[Bio] / FigKernelPackages / HTML.pm Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelPackages/HTML.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.42 - (view) (download) (as text)

1 : efrank 1.1 package HTML;
2 :    
3 : olson 1.25 use FIG;
4 : efrank 1.1 use Carp;
5 :     use Data::Dumper;
6 :     use LWP::UserAgent;
7 :     use LWP::Simple;
8 : golsen 1.41 use URI::Escape; # uri_escape()
9 : efrank 1.1 use URI::URL;
10 :     use HTTP::Request::Common;
11 : olson 1.16 use POSIX;
12 : efrank 1.1
13 : olson 1.31 sub new
14 :     {
15 :     my($class) = @_;
16 :    
17 :     my $self = {};
18 :    
19 :     return bless $self, $class;
20 :     }
21 :    
22 : olson 1.25 sub compute_html_header
23 :     {
24 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
25 : olson 1.42 my($additional_insert, $user, %options ) = @_;
26 :    
27 :     my $header_name = $options{header_name} ? $options{header_name} : "html.hdr";
28 :     my $tail_name = $options{tail_name} ? $options{tail_name} : "html.tail";
29 :    
30 :     my $html_hdr_file = "./Html/$header_name";
31 : olson 1.2 if (! -f $html_hdr_file)
32 :     {
33 : olson 1.42 $html_hdr_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/$header_name";
34 : olson 1.2 }
35 : olson 1.15 my @html_hdr = &FIG::file_read($html_hdr_file);
36 : olson 1.42
37 :     $options{no_fig_search} or push( @html_hdr, "<br><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
38 : overbeek 1.18
39 : olson 1.15 if (@html_hdr)
40 :     {
41 :     my $insert_stuff;
42 : olson 1.42
43 :     if (not $options{no_release_info})
44 :     {
45 :     my @ver = &FIG::file_head("$FIG_Config::fig_disk/CURRENT_RELEASE", 1);
46 :     my $ver = $ver[0];
47 :     chomp $ver;
48 :     if ($ver =~ /^cvs\.(\d+)$/)
49 :     {
50 :     my $d = asctime(localtime($1));
51 :     chomp($d);
52 :     $ver .= " ($d)";
53 :     }
54 :     my $host = &FIG::get_local_hostname();
55 :     $insert_stuff = "SEED version <b>$ver</b> on $host";
56 : olson 1.15 }
57 : olson 1.42
58 : olson 1.26 if ($additional_insert)
59 :     {
60 :     $insert_stuff .= "<br>" . $additional_insert;
61 :     }
62 : olson 1.15
63 :     for $_ (@html_hdr)
64 :     {
65 :     s,(href|img\s+src)="/FIG/,\1="$FIG_Config::cgi_base,g;
66 :     if ($_ eq "<!-- HEADER_INSERT -->\n")
67 :     {
68 :     $_ = $insert_stuff;
69 :     }
70 :     }
71 :     }
72 :    
73 : olson 1.25 return @html_hdr;
74 :     }
75 :    
76 :     sub show_page {
77 : efrank 1.32 #warn "SHOWPAGE: cgi=", Dumper(@_);
78 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
79 : redwards 1.38 my($cgi,$html,$no_home, $alt_header, $css, $javasrc) = @_;
80 : olson 1.25 my $i;
81 :    
82 : redwards 1.34
83 :     # ARGUMENTS:
84 :     # $cgi is the CGI method
85 :     # $html is an array with all the html in it. It is just joined by "\n" (and not <br> or <p>
86 : redwards 1.35 # $no_home eliminates ONLY the bottom FIG search link in a page
87 :     # $alt_header is a reference to an array for an alternate header banner that you can replace the standard one with
88 : redwards 1.34 # $css is a reference to a hash. The key is the name of the CSS sheet and the value is the URL of that sheet. Note the usual rules about relative css urls
89 :     # the sheet named "Default" is considered to be the default style sheet, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/default.css
90 :     # the sheet named "Sans Serif" is considered to the the first alternate, and if this is not set it points at $FIG_Config::HTML/css/sanserif.css
91 : redwards 1.38 # $javasrc is a reference to an array of URLs to javascripts to be included (e.g. "/FIG/Html/css/styleswitcher.js")
92 : olson 1.25 #
93 :     # Find the HTML header
94 :     #
95 :    
96 : olson 1.42 my $html_tail_file = "./Html/$tail_name";
97 : olson 1.25 if (! -f $html_tail_file)
98 :     {
99 : olson 1.42 $html_tail_file = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/$tail_name";
100 : olson 1.25 }
101 :    
102 : overbeek 1.33 my $user = $cgi->param('user') || "";
103 : redwards 1.35 my @html_hdr;
104 : redwards 1.39 if ($alt_header && ref($alt_header) eq "ARRAY")
105 : redwards 1.35 {
106 :     @html_hdr = @$alt_header;
107 :     }
108 :     else
109 :     {
110 :     @html_hdr = compute_html_header(undef,$user);
111 :     }
112 : olson 1.25
113 : olson 1.2
114 : efrank 1.1 print $cgi->header;
115 : golsen 1.5
116 :     #
117 : golsen 1.6 # The SEED header file goes immediately after <BODY>. Figure out
118 :     # what parts of the HTML document skeleton are there, and fill in
119 :     # missing ones.
