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Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

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Revision 1.44 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 : olson 1.25 use FIG;
4 : efrank 1.1 use Carp;
5 :     use Data::Dumper;
6 :     use LWP::UserAgent;
7 :     use LWP::Simple;
8 : golsen 1.41 use URI::Escape; # uri_escape()
9 : efrank 1.1 use URI::URL;
10 :     use HTTP::Request::Common;
11 : olson 1.16 use POSIX;
12 : efrank 1.1
13 : olson 1.31 sub new
14 :     {
15 :     my($class) = @_;
16 :    
17 :     my $self = {};
18 :    
19 :     return bless $self, $class;
20 :     }
21 :    
22 : olson 1.25 sub compute_html_header
23 :     {
24 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
25 : olson 1.42 my($additional_insert, $user, %options ) = @_;
26 :    
27 :     my $header_name = $options{header_name} ? $options{header_name} : "html.hdr";
28 :     my $tail_name = $options{tail_name} ? $options{tail_name} : "html.tail";
29 :    
30 :     my $html_hdr_file = "./Html/$header_name";
31 : olson 1.2 if (! -f $html_hdr_file)
32 :     {
33 : olson 1.42 $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/$header_name";
34 : olson 1.2 }
35 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
36 : olson 1.42
37 :     $options{no_fig_search} or push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
38 : overbeek 1.18
39 : olson 1.15 if (@html_hdr)
40 :     {
41 :     my $insert_stuff;
42 : olson 1.42
43 :     if (not $options{no_release_info})
44 :     {
45 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
46 :     my $ver = $ver[0];
47 :     chomp $ver;
48 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
49 :     {
50 :     my $d = asctime(localtime($1));
51 :     chomp($d);
52 :     $ver .= " ($d)";
53 :     }
54 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
55 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
56 : olson 1.15 }
57 : olson 1.42
58 : olson 1.26 if ($additional_insert)
59 :     {
60 :     $insert_stuff .= "<br>" . $additional_insert;
61 :     }
62 : olson 1.15
63 :     for $_ (@html_hdr)
64 :     {
65 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
66 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
67 :     {
68 :     $_ = $insert_stuff;
69 :     }
70 :     }
71 :     }
72 :    
73 : olson 1.25 return @html_hdr;
74 :     }
75 :    
76 :     sub show_page {
77 : efrank 1.32 #warn "SHOWPAGE: cgi=", Dumper(@_);
78 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
79 : redwards 1.38 my($cgi,$html,$no_home, $alt_header, $css, $javasrc) = @_;
80 : olson 1.25 my $i;
81 :    
82 : redwards 1.34 # ARGUMENTS:
83 :     # $cgi is the CGI method
84 :     # $html is an array with all the html in it. It is just joined by "\n" (and not <br> or <p>
85 : redwards 1.35 # $no_home eliminates ONLY the bottom FIG search link in a page
86 :     # $alt_header is a reference to an array for an alternate header banner that you can replace the standard one with
87 : redwards 1.34 # $css is a reference to a hash. The key is the name of the CSS sheet and the value is the URL of that sheet. Note the usual rules about relative css urls
88 :     # the sheet named "Default" is considered to be the default style sheet, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/default.css
89 :     # the sheet named "Sans Serif" is considered to the the first alternate, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/sanserif.css
90 : redwards 1.38 # $javasrc is a reference to an array of URLs to javascripts to be included (e.g. "/FIG/Html/css/styleswitcher.js")
91 : olson 1.25 #
92 :     # Find the HTML header
93 :     #
94 :    
95 : olson 1.42 my $html_tail_file = "./Html/$tail_name";
96 : olson 1.25 if (! -f $html_tail_file)
97 :     {
98 : olson 1.42 $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/$tail_name";
99 : olson 1.25 }
100 :    
101 : overbeek 1.33 my $user = $cgi->param('user') || "";
102 : redwards 1.35 my @html_hdr;
103 : redwards 1.39 if ($alt_header && ref($alt_header) eq "ARRAY")
104 : redwards 1.35 {
105 :     @html_hdr = @$alt_header;
106 :     }
107 :     else
108 :     {
109 :     @html_hdr = compute_html_header(undef,$user);
110 :     }
111 : olson 1.25
112 : olson 1.2
113 : efrank 1.1 print $cgi->header;
114 : golsen 1.5
115 :     #
116 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
117 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
118 :     # missing ones.
