 :     if (! $user) { $user = "" }
539 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
540 : olson 1.28 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? "&SPROUT=1" : "";
541 :     my $link = &FIG::cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid&user=$user$trans$sprout";
542 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
543 : olson 1.15 #
544 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
545 :     #
546 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
547 :    
548 : efrank 1.1 if ($just_url)
549 :     {
550 :     return $link;
551 :     }
552 :     else
553 :     {
554 :     return "<a href=$link>$n</a>";
555 :     }
556 :     }
557 :     return $fid;
558 :     }
559 :    
560 :     sub family_link {
561 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
562 : efrank 1.1 my($family,$user) = @_;
563 :    
564 :     return $family;
565 :     }
566 :    
567 :    
568 :     sub get_html {
569 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
570 : efrank 1.1 my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
571 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
572 :    
573 :     $ua = new LWP::UserAgent;
574 :     $ua->timeout( 900 );
575 :     if ($type =~/post/i)
576 :     {
577 :     $args = [];
578 :     foreach $x (@$kv_pairs)
579 :     {
580 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
581 :     }
582 :     my $request = POST $url, $args;
583 :     my $response = $ua->request($request);
584 :     $out = $response->content;
585 :     }
586 :     else
587 :     {
588 :     @args = ();
589 :     foreach $x (@$kv_pairs)
590 :     {
591 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
592 :     }
593 :    
594 :     if (@args > 0)
595 :     {
596 :     $url .= "?" . join("&",@args);
597 :     }
598 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
599 :     my $response = $ua->request($request);
600 :    
601 :     if ($response->is_success)
602 :     {
603 :     $out = $response->content;
604 :     }
605 :     else
606 :     {
607 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
608 :     }
609 :     }
610 :     # set up a document with proper eol characters
611 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
612 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
613 :    
614 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
615 :     # properly. Remove the header.
616 :    
617 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
618 :     if ($i < @output)
619 :     {
620 :    
621 :     splice(@output,0,$i);
622 :     }
623 :    
624 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
625 :     if ($i == @output)
626 :     {
627 :     $i = -1;
628 :     }
629 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
630 :     return @output;
631 :     }
632 :    
633 :     sub trim_output {
634 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
635 : efrank 1.1 my($out) = @_;
636 :     my $i;
637 :    
638 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
639 :     splice(@$out,0,$i);
640 :    
641 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
642 :     if ($i == @$out)
643 :     {
644 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
645 :     if ($i == @$out)
646 :     {
647 :     $i = -1;
648 :     }
649 :     }
650 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
651 :     if ($j < @$out)
652 :     {
653 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
654 :     }
655 :    
656 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
657 :     if ($i == @$out)
658 :     {
659 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
660 :     }
661 :    
662 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
663 :     if ($j > 0)
664 :     {
665 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
666 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
667 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
668 :     }
669 :     }
670 :    
671 :     sub set_prot_links {
672 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
673 : efrank 1.1 my($cgi,$x) = @_;
674 :     my($before,$match,$after);
675 :    
676 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
677 : efrank 1.1 {
678 :     $before = $1;
679 :     $match = $2;
680 :     $after = $3;
681 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
682 : efrank 1.1 }
683 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
684 :     {
685 :     $before = $1;
686 :     $match = $2;
687 :     $after = $3;
688 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
689 :     }
690 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
691 : efrank 1.1 {
692 :     $before = $1;
693 :     $match = $2;
694 :     $after = $3;
695 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
696 : efrank 1.1 }
697 : overbeek 1.44 elsif ($x =~ /^(.*)(tigr\|[0-9a-zA-Z]+)(.*)/s)
698 :     {
699 :     $before = $1;
700 :     $match = $2;
701 :     $after = $3;
702 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::tigr_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
703 :     }
704 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
705 :     {
706 :     $before = $1;
707 :     $match = $2;
708 :     $after = $3;
709 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
710 :     }
711 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
712 : efrank 1.1 {
713 :     $before = $1;
714 :     $match = $2;
715 :     $after = $3;
716 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