120 : golsen 1.5 #
121 : golsen 1.6 # This list should be as comprehensive as feasible:
122 : golsen 1.5 #
123 :    
124 : golsen 1.6 my %head_tag = ( base => 1,
125 :     basefont => 1,
126 :     html => 1,
127 :     isindex => 1,
128 :     link => 1,
129 :     meta => 1,
130 :     nextid => 1,
131 :     style => 1,
132 :     title => 1
133 :     );
134 :    
135 :     #
136 :     # This list need not be comprehensive; it is just stopping conditions:
137 :     #
138 :    
139 :     my %body_tag = ( a => 1,
140 :     br => 1,
141 :     center => 1,
142 :     form => 1,
143 :     h1 => 1,
144 :     h2 => 1,
145 :     h3 => 1,
146 :     hr => 1,
147 :     img => 1,
148 :     p => 1,
149 :     pre => 1,
150 :     table => 1
151 :     );
152 :    
153 :     my $html_line = -1;
154 :     my $head_line = -1;
155 :     my $base_line = -1;
156 :     my $head_end_line = -1;
157 :     my $body_line = -1;
158 :     my $last_head_line = -1; # If no head tags are found, text goes at top.
159 :     my $done = 0;
160 :    
161 :     for ( $i = 0; $i < @$html; $i++ )
162 :     {
163 :     # Some special cases:
164 :    
165 :     if ( $html->[$i] =~ /\<html[^0-9a-z]/i ) { $html_line = $i }
166 :     if ( $html->[$i] =~ /\<head[^0-9a-z]/i ) { $head_line = $i }
167 :     if ( $html->[$i] =~ /\<base[^0-9a-z]/i ) { $base_line = $i }
168 :     if ( $html->[$i] =~ /\<\/head\>/i ) { $head_end_line = $i }
169 :    
170 :     # The content goes after this line:
171 :    
172 :     if ( $html->[$i] =~ /\<body[^0-9a-z]/i )
173 :     {
174 :     $body_line = $i;
175 :     $last;
176 :     }
177 :    
178 :     # Now the general case.
179 :     # Analyze all the html tags on the line:
180 :    
181 :     foreach ( $html->[$i] =~ /\<\/?([0-9a-z]+)/ig )
182 :     {
183 :     # At first body tag, we stop the search and put the text
184 :     # after the last line with a head tag:
185 :    
186 :     if ( $body_tag{ lc $_ } )
187 :     {
188 :     $done = 1;
189 :     last;
190 :     }
191 :    
192 :     # If this is a head tag, then move the marker forward
193 :    
194 :     elsif ( $head_tag{ lc $_ } )
195 :     {
196 :     $last_head_line = $i;
197 :     }
198 :     }
199 :     last if $done; # When done, break loop to avoid increment
200 : efrank 1.1 }
201 : golsen 1.6
202 :     # Some sanity checks on structure:
203 :    
204 :     if ( 1 )
205 : efrank 1.1 {
206 : golsen 1.6 if ( $html_line >= 0 )
207 : efrank 1.1 {
208 : golsen 1.6 if ( ( $head_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_line ) )
209 :     {
210 :     print STDERR "<HTML> tag follows <HEAD> tag\n";
211 :     }
212 :     if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $html_line > $head_end_line ) )
213 :     {
214 :     print STDERR "<HTML> tag follows </HEAD> tag\n";
215 :     }
216 : efrank 1.1 }
217 : golsen 1.6 if ( $head_line >= 0 )
218 : efrank 1.1 {
219 : golsen 1.6 if ( ( $head_end_line >= 0 ) && ( $head_line > $head_end_line ) )
220 :     {
221 :     print STDERR "<HEAD> tag follows </HEAD> tag\n";
222 :     }
223 : efrank 1.1 }
224 :     }
225 :    
226 : golsen 1.6 #
227 :     # Okay. Let's put in the html header file, and missing tags:
228 :     #
229 :     # <BODY> goes after last head line
230 :     #
231 : redwards 1.34 # RAE:
232 :     # Added the javascript for the buttons immediately after body.