119 : golsen 1.5 #
120 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
121 : golsen 1.5 #
122 :    
123 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
124 :     basefont => 1,
125 :     html => 1,
126 :     isindex => 1,
127 :     link => 1,
128 :     meta => 1,
129 :     nextid => 1,
130 :     style => 1,
131 :     title => 1
132 :     );
133 :    
134 :     #
135 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
136 :     #
137 :    
138 :     my %body_tag = ( a => 1,
139 :     br => 1,
140 :     center => 1,
141 :     form => 1,
142 :     h1 => 1,
143 :     h2 => 1,
144 :     h3 => 1,
145 :     hr => 1,
146 :     img => 1,
147 :     p => 1,
148 :     pre => 1,
149 :     table => 1
150 :     );
151 :    
152 :     my $html_line = -1;
153 :     my $head_line = -1;
154 :     my $base_line = -1;
155 :     my $head_end_line = -1;
156 :     my $body_line = -1;
157 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
158 :     my $done = 0;
159 :    
160 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
161 :     {
162 :     # Some special cases:
163 :    
164 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
165 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
166 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
167 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
168 :    
169 :     # The content goes after this line:
170 :    
171 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
172 :     {
173 :     $body_line = $i;
174 :     $last;
175 :     }
176 :    
177 :     # Now the general case.
178 :     # Analyze all the html tags on the line:
179 :    
180 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
181 :     {
182 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
183 :     # after the last line with a head tag:
184 :    
185 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
186 :     {
187 :     $done = 1;
188 :     last;
189 :     }
190 :    
191 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
192 :    
193 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
194 :     {
195 :     $last_head_line = $i;
196 :     }
197 :     }
198 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
199 : efrank 1.1 }
200 : golsen 1.6
201 :     # Some sanity checks on structure:
202 :    
203 :     if ( 1 )
204 : efrank 1.1 {
205 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
206 : efrank 1.1 {
207 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
208 :     {
209 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
210 :     }
211 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
212 :     {
213 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
214 :     }
215 : efrank 1.1 }
216 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
217 : efrank 1.1 {
218 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
219 :     {
220 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
221 :     }
222 : efrank 1.1 }
223 :     }
224 :    
225 : golsen 1.6 #
226 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
227 :     #
228 :     # <BODY> goes after last head line
229 :     #
230 : redwards 1.34 # RAE:
231 :     # Added the javascript for the buttons immediately after body.
232 : redwards 1.20 # Note if no buttons are added we still (at the moment) add the script,
233 :     # but it only adds a little text (495 characters) to the html and noone will notice!
234 : golsen 1.6
235 :     if ( $body_line < 0 )
236 :     {
237 : redwards 1.20 my $js=&javascript;
238 : golsen 1.6 $body_line = $last_head_line + 1;
239 : redwards 1.20 splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n$js\n" );
240 : golsen 1.6 }
241 :    
242 :     #
243 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
244 :     #
245 :    
246 : olson 1.15 if (@html_hdr)
247 : golsen 1.6 {
248 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
249 : golsen 1.6 }
250 :    
251 :     #
252 :     # </HEAD> goes before <BODY>
253 :     #
254 :    
255 :     if ( $head_end_line < 0 )
256 :     {
257 :     $head_end_line = $body_line;
258 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
259 :     }
260 :    
261 : redwards 1.34 # RAE:
262 :     # Add css here
263 : golsen 1.40 # Note that at the moment I define these two sheets here. I think this should
264 :     # be moved out, but I want to try it and see what happens. css has the format:
265 :     #
266 : redwards 1.34 # <link rel='stylesheet' title='default' href='/css/default.css' type='text/css'>
267 : golsen 1.40
268 : redwards 1.35 # convert the default key to the right case. and eliminate dups
269 :     foreach my $k (keys %$css) {if (lc($k) eq "default") {$css->{'Default'}=$css->{$k}}}
270 : golsen 1.40
271 : redwards 1.34 if (!$css || !$css->{'Default'})
272 :     {
273 :     $css->{'Default'}="/FIG/Html/css/default.css";
274 :     }
275 :     if (!$css->{"Sans Serif"})
276 :     {
277 :     $css->{'Sans Serif'}="/FIG/Html/css/sanserif.css";
278 :     }
279 :     my $csstext = "<link rel='stylesheet' title='default' href='".$css->{'Default'}."' type='text/css'>\n";
280 :     $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='Sans Serif' href='".$css->{'Sans Serif'}."' type='text/css'>\n";
281 :    
282 :     foreach my $k (keys %$css)
283 :     {
284 :     next if (lc($k) eq "default" || lc($k) eq "sans serif");
285 : redwards 1.38 $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='$k' href='".$css->{$k}."' type='text/css'>\n";
286 :     }
287 :    
288 :    
289 :     # RAE: also added support for external javascripts here.