717 : efrank 1.1 }
718 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
719 : efrank 1.1 {
720 :     $before = $1;
721 :     $match = $2;
722 :     $after = $3;
723 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
724 : efrank 1.1 }
725 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
726 :     {
727 :     $before = $1;
728 :     $match = $2;
729 :     $after = $3;
730 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
731 :     }
732 : efrank 1.1 return $x;
733 :     }
734 :    
735 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
736 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
737 : overbeek 1.19 my($cgi,$id) = @_;
738 :    
739 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
740 :     {
741 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
742 :     }
743 :     }
744 :    
745 : efrank 1.1 sub gi_link {
746 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
747 : efrank 1.1 my($cgi,$gi) = @_;
748 :    
749 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
750 :     {
751 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
752 :     }
753 :     return $gi;
754 :     }
755 :    
756 : overbeek 1.44 sub tigr_link {
757 :     shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
758 :     my($cgi,$tigr) = @_;
759 :    
760 :     if ($tigr =~ /^tigr\|([0-9a-zA-Z]+)$/)
761 :     {
762 : overbeek 1.45 return "<a href=\"http://pathema.tigr.org/tigr-scripts/CMR/GenePage.cgi?locus=$1\">$tigr</a>";
763 : overbeek 1.44 }
764 :     return $tigr;
765 :     }
766 :    
767 : overbeek 1.14 sub uni_link {
768 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
769 : overbeek 1.14 my($cgi,$uni) = @_;
770 :    
771 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
772 :     {
773 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
774 :     }
775 :     return $uni;
776 :     }
777 :    
778 : efrank 1.1 sub sp_link {
779 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
780 : efrank 1.1 my($cgi,$sp) = @_;
781 :    
782 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
783 :     {
784 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
785 :     }
786 :     return $sp;
787 :     }
788 :    
789 :     sub pir_link {
790 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
791 : efrank 1.1 my($cgi,$pir) = @_;
792 :    
793 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
794 :     {
795 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
796 :     }
797 :     return $pir;
798 :     }
799 :    
800 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
801 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
802 : overbeek 1.12 my($cgi,$kegg) = @_;
803 :    
804 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
805 :     {
806 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
807 :     }
808 :     return $kegg;
809 :     }
810 :    
811 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
812 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
813 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
814 :     my($before,$match,$after);
815 : efrank 1.1
816 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
817 :    
818 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
819 :     {
820 :     $before = $1;
821 :     $match = $2;
822 :     $after = $3;
823 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
824 :     }
825 :     return $x;
826 :     }
827 :    
828 :     sub map_link {
829 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
830 : overbeek 1.11 my($cgi,$map,$org) = @_;
831 :    
832 :     $user = $cgi->param('user');
833 :     $user = $user ? $user : "";
834 :     $org = $org ? $org : "";
835 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
836 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
837 :     return $link;
838 :     }
839 : redwards 1.20
840 :     sub java_buttons {
841 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
842 : redwards 1.20 ## ADDED BY RAE
843 :     # Provides code to include check all/first half/second half/none for javascrspt
844 :     # this takes two variables - the form name provided in start_form with the
845 :     # -name => field and the checkbox name
846 :     my ($form, $button)=@_;
847 :    
848 :     $java_script="<input type=\"button\" name=\"CheckAll\" value=\"Check All\"\nonClick=\"checkAll(document.$form.$button)\">\n";
849 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckFirst\" value=\"Check First Half\"\nonClick=\"checkFirst(document.$form.$button)\">\n";
850 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckSecond\" value=\"Check Second Half\"\nonClick=\"checkSecond(document.$form.$button)\">\n";
851 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"UnCheckAll\" value=\"Uncheck All\"\nonClick=\"uncheckAll(document.$form.$button)\">\n";
852 :    
853 :     return $java_script;
854 :     }
855 :    
856 : overbeek 1.22 sub sub_link {
857 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
858 : overbeek 1.22 my($cgi,$sub) = @_;
859 :     my($sub_link);
860 :    
861 :     my $user = $cgi->param('user');
862 :     if ($user)
863 :     {
864 : golsen 1.41 my $esc_sub = uri_escape( $sub );
865 :     $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$esc_sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
866 : overbeek 1.22 }
867 :     else
868 :     {
869 :     $sub_link = $sub;
870 :     }
871 :     return $sub_link;
872 :     }
873 :    
874 : efrank 1.1 1

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