233 : redwards 1.20 # Note if no buttons are added we still (at the moment) add the script,
234 :     # but it only adds a little text (495 characters) to the html and noone will notice!
235 : golsen 1.6
236 :     if ( $body_line < 0 )
237 :     {
238 : redwards 1.20 my $js=&javascript;
239 : golsen 1.6 $body_line = $last_head_line + 1;
240 : redwards 1.20 splice( @$html, $body_line, 0, "<BODY>\n$js\n" );
241 : golsen 1.6 }
242 :    
243 :     #
244 :     # Seed page header (if it exists) goes after <BODY>
245 :     #
246 :    
247 : olson 1.15 if (@html_hdr)
248 : golsen 1.6 {
249 : olson 1.15 splice( @$html, $body_line + 1, 0, @html_hdr );
250 : golsen 1.6 }
251 :    
252 :     #
253 :     # </HEAD> goes before <BODY>
254 :     #
255 :    
256 :     if ( $head_end_line < 0 )
257 :     {
258 :     $head_end_line = $body_line;
259 :     splice( @$html, $body_line, 0, "</HEAD>\n" );
260 :     }
261 :    
262 : redwards 1.34 # RAE:
263 :     # Add css here
264 : golsen 1.40 # Note that at the moment I define these two sheets here. I think this should
265 :     # be moved out, but I want to try it and see what happens. css has the format:
266 :     #
267 : redwards 1.34 # <link rel='stylesheet' title='default' href='/css/default.css' type='text/css'>
268 : golsen 1.40
269 : redwards 1.35 # convert the default key to the right case. and eliminate dups
270 :     foreach my $k (keys %$css) {if (lc($k) eq "default") {$css->{'Default'}=$css->{$k}}}
271 : golsen 1.40
272 : redwards 1.34 if (!$css || !$css->{'Default'})
273 :     {
274 :     $css->{'Default'}="/FIG/Html/css/default.css";
275 :     }
276 :     if (!$css->{"Sans Serif"})
277 :     {
278 :     $css->{'Sans Serif'}="/FIG/Html/css/sanserif.css";
279 :     }
280 :     my $csstext = "<link rel='stylesheet' title='default' href='".$css->{'Default'}."' type='text/css'>\n";
281 :     $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='Sans Serif' href='".$css->{'Sans Serif'}."' type='text/css'>\n";
282 :    
283 :     foreach my $k (keys %$css)
284 :     {
285 :     next if (lc($k) eq "default" || lc($k) eq "sans serif");
286 : redwards 1.38 $csstext .= "<link rel='alternate stylesheet' title='$k' href='".$css->{$k}."' type='text/css'>\n";
287 :     }
288 :    
289 :    
290 :     # RAE: also added support for external javascripts here.
291 :     # we are cluttering the HTML code with all the javascripts when they could easily be in external files
292 :     # this solution allows us to source other files
293 :    
294 :     # $javasrc must be a ref to an array with urls (absolute or relative) to the javascripts
295 :     if ($javasrc && ref($javasrc) eq "ARRAY") {
296 :     foreach my $script (@$javasrc) {
297 :     $csstext .= "<script src=\"$script\" type=\"text/javascript\"></script>\n";
298 :     }
299 : redwards 1.34 }
300 : redwards 1.38
301 :    
302 :    
303 : redwards 1.34 splice( @$html, $head_end_line, 1, "$csstext</HEAD>\n" ); # note here I am replacing the </head> line. Could be bad...? But it doesn't increment everything else.
304 :    
305 : golsen 1.6 #
306 :     # <BASE ...> goes before </HEAD>
307 :     #
308 :    
309 :     if ( $base_line < 0 )
310 :     {
311 :     #
312 :     # Use a relative base address for pages. Also, because I am
313 :     # worried about when FIG_config.pm gets updated (clean installs
314 :     # only, or every update?), I provide an alternative derivation
315 :     # from $cgi_url. -- GJO
316 :     #
317 : olson 1.7 # BASE href needs to be absolute. RDO.