290 :     # we are cluttering the HTML code with all the javascripts when they could easily be in external files
291 :     # this solution allows us to source other files
292 :    
293 :     # $javasrc must be a ref to an array with urls (absolute or relative) to the javascripts
294 :     if ($javasrc && ref($javasrc) eq "ARRAY") {
295 :     foreach my $script (@$javasrc) {
296 :     $csstext .= "<script src=\"$script\" type=\"text/javascript\"></script>\n";
297 :     }
298 : redwards 1.34 }
299 : redwards 1.38
300 :    
301 :    
302 : redwards 1.34 splice( @$html, $head_end_line, 1, "$csstext</HEAD>\n" ); # note here I am replacing the </head> line. Could be bad...? But it doesn't increment everything else.
303 :    
304 : golsen 1.6 #
305 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
306 :     #
307 :    
308 :     if ( $base_line < 0 )
309 :     {
310 :     #
311 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
312 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
313 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
314 :     # from $cgi_url. -- GJO
315 :     #
316 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
317 :     #
318 :     #
319 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
320 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
321 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
322 :     # {
323 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
324 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
325 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
326 :     # }
327 : golsen 1.6
328 :     $base_line = $head_end_line;
329 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
330 : golsen 1.6 }
331 :    
332 :     #
333 :     # <HTML> goes at the top of the output
334 :     #
335 :    
336 :     if ( $html_line < 0 )
337 :     {
338 :     $html_line = 0;
339 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
340 :     }
341 :    
342 :     #
343 :     # <HEAD> goes after <HTML>
344 :     #
345 :    
346 :     if ( $head_line < 0 )
347 :     {
348 :     $head_line = $html_line + 1;
349 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
350 :     }
351 :    
352 :     #
353 :     # Place FIG search link at bottom of page
354 :     #
355 :    
356 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
357 : efrank 1.1 if (! $no_home)
358 :     {
359 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
360 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
361 : efrank 1.1 }
362 :    
363 : golsen 1.6 #
364 : olson 1.21 # See if we have a site-specific tail (for disclaimers, etc).
365 :     #
366 :    
367 :     my $site_tail = "$FIG_Config::fig_disk/config/site_tail.html";
368 :     my $site_fh;
369 :     if (open($site_fh, "<$site_tail"))
370 :     {
371 :     push(@tail, <$site_fh>);
372 :     close($site_fh);
373 :     }
374 :    
375 :     #
376 : golsen 1.6 # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
377 :     # or before </html>, or at end of page.
378 :     #
379 :    
380 :     my @tags = ();
381 :    
382 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
383 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
384 : efrank 1.1 {
385 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
386 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
387 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
388 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
389 : efrank 1.1 {
390 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
391 : efrank 1.1 }
392 :     }
393 : golsen 1.6
394 :     if ( @tail )
395 :     {
396 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
397 :     }
398 :     elsif ( @tags )
399 :     {
400 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
401 :     }
402 :    
403 : golsen 1.40 # RAE the chomp will return any new lines at the ends of elements in the array,
404 :     # and then we can join with a "\n". This is because somethings put newlines in,
405 :     # and others don't. This should make nicer looking html
406 :     #
407 :     # chomp(@$html);
408 :     # print join "\n", @$html;
409 :     #
410 :     # Apparently the above still breaks things. This is the correct code:
411 : redwards 1.37
412 : overbeek 1.43 foreach $_ (@$html)
413 :     {
414 :     print $_;
415 :     }
416 : efrank 1.1 }
417 :    
418 :     sub make_table {
419 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
420 : efrank 1.1 my(@tab);
421 :    
422 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
423 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
424 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
425 : olson 1.27 "\t<tr>\n\t\t"
426 :     . join( "\n", map { &expand($_, "th") } @$col_hdrs )
427 :     . "\n\t</tr>\n"
428 : golsen 1.6 );
429 : overbeek 1.9 my($i);
430 : efrank 1.1
431 : overbeek 1.3 my $row;
432 :     foreach $row (@$tab)
433 : efrank 1.1 {
434 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
435 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
436 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
437 :     );
438 : efrank 1.1 }
439 :     push(@tab,"</table>\n");
440 :     return join("",@tab);
441 :     }
442 :    
443 : overbeek 1.3 sub expand {
444 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
445 : golsen 1.40 my( $x, $tag ) = @_;
446 :    