318 :     #
319 :     #
320 :     $base_url = &FIG::cgi_url;
321 :     # my $base_url = $FIG_Config::cgi_base;
322 :     # if ( ! $base_url ) # if cgi_base was not defined
323 :     # {
324 :     # $base_url = $FIG_Config::cgi_url; # get the full cgi url
325 :     # $base_url =~ s~^http://[^/]*~~; # remove protocol and host
326 :     # $base_url =~ m~/$~ || $base_url =~ s~$~/~; # check trailing slash
327 :     # }
328 : golsen 1.6
329 :     $base_line = $head_end_line;
330 : olson 1.8 splice( @$html, $base_line, 0, "<BASE href=\"$base_url/\">\n" );
331 : golsen 1.6 }
332 :    
333 :     #
334 :     # <HTML> goes at the top of the output
335 :     #
336 :    
337 :     if ( $html_line < 0 )
338 :     {
339 :     $html_line = 0;
340 :     splice( @$html, $html_line, 0, "<HTML>\n" );
341 :     }
342 :    
343 :     #
344 :     # <HEAD> goes after <HTML>
345 :     #
346 :    
347 :     if ( $head_line < 0 )
348 :     {
349 :     $head_line = $html_line + 1;
350 :     splice( @$html, $head_line, 0, "<HEAD>\n" );
351 :     }
352 :    
353 :     #
354 :     # Place FIG search link at bottom of page
355 :     #
356 :    
357 :     my @tail = -f $html_tail_file ? `cat $html_tail_file` : ();
358 : efrank 1.1 if (! $no_home)
359 :     {
360 : golsen 1.6 my $user = $cgi->param('user') || "";
361 :     push( @tail, "<hr><a href=\"index.cgi?user=$user\">FIG search</a>\n" );
362 : efrank 1.1 }
363 :    
364 : golsen 1.6 #
365 : olson 1.21 # See if we have a site-specific tail (for disclaimers, etc).
366 :     #
367 :    
368 :     my $site_tail = "$FIG_Config::fig_disk/config/site_tail.html";
369 :     my $site_fh;
370 :     if (open($site_fh, "<$site_tail"))
371 :     {
372 :     push(@tail, <$site_fh>);
373 :     close($site_fh);
374 :     }
375 :    
376 :     #
377 : golsen 1.6 # Figure out where to insert The SEED tail. Before </body>,
378 :     # or before </html>, or at end of page.
379 :     #
380 :    
381 :     my @tags = ();
382 :    
383 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
384 :     if ($i >= @$html) # </body> not found; look for </html>
385 : efrank 1.1 {
386 : golsen 1.6 push @tags, "\n</BODY>\n";
387 :     # Even if tag is not found, index points to correct place for splice
388 :     for ($i=0; ($i < @$html) && ($html->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
389 :     if ($i >= @$html) # </html> not found; add it
390 : efrank 1.1 {
391 : golsen 1.6 push @tags, "</HTML>\n";
392 : efrank 1.1 }
393 :     }
394 : golsen 1.6
395 :     if ( @tail )
396 :     {
397 :     splice( @$html, $i, 0, @tail, @tags );
398 :     }
399 :     elsif ( @tags )
400 :     {
401 :     splice( @$html, $i, 0, @tags );
402 :     }
403 :    
404 : golsen 1.40 # RAE the chomp will return any new lines at the ends of elements in the array,
405 :     # and then we can join with a "\n". This is because somethings put newlines in,
406 :     # and others don't. This should make nicer looking html
407 :     #
408 :     # chomp(@$html);
409 :     # print join "\n", @$html;
410 :     #
411 :     # Apparently the above still breaks things. This is the correct code:
412 : redwards 1.37
413 :     print @$html;
414 : efrank 1.1 }
415 :    
416 :     sub make_table {
417 : olson 1.17 my($col_hdrs,$tab,$title, %options ) = @_;
418 : efrank 1.1 my(@tab);
419 :    
420 : olson 1.17 my $border = defined $options{border} ? "border=\"$options{border}\"" : "border";
421 :     push( @tab, "\n<table $border>\n",
422 : golsen 1.6 "\t<caption><b>$title</b></caption>\n",
423 : olson 1.27 "\t<tr>\n\t\t"
424 :     . join( "\n", map { &expand($_, "th") } @$col_hdrs )
425 :     . "\n\t</tr>\n"
426 : golsen 1.6 );
427 : overbeek 1.9 my($i);
428 : efrank 1.1
429 : overbeek 1.3 my $row;
430 :     foreach $row (@$tab)
431 : efrank 1.1 {
432 : golsen 1.6 push( @tab, "\t<tr>\n"
433 : overbeek 1.9 . join( "\n", map { &expand($_) } @$row )
434 : golsen 1.6 . "\n\t</tr>\n"
435 :     );
436 : efrank 1.1 }
437 :     push(@tab,"</table>\n");
438 :     return join("",@tab);
439 :     }
440 :    
441 : overbeek 1.3 sub expand {
442 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
443 : golsen 1.40 my( $x, $tag ) = @_;
444 :    
445 : olson 1.27 $tag = "td" unless $tag;
446 : golsen 1.40 my $endtag = $tag;
447 :    
448 :     # RAE modified this so that you can pass in a reference to an array where
449 :     # the first element is the data to display and the second element is optional
450 :     # things like colspan and align. Note that in this case you need to include the td
451 : redwards 1.30 # use something like ["some data to appear", "td colspan=4 bgcolor=gray"]
452 : overbeek 1.3
453 : golsen 1.40 if ( ref($x) eq "ARRAY" ) { ($x, $tag) = @$x; if ($tag =~ /td/) { $endtag = "td" } }
454 :    
455 :     if ( $x =~ /^\@([^:]+)\:(.*)$/ )
456 : overbeek 1.3 {
457 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag $1>$2</$endtag>";
458 : overbeek 1.3 }
459 :     else
460 :     {
461 : redwards 1.30 return "\t\t<$tag>$x</$endtag>";
462 : overbeek 1.3 }
463 :     }
464 :    
465 : overbeek 1.11 sub set_ec_links {
466 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
467 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
468 :     my($before,$match,$after);
469 :    
470 :     if ($x =~ /^(.*)(EC \d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)/s)
471 :     {
472 :     $before = $1;
473 :     $match = $2;
474 :     $after = $3;
475 :     return &set_ec_links($cgi,$before) . &HTML::ec_link($match) . &set_ec_links($cgi,$after);
476 :     }
477 :     return $x;
478 :     }
479 :    
480 : efrank 1.1 sub ec_link {
481 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
482 : efrank 1.1 my($role) = @_;
483 :    
484 :     if ($role =~ /(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)/)
485 :     {
486 :     return "<a href=\"http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?ec:$1\">$role</a>";
487 :     }
488 :     else
489 :     {
490 :     return $role;
491 :     }
492 :     }
493 :    
494 :     sub role_link {
495 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
496 : efrank 1.1 my($cgi,$role) = @_;
497 :    
498 :     my $roleR = ($role =~ /^(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)\s+-\s+/) ? $1 : $role;
499 :     my $user = $cgi->param('user');
500 :     if (! $user) { $user = "" }
501 :     my $link = $cgi->url() . "?role=$roleR&user=$user";
502 :     $link =~ s/[a-z]+\.cgi\?/pom.cgi?/;
503 :     return "<a href=$link>$role</a>";
504 :     }
505 :    
506 : olson 1.13 #
507 :     # Local means to eliminate the fig|org.peg from the
508 :     # text of the link.
509 :     #
510 : efrank 1.1 sub fid_link {
511 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
512 : efrank 1.1 my($cgi,$fid,$local,$just_url) = @_;
513 :     my($n);
514 :    
515 :     if ($fid =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([a-z]+)\.(\d+)/)
516 :     {
517 :     if ($local)
518 :     {
519 :     if ($1 eq "peg")
520 :     {
521 :     $n = $2;
522 :     }
523 :     else
524 :     {
525 :     $n = "$1.$2";
526 :     }
527 :     }
528 :     else
529 :     {
530 :     $n = $fid;
531 :     }
532 :     if ($1 ne "peg") { return $n }
533 :     my $user = $cgi->param('user');
534 :     if (! $user) { $user = "" }
535 :     my $trans = $cgi->param('translate') ? "&translate=1" : "";
536 : olson 1.28 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? "&SPROUT=1" : "";
537 :     my $link = &FIG::cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid&user=$user$trans$sprout";
538 : overbeek 1.10 $link =~ s/[a-z_A-Z0-9]+\.cgi\?/protein.cgi?/;
539 : olson 1.15 #
540 :     # Elimin the p2p part if we're in that subdir. Ugh.