447 : olson 1.27 $tag = "td" unless $tag;
448 : golsen 1.40 my $endtag = $tag;
449 :    
450 :     # RAE modified this so that you can pass in a reference to an array where
451 :     # the first element is the data to display and the second element is optional
452 :     # things like colspan and align. Note that in this case you need to include the td
453 : redwards 1.30 # use something like ["some data to appear", "td colspan=4 bgcolor=gray"]
454 : overbeek 1.3
455 : golsen 1.40 if ( ref($x) eq "ARRAY" ) { ($x, $tag) = @$x; if ($tag =~ /td/) { $endtag = "td" } }
456 :    
457 :     if ( $x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/ )
458 : overbeek 1.3 {
459 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag $1>$2</$endtag>";
460 : overbeek 1.3 }
461 :     else
462 :     {
463 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag>$x</$endtag>";
464 : overbeek 1.3 }
465 :     }
466 :    
467 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
468 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
469 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
470 :     my($before,$match,$after);
471 :    
472 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
473 :     {
474 :     $before = $1;
475 :     $match = $2;
476 :     $after = $3;
477 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
478 :     }
479 :     return $x;
480 :     }
481 :    
482 : efrank 1.1 sub ec_link {
483 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
484 : efrank 1.1 my($role) = @_;
485 :    
486 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
487 :     {
488 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
489 :     }
490 :     else
491 :     {
492 :     return $role;
493 :     }
494 :     }
495 :    
496 :     sub role_link {
497 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
498 : efrank 1.1 my($cgi,$role) = @_;
499 :    
500 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
501 :     my $user = $cgi->param('user');
502 :     if (! $user) { $user = "" }
503 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
504 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
505 :     return "<a href=$link>$role</a>";
506 :     }
507 :    
508 : olson 1.13 #
509 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
510 :     # text of the link.
511 :     #
512 : efrank 1.1 sub fid_link {
513 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
514 : efrank 1.1 my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
515 :     my($n);
516 :    
517 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
518 :     {
519 :     if ($local)
520 :     {
521 :     if ($1 eq "peg")
522 :     {
523 :     $n = $2;
524 :     }
525 :     else
526 :     {
527 :     $n = "$1.$2";
528 :     }
529 :     }
530 :     else
531 :     {
532 :     $n = $fid;
533 :     }
534 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
535 :     my $user = $cgi->param('user');
536 :     if (! $user) { $user = "" }
537 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
538 : olson 1.28 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? "&SPROUT=1" : "";
539 :     my $link = &FIG::cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid&user=$user$trans$sprout";
540 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
541 : olson 1.15 #
542 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
543 :     #
544 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
545 :    
546 : efrank 1.1 if ($just_url)
547 :     {
548 :     return $link;
549 :     }
550 :     else
551 :     {
552 :     return "<a href=$link>$n</a>";
553 :     }
554 :     }
555 :     return $fid;
556 :     }
557 :    
558 :     sub family_link {
559 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
560 : efrank 1.1 my($family,$user) = @_;
561 :    
562 :     return $family;
563 :     }
564 :    
565 :    
566 :     sub get_html {
567 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
568 : efrank 1.1 my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
569 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
570 :    
571 :     $ua = new LWP::UserAgent;
572 :     $ua->timeout( 900 );
573 :     if ($type =~/post/i)
574 :     {
575 :     $args = [];
576 :     foreach $x (@$kv_pairs)
577 :     {
578 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
579 :     }
580 :     my $request = POST $url, $args;
581 :     my $response = $ua->request($request);
582 :     $out = $response->content;
583 :     }
584 :     else
585 :     {
586 :     @args = ();
587 :     foreach $x (@$kv_pairs)
588 :     {
589 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
590 :     }
591 :    
592 :     if (@args > 0)
593 :     {
594 :     $url .= "?" . join("&",@args);
595 :     }
596 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
597 :     my $response = $ua->request($request);
598 :    
599 :     if ($response->is_success)
600 :     {
601 :     $out = $response->content;
602 :     }
603 :     else
604 :     {
605 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
606 :     }
607 :     }
608 :     # set up a document with proper eol characters
609 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
610 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
611 :    
612 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
613 :     # properly. Remove the header.