541 :     #
542 :     $link =~ s,p2p/protein.cgi,protein.cgi,;
543 :    
544 : efrank 1.1 if ($just_url)
545 :     {
546 :     return $link;
547 :     }
548 :     else
549 :     {
550 :     return "<a href=$link>$n</a>";
551 :     }
552 :     }
553 :     return $fid;
554 :     }
555 :    
556 :     sub family_link {
557 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
558 : efrank 1.1 my($family,$user) = @_;
559 :    
560 :     return $family;
561 :     }
562 :    
563 :    
564 :     sub get_html {
565 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
566 : efrank 1.1 my( $url, $type, $kv_pairs) = @_;
567 :     my( $encoded, $ua, $args, @args, $out, @output, $x );
568 :    
569 :     $ua = new LWP::UserAgent;
570 :     $ua->timeout( 900 );
571 :     if ($type =~/post/i)
572 :     {
573 :     $args = [];
574 :     foreach $x (@$kv_pairs)
575 :     {
576 :     push(@$args, ( $x->[0], $x->[1]) );
577 :     }
578 :     my $request = POST $url, $args;
579 :     my $response = $ua->request($request);
580 :     $out = $response->content;
581 :     }
582 :     else
583 :     {
584 :     @args = ();
585 :     foreach $x (@$kv_pairs)
586 :     {
587 :     push( @args, "$x->[0]=" . uri_escape($x->[1]) );
588 :     }
589 :    
590 :     if (@args > 0)
591 :     {
592 :     $url .= "?" . join("&",@args);
593 :     }
594 :     $request = new HTTP::Request('GET', $url);
595 :     my $response = $ua->request($request);
596 :    
597 :     if ($response->is_success)
598 :     {
599 :     $out = $response->content;
600 :     }
601 :     else
602 :     {
603 :     $out = "<H1>Error: " . $response->code . "</H1>" . $response->message;
604 :     }
605 :     }
606 :     # set up a document with proper eol characters
607 :     @output = split(/[\012\015]+/,$out);
608 :     foreach $out (@output) { $out .= "\n"; }
609 :    
610 :     # Now splice in a line of the form <base href=URL> to cause all relative links to work
611 :     # properly. Remove the header.
612 :    
613 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /^\s*\</); $i++) {}
614 :     if ($i < @output)
615 :     {
616 :    
617 :     splice(@output,0,$i);
618 :     }
619 :    
620 :     for ($i=0; ($i < @output) && ($output[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
621 :     if ($i == @output)
622 :     {
623 :     $i = -1;
624 :     }
625 :     splice(@output,$i+1,0,"<base href=\"$url\">\n");
626 :     return @output;
627 :     }
628 :    
629 :     sub trim_output {
630 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
631 : efrank 1.1 my($out) = @_;
632 :     my $i;
633 :    
634 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /^\</); $i++) {}
635 :     splice(@$out,0,$i);
636 :    
637 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<body\>/i); $i++) {}
638 :     if ($i == @$out)
639 :     {
640 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<html\>/i); $i++) {}
641 :     if ($i == @$out)
642 :     {
643 :     $i = -1;
644 :     }
645 :     }
646 :     for ($j=$i+1; ($j < @$out) && ($out->[$j] !~ /^\<hr\>$/); $j++) {}
647 :     if ($j < @$out)
648 :     {
649 :     splice(@$out,$i+1,($j-$i));
650 :     }
651 :    
652 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/body\>/i); $i++) {}
653 :     if ($i == @$out)
654 :     {
655 :     for ($i=0; ($i < @$out) && ($out->[$i] !~ /\<\/html\>/i); $i++) {}
656 :     }
657 :    
658 :     for ($j=$i-1; ($j > 0) && ($out->[$j] !~ /FIG search/); $j--) {}
659 :     if ($j > 0)
660 :     {
661 : olson 1.2 my @tmp = `cat $html_tail_file`;
662 : efrank 1.1 my $n = @tmp;
663 :     splice(@$out,$j-$n,$n+1);
664 :     }
665 :     }
666 :    
667 :     sub set_prot_links {
668 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
669 : efrank 1.1 my($cgi,$x) = @_;
670 :     my($before,$match,$after);
671 :    
672 : overbeek 1.11 if ($x =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)/s)
673 : efrank 1.1 {
674 :     $before = $1;
675 :     $match = $2;
676 :     $after = $3;
677 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::fid_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
678 : efrank 1.1 }
679 : overbeek 1.19 elsif ($x =~ /^(.*)\b([NXYZA]P_[0-9\.]+)\b(.*)/s)
680 :     {
681 :     $before = $1;
682 :     $match = $2;
683 :     $after = $3;
684 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::refseq_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
685 :     }
686 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(gi\|\d+)(.*)/s)
687 : efrank 1.1 {
688 :     $before = $1;
689 :     $match = $2;
690 :     $after = $3;
691 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::gi_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
692 : efrank 1.1 }
693 : overbeek 1.14 elsif ($x =~ /^(.*)(uni\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
694 :     {
695 :     $before = $1;
696 :     $match = $2;
697 :     $after = $3;
698 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::uni_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
699 :     }
700 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(sp\|[A-Z0-9]{6})(.*)/s)
701 : efrank 1.1 {
702 :     $before = $1;
703 :     $match = $2;
704 :     $after = $3;
705 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::sp_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
706 : efrank 1.1 }
707 : overbeek 1.11 elsif ($x =~ /^(.*)(pirnr\|NF\d+)(.*)/s)
708 : efrank 1.1 {
709 :     $before = $1;
710 :     $match = $2;
711 :     $after = $3;
712 : overbeek 1.11 return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::pir_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
713 : efrank 1.1 }
714 : overbeek 1.12 elsif ($x =~ /^(.*)(kegg\|[a-z]{2,4}:[a-zA-Z_0-9]+)(.*)/s)
715 :     {
716 :     $before = $1;
717 :     $match = $2;
718 :     $after = $3;
719 :     return &set_prot_links($cgi,$before) . &HTML::kegg_link($cgi,$match) . &set_prot_links($cgi,$after);
720 :     }
721 : efrank 1.1 return $x;
722 :     }
723 :    
724 : overbeek 1.19 sub refseq_link {
725 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
726 : overbeek 1.19 my($cgi,$id) = @_;
727 :    
728 :     if ($id =~ /^[NXYZA]P_/)
729 :     {
730 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein&cmd=search&term=$id>$id</a>";
731 :     }
732 :     }
733 :    
734 : efrank 1.1 sub gi_link {
735 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
736 : efrank 1.1 my($cgi,$gi) = @_;
737 :    
738 :     if ($gi =~ /^gi\|(\d+)$/)
739 :     {
740 :     return "<a href=http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=Protein&list_uids=$1&dopt=GenPept>$gi</a>";
741 :     }
742 :     return $gi;
743 :     }
744 :    
745 : overbeek 1.14 sub uni_link {
746 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
747 : overbeek 1.14 my($cgi,$uni) = @_;
748 :    
749 :     if ($uni =~ /^uni\|(\S+)$/)
750 :     {
751 :     return "<a href=http://www.pir.uniprot.org/cgi-bin/upEntry?id=$1>$uni</a>";
752 :     }
753 :     return $uni;
754 :     }
755 :    
756 : efrank 1.1 sub sp_link {
757 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
758 : efrank 1.1 my($cgi,$sp) = @_;
759 :    
760 :     if ($sp =~ /^sp\|(\S+)$/)
761 :     {
762 :     return "<a href=http://us.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?$1>$sp</a>";
763 :     }
764 :     return $sp;
765 :     }
766 :    
767 :     sub pir_link {
768 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
769 : efrank 1.1 my($cgi,$pir) = @_;
770 :    
771 :     if ($pir =~ /^pirnr\|(NF\d+)$/)
772 :     {
773 :     return "<a href=http://pir.georgetown.edu/cgi-bin/nfEntry.pl?id=$1>$pir</a>";
774 :     }
775 :     return $pir;
776 :     }
777 :    
778 : overbeek 1.12 sub kegg_link {
779 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
780 : overbeek 1.12 my($cgi,$kegg) = @_;
781 :    
782 :     if ($kegg =~ /^kegg\|([^:]+):(\S+)$/)
783 :     {
784 :     return "<a href=http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bget?$1+$2>$kegg</a>";
785 :     }
786 :     return $kegg;
787 :     }
788 :    
789 : overbeek 1.11 sub set_map_links {
790 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
791 : overbeek 1.11 my($cgi,$x) = @_;
792 :     my($before,$match,$after);
793 : efrank 1.1
794 : overbeek 1.11 my $org = ($cgi->param('org') || $cgi->param('genome') || "");
795 :    
796 :     if ($x =~ /^(.*)(MAP\d+)(.*)/s)
797 :     {
798 :     $before = $1;