614 :    
615 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
616 :     if ($i < @output)
617 :     {
618 :    
619 :     splice(@output,0,$i);
620 :     }
621 :    
622 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
623 :     if ($i == @output)
624 :     {
625 :     $i = -1;
626 :     }
627 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
628 :     return @output;
629 :     }
630 :    
631 :     sub trim_output {
632 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
633 : efrank 1.1 my($out) = @_;
634 :     my $i;
635 :    
636 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
637 :     splice(@$out,0,$i);
638 :    
639 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
640 :     if ($i == @$out)
641 :     {
642 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
643 :     if ($i == @$out)
644 :     {
645 :     $i = -1;
646 :     }
647 :     }
648 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
649 :     if ($j < @$out)
650 :     {
651 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
652 :     }
653 :    
654 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
655 :     if ($i == @$out)
656 :     {
657 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
658 :     }
659 :    
660 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
661 :     if ($j > 0)
662 :     {
663 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
664 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
665 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
666 :     }
667 :     }
668 :    
669 :     sub set_prot_links {
670 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
671 : efrank 1.1 my($cgi,$x) = @_;
672 :     my($before,$match,$after);
673 :    
674 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
675 : efrank 1.1 {
676 :     $before = $1;
677 :     $match = $2;
678 :     $after = $3;
679 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
680 : efrank 1.1 }
681 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
682 :     {
683 :     $before = $1;
684 :     $match = $2;
685 :     $after = $3;
686 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
687 :     }
688 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
689 : efrank 1.1 {
690 :     $before = $1;
691 :     $match = $2;
692 :     $after = $3;
693 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
694 : efrank 1.1 }
695 : overbeek 1.44 elsif ($x =~ /^(.*)(tigr\|[0-9a-zA-Z]+)(.*)/s)
696 :     {
697 :     $before = $1;
698 :     $match = $2;
699 :     $after = $3;
700 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::tigr_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
701 :     }
702 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
703 :     {
704 :     $before = $1;
705 :     $match = $2;
706 :     $after = $3;
707 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
708 :     }
709 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
710 : efrank 1.1 {
711 :     $before = $1;
712 :     $match = $2;
713 :     $after = $3;
714 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
715 : efrank 1.1 }
716 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
717 : efrank 1.1 {
718 :     $before = $1;
719 :     $match = $2;
720 :     $after = $3;
721 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
722 : efrank 1.1 }
723 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
724 :     {
725 :     $before = $1;
726 :     $match = $2;
727 :     $after = $3;
728 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
729 :     }
730 : efrank 1.1 return $x;
731 :     }
732 :    
733 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
734 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
735 : overbeek 1.19 my($cgi,$id) = @_;
736 :    
737 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
738 :     {
739 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
740 :     }
741 :     }
742 :    
743 : efrank 1.1 sub gi_link {
744 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
745 : efrank 1.1 my($cgi,$gi) = @_;
746 :    
747 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
748 :     {
749 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
750 :     }
751 :     return $gi;
752 :     }
753 :    
754 : overbeek 1.44 sub tigr_link {
755 :     shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
756 :     my($cgi,$tigr) = @_;
757 :    
758 :     if ($tigr =~ /^tigr\|([0-9a-zA-Z]+)$/)
759 :     {
760 :     return "<a href=\"http://pathema.tigr.org/tigr-scripts/CMR/GenePage.cgi?locus=$tigr\">$tigr</a>";
761 :     }
762 :     return $tigr;
763 :     }
764 :    
765 : overbeek 1.14 sub uni_link {
766 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
767 : overbeek 1.14 my($cgi,$uni) = @_;
768 :    
769 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
770 :     {
771 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
772 :     }
773 :     return $uni;
774 :     }
775 :    
776 : efrank 1.1 sub sp_link {
777 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
778 : efrank 1.1 my($cgi,$sp) = @_;
779 :    
780 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
781 :     {
782 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
783 :     }
784 :     return $sp;
785 :     }