799 :     $match = $2;
800 :     $after = $3;
801 :     return &set_map_links($cgi,$before) . &map_link($cgi,$match,$org) . &set_map_links($cgi,$after);
802 :     }
803 :     return $x;
804 :     }
805 :    
806 :     sub map_link {
807 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
808 : overbeek 1.11 my($cgi,$map,$org) = @_;
809 :    
810 :     $user = $cgi->param('user');
811 :     $user = $user ? $user : "";
812 :     $org = $org ? $org : "";
813 :     my $url = "$FIG_Config::cgi_url/show_kegg_map.cgi?user=$user&map=$map&org=$org";
814 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
815 :     return $link;
816 :     }
817 : redwards 1.20
818 :     sub javascript {
819 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
820 : redwards 1.20 #### MODIFIED BY RAE TO ADD JAVA SUPPORT FOR CHECK ALL/UNCHECK ALL
821 :     # This routine takes three arguments, $html, $form, and $button
822 :     # $html is the ref to the array with the html in it
823 :     # $form is the name of the form. This must be added whenever start_form is called
824 :     # by including a -name entry. This is only used for the javascript
825 :     # $button is the name of the button that should be checked/unchecked.
826 :     #
827 :     # At the moment this add's four buttons:
828 :     # Check all, check's all
829 :     # Check first half will check the first 50% of the entries
830 :     # Check second half will check the second 50% of the entries
831 :     # Uncheck all will remove the checks.
832 :    
833 :     # Note that the other change is I added a -name=>'fig_checked' to the start_form
834 :     # field. The name is needed for the java script.
835 :     #
836 :    
837 :     $java_script=<<EOF;
838 :     <SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
839 :     <!-- Begin
840 :     function checkAll(field)
841 :     {
842 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
843 :     field[i].checked = true ;
844 :     }
845 :    
846 :     function checkFirst(field)
847 :     {
848 :     for (i = 0; i < field.length/2; i++)
849 :     field[i].checked = true;
850 :     }
851 :    
852 :     function checkSecond(field)
853 :     {
854 :     for (i=Math.round(field.length/2); i < field.length; i++)
855 :     field[i].checked = true ;
856 :     }
857 :    
858 :     function uncheckAll(field)
859 :     {
860 :     for (i = 0; i < field.length; i++)
861 :     field[i].checked = false ;
862 :     }
863 :     // End -->
864 :     </script>
865 :     EOF
866 :     return $java_script;
867 :     }
868 :    
869 :     sub java_buttons {
870 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
871 : redwards 1.20 ## ADDED BY RAE
872 :     # Provides code to include check all/first half/second half/none for javascrspt
873 :     # this takes two variables - the form name provided in start_form with the
874 :     # -name => field and the checkbox name
875 :     my ($form, $button)=@_;
876 :    
877 :     $java_script="<input type=\"button\" name=\"CheckAll\" value=\"Check All\"\nonClick=\"checkAll(document.$form.$button)\">\n";
878 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckFirst\" value=\"Check First Half\"\nonClick=\"checkFirst(document.$form.$button)\">\n";
879 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"CheckSecond\" value=\"Check Second Half\"\nonClick=\"checkSecond(document.$form.$button)\">\n";
880 :     $java_script.="<input type=\"button\" name=\"UnCheckAll\" value=\"Uncheck All\"\nonClick=\"uncheckAll(document.$form.$button)\">\n";
881 :    
882 :     return $java_script;
883 :     }
884 :    
885 : overbeek 1.22 sub sub_link {
886 : olson 1.31 shift if UNIVERSAL::isa($_[0],__PACKAGE__);
887 : overbeek 1.22 my($cgi,$sub) = @_;
888 :     my($sub_link);
889 :    
890 :     my $user = $cgi->param('user');
891 :     if ($user)
892 :     {
893 : golsen 1.41 my $esc_sub = uri_escape( $sub );
894 :     $sub_link = "<a href=./subsys.cgi?ssa_name=$esc_sub&request=show_ssa&user=$user>$sub</a>";
895 : overbeek 1.22 }
896 :     else
897 :     {
898 :     $sub_link = $sub;
899 :     }
900 :     return $sub_link;
901 :     }
902 :    
903 : efrank 1.1 1

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3