786 :    
787 :     sub pir_link {
788 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
789 : efrank 1.1 my($cgi,$pir) = @_;
790 :    
791 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
792 :     {
793 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
794 :     }
795 :     return $pir;
796 :     }
797 :    
798 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
799 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
800 : overbeek 1.12 my($cgi,$kegg) = @_;
801 :    
802 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
803 :     {
804 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
805 :     }
806 :     return $kegg;
807 :     }
808 :    
809 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
810 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
811 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
812 :     my($before,$match,$after);
813 : efrank 1.1
814 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
815 :    
816 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
817 :     {
818 :     $before = $1;
819 :     $match = $2;
820 :     $after = $3;
821 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
822 :     }
823 :     return $x;
824 :     }
825 :    
826 :     sub map_link {
827 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
828 : overbeek 1.11 my($cgi,$map,$org) = @_;
829 :    
830 :     $user = $cgi->param('user');
831 :     $user = $user ? $user : "";
832 :     $org = $org ? $org : "";
833 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
834 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
835 :     return $link;
836 :     }
837 : redwards 1.20
838 :     sub javascript {
839 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
840 : redwards 1.20 #### MODIFIED BY RAE TO ADD JAVA SUPPORT FOR CHECK ALL/UNCHECK ALL
841 :     # This routine takes three arguments, $html, $form, and $button
842 :     # $html is the ref to the array with the html in it
843 :     # $form is the name of the form. This must be added whenever start_form is called
844 :     # by including a -name entry. This is only used for the javascript
845 :     # $button is the name of the button that should be checked/unchecked.
846 :     #
847 :     # At the moment this add's four buttons:
848 :     # Check all, check's all
849 :     # Check first half will check the first 50% of the entries
850 :     # Check second half will check the second 50% of the entries
851 :     # Uncheck all will remove the checks.
852 :    
853 :     # Note that the other change is I added a -name=>'fig_checked' to the start_form
854 :     # field. The name is needed for the java script.
855 :     #
856 :    
857 :     $java_script=<<EOF;
858 :     <SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
859 :     <!-- Begin
860 :     function checkAll(field)
861 :     {
862 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
863 :     field[i].checked = true ;
864 :     }
865 :    
866 :     function checkFirst(field)
867 :     {
868 :     for (i = 0; i < field.length/2; i++)
869 :     field[i].checked = true;
870 :     }
871 :    
872 :     function checkSecond(field)
873 :     {
874 :     for (i=Math.round(field.length/2); i < field.length; i++)
875 :     field[i].checked = true ;
876 :     }
877 :    
878 :     function uncheckAll(field)
879 :     {
880 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
881 :     field[i].checked = false ;
882 :     }
883 :     // End -->
884 :     </script>
885 :     EOF
886 :     return $java_script;
887 :     }
888 :    
889 :     sub java_buttons {
890 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
891 : redwards 1.20 ## ADDED BY RAE
892 :     # Provides code to include check all/first half/second half/none for javascrspt
893 :     # this takes two variables - the form name provided in start_form with the
894 :     # -name => field and the checkbox name
895 :     my ($form, $button)=@_;
896 :    
897 :     $java_script="<input type=\"button\" name=\"CheckAll\" value=\"Check All\"\nonClick=\"checkAll(document.$form.$button)\">\n";
898 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckFirst\" value=\"Check First Half\"\nonClick=\"checkFirst(document.$form.$button)\">\n";
899 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckSecond\" value=\"Check Second Half\"\nonClick=\"checkSecond(document.$form.$button)\">\n";
900 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"UnCheckAll\" value=\"Uncheck All\"\nonClick=\"uncheckAll(document.$form.$button)\">\n";
901 :    
902 :     return $java_script;
903 :     }
904 :    
905 : overbeek 1.22 sub sub_link {
906 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
907 : overbeek 1.22 my($cgi,$sub) = @_;
908 :     my($sub_link);
909 :    
910 :     my $user = $cgi->param('user');
911 :     if ($user)
912 :     {
913 : golsen 1.41 my $esc_sub = uri_escape( $sub );
914 :     $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$esc_sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
915 : overbeek 1.22 }
916 :     else
917 :     {
918 :     $sub_link = $sub;
919 :     }
920 :     return $sub_link;
921 :     }
922 :    
923 : efrank 1.1 1